Dissertations / Theses on the topic 'Neoplasms, Statistics'

Submitted by Pedro Silva Filho (pfsilva@ipen.br) on 2017-11-17T17:09:23Z No. of bitstreams: 0
Made available in DSpace on 2017-11-17T17:09:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0
O câncer de próstata (CaP) é a segunda causa mais comum de câncer em homens. De acordo com o INCA, no Brasil, em 2016, estimam-se aproximadamente 61.200 novos casos de câncer de próstata. Objetivo: Identificar as características demográficas e epidemiológicas, bem como dados do estadiamento tumoral dos pacientes com CaP atendidos na Unidade de Oncologia do Hospital Marcio Cunha na cidade de Ipatinga-MG nos anos de 2012, 2013 e 2014. Metodologia: Trata-se de um estudo retrospectivo e descritivo onde foram analisados 668 prontuários de pacientes, com registro do diagnóstico anatomopatológico, atendidos nos anos de 2012, 2013 e 2014, conforme lista fornecida pela instituição, com diagnóstico de CaP cadastrados com CID-10 - C 61. As variáveis analisadas foram: procedência, ano do diagnóstico, faixa etária, raça autodeclarada, fatores de risco como tabagismo, etilismo, história familiar de CaP, PSA total ao diagnóstico, tipo histológico da biópsia, score de Gleason da biópsia, tipo histológico da peça cirúrgica, score de Gleason da peça cirúrgica. Os dados foram analisados empregando-se estatística descritiva e inferencial, utilizando o software SPSS, versão 19.0. Resultados: A maior incidência de casos de CaP foram provenientes das cidades mais populosas da microrregião de saúde analisada e faixa etária mais prevalente foi entre 61 e 80 anos com prevalência em pardos e brancos e com histórico familiar de 17,2% de parentes de primeiro grau; com o pai em 37,3%, o irmão em 60,8% e filho em 1,9%. Apenas 165 (25,9 %) eram fumantes e 20,8% etilistas. Os níveis de PSA ficaram entre 4,1ng/ e 10ng/ml (49,5%) e quanto maior a faixa etária maiores os valores do PSA. Pacientes pardos apresentaram PSA total mais elevado. Ao avaliarmos se existia relação entre os níveis de PSA total com fatores de risco como tabagismo, etilismo e histórico familiar, somente houve relação estatisticamente significativa com o etilismo. Houve concordância do score de Gleason entre biópsia e peça cirúrgica em 70%, subgraduação em 18,7% e supergraduação em 11,3%. Comparando a idade dos pacientes com Score de Gleason, quanto maior a idade do paciente maior foi o Score de Gleason do material obtido pela biópsia via transretal Pacientes tabagistas e etilistas apresentaram Score de Gleason da peça cirúrgica mais elevados. Conclusão: A concordância entre o Score de Gleason da biópsia e o Score de Gleason da peça cirúrgica foi de 70%; etilistas apresentaram PSA mais elevados; quanto maior foi a faixa etária, mais indiferenciado foi o tumor ( biópsia); pacientes tabagistas e etilistas apresentaram tumores mais indiferenciados na peça cirúrgica; este é o primeiro estudo epidemiológico de CaP desenvolvido na região do Vale do Aço, a caracterização sócio demográfica e as associações aqui encontradas podem contribuir com programas para desenvolver ações de controle do CaP nesta região.
Dissertação (Mestrado em Tecnologia Nuclear)
IPEN/D
Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Orientador: Djalma de Carvalho Moreira Filho
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas
Made available in DSpace on 2018-08-14T09:34:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_MarcelideOliveira_D.pdf: 636134 bytes, checksum: 78b53a7902f3e2cfd099088e331c0646 (MD5) Previous issue date: 2009
Resumo: A informação sobre incidência de câncer, obtida através dos registros de câncer de base populacional - RCBP é um componente essencial de qualquer estratégia de controle de câncer. Nos últimos vinte anos o papel dos registros de câncer tem se ampliado, incorporando o planejamento e avaliação das atividades de controle de câncer. Neste cenário, torna-se de fundamental importância a qualidade das informações fornecidas pelos registros. Uma breve revisão das metodologias para realizar o controle de qualidade dos dados nos registros de câncer, das mais tradicionalmente utilizadas às alternativas propostas torna claro que tais processos não são de fácil aplicação. O RCBP de Porto Alegre foi escolhido para verificar a aplicabilidade desta metodologia à realidade dos registros de câncer brasileiros. O Método de Fluxos apresenta-se neste contexto como adaptável a registros de câncer de diferentes padrões, de rápida execução e sem custos financeiros adicionais. O método proposto permite que o registro de câncer estabeleça uma rotina de vigilância de cobertura, segundo variáveis, tais como, localização primária, idade, sexo e área geográfica.
Abstract: Population-based cancer registries are essential to public health and research. The cancer registries provide information on the surveillance of cancer incidence and survival. At the last 20 years, because of the emerging importance of cancer as a health problem, the cancer registries play a important role to evaluate and to frame public health policy to cancer control. A high-quality cancer registration is fundamental to monitoring cancer burden and identifies patterns and trends in various population groups, in different geographic areas, and over time. Cancer registries try to achieve maximum completeness in case-findings procedures in order to ensure that comparative studies are not distorted by variations on efficacy of registry procedures. A brief review about available methods used to estimate completeness of cancer registrations shows that these methodologies are not easy to use, especially in developing countries. The PBCR Porto Alegre was chosen to verify if the method could be applied to Brazilian cancer registries reality. In this context the Flow Method claims to be adaptable to cancer registries with different patterns of registration and can be executed rapidly and inexpensively. The proposed method allows to a cancer registry to provide a routine surveillance of completeness by variables such as tumor site, age, sex and geographic area.
