Tesis: "Biologia molecular e genética"

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Mateus, Denisa Daud. "Molecular reconstruction of a genetic code alteration". Doctoral thesis, Universidade de Aveiro, 2011. http://hdl.handle.net/10773/7501.

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Resumen

Doutoramento em Bioquímica
The genetic code establishes the rules that govern gene translation into proteins. It was established more than 3.5 billion years ago and it is one of the most conserved features of life. Despite this, several alterations to the standard genetic code have been discovered in both prokaryotes and eukaryotes, namely in the fungal CTG clade where a unique seryl transfer RNA (tRNACAG Ser) decodes leucine CUG codons as serine. This tRNACAG Ser appeared 272±25 million years ago through insertion of an adenosine in the middle position of the anticodon of a tRNACGA Ser gene, which changed its anticodon from 5´-CGA-3´ to 5´-CAG-3´. This most dramatic genetic event restructured the proteome of the CTG clade species, but it is not yet clear how and why such deleterious genetic event was selected and became fixed in those fungal genomes. In this study we have attempted to shed new light on the evolution of this fungal genetic code alteration by reconstructing its evolutionary pathway in vivo in the yeast Saccharomyces cerevisiae. For this, we have expressed wild type and mutant versions of the C. albicans tRNACGA Ser gene into S. cerevisiae and evaluated the impact of the mutant tRNACGA Ser on fitness, tRNA stability, translation efficiency and aminoacylation kinetics. Our data demonstrate that these mutants are expressed and misincorporate Ser at CUGs, but their expression is repressed through an unknown molecular mechanism. We further demonstrate, using in vivo forced evolution methodologies, that the tRNACAG Ser can be easily inactivated through natural mutations that prevent its recognition by the seryl-tRNA synthetase. The overall data show that repression of expression of the mistranslating tRNACAG Ser played a critical role on the evolution of CUG reassignment from Leu to Ser. In order to better understand the evolution of natural genetic code alterations, we have also engineered partial reassignment of various codons in yeast. The data confirmed that genetic code ambiguity affects fitness, induces protein aggregation, interferes with the cell cycle and results in nuclear and morphologic alterations, genome instability and gene expression deregulation. Interestingly, it also generates phenotypic variability and phenotypes that confer growth advantages in certain environmental conditions. This study provides strong evidence for direct and critical roles of the environment on the evolution of genetic code alterations.
O código genético regula a correcta descodificação da informação contida nos genes durante a síntese de proteínas. Apresenta um elevado grau de conservação e estima-se que tenha sido originado há mais de 3.5 biliões de anos. Contudo, várias alterações ao código genético foram identificadas em procariotas e eucariotas, nomeadamente nos fungos denominados de “CTG clade”, nos quais um tRNA de serina atípico (tRNACAG Ser) descodifica o codão de leucina CUG como serina. Este tRNACAG Ser foi originado há 272±25 milhões de anos, pela inserção de uma adenosina no centro do anticodão do gene do tRNACGA Ser que alterou a sequência original do anticodão de 5´-CGA-3´ para 5´-CAG-3´. Esta alteração ao código genético promoveu a restruturação do proteoma das espécies denominadas de “CTG clade”. Contudo, permanece por esclarecer o motivo que permitiu que esta alteração atípica fosse preservada no genome destes fungos. Numa tentativa de clarificar os aspectos evolutivos desta alteração ao código genético, procedemos à reconstrução da via evolutiva, proposta para esta alteração, na levedura Saccharomyces cerevisiae. Para tal, induzimos a expressão do gene do tRNACGA Ser de C. albicans, nas versões mutantes e original, em S. cerevisiae e determinámos o impacto das mesmas no crescimento celular, bem como na estabilidade, eficiência na tradução e aminoacilação do tRNA. Os nossos dados, demonstram que as versões mutantes do tRNA, apesar de sua reduzida expressão, induzem a incorporação de serina nos codões CUG de leucina. Observámos ainda, através de uma estratégia de evolução forçada, que o tRNACAG Ser é facilmente inactivado por mutações naturais que impedem o seu reconhecimento pela seryl-tRNA synthetase. O nosso estudo demonstra que a repressão da expressão do tRNACAG Ser, terá desempenhado um papel fundamental na evolução da redefinição do codão CUG de leucina para serina. Com o intuito de compreender a evolução das alterações ao código genético, induzimos redefinições parciais em vários codões de levedura. Os nossos resultados confirmam que a ambiguidade no código genético afecta o crescimento, induz a produção de agregados proteicos, interfere no ciclo celular e promove alterações nucleares, morfológicas, instabilidade genómica e desregulação da expressão genética. Contudo, origina também variedade fenotípica e fenótipos vantajosos em determinadas condições ambientais. Este estudo demonstra o impacto do ambiente na evolução das alterações ao código genético.

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Miranda, Isabel Alexandra Marcos. "Molecular study of a genetic code alteration in C. albicans". Doctoral thesis, Universidade de Aveiro, 2006. http://hdl.handle.net/10773/8980.

