Dissertations / Theses: 'Protéines partenaires'

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Antoine, Karène. "Caractérisation des partenaires protéiques d'OZF, protéine surexprimée dans des tumeurs digestives." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05S010.

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Abstract:

Le gène hOZF code une protéine exprimée fortement dans 50% des tumeurs du pancréas et 80% des tumeurs coliques analysées. La protéine OZF, constituée par dix motifs doigt à zinc de type C2H2, possède les caractéristiques structurales et biochimiques d'un régulateur de la transcription. Afin de cerner la fonction de la protéine OZF, j'ai recherché ses partenaires protéiques par la technique de double hybride. Plusieurs protéines ont ainsi été isolées et deux d' entre elles ont été étudiées : hUbc9 et hRap1. (. . . )
The hOZF gene encodes a protein highly expressed in the majority of pancreatic cancers and in more than 80% of colorectal cancers. The OZF protein, composed solely of 10 zinc finger motifs, has the structural and biochemical characteristics of a transcriptionnal regulator. In order to determine the function of the OZF protein, we searched for OZF interacting factors with a yeast two-hybrid screen. Several proteins were isolated and two of them were studied : hUbc9 and hRapl. (. . . )

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Dufour, Fabrice. "Identification des partenaires neuronaux des protéines STOP." Grenoble 1, 2008. http://www.theses.fr/2008GRE10216.

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Abstract:

La stabilité des microtubules dans les neurones est induite par leur association avec les effecteurs E- et N-STOP (Early et adult Neuronal Stable Tubule Only Polypeptide). La capacité de liaison aux microtubules des protéines STOP est régulée via une phosphorylation par la kinase CaMKII. L'invalidation du gène stop chez la souris entraîne des défauts de transmission synaptique associés à une réduction de la densité des vésicules pré-synaptiques. Dans un premier temps, nous avons étudié la localisation synaptique de la STOP phosphorylée dans des neurones d'hippocampe: elle se trouve enrichie au niveau des spicules dendritiques et des points de branchements axonaux et co-localise avec le réseau d'actine sous-membranaire. Elle co-localise également partiellement avec des marqueurs pré- et post¬synaptiques. STOP co-sédimente avec l'actine F polymérisée in vitro, quelle que soit sa régulation par la CaMKII. La phosphorylation de STOP par la CaMKII permet donc sa dissociation du réseau microtubulaire et sa re-localisation vers le cytosquelette d'actine. Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons identifié ses partenaires neuronaux in vivo par la technique du double-hybride chez la levure. Trois de ces partenaires potentiels ont été confirmés: la protéine Tctex1, à la fois chaîne légère du moteur moléculaire dynéine mais également impliquée dans l'adressage au bouton synaptique de canaux calciques sensibles au voltage, la protéine Arc, impliquée dans la plasticité post-synaptique, et la protéine Nsg2, de fonction indéterminée pour le moment. Nous nous sommes ensuite focalisés sur le partenaire Tctex1 en confirmant l'interaction avec la STOP par différentes techniques. Par l'emploi de mutants délétés, le site d'interaction de STOP avec Tctex1 a été ciblé au niveau d'un module de liaison aux microtubules. Si Tctex1 est indispensable à l'acheminement de canaux calciques nécessaires à la transmission synaptique, nous avons également montré que l'absence de son partenaire STOP entraînait une réduction de la densité de courants calciques couplée à une diminution du nombre des canaux dans les prolongements neuritiques. L'absence de STOP est également responsable d'un défaut du transport rétrograde neuronal, ce qui permet de relier la STOP à la fonctionnalité motrice de la dynéine cytoplasmique. En interagissant avec une multitude de partenaires différents aux fonctionnalités bien distinctes, les protéines STOP exerceraient très probablement un rôle intégrateur dans l'orqanisation fonctionnelle de la synapse
Neuronal microtubules stability is due to the effectors Early and adult neuronal microtubule-associated protein STOP (Stable Tubule Only Polypeptide). Its ability to bind microtubules is regulated by Ca2+ /calmodulin-dependent kinase II (CaMKII). STOP null mice exhibit synaptic plasticity defects with depleted synaptic vesicle pools. At first, we studied the synaptic localization of phosphorylated STOP in hippocampal neurons : phosphorylated STOP staining is concentrated in spike-like structures in dendrites and in submembrane domains at branching points, and co-Iocalizes with cortical actin at these sites. It's also distributed in clusters and partially overlapp with pre- and post-synaptic markers. We found that STOP and phosphorylated STOP co-sedimented with F-actin in vitro. Phosphorylation of STOP by CaMKII is a candidate mechanism for its translocation from microtubules to actin. Ln the second part of this work, we looked for neuronal partners in vivo by a yeast two¬hybrid system. Three partners proteins were shown to interact with N-STOP : the protein Tctex1 (T-complex testis expressed 1), a light chain of the molecular motor dynein and also implicated in trafficking of neuronal voltage-gated calcium channels (VGCCs) at presynaptic compartments ; the protein Arc (Activity-regulated cytoskeletal-associated protein), implicated in post-synaptic plasticity mechanisms ; the protein Nsg2 (Neuron-specific gene 2) of unknow function. Then, we focused on Tctex1 and confirmed the interaction with STOP by biochemical

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Lachapelle, Sophie. "Identification de nouveaux partenaires protéiques de la protéine WERNER." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28276/28276.pdf.

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Gontard, Pierre. "Régulations et recherche de nouveaux partenaires des protéines SOCS." Nice, 2010. http://www.theses.fr/2010NICE4019.

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Abstract:

Les protéines SOCS (Suppressor Of Cytokine Signaling) sont exprimées en réponse aux cytokines ou aux hormones et exercent le plus souvent un rétrocontrôle négatif sur le signal qui les a induites. Ainsi, il est connu que les SOCS inhibent la voie de signalisation de l’insuline. La dérégulation de l’expression ou de l’action des SOCS pourrait donc jouer un rôle majeur dans la résistance à l’insuline et le diabète. Au cours de ma thèse j’ai tout d’abord mis en évidence des microARNs ciblant les ARNm de SOCS-1, -2 et -3 et régulant donc potentiellement leur niveau d’expression. Dans le but de préciser le mécanisme d’action des SOCS j’ai également voulu identifier de nouveaux partenaires de ces protéines. Ainsi, j’ai mis en évidence que la phosphatase calcineurine interagit avec SOCS-3 in vitro et in vivo. Chez un modèle de souris transgénique exprimant constitutivement SOCS-3 dans le muscle squelettique, cette interaction se traduit par une délocalisation et une séquestration de la calcineurine à la périphérie des fibres. En corrélation avec une altération de l’action de la calcineurine, ces animaux présentent une activité locomotrice réduite. J’ai étudié en parallèle l’effet de SOCS-3 sur la fonction sécrétoire du muscle squelettique. J’ai alors montré que, contrairement aux souris contrôles, les souris transgéniques SOCS-3 ne présentent pas d’augmentation du taux circulant d’interleukine-6 (sécrétée en partie par le muscle) sous un régime riche en graisse. Mes travaux apportent de nouveaux éléments sur les mécanismes d’action des SOCS et suggèrent que ces protéines peuvent, indépendamment de leur rôle de répresseurs, être des molécules de signalisation à part entière
SOCS (Suppressor Of Cytokine Signaling) proteins are expressed in response to cytokines and hormones. Generally speaking SOCS exert a negative feedback on signaling pathways, which induce their expression. Thus, SOCS proteins are potent inhibitors of insulin signal and dysregulation of their expression and/or action could play a key role in insulin resistance and diabetes. During my PhD, I first identified microRNAs targeting SOCS-1, -2 and –3 mRNAs and potentially implicated in the regulation of SOCS expression. In addition, to specify the molecular mechanisms driven by SOCS proteins, I planed to define new partners of SOCS-3. Thus, I demonstrated that the phosphatase calcineurin interacts with SOCS-3 in vitro and in vivo. In transgenic mice expressing constitutively SOCS-3 in skeletal muscle, this association is illustrated by a colocalization of calcineurin and SOCS-3 leading to the delocalization and sequestration of calcineurin at the periphery of muscle fibers. In correlation with altered calcineurin function, a decreased locomotor activity is observed in transgenic animals. Since it was known that skeletal muscle is able to synthesize and secrete molecules, I wanted to determine whether constitutive expression of SOCS-3 in muscle could alter its secretive function. My analysis showed that whereas increased circulating levels of Interleukin-6 (partially produced by skeletal muscle) are detected in control animals under a high fat diet, no variation is observed in transgenic mice. My investigations brought new insights into the molecular mechanisms driven by SOCS and suggested a new role for SOCS proteins, beside their repressive function, as signaling molecule

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Benleulmi-Chaachoua, Abla. "Etude des partenaires protéiques associés aux homodimères et aux hétérodimères des récepteurs couplés aux protéines G." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA11T018/document.

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Abstract:

La mélatonine est une neuro-hormone secrétée par la glande pinéale pour réguler les rythmes circadiens, le sommeil, la physiologie de la rétine, la reproduction saisonnière et diverses fonctions neuronales. La mélatonine exerce ses fonctions en se liant à deux récepteurs membranaires appelés MT1 et MT2 qui appartiennent à la famille des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG). Les RCPG sont connus pour former des homo- et hétérodimères mais la pertinence physiologique de ces complexes reste à démontrer. Plusieurs études montrent que la fonction de ces complexes ne se limite pas à la régulation des protéines G hétérotrimériques, mais inclue également la régulation d'autres protéines comme les transporteurs et les canaux ioniques. Dans ce travail, nous rapportons la formation d'hétérodimères MT1/MT2 dans les photorécepteurs de la rétine de souris et nous montrons que l’augmentation de la sensibilité de ces cellules à la lumière par la mélatonine requiert l'activation de la voie Gq/PLC/PKC qui est spécifique de l’hétéromère. Cette étude confirme alors la pertinence physiologique de l’hétérodimérisation des récepteurs de la mélatonine.Nous avons ensuite cherché à identifier de nouveaux partenaires de MT1 et MT2 en effectuant plusieurs cribles protéomiques et génétiques et un interactome de 378 protéines a pu être construit. L'analyse bioinformatique a révélé la présence de plusieurs protéines présynaptiques (canaux calciques voltage-dépendants Cav2.2, SNAP25, Synapsin et Munc-18) dans l'interactome MT1. Parmi ces partenaires, nous avons montré dans les cellules CHO que le récepteur MT1 interagit avec la protéine Cav2.2 et inhibe l’entrée du calcium d'une manière indépendante de la stimulation par l’agoniste, ce qui suggère un rôle régulateur de MT1 dans la libération des neurotransmetteurs.Un autre partenaire caractérisé est le transporteur de la dopamine DAT. L'interaction physique de DAT avec les récepteurs de la mélatonine diminue l’expression de DAT à la surface cellulaire et diminue l'absorption de la dopamine dans les cellules HEK293. La pertinence physiologique de ces observations a été appuyée par l’augmentation de la recapture de la dopamine dans les synaptosomes du striatum de souris knock-out pour les récepteurs de la mélatonine. En conclusion, ce rapport montre que la construction des interactomes des RCPG offre de nouvelles perspectives pour la découverte de nouvelles fonctions de ces récepteurs, comme les fonctions rétiniennes et neuronales des récepteurs de la mélatonine dans notre étude. La formation de complexes RCPG/RCPG, RCPG/canaux ioniques et RCPG/transporteurs peut avoir un effet fonctionnel réciproque au niveau de l’activité du récepteur et de ces partenaires, mettant ainsi en évidence de nouveaux mécanismes moléculaires de cross-talk cellulaire
Melatonin is a neurohormone secreated by the pineal gland in a circadian manner. This hormone is involved in the regulation of circadian rhythms, sleep, retinal physiology, seasonal reproduction and various neuronal functions. Melatonin exerts its effects through two G protein-coupled receptors (GPCR) called MT1 and MT2. GPCRs are known to form homo- and heterodimers, but the physiological relevance of these complexes remains a matter of debate. An increasing number of reports show that the function of these GPCR complexes is not restricted to the regulation of heterotrimeric G proteins but include also the regulation of other proteins like transporters and ion channels. Here, we report the formation of MT1/MT2 heterodimers in mouse retinal rod photoreceptors and show that the enhancing effect of melatonin on light sensitivity in these cells requires the activation of the heteromer-specific Gq/PLC/PKC signaling pathway. This study demonstrates the physiological relevance of GPCR heterodimerization.We next searched for new MT1 and MT2 interacting proteins in an unbiased manner by performing several proteomic and genetic screens. An interactome of 378 proteins was built. Bioinformatic analysis revealed the presence of several presynaptic proteins (voltage-gated calcium channel Cav2.2, SNAP25, Synapsin and Munc-18) in the MT1 interactome. Presynaptic localization of MT1 and spatial proximity with presynaptic proteins was confirmed in mouse and rat brains. Among these potential partners, we show that MT1 physically interacts with Cav2.2 in CHO cell line and inhibits Cav2.2-promoted Ca2+ entry in an agonist-independent manner suggesting a regulatory role of MT1 in neurotransmitter release.Another proteins identified in the screens was the dopamine transporter DAT. Physical interaction of DAT with melatonin receptors decreased DAT cell surface expression and diminished dopamine uptake in HEK293 cell. Supporting this result we found using the in vivo model of melatonin receptors knockout mice a respective increase of dopamine uptake in synaptosomal preparations of the striatum of supporting the physiological relevance of these GPCR/transporter complexes. In conclusion, this report shows that GPCR interactome building provides new insights into receptor function, like retinal and neuronal functions of melatonin receptors in our case. Formation of GPCR/GPCR, GPCR/ion channel and GPCR/transporter complexes may have a reciprocal functional impact, on the activity of the receptor and interacting partners thus elucidating new molecular mechanisms cellular cross-talk

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Dard, Amélie. "Décryptage des interactions moléculaires entre les protéines HOX et leurs partenaires." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSE1177/document.

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Abstract:

Les gènes Hox sont présents dans la majorité des espèces du règne animal et sont nécessaires à la différenciation coordonnée des cellules le long de différents axes longitudinaux au cours du développement embryonnaire. Ils sont impliqués dans le maintien de l'homéostasie de nombreux tissus à l'âge adulte. Des mutations affectant leur expression et/ou leur fonction sont ainsi retrouvées dans de nombreux cancers chez l'Homme.Les gènes Hox codent pour des facteurs de transcription reconnaissant des séquences nucléotidiques très similaires. L'interaction avec une classe évolutivement conservée de cofacteurs, les protéines Pbx et Meis, permet aux protéines Hox de reconnaître des sites de liaison plus spécifiques. Cette interaction a d'abord été décrite pour dépendre d'un petit motif commun aux protéines Hox, l'hexapeptide (HX). Cependant, des analyses récentes ont montré que ce motif pouvait en fait être dispensable in vivo, soulignant une capacité étonnante des protéines Hox à pouvoir potentiellement utiliser différents motifs pour interagir avec les mêmes cofacteurs. Mon travail de thèse s'inscrit dans la problématique du rôle des petits motifs dans les interactions Hox-cofacteur. Un premier projet a consisté à réaliser une analyse systématique du mode d'interaction de chaque représentant des groupes de paralogie des protéines Hox humaines avec leurs cofacteurs Pbx/Meis. Ce travail a révélé de nouveaux modes d'interaction pour plusieurs protéines Hox. Un deuxième projet a consisté à mettre en place un nouveau système de crible moléculaire pour identifier des partenaires de la protéine humaine HoxA9 sauvage ou mutée dans son motif HX dans différentes lignées cellulaires. L'ensemble de mon travail de thèse ouvre ainsi de nouvelles perspectives sur notre compréhension du mode moléculaire d'action des protéines Hox et de leurs cofacteurs, que cela soit en contexte développemental normal ou pathologique
Hox genes are present in the vast majority of the animal kingdom, and are required for the differentiation of several longitudinal axes during embryogenesis. There are also involved in the homeostasis of several tissues in the adult organism. Mutations affecting their expression and/or function are found in numerous human cancers.Hox genes encode for transcription factors that recognize short and highly similar DNA-binding sites. The direct interaction between Hox proteins and two evolutionary classes of cofactors, the Pbx and Meis proteins, allows them to recognize more specific DNA-binding sites. This interaction was first described to rely on a common short Hox protein motif called hexapeptide (HX). However, subsequent functional and molecular analyses showed that the HX motif could be dispensable for the interaction with Pbx and Meis partner in vivo. These results strongly suggest that Hox proteins could use different motifs to interact with the same set of cofactors. Such alternative motifs are unknown in mammalian Hox proteins.My thesis work is dedicated to the issue of the role of the HX motif and other short motifs in Hox-cofactor interactions. More particularly, I developed two main projects using human Hox proteins and cell lines derived from different tissues as a model system. My first project consisted in the systematic analysis of the interaction property of all Hox paralogs with the Pbx/Meis cofactors. This work revealed new Pbx/Meis-interaction interfaces in human Hox proteins. My second project consisted in establishing a new molecular screen to identify transcriptional partners of the wild type or HX-mutated human HoxA9 protein in different cell lines.Overall, my thesis work opens new perspectives into our understanding of the molecular mode of action of Hox proteins and their cofactors, in a normal or pathological developmental context

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Qi, Haoling. "Interactions de la phospho-protéine neuronale Tau avec des protéines partenaires comme cibles thérapeutiques dans la maladie d’Alzheimer." Thesis, Lille 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL10129/document.

