Academic literature on the topic 'ARNr 18S'

Il est essentiel de bien connaître l’épidémiologie du paludisme pour conduire une lutte efficace. Au Cambodge, la connaissance de la maladie repose sur un dépistage passif des cas. Le diagnostic clinique ou par microscopie ne permet pas de connaître l'incidence précise des infections. Mon travail a consisté à mieux décrire le paludisme au Cambodge et à mettre au point des stratégies adaptées. Une large enquête transversale a mis en évidence une grande hétérogénéité géographique des prévalences et une sous-estimation de la situation dans les zones reculées. Le risque d'infection est augmenté chez les hommes adultes, ainsi que dans les villages isolés, proches de la forêt. Une étude du portage parasitaire dans le Nord-Est du pays a montré que le diagnostic moléculaire détecte plus d'infections gué la microscopie, révélant un réservoir de transmission jusqu'alors ignoré. Prés d'un tiers de la population porte des infections mixtes, entre autre avec P. Malarias et P. Ovale. L'outil moléculaire a aussi montré que des infections cryptigues à P. Vivax sont fréquemment à l'origine de rechutes dans le contexte d'essais clinigues avec les ACT destinés à traiter P. Falciparum. Deux approches innovantes, le Dot-blot et la puce à ADN, son proposées pour augmenter le débit du diagnostic moléculaire pour des études épidémiologigues. Enfin, une étude du locus ARNr 18S chez les quatre espèces infectant l'homme a révélé un polymorphisme important, surtout chez P. Ovale, avec de nombreuses mutations pouvant interférer avec des méthodes de diagnostic moléculaire. Les informations apportées permettront de mieux adapter les actions de lutte à la situation réelle rencontrée sur le terrain<br>A precise knowledge of the malaria epidemiology essential for designing efficient control measures. In Cambodia, the current malaria data are mainly provided by a passive case detection system. The diagnosis by clinical examination or by microscopy does not precisely determine the malaria incidence. The goal of this work was to better describe the malaria situation in Cambodia and to set up adapted screening and diagnosis strategies. The results of a large cross-sectional survey revealed geographically heterogeneous prevalences and an underestimation of the malaria situation in remote areas. The infection risk was highest in adult male and in remote forest-fringe villages. A study of the parasite carriage in North-East Cambodia showed that molecular diagnosis detects more infections than microscopy, pointing to a previously unknown transmission reservoir. About one third of the population carries mixed infections, partly including P. Malariae and P. Ovale. The molecular approach also revealed that cryptic P. Vivax infections frequently lead to recrudescences or relapses in the context of clinical trials of ACT used for treating P. Falciparum. Two innovative diagnosis approaches in a Dot-blot and a microarray format are proposed for increasing the screening throughput for epidemiological studies. Finally, a study of the molecular diagnosis marker 18S rRNA in the four species infecting man revealed an important polymorphism. Especially in P. Ovale, with numerous mutations possibly interfering with molecular diagnosis methods. The informations provided by this work are useful for adapting current control measures to the actual malaria situation prevailing in the field

Publicación a texto completo no autorizada por el autor<br>Identifica genéticamente a especies de Plasmodium en base al gen que codifica la subunidad 18S ARNr en muestras de sangre de primates no humanos en cautiverio. El diseño de este estudio es observacional y transversal. Esta investigación es un estudio secundario en el que se usa muestras biológicas e información de un grupo de primates no humanos entre adultos, jóvenes y crías de ambos sexos pertenecientes al género Saimiri y Lagothrix evaluados durante los años 2011 y 2012 en algunas ciudades de Perú. El análisis es realizado mediante el software MEGA v6.0 y el programa Excel. Se realiza análisis descriptivo de las variables de las pruebas ensayadas usando los siguientes métodos: evaluación microscópica por gota gruesa, técnicas moleculares de PCR para confirmar la infección y secuenciamiento del gen 18S ARNr. Se encuentra que el 7.05 % (6/85) de primates no humanos están infectados con Plasmodium spp. En base al secuenciamiento y análisis filogenético molecular del gen 18S ARNr se observa infección por Plasmodium brasilianum en una muestra de primate Lagothrix lagotricha y por Plasmodium malariae en cuatro muestras de primates Saimiri sciureus. Concluye que los parásitos identificados en las muestras de estudio son Plasmodium malariae y Plasmodium brasilianum, este último previamente reportado como especie que infecta a primates no humanos del Nuevo Mundo.<br>Tesis

