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Dissertations / Theses on the topic 'Massiliense'

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Arantes, Danilo Pastori. "Eficiência da ação fotodinâmica em Mycobacterium massiliense." Universidade Federal de São Carlos, 2012. https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/7020.

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Abstract:
Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5345.pdf: 1839849 bytes, checksum: 117cb76c1a10deab4b3e8c9df4d797f3 (MD5) Previous issue date: 2012-03-30<br>In Brazil there was an increase of post-surgical infections by rapidly growing mycobacteria, mainly Mycobacterium massiliense, leading the Agency for Sanitary Surveillance (ANVISA) to establish standards for the mandatory notification of cases occurring nationwide. In order to deal with a major public health problem, this study aimed to determine the efficiency of using antimicrobial photodynamic inactivation (PDIa) in Mycobacterium massiliense for future use in the treatment of agent infections. The objective was to test in vitro technique the PDI to control Mycobacterium massiliense to determine the best light dose and concentration of each photosensitizer (FS). To accomplish this search were used two FS: Photogem® and salt Curcumin (N-Methyl-D-Glucominato of Curcumin, 31.8%). As a light source for radiating a BioTable ® operated at 630nm (red light) for Photogem ® and 460nm (blue light) to the salt of curcumin. After the standardized inoculum was added to the sample analyzed in triplicate to a 24 well plate which contained 500&#956;l aliquots of the inoculum +500 &#956; l of the FS for the study groups tested, and the control group containing 1 ml of inoculum, and five minutes as time incubation (protected from light). After expiration of the irradiation time in accordance with the previously analyzed fluences of the tested groups and subsequent dilution of the sample to the value of 10-5, 100mL sample were plated in triplicate on 7H10 agar + OADC 10% and maintained at 37 for about 5 days with subsequent counting of colony forming units. Based on the results, they showed that FS Photogem ® until the concentration of 1000 &#956;g/Ml was not effective in reducing the number of CFU of M. massiliense. In contrast, the FS Salt Curcumin was effective at concentrations of 1300 &#956;g/Ml with a light dose 50 J/cm2 compared to controls. Thus, these data suggest that the salt FS Curcumin in photodynamic action is a viable alternative for reducing M massiliense when tested in vitro.<br>No Brasil houve um crescimento de infecções pós-cirúrgicas por micobactérias de crescimento rápido, principalmente por Mycobacterium massiliense, levando a Agência de Vigilância Sanitária (ANVISA) estabelecer normas de notificação obrigatória dos casos ocorridos em todo território nacional. Tendo em vista de se tratar de um grande problema de saúde pública, o presente trabalho visou determinar a eficiência da atividade antimicrobiana utilizando Inativação Fotodinâmica (IFD) em Mycobacterium massiliense para futura utilização no tratamento de infecções por esse agente. O objetivo foi testar in vitro, a técnica da IFD no controle de Mycobacterium massiliense, para determinar a melhor dose de luz e concentração de cada fotossensibilizador (FS). Para realizar esta pesquisa foram utilizados dois FS: Photogem® e Sal de Curcumina (N-Metil-D-Glucominato de Curcumina, a 31,8%). Como fonte de luz para irradiação, uma BioTable® operou em 630nm (luz vermelha) para o Photogem® e em 460nm (luz azul) para o Sal de Curcumina. Após padronizado o inóculo, a amostra analisada foi adicionada em triplicata a uma placa de 24 poços a qual continha alíquotas de 500&#956;l do inoculo +500&#956;l do FS para os grupos de estudos testados, e o grupo controle contendo 1ml do inoculo, tendo 5 minutos como tempo de incubação (protegido da luz). Após decorrido o tempo de irradiação de acordo com as fluências previamente analisadas dos grupos testados e com posterior diluição da amostra até o valor de 10-5, 100&#956;l da amostra foram semeadas em triplicada em placas contendo Agar 7H10 + OADC 10% e mantidas a 37o por aproximadamente 5 dias com posterior contagem das unidades formadoras de colônias. Com base nos resultados obtidos, estes mostraram que o FS Photogem® até a concentração de 1000&#956;g/ml não foi efetivo na redução do número de UFC de M. massiliense. Em contraponto, o FS Sal de Curcumina foi efetivo a partir da concentração de 1300 &#956;g/ml com dose de luz a 50 J/cm2 comparado ao grupo controle. Assim, estes dados sugerem que o FS Sal de Curcumina sob ação fotodinâmica é uma alternativa viável para a redução de M. massiliense quando testadas in vitro.
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Ribeiro, Guilherme Menegói. "Análise genômica de Mycobacterium massiliense GO 06." reponame:Repositório Institucional da UnB, 2014. http://repositorio.unb.br/handle/10482/15916.

