Academic literature on the topic 'DDX17'
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Journal articles on the topic "DDX17"
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Nelson, Corey R., Tyler Mrozowich, Sean M. Park, Simmone D’souza, Amy Henrickson, Justin R. J. Vigar, Hans-Joachim Wieden, Raymond J. Owens, Borries Demeler, and Trushar R. Patel. "Human DDX17 Unwinds Rift Valley Fever Virus Non-Coding RNAs." International Journal of Molecular Sciences 22, no. 1 (December 23, 2020): 54. http://dx.doi.org/10.3390/ijms22010054.
Full textAbstract:
Rift Valley fever virus (RVFV) is a mosquito-transmitted virus from the Bunyaviridae family that causes high rates of mortality and morbidity in humans and ruminant animals. Previous studies indicated that DEAD-box helicase 17 (DDX17) restricts RVFV replication by recognizing two primary non-coding RNAs in the S-segment of the genome: the intergenic region (IGR) and 5′ non-coding region (NCR). However, we lack molecular insights into the direct binding of DDX17 with RVFV non-coding RNAs and information on the unwinding of both non-coding RNAs by DDX17. Therefore, we performed an extensive biophysical analysis of the DDX17 helicase domain (DDX17135–555) and RVFV non-coding RNAs, IGR and 5’ NCR. The homogeneity studies using analytical ultracentrifugation indicated that DDX17135–555, IGR, and 5’ NCR are pure. Next, we performed small-angle X-ray scattering (SAXS) experiments, which suggested that DDX17 and both RNAs are homogenous as well. SAXS analysis also demonstrated that DDX17 is globular to an extent, whereas the RNAs adopt an extended conformation in solution. Subsequently, microscale thermophoresis (MST) experiments were performed to investigate the direct binding of DDX17 to the non-coding RNAs. The MST experiments demonstrated that DDX17 binds with the IGR and 5’ NCR with a dissociation constant of 5.77 ± 0.15 µM and 9.85 ± 0.11 µM, respectively. As DDX17135–555 is an RNA helicase, we next determined if it could unwind IGR and NCR. We developed a helicase assay using MST and fluorescently-labeled oligos, which suggested DDX17135–555 can unwind both RNAs. Overall, our study provides direct evidence of DDX17135–555 interacting with and unwinding RVFV non-coding regions.
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Samaan, Samaan, Léon-Charles Tranchevent, Etienne Dardenne, Micaela Polay Espinoza, Eleonora Zonta, Sophie Germann, Lise Gratadou, Martin Dutertre, and Didier Auboeuf. "The Ddx5 and Ddx17 RNA helicases are cornerstones in the complex regulatory array of steroid hormone-signaling pathways." Nucleic Acids Research 42, no. 4 (November 25, 2013): 2197–207. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt1216.
Full textAbstract:
Abstract Estrogen and androgen receptors (ER and AR) play key roles in breast and prostate cancers, respectively, where they regulate the transcription of large arrays of genes. The activities of ER and AR are controlled by large networks of protein kinases and transcriptional coregulators, including Ddx5 and its highly related paralog Ddx17. The Ddx5 and Ddx17 RNA helicases are also splicing regulators. Here, we report that Ddx5 and Ddx17 are master regulators of the estrogen- and androgen-signaling pathways by controlling transcription and splicing both upstream and downstream of the receptors. First, Ddx5 and Ddx17 are required downstream of ER and AR for the transcriptional and splicing regulation of a large number of steroid hormone target genes. Second, Ddx5 and Ddx17 act upstream of ER and AR by controlling the expression, at the splicing level, of several key regulators of ER and AR activities. Of particular interest, we demonstrate that Ddx5 and Ddx17 control alternative splicing of the GSK3β kinase, which impacts on both ER and AR protein stability. We also provide a freely available online resource which gives information regarding splicing variants of genes involved in the estrogen- and androgen-signaling pathways.
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Hirai, Yuya, Eisuke Domae, Yoshihiro Yoshikawa, and Keizo Tomonaga. "Differential roles of two DDX17 isoforms in the formation of membraneless organelles." Journal of Biochemistry 168, no. 1 (February 17, 2020): 33–40. http://dx.doi.org/10.1093/jb/mvaa023.
Full textAbstract:
Abstract The RNA helicase, DDX17 is a member of the DEAD-box protein family. DDX17 has two isoforms: p72 and p82. The p82 isoform has additional amino acid sequences called intrinsically disordered regions (IDRs), which are related to the formation of membraneless organelles (MLOs). Here, we reveal that p72 is mostly localized to the nucleoplasm, while p82 is localized to the nucleoplasm and nucleoli. Additionally, p82 exhibited slower intranuclear mobility than p72. Furthermore, the enzymatic mutants of both p72 and p82 accumulate into the stress granules. The enzymatic mutant of p82 abolishes nucleolar localization of p82. Our findings suggest the importance of IDRs and enzymatic activity of DEAD-box proteins in the intracellular distribution and formation of MLOs.
