Academic literature on the topic 'Elements transponibles'

We did functional characterisation of Drosophila melanogaster linker histone, dH1. In the mutant state for this protein, we observed structural changes in polytene chromosomes chromocenter and nucleoli of mutant larvae. In addition, we performed a microarray analysis in H1 mutant background in order to determine contribution of dH1 to gene expression regulation. We determined effects of dH1 loss in different types of chromatin and we identified groups of differentially expressed (DE) genes, groups in sense of physical clusters of genes and genomic elements rather than groups of functionally related genes. We found that dH1 affects in greater extent expression of heterochromatin genes compared to its effect on euchromatin genes; that dH1 regulates transcription in a regional manner, since the genes physically nearest to the most DE genes tend to be upregulated as well; and that dH1 is negatively regulating expression of transposable elements and members of certain gene families. In addition, we found that dH1 is necessary for preserving genome stability. Among DE transposable elements we detected R1 and R2 retrotransposons, elements that are integrating specifically in rRNA locus. We showed that activation of their transcription is also upregulating expression of aberrant, transposon-inserted, rDNA units of the locus. In this regard we observed an accumulation of extra-chromosomal rDNA circles, increased γ-H2Av content, stop in cell proliferation and activation of apoptosis. Altogether, these results are revealing so far unknown role of histone H1 in preserving genome stability and its effects on cell proliferation.

El interés por los mecanismos que generan las reordenaciones cromosómicas se ha reavivado recientemente gracias al enorme avance que supone la comparación de genomas secuenciados. En Drosophila, las inversiones cromosómicas son abundantes como polimorfismos intraespecíficos y como cambios fijados entre especies. Sin embargo, aun sabemos poco acerca de la generación de estas inversiones naturales y sus consecuencias moleculares. Se conocen diversos mecanismos moleculares capaces de generar inversiones cromosómicas. En el mecanismo clásico, un fragmento cromosómico generado por dos roturas puede repararse erróneamente y resultar invertido (NHEJ). Por otro lado, los elementos transponibles (TE) pueden actuar como sustrato de la recombinación ectópica entre copias insertadas en orientación inversa en sitios cromosómicos alejados e inducir inversiones. Los TE también pueden generar inversiones por otros procesos como la transposición aberrante o como simples endonucleasas. De cualquier modo, ambos mecanismos son capaces de producir duplicaciones asociadas a la inversión. En diversos análisis moleculares de puntos de rotura de inversiones en Drosophila se han descrito duplicaciones invertidas que la flanquean. Sin embargo, un problema aun no resuelto es si el mecanismo per se puede producir las coincidencias y no aleatoriedad observada de los puntos de rotura o, si la selección modula su distribución independientemente de cómo se produzcan. Este trabajo completa el estudio de nuestro grupo de investigación que ha demostrado anteriormente que tres inversiones polimórficas del cromosoma 2 de Drosophila buzzatii (2j, 2q7, 2z3) se generaron por recombinación ectópica entre copias del elemento transponible Galileo. En la única inversión fijada estudiada previamente en D. buzzatii (inversión 5g) no se ha demostrado la implicación de TE. Hemos llevado a cabo el estudio de los puntos de 2 rotura de las otras tres inversiones fijadas en el cromosoma 2 de D. buzzatii desde su divergencia del ancestro del grupo repleta: 2m, 2n y 2z7. Por otro lado, las inversiones 2m y 2n están dispuestas en tándem, compartiendo un punto de rotura a nivel citológico. En ambos puntos de rotura de la inversión 2z7 se han encontrado fragmentos degenerados de un elemento de la familia Galileo que sugieren que esta inversión podría haberse originado por recombinación ectópica. Por otro lado, el análisis molecular de las inversiones 2m y 2n, ha confirmado la coincidencia citológica de uno de los puntos de rotura. La inversión 2m está asociada a una duplicación génica que incluye el gen CG4673 y dos genes anidados en éste (CG5071 y CG5079). En la posición original (punto de rotura AC), los genes CG4673 y CG5079 se han pseudogeneizado. En la duplicación (punto de rotura BE), el gen CG4673 es funcional pero no hay rastro de los genes anidados debido a la pérdida del intrón 6 (que incluye ambos genes anidados). Esta duplicación parece además, haber sufrido una posterior micro-inversión. Existen tres posibles mecanismos para explicar el origen de esta compleja reorganización y la reutilización observada. (i) primero se originaría la inversión 2m mediante NHEJ y posteriormente la inversión 2n por recombinación ectópica entre copias del elemento BuT5. (ii) primero se originaría la inversión 2n mediante NHEJ y posteriormente la inversión 2m por inserción híbrida. (iii) que ambas inversiones hubieran sido simultáneas. (1 rotura escalonada + 2 roturas DSB más reparación NHEJ de los dos fragmentos generados). Finalmente, se habrían localizado hasta tres transcritos relacionados con el gen CG4673 en D. buzzatii por uno sólo en el genoma no invertido de D. mojavensis. Uno procedería de la copia degenerada del gen (punto de rotura AC) y otros dos de la copia del gen funcional (punto de rotura BE). Estos transcritos se relacionan formando moléculas de dsRNA que podrían estar regulando la expresión del gen funcional.