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Resumen

Doutoramento em Biologia
A maioria dos organismos utiliza o mesmo código genético, no entanto alterações a este código padrão foram descobertas em procariotas e eucariotas. A maior parte das alterações ao código genético ocorre em mitocôndrias. No citoplasma eucariótico, o único exemplo conhecido de alteração ao código genético envolvendo a substituição de um aminoácido por outro aminoácido, ocorre em várias espécies do género Candida. Em Candida albicans o codão CUG é ambíguo, ou seja, pode ser traduzido como serina ou leucina, com predominância para o primeiro aminoácido. Na origem desta ambiguidade está um tRNACAG Ser de C. albicans que possui elementos de identidade para duas aminoacil-tRNA sintetases, nomeadamente a seril e leucil-tRNA sintetases, podendo, por isso, ser aminoacilado com serina e leucina. Este tRNA surgiu há cerca de 272 milhões de anos no antepassado das leveduras e introduziu dupla identidade (ambiguidade) no codão CUG que começou a ser descodificado como leucina e serina. As consequências biológicas desta ambiguidade e da alteração de identidade do codão CUG de leucina para serina são desconhecidas. O objectivo deste estudo foi elucidar a função biológica da ambiguidade do codão CUG que foi preservada em C. albicans. Pretendeu-se compreender porque é que a ambiguidade do codão CUG foi preservada e conhecer melhor os mecanismos de evolução ao código genético. Para tal, aumentou-se a ambiguidade do codão CUG, usando engenharia de tRNAs e estudaram-se as consequências de tal ambiguidade ao nível fenotípico. Os resultados demonstram de forma inequívoca que a ambiguidade do codão CUG é um gerador de diversidade fenotípica e sugerem que uma das funções da alteração ao código genético é potenciarem a evolução rápida de novos fenótipos. A ambiguidade do codão CUG induz a expressão de vários factores de virulência de C. albicans, nomeadamente variabilidade morfológica, alteração fenotípica, produção de hidrolases extracelulares e adesinas. Assim, a ambiguidade do código genético é fundamental para a biologia de C. albicans.
Most organisms use the same genetic code, however several alterations to the standard code have been found in prokaryotes and eukaryotes. Most alterations occur in mitochondria and the only known case of a cytoplasmatic sense-to-sense codon identity change occurs in several species of the genus Candida. In Candida albicans, standard leucine-CUG codon is decoded mainly as serine but to a lesser extent as leucine. This is due the existence of a novel tRNACAG Ser that has identity elements for both the seryl- and the leucyl-tRNA aminoacyl synthetases and hence can be aminoacylated with serine and leucine. The tRNACAG Ser appeared 272 million years ago in the yeast ancestor, and created a CUG codon with double identity due to its decoding as both serine and leucine. The biological function of such ambiguity, which was preserved to the present day, is still unknown. The objective of this study was to elucidate the role of CUG ambiguity in C. albicans biology. An attempt was made to shed new light i) on the biological role of genetic code ambiguity, ii) on why CUG ambiguity was preserved and iii) on why genetic code alterations evolve. For this, highly ambiguous C. albicans strains were created through tRNA engineering techniques and the effects of such ambiguity were studied at phenotypic level. The data presented herein shows for the first time that genetic code ambiguity is a generator of phenotypic diversity and strongly suggests that genetic code alterations speed up evolution of new phenotypes. Ambiguous decoding of the CUG codon triggers expression of C. albicans virulence factors, namely morphogenesis, phenotypic switching, extracellular hydrolases production and adhesion, indicating that it plays a critical role on C. albicans biology.

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Thurow, Helena Strelow. "Variantes polimórficas 2029C>T e 2258G>A no gene que codifica para o TLR2 humano: avaliação de uma população brasileira e revisão sistematizada". Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2009. http://hdl.handle.net/10923/1292.

