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Dissertations / Theses on the topic 'ADN chloroplastique et nucléaire'
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Ravel-Chapuis, Patrick. "Réplication et plasticité de l'ADN chloroplastique et organisation des ADNr nucléaires de l'euglène." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10026.
Full textAbstract:
Origine de replication de l'adn chloroplastique chez e. Gracilis, mise en evidence de remaniements dans la region ribosomique chloroplastique; organisation de la replication des adn ribosomiques nucleaire
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Remal, Puigmal Sylvie. "Approche morphologique et moléculaire du genre Verbascum L." Toulouse 3, 2014. http://thesesups.ups-tlse.fr/3665/.
Full textAbstract:
Avec plus de 360 espèces, Verbascum L. Est le deuxième genre le plus riche de la famille des Scrophulariaceae. Les espèces de ce genre typique des régions steppiques sont majoritairement réparties autour du basin méditerranéen et plus particulièrement en Turquie où l'on compte 234 espèces dont 80% sont endémiques. Ce genre présente un grand degré de diversité morphologique et le phénomène d'hybridation naturelle très commun entre ses différentes espèces, peut être considéré comme une source de complexité taxonomique. Afin d'étudier les relations phylogénétiques au sein de ce genre, des analyses phylogénétiques en parcimonie et inférence bayésienne ont été réalisées en utilisant quatre marqueurs chloroplastiques trnL-trnF, trnS-trnG, matK et trnH-psbA et un marqueur nucléaire ITS. Nos analyses ont permis de confirmer la monophylie du genre ainsi que l'inclusion des espèces ne possédant que quatre étamines anciennement regroupées dans le genre Celsia L. Et de résoudre quelques liens de parenté entre les espèces. Une matrice des caractères morphologiques classiquement utilisés en taxonomie du genre a aussi été élaborée et confrontée aux phylogénies moléculaires. La majorité des caractères testés se sont avérés avoir subis plusieurs changements répétés et indépendants au cours de l'évolution, ce qui explique la complexité d'élaborer une classification naturelle du genre. L'homoplasie des caractères morphologiques observée peut être expliquée par l'évolution réticulée, aussi suggérée par les cas d'incongruence observés entre les topologies issues des données chloroplastiques et nucléaire. Nos analyses ont mis en évidence des cas d'hybridation récents mais aussi plus anciens avec introgression entre les espèces du genre Verbascum. L'évolution réticulée observée chez ce genre semble avoir joué un rôle majeur dans la formation de ses espèces. Ce patron d'évolution, comme réponse adaptative à un environnement particulier, suggère une origine récente du genre Verbascum L<br>With more than 360 species, Verbascum is the second most specific-rich genus in Scrophulariaceae family. Species from this typical genus of steppic and Mediterranean vegetations are distributed around Mediterranean Sea and more particularly in Turkey, where 234 species are listed with 80% being endemic. This genus displays a high degree of morphological diversity and natural hybridization which is very common in this genus can be considered as a source of taxonomic complexity. In order to study phylogenetic within this genus maximum parsimony and Bayesian analyses were performed using four molecular markers from the chloroplast (trnL-trnF, trnS-trnG, matK and trnH-psbA) and one marker from the nucleus (ITS). Our analyses have permitted to confirm the monophyly of the genus and its synonymy with genus Celsia L. And also to resolve some phylogenetic relationships between species. A matrix with morphological characters traditionally used in Verbascum taxonomy was built and confronted to molecular phylogenies. The majority of these characters have shown to have undergone several independent and repeated changes, which explain the complexity to construct a natural classification of the genus. Such homoplasy of morphological characters can be explained by reticulate evolution in the genus, which is also suggested by incongruence found between topologies inferred by plastid and nuclear DNA data. The observed incongruence between both datasets have permitted to highlight cases of recent hybridization among Verbascum species but also more ancient hybridization with introgression were detected. Reticulate evolution observed in this genus seems to have played an important role in formation of its species. Such evolutionary pattern, as an adaptive response to a particular environment, suggests a recent origin of Verbascum L.
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Hartmann, Caroline. "Étude comparée des effets de la culture in vitro de cellules somatiques et sexuelles de blé sur l'organisation des génomes nucléaires et cytoplasmiques." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112353.
Full textAbstract:
La variabilité génomique consécutive à la culture in vitro de cellules somatiques et sexuelles de différentes variétés de blé a été étudiée au niveau des compartiments nucléaires et cytoplasmiques. Génome nucléaire : un sous-clone de l'unité répétée de l'ADN ribosomal nucléaire du blé, contenant toute la région espaceur non transcrit, a été utilisé comme sonde moléculaire pour détecter une éventuelle variabilité génomique chez plusieurs lignées haploïdes doublées androgénétiques (variation gamétoclonale) ainsi que chez des cultures de cals embryogènes et non embryogènes initiées à partir d'embryons immatures et chez des plantes régénérées à partir des cals embryogènes (variation somaclonale). Nous avons montré qu'une variabilité existait dans la longueur de la région espaceur non transcrit de certaines lignées androgénétiques mais, à l'inverse, aucune variation n'a pu être détectée chez les cultures de tissus somatiques et chez les plantes régénérées. De plus, nos expériences tendent à montrer que la région espaceur non transcrit de l'ADN ribosomal du blé représente une sonde tout à fait appropriée au contrôle du bon déroulement d'un processus conduisant à l'obtention de régénérant androgénétiques. Génomes cytoplasmiques : nous n'avons pu détecter une variation de l'organisation des génomes chloroplastiques et mitochondriaux des lignées androgénétiques étudiées. La réponse est différente, pour le génome mitochondrial, lorsque les cultures in vitro sont initiées à partir de cellules somatiques. Nous avons tout d'abord montré que les cultures de cals embryogènes et non embryogènes différaient, entre elles et par rapport à leur cultivar parental, dans l'organisation de leur génome mitochondrial. Ces différences se manifestent soit par la perte de certains fragments de restriction ou par la variation de la stœchiométrie relative de certains autres fragments. Ces variations apparaissent très tôt après l'initiation des cultures in vitro et sont rapidement stabilisées. De plus, la variation détectée chez les cals embryogènes est retrouvée chez des plantes régénérées ayant subi 2 autofécondations : cette variation est donc transmise sexuellement. Enfin, nous avons montré que la spécificité de la variation du génome mitochondrial ne dépendait pas du cultivar parental utilisé mais était corrélée à la potentialité embryogène des cellules en culture.
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Gielly, Ludovic. "ADN chloroplastique et phylogénies intragénériques." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1994. http://www.theses.fr/1994GRE10051.
Full textAbstract:
L'analyse comparee des variations des sequences de l'adn chloroplastique (adncp) est une methode de plus en plus utilisee pour estimer les relations phylogenetiques chez les vegetaux. L'analyse de certaines regions non-codantes, caracterisees par des taux de mutations plus eleves que les regions codantes, permet d'etendre le domaine d'utilisation de l'adncp a des niveaux taxonomiques hierarchiquement bas. Trois couples d'amorces universelles pour l'amplification de trois de ces regions, deux espaceurs intergeniques (intergene trnt (ugu)-trnl (uaa) et intergene trnl (uaa)-trnf (gaa)) et l'intron du trnl (uaa) ont ete definis et utilises pour tester l'utilite phylogenetique de telles zones. Les travaux presentes etayent l'utilisation des zones non-codantes de l'adncp pour construire des phylogenies entre especes proches chez les vegetaux. En accord avec des resultats precedemment etablis, il ressort que ces regions de la molecule evoluent en moyenne plus de trois fois plus vite que le gene rbcl. Les donnees de sequences accumulees ici mettent en evidence une heterogeneite des taux de variation suivant les lignees et meme a l'interieur du genre et rejoignent ainsi les resultats de travaux contemporains effectues par d'autres equipes. Aucune correlation n'a pu etre etablie entre le temps de generation et les vitesses d'evolution de l'adncp. Les variations des sequences de l'intron du trnl (uaa) ont ete suffisantes pour construire une premiere phylogenie du genre gentiana l. Neanmoins certains branchements dans la phylogenie demeurent ambigus et necessitent de ce fait d'analyser des sequences supplementaires (chloroplastiques et nucleaires, codantes et non-codantes)
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Girod, Christophe. "Conséquences génétiques des variations climatiques du Quaternaire et distribution des espèces forestières Néotropicales : L'exemple du palmier Astrocaryum sciophilum." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00576928.
Full textAbstract:
Les variations climatiques du Dernier Maximum Glaciaire ont fortement affecté la distribution des espèces dans les régions tempérées. Dans les régions tropicales, Haffer (1969) a émis l'hypothèse que la forte diversité spécifique des Néotropiques était liée aux variations climatiques du Quaternaire qui auraient fragmenté le couvert forestier en quelques zones "refuges" provoquant une diversification des espèces par spéciation allopatrique. Un tel effet du climat en Amérique du Sud reste cependant aujourd'hui toujours âprement débattu. Cette thèse a pour objectif de tester par des méthodes génétiques les attendus de la théorie des refuges en Guyane en retraçant l'histoire démographique d'Astrocaryum sciophilum, palmier inféodé aux forêts tropicales humides. L'utilisation de marqueurs microsatellites nucléaires et de séquences chloroplastiques nous a permis d'infirmer l'existence des zones refuges proposées par de Granville (1982) et par Tardy (1998). Bien que mettant en évidence une fragmentation de la forêt tropicale humide, la distribution de la diversité génétique ne laisse pas supposer l'existence de zones refuges en Guyane. Nous avons également montré l'absence de forêt tropicale humide sur la bande littorale antérieurement à 129 000 ans BP, ainsi qu'une recolonisation de proche en proche du littoral depuis le Nord-Ouest jusqu'à Kaw, antérieure au Dernier Maximum Glaciaire. Enfin, pour reconstruire l'histoire démographique d'A. sciophilum à une échelle spatiale très fine, nous avons utilisé la méthode d'inférence bayésienne MSVAR basée sur la théorie de la coalescence, qui permet de détecter et dater des changements de taille de population. Nous avons d'abord testé par simulation la performance de la méthode. L'application de MSVAR à notre jeu de données microsatellites a ensuite permis de mettre en évidence l'existence d'une diminution de taille des populations d'A. sciophilum quasi-généralisée en Guyane, à l'exception des populations de la région littorale située entre Sinnamary et Cayenne, également probablement liés à des évènements antérieurs au Quaternaire récent. Ce travail a ainsi permis de proposer de nouvelles hypothèses quant à l'impact des variations climatiques du Quaternaire ancien (antérieur à la dernière période glaciaire) qui semblent avoir eu des répercussions plus importantes sur la végétation que les variations « récentes » du dernier maximum glaciaire. Des études complémentaires seront nécessaires pour déterminer l'importance relative des différents évènements du Quaternaire dans la répartition des espèces forestières du Bouclier Guyanais et du Bassin Amazonien.
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Gagnon, Cédric. "Séquençage et caractérisation des génomes chloroplastique et mitochondrial de Chlamydomonas moewusii." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24904/24904.pdf.
Full text
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Bélanger, Anne-Sophie. "Séquençage et caractérisation des génomes chloroplastique et mitochondrial de l'algue verte Stigeoclonium helveticum." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24196/24196.pdf.
Full text
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Hubert, François. "Reconstructions phylogénétiques du genre Quercus à partir de séquences du génome nucléaire et chloroplastique." Thesis, Bordeaux 1, 2013. http://www.theses.fr/2013BOR14804/document.
Full textAbstract:
Le genre Quercus comprend plus de 500 espèces et est réparti sur l’ensemble de l’hémisphère nord. La phylogénie du genre, faite à ce jour à partir d’un nombre très limité de marqueurs nucléaires, n’était pas résolue. Des incertitudes demeuraient au niveau des nœuds profonds où ont divergé les principaux groupes taxonomiques aujourd’hui reconnus. L’objectif de cette thèse était d’explorer de manière plus exhaustive les ressources génomiques nucléaires et chloroplastiques pour affiner la phylogénie du genre. Les travaux sont basés sur les séquences de six gènes nucléaires et de l’ensemble du génome chloroplastique. Ces travaux confirment le caractère diffus du signal phylogénétique et le gain de résolution obtenu par l’adjonction de séquences nouvelles. Ils confirment également la subdivision du genre en six groupes infragénériques (Cyclobalanopsis, Ilex, Cerris, Lobatae, Quercus s.s. et Protobalanus), dont les relations phylogénétiques ont été précisées, même si certaines irrésolutions persistent. La thèse met très clairement en évidence l’empreinte phylogéographique dans le génome chloroplastique au niveau du genre et de sa distribution mondiale. Le signal phylogéographique chloroplastique ajouté à la phylogénie nucléaire permet d’échafauder un scénario biogéographique de diversification du genre. Ce scénario devra être corroboré par des apports d’autres disciplines (paléontologie et géologie historique)<br>The genus Quercus comprises more than 500 species, and is widely distributed across the Northern hemisphere. Phylogenetic reconstructions based on traditional molecular sequences were so far irresolutive at the deeper nodes where the major extant taxonomic groups have diverged. This thesis aims at improving the phylogeny of the genus by exploring the current nuclear and chloroplastic genomic resources. The phylogenetic investigations are based on sequences of six nuclear genes and the entire chloroplastic genome. The results confirm that the phylogenetic signal is rather diluted and that substantial improvements can be obtained by adding sequences from additional genes. They also confirm that the genus can be subdivided in six infrageneric groups (Cyclobalanopsis, Ilex, cerris, Lobatae, Quercus s.s. et Protobalanus). Phylogenetic relationships among these groups are refined, although not fully clarified. There is a very clear phylogeographic imprint in the chloroplast genome that extends at the macroevolutionary level at the whole genus across its entire distribution. The phylogeographic structure together with the phylogeny at the nuclear level allows to elaborate an historical scenario of the radiation of the genus. Additional elements coming from other disciplines (paleontology, historical geology) are however necessary to confirm this scenario
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Brouard, Jean-Simon. "Analyse comparative de génomes chloroplastiques et d'algues vertes de la classe chlorophyceae." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28592/28592.pdf.
Full text
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Dally, Andreas. "Polymorphisme des longueurs des fragments de restriction de l'ADN chloroplastique dans la section Eu-Oryza du genre Oryza (riz) et implications phylogénétiques." Montpellier 2, 1988. http://www.theses.fr/1988MON20080.
Full textAbstract:
Rflp de l'adn chloroplastique du riz etudie chez 320 plantes representant 248 varietes et 15 especes de la section eu-oryza du genre oryza, phylogenese de 32 types de plastome dont 9 de riz cultive deduit d'une analyse cladistique de 112 mutations
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Quignard, Etienne. "Etude par résonance magnétique nucléaire d'oligodéoxynucléotides modifiés : méthylation de l'adénine et mésappariements." Paris 5, 1988. http://www.theses.fr/1988PA05P602.
Full text
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Douzery, Emmanuel. "Phylogénie moléculaire des mammifères ongulés : hybridation ADN/ADN sur le génome nucléaire et évolution du génome mitochondrial." Montpellier 2, 1994. http://www.theses.fr/1994MON20248.
Full textAbstract:
L'etude de la phylogenie moleculaire des mammiferes ongules (artiodactyla, cetacea, perissodactyla, proboscidea, sirenia et hyracoidea) est envisagee par deux approches complementaires: les hybridations adn/adn sur la fraction non repetee du genome nucleaire, et le sequencage de deux genes mitochondriaux, le cytochrome b et l'arnr 12s. Dans un premier temps, les taux d'evolution des genomes nucleaires (fraction non repetee) d'une part et mitochondriaux (cytochrome b) d'autre part sont compares. L'hypothese du temps de generation comme mecanisme explicatif de differences de taux d'evolution entre lignees est alors testee dans le cadre du modele bovidae/cervidae. Dans un second temps, les relations evolutives entre artiodactyles et cetaces sont apprehendees par hybridation adn/adn et comparaison de sequences d'arnr 12s. Le manque de fiabilite des phylogenies a quatre especes pour reconstruire l'histoire des ruminantia, suiformes et cetacea est souligne, pour les methodes de distance et de parcimonie. Dans un troisieme temps, la phylogenie interordinale des ongules est abordee. La necessite d'employer de nombreuses sequences homologues pour resoudre le probleme des liens entre ruminantia, tylopoda, suiformes et cetacea est de nouveau mise en evidence. Le seul arnr 12s ne suffit cependant pas a donner une image robuste, et ce gene est alors combine au cytochrome b. La tendance generale indique enfin qu'il faudra se tourner vers le sequencage de genomes mitochondriaux complets chez de nombreuses especes, afin d'esperer resoudre la phylogenie des mammiferes ongules
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Gérardi, Sébastien. "Étude phylogéographique comparée des polymorphismes des génomes chloroplastique et mitochondrial de l'épinette noire." Master's thesis, Université Laval, 2009. http://hdl.handle.net/20.500.11794/20799.