Doutorado
Saude Coletiva
Doutor em Saude Coletiva

Submitted by Marco Antonio Oliveira da Silva (maosilva@ipen.br) on 2016-12-22T16:27:41Z No. of bitstreams: 0
Made available in DSpace on 2016-12-22T16:27:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0
Os métodos para o diagnóstico clínico de câncer de próstata incluem o toque retal e a dosagem do antígeno prostático específico (PSA). Entretanto, o nível de PSA encontra-se elevado em cerca de 20 a 30% dos casos relacionados a patologias benignas, o que resulta em falsos positivos e leva os pacientes a realização de biópsias desnecessárias. O antígeno de membrana prostático específico (PSMA), ao contrário, é sobre expresso no câncer de próstata e encontrado em baixos níveis em órgãos saudáveis. Em razão disso, estimulou-se o desenvolvimento de pequenas moléculas inibidoras do receptor de PSMA, que carreguem agentes de imagem ao tumor e que não sejam prejudicadas pela microvasculatura deste. Estudos recentes sugerem que o quelante HBED-CC contribui intrinsicamente para a ligação do peptídeo inibidor de PSMA baseado em ureia (Glu-ureia-Lys) ao grupo farmacofórico. Este trabalho descreve os estudos de otimização das condições de radiomarcação do PSMA-HBED-CC com 68Ga, utilizando sistema automatizado (módulo de síntese) e método não automatizado, buscando estabelecer uma condição adequada de preparação deste novo radiofármaco, com ênfase no rendimento da marcação e na pureza radioquímica do produto. Também objetivou avaliar a estabilidade do peptídeo radiomarcado em condições de transporte e estudar a distribuição biológica do radiofármaco em camundongos sadios. O estudo dos parâmetros de radiomarcação possibilitou definir um método não automatizado que resultou em alta pureza radioquímica (> 95%), sem a necessidade de purificação do radiomarcado. Já o método de marcação automatizado foi adaptado para utilizar módulo de síntese e software já disponíveis no IPEN, e também resultou em rendimento de síntese elevado (≥ 90%) e superior aos descritos em literatura, com a vantagem associada de maior controle do processo produtivo em atendimento aos requisitos de Boas Práticas de Fabricação. O estudo dos parâmetros de radiomarcação permitiu a obtenção do PSMA-HBED-CC-68Ga com atividade específica superior à utilizada em estudos clínicos publicados (≥ 140,0 GBq/μmol), com estabilidade suficientemente longa, que permitirá o transporte às clínicas para aplicação na obtenção de imagens diagnósticas. Os perfis de biodistribuição e farmacocinético do peptídeo radiomarcado foram compatíveis com os encontrados na literatura. Conclui-se que o PSMA-HBED-CC-68Ga, é uma importante ferramenta de diagnóstico do câncer de próstata por imagem PET, pode ser produzido tanto por método automatizado ou não automatizado, com alta pureza radioquímica, alto rendimento de síntese e estabilidade do radiofármaco.
Dissertação (Mestrado em Tecnologia Nuclear)
IPEN/D
Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Introdução - O Registro de Câncer foi proposto para coletar, gerir e analisar dados de pacientes com câncer, e é considerado parte essencial de qualquer programa de controle de câncer. Os dados têm potencial para serem utilizados em investigação etiológica, prevenção primária e secundária, planejamento de cuidados de saúde e assistência ao paciente, sendo proposto para acompanhar os pacientes nos hospitais em que realizam o tratamento. Objetivo - Estudar a produção de informações nos Registros Hospitalares de Câncer e as condições para a sua utilização na pesquisa e gestão nos serviços de oncologia no Município de São Paulo. Para isso, foi analisada a base de dados disponível na FOSP e foram realizadas entrevistas com gestores de registro de câncer do município de São Paulo. Resultados e Discussão - A análise dos indicadores produzidos pela FOSP mostram a qualidade dos dados e as principais tendências entre pacientes atendidos em hospitais com RHC. Quando os gestores foram questionados sobre o que poderia melhorar a qualidade do RHC, três pontos foram os principais: a formação dos registradores, a melhoria das informações clínicas no prontuário e a possibilidade de calcular a curva de sobrevida dos pacientes. Em relação à produção de indicadores, foi observada a pouca compreensão entre os gestores sobre as suas definições técnicas e que utilizam os dados disponíveis no sistema da FOSP, mas não de forma rotineira. Conclusão - Os RHC mostraram-se heterogêneos e há dificuldade na produção da informação. Demonstrar aos gestores as informações disponíveis no RHC por meio de relatórios periódicos contendo as análises dos casos e os indicadores de qualidade pode sensibilizar a gestão sobre a potencialidade do uso das informações, e, com isso, gerar ciclos de melhoria no próprio registro de câncer, e, a partir de então, propor melhorias no serviço de oncologia. Aumentar a visualização do RHC pode ser uma forma de aumentar a credibilidade do serviço, e, assim, aumentar sua utilização
Introduction - The Cancer Registry has been designated to collect, manage and analyze the data of patients with cancer and it is considered the essential part to any program of cancer control. Data have potential to be used in etiological investigation, primary and secondary prevention, planning of healthcare to patient, being proposed to assist the patients at the hospitals where they had the treatment. Objects - The purpose is to study the production of information at the Cancer Registry Hospital (CRH) and the conditions to its using at the research and the management at the oncology service at the municipality of São Paulo. Results and discussion - The analysis of the indicators produced by FOSP show the data quality and the main tendency between patients attended in hospitals with CRH. When the managers where questioned about what could improve the CRC´s qualities three points were the main one: register´s education, improvement of the clinical information in the charts and the possibility to calculate the patient´s survival curve. In relation to production indicators, a manager demonstrated total lack of knowledge about the subject, the others answered that they used those which are available in the FOSP´s system but not as a routine. When the managers where questioned about what could improve the CRC´s qualities three points were the main one: register´s education, improvement of the clinical information in the charts and the possibility to calculate the patient´s survival curve. Conclusion - The CRH has been shown as heterogeneous and there are difficulties in production of information. To demonstrate to managers the available information in RHC trough periodic reports containing the cases analysis and the quality indicator might sensitize the management about the potentiality of using of information and generate improvement cycle in its own cancer register and from then on to propose improvements in the oncology services. To raise the visualization of RHC might be a way to increase the credibility of the service and thus increase its use

INTRODUÇÃO: O status axilar é o fator prognóstico mais importante em câncer de mama. A biópsia de linfonodo sentinela (BLS) tornou-se o procedimento padrão no estadiamento axilar em pacientes com axila clinicamente negativa. O procedimento recomendado para pacientes com metástase em linfonodo sentinela (LS) inclui a linfadenectomia axilar completa (LAC). Porém questiona-se a necessidade da LAC em todos os pacientes com metástase em LS (MLS), particularmente naqueles com baixo risco de metástase em linfonodos axilares adicionais (Não-LS). Estimar de forma precisa a probabilidade de MLS e metástase em Não-LS (MNão-LS) pode auxiliar em muito o processo de decisão terapêutica. Os dados publicados referentes aos fatores preditivos de MLS e MNão-LS são de certa forma escassos. A forma de como esses dados são apresentados – geralmente expressos como razão de chance (odds-ratio) – dificulta o cálculo de probabilidade de MLS ou MNão-LS para um paciente em específico. Nesta tese, dois modelos de previsão computadorizados de fácil utilização foram desenvolvidos, utilizando-se um grande número de casos, para facilitar o cálculo de probabilidade de MLS e MNão-LS. MÉTODOS: Todos os dados clínico-patológicos foram coletados do banco de dados prospectivo de LS do Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC), Nova