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Abstract:

Tau est une protéine neuronale qui est observé hyperphosphorylé et agrégée dans les filaments hélicaux appariés (PHFs) dans les cerveaux de la maladie d’Alzheimer. La spectroscopie de résonance magnétique nucléaire a permis une caractérisation analytique de la protéine Tau phosphorylée, également d’étudier les interactions de Tau avec des partenaires moléculaires. Parmi de 16 motifs pS/pT-P présents dans la séquence de Tau, il y a 14 sites phosphorylés par ERK2(Extracellular signal-Regulated Kinase2). Ce profil de phosphorylation est très semblable à celui obtenu avec un extrait de cerveau de rat. En plus, il est montré que la protéine Tau phosphorylée uniquement par ERK2 présente des propriétés d’agrégation semblables à la protéine Tau phosphorylée par les extraits de cerveaux de rat. Nous avons mis en évidence que Tau est un substrat de ERK2 reconnu par des sites multiples d’ancrage. Par ailleurs, des oligonucléotides interagissent avec Tau au niveau des séquences [209-246] et [267-289], et cette interaction est abolie par la phosphorylation de Tau par la kinase ERK. En conclusion, la phosphorylation de Tau par ERK sur les motifs S/T-P, localisés tout le long de sa séquence mais particulièrement dans le domaine régulateur riche en proline, a un impact sur les capacités d’agrégation de la protéine modifiée et sur ses propriétés d’interaction avec un partenaire moléculaire physiologique, l’ADN. Ces résultats concordent avec les études de réalisées dans des contextes cellulaires qui identifient ERK comme une kinase activée dans des conditions de stress du neurone qui pourrait conduire à une phosphorylation pathologique de Tau
Tau has a central role in neurodegeneration and is implicated in Alzheimer’s disease development. It is found aggregated in neurons affected by the disease, typically in paired helical filaments (PHFs) constituted of hyper-phosphorylated Tau. Nuclear Magnetic resonance Spectroscopy is used to characterize Tau phosphorylation pattern, as well as to study Tau interactions with molecular partners. Analysis of in vitro phosphorylated Tau by activated recombinant ERK2(Extracellular signal-Regulated Kinase2) with NMR spectroscopy revealed phosphorylation of 14 S/T-P sites among 16 such motifs, which has a similar phosphorylation pattern In vitro by rat brain extract, and both of phosphorylated Tau show similar ability to produce pTau filaments. In addition, Tau is ERK2 substrate to present multiple docking sites instead of one high affinity single D-site motif. Additionally, I have investigated the functional consequences of Tau interaction by ERK. Oligonucleotide sequences interact with [209-246] and [267-289] regions. I have shown that this interaction is abolished by Tau phosphorylation by ERK2. This study shows that the ERK2 kinase has the capacity by itself to phosphorylate Tau on many sites and that the resulting phosphorylation pattern increases pTau aggregation propensity. Moreover, ERK2 phosphorylation of Tau can lead to a loss of physiological function, such as its capacity to bind DNA. These results support the hypothesis that ERK activation might have a detrimental effect for Tau function and participate in AD physio-pathology

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Métais, Jean-Yves. "Identification de nouveaux partenaires pour les protéïnes LAP humaines Erbin et hScrib." Aix-Marseille 1, 2005. http://www.theses.fr/2005AIX11004.

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Abstract:

Chez l’adulte, 85 % des cas de cancers sont des carcinomes, qui ont donc pour origine des deregulations de l’homeostasie epitheliale. Trois types de genes sont a l’origine de la carcinogenese, les genes de la stabilite du genome, les oncogenes, et les suppresseurs de tumeurs. Parmi ces derniers, la famille des proteines lap, conservee au cours de l’evolution, est impliquee dans les processus de mise en place et de maintien de la polarite des cellules epitheliales. Son nom lui vient des deux domaines proteiques qui composent tous ses membres : un domaine lrr et un a plusieurs domaines pdz. Au laboratoire nous cherchons le role exact que jouent ces proteines chez l’homme. Une des caracteristiques communes des proteines lap est leur localisation subcellulaire mediee par leur domaine lrr. Nous avons ainsi cherche a decrypter le mecanisme moleculaire par lequel ces proteines, et notamment erbin et hscrib, etaient localisees a la membrane basolaterale des cellules epitheliales. De nombreuses techniques ont ete mises en Œuvre afin d’identifier le(s) partenaire(s) de localisation. Cependant, comme les laboratoires concurrents nous ne sommes pas arrives a nos fins. Une fois localisees a la membrane, les proteines lap interagissent avec des constituants des jonctions cellulaires. Dans ce manuscrit nous demontrons l’interaction entre erbin et Βeta-catenine, un constituant majeur des jonctions adherentes, ainsi que l’interaction entre hscrib et zo-2, une proteine impliquee dans les jonctions serrees. Apres avoir caracterise les modalites d’interaction entre les proteines de ces deux complexes, nous avons cherche leur fonction dans les cellules epitheliales
Carcinomas represent 85% of the cancer cases in the adult. Hence, they imply epithelial homeostasis dysregulation due to three types of genes: caretaker genes, oncogenes, and tumor suppressor genes. A newly described protein family belongs to the third type. The lap protein family (for lrr and pdz domains) is conserved through evolution and is implied in the establishment and the maintenance of epithelial cell polarity. In the laboratory we are looking for the role of the human lap members in epithelial cells. A hallmark of the family is their subcellular localization mediated by the lrr domain of each member. We tried to decipher the molecular mechanism allowing the localization of erbin and hscrib to the basolateral membrane of epithelial cells. Unfortunately, like others, we used numerous techniques to identify the binding partner(s) for the localization with no success. After reaching the basolateral membrane, lap proteins interact with components of the junctionnal complexes. We show in this report that an interaction exists between erbin and beta-catenin, a major protein of adherens junctions and between hscrib and zo-2, a cytosolic protein of the tight junctions. We characterized the modalities of these interactions and looked for their function in epithelial cells

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Huard, Caroline. "Identification de CtBP1 et UNC5A comme nouveaux partenaires biochimiques des protéines fanconi." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/23799/23799.pdf.

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Chaumet, Alexandre. "Identification de nouveaux partenaires d'Ilf3 et de NF90, deux protéines aux ARN." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066385.

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Abstract:

Ilf3 et NF90 sont deux protéines générées par épissage alternatif à partir du gène ILF3. Pour chacune d’entre-elles, un épissage alternatif supplémentaire permet la synthèse de deux formes, une longue et une courte, qui diffèrent par la présence ou non d’une séquence N-terminale de 13 acides aminés. En plus de ces modifications post-transcriptionnelles, Ilf3 et NF90 subissent des modifications post-traductionnelles, phosphorylation et méthylation. Ces deux protéines illustrent à la fois le phénomène de polymorphisme protéique ainsi que celui de plurifonctionnalité des protéines. En effet, au moins 20 isoformes sont générées à partir du même gène, 12 pour Ilf3 et 8 pour NF90. Ce polymorphisme pourrait être à l’origine des différences de localisation subcellulaire observées selon l’isoforme considérée mais également d’ajustements au niveau de la régulation des interactions avec leurs partenaires et de la diversité des fonctions qui leur ont été attribuées. Après avoir montré que la présence des 13 résidus N-terminaux permet la localisation nucléolaire des formes longues d’Ilf3 et de NF90, nous avons effectué une approche protéomique qui a permis de caractériser 6 nouveaux partenaires de ces deux protéines. Les fonctions décrites de ces partenaires permettent de suggérer une implication de ces deux facteurs dans le métabolisme des ARN métabolisme des ARN.

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Huard, Caroline. "Identification de CtBP1 et UNC5A comme nouveau partenaires biochimiques des protéines Fanconi." Master's thesis, Université Laval, 2006. http://hdl.handle.net/20.500.11794/18352.

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Hodak, Hélène. "Les partenaires et interactions périplasmiques au cours de la sécrétion de l'hémagglutinine filamenteuse par la voie à deux partenaires chez Bordetella pertussis." Lille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007LIL2S005.

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Abstract:

Bordetella pertussis est une bactérie à Gram négatif. Son enveloppe est formée par une membrane cytoplasmique et une membrane externe, les deux étant séparées par le compartiment périplasmique aqueux. Ce sont autant d'obstacles que doit franchir la FHA pour se retrouver dans le milieu extérieur. La FHA est sécrétée par l'une des six voies de sécrétion connues chez les bactéries à Gram négatif, la sécrétion à deux partenaires ou TPS (« two- partner secretion »). La voie TPS est classiquement associée à la sécrétion de protéines de virulence chez de nombreux pathogènes, notamment Haemophilus influenza, Erwinia chrysanthemi, Yersinia pestis, etc. Le premier partenaire de cette voie est la protéine sécrétée, de la famille TpsA, ici la FHA. Le protéines TpsA sont très grandes en taille, supérieure à 100 kDa, et ce sont en général des adhésines ou hémolysines. Elles possèdent toutes un domaine N-terminal caractéristique d'environ 300 résidus appelé le « domaine TPS ». Ce domaine est essentiel à la sécrétion et chez plusieurs protéines TpsA, on y a trouvé des résidus importants pour la sécrétion. Chaque protéine TpsA possède un transporteur dédié, de la famille TpsB, dont les membres formeraient des canaux dans la membrane externe. Il n'est toujours pas clairement établi si la sécrétion se fait par le pore individuel de la protéine TpsB, ou bien s'il se produit une oligomérisation de TpsB et la protéine TpsA passerait par le canal central ainsi formé. Le partenaire TpsB de la FHA est appelé FhaC. La FHA est produite dans le cytoplasme sous forme d'un très grand précurseur de 360 kDa, appelé FhaB. Grâce à son peptide signal N-terminal, FhaB est reconnu et exporté dans le périplasme par la machinerie Sec, où une signal-peptidase de type Lep clive le peptide signal. Une fois dans le périplasme, FhaB semble conserver une conformation non repliée puisque dans les extraits périplasmiques, le précurseur est retrouvé dans la fraction insoluble. Le passage de la membrane externe se fait via FhaC qui vraisemblablement reconnaît FHA au niveau de la face périplasmique de la membrane externe et assure ensuite sa translocation vers l'extérieur. A la surface de la bactérie, la protéase SphB1 clive FhaB en libérant ainsi dans le milieu la FHA mature de 220 kDa. La plus petite portion sécrétable de la FHA, qui contient donc le signal de sécrétion au complet, correspond aux 30 kDa du côté N-terminal et a été nommée Fha30. Cette région correspond principalement au domaine TPS. Nous avons entamé une analyse plus approfondie du domaine TPS pour identifier le signal de sécrétion de la FHA afin d'établir un modèle qui pourrait servir pour toute la famille de protéines TpsA. Nous avons obtenu en 2004 la première structure cristalline d'une protéine de la famille TpsA, celle de Fha30. Cette structure nous a permis de voir que le domaine TPS formait une hélice beta droite à section transversale triangulaire avec quatre brins beta anti-parallèles extra-helicaux. Etant donné que les prédictions de structure secondaire indiquent que la FHA contient tout le long une série de répétitions prédits en brins beta, l'hélice beta observée sur Fha30 se prolonge vraisemblablement dans la partie centrale de la FHA. La structure nous a permis de voir que le domaine TPS s'étendait environ 100 résidus plus loin que ce que l'on croyait jusque là, ce qui nous a amené à élargir notre zone de recherche pour l'identification du signal de sécrétion de la FHA. Le domaine TPS est composé d'une alternance de régions non conservées et conservées LC1-C1-LC2-C1 (pour « conserved » et « less conserved ») qui s'étendent jusqu'à 250 résidus environ du N-terminus. Pour trouver les résidus faisant partie du signal de sécrétion, un grand nombre de mutations ponctuelles ou de délétions correspondant aux brins ne faisant pas partie de l'hélice beta, ont été introduites dans le domaine TPS et leur effet sur la sécrétion a été testé chez B. Pertussis. Nous avons utilisé Fha30 comme modèle de la protéine complète, puisqu'elle comporte vraisemblablement le signal de sécrétion entier. Un certain nombre de mutations dispersées dans le domaine TPS a permis d'abolir ou de diminuer la sécrétion, y compris les deux délétions. Pour pouvoir attribuer cet affet à un problème d'interaction avec le transporteur, nous avons mis au point un test d'interaction. Par la technique de co-précipitation (« pull down ») on observe cette interaction, mais uniquement lorsque Fha30 se trouvait dans une conformation non repliée. Pour ensuite identifier les résidus du domaine TPS impliqués dans la reconnaissance par FhaC et pouvoir tester un nombre élevé de mutants du domaine TPS, j'ai mis au point des conditions pour observer l'interaction avec FhaC par une technique d'interaction sur membrane (« far-western blotting » ou overlay). Les formes mutées de Fha30 produites dans le cytoplasme (qui n'ont donc pas encore vu le trasporteur) étaient non solubles, indiquant leur état non natif, donc semblable à celui de l'état supposé de la FHA dans le périplasme. Grâce au far-western blot, j'ai pu identifier plusieurs résidues capables de réduire l'efficacité de reconnaissance de Fha30 par FhaC. Le signal de sécrétion de FHA est composite puisque certains résidus sont conservés entre les protéines TpsA et d'autres ne le sont pas, ce qui peut rendre compte de la spécificité entre chaque transporteur TpsB et sa protéine TpsA. De plus, certains résidus lorsqu'ils étaient mutés étaient capables d'abolir la sécrétion de FHA alors qu'ils n'étaient pas impliqués dans l'interaction avec FhaC. Nous pensons qu'ils auraient plutôt un rôle structural, c'est à dire dans le repliement et/ou dans la stabilisation de la structure native de la FHA. Ainsi, le domaine TPS aurait deux fonctions : interaction avec FhaC et rôle structural important. Etant donné la conformation périplasmique non native de la FHA, nous avons émis l'hypothèse que des protéines telles que des chaperons périplasmiques pourraient protéger l'intermédiaire périplasmique contre la dégradation avant que la translocation via FhaC n'ait lieu. Plusieurs candidats ont été identifiés et ils ont la capacité d'empêcher l'agrégation de la Fha30 in vitro. L'un de ces candidats est une chaperon-protéase qui est essentielle à la sécrétion de la FHA. De plus, c'est uniquement son activité chaperon qui est importante pour la sécrétion de la FHA. Alors que la partie N-terminale de FhaC est importante pour l'interaction avec la FHA, des études de conductance sur FhaC, effectués avec Albano Méli au CBS de Montpellier, sur une série de mutants de FhaC ont montré que FhaC formait un canal perméable aux ions, et que sa partie C-terminale est suffisante pour former ce canal. Il existe une certaine corrélation entre l'activité de sécrétion de la FHA et les propriétés canal de FhaC, ce qui pourrait indiquer que la FHA emprunterait le canal présent dans le monomère FhaC pour traverser la membrane.

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Joubel, Anita. "Analyse protéomique du suppresseur de tumeur p53 : modifications post-traductionelles et protéines partenaires." Thesis, Lille 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LIL10035.

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Abstract:

La protéine suppresseur de tumeurs p53, est impliquée dans de nombreuses voies de signalisation cellulaire et est également la protéine la plus mutée dans les cancers. Les mécanismes de régulation de l'activité de p53 impliquent des modifications post-traductionnelles et des protéines partenaires pour lesquelles les données de la littérature sont pléthoriques et fragmentaires. Dans la présente étude, nous avons développé une approche de protéomique basée sur l'immunoprécipitation et la spectrométrie de masse pour étudier les modifications post-traductionnelles de p53 et identifier ses protéines d'interaction. Dans un premier temps nous avons séquencé la totalité de la protéine p53 immunoprécipitée des cellules du modèle Cos-1. Cette expérience nous a permis d'identifier plusieurs sites de phosphorylations déja connus sur les serines: S15, S33, S315 et S392. Nous avons également identifié des acétylations sur les lysines suivantes: K305, K370, K372, K373, K381 et K382. C'est la première fois que des acétylations sont reportées pour la proteine p53 isolée des cellules Cos-1. De plus, il est reporté pour la toute première fois l'existence d'acétylation sur les résidus 319, 357 et 386. Dans un second temps, nous avons recherché les protéines qui se fixent sur p53 dans les cellules épithéliale mammaire non cancéreuse (MCF10A) versus les cellules cancéreuse (MCF7). Nos résultats identifient un certain nombre de partenaires potentiels de p53 et montrent pour la première fois que l'inhibiteur de serine protéase Maspine est capable de former un complexe avec p53. Ce complexe nucléaire est retrouvé exclusivement dans les cellules non cancéreuses MCFlOA et pourrait constituer un nouveau mécanisme de régulation de l'activité de p53
The tumor suppressor protein p53 is involved in many signaling pathways and is the most frequently mutated protein in cancers. The mechanisms for the regulation of p53 activity involve post-translational modifications and partner proteins for which literature is phletoric and fragmentary. ln the present study, we have developed a proteomics approach, coupling immunoprecipitation and mass spectrometry, to investigate p53 post-translational modifications and protein partners. First, we sequenced the full p53 protein immunoprecipitated from the Cos-l cells. This lead to the identification and localization of several known phosphorylations on serine residues S 15, S33, S315 and S392 as weIl as several known acetylations on lysine residues: K305, K370, K372, K373, K381 and K382. Acetylation sites are being reported for the tirst time on monkey p53 from Cos-l cells on lysine 319,357 and 386. Second, we looked for partner proteins that can bind to p53 in non cancerous (MCFlOA cells) versus cancerous (MCF7) human breast epithelial cells. Our results report a series of putative interacting partners among which the serine protease inhibitor maspin. The complex between p53 and maspin was validated by westem-blotting, localized in the nucleus and found in the noncancerous MCFlOA cells only. The p53/maspin interaction could represent a new regulatory mechanism for the activity of p53

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Verreman, Kathye. "Identification et caractérisation de nouveaux partenaires du facteur de transcription ERM." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10057/document.

