Academic literature on the topic 'Diversité alpha et beta'

Le cacaoyer (Theobroma cacao, L.) est cultivé dans les tropiques humides d'Amérique latine, d'Afrique et d'Asie. Principale source de revenus d'une agriculture essentiellement familiale, les systèmes agroforestiers à base de cacaoyers fournissent de nombreux services écologiques et contribuent à la conservation de la biodiversité. Ces systèmes associent plantes ligneuses et cultures de manière simultanée, dans une gamme importante et peu décrite de richesses et de structures botaniques. Les connaissances actuelles sur leur productivité se limitent à des essais en milieu contrôlé associant un petit nombre d'espèces. Nos travaux testent l'hypothèse d'une relation de compromis entre le niveau de productivité des cacaoyers et le niveau de biodiversité hébergée par les agroforêts à base de cacaoyers. Nous caractérisons ces compromis sur un gradient de situations de production paysannes, reposant sur la structure verticale, l'intensité de gestion de la composante végétale et le contexte bio-physique des agro-systèmes étudiés. Sur un dispositif de 36 cacaoyères paysannes situées dans la région de Talamanca, Costa Rica, nous montrons que des variations significatives de la structure végétale reflètent les modes de gestion de la parcelle et affectent le rendement par cacaoyer (295 à 667g/arbre/an) mais pas le rendement en cacao (136 kg/ha/an), ni le volume végétal global (400 m3/ha). Ces variations de la structure végétale affectent peu la diversité α des peuplements de plantes associées, d'épiphytes, d'amphibiens, de reptiles, de mamifères, d'invertébrés du sol et de la litière, mais leur diversité β répond de manière contrastée à ces variations d'habitat. Les relations de compromis que nous mettons finalement en évidence entre la productivité en cacao marchand à l'hectare ou à l'arbre et les niveaux de biodiversité atteints sont de nature (linéaire, cubique, quadratique) et de tendances (négative, postive) contrastées selon le taxon considéré et remettent en cause les résultats de certains travaux récents. Nos travaux dévoilent également des situations de compromis optimales, offrant des perspectives positives pour l'intensification écologique des systèmes agroforestiers tropicaux<br>Cacao (Theobroma cacao, L.) is cultivated in the humid tropics of Latin America, Africa and Asia. Cocoa-based agroforestry systems are the main source of income for smallholders' families and provide numerous ecological services and contribute to biodiversity conservation. These systems associate trees with crops simultaneously, in a wide and poorly described range of botanical and structural plant diversity. The current knowledge about their productivity is restricted to controlled trials with a low numer of associated plant species. Our work tests the hypothesis of a trade-off relationship between the level of cocoa productivity and the level of biodiversity hosted in cocoa-based agroforests. We characterize these trade-offs on a gradient of production situations, based on the vertical structure, the management intensity of the vegetal component and the bio-physical context of cocoa-based agroforests. On the base of a 36 on farm cocoa plots network located in Talamanca, Costa Rica, we show that significant variations in the vegetation vertical structure reflect farmer's management strategies and affect the cocoa yield per tree (295 to 667g/tree/year) but neither the cocoa yield per plot (136 kg/ha/year), nor the global plant volume (400 m3/ha). The variations in vegetation structure poorly affected the α-diversity of 7 plant and animal taxa, but their β-diversity gave contrasted and significant responses to habitat variations. Finally, the trade-offs relationships we display between dry cocoa productivity per hectare or per tree and the observed biodiversity levels showed contrasted forms (cubic, quadratic, linear) and tendances (positive, negative) according to the taxa considered and question results from recent publications. Our work also revealed optimal trade-off situations which offer positive prospects for the ecological intensification of tropical agroforestry systems