York, EUA. Os projetos de desenvolvimento de ambos os modelos foram aprovados pelo Institutional Review Board do MSKCC. Dois modelos foram desenvolvidos: Modelo de MLS (Modelo LS) e Modelo de metástase em Não-LS (Modelo Não-LS). No Modelo LS, os achados clínico-patológicos de 4.115 procedimentos subseqüentes de BLS (amostra de modelagem) foram submetidos à análise de regressão logística multivariada para se criar um modelo de previsão de MLS. Um software baseado nesse modelo foi desenvolvido utilizando-se as variáveis: idade, tamanho do tumor, tipo histológico, invasão vásculo-linfática (IVL), localização do tumor e multifocalidade. Esse modelo foi validado em uma amostra distinta (amostra de validação) com 1.792 BLSs subseqüentes. No Modelo Não-LS, os achados patológicos do tumor primário e das MLS, obtidas de 702 procedimentos de BLS (amostra de modelagem) em pacientes submetidos à LAC, foram submetidos à análise de regressão logística multivariada para se criar um modelo de previsão de MNão-LS. Um nomograma e um software baseados nesse modelo foram desenvolvidos utilizando-se as variáveis: tamanho do tumor, tipo histológico, grau nuclear, IVL, multifocalidade, receptor de estrógeno, método de detecção da MLS, número de LS positivos, número de LS negativos. Esse modelo foi validado em uma amostra distinta (amostra de validação) com 373 casos subseqüentes. RESULTADOS: O software do Modelo LS na amostra de modelagem mostrou-se adequado, com a área sob a curva de características operacionais (ROC) de 0,76. Quando aplicado na amostra de validação, o Modelo LS também previu de forma acurada as probabilidades de MLS (ROC = 0,76). O software e o nomograma do Modelo Não-LS na amostra de modelagem apresentaram uma área ob a curva ROC de 0,76 e, na amostra de validação, 0,77. CONCLUSÕES: Dois softwares de fácil utilização foram desenvolvidos, utilizando-se informações comumente disponíveis pelo cirurgião para calcular para o paciente a probabilidade de MLS e MNão-LS de forma precisa, fácil e individualizada. O software do Modelo LS não deve ser utilizado, porém, para se evitar a BLS. Para download dos softawares clique em: www.mastologia.com .
INTRODUCTION: Axillary lymph node status is the most significant prognostic factor in breast cancer. Sentinel lymph node biopsy (SLNB) has become the standard of care as the axillary staging procedure in clinically node negative patients. The standard procedure for patients with sentinel lymph node (SLN) metastasis includes complete axillary lymph node dissection (ALND). However, many experts question the need for complete ALND in every patient with detectable SLN metastases, particularly those perceived to have a low risk of additional lymph node (Non-SLN) metastasis. Accurate estimates of the likelihood of SLN metastases and additional disease in the axilla could greatly assist in decision-making treatment. The published data on predictive factors for SLN and Non-SLN metastases is somewhat scarce. It is also difficult to apply these data – usually expressed as odds ratio – to calculate the probability of SLN or Non-SLN metastases for a specific patient. In this thesis, two user-friendly computerized prediction models based on large datasets were developed, to assist the prediction of the presence of SLN and Non-SLN metastases. METHODS: All clinical and pathological data were collected from the prospective SLN database of Memorial Sloan-Kettering Cancer Center (MSKCC), New York, USA. The development projects of both models were approved by the Institutional Review Board of MSKCC. Two models were developed: Model for predicting SLN metastases (SLN Model) and Model for predicting Non-SLN metastases (Non-SLN Model). In the SLN Model, clinical and pathological features of 4,115 sequential SLNB procedures (modeling sample) were assessed with multivariable logistic regression to predict the presence SLN metastases. A software based on the logistic regression model was created using age, tumor size, tumor type, lymphovascular invasion, tumor location and multifocality. This model was subsequently applied to another set of 1,792 sequential SLNBs (validation sample). In the Non-SLN Model, pathological features of the primary tumor and SLN metastases, identified in 702 SLNBs (modeling sample) on patients who underwent complete ALND, were assessed with multivariable logistic regression to predict the presence of additional disease in the Non-SLNs of these patients. A nomogram and a software were created using tumor size, tumor type and nuclear grade, lymphovascular invasion, multifocality, and estrogen-receptor status of the primary tumor; method of detection of SLN metastases; number of positive SLNs; and number of negative SLNs. This model was subsequently applied to another set of sequential 373 procedures (validation sample). RESULTS: The software of the SLN Model for the modeling sample was accurate and discriminating, with an area under the receiver operating characteristic (ROC) curve of 0.76. When applied to the validation sample, the SLN-Model accurately predicted likelihood of SLN metastases (ROC = 0.76). The software and nomogram of the Non-SLN Model was also accurately predicted likelihood of Non-SLN metastases, with an area under ROC curve of 0.76 for the modeling sample, and 0.77 for the validation sample. CONCLUSION: Two user-friendly softwares were developed, using information commonly available to the surgeon to easily and accurately calculate the likelihood of having SLN metastases or additional, Non-SLN metastases for individual patients. However, the software of the SLN Model should not be used to avoid SLNB. Click on www.mastologia.com to download these softwares.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2015-10-13T12:03:31Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávio Cavarsan - 2014.pdf: 2147420 bytes, checksum: 4c71cd47ba4580423701808c54260308 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5)
Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-13T12:26:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávio Cavarsan - 2014.pdf: 2147420 bytes, checksum: 4c71cd47ba4580423701808c54260308 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5)
Made available in DSpace on 2015-10-13T12:26:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Flávio Cavarsan - 2014.pdf: 2147420 bytes, checksum: 4c71cd47ba4580423701808c54260308 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-11-21
Objective: To analyze the temporal evolution of incidence and trends of skin cancer, either melanoma and nonmelanoma lesions, in the city of Goiania during the period from 1998 to 2008. Methods: From January 1988 to December 2008, all malignant skin tumours of the city of Goiania (Brazil), registered by the Population Based Cancer Register of Goiania were accessed. The cases were stratified according to gender, age, morphology and anatomical site. The proportions, crude coefficients and incidence rates were calculated using the SPSS version 18 software, while Poison's regression model was obtained by Joinpoint software. Results: Twenty six thousand nine hundred and eighty-eight registers of skin cancer were found, 19,961 basal cell carcinomas (BCC), 6,156 squamous cell carcinomas (SCC) and 871 cutaneous melanomas (CM). Histological confirmation was performed in more than 98% of the cases. A significant trend of increasing incidence associated to age was observed in men with SCC (APC=6.6%) and CM (APC=9.8%). The same trend was identified for women with CM (APC=7.7%). A rising incidence related to age was found. Nonmelanomas skin tumours occurred more often on face, while the trunk was more common for melanomas. Conclusions: The incidence of BCC was stable for both genders in Goiania during the study period. In the other hand, it was observed an increasing incidence for CM in men and women, and SCC showed a raise in incidence only for males. The age above 50s is a risk factor for increasing incidence of skin cancer. The trunk and face were the most common sites of either SCC and BCC, while cutaneous melanomas were more often on the trunk and limbs. Prevention through a complete physical exam is the best action for early detection of skin lesions; as well information regarding the risks of excess chronic sun exposition is the best primary prevention method.