<br>The interest in the origin of chromosomal rearrangements has been recently revived due to the increase in the number of sequenced genomes and the results obtained from their comparison. In Drosophila, chromosomal inversions are abundant as intraspecific polymorphisms and as fixed changes between species. However, still little is known about the molecular causes that generate natural inversions and their consequences. Moreover, the distribution of inversion breakpoints is nonrandom and breakpoints are commonly reused. This nonrandom distribution could be due to the mechanism that generate the inversions or to selection. Different molecular mechanisms are capable of generating chromosomal inversions. In the classical view, the insertion in the opposite direction of a chromosome fragment generated by two breaks generates an inversion (Non Homologous End Joining). Ectopic recombination between homologous sequences inserted in reverse orientation can also produce a chromosomal inversion. Transposable elements (TE) have been described as agents of ectopic recombination. Moreover, TE can also be involved in the generation of inversions by other processes such as aberrant transposition or acting as simple endonucleases. In any case, duplications flanking the inversion have been reported in several molecular analyses of breakpoints in Drosophila. The origin of these duplications has been commonly described as result of the reparation of a staggered break. Breakpoint reuse, inversion success and preferential mechanisms between species, time or chromosomes of inversion still remains unclear. Our work aims at shedding light on the non resolved problems about inversions. Our research group has been working with Drosophila buzzatii species that belongs to the repleta group as a model to understand the generation of chromosomal inversions. Our research group has previously shown that three polymorphic inversions of the chromosome 2 of D. buzzatii (2j, 2q7, 2z3) were generated by ectopic recombination between copies of the transposable element Galileo. On the other hand, in the only previously studied fixed inversion in D. buzzatii (5g) transposable elements has not been related with its origin. To analyze a possible profile between mechanism and success of fixation, we have carried out the study of the breakpoints of the other three inversions fixed on chromosome 2 of D. buzzatii since its divergence from the ancestor of the repleta group: 2m, 2n and 2z7. On the other hand, inversions 2m and 2n are arranged in tandem, sharing a breakpoint under cytological view. Degenerated fragments of a transposable element of the Galileo family were found in both breakpoints of inversion 2z7 suggesting that this inversion could have been originated by ectopic recombination as previously studied polymorphic inversions. 2z7 is the first fixed inversion described as a result of ectopic recombination. Degenerated fragments of BuT5 were founded in all breakpoints of inversions 2m and 2n. Furthermore, inversion 2m has been associated with a gene duplication that includes the gene CG4673 and its two nested genes (CG5071 and CG5079). In the original position (2m inversion distal breakpoint), CG4673 and CG5079 genes have became pseudogenes. In the duplication (2m and 2n shared breakpoint), the gene CG4673 is functional however there are no traces of the nested genes due the loss of the intron that includes them. Furthermore, molecular analysis of the inversions 2m and 2n has confirmed the coincidence of the breakpoints. Finally, the whole duplication was later inverted due the one micro-inversion. There are three possible mechanisms to explain the origin of this complex arrangement and the observed reuse. (i) The inversion 2m occurred first with NHEJ and later ectopic recombination between copies of the BuT5 element generated inversion 2n. (ii) The inversion 2n occurred by NHEJ and later the inversion 2m by hybrid insertion. (iii) Both inversions were simultaneous (two wrong repaired fragments generated with one staggered breakage and two double strand breakages). Finally, three transcripts related to the gene CG4673 have been found in D. buzzatii while only one was found in the non-inverted genome of D. mojavensis, also from repleta group. One of these three transcripts corresponds to the pseudogene in the 2m inversion distal breakpoint and the other two transcripts correspond to the functional copy of the gene in the 2m-2n shared breakpoint (one sense and one antisense transcript). These transcripts form dsRNA molecules that could be involved in the regulation of the expression of the CG4673 gene.