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Abstract:

ERM est un facteur de transcription de la famille ETS appartenant au groupe PEA3 qui joue un rôle important dans divers processus biologiques dont la tumorigenèse mammaire. La régulation de son activité transcriptionnelle nécessite des modifications post-traductionnelles et des interactions avec des partenaires. Nous avons mis au point différentes techniques de chromatographie d’affinité dans le but d’identifier de nouveaux partenaires d’ERM. Parmi ceux-ci, trois ont été confirmés comme partenaires directs d’ERM : la protéine CoAA (CoActivator Activator) et les protéines MED23 et MED25. MED23 et MED25 sont des sous-unités du médiateur, complexe qui régule la transcription en intégrant les signaux entre des facteurs de transcription et la machinerie transcriptionnelle. Nous avons démontré que ces protéines interagissent in vitro et in vivo avec ERM et sont nécessaires à l’activation transcriptionnelle induite par ce facteur de transcription. Toutefois, ces sous-unités ont une capacité différente de recrutement du médiateur sur ERM in vitro.La ribonucléoprotéine CoAA régule l’expression de certains gènes et l’épissage alternatif des ARN messagers. CoAA interagit in vitro et in vivo avec ERM. L’activité d’ERM est augmentée par la surexpression de CoAA tandis qu’elle est diminuée par sa sous-expression. Cette activation médiée par CoAA est liée à une modulation du taux de sumoylation d’ERM. Ces travaux ont permis de définir de nouvelles voies de régulation de l’activité transcriptionnelle d’ERM et des autres membres du groupe PEA3. Il reste maintenant à préciser les mécanismes impliqués dans la modulation de l’activité des membres du groupe PEA3 par ces nouveaux interacteurs
ERM is an ETS transcription factor which belongs to the PEA3 group and is involved in several processes such as migration and dissemination during organogenesis and cancer development. Regulation of its transcriptional activity requires post-translational modifications and interactions with partner proteins. In order to identify new ERM partners, we have developed various affinity chromatography techniques to isolate new potential partners. Among these candidates, CoAA (CoActivator Activator), MED23 and MED25 directly interact with ERM.MED23 and MED25 are subunits of the mediator. The mediator is a 30 sub-units multi-protein complex which mediates signals from transcription factors bound at upstream promoter elements or enhancers to RNA polymerase II and the general initiation factors bound at the core promoter. We found that MED23 and MED25 interact with ERM in vitro and in vivo and are required for transcriptional activation induced by ERM. However, these sub-units display various ability to recruit the mediator on ERM in vitro. The heterogeneous nuclear ribonucleoprotein-like protein CoAA regulates gene expression and RNA splicing. We demonstrated that ERM interacts in vitro and in vivo with CoAA. ERM transcriptional activity is enhanced upon CoAA overexpression and is decreased by CoAA knock-down. We demonstrated that CoAA modulates ERM transcriptional activity by decreasing sumoylated ERM levels. This work demonstrated new ways to regulate the activity of ERM and the two other PEA3 group members. The molecular mechanisms involved in the modulation of PEA3 member activity by these partners remain to be clarified

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Hajj, Mariana. "Le récepteur orphelin GPR158 : fonction et partenaires protéiques." Thesis, Montpellier 1, 2012. http://www.theses.fr/2012MON1T009.

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Abstract:

Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) constituent l'une des plus grandes familles de gènes du génome des mammifères. Ils sont impliqués dans la plupart des processus physiologiques et physiopathologiques ce qui en a fait des cibles thérapeutiques de choix. GPR158 est un récepteur orphelin, dont on ne connaît pas de ligand, de la classe C des RCPG. Il partage 20% d'identité de séquence entre son domaine transmembranaire (TM) et celui du récepteur GABAB mais son domaine N-terminal est dépourvu du domaine Venus Flytrap (VFT), le domaine de liaison du ligand caractéristique des RCPG de la classe C, ce qui suggère que cette protéine a développé un autre mode de liaison de son ligand endogène (s'il existe). GPR158 est exprimé majoritairement au niveau du cerveau. De manière intéressante, son expression a été aussi décrite, dans des cribles à plus ou moins grande échelle, comme étant associée ou modifiée dans différentes conditions pathologiques dont 50% sont des maladies cancéreuses.À ce jour, on ne connait ni la fonction physiologique, ni les voies de signalisation de GPR158. Dans un premier temps, notre objectif était de comprendre la fonctionnalité de GPR158 en cherchant une activité constitutive de ce récepteur ou en essayant de générer des mutants, des récepteurs tronqués ou des récepteurs chimériques constitutivement actifs. Jusqu'à présent, nous n'avons pas réussi à avoir un récepteur actif, malgré les résidus des boucles intracellulaires et des domaines TM importants pour le couplage aux protéines G et pour l'activation des autres RCPG, qui sont conservés dans GPR158. Ce qui suggère que ce récepteur pourrait ne pas avoir une signalisation en lui même, et il régulerait ainsi l'activité d'autres RCPG. Dans le cas inverse, GPR158 aurait un mode de signalisation très original qui reste à découvrir. Puis nous avons cherché à comprendre le rôle physiologique lié aux trois motifs VCPWE, que nous avons identifiés au niveau du domaine C-terminal (C-ter), très long, de ce récepteur. Ces motifs sont bien conservés chez les différentes espèces et joueraient ainsi des rôles fonctionnels importants. À ce sujet, nous avons montré que le troisième motif s'associe spécifiquement avec la sous-unité Gαo, probablement activée, des protéines G. Et nous avons également identifié, un site d'interaction d'un régulateur de l'activité des protéines G, RGS7, au niveau du domaine C-ter de GPR158, en amont des motifs. Vu que Gαo est le substrat de RGS7, nous suggérons que Gαo lierait en même temps le domaine RGS de la protéine RGS7, et ils formeraient ainsi avec GPR158 un complexe de régulation de l'activité du récepteur orphelin ainsi que d'autres RCPG présents dans le nano-environnement de GPR158. Enfin, afin de mieux comprendre la fonction et les possibles voies de signalisation de GPR158, une analyse protéomique des complexes multi-protéiques bâtis autour du domaine C-ter de GPR158, a été menée. Après purification du récepteur orphelin et des protéines associées par immunoprécipitation, l'identification par spectrométrie de masse des protéines présentes a permis d'identifier 6 nouveaux partenaires potentiels. Parmi eux, quatre protéines, p53, PPM1G, Sgt1 et SIRT1, sont des régulateurs du facteur de transcription suppresseur de tumeur p53, et deux protéines, SIRT1 et TRIM58, sont impliquées dans le processus de vieillissement cellulaire. Par conséquent, une implication dans la transcription, la régulation du cycle cellulaire, la réparation de l'ADN, la prolifération, l'apoptose, la tumorigenèse et le vieillissement, du récepteur orphelin GPR158 peut être envisagée
G protein-coupled receptors (GPCR) are known to form the largest family of cell communication proteins, and to participate to all functions of the body, making them high potential therapeutic targets. However, lots of these proteins are still orphan receptors, for which no ligand, neither function have been described, although some could be of very high interest, like GPR158, a class C orphan GPCR. The seven transmembrane domain (7TM) of this orphan receptor was related to class C GPCR (GPR158 and GABAB share 20% sequence identity in the TM core region) but its N-terminal domain was not homologous to the typical Venus Flytrap (VFT) known to bind the ligands in most of class C receptors. Which suggests that GPR158 has developed different ligand binding mode. GPR158 is expressed mainly in the brain. Interestingly, the expression of this receptor has been found in many cells and tissues to be potentially regulated in pathological conditions, of which 50% are cancerous diseases. We thus intended to decipher its cellular function and partners, to understand its potential physiological and physiopathological roles. Initially, our goal was to determine the functionality of GPR158, and the possible signaling and cellular mechanisms it was involved in, by looking for some constitutive activity for this orphan GPCR, in the absensce of any ligand. Curiously, we could not detect any G protein coupling, like constitutive G protein stimulation by overexpression of wild type, mutated, truncated and chimeric receptors. This despite the residues of intracellular loops and TM domain, important for the G protein coupling and for the activation of other GPCR, which are conserved in GPR158. This suggests that GPR158 in itself might not have a signalization, and thus it would regulate the activity of other GPCR. Alternatively, GPR158 would have an original way of signaling to be discovered with more sophisticated techniques.Then, we tried to understand the role of three VCPWE specific motifs that we have identified at the long C-terminal (C-ter) domain of GPR158. These motifs are well conserved among different species and thus would play important functional roles. Therefore, we have shown that the third motif indeed binds G protein alpha o subunit, likely in active state. Interestingly, we have also shown that RGS7 that deactivated alpha o, interacts constitutively with the C-terminal domain of GPR158 upstream of VCPWE motifs. Thus, RGS7 would regulate the alpha subunit association with GPR158. Hence, GPR158 would act as a signaling regulatory platform, controlling G protein pathways by binding active alpha subunit and RGS7. This would be of great importance as a local signaling regulatory mechanism. Finally, to better understand the function and possible signaling pathways of GPR158, a proteomic analysis of multi-protein complexes built around the C-ter domain of GPR158, was conducted. After purification of the orphan receptor and its associated proteins by immunoprecipitation, the identification by mass spectrometry of GPR158 interacting proteins led to the identification of six potential new partners. Among them, four proteins, p53, PPM1G, SGT1 and SIRT1, are regulators of the p53 tumor suppressor protein widely known for its role as a transcription factor that regulates the expression of stress response genes, and two proteins, SIRT1 and TRIM58 are involved in cellular aging process. Therefore, GPR158 could be involved in transcription, cell cycle regulation, DNA repair, proliferation, apoptosis, tumorigenesis and cell aging

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Claret, Sandra. "Contribution à l'étude de la voie de signalisation Rho3/Rho4 au travers de l'analyse de partenaires physiques chez la levure Saccharomyces cerevisiae : recherche du facteur d'échange (GEF) et analyse de Tos2p, partenaire de la GAP Rgd1p." Bordeaux 2, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR21105.

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Abstract:

Les GTPases Rho3p et Rho4p sont impliquées dans la croissance polarisée chez la levure S. Cerevisiae. L'étude de la GAP Rgd1p, le régulateur négatif des protéines Rho3 et Rho4, a permis l'identification de la protéine membranaire Tos2p. Lors de l'acidification du milieu, Tos2p et Rgd1p, en collaboration avec le senseur Mid2p, activent une voie indispensable à l'adaptation et à la survie cellulaire, la voie PKC. De plus, l'identification des protéines Rom1p et Rom2p (deux protéines agissant en amont de la voie PKC) comme facteurs d'échanges potentiels de respectivement Rho3p et Rho4p montre l'existence d'une coordination entre la voie PKC et la voie régulée par Rho3p et Rho4p. Enfin, nous avons montré que Tos2p, par son interactrion avec le domaine GAP, semble capable de réguler la fonction de Rgd1p en aval de Rho3p et Rho4. La surproduction de Tos2 entraîne une augmentation du volume cellulaire qui est probablement en relation avec un défaut de ciblage des vésicules de sécrétion
The Rho GTPases Rho3p and Rho4p are involved in polarized growth in the yeast S. Cerevisiae. Analysis of the GAP Rgd1p, a negative regulator of the proteins Rho3 and Rho4, led to the identification of the membrane protein Tos2. Upon acidification of the medium, Tos2p and Rgd1p in collaboration with the sensor mid2p activate the essential PKC cell survival pathway. Moreover, identification of Rom1p and Rom2p (two proteins acting upstream of the PKC pathway) as potential exchange factors for Rho3p and Rho4p respectively, shows that the PKC pathway and the Rho3p/Rho4p regulated pathway are coordinated. Finally, we showed that Tos2p, through its interaction with the GAP domain, seems able to regulate the function of Rgd1p upstream of Rho3p and Rho4p. Tos2p overexpression induced an increase in cell size that is probably related to a defect in the targeting of secretion vesicles

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Berthet, Cyril. "Études des relations des protéines BTG-APRO avec leurs partenaires CAF1 et PRMT1." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO1T231.

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Ho, Joël Rainui. "Analyse transcriptomique des cancers de la vessie : application aux protéines Rab et partenaires." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066024.

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Abstract:

Cette thèse présente deux études du cancer de vessie. La 1ère s’est intéressée à l’expression, au cours de la progression tumorale, de 61 protéines Rab et 223 partenaires. Un modèle à deux voies qui classe les tumeurs selon la présence (ou non) de mutation de FGFR3 a été utilisé. Le test SAM (Significance Analysis Microarray) a montré un total de 30 gènes sous-régulés et 13 gènes sur-régulés. LEPRE1, MICAL2, RAB23, STXBP1 et SYTL1 sont spécifiques des tumeurs T2-4 (FGFR3 wt). Un test binomial a montré que le cluster Rab27 (RAB27A/B et partenaires) était associé à ce cancer. Une 2ième étude s’est intéressée à l’expression des gènes de la puce Affymetrix HG U133 Plus. 2 au cours de la progression tumorale. Trois modèles ont été utilisés. Un modèle linéaire qui classe les tumeurs uniquement selon le stade, un modèle « FGFR3 » qui, en plus prend en compte la présence (ou non) de mutation de FGFR3, et un modèle « MRES » qui, en plus prend en compte la présence (ou non) du phénotype MRES (Multiple Regional Epigenetic Silencing). Une analyse comparative des résultats indique que les modèles à deux voies sont plus adaptés pour décrire cette pathologie et que les modèles à deux voies utilisés ici ne concordent pas

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Berdance, Elodie. "Caractérisation de nouvelles protéines, partenaires potentiels de BILBO1, chez le parasite Trypanosoma brucei." Thesis, Bordeaux, 2014. http://www.theses.fr/2014BORD0390/document.

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Abstract:

Le parasite Trypanosoma brucei est retrouvé en Afrique sub-Saharienne et est responsable de la maladie du sommeil chez l’homme et de la Nagana chez les animaux. Il cause de graves problèmes sanitaires et économiques car il affecte le bétail. La vaccination est impossible à cause de la variation antigénique. Les traitements actuels sont difficiles à mettre en place avec des effets secondaires importants. Il est donc urgent de trouver de nouvelles cibles thérapeutiques afin de développer de nouveaux médicaments. T. brucei possède un flagelle unique qui émerge de la cellule par une structure appelée la poche flagellaire (FP). Cette FP est une invagination de la membrane plasmique. Elle est nécessaire à la survie du parasite car c’est le seul site d’endo- et d’exocytose. Au cou de la FP on trouve le collier de la poche flagellaire (FPC) en forme d’anneau. Le FPC est composé de nombreuses protéines dont BILBO1 qui est nécessaire à la biogenèse de la FP et du FPC. De nombreux partenaires de BILBO1 ont été identifiés. Dans cette thèse, je caractérise deux d’entre eux : FPC5, une kinésine putative et FPC9, une synaptotagmine putative. J’ai pu montrer que FPC5 est localisée aux corps basaux mais aussi au FPC. Cette protéine n’est pas essentielle à la survie des parasites bien que des phénotypes de croissance et de ségrégation de la FP apparaissent après induction de l’ARNi. Nous ne sommes pas parvenus à prouver sa fonctionnalité, cependant j’ai pu montrer que son domaine moteur est capable de lier les microtubules. FPC9 est trouvée au niveau de la zone de transition du flagelle. L’ARNi contre cette protéine n’étant pas effectif, nous ne pouvons pas conclure quant à sa fonction dans la cellule
Trypanosoma brucei is a parasite found in sub-Saharan Africa and is responsible for sleeping sickness in humans and Nagana in animals. It is the source of serious health and economic problems because it kills livestock. Vaccination is not possible because of antigenic variation and current treatments are difficult to implement or have toxic side effects. For these reasons it is urgent to find new therapeutic targets in order to develop effective treatments. T. brucei has a single copy flagellum that emerges from the cytoplasm through a unique structure called the Flagellar Pocket (FP). This pocket is an invagination of the pellicular membrane and because it is the sole site of endo- and exocytosis, it is essential for parasite survival. At the neck of the FP there is a cytoskeletal structure: the Flagellar Pocket Collar (FPC) that forms a “ring” around the flagellum. The FPC consists of numerous proteins, including the first to be identified - BILBO1, which is necessary for FP and FPC biogenesis. A number of potential BILBO1 partners were identified. In this thesis I characterize two of these proteins: FPC5, a putative kinesin and FPC9, a putative synaptotagmin. I show that FPC5 localizes mainly in the basal body area, but also at the FPC. This protein is not essential for parasite survival although reduced FP segregation and growth phenotypes appear after RNAi induction. We are not able to prove its functionality, however I could show its motor domain is able to bind microtubules. FPC9 is found in the transition zone of the flagellum. However RNAi knockdown against this protein was not efficient, so we are currently unable to define a function for this protein

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Gandji, Leslie Yewakon. "La voie SHP2 dans la tumorigenèse : étude des protéines partenaires CDCP1 et GAB2." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS057.