Objetivo: Analisar a evolução temporal da incidência e a tendência das neoplasias cutâneas, não melanoma e melanoma no município de Goiânia no período de 1998 a 2008. Metodologia: Foram alvos do estudo os casos registrados de neoplasias malignas de pele de residentes de Goiânia, no período de 1988 – 2008, identificados pelo Registro de Câncer de Base Populacional de Goiânia. Os casos foram estratificados por gênero, grupo etário, morfologia e localização anatômica. Realizaram-se os cálculos das proporções, coeficientes brutos e padronizados de incidência. Utilizou-se o programa SPSS versão 18 e para as análises de tendências, o modelo de regressão linear do programa Joinpoint. Resultados: Foram observados 26.988 casos registrados de neoplasias de pele, com 19.961 carcinomas basocelulares (CBC), 6.156 carcinomas espinocelulares (CEC) e 871 melanomas cutâneos (MC); em mais de 98% dos casos houve confirmação histológica; observou-se tendência de aumento de incidência significante para homens com CEC (APC = 6,6%) e MC (APC = 9,8%) e para mulheres com MC (APC = 7,7%). Houve aumento de incidência com a idade. A face foi o local mais comum entre as neoplasias não melanomas, enquanto o tronco foi o mais comum nos melanomas. Conclusões: A incidência do CBC está estável em homens e mulheres em Goiânia. Para os CEC a incidência está aumentando nos homens enquanto nos MC houve aumento nos dois sexos, maior entre os homens. A idade é um fator de risco após 50 anos com maior aumento de incidência. A face e o tronco foram as localizações mais incidentes para CBC e CEC. Nos melanomas o aumento foi em tronco e membros. A prevenção com exame clínico de todo o tegumento é a melhor recomendação para o diagnóstico precoce do câncer de pele não melanoma e melanoma cutâneo. Medidas de orientação quanto a exposição solar são recomendas na prevenção primária.

Orientador: Fernando Lopes Alberto
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas
Made available in DSpace on 2018-08-07T09:04:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Peres_TarcisiodeSouza_M.pdf: 2330056 bytes, checksum: 66c1d9241ad60e2d973cfb7361a5eb7c (MD5) Previous issue date: 2006
Resumo: Durante todo o século XX, a pesquisa do câncer se desenvolveu de maneira sistemática, porém os últimos 25 anos foram notadamente caracterizados por rápidos avanços que geraram uma rica e complexa base de conhecimentos, evidenciando a doença dentro de um conjunto dinâmico de alterações no genoma. Desta forma, o entendimento completo dos fenômenos moleculares envolvidos na fisiopatologia das neoplasias depende do conhecimento dos diversos processos celulares e bioquímicos característicos da célula tumoral e que, porventura, a diferenciem da célula normal (GOLUB e SLONIM, 1999). Nesse trabalho buscamos o melhor entendimento das vias moleculares no processo neoplásico por meio da análise dos dados do Projeto Genoma Humano do Câncer (CAMARGO, 2001) com vistas à identificação de genes diferencialmente expressos nas neoplasias dos seguintes tecidos: mama, cólon, cabeça e pescoço, pulmão, sistema nervoso central, próstata, estômago, testículo e útero. A metodologia de geração dos transcritos utilizada pelo Projeto Genoma Humano do Câncer é conhecida como ORESTES (DIAS et al, 2000). Inicialmente, os dados de seqüenciamento (fragmentos ORESTES) foram agrupados por meio de uma técnica conhecida em Bioinformática como ¿montagem¿, utilizando o pacote de programas de computador PHRED/PHRAP (EWING e GREEN P., 1998). A comparação de cada agrupamento com seqüências conhecidas (depositadas em bases públicas) foi realizada por meio do algoritmo BLAST (ALTSCHUL et al, 1990). Um subconjunto de genes foi selecionado com base em critérios específicos e submetido à avaliação de seus níveis de expressão em diferentes tecidos com base em abordagem de inferência Bayesiana (CHEN et al, 1998), em contraposição às abordagens mais clássicas, como testes de hipótese nula (AUDIC e CLAVERIE, 1997). A inferência Bayesiana foi viabilizada pelo desenvolvimento de uma ferramenta computacional escrita em linguagem PERL (PERES et al, 2005). Com o apoio da literatura, foi criada uma lista de genes relacionados ao fenômeno neoplásico. Esta lista foi confrontada com as informações de expressão gênica, constituindo-se em um dos parâmetros de um sistema de classificação (definido para a seleção dos genes de interesse). Desta forma, parte da base de conhecimento sobre câncer foi utilizada em conjunto com os dados de expressão gênica inferidos a partir dos fragmentos ORESTES. Para contextualização biológica da informação gerada, os genes foram classificados segundo nomenclatura GO (ASHBURNER et al, 2000) e KEGG (OGATA et al, 1999). Parte dos genes apontados como diferencialmente expressos em pelo menos um tecido tumoral, em relação ao seu equivalente normal, integram vias relacionadas ao fenômeno neoplásico (HAHN e WEINBERG, 2002). Dos genes associados a estas vias, 52% deles possuíam fator de expressão diferencial (em módulo) superior a cinco. Finalmente, dez entre os genes classificados foram escolhidos para confirmação experimental dos achados. Os resultados de qPCR em amostras de tecido gástrico normal e neoplásico foram compatíveis com com os dados de expressão gênica inferidos a partir dos fragmentos ORESTES