El presente trabajo trata sobre dos temas coyunturalmente relacionados: el fenotipo de las cepas M115 y RM115 de Drosophila melanogaster y el elemento transponible FB-NOF.<br/>La cepa M115 de D. melanogaster presenta el fenotipo zeste1 ampliado a los machos. Este fenotipo se caracteriza por los ojos de color amarillo claro y, aunque normalmente se presenta en hembras pues es necesario el apareamiento de dos copias del gen white para producirse, puede observarse en machos portadores de duplicaciones de white. Es la conocida interacción zeste-white. M115 es una cepa inestable y se pueden encontrar individuos revertientes de forma regular. Un macho revertiente dio lugar a la cepa RM115. Este par de cepas son fenotípicamente parecidas a las descritas por la Dra. Rasmuson-Lestander, w+UZ y w+UR.<br/>Siguiendo los pasos de Rasmuson-Lestander en la caracterización de w+UZ y w+UR, identificamos la inserción de un elemento transponible FB-NOF en nuestras cepas M115 y RM115, pocas kilobases a 3' del gen white. Aunque el punto de inserción es exactamente el mismo que en las cepas de Rasmuson-Lestander, nuestros experimentos de Southern Blot demuestran que se trata de inserciones distintas, lo cual plantea si esa región podría ser un hot spot de integración para FB-NOF. Al llevar el análisis un paso más adelante, encontramos que las cepas de ojos amarillos, M115 y w+UZ, eran portadoras de una duplicación del gen white, que explica el fenotipo ampliado a los machos. La reversión en RM115, por su parte, consiste en la deleción de una de las dos copias del gen. Así pues, debemos descartar las hipótesis de Rasmuson-Lestander que apuntaban a la interferencia de FB-NOF en la interacción zeste-white.<br/>El elemento transponible FB-NOF es uno de los menos conocidos de D. melanogaster. Dio origen al grupo de transposones denominados foldback por su estructura modular repetitiva y se desconocen los detalles de su biología. En este trabajo proponemos una forma más sencilla de estructurar el elemento que facilita su estudio, sobretodo a partir de secuencias genómicas. Además, analizamos su distribución en el genoma de D. melanogaster, la relación entre las secuencias que lo integran y la expresión de su secuencia codificante. Los resultados de dicho análisis revelan que FB-NOF funciona como un solo transposón con un sesgo en sus preferencias de inserción y que se mantiene activo en la actualidad.<br>The subject of the present thesis focuses on two related issues: the phenotype of the mutant strains M115 and RM115 from Drosophila melanogaster and the transposable element FB-NOF.<br/>The D. melanogaster strain M115 presents an extended zeste1 phenotype to both males and females. This phenotype confers a pale yellow color in the eyes and, however it is usually seen only in females since it is necessary to have paired copies of the white gene, this phenotype can also be observed in males carrying a white duplication. This is known as the zeste-white interaction. M115 is an unstable strain and one can find revertant flies regularly. A revertant male established the so-called RM115 strain. These two strains are phenotipically similar to those described by Dr. Rasmuson-Lestander, w+UZ and w+UR.<br/>Following Rasmuson-Lestander's steps in the characterization of w+UZ and w+UR, we identified the insertion of an FB-NOF transposable element in M115 and RM115, just few kilobases downstream the white gene's coding region. Despite the insertion point is exactly the same in both sets of strains, ours and Rasmuson-Lestander's, our Southern blot analysis demonstrate that the two insertions are different. This suggests we could have found a hot spot for the FB-NOF integration. Taking our analysis a step further, we found that the yellow-eyed strains, M115 and w+UZ, carried a white gene duplication, which is the main cause for the male extended zeste1 phenotype. Reversion of the phenotype consists in deletion of one of the two copies of the gene. Therefore, we must discard Rasmuson-Lestander's hypothesis pointing to an FB-NOF interference in the zeste-white interaction as the main cause of the extended phenotype.