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Abstract:

La protéine SHP2 est une tyrosine phosphatase cytosolique impliquée dans la régulation des phénomènes de prolifération, migration et survie cellulaire. Elle contrôle l'état d'activation des voies de signalisation des récepteurs à tyrosine kinase faisant intervenir en particulier les protéines kinases MAPK/ERK, PI3K/AKT. Des mutations germinales et somatiques de SHP2 sont à l'origine de syndromes et de néoplasies. Au cours de ce travail, nous avons mis en évidence une nouveau partenaire pour SHP2: la protéine CDCP1. CDCP1 est une protéine transmembranaire dont la surexpression et la tyrosine phosphorylation par les kinases de la famille de SRC dans de nombreux carcinomes permet une augmentation des propriétés métastatiques des cellules. Nous avons de plus mis en évidence la régulation de la phosphorylation de CDCP1 et sa présence à la membrane cellulaire par SHP2. Dans une seconde partie de ce travail de thèse, notre attention s'est portée sur la protéine adaptatrice GAB2, partenaire et substrat principal de SHP2, dont la surexpression dans les mélanomes primaires et métastatiques commence à être décrite. Nous mettons en évidence la présence d'une boucle de régulation entre GAB2, dont l'expression est régulée par le facteur de transcription MITF et le récepteur KIT, dont l'activation, dépendante de l'expression de GAB2 régule l'activation de MITF et la motilité des cellules de mélanome.L'ensemble de ce travail met ainsi en évidence la présence d'un nouvel interacteur de SHP2, et d'une nouvelle boucle de régulation dans les cellules de mélanome
SHP2 is a protein tyrosine phosphtase which regulates cell proliferation, mirgration and survival. It controls MAPK/AKT and PI3K/AKT signaling pathways activated by tyrosine kinase receptors. Germinal and somatic mutations in SHP2 lead to syndromes and neoplasia. We show a novel interaction between SHP2 and the protéine CDCP1. CDCP1 is a transmembrane protein which overexpression and tyrosine phosphorylation by SRC family kinases in carcinomas lead to an increase of the tumor cells metastatic properties. We also demonstrated that SHP2 regulates CDCP1 tyrosine phosphorylation level and its presence at the cell membrane.In a second part of this work, we focused on GAB2 anchor protein, which is one of the most important partner and substrate for SHP2. GAB2 is overexpressed in primary and metastatic melanoma. We show the presence of a regulation loop, involving GAB2 regulation by the transcription factor MITF, KIT receptor and its activation depending on GAB2, which controls MITF activation and melanoma cell motility.This thesis work demonstrate the presence of a novel partner for the protein SHP2 and of a new regulation pathway in melanoma cells

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Baelen, Stéphanie. "Etudes structurales et fonctionnelles du système de sécrétion à deux partenaires HxuA/HxuB de Haemophilus influenzae." Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10117/document.

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Abstract:

Le système sécrétion de type V à deux partenaires ou système TPS est un système dédié à la sécrétion de protéines de grandes tailles souvent impliquées dans la virulence. La protéine sécrétée ou protéine TpsA traverse la membrane externe via son partenaire membranaire spécifique, la protéine TpsB. Ces systèmes TPS sont répartis en deux sous-familles, la sous-famille FHA/FhaC et la sous-famille HMW1A/HMW1B, peu caractérisée structuralement, à laquelle appartient le système HxuA/HxuB dédié à l’acquisition de l’hème extracellulaire chez Haemophilus influenzae. Ma thèse est consacrée à l’étude structurale et fonctionnelle du système HxuA/HxuB. A cette fin, le système de sécrétion HxuA/HxuB a été recréé chez E. coli. Le domaine N-terminal de HxuA, HxuA301, et son partenaire HxuB entier ont été produits respectivement en surnageant de culture et en membrane externe. Après purification de ces protéines, des essais de cristallogenèse ont été réalisés. Des cristaux ont été obtenus pour HxuA301 et HxuB. Seule la structure de HxuA301 a pu être déterminée avec une résolution de 1,5 Å. HxuA301 présente une structure en hélice-β main droite avec un motif extra-hélice constitué de quatre brins-β antiparallèles. Des croisements entre les systèmes HxuA/HxuB et HMW1A/HMW1B ont été réalisées et ont mis en évidence le fait que HxuB n’est pas indispensable au repliement de HxuA301. On a en effet pu résoudre la structure de HxuA301 produite dans E. coli sans HxuB (HxuA301-noB) qui est en tout point identique à celle de HxuA301. Cette observation appuie l’hypothèse selon laquelle le domaine N-terminal des protéines TpsA serve à initier le repliement progressif de la protéine TpsA une fois la surface bactérienne atteinte
The type V two-partner secretion system or TPS system is a system dedicated to the secretion of large proteins mostly implied in virulence. The secreted protein or TpsA protein crosses the outer membrane thanks to its membrane partner, the TpsB protein. The TPS systems are subdivided into two subfamilies, the FHA/FhaC and HMW1A/HMW1B subfamily, with few structural characterized, in which belongs the system HxuA/HxuB dedicated to the acquisition of extracellular haem in Haemophilus influenzae. My thesis focuses on the structural and functional study of HxuA/HxuB system. In that aim, HxuA/HxuB secretion system has been recreated in E. coli. HxuA N-terminal domain, HxuA301, and full length HxuB membrane partner have been produced respectively in the supernatant and in the outer membrane. After purification of these proteins, crystallogenesis assays have been realized. Crystals have been obtained for HxuA301 and HxuB. Only the HxuA301 structure has been determined with a resolution of 1,5 Å. HxuA301 presents a structure in right-handed β-helix with one extra-helix motif constituted a four antiparallel β-strands. Crossing between HxuA/HxuB and HMW1A/HMW1B systems has been realized and highlighted that HxuB is not necessary for the folding of HxuA301. Indeed, we succeed to solve the structure of HxuA301 produced in E. coli without HxuB (HxuA301-noB) which is strictly identical to the one of HxuA301. This observation supports the hypothesis that N-terminal domain of TpsA could act as a scaffold pour the progressive folding of TpsA protein once the cell surface reached

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Cardone, Christophe. "Caractérisation structurale par RMN des interactions entre protéines du complexe polymérase du virus respiratoire syncytial et des protéines partenaires cellulaires." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS586/document.

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Abstract:

Le virus respiratoire syncytial humain (hRSV) est le principal agent pathogène responsable des bronchiolites. Le complexe ARN polymérase (RdRp), du hRSV, nécessaire à la réplication de son génome, est composé a minima de la sous-unité catalytique (L), de son principal cofacteur qu’est la phosphoprotéine (P) et de la nucléoprotéine (N) qui assure l’encapsidation du génome viral. Le cœur de mon projet doctoral a été l’étude dynamique et structurale de domaines des protéines N et P du hRSV ainsi que leurs interactions avec certaines protéines cellulaires principalement par résonance magnétique nucléaire.Dans un premier temps j’ai étudié une potentielle interaction entre 2 domaines appartenant à la protéine N et à la protéine cellulaire Tax1BP1 impliquée notamment dans la régulation de l’autophagie. Ensuite, j’ai entrepris une étude structurale et dynamique de hRSV-P isolée notamment dans le but de déterminer des contacts transitoires au sein de la protéine et d’obtenir la structure tridimensionnelle du domaine d’oligomérisation de P. Enfin, j'ai participé à la caractérisation de l’interaction entre la protéine hRSV-P et le cofacteur de transcription du hRSV hRSV-M2-1, puis entre hRSV P et la phosphatase cellulaire PP1α, afin d’en cartographier les régions de contacts
Human respiratory syncytial virus (hRSV) is the main pathogen responsible for bronchiolitis. The RNA polymerase complex (RdRp) of hRSV, necessary for the replication of its genome, is composed at least of the catalytic subunit (L), its main cofactor phosphoprotein (P) and nucleoprotein (N), which encapsidates the viral genome. At the heart of my doctoral project was the dynamic and structural study of domains of the proteins N and P of the hRSV as well as of their interactions with several cellular proteins, mainly by nuclear magnetic resonance.Firstly, I studied a potential interaction between 2 domains belonging to the N protein and to the Tax1BP1 cellular protein involved notably in regulation of autophagy. Secondly, I undertook a structural and dynamic study of isolated hRSV-P in order to determine transient contacts within the protein and to obtain the three-dimensional structure of the P oligomerization domain. Last, I participated in the characterization of the interaction between the hRSV-P protein and the hRSV transcription cofactor hRSV-M2-1, and between hRSV P and the cellular phosphatase PP1α to map the contact regions

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Stuhl-Gourmand, Laetitia. "Role de Naca et de ses partenaires moléculaires dans la différenciation érythroïde normale et pathologique des syndromes myélodysplasiques." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20661/document.

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Abstract:

L’érythropoïèse est un processus complexe qui aboutit à la formation de 100 milliards de globules rouges/jour. Elle est finement régulée pour permettre d’adapter la production de globules rouges aux besoins en oxygène des tissus périphériques. La compréhension des processus complexes mis en jeu lors de la régulation de l’érythropoïèse requière l’étude de nouveaux acteurs moléculaires tel que la protéine NACA (chaîne alpha du complexe associé aux polypeptides naissants), mise en évidence comme un régulateur positif de la différenciation érythroïde humaine. Nous avons identifié ERGIC-53 comme nouvel interacteur de NACA. ERGIC-53 est une lectine mannose spécifique membranaire impliquée dans le transport des glycoprotéines du Réticulum Endoplasmique (RE) vers le compartiment ERGIC (Endoplasmic Reticulum Golgi Intermediate Compartment). Nous avons démontré que ERGIC-53 et NACA participent à la régulation du trafficking de l’EPO-R. NACA est aussi un régulateur négatif de l’apoptose médié par FADD. Nous avons initié l’étude de NACA dans les Syndromes Myélodysplasiques de bas risque (ES-MDS) présentant une déficiente de l’érythropoïèse due à l’apoptose des progéniteurs érythroïdes. Nous avons démontré que la transduction de NACA des progéniteurs CD34+ de ES-MDS restore la différenciation érythroïde et augmente la survie des progéniteurs érythroïdes. De plus, cette étude suggère que la quantification du mRNA NACA pourrait être un nouveau marqueur prédictif de réponse au traitement par rhEPO. En conclusion, notre travail a souligné qu’une simple molécule de la machinerie cellulaire est impliquée dans la différenciation érythroïde normale et des ES-MDS
The erythropoiesis is a complex process that leads to the formation of 100 billion red cells per day. It is finely regulated to adjust the production of red blood cells according to oxygen needs of peripheral tissues. To understand the complex processes involve in the regulation of erythropoiesis, it requires the study of molecular actors such as the NACA protein (the alpha chain of the nascent polypeptide-associated complex), highlighted as a positive regulator of erythroid human differentiation. We have identified ERGIC-53 as a novel interactor of NACA. ERGIC-53 is a lectin mannose-specific membrane involved in the transport of glycoproteins from the Endoplasmic Reticulum (ER) to the ERGIC compartment (Golgi Endoplasmic Reticulum Compartment Intermediate). We have shown that ERGIC-53 and NACA are involved in the regulation of trafficking of EPO-R. NACA may be also a negative regulator of apoptosis mediated by FADD. We investigated the role of NACA in early stages of myelodysplastic syndromes (ES-MDS) which have ineffective erythropoiesis due to apoptosis of erythroid progenitors. We have demonstrated that transduction of NACA in CD34 + progenitor cells from ES-MDS restores erythroid differentiation and increased survival of erythroid progenitors. Moreover, this study suggests that the level of mRNA NACA may be a new predictive marker of response to rhEPO treatment. In conclusion, our work highlighted that a molecule of the cellular machinery is involved in erythroid differentiation of both normal and ES-MDS CD34+ cells

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Parissi, Vincent. "L'intégrase de VIH-1 : Etude structure-fonction, recherche de partenaires cellulaires." Bordeaux 2, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR28892.

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Abstract:

L'intégrase (IN) de VIH-1 catalyse une étape cruciale du cycle infectieux du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) responsable du SIDA. Cette étape d'intégration de l'ADN viral dans le génome cellulaire constitue une cible très attractive non encore exploitée par les thérapies actuelles. L'IN mais aussi ses interactions avec les protéines virales et cellulaires au sein du complexe de préintégration (PIC) peuvent être sujettes à inhibitions par des molécules thérapeutiques. Afin de faciliter la mise au point de tels composants nous avons recherché de nouvelles cibles potentielles au sein de l'IN et de ses cofacteurs cellulaires. Pour cela un système cellulaire mettant en jeu la cellule de levure où l'activité de l'IN est visualisée par un effet létal a été employé comme outil et modèle d'étude de l'IN. Nous avons caractérisé, par ce système, une activité endonucléolytique non séquence spécifique de l'enzyme et proposons une nouvelle propriété de l'enzyme interférant avec la recombinaison homologue. Puis, nous avons entrepris une étude structure-fonction de l'enzyme en utilisant le système levure comme crible de sélection de mutants de l'IN générés aléatoirement. Trois révertants de IN inactivée D116A ont ainsi pu être isolés et des résidus acides aminés impliqués dans les mécanismes de multimérisation et de liaison à l'ADN, indispensables à l'activité de l'IN, ont été identifiés. Enfin, le système levure a été employé pour la recherdche de partenaires protéiques cellulaires de l'IN. Nous avons ainsi pu confirmer la fonctionnalité de l'interaction entre l'IN et Ini1 démontrée auparavant et identifier quatre nouvelles protéines interagissant avec l'IN. Nous avons focalisé notre étude sur l'interaction entre l'IN et la chaperonine moléculaire HSP60. La caractérisation de l'interaction entre l'IN et la chaperonine humaine hHSP60 confirme son rôle dans le cycle infectieux et sa possible utilisation comme cible thérapeutique
HIV-1 integrase (IN) catalyzes a crucial step of the Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) infectious cycle. The viral DNA integration in the cellular genome constitute a very attractive therapeutic target which is not yet used for actual therapy. The retroviral IN and its interactions with other viral and cellular proteins in the preintegration complex (PIC) could be submitted to inhibition by therapeutic molecules. In order to better define these components, we have searched new potential targets inside IN and its cellular cofactors. For this purpose a cellular system, involving the yeast cell where IN activity can be monitored by a lethality, was used as a tool and a model for the IN study. Using this system we have characterized0 and non sequence specific endonucleolytic activity of the enzyme and proposed a new IN propriety linked to the cellular recomlbinaison mechanism. Then we studied the IN structure-function relation using the yeast system to select IN randomly generated mutants. Three revertants of the inactivated D116A IN were isolated and amino acid residues, involved in the multimerization and DNA binding crucial processes, were identified. Finally the yeast system was used to search cellular partners of IN. The functionality of the previously described interaction between IN and Inil, was confirmed and four new potential cofactors were identified. We focalized our work on the study of the interaction between the retroviral enzyme and the human chaperonin HSP60. The characterization of this interaction confirmed its role in the viral infectious cycle and the its potential using as a therapeutic target

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El-Asmar, Laila. "Etude des interactions de CCR5 avec des partenaires cytosoliques et membranaires." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2004. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211160.

