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Dissertations / Theses on the topic 'Génomique – Analyse informatique'

Author: Grafiati

Published: 17 May 2025

Last updated: 31 July 2025

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1

Lèbre, Sophie. "Analyse de processus stochastiques pour la génomique : étude du modèle MTD et inférence de réseaux bayésiens dynamiques." Evry-Val d'Essonne, 2007. http://www.biblio.univ-evry.fr/theses/2007/interne/2007EVRY0017.pdf.

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Abstract:

Cette thèse porte sur l'analyse de séquences d'ADN et de données temporelles d'expression de gènes. Nous étudions tout d'abord un modèle parcimonieux de mélange de transition markoviennes (MTD) et introduisons un algorithme EM pour son estimation. Nous présentons ensuite deux approches pour la reconstruction de réseaux génétiques utilisant des réseaux bayésiens dynamiques (DBN). Les dépendances sont décrites par un graphe orienté dont on cherche à estimer la topologie malgré le très faible nombre de mesures par rapport au nombre de gènes observés. Nous supposons d'abord une topologie fixe au c

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2

Caputo, Aurélia. "Analyse du génome et du pan-génome pour classifier les bactéries émergentes." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0606/document.

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Abstract:

La bio-informatique est essentielle aujourd'hui dans de nombreux domaines comme par exemple la gestion et l'analyse des données, la génomique avec l'assemblage et l'annotation de génomes, la phylogénie, la métagénomique, la recherche de nouvelles espèces bactériennes et la classification taxonomique. Mon premier travail a porté sur l'assemblage et l'analyse d'un génome bactérien à partir de données de métagénomique. Le génome de Akkermansia muciniphila a pu être assemblé par mapping directement à partir de données issues d'échantillons de selle humaine. En 2012, la culturomics a permis de décr

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3

Deniélou, Yves-Pol. "Alignement multiple de données génomiques et post-génomiques : approches algorithmiques." Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENM076.

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Abstract:

L'alignement multiple de réseaux biologiques a pour objectif d'extraire des informations fonctionnelles des données haut-débit représentées sous forme de graphes. Ceci concerne, par exemple, les données d'interaction protéines-protéines, les données métaboliques ou même les données génomiques. Dans un premier temps nous proposons un formalisme précis, qui s'appuie sur les notions de graphe de données stratifié et de multigraphe d'alignement (MGA), et qui définit les alignements multiples locaux en autorisant notamment un réglage de la conservation de la topologie entre les réseaux. Nous présen

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4

Beye, Mamadou. "Génomique en temps réel appliquée aux isolats bactériens cliniques atypiques." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0558.

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Abstract:

Le diagnostic, la caractérisation et l'identification rapides et précis des agents pathogènes sont essentiels pour guider le traitement, détecter les événements de transmission ou les échecs de traitement. Cependant le monde biomédical est confronté à des pathogènes émergents et ré-émergents. Ainsi certaines souches bactériennes cliniques présentent des spécificités de virulence, contagiosité et/ou de résistance aux antibiotiques. Le séquençage génomique à haut débit et l’analyse comparative des génomes bactériens constituent une bonne stratégie pour étudier rapidement les caractéristiques de

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5

Nordell-Markovits, Alexei. "Développement d'une librairie de code et d'outils bio-informatiques faciliant l'analyse de grandes quantités de données génomiques." Thèse, Université de Sherbrooke, 2016. http://hdl.handle.net/11143/9601.

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6

Coulombe, Charles. "Développement de méthodes et d'outils bio-informatiques pour l'analyse de données génomiques." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/10519.

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Abstract:

Dans ce mémoire, je présenterai les outils que nous avons développés dans le cadre de ma maîtrise. Tout d'abord, je présenterai un outil d'analyse de données génomiques nommé Versatile Aggregrate Profiler (VAP). Ensuite, je présenterai un outil d'identification de profils agrégés similaires nommé vap_sim ainsi que la méthodologie utilisée afin d'obtenir un paramétrage adéquat de l'outil pouvant s'adapter assez facilement aux différents profils agrégés. Au troisième chapitre, je présenterai un outil de validation de formats génomiques nommé Genomic Format Validator (GFV) permettant d'id

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7

Kaneko, Gaël. "Analyse et modélisation de la stochasticité de l'expression génique dans des cellules eucaryotes." Phd thesis, INSA de Lyon, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00926607.

