Dissertations / Theses on the topic 'Champignons phytopathogènes – Génie génétique'

Alternaria brassicicola est responsable du blackspot des crucifères, une maladie transmissible par les semences qui entraîne des pertes importantes de rendement. Des isolats de terrain de ce champignon hautement résistants aux fongicides dicarboximides et phenylpyrroles ont été identifiés. Ces isolats résistants restent néanmoins pathogènes mais la plupart sont plus sensibles aux chocs osmotiques que des souches sauvages. Pour élucider les bases moléculaires de la résistance et de l’ osmosensibilité, un gène AbNIK1 codant une histidine kinase osmosenseur a été isolé à partir d’un isolat sauvage et sa séquence comparée avec des séquences correspondantes isolées de souches résistantes. Toutes les souches résistantes et osmosensibles correspondent à des mutants nuls pour le gène AbNIK1. Afin d'analyser les effets des mutations nulles dans le gène AbNIK1 sur la fitness du pathogène, les souches présentant un tel génotype ont été inoculées sur radis en conditions naturelles. Les analyses sanitaires des semences produites indiquent que les mutants nuls sont fortement affectés dans leur compétitivité avec les souches sauvages en absence de pression de sélection. En parallèle, la diversité génétique au sein de l’espèce A. Brassicicola a été étudiée. Douze loci microsatellites polymorphes ont été identifiés et analysés au sein d’une population d’origine géographique variée. En accord avec la biologie de ce champignon, absence de reproduction sexuée et transmission via les semences, un polymorphisme assez faible (3,5 allèles par locus) et une absence de structuration de la population étudiée ont été observés
Alternaria brassicicola causes blackspot disease of crucifers worldwide. This disease is seed-borne and responsible for important yield losses. Field isolates of A. Brassicicola highly resistant to dicarboximide and phenylpyrroles fungicides have been identified. These isolates are still pathogenic to host plants and most of them are more sensitive to osmotic stress than wild type strains. To elucidate the molecular basis of the osmosensitive and dicarboximide/phenylpyrrole-resistant phenotypes, an osmosensing histidine kinase gene AbNIK1 was isolated from a fungicide-sensitive isolate and its sequence compared with corresponding sequences from fungicide-resistant isolates. All the fungicide-resistant strains displaying a osmosensitive phenotype were found to have null mutations in the AbNIK1 gene. To investigate the effects of AbNIK1 null mutations on their fitness, these strains were inoculated on radish under field conditions. Quality controls of produced seeds revealed that null mutants are strongly affected in their competitivity towards wild type strains in the absence of selective pressure. In parallel, the genetic diversity within the species A. Brassicicola was estimated. Twelve polymorphic microsatellite loci were identified and used to analyze a population of strains with various geographic origins. In agreement with the lifestyle of this fungus (absence of sexual reproduction and seed transmission) a relatively weak polymorphism (3. 5 alleles per locus) and an absence of population structuration were observed

Parmi les champignons responsables des septorioses du blé, nous avons étudié la biologie du développement de phaeosphaeria nodorum (syn: leptosphaeria norodum) et de sa forme conidienne septoria nodorum. La biologie du développement de cet ascomycète a été étudiée in vitro. L'obtention des fructifications sexuées (périthèces) et asexuées (macropycnides et micropycnides) nous a permis: 1) de réaliser l'étude ontogénique du périthèce, en précisant la position systématique de cet organisme; 2) d'étudier le déterminisme génétique et physiologique : a) en démontrant l'existence d'un hétérothallisme bipolaire, b) en précisant le rôle joué par les microspores, c) en précisant l'influence des facteurs externes sur les différents types de morphogénèse, et en particulier l'action séquentielle de ces facteurs sur les différentes étapes du développement périthécial, définies antérieurement par l'étude ontogénique, 3) d'apprécier l'influence de la reproduction sexuée sur la distribution du pouvoir pathogène. Cette dernière étude a mis en évidence une distribution assez large du pouvoir pathogène des produits de la méiose avec, sur certaines variétés hôtes, des souches montrant une agressivité supérieure à celle de l'isolat parental le plus agressif. Les interactions souches-hôtes et la compatibilité constante entre ce parasite et les hôtes potentiels suggèrent l'existence d'une relation gène pour gène dans le système agressivité-résistance non spécifique

Chez la plupart des organismes eucaryotes pluricellulaires, les systemes de transformation sont generalement du type integratif. Les travaux realises chez les levures saccharomyces cerevisiae et schizosaccharomyces pombe ont montre que la mise au point de vecteurs a replication autonome necessite une connaissance approfondie de la structure et de la fonction des elements chromosomiques. Il s'agit des origines de replication, des telomeres et des centromeres. Chez le champignon filamenteux podospora anserina, nous avons montre que les sequences telomeriques sont identiques aux sequences telomeriques humaines et sont constituees de motifs repetes ttaggg. Un plasmide a replication autonome a ete obtenu par l'addition de sequences telomeriques humaines aux extremites d'un plasmide portant un marqueur de selection pour la transformation de p. Anserina. L'efficacite de transformation est tres elevee (100000 transformants par microgramme d'adn) et le plasmide est maintenu sous forme lineaire extrachromosomique a raison de 2 a 3 copies par genome. La fonction telomerique etant suffisante pour conferer la replication autonome, la replication du plasmide semble donc pouvoir etre initiee en l'absence d'une origine de replication specifique. Cependant, la replication autonome ne peut avoir lieu que pour des plasmides de petite taille et la transformation est integrative lorsque la taille du plasmide est de l'ordre de 50 kpb. La perte de replication autonome peut etre la consequence d'un defaut de transmission du plasmide lors de la mitose du a l'absence de fonction centromerique. Nous avons tente d'isoler un centromere par marche sur le chromosome a partir d'une banque yac (yeast artificial chromosome) d'adn genomique de p. Anserina. Nous avons montre que la position des sequences situees a l'extremite de la marche est genetiquement confondue avec celle du centromere. La poursuite de ce travail devrait donc permettre d'isoler le centromere et de caracteriser la structure et la fonction centromerique chez un organisme pluricellulaire