Full textAbstract:
Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2008-2009<br>La génogéographie de l'épinette nOIre (Picea mariana) a été étudiée à l'échelle transcontinentale à l'aide de marqueurs microsatellites de l'ADN chloroplastique, puis comparée à celle obtenue par Jaramillo-Correa et al. (2004) à l'aide de marqueurs du génome mitochondrial. Cette approche a permis de confirmer l'existence de lignées génétiques distinctes au sein des populations modernes résultant de l'isolation probable des arbres dans plusieurs populations ancestrales lors du dernier épisode glaciaire. L'intensification de l'échantillonnage a permis de détecter une nouvelle lignée génétique en Alaska. La comparaison de l'étendue des lignées chloroplastiques et mitochondriales a montré que le flux génique par le pollen est beaucoup plus important que celui par les graines et agit préférentiellement de manière unidirectionnelle d'ouest en est. Cette étude a également mis en évidence que certains individus sont caractérisés par des assemblages de génomes chIoroplastique . et mitochondrial probablement apparus sous l'effet du flux génique lors de la recolonisation postglaciaire.
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Otandault, Aviviani Amaelle Cherone. "ADN circulant nucléaire et mitochondrial et étude de l'influence de l'hypoxie sur leur libération." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT011.
Full textAbstract:
Plusieurs travaux s’accordent sur le fait que l’analyse de l’ADN circulant (ADNcir) est un outil à fort potentiel diagnostic, pronostic, théranostic et de suivi en oncologie clinique. Cependant, le manque de standardisation des procédures pré-analytiques, des connaissances approfondies des structures des ADNcir ainsi que les facteurs influençant la dynamique de son relargage constituent des obstacles à son transfert en pratique clinique. C’est dans ce contexte que nous avons choisi d’approfondir l’étude des structures des ADNcir d’origines nucléaire et mitochondriale, évaluer leur utilité clinique en oncologie et étudier l’effet de l’hypoxie sur leur libération. A partir d’une technique de qPCR optimisée et validée cliniquement pour l’analyse des ADN circulants, nous avons quantifié les ADN extracellulaires d’origines nucléaire et mitochondriale dans des milieux de culture cellulaire et dans des plasmas humains et murins.Nos données ont révélé l’influence des procédures pré-analytiques sur la quantification de l’ADN circulant en fonction de l’origine. En effet, nous montrons que la préparation du plasma par séparation en ficoll diminue de manière significative la quantification de l’ADNcir d’origine mitochondriale sans influencer la quantification de l’ADNcir d’origine nucléaire, ce qui suggère la présence de structures de densité différente contenant de l’ADN mitochondrial dans le plasma. D’autre part, j’ai contribué à l’évaluation d’un test de dépistage du cancer basé sur l’analyse de l’ADNcir nucléaire et mitochondrial mise au point au laboratoire. Nos résultats préliminaires montrent de façon significative la capacité diagnostic de ce test sur des cohortes de patients atteints de cancers colorectal (n = 127) versus des individus sains (n = 91) (AUC = 0,8657 ; p < 0,0001).Nous montrons in vitro que l’hypoxie module de manière différente le relargage des ADN extracellulaires en fonction de leur origine, et notamment que l’ADN extracellulaire d’origine mitochondriale semble être régulé négativement en condition hypoxique. In vivo, l’hypoxie entraîne une augmentation de la libération de l’ADNcir d’origine nucléaire (p=0,002), mais pas d’origine mitochondriale, dans le plasma de souris greffées avec des cellules tumorales de cancer de poumon.Pour conclure, les travaux réalisés au cours de cette thèse mettent en lumière : (i) l’intérêt de la mise en place de procédures pré-analytiques standardisées pour la compréhension des origines et structures des ADNcir ; (ii) le fort potentiel diagnostic de l’analyse de l’ADNcir en oncologie ; (iii) et l’influence de l’hypoxie sur le relargage de l’ADN circulant<br>Different studies converge on the diagnostic, theragnostic and prognostic properties of circulating DNA analysis (cirDNA) in clinical oncology. There remain various obstacles, however, to its transfer to clinical practice. These include the lack of standardization of pre-analytical procedures, and limited knowledge of cirDNA structures and of the factors influencing the dynamics of their release. In this context, we studied the structures of cirDNA of nuclear and mitochondrial origins, evaluated their diagnostic potential, and then evaluated the effect of hypoxia on their release. Using an optimized qPCR technique previously validated in clinical studies for the analysis of cirDNA, we quantified extracellular DNA of nuclear and mitochondrial origins in cell culture medium and in human and mouse plasma.Our data also revealed the influence of pre-analytical procedures on the quantification of cirDNA, depending on its origin. Indeed, we showed that plasma preparation with Ficoll separation significantly reduces the quantification of mitochondrial cirDNA without influencing the quantification of nuclear cirDNA.In addition, we evaluated the value of nuclear and mitochondrial cirDNA analysis in a cancer-screening test developed in the laboratory. Our preliminary results demonstrated a significant discrimination between colorectal cancer patients (n=127) and healthy individuals (n=91) (AUC=0.8657; p<0.0001).We demonstrated that in vitro hypoxia modulates the release of extracellular DNA in different ways, depending on its origin, and showed that extracellular DNA of mitochondrial origin is negatively regulated. By contrast, we demonstrated in vivo that hypoxia leads to a greater release of nuclear cirDNA (p=0.002), but not of mitochondrial cirDNA, as compared to normoxia. These experiments were performed using the plasma of mice grafted with lung cancer tumor cells.In conclusion, the work carried out for this thesis highlights: (i) the importance of setting up standardized pre-analytical procedures when investigating the origins and structures of cirDNA; (ii) the strong diagnostic potential of cirDNA analysis in oncology and (iii) the influence of hypoxia on the release of cirDNA
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Benslimane, Abdel-Ali. "Contribution à l'étude des séquences répétées de l'ADN nucléaire des végétaux supérieurs : structure et variabilité." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112206.
Full textAbstract:
Chez les plantes supérieures, l'ADN nucléaire contient une forte proportion de séquences répétées (40% à 80% du génome). Au cours de ce travail, nous avons étudié la structure moléculaire et la variabilité de deux séquences d'ADN végétal répétées en série: un ADN satellite du chou-fleur et l'ADN ribosomal (ADNr) du blé. Chez le chou-fleur, l'hydrolyse de l'ADN nucléaire par l'endonucléase de restriction Hind Ill a mis en évidence la présence d'un ADN satellite. Cet ADN est constitué de courtes répétitions en série (177 pb). Plusieurs unités de répétition ont été clonées et la séquence nucléotidique de quelques unes a été déterminée. L'analyse fine de de cette séquence a montré que l'ADN satellite du chou-fleur dériverait probablement d'un gène tARN ancestral. Comme dans le cas des séquences "SINE" et "Hirt", nous avons proposé un mécanisme de rétroposition pour expliquer l'amplification de cet ADN. Chez plusieurs lignées de blé, l'ADNr a été utilisé pour rechercher d'éventuelles variations somaclonales et gamétoclonales. Les hybridations moléculaires réalisées entre l'ADN restreint de ces lignées de blé et des sous-clones marqués de l'ADNr ont mis en évidence une variation de l'organisation de l'espaceur non transcrit. De plus, nous avons montré que cette même région de l'ADNr pouvait être utilisée comme marqueur pour suivre le déroulement d'un programme d'obtention d'haploïdes doublés<br>Nuclear DNA of higher plants contains a high proportion of repetitive sequences, ranging from 40 to 80 of the genome. Ln this work, we describe the molecular structure and the extent of variability for two tandemly arranged plant nuclear DNA repeats: a cauliflower satellite DNA and the wheat ribosomal DNA ( rDNA). Ln cauliflower we have characterized a nuclear satellite DNA evidenced by a Hind Ill ladder restriction diagram. Subsequent cloning and nucleotidic sequence analyses have shawn this DNA to be made up of remarkably conserved 177 pb short repeats and to be likely derived from a tRNA gene ancestor. As in · the case of "SINE" and "Hirt" sequences, we propose a retroposition mechanism to explain the amplification of this satellite DNA. Ln several wheat cultivars, rDNA was used to probe the eventual variability consecutive ta in vitro culture of somatic or gametophytic cells. Molecular hybridizations performed between restricted wheat DNA and labelled nuclear rDNA subclones have shown a variation of the organization of the nontranscribed spacer region. Morever, we have shown that the nontranscribed region of the rDNA couId be used as a valuable molecular marker to check the development of an androgenetic process
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Chopin-Delannoy, Sandrine. "Fonction et localisation subcellulaire du récepteur nucléaire : Rev-erb[alpha]." Lille 1, 1999. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/1999/50376-1999-161.pdf.
Full textAbstract:
La famille des récepteurs nucléaires regroupe des facteurs de transcription dont l'activité dépend d'un ligand. Cependant, il existe des récepteurs dits orphelins pour lesquels on ne connaît pas de ligand. Le terme orphelin signifie que, soit ces récepteurs ont un ligand dont l'identité est inconnue, soit ils n'en n'ont pas et leur mode de fonctionnement reste alors à définir. Notre travail a porté sur l'étude du rôle biologique et la caractérisation des signaux de localisation nucléaire du récepteur orphelin Rev-erb alpha. La recherche d'un rôle biologique de Rev-erb alpha nous a conduit à l'étude de la régulation de l'expression du gène de l'apolipoprotéine AI (apoAI). En effet, les fibrates, drogues hypolipémiantes, ont un effet opposé chez l'homme, où ils activent l'expression du gène de l'apoAI, et chez les rongeurs, ou ils le répriment. Nous avons montré que chez le rat, Rev-erb alpha possède un élément de réponse dans le promoteur de l'apoAI, ce qui lui permet de réprimer ce gène<br>Par ailleurs, chez l'homme, la transcription de Rev-erb alpha est induite par les fibrates via le récepteur PPAR alpha qui se fixe sur l'élément de réponse qui permet à Rev-erb alpha de réprimer son propre gène. Ces données suggèrent une régulation complexe de l'expression du gène Rev-erb alpha. L'ensemble de ces résultats explique comment les fibrates peuvent agir sur le gène de l'apoAI chez le rat. Ils se fixent sur leur récepteur PPAR alpha, qui active l'expression du gène Rev-erb alpha. Le produit de ce gène réprime alors l'expression de l'apoAI. La deuxième partie de notre travail a porté sur l'étude des signaux de localisation nucléaires (NLS) des récepteurs Rev-erb. Nous avons montré que leur NLS majeur se situe dans une région inhabituelle, les doigts de zinc du domaine de fixation à l'ADN. Ce NLS est spécifique aux protéines Rev-erb, puisque le récepteur nucléaire phylogénétiquement le plus proche, ROR, ne possède pas de NLS dans cette région
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Heddi, Brahim. "Propriétés structurales et dynamiques des ADN, implications dans les mécanismes de reconnaissance ADN/protéines." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066601.
Full textAbstract:
Dans cette thèse, nous avons exploré les propriétés structurales et dynamiques des ADN-B, en interfaçant techniques expérimentales et modélisation moléculaire. Nous avons d'abord mis en évidence par RMN en solution la mécanique intrinsèque des ADN-B, qui lie étroitement les conformations BI et BII des groupements phosphate (delta31P) aux paramètres hélicoïdaux de roll (courbure), de twist (enroulement) et de déplacement des bases dans les sillons (dimensions des sillons). Ayant traduit pour la première fois les delta31P en termes de ratio BI/BII, nous avons pu quantifier la relation entre la séquence, la structure et la flexibilité dans l'ADN-B, en établissant une échelle expérimentale qui associe une probabilité de conformation à chacun des dix pas dinucléotidiques constituant l'ADN-B. En utilisant les delta31P comme une sonde, nous avons ensuite démontré sans ambiguïté que la nature des cations affecte la structure et la dynamique de la double hélice. Enfin nous avons évalué la capacité de trois champs de force (Parm98, Parmbsc0 et CHARMM27) à prédire la conformation des ADN-B. Ayant montré qu'aucun de ces champs de force n'était en mesure de rendre compte des données expérimentales, nous proposons un nouveau protocole de raffinement des structures RMN. L'application de ce protocole à la séquence cible de la protéine JunFos souligne l’importance d’avoir une vision globale de la dynamique de l’ADN pour comprendre les mécanismes de reconnaissance ADN/protéines<br>In this thesis, we investigated the structural and dynamical properties of B-DNA, interfacing experimental and modelling methods. By solution NMR, we first evidenced the intrinsic mechanics of B-DNA, i. E. The tight relationship existing between the BI and BII backbone states (delta31P) and the helical parameters of roll (curvature), twist (winding) and base displacement (groove dimensions). Having translated for the first time the delta31P in terms of BI/BII ratio, we established an experimental scale that quantified the link between the sequence, the structure and the flexibility in B-DNA, associating a number reflecting a conformational probability to each of the ten dinucleotide steps constituting the B-DNA. The next step of this work was to prove that the nature of the monovalent counterion affects the overall structure and dynamics of B-DNA, using delta31P as a very sensitive probe. Then, we tested three force fields (Parm98, Parmbsc0 and CHARMM27), comparing NMR and unrestrained MD data. We showed that none of this force field was able to correctly predict the DNA structure and dynamics. So, we proposed a new protocol to refine NMR DNA structures. This protocol applied on a sequence targeted by the Jun-Fos protein allowed to highlight how a global vision of the dynamical space explored by the DNA is determinant to understand protein/DNA recognition process
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HAN, XIAOGANG. "Etude rmn du motif i intramoleculaire forme par des oligodesoxynucleotides derives des brins riches en cytidine des telomeres et centromeres." Palaiseau, Ecole polytechnique, 1997. http://www.theses.fr/1997EPXX0040.
Full textAbstract:
Des etudes rmn multidimensionnelles ont montre que des sequences riches en cytidines adoptaient une structure constituee de deux duplexes intercales tete-beche l'un dans l'autre : le motif i. Nous etudions dans cette these la structure en motif i intramoleculaire adoptee par des oligodesoxynucleotides derivees des sequences telomeriques et centromeriques. Nous avons montre que la structure formee par la sequence d(5mcct#3c#2t#3ac#2t#3c#2) adopte le motif-i par un repliement intramoleculaire. Cette structure est stable a ph neutre, oc. Le cur de cette structure est forme par l'intercalation de quatre paires c. C#+, trois boucles liant les suites de cytidines. Dans la boucle centrale ttta, qui traverse le grand sillon, une liaison hydrogene entre les bases t8 et a11 a ete observee. Les deux boucles ttt, qui pontent les petits sillons, sont connectees par une paire symetrique t. T. Le travail concernant les sequences d(5mcct#3cct#2acct#3cc), d(5mcct#2ac#2t#3ac#2-t#2ac#2), d(5mccat#2c#2t#2ac#2at#2c#2) et d(5mccta#2c#2t#2ac#2ta#2c#2), montre une structure en motif i intramoleculaire, et la topologie de repliement est identique a celle decrite dans le cas precedent. Leur stabilite depend largement des longueurs et des compositions des boucles. La formation des appariements dans la boucle centrale et entre les deux petites boucles stabilise le motif i. Les valeurs de la temperature de denaturation thermique des sequences du telomere de bombyx d(5mcc(taacc)#3) et du centromere humain d(5mcc(attcc)#3) indiquent que les structures formees par ces deux sequences sont moins stables que les autres. Nous avons aussi etudie la possibilite de prolonger le repliement intramoleculaire en motif i, en ajoutant des sequences susceptibles de former un duplex d'adn b. L'existence de cette jonction entre le motif i et le duplex a ete observee.
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CHARRETIER, ERIC. "Mouvement des paires de bases des acides nucleiques : une etude de la forme b de l'adn et d'un complexe adn-netropsine par rmn du proton." Paris 6, 1990. http://www.theses.fr/1990PA066444.