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Abstract:

CCR5 est un récepteur couplé aux protéines G répondant aux CC-chimiokines MIP-1&61537; MIP-1&61538; RANTES et MCP-1. Le récepteur structurellement le plus proche est CCR2b, qui répond à MCP-1. CCR5 est exprimé à la surface des lymphocytes T mémoire, les monocytes, macrophages et cellules dendritiques. Ce récepteur joue un rôle important dans l'établissement des réponses inflammatoires contre les agents pathogènes, mais aussi dans la pathogenèse de maladies inflammatoires chroniques. CCR5 constitue aussi avec CXCR4 un des co-récepteurs qui permettent l'entrée du virus de l'immunodéficience humaine dans ses cellules cibles. CCR5 présente donc un grand intérêt en thérapeutique, et tous les éléments susceptibles de mieux comprendre sa structure, ses mécanismes d'activation ou ses cascades de signalisation sont à même de contribuer au développement d'agents à usage thérapeutique.

Deux nouveaux concepts sont apparus dans la littérature au cours des quelques années qui ont précédé le début de notre travail. D'une part, il est apparu que les récepteurs couplés aux protéines G pouvaient interagir directement avec un éventail de partenaires intracellulaires et réguler de cette façon des cascades de signalisation indépendamment des protéines G hétérotrimériques. D'autre part, un nombre croissant de récepteurs se sont révélés capables de former des homodimères et des hétérodimères. Nous avons dès lors appliqué ces deux concepts à l'étude de CCR5.

Nous avons donc recherché de nouveaux partenaires de CCR5 par deux approches complémentaires, le double hybride et le « GST-pulldown ». Dans les deux cas, nous nous sommes focalisé sur le domaine C-terminal du récepteur CCR5, d'une part parce que la majorité des interactions mises en évidence pour d'autres récepteurs concernent ce domaine, d'autre part parce que l'extrémité C-terminale de CCR5 est conservée dans l'évolution et comporte différents motifs dont la relevance fonctionnelle a été démontrée. Par ailleurs, nous avons appliqués les techniques d’immunoprécipitation et de BRET pour étudier les phénomènes d’homodimérisation de CCR5, ainsi que son hétérodimérisation avec le récepteur apparenté CCR2b. Les conséquences fonctionnelles de ces interactions ont ensuite été étudiées.

Par les techniques de double hybride et de pull-down, nous n’avons pas pu identifier de nouveaux partenaires de CCR5. Seules des interactions non-spécifiques ont pu être mises en évidence. Malgré une recherche intensive menée par d’autres groupes, un seul nouveau partenaire de CCR5 a été décrit entre-temps dans la littérature.

Lors des études d'oligomérisation de récepteurs, nous avons mis en évidence la formation d'homodimères de CCR5 et CCR2b par des expériences d’immunoprécipitations et de BRET, ainsi que d'hétérodimères CCR5-CCR2b. Les conséquences fonctionnelles de ces observations sur la liaison de chimiokines, la signalisation et l'internalisation des récepteurs ont été étudiées. Contrairement aux données de la littérature, nous n'avons pas montré de coopérativité positive entre les récepteurs co-exprimés, quant à leur capacité à induire la libération de calcium intracellulaire. Par contre, nous avons mis en évidence une coopérativité négative en termes de liaison de chimiokines. Il apparaît ainsi que chaque dimère ne peut lier qu'une seule chimiokine, et qu'en conséquence, les ligands d'un récepteur peuvent entrer en compétition avec la liaison d'un traceur sur l'autre récepteur au sein d'un hétérodimère. Ces dimères de récepteurs apparaissent cependant comme dissociables, suite à la liaison d'agonistes ou de chimiokines induisant leur internalisation, car aucun phénomène de co-internalisation ne peut être mis en évidence. Ces observations, qui sont originales dans le domaine des récepteurs couplés aux protéines G, peuvent sans doute être généralisées à l'ensemble des récepteurs de chimiokines, voire à d'autres classes de récepteurs. Elles sont importantes pour l'interprétation de la pharmacologie des récepteurs dans leur environnement naturel, et sont susceptibles de développements importants permettant de mieux comprendre la structure des dimères, la dynamique de leur association, et les mécanismes d'activation des récepteurs en général au sein de leur structure dimérique.
Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Cormeau, Jordan. "Recherche des partenaires protéiques et étude fonctionnelle de la région cytoplasmique des protéines BP-80 chez arabidopsis thaliana et helianthus annus." Toulouse 3, 2003. http://www.theses.fr/2003TOU30028.

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Drevensek, Stéphanie. "Caractérisation de nouveaux constituants du cytosquelette chez Arabidopsis thaliana : les protéines TON et leurs partenaires." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112069.

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Abstract:

Le cytosquelette des cellules végétales orchestre de nombreux processus de croissance, morphogenèse et différenciation. L’analyse de mutants chez Arabidopsis thaliana a permis l’isolement de nouvelles protéines et de leurs partenaires et de mieux comprendre les mécanismes gouvernant la dynamique des microtubules (MTs) et des microfilaments (MFs). Les mutants tonneau et fass présentent d’importants défauts morphologiques associés à une désorganisation des MTs corticaux. La protéine TON est conservée chez les plantes, et présente des homologies avec deux protéines centrosomales humaines. Nous avons montré que la fusion TON-GFP est associée aux MTs corticaux. Un crible 2-hybride avait permis d'isoler des partenaires de TON : une centrine et onze protéines inconnues, spécifiques des plantes, partageant cinq motifs conservés, et nommées TIM (TON Interactif Motif). Certains de ces motifs sont conservés chez une protéine centrosomale. La famille TIM compte une trentaine de membres dans le génome d’Arabidopsis. De façon surprenante, la fusion GFP-TIM1 se lie aux MTs et/ou aux MFs et nous avons pu identifier le domaine de liaison aux MTs. Nous avons isolé des simples, doubles et quadruple mutants d’une sous-famille de 4 protéines (TIM1 à TIM4) et montré que ces protéines sont importantes pour le développement de la plante. L'ensemble de ces résultats suggère que les protéines TON et TIM1 sont impliquées dans la dynamique des MTs corticaux et dans le développement de la plante. TIM1 pourrait également coordonner les réseaux de MTs et de MFs. La famille TIM pourrait se révéler essentielle dans l'organisation spatiale des structures corticales de cytosquelette végétal
The plant cell cytoskeleton is involved in many growth processes, morphogenesis and differentiation. Analysis of Arabidopsis thaliana mutants allowed us to uncover new proteins and their partners, and to better understand mechanisms that govern microtubules (MT) and microfilaments (MF) dynamics. The tonneau and fass mutants show considerable morphologic alterations associated with abnormalities in organization of cortical MTs. TON protein is strongly conserved in plants, and has similarities with two human centrosomal proteins. We have shown that a GFP-TON fusion is associated to the cortical cytoskeleton. A yeast 2-hybrid screen had previously lead to isolation of TON partners: a centrin and of 12 large unknown proteins, specific to plants, sharing 5 conserved motifs and named TIM (TON Interaction Motif). We showed that some of these motifs are conserved in CAP350, a centrosomal protein. The TIM family comprises about 30 members in the Arabidopsis genome. Interestingly, a GFP-TIM1 fusion binds both MTs and/or MFs. We have identified the TIM1 MT binding domain, which corresponds to a highly basic region. In order to study the role of these proteins in plant development, genetic study of one sub-family of 4 proteins (TIM1 to TIM4) has been undertaken. Phenotype analysis of single, double and quadruple mutants show significant defects in development. Taken together, results suggest an involvment of TON and TIM1 proteins in the dynamics of cortical MTs and in plant development. TIM1 could also coordiantes the MT and MF networks during the cell cycle. The TIM family could be essential for spatial organization of plant cortical cytoskeleton structures

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Peixoto, Paul. "Ciblage de l'ADN par de molécules antitumorales et modulation de l'activité des partenaires protéiques." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00322954.

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Abstract:

L'éventail thérapeutique utilisé en chimiothérapie antitumorale fait appel à des molécules ayant un indice thérapeutique limité dû à leur faible sélectivité d'action. C'est pourquoi nous développons au laboratoire de nouvelles approches pour guider la conception d'agents antitumoraux plus sélectifs. Cette approche s'intègre dans un design rationnel de ligands de l'ADN qui inhibent l'activité de liaison à l'ADN de facteurs de transcription afin de réguler l'expression de certains gènes.
Les dérivés DB, retenus pour cette étude, sont des molécules synthétisées par les Prs David Boykin et David Wilson (Atlanta) qui se fixent sur des séquences spécifiques dans le petit sillon de l'ADN. Ainsi, le composé diphényl-furane DB75 se lie en monomère à des séquences riches en paires de bases AT, alors que le dérivé phényl-furane-benzimidazole DB293 reconnaît la séquence 5'-ATGA en dimère. Cette reconnaissance «séquence-spécifique» pourrait cibler spécifiquement des interactions ADN-facteurs de transcription impliquées dans la régulation des gènes et la prolifération cellulaire.
Dans cette optique notre travail a été de déterminer la spécificité d'interaction à l'ADN de nouvelles molécules et d'en évaluer leur distribution cellulaire afin de pouvoir, dans un second temps, étudier la modulation de la liaison à l'ADN de facteur de transcription après fixation des dérivés.
Ainsi, nous nous sommes tout d'abord intéressés à la distribution cellulaire des composés DB dérivant du DB75 et du DB293 afin de déterminer s'ils pénètrent efficacement dans la cellule et se dirigent vers l'ADN nucléaire. Les résultats obtenus valident ceux publiés précédemment (Lansiaux et al., 2002a, 2002b) et montrent le faible impact des modifications du corps polycyclique sur la distribution des composés DB. Ainsi, les composés diphényl-furanes substitués sur le cycle furane, pénètrent efficacement dans le noyau alors que seules certaines substitutions sur les groupements phényles empêchent la molécule de pénétrer dans le noyau. Les conséquences cellulaires sont surprenantes puisque ces derniers composés présentent une très bonne cytotoxicité. Dans un second temps, nous avons étudié la spécificité et l'affinité de ces dérivés pour l'ADN. Nous avons ainsi découvert de nouveaux ligands des sites riches en paires de bases AT et des séquences ATGA qui ont permis de compléter nos connaissances des relations structure/affinité de ces composés.
Afin de déterminer si cette famille de ligands peut moduler sélectivement l'activité de liaison à l'ADN de facteurs de transcription, un criblage en mode compétitif de l'activité de 54 facteurs de transcription a été réalisé avec le DB293. Pour cela nous avons utilisé une approche innovante basée sur le principe des macroarrays : les membranes Transignal/Protein/DNA array I. Nous avons mis en évidence l'inhibition de la fixation de Pit-1 et Brn-3, deux facteurs de transcription à domaine POU dont les sites consensus contiennent un site riche en paires de bases AT et la séquence 5'-ATGA. Cependant, la seule présence d'un site 5'-ATGA ne prévient pas l'inhibition de l'activité de liaison à l'ADN par le DB293 puisque le facteur de transcription IRF-1 présentant aussi un site 5'-ATGA dans son site consensus n'est pas inhibé par le DB293. Nous avons montré que le DB293 interagit en dimère aux séquences 5'-ATGA des sites consensus Brn-3 et Pit-1 mais pas sur celui de IRF-1.
En parallèle, un ciblage de facteurs de transcription associés de manière privilégiée à un cancer donné et se liant au même type de séquence que les composés DB a orienté notre étude sur le complexe de transcription PBX/HoxA9. Ce complexe protéique se lie à une séquence nucléotidique à la fois riche en paire de base AT et contenant un site ATGA. Les membres de ce complexe sont sur-exprimés ou transloqués dans bon nombre de leucémies aiguës myéloïdes, lymphoïdes ou de syndromes myéloprolifératifs. Des tests d'interaction protéine/ADN nous ont permis de sélectionner des composés empêchant la fixation de HoxA9 sur sa séquence ADN cible. Les premiers résultats prometteurs dans la cellule montrent une toxicité induite par nos dérivés sur des cellules dont la prolifération est dépendante de l'activité de HoxA9 alors que cette toxicité est moindre dans des cellules n'exprimant pas HoxA9. Des tests clonogéniques effectués sur des cellules de moelle osseuse transformées par HoxA9 montrent un effet antiprolifératif du composé sélectionné qui est plus important sur les progéniteurs les moins engagés dans les voies de différentiation hématopoïétique.

De plus, le criblage de nouvelles séries de molécules dicationiques a permis d'identifier 3 nouveaux composés, les dérivés DB1255, DB1242 et RT-29 qui se lient à des séquences originales riches en paires de base GC. Il s'avère que le composé DB1255 inhibe efficacement la fixation du facteur de transcription Erg sur son site consensus EBS.

Cette étude montre pour la première fois l'inhibition de la fixation de facteurs de transcription par les composés DB et ouvre ainsi de nombreuses pistes prometteuses dans l'inhibition spécifiques de facteurs de transcription impliquées dans des processus de tumorogenèse.

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Choul-Li, Souhaila. "Le facteur de transcription Ets-1 : identification de nouveaux partenaires protéiques et étude du clivage par les caspases." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10099/document.

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Abstract:

Ets-1 est un facteur de transcription qui régule des gènes impliqués dans divers processus physiologiques et pathologiques. Il n’agit pas seul au niveau de ses promoteurs cibles mais en coopération avec une variété de partenaires protéiques. L’identification de nouvelles protéines interagissant avec Ets-1 devrait nous permettre de mieux appréhender certaines de leurs fonctions intrinsèques. Dans ce but, nous avons mis au point une stratégie de purification par affinité des partenaires protéiques d’Ets-1. Ceci nous a permis d’identifier et de confirmer comme partenaires d’interaction d’Ets-1, les trois protéines du complexe DNA-PK : Ku70, Ku86 et DNA-PKcs. Nous avons ensuite déterminé les conséquences fonctionnelles des interactions. Ces résultats ont permis de définir une nouvelle régulation de son activité qui pourrait fournir de nouveaux indices pour comprendre les diverses fonctions d’Ets-1.Dans une autre étude, nous avons démontré que l’isoforme majoritaire Ets-1 p51 est un nouveau substrat de la caspase-3, protéase effectrice de la machinerie apoptotique. En effet, Ets-1 p51, mais pas le variant d’épissage Ets-1 p42, est clivé in vitro et dans des cellules apoptotiques par la caspase-3. Ce clivage génère trois fragments C-terminaux : Cp20, Cp17 et Cp14 et un fragment N-terminal Np36. le fragment Cp17, le principal produit de clivage, est capable de bloquer l’activation des promoteurs cibles induites par Ets-1 p51, démontrant ainsi ses propriétés de dominant négatif naturel. Ces données suggèrent un nouveau mécanisme de régulation d'Ets-1 via son clivage par la caspase-3 en générant un fragment dominant négatif qui peut jouer un rôle actif durant l'apoptose
Ets-1 is a transcription factor that regulates genes involved in various physiological and pathological processes. Ets-1 proteins do not act alone on their target promoters but with a wide range of protein partners. Identifying novel proteins that interact with Ets-1 should permit a better understanding of the intrinsic functions of the Ets-1 proteins. For this purpose, we develop an affinity purification strategy of Ets-1 interaction partners using streptavidin pull-down assay. We thereby identified new potentials interaction partners consisting for a heterotrimeric complex of DNA-PK, made up of Ku70, Ku86 and DNA-PKcs. Then, we characterized the functional consequences of the interactions. These results have permit to identify a new regulation of its activity that could provide new clues to understand the diverse functions of Ets-1.In another study, we demonstrated that the majority isoform Ets-1 p51 is a novel cleavage substrate of caspase-3, an effector protease of apoptosis. Indeed, Ets-1 p51, but not the spliced variant Ets-1 p42, is processed in vitro and in cells undergoing apoptosis by caspase-3. These cleavages lead to the generation of three C-terminal fragments Cp20, Cp17 and Cp14 and a N-terminal fragment, Np36. The Cp17 fragment, the major cleavage product generated during apoptosis, inhibits Ets-1 p51-mediated transactivation of target genes, acting thus as a natural dominant-negative of the full-length Ets-1 p51 protein. These data suggest a novel mechanism of Ets-1 p51 regulation through its caspase-mediated cleavages and generation of a dominant-negative fragment, which may play active role during apoptosis

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Poinat, Patrice. "Identification et caractérisation de partenaires cytoplasmiques associés aux sous-unités d'intégrine [alpha]6 et [beta]1." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2002. http://www.theses.fr/2002STR13065.