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Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000412181-Texto+Completo-0.pdf: 1636756 bytes, checksum: 3138ac69bb4f361c6d1b29069af27d7a (MD5) Previous issue date: 2009
Toll-like receptor 2 (TLR2) is a recognition receptor for the widest repertoire of pathogen-associated molecular patterns. Two polymorphisms of TLR2 could be linked to reduced NF-kB activation and to increased risk of infection (supposed-2029C>T and 2258G>A). We investigated the supposed-2029C>T and 2258G>A TLR2 polymorphisms in 422 critically ill patients with European origin from southern Brazil (295 with sepsis and 127 without sepsis), and we reviewed of 33 studies with these polymorphisms conducting a quality assessment with a score system. Among our patients we found only one heterozygote (1/422) for the supposed-2029C>T and none of 2258G>A (0/422) SNP. We have failed to find a clinical application of supposed-2029T and 2258A allele analysis in our southern Brazilian population. Our review detected that current TLR2 SNP assays had very controversial and contradictory results derivate from reports with a variety of quality criteria of investigation. We suggest that, if analyzed alone, the supposed-2029C>T and 2258G>A TLR2 SNP are not good candidates for genetic markers in studies that search for direct or indirect clinical applications between genotype and phenotype. Future efforts to improve the knowledge and to provide other simultaneous genetic markers might reveal a more effective TLR2 effect on the susceptibility to infections diseases.
O Toll-like receptor 2 (TLR2) é um receptor de reconhecimento de microorganismos que identifica um amplo repertório de padrões moleculares associados a patógenos. Entre os polimorfismos já descobertos no gene que codifica para o TLR2, dois SNPs (single nucleotide polimorphism) (supposed-2029C>T e 2258G>A) podem estar relacionados com a redução da ativação do NF-kB e, consequentemente, com o aumento do risco às doenças infecciosas. O objetivo deste estudo foi investigar os SNPs supposed-2029C>T e 2258G>A do TLR2 em 422 pacientes criticamente doentes oriundos de uma população do sul do Brasil (295 com sepse e 127 sem sepse), e realizar uma revisão sistematizada de 33 trabalhos publicados sobre esses SNPs conduzindo um estudo de avaliação de qualidade com um sistema de escores. Entre os pacientes admitidos no estudo foi encontrado apenas um heterozigoto (0,2%; 1/422) para o SNP supposed-2029C>T e nenhum para o SNP 2258G>A (0%; 0/422). Assim, não foi possível identificar qualquer aplicabilidade clínica entre esses SNPs do TLR2 nos pacientes críticos do sul do Brasil. A revisão sistematizada detectou que os atuais trabalhos com tais SNPs do TLR2 apresentam conclusões controversas e contraditórias resultantes de estudos com uma ampla variedade de critérios de qualidade. Os resultados sugerem que, quando analisados individualmente, os SNPs supposed-2029C>T e 2258G>A não são bons candidatos para os trabalhos que buscam por aplicações clínicas diretas entre genótipo e fenótipo. Esforços futuros para aumentar o conhecimento e para realizar análises simultâneas com outros polimorfismos poderão revelar efeitos mais efetivos do TLR2 na susceptibilidade às doenças infeciosas.

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Ventura, Vânia Patrícia da Silva. "Pesquisa do cromossoma Y na síndrome de Turner". Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2010. http://hdl.handle.net/10773/7347.

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Mestrado em Biologia Molecular e Celular
A Síndrome de Turner é uma cromossomopatia que consiste na presença de um único cromossoma X normal na mulher. A incidência desta patologia é de aproximadamente 1 em cada 2500 nados vivos femininos. Para além da monossomia do cromossoma X, podem co-existir outras linhas celulares com dois ou mais cromossomas X, cromossomas com anomalias estruturais e ainda a presença do cromossoma Y, completo ou parte dele. A presença deste cromossoma nas pacientes com Síndrome de Turner representa um risco aumentado (15-30%) de desenvolvimento de gonadoblastoma. No presente trabalho propõe-se determinar a presença de genes mapeados no cromossoma Y (SRY, TSPY, DDX3Y e HSFY) em indivíduos com Síndrome de Turner e avaliar a importância de um teste molecular para a detecção de sequências do cromossoma Y, que escapam à detecção por técnicas de citogenética convencional. Detectou-se, usando a técnica de PCR, uma frequência de 4,08% de amostras com material do cromossoma Y presente em linhas celulares minoritárias. Pode pois concluir-se que este tipo de análise constitui um método complementar de diagnóstico contribuindo assim para um diagnóstico mais preciso.
Turner syndrome is a chromosomal disorder characterized by the presence of a single normal X chromosome in women. The incidence of this disease is approximately 1 in 2500 live female births. Additionally the X chromosome monosomy, other cell lines could coexist, containing two or more X chromosomes, chromosomes with structural abnormalities and even cell lines containing the Y chromosome, or part of it. The presence of this chromosome in patients with Turner syndrome represents an increased risk (15-30%) of developing gonadoblastoma. The aim of the present study is to determine the presence of genes mapped on Y chromosome , namely SRY, TSPY, DDX3Y and HSFY, in Turner syndrome patients and evaluate the importance of a molecular test for detection of Y chromosome sequences, which escape to detection by conventional cytogenetic techniques. A frequency of 4.08% of samples with Y chromosome material present in minority cell lines was detected using the PCR technique. It can be assumed that this type of analysis is a complementary diagnostic method thus contributing to a more accurate clinical diagnosis.

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Paludo, Francis Jackson de Oliveira. "Estudo da variante polimórfica 47C>T (Ala-9Val) do gene que codifica para a superóxido dismutase dependente de manganês (MnSOD) em pacientes em condições críticas de saúde". Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2008. http://hdl.handle.net/10923/1284.