Pythium est un champignon du sol implique dans les fontes de semis, les necroses racinaires et les pourritures de semences d'un grand nombre de plantes. Ce genre forme avec le genre phytophthora la famille des pythiacees (ordre des peronosporales classe des oomycetes). Le genre pythium contient de nombreuses especes dont l'ecologie, la pathogenie et la resistance aux fongicides sont tres differentes. La taxonomie de pythium a ete basee jusqu'a present sur des criteres morphologiques et 85 especes ont ete decrites par van der plaats niterink (1981). L'identification d'une espece sur la base de criteres morphologiques est tres delicate et il etait necessaire de determiner de nouveaux criteres de caracterisation pour clarifier la taxonomie du genre et simplifier l'identification des especes. L'analyse des sequences nucleotidiques de l'espace interne transcrit 1 (its1) de l'operon ribosomique de 40 especes de pythium choisies de facon representative dans les groupes morphologiques a permis d'etablir une nouvelle classification. Les especes de pythium ont ete separees en trois groupes: (1) les especes a sporanges filamenteux; (2) les especes a elements spheriques; (3) les especes a sporanges proliferants. Ce troisieme groupe n'a presente ni les caracteristiques de l'its1 specifiques des pythium, ni celles de phytophthora et l'hypothese d'un nouveau genre chez les pythiacees a ete posee. Les sequences nucleotidiques de l'its1 du groupe des especes a sporanges filamenteux sont plus homogenes que celle du groupe des especes a elements spheriques. Elles ont permis de regrouper les especes presentant des similitudes morphologiques et de definir une importance hierarchique a donner aux criteres morphologiques. Les especes dont les caracteristiques morphologiques sont proches et les sequences nucleotidiques de l'its1 semblables ont ete declarees synonymes et la notion de complexe d'especes a ete rehabilitee. La connaissance de la sequence nucleotidique de l'its1 a permis d'etablir une methode simple de caracterisation des especes de pythium basee sur les profils de restriction de cette region du genome amplifiee par la reaction en chaine de la polymerase (pcr). La detection de pythium aphanidermatum dans une plante a ete possible par amplification de l'its1 a partir d'adn extrait de plantes contaminees et par identification de l'espece en cause par le profil de restriction specifique ou par une sonde oligonucleotidique specifique

Les travaux presentes portent sur l'etude de l'intervention de phospholipases, enzymes catalysant l'hydrolyse des phospholipides membranaires, lors des etapes precoces de l'interaction entre le tabac et le champignon phytopathogene. L'action conjointe de ces proteines et de la lipoxygenase, enzyme induite lors de l'interaction, est susceptible de participer a la transduction des signaux conduisant a l'induction de defenses dans la plante hote, via la liberation de produits derives d'acides gras polyinsatures (acide jasmonique, aldehydes volatils,). La premiere partie de ce travail concerne la mise au point du systeme biologique et des conditions de mesure de l'activite phospholipase, ainsi que l'etude des variations de cette derniere en reponse a differents inducteurs potentiels. Les resultats montrent que des eliciteurs extraits de la paroi du champignon induisent dans les cellules et les plants de tabac une activite phospholipase, causant la liberation d'acides gras. Celle-ci est aussi stimulee, de maniere race-cultivar specifique, dans les plantes infectees par les zoospores de l'agent pathogene. Cette etude permet d'evaluer le role potentiel de cette enzyme dans la defense du tabac vis-a-vis du champignon. La deuxieme partie consiste en la purification et la caracterisation des proteines responsables de cette activite. L'utilisation de techniques chromatographiques et electrophoretiques a permis d'obtenir une preparation hautement enrichie en phospholipases. De plus, certaines caracteristiques physicochimiques de ces enzymes sont precises: specificite de substrat, nature des produits formes, effet de cations divalents et du ph sur l'activite, point isoelectrique, km et vm. L'ensemble de ces travaux constitue une contribution originale a l'etude d'une activite enzymatique encore peu caracterisee chez les vegetaux, mais dont l'importance dans les systemes de transduction et de defense est bien etablie dans les cellules animales