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Abstract:
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, 2014.<br>Submitted by Josina da Silva Vieira (josinasv1990@gmail.com) on 2014-07-17T14:56:19Z No. of bitstreams: 3 2014_Guilherme Menegói Ribeiro.pdf: 8299224 bytes, checksum: e7fc821d4f808367de0b3df8039d1138 (MD5) 2014_Guilherme Menegói Ribeiro.pdf: 8299224 bytes, checksum: e7fc821d4f808367de0b3df8039d1138 (MD5) 2014_Guilherme Menegói Ribeiro.pdf: 8299224 bytes, checksum: e7fc821d4f808367de0b3df8039d1138 (MD5)<br>Rejected by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br), reason: Josina, Por favor, excluir os arquivos duplicados. Obrigada! Jacqueline on 2014-07-18T14:39:10Z (GMT)<br>Submitted by Josina da Silva Vieira (josinasv1990@gmail.com) on 2014-07-18T14:44:07Z No. of bitstreams: 1 2014_Guilherme Menegói Ribeiro.pdf: 8403115 bytes, checksum: 8a074a463a04e8f0e656e5023f02c793 (MD5)<br>Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2014-07-18T15:43:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_Guilherme Menegói Ribeiro.pdf: 8403115 bytes, checksum: 8a074a463a04e8f0e656e5023f02c793 (MD5)<br>Made available in DSpace on 2014-07-18T15:43:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_Guilherme Menegói Ribeiro.pdf: 8403115 bytes, checksum: 8a074a463a04e8f0e656e5023f02c793 (MD5)<br>As microbactérias de crescimento rápido (RGM) têm implicações importantes em patologias humanas, sendo relacionadas à infecções oportunistas. Desde sua descrição em 2004, os casos clínicos associados a Mycobacterium massiliense, uma espécie representativa do grupo das RGM, tem sido crescentemente reportados. Com o aumento dos surtos causados por essas bactérias, o desenvolvimento de novas técnicas de detecção de espécie e de predição de padrões de susceptibilidade e essencial para o controle e ciente de suas infecções. O objetivo deste trabalho e utilizar a genômica comparativa para traçar umperfil do funcionamento biológico e dos mecanismos de virulência de M. massiliense, facilitandoa descoberta de moléculas de interesse. A estirpe GO 06 de M. massiliensefoi isolada durante o surto ocorrido no período entre 2005 e 2007 em Goiás, na região central do Brasil, e teve seu genoma seqüenciado pela plataforma de seqüenciamento de alto desempenho 454 GS-FLX Titanium (Roche). Foi possível montar o genoma completo da estirpe GO 06, constituído por seu cromossomo e dois plasmídos, bem como anotar a maioria das suas ORFs preditas (3.491 ORFs, representando 84,5% do total identificado), com a identificação de 826 genes relacionados a virulência. Também foi possível identificar 46 tRNAs e um único operon de rRNA. As vias metabólicas relacionadas aos sistemas de secreção bacterianos e a bioissíntese de sideróforos de M. massiliense GO 06, geralmente envolvidas na patogenicidade microbacteriana, foram descritas in silico. 15 genes relacionados ao T7SS também foram identificados no genoma do isolado GO 06, sugerindo a existência dos sistemas ESX-3 e ESX-4. Os dados gerados neste projeto fornecem informações importantes para o desenvolvimento de estratégias de controle de surtos relacionados as RGM, sendo disponibilizados em uma página hospedada no domínio público da Universidade de Brasília. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT<br>Rapid growing mycobacteria (RGM) have important implications in human diseases, being often related to opportunistic infections. Since its description in 2004, clinical cases related to Mycobacterium massiliense, a representative species of the RGM group, have been increasingly reported. With the increase of outbreaks related to these bacteria, the development of new species detection and susceptibility pattern prediction techniquesis essential for the efficient control of their infections. The goal of this project is touse comparative genomics to trace the biological functioning and virulence mechanisms pro_les of M. massiliense, facilitating the discovery of molecules of interest. The strain GO 06 of M. massiliense was isolated during the outbreak that occurred between 2005 and 2007 in Goias, in the midwest region of Brazil, and had its entire genome sequence dusing the 454 GS-FLX Titanium (Roche) high-throughput sequencer. It was possibleto construct strain GO 06's entire genome, which was comprised of its chromosome and two plasmids, and annotate the majority of its predicted ORFs (3.491 ORFs, 84,5% of all identified ORFs), with the identication of 826 genes related to virulence. It was also possible to identify 46 tRNAs and a single rRNA operon. M. massiliense GO 06'smetabolic pathways regarding bacterial secretion systems and siderophore biosynthesis,usually involved in mycobacterial pathogenicity, were described in silico. 15 genes related to T7SS were also identied in isolate GO 06's genome, suggesting the existence of ESX-3and ESX-4 systems. The data generated in this project represents useful information inthe development of control strategies of outbreaks related to RGM, being made availablein a webpage hosted in the public domain of University of Brasília.
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COLOMBO, D. C. "AVALIAÇÃO DA EFICÁCIA DA CLARITROMICINA E DA AMICACINA NO TRATAMENTO DA INFECÇÃO EXPERIMENTAL DE CAMUNDONGOS BALB/c PELO Mycobacterium massiliense." Universidade Federal do Espírito Santo, 2012. http://repositorio.ufes.br/handle/10/4549.

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Abstract:
Made available in DSpace on 2016-08-29T15:34:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_5814_.pdf: 1830756 bytes, checksum: 55a7814867e39fbb1ce396fc67d61324 (MD5) Previous issue date: 2012-08-21<br>Infecções nosocomiais causadas por micobactérias de crescimento rápido (MCR) têm aumentado significativamente nos últimos anos em países desenvolvidos e em desenvolvimento. No Brasil, a ocorrência de surtos de infecções por MCR foi descrita durante a última década e envolveu, na grande maioria dos casos, uma mesma cepa de M. massiliense, denominada BRA100. Essa micobactéria, assim como as demais espécies do grupo MCR, apresenta resistência a um amplo espectro de antimicrobianos, o que limita as opções terapêuticas de tratamento dos pacientes enfermos. Em razão da inexistência de ensaios clínicos que estabeleçam regimes ou esquemas terapêuticos apropriados, as diretrizes atuais para o tratamento das infecções causadas por esses microrganismos são baseadas nas atividades in vitro dos antimicrobianos e em relatos de experiências clínicas de casos. Entretanto, existem variações na correlação entre os resultados dos testes de susceptibilidade in vitro e a resposta clínica terapêutica observada, o que gera uma polêmica acerca do seu uso para fundamentar a terapia medicamentosa das infecções por MCR. Nesse contexto, realizamos este estudo para avaliar a atividade da claritromicina e da amicacina contra Mycobacterium massiliense em camundongos BALB/c infectados. A determinação das concentrações inibitórias mínimas (CIM) da claritromicina e da amicacina para o isolado de M. massiliense, obtido de um surto hospitalar ocorrido em 2007, foi realizada pelo método de microdiluição em caldo Müeller-Hinton. Para os testes in vivo, camundongos BALB/c foram infectados, via intravenosa, com aproximadamente 1-2 x 107 UFC/mL de M. massiliense. O tratamento com amicacina ou com lactobionato de claritromicina teve início um dia após a infecção. Os animais receberam diariamente, via subcutânea, 0,1 mL de lactobionato de claritromicina (50mg/kg/12h), ou 0,1 mL de amicacina (100mg/Kg/dia), durante 14 dias, e foram sacrificados 24h-48h após a administração da última dose. Baço e fígado foram removidos para determinação do peso e contagem do N° de UFC (log10) por órgão. Os nossos resultados demonstraram atividade in vitro da claritromicina e da amicacina contra o isolado de M. massiliense. O tratamento de camundongos BALB/c com claritromicina impediu a evolução da hepatoesplenomegalia, bem como a formação de lesões granulomatosas durante os 15 dias de infecção com M. massiliense. Apesar disso, a claritromicina e mesmo a amicacina não foram eficientes na redução da população bacteriana de M. massiliense nos órgãos. A susceptibilidade in vitro das bactérias isoladas dos órgãos dos camundongos tratados com lactobionato de claritromicina ou com amicacina e dos camundongos controles foi determinada e demonstrou que não houve o desenvolvimento de resistência induzível a esses antimicrobianos durante o tratamento. Em conclusão, não houve correlação entre as atividades in vitro e in vivo da claritromcina e da amicacina contra M. massiliense. PALAVRAS CHAVES: Mycobacterium massiliense, tratamento, camundongos.
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SOUSA, Eduardo Martins de. "Avaliação de resposta imunológica aguda de camundongos c57bl/6 e balb/c frente à infecção por mycobacterium massiliense." Universidade Federal de Goiás, 2009. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1841.