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Abstract:

Dans ce travail de thèse, nous avons étudié la variabilité (ou stochasticité) de l'expression des gènes en considérant que le signal stochastique que produit cette expression est porteur d'information quant au processus d'expression lui-même. Cette stochasticité de l'expression génique peut être caractérisée par la variation observée du nombre de protéines produites soit entre différentes cellules isogéniques (portant le même génome) à un instant donné, soit au sein d'une même cellule au cours du temps. Dans un premier temps, nous avons montré expérimentalement que le niveau de stochasticité d

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8

Bordron, Philippe. "Analyse des systèmes bactériens : une approche in silico pour intégrer les connaissances du vivant." Phd thesis, Université de Nantes, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00743412.

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Abstract:

L'émergence des expériences dites à haut débit permet l'acquisition rapide de données concernant un système biologique. Les biologistes disposent ainsi, aujourd'hui, d'un nombre important de données de natures hétérogènes qu'ils cherchent à structurer et analyser. Les méthodes dites intégratives proposent de répondre à cette demande, mais la création d'une méthode générale et satisfaisant les requêtes précises des biologistes constitue une tâche ardue. Ce mémoire s'inscrit dans cette problématique. Nous y abordons diverses méthodes d'intégration des aspects omiques (métaboliques, génomiques, t

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9

Ribeiro, Sara. "Large scale data analysis towards uncovering microbial Achilles' heel." Electronic Thesis or Diss., Lyon 1, 2024. http://www.theses.fr/2024LYO10314.

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Abstract:

La montée mondiale de la résistance aux antibiotiques, parallèlement à l'émergence de nouveaux agents pathogènes bactériens, met en évidence la nécessité pressante d'outils diagnostiques sophistiqués et de nouvelles stratégies thérapeutiques. L'augmentation massive des données génomiques, en particulier celles concernant les génomes bactériens, révèle que les méthodologies traditionnelles basées sur les séquences sont souvent insuffisantes pour aborder la complexité de la pathogénicité bactérienne. De plus, les études sur la pathogénicité bactérienne se concentrent généralement sur un nombre r

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10

Palazzo, Martin. "Dimensionality Reduction of Biomedical Tumor Profiles : a Machine Learning Approach." Thesis, Troyes, 2021. http://www.theses.fr/2021TROY0031.

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Abstract:

Le rythme croissant de génération de données à partir de profils tumoraux au cours de la dernière décennie a permis le développement d'algorithmes d'apprentissage statistique pour explorer et analyser le paysage des types et sous-types de tumeurs et la survie des patients d'un point de vue biomoléculaire. Les données tumorales sont principalement décrites par des caractéristiques transcriptomiques et le niveau d'expression d'un transcrit génique donné dans la cellule tumorale. Par conséquent, ces caractéristiques peuvent être utilisées pour apprendre des règles statistiques qui améliorent la c

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Seyres, Denis. "Identification et analyse d'éléments cis-régulateurs impliqués dans les mécanismes de régulation transcriptionnelle des gènes au cours de la cardiogénèse chez la drosophile." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM4068.

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Abstract:

Comprendre comment l’expression des gènes est régulée spécifiquement dans chaque tissu et de manière dynamique au cours du temps demeure une étape centrale de notre compréhension de l’organogénèse. L’identification des éléments cis-régulateurs de la transcription de manière tissu-spécifique peut permettre de comprendre les règles logiques d’organisation du réseau de gènes régulateur et aussi d’identifier de nouveaux acteurs (facteurs de transcription notamment). L’analyse de marques de chromatine (H3K27ac et H3K4me3) spécifiquement dans les cardioblastes (104 cellules) au cours de la différent

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Gardeux, Vincent. "Conception d'heuristiques d'optimisation pour les problèmes de grande dimension : application à l'analyse de données de puces à ADN." Phd thesis, Université Paris-Est, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00676449.

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Abstract:

Cette thèse expose la problématique récente concernant la résolution de problèmes de grande dimension. Nous présentons les méthodes permettant de les résoudre ainsi que leurs applications, notamment pour la sélection de variables dans le domaine de la fouille de données. Dans la première partie de cette thèse, nous exposons les enjeux de la résolution de problèmes de grande dimension. Nous nous intéressons principalement aux méthodes de recherche linéaire, que nous jugeons particulièrement adaptées pour la résolution de tels problèmes. Nous présentons ensuite les méthodes que nous avons dévelo

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Diene, Seydina Mouhamadou. "Analyse génomique et moléculaire d'isolats cliniques de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5049.

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Abstract:

L'augmentation et la dissémination de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries à gram-negatif, particulièrement les Entérobactéries, les bactéries du genre Pseudomonas et Acinetobacter, représentent un problème majeur de santé publique au niveau mondial. Les infections nosocomiales causées par les bactéries multi-résistantes (BMR) ont conduit non seulement à une augmentation de la mortalité, de la morbidité, et du coût de traitement, mais aussi continuent de mettre en danger la vie des patients surtout immunodéprimés en milieu hospitalier. Bien entendu, l'utilisation abusive et non c

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Ben, Zakour Nouri. "Analyse de la variabilité génomique chez les bactéries. : Développement d’outils bio-informatiques et application à l’étude de la variabilité chez Staphylococcus aureus en fonction de l’hôte d’origine." Rennes, Agrocampus Ouest, 2006. http://www.theses.fr/2006NSARJ001.