Los Thraustochytriales o mejor conocidos como thraustochitridos son protistas pertenecientes al Grupo Chromista según los análisis del gen 18S rRNA. Considerados como una potencial fuente alternativa al aceite de pescado, estos microorganismos oleaginosos han sido aislados de diversos ambientes a nivel mundial encontrándose principalmente asociados a material vegetal en descomposición. Así, en este estudio se logró aislar cepas de thraustochitridos provenientes de todos los puntos muestreados en los manglares de Tumbes donde la caracterización bioquímica con acriflavina y rojo de nilo confirmaron su ocurrencia y los resultados de caracterización molecular permitieron determinar aislados pertenecientes a los géneros Aurantiochytrium (basónimo: Shizochytrium), Parietichytrium, Botryochytrium e Ulkenia sensu stricto. Asimismo se propone el posible descubrimiento de dos nuevas especies con potenciales biotecnológicos en base a información proporcionada de las características observadas en cultivo, de los análisis filogenéticos y de trabajos previos relacionadas a las cepas Aurantiochytrium sp. 15A-14a (Genbank Accesion N° AB811008) y Schizochytrium sp. S8 (Genbank Accesion N° DQ836630), los cuales dieron el mayor hit con los aislados 75, 507, 510, 512, 523, 526, 527 y C1, respectivamente. Finalmente, el presente estudio brindó los primeros reportes de la presencia de estos thraustochitridos en nuestro país.<br>The Thraustochytriales or commonly known as traustochytrids are protists belonging to the Chromista group determined by the 18S rRNA gene analysis. Considered a potential alternative source of fish oil, these oleaginous microorganisms are widely distributed in various environments around the world. Mainly, they are associated with decaying plant material. Thus, strains of thraustochytrids were isolated in this study. These strains were taken from all sampled points in the mangroves of Tumbes where biochemical characterization acriflavine and red nile confirmed their occurrence and the results of molecular characterization allowed determining isolates belonging to the genera Aurantiochytrium (basionym: Shizochytrium) Parietichytrium, Botryochytrium and Ulkenia sensu stricto. It is also proposed the possible discovery of two new species with potential biotechnological based on information provided by the characteristics observed in culture, phylogenetic analyzes and previous work related to strains Aurantiochytrium sp. 15A-14a (Genbank Accesion N° AB811008) y Schizochytrium sp. S8 (Genbank Accesion N° DQ836630), which showed the best hit along with the isolates 75, 507, 510, 512, 523, 526, 527 y C1, respectively. Finally, this study provided the first reports of the presence of these thraustochitridos in our country. Key words: Thraustochitrids, Tumbes’s mangroves, senescent leaves and baiting method, 18S rRNA gene, molecular phylogeny, polyunsaturated fatty acids (PUFAs).<br>Tesis