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Abstract:
Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao eduardo martins de sousa med trop.pdf: 881180 bytes, checksum: dec3e190185b786a8f3ab68beeafdecb (MD5) Previous issue date: 2009-02-11<br>Atypical mycobacteria are microorganism s appart from the etiological agents responsible for tuberculosis and leprosy. They are currently considered as emerging pathogens associated with simple surgical procedures, and are resistant to conventional antibiotics. The atypical mycobacterial infections is responsible for three in every 10 thousand people per year, but the incidence has been increasing as the number of individuals infected with HIV also increases. The low virulence of atypical mycobacteria associates its pathogenicity to decreased resistance of the host, and consequently it is necessary to better understand the interaction between host and microorganism. The cellular and humoral immune response of BALB/c mice and C57BL/6 mice infected with M. massiliense isolated from an outbreak of hospitals in the city of Goiania was evaluated. The isolate of M. massiliense used in this study was able to infect immunocompetent mice, which completely controlled the bacterial load before the 30 days of infection. The mechanisms by which these animals cleared the mycobacteria were: production of NO by peritoneal macrophages, presence of specific IgG1 and induction of mRNA for inflammatory cytokines, as well as regulatory cytokines in inflammation.<br>Micobactérias atípicas são microrganismos distintos dos agentes etiológicos responsáveis pela tuberculose e pela lepra (Hanseníase). São considerados atualmente como patógenos emergentes associados a procedimentos cirúrgicos simples, e são resistentes aos antibióticos convencionais. As infecções por micobacterias atípicas atingem três em cada 10 mil pessoas por ano, porém a incidência vem aumentando à medida que cresce o número de indivíduos infectados por HIV. A baixa virulência das micobactérias atípicas condiciona a sua patogenicidade à diminuiçäo da resistência do hospedeiro, por isso faz-se necessário uma melhor investigação da interação do microrganismo com o hospedeiro. Nesta dissertação, a resposta imune celular e humoral de camundongos BALB/c e C57BL/6 frente à infecção por M. massiliense isolada de surto hospitalar na cidade de Goiânia foi avaliada. O isolado de M. massiliense utilizado neste estudo foi capaz de infectar camundongos imunocompetentes, que controlaram completamente a carga bacteriana antes dos 30 dias de infecção. Os mecanismos pelos quais estes animais eliminaram as micobactérias foram: produção de NO por macrófagos peritoneais, presença de IgG1 específica e indução de mRNA para citocinas inflamatórias, assim como de citocinas reguladoras da inflamação.
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Serikawa, Janaina Mitie [UNIFESP]. "Estudo de isolados de Mycobacterium abscessus subsp. massiliense ambientais e de surto em modelo in vivo e ex vivo." Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP), 2009. http://repositorio.unifesp.br/handle/11600/9555.

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Abstract:
Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-25<br>Micobacterias de crescimento rapido (MCR) tem sido frequentemente descritas em surtos de infeccoes em seres humanos. Mycobacterium abscessus subsp. massiliense e uma MCR que foi descrita pela primeira vez em 2004, e desde entao, 10 trabalhos identificando essa especie em surtos e casos clinicos esporadicos sao os relatos presentes na literatura. Assim, a interacao M. abscessus subsp. massiliense-hospedeiro foi o objetivo principal deste trabalho. Para isso, variantes de colonia lisa e rugosa de um isolado do surto que ocorreu em Belem, entre 2004 e 2005 (B7 L e R), e de 2 isolados nao relacionados a surtos (B67 (L) e MG3-6 (R)) foram utilizadas em infeccoes intraperitoneal e endovenosa de camundongos e ex vivo em macrofagos peritoneais e celulas epitelioides-like. No que tange a resposta imunologica apos a infeccao intraperitoneal, o nivel de citocinas foi semelhante para os 4 isolados. Entretanto, apos 14 dias da infeccao os bacos dos animais infectados pelos isolados B7 R e MG3-6 apresentavam um aumento significativo de peso em relacao aos demais grupos. Apos 90 dias, esta diferenca se manteve apenas para o grupo infectado com B7 R. A histologia dos bacos destes animais mostrou que a resposta proliferativa nos foliculos linfoides foi mais pronunciada para a infeccao por B7 R, levando a necrose central dos mesmos apos 14 dias. Nestes, bacilos alcool-acido resistentes foram encontrados penetrando a zona perifolicular, e tambem em vasos de maior calibre, sugerindo disseminacao via corrente sanguinea. A infeccao endovenosa corroborou os resultados obtidos para a infeccao intraperitoneal. Apos 2 dias de infeccao, a recuperacao de unidades formadoras de colonia (UFCs) do baco foi significativamente maior para os animais infectados por B7 R. Entretanto, a infeccao foi igualmente controlada em todos os grupos, semelhantemente a infeccao intraperitoneal. A infeccao de culturas de macrofagos e CEs-like corrobou os achados in vivo, pois B7 R foi capaz de se proliferar no interior de macrofagos e, apenas para este isolado, houve o aumento na porcentagem de CEs-like infectadas. Adicionalmente, o isolado B7 R estimulou uma producao menor de TGF-ƒÒ nas culturas quando comparado ao isolado de fenotipo liso. CEs-like nao foram capazes de conter a infeccao causada pelo isolado B7 R, talvez pela interacao micobacteria-CEs-like resultar em menor producao de TGF-£].Tomados em conjunto, os resultados apresentados sugerem que micobacterias formadoras de colonias rugosas associadas a surtos sao mais patogenicas que as de fenotipo liso e que aquelas presentes no ambiente. Os mecanismos subjacentes responsaveis por estes achados estao sendo estudados.<br>Rapidly growing mycobacteria (RGMs) have been frequently identified in outbreaks of human infections. Mycobacterium abscessus subsp. massiliense is an RGM which was first described in 2004, and since then 10 publications identifying this species in outbreaks and sporadic clinical cases have been reported. The interaction between M. abscessus subsp. massiliense and host was the main objective of this work. Therefore, variants of smooth and rough colonies (B7 S and B7 R), isolated from an outbreak which took place in Belém, from 2004 to 2005, and two non-related isolates [B67 (S) and MG3-6 (R)] were used to produce intraperitoneal and intravenous infections in mice, and ex vivo infection in peritoneal macrophages and epithelioid-like cells. In terms of immune response following intraperitoneal infection cytokine levels were similar for the four isolates. However, after 14 days, the spleens of animals infected with B7 R and MG3-6 showed a significant increase in comparison to the spleens of animals infected with the other two isolates. After 90 days, this difference was maintained only for the group infected with B7 R. The histological analysis of the spleens showed that the proliferative response in lymphoid follicles was more evident in animals infected with B7 R, leading to central necrosis after 14 days. Acid-fast bacilli were found penetrating the perifollicular zone of these spleens, and also large blood vessels, suggesting blood dissemination. The intravenous infection corroborated the results obtained for intraperitoneal infections. After two days of infection, the recovery of colony forming units (CFUs) from spleen was significantly larger in animals infected with B7 R. Nevertheless, the infection was likewise controlled by all groups, similarly to the intraperitoneal infection. In the intravenous infection model, animals infected with B7 L, B67 and MG3-6 showed low production of TGF- in early time points. The infection of macrophages and epithelioid-like cells corroborated the in vivo findings, and B7 R was capable of proliferating inside macrophages and only for this isolate there was an increase in the percentage of infection in epithelioid-like cells. Furthermore, B7 R and B7 S stimulated a modest production of TGF- in these cultures when compared to the nonrelated isolates. Contrary to what was observed previously for M. avium, epithelioid-like cells were not able to restrain the infection caused by B7 R. Taken together, the results suggest that rough colony forming mycobacteria associated to outbreaks are more pathogenic than bacteria of smooth phenotype and those present in the environment, maybe because of the lower levels of TGF- upon mycobacteria-infected cells interaction. The underlying mechanisms are under investigation.<br>TEDE<br>BV UNIFESP: Teses e dissertações
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CARDOSO, Alessandra Marques. "Surto de infecção após videoscopias causado por Mycobacterium massiliense em Goiânia-GO : análise molecular e determinação da suscetibilidade aos antimicrobianos." Universidade Federal de Goiás, 2009. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1590.