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Moy, Ryan H., and Sara Cherry. "DDX17: Structured RNA recognition drives diverse outputs." Cell Cycle 13, no. 22 (November 15, 2014): 3467–68. http://dx.doi.org/10.4161/15384101.2014.980695.
Full text
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Lin, Qi, Jian Cai, and Qin-Quan Wang. "The Significance of Circular RNA DDX17 in Prostate Cancer." BioMed Research International 2020 (August 21, 2020): 1–16. http://dx.doi.org/10.1155/2020/1878431.
Full textAbstract:
Circular RNA DDX17 (circDDX17) has been demonstrated as a tumor suppressor in colorectal cancer. However, mechanisms underlying circDDX17 effects in cases of prostate cancer (PCa) are not well understood. Thus, herein, we determined measures of circDDX17 expression by use of the TCGA database. Expression of circDDX17 in prostate cancer-afflicted tissue samples was determined by qRT-PCR. Functionally, circDDX17 induced remarkable inhibition of cell colonizing ability, invasion, and epithelial-mesenchymal transition (EMT) progression in vitro. Mechanistically, dual-luciferase reporter assays, RNA immunoprecipitation, and RNA pull-down experiments helped verify interactions between circDDX17 and miR-346. Low expression of circDDX17 occurred in TCGA PCa samples. Furthermore, circDDX17 expression was downregulated significantly in PCa. These results suggested that circDDX17 suppressed PC cell mobility, proliferation, and invasion. Mechanistic experiments indicated that circDDX17 might serve as a ceRNA of miR-346 to relieve repressive effects of miR-346 upon phospholysine phosphohistidine inorganic pyrophosphate phosphatase (LHPP). LHPP expression itself was downregulated in TCGA PCa samples. Overall, our findings indicated that the circDDX17/miR-346/LHPP pathway inhibited the progression of prostate cancer and that circDDX17 may be a new potential therapeutic or diagnostic target for treating and diagnosing prostate cancer. As our study also demonstrated for the first time that LHPP might act as an anticancer gene in prostate cancer, the findings could have wide-ranging implications for the treatment of this affliction.
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Ngo, Tri D., Alexander C. Partin, and Yunsun Nam. "RNA Specificity and Autoregulation of DDX17, a Modulator of MicroRNA Biogenesis." Cell Reports 29, no. 12 (December 2019): 4024–35. http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2019.11.059.
Full text
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Moy, Ryan H., Brian S. Cole, Ari Yasunaga, Beth Gold, Ganesh Shankarling, Andrew Varble, Jerome M. Molleston, Benjamin R. tenOever, Kristen W. Lynch, and Sara Cherry. "Stem-Loop Recognition by DDX17 Facilitates miRNA Processing and Antiviral Defense." Cell 158, no. 4 (August 2014): 764–77. http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.06.023.
Full text
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Sourabh, Suman, Manish Chauhan, Rahena Yasmin, Sadaf Shehzad, Dinesh Gupta, and Renu Tuteja. "Plasmodium falciparum DDX17 is an RNA helicase crucial for parasite development." Biochemistry and Biophysics Reports 26 (July 2021): 101000. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrep.2021.101000.
Full text
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Urbanek-Trzeciak, Martyna, Edyta Jaworska, and Wlodzimierz Krzyzosiak. "miRNAmotif—A Tool for the Prediction of Pre-miRNA–Protein Interactions." International Journal of Molecular Sciences 19, no. 12 (December 17, 2018): 4075. http://dx.doi.org/10.3390/ijms19124075.
Full textAbstract:
MicroRNAs (miRNAs) are short, non-coding post-transcriptional gene regulators. In mammalian cells, mature miRNAs are produced from primary precursors (pri-miRNAs) using canonical protein machinery, which includes Drosha/DGCR8 and Dicer, or the non-canonical mirtron pathway. In plant cells, mature miRNAs are excised from pri-miRNAs by the DICER-LIKE1 (DCL1) protein complex. The involvement of multiple regulatory proteins that bind directly to distinct miRNA precursors in a sequence- or structure-dependent manner adds to the complexity of the miRNA maturation process. Here, we present a web server that enables searches for miRNA precursors that can be recognized by diverse RNA-binding proteins based on known sequence motifs to facilitate the identification of other proteins involved in miRNA biogenesis. The database used by the web server contains known human, murine, and Arabidopsis thaliana pre-miRNAs. The web server can also be used to predict new RNA-binding protein motifs based on a list of user-provided sequences. We show examples of miRNAmotif applications, presenting precursors that contain motifs recognized by Lin28, MCPIP1, and DGCR8 and predicting motifs within pre-miRNA precursors that are recognized by two DEAD-box helicases—DDX1 and DDX17. miRNAmotif is released as an open-source software under the MIT License. The code is available at GitHub (www.github.com/martynaut/mirnamotif). The webserver is freely available at http://mirnamotif.ibch.poznan.pl.