Le dimere de tubuline alpha/beta, unite structurale des microtubules, peut-etre tres heterogene. Cette heterogeneite a deux origines: genetique et post-traductionnelle. La region carboxy-terminale de la tubuline concentre la tres grande majorite de cette heterogeneite et serait impliquee dans les interactions entre le microtubule et les proteines qui lui sont associees. Nous avons etudie la tubuline de cerveaux de souris et d'axoneme de spermatozoides d'oursin. La methodologie mise en uvre a fait appel aux techniques de la chimie des proteines. Ce travail a permis de montrer que l'extremite carboxy-terminale de la tubuline alpha detyrosylee etait plus heterogene chez la souris adulte que chez le souriceau. Cette heterogeneite ne serait pas due a une diversification du mode de branchement entre les glutamates ajoutes post-traductionnellement, mais a un accroissement de la proportion de tubuline alpha non tyrosylable. La polyglutamylation a ete caracterisee sur les isotypes de tubuline beta un et quatre a, sur les residus glutamyls en position quatre cent quarante et un et quatre cent trente quatre, respectivement. L'ensemble des isotypes de tubuline beta exprimes dans le cerveau de mammiferes peut donc etre glutamyle. Les differentes modifications post-traductionnelles localisees dans la region carboxy-terminale de la tubuline axonemale de spermatozoides d'oursin et leur importance relative determinee. Dans ce systeme, la majorite des tubulines ne sont pas modifiees dans leur region carboxy-terminale. La tubuline beta peut etre polyglycylee et la tubuline alpha peut etre a la fois polyglutamylee et polyglycylee

Les abeilles sont des pollinisateurs essentiels pour les cultures et les plantes sauvages, mais l'intensification des pratiques agricoles a engendré une baisse importante de leur abondance et diversité. Afin de protéger efficacement les abeilles dans les paysages agricoles, il est nécessaire d'avoir une meilleure connaissance de leurs patrons de diversité. L'objectif général de cette thèse était de déterminer les patrons spatio-temporels de la diversité des abeilles et l'utilisation des ressource fleuries dans un système agricole intensif. L'échantillonnage spatialement extensif de l'activité de butinage des abeilles sauvages et domestiques nous a permis de recenser 45040 individus (29314 abeilles domestiques et 15726 sauvages), appartenant à 192 espèces recensées à l'échelle territoriale. Cette diversité représente près de 20% de la richesse des espèces apiformes connues à l'échelle nationale. Cette communauté est caractérisée par une forte proportion d'espèces rares (28,8%) et de fortes variations temporelles et spatiales, en particulier de l'échelle locale jusqu'à 10-20 km2. L'importance des habitats semi-naturels pour soutenir les populations d'abeilles sauvages a été confirmée dans cette étude. Durant les périodes de floraison des cultures oléagineuses, les abeilles sauvages étaient étroitement associées aux habitats semi-naturels alors que les abeilles domestiques ont montré une nette préférence pour les cultures à floraison massive. La diversité des abeilles sauvages dans les habitats semi- naturels était 3-4 fois supérieure à celle observée dans le colza ou le tournesol. L'importance de certains facteurs écologiques clefs pour la diversité des abeilles, comme la richesse floristique locale et la quantité d'habitats semi-naturels dans le paysage, a été confirmée et quantifiée. Il a également été démontré que ces effets varient en fonction de la saison et de l'échelle spatiale. Ces résultats mettent en évidence les processus écologiques responsables des partons de diversité des abeilles à différentes échelles spatiales, et peuvent contribuer à optimiser la conception des mesures de conservation visant à promouvoir la diversité des abeilles dans les agrosystèmes intensifs.