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Abstract:
Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlessandraMarques2009.pdf: 692808 bytes, checksum: 9a7b1bde8039039ba579f8e25c59ead5 (MD5) Previous issue date: 2009-12-03<br>In recent years the number of infections caused by microbacteria non-tuberculous mycobacteria (NTM) has increased mainly due to opportunistic infections in individuals imunocompormetidos and improvement of farming techniques and identification of MTN. Mycobacterium massilienese is an emerging body associated with wound infections, abscesses and pneumonia. An outbreak of infection after videoscopy occurred between 2005 and 2007 in seven hospitals in Goiânia-GO, in central Brazil. The objective of this study was to identify NTM isolated from patients with infection after arthroscopy and lararoscopia by PCR followed by analysis of fragment length polymorphism restrção (PRA-hsp65), compared by gel electrophoresis pulsed-field gel (PFGE), sequencing of the partial rpoB gene and determination of antimicrobial susceptibility in vitro. NTM were recovered from samples (exudate abscess subcutâneio) of 18 patients involved in the outbreak. In the period leading up to this study there was no reported case of infection after videoscopy caused by MTN in Goiania. The 18 isolates were identified as M, massiliene and genotyped as a single clone, indicating that they had a common origin, suggesting a common source of infection for the patients involved in the outbreak. The epidemic isolates were susceptible to amikacin (MIC90 4 micrograms / ml) and clarithromycin (MIC90 <1 ug / ml), but resistance to ciprofloxacin (MIC90 <128g/ml), tobramycin (MIC90 32 micrograms / ml) and intermediate susceptibility to cefoxitin (MIC90 64 ug / ml). In conclusion this study demonstrated the clonality of strains of M. massiliense involved in infections after procedures videoscopes and that they are susceptible to drugs indicated for the treatment<br>Durante os últimosd anos o número de infecções causadas por microbactérias não-tuberculosas (MNT) tem aumentado principalmente devido às infecções oportunistas em indivíduos imunocompormetidos e ao aprimoramento das técnicas de cultura e identificação das MTN. Mycobacterium massilienese é um organismo emergente, associado a infecções de feridas, formação de abscessos e pneumonias. Um surto de infecção após videoscopias ocorreu entre 2005 e 2007 em sete hospitais privados de Goiânia-GO, na região central do Brasil. O objetivo deste estudo foi identificar MNT isoladas de amostras de pacientes com infecção após artroscopia e lararoscopia por PCR seguida de análise de polimorfismo de fragmentos de restrção (PRA-hsp65), comparação por eletroforese em gel em campo pulsado (PFGE), sequenciamento parcial do gene rpoB e determinação da suscetibilidade antimicrobiana in vitro. MNT foram recuperadas das amostras (exsudato de abscesso subcutâneio) de 18 pacientes envolvidos no surto. No período antecedente a esse estudo não houve nenhum relato de caso de infecção após videoscopias causada por MTN em Goiânia. Os 18 isolados foram identificados como M, massiliene e genotipados como um único clone, indicando que tiveram uma origem em comum, o que sugere uma fonte comum de infecção para os pacientes envolvidos no surto. Os isolados epidêmicos apresentaram sensibilidade a amicacina (CIM90 4 ug/ml) e claritromicina (CIM90 < 1 ug/ml), porém resistência a ciprofloxacina (CIM90 < 128g/ml), tobramicina (CIM90 32 ug/ml), e sensibilidade intermediária a cefoxitina (CIM90 64 ug/ml). Em conclusão este estudo evidenciou a clonalidade de cepas de M. massiliense envolvidas em infecções após procedimentos de videoscopia e que as mesmas são suscetíveis às drogas indicadas para o tratamento
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Rocha, V. L. "Avaliação da expressão de um suposto gene responsável pela síntese de sideróforo em mycobacterium massiliense, em diferentes condições de disponibilidade de ferro." Universidade Federal de Goiás, 2014. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/4088.

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Abstract:
Submitted by Luanna Matias (lua_matias@yahoo.com.br) on 2015-02-04T16:18:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Viviane Lopes Rocha - 2014.pdf: 3025545 bytes, checksum: 8144fc57a9ecf1ebc51b1286fa161d44 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5)<br>Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-02-05T10:07:09Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Viviane Lopes Rocha - 2014.pdf: 3025545 bytes, checksum: 8144fc57a9ecf1ebc51b1286fa161d44 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5)<br>Made available in DSpace on 2015-02-05T10:07:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Viviane Lopes Rocha - 2014.pdf: 3025545 bytes, checksum: 8144fc57a9ecf1ebc51b1286fa161d44 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-05-21<br>Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG<br>Mycobacterium massiliense (MM) has been associated as the causative agent of many nosocomial outbreaks related to laparoscopy, arthroscopic and wound infections. Several outbreaks have been reported in Brazil. The cities of Goiânia, Rio de Janeiro and Belem reported a high number of cases in 2006 and 2007. The iron ion (Fe) is extremely important for many biochemical processes in all organisms and, in the case of microorganisms, the success of the infection. Microorganisms synthesize molecules called siderophores (SD) to aid Fe uptake. Micobactin and carboximicobactin are the SDs that has been described in mycobacteria. One of the genes responsible for the assembly of these SD in M. tuberculosis is the mbtb. A MM strain, which belongs to the outbreak that happened in Goiânia (MM GO06) had its genome sequenced and the analysis revealed that the species has a putative gene with high similarity to M. tuberculosismbtb, which could be an indication that MM also synthesizes a siderophore molecule and that this can be helping this mycobacteria to install the infection in the host. It is known that in the absence of mbtb gene M. tuberculosis do not synthesize their SD. To estimate whether a gene similar to mbtb and with the same function is present in MM (smbtb) will assist in the understanding of the infection mechanisms of MM and discover new drug targets for treating infections with this microorganism. Total RNA was obtained from cultures grown at different concentrations of Fe. Real time PCR was performed targeting the smbtb to evaluate the expression of this gene during bacterial growth in each condition. The expression of smbtb was higher with the increase of the availability of iron. In vivo studies with mice supplemented with or chelated fromiron showed expression profile of smbtb different from those obtained in in vitro studies. In mice, M. massiliense smbtb expressed at higher levels when the animal were treated for iron depletion. Thus, we have evidence that smbtb is involved in iron uptake both for subsequent storage, when this ion is available, and for prompt use in the metabolism of the bacteria when it is not in an environment where there is availability of this ion.<br>Mycobacterium massiliense (MM) tem sido associado como agente causador de vários surtos nosocomiais relacionados à laparoscopia, artroscopia e infecções de feridas. Inúmeros surtos têm sido reportados no Brasil. As cidades de Goiânia, Rio de Janeiro e Belém apresentaram um alto número de casos em 2006 e 2007. O íon ferro é extremamente importante para vários processos bioquímicos em todos os organismos e, no caso dos microrganismos, para o sucesso da infecção. Para auxiliar a captação de Fe durante este processo, os microrganismos sintetizam moléculas chamadas sideróforos, que desempenham esta função. Micobactina e carboximicobactina são os sideróforos que já foram descritos em micobactérias. Um dos genes responsáveis pela síntese dos sideróforos em M. tuberculosis é o mbtb. Um isolado de MM, com origem no surto que aconteceu em Goiânia (MM GO06) teve seu genoma sequenciado e sua análise revelou que esta espécie possui um gene putativo com alta similaridade com o mbtb de M. tuberculosis, o que poderia indicar que MM também sintetiza sideróforos e que está molécula poderia estar auxiliando esta micobactéria a instalar a infecção no hospedeiro. Sabemos que a ausência do gene mbtb em M. uberculosis torna esta micobactéria incapaz de sintetizar sideróforos. Avaliar se um gene similar ao mbtb e com a mesma função está presente em MM (smbtb) irá auxiliar o entendimento dos mecanismos de infecção de MM e a descoberta de novos alvos para drogas para o tratamento de infecções causadas por MM. RNA total foi obtido de culturas onde MM foi crescido em diferentes concentrações de ferro. Realizou-se Real Time PCR para o gene smbtb a fim de avaliar a expressão deste gene durante o crescimento bacteriano em cada condição. A expressão do sbmtb aumentou com o aumento da disponibilidade de ferro. Estudos in vivo com camundongos suplementados ou privados do íon ferro apresentaram um perfil de expressão diferente daquele obtido nos estudos in vitro. Em camundongos, MM expressou smbtb em altos níveis nos animais que foram tratados com quelante para o íon ferro. Evidenciamos então, que smbtb pode estar envolvido na captação de ferro tanto para armazenamento deste íon, quando o mesmo está isponível, quanto para a utilização imediata no metabolismo da bactéria, quando há uma baixa disponibilidade de ferro no ambiente que MM se encontra.
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Souto, Aline da Silva Soares. "Avaliação da suscetibilidade de Mycobacterium massiliense isolados de surto epidêmico de infecções de sítio cirúrgico em hospitais do Rio de Janeiro frente a desinfetantes." reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ, 2011. https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/9707.