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Wu, Kou-Juey. "The role of miRNA biogenesis and DDX17 in tumorigenesis and cancer stemness." Biomedical Journal 43, no. 2 (April 2020): 107–14. http://dx.doi.org/10.1016/j.bj.2020.03.001.
Full textDissertations / Theses on the topic "DDX17"
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Lorgeoux, Rene-Pierre. "Multiple roles of DDX17 in human immunodeficiency virus type 1 replication." Thesis, McGill University, 2013. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=119579.
Full textAbstract:
Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) is a small retrovirus that highly depends on the host cell machinery to replicate by completing its lifecycle and producing new infectious viral particles. The complexity of HIV-1 life cycle regulation only reflects the diversity of the virus-host interactions. Cellular helicases are enzymes involved in every step of nucleic acid metabolism, through rearranging ribonucleoprotein complexes. The understanding and the importance of helicases in HIV-1 replication started to emerge a decade ago. Since then, many studies reported the promoting or inhibiting effect of this protein family on HIV-1. My thesis project was to investigate the role of helicases in HIV-1 replication and comprises two parts. First, we performed a shRNA screen in SupT1 cells to knockdown 130 helicases and monitor their effect on the production of HIV-1 particles. This work allowed us to identify cellular pathways that are important for HIV-1 replication, as well as 35 potential helicases that dramatically affect virus production. Second, we chose to further investigate the role of DDX17 in HIV-1 replication. In addition to showing for the first time that a helicase is required for HIV-1 frameshift, we found that DDX17 promotes viral RNA packaging. Considering the role of DDX17 as a cofactor of the zinc antiviral protein (ZAP) in exosome-mediated HIV-1 mRNA degradation, this emphasizes the fact that helicases are multifunctional proteins. Finally, this work identifies helicases that potentially strongly modulate HIV-1 production. Individual investigation for each candidate will be needed to unravel the mechanisms underlying their effect on HIV-1 replication.Le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est un petit rétrovirus qui dépend fortement de la machinerie cellulaire afin de compléter son cycle de réplication et produire de nouvelles particules virales infectieuses. La complexité de la régulation du cycle de réplication du VIH-1 reflète la diversité des interactions hôte-virus. Les hélicases sont des enzymes impliquées dans toutes les étapes du métabolisme des acides nucléiques, en réarrangeant les complexes ribonucléprotéiques. La compréhension de l'importance des hélicases dans la réplication du VIH-1 a commencé il y a une dizaine d'années. Depuis, plusieurs études ont rapporté les effets stimulateurs ou inhibiteurs de cette famille de protéines sur le VIH-1. Mon projet de thèse était d'investiguer le rôle des hélicases dans la réplication du VIH-1 ; il comprenait deux parties. Premièrement, nous avons supprimé l'expression de 130 hélicases au moyen de shRNAs dans les cellules SupT1. Ce travail nous a permis d'identifier les voies cellulaires majoritairement impliquées dans la réplication du VIH-1, ainsi que 35 hélicases affectant de manière drastique la production virale. Dans un second temps, nous avons choisi de nous intéresser plus en détails au rôle de la protéine DDX17 dans la réplication du VIH-1. En plus d'identifier pour la première fois une hélicase étant requise pour le décalage du cadre de lecture (-1), nous montrons que DDX17 favorise l'encapsidation de l'ARN viral. Considérant que DDX17 agit également en tant que co-facteur de ZAP (protéine antivirale zinc) dans la dégradation des ARNs du VIH-1 par l'exosome, cela souligne le fait que les hélicases sont multifonctionnelles. Finallement, au cours de ce travail nous avons identifié un certain nombre d'hélicase ayant le potentiel de fortement moduler la production du VIH-1. Des études individuelles seront nécessaires afin de mettre à jour les mécanismes responsables de l'effet de chacun des candidats sur la réplication du VIH-1.
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Dardenne, Étienne. "Rôle des ARN hélicases Ddx5 et Ddx17 dans la progression tumorale." Thesis, Lyon 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LYO10048/document.