Les champignons sont des organismes hétérotrophes ubiquistes jouant des rôles pivots dans de nombreux écosystèmes (e.g. décomposeurs, symbiontes) et formant une lignée eucaryote majeure. Les Chytridiomycota constituent les branches basales du règne des Champignons, soit une position critique pour la compréhension de la radiation évolutive fongique. Or, ce groupe a été peu étudié, ce qui ne permet qu'une résolution partielle de ces relations évolutives. Ici, nous décrivons la diversité fongique, en ciblant principalement les Chytridiomycota via des analyses de génomique environnementale. Des échantillons de diverses natures ont été collectés au niveau de sources hydrothermales marines profondes qui sont connues pour être des hotspots de diversité, avec un fort taux d'endémisme. Pour l'analyse des séquences moléculaires obtenues, une base de données (PHYMYCO-DB) portant sur des marqueurs moléculaires fiables et dédiés à la phylogénie fongique, a été créée puis mise en ligne. Des outils moléculaires développés au cours de cette thèse ont permis de récupérer six phylotypes Chytridiomycota dont quatre produisent des branches non-décrites à ce jour. De plus, la diversité obtenue n'est pas limitée au clade des Opisthokonta (i.e. principalement les règnes des Animaux et des Champignons) puisqu'il a également été observé un phylotype Apusozoa et deux phylotypes ayant une position indéfinie à la base des Unikonta. Ces résultats offrent des perspectives pour la description de nouveaux organismes via le séquençage de génomes ou l'imagerie. Ces organismes sont également prometteurs pour la résolution des relations évolutives chez les Opisthokonta, les Unikonta, voire les Bikonta.

La maladie de Crohn (MC) est une maladie de cause inconnue, se caractérisant par une inflammation focale du tube digestif De nombreux arguments incriminent la microflore dans sa pathogénie. Nous avons étudié la microflore fécale et muqueuse a au cours de la MC par des méthodes indépendantes de la culture: composition en groupes phylogénétiques par hybridation quantitative en dot-blot, analyse comparée de la biodiversité d'espèces dominantes par électrophorèse dénaturante en gradient de température et analyse de la microflore dominante fécale par la technique de l'inventaire moléculaire. Nos résultats sont concordants avec une augmentation des entérobactéries, une diminution des bifidobactéries et la présence de bactéries inhabituelles en dominance au cours de la MC par rapport au témoins. La microflore associée aux muqueuses, différente de la microflore fécale, paraissait stable chez un même individu de l'iléon au rectum quelque soit le statut clinique (MC, sujets sains). Au cours d'une poussée de MC chez un individu, les microflores dominantes associées aux muqueuses en zone ulcérée et non ulcérée étaient similaires<br>The cause of Crohn's Disease (CD), a focal inflammatory bowel disease, remains unknown. Several lines of evidence support the role of the microflora in its pathogenesis. We have studied fecal and mucosa-associated microflora during CD using culure-independant techniques: quantitative dot-blot hybridization for the composition in phylogenetic groups, temporal temperature gradient gel electrophoresis for comparison of the bacterial biodiversity and molecular inventory technique for the dominant species distribution. Our results are consistent with an increase in Enterobateria, a decrease in Bifidobacteria and the finding of unusual dominant species in fecal samples of CD compared with controls. Mucosa-associated microflora differed from fecal microflora and appeared stable from ileum to rectum in a same individual irrespective of his clinical status (CD or controls). During active CD, microflora associated with mucosal ulcerations was similar to microflora. Associated with adjacent non ulcerated mucosa

La relation entre la structure des communautés bactériennes et le fonctionnement de l’écosystème dans l’environnement marin est encore mal connue. L’étude de la dynamique de ces communautés en présence hydrocarbures est fondamentale pour comprendre l’impact environnemental des polluants et le développement d’outils pour minimiser ses effets (bioremédiation). Les communautés bactériennes marines en mer Méditerranéen ont été caractérisées dans leur totalité (approche gène ribosomale de l’ARNr 16S) et sa fraction active (ARNr 16S) permettant d’établir une relation entre groupes phylogénétiques actives et des paramètres globaux d’activité. Cette caractérisation, avec notamment l’approche parallèle ADN/ARN 16S, a permis également d’étudier l’effet de la température et de la fertilisation dans la dynamique des communautés bactériennes de la mer Méditerranée et des eaux froides de Kerguelen en présence de contamination par du pétrole brut ou du diesel. Finalement l’utilisation des techniques d’isolement de bactéries a permit d’isoler et caractériser une nouvelle souche bactérienne capable de dégrader des hydrocarbures à haut poids moléculaire