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Abstract:
Made available in DSpace on 2015-03-16T14:27:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 51.pdf: 666532 bytes, checksum: d4a19c04cd401f22c6be8ae7c452ff57 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011<br>Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde<br>Os surtos de infecções por micobactérias de crescimento rápido (MCR) após procedimentos médicos invasivos, ocorridos em diferentes estados do país, resultaram no surgimento de inúmeros questionamentos em relação às características dos micro-organismos envolvidos, aos procedimentos empregados na desinfecção de equipamentos e principalmente na eficácia dos produtos utilizados nesses procedimentos, até então considerados seguros para essa aplicação. Mycobacterium massiliense, entre outras MCRs, tem sido isolada como agente etiológico de infecções localizadas e sistêmicas, e um único clone (BRA100) se mostra prevalente em todo o país. A não evidência de transmissão de MCR através do contato entre pessoas tem levado a proposição de que a infecção possa ocorrer a partir de fontes ambientais, reforçando a suspeita de desinfecção inadequada dos artigos médicos. O objetivo deste estudo foi avaliar a suscetibilidade de MCR pelo Método Confirmatório para Avaliação da Atividade Micobactericida de Desinfetantes da Association of Official Analytical Chemists, frente aos desinfetantes à base de glutaraldeído, ácido peracético e ortoftalaldeído. Foram avaliadas 5 cepas clínicas de M. massiliense pertencentes ao clone BRA100, juntamente com as cepas de referência M. abscessus ATCC 19977, M. chelonae ATCC 35752, M. fortuitum ATCC 6841 e M. massiliense INCQS 00594. Para os produtos à base de glutaraldeído, observou-se que nenhum deles foi eficaz para M. bovis BCG Moreau, que é a única cepa de referência preconizada pela AOAC nos ensaios de verificação da eficácia deste tipo de produto. M. chelonae foi destruído pelos três desinfetantes testados, enquanto M. fortuitum apenas por dois desses. Os três desinfetantes foram ineficazes frente à M. abscessus e M. massiliense...<br>Os surtos de infecções por micobactérias de crescimento rápido (MCR) após procedimentos médicos invasivos, ocorridos em diferentes estados do país, resultaram no surgimento de inúmeros questionamentos em relação às características dos micro-organismos envolvidos, aos procedimentos empregados na desinfecção de equipamentos e principalmente na eficácia dos produtos utilizados nesses procedimentos, até então considerados seguros para essa aplicação. Mycobacterium massiliense, entre outras MCRs, tem sido isolada como agente etiológico de infecções localizadas e sistêmicas, e um único clone (BRA100) se mostra prevalente em todo o país. A não evidência de transmissão de MCR através do contato entre pessoas tem levado a proposição de que a infecção possa ocorrer a partir de fontes ambientais, reforçando a suspeita de desinfecção inadequada dos artigos médicos. O objetivo deste estudo foi avaliar a suscetibilidade de MCR pelo Método Confirmatório para Avaliação da Atividade Micobactericida de Desinfetantes da Association of Official Analytical Chemists, frente aos desinfetantes à base de glutaraldeído, ácido peracético e ortoftalaldeído. Foram avaliadas 5 cepas clínicas de M. massiliense pertencentes ao clone BRA100, juntamente com as cepas de referência M. abscessus ATCC 19977, M. chelonae ATCC 35752, M. fortuitum ATCC 6841 e M. massiliense INCQS 00594. Para os produtos à base de glutaraldeído, observou-se que nenhum deles foi eficaz para M. bovis BCG Moreau, que é a única cepa de referência preconizada pela AOAC nos ensaios de verificação da eficácia deste tipo de produto. M. chelonae foi destruído pelos três desinfetantes testados, enquanto M. fortuitum apenas por dois desses. Os três desinfetantes foram ineficazes frente à M. abscessus e M. massiliense. Os desinfetantes à base de ácido peracético demonstraram eficácia para todas as micobactérias empregadas (nenhum crescimento), embora as cepas de M. massiliense tenham demonstrado uma suscetibilidade reduzida ao Ácido peracético B. O produto à base de ortoftalaldeído foi eficaz frente a M. bovis BCG Moreau e M. chelonae. Todas as outras micobactérias estudadas foram tolerantes a esse desinfetante. A alta tolerância das cepas de M. massiliense ao glutaraldeído foi um fator determinante para a recente inclusão da cepa, referente a essa espécie bacteriana, como obrigatória nos ensaios da avaliação da atividade micobactericida para comprovação da eficácia dos produtos visando registro junto a Agência Nacional de Vigilância Sanitária. Visando a redução de infecções nosocomiais e, consequentemente, a promoção da saúde da população, sugere-se que o uso de produtos à base de glutaraldeído deve ser suspenso para quaisquer fins no que diz respeito à desinfecção de alto nível, já que todas as cepas de M. massiliense provenientes de surto e pertencentes ao clone prevalente no país foram tolerantes a esse desinfetante.
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Huynh, Thi Thuy Hong. "Archaea et cavité orale." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5018/document.