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Abstract:

Les intégrines sont les principaux récepteurs de la matrice extracellulaire. La délétion de la sous-unité d'intégrine a6 a révélé son rôle essentiel dans le développement du cerveau de la souris. L'intégrine impliquée est probablement le récepteur de laminines a6b1, mais les jonctions cellulaires auxquelles participe cette intégrine ainsi que les molécules cytoplasmiques qui lui sont associées ne sont encore pas connues, en particulier dans le système nerveux en développement. Dans le but d'identifier de nouveaux partenaires cytoplasmiques pour les sous-unités d'intégrines a6B et b1A, nous avons donc initié le crible d'une banque d'ADNc murine embryonnaire (9,5-12,5 jours de développement) par la méthode dite de double-hybride chez la levure. L'analyse de l'interaction entre l'intégrine b1A et un de ces nouveaux partenaires, une kinase appelée NIK (Nck Interacting Kinase) nous a ensuite permis de confirmer l'existence de cette interaction dans d'autres systèmes (co-localisation par immunofluorescence sur des cellules en culture, co-précipitation, précipitation par GST-b1). Nous avons enfin pu observer que cette interaction était conservée in vivo chez C. Elegans (interaction double-hybride, interaction génétique), et qu'elle était essentielle dans les processus de navigation axonale des neurones moteurs de cet organisme
Integrins are major receptors for the extracellular matrix and the deletion of the a6 integrin has unveiled a role for this subunit in the development of the murine nervous system. The integrin that is involved in this process is most probably the a6b1 laminin receptor, but it is so far not clear how this integrin acts during the development of the brain. It is particularly not known what type of junctions are formed and what kind of proteins are recruited at the cytoplasmic side of the integrin. For this reason, we set up a yeast two-hybrid assay where the screening of a 9. 5 to 12. 5dpc murine cDNA library enabled us to find new cytoplasmic partners for the a6B or b1A integrin subunit. The subsequent analysis of one of these new interactions between the cytoplasmic tail of the b1A integrin and a kinase called NIK (for Nck Interacting Kinase) confirmed the importance of this interaction in other systems (colocalisation by immunofluorescence in cell culture, coprecipitation, GST-b1 pull-down)

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Haas, Muriel. "Protéines multifonctionnelles P3 et P6 du virus de la mosai͏̈que du chou-fleur (CaMV) : localisation subcellulaire et interaction avec d'autres partenaires protéiques." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13030.

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Abstract:

Protéines multifonctionnelles P3 et P6 du virus de la mosai͏̈que du chou-fleur (CaMV) : localisation subcellulaire et interaction avec d'autres partenaires protéiques. Mon travail de thèse a porté sur l'étude des mécanismes impliqués dans la formation des viroplasmes denses dans les cellules hôtes infectées par le virus de la mosai͏̈que du chou-fleur (CaMV) et sur la localisation intracellulaire de la protéine P3 du CaMV, afin de déterminer son rôle lors de l'infection systémique. Les viroplasmes denses, constitués de la protéine multifonctionnelle P6 sont des corps d'inclusion où s'effectuent la réplication et la morphogenèse virale. Par des expériences de biologie moléculaire et de biologie cellulaire, nous avons montré que les 83 acides aminés N-terminaux de P6 sont indispensables pour la mise en place in vitro des interactions entre molécules de P6 mais que cette séquence est, en soi, insuffisante pour promouvoir la formation des viroplasmes. De ce fait, d'autres régions de P6 voire des facteurs cellulaires sont impliqués dans ce processus. Cette étude a permis d'établir que P6 a une localisation nucléaire et qu'elle interagit avec la machinerie d'importation et d'exportation de la cellule. La protéine P3 joue un rôle fondamental dans la transmission du virus par des pucerons. Nous avons montré que P3 est indispensable dans la formation du complexe viral transmissible. Elle est également requise pour l'infection systémique des plantes hôtes. Sa localisation subcellulaire a été étudiée grâce à un génome de CaMV codant pour une protéine P3 fusionnée à un marqueur fluorescent, la EGFP. Ce génome viral chimérique est infectieux mais est instable, la séquence codant pour la EGFP étant éliminée au cours de l'infection de la plante. Néanmoins, il nous a été possible de montrer que P3 forme des agrégats et qu'elle se localise à la fois au sein des viroplasmes denses et au niveau des viroplasmes dits clairs, constitués de la protéine P2 du CaMV. Par ailleurs, la recherche de partenaires d'interaction de P3 nous a permis de montrer qu'elle interagit avec la protéine P6 mais aucune fonction n'a pu encore être associée à cette interaction
Multifunctional proteins P3 and P6 of cauliflower mosaic virus (CaMV): subcellular localization and interaction with other proteins. The main goal of my thesis was to study the mechanisms involved in the formation of cytoplasmic inclusion bodies, called viroplasms in CaMV-infected cells and to determine the intracellular localization of the ORF III product in order to determine its function(s) during systemic infection of the plant. The dense viroplasms, formed by the multifunctional P6 protein, correspond to inclusion bodies in which viral replication and morphogenesis take place. By cellular and molecular approaches, we found that the 83 N-terminal amino acids of P6 mediate P6-P6 interactions. Nevertheless, this domain is unable per se to form agregates suggesting that others domains of P6 and/or cellular factors are involved in this process. Moreover, we demonstrate for the first time that P6 has a nuclear localization and that it interacts with the import and export machinery of the cell. The P3 protein is also a multifunctional protein. We show that it plays a fundamental role in the transmission of CaMV by its aphid vector. It is also required for systemic infection of the plant. Its subcellular localization was studied using a CaMV genome encoding a P3 protein fused to a fluorescent tag, EGFP. This chimeric genome is infectious but unstable, because of the elimination of the EGFP encoding sequence during the viral cycle. Nevertheless, we found that P3 could form aggregates and that it was trapped inside the dense and the lucent viroplasms formed by CaMV P6 or P2 proteins, respectively. Finally, we show that P3 interacts with CaMV P6 protein but no function has yet been found for this interaction

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Elkhatib, Razan. "Caractérisation de la lamina nucléaire et de ses protéines partenaires au cours de la spermatogenèse humaine." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0203.

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Abstract:

La morphogénèse des spermatozoïdes a lieu pendant la spermiogénèse, la dernière phase de la spermatogenèse.Cette différenciation est accompagnée de modifications drastiques de l’enveloppe nucléaire associées à un fort remodelage chromatinien. Notre travail été centré sur l'enveloppe nucléaire des spermatides pendant la spermiogénèse humaine. Nous avons notamment caractérisé la lamina nucléaire, réseau protéique composant de l’enveloppe nucléaire, et ses protéines partenaires potentiellement impliqués dans les liaisons lamine-chromatine: les protéines à domaine LEM, LBR, la protéine chromatinienne BAF et BAF-L.Nous avons révélé la présence exclusive des lamines de type B concentrées au pôle postérieur à la fin de la spermiogénèse dans les spermatozoïdes, et nous avons identifié et caractérisé l’isoforme testicule-spécifique lamine B3 humain.Nous avons découvert et caractérisé la lamine A2, un isoforme méiotique du gène LMNA, chez l'homme et la souris.Nous avons ensuite étudié ces protéines chez des patients atteints de globozoospermie, et nous avons pu identifier BAF comme un nouveau biomarqueur de l’immaturité des noyaux de spermatozoïdes. Par ailleurs, nous avons identifié la deuxième mutation perte de fonction dans le gène SUN5 chez 3 patients apparentés, et validé son implication dans la mise en place de la jonction tête-flagelle des spermatozoïdes.Notre caractérisation de la lamina nucléaire et ses protéines partenaires au cours de la spermiogénèse humaine apporte une meilleure compréhension de son rôle dans la différenciation des spermatides en spermatozoïdeset peut être la base de nouveaux champs d’investigation cas d’infertilité liés à des anomalies nucléaires
The morphogenesis of mature spermatozoa takes place during spermiogenesis, the last phase of spermatogenesis.This differentiation involves drastic changes in the nuclear envelope associated with profound chromatin remodelling.Our work was focused on the nuclear envelope of spermatids during human spermatogenesis.We have characterized, the nuclear lamina, a protein meshwork component of the nuclear envelope, and its protein partners potentially implicated in the linkage lamin-chromatin: LEM-domain proteins, LBR, chromatinien protein BAF and BAF-L.Our study revealed the exclusive presence of B-type lamins concentrated at the posterior pole of mature spermatozoaat the end of spermiogenisis and we have identified and characterised the testis-specific isoform lamin B3 in human.We have also discovered and characterized the lamin A2, a meiotic isoform expressed from the LMNA gene in human and mouse. By studying abnormal globozoospermic spermatozoa, we were able to identify BAF as a potential biomarker of spermatozoa nucleus immaturity.Moreover, we have identified the second loss-of-function mutation in the nuclear envelope protein SUN5 in three related patients, and thus demonstrated its involvement in the formation of the spermatozoa head-tail junction.Our characterization of the nuclear lamina and its protein partners during human spermiogenesis, provides a better understanding of its role in the differentiation of spermatids into spermatozoa, and provides a solid basis for future investigation of cases of male infertility related to nuclear anomalies

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Planade, Jessica. "Etude du rôle des protéines partenaires de l'actine dans la mécanique des gels branchés de levure." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC285/document.

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Abstract:

Par ce travail expérimental, nous essayons d’établir un lien entre les propriétés mécaniques de gels d’actine branchés de levure et la composition biochimique des réseaux. L’actine est un polymère semi-flexible qui fait partie du cytosquelette. De nombreux partenaires protéiques de l’actine (notés ABPs par la suite) se lient aux filaments d’actine et les agencent en différents types de réseaux. Arp2/3 est un complexe protéique qui génère la croissance de réseaux d’actine branchés. Les réseaux d’actine branchés en croissance intéressent tout particulièrement physiciens comme biologistes car ils sont capables de développer des forces nécessaires à de nombreux processus vitaux pour la cellule, comme l’endocytose. Nous avons ici étudié les propriétés mécaniques de gels d’actine branchés reconstitués in vitro, en nous focalisant sur le rôle d’un type d’ABPs en particulier, les protéines de réticulation. Il nous a été possible de quantifier et de comparer l’effet de trois protéines de réticulation différentes sur la mécanique des réseaux d’actine branchés de levure.Afin de mener à bien cette étude, nous avons combiné deux puissantes techniques expérimentales.Nous avons utilisé une technique de mesure des propriétés mécaniques basée sur l’utilisation de colloïdes superparamagnétiques développée au laboratoire. Cette technique permet de réaliser des mesures quantitatives et à haut débit sur des gels polymères très fins (quelques centaines de nanomètres d’épaisseur). Les réseaux ont été reconstitués in vitro grâce à la fonctionnalisation des billes superparamagnétiques avec Las17, une protéine que notre collaborateur biologiste a identifiée comme suffisant à activer Arp2/3 chez la levure. Nous avons de plus combiné deux approches complémentaires en travaillant à la fois sur des extraits cellulaires de levure contenant toutes les ABPs des réseaux Arp2/3 et à la fois sur des mélanges de quelques protéines purifiées.L’approche « top-down » est basée sur l’utilisation d’extraits cellulaires de mutants de la levure n’exprimant pas une ou des protéine(s) d’intérêt(s), et l’approche « bottom-up » sur l’addition de la protéine étudiée dans le système simplifié de quelques protéines purifiées
In this experimental work we tried to quantify the mechanical properties of yeast branchedactin networks with regard to their biochemical composition. Actin is a semi-flexible biopolymerthat is assembled as part of the cytoskeleton. Proteins partners of actin (ABPs) shape itsfilaments into different type of networks. Arp2/3 is a protein complex that has the propertyto generate branched actin gels. Growing branched actin networks are of particular interest forboth biologists and physicists because of their ability to generate forces necessary to many vitalprocesses such as endocytosis. Here we study in vitro the mechanical properties of such networks,and we focus on the role of one type of actin binding proteins, the crosslinkers. This family ofproteins appears to play a role in both the elastic, viscous and plastic properties of the gels. Weare able to quantify and to compare the impact of three different crosslinkers on branched actinnetworks in yeast.In order to conduct said study, we combined two powerful experimental methods. We used asuperparamagnetic particle-based mechanical measurement technique that was developed in thelab and allows quantitative, high-throughput measurements on very thin gels. And the networkswere reconstituted in vitro by functionalization of the magnetic particles with Las17, which hasbeen showed to activate Arp2/3 for the yeast by our biologist collaborator. We furthermoreworked on both yeast extracts containing all the ABPs of the Arp2/3 networks, and with setsof a few purified proteins, in order to combine a « top-down » (use of mutations in yeast toprevent the expression of protein(s) of interest) and a « bottom-up » (addition of a protein ofinterest in a simplified system) approaches

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Jean-Alphonse, Frédéric. "Récepteur V2 de la vasopressine : à la recherche de partenaires d'interaction et d'outils thérapeutiques." Montpellier 1, 2008. http://www.theses.fr/2008MON13514.

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Abstract:

L’arginine vasopressine (AVP) est une hormone qui au niveau du rein présente une activité antidiurétique permettant le contrôle de l’osmolalité, du volume sanguin et de la pression artérielle. Cette action est médiée par le récepteur membranaire V2 (RV2) localisé dans les cellules principales du tubule collecteur du rein. Une pathologie génétique rare, le diabète insipide néphrogénique congénital (DINc), est associée à une absence de réponse à l’AVP et est due majoritairement à des mutations du RV2. A ce jour, plus de 200 mutations du gène du RV2 ont été identifiées dont la plupart conduisent à une séquestration intracellulaire du récepteur, ce qui l’empêche de répondre à l’AVP. Dans ce contexte, nous avons cherché à mieux comprendre et à caractériser les mécanismes impliqués dans la séquestration intracellulaire du RV2 dans le DINc. Nous avons aussi recherché les partenaires protéiques potentiellement impliqués dans cette rétention intracellulaire. Enfin, d’un point de vue thérapeutique, nous avons caractérisé de nouveaux outils pour le traitement du DINc. Nous avons donc étudié le rôle probable de deux clusters arginines situés sur les boucles intracellulaires i1 et i3 du RV2 dans les mécanismes de séquestration. Nous avons constaté que l’absence du cluster de la boucle i1 est létale pour le repliement du récepteur tandis que celui de la boucle i3 semble à l’origine d’un contrôle du trafic vers la membrane plasmique. Par ailleurs, à l’aide d’un peptide mimétique de la boucle i3 et/ou avec le récepteur entier, nous avons identifié de probables acteurs protéiques impliqués dans la rétention intracellulaire. Nous nous sommes notamment intéressés à la protéine P32 (gC1qR) pour laquelle nous avons validé l’interaction directe de cette protéine avec le cluster arginines de la boucle i3 du RV2 et vérifié qu’elle pouvait interagir avec le récepteur entier. Nous avons aussi pu montrer une interaction de P32 avec les mutants du DINc suggérant ainsi le rôle de cette protéine dans la régulation du trafic. Enfin, l’absence de traitements spécifiques et efficaces pour le DINc nous a conduit à caractériser de nouvelles molécules permettant de rétablir la fonction biologique. Nous avons donc montré que de nouveaux ligands agonistes nonpeptidiques étaient capables de restaurer l’adressage à la membrane plasmique et la fonction de plusieurs mutants du DINc. Nos travaux ont ainsi permis de caractériser de nouvelles pharmacochaperones potentiellement efficaces pour plusieurs mutants du DINc.

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Raymond, Karine. "Implication de la protéine RotundRacGAP de drosophile dans la signalisation cellulaire dépendante des protéines Rac et Cdc42 et recherche de ses partenaires génétiques." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2001. http://www.theses.fr/2001GRE10129.

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Rothé, Françoise. "Identification des protéines FBP1 et FBP2 comme partenaires des protéines de liaison aux éléments riches en adénine et uridine (ARE) TIA-1 et TIAR." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2006. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210897.

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Abstract:

Dans les cellules eucaryotes, l’expression d’un gène peut être régulée à de nombreux niveaux. Les études réalisées sur le contrôle de l’expression génique se sont généralement intéressées aux mécanismes de contrôle transcriptionnel. Cependant de nombreux exemples mettent de plus en plus en évidence l’importance des mécanismes post-transcriptionnels dans cette régulation. Les contrôles post-transcriptionnels de l’expression génique reposent essentiellement sur des interactions spécifiques entre les régions 5’ et 3’ non traduites de l’ARNm et des protéines agissant en trans qui contrôlent spécifiquement la maturation des ARNs messagers (ARNms), leur localisation cytoplasmique, leur stabilité et/ou leur traduction. Les éléments riches en adénine et en uridine (ARE), localisés dans la région 3’ non traduite de nombreux ARNms, font partie des séquences régulatrices les plus étudiées. Elles sont notamment présentes dans les ARNms codant pour des cytokines et des proto-oncogènes. Les protéines de liaison à l’ARN jouent donc un rôle central dans la régulation de l’expression des gènes. Les protéines TIA-1 et TIAR appartiennent à la famille des protéines qui fixent l’ARN et qui contiennent des domaines RRM (RNA Recognition Motif). Elles sont impliquées dans des mécanismes permettant la régulation de l’expression génique tels que l’épissage alternatif et la traduction. En particulier, elles participent à l’arrêt général de la traduction qui accompagne un stress environnemental en séquestrant les ARNms poly(A)+ non traduits dans des foci cytoplasmiques appelés granules de stress (SGs). Elles sont également impliquées dans la répression traductionnelle d’ARNms spécifiques en liant les ARE présents dans les extrémités 3’ non traduites de certains ARNms, et notamment des ARNs messagers codant pour le TNF-α et la cyclooxygénase-2 (Cox-2). L’invalidation des gènes tia-1 et tiar chez la souris conduit à une létalité embryonnaire élevée suggérant que ces protéines jouent également un rôle important au cours de l’embryogenèse. Afin de comprendre les mécanismes par lesquels les protéines TIA-1 et TIAR remplissent leurs différentes fonctions, nous avons réalisé un criblage par la technique du double hybride en levure afin d'identifier des partenaires d’interaction de ces deux protéines. Les protéines TIA-1 et TIAR interagissent avec les protéines FBPs (Fuse Binding Proteins). Celles-ci participent notamment à la maturation et à la dégradation des ARNs. Nous avons montré que les protéines FBPs co-localisent parfaitement avec TIA-1 dans le noyau et migrent dans les granules de stress en réponse à un stress oxydatif. De plus, des expériences de retard de migration sur gel réalisées à partir d’extrait cytosolique de macrophages ont montré que les protéines FBPs sont présentes dans le même complexe liant l’ARE du TNF-α que TIA-1. Enfin, la surexpression du domaine de liaison à l’ARN KH3 de FBP2 en fusion à l’EGFP induit la séquestration spécifique des protéines TIA-1 et TIAR dans des foci cytoplasmiques, empêchant ainsi leur accumulation nucléaire. Nos résultats indiquent que les protéines TIA-1/R et FBPs pourraient être fonctionnellement impliquées dans des étapes communes du métabolisme de l’ARN dans le noyau et/ou le cytoplasme.
Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Saindon, Andrée-Anne. "Caractérisation des isoformes de la protéine SPAM1 (Sperm Adhesion Molecule 1) et identification de ses partenaires d'interactions dans les spermatozoïdes." Master's thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27978.