Full textAbstract:
Nous avons etudie l'ouverture individuelle des paires de bases de l'adn sur des sequences en forme b generant une courbure et sur un complexe adn-netropsine. L'echange avec le solvant des protons imino a ete utilise pour etudier les mouvements des bases. Les temps d'echange ont ete mesures par rmn a partir des temps de relaxation et des vitesses de transfert d'aimantation a partir de l'eau. Nous avons ainsi montre que les durees de vie de l'etat ferme des paires a. T. Dans la forme b sont plus longues que pour une paire a. T. Dans la forme b de l'adn. La stabilite de ces memes paires est aussi augmentee. Ces proprietes dynamiques particulieres apparaissent de maniere cooperative. Il existe une bonne correlation entre les sequences presentant cette anomalie cinetique et celle generant une courbure. La netropsine est une drogue se fixant dans le petit sillon de l'adn sur des sequences riches en paires a. T. Nous avons mesure sur une sequence gaattc, le temps de vie du complexe. Celui-ci est court (quelques dizaines de millisecondes) et depend de la force ionique. Les durees de vie des paires de bases du site de fixation sont plus longues que sur le duplexe libre. Pour la premiere paire a. T. , la duree de vie est confondue avec le temps de vie du complexe. Ceci suggere que cette paire ne s'ouvre pas lorsque la netropsine est fixee
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Coppel, Yannick. "Études de la structure de complexes ADN-ligand par résonance magnétique nucléaire et modélisation nucléaire : sondes de chiralite de l'ADN, modèles d'AP-endonuclease." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1996. http://www.theses.fr/1996GRE10079.
Full textAbstract:
Les avancees considerables realisees dans le domaine de la synthese de fragments d'adn et des methodes d'analyse de structures, notamment en resonance magnetique nucleaire (rmn) et en modelisation moleculaire, ont permis d'ameliorer nos connaissances des interactions adn-ligand. Notre travail s'inscrit dans cette problematique. Nous avons plus particulierement etudie deux classes de molecules qui ont respectivement des applications potentielles comme (1) sondes de chiralite de l'adn ou comme (2) nucleases artificielles interagissant specifiquement au niveau des lesions abasiques (ap-lyases). A l'aide d'une approche theorique par modelisation moleculaire, nous avons evalue la capacite de reconnaissance chirale de l'adn en conformation b (helice droite) de la base de trger 9,19-methano-9,10,19,20-tetrahydrodiacridino-b,f-1,5-diazocine. Cette molecule composee de deux noyaux aromatiques formant entre eux un angle d'environ 90, existe sous la forme de deux enantiomeres 1r,5r et 1s,5s. Nous avons montre que l'enantiomere 1s,5s etait susceptible de s'associer plus fortement avec l'adn-b que l'enantiomere 1r,5r. D'autre part par la rmn et par la modelisation moleculaire, nous avons determine la structure tridimensionnelle d'un undecamere contenant en son centre un analogue chimiquement stable du site abasique de type tetrahydrofurane (x), et de sequence d(cgcacxcacgc). D(gcgtgtgtgcg). Si pour cette sequence la thymine situee en face du site abasique conserve une position intrahelicoidale, la lesion induit toutefois un coude d'environ 30. L'utilisation conjointe des techniques de rmn et modelisation moleculaire, nous a permis d'etudier egalement la reconnaissance de cette lesion par des systemes de type base-chaine-intercalant doues d'activite de coupure, et de preciser le mode d'interaction de ces ap-lyases de synthese: (1) la base est situee dans la loge abasique et probablement appariee avec la thymine qui lui fait face, selon un mode de type hoogsteen ; (2) la chaine est positionnee dans le petit sillon ; (3) l'intercalant est situe a deux paires de bases et uniquement du cote 5' du site abasique. Nous avons enfin mis en evidence par rmn que le site abasique constituait un site d'intercalation preferentiel pour l'intercalant bromure d'ethidium. L'ensemble de ces resultats constitue une base structurale importante pour la recherche de nouvelles sondes de chiralite de l'adn ou de molecules capables d'interagir specifiquement au niveau des lesions abasiques
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Pagès, Marie. "Apport de données d'ADN nucléaire à la phylogénie et à la biologie de la conservation des Ursidae." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20147.
Full textAbstract:
La famille des Ursidae comprend à l'heure actuelle huit espèces d'ours. Elle constitue un groupe des plus insolites au sein de l'ordre des Carnivores notamment en raison de ses adaptations physiologiques particulières liées à l'hibernation. Celles-ci, uniques dans le règne animal, confèrent au modèle ours un intérêt majeur en recherche médicale, en pleine expansion aux vues de ses applications cliniques potentielles, point qui sera développé en introduction de ce manuscrit. Paradoxalement, les relations de parenté entre les divers représentants des Ursidae actuels restent quant à elles à ce jour encore irrésolues. Aussi, afin de clarifier leur phylogénie, nous avons séquencé 12 gènes nucléaires pour l'ensemble des Ursidae (soit près de 8 kilobases correspondant à 6 gènes impliqués dans la cascade des hormones thyroïdiennes, 3 gènes spécifiques aux chromosomes sexuels, et 3 gènes localisés sur des autosomes). En combinant ces nouvelles données avec celles disponibles dans les banques de séquences, des reconstructions phylogénétiques en méthode du maximum de vraisemblance et analyse bayésienne ont été réalisées sur un jeu total de près de 10 kilobases d'ADN nucléaire, et ont alors permis de préciser les relations de parenté entre les espèces d'ours actuels. Par ailleurs, l'étude des gènes SRY (Sex determining region of the Y chromosome), ZFX/ZFY (Zinc Finger protein) et AMLX/AMLY (Amelogenine) a permis de développer un système moléculaire fiable de détermination du sexe des Ursidae à partir de l'ADN extrait d'échantillons non invasifs tels les poils ou les faeces. Si l'intérêt de cet outil apparaît évident pour la biologie de la conservation des ours alors que la quasi-totalité des espèces actuelles est menacée d'extinction, il ouvre également de nouvelles perspectives en paléontologie. Ce type d'analyse a en effet été appliqué à des échantillons fossiles d'ours bruns d'Afrique du Nord (Ursus arctos). Le dernier chapitre de ce manuscrit illustre alors comment la paléogénétique peut venir en renfort à la paléontologie pour interpréter la variation des formes fossiles<br>Currently, the Ursidae family includes eight bear species. They represent an unusual family within the order of the Carnivores because of their peculiar physiological adaptations related to hibernation. These physiological features, unique in the animal kingdom, make bear a unique model for medical research in full expansion because of its putative clinical applications. This point will be developed in introduction of this manuscript. Surprisingly, the phylogenetic relationships within the extant Ursid representatives remain unclear. In order to clarify their phylogeny, we sequenced 12 nuclear genes for all the Ursid species (nearly 8 kilobases corresponding to 6 genes implied in the pathway of the thyroid hormones, 3 genes specific to the sexual chromosomes, and 3 other autosomal genes). By concatenating these new data with those available in the sequence databanks, phylogenetic reconstructions (maximum likelihood and bayesian analyses) were carried out on a nuclear DNA dataset of 10 kilobases. It was then possible to refine the phylogeny of the Ursidae family. In addition, based on the study of the genes SRY (Sex determining region of the Y chromosome), ZFX/ZFY (Zinc Finger protein) and AMLX/AMLY (Amelogenine), we developed a reliable method to determine the sex of Ursidae based on the analysis of DNA extracted from non invasive samples such as hairs or faeces. If this tool has obvious implication for the conservation biology of Ursidae (most of the extant species are threatened with extinction), it also opens new prospects in palaeontology. This kind of analysis was indeed applied to samples of fossils of North African brown bears (Ursus arctos). The last chapter of this manuscript illustrates how the palaeogenetics can help palaeontology interpreting the variability of fossil forms
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Dubé, Marie-Pier. "Étude de la diversité génétique au sein des génomes nucléaire et chloroplastique chez les cinq races connues du Striga gesnerioides, une plante parasite d'importance mondiale." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26425/26425.pdf.
Full textAbstract:
La présente recherche avait pour but de révéler la diversité génétique qui existe au sein et entre différentes populations d’Afrique de l’Ouest du parasite épirhize Striga gesnerioides. Cette plante parasite plusieurs espèces appartenant à différentes familles de dicotylédones, dont le niébé (Vigna unguiculata), une légumineuse alimentaire constituant la majeure partie des protéines retrouvées dans la diète de plusieurs populations rurales des zones semi-arides d’Afrique de l’Ouest. Certains cultivars résistants ont déjà été identifiés et sont utilisés dans les programmes d’amélioration variétale. Il existe cependant plusieurs biotypes, ou races physiologiques, de S. gesnerioides, lesquels diffèrent quant à leur virulence. En utilisant trois types de marqueurs moléculaires différents, soit des marqueurs AFLP, ISSR et cpSSR, nous avons mis en évidence la quasi-absence de variabilité au sein des populations de Striga étudiées, ainsi que la très faible diversité qui existe entre les différentes populations du parasite. Nous n’avons pas non plus trouvé de marqueurs permettant de discriminer entre les races. Il semble exister une certaine structure dans la distribution géographique des populations, mais aucun groupe monophylétique n’a été obtenu sur une base « raciale », indiquant que la virulence ne joue pas encore un rôle dans leur différentiation. Quelques hypothèses ont été émises pour expliquer la faible diversité et l’absence de marqueur de races, dont le mode de reproduction autogame du parasite, ainsi qu’une origine probablement récente de la forme de Striga gesnerioides parasitant le niébé.<br>The goal of the present study was to reveal the genetic diversity within and among different West African populations of the root parasite Striga gesnerioides. This plant parasitizes many species from different dicotyledonous families, including cowpea (Vigna unguiculata), an important legume crop and the major dietary protein source for many people of the semi-arid regions of West Africa. Some resistant cowpea varieties have been identified and are used in breeding programs. However, based on host-parasite interactions in the field, various races of S. gesnerioides attacking cowpea have been identified. Using three different types of molecular markers, AFLP, ISSR and cpSSR, we showed that there is almost no genetic variability within populations. The variability between the populations was also extremely low and did not allow discrimination of the five races. A few populations were more closely related, and there was a certain geographical structure but no “racial” clustering could be seen, enhancing the fact that virulence is not yet involved in the genetic differentiation process. Possible causes of the extremely low level of genetic variability seen in S. gesnerioides are proposed including the autogamous mode of reproduction of the parasite and the hypothesis that the cowpea strain has only quite recently arisen.
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Luque, Alejandro E. "La réplication de l'ADN nucléaire dans la cellule de blé : étude des facteurs réplicatifs et mise en place d'un système viral de réplication végétale." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR28637.
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Vuidepot, Anne-Lise. "Etude structurale, par résonance magnétique nucléaire, du domaine de fixation à l'ADN de l'activateur transcriptionnel Cyp1, et de ses interactions avec l'une des cibles spécifiques." Paris 6, 1998. http://www.theses.fr/1998PA066727.
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Wasielewski, Emeric. "Détermination par résonance magnétique nucléaire de structures tridimentionnelles de peptides et de protéines : Structures tridimentionnelles de deux peptides transporteurs de fer chez les bactéries Gram-négatif.Etudes structurales et dynamiques de trois domaines du facteur humain de transcription/réparation TFIIH." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2004. http://www.theses.fr/2004STR13125.
Full textAbstract:
Les fonctions spécifiques des protéines résultent de leurs caractéristiques structurales et dynamiques. La spectroscopie de Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) est l'une des principales techniques apportant ces deux types d'informations, tant pour de petits peptides que pour des protéines plus imposantes. Cependant, les stratégies d'études se différencient selon la taille des biomolécules. Durant mon travail de thèse, je me suis attaché à l'étude structurale par spectrométrie RMN de deux types de molécules intervenant dans deux contextes biologiques différents. Le premier contexte biologique abordé est celui du métabolisme du fer chez les bactéries Gram-négatif. Les études structurales de deux sidérophores peptidiques bactériens sont présentées : l'azoverdine d'Azomonas macrocytogenes ATCC 12 334 et la pyoverdine PaA de Pseudomonas aeruginosa ATCC 15 692. Le but de ces études est la compréhension du mécanisme de reconnaissance spécifique complexe métallique sidérophore/récepteur membranaire. Nous avons adapté à l'étude de ces peptides des méthodes utilisées sur les protéines. Ceci comprend une séquence de type HNCA utilisée en abondance naturelle de 13C et l'utilisation des couplages dipolaires résiduels (RDC). Nous avons également étudié le cas de plusieurs conformères en échange chimique intermédiaire. Le second contexte biologique abordé est celui de la transcription et de la réparation de l'ADN via l'étude structurale et dynamique de trois domaines de sous-unités du facteur humain de transcription/réparation TFIIH : MAT1, p44 et p62. La première partie décrit la détermination structurale du domaine RING C3HC4 de la sous-unité MAT1. La seconde partie présente une étude sur la dynamique et les propriétés d'échange métallique du domaine RING C8 de la sous-unité p44. Enfin, la troisième partie démontre l'apport des contraintes orientationnelles issues des RDC dans l'affinement des structures tridimensionnelles du domaine PH de la sous-unité p62<br>The specific functions of proteins result from their structural and dynamic features. Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy is one of the main methods which provides these two kinds of informations both for small peptides and for larger proteins. However the investigation strategie is different depends on the size of biomolecules. My thesis work is concerned with NMR structural studies of two kinds of molecules acting with various biological contexts. The first type of molecules studied are involved in the iron-transport process of Gram-negative bacteria. Structural studies of two peptidic bacterian siderophores are presented : azoverdin from Azomonas macrocytogenes ATCC 12 334 and pyoverdin PaA from Pseudomonas aeruginosa ATCC 15 692. The aim of these NMR studies is to understand the specific recognition mechanisms between metal-complexed siderophores and their membrane receptors. We adapted methods which are routinely used in protein NMR spectroscopy to the study of these peptides. These include 13C natural abundance HNCA pulse sequence and the use of residual dipolar couplings (RDC). We studied too case of intermediate time-scale chemical exchange between several conformers. The second type of molecules investigated are protein domains involved in DNA transcription and repair. The structural and dynamic characterisation of three domains of transcription / DNA repair human factor TFIIH subunits is described. Initially the solution structure of the RING C3HC4 domain of the MAT1 subunit was solved. Afterwards the dynamic behaviour and metal exchange properties of the RING C8 domain of the p44 subunit were investigated. Finally the contribution of orientational constraints issued from residual dipolar couplings in three-dimensional structure refinement of the PH domain of the p62 subunit is demonstrated
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Naderi, Saeid. "Histoire évolutive de l’Aegagre (Capra aegagrus) et de la chèvre (C. Hircus) basée sur l’analyse du polymorphisme de l’ADN mitochondrial et nucléaire : Implications pour la conservation et pour l’origine de la domestication." Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10308.