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Abstract:
L’analyse du microbiote oral et de son évolution séculaire se fait principalement à partir de l’analyse du tartre dentaire ancien des populations passées et du biofilm dentaire des populations modernes. Nous avons dans un premier temps fait le point des connaissances sur la paléomicrobiologie des bactéries et des archaea contenues dans le tartre dentaire et montré que les archaea faisaient partie du microbiote oral chez l'homme. Dans la deuxième partie, nous avons mis en évidence le répertoire des archaea méthanogènes vivant dans la cavité orale par la culture (une nouvelle espèce Methanobrevibacter massiliense, Methanobrevibacter smithii et Methanobrevibacter oralis). La prévalence de ces archaea était significativement plus élevée chez les patients atteints de parodontite que chez les personnes contrôles. Ensuite, nous avons développé une méthode de génotypage Multispacer Sequence Typing pour typer M. oralis et M. smithii et révélé différents génotypes. Enfin, nous avons analysé le répertoire des archaea méthanogènes dans des échantillons de tartre dentaire ancien datant du 14ème au 19ème siècle. La prévalence et la diversité des archaea méthanogènes dans la cavité orale ont diminué significativement au cours des sept derniers siècles. Des archaea méthanogènes ont été retrouvées dans 75% des prélèvements de tartre dentaire (Candidatus M. massiliense à 44,6%, M. oralis à 19,6%, Methanomassiliicoccus luminyensis-like à 12,5%, Candidatus Nitrososphaera evergladensis-like dans un prélèvement et Methanoculleus bourgensis dans un autre prélèvement). Un prélèvement de tartre positif pour Candidatus M. massiliense a été documenté par hybridation in situ en fluorescence<br>The analyses of oral microbiome and its secular evolution mainly use dental calculus in past populations and dental plaque in modern populations. In our thesis, we initially reviewed the knowledge actual about bacteria and archaea paleomicrobiology of the dental calculus. The review disclosed that archaea taked part in the secular core-microbiota in past and modern populations. In the second work, we demonstrated the repertoire of methanogenic archaea currently living in the oral cavity using culture-based approach and succeeded in isolating for the first time a new species named Methanobrevibacter massiliense in addition to Methanobrevibacter smithii and Methanobrevibacter oralis from dental plaque in periodontitis patients. This work showed that the prevalence of methanogens was significantly higher in periodontitis patients than in controls. Some methanogenic archaea were involved in periodontitis. Then, we developed Multispacer Sequence Typing to evaluate M. oralis and M. smithii and revealed different genetic variants in these archaea. Finally, we examined the repertory of methanogenic archaea in ancient dental calculus dating from the 14th to the 19th century. The prevalence and diversity of methanogenic archaea in the oral cavity decreased significantly during the last seven centuries. Methanogenic archaea were found in 75% of dental calculis (Candidatus M. massiliense, 44.6%; M. oralis, 19.6%; Methanomassiliicoccus luminyensis-like, 12.5%; Candidatus Nitrososphaera evergladensis-like in one and Methanoculleus bourgensis in one specimen). One Candidatus M. massiliense dental calculus was further documented by fluorescent in situ hybridization
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Sottocorno, Estefania <1978&gt. "El De viris illustribus de Genadio de Marsella : contextos de producción y recepción." Doctoral thesis, Università Ca' Foscari Venezia, 2013. http://hdl.handle.net/10579/3056.

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Abstract:
Gennadio de Marsiglia ha composto il suo De viris illustribus verso la fine del V secolo, utilizzando principi propri della scrittura enciclopedica e fissando una sorta di catalogo degli autori e delle opere considerati ortodossi. Lo scritto si inserisce nel dibattito fra Agostino e i cosidetti semipelagiani, sulla grazia. Inoltre, i difensori del libero arbitrio e lo stesso Gennadio appartengono al ambiente monastico del sud della Gallia, sotto l' influenza delle idee orientali. Alla fine, il De viris illustribus gennadiano è stato trasmesso insieme a quello di Girolamo nella tradizione manoscritta, a volte anche a quegli di Isidoro e Ildefonso di Toledo, conformando un genere particolare, di lunga durata e grande influenza.<br>Genadio de Marsella compone su De viris illustribus durante la segunda mitad del siglo V, poniendo en práctica principios de composición característicos de la escritura enciclopédica y fijando una especie de catálogo de los autores y de las obras considerados ortodoxos. Este escrito se inserta en el debate entre Agustín y los llamados semipelagianos, a propósito de la gracia. Por lo demás, los defensores del libre albedrío y el mismo Genadio pertenecen al ámbito monástico del sur de Gallia, bajo la influencia de las ideas orientales. Por fin, el De viris illustribus genadiano se ha transmitido junto con el de Jerónimo en la tradición manuscrita, a veces incluso junto con los de Isidoro e Ildefonso de Toledo, conformando un género particular, de larga duración y gran influencia.
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Mathew, Mano Joseph. "Insight into intracellular bacterial genome repertoire using comparative genomics." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5090/document.

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Abstract:
La première partie de ma thèse est une revue donnant un aperçu du répertoire génomique des bactéries intracellulaires et de leurs symbiotes. L'objectif de cette étude est d'explorer le processus permettant aux bactéries intracellulaires d'acquérir leur mode de vie spécifique. Nous avons commencé par examiner les données à propos de l'existence ancienne de bactéries intracellulaires, leur adaptation à leur hôte et les différences entre sympatrie et allopatrie. Une comparaison du contenu génomique de plusieurs bactéries avec différents modes de vie a révélé la capacité des bactéries à échanger des gènes à des degrés différents, en fonction de l'écosystème. La deuxième partie de ma thèse porte sur la séquence du génome de la souche Diplorickettsia massiliensis 20B qui est une bactérie intracellulaire obligatoire à Gram négatif isolée à partir des tiques de Slovaquie Ixodes ricinus. Dans ma troisième et dernière partie, nous exploré le répertoire du génome de Diplorickettsia massiliensis en le comparant aux génomes de bactéries phylogénétiquement très proches de Diplorickettsia massiliensis, issues de différentes niches. Ceci a permis de révélé son mode de vie allopatrique. Dans cette étude, nous avons comparé les caractéristiques du génome de Diplorickettsia massiliensis avec vingt-neuf espèces séquencées de Gammaproteobacteria (Legionella, Coxiella burnetii, Francisella tularensis et Rickettsiella grylli) en utilisant l'approche pangénomique multi-genre. Ce travail de thèse fournit des données originales et permet d’apporter plus de lumière sur la diversité des bactéries intracellulaires<br>The initial purpose of my thesis is to understand with the help of comparative genomics, genomic variations based on coexistence, by examining data on the ancient existence of intracellular bacteria, their host adaptation and the differences between sympatry and allopatry. The first part of my thesis is a review giving insight into intracellular bacterial genome repertoire and symbionts. The goal of this review is to explore how intracellular microbes acquire their specific lifestyle. Due to their different evolutionary trajectories, these bacteria have different genomic compositions. We reviewed data on the ancient existence of intracellular bacteria, their host adaptation and the differences between sympatry and allopatry. A comparison of the genomic contents of bacteria with certain lifestyles revealed the bacterial capacity to exchange genes to different extents, depending on the ecosystem. The second part of my thesis present about the genome sequence of Diplorickettsia massiliensis strain 20B which is an obligate intracellular, gram negative bacterium isolated from Ixodes ricinus ticks collected from Slovak. In the third part, we investigated the genome repertoire of Diplorickettsia massiliensis compared to closely related bacteria according to its niche, revealing its allopatric lifestyle. In this study, we compared the genomic features of Diplorickettsia massiliensis with twenty-nine sequenced Gammaproteobacteria species (Legionella strains, Coxiella burnetii strains, Francisella tularensis strains and Rickettsiella grylli) using multi-genus pangenomic approach. This thesis work provides original data and sheds light on intracellular bacterial diversity
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Valvassori, Giulia. "Genomic and phenotypic analyses of polychaete sibling species Platynereis dumerilii and Platynereis massiliensis in relation to ocean acidification." Thesis, Open University, 2018. http://oro.open.ac.uk/52820/.