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Abstract:

Sperm Adhesion Molecule 1 (SPAM1) est une protéine spermatique possédant une activité hyaluronidase dans son domaine N-terminal, contribuant à la dispersion des cellules du cumulus entourant l’ovocyte. Elle possède aussi une capacité de liaison à la zone pellucide (ZP) dans son domaine C-terminal. Nos études précédentes chez le taureau ont démontré la présence de deux isoformes potentielles de SPAM1 de ~70 et 80 kDa. Ces mêmes études ont permis d’émettre l’hypothèse que ces deux isoformes de SPAM1 ont des domaines C-terminaux différents, des origines différentes (testicule ou épididyme) et sont localisées dans la région acrosomale ou post-acrosomale du spermatozoïde. Puisque le domaine C-terminal est impliqué dans les interactions spermatozoïdes-ZP, nous voulions caractériser les deux domaines C-terminaux afin de mieux connaître le rôle de SPAM1 dans les interactions entre les gamètes. Deux transcrits de Spam1 ont été trouvés dans les tissus testiculaires et épididymaires. Ces transcrits possèdent une identité dans leur séquence nucléotidique en 3’ de la région codante, mais diffèrent par la présence ou l’absence de 90 nucléotides (exon 3 du gène Spam1). Nous avons identifié PH-20, une homologue potentielle de SPAM1 chez l’espèce bovine. Puisque SPAM1 et PH-20 sont similaires en N-terminal, notre anticorps dirigé contre la portion N-terminale de SPAM1 pourrait, théoriquement, reconnaître PH-20. Pour confirmer ceci, nous avons tenté de produire une protéine recombinante PH-20, mais sans succès. Nous voulions déterminer si SPAM1 fait partie d’un complexe multiprotéique impliqué dans les interactions spermatozoïdes-ZP, tel que rapporté chez l’humain. Nos résultats suggèrent que SPAM1 est associée aux protéines d’ancrage AKAPs, retrouvées majoritairement au niveau de la gaine fibreuse du flagelle des spermatozoïdes. La caractérisation des isoformes de SPAM1, de son homologue PH-20, ainsi que des complexes multiprotéiques dont fait partie SPAM1 sont importantes afin d’approfondir nos connaissances sur le rôle de SPAM1 dans les interactions entre les gamètes.
Sperm Adhesion Molecule 1 (SPAM1) is a sperm protein that has a hyaluronidase activity in its N-terminus, aiding in the dispersal of the cumulus cells surrounding the egg. It also has a zona pellucida (ZP) binding activity in its C-terminus. Our previous studies showed that there are two potential SPAM1 isoforms that have a molecular weight of ~70 and 80 kDa in the bovine species. From these studies, we hypothesized that these two SPAM1 isoforms had different C-terminal domains, different origins (testis or epididymis) and were localised in the acrosomal or post-acrosomal regions of spermatozoa. Seeing as it is the C-terminal domain that is involved in ZP binding, we aimed to characterize the two C-terminal domains in order to better understand SPAM1’s role in gamete interactions. Although the 3’ nucleotide sequences were identical, two Spam1 transcripts varying by the presence or absence of 90 nucleotides (exon 3 of the Spam1 gene) were found in both testicular and epididymal tissues. During our studies, we also identified PH-20, a potential SPAM1 homolog. In order to determine if PH-20 is one of the two potential SPAM1 isoforms that is recognized by our antibody directed against the N-terminal domain, we attempted the production of a PH-20 recombinant protein, without success. We also sought to determine if SPAM1 is part of a multimeric protein complex involved in spermatozoa-ZP interactions, as reported in humans. Our results suggest that SPAM1 is associated with AKAPs, which are anchoring proteins abundantly found in the fibrous sheath of sperm flagella. Characterizing the SPAM1 isoforms, its homolog PH-20, as well as the multimeric protein complexes SPAM1 is part of, are important in order to better understand SPAM1’s role in gamete interactions.

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Pattingre, Sophie. "Contrôle de la macroautophagie dans les cellules cancéreuses coliques humaines : rôle de la protéine hétérotrimérique Gi3 et de ses partenaires." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05S018.

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Abstract:

La macroautophagie est la voie privilégiée de la dégradation lysosomique d'organites (mitochondries et peroxysomes) et de macromolécules (protéines, acides nucléiques) séquestrés dans le cytosol par une membrane d'origine multiple. Cette séquestration aboutit à la formation d'un autophagosome, qui évolue ensuite en autophagolysosome doué de propriété dégradative. Sur le plan physiologique, la macroautophagie fournit à la cellule les acides aminés nécessaires lui faisant défaut en cas de carence nutritionnelle, permet le renouvellement basal des organites et des macromolécules et intervient dans des fonctions tissus-spécifiques comme la différenciation des globules rouges, la biosynthèse de la neurolaminine et du surfactant pulmonaire. . .

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Warnier, Marine. "Rôle du canal calcique de type T, Cav3.2 et de ses protéines partenaires dans la tumorogenèse prostatique." Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10158/document.

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Abstract:

La progression du cancer de la prostate s’accompagne d’une augmentation du nombre de cellules neuroendocrines, cellules qui expriment fortement les canaux calciques voltage-dépendants de type T Cav3.2. Ces canaux favorisent la sécrétion de phosphatase acide prostatique, marqueur des cellules épithéliales prostatiques, et d’autres facteurs mitogènes potentiellement responsables de la prolifération des cellules avoisinantes. L'objectif de cette thèse était de déterminer les protéines partenaires du canal Cav3.2 et leur(s) rôle(s) dans la tumorogenèse prostatique. Nous montrons que les canaux Cav3.2 sont couplés aux canaux potassiques BK dans les cellules cancéreuses prostatiques. Ces 2 types de canaux interviennent dans la prolifération cellulaire. De plus, nous montrons que la sous-unité accessoire α2δ2 des canaux calciques voltage-dépendants est exprimée plus fréquemment dans les tissus cancéreux prostatiques par rapport aux tissus sains, et que son expression augmente avec le grade du cancer. Par des études in vitro et in vivo, nous mettons en évidence son rôle promoteur de la croissance tumorale et de l’angiogenèse. Par ailleurs, nous montrons que Cav3.2 et α2δ2 peuvent s’associer dans un même complexe protéique et qu’α2δ2 est capable de moduler l’activité de ce canal. Cependant, nos travaux suggèrent également que le rôle de cette sous-unité dans la prolifération prostatique pourrait être indépendant de son association avec Cav3.2. En conclusion, ce travail amène à une meilleure compréhension de l’implication des canaux calciques de type T et de ses protéines associées dans le cancer de la prostate
Prostate cancer progression leads to an androgen-refractory aggressive stage. This is associated with an increased number of neuroendocrine cells overexpressing Cav3.2 T-type calcium channels. Cav3.2 channels promote the secretion of prostatic acid phosphatase and other mitogenic factors responsible for the proliferation of epithelial cells. In order to determine the role of T-type channels and to understand their regulation during cancer progression, the aim of this work was to identify proteins that interact with Cav3.2 channels and their role in physiopathology. First, we demonstrate that Cav3.2 channels are coupled with BK channels in prostate cancer cells. We show that both channels are involved in proliferation. Moreover, we show that accessory α2δ2, γ4 and β4 subunits, putative partners of voltage-gated calcium channels, are expressed in prostate cancer cell lines and prostatic tissues. We show that the α2δ2 subunit is more frequently expressed in cancerous tissues than in healthy ones, and that its expression increases with cancer grade. We propose that the α2δ2 subunit may be used as a biomarker for prostate cancer diagnosis. Furthermore, using in vitro and in vivo studies, we highlight the promoting role of α2δ2 on tumor growth and angiogenesis. In addition, we show that Cav3.2 and α2δ2 can associate in a protein complex and that α2δ2 can modulate the activity of Cav3.2 channels. However, our study also suggests that the role of the α2δ2 subunit in prostate cell proliferation could be independent of its association with Cav3.2. In conclusion, this work leads to a better understanding of the role of T-type calcium channel and its partners in prostate cancer

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Nicol, Jérôme. "Nouveaux polyomavirus : épidemiologie et partenaires cellulaires des protéines mineures de capside du polyomavirus à cellules de Merkel." Thesis, Tours, 2014. http://www.theses.fr/2014TOUR3803/document.

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Abstract:

Les polyomavirus sont des virus très prévalents dans la population générale. Chez les sujets immunodéprimés, quatre polyomavirus sont associés à des pathologies. Parmi ces virus, le MCPyV est quant à lui responsable du carcinome à cellules de Merkel. Son implication dans un cancer humain a conduit à un regain d’intérêt pour la famille des Polyomaviridae. Au cours de ma thèse, nous nous somme intéressés à l’épidémiologie de six nouveaux polyomavirus humains (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 et MWPyV). Ces études ont montré que ces virus sont très répandus dans la population générale et que les infections surviennent dès l’enfance. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés aux réactivités croisées entre polyomavirus humains et simiens phylogénétiquement proches. Nous avons montré qu’il existe des cross réactions entre le LPyV et l’HPyV9, entre le MCPyV et deux virus de chimpanzé (PtvPyV1 et PtvPyV2). Ces polyomavirus simiens ne circulent donc pas chez l’Homme. D’autre part, afin de mieux comprendre le cycle du MCPyV, nous avons initié l’identification des partenaires cellulaires de l’ensemble de ses protéines. Ce travail a tout d’abord été réalisé sur les protéines mineures de capside VP2/VP3. Des cribles en double hybride en levure ont permis d’identifier les partenaires cellulaires des VP2/3. L’interaction effective entre les protéines virales et cellulaires a ensuite été validée en cellules de mammifères par une approche de complémentation de la luciférase Gaussia princeps. Les partenaires cellulaires des protéines VP2/VP3 identifiés sont impliqués dans les voies de prolifération cellulaire, d’apoptose, NF?B et dans le transport intracellulaire du virus
Polyomaviruses are ubiquitous in the general population and in immunocompromised patients, and four are associated with disease. 0f these viruses, MCPyV is responsible for Merkel ceil carcinoma, and its involvement in human cancer has led to a renewed interest in the Polyomaviridae family. My thesis work has focused on the epidemiology of six new human polyomaviruses (MCPyV, HPyV6, HPyV7, TSPyV, HPyV9 and MWPyV). These studies have shown that these viruses are widespread in the genera population and that infection occurs in early childhood. We have also focused on cross-reactivity between phylogenetically closely related human and simian polyomaviruses. We have shown that there is cross-reactivity between sirnian virus LPyV and HPyV9 and between MCPyV and two chimpanzee viruses (PtvPyVl and PtvPyV2). However, these simian polyomaviruses do not circulate in humans. Moreover, in order to improve understanding of the cycle of MCPyV, we set out to identify the cellular partners of its proteins. This work was initially performed on minor capsid proteins VP2 and VP3. Screening in yeast two-hybrid identified cellular partners of VP2 and VP3. Interactions between viral and cellular proteins were then validated in mammalian celis by complementation assay using Gaussia princeps luciferase. Cellular patners of VP2 and VP3 are involved in ceil proliferation, apoptosis, NFkB and intracellular transport of the virus

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Jean, Steve. "Caractérisation fonctionnelle de nouveaux partenaires protéiques des kinases xPAK1 et xMLK2 chez Xenopus laevis." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25722/25722.pdf.

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Duvauchelle, Jean-Baptiste. "L' ADN polymérase mu (Pol u) : Mise en évidence d'une activité de réplication par translocation en présence d'une lésion AAF et recherche de partenaires." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13100.

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Bouvrais-Veret, Caroline. "Étude des partenaires protéiques du transporteur de la dopamine et caractérisation des phénotypes nicotinique et dopaminergique des souris invalidées pour le gène de la protéine STOP." Paris 12, 2006. https://athena.u-pec.fr/primo-explore/search?query=any,exact,990002454500204611&vid=upec.

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Abstract:

Dans une première partie, j'ai tenté de carctériser l'interaction du transporteur de la dopamine avec deux protéines partenaires. Ensuite, j'ai étudié les souris invalidées pour le gène de la protéine associée aux microtubules STOP, qui pourraient constituer un modèle d'étude pour la schizophrénie. Étant donnée la forte prévalence de fumeurs chez les schizophrènes et l'implication de la dopamine dans cette pathologie, je me suis intéressée aux phénotypes nicotinique et dopaminergique de ces souris. Les mutants montrent des altérations de composants nicotiniques et cholinergiques, une hypersensibilité locomotrice à la nicotine et un déficit de mémoire associative, restauré par la choline, agoniste des récepteurs alpha7. En plus des anomalies de densité de récepteurs dopaminergiques, les mutants montrent une hypersensibilité à la cocaine et une sensibilisation comportementale à cette dorgue. Ces résultats incitent à approfondir l'étude de ce modèle animal pour la schizophrénie
In a first part, I tried to characterize the interaction between the dopamine transporter and two protein partners : ACIII and sh2bp1. In a second part, I studied mice devoice of the microtubule protein STOP, which could represent a pertinent model of schizophrenia. Given the high prevalence of smokers among schizophrenics and the implication of dopamine in this pathology, I decided to study the nicotinic and dopaminergic phenotypes of these mice. Mutant animals show alterations in the density of some nicotinic and cholinergic components, locomotor hypersensitivity to nicotine and defects in associative memory, reversed by administration of choline, an alpha7 receptor agonist. In addition to anomalies in the density of some dopaminergic receptors, mutant mice show a hypersensitivity to cocaine and a behavioural sensitization to this drug. This new data reinforce the pertinence of this model and support further experiments to complete the characterization of this model

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Thureau, Aurélien. "Analyse structurale par RMN des interactions de la MsrB de Neisseria meningitidis avec ses partenaires biologiques." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 2005. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/INPL/2005_THUREAU_A.pdf.

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Abstract:

L'exposition des protéines aux entités oxygénées actives entraîne la formation de méthionine sulfoxydes (MetSO). L'oxydation des protéines au niveau des méthionines peut conduire à des modifications conformationnelles et à une modulation de leur activité. Leur réduction en méthionines est catalysée par les méthionine sulfoxyde réductases (Msr). Elles peuvent avoir un rôle bénéfique dans la lutte contre le vieillissement mais également néfaste dans le cas de certaines bactéries pathogènes pour l'homme. Ces enzymes sont divisées en deux classes, MsrA et MsrB, structuralement différentes qui sont spécifiques de la configuration absolue du substrat. Nous nous sommes intéressés à l'étude conformationnelle, par RMN, de la Msr de classe B de Neisseria meningitidis par RMN. L'objectif de cette thèse est de caractériser le mécanisme catalytique de la MsrB et de comprendre les liens qui existent entre la MsrB et ses partenaires (MetSO et la thiorédoxine). A partir de l'attribution de chacun des atomes 1H, 13C et 15N de la MsrB sous sa forme réduite, nous avons constaté que la structure prédite était en accord avec celle obtenue par cristallographie RX pour la MsrB de Nesseria gonorrhoeae. L'étude de l'interaction de la MsrB avec un substrat sulfoxyde montre que le site d'interaction n'est pas le seul à être perturbé par la fixation du substrat. Les deux intermédiaires qui se succèdent au cours de la réaction sont la MsrB sous forme acide sulfénique et celle possédant un pont disulfure. Leur étude montre une réorganisation structurale de la protéine lors de son oxydation. L'interaction spécifique de la Trx avec la MsrB oxydée conduit à la réduction de cette dernière qui retrouve sa structure 3D de départ
Methionine sulfoxides (MetSO) are easily formed in proteins exposed to reactive oxidative species commonly present in cells. Structural modification and modulation of their activity are the consequence of the oxidation of the protein methionines. Their reduction, back to methionines, is catalyzed by methionine sulfoxide reductases (Msr). These enzymes play a beneficial role in aging process but are involve in the virulence of some bacteria. Msr's are divided in two classes, named MsrA and MsrB, which display opposite stereoselectivities toward the sulfoxide center site. In this PhD thesis, we present studies of the conformational changes of the Neisseria meningitidis MsrB by NMR with the purpose of characterising the catalytic mechanism of the MsrB and of understanding the interaction between MsrB and its partners (MetSO and thioredoxin). From the 1H, 13C and 15N resonance assignments of the reduced from of MsrB, we conclude that the predicted secondary structures are in agreement with those obtained from the X-ray data of the Neisseria gonorrhoeae MsrB. Interaction studies of MsrB with a sulfoxyde substrat show that the active site is not the only one perturbed by the binding. The two next intermediates which are formed along the reaction are a MsrB which possesses a sulfenic acid and a MsrB with a locally specific disulfide bridge. Studies of these two intermediates reveal a structural change during the protein oxidation. Specific interaction between Trx and the oxidized MsrB leads to the reduction of the latter which recovers its starting 3D structure

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Pointud, Jean-Christophe. "Identification des partenaires des protéines régulatrices Bric à Brac 1 et Bric à Brac 2 chez Drosophila melanogaster : caractérisation moléculaire des protéines BIP1 et BIP2/dTAFII155." Clermont-Ferrand 1, 2001. http://www.theses.fr/2001CLF1MM10.