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Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000408010-Texto+Completo-0.pdf: 324019 bytes, checksum: a134e04c894f3ac9eaae510c195117e6 (MD5) Previous issue date: 2008
In order to analyze the effect of the two different versions of the manganese superoxide dismutase gene (SOD2) on sepsis, we determined the 47C>T single nucleotide polymorphism (SNP) frequencies in critically ill patients with (n=356) and without sepsis (n=173), and also investigated the genotype frequencies in adverse outcomes in the septic patient's subgroup. We compared the 47C allele carriers (47CC+47CT genotypes) with 47TT homozygotes and we demonstrated a significant association between 47C allele carriers and septic shock in septic patients (p=0. 025). With an adjusted binary logistic regression, incorporating 47C>T SNP and the main clinical predictors, we showed that only SOFA score [p<0. 001, OR=9. 107 (95%CI=5. 319-15. 592)] and 47C allele [p=0. 011, OR=2. 125 (95%CI=1. 190-3. 794)] were significantly associated with septic shock outcome. Our results and our hypothesis suggest that the higher 47C allele carrier frequency in septic patients with negative outcome is possibly explained by an effect on cellular stress.
Para avaliar as duas versões do gene SOD2 que codifica para a proteína superóxido dismutase dependente de manganês na sepse, nós determinamos a freqüência do polimorfismo de nucleotídeo simples (SNP) 47C>T em pacientes criticamente doentes com sepse (n=356) e sem sepse (n=173), e também investigamos as freqüências genotípicas nos desfechos adversos à sepse (choque séptico e mortalidade) no grupo de pacientes sépticos. Nós comparamos os portadores do alelo 47C (genótipos 47CC+47CT) com homozigotos 47TT e demonstramos uma associação estatisticamente significativa entre os portadores do alelo 47C e a ocorrência de choque séptico no subgrupo de pacientes sépticos (p=0. 025). Na análise ajustada de regressão logística binária, incorporando o SNP 47C>T e os principais preditores clínicos, nós mostramos que somente o escore SOFA [p<0. 001, OR=9. 107 (95%CI=5. 319-15. 592)] e o alelo 47C [p=0. 011, OR=2. 125 (95%CI=1. 190-3. 794)] foram significativamente associados com o desfecho de choque séptico. Nossos resultados e nossa hipótese sugerem que a mais alta freqüência de portadores do alelo 47C em pacientes sépticos com desfecho desfavorável é provavelmente explicada por um efeito no estresse celular.

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Fragoso, Carla Cristina Santos Borges. "Aplicação de técnicas de biologia molecular no estudo da diversidade genética". Master's thesis, FCT-UNL, 2011. http://hdl.handle.net/10362/7084.

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Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Grau de Mestre por Licenciados Pré-Bolonha, em Biotecnologia
Este relatório apresenta as áreas de maior impacto cientifico na carreira profissional da candidata. Encontra-se estruturado em 7 capítulos, tendo como área de investigação comum a aplicação de técnicas de Biologia Molecular, em que os marcadores moleculares(microssatélites) são utilizados transversalmente no estudo da diversidade genética de diferentes fontes biológicas. O primeiro projecto consistiu na Construção de uma biblioteca genómica de Quercus suber, para a pesquisa de marcadores moleculares baseada em regiões repetitivas (VNTRs, microssatélites). (Borges 2002). O segundo projecto desenvolve a análise genética de uma população bovina autóctone, Raça Algarvia, em risco de extinção. Este estudo produziu uma publicação (Ginja et al., 2010). O terceiro projecto baseou-se no estudo da variabilidade intra-populacional entre populações de cegonhas e sexagem em animais anilhados. Este estudo produziu duas publicações (Simões et al., 2006) e (Fernandes et al., 2006). O quarto projecto incidiu sobre o desenvolvimento dos conhecimentos tecnológicos sobre fagoterapia como alternativa biológica aos antibióticos e ferramenta de segurança alimentar integrada na produção avícola e desenvolvimento de kits de diagnóstico com base na tecnologia de PCR. O quinto projecto refere o desenvolvimento e utilização da técnica de detecção de SNPs (“polimorfismo de base única”) pelo método “SNAPshot” em Canis familiaris e Canis lupus signatus. Este trabalho deu origem a uma publicação (Borges et al., 2009). O sexto e sétimo projecto têm como base o estudo da genotipagem da população de lobo Ibérico em Portugal, em que a candidata participou no parecer sobre o Aproveitamento Hidroeléctrico do Baixo Sabor (AHBS)-Programa de Protecção e Valorização do Lobo-ibérico no Nordeste Transmontano e Beira Alta. Neste momento a candidata está a processar os resultados da genotipagem com marcadores moleculares da população de lobo ibérico, em paralelo com a implementação de recolha de amostras dos animais domésticos atacados no campo.

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Silva, Luciana Pugliese da. "Caracterização molecular da deficiencia de proteina S". [s.n.], 1998. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/308117.