Full textAbstract:
La progression tumorale, qui conduit à la formation de métastases, est le résultat de profondes modifications des différents niveaux de régulation de l'expression des gènes comme la transcription ou l'épissage alternatif. Au cours de ma thèse, j'ai étudié le rôle de DDX5 et DDX17, deux ARN hélicases qui, au cours de la progression tumorale, sont impliquées dans la régulation transcriptionnelle, l'épissage alternatif et la biogénèse des microARNs. Pour cela, j'ai utilisé deux modèles de progression tumorale : le modèle murin 4T1, composé de cellules cancéreuses qui présentent des propriétés métastatiques différentes, et les cellules humaines MCF10A qui, après traitement au TGF-beta, sont capables de réaliser la transition épithélio-mésenchymateuse, un processus de trans-différenciation qui contribue à la formation des métastases. Dans le modèle 4T1, j'ai montré que Ddx17 et Ddx5 contribuent à l'invasivité des cellules tumorales en contrôlant des programmes transcriptionnels et d'épissage alternatif. Plus précisément, j'ai démontré que Ddx5 et Ddx17 favorisent l'agressivité des cellules cancéreuses en régulant l'épissage des variants de l'histone macroH2A1 qui, à leur tour, contrôlent l'expression de gènes impliqués dans la progression tumorale. Dans le modèle MCF10A où la transition épithélio-mésenchymateuse peut être induite sous TGF-beta, j'ai montré que DDX5 et DDX17 orchestrent dynamiquement des programmes transcriptionnels et d'épissage. Le travail effectué pendant ma thèse met en évidence l'importance des ARN hélicases DDX5 et DDX17 comme régulateurs clés de la progression tumorale, et souligne le rôle de l'épissage alternatif lors de la progression tumorale. De plus, ce travail met l'accent sur l'importance d'intégrer les différents niveaux de régulation de l'expression des gènes (transcription, épissage, microARN) pour une compréhension globale de la progression tumoraleTumor progression leading to the formation of metastases result from deep modifications of gene expression programs at several levels, including transcription and splicing. During my PhD, I investigated the role in tumor progression of DDX5 and DDX17, two highly related multifunctional DEAD box RNA helicases that are involved in transcription and splicing as well as in microRNA biogenesis. For this purpose, I used two breast cancer models of tumor progression : the 4T1 mouse model composed of cancer cells that exhibit different metastatic properties and MCF10a human cells that undergo epithelial-to-mesenchymal transition upon Tgf-beta treatment, a trans-differentiation process contributes to metastasis formation. In the 4T1 mouse model, I showed that Ddx17 and Ddx5 contribute to tumor-cell invasiveness by controlling both transcriptional and splicing programs. More specifically, I demonstrated that Ddx5 and Ddx17 promote cancer cells aggressiveness by regulating the splicing of the macroH2A1 histone which in turn impacts on the expression of genes implicated in tumor cell invasiveness. In the Tgf-beta induced epithelial-to-mesenchymal trans-differentiation model, I showed that DDX5 and DDX17 dynamically orchestrate transcription, microRNA and splicing programs. The work performed during my PhD highlights the importance of DDX5 and DDX17 RNA helicases as key regulators of tumor progression in breast cancer, and also underlines the role of alternative splicing during tumor progression. Furthermore, this work emphasizes the importance of integrating the different layers of the gene expression process (transcription, splicing, microRNA) for a comprehensive understanding of tumor progression
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Ries, Philippe [Verfasser], and Thalia [Akademischer Betreuer] Erbes. "Einfluss von Methadon auf die Genexpression von DDX5 und DDX17 in verschiedenen Brustkrebszelllinien in vitro." Freiburg : Universität, 2020. http://d-nb.info/1212795881/34.
Full text
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Chapus, Fleur. "Role of the DEAD-box Helicases DDX5 and DDX17 in Hepatitis B Virus RNA processing." Thesis, Lyon, 2020. http://www.theses.fr/2020LYSE1098.
Full textAbstract:
Rôle des hélicases DDX5 et DDX17 dans la régulation transcriptionnelle et la maturation des ARN du Virus de l'hépatite B. La chronicité du virus de l'hépatite B (VHB) repose sur la persistance de l'ADN circulaire et clos de manière covalente (ADNccc) dans le noyau des hépatocytes infectés. Le génome viral présente une structure chromatinisée sujette à des régulations épigénétiques impactant son activité biologique à différents niveaux. Une meilleure connaissance des facteurs cellulaires orchestrant la régulation transcriptionnelle et post-transcriptionnelle de l'ADNccc est fondamentale dans la compréhension des mécanismes à l'origine de la persistance du VHB. Afin d'identifier les acteurs cellulaires impliqués dans la biologie de l'ADNccc, un ambitieux projet de protéomique de l'ADNccc (ChROP) a été initié par le Dr. Barbara Testoni. Parmi les candidats identifiés, les hélicases à ARN DDX5 et DDX17 ont particulièrement attiré notre