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Abstract:
The increase of anthropogenic carbon dioxide emissions and the subsequent uptake of CO<sub>2</sub> by the sea, is leading to a decrease in the pH of the oceans, a process known as Ocean Acidification. One of the main challenges of the current research on climate change is to determine how marine species respond to low pH/elevated <i>p</i>CO<sub>2</sub> conditions. This thesis has investigated the effects of natural OA on the polychaete species <i>Platynereis dumerilii</i> and its sibling <i>P. massiliensis</i> (Annelida, Nereididae) as driver of genetic differentiation and phenotype/genotype selection. <i>Platynereis</i> spp. populations were sampled in five geographical areas situated along a thermo-latitudinal gradient along the Italian coasts, characterized by different pH conditions (acid <i>vs</i> normal). A multidisciplinary approach, focused on different aspects of the target species biology, was chosen and the following analyses were performed: (a) morphological and morphometric analyses of different populations/genotypes; (b) laboratory rearing of different populations to study the reproductive biology and gamete morphology; (c) population genetics by the amplification of a mitochondrial DNA marker (COI); (d) population genomics by a next-generation sequencing approach (RAD-seq); (e) background analyses and a long term laboratory experiment on selected genotypes/populations to study physiological responses to different pH conditions. This work has confirmed that <i>Platynereis dumerilii</i> and <i>P. massiliensis</i> represent two complexes of sibling species characterized by contrasting life history traits, reproductive biology and gamete morphology. The overall <i>Platynereis massiliensis</i> predominance in the CO<sub>2</sub> vent systems is not a direct consequence of elevated <i>p</i>CO<sub>2</sub>, but it seems to derive from a winning reproductive strategy (brooding habit) in low pH conditions. Unlike <i>Platynereis dumerilii, P. massiliensis</i> is potentially able to thrive in the CO<sub>2</sub> vents thanks to the higher stability of its antioxidant defence systems over temporal scale and its greater responsiveness to extreme hypercapnia conditions.
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Slimani, Meriem. "Interactions entre virus géants, virophages et bactéries au sein de l'amibe : conséquences sur leur isolement." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5039/document.

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Abstract:
Les virus sont présents dans tous les écosystèmes, et sont les entités les plus abondantes dans le milieu marin. Bien que nous associons systématiquement virus aux maladies, la plupart d'entre eux coexistent cependant en équilibre avec leur hôte. Les virus sont associés à tous les règnes de la vie, même les virus qui affectent d'autres virus(virophages). La définition aujourd'hui d'un virus chez les virologues, c'est qu'un virus est un parasite génétique qui utilise des systèmes cellulaires pour sa propre réplication. Les hôtes les plus couramment utilisés par les virus que nous avons étudiés sont principalement des protozoaires. Ainsi, les Amoebozoa font l'objet de nombreuses études et sont utilisés pour isoler de nouvelles espèces intracellulaires( virus, bactéries). Ces espèces ont évolué de manière à résister aux effets consécutifs à la phagocytose ou à l'ingestion dans des vacuoles, et restent viable dans le cytoplasme de l'amibe, et ont le potentiel de se multiplier dans les parasites. Dans cette étude, nous avons dans un premier temps étudier les diverses interactions existantes entre virus Acanthamoeba polypaghaga Mimivirus(APMV) et des bactéries au sein de l'amibe. Pour cela, nous avons choisi un système original basé sur la co-culture de l'APMV, soit seul ou en combinaison avec deux autres microorganismes isolés individuellement à partir de l'amibe. Il s'agit d'une bactérie intracellulaire stricte(BABL1) et le virophage de APMV (Sputnik). Cela nous a permis de mettre en évidence, d'une part la capacité du virophage à moduler la virulence d'APMV tout en révélant, d'autre part, la bataille qui a eu lieu entre eux au cours de l'infection de l'hôte. dans un deuxième temps, nous avons examiné l'activité virucide des biocides couramment utilisés en pratique clinique pour la désinfection des équipements hospitaliers. APMV et Marseillevirus montrent une grande résitance aux biocides chimiques, en particulier l'alcool. Seule la température de 75°C et le glutaraldéhyde ont réussi à réduire les titres d'APMV et Marseillevirus à des niveaux indétectables. Après dessiccation ou exposition aux rayonnements ultraviolets, APMV et marseillevirus ont démontré leur stabilité durable. Précédent le pré-traitement des échantillons de l'environnement par l'éthanol à 70°C, a permis la disparition des contaminants bactériens sans réduire la charge virale, permettant leur isolement sur amibe, sans avoir besoin d'utiliser des antibiotiques, qui peuvent avoir un effet délétère su les amibes<br>In this study, we first examined the various interactions taking place between the virus Acanthamoeba polyphaga Mimivirus (APMV) and bacteria within the amoeba. We chose an original system based on a co-culture of APMV either alone or in combination with two other organisms isolated from amoeba, i.e a strict intracellular bacterium (BABL1) and the virophage of APMV (Sputnik). This allowed us to highlight, on the one hand, the possibility to modulate the virulence of APMV while revealing, on the other hand, the battle which occurs between them during the infection of the host. We then examined the virucidal activity of biocides commonly used in clinical practice for the disinfection of hospital equipment. APMV and Marseillevirus show high resistance to chemical biocides, especially to alcohol. Only a temperature of 75°C or glutaraldehyde were able to reduce APMV and Marseillevirus titres to undetectable levels. Whether dried or under ultraviolet, APMV and Marseillevirus demonstrated their lasting stability. Previous pre-treatment of environmental samples by ethanol 70° allowed disappearance of bacterial contaminating bacteria without reducing giant virus load allowing their isolation on amoeba without need the use of antibiotic that may have a deleterious effect on amoebae
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Scermino, Maria. "Oikoumene : rappresentazioni geografiche in Grecia e nel Mediterraneo antico dalle origini al V secolo a.c." Doctoral thesis, Scuola Normale Superiore, 2017. http://hdl.handle.net/11384/86170.

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Cheng, Yu-Ting, and 鄭榆婷. "Characterization of Mycobacterium massiliense clinical strains: R49R and R49S." Thesis, 2014. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/78432702014323900161.