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Orientador: Joyce Maria Annichino-Bizzacchi
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas
Made available in DSpace on 2018-07-23T21:41:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_LucianaPuglieseda_M.pdf: 3815168 bytes, checksum: ffcaf6b4e7787d8b4fd4365accf237c7 (MD5) Previous issue date: 1998
Resumo: A proteína S humana é uma glicoproteína plasmática vitamina K-dependente que age como cofator não enzimático da proteína C ativada na Via Anticoagulante da Proteína C. Além disso, a proteína S desempenha um papel independente da proteína C ativada inativando os fatores V e X ativados. A concentração plasmática da Proteína S é regulada por uma proteína de ligação que atua na Via Clássica do Complemento, a C4b. A proteína C4b forma complexos inativos com aproximadamente 60% da proteína S total, e somente a proteína S na sua forma livre pode exercer sua atividade de cofator da proteína C ativada. A deficiência hereditária de proteína S é uma causa comum de trombose venosa recorrente, e ocorre pela diminuição da atividade anticoagulante da proteína S. É uma doença relativamente rara e tem padrão de herança autossômico dominante o gene que controla a produção- da proteína S (PROS1) está localizado no cromossomo 3, próximo à região do centrômero, na posição 3p11.1 - 3q11.2. É constituído por 15 exons e 14 introns, abrangendo uma região de mais de 80 kb, que origina um mRNA de 3,5 a 4,0 kb. Nesta mesma região do cromossomo 3 há um pseudogene (PROS2) que possui 97% de homologia com a região codificadora do gene ativo. De acordo com um "database" de mutações no gene da proteína S, publicado em 1997 por GANDRILLE et aI., foram descritas 71 diferentes mutações de ponto sendo 19,8% mutações missense, 65,3% mutações missense, 12,8% mutações em sítio de "splicing" e 2% aboliam o codon de terminação natural da proteína. Foram também descritas 16 diferentes inserções/deleções e duas grandes deleções. Um total de doze polimorfismos raros foram descritos, incluindo o polimorfismo Heerlen, além de um polimorfismo freqüente, o dismorfismo neutro CCA/CCG. Os métodos de SSCP e CSGE possibilitam o rastreamento rápido e eficaz de mutações. O seqüenciamento de DNA permite a determinação precisa da alteração molecular responsável pela doença. No presente trabalho, estes métodos foram empregados no estudo do gene da proteína S (PROS1) de 8 pacientes com deficiência de proteína S que apresentaram trombose espontânea. Outras deficiências que predispõem à trombose foram avaliadas e não detectadas nestes pacientes. Com o emprego dessa estratégia metodológica foi possível detectar e identificar sete mutações de ponto em quatro dos oito pacientes estudados, incluindo uma mutação silenciosa, além de um polimorfismos em outro paciente. Das mutações encontradas somente uma foi detectada pelo método de SSCP. Considerando-se o quadro clínico/laboratorial dos pacientes estudados e a análise familiar, os resultados deste estudo sugerem que as mutações identificadas seriam responsáveis pela deficiência hereditária de proteína S. A identificação das mutações e sua correlação com o quadro clínico dos pacientes estudados neste trabalho contribuem para a compreensão da relação estrutura-função desta proteína. Também foram determinadas as freqüências, em diferentes grupos da população brasileira (recém-nascidos, caucasóides, negróides, índios e pacientes com trombose) do polimorfismo Heerlen e do dismorfismo neutro CCA/CCG. Os resultados obtidos nos diferentes grupos estudados, para polimorfismo Heerlen, não diferiram significativamente dos descritos anteriormente na literatura por BERTINA et aI., 1990. Este polimorfismo não foi identificado em nenhum dos pacientes estudados. As freqüências alélicas do dismorfismo neutro CCA/CCG não diferiram significativamente dos descritos na literatura por DIEPSTRATEN, et aI., 1991 e GANDRILLE et aI., 1995. Nossos resultados revelaram que na população negróides pode ter ocorrido um grau de miscigenação, já que a freqüência de heterozigotos foi elevada. A população indígena, apesar de ser considerada um isolado genético, mostrou um predomínio do genótipo heterozigoto. O polimorfismo CCA/CCG também foi empregado para análise de segregação nas famílias com deficiência de proteína S, e mostrou-se informativo em três famílias analisadas
Abstract: Human protein S is a plasmatic vitamin-K dependent glicoprotein that acts as a non-enzimatic cofactor of activated protein C in the protein C anticoagulant pathway. In addition to this protein S has an independent role that activated protein C, which is to inactivate factors Va and Xa. The plasmatic concentration of protein S is regulated by a C4b binding protein that acts on the Complement Classical Pathway. C4b protein forms inactive complexes with approximately 60% of total protein S, and only the free form of protein S its can act as a cofactor of activated protein C. The hereditary deficiency of protein S is a common cause of recurrent venous thrombosis, and occurs due to the decrease of the anticoagulant activity of protein S. It is a relatively rare disease and it has a dominant autossomic hereditary patteFI1. The gene which controls the production of protein S (PROS1) is Ipcated in chromosome 3, near the centromer region at position 3p11.1 - 3q11.2. It is formed by 15 exons and 14 introns comprising a region of over 80kb, which originates a mRNA of 3,5 to 4,0 kb. In this same region of chromosome 3 there is a pseudogene (PROS2) which is 97% homologous to the codifying region of the active gene. According to the protein S gene mutation database published by GANDRILLE et aI., 71 different point mutations were described, 19.8% were nonsense mutations, 65,3% were missense mutations, 12,8% were splice site mutations, and 2% abolished the natural codon termination of the protein. Sixteen different insertions/deletions and two large deletions were also described. A total of twelve rare polymorphisms were described including the Heerlen polymorphism and a frequent polymorphism, the neutral dimorphism CCA/CCG. The SSCP and CSGE analysis permit the quick and efficient screening of the mutations. Direct DNA sequencing permit the precise determination of the molecular alteration responsible for the disease. In this study these methods were used in the study of protein S gene (PROS1) of eight patients with protein S deficiency which presented spontaneous thrombosis. Other deficiencies which predispose to thrombosis were evaluated but were not detected. With the use of this methodology it was possible to detect and identify seven point mutations in four of the eight patients studied, including a silent mutation in addition to a polymorphism in another patient. Of the mutation found only one was detected by the SSCP method. Considering the clinical and laboratory data of the patients studied, together with the analysis of the family, the results of this study suggest that the mutations identified are responsible for the hereditary protein S deficiency. The identification of the mutations and its correlation to the clinical data of the patients studied contribute to the comprehension of the structural-functional relation of this protein. The frequencies of the Heerlen polymorphism and the neutral dimorphism CCA/CCG, in different groups of the Brazilian population (newborns, caucasoides, Black population, Indians and patients with thrombosis) were also determined. The results obtained in the different groups studied, for Heerlen polymorphism, did not differ significantly from those described previously in the literature by BERTINA et al, 1990. This polymorphism was not identified in any of the patients studied. The allelic frequencies of the neutral dismorphism CCA/CCG do not differ significantly from those described in literature by DIEPSTRATEN, et aI., 1991 and GANDRILLE et aI., 1995. Our results revealed that the miscigenation may have occurred in the Black population, in spite of being considered as a genetic isolate, showed a predomination of the heterozygous genotype. The CCA/CCG polymorphism was also used to analyze the segregation in families with protein S deficiency and was informative in three families that were analyzed.
Mestrado
Farmacologia
Mestre em Ciências Médicas