<br/>The FB-NOF transposable element is one of the less known in D. melanogaster. It established the group called foldback transposons due to its modular and repetitive structure, and its biology still remains unknown. In this thesis, we propose a simplest way to arrange the element's sequence to make its study from genomic sequences easier. Moreover, we analyze its distribution in the D. melanogaster's genome, the relationship between the sequences that compose it and the expression of the coding regions within. The results from this analysis reveal that FB-NOF behaves as a single transposon, with a bias in its insertion preferences and it is still active at the present time.

Estudios previos de la distribución de los sitios de inserción de los elementos transponibles (ETs) bilbo y gypsy, en cromosomas de Drosophila subobscura se han realizado en aras de entender, con más claridad, la implicación de los ETs a nivel evolutivo y los mecanismos susceptibles de promover su actividad. D. subobscura es una especie interesante para el estudio de estos aspectos ya que colonizó Suramérica y Norteamérica recientemente (hace 30 años aproximadamente). Este escenario de colonización hace que esta especie sea valiosa para el estudio del impacto de la colonización en la dinámica y distribución de los ETs en el genoma. Los resultados de la presente investigación, comparando copias de elementos móviles en poblaciones originales y colonizadoras, apoyan la hipótesis de que la deriva fundadora es la responsable de la distribución bimodal de dos ETs previamente observada en el genoma de las poblaciones colonizadoras. Sin embargo, no podemos descartar, de manera categórica, la existencia de un incremento de las tasas de transposición hacia determinados lugares cromosómicos en las poblaciones colonizadoras. Con el objetivo de determinar si la actividad de los ETs era diferente en poblaciones originales y colonizadoras se realizó un estudio de las tasas de expresión y transposición de los ETs gypsy y bilbo. Las tasas de expresión se analizaron en el tejido total de individuos adultos, ovarios y testículos. Los resultados de los análisis de individuos completos mostraron diferencias en las tasas de expresión de estos elementos, siendo gypsy el que presentó tasas de expresión más altas que bilbo. A este nivel de comparación, las poblaciones colonizadoras mostraron un patrón generalizado de mayores tasas de expresión que las originales. Esto nos hace suponer que existe un aumento de actividad de estos dos elementos a nivel somático en las poblaciones colonizadoras. No obstante, en los análisis de la línea germinal no se observó este patrón: entre las poblaciones colonizadoras y originales no se observaron diferencias generalizadas en las tasas de expresión. Uno de los puntos destacables de este trabajo es la diferencia en las tasas de expresión a nivel de sexos. Gypsy presentó en los análisis de individuos completos tasas de expresión más altas en las hembras, mientras que en la línea germinal dicho incremento se presentó en los machos. Sin embargo, en el caso de bilbo tanto los análisis de individuos completos como los de la línea germinal muestran mayores tasas de expresión en los machos. Los estudios de las tasa de transposición de gypsy mostraron una mayor incidencia de nuevos eventos de transposición en machos de las poblaciones colonizadoras, mientras que en las originales estas diferencias a nivel de sexos no parecen tan evidentes. Los resultados del presente estudio evidencian que