Abstract: The XXth century showed the development in cancer research in a systematic way, most notably in the last 25 years that were characterized by rapid advances that generated a rich and complex body of knowledge, highlighting the disease within a dynamic group of changes in the genome. The complete understanding of the molecular phenomena involved in the physiopathology of neoplasia is based upon the knowledge of the varied cellular and biochemical processes which are characteristic of the tumor and which make it different from the normal cell (GOLUB e SLONIM, 1999) In this work, we investigated the molecular pathways in the neoplasic process through data analyses of the cDNA sequences generated on the Human Cancer Genome Project (CAMARGO, 2001). The following neoplasias were included: breast, colon, head and neck, lungs, central nervous system, prostate gland, stomach, testicle and womb. The methodology of generation of transcripts used by the Genome Project of Human Cancer is known as ORESTES (DIAS et al, 2000). Initially, the sequence of data (ORESTES fragments) were grouped and assembled according to similarity scores. For this purpose, we used the package of computer programs PHRED/PHRAP (EWING e GREEN P., 1998). The resulting consensus sequences, each representing a cluster, were compared to known sequences (deposited in public databanks) through the BLAST algorithm (ALTSCHUL et al, 1990). A subgroup of genes was selected based on specific criteria and their levels of expression in different tissues were evaluated by a bayesian inference approach (CHEN et al, 1998), as compared to more classical approaches such as null hypothesis tests (AUDIC e CLAVERIE, 1997). The Bayesian inference tool was represented as a PERL script developed for this work. A list of genes, putatively related to the neoplasic phenotype, was created with the support of the literature. This list was compared to the gene expression information, becoming one of the parameters of a ranking system (defined for the selection of genes of interest). Therefore, part of the knowledge related to cancer was used together with the data of gene expression inferred from ORESTES fragments. For a more accurate understanding of the molecular pathways involved in the generated information, the genes were classified according to the Gene Ontology (ASHBURNER et al, 2000) and KEGG (OGATA et al, 1999) nomenclatures. Additional global analyses by pathways related to the neoplasic phenomenon (HAHN e WEINBERG, 2002) demonstrated differential expression of the selected genes. About 52% of the genes in this pathways were differentially expressed in tumor tissue with at least a 5-fold. Finally, ten genes were selected for experimental validation (in vitro) of the findings with real-time quantitative PCR, confirming in silico results
Mestrado
Ciencias Biomedicas
Mestre em Ciências Médicas

Thesis (Ph.D. in Biostatistics) -- University of Colorado Denver, 2007.
Typescript. Includes bibliographical references (leaves 70-71). Free to UCD affiliates. Online version available via ProQuest Digital Dissertations;

Thesis (Ph. D.)--Case Western Reserve University, 2006.
[School of Medicine] Department of Epidemiology and Biostatistics. Includes bibliographical references. Available online via OhioLINK's ETD Center.

A cirurgia micrográfica de Mohs (CMM) é realizada em fases sucessivas de retirada tumoral. Cada fase demora de uma a duas horas, dependendo do tamanho da lesão; portanto, é muito importante conseguir predizer o número de fases da cirurgia a fim de poder programar melhor o tempo de uso da sala cirúrgica e da equipe cirúrgica, o uso de anestésicos, os custos da cirurgia, melhor orientar o paciente e assegurar a remoção completa do tumor. Com o intuito de encontrar fatores preditivos do número de fases da CMM no tratamento do carcinoma espinocelular da cabeça, realizou-se o levantamento dos prontuários de 44 pacientes submetidos a 51 CMM no ambulatório de cirurgia dermatológica da Divisão de Dermatologia do HC-FMUSP/SP, de 1994 a 2003. Foram constituídos três grupos quanto ao número de fases da CMM: uma fase, duas fases e três ou mais fases. Os grupos foram comparados em relação às variáveis: duração da lesão até a cirurgia, morfologia, tamanho e limites da lesão, tumor primário ou recidivado, grau de diferenciação histológica do tumor e localização anatômica do tumor. Identificou-se um único fator significante na análise univariada: a distribuição dos tumores recidivados segundo o número de fases da cirurgia e que diferiu da distribuição dos tumores primários (p=0,081, teste exato de Fisher), sendo maior o número de fases para os tumores recidivados. Na análise multivariada, não houve fatores estatisticamente significantes que pudessem estar associados ao número de fases da cirurgia. Na análise da razão de chances, observou-se maior chance de apresentar maior número de fases para as variáveis: limites clínicos imprecisos, tumor ulcerado, tumor recidivado, tumor mais agressivo histologicamente e tumor maior que 1 cm.
Mohs micrographic surgery (MMS) is proceeded in successive stages of cancer removal. Each stage lasts from 1 to 2 hours, depending on the tumor size. So it is very important to predict the number of phases of the surgery so that one can plan better the time of the surgical room use, the time of the surgeon and his team, the use of anaesthetics, the surgical costs, to give the patient better orientations about his surgery and to ensure complete tumor erradication. With the intention to find predictive factors of the number of stages of MMS in the treatment of squamous cell carcinoma, we reviewed the record of 44 patients on a total of 51 surgeries proceeded in the dermatologic surgical clinic of the Dermatological Division of HC-FMUSP/SP from 1994 to 2003. For the number of stages in the MMS we established 3 groups: 1 stage, 2 stages and 3 or more stages. These groups were compared with regard to this variables: continuance of the lesion until the surgery, morphology and size of the lesion, lesion limits, primary or recurrent cancer, histological grade (Broders) and anatomic localization. In the univariated analysis one single factor was significant: the distribution of the recurrent cancers related to the number of stages of the surgery that was different from the distribution of the primary ones (p=0.081, Fisher\'s exact test), been higher the number of stages for the recurrent cancers. In the multivariated analysis, there were no statistically significant factors associated with higher number of stages of the surgery. In the analysis of the odss ratio, we noted a higher chance of a higher number of stages for the variables: inaccurate clinical limits, ulcerated lesions, recurrent cancer, higher aggressive histology and tumor bigger than 1 cm.