Full textAbstract:
La chèvre (Capra hircus) est l’un des premiers ongulés domestiqués il y a plus de 10 000 ans dans le croissant fertile. L’histoire de la domestication a été abordée par l’analyse comparée de la diversité génétique des chèvres domestiques et de celle de son ancêtre sauvage (Capra aegagrus). Nous avons tout d’abord mis au point une méthode standard permettant d’établir une nomenclature claire des haplogroupes mitochondriaux, et aussi de définir de nouveaux haplogroupes lorsque cela s’avère pertinent. Cette méthode a été utilisée pour analyser 2430 séquences d’ADN mitochondrial (fragment HV1 de la région de contrôle), incluant 946 nouveaux échantillons issus de régions très peu étudiées jusqu’ici (notamment le Croissant Fertile). Les haplogroupes mitochondriaux présentent une forte diversité génétique qui est essentiellement distribuée entre haplogroupes au sein des régions géographiques. Même avec un jeu de donnée aussi important que celui-ci, il est très difficile de comprendre l’histoire de la domestication en se basant uniquement sur l’analyse des animaux domestiques. L’étude conjointe de la diversité des chèvres et de leurs ancêtres sauvages (les aegagres) ont apporté les informations permettant de reconstituer l’histoire de la domestication. Ces données ont été acquises à partir de 487 aegagres issus de 43 localités recouvrant l’ensemble de l’aire de répartition de l’espèce. Chez les 308 aegagres génétiquement proches des chèvres, nous avons trouvé la signature d’une croissance démographique plus forte que chez les autres aegagres. Cela suggère un nouveau scénario de domestication de la chèvre en deux étapes. La domestication sensu stricto aurait été précédée d’une phase de gestion des troupeaux sauvages par l’homme (la pré-domestication). Ces processus se sont déroulés sur une vaste zone comprenant l’Est de l’Anatolie, l’ensemble du Zagros, le Plateau Iranien Central et le Nord Est de l’Iran, où les aegagres génétiquement proches des chèvres sont toujours présents. L’analyse comparée de la diversité nucléaire et mitochondriale chez les chèvres et les aegagres démontre qu’une grande partie de la diversité génétique sauvage a été capturée par les domestiques. Il n’y a donc pas eu de goulot d’étranglement au moment de la domestication de la chèvre. Ce scénario est très différent des modèles précédents qui mettaient en avant des processus à échelle réduite, avec des centres de domestication très localisés et une forte réduction de diversité génétique<br>The goat (Capra hircus) was one of the first domesticated ungulates in Fertile Crescent more than 10,000 years ago. For investigating the evolutionary history and domestication process of this species, we studied its present genetic diversity and that of its wild progenitor, the bezoar (Capra aegagrus). Initially, the study of 2430 individuals from all over the old world allowed us to characterize the genetic diversity of domestic goats. This study included 946 new individuals from regions poorly studied until now, mainly the Fertile Crescent. The analysis concerned the HVI segment of the control region of the mtDNA. This large-scale study allowed to establish a clear nomenclature of the goat maternal haplogroups and also to assess the pertinence of defining new haplogroups. We found a large genetic diversity that was mainly distributed among goat haplogroups within geographical areas. However, even with such a huge data set, it remains difficult to understand the domestication history by the genetic analysis of domestic goats on its own. Therefore, to fully understand the domestication process, we compared the polymorphism of 487 modern bezoars from 43 localities covering most of their distribution areas to that of the 2430 goats. Based on mtDNA data, we found that 308 bezoars were close relatives to the six goat mtDNA haplogroups. They showed a higher population growth rate than other bezoars. This data supports a new two-step large-scale domestication scenario for goats. After an early phase of sustainable management of wild herds by humans (pre-domestication phase), the effective domestication took place over a large area. This area included Eastern Anatolia, the whole Zagros, the Central Iranian Plateau and the North-Eastern of Iran where wilds close-to-domestics are still present. The combined analysis of mtDNA and nuclear DNA polymorphisms for bezoars and domestic goats, demonstrated that a large genetic diversity, corresponding to a large number of mtDNA haplotypes, was captured at the initial step of the effective domestication. The first domesticated goats were able to capture most of the genetic diversity of their wild ancestors and clearly, the goats do not fit the bottleneck domestication paradigm. This scenario is very different from previous models, which call for restricted domestication centres and population bottlenecks
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Tazibt, Karima. "Etude du récepteur nucléaire stéroïdien ERR en complexe avec ADN et ligands par une approche de biologie structurale intégrative." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ114/document.
Full textAbstract:
Les récepteurs nucléaires régulent l’expression des gènes importants pour le développement et l’homéostasie des cellules eucaryotes. Si certains d’entre eux sont activés par la liaison d’un ligand naturel, d’autres, comme le récepteur ERR, sont orphelins et ne possèdent pas de ligand naturel connu à ce jour. ERR se lie via son domaine DBD sur un élément de réponse ERRE au niveau des régions promotrices des gènes et son activité peut être modulée par la liaison de ligands synthétiques antagonistes. Par une approche de biologie structurale intégrative combinant biochimie, biophysique et cristallographie aux rayons-X, mon travail de thèse consistait en l’étude de l’organisation structurale d’ERR pour comprendre les mécanismes d’antagonisme induits par le ligand agoniste inverse XCT-790, et la topologie qu’il adopte en interagissant avec l’ADN. Mon projet était axé sur l’étude des domaines modulaires DBD et LBD en complexe avec ADN et ligand transposée à l’étude fonctionnelle du récepteur entier. Par un important travail biochimique, j’ai mis en place les protocoles de purification de ces protéines et caractérisé biophysiquement la stabilité et la stœchiométrie des complexes avec ADN et ligand. J’ai mis en évidence que le ligand XCT-790 se lie sur chacun des monomères de LBD avec une forte affinité et que le DBD interagit avec un ERRE sous la forme d’un monomère. De multiples essais de cristallisation ont abouti à l’obtention de cristaux pour les complexes avec le LBD et le DBD ayant diffracté respectivement jusqu’à 3,5 Å et 7 Å de résolution sans néanmoins pouvoir en déterminer les structures. L’ensemble de ces résultats permettent de conclure que le DBD est monomérique sur les ERRE et IR3 et semble être dimérique sur l’élément de réponse combiné ERRE/ERE. La topologie qu’adopte ERR sur l’ADN est dictée par la liaison de ligand et serait la conséquence d’une communication allostérique entre les domaines modulaires. Ces connaissances acquises faciliteront la détermination structurale d’ERR entier par cristallographie aux rayons-X ou par cryo-microscopie électronique<br>Nuclear receptors regulate expression of important genes involved in development and homeostasis in eukaryotic cells. While some of them are regulated by the binding of a natural ligand, others, like ERR, are orphan and don’t have any natural ligand identified up to now. ERR binds to ERRE response elements through its DBD on promoter regions of genes and its activity can be modulated by the binding of synthetic antagonist ligands. By an integrative structural biology approach, my thesis work consisted in the study of the structural organization of ERR to understand the antagonism mechanisms induced by the inverse agonist XCT-790, and the adopted topology upon binding to DNA. My project focused on the study of the modular domains DBD and LBD complexes with DNA and ligand and extended to the functional study of the whole receptor. Thanks to significant biochemical work, I set up the purification protocols for these proteins and characterized by biophysics the stability and stoichiometry of the DNA and ligand complexes. This work revealed that XCT-790 binds on each LBD monomer with high affinity and that the DBD interacts to an ERRE as a monomer. Many crystallization trials led to crystals for the LBD and DBD complexes that diffracted respectively up to 3.5 Å and 7 Å of resolution but no structure could be determined. These results allow to conclude that the DBD is monomeric on the ERRE and IR3 and appears to be dimeric on the combined response element ERRE/ERE. The topology adopted by ERR on DNA is guided by the ligand binding and might be the consequence for an allosteric communication between the modular domains. These results provide the basis for a future structure determination of the full ERR by X-ray crystallography and cryo electron microscopy
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Cherrak, Ilham. "Importance du nombre et de la variété des contraintes RMN dans l'évaluation de la structure d'oligonucléotides contenant les L-nucléotides." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066127.
Full text
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Dessauw, Dominique. "Étude des facteurs de la stérilité du bananier (Musa spp. ) et des relations cytotaxinomiques entre M. Acuminata Colla et M. Balbisiana Colla." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112397.
Full textAbstract:
Deux espèces participent à la constitution génétique des bananiers comestibles Musa acuminata COLLA et M balbisiana COLLA (2n = 22). La détermination cytophotométrique des teneurs en ADN nucléaire de 3 clones appartenant aux 2 espèces précédentes n'a pas mis en évidence de différence inter ou intra-spécifique. La masse d'ADN est de 2,7 pg par noyau 2C. Les associations chromosomiques en méiose sont bonnes entre les 2 espèces aux niveaux 2n, 3n et 4n. Actuellement, aucune différence significative ne peut être mise en évidence entre les 2 génomes. Des remaniements chromosomiques réduisent la fertilité. Ils peuvent résulter de l'hybridation entre individus appartenant à des zones de diversification différentes. Une corrélation significative existe entre le taux de tétrades sphériques et la fertilité pollinique, ce qui conduirait à donner une signification particulière à l'orientation des 2 mitoses homéotypiques de la diade. La stérilité femelle d'origine chromosomique Des clones parthénocarpiques est accrue par une stérilité génique résultant de déviations de la formation des sacs embryonnaires, de la suppression de la fécondation et de l'avortement précoce des graines (relations d'incompatibilité entre l'embryon et l'albumen) Les tétraploïdes seminifères obtenus par traitement de plantules à la colchicine ont montré un ralentissement de la croissance et une réduction du nombre de fleurs femelles et de la fertilité femelle. 3 quadrivalents potentiels sont formés par cellule en méiose. La fertilité mâle des 4n est bonne avec une distinction morphologique des gamétophytes nette t 2n. L'importance du rôle des clones séminifères dans le programme d'amélioration du bananier est discutée<br>Two species are involved in the genetic background of edible bananas Musa acuminata Colla and M. B albisiana Colla (2n = 22). Inter or intra-specific differences do not exist between nuclear DNA amounts of 3 clones of the 2 species, determined by Feulgen cytophotometry. Nuclear DNA content amounst to 2. 7 pq per 2C nucleus. Meiotic chromosome pairing is good between both species at 2n, 3n and 4n levels. In the present state of knowledge, no significant difference can be shown between the 2 genomes. Chromosome changes reduce fertility. They result from hybridization between individuals of different geographic areas. Rate of spherical tetrads and pollen fertility are significantly correlated, which could give a special meaning to the orientation of the 2 homeotypic mitosis of the dyad. Female fertility of chromosome origin is increased in edible clones by embryo-sac development or fertilization failure and by abnormal relationships between embryo and endosperm. The wild tetraploids induced by colchicine treatment of seedlings have a slower growth rate and reduced numbers of female flowers and a lower female fertility. A mean of 3 potential quadrivalents are formed in the PMC. Tetraploid male fertility is good with a possibility of morphological separation of haploid and diploid gametophytes. Wild bananas interest in breeding scheme is discussed
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Dsouli-Aymes, Najla. "Contribution à la phylogénie du genre Stomoxys (Diptera, Muscidae) et à la phylogéographie du Stomoxys calcitrans (L. 1758)." Montpellier 3, 2009. http://www.theses.fr/2009MON30033.
Full textAbstract:
Le genre Stomoxys comprend 18 espèces reconnues (Zumpt, 1973), dont seule Stomoxys calcitrans est devenue cosmopolite. L’analyse phylogénétique montre la paraphylie du genre Stomoxys, due à l’inclusion de Prostomoxys saegerae dans le groupe. Les constructions phylogénétiques présentent trois clades distincts, qui correspondent bien à la biogéographie. L’émergence basale de S. Indicus suggère une origine Orientale du genre Stomoxys vers la fin de l’Oligocène. La divergence moléculaire, estimée à 16. 3 millions d’années, entre S. Niger niger et S. Niger bilineatus propose l’élévation de ces deux sous-espèces au rang d’espèces. L’étude phylogéographique de S. Calcitrans montre la présence d’une lignée Orientale bien différenciée du reste. Les indices de diversité présument l’existence de deux zones de refuge. La première zone serait orientale, dont la recolonisation est limitée. La deuxième zone est probablement africaine, et a permis la recolonisation des autres régions. Le temps d’expansion de S. Calcitrans est vraisemblablement lié au processus de domestication et/ou à la dernière période de glaciation<br>The Stomoxys genus includes 18 recognized species (Zumpt, 1973), only Stomoxys calcitrans became cosmopolitan. The phylogenetic analysis shows the Stomoxys paraphyly, due to the inclusion of Prostomoxys saegerae in the group. Phylogenetic constructions present three distinct clades, which correspond to the biogeography. The basal emergence of S. Indicus suggests an Oriental origin of the Stomoxys genus, around the end of the Oligocene. The molecular divergence, estimated at 16. 3 million years, between S. Niger niger and S. Niger bilineatus proposes the rise of these two subspecies to the rank of species. S. Calcitrans phylogeographic study shows the presence of an Oriental lineage differentiated from the remainder. The diversity indices suppose the existence of two refugia. The first one would be in the Oriental region, with restricted recolonisation. The second one is probably African, and allowed the recolonisation of the other regions. The time expansion of S. Calcitrans is probably related to the process of domestication and/or to the last glaciation period
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Leriche, Emma-Dune. "Dendrimères polyamidoamines : synthèse, caractérisation structurale et étude de complexes non covalents polyamidoamines / ADN." Rouen, 2013. http://www.theses.fr/2013ROUES044.
Full textAbstract:
Ces travaux de thèse s’articulent autour de trois grands axes de recherche : snthèse et modification chimique des deux classes de PAMAMs : la synthèse des PAMAMs a été réalisée selon l’approche divergente de Tomalia. Les modifications chimiques des fonctions de surface ont impliqué le greffage d’acides aminés - phénylalanine, histidine et glycine- ou de groupements phényle, de telles modifications pouvant moduler leur bioactivité et biocompatibilité. Les PAMAMs synthétisés et modifiés ont été caractérisés par spectrométrie de masse (MS), spectrométrie de mobilité ionique couplée à la MS (IM-MS) ainsi que par résonance magnétique nucléaire. Etude des structures défectueuses des PAMAMs : la voie de synthèse choisie génère, outre les produits attendus, divers produits secondaires. La séparation, l’identification et la quantification de ces structures défectueuses ont été appréhendées par couplage de la MS avec diverses techniques séparatives dont l’électrophorèse capillaire, la chromatographie liquide à interaction hydrophile, la chromatographie sur couche mince et la spectrométrie de mobilité ionique. L’apport, la complémentarité et les limites de chaque approche sont discutés. Etude des complexes non-covalents PAMAM/ADN : les stœchiométries, stabilités, constantes de dissociation des complexes ainsi que l’affinité des ligands pour l’ADN ont été déterminées pour divers dendriplexes par ESI-MS et IM-MS. L’intérêt de l’IM-MS est ici démontré pour séparer, mettre en évidence les différentes espèces présentes dans les échantillons (dendriplexes, simple-brin, duplexe et quadruplexe d’ADN, etc…), diminuer la complexité des spectres et améliorer la qualité spectrale<br>This thesis is composed of three main research areas: Synthesis and chemical modification of PAMAMs: PAMAMs were synthetized according to the divergent approach of Tomalia. In order to modulate their bioactivity and biocompatibility, chemical modifications of the surface end-groups were carried out by grafting amino acids - phenylalanine, histidine and glycine- or phenyl groups. Native and modified-PAMAMs were characterized by mass spectrometry (MS), ion mobility spectrometry coupled to MS (IM-MS) and nuclear magnetic resonance (NMR). Study of defective structures of PAMAMs: the divergent synthesis generated, in addition to the expected products, various byproducts that needed to be identified and characterized. The separation, identification and quantification of these defective structures were achieved by coupling MS with various separation techniques: capillary electrophoresis, hydrophilic interaction liquid chromatography, thin layer chromatography or the ion mobility spectrometry. The contribution, complementarity and limits of each approach are discussed. Study of non-covalent complexes PAMAM/DNA: the stoichiometries, stabilities, dissociation constants of complexes were determined by ESI-MS and IM-MS for various dendriplexes. IM-MS was found particularly useful to separate and highlight the different species present in the samples (dendriplexes, DNA duplex and quadruplex, single-stranded DNA, etc. . . ), reduce the complexity of the spectra and improve spectral quality
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Rivière, Lise. "Étude des facteurs viraux impliqués dans l'import nucléaire du génome du HIV-1 et dans l'infection des cellules en arrêt de croissance." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2009. http://www.theses.fr/2009ENSL0514.
Full textAbstract:
Les lentivirus tels que le HIV-1 ont la capacité, unique parmi les Retroviridae, à infecter efficacement les cellules en arrêt de croissance. Cette propriété est importantes in vivo, puisqu'elle permet l'infection de cellules différenciées, comme les macrophages et les cellules dentritiques, qui sont parmi les premières cellules infectées dans l'organisme. Ceci implique le passage du génome des Lentivirus à travers une membrane nucléaire intacte, indépendamment de sa dissocation qui a lieu lors de la mitose. Cet import nucléaire semble être actif, et dépendant d'éléments nucléophiles présents dans les complexes nucléoprotéiques des Lentivirus. Dans le cas du HIV-1, 4 facteurs potentiellement nucléophiles ont été identifiés : les protéines matrice (MA), intégrase (IN) et Vpr, ainsi qu'une structure à trois brins dans l'ADN viral néo-synthétisé, l'ADN flap, dont la formation dépend des séquences cPPT et CTS. Cependant, malgré les nombreuses études menées, le rôle de ces éléments dans l'import nucléaire du génome viral reste controversé. Nous avons donc voulu réaliser une étude globale afin de réévaluer la contribution relative de ces différents éléments dans cette étape, dans le contexte des différentes cellules ciblées lors de l'infection par le HIV-1. Parmi les éléments étudiés, l'ADN flap est le seul élément qui joue un rôle dans l'import nucléaire, alors que les protéines MA, IN et Vpr ne sont pas nécessaires. Cependant, le rôle joué par l'ADN flap n'est que partiel, et n'est pas détectable dans tous les types cellulaires étudiés. De plus, son rôle est indépendant du fait que les cellules se divisent ou non. Ceci suggère, d'une part, que le passage à travers le pore nucléaire pourrait être une étape nécessaire pour l'infection lentivirale, et ces données suggèrent, d'autre paert, l'existence d'autres facteurs nucléophiles dans les complexes nucléoprotéiques du HIV-1. De plus, nos résultats suggèrent que la capside pourrait être impliquée dans l'infection des cellules en arrêt de croissance, mais semble influencer une étape différente de l'import nucléaire<br>Lentiviruses such as HIV-1 have the unique ability among Retroviridae to infect efficiently non-dividing cells. This property is important in vivo because it allows the infection of differentiated cells, like macrophages and dendritic cells, that are among the first targets of HIV-1 in the organism. This implies the import of the viral genome through an intact nuclear envelope, independently of its dissociation occuring during mitosis. This nuclear import seems to be active and dependant on nucleophilic elements present within Lentiviruses nucleoproteic complexes. For HIV-1, 4 potentially nucleophilic factors have been identified : the viral proteins matrix (MA), integrase (IN) and Vpr, as well as a three stranded structure in HIV-1 neosynthsized DNA, the DNA flap, whose formation depends on the cPPT and CTS sequences. However, although several studies have been carried out in the past, the role of these elements in the nuclear import of the viral genome is still controversial. We decided to realize a global study in order to reassess the relative contribution of these different elements in this step in the context of the different primary cell targets of HIV-1 infection. Among the elements we examined here the DNA flap was the sole element to play a role in nuclear import, whereas MA, IN and Vpr proteins were dispensable. However, the DNA flap only played a partial role, which was not apparent in all cell types and was independent from theirs cycling status. This suggests on one hand that passage through the nuclear pore may be common step during lentiviral infection and on the other, it suggests the existence of additional nucleophilic elements within HIV-1 nucleoproteic complexes. Moreover, in agreement with recent studies, our results suggest that the capside seems to be involved in the infection of non-dividing cells, but influences a step different from nuclear import
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Ishak, Layal. "Etude de la Poly(ADP-ribosyl)ation dans un contexte des cassures double-brins des ADN nucléaire et mitochondriaux chez Drosophila melanogaster." Thesis, Clermont-Ferrand 2, 2016. http://www.theses.fr/2016CLF22685.