La structure des chaines alpha et beta du tcr de la truite arc-en-ciel a ete analysee. Quatre segments v beta appartenant a des familles differentes ont ete identifies. L'un d'entre eux (v beta1) presente une similarite significative avec la famille v beta20 humaine. Les dix segments j beta sont tres proches de ceux des autres vertebres. La comparaison de 66 jonctions v(d)j montre que la moitie d'entre-elles partage un element d beta. Une diversite considerable est observee au niveau des jonctions v-d-j (n-nucleotides). Un fort pourcentage de rearrangements hors phase est observe, suggerant que des modalites particulieres de selection du repertoire des lymphocytes t. Le domaine extracellulaire de la region constante est plus court que celui des mammiferes et la region charniere ne comporte pas le residu cysteine. Le domaine transmembranaire est bien conserve et contient le motif cart et un residu lysine. Six familles v alpha ont ete caracterisees, ayant des similarites significatives avec les segments v alpha/delta des mammiferes. Parmi 32 jonctions v(d)j, on trouve 29 segments j alpha differents, suggerant que les poissons possedent un grand nombre d'elements genomiques j alpha. Les jonctions v-j des chaines alpha montrent une grande diversite et possedent des residus glycine. La region constante c alpha est courte. Toutefois la structure minimale des feuillets beta est retrouvee. La taille, la composition en acides amines, le motif cart-alpha et les residus charges sont tres bien conserves dans la region transmembranaire. Nous avons egalement mis en evidence un nouvel isotype (l2) de chaine legere des ig de truite qui sur le plan evolutif, ne peut etre classe parmi les isotypes ou des mammiferes. Comme chez les autres teleosteens, l'analyse genomique du locus l2 de truite revele un grand nombre de segments cl2 et vl2, suggerant une organisation en cassettes du locus igl2

Contexte: L’importance écologique des fourmis dans les écosystèmes terrestres justifie qu’elles soient considérées comme groupe cible pour des actions de conservation. De plus, de par leur abondance, leur facilité de récolte et leur réponse à des perturbations, elles présentent un potentiel intéressant comme groupe indicateur précoce de l’état de santé des écosystèmes. Par contre, pour le choix d’aires à protéger, leur utilité comme intégrateur des conditions de milieu par rapport à des indicateurs classiques tels que les assemblages de plantes n’est pas clairement établie. En d’autres termes, répondent-elles plus finement que les plantes à différentes conditions de milieu et dans ce cas doit-on s’attendre à trouver au sein de formations végétales comparables plusieurs types d’assemblages de foumis? Si tel est le cas, la méthode utilisant les assemblages de végétaux pour sélectionner les sites à protéger peut ne pas permettre une conservation efficace de la diversité des fourmis. Ce type de problématique s’aborde bien le long de gradients environnementaux. Pour faciliter l’interprétation des résultats en terme de réponse aux facteurs abiotiques il est préférable de limiter le nombre de facteurs qui varient en même temps. Dans ce sens, le Chaco sec paraguayen représente un système très favorable: faible déclivité, faibles variations de températures moyennes mais gamme très étendue de conditions de pluviométrie (350mm à 1000mm de précipitations moyennes annuelles) et des sols variables (texture limoneuse à sableuse). L’aridité est l’un des principaux facteurs pouvant limiter la diversité des fourmis soit directement en exerçant un stress physiologique sur les espèces, soit indirectement en limitant la productivité primaire de l’habitat. Les conditions édaphiques peuvent également avoir une influence en affectant par exemple la survie des colonies qui nidifient dans le sol. <p>Objectifs: Les principaux buts de la thèse sont (1) de déterminer l’influence de l’aridité et des conditions édaphiques sur la distribution et la structure des assemblages de fourmis terricoles du sol en forêts tropicales sèches, (2) mettre en évidence les mécanismes qui facilitent la coexistence des espèces de fourmis à l’échelle locale, (3) déterminer si à l’échelle régionale les fourmis et les plantes répondent de façon similaire aux conditions du milieu. <p>Méthode: Onze localités ont été échantillonnées le long d’un transect régional long de 400km. Au niveau de chaque localité, trois transects élémentaires longs de 200m et séparés les uns des autres par 200m ont été effectués. La myrmécofaune a été échantillonnée à l’aide de 20 pièges à fosse et de 20 Winkler par transect élémentaire. La végétation de chaque site a été caractérisée sur base de l’abondance de 45 espèces d’arbres ou d’arbustes caractéristiques de la flore chaquéenne. Les propriétés physico-chimiques du sol ont également été mesurées. A fine échelle, l’organisation spatio-temporelle d’un assemblage a été étudié dans une localité de référence.