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Storez, Hélène. "Identification de nouveaux partenaires d'interaction des β-arrestines : 1-oligomérisation des β-arrestines : 2-Caractérisation de l'intéraction β-arrestine- Filamine A." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077098.

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Abstract:

Les β-arrestines sont des protéines ubiquitaires impliquées dans la régulation des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) ainsi que dans de nombreuses voies de signalisation. Le crible de double hybride SRS (pour "SOS Recruitment System") effectué avec la β-arrestine 2 comme appât, a permis d'identifier parmi les proies, un clone correspondant à la β-arrestine 2 elle-même. Ce résultat nous a conduits à étudier l'oligomérisation des β-arrestines, déjà postulée d'après la structure du cristal de β-arrestine 1, mais non définitivement démontrée. Grâce à des approches basées sur le transfert d'énergie par résonance (FRET et BRET), nous avons pu montrer que les p-arrestines forment des oligomères constitutifs à des concentrations physiologiques. La co-expression des deux isoformes conduit à la délocalisation extranucléaire de la β-arrestine 1, via son hétéro-oligomérisation avec la p-arrestine 2, cette dernière étant exclue du noyau par un processus actif. L'oligomérisation des β-arrestines pourrait réguler leur distribution sub-cellulaire et celle de leurs partenaires d'interaction. Nous avons également identifié la filamine A (ou FLNA) protéine de liaison à l'actine, comme partenaire d'interaction des p-arrestines. A l'état basal, cette interaction renforce l'association des β-arrestines avec les MAPKinases ERKs. En réponse à l'activation des RCPGs (récepteurs M1 muscarinique et AT1 de l'angiotensine II), les p-arrestines et la FLNA coopèrent pour une activation optimale des ERKs. Dans les cellules Hep2, la stimulation des RCPGs conduit à la colocalisation du récepteur, de la p-arrestine, de la FLNA et d'ERKs activées dans les structures membranaires, appelées "ruffles" qui témoignent de la réorganisation du cytosquelette d'actine. L'invalidation de FLNA ou de p-arrestine par interférence à ARN et l'emploi d'un mutant dominant négatif de la MAP2 Kinase MEK1, inhibent la formation de ces "ruffles". Ainsi, la coopération entre les β-arrestines et la FLNA est déterminante pour l'activation optimale des ERKs et pour la réorganisation du cytosquelette qui en dépend. Ce phénomène pourrait expliquer une des fonctions des p-arrestines au cours du chimiotactisme
β-arrestins 1 and 2 (BARRIand I3ARR2) are two highly homologous proteins with multiple biological functions. First known as key regulators of G protein-coupled receptor (GPCR) desensitization and endocytosis, βARRs were shown more recently to act as scaffolding proteins for ERK1/2 and JNK3 cascades, to activate Src and to bind to ubiquitin ligases. In addition to their propensity to interact with multiple partners, βARRs might also auto-assemble to form oligomers, as suggested by the observation that both IJARR1 and visual arrestin, the isoform which is specifically expressed in the retina, form dimers in crystals. In a two-hybrid screen, based on the Sos Recruitment System and using a C-terminal truncated mutant of βARR2 as the bait, one of the preys corresponded to the C-terminal portion of βARR2 itself, suggesting that βARR2 might also form dimers in solution. To investigate whether βARR2 might function as a dimer in a more physiological context, we took advantage of the bioluminescence energy transfer (BRET) approach, which was developed recently to study protein-protein interaction in living cells. The cDNAs encoding Renilla luciferase (lue) and the yellow variant of the Green Fluorescent Protein (YFP), the BRET donor and accepter moieties, respectively, were fused 5' or 3' to the cDNAs of βARR1 or βARR2. Various appropriate combinations of the resulting constructs were transfected in COS-7 cells. A constitutive BRET was measured with βARR2 constructs. As expected for a specific non-random interaction between the BRET donor and accepter, BRET signals increased as a function of the BRET accepter concentration up to a maximal value (BRETmax), and constant BRET signals were measured when cells were transfected with increasing amounts of a fixed ratio of acceptordonor. Interestingly, significantly different BRETmax values were measured when the BRET donor construct (βARR2-luc) was co-expressed with fusion proteins in which the BRET accepter was located either at the N-terminal (YFP-βARR2) or the C-terminal (βARR2-YFP) extremity of βARR2, indicating that the βARR-2 dimer is oriented. A similar constitutive BRET was also measured for βARR1 and when the BRET donor and the accepter were fused to different UARRisoforms. These data are consistent with a model in which both βARR2 and βARR1 form constitutive homo-dimers in living cells and might also be engaged in constitutive hetero-dimers. Several important questions are still under investigation, such as the proportion of dimers versus monomers, the effect of GPCR activation on βARR dimerization, the potentially different biological function of monomers, homo-dimers and hetero-dimers

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Poisson, Nicolas. "Les protéines issues du gène de la phosphoprotéine rabique : étude du trafic intracellulaire et identification de partenaires cellulaires." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066261.

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Cinquin, Bertrand. "Etude dynamique en microscopie du rôle de Rab11a et de ses partenaires dans le recyclage des endosomes vers la membrane plasmique." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077046.

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Abstract:

Les cellules eucaryotes possèdent toutes un système de transport intra-cellulaire leur permettant d'assurer de nombreuses fonctions liées à leur intégrité et à leur capacité à communiquer avec le milieu extérieur. Nous pouvons citer la capture de molécules présentes dans le milieu extra-cellulaire, la régulation de la quantité de récepteurs transmembranaires présents à la surface de la cellule ou encore la communication entre les divers compartiments présents au sein des cellules. Cette thèse traite plus particulièrement de la voie d'endocytose / recyclage, dépendante de la petite GTPase Rab11a. Cette voie de transport et ses acteurs moléculaires sont canoniquement étudiés à l'aide du Récepteur à la Transferine (RtF), un marqueur protéique transmembranaire. Nous l'avons utilisé ici au titre de référence vis-à-vis d'une autre molécule cargo, une Lectine de type C exprimée naturellement et exclusivement par les cellules de Langerhans de l'épidémie, la Langerine, dont la stabilité et la distribution cellulaire dépendent strictement de la présence de Rab1 la fonctionnelle, à l'inverse du Récepteur à la Transferrine. Une grande partie de cette thèse est basée sur l'analyse de données dynamiques. L'analyse spatio-temporelle de ces dynamiques et leurs comparaisons ont nécessité la mise au point de protocoles standardisés d'acquisition d'images en cellule unique (micro-patrons, microscopie à ondes évanescentes en double couleur ultra-rapide) et la génération d'une chaîne de traitement des données (PBED, algorithme de classification, plugin image J de visualisation, procédure de normalisation). L'analyse et la comparaison de la dynamique des dernières étapes du recyclage de ces deux molécules cargos (le récepteur à la Transferrine et la Langerine) à la membrane plasmique, nous a permis de disséquer le rôle et les sites d'action des plates-formes multimoléculaires organisées autour de Rab11a (Rab11a, Rab1lFIP2, MyoVb. . . ), ainsi que l'impact de formes mutantes de leurs constituants, avec une appréciation statistique et temporelle. Dans ce modèle, nous avons ainsi pu déterminer le temps de mise en place du complexe d'exocytose permettant la fusion de la vésicule à la membrane plasmique, le rôle d'organisateur de membranes pour de telles protéines par les différences mesurées de comportements de recyclage de la Langerine et vis-à-vis du recyclage du RTf. En collaboration avec le synchrotron Soleil, une partie de cette thèse a été consacrée à l'élaboration d'une sonde multi-modale permettant l'étude corrélative de la dynamique de la Langerine et la biogénèse des Granules de Birbeck par l'utilisation de vidéo-microscopies de fluorescence, de la microscopie électronique et de la microscopie rayons X mous. Des premiers résultats et quelques perspectives sont présentés
Eukaryotic cells have intra-cellular transport System to insure numerous functions linked to their integrity and ability to communicate with the extracellular medium. We can list the capture of extracellular molecules, regulation on transmembrane protein localized at the cell surface or communication between different intra cellular compartments. The thesis treats about the recycling and endocytic pathways dependent of the small GTPase Rab11a. This way is commonly studied with the help of the Transferrin Receptor protein (TfR), a transmembrane cargo protein. We used as a reference against another protein, a C-lectin naturally and exclusively expressed by epidermic Langerhans cells. Stability any Distribution of Langerin is strictly dependent of Rab1 1a. That is not the case for TfR. The greater part of this thesis is based on dynamic data analysis. Spatio-temporal analysis of these dynamics and their comparison has asked the build of standardized and automatized protocols (micro-patterning, ultra-fast TIRFm) and generation of process to treat data (PBED, classification algorithm, image J plugin for visualization, normalization procedure). Analysis and comparison of the dynamics for the last steps of recycling for Langerine and TfR to the plasma membrane give us the opportunity to decipher the roles and action sites of multi-molecular platforms around Rab11a (Rablla,RabllFIP2, MyosinVb) and so the impact of mutated forms of their constituents with great sensitivity to temporal and statistical features. In this model we were able to determinate the time to settle the exocytosis complex allowing vesicles fusion at the plasma membrane the membrane organizer role for such proteins by different measured behaviors of Langerine comparing to TfR. With Soleil synchrotron, the second part of this thesis have been done to elaborate a multi-modal probe allowing the correlative study of Langerine dynamics and Birbeck granules biogenesis by the use of fluorescence microscopies, TEM and Soft X Rays microscopy. First results and perspective are presented

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Boulakirba, Sonia. "Étude des mécanismes moléculaires qui contrôlent l’interaction entre EFA6 et ses partenaires." Thesis, Nice, 2015. http://www.theses.fr/2015NICE4081/document.

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Abstract:

La petite protéine G Arf6 et son facteur d'échange EFA6 sont impliquées dans de nombreux processus cellulaires tels que le remodelage du cytosquelette d’actine, le transport vésiculaire et mise en place de la polarité épithéliale. Elles jouent également un rôle dans la voie d'endocytose dépendante de la clathrine. Ce travail de thèse nous a permis d’identifier différents mécanismes régulant l’interaction d’EFA6 avec ses différents partenaires. Nous avons pu mettre en évidence une interaction directe entre le domaine N-BAR de l’endophiline et le domaine Sec7 d’EFA6. Nous avons démontré que la courbure membranaire était un facteur régulant cette interaction. EFA6 est capable d’interagir et de recruter l’endophiline sur une membrane lipidique plane alors qu’en présence de vésicules courbées le complexe protéique ne se forme pas. Nous observons également que l’endophiline stimule l’activité d’échange nucléotidique d’EFA6 sur Arf6. Dans un second temps nous avons démontré, dans une étude menée par le Dr Cherfils, que l’activité catalytique d’EFA6 était régulée par une boucle de rétrocontrôle négatif exercée spécifiquement par la protéine Arf6-GTP. Celle-ci induit une diminution de l’activité d’échange d’EFA6 probablement grâce à sa capacité à interagir avec le domaine PH-C-terminal d’EFA6. Enfin, nous avons mis en évidence un repli intramoléculaire entre le domaine C-terminal et le domaine PH d’EFA6 qui semble contrôler l’interaction de cette extrémité C-terminale avec différents partenaires dont la β-arrestine et de façon surprenante la protéine Arf6 dans sa forme inactive
The small G protein Arf6 and its exchange factor EFA6 control numerous cellular processes such as actin cytoskeleton remodeling, vesicular transport and apico-basal cell polarity. They are also involved in clathrin-dependent endocytosis. In this work we identify different mechanisms by which EFA6 interaction with its various partners is regulated. We have highlighted a direct interaction between the N-BAR domain of endophilin and the Sec7 domain of EFA6. We demonstrated that this interaction is regulated by the membrane curvature. EFA6 interacts and recruits endophilin on a flat lipid membrane whereas the protein complex does not occur in the presence of curved vesicules. We showed that endophilin stimulates the nucleotidic exchange activity of EFA6 on Arf6. Next we demonstrated that the catalytic activity of EFA6 is regulated by a negative feedback loop specifically mediated by the Arf6-GTP. We observed in the presence of Arf6-GTP a decrease of EFA6 catalytic activity and we showed that this effect was due to an interaction between Arf6-GTP and PH-C-terminal domain of EFA6. Finally we demonstrated an intramolecular folding between the C-terminal domain and the PH domain of EFA6 that controls the interaction of the C-terminus domain with various partners including β-arrestin and surprisingly the inactive GDP form of Arf6

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Ahmad, Tanveer. "Inhibition de la protéine UHRF1 par les partenaires épigénétiques et les épi-drogues." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ089.

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Abstract:

UHRF1 est protéine nucléaire sur-exprimée dans les cellules cancéreuses. Elle joue un rôle essentiel dans la méthylation de l'ADN, favorise la prolifération cellulaire et inhibe l’expression des gènes suppresseurs de tumeurs. TIP60 est un partenaire importantd’UHRF1 qui participe au remodelage de la chromatine, à la régulation transcriptionnelle des gènes et à d'autres activités cellulaires grâce à son activité acétyltransférase. Les deux protéines sont impliquées dans la régulation de l'activité et la stabilité d’importantes protéines telles que la DNMT1 et la p53. Le but de cette thèse était d'étudier le mécanisme d'interaction de TIP60 avec UHRF1 et d'explorer l'effet de la surexpression de TIP60 dans la régulation d’UHRF1. Un autre objectif était de dépister et de développer des inhibiteurs de l’UHRF1 qui puisse cibler son activité. Pour atteindre ces objectifs, nous avons utilisé diverses approches, y compris des techniques biologiques et biophysiques. Les résultats ont révélé qu’UHRF1 interagit avec le domaine MYST de TIP60 durant la phase S du cycle cellulaire. La surexpression de TIP60 régule la dégradation d’UHRF1 (un oncogène) de manière dépendent d’une ubiquitination, expliquant ainsi son rôle suppresseur de tumeur.De plus, un inhibiteur d’UHRF1 appartenant à la famille des anthraquinones a été identifié.Cette molécule inhibe l'activité de basculement de la cytosine méthylée réalisée par le domaine SRA d’UHRF1. Elle a également altéré l'interaction UHRF1/DNMT1 et réduit les niveaux de méthylation globaux
UHRF1 is a nuclear protein that is in cancer cells. It plays an essential role in DNA methylation, promotes cell proliferation and inhibits the expression of tumor suppressor genes. TIP60 is an important partner of UHRF1 which participates in chromatin remodeling,transcriptional gene regulation and other cellular activities through its acetyltransferase activity. Both proteins are involved in regulating the activity and stability of important proteins such as DNMT1 and p53. The purpose of this thesis was to study the interaction mechanism of TIP60 with UHRF1 and to explore the effect of over expression of TIP60 inthe regulation of UHRF1 expression. Another objective was to identify and develop UHRF1inhibitors that could target its activity. To achieve these objectives, we used different approaches, including biological and biophysical techniques. The results revealed thatUHRF1 interacts with the MYST domain of TIP60 during the S phase of the cell cycle. The over expression of TIP60 induces the degradation of UHRF1 (an oncogene), in a poly-ubiquitination dependent way, explaining in parts its tumor suppressing role. In addition, an anthraquinone UHRF1 inhibitor was found. This molecule inhibits the flipping activity of methylated cytosine produced by SRA domain of UHRF1. It also altered theUHRF1/DNMT1 interaction and reduced global methylation levels

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Dissertations / Theses on the topic 'Protéines partenaires'

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