Full textAbstract:
L’ADN cellulaire qu’il soit nucléaire ou mitochondrial est constamment soumis à l’action de stress d’origine exogène ou même endogène à la base d’altérations plus ou moins profondes de sa structure. Ces modifications chimiques sont très variées et peuvent aller de l’oxydation d’une base aux cassures double-brins de la molécule d’ADN. Ces dernières sont considérées comme les dommages les plus agressifs pour la cellule car peuvent conduire à la perte d’information et donc à la mort cellulaire. Parmi les systèmes de surveillance de la stabilité du génome figure la Poly(ADP-ribosyl)ation (PARylation). Cette modification post-traductionnelle est assurée essentiellement par les protéines PARP et PARG et est caractérisée par l’incorporation des polymères d’ADP ribose (pADPr) sur des protéines cibles. La PARylation constitue un élément clé dans plusieurs voies de maintien de l’intégrité génomique (BER, NHEJ, HR). La PARylation est aussi décrite au niveau de la mitochondrie mais son rôle dans la gestion des DSBs de l’ADNmt n’est pas connu. Le travail, objet de cette thèse, consiste à étudier le rôle de la PARylation dans le cas des DSB au niveau général chez la drosophile et ensuite de comprendre les mécanismes de gestion des DSB mitochondriales et évaluer l’implication de la PARylation dans ce processus. Nos résultats montrent que : (1) le comportement de la PARylation ne varie pas au cours du processus de cassures et de réparation de l’ADN nucléaire, alors que l’expression des ARNm de PARP-I et PARP-II augmente durant la phase de réparation ; (2) les cassures de l’ADN mitochondrial, induites par la bléomycine, entraînent une augmentation du nombre de copies de l’ADNmt. Cette augmentation transitoire de la quantité de l’ADNmt est observée durant la phase des dommages et retourne à la valeur initiale durant la phase de la réparation. Ce comportement semble être régulé par PARP. L’ensemble de ces résultats suggère que la réparation des DSBs est indépendante de la PARylation au niveau nucléaire mais que la présence de PARP est importante. De plus, PARP semble avoir un rôle dans la régulation de la réplication de l’ADNmt en réponse à un stress génotoxique<br>Both nuclear and mitochondrial DNA alterationsarise following exposure to environmental and endogenous stresses. These genomic alterations are various, ranging from base oxidation to DNA strand breaks, single- and double-strand breaks. These damages are highly detrimental to the cell because they can lead to loss of genetic information and thus to cell death. However, cells have developed various mechanisms to counteract this biological issue and to lead up to a complex DNA damage response (DDR). The Poly (ADP- ribosyl) ation (PARylation) is among these DDR systems. This post-translational modification is mainly carried out by PARP and PARG proteins and is characterized by the incorporation of polymers of ADP-ribose on target proteins. The majority of the PARylationfunctions are related to cellular stress response, particulary in response to genomic damages where it is implicated in many DNA integrity pathways such as Base Excision Repair, Non Homologous End Joining and Homologous Recombination. In contrast to the nucleus, PARylation is also described in the mitochondria but its role in mtDNA integrityis still a heavily debate issue, particularly in case of mtDNA DSBs.To understand it, we used Drosophila model wherePARP-B isoform (human PARP-1 ortholog) is the only enzymatically active form in Drosophila PARP family. The aim of this thesis is to study the role of PARylation in response to DSBs induction in nucleus and mitochondrial DNAand then to understand the mechanisms involved in mtDNA integrity and to evaluate the role of PARylation in this process. Our results show that PARylation level remains stable during DSBs induction and also during repair process,contrary to what is shown in Human cells.However, PARP-I and PARP-II mRNA expression increase during repair period. In mitochondria compartment,our data show an increase of mtDNA copy number in presence of mtDNA DSBs. This increased level returns to normal during repair period and seems to be dependent on PARP. All these results suggest that DSBs repair is PARylation independent at the nuclear level but that the presence of PARP is important. In addition, PARP appears to have a role in the regulation of mtDNA replication in response to genotoxic stress
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Haouane, Hicham. "Origines, domestication et diversification variétale chez l’olivier (Olea europaea L.) à l’ouest de la Méditerranée." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2012. http://www.theses.fr/2012NSAM0044/document.
Full textAbstract:
Les oliviers cultivés et leurs parents sauvages (oléastres), représentent deux variétés botaniques de l'espèce Olea europaea, subsp. var. europaea et var. sylvestris, respectivement. Selon des études génétiques et archéobotaniques antérieures, l'existence de populations d'oléastres dans l'est et l'ouest du bassin méditerranéen remonte à avant le néolithique. La domestication de l'olivier aurait eu lieu au moins dans ces deux zones. Néanmoins, la lignée maternelle qui caractérise les oléastres de l'est de la Méditerranée est majoritaire au sein des variétés méditerranéennes. Une telle signature génétique est probablement le résultat de migrations humaines essentiellement d'est en ouest. En dépit de ces travaux, les origines et les processus de diversification à l'ouest de la méditerranée demeurent méconnus. L'objectif de cette thèse est d'étudier les origines et les processus de diversification chez l'olivier à l'ouest de la Méditerranée. Deux hypothèses sont formulées: (i) une co-existence entre variétés sélectionnées localement et variétés introduites à partir de l'est de la Méditerranée et maintenues par clonage, (ii) une sélection à partir des formes de l'est introgressées par les populations locales à l'ouest de la Méditerranée. Dans une première partie, nous avons examiné les processus de diversification par une analyse des pratiques paysannes à une échelle localisée et dans une zone d'extrême diffusion : le Maroc. Il s'agissait de comprendre comment les paysans traitent la diversité variétale dans un contexte fortement impacté par une seule et même variété, la ‘Picholine marocaine'. Sur la base d'enquêtes semi-dirigées menées auprès des paysans dans les agro-écosystèmes traditionnels et selon une approche d'ethnobiologie, nous avons mis en évidence l'importance des logiques de classifications locales (usage, origine, âge, conservation de l'huile, méthode de propagation…) dans le traitement, le maintien et la gestion de la diversité variétale. Nos résultats montrent la présence d'un système de dénomination basée sur des catégories englobantes où les types d'oliviers sont regroupés sous des noms génériques en fonction des critères socioculturels et techniques plutôt que sur des critères morphologiques. Nous avons montré que ces catégories sont définies par des contours permissifs permettant aux types d'oliviers d'être classées dans plusieurs catégories. Nous soutenons l'hypothèse que ce système de classification permet de maintenir la diversité et est une force motrice pour la diversification variétale dans ces agro-écosystèmes caractérisés par une faible diversité d'oliviers. Dans une seconde partie, nous avons examiné les processus de diversification variétale par une approche basée sur la phylogéographie à l'échelle de la Méditerranée. Les analyses génétiques des variétés méditerranéennes d'olivier basées sur l'utilisation des marqueurs microsatellites nucléaires et chloroplastiques selon une approche bayésienne montrent une structure génétique est-ouest. La plupart des variétés de l'ouest de la méditerranée ont une lignée maternelle de l'est mais un génome nucléaire proche du "pool" génétique de l'ouest de la Méditerranée, ce qui indique une sélection à partir des formes de l'est introgressées par le "pool" génétique ouest et suggère que la sélection des oliviers à partir du semis n'a pas cessé aux premières étapes de domestication. Nos analyses sur les pratiques paysannes montrant que l'oléastre issu de semis fait partie intégrante de l'agro-écosystème et fait l'objet de sélection et d'usage (greffage sur oléastre, utilisation de l'huile de l'oléastre), ce qui plaide en faveur de l'hypothèse de l'introgression. En adoptant l'approche ABC (Approximative Bayesianne Computation), nous montrons que le scénario basé sur l'introgression des oliviers de l'est par les oléastres de l'ouest est le plus probable avec une introgression<br>Olive cultivars and their wild relatives (also named oleasters) represent two botanical varieties of Olea europaea subsp. europaea, respectively var. europaea and var. sylvestris. Archaeobotanical and genetic studies showed the occurrence of Oleasters populations in east and west Mediterranean areas before the Neolithic. The domestication of the olive tree has taken place at least in these two areas. However, the maternal lineage that characterizes the eastern Mediterranean oleasters predominates among Mediterranean olive varieties. Such genetic signature is probably the result of human migrations mainly from east to west. Nevertheless, the origins and processes of olive diversification in the western Mediterranean remain unknown. The objective of this thesis is to study the origins and processes of olive diversification in the western Mediterranean areas. Two assumptions are formulated: (i) a co-existence between locally selected and introduced olive varieties from the eastern Mediterranean and maintained by cloning, (ii) a selection from the eastern olive varieties and their introgression by local populations of the western Mediterranean pool. Firstly, we examined the process of olive diversification through analysis of farming practices on a localized scale and in an area of extreme diffusion, in Morocco. Our aim is to understand how farmers treat the olive varietal diversity in a highly impacted context by a single variety, the ‘Picholine marocaine'. Based on semi-structured surveys conducted with farmers in traditional agro-ecosystems and using an approach of ethnobiology, we highlighted the importance of local classification logic (use, origin, age, conservation oil, propagation methods ...) in the treatment, maintenance and management of the varietal diversity. Our results show the presence of a naming system based on inclusive categories which olives types are grouped under generic names based on cultural and technical criteria rather than morphological criteria. We have shown that these categories are defined by permissive contours allowing the olive types to be classified in several categories. We support the hypothesis that this classification system helps to maintain diversity and is a driving force for varietal diversification in these agro-ecosystems characterized by a low diversity of olive trees. Secondly, we examined the varietal olive diversification process by an approach based on a phylogeographic study at a Mediterranean scale. Genetic analyses of Mediterranean olive varieties based on the nuclear and chloroplast microsatellites markers and a Bayesian approach show an east-west genetic structure. Most of western olive varieties have a maternal lineage of the oleasters Mediterranean east, but a nuclear genome close to the gene pool of western Mediterranean, indicating a selection from the eastern forms that were introgressed by the western Mediterranean gene pool and suggests that selection from seedling has not ceased in the early stages of domestication. Our analyzes on the farmers' practices show that oleasters from seedling is an integral part of the agroecosystem and are subject to selection and use (grafting, use of oil oleasters), which argues in favor of the introgression hypothesis. By adopting the ABC approach (Approximate Computation Bayesianne), we show that the scenario based on the introgression of olive varieties of the east by the western oleasters is the most likely scenario. We enrich the knowledge about the domestication process in the western Mediterranean by crossing analysis of farmers' practices and phylogeographic study of olive trees in the Mediterranean basin. Results were discussed with respect to ex-situ versus in-situ conservation and with the questions raised by the evolution of plant diversity involving clonal and sexual propagation
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Iraçabal, Béatrice. "Etude de la variabilité phénétique chez les basidiomycètes Agaricus bisporus et Pleurotus species : polymorphisme isoenzymatique et polymorphisme de la longueur des fragments de restriction des génomes nucléaire et mitochondrial." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR28321.
Full textAbstract:
Notre étude a porté sur la mise en évidence du polymorphisme isoenzymatique et génomique chez Agaricus bisporus et Pleurotus species. L'analyse de neuf activités enzymatiques (6 oxydoréductases et 3 hydrolases) chez P. Cornucopiae a montré que le polymorphisme (défini par le nombre d'isoenzymes détectés par activité) et la variabilité isoenzymatique (représentée par le nombre de zymogrammes différents pour un échantillon donné) étaient liés pour la plupart des activités étudiées. Cependant, deux oxydoréductases, peu polymorphes ont révélé une forte variabilité chez P. Cornupiae comme chez A. Bisporus. Ce résultat est à rapprocher du rôle de ces deux activités dans la morphogenèse. L'analyse du polymorphisme de la longueur des fragments de restriction (RFLP) de l'ADN ribosomique (ADNr) chez P. Cornucopiae a montré, pour la première fois chez un basidiomycète, l'existence de 2 types d'unités ADNr au sein d'une même espèce. Chaque type est défini par des sites de restriction spécifiques. Des variations de la région intergénique entre les gènes 25S et 5S ont été mises en évidence pour chaque type. Deux unités ADNr de même type et de longueur différente peuvent coexister chez une même souche. Nous avons montré que la variabilité de longueur pouvait résulter de délétions de séquences répétées directes constituant la région intergénique. Une onde spécifique de l'unité ADNr de P. Cornucopiae a montré un niveau élevé d'hétérogénéité de l'ADNr chez 11 espèces du genre Pleurococus et a permis de développer une méhode d'analyse numérique pour la systématique de Pleurotus. Chez A. Bisporus, l'étude des marqueurs RFLP nucléaires et mitochondriaux a permis d'obtenir : (i) la mise en évidence d'une diversité génomique à l'aide d'un marqueur ribosomique (ii) une relation entre le polymorphisme nucléaire et les phénotypes des variétés industrielles ainsi que la détection d'un niveau élevé d'hétéromorphisme entre les deux noyaux haploides de certaines variétés, et (iii) la distinction de deux types mitochondriaux. Les marqueurs isoenzymatiques et RFLP caractérisés dans cette thèse apportent une contribution importante pour la caractérisation variétale et l'amélioration génétique chez les espèces cultivées A. Bisporus et F cornupiae<br>To obtain markers suitable for estimation of genetic variability of the basidiomycetes Agaricus bisporus and Pleurotus species, our study was focused on isozyme and genome polymorphism in this species. Analysis of nine activities (6 oxidoreductases and 3 hydrolases) in P. Cornupiae has showed that isozyme polymorphism (defined by the number of isozyme detected by activity) and isozyme variability (represented by the number of zymograms) were related for most of the activities. However, two oxidoreductases showing a low polymorphism have revealed a high variability in P. Cornupiae as in A. Bisporus. This result should be related in the involvement of these two activities in morphogenesis. Analysis of restriction fragment length polymorphism (RFLP) of ribosomal (rDNA) showed for the first time in basidiomycetes, existence of two types of rDNA units in the same species. Each type is defined by specific restriction sites. Length variations of the intergenic region between the 25S and 5S genes were evidenced for each type. Two rDNA units of the same type but having length variations can coexist in the same strain. We have showed that length variability could result from deletions of direct repeat sequences, constituting intergenic region. A specific probe of the unit rDNA of P. Cornucopiae showed a high level of heterogeneity of rDNA in 11 Pleurotus species and allowed to develop a numeral analysis for Pleurotus systematics. In A. Bisporus, study of nuclear and mitochondrial RFLP markers allowed to obtain (i) for the first time in this species evidence of genetic diversity by using a ribosomal marker, (ii) relationship between nuclear polymorphism and industrial strain phenotypes as well as detection of high level of heteromorphism between haploid nuclei of some varieties, and (iii) distinction of two mitochondrial types Isozyme and RFLP markers which have been characterized by this work constitute an important contribution to varietal characterization and genetic improvement of the cultivated species A. Bisporus and F. Cornucopiae
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Breuil, Norman. "Conséquences de dysfonctionnements mitochondriaux chez le nématode Caenorhabditis elegans : étude de trois gènes nucléaire ant-1.1, osgl-1 et atp-9." Paris 11, 2009. http://www.theses.fr/2009PA112363.