Les variétés traditionnelles sont génétiquement hétérogènes et constituent une source de diversité contribuant à la productivité et à la stabilité des agroécosystèmes. En effet, la diversité végétale fournit des services écosystémiques, dont la réduction globale des pressions parasitaires. Pour une meilleure gestion des maladies, la compréhension des mécanismes d’interaction plante-pathogène est primordiale. Dans cette optique, j’ai étudié l’adaptation entre variétés traditionnelles tunisiennes de blé dur et populations fongiques de Zymoseptoria tritici responsable de la septoriose. Dans un premier temps, le génotypage de 14 variétés traditionnelles dites «populations», à l'aide de 9 microsatellites, a montré que la diversité génétique était aussi importante au sein des populations (45%) qu'entre les populations (54%). Cette diversité est structurée en sept groupes génétiques qui s'expliquent en partie par la combinaison « nom de variété » x « localité ». La caractérisation de 15 traits phénotypiques, dont la résistance à la septoriose, a révélé que ces populations étaient également diversifiées phénotypiquement. La résistance à la septoriose est de nature qualitative (résistance majeure) dans deux populations mais plus généralement de nature quantitative dans les autres populations. Une comparaison Pst-Fst a démontré une adaptation locale des variétés traditionnelles, soulignant des trajectoires de sélection intimement liées au territoire et pratiques des agriculteurs les cultivant. Parallèlement, un génotypage SNP à haute densité (puce TaBW35K) d’un panel de 127 individus provenant de quatre populations portant le même nom de variété ‘Mahmoudi’ a mis en évidence deux groupes génétiques partagés par les quatre populations. Ce panel d’individus a été phénotypé au champ et en conditions contrôlées pour sa résistance à une souche tunisienne de Z. tritici, ce qui a permis de conduire une analyse GWAS. Cette analyse a mis en évidence 6 loci associés à la résistance contre la septoriose sur les chromosomes 1B, 4A, 5B et 7A, dont un locus sur le chromosome 1B associé à une résistance majeure de type qualitative. La fréquence des allèles favorables à la résistance oscille entre 6 et 46% dans le panel et est variable d’une population à une autre. Côté agent pathogène, quatre populations de Z. tritici collectées sur le cultivar moderne majoritaire en Tunisie ‘Karim’ et une population collectée sur une des variétés traditionnelles ‘Mahmoudi’ ont été génotypées à l'aide de 12 microsatellites. La faible différenciation génétique entre ces populations fongiques suggère l’existence de flux de gènes importants entre localités. La population collectée sur ‘Mahmoudi’ est apparue comme étant moins diversifiée et ayant une fraction clonale plus importante que les populations collectées sur ‘Karim’, suggérant un effet significatif de l’hôte sur la diversité de Z. tritici. Des tests d'inoculations croisées ont révélé une agressivité supérieure des isolats collectés sur ‘Mahmoudi’ sur les lignées de la variété ‘Mahmoudi’ que des isolats collectés sur le cultivar ‘Karim’, interprétée comme une adaptation locale des populations pathogènes à leur hôte sympatrique. Cette adaptation a été particulièrement marquée par la période de latence des isolats, soulignant à nouveau l’importance de la résistance quantitative dans les processus adaptatifs mis en évidence. Les variétés traditionnelles tunisiennes de blé dur sont des cas concrets de populations hôtes hétérogènes limitant efficacement les épidémies de l’agent pathogène responsable de la septoriose. Les résultats obtenus suggèrent que la combinaison de gènes de résistance, principalement à effet quantitatif et occasionnellement à effet majeur, à des fréquences variables d’une variété à une autre, est la clé de la robustesse sanitaire de ces variétés. Les enseignements acquis au cours de cette étude pourront être mobilisés pour améliorer la gestion de la diversité cultivée dans d’autres environnements
Traditional varieties are heterogeneous and constitute a source of diversity, which contributes to the productivity and the stability of agroecosystems. Indeed, plant diversity provides services to a given ecosystem, including reducing disease pressure. Understanding the mechanisms underlying plant-pathogen interactions is fundamental to improve disease management. With this in mind, I studied the adaptation between traditional Tunisian durum wheat varieties and populations of Zymoseptoria tritici, the fungus responsible for Septoria Tritici Blotch (STB). Firstly, genotyping 14 traditional varieties, considered as populations, using 9 SSR, showed that genetic diversity is equally important within a population (45%) as it is between populations (54%). This diversity is structured in seven genetic groups that can be explained in part by the nested effect of the « variety name » and the « location ». 15 phenotypic traits, including resistance to STB, were characterized and showed that the populations were also phenotypically diverse. Resistance to STB is qualitative (major resistance) for two of the populations, but generally more quantitative for the other populations. A Pst-Fst comparison demonstrated a local adaptation of traditional varieties, underlining selection trajectories that are closely linked to the territory and the agricultural practices in place. Meanwhile, a high density SNP genotyping (TaBW35K array) of a panel of 127 individuals hailing from four populations all carrying the same variety name ‘Mahmoudi’ brought to light two genetic groups shared by the four populations. This panel of individuals was phenotyped for resistance to a Tunisian Z. tritici strain in a field trial and in controlled conditions. The resulting data was used in a GWAS analysis. This analysis led to the detection of 6 loci associated to STB resistance on chromosomes 1B, 4A, 5B and 7A, including a locus on chromosome 1B associated to a qualitative major resistance. The frequency of the resistant alleles oscillates between 6 and 46% and is variable between populations. On the fungus side, four populations of Z. tritici collected on modern cultivar ‘Karim’ widely cultivated in Tunisia and one population collected on traditional variety ‘Mahmoudi’ were genotyped using 12 SSR. A low level of genetic differentiation was identified between these fungal populations suggesting a significant gene flow between locations. The population collected on ‘Mahmoudi’ was less diversified and had a higher clonal fraction than the populations collected on ‘Karim’. This points towards host-effect on Z. tritici diversity. Cross-inoculation tests highlighted a higher aggressiveness of isolates collected on ‘Mahmoudi’ to ‘Mahmoudi’ lines than that of isolates collected on ‘Karim’, interpreted as a local adaptation of pathogen populations to their sympatric host. This adaptation was especially pronounced for the latency period of isolates, once again underlining the importance of quantitative resistance in the adaptive processes evidenced here. Traditional Tunisian durum wheat varieties are practical cases of heterogeneous host populations effectively limiting STB epidemics. Our results suggest that a combination of resistance genes, mainly quantitative and occasionally with a major effect, with variable frequencies from one variety to another, is key to the sanitary success of these varieties. Findings from this study can be utilized to improve our management of crop diversity in other environments

Une maladie émergente causant le dépérissement de l'aulne est causée par un complexe de trois taxons du genre Phytophthora (Oomycète) : P. Alni subsp. Alni (Paa), P. Alni subsp. Multiformis (Pam) et P. Alni subsp. Uniformis (Pau). La première partie de cette étude a consisté à mettre au point des outils de détection spécifiques de ces trois taxons. À partir de SCARs générés par RAPD, nous avons défini trois couples d'amorces de PCR dont l'utilisation combinée permet la détection et l'identification spécifique de Paa, Pam et Pau dans différents substrats (plante, eau, sol). Nous avons ensuite étudié la présence et la distribution allélique pour quatre gènes nucléaires contenant des introns sur une collection de P. Alni et d'espèces proches. L'ADN mitochondrial a également été étudié par RFLP et séquençage de deux gènes. Nous avons montré que i) Pau ne semble pas avoir été généré par hybridation, ii) Pam présente deux allèles fortement divergents pour chaque gène nucléaire et résulterait donc d'une réticulation ou d'une autopolyploïdisation, iii) Paa cumule les allèles présents chez Pam et Pau et a probablement été créé par hybridation entre Pam et Pau ou des taxons très proches. De plus, nous avons étudié le profil d'expression des gènes codant pour des élicitines, famille multigénique spécifique du genre hytophthora. L'additivité des profils de Pau et Pam vis-à-vis de Paa a confirmé nos premiers résultats. Enfin, afin d'étudier la variabilité génétique de ces différents taxons, des marqueurs microsatellites ont été isolés chez Paa et caractérisés. Les génotypes obtenus montrent une faible variabilité chez les trois taxons. Ils confirment nos hypothèses quant à l'origine de Paa et suggèrent que Pam est aussi un taxon allopolyploïde
An emergent disease of alder is caused by a complex of three taxa belonging to the genus Phytophthora (Oomycetes): P. Alni subsp. Alni (Paa), P. Alni subsp. Multiformis (Pam) and P. Alni subsp. Uniformis (Pau). The first part of this study focused on the development of specific detection tools for these three taxa. Based on SCARs generated with RAPD, we designed three PCR primer pairs which can be combined to specifically detect and identify Paa, Pam and Pau in different substrates (plant tissue, water, soil). Second, we studied the occurrence and the allelic distribution for several nuclear single-copy genes containing introns on a wide collection of P. Alni and close species. Mitochondrial DNA was also studied through RFLP and gene sequencing. We demonstrated that i) Pau may not result from a hybridization event, ii) two divergent alleles for each of the nuclear genes are observed in Pam, which suggests this taxon may have been generated by a reticulation or by autopolyploidisation, iii) Paa combines the alleles observed in Pam and Pau and was probably generated by hybridization between Pam and Pau or Pam- and Pau-like taxa. In addition, we studied the expression of elicitin genes, a multigenic family specific to the genus Phytophthora. The cumulative patterns of Pau and Pam in regard with Paa confirmed our first results. Last, in order to study the genetic variability of the different taxa, microsatellite markers were isolated in Paa and characterized. The genotypes we resolved demonstrate a low level of variability for the three taxa. They confirm our hypotheses in regard with Paa origin and suggest that Pam is also an allopolyploid taxon