Pancreatic cancer is a common cause of cancer death and is difficult to diagnose and treat. A prognostic index can be used in clinical practice to predict survival. Thirty six prognostic factor studies were identified but size and statistical methods were inappropriate. Continuous variables are often simplified incorrectly i) assuming linear relationships between predictors and log-hazard or ii) using dichotomisation. Non-linearity is addressed for the first time in this disease site using restricted cubic spline and fractional polynomial functions. Multivariable models containing non-linear transformations gave a substantially better fit. Important effects of some covariates were unrecognised under simplistic assumptions. The fitted functions generated by the two methods were similar. A direct comparison of these strategies was based on assessing the difference in the AIC values by calculating a sampling distribution in multiple bootstrap resamples. Model validation is also addressed for the first time in this disease and suggested minimal over-fitting with reproducible prognostic information when fitted to external data. This thesis provides the first validated prognostic tool in advanced pancreatic cancer developed using appropriate statistical methodology. Risk-sets identified by the model could help clinicians target treatments to patients more appropriately and have an impact on future trial design and analysis.

O adenocarcinoma prostático (ACP) é um tumor freqüente, que ocupa a segunda posição tanto em mortalidade quanto em incidência dentre as neoplasias malignas masculinas. O estadiamento local do ACP, que consiste na avaliação de extensão extracapsular (EEC) e invasão das vesículas seminais, tem importância fundamental na escolha do tratamento adequado e no prognóstico da doença, destacando-se que a prostatectomia radical é geralmente considerada o tratamento de escolha em tumores confinados à próstata. Os exames clínico-laboratoriais, e a graduação histológica de Gleason pré-operatória, não apresentam eficácia adequada no estadiamento local destes tumores, com elevadas taxas de subestadiamento. O objetivo deste trabalho foi comparar as eficácias da ultra-sonografia endorretal com power-Doppler (USD) e da ressonância magnética com bobina endorretal (RM) no estadiamento local do ACP. Quarenta e dois pacientes com diagnóstico de ACP confirmado por biópsia prostática foram prospectivamente estudados por RM, e 36 destes foram estudados também por USD, sendo os achados obtidos por estes métodos comparados com aqueles observados no estudo anátomo-patológico (AP) pós-prostatectomia radical. Na avaliação de extensão extracapsular por sextantes contíguos, os resultados de sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo, valor preditivo negativo e acurácia para EEC foram persistentemente superiores para a RM em relação ao USD, devendo-se salientar que tanto a RM quanto o USD apresentaram altos valores de especificidade ( > 85%), considerado o critério mais importante no sentido de se evitar diagnósticos falso-positivos. Tanto o USD quanto a RM apresentaram acurácia adequada na avaliação de invasão das vesículas seminais. No USD, foi observada associação estatisticamente significante entre abaulamento irregular do contorno prostático e presença de EEC, enquanto na RM, os critérios de abaulamento irregular do contorno prostático e principalmente presença de tecido sólido na gordura periprostática apresentaram associação estatisticamente significante com EEC. Os resultados obtidos mostraram que o emprego dos métodos de imagem no estadiamento local pode reduzir as taxas de subestadiamento clínico. Observou-se também que ambos os métodos apresentam baixa especificidade na localização tumoral, e que não houve diferença significativa na avaliação do volume prostático pelo USD, RM e AP.
Prostatic adenocarcinoma is a common tumor, corresponding to the second most common type of cancer and the second most common cause of cancer deaths among men. Local staging of prostatic cancer, which consists in the evaluation of extracapsular extension and seminal vesicle invasion, is an important factor for the prognosis and treatment of the disease, being radical prostatectomy one of the gold-standard treatment modalities for localized cancers. Rectal exam, PSA levels and pre-surgical Gleason stage are not reliable exams for local staging, with high understaging scores. The purpose of this study was the evaluation of endorectal power-Doppler ultrasound (US) and endorectal magnetic resonance imaging (MRI) for local staging of prostate cancer. Forty-two patients with biopsy-proven prostatic cancer were prospectively studied with endorectal MRI, and 36 of them were also studied with endorectal Doppler US, with the imaging results compared to the post-surgical hystopathological results.Sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value and accuracy results for extracapsular spread of disease were better for MRI than for US, however both methods obtained high ( > 85%) specificity results, which is considered the most important criteria for local staging. Accuracy for seminal vesicle invasion was adequate for both USD and MRI. At US, statistically significant correlation was observed between extracapsular extension of tumor and irregular bulging of the prostatic contour, while at MRI, statistically significant correlation was observed for irregular bulging and extraprostatic solid tissue. Our results showed that the use of imaging methods for local staging of prostatic tumors could reduce the rates of clinical understaging. Additional findings were the low specificity of both imaging methods for tumor localization, and the absence of differences between US, MRI and pathology for prostatic volume measurement.