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Abstract:
碩士<br>國立陽明大學<br>微生物及免疫學研究所<br>102<br>Mycobacterium abscessus complex belongs to the rapidly growing mycobacteria, which is resistant to most antibiotics and causes wide spectrum of infections. This complex recently been classified into three subspecies, M. abscessus sensu stricto, M. massiliense and M. bolletti based on the sequence of rpoB. Previous studies indicated that M. abscessus can spontaneously switch morphotype between rough and smooth forms, which are considered to be associated to glycopepetidolipid (GPL) expression and different morphologies that may affect bacteria virulence in human. In our study, clinically isolated M. massiliense from the same patient contained rough and smooth forms, named R49R and R49S, respectively, that had highly similar restriction enzyme digestion patterns. We found that R49R attached intensively to the surface of the plastic tube compared to other strains and had strong aggregation ability and lacked sliding ability. The GPL contents of R49S were significantly higher than that of R49R, but the sequences of GPL-locus genes are identical. Whole genome sequences analysis and comparison showed a 54-kb deletion within R49R genome. The 54-kb region of difference between R49R and R49S (R49-RD) is flanked with 19-mer direct repeats and comprises of 58 open reading frames (ORFs) with predicted functions including lipid biosynthesis/metabolism, transcriptional regulators and recombinase. Whether the deletion of R49-RD resulted from natural recombination and causing morphotype switch remains to be studied.
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Chen, Chien-Cheng, and 陳建晟. "The genes involved in colony morphotype switch in Mycobacterium massiliense." Thesis, 2016. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/05183990447176410914.

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Abstract:
碩士<br>國立陽明大學<br>微生物及免疫學研究所<br>104<br>M. massiliense, the subspecies of Mycobacterium abscessus, is the rapid-growing non-tuberculous mycobacteria (NTM) which can cause disease in immunodeficient patients. It was reported that M. abscessus could spontaneously switch colony morphotype from smooth to rough, which might affect bacterial virulence. The morphotype switching was considered to be associated with glycopepetidolipid (GPL) expression. In our study, two strains of M. massiliense, R49R (dry-protruding rough) and R49S (smooth), were isolated from the same patient. Our preliminary results showed that GPL contents are different between R49R and R49S, but the known GPL biosynthesis-related genes are identical. The whole genome sequence comparison revealed that a 54-kb region in R49R was deleted compared to R49S. The 54-kb region (R49-RD) is flanked by 19-bp direct repeats and comprises 58 open reading frames (ORFs) with predicted functions including lipid biosynthesis/metabolism, transcriptional regulation and recombinase (ORF58). To investigate whether the R49-RD is involved in morphotype switch, we performed phage mutagenesis to knockout the ORF03c-04, ORF24c-25c and ORF03c-25c of R49-RD in R49S, respectively, The results showed that the ORF03c-04, ORF24c-25c and ORF03c-25c deleted strain still displayed the colony morphotype as parental R49S. On the other hand, we also investigated whether the overexpression of the putative regulator ORF07 or ORF54 in R49R could cause the R49R morphotype switch to smooth type as R49S. The results revealed no switch event. However, With ORF58-overexpression, the colony morphotype of R49S switched from smooth to flat-rough, but the 54-kb region still exist. It might be due to the non-efficient recombination rate for the large target DNA. To solve this problem, the gfp (green fluorescent protein) reporter gene was used to replace R49-RD region for testing the possibility of GFP deletion by ORF58. The results indicated that the gfp was not deleted by ORF58, therefore, we suggested the ORF58 might not be a recombinase, or the 19-bp direct repeat was not the recombination site. The transcriptome and qRT-PCR analysis showed that the overexpression of ORF58 increased the expression of mycma_06840, mycma_06835, mycma_06830 and mycma_06825, which encoded a putative general stress protein CsbD, integral membrane protein, hypothetic protein and lipoprotein, respectively. The overexpression of these four genes in R49S also generated the dry-protruding rough colony and mycma_06840, mycma_06835, mycma_06830 were required for R49S colony morphotpye switch. We compared the phenotypes of R49S, R49R, R49S with overexpressed orf58 or mycma_06840-35-30-25. The result indicated that all three rough strains had stronger aggregation ability and no sliding motility. Surprisingly, the GPL contents of orf58-overexpressed R49S were significantly higher than the R49R and mycma_06840-35-30-25-overexpressed R49S. To investigate whether the morphotpye switch is related to GPL locus, qRT-PCR was used to compare the gene expression in GPL locus. The results showed that no difference of RNA level in GPL locus. How the orf58 and mycma_06840-35-30-25 genes are correlated to others that regulate GPL production remains further investigated.
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Yeh, Po-Shou, and 葉卜碩. "1. Study of the characteristics of pathogenic Mycobacterium massiliense strains. 2. Investigation of the genes involved in the morphological change of Mycobacterium massiliense R49R and R49S strains." Thesis, 2018. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/m9847a.

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Lin, Pin-Hsin, and 林品欣. "The mab_2101 homologue, orf58, plays a role in colony morphotype switch of Mycobacterium massiliense." Thesis, 2016. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/22239502575274928422.

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Abstract:
碩士<br>國立陽明大學<br>微生物及免疫學研究所<br>104<br>M. massiliense, one of the subspecies of Mycobacterium abscesses complex, reveals colony morphotypes as smooth and rough, which are associated with their virulence. However, the mechanism of morphotype switching was not fully understood. Two strains, R49R (rough) and R49S (smooth), of M. massiliense were isolated from same patient, which displayed different colony morphotypes. The whole genome sequence of R49R strain revealed a deletion of 54 kb, which encodes 58 open reading frames (orf1-58). The comparison of amino acid sequences revealed that orf58 is a homologue of mab2101. To investigate whether orf58 involved in colony morphotype switch, the ORF58 was overexpressed in R49S strain. The results showed that the strain with ORF58-overexpression displayed the rough colony morphology, increased aggregation ability and reduced sliding motility. The ORF58 is predicted as a serine recombinase. Among three major domains of ORF58, only resolvase (domain 1) and zinc ribbon (domain 3) are essential for colony morphotype switch. Although the overexpression of ORF58 in M. massiliense R49S caused colony morphotype switch, the production of glycopeptidolipid (GPL) was not affected, suggesting that GPL locus was not involved. To investigate which gene is affected by ORF58-overpression, we performed transcriptome analysis and confirmed by Q-PCR. The results indicated that four genes within a putative operon (mycma_06840 - mycma_06835 - mycma_06830 - mycma_06825) were induced. The mycma_06840 is predicted as a general stress protein, CsrD. In addition, the conserved binding sites of stress-responsive sigma factors σF and σB are found at the upstream of orf58 and mycma_06840. Thus, we investigated which stress factor might induce sigF, sigB, orf58 and mycma_06840. The results indicated that sigB, sigF, orf58 and mycma_06840 were induced by cold shock (4℃), heat shock (42℃) and hypoxia. SigB and mycma_06840 were activated by lysozyme treatment. It was postulated that orf58 is induced by σF or σB, which increased mycma_06840-06825, leading to colony morphotype switch from smooth to rough in M. massiliense.
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Chou, Yu-Sheng, and 周昀昇. "Identification of the non-GPL locus genes that cause colony morphology change of Mycobacterium massiliense." Thesis, 2017. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/44232756795276200484.

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Chang, Ying-Ting, and 張熒庭. "The effect of human infection and antibiotic treatment on the colony morphology, antibiotic susceptibility, and virulence of Mycobacterium massiliense." Thesis, 2018. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/sg2e4b.

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