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Fracaro, Fernando. "Ecologia molecular, variabilidade genética, química e cultivo in vitro de Hesperozygis ringens Benth". Universidade Federal de São Carlos, 2006. https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/1542.

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Financiadora de Estudos e Projetos
Hesperozygis ringens, belongs to Lamiaceae s family, it is an aromatic plant native from the South Brazil with its occurrence restrict south fields mainly in Caçapava do Sul, Alegrete and São Francisco de Assis. Due some activities agropastoris like continuous cleanness and burning to the renovation of grassland associate with some factors like low seed efficiency propagation, these spices are in extinction process. In order to evaluate the effect of these activities at the extinction process of this plant were used molecular markers RAPD and ISSR to evaluate the genetic variability, chemical variability of the essential oils and effect of the growing regulators in the micropropagation. With molecular markers we check a low gene flow between studied populations, with distinct genetic entities, sharing the samples in isolated clusters from Alegrete, São Francisco de Assis and Caçapava do Sul, the last one was evaluate in two populations A and B witch showed a larger gene flow between samples. The chemical variability data were confirmed by markers RAPD and ISSR, because they shared the populations in two isolated groups, characterized for to present compounds with low frequency like limonene and linalool in the São Francisco de Assis population, and the others were not present as sabinene in Caçapava do Sul. In the in vitro propagation the MS medium showed the best results supplemented with 13.2µM of benzyladenine and 2mg/l of silver nitrate, witch were used to avoid ethylene accumulation effect. The rooting showed limitation with low efficiency, but was obtained with carbonized rice back, with ¼ MS supplemented with IBA. Even with hardness the micropropagation can be an alternative for the propagation and preservations of this endangerous species. Based in this results of this work were discussed about environmental, evolution and conservation aspects.
Hesperozygis ringens, pertencete à família Lamiaceae, é uma planta aromática nativa do Sul do Brasil com sua ocorrência restrita aos campos sulinos, principalmente nos municípios de Caçapava do Sul, Alegrete e São Francisco de Assis. Devido à algumas atividades agropastoris como sucessivas limpezas e queimadas para renovação das pastagens associados com alguns fatores como baixa eficiência na propagação das sementes, esta espécie encontra-se em processo de extinção. Visando analisar o efeito destas atividades e o grau do processo de extinção em que esta planta se encontra foram utilizados marcadores moleculares RAPD e ISSR na tentativa de avaliar a variabilidade genética, também foi avaliada a variabilidade química através dos óleos essenciais e o efeito de reguladores de crescimento na micropropagação. Com o uso de marcadores moleculares registrou-se um baixo fluxo gênico entre as populações avaliadas, com identidades genéticas distintas, separando as amostras em grupos isolados como Alegrete, São Francisco de Assis e Caçapava do Sul, este último avaliado em duas coletas A e B as quais revelaram um maior cruzamento entre as amostras. A variabilidade química confirmou os dados obtidos com marcadores RAPD e ISSR, pois separou as populações em grupos isolados, apresentando alguns compostos com baixa freqüência, como limoneno e linalol na população de São Francisco de Assis, e outros estiveram ausentes, como sabineno em Caçapava do Sul. Na propagação in vitro o meio de cultivo MS apresentou os melhores resultados, suplementado com 13,2µM de benziladenina e acrescido de 2mg/L de nitrato de prata, este utilizado para evitar o efeito do acúmulo de etileno. O enraizamento mostrou uma limitação com baixa eficiência, mas foi obtido em casca de arroz carbonizada, com ¼ MS suplementado com IBA. Mesmo com esta dificuldade a micropropagação pode ser uma alternativa para a propagação desta espécie ameaçada de extinção. Com base nestes resultados aspectos ecológicos, evolutivos e de preservação são discutidos neste trabalho.