existen diferencias en las tasas de expresión de gypsy y bilbo, a diferentes niveles de comparación (sexo, tipo celular y población). Estas diferencias pueden estar determinadas por mecanismos de control diferentes para cada elemento. Se sabe que el control epigenético de la expresión de muchos ETs sigue mecanismos diferentes en tejido germinal y somático. Además este control puede verse influenciado por el ambiente al que esté sometido cada población y por su contenido genético (también influido por la colonización). Esto explicaría las diferencias observadas entre tipos celulares y poblaciones. El conjunto de mecanismos de regulación desplegados por el genoma huésped afectaría la expresión y la dinámica poblacional de estos ETs en el genoma de D. subobscura.<br>Previous studies about the distribution of the transposable elements (TEs), bilbo and gypsy in Drosophila subobscura chromosomes were done to a better understanding of the role of TEs and the mechanisms triggering their activity. D. subobscura is an interesting species of study because it recently colonized South America and North America (~ 30 years ago); which makes this species valuable for studying the impact of the colonization in the dynamic and distribution of TEs in the genome. This research work where we compare the copies of mobile elements in original and colonizer populations, supports the hypothesis that the founding drift is the responsible for the bimodal distribution, previously observed in two TEs in the genome of colonizer populations. However, we cannot categorically discard the existence of an increase of transposition rates towards particular sites of chromosomes in colonizer populations. In order to assess whether TE activity was different in original vs. colonizer populations, a study of expression and transposition rates of gypsy and bilbo was performed. The expression rates were analyzed in whole adult individuals, ,ovaries and testes. The results of the of whole individual analysis showed differences in expression rates of both elements, being gypsy which showed the highest rate . Moreover, colonizing populations showed a generalized pattern of higher expression rates than original ones. This result suggests an increase in the activity of these two elements at somatic level in colonizing populations. However, this pattern was not observed in the germline analysis of where no differences in expression rates were observed between colonizing and original populations. A major point of this work are the differences in expression rates between sexes. (i.e. between males and females at both levels Gypsy showed the highest expression rate in females, whereas in the germline the largest increase was found in males. However, the expression rates of bilbo were the same when germinal line and the whole individuals males were checked. Studies of gypsy transposition rates showed a higher incidence of new transposition events in males from colonizing populations whereas in original populations these differences were not clear. Results of this study show differences in the expression rates of gypsy and bilbo at different levels: sex, cellular type, and population. These differences could be determined by different control mechanisms specific of each element. It is known that the epigenetic control of expression of many TEs follows different mechanisms in germinal and somatic tissues. Moreover, this control can be influenced by the environment to which each population is exposed and their genetic content (at the same time affected by the colonization). This would explain the observed differences between germinal line, somatic tissues and populations. The regulation mechanisms displayed by the host genome would affect the expression and the population dynamics of these TEs in the D. subobscura genome.