attention. DDX5 et DDX17 jouent un rôle crucial dans la régulation de la transcription et le métabolisme des ARN. Nous avons donc évalué leur rôle dans la régulation transcriptionnelle de l'ADNccc et le métabolisme des ARN viraux. Afin d'étudier de manière précise les différents transcrits du VHB, une technique de 5' RACE a été mise au point au laboratoire par le Dr. Bernd Stadelmayer, et a fait l'objet d'une publication. Cette technique a permis l'étude des ARN du VHB dans un contexte de déplétion des hélicases DDX5 et DDX17. Par ailleurs, DDX5/17 appartiennent au complexe insulateur de CCCTC-binding protein (CTCF). Nous avons donc en parallèle étudié le rôle de CTCF dans la biologie de l'ADNccc et le métabolisme des ARN viraux. Dans des cellules HepG2-NTCP et des hépatocytes primaires humains infectés par le VHB, la répression de DDX5/17 entraine un raccourcissement de tous les ARN viraux. Des séquençages de dernière et troisième génération ont permis l'identification de variants d’épissage alternatif ainsi qu’une utilisation différentielle du site de polyadénylation lors de la transcription des transcrits viraux. Des expériences d'immunoprécipitation de l'ARN ont montré que DDX5 et DDX17 s'associent directement aux ARN viraux et recrutent CPSF6 et NUDT21, deux facteurs impliqués dans le choix du site de polyadénylation. Par ailleurs, nous avons identifié des sites de liaison de CTCF sur le génome du VHB et par mutagénèse dirigé, nous avons mis en évidence que la mutation de ces sites impacte le recrutement de CTCF et de DDX5/17 sur l’ADNccc et affecte métabolisme des ARN viraux. L'ensemble de ces données met donc en lumière un rôle essentiel de DDX5 et DDX17 dans la maturation des ARN viraux, en complexe avec la protéine insulatrice CTCF et des facteurs de temrination, à l'interface entre l'ADNccc et les transcripts du VHBRole of the DEAD-box helicases DDX5 and DDX17 in HBV transcriptional regulation and RNA processingChronicity of hepatitis B virus (HBV) infection hinges on the persistence of covalently-closed-circular DNA (cccDNA) in the nucleus of infected hepatocytes. The viral genome associates with histones and non-histone proteins to build a chromatin structure that is subjected to epigenetic regulation translating into different levels of biological activity. A better understanding of the host factors orchestrating HBV minichromosome transcriptional regulation and RNA processing is fundamental for deciphering the mechanisms at the basis of HBV persistence and reactivation. In order to identify the cellular factors regulating cccDNA biology, an ambitious project of cccDNA proteomics (ChroP) has been initiated by Dr. Barbara Testoni. Among the identified cccDNA-associated proteins, the DEAD-box RNA helicases DDX5 and DDX17 particularly interested us for their driving role in mammalian transcriptional regulation and RNA metabolism. Thus, we investigated their role in cccDNA transcriptional activity regulation and HBV RNA processing. Precise characterization of HBV transcripts was performed with a 5' RACE approach set up and published in our lab by Dr. Bernd Stadelmayer. This technique was applied to study viral transcript in a context of DDX5/17 depletion. Furthermore, DDX5/17 belong to the insulator complex CCCTC-binding protein (CTCF). We therefore investigated the role of CTCF in cccDNA biology and viral RNA metabolism. In HBV infected HepG2-NTCP and Primary Human Hepatocytes, siRNA knockdown of DDX5/17 led to a shortening of all the viral transcripts, together with an increase in viral transcript levels and viral particles accumulation in the cytoplasm, without affecting the global level of cccDNA. Next and third generation sequencing allowed the identification of alternative splicing of pgRNA-derived spliced variants and differential usage of polyadenylation site during HBV RNA transcription. Moreover, RNA immunoprecipitation of DDX5 and DDX17 revealed that both of these proteins are directly associated to the viral transcripts and recruit two factors, CPSF6 and NUDT21, involved in alternative polyadenylation site choice. Moreover, we identified CTCF binding sites on HBV genome and by site directed mutagenesis we showed that mutations in CTCF binding sites affect CTCF and DDX5/17 recruitment to cccDNA and subsequently impact HBV RNA processing. Altogether, our data highlight an essential role of DDX5 and DDX17 in the fine tuning of HBV RNA processing, in complex with the insulator protein CTCF and termination factors at the interface between cccDNA and HBV transcripts
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Ismael, Hala [Verfasser], and Hans [Akademischer Betreuer] Stahl. "Regulation der U3-, U8- und U13snoRNA-Expression durch Ddx5 und Ddx17 / Hala Ismael. Betreuer: Hans Stahl." Saarbrücken : Saarländische Universitäts- und Landesbibliothek, 2015. http://d-nb.info/1066237956/34.
Full text
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Terrone, Sophie. "Connexion entre organisation 3D du génome et épissage alternatif médiée par les hélicases DDX5 et DDX17." Thesis, Lyon, 2019. https://n2t.net/ark:/47881/m6n015wq.