<p>Résultats: Au total, plus de 50.000 spécimens correspondant à 206 espèces de fourmis ont été collectés avec en moyenne (± SD) 62 ± 10 espèces par localité. Pour un même effort d’échantillonnage, le nombre d’espèces de fourmis récoltées à l’aide des pièges à fosse augmente avec l’aridité et une tendance inverse est observée pour les Winkler. Puisque les Winkler peuvent entraîner une sévère sous-estimation de la diversité des fourmis d’un habitat, seules les données des pièges à fosse sont utilisées pour la suite des analyses. La diversité locale &<br>Doctorat en Sciences<br>info:eu-repo/semantics/nonPublished

L’origine de la structuration spatiale de la diversité inter spécifique (SSDS) des forêts d’Afrique centrale est l'objet de vigoureux débats quant à l’importance relative des facteurs historiques, stochastiques et déterministes. De plus, la SSDS est le plus souvent mal caractérisée, en particulier la variation spatiale de la composition des communautés (diversité beta).<p>L’hypothèse la plus souvent avancée pour expliquer l’origine des centres de diversité et d’endémisme est historique :ces centres constitueraient d’anciens refuges forestiers formés pendant les périodes sèches du Quaternaire. Cependant, la forte hétérogénéité environnementale de ces régions pourrait tout aussi bien expliquer la SSDS.<p>L'objectif principal de cette thèse est de tester l'importance de ces facteurs (historiques et/ou hétérogénéité environnementale) :si les facteurs historiques sont déterminants, on s’attend à observer une concordance spatiale entre la SSDS et la structure spatiale de la diversité génétique (SSDG). En effet, la variation neutre au sein des espèces est en grande partie soumise aux processus qui affectent également la SSDS (dérive génétique/écologique et dispersion des espèces/flux de gènes). L’approche utilisée dans cette thèse consiste donc à comparer et évaluer la concordance spatiale entre la SSDS et la SSDG.<p>Le modèle biologique et le cadre géographique de cette étude sont les communautés et les populations d’arbres des forêts humides d’Afrique centrale atlantique, avec une attention particulière pour les forêts gabonaises. La SSDS a été étudiée sur la base de relevés de communautés d’arbres (16308 individus) et la SSDG sur la base de séquences d’ADN chloroplastiques de six espèces d’arbres (Greenwayodendron suaveolens, Scorodophloeus zenkeri, Afrostyrax lepidophyllus, Afrostyrax kamerunensis, Santiria trimera et Erythrophleum suaveolens).<p>Quatre objectifs spécifiques ont été retenus :<p>(i)\<br>Doctorat en Sciences<br>info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les acides but-3-enoiques substitues en position 3 sont préparés par substitution de l'acide 3-iodobut-3-enoique par des organozinciques ou organostanniques en présence de complexes de palladium et du dmf. Cette étude a été étendue aux dérivés de l'acide 3-iodopropénoique (z ou e) pour préparer des acides alpha-beta insaturés substitues en position beta. Nous avons montré que l'utilisation d'acétylures de zinc en présence d'un complexe de palladium ii peut s'avérer une méthode très efficace pour préparer, d'une façon stéréosélective, des composés possédant des structures enynoiques fonctionnelles porteuses notamment de la fonction acétal. De plus, nous avons montré que le couplage de vinylétains avec ces acides beta iodé conduit stéréosélectivement a des structures diénoiques. Les possibilites offertes par la synthèse de ces oléfines substituées, en particulier, le deuxième site électrophile qu'est la fonction acide a permis de synthétiser des molécules terpéniques telles que les ocimenones, la () ar-turmerone, les pseudotagetones et des amides naturels tels que la pellitorine et la kalecide. Les résultats obtenus au cours de ce travail apparaissent comme une contribution a la synthèse stéréospécifique d'oléfines di- ou trisubstituées porteuses d'une fonction acide.