Colletotrichum kahawae, agent pathogene responsable de l'anthracnose des baies du cafeier arabica (coffea arabica l. ) est un fleau economiquement important pour les pays producteurs. Actuellement limitee au seul continent africain, cette maladie constitue une grave menace pour les grandes zones de production d'amerique latine. La diversite genetique des populations pathogenes des pays d'afrique de l'est et du cameroun a ete evaluee par determination des groupes de compatibilite vegetative (gcv) et a l'aide des marqueurs rapd (random amplified polymorphic dna). La caracterisation des relations hote/parasite a ete realisee a l'aide d'inoculations artificielles sur hypocotyles de semenceaux deracines et sur baies vertes detachees de cafeiers arabica. A une exception pres, tous les isolats de c. Kahawae etudies appartiennent au meme gcv. Les caracteristiques des heterocaryons sub-divisent ce groupe en deux sous groupes geographiques : les isolats provenant d'afrique de l'est d'une part et les isolats provenant du cameroun d'autre part. L'analyse de la distribution des marqueurs rapd confirme l'existence d'une differenciation genetique entre ces deux populations geographiques. Une faible diversite genetique a ete detectee dans chacune d'elles. Des tests de pathogenie realises avec les differents isolats etudies n'ont pas mis en evidence de reactions specifiques de resistance. Toutefois, differents niveaux d'agressivite entre les isolats et differents niveaux de resistance entre les genotypes ont ete observes. La resistance du cafeier arabica semble de nature non specifique et quantitative. Les resultats obtenus avec les tests sur baies vertes detachees et sur hypocotyles de semenceaux deracines classent la majorite des genotypes sensibles. Les resultats obtenus avec le test sur hypocotyles lors des evaluations des genotypes du cameroun vis-a-vis des isolats du cameroun se sont montres reproductibles. Toutefois, il n'a pas ete possible d'etablir des correlations entre les resultats obtenus par inoculations artificielles et les resultats disponibles du comportement des arbres au champ. Cependant, des genotypes presentant des caracteres de resistance vis a vis des trois methodes d'evaluations ont ete identifies et peuvent etre retenus comme des geniteurs resistants a l'anthracnose des baies.

La structure génétique et la dynamique des populations des champignons phytopathogènes peuvent être influencées par de nombreux facteurs, ce que nous avons illustré à différentes échelles chez Melampsora larici-populina, l'agent de la rouille du peuplier. A l'échelle de la France, deux principaux groupes génétiques se différencient. Le premier, inféodé aux hôtes sauvages, est le produit de l'évolution des populations en conditions naturelles. Le second, formé suite au contournement de la résistance R7 portée par le cultivar "Beaupré", se caractérise par une forte proportion d"individus virulents 7 et présente des signatures de sélection et d'expansion démographique, témoins de l'invasion de ce groupe sur tous les peupliers (y compris sauvages) de la moitié nord de la France. A une échelle plus restreinte, nous avons examiné une zone de contact située dans les Alpes, où la délimitation entre les groupes « cultivé » et « sauvage » était la plus marquée. En testant l'effet du paysage, nous avons montré que le massif des Ecrins protégeait le groupe « sauvage » situé à l'est, en amont de la vallée de la Durance, de l'invasion des individus au profil « cultivé » venant du nord-ouest. Il n'en est pas de même dans la partie aval de cette vallée, colonisée annuellement par une vague épidémique, issue de ces deux groupes génétiques présents en amont de part et d'autre du Massif des Ecrins. En dernier lieu nous avons examiné les conséquences génétiques des évènements de colonisation, qui se traduisent par une augmentation de la différenciation par rapport à la source de l'épidémie ainsi qu'une érosion de la diversité génétique. Ce travail original a permis de souligner l'importance de combiner les approches d'épidémiologie et de génétique des populations pour caractériser au mieux les processus démographiques et leurs conséquences génétiques
Many factors can impact the genetic structures and population dynamics of fungal plant pathogens. Here we illustrated some of them at different spatial scales for the poplar rust fungus Melampsora larici-populina. At the scale of France, two main genetic groups were found. The first one infects only wild hosts and results from natural evolution of rust populations. The second one was formed after the R7 resistance breakdown, which is carried by the cultivar ?Beaupré?. This group exhibited a high proportion of virulent 7 individuals and presented signs of selection and demographic expansion; these signs indicate the recent invasion of individuals from this group on both wild and cultivated poplars in the northern half of France. At a regional scale, we focused on a contact zone between the ?cultivated? and the ?wild? genetic groups, located in the Alps. Upstream the Durance River valley, the influence of landscape has been highlighted by the effect of the Ecrins range which protects the ?wild? group located on the east side from the invasion of individuals from the ?cultivated? group, which arise from the northwest. Downstream the valley the annual epidemic wave was shown to be composed of admixed individuals from ?wild? and ?cultivated? groups, originating from both sides of the Ecrins range. Lastly we assessed the genetic consequences of the colonization wave. We evidenced a gradual increase of genetic differentiation with the epidemic source and a loss of genetic diversity. This work highlights the need of combining population genetics and epidemiology to characterize demographic processes and their genetic consequences

Comparaison de divers isolats. Distinction des races t et o. Mise en evidence des souches depourvus du gene ht pour h. T. Recherche des modes de conservation dans la nature (debris vegetaux, sol hotes intermediaires). Modalites d'infection et contamination. Role des facteurs climatiques dans la manifestation des mycoses