Full textAbstract:
Les maladies mitochondriales sont des pathologies qui se traduisent par des dysfonctionnements neuromusculaires graves. Au niveau moléculaire, ces mutations affectent in fine le fonctionnement de la chaîne respiratoire, la structure du réseau mitochondrial et la stabilité du génome mitochondrial. Une meilleure compréhension de la physiopathologie sous-jacente à ces maladies nécessite le développement de modèles expérimentaux. Le nématode Caenorhabditis elegans a été choisi comme organisme modèle pour étudier certaines de ces pathologies. La famille de gènes nucléaires codant pour le transporteur mitochondrial de nucléotides adényliques, dont des dysfonctions sont à l'origine de l'ophtalmoplégie externe progressive, a été caractérisée chez le nématode. Les résultats établis ont permis l'obtention de souches transgéniques exprimant certains allèles mutants de l'homologue humain. Nous avons par ailleurs cherché à identifier le rôle joué par la protéine universelle OSGL-1 dans la physiologie mitochondriale. Nos résultats indiquent que cette protéine est impliquée dans la stabilité du génome mitochondrial. Ce gène pourrait donc constituer un nouveau gène-candidat pour les maladies associées à des altérations du génome mitochondrial. Enfin, une souche présentant une mutation dominante du gène nucléaire atp-9, codant pour l'une des sous-unités du complexe V de la chaîne respiratoire, a pu être isolée. Ce mutant récapitule la plupart des phénotypes observés chez des patients présentant des défauts du complexe V, et constitue donc un nouveau modèle d'étude pour les pathologies associées à un dysfonctionnement de l'ATP synthétase<br>Mitochondrial diseases result in alterations of neuromuscular functions. At the molecular level these changes affect in fine the mitochondrial respiratory chain, the mitochondrial network and the mitochondrial genome stability. A better understanding of the mechanisms underlying the physiopathology of these diseases requires the development of novel animal experimental models. The nematode Caenorhabditis elegans was used as a model organism to elucidate the mechanistic bases of some of these pathologies and to provide new animal model for these human diseases. The family of nuclear genes encoding the mitochondrial adenine nucleotide translocator, whose dysfunctions could cause the progressive external ophthalmoplegia has been functionally characterized in the nematode. Results obtained allowed us to generate transgenic C. Elegans strains expressing mutant alleles of the human homologue. We also explored the role of the universal protein OSGL-1 in the mitochondrial physiology. Our results indicate that this protein is involved in mitochondrial genome stability and could therefore be a new candidate gene for human diseases associated with alterations of the mitochondrial genome. Finally, a C. Elegans strain with a dominant mutation in the nuclear gene atp-9 encoding a subunit of the respiratory chain complex V, has been isolated. This mutant summarizes most of the phenotypes observed in patients with mitochondrial disorders (alteration of mitochondrial network, increased oxidative stress and apoptosis) and could therefore, constitute a novel model to study diseases associated with ATP synthase deficiency
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Frenal, Karine. "Caractérisation structurale et fonctionnelle de TgDRE : une enzyme de réparation de l' ADN du parasite Toxoplasma gondii." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066031.
Full text
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Hazan, Corinne. "Recherche d'inhibiteurs de haute affinité de l'ADN polymérase bêta par criblage virtuel et RMN." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/279/.
Full textAbstract:
L'ADN polymérase Beta est une cible pharmacologique de la progression tumorale et de la résistance aux traitements anti-tumoraux et de certaines maladies neuro-dégénératives. Plusieurs inhibiteurs de pol Beta ont déjà été identifiés, mais leur affinité est insuffisante pour un développement pharmacologique. L'approche par fragment permet de concevoir des molécules de haute affinité, en liant de façon covalente deux fragments d'affinité moyenne pour pol Beta, se fixant dans deux sites disjoints mais proches. Le premier fragment, l'acide pamoique, est issu de la littérature (Kd 13 µM). La caractérisation structurale de son interaction avec pol Beta a permis de déterminer deux sites adjacents au site de fixation de l'acide pamoique. Un criblage virtuel de 28714 fragments, combiné à un criblage par RMN pour vérifier la distance entre l'acide pamoique et les fragments testés, a permis de sélectionner 4 fragments. Ces fragments ont été utilisés pour créer 4 molécules hybrides acide amoique-linker-fragment. Des tests de réplication in vitro d'ADN par pol Beta ont montré que deux des molécules synthétisées avaient une activité inhibitrice significativement meilleure que l'acide pamoique<br>DNA polymerase Beta is a pharmacological target involved in tumor progression, cisplatin resistance and neuro-degenerative diseases. Even if molecules leading to pol Beta inhibition have already been discovered, there is a great interest in identifying inhibitors with higher affinity. SAR (Structure Activity Relationship) by NMR is a strategy that allows the design of high affinity molecules, by tethering together two micromolar affinity small molecules for pol Beta that bind to proximal subsites of the target. The first fragment, pamoic acid, was already known. The structural characterization of the complex pol Beta - pamoic acid was helpful in identifying two adjacent sites to pamoic acid binding site. A virtual screening of 28714 fragments, combined to NMR screening, led to selecting 4 fragments, whose binding site was close enough to pamoic acid binding site. Four hybrid molecules, of the form pamoic acid-linker-fragment, have been synthesized and tested for their ability to inhibit in vitro replication by pol Beta. Two of them showed increased inhibition compared to pamoic acid
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Campagne, Sébastien. "Déterminants structuraux de la reconnaissance spécifique de l'ADN par le domaine THAP de hTHAP1 et implications dans la dystonie DYT6." Toulouse 3, 2010. http://thesesups.ups-tlse.fr/901/.
Full textAbstract:
La famille des protéines THAP est caractérisée par la présence d'un motif protéique, le domaine THAP. Le domaine THAP de la protéine hTHAP1 défini un nouveau motif de coordination du zinc de type C2CH responsable de l'activité de liaison à l'ADN nécessaire pour la fonction de facteur de transcription de la protéine hTHAP1, plus particulièrement impliqué dans la régulation de la prolifération cellulaire. Le domaine THAP est caractérisé sur le plan structural par un repliement atypique présentant une coordination tétraédrique du zinc et une longue insertion entre les deux paires de ligand du zinc adoptant un repliement de type ßaß. Le mode de reconnaissance spécifique de l'ADN du domaine THAP a été élucidé par Résonance Magnétique Nucléaire. Ce domaine reconnaît la cible ADN consensus 5'-TXXGGGCA-3' en établissant des contacts bases spécifiques par l'intermédiaire de son extrémité N-terminale, son brin ß, la boucle L3 et la boucle L4. La résolution de structure du complexe THAP-ADN permet de comprendre comment le domaine THAP va reconnaître spécifiquement l'ADN, l'étape initiale permettant la régulation transcriptionnelle réalisée par hTHAP1. Récemment, des mutations sur le gène de hTHAP1 ont été génétiquement reliées à l'apparition d'une maladie neurodégénérative, la dystonie DYT6. Certaines de ces mutations perturbent la fonction du domaine THAP de hTHAP1 mettant ainsi en évidence que l'activité de liaison à l'ADN de hTHAP1 et la fonction de hTHAP1 sont cruciales pour le maintien de l'intégrité des voies neuronales motrices<br>The THAP protein family is characterized by the presence of a protein motif designed the THAP domain. The THAP domain of hTHAP1 defines a new C2CH zinc coordination motif responsive of the DNA binding essential for transcription factor function of the hTHAP1 protein implicated in cell proliferation regulation. On the structural frame, the THAP domain is characterized by an atypical fold including C2CH zinc coordination and the long insertion between the two zinc ligand pairs adopt a ßaß fold. Specific DNA binding mode has been structurally characterized using Nuclear Magnetic Resonance. This domain binds to 5'-TXXGGGCA-3' consensus DNA target establishing bases specific contacts using its N-terminal loop, its ß-sheet, its loop L3 and its loop L4. Solution structure of the THAP-DNA complex explain how the THAP domain binds specifically to DNA, the first step of the transcriptional regulation mediated by hTHAP1. Recently, mutations in hTHAP1 gene have been genetically linked to the development of dystonia DYT6, a neurodegenerative disease. Some of these mutations disrupt THAP domain of hTHAP1 function highlighting that the DNA binding activity of hTHAP1 and hTHAP1 function are essential to maintain motor neuronal ways
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Fontanilla, Ramirez Paula Victoria. "Role of Lamin B1 dysregulation in two Enabling Forces of Cancer : Genome Instability and Inflammation Le vieillissement Une histoire de dommages de l’ADN, d’enveloppe nucléaire altérée et d’inflammation ?" Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL053.
Full textAbstract:
La Lamine B1 (LMNB1) est un composant principal de la lamine nucléaire (LN), un élément structurel principal de l'enveloppe nucléaire. La LMNB1 est impliquée dans la régulation de nombreuses fonctions cellulaires au-delà de son rôle structural de l’enveloppe nucléaire. La dérégulation de la Lamine B1 a été observée dans plusieurs types de tumeurs. Néanmoins, aujourd'hui, les causes ou les conséquences de ces altérations restent inconnues. Il est à noter que les cellules cancéreuses ont une signature englobée dans le terme « caractéristiques du cancer ». Des études récentes relient deux de ses caractéristiques et forces habilitantes à la transition du cancer : l’instabilité du génome et l'inflammation du microenvironnement tumoral par la présence dans le compartiment cytoplasmique de fragments d’ADN nucléaire dérivé de la persistance des dommages à l’ADN. Par la suite, ces fragments d’ADN sont détectés par des senseurs cytoplasmiques et déclenchent la réponse immunitaire innée. Au cours de mon projet de thèse, je me suis intéressée à l’influence de l’augmentation de la Lamine B1 sur la stabilité du génome, plus précisément, dans l'induction du stress de réplicatif et de la voie de recombinaison homologue (RH), une voie principale de réparation des cassures a double-brin (CDB). En effet, nous montrons que les niveaux augmentés de Lamin B1 conduisent à l’accumulation de DSB et à l’augmentation des foyers de pRPA spontanés dans les cellules en phase S associés à l’activation de pCHK1. De plus, lors de la surexpression de la laminB1, les cellules présentent une sensibilité accrue à la camptothécine. Les cellules surexprimant la Lamin B1 présentent également une incidence élevée de figures radiales lors du traitement à la mitomycine C couplée à une efficacité réduite de la réparation des cassures a double-brin par recombinaison homologue (HR). Fait intéressant, dans les cellules surexprimant la Lamin B1, la formation de foyers de BRCA1 et RAD51 est altérée post irradiation et lors d’un stress réplicatif induit chimiquement. De plus, nous avons obtenu des données préliminaires suggérant une possible signalisation défectueuse de protéines impliquées dans la réparation des dommages à l’ADN, expliquant la déficience de HR observée. De plus, la Lamin B1 augmentée est associée à une sensibilité à une drogue utilisée dans le traitement de types spécifiques de tumeurs. Pour évaluer l'impact de l'augmentation des niveaux de Lamin B1 dans l'induction d'une réponse inflammatoire, nous avons établi un modèle cellulaire inductible TET-LMNB1 contrôlé par la doxycycline. De manière remarquable, le traitement à la doxycycline dans les cellules TET-LMNB1 favorise l'augmentation des facteurs inflammatoires et confirme l'altération de la RH précédemment observée. Dans l'ensemble, nos données mettent en évidence un nouveau rôle de la Lamin B1. En effet, l'augmentation de cette protéine contribue à l'induction de l'instabilité du génome à travers l'augmentation du stress réplicatif, et l'altération de la réparation du DSB par recombinaison homologue. L'induction de facteurs inflammatoires observés, suggère que la Lamin B1 pourrait participer à la relation récemment décrite de deux caractéristiques du cancer, l'instabilité génomique et l'inflammation<br>Lamin B1 (LMNB1) is a main element of the nuclear lamina (NL), a main structural component of the nuclear envelope. LMNB1 is involved in the regulation of many cellular functions beyond promoting structure and support to the nuclear compartment. Interestingly, Lamin B1 dysregulations have been reported in several types of tumors, especially an increase of lamin B1 expression. Yet, today the causes or consequences of this alterations remain elusive. Of note, cancer cells are characterized by signature features encompassed in the term hallmarks of cancer. Recent reports link two enabling forces to the cancer transition, the instability of the genome and the tumor-promoting inflammation by the presence of DNA damage-derived self-DNA in the cytoplasmic compartment. Subsequently, DNA is sensed by cytoplasmic sensors and triggers the innate immune response. During my thesis project, I focused on the influence of Lamin B1 increase in the stability of genome. Specifically, in the induction of replication stress and homologous recombination pathway, a main double-strand break (DSB) repair pathway. Indeed, we evidence that augmented Lamin B1 levels lead to the accumulation of DSBs and the augmentation of spontaneous pRPA foci in S-phase cells along with the activation of pCHK1. Additionally, upon lamin B1 overexpression, cells present an acute sensitivity to camptothecin. Lamin B1 overexpressing cells also display an increased incidence of radial figures upon Mitomycin C treatment coupled with a decreased efficiency of DSB repair by homologous recombination (HR). Interestingly, in cells overexpressing Lamin B1, BRCA1 and RAD51 foci formation was impaired upon irradiation and replication stress chemically induced. In addition, we obtained preliminary data suggesting a possible defective signaling, plausibly explaining the HR impairment observed. Moreover, augmented Lamin B1 associate with sensitivity to a chemical factor used in the treatment of specific types of tumors. Furthermore, to assess the impact of increasing Lamin B1 levels in the induction of an inflammatory response, we establish a TET-LMNB1 inducible cell model controlled by doxycycline. Remarkably, doxycycline treatment in TET-LMNB1 cells promotes the augmentation of inflammatory factors and confirms the impairment of HR previously observed. Altogether, our data highlights a new role of Lamin B1 overexpression in the induction of genome instability through the increase of replication stress and the impairment of DSB repair by homologous recombination. Moreover, the induction of inflammatory factors observed upon Laming B1, suggest that Lamin B1 might participate in the recently described crosstalk of two hallmarks of cancer, genomic instability and inflammation
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Khan, Shahid Nawaz. "Exploration par résonance magnétique de l'espace conformationnel et de la dynamique du facteur de transcription partiellement désordonné Engrailed-2." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066146/document.
Full textAbstract:
Les protéines intrinsèquement désordonnées (IDP), dépourvues d’une structure rigide et stable, constituent une classe de protéines diverses et fonctionnellement importantes. La résonance magnétique nucléaire (RMN) est une technique spectroscopique bien établie pour caractériser les propriétés conformationnelles et dynamiques des IDP avec une résolution atomique. L’espace conformationnel, en général large et varié, des IPD en fait une cible difficile pour la biologie structurale dont le but est de déterminer avec précision et exactitude les propriétés structurales, dynamique et physico-chimiques qui sous-tendent la fonction des macromolécules biologiques. Ce manuscrit présente une étude biophysique détaillée de la région intrinsèquement désordonnée (IDR) du facteur de transcription Engrailed-2, avant tout par RMN. Après une présentation de cette homéoprotéine, nous décrivons les protocoles d’expression et de purification de cette protéine isotopiquement marquée. Nous introduisons ensuite une nouvelle approche pour la caractérisation des mouvements pico- et nanoseconde des protéines intrinsèquement désordonnées à partir de données de relaxation des spins nucléaires enregistrées à plusieurs champs magnétiques. Les effets de relaxation paramagnétique (PRE) ont été utilisés pour identifier des interactions transitoires entre la région désordonnée et l’homéodomaine d’Engrailed-2. L’interaction d’Engrailed-2 avec l’ADN a été étudiée en détail en utilisant l’anisotropie de fluorescence sur une série de constructions de la protéine, afin de mettre en lumière le rôle de la partie désordonnée dans l’interaction avec l’ADN. Nous avons également employé la résonance paramagnétique électronique pour tenter de détecter une interaction potentielle entre le noyau hydrophobe de l’hexapeptide dans la région désordonnée et l’homéodomaine. Les couplages dipolaires résiduels (RDC) dans les paires 1H-15N, Cα-Hα et Cα-C′ ont également été mesurés sur des échantillons d’Engrailed en milieu anisotrope. Ces données seront essentielles pour reconstituer l’espace conformationnel d’Engrailed 2. L’ensemble des approches présentées a permis de constituer un socle solide de connaissances qui permettent de mieux comprendre les propriétés conformationnelles, dynamiques et fonctionnelles de l’IDR d’Engrailed-2<br>Intrinsically Disordered Proteins (IDPs), which lack a stable rigid structure constitute a large and functionally important class of proteins. Nuclear Magnetic Resonance (NMR) is a well-established technique to characterize the structural and dynamical features of IDPs at atomic resolution. The broad conformational space of IDPs makes them challenging targets for structural biology to define their precise structural features and motions, the physical and chemical properties that underlie their biological functions. The present thesis establishes biophysical investigation of the disordered region of the transcription factor Engrailed-2 (13.5 kDa) primarily by NMR. After describing the protocol of expression and purification of the isotopically labeled protein, we present a novel approach to characterize the pico – nano second motions in IDPs using nuclear spin relaxation data at multiple fields. Paramagnetic Relaxation Enhancements (PREs) are used to identify transient long-range interactions between the disordered region and the folded homeodomain of Engrailed-2. Binding to DNA was studied by fluorescence anisotropy and highlights the role of the disordered region in the DNA binding. We used Electron Paramagnetic Resonance (EPR) to probe the potential interaction between the hydrophobic cluster (hexapeptide) in the disordered region and the homeodomain. The one-bond 1H-15N, Cα-Hα and Cα-C′ residual dipolar couplings (RDCs) measured for Engrailed-2 provide important constraints for the refinement of the conformational space of Engrailed_2. All these approaches provide valuable insights in understanding the structural, dynamical and functional properties of this IDP
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Hodroj, Dana. "Du pore nucléaire à l'endommagement de l'ADN : l'aller et retour de Ddx19 médié par ATR pour résoudre des conflits entre la transcription et la réplication." Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20121.