Les régions centromériques reposent, chez les Primates, sur une famille de séquences répétées en tandem appelée l'ADN alpha satellite. Les monomères de cet ADN (≈170 pb) se sont diversifiés au cours de l'évolution, formant des familles de séquences aux profils d'organisation et distribution variés. La diversité des alphas satellites chez les primates non-humains reste cependant peu caractérisée, et la compréhension de la dynamique évolutive de cet ADN nécessite son intégration dans de plus larges analyses comparatives. Les Cercopithèques, qui présentent une évolution chromosomique originale par fissions et émergences de nouveaux centromères, apparaissent comme des modèles d'étude prometteurs.Nous avons appliqué une nouvelle technologie de séquençage à des monomères et dimères d'alpha satellites, isolés à partir des génomes de Cercopithecus solatus (2n = 60) et C. pogonias (2n = 72). Ces deux espèces appartiennent à des lignées primaires distinctes au sein des Cercopithèques, et ont divergé l'une de l'autre il y a plusieurs millions d'années. L'analyse computationnelle des séquences collectées a permis la caractérisation de six familles d'alpha satellites, dont quatre sont partagées entre espèces et deux ne sont retrouvées que chez C. pogonias. Au moins trois familles seraient impliquées dans des répétitions d'ordre supérieur, profil d'organisation jusque-là inconnu dans l'ADN alpha satellite des Cercopithèques. L'hybridation in situ en fluorescence des familles identifiées, réalisée grâce à des sondes oligonucléotidiques hautement discriminantes, a permis de visualiser leur distribution sur les chromosomes de C. solatus et C. pogonias. Certaines de ces familles se distribuent différentiellement entre chromosomes, révélant l'existence d'une diversité interchromosomique de l'ADN alpha satellite chez les singes de l'Ancien Monde. Leurs positions sur les régions centromériques vont en faveur de l'hypothèse du gradient d'âge des alphas satellites, selon laquelle les familles se forment aux centromères en déplaçant les familles préexistantes vers les péricentromères. L'extension de cette analyse cytogénétique à quinze espèces et l'interprétation de ses résultats à la lumière d'une phylogénie moléculaire, nouvellement reconstruite, nous ont permis de proposer un scénario évolutif pour l'ADN alpha satellite chez les Cercopithèques. Celui-ci apparaît évoluer de manière concertée avec les chromosomes, se diversifiant et se déplaçant sur les régions centromériques à mesure que ces derniers se fissionnent et voient l'émergence de nouveaux centromères. Ces travaux ont enfin apporté des informations nouvelles quant aux relations de parenté entre Cercopithèques, invitant à une intégration de l'ADN alpha satellite dans l'étude de l'histoire évolutive des Primates. L'approche méthodologique mise au point a permis de caractériser la diversité et de comprendre l'évolution de l'ADN alpha satellite chez les Cercopithèques. Elle pourra être appliquée à l'étude de ces séquences particulières chez d'autres primates, ainsi qu'à l'étude de différents satellites chez des espèces primates comme non-primates<br>Alpha satellite DNA is the main family of tandemly repeated sequences lying in primate centromere regions. Alpha satellite monomers (≈170 bp) diversified during the course of evolution, forming distinct families of alpha satellite sequences that exhibit specific organizational and distribution patterns. The limited amount of studies concerning non-human primates is a restriction to the understanding of alpha satellite evolutionary dynamics, which calls for the integration of this element into comparative studies. Cercopithecini, which display an unusual chromosomal evolution by multiple fissions and new centromere formations, constitute a promising study model.We carried out next generation sequencing of alpha satellite monomers and dimers isolated from the Cercopithecus solatus (2n = 60) and C. pogonias (2n = 72) genomes. These species belong to different primary lineages within the Cercopithecini tribe and diverged from each other several million years ago. Computational tools were used to analyze the collected sequences and characterize six alpha satellite families, four of them being shared between species and two being limited to C. pogonias. At least three families belong to higher order repeats, an organizational pattern that had never been observed in Cercopithecini. The fluorescence in situ hybridization of each family, performed with highly discriminant oligonucleotide probes, showed their distribution on C. solatus and C. pogonias chromosomes. Some of them distribute on distinct sets of chromosomes, disclosing the existence of alpha satellite interchromosomal diversity in Old World monkeys. Their position along centromeric regions is largely in accordance with the age-gradient hypothesis, according to which new families expand at centromere, thereby splitting and displacing older families toward pericentromeres. The extension of this analysis to fifteen species, combined to a newly reconstructed molecular phylogeny, allowed us to propose an evolutionary scenario for alpha satellite DNA in Cercopithecini. Alpha satellite DNA diversification and displacement on centromere regions appear intimately connected to chromosome rearrangement dynamics, including new centromere formations, which suggests that centromeres and chromosomes evolve in a concerted manner. Finally, this work provided information about Cercopithecini relationships and thus encourages the integration of alpha satellite DNA into the study of primate evolutionary history.Our new methodological approach allowed deciphering alpha satellite diversity and dynamics in Cercopithecini. This framework could be used to study alpha satellite DNA in other primates, and be applied to different satellites in primates as in non-primate species