L'approfondissement des connaissances relatives aux relations entre coffea spp. Et hemileia vastatrix au moyen de l'etude de la virulence de l'agressivite et de variabilite au niveau de fragments d'adn d'un groupe de 11 isolats du champignon provenant d'afrique, de madagascar et d'indonesie, collectes sur c. Canephora, sur c. Arabica, et sur des derives de l'hybride de timor (catimor), a ete entrepris. L'analyse de la virulence des isolats collectes a permis d'observer une gamme de reactions differentielles sur six clones de c. Canephora. Deux clones de congusta (c. Congensis c. Canephora) ont montre des facteurs de resistance differents de ceux rencontres sur c. Canephora et sur c. Arabica. Les deux isolats provenant d'indonesie et recoltes sur catimor, ont montre le spectre de virulence le plus large, attaquant quelques plantes issues de l'hybride de timor, de catimor et plusieurs differentiels de c. Arabica. Les isolats d'indonesie ont manifeste une agressivite plus grande que la race ii et que les isolats provenant d'afrique. L'etude des fragments d'adn genomique n'a pas permis une distinction entre races. L'importance des resultats pour la distinction de nouveaux differentiels de coffea spp. Sont discutes, ainsi que la qualification de genotypes resistants ou sensibles sur la base de la sporulation

La lutte contre l'oidium des cucurbitacees repose essentiellement sur l'utilisation de fongicides et de varietes resistantes (pour le melon). Le developpement de strategies phytosanitaires efficaces et durables ne peut provenir que d'une connaissance de la diversite et de l'evolution des populations parasites responsables de la maladie. L'examen de plus de 400 echantillons de curcurbitacees parasitees, provenant de differentes regions du monde, a permis de verifier la presence des deux especes, erysiphe cichoracearum et sphaerotheca fuliginea, la seconde etant majoritairement presente dans les cultures. Des pathotypes ont ete caracterises sur concombre a, melon b, courgette c et pasteque d: ab, abc et bc chez e. Cichoracearum, ab et abc chez s. Fuliginea. L'etude de la diversite du pouvoir pathogene vis a vis de 9 varietes de melon a permis de detecter 2 races chez e. Cichoracearum et 5 chez s. Fuliginea (dont 2 nouvelles). L'analyse du determinisme genetique de la resistance a ete realisee sur deux cultivars de melon, pi 124112 et pi 414723. L'etude de la sensibilite des oidiums a 4 fongicides a necessite la mise au point d'une technique sur disques de cotyledons en plaque de microtitration. Les informations recueillies sur les 91 souches testees ont revele une grande diversite de phenotypes, une forte proportion de souches multiresistantes et une difference de comportement de chacune des especes vis a vis des fongicides inhibiteurs de la biosynthese des sterols. La diversite genetique des deux especes d'oidium a ete estimee sur 69 souches a l'aide de deux marqueurs moleculaires independants. La digestion de la region its par 11 enzymes de restriction n'a pas permis de mettre en evidence de variabilite intraspecifique chez s. Fuliginea contrairement a e. Cichoracearum. Une diversite genetique a ete observee chez les deux especes avec la technique de rapd. Aucun groupe de souches n'a pu etre degage chez s. Fuliginea. Trois groupes correspondant aux groupes its-rflp, et partiellement correles avec l'hote d'origine et la virulence des souches ont ete observes chez e. Cichoracearum. Enfin, le sequencage de la region its nous a permis de mesurer les distances genetiques existantes entre s. Fuliginea, e. Cichoracearum, oidium lycopersicon et e. Graminis

Le champignon microcyclus ulei represente le principal frein au developpement de l'heveaculture en amerique latine, ainsi qu'une menace potentielle pour l'heveaculture mondiale. Ameliorer la resistance de l'hevea passe par une meilleure comprehension des interactions entre l'hevea et m. Ulei et necessite l'etude des bases genetiques de la resistance. Les premieres cartes genetiques de l'hevea (2n = 36) ont ete realisees a partir d'une descendance de 195 individus issue d'un croisement entre deux parents heterozygotes. Deux cartes parentales ont ete construites grace a une strategie pseudo-testcross. Une carte consensus a ensuite ete elaboree par fusion des cartes parentales, grace a 172 marqueurs communs aux deux cartes, ou marqueurs ponts. La carte consensus est constituee de 717 locus (rflp, aflp, microsatellites, isozymes) repartis sur 18 groupes de liaison. Une segregation disomique des marqueurs a ete observee, et peu de locus dupliques ont ete reveles. L'inoculation de la descendance en conditions controlees par 6 souches differentes de m. Ulei a permis de mettre en evidence 8 qtl repartis sur 7 des 18 chromosomes de l'hevea. Le plus important d'entre eux, detecte avec toutes les souches, explique jusqu'a 36% de la variation phenotypique observee. Il a pu etre montre que presque tous les alleles favorables aux qtl identifies proviennent du parent femelle de ro38, le clone f4542, qui appartient a l'espece sauvage hevea benthamiana et dont la resistance est consideree a ce jour comme jamais mise en defaut. Un seul qtl mineur a pu etre detecte chez le parent sensible appartenant a l'espece cultivee h. Brasiliensis. Ces resultats offrent des perspectives encourageantes pour l'amelioration de la resistance a m. Ulei.

La paroi de Saccharomyces cerevisiae est une structure complexe composée de polymères de résidus de glucose (b-glucanes), de mannose (mannanes) et de N-acétylglucosamine (chitine). Pour étudier le mécanisme de compensation induit en réponse à une mutation pariétale, nous avons analysé cinq mutants affectés différemment dans la structure pariétale. Ce travail a dans un premier temps mis en évidence le rôle majeur du gène GFA1, codant pour une glutamine fructose-6P-amidotransférase, dans l'activation de la synthèse de la chitine induite en réponse aux mutations pariétales. Dans un second temps, nous avons analysé le mécanisme de compensation pariétale grâce à l'utilisation de filtres à haute densité. Cette approche a permis la caractérisation de la signature transcriptionnelle du mécanisme de compensation et l'identification d'un nouveau motif de régulation potentiellement fonctionnel : WCE (pour Wall Consensus Element). Enfin, l'analyse des promoteurs des gènes impliqués dans le mécanisme de compensation pariétale suggère que ce mécanisme soit gouverné par deux systèmes de régulation : la voie de maintien de l'intégrité cellulaire et la voie de réponse générale aux stress
Saccharomyces cerevisiae cells are surrounded by a cell wall, which consists of a complex structure essentially composed of polymers of glucose units (b-glucans), of mannose units (mannans) and of N-acetylglucosamine units (chitin). In order to investigate on the cell wall rescue mechanism induced in response to cell wall mutations, we studied five mutants affected in different pathways of the cell wall metabolism. First, this work demonstrated the key role played by the gene GFA1, which encodes a glutamine fructose-6P-amidotransferase, in the activation of the chitin biosynthesis pathway in response to cell wall mutation. Secondly, we investigated the cell wall rescue mechanism using high density filters arrays. This approach led to the characterisation of the cell wall compensatory transcriptional signature and to the identification of a novel regulatory motif named WCE (for Wall Consensus Element). Moreover, promoter analysis of the genes implicated in the cell wall compensatory mechanism clarified the two regulatory pathways underlying this mechanism : the cell wall integrity pathway and the general stress response pathway