Full textAbstract:
L'épissage alternatif est le mécanisme permettant la production de plusieurs isoformes d'ARNs messagers à partir du même gène. La majorité des gènes humains sont concernés par ce processus. Epissage et transcription étant simultanés, les deux processus sont co-régulés. Plusieurs études récentes ont proposé que l'organisation tridimensionnelle du génome, qui régule la transcription, pourrait également moduler l'épissage. DDX5 et DDX17 sont deux hélicases à ARN impliquées dans plusieurs étapes de la biogenèse et de la maturation des ARNs, y compris la transcription et l'épissage. Des travaux de notre équipe ont montré que leur expression est réprimée lors de la différenciation cellulaire, ce qui contribue à établir des programmes d'épissage spécifiques. DDX5 et DDX17 interagissent avec CTCF et le complexe Cohésine, deux régulateurs de l’organisation 3D de la chromatine, suggérant un rôle des hélicases dans la topologie du génome, et potentiellement dans la connexion éventuelle entre organisation 3D et épissage. Nous avons dans un premier temps évalué l’impact à large échelle de DDX5/17 sur l’épissage par RNA-Seq, et montré que la co-déplétion de CTCF et de Cohésine avec les hélicases augmente leur effet sur l'inclusion de certains exons. De plus, nos résultats indiquent que la déplétion de DDX5/17 impacte la terminaison de la transcription de centaines de gènes. Enfin, nous avons sélectionné deux exons régulés par DDX5/17 et CTCF pour étudier l'organisation tridimensionnelle de leurs gènes par des expériences de 3C (Chromosome Conformation Capture). Le premier candidat est un exon interne du gène NCS1 et le second un exon situé just en aval du promoteurdu gène PRMT2. Nos résultats de 3C indiquent la présence d'une boucle entre le promoteur du gène NCS1 et l'exon alternatif interne. De plus, nous montrons pour les 2 gènes testés la proximité physique entre leur promoteur et leur région terminatrice, et une déstabilisation de cette boucle en absence de DDX5/17, ce qui pourrait expliquer les défauts observés de terminaison. . Enfin, une stabilisation contrainte de la boucle promoteur-terminateur du gène PRMT2 altère l'inclusion de l'exon promoteur proximal de ce gène. Ainsi, nos résultats appuient l'hypothèse d'un lien mécanistique entre l'organisation 3D des gènes et la régulation de l'épissage alternatif et plus généralement de la fidélité de leur transcriptionAlternative splicing is the mechanism that allows the production of several mRNA isoforms from the same gene, and that concerns the majority of human genes. As it occurs during transcription, both processes are co-regulated. Several recent studies have proposed that the three-dimensional organization of the genome, which regulates transcription, could also have an impact on splicing. DDX5 and DDX17 are two RNA helicases involved in several steps of RNA biogenesis and processing, including transcription and splicing. Notably, previous studies from our lab have shown they are downregulated during cellular differentiation, which contributes to establish specific splicing programs. Moreover, DDX5/17 interact with CTCF and Cohesin that are key regulators of chromatin topology and looping. This suggests a role for DDX5/17 in genome topology, and could suggest their involvement in the cross-talk between 3D organization and splicing. In order to address this question, we first assessed the impact of DDX5/17 on splicing by RNA-Seq and tested the contribution of CTCF and Cohesin on DDX5/17-dependant exon inclusion. We observed that the co-depletion of CTCF and Cohesin with DDX5/17 increases the effect of the helicases on the inclusion of some exons. Moreover, our results indicate for the first time that depletion of DDX5/17 deregulates transcriptional termination of many genes. Finally, we selected two exons regulated by both DDX5/17 and CTCF and investigated the three-dimensional organization of their associated genes by Chromosome Conformation Capture (3C) assays. The first exon is located within the NCS1 gene while the second exon has a promoter-proximal position in the PRMT2 gene. Our 3C experiments indicate the presence of a chromatin loop between the NCS1 promoter and its internal DDX5/17- and CTCF-regulated exon. Moreover, our results reveal a physical proximity between the promoter and the terminator region of both genes, and a deregulation of this specific configuration upon DDX5/17 depletion, which could possibly lead to transcriptional readthrough. Finally, stabilizing the promoter-terminator loop using a dCas9-based approach altered the inclusion of the PRMT2 promoter-proximal exon. Altogether, our results support the hypothesis of a mechanistical link between the 3D organization of genes and the regulation of alternative splicing and transcription fidelity
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Polay, Espinoza Micaela. "Fonctions moléculaires des hélicases ARN DDX5 et DDX17 dans la biologie du muscle dans un contexte sain et pathologique." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00988051.
Full textAbstract:
Les ARN hélicases DDX5 et DDX17 sont des protéines " multi-tâches ", elles sont impliquées dans de nombreuses étapes de la régulation du métabolisme des ARNs dont la transcription, l'épissage et la dégradation des ARNs. Lors de processus biologiques complexes tels que la myogénèse, les programmes d'expression génique sont profondément modifiés. Durant mon travail de thèse, j'ai contribué à montrer que DDX5 et DDX17 sont des protéines orchestratrices de la différenciation en coordonnant de manière directe et dynamique plusieurs niveaux de régulation génique. DDX5 et DDX17 contrôlent l'activité du facteur de transcription MyoD, régulateur majeur de la myogénèse ainsi que des microARNs spécifiques du muscle miR-1 et miR-206. Ceux-ci ciblent et régulent en retour l'expression de DDX5 et DDX17 mettant en place une boucle de rétro-contrôle négative induisant la diminution d'expression de ces deux protéines au cours de la différenciation. Enfin, cette diminution d'expression permet la mise en place d'un programme d'épissage participant à l'acquisition de phénotypes morphologiques des cellules différenciées. D'un point de vue mécanistique, il apparaît qu'un sous-groupe des événements d'épissage régulés durant la différenciation est contrôlé par la coopération de DDX5 et DDX17 avec le facteur d'épissage hnRNP H/F. D'autre part, DDX5 a aussi été impliqué dans un contexte pathologique du muscle. Cette hélicase interagit avec la mutation responsable de la Dystrophie Myotonique de type 1 (DM1). Durant ma thèse, j'ai produit des résultats préliminaires suggérant un rôle de DDX5 dans la mise en place des défauts d'épissage observés dans cette pathologie
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Ben, Ameur Lamya. "Rôle de l’activation chronique de la voie NF-kB induite par l’oncoprotéine Tax du virus HTLV-1 dans la régulation de l’épissage alternatif." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSE1136.