El trabajo presentado en esta tesis se centra en el estudio del impacto de los elementos transponibles sobre los genes y genomas vegetales y en los mecanismos de control de la transposición en estos genomas. Para ello se ha analizado, por un lado, la dinámica que ha seguido la familia Emigrant de MITEs dentro del genoma de Arabidopsis. Y, por otro lado, se analiza el control de la transcripción del retrotransposón Tnt1 de tabaco.<br/>1. ESTUDIO DEL IMPACTO DE LOS ELEMENTOS TRANSPONIBLES SOBRE LOS GENOMAS VEGETALES: Análisis de la familia Emigrant de MITEs de Arabidopsis thaliana.<br/>Los MITEs son pequeños transposones de DNA sin capacidad codificante, presentes en un elevado número de copias en la mayoría de los genomas. Se postula que son movilizados por elementos autónomos emparentados, presentes en los mismos genomas. El primer grupo de MITEs descrito en Arabidopsis fue la familia Emigrant (Casacuberta et al., 1998).<br/>El objeto de nuestro estudio es conocer la dinámica de estos elementos y su efecto sobre la evolución de los genes y genoma de Arabidopsis.<br/>Gracias a la disponibilidad de la secuencia genómica de Arabidopsis se ha diseñado un programa informático para identificar todas las copias de elementos Emigrant contenidas en el genoma de Arabidopsis. Con tal de encontrar el máximo número de elementos Emigrant, se fundamentó la búsqueda en las repeticiones terminales (TIRs) conservadas que definen esta familia de MITEs. De esta forma se pueden encontrar subfamilias representadas por un bajo número de copias o aquellas copias antiguas y, por tanto, más divergentes, de transposones Emigrant, presentes en el genoma de Arabidopsis. También se han desarrollado otras herramientas informáticas que han permitido realizar análisis filogenéticos y evolutivos de estos elementos. A su vez, mediante técnicas moleculares se ha estudiado el polimorfismo de estos MITEs existente entre diferentes ecotipos de Arabidopsis.<br/>Mediante estos análisis se han identificado 151 copias Emigrant distribuidas por todo el genoma de Arabidopsis. La mayoría de éstas se pueden agrupar en tres familias, cada una de las cuales puede ser subdividida, a su vez, en subfamilias de variabilidad diferente. El análisis de estas subfamilias ha revelado que mientras que las copias más recientes se localizan lejos de secuencias génicas, aquellos elementos más antiguos aparecen frecuentemente asociados a genes. Esto sugiere que los elementos Emigrant han podido jugar un papel importante en la evolución de los genes de Arabidopsis. Los resultados obtenidos se han publicado en la revista de carácter científico Molecular Biology and Evolution (Santiago et al., 2002). Además la existencia de polimorfismos de inserción de estos transposones entre diferentes ecotipos de Arabidopsis indica la existencia de una actividad reciente de movilización de estos elementos.<br/>2. ESTUDIO DEL CONTROL DE LA TRANSPOSICIÓN: Análisis del control de la expresión del retrotransposón Tnt1 de tabaco.<br/>Tnt1 fue el primer retrotransposón activo de plantas descrito (Grandbastien et al., 1989). Está presente en cientos de copias en el genoma de tabaco y se expresa en ciertas condiciones de estrés (Casacuberta y Grandbastien, 1993; Mhiri et al., 1997).<br/>Por otra parte el silenciamiento génico parece ser el principal mecanismo por el que los diferentes organismos controlan la proliferación de los elementos transponibles y secuencias extrañas dentro de sus genomas (Vaucheret y Fagard, 2001; Hammond et al., 2001; Rudenko et al., 2003).<br/>En el trabajo presentado en esta memoria se analiza el control de la expresión del retrotransposón Tnt1 a nivel de la terminación de la transcripción y poliadenilación del mRNA y a nivel de la conformación de la cromatina, mediante el estudio de cambios en el silenciamiento de Tnt1 en condiciones de estrés. Se analiza la existencia y variación de intermediarios del silenciamiento, como siRNAs y modificaciones de la cromatina.<br/>En este trabajo se han diseñado diferentes estrategias para inducir el silenciamiento transcripcional de transgenes cuya expresión está promovida por el promotor 35S del CaMV. Los resultados obtenidos indican que en condiciones de estrés se relaja el silenciamiento del retrotransposón Tnt1 sin que se vea comprometido el silenciamiento de otros transgenes estudiados. Por esta razón se decidió caracterizar molecularmente el silenciamiento de Tnt1.