Les cellules vegetales possedent par rapport aux autres cellules eucaryotes la caracteristique d'etre entourees par une paroi. Cette structure represente un compartiment hautement dynamique dont la composition et l'organisation, soumises a un controle strict dans l'espace et au cours du developpement, varient selon le type cellulaire et l'environnement. Lors de l'interaction entre une plante et un microorganisme pathogene, ou en reponse aux conditions defavorables du milieu (blessure, agressions diverses. . . ), la plante pourra mettre en place toute une batterie de reactions de defense, dont l'accumulation parietale des glycoproteines riches en hydroxyproline (hrgp). Ces glycoproteines jouent un role de barriere contre l'infection par renforcement de la paroi. L'endopolygalacturonase est une enzyme produite par le champignon pathogene colletotrichum lindemuthianum. L'hydrolyse de la paroi cellulaire de haricot par cette enzyme qui degrade les polymeres pectiques a permis la purification de fragments parietaux qui sont soit eliciteur soit suppresseur de l'expression des genes hrgp. La lumiere percue par le phytochrome induit une diminution de l'expression de ces memes genes. La blessure et le traitement par l'ethylene induisent une augmentation organe-specifique de la synthese de transcrits de hrgp. Ces resultats originaux sont une nouvelle preuve de la regulation differentielle des genes hrgp. Un promoteur de gene hrpg de tomate a ete utilise dans des experiences d'expression transitoire dans des protoplastes qui vont permettre de determiner les regions impliquees dans la regulation de ces genes

Les stratégies de lutte génétique contre le champignon phytopathogène Venturia inaequalis reposent principalement sur l'utilisation de gènes majeurs de résistance conférant une résistance totale contre la maladie. A la fin des années 80, des souches du pathogène se sont avérées virulentes en Europe vis-à-vis du dernier gène de résistance introgressé, le gène Vf, mettant en cause sa durabilité. Les travaux de cette thèse visent à comprendre la dynamique évolutive des populations de pathogènes face aux pressions de sélections exercées par un gène majeur de résistance. A l'aide de marqueurs moléculaires de type microsatellites et AFLP, nous avons réalisé un suivi multi sites et pluriannuel de la structure génétique de populations de V. Inaequalis. Les résultats obtenus mettent en évidence une très forte diminution de la diversité génétique des souches virulentes (virVf) sur les hôtes Vf révélant une structure génétique de type effet fondateur. Nous montrons que les populations virVf, fortement différenciées des populations avrVf, seraient issues d'une même source de virulence et se disperseraient de manière aléatoire en Europe. Enfin, nous mettons en évidence un maintien de la différenciation génétique dans l'espace et dans le temps entre les deux populations. L'absence de flux de gènes entre compartiments virVf et avrVf, révèle un isolement reproducteur des souches virVf, en partie expliqué par le spectre d'avirulence de ces souches envers certains hôtes non-Vf des vergers étudiés. Les résultats obtenus au cours de ce travail, nous permettent de discuter sur l'origine et la dispersion de la virulence Vf puis de proposer des pistes de réflexion visant à préserver l'efficacité du gène de résistance Vf
Strategies of genetic control against the phytopathogenic fungus Venturia inaequalis are mainly based on the use of major resistance genes which confer a complete resistance towards the disease. By the end of the Eighties, strains virulent against Vf, the most used resistance gene were evidenced. This thesis was aimed at understanding the evolutionary dynamics of pathogenic populations confronted to selection pressures exerted by a major gene of resistance. Thanks to the use of molecular markers, such as microsatellites and AFLP, we followed up the genetic structure of V. Inaequalis populations in several locations over several years. Our results showed that the genetic diversity of virVf populations drastically decreased as compared to the avrVf populations, revealing the typical structure of a founder effect. In addition, we showed that virVf populations were strongly differentiated from the avrVf populations and that they were stochastically dispersed over Europe from a common source of virulence. Finally, we revealed the maintenance of the genetic differentiation in space and time between virVf and avrVf populations. The lack of gene flow between virVf and avrVf compartments indicated a reproductive isolation of virVf strains, which could be partly explained by the avirulence spectrum of these strains towards some of the non-Vf hosts in the studied orchards. Results obtained from this work allowed us to discuss on the origin and the dispersion of the Vf virulence and then to propose topics to investigate in order to preserve the efficiency of the Vf resistance gene

Melampsora larici-populina est un champignon pathogène responsable de la rouille foliaire sur les peupliers, causant de graves dommages dans les plantations du monde entier. Presque toutes les résistances des peupliers déployées en France ont été contournées et l'événement majeur est survenu en 1994 avec le contournement de la résistance R7 largement déployée en populiculture. Dans le but d'identifier des gènes candidats liés à la pathogénicité, j'ai mené une étude de génomique comparative basée sur le séquençage de 15 isolats. Cette analyse a mis à jour des patrons de polymorphisme corrélés à la distribution des virulences au sein des isolats tout en révélant la nécessité d'une étude populationnelle. Pour se faire, une étude de génétique des population basée sur le génotypage de 600 isolats de M. larici-populina échantillonnés de 1992 à 2012 a été conduite. Cette analyse m'a permis de décrire l'histoire démographique des populations de M. larici-populina et de documenter l'impact majeur du contournement de la R7 sur la structure des populations. Enfin, j'ai mené une analyse de génomique des populations afin d'obtenir un scenario démographique décrivant les liens historiques entre les populations et d'identifier les régions sous sélection. Cette analyse est basée sur le séquençage en Illumina de 86 isolats répartis en quatre populations clés mises en évidence par l'analyse de la structure génétique des populations. Plus de 1 000 000 positions polymorphes ont été identifiées. Un scenario fiable a été identifié par ABC à partir duquel les enveloppes de confiance des indices de génétique des populations ont été mesurées. L'analyse du génome scan qui a été réalisée sur les 86 génomes en utilisant ces mêmes indices a révélée 20 régions génomiques contenant 14 gènes candidats potentiellement impliquées dans le contournement de la R7
Melampsora larici-populina is a pathogenic fungus responsible of poplar leaf rust, causing severe damages in plantations worldwide. Almost all poplar resistances deployed so far in France have been overcome and a major event that occurred in 1994 with the breakdown of resistance R7 mostly used in poplar cultivation. In order to identify candidate genes linked to pathogenicity, I conducted a comparative genomics study based on the sequencing of 15 isolates. This analysis revealed polymorphism patterns correlated to the distribution of virulences among isolates while the necessity of a population genetics study. I then analyzed the genetic structure of a comprehensive collection of 600 isolates of M. larici-populina sampled from 1992 to 2012. This analysis demonstrated the major impact of the R7 breakdown on populations. Finally, I conducted a population genomics analysis to obtain a demographic scenario describing the historical links between populations and to identify genomic regions under selection. This analysis is based on the Illumina sequencing of 86 isolates in four key populations identified by the population genetic analysis. Over 1,000,000 polymorphic positions were identified. The best demographic scenario was assessed using Approximate Bayesian Computation algorithms based on coalescent simulations. Using this demographic scenario, I computed the confidence interval of several population genetic indices. This genome scan analysis was performed on the 86 genomes using this same indices and revealed 20 genomic regions containing 14 genes potentially involving in the resistance 7 breakdown