Introdução: O câncer de localização colorretal é o terceiro tipo de câncer mais comumente diagnosticado no mundo. As taxas de incidências do câncer colorretal não são homogêneas, apresentando diferenças entre os países. Não há estudos brasileiros que investiguem a variação geográfica da incidência de câncer colorretal conjuntamente com indicadores socioeconômicos. Esta avaliação pode revelar diferenças locais importantes na ocorrência da doença. Objetivos: Descrever as taxas de incidência e de mortalidade do câncer colorretal no Município de São Paulo, segundo sexo e faixa etária, no período de 1997 a 2009 e realizar análise da distribuição espacial segundo distrito dos casos de câncer colorretal diagnosticados em residentes no Município de São Paulo entre 1997 e 2009. Material e Métodos: Foram analisados os novos casos de câncer colorretal diagnosticados em residentes no Município de São Paulo de 1997 a 2009. Estes dados foram fornecidos pelo Registro de Câncer de Base Populacional de São Paulo (RCBP-SP). A análise dos dados foi realizada em duas etapas: na primeira, com cárater exploratório/descritivo, os dados analíticos foram utilizados para descrever a incidência e mortalidade por câncer colorretal no período pesquisado. Na segunda etapa, os casos de câncer colorretal foram geocodificados, agrupados por distrito administrativo e estudados segundo a metodologia de análise para dados de área. Toda análise foi implementada no software R. Resultados: Com 7,7 por cento e 7,3 por cento dos casos respectivamente em homens e mulheres, câncer colorretal foi o segundo tipo de câncer mais frequente, sendo a quarta (9,0 por cento dos óbitos) e a segunda (11,0 por cento dos óbitos) causa de morte respectivamente em homens e mulheres. Do total de casos incidentes (39.250), 47,50 por cento são do sexo masculino e 52,50 por cento do sexo feminino. Destes, 4.784 (37,7 por cento ) evoluíram a óbito, sendo 48,1 por cento no sexo masculino e 51,9 por cento no sexo feminino. As taxas específicas por sexo e faixa etária de incidência aumentam fortemente com a idade, na faixa etária de 80 ou mais anos chega a 377,9 e 282,9 (por 100 mil hab.) para o sexo masculino e feminino respectivamente, sendo relativamente próximas em ambos os sexos até a idade de 49 anos e maiores para homens nas faixas etárias subsequentes. As taxas específicas por sexo e faixa etária de mortalidade, apresentam comportamento análogo, aumentam fortemente com a idade, na faixa etária de 80 ou mais anos chega a 206,9 e 159,9 (por 100 mil hab.) para o sexo masculino e feminino respectivamente. A taxa anual de incidência ajustada pela população de SEGI (1960) e modificada por DOLL et al. (1966) apresenta-se em torno de 30,0 (por 100 mil hab.) nos três primeiros anos observados (1997-1999), chega a 19,0 (por 100 mil hab.) em 2002, volta a crescer nos anos seguintes (2003-2005), chegando a 31,7 (por 100 mil hab.) e matem-se estável de 2007 a 2009. A taxa anual de mortalidade de câncer colorretal ajustada pela população crescente até 2004, chegando a 15,7 (por 100 mil hab.) e decrescem nos anos seguintes, chegando a aproximadamente 3,6 mortes por 100 mil habitantes em 2009. A média anual da taxa bruta de incidência e os indicadores socioeconômicos apresentam dependência forte dependência espacial, sendo o menor Índice I de Moran observado foi para o índice de exclusão/inclusão dos anos potenciais de vida perdidos (IEX apvp = 0,29), os demais são acima de 0,6. Os indicadores apresentam forte correlação linear com a média anual da taxa bruta de incidência. Conclusões: As distribuições da incidência e da mortalidade apresentam padrões semelhantes ao identificado mundialmente. O Município de São Paulo tem taxas equivalentes às encontradas nas regiões em transição econômica. Foi identificada forte dependência espacial na distribuição da incidência de câncer colorretal no Município de São Paulo, com a formação de clusters nas áreas centrais e periféricas. As maiores taxas são encontradas nas áreas centrais e nas periferias. A distribuição espacial da incidência de câncer colorretal apresenta forte associação com a distribuição dos indicadores de status socioeconômico no Município de São Paulo, em particular apresenta associação positiva com indicadores de renda e escolaridade.
Introduction: Colorectal cancer is the third most common diagnosed cancer worldwide. Colorectal cancer incidence rates are not homogeneous, with differences between countries. No Brazilian studies investigated the geographical variation of colorectal cancer incidence with socioeconomic indicators. This study may reveal important local differences in the occurrence of the disease. Objectives: To describe colorectal cancer incidence and mortality in São Paulo, by sex and age using 1997-2009 data and perform the spatial distribution analysis according to district colorectal cancer cases diagnosed in residents at Municipality of São Paulo between 1997 and 2009. Methods: Colorectal cancer cases diagnosed from 1997 to 2009 in São Paulo residents were analyzed. These data were provided by Population Based Cancer Registry of São Paulo (RCBP-SP). Data analysis was performed in two stages. First, analytical data were used to describe the incidence and mortality from colorectal cancer. Second, colorectal cancer cases were geocoded, grouped by administrative district and studied according data area analysis methodology. All analysis was implemented in software R. Results: 7.7 per cent and 7.3 per cent of observed cases was respectively in men and women, colorectal cancer was the second most common cancer, the fourth (9.0 per cent ) cause of death in men and the second (11.0 per cent ) cause in women. It was diagnosed 39,250 colorectal cancer new cases, 47.50 per cent in men and 52.50 per cent in women. And 4,784 (37.7 per cent ) died, with 48.1 per cent in male and 51.9 per cent in female. The specific incidence rates strongly increase with age, at the 80 years or more age reaches 377.9 and 282.9 (per 100,000 inhabitants) for male and female respectively. The mortality specific rates, have similar behavior, strongly increase with age and at the 80 years or more age reaches 206.9 and 159.9 (per 100,000 inhabitants), for males and female respectively. The annual age adjusted incidence rate was around 30.0 (per 100,000 inhab.) in the first observed years (1997-1999), arrives to 19.0 (per 100,000 inhab.) in 2002, grow back reaching 31.7 (per 100,000 inhab.) and kill stable from 2007 to 2009. The annual age colorectal cancer mortality rate grow reaching 15.7 (per 100,000 inhab.) and decrease in the following years, reaching approximately 3.6 deaths per 100,000 inhabitants in 2009. The average annual the crude incidence rate and the socio-economic indicators show strong spatial dependence, the lowest Moran´s I Index was observed for the exclusion/inclusion potential years of life lost index (IEX apvp = 0.29). The indicators show strong linear correlation with the average annual crude incidence rate. Conclusions: Distributions of incidence and mortality have similar worldwide patterns. The Municipality of São Paulo has equivalent rates founded in regions in economic transition. It was identified strong spatial dependence in the distribution of the incidence of colorectal cancer, with the formation of clusters in the central and peripheral areas of Municipality of São Paulo. The highest rates were found in the central areas and lowest were found in the suburbs. The spatial distribution of colorectal cancer incidence has a strong association with the socioeconomic status indicators distribution in Municipality of São Paulo. It was identified positive association between colorectal cancer incidence with income and education indicators.

Lin, Hualiang.