Full textAbstract:
Les cellules sont constamment exposées à des agents endommageant de l'ADN d'origine exogène, notamment les rayons ultraviolets, les irradiations γ, et l'exposition aux agents chimiques génotoxiques, mais également d'origine endogène générés par le métabolisme cellulaire. De plus en plus d'évidences montrent que la transcription est un processus biologique qui peut mettre en péril l'intégrité du génome. Un mécanisme actuellement très étudié qui lie la transcription à l'instabilité génomique est la formation des boucles R (R-loops), des structures hybrides ARN:ADN qui exposent un ADN simple brin déplacé. Ces structures aberrantes se présentent en tant que sous-produits de la transcription et/ou lors de l'interférence entre la réplication et la transcription, et plus récemment ils ont été montrées s'accumuler lorsque la biogénèse de l'ARNm est perturbée. La persistance des boucles R est une source importante d'instabilité génomique car elle peut générer des cassures double brin de l'ADN et favoriser la recombinaison. Pour faire face aux conséquences néfastes des endommagements de l'ADN, les cellules activent une cascade élaborée de voies de signalisation qui permet de coordonner la prolifération cellulaire avec la réparation de l'ADN. L'ensemble de ces acteurs moléculaires constitue un réseau de réponse aux dommages de l'ADN qui est indispensable pour la stabilité génomique. Récemment chez la levure, l'activation transitoire de ce réseau a été également proposée être important dans la coordination de la transcription et de la réplication, afin d'éviter d'une part des contraintes topologiques et d'autre part la formation de structures aberrantes générées lors de conflits entre ces deux processus cellulaires essentiels. Dans la perspective d'identifier des nouveaux gènes impliqués dans ce réseau de signalisation, un crible fonctionnel in vitro précédemment établi au laboratoire a conduit à l'identification de Ddx19, une hélicase à motif DEAD-box, en tant que nouvel élément répondant à l'endommagement de l'ADN. Ddx19 interagit avec le pore nucléaire via CAN/Nup214, et il est impliqué dans l'export des ARNm grâce à son activité hélicase et ATPase, stimulé par les facteurs IP6 et Gle1. Le présent travail de thèse dévoile une nouvelle fonction de Ddx19 distincte de son rôle connu dans l'export de l'ARNm. Je pu montrer que, lors de l'induction des dommages à l'ADN par les rayons UV, Ddx19 se relocalise transitoirement de la face cytoplasmique du nucléopore vers le noyau de façon dépendant d'ATR. L'inactivation de Ddx19 entraîne des endommagements spontanées dépendant de la prolifération, démontré par l'activation de la voie de signalisation d'ATM-Chk2 et la formation de foyers nucléaires de γH2AX et 53BP1. Ces phénotypes sont concomitants avec le ralentissement des fourches de réplication qui ne peuvent plus redémarrer après leur blocage par la camptothécine. En outre, les cellules déplétées de Ddx19 présentent une forte accumulation des boucles R nucléaires, enrichi dans le compartiment nucléolaire, et aussi autour de la périphérie nucléaire. Par ailleurs, ces cellules présentent une viabilité réduite et une létalité synthétique lorsque la déplétion de Ddx19 est combinée avec l'inhibition de l'expression de la topoisomérase I. Je propose Ddx19 comme deuxième hélicase nécessaire pour la résolution des boucles R, et qui fonctionne à côté mais de façon indépendante de la Senataxin, l'hélicase précédemment connue pour résoudre ces structures in vivo chez les cellules de mammifères. Je démontre que cette nouvelle fonction de Ddx19 ne dépend pas de son interaction avec le pore nucléaire, mais plutôt de son activité hélicase et d'un résidu de sérine phosphorylée par Chk1 qui stimule sa relocalisation vers le noyau. Ces données proposent Ddx19 en tant que nouvelle ARN hélicase qui facilite la coordination de la réplication et la transcription, médiée par ATR à travers de la résolution des boucles R, préservant ainsi l'intégrité du génome<br>Cells are continuously challenged by DNA damage resulting from external cues as UV light, γ-irradiation and exposure to genotoxic chemicals, as well as from endogenous stress caused by cellular metabolism. Growing evidence points to transcription as a biological process that could adversely affect genome integrity. One currently highly investigated mechanism by which transcription can induce genome instability is through the formation of R-loops, RNA:DNA hybrid structures exposing a displaced single-stranded DNA tract. These aberrant structures occur as byproducts of transcription and/or upon interference between replication and transcription, and more recently were also shown to accumulate upon disruption of mRNA biogenesis and processing. Persistent unresolved R-loops are a potent source of genomic instability as they ultimately generate double strand breaks and promote recombination events. To deal with the deleterious consequences of DNA damage, cells activate elaborate DNA damage response (DDR) pathways to delay cell division and stimulate repair of lesions, thus preserving genome stability. Recently in yeast transient DDR activation has also been proposed to be important in the coordination of transcription and replication, in order to avoid topological constraints and the formation of aberrant structures generated upon collision of their machineries. By means of an in vitro screen aimed at identifying new DDR genes, we isolated Ddx19, a DEAD-Box helicase known to be involved in mRNA export, as a novel DNA damage responsive gene. Ddx19 interacts with the nucleopore complex via nucleoporin CAN/Nup214, and is involved in mRNA remodelling and export through its ATPase and helicase activities, stimulated by IP6 and the Gle1 factor. My present thesis work unravels a novel function of Ddx19 in preserving genome stability in mammalian cells, distinct from its known role in mRNA export. I show that upon UV-induced damage, Ddx19 transiently relocalizes from the cytoplasmic face of the nucleopore to the nucleus in an ATR-dependent manner. Downregulation of Ddx19 gives rise to spontaneous, proliferation-dependent DNA damage, as determined by the specific activation of the ATM-Chk2 pathway and formation of γH2AX and 53BP1 nuclear foci. This is concomitant with the slowing down of replication forks that are unable to restart after being stalled with camptothecin. In addition, cells depleted of Ddx19 display strong accumulation of nuclear R-loops, enriched in the nucleolar compartment, and around the nuclear periphery. Moreover, these cells show low viability and exhibited synthetic lethality when combined with inhibition of topoisomerase I expression. I propose Ddx19 as a second helicase required for R-loops resolution, functioning alongside but independently of Senataxin, the first known RNA helicase to resolve these structures in vivo in mammalian cells. I provide evidence that this new function of Ddx19 does not depend on its interaction with the nuclear pore, but rather on its helicase activity and on a serine residue phosphorylated by Chk1 which promotes its relocalization into the nucleus upon damage. These data put forward Ddx19 as a novel RNA helicase that facilitates ATR-dependent coordination of DNA replication and transcription through R-loops resolution, thus preserving genome integrity
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Ros, Isabelle. "Étude de la protéine Kin, une protéine nucléaire impliquée dans les mécanismes de réplication, recombinaison et réparation de l'ADN : approche neuroanatomique chez le rat au cours du développement postnatal, associée à une approche polygraphique chez l'animal adulte." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO1T107.
Full text
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Barbault, Florent. "Etude par RMN et modélisation moléculaire des structures de la séquence ARN initiant la dimérisation chez VIH-1Lai et de son analogue ADN." Phd thesis, Université d'Orléans, 2001. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00009954.
Full textAbstract:
Le génome du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est constitué, comme tous les rétrovirus, de deux copies identiques d'ARN génomique. Celles-ci sont liées de manière non covalente au niveau de leur région 5'-terminale. Ce phénomène de dimérisation interfère avec différentes étapes clés du cycle rétroviral. C'est pourquoi, l'inhibition de la dimérisation représente une nouvelle voie de traitement potentiel du VIH. La première partie de ce travail porte sur la séquence d'ARN SL1 initiant la dimérisation chez VIH-1Lai. Nous nous sommes intéressés à la détermination structurale, par RMN et modélisation moléculaire, des espèces présentes dans le processus de dimérisation sous forme instable. Après avoir isolé les deux différents dimère d'ARN, nous avons mis en évidence la structure du dimère stable qui permet d'avancer des hypothèses quant à leur stabilité relative. La seconde partie de ce travail porte sur l'étude du fragment désoxyribose de SL1. Là encore, deux conformères de stabilité différente sont isolables. Le dimère instable s'organise sous forme de “kissing-complex” et représente la première structure de ce type élucidée pour un ADN. La structure du dimère stable demeure de type “kissing-complex” bien que présentant des différences à l'origine du changement de stabilité. La présence du groupement hydroxyle distinguant l'ADN de l'ARN explique cette différence de comportement. Ces investigations structurales constituent une solide base d'étude dans les stratégies de “drug-design” impliquant le développement d'inhibiteurs susceptibles d'interférer avec le phénomène de dimérisation.
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Bessière, Damien. "Le domaine THAP de THAP1 : structure par RMN en solution et interaction avec l'ADN." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/175/.
Full textAbstract:
La famille des protéines THAP est caractérisée par la présence d'un motif protéique, le domaine THAP, conservé au cours de l'évolution et retrouvé dans une centaine de protéines chez l'homme et les organismes animaux modèles. La protéine THAP1 humaine est impliquée dans la régulation du cycle cellulaire dans la voie pRb/E2F et dans la prolifération cellulaire. Le domaine THAP de THAP1 est un motif de liaison à l'ADN de type C-X2-4-C-X35-50-C-X2-H, séquence-spécifique et dépendant du zinc. Nous avons déterminé la structure tridimensionnelle du domaine THAP de THAP1 par Résonance Magnétique Nucléaire en solution. Ce doigt de zinc atypique de ~ 80 résidus se distingue par la présence d'un long motif beta\alpha\beta entre les deux paires de ligands de coordination au zinc C2CH. Nous avons étudié la liaison du domaine THAP de THAP1 à sa séquence ADN spécifiquement reconnue en déterminant une constante de dissociation spécifique par Résonance Plasmonique de Surface et en réalisant des expériences d'empreinte RMN de façon à identifier les résidus impliqués dans la liaison à l'ADN. La combinaison des données de variation de déplacement chimique avec des données de mutagénèse dirigée nous a permis de localiser l'interface de liaison à l'ADN du domaine, correspondant à une zone chargée positivement, et de construire un modèle d'interaction protéine-ADN rendant compte d'une reconnaissance originale<br>The THAP proteins family is characterised by the presence of a protein motif, designed the THAP domain, conserved during evolution and found in a thousand of human and model animal organism proteins. Human THAP1 protein is a regulator of the cell cycle through pRB/E2F pathway. The THAP domain of THAP1 is a C-X2-4-C-X35-50-C-X2-H type of zinc binding module with sequence specific DNA-binding properties. We solved the three-dimensional structure of the THAP domain of THAP1 by solution Nuclear Magnetic Resonance. This atypical zinc finger of ~ 80 residues is distinguished by the presence of a long beta\alpha\beta motif between the two pairs of the C2CH zinc coordinating residues. We studied the DNA-binding of the THAP domain of THAP1 by the determination of a specific dissociation constant with Surface Plasmon Resonance studies and by performing chemical shift mapping in order to identify DNA-binding affected residues. Combining the chemical shift perturbation data with mutagenesis data allowed us to map the DNA-binding interface of the domain to a highly positively charged area and to build a DNA-protein interaction model showing an original way of recognition
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Pouget, Jean-Pierre. "Effet du rayonnement ionisant sur l'ADN cellulaire : Mesure des bases puriques et pyrimidiques modifiées." Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA11T012.
Full textAbstract:
Nous avons mesuré plusieurs modifications de bases dans l'ADN de monocytes, exposés au rayonnement y du 60Co, à la lumière UV LASER de haute intensité, ou soumis à un flux de particules de 12C6+. Nous avons eu recours à deux approches complémentaires. La première a impliqué les méthodes de chromatographie liquide haute performance ou gazeuse couplées à une détection par spectrométrie de masse (CLHP-SM/SM ou CG-SM) ou par électrochimie (CLHP-DE). Ces différentes techniques ont permis la mesure du niveau basal et du taux de formation de 7 lésions. La deuxième approche était basée sur l'utilisation de la méthode des comètes associée aux enzymes de réparation Fpg et endo III. La méthode, sous sa forme standard, permet de mettre en évidence les cassures simple et double brin ainsi que les sites alcali-labiles de l'ADN. Associée à Fpg et endo III, elle a permis de quantifier respectivement des purines et des pyrimidines modifiées. La confrontation des deux approches et le recours à d'autres agents oxydants comme le rayonnement UVA ou des photosensibilisateurs exogènes, a permis de calibrer la méthode afin d’estimer le niveau des différentes classes de lésions. Il ressort de ces travaux que l'approche indirecte, bien que moins spécifique est moins sujette aux problèmes d'oxydation des bases normales rencontrés lors de la préparation et de l'analyse des échantillons par les méthodes chromatographiques d 'analyse. Toutefois, lorsque ces problèmes d'oxydation sont pris en considération dans les mesures analytiques, les deux approches donnent approximativement les mêmes valeurs. Dans le cas contraire, des variations d 'un facteur 100 à 1000 peuvent être observées. Ainsi, il apparaît aujourd'hui que la plupart des travaux antérieurs concernant la mesure des bases modifiées de l'ADN par la méthode CG-SM doivent être reconsidérés<br>The main objective of the current project was to measure DNA base damage in the DNA of a monocytic cell line exposed to y-ray,UV LASER pulses orto 12C6+ particles. For this purpose, two approaches were developed. The first one consisted of chromatographie methods including high performance liquid or gas chromatography assay coupled with either an electrochemical (HPLC-EC) or a mass spectrometry detection (HPLC-MS/MS, GC-MS). After optimisation, the latter methods allowed the measurement of the level of 7 base lesions. An indirect approach based on the cornet assay associated to DNA N-glycosylases was also applied. The latter method, under its standard form, allowed the detection of single and double strand breaks together with alkali-labile sites. Associated to DNA repair enzymes such as Fpg and endo III, it allowed the measurement of modified purines and pyrimidines, respectively. Lt was possible to calibrate the modified cornet assay in order to evaluate the level of the previous classes of lesions. For this purpose, cells were also exposed to UVA and exogenous photosensitisers. Although the cornet assay associated to Fpg and endo III can suffer from a lack of specificity, it was shown to be less subject to the artefactual oxidation ofthe normal bases which occurs during the preparation of the samples prior to their analysis by HPLC-EC or GC-MS. However, when much attention is devoted to reduce these drawbacks, indirect and direct approaches give approximately the same values. These levels are at least 100 fold lower than those reported by many previous studies involving the use of GC-MS assay. Therefore, many results inferred from the latter method have today to be reconsidered
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Delaleau, Mildred. "Import nucléaire de la capside du virus de l’hépatite B et libération du génome viral." Thesis, Bordeaux 2, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR21870/document.