Afin de mieux comprendre les mécanismes de résistance aux microorganismes fongiques chez les légumineuses, deux pathosystèmes ont été développés avec la légumineuse modèle Medicago truncatula (Mt) d'une part, Phoma medicaginis (Pm), responsable de la maladie de la tige noire de la luzerne et Aphanomyces euteiches (Ae), agent de pourriture racinaire du pois, d'autre part. Après avoir récolté et identifié plusieurs isolats fongiques répartis sur le territoire tunisien, une souche de Pm retenue pour son agressivité, a été inoculée à deux lignées de Mt, sélectionnées pour leurs réponses différentielles à Pm. L'étude de la présence et de la régulation d'H2O2 au cours de l'infection dans ces deux lignées a révélé i) une accumulation plus rapide et plus forte de ce composé dans les cellules épidermiques de DZA45. 5 (lignée peu sensible à Pm), ii) une activité basale de peroxydase trois fois plus élevée dans cette même lignée que dans la lignée F83005. 5 (très sensible). Ces résultats indiquent donc un rôle potentiel des espèces actives de l'oxygène dans le contrôle du développement de Pm chez DZA45. 5. Dans le pathosystème Mt -Ae, F83005. 5 (sensible) et A17 (partiellement résistante) ont été sélectionnées pour effectuer des analyses cytologiques et génétiques. L'observation de coupes racinaires a montré que la résistance partielle d'A17 est associée à une protection du cylindre central contre l'invasion du parasite. Cette protection est assurée par des divisions des cellules du péricycle, une accumulation de lignine sur les parois de ces mêmes cellules et une induction de la synthèse de composés phénoliques dans les racines d'A17. L'analyse du déterminisme génétique de la résistance à Ae en utilisant la population de RILs (A17 x F83005. 5) a permis d'identifier un QTL majeur (Ae1) en haut du chromosome 3. Son rôle clé dans la résistance conférée à A17 a été formellement établi à l'aide de lignées quasi isogéniques ne différant que dans la région d'Ae1. Des analyses de cartographie fine du QTL ont permis de réduire ce dernier à une région physique du génome d'une taille de 95Kb. .
To gain insights into resistance mechanisms in legumes against fungal-like microorganisms, two pathosystems were developed with the model legume Medicago truncatula (Mt) on one side, P. Medicaginis (Pm), responsible for black stem alfalfa disease and A. Euteiches (Ae), the causal agent of pea root rot disease, on the other side. Several fungal isolates were collected across Tunisia and thereafter identified. One Pm isolate, selected for its high aggressiveness, was inoculated on two Mt lines that displayed contrasted responses to Pm. Analysis of H2O2 accumulation and regulation in these two lines showed that this compound is more rapidly and strongly produced in DZA45. 5 epidermal cells. This line has also a more elevated basal peroxidase activity than F83005. 5 (the most susceptible line). These results indicated that reactive oxygen species might play a role in DZA45. 5 to control the disease extent. In the Mt-Ae pathosystem, A17 (partially resistant) and F83005. 5 (susceptible) were selected for further cytological and genetic analyses. Microscopy analyses of root sections revealed that A17 partial resistance to Ae was linked to the protection of the central cylinder. Pericycle cell divisions, lignin deposition around the pericycle and accumulation of soluble phenolic compounds were found to be involved in A17 stele protection. Genetic analyses of resistance were performed with the RIL population (A17 x F83005. 5) and identify one major QTL, named Ae1, on the top of chromosome 3. .

Lors de l'etude botanique de quatre especes de jasmins (jasminum officinale, jasminum azoricum, jasminum grandiflorum et jasminum sambac), l'observation micrographique de poudres de feuilles montre la presence de poils tecteurs et secreteurs. Les caracteristiques des poils tecteurs peuvent constituer un critere de distinction entre les 4 especes. De plus, l'examen microscopique de prelevements de petales a permis d'observer des gouttelettes refringentes supposees contenir des huiles essentielles. L'analyse cg et cg/sm de la concrete de fleurs du jasmin des acores (j. Azoricum) a permis l'identification d'une quarantaine de composes. Deux alcools terpeniques sont particulierement abondants: le farnesol et le geranyllinalol. La composition qualitative de la concrete de j. Azoricum est differente de celles de j. Grandiflorum et j. Sambac d'une part, et de l'huile essentielle de ses propres feuilles d'autre part. L'evolution de la qualite de la concrete est etudiee lors de l'epanouissement de la fleur et durant toute la vie de la fleur. Une autre partie de ce travail est consacree a l'obtention de plants de jasmins resistants a une maladie des racines, le pourridie, provoquee par un champignon (rosellinia necatrix). Ce champignon produit une toxine, la cytochalasine e. Apres la mise au point du dosage par h. P. L. C. De la cytochalasine dans des extraits de mycelium, plusieurs modes de culture sont testes en vue de la recuperation d'extraits fongiques toxiques necessaires a la selection de cals resistants. Parallelement, la regeneration de plants de jasminum officinale et jasminum azoricum a partir de cals est recherchee par organogenese et embryogenese somatique. Les potentialites embryogenes des cals sont mises en evidence par une etude cytologique