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Paulo, Jorge Fernando Ferreira de Sousa. "mRNA mistranslation in Saccharomyces cerevisiae". Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2012. http://hdl.handle.net/10773/7775.

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Resumen

Mestrado em Biologia Molecular e Celular
The genetic code is defined as a series of biochemical reactions that establish the cellular rules that translate DNA into protein information. It was established more than 3.5 billion years ago and it is one of the most conserved features of life. Over the years, several alterations to the standard genetic code and codon ambiguities have been discovered in both prokaryotes and eukaryotes, suggesting that the genetic code is flexible. However, the molecular mechanisms of evolution of the standard genetic code and the cellular role(s) of codon ambiguity are not understood. In this thesis we have engineered codon ambiguity in the eukaryotic model Sacharomyces cerevisiae to clarify its cellular consequences. As expected, such ambiguity had a strong negative impact on growth rate, viability and protein aggregation, indicating that it affects fitness negatively. However, it also created important selective advantages in certain environmental conditions, suggesting that it has the capacity to increase adaptation potential under environmental variable conditions. The overall negative impact of genetic code ambiguity on protein aggregation and cell viability, suggest that codon ambiguity may have catastrophic consequences in multicellular organisms. In particular in tissues with low cell turnover rate, namely in the brain. This hypothesis is supported by the recent discovery of a mutation in the mouse alanyl-tRNA synthetase which creates ambiguity at alanine codons and results in rapid loss of Purking neurons, neurodegeneration and premature death. Therefore, genetic code ambiguity can have both, negative or positive outcomes, depending on cell type and environmental conditions.
O código genético pode ser definido como uma série de reacções bioquímicas que estabelecem as regras pelas quais as sequências nucleotídicas do material genético são traduzidas em proteínas. Apresenta um elevado grau de conservação e estima-se que tenha tido a sua origem há mais de 3.5 mil milhões de anos. Ao longo dos últimos anos foram identificadas várias alterações ao código genético em procariotas e eucariotas e foram identificados codões ambíguos, sugerindo que o código genético é flexível. Contudo, os mecanismos de evolução das alterações ao código genético são mal conhecidos e a função da ambiguidade de codões é totalmente desconhecida. Nesta tese criámos codões ambíguos no organismo modelo Saccharomyces cerevisiae e estudámos os fenótipos resultantes de tal ambiguidade. Os resultados mostram que, tal como seria expectável, a ambiguidade do código genético afecta negativamente o crescimento, viabilidade celular e induz a produção de agregados proteicos em S. cerevisiae. Contudo, tal ambiguidade também resultou em variabilidade fenótipica, sendo alguns dos fenótipos vantajosos em determinados condições ambientais. Ou seja, os nossos dados mostram que a ambiguidade do código genético afecta negativamente a capacidade competitiva de S. cerevisiae em meio rico em nutrientes, mas aumenta a sua capacidade adaptativa em condições ambientais variáveis. Os efeitos negativos da ambiguidade do código genético, nomeadamente a agregação de proteínas, sugerem que tal ambiguidade poderá ser catastrófica em organismos multicelulares em que a taxa de renovação celular é baixa. Esta hipótese é suportada pela recente descoberta de uma mutação na alaniltRNA sintetase do ratinho que induz ambiguidade em codões de alanina e resulta numa forte perda de neurónios de Purkinge, neurodegeneração e morte prematura. Ou seja, a ambiguidade do código genético pode ter consequências negativas ou positivas dependendo do tipo de células e das condições ambientais.

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Santos, Cristina Sofia de Sousa Cardoso e. Valente dos. "Os ciganos de Portugal : uma perspectiva genética da sua história". Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2009. http://hdl.handle.net/10773/833.