<br/>Se han identificado siRNAs que pueden estar mediando la represión de Tnt1 en hoja de tabaco, cuando este elemento no se transcribe y sus secuencias promotoras están asociadas a cromatina inactiva. <br/>Por otra parte, con tal de conocer de qué manera Tnt1 supera su silenciamiento y se expresa en situaciones de estrés, se ha analizado la influencia de la región U3 de las LTRs de este retrotransposón (donde se localizan los elementos promotores de su transcripción) sobre este proceso. Los resultados obtenidos sugieren que la región U3 no es suficiente para superar el silenciamiento de Tnt1 y que quizás otras secuencias de la LTR o factores estructurales son las que permiten la expresión del retrotransposón.<br>The work presented in this doctorate thesis focuses on the analysis of plant transposable elements. Here is described the study of the impact these sequences have had on plant genes and genomes and, on the other hand, on the control of the proliferation of the transposable elements within genomes. In particular, I have analysed de dynamics of the Emigrant family of MITEs within the Arabidopsis genome and the transcriptional control of the tobacco Tnt1 retrotransposon.<br/>1. STUDY OF THE IMPACT OF TRANSPOSABLE ELEMENTS ON PLANT GENOMES: Genome-wide analysis of the Emigrant family of MITEs from Arabidopsis thaliana.<br/>MITEs are short DNA transposable elements lacking any coding capacity. They are found in a high copy number in most of the analysed genomes. They are supposed to be mobilized by other longer related autonomous elements present in the same genomes. The first MITE described in the plant Arabidopsis thaliana was the Emigrant family (Casacuberta et al., 1998).<br/>The object of the study here described is to understand the dynamics of these elements and their effect on the Arabidopsis genes and genome evolution.<br/>In order to detect divergent ancient copies and low copy number subfamilies with a different internal sequence we have developed a computer program to look for Emigrant elements based solely on the terminal inverted-repeat (TIR) sequence. The development of other computer applications has allowed us to do phylogenetic and divergence analysis of all the copies found. At the same time, using molecular biology methods we have analysed different Arabidopsis ecotypes in order to know if there are Emigrant insertion polymorphisms among them.<br/>We have detected 151 Emigrant elements distributed along the Arabidopsis genome. Most of these copies are grouped in three families, each of these containing different subfamilies of different sequence homogeneity. The analysis of these subfamilies has revealed us that the most recent elements are inserted out from genic sequences, contrary to the oldest ones that are preferentially associated to genes. These results suggest that the Emigrant MITEs have probably played an important role on Arabidopsis gene evolution. In addition, the existing polymorphism resulting from the presence or absence of different Emigrant copies detected between the Arabidopsis ecotypes imply a recent mobilization of these elements.<br/>2. STUDY OF THE CONTROL OF TRANSPOSITION: Analysis of the tobacco Tnt1 retrotransposon transcriptional control.<br/>Tnt1 is the first active plant retrotransposon described (Grandbastien et al., 1989). It is found in hundred copies in the tobacco genome and it is expressed under some stress conditions (Casacuberta y Grandbastien, 1993; Mhiri et al., 1997).<br/>On the other hand, gene silencing seems to be the major mechanism developed by the different organisms to control de proliferation of transposable elements and foreign sequences within their genomes (Vaucheret y Fagard, 2001; Hammond et al., 2001; Rudenko et al., 2003).<br/>In this section, I present the analysis of the control of Tnt1 retrotransposon expression at two different levels. I have analyzed the termination and polyadenylation of the Tnt1 mRNAs and, on the other hand, I have studied the epigenetic control of Tnt1 expression by gene silencing mechanisms and changes in the chromatin associated to Tnt1 sequences. I have looked for and analyzed silencing intermediates, like siRNAs and chromatin modifications.<br/>Different strategies to induce the transcriptional gene silencing of the CaMV 35S promoter are also here described. The results obtained from these approaches suggest that the gene silencing operating on Tnt1 retrotransposon disappears specifically in stress conditions when other silenced loci seem to be kept repressed.<br/>On the other hand, in order to understand how Tnt1 is transcriptionally re-activated under stress conditions we have analyzed the role of the U3 region of the Tnt1 LTRs (which contain the transcriptional promoter elements) in the change of its silencing status. The results here presented suggest that the U3 region not only is not able to overcome silencing but also seem to be target of this process when the endogenous copies of Tnt1 are expressed and that other different regions of the Tnt1 sequence as well as structural factors may take part in the retrotransposon re-activation.