Full textAbstract:
La voie de signalisation NF-kB (nuclear factor kB) régule la transcription de gènes impliqués dans la réponse immune et l’inflammation. L’activation chronique de cette voie est fréquemment retrouvée associée à des désordres inflammatoires et des cancers. Les impacts fonctionnels de l’activation de la voie NF-kB ont été jusqu’à présent étudiés à l’échelle des promoteurs. Néanmoins, les études récentes de la distribution chromatinienne de NF-kB indiquent que la sous-unité NF-kB RelA se localise majoritairement dans les régions intragéniques, incluant des exons et des introns, où ses fonctions restent inconnues. Mes travaux ont consisté à adresser cette question dans le contexte de l’infection par le virus HTLV-1, un activateur chronique de la voie NF-kB, responsable de la leucémie T de l’adulte. Mes données montrent que l’activation de la voie NF-kB par l’oncogène viral Tax de HTLV-1 s’accompagne de modifications de l’épissage alternatif d’exons riches en GC qui coïncident avec le recrutement chromatinien de RelA à proximité de ces exons régulés. Les analyses intégratives des profils d’épissage et du remodelage de la chromatine, combinées à des essais de ciblage expérimental de la chromatine (TALE), démontrent que la fixation intragénique de RelA permet de recruter le régulateur d'épissage DDX17 pour moduler l’épissage alternatif de l’exon via son activité hélicase. Ces données révèlent que, outre ses fonctions transcriptionnelles, le facteur NF-kB RelA agit comme une ancre chromatinienne pour le facteur d’épissage DDX17 et fournit une spécificité de régulation d’épissage alternatif. Ces données revisitent nos connaissances des mécanismes physiopathologiques des maladies associées à HTLV-1 ainsi que d'autres désordres reliés à l’activation chronique de la voie NF-kBThe NF-kB (nuclear factor kB) signaling pathway regulates gene transcription of genes involved in immune response and inflammation. Chronic activation of NF-kB frequently associated with inflammatory disorders and cancer. The functional impacts of NF-kB have long been studied at the promoter level. Nevertheless, recent studies of the chromatin distribution of RelA indicate that this NF-kB subunit is predominantly localized in intragenic regions, including exons and introns, where its functions remain unknown. My work has addressed this question in the context of HTLV-1 infection, which is a constitutive activator of NF-kB, and the causative agent of the Adult T-cell Leukemia. The results show that the activation of NF-kB by the viral oncoprotein Tax results in changes in alternative splicing regulations of GC-rich exons that coincide with the chromatin recruitment of RelA in the vicinity of these exons. Integrative analysis of RNA splicing and chromatin occupancy, combined with experimental chromatin tethering assays (TALE) demonstrate that the intragenic binding of RelA leads to the recruitment of the splicing regulator DDX17, which modulates the inclusion rate of exon thanks to its helicase activity. Altogether, these data reveal that, besides its transcriptional role, NF-kB RelA acts as a chromatin anchor for the splicing factor DDX17 and provides alternative splicing specificity. These data revisit our knowledge of the physiopathologic mechanisms of HTLV-1 associated diseases , as well as other disorders related to the chronic activation of the NF-kB pathway
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Zonta, Eleonora. "Implications of RNA helicases ddx5 (p68) and ddx17 (p72) in alternative splicing regulation and mRNA export in a mammary tumor model." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077104.