Thesis (Ph.D.)--Chinese University of Hong Kong, 2011.
Includes bibliographical references (leaves 140-177).
Electronic reproduction. Hong Kong : Chinese University of Hong Kong, [2012] System requirements: Adobe Acrobat Reader. Available via World Wide Web.
Abstract also in Chinese.

by Siu-Fai Leung.
Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 1998.
Includes bibliographical references (leaves 80-81).
Abstract also in Chinese.
Chapter 1 --- Introduction --- p.1
Chapter 1.1 --- Mortality and Socioeconomic Status --- p.1
Chapter 1.2 --- Research Plan and Difficulties Encountered in the Study --- p.4
Chapter 2 --- Imputation and File Merging --- p.8
Chapter 2.1 --- Structure and Contents of Data Sets --- p.8
Chapter 2.2 --- Imputation of Missing Values --- p.14
Chapter 2.3 --- Merging Data Sets --- p.22
Chapter 2.3.1 --- Merging Death Data and Census Data --- p.22
Chapter 2.3.2 --- Merging Two Census Data Sets --- p.29
Chapter 2.3.3 --- Final Data Set Used in Modeling --- p.31
Chapter 3 --- Modeling and Estimation --- p.33
Chapter 3.1 --- Discrete-Time Hazard Function Analysis --- p.33
Chapter 3.1.1 --- The Hazard Function --- p.34
Chapter 3.1.2 --- Logistic Regression --- p.36
Chapter 3.2 --- Application of Discrete-Time Hazard Model on the Death Data Set --- p.37
Chapter 3.2.1 --- Preparing the Person-Period Data Set --- p.38
Chapter 3.2.2 --- Modeling the Person-Period Data Set --- p.41
Chapter 3.3 --- Combining Results from different imputed data sets --- p.47
Chapter 3.4 --- Estimation of Cell Probabilities --- p.51
Chapter 4 --- Model Adequacy Checking --- p.52
Chapter 4.1 --- The Definition of Residuals in Multiple Imputation --- p.52
Chapter 4.2 --- Residual Analysis of The Cancer Mortality Model --- p.59
Chapter 5 --- Conclusion --- p.63
Chapter 5.1 --- The Cancer Mortality --- p.63
Chapter 5.2 --- Competing Risk --- p.68
Chapter 5.3 --- Discussion --- p.72
Appendix A: Coding Description of District --- p.75
Appendix B: Results of the Heart Diseases Mortality Model --- p.76
Bibliography --- p.80

碩士
國立臺灣大學
流行病學與預防醫學研究所
107
Introduction Although intra-familial aggregation of helicobacter pylori infection has been well studied before, the effect size of family aggregation has been scarcely elucidated by using a well-designed genetic epidemiological study. While the familial aggregation of HP has been extended to include pre-cancerous lesions like atrophy gastritis (AG) and intestine metaplasia (IM), the effect size of familial aggregation accounting for the dynamic transition study has been even neglected. Aims The objective of this thesis is to employ a case-control proband study design and its variants in conjunction with different statistical models to estimate the effect size of familial aggregation of genetic typing associated with HP infection and the dynamic transitions between HP, AG, and IM under the context of the Correa model. Material and Methods Two data sources were used for studying familial aggregation of HP and HP-related pre-cancerous lesions. The first dataset was derived from a 35 index Japanese pediatric patients familial study with the available information on two genetic typing procedures, Multilocus Sequence Typing (MLST) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting used for detecting transmission route of familial aggregation. The second dataset was descended from the Matsu community-based prevention of gastric neoplasm under the context of Correa model with three periods, 1996-2003 before intervention, 2004-2007 after screening, and 2008 after chemoprevention. The case-control proband study design with two-state was designed to estimate the effect size of familial aggregation associated with the same sequence of MLST and also RAPD. Bayesian directed acyclic graphic (DAG) model was built up to develop fully conditional distribution given the observed data and unknown quantity to estimate the effect size of family aggregation of HP infection making allowance for the correlation of HP infection across the same family members with the random effect model. To model how family aggregation affects the dynamic transition of HP and gastric pre-cancerous neoplasm under the context of the Correa multistate model, three statistical approaches were used, including the multi-nominal logistic regression model, the discrete-state and discrete-time Markov chain model, and continuous-time Markov process. Results Part I Japanese familial aggregation study on genotyping associated with HP infection When using first child as index case the estimated results on the DNA fingerprint sequence with Bayesian DAG model show the tendency of familial aggregation for the matched sequence of RAPD was 56-fold (95% CI: 3.99-1878.07) for RAPD and 68.10-fold (95% CI: 4.85-2171.12) for MLST compared with the unmatched sequence. Part II Family aggregation for the dynamic transition of HP and gastric neoplasm With the application of multi-nominal logistic regression model to the Matsu data, the effect sizes of familial aggregation of HP infection, AG, and IM were statistically significant with the range from 1.39 (95% CI: 1.09-1.77) to 2.02 (95% CI: 1.26-3.55) after adjustment for smoking and dietary factors. The estimated results of Markov chain with the ergodicity theory show there was a strong tendency of familial aggregation for reaching equilibrium with the property of the Correa model in 1996 but not in the two periods after interventions as the ratio of the summation of transition probability in the upper triangle to that of in the lower triangle was around 2.24 whether the corresponding values in 2004 and 2008 were 0.91 and 0.87. The estimated results of continuous-time Markov process demonstrate family aggregation was highly associated with the dynamic transition of the Correa model mainly in the transition from normal to HP infection with the order of 1.30 (95% CI: 1.18-1.44), 1.21 (95% CI: 1.07-1.36), and 1.35 (95% CI: 1.14-1.59) for the index case of HP infection , AG, and IM. The influence of family aggregation dwindled from HP infection to AG with the order of 0.74 (95% CI: 0.62-0.88), 1.33 (95% CI: 1.10-1.60), and 1.06 (95% CI: 0.82-1.37) to AG to IM with insignificant findings, 1.28 (95% CI: 0.94-1.75), 0.95 (95% CI: 0.68-1.34), and 1.14 (95% CI: 0.72-1.81) Conclusions Statistical models are proposed here to model familial aggregation of HP infection and the dynamic transition of HP-related gastric precancerous lesion under the context of the Correa model. The proposed models were applied to one data with genotyping HP infection and the community-based data before and after prevention of gastric neoplasm.