Les champignons phytopathogènes sont des parasites majeurs des espèces végétales, autant naturelles que domestiquées. Botrytis cinerea, l’agent de la pourriture grise, en infecte plus de 1400 et est ainsi considéré comme un pathogène généraliste. Pourtant, des données récentes ont mis en évidence une structure des populations liée à leur hôte d’origine. Cette observation soulève l’hypothèse d’une spécialisation à l’hôte, à l’œuvre chez une espèce généraliste. Ce modèle d’étude pourrait permettre de faire avancer la connaissance des mécanismes évolutifs en jeu dans la divergence précoce des populations et la formation de nouvelles espèces fongiques. Cette thèse de doctorat a pour objectifs : (i) de démontrer formellement la spécialisation à l’hôte dans les populations de B. cinerea et d’en déterminer la magnitude et (ii) d’identifier les déterminants génomiques de cette spécialisation. Ainsi j’ai étudié la structure des populations par l’analyse de microsatellites d’un échantillon de 683 isolats, que nous avons corrélé à des tests de pathogénicité croisés sur différents hôtes. Ces travaux ont permis de mettre en évidence la spécialisation de B. cinerea aux hôtes tomate et vigne. En complément de ces lignées sélectionnées, l’espère Botrytis cinerea est constituée d’individus généralistes capables de coloniser les autres hôtes. Des méthodes d’inférence de structure et de généalogies sur des données de polymorphisme issues du séquençage de 32 individus nous ont permis de mieux définir la structure des populations ainsi que d’identifier une lignée spécialisée à la tomate. Enfin, des tests de McDonald-Kreitman et des méthodes de scans génomiques pour détecter des balayages sélectifs ont permis de mettre en évidence des gènes soumis à la sélection divergente entre les populations spécialisées, révélant de possibles déterminants de cette spécialisation. Ces travaux sont ainsi une base pour la validation de plusieurs gènes impliqués dans la pathogénicité hôte-spécifique de B. cinerea, et ouvrent la voie à des améliorations de la gestion du réservoir d’hôtes et des pratiques culturales contre la pourriture grise
Phytopathogenic fungi are major parasites to wild or domesticated plant species. The grey mold fungus, Botrytis cinerea, infects more than 1400 plant species and thus is considered a broad generalist. However, recent data have revealed population structure correlated to the host of origin of isolates. This observation raises the hypothesis of ongoing host specialization in a generalist species. Studying this question could greatly deepen our theoretical knowledge of the evolutionary mechanisms involved in the early stages of population divergence and subsequent speciation. This thesis aims (i) to formally demonstrate the host specialization in B. cinerea’s populations and determine its magnitude, and (ii) to identify the genomic determinants of this specialization. Thus, I studied population structure based on 683 isolates characterized using microsatellite markers. We compared the inferred genetic structure with variations in aggressiveness measured through cross-pathogenicity tests on multiple hosts. These experiments and analyses confirmed the specialization of B. cinerea to tomato and grapevine hosts. Besides these specialized lineages, the species B. cinerea is composed of generalist individuals capable of infecting multiple hosts. I sequenced the whole genome of 32 individuals and characterized nucleotide polymorphism. Structure inference and genomic genealogy methods allowed us to more accurately define the population structure and identify a lineage specialized on tomato. Lastly, McDonald-Kreitman tests and genomic scans methods allowed the identification of genes under divergent natural selection between populations, revealing possible genomic determinants of specialization. This work can serve as foundation for the validation of multiple genes involved in host-specific pathogenicity of B. cinerea, and pave the way for the implementation of efficient strategies for managing pathogen reservoirs and new agricultural practices for controlling grey mold

Analyses of the large-scale population structure of pathogens enable the identification of migration patterns, diversity reservoirs or longevity of populations, the understanding of current evolutionary trajectories and the anticipation of future ones. A detailed analysis of populations in centre of diversity should enable to infer the adaptive capacity of the pathogen and identify potential sources for new invasions. Puccinia striiformis f.sp. tritici (PST) is the causal agent of wheat yellow/stripe rust, and despite a worldwide distribution, this fungus remains a model species for invasion studies, due to its long-distance migration capacity and recurrent local emergence of new strains. Little is known about the ancestral relationship of the worldwide PST population with unknown center of origin. We used multilocus microsatellite genotyping to infer the worldwide population structure of PST and the origin of new invasions, analysing a set of isolates representative of sampling performed over six continents. Bayesian and multivariate clustering methods partitioned the isolates into six distinct genetic groups, corresponding to distinct geographic areas. The assignment analysis confirmed the Middle East-Red Sea Area as the most likely source of newly spreading, high-temperature-adapted strains; Europe as the source of South American, North American and Australian populations; and Mediterranean-Central Asian populations as the origin of South African populations. The existence of strong population subdivision at worldwide level shows that major genetic groups are not markedly affected by recent dispersal events. However, the sources for recent invasions and the migration routes identified emphasize the importance of human activities on the recent long-distance spread of the disease. The analyses of linkage disequilibrium and genotypic diversity indicated a strong regional heterogeneity in levels of recombination, with clear signatures of recombination in the Himalayan (Nepal and Pakistan) and near-Himalayan (China) regions and a predominant clonal population structure in other regions. To explain the variability in diversity and recombination of worldwide PST populations, we assessed their sex ability in terms of telial production, the sex-specific structures that are obligatory for PST sexual cycle, in a set of 56 isolates representative of these worldwide geographical origins. We confirmed that the variability in genotypic diversity/ recombination was linked with the sex ability, pinpointing the Himalayan region as the possible center of origin of PST, from where it then spread worldwide. The reduced sex ability in clonal populations certainly reflects a loss of sexual function, associated to migration in areas where sexual alternate host is lacking, or not necessary for the completion of epidemic cycle. Approximate Bayesian computation analyses confirmed an out of Himalaya spread of PST, with Pakistan and China being the most ancestral population. A detailed analysis of Pakistani population at regional level revealed the existence of a strong population subdivision, a high genotypic diversity and the existence of recombination signature at each location reflecting the role of sexual recombination in the temporal maintenance at local level. A time spaced sampling of PST in the valley of Tianshui (China) inspired the development of a new estimator, allowing to quantify the relative contribution of sexual reproduction and effective population size on the basis of clonal resampling within and between years. A sexual reproduction rate of 74% (95% confidence interval [CI]: 38-95%) and effective population size of 1735 (95% CI: 675-2800) was quantified in Chinese PST population. The description of the origin and migration routes of PST populations worldwide and at its centre of diversity contributes to our understanding of PST evolutionary potential, and is helpful to build disease management strategies.