Full textAbstract:
Les ARN hélicases ddx5 (p68) et ddx17 (p72) sont deux protéines multifonctionnelles très similaires connues pour jouer un rôle dans la transcription comme co-régulateurs de divers facteurs de transcription, dans la maturation des miARNs et des mARNs, en particulier dans l'épissage. Il a été également montré que ces deux hélicases sont impliquées dans le développement et dans différents types de cancers. Afin de mieux comprendre les mécanismes par lesquels ddx5 et ddx17 contrôlent l'expression génique, j'ai dans un premier temps examiné le rôle de ddx5 dans la régulation de c-fos, un gène cible du récepteur aux estrogènes (ER), dont ddx5 est un coactivateur. Les données démontrent que cette hélicase est nécessaire pour l'activité transcriptionnelle induite par l'estradiol du gène c-fos dans une lignée cellulaire de cancer du sein. De plus, ddx5 est nécessaire pour l'épissage co-transcriptionnel de c-fos, facilitant son export. Ainsi, ddx5 est présent dans la « mRNP » (pour messenger RiboNucleoprotein Particle) de c-fos en association avec les facteurs d'export Aly et TAP. Enfin, les résultats obtenus mettent l'accent sur la capacité de ddx5 de suivre un transcrit tout au long de sa voie d'expression génique, de la transcription à son passage dans le cytoplasme, révélant pour la première fois une fonction de cette hélicase dans l'export d'ARNm. J'ai également travaillé sur le rôle de ddx5 et ddxl7 dans la régulation de l'épissage alternatif. Après avoir utilisé une approche à large échelle, je me suis concentrée sur les différents mécanismes moléculaires utilisés pour l'inclusion ou l'exclusion d'exons dépendants de la présence de ddx5/ddx17. J'ai ainsi étudié de quelle manière leur activité d'ARN hélicases est nécessaire pour l'inclusion des exons définis par des sites 5' faibles, présents dans des régions riches en GC. De plus, la déplétion de ddx5/ddx17 entraîne l'inclusion d'exons localisés au sein de régions riches en AT et flanquées par de sites 5' et 3' faibles. Comme résultat, j'ai pu montrer la capacité de ces deux protéines à contrôler le taux d'inclusion des exons par différents mécanismes. Ces résultats sont importants car cela étend les fonctions connues de ddx5 et ddx17 dans la régulation de l'expression génique et aide à mieux comprendre comment elles contrôlent des programmes d'expression génique et donc des programmes cellulaires modifiés dans la progression tumoraleThe RNA helicases ddx5 (p68) and ddx17 (p72) are two highly related multi-functional proteins known to play a role in transcription as co-regulators of various transcription factors, in processing of miRNAs and mRNAs, in particular in splicing. It has been moreover shown that these two helicases are involved in development and in different types of cancer. To better understand the mechanisms by which ddx5 and ddx17 control gene expression, I first investigated the role of ddx5 in the regulation of c-fos, a target gene of estrogen receptor (ER), which ddx5 is a co-activator of. The data demonstrated that this helicase is necessary for estradiol induced-transcriptional activity of the c-fos gene in a breast cancer cell line. Moreover, ddx5 is needed for c-fos co-transcriptional splicing, facilitating its export. Thus, ddx5 is present in c-fos mRNP together with the export factors Aly and TAP. Finally, the results obtained emphasised the ability of ddx5 to follow a transcript ail along its gene expression pathway, from transcription to its passage to the cytoplasm, revealing for the first time a function of this helicase in mRNA export. I worked as well on the role of ddx5 and ddx17 in alternative splicing regulation. After having used a large-scale approach, I focused on the different molecular mechanisms behind exon inclusion or exclusion, in a ddx5/ddx17 dependent fashion, detailing how their RNA helicase activity is required for the inclusion of exons defined by weak 5' splicing sites located in GC-rich regions. Moreover, ddx5/ddx17 depletion results in the inclusion of exons located within AT-rich regions and flanked by both weak 5' and 3' splicing sites likely by inhibiting splicing kinetics. Indeed, I showed the ability of these two proteins in controlling the exon inclusion rate by different mechanisms. These results are important because they expand the known functions of ddx5 and ddxl7 in gene expression regulation and help to better understand how they control gene expression programs and therefore cellular programs altered in tumor progression
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Elsden, Joanna Louise. "Oncogenic properties of the DDX1 gene." Thesis, University of Newcastle Upon Tyne, 2004. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.399340.
Full textBook chapters on the topic "DDX17"
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Dueck, Gunter. "Hirn verpflichtet (DD117, Juni 2010)." In Cut & Paste-Management und 99 andere Neuronenstürme aus Daily Dueck, 43–44. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2014. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-43390-4_18.
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Dueck, Gunter. "DD17: Keiner will gut drauf sein! (März 2006)." In Platons grotesker Irrtum, 55–57. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2010. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04607-0_17.
Full textConference papers on the topic "DDX17"
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Saeed, Mohammad, Alejandro Ibáñez-Costa, Alejandra María Patiño-Trives, María Ángeles Aguirre, and Chary López-Pedrera. "P92 Genomic convergence of locus-based GWAS meta-analysis identifies DDX11 as a novel systemic lupus erythematosus gene." In 12th European Lupus Meeting. Lupus Foundation of America, 2020. http://dx.doi.org/10.1136/lupus-2020-eurolupus.136.
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Han, Cecil, Xiongbin Lu, and Xinna Zhang. "Abstract A32: The RNA-binding protein DDX1 promotes primary microRNA maturation and inhibits ovarian tumor progression." In Abstracts: AACR Special Conference on Noncoding RNAs and Cancer: Mechanisms to Medicines; December 4-7, 2015; Boston, MA. American Association for Cancer Research, 2016. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.nonrna15-a32.
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