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Abstract:

Les génomes et, par conséquent, les phénotypes bactériens peuvent être très hétérogènes au sein d’une même espèce. Cette plasticité génomique peut être appréhendée par diverses techniques dont le Whole Genome PCR Scanning (WPGS, basé sur l’amplification des génomes par PCR longue portée). Au début de ce travail, aucun outil bio-informatique n’était disponible pour l’élaboration d’amorces dédiées à cette approche. GenoFrag, un logiciel de dessin d’amorces optimisées pour le WGPS a donc été développé. Il procède en deux étapes : une étape de sélection des amorces, basée sur une série de filtres,

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Messai, Nizar. "Analyse de concepts formels guidée par des connaissances de domaine : Application à la découverte de ressources génomiques sur le Web." Phd thesis, Université Henri Poincaré - Nancy I, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00446548.

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Abstract:

Cette thèse porte sur l'exploitation des connaissances de domaine dans un processus de découvertes de sources de données biologiques sur le Web. Tout d'abord, des ontologies de domaine sont utilisées pour représenter un ensemble de connaissances qui reflètent le contenu et la qualité des sources de données. Ensuite, en s'appuyant sur ces connaissances, les sources sont organisées dans un treillis de concepts en fonction de leurs caractéristiques communes. Le treillis de concept constitue le support de la découverte qui peut être effectuée de deux manières différentes et complémentaires : par n

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Hamon, Julie. "Optimisation combinatoire pour la sélection de variables en régression en grande dimension : Application en génétique animale." Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00920205.

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Abstract:

Le développement des technologies de séquençage et de génotypage haut-débit permet de mesurer, pour un individu, une grande quantité d'information génomique. L'objectif de ce travail est, dans le cadre de la sélection génomique animale, de sélectionner un sous-ensemble de marqueurs génétiques pertinents permettant de prédire un caractère quantitatif, dans un contexte où le nombre d'animaux génotypés est largement inférieur au nombre de marqueurs étudiées. Ce manuscrit présente un état de l'art des méthodes actuelles permettant de répondre à la problématique. Nous proposons ensuite de répondre

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Missaoui, Mohieddine. "Contributions algorithmiques à la conception de sondes pour biopuces à ADN en environnements parallèles." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00724565.

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Abstract:

Les microorganismes constituent la plus grande diversité du monde vivant et restent encore largement méconnus. La compréhension du fonctionnement des écosystèmes et les rôles joués par les microorganismes reste un enjeu majeur de l'écologie microbienne. Le développement de nouvelles approches de génomique permet d'appréhender la complexité de ces systèmes. Dans ce contexte, les puces à ADN représentent des outils à haut débit de choix capables de suivre l'expression ou la présence de plusieurs milliers de gènes en une seule expérience. Cependant, l'une des étapes les plus difficiles, de part s

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Janky, Rekin's. "Etude bioinformatique de l'évolution de la régulation transcriptionnelle chez les bactéries." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2007. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210603.

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Abstract:

L'objet de cette thèse de bioinformatique est de mieux comprendre l’ensemble des systèmes de régulation génique chez les bactéries. La disponibilité de centaines de génomes complets chez les bactéries ouvre la voie aux approches de génomique comparative et donc à l’étude de l’évolution des réseaux transcriptionnels bactériens. Dans un premier temps, nous avons implémenté et validé plusieurs méthodes de prédiction d’opérons sur base des génomes bactériens séquencés. Suite à cette étude, nous avons décidé d’utiliser un algorithme qui se base simplement sur un seuil sur la distance intergénique,

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Galarneau, Geneviève. "Genetic determinants of clinical heterogeneity in sickle cell disease." Thèse, 2014. http://hdl.handle.net/1866/11173.

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Abstract:

L’anémie falciforme est une maladie monogénique causée par une mutation dans le locus de la β-globine. Malgré le fait que l’anémie falciforme soit une maladie monogénique, cette maladie présente une grande hétérogénéité clinique. On présume que des facteurs environnementaux et génétiques contribuent à cette hétérogénéité. Il a été observé qu’un haut taux d’hémoglobine fœtale (HbF) diminuait la sévérité et la mortalité des patients atteints de l’anémie falciforme. Le but de mon projet était d’identifier des variations génétiques modifiant la sévérité clinique de l’anémie falciforme. Dans un pre

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