Full textAbstract:
Le virus de l’hépatite B (VHB) est un virus du foie qui cause 1 à 2 millions de morts chaque année. Approximativement 400 millions d’individus sont infectés chroniquement. Le VHB est un virus enveloppé et comprend un génome ADN de ~3.2 kbp au sein d’une capside icosaédrique. La capside est formée de 240 copies d’une protéine unique appelée Core ou protéine de la capside. Durant l’infection, la capside est importée dans le noyau pour libérer le génome viral. L’import est facilité au travers du complexe du pore nucléaire (NPC) en utilisant des récepteurs de transport nucléaire. Des biopsies réalisées sur des patients infectés par le VHB ont montrées que les capsides nucléaires sont issues de l’entrée nucléaire mais aussi de protéines Core nouvellement traduites.Ce travail analyse l’import nucléaire de la capside du VHB et la libération du génome viral. Nous avons montré que les imports des protéines Core et de la capside suivent des systèmes d’import différents. Il a été démontré à partir de tests d’import nucléaire basés sur des cellules perméabilisées par la digitonine que les capsides utilisent l’hétérodimère des importines α et β. Cette découverte est en accord avec de précédentes observations qui ont également démontrées l’exposition de NLS à la surface de la capside, sur lequel s’attache l’importine α. Des expériences de contrôle utilisant le GST-NLS ont permis de démontrer que la fixation du NLS sur l’importine nécessite une interaction avec l’importine pour la stabilisation du complex de l’import. En analysant l’import nucléaire de la protéine Core non assemblée, nous avons pu observer un import basé uniquement sur l’interaction avec l’importine β, ce qui implique que la protéine Core présente un domaine IBB et non un NLS. Le transport a travers le NPC se termine par l’arrivée des capsides dans le panier nucléaire, qui est une structure en cage, du côté nucléaire. En accord avec la littérature, nous avons observé une liaison de l’importine β sur le domaine C-terminal de la Nup153. L’ajout de RanGTP, qui dissocie les complexes d’import, ne dissocie pas l’importine β de ce domaine, ce qui permet d’émettre l’hypothèse qu’un autre domaine de la Nup153 est impliqué. Contrairement aux autres cargos, la capside du VHB est stoppée dans le panier nucléaire par sont interaction avec la Nup153. Puisque le domaine de liaison de l’importine β chevauche celui de la capside, l’importine β doit se dissocier de la Nup153. L’interaction capside-Nup153 est supposée déstabiliser la capside et permettre la libération du génome viral dans le noyau et la diffusion des protéines Core en supériorité numérique par rapport à la Nup153.En conséquence, les capsides montrent une instabilité, comme nous l’avons démontré par chromatographie d’exclusion de taille, révélant non seulement la capside mais aussi ses intermédiaires d’association/dissociation. Ces expériences sont limitées aux capsides recombinantes car elles nécessitent une grande quantité d’échantillons. Dans le but de confirmer l’instabilité des autres capsides (matures et immatures), nous avons analysé l’accessibilité des acides nucléiques encapsidés pour la nucléase S7. Les résultats ont confirmé une dissociation in vitro partielle pour toutes les capsides, mais avec une cinétique lente, ce qui n’est pas cohérent avec la réaction in vivo. En analysant l’impact de la Nup153 sur cette accessibilité, nous observons qu’un facteur nucléaire supplémentaire, présent du moins dans les cellules hépatiques, accélère la cinétique de dissociation<br>The hepatitis B virus (HBV) is a hepatotropic virus which causes 1 to 2 million of death every year. Approximately 400 million individuals are chronically infected. HBV is enveloped and comprises a DNA genome of ~3.2 kbp within an icosaedral capsid. The capsid is formed by 240 copies of one single protein species termed core or capsid protein. During the infection, the capsid is imported to the nucleus in order to release the viral genome. The import is facilitated through the nuclear pore complex (NPC) using nuclear transport receptors. Biopsies of HBV-infected patients show nuclear capsids, which are derived from nuclear entry of the capsid but also from nuclear import of progeny core proteins.This work investigates the nuclear import of the HBV capsid and the release of the viral genome. We showed that the imports of core protein and capsid follow different pathways. Capsids were shown to use the heterodimer of importin α and β for nuclear import as it was demonstrated by nuclear import essay, based on digitonin-permeabilised cells. This finding is consistent with earlier observations, which also demonstrated the exposure of NLS on the capsid surface, to which importin attaches. Control experiments using GST-NLS demonstrated that binding of the NLS to importin required interaction with importin for stabilization of the import complex. Analysing the nuclear import of the unassembled core protein we observed an import based on interaction with only importin β implying that the core protein expose an importin -binding domain rather than an NLS.The transport through the NPC is terminated with the arrival of a cargo capsid in the nuclear basket, which is a cage like structure at the nuclear side of the NPC. Consistent with the literature we observed an attachment of importin to the C terminal domain of Nup153. Addition of RanGTP, which dissociates import complexes, did not dissociate importin from this domain, which led to the hypothesis that other Nup153 domains are involved. In contrast to other karyophilic cargos HBV capsids become arrested within the nuclear basket by capsid-Nup153 interaction. As the binding site of importin overlaps with the binding site of the capsid such importin -Nup153 interaction has to be dissociated. The subsequent capsid-Nup153 interaction was thought to destabilize the capsid allowing liberation of the viral genome into the nuclear and the diffusion of core proteins, supernumerous with regard to the Nup153 molecules, deeper into the nucleus. Accordingly, capsids show an imminent instability as we demonstrated by separation of capsids using size exclusion chromatography revealing not only capsids but assembly/disassembly intermediates. These experiments were limited to recombinant, E. coli-expressed due to the high amounts needed. To confirm the instability of other capsids e.g. genome-containing ones, we analyzed the accessibility of the capsid enclosed nucleic acids to the S7 nuclease. The results confirmed partial dissociation in vitro similar for all capsids but with a slow kinetic, which is not coherent with the in vivo reaction. Investigating the impact of Nup153 we observed that an additional nuclear factor, present in at least hepatoma cells accelerates the dissociation kinetic
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Sirvent, Audrey. "Le récepteur nucléaire FXR : identification de nouveaux gènes cibles impliqués dans le contrôle du métabolisme lipidique et étude de l'effet de la phosphorylation sur son activité." Lille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004LIL2S030.
Full textAbstract:
FXR (farnesoid X receptor) est un récepteur nucléaire activé par les acides biliaires. Principalement exprimé au niveau du foie, de l'intestin et des reins, il est impliqué dans la régulation du métabolisme des acides biliaires mais aussi des lipides et des lipoprotéines. Le but des travaux réalisés au cours de cette thèse a été dans un premier temps de mettre en évidence de nouveaux gènes cibles de FXR, par une approche globale d'analyse de l'expression des gènes, puis, d'étudier avec plus de précision le mode d'action de FXR sur ses gènes cibles et l'effet de la phosphorylation sur l'activité de ce récepteur nucléaire. Dans une première partie, la recherche de nouveaux gènes cibles de FXR a été effectuée, afin de mieux comprendre le rôle joué par FXR dans le métabolisme des lipides. Pour cela, une analyse sur « puces à ADN » a été réalisée en utilisant des ARN extraits de cellules HepG2 traitées avec le ligand naturel ainsi qu'avec un agoniste synthétique de FXR. Deux nouveaux gènes cibles de FXR ont pu être ainsi mis en évidence et validés par des expériences d'interférence à ARN (siRNA, small interfering RNA). En effet, le gène codant pour le VLDLR (very low density lipoprotein recepteur) est activé de manière transcriptionnelle par FXR dans les cellules hépatiques humaines et murines. De plus, l'activation de FXR diminue l'expression de la lipase hépatique humaine (HL, hepatic lipase), une enzyme importante dans le métabolisme des particules remnantes et des lipoprotéines de haute densité (HDL, high density lipoprotein). Dans une deuxième partie, l'influence de certaines modifications post-traductionelles sur l'activité du récepteur nucléaire FXR a été étudiée. Démontrant ainsi pour la première fois que l'activité transactivatrice de FXR sur ses gènes cibles est fortement modulée par des événements de phosphorylations via la voie PKCa (protein kinase C alpha). En conclusion, ce travail a permis de renforcer le rôle majeur que joue FXR dans la régulation du métabolisme lipidique et de connaître avec plus de précision le mécanisme d'action de ce récepteur sur ses gènes cibles<br>The farnesoid X receptor (FXR) is a nuclear receptor activated by bile acids. In response to ligand binding, FXR regulates many genes involved in bile acid, lipid, and lipoprotein metabolism. As part of a systematic effort to identify new FXR target genes implicated in lipid metabolism, a DNA microarray analysis, on human hepatoblastoma HepG2 cells treated with natural or synthetic FXR agonists, was performed. Two novel FXR target genes have been identified by this strategy and validated by RNA silencing experiments. Surprisingly, bile acids up-regulate very low density lipoprotein receptor (VLDLR) transcript levels via a FXR-dependant mechanism in vitro in human and in vivo in mouse liver cells. In addition, hepatic lipase (HL), an enzyme involved in the metabolism of remnants and high-density lipoproteins, was identified as a novel FXR-regulated gene in various human liver cells. Although FXR ligand-activation has been well-studied, post-translational mechanisms regulating its activity have not yet been identified. In a second part, we analysed the influence of FXR phosphorylation on its activity. Interestingly, inhibition of the PKC signalling pathway impairs ligand-activated FXR transcriptional activity and abolishes ligand-induction of FXR target genes. Moreover, FXR purified protein is phosphorylated in vitro by PKCa. Taken together these results further emphasize the central role of FXR in lipid homeostasis. In addition, our data are the first to report a link between FXR activity and PKC phosphorylation pathway
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Nominé, Yves. "Caractérisation biophysique de la qualité des protéines de fusion : application à l'étude structurale et fonctionnelle de l'oncoprotéine virale E6." Strasbourg 1, 2002. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2002/NOMINE_Yves_2002.pdf.
Full textAbstract:
"L'oncoprotéine E6 des papillomavirus humains (HPV) à " haut-risque " est à l'origine du cancer du col de l'utérus. Elle participe à l'oncogénèse notamment en dégradant p53, la protéine cellulaire suppresseur de tumeurs. Le but de la thèse était d'obtenir la structure tridimensionnelle par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) de la protéine E6. Le manuscrit revient d'abord sur les différents états (micro- et macroscopique) d'une protéine globulaire en solution, et sur des notions telles que repliement et stabilité. Il rappelle ensuite les principes et limites de différentes techniques biophysiques appliquées à l'étude de protéines. Enfin, il décrit brièvement le contexte biologique de E6. Bien que sa séquence primaire soit connue depuis 1985, la protéine E6 n'avait pas encore été purifiée. Nous décrivons ici un protocole d'expression et de purification de cette molécule, en montrant tout d'abord que l'expression bactérienne de fusions MBP-E6 (Maltose Binding Protein) génère des " corps d'inclusion solubles ". Ces particules, engendrés par l'agrégation de protéines E6 mal repliées, restent toutefois en solution grâce à la haute solubilité de MBP. Grâce à ces observations, nous avons pu produire des échantillons de la protéine E6 entière soluble et repliée, puis de ses deux domaines à zinc. Nous avons finalement obtenu la détermination de la structure tridimensionnelle par RMN du domaine C-terminal de E6. L'amélioration de la qualité de E6 recombinante a permis également de démontrer l'interaction de E6 avec un motif structural d'ADN présent dans l'ADN cruciforme, puis de déterminer les paramètres cinétiques de cette interaction par BIAcore. Ce travail ouvre donc la voie à une meilleure compréhension moléculaire des modes d'actions de E6, et donc à de nouvelles stratégies de thérapie du cancer du col de l'utérus. De plus, nos méthodologies de contrôle et d'optimisation de la qualité des protéines de fusion sont généralisables à l'étude de toute protéine récalcitrante. "<br>E6 is an oncoprotein produced by "high risk" Human Papillomaviruses (HPVs) involved in cervical cancers. E6 participates oncogenesis through different pathways, in particular by degrading the cellular tumor suppressor protein p53. The aim of this thesis was to solve the solution structure of E6 by Nuclear Magnetic Resonance (NMR). The introduction chapter first focuses on the different states (micro- and macroscopic) adopted by globular proteins in solution, including notions such as folding and stability. Then we record the principles, applications and limits of various biophysical techniques for the study of proteins. Finally, we briefly introduce the biological context of E6 protein. At the start of this work, E6 had never been purified although its sequence was known since 1985. In the results section, we first demonstrate that bacterial expression of E6 fused to the C-terminus of MBP (Maltose Binding Protein) generates " soluble inclusion bodies ". These particles, which originate from agregation of misfolded E6 moieties, remain soluble thanks to the high solubility of MBP moities. These observations have allowed us to produce soluble and folded samples of full-length E6 as well as its two zinc-binding domains. Finally, we have managed to solve the NMR structure of the C-terminal zinc-binding domain. On another hand, the optimized quality of our E6 samples have allowed us to demonstrate E6 binding to a particular DNA structural motif found in four-way DNA junctions. The kinetic parameters of this interaction have been determined by BIAcore. This work will provide a better understanding of the molecular pathways of E6 action and opens the way for new therapeutic strategies against cervical cancers. Furthermore, our methods for control and optimization of protein fusion quality can be generalized for future studies of other recalcitrant proteins
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Samson, Damien. "Interaction d’Engrailed avec des partenaires biologiques : FoxA2 et membranes lipidiques." Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS592.
Full textAbstract:
Les homéoprotéines constituent une classe majeure de facteurs de transcription active durant le développement et à l’âge adulte. Ces protéines sont caractérisées par la présence d’un domaine de 60 résidus composé de 3 hélices, appelé homéodomaine. En plus de leurs interactions avec l’ADN, il a été montré que l’homéodomaine de nombreuses homéoprotéines interagissait avec des protéines à domaine forkhead. Nous avons développé un protocole d’expression et de purification d’un partenaire d’Engrailed, FoxA2. Le domaine forkhead de FoxA2 a été attribué grâce à des expériences RMN triple résonnance et ses propriétés conformationnelles et dynamiques ont été caractérisées en solution. Différentes techniques biophysiques ont été utilisées afin d’étudier l’interaction entre ces deux protéines. De façon inattendue, les études RMN couplées à la fluorescence du tryptophane ne montrent aucune interaction entre Engrailed et FoxA2, remettant en cause l’existence d’une interaction directe entre les membres de ces deux familles de protéines. Les homéodomaines sont également capables de traverser la membrane plasmique de façon non conventionnelle. Nous avons analysé la conformation de l’homéodomaine d’Engrailed 2 (En2HD) en utilisant des bicelles comme mime des membranes plasmiques. Les études RMN de En2HD montrent un changement de conformation dirigé par la présence de lipides anioniques conduisant au dépliement de l’homéodomaine. Malgré la perte de la structure tertiaire, les éléments de structure secondaire sont très fortement préservés dans un environnement membranaire anionique. Ces données suggèrent que les interactions électrostatiques avec la membrane seraient déterminantes non seulement pour procurer une affinité pour les membranes, mais également pour induire un changement conformationnel de l’homéodomaine, permettant ainsi l’interaction des résidus basiques avec les lipides et l’ancrage membranaire de Trp-48<br>Homeoproteins constitute a major class of transcription factors active throughout development and during adulthood. They are all characterized by a conserved 60 residue, three helix domain called homeodomain. In addition to interacting with DNA, the homeodomain of many homeoproteins has been shown to interact with forkhead domain containing proteins. An expression and purification protocol was developed for the protein partner of Engrailed, FoxA2. FoxA2 forkhead domain has been assigned by triple resonance NMR spectroscopy and its conformation and dynamic properties were characterized in solution. Different biophysical techniques were used to investigate the interaction between those two proteins. Unexpectedly, NMR studies together with tryptophan fluorimetry showed no interactions between Engrailed and FoxA2, questioning the existence of a direct interaction between those two protein families. Homeodomain can also translocate across biological membranes by unconventional mechanisms. We have analysed the conformation of Engrailed 2 homeodomain (En2HD) using bicelles as a membrane mimetic environment. NMR studies of En2HD show that a conformational transition is driven by the presence of anionic lipids leading to homeodomain unfolding. Despite the loss of the native three-dimensional structure, near-native helical secondary structures are maintained in anionic membrane environments. Data suggest that electrostatic interactions with membrane may be determinant not only in providing membrane affinity but also in inducing a conformational change in homeodomain structure enabling optimal interactions of basic residues with lipids and membrane anchoring of Trp-48