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Resumen

Mestrado em Biologia Molecular e Celular
No presente trabalho caracterizou-se a população cigana portuguesa quanto a microssatélites (STRs) localizados nos autossomas e no cromossoma X, com o principal objectivo de inferir, através da análise genética, alguns aspectos da sua história. Para o efeito estudou-se uma amostra de 127 indivíduos não aparentados, pertencentes a 18 comunidades ciganas, distribuídas por 11 distritos do país. Tanto em STRs autossómicos como do cromossoma X, os ciganos apresentaram níveis mais baixos de diversidade intrapopulacional que a população portuguesa não-cigana. A redução de diversidade pode ser explicada pela acção combinada dos efeitos de deriva induzidos pelo pequeno tamanho populacional, e pelas práticas endogâmicas tradicionais executadas pela maioria das populações ciganas. A avaliação da diferenciação interpopulacional revelou que as distâncias médias entre populações ciganas eram muito superiores às registadas entre populações europeias não-ciganas. Este resultado traduz novamente os fortes efeitos de deriva que modelaram o perfil genético das populações ciganas, indiciando ainda uma considerável limitação do fluxo génico entre populações ciganas e respectivas populações hospedeiras, o que também se compreende dadas as suas tradições sócio-culturais. No contexto da diversidade genética europeia, as populações ciganas tendem a agrupar-se entre si, e a coerência do grupo evidencia claramente a partilha de uma origem recente comum. Quando com base nos STRs autossómicos foram inferidas proporções de mistura em diferentes grupos Roma, em todos se verificou estar consideravelmente diluído o componente atribuível à origem ancestral na Índia. Comparativamente a este, o componente europeu teve tendência a ser superior, atingindo o valor mais elevado entre os ciganos portugueses. Portanto, não obstante algumas barreiras ao fluxo génico, foram substanciais nos grupos Roma os aportes genéticos resultantes de mistura com populações europeias. Foi analisado ainda o padrão de desequilíbrio de ligação (LD) no cromossoma X. Na população cigana portuguesa detectaram-se algumas associações significativas entre STRs e um nível de LD mais elevado do que o encontrado na população portuguesa não-cigana. O padrão de LD nos ciganos enquadra-se bem na sua história marcada por mistura populacional e efeitos de deriva. Em suma, a análise de marcadores moleculares permitiu inferir alguns aspectos importantes e reforçar outros da história demográfica dos ciganos portugueses. ABSTRACT: In this study the Portuguese Gypsies were characterized for autosomal and X-chromosome microsatellites, with the aim of inferring some aspects of their population history. Viewing that, a sample of 127 unrelated individuals belonging to 18 different communities spread over 11 districts from Portugal was studied. For both for autosomal and X-chromosome STRs, Gypsies showed reduced levels of intra-population diversity compared to the non-Gypsy Portuguese population. Reduced diversity can be explained by the combined effects of genetic drift, induced by small population size, and endogamic practices which are traditional in the majority of Roma groups. The evaluation of inter-population differentiation revealed that the average distances between Gypsy populations were much higher than the observed between non-Gypsy European populations. Such result reflects again that strong drift effects have modulated the genetic profile of Gypsy groups, and further evidences some limitation to gene flow between Gypsies and their host populations, being also understandable given their socio-cultural traditions. In the context of the European diversity, all Gypsy groups tend to cluster together. The coherence of the cluster clearly represents a signature of the common origin of the Gypsies. When autosomal STRs were used to estimate admixture proportions in different Roma groups, the component ascribed to the ancestral origin in India was considerably diluted in every group. Comparatively, the European ancestrality was slightly higher, demonstrating that despite some barriers to gene flow, genetic inputs resulting from admixture with Europeans contributed substantially to the gene pool of current Roma. It was also addressed the pattern of linkage disequilibrium (LD) in the X chromosome. Within the Portuguese Gypsies some significant associations between STRs were detected and the level of LD was higher than the observed within the Portuguese non-Gypsies. This pattern of LD fits quite well in the Gypsy history of population admixture and strong drift effects. In summary, the analysis of molecular markers has provided important insights into the demographic history of the Gypsies.

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Almeida, Tânia Raquel Domingues. "Molecular regulation of cork development: the QsMYB1 gene". Doctoral thesis, Universidade de Aveiro, 2013. http://hdl.handle.net/10773/12256.

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Resumen

Doutoramento em Biologia
Cork is a natural and renewable material obtained as a sustainable product from cork oak (Quercus suber L.) during the tree’s life. Cork formation is a secondary growth derived process resulting from the activity of cork cambium. However, despite its economic importance, only very limited knowledge is available about the molecular mechanisms underlying the regulation of cork biosynthesis and differentiation. The work of this PhD thesis was focused on the characterization of an R2R3-MYB transcription factor, the QsMYB1, previously identified as being putatively involved in the regulatory network of cork development. The first chapter introduces cork oak and secondary growth, with special emphasis on cork biosynthesis. Some findings concerning transcriptional regulation of secondary growth are also described. The MYB superfamily and the R2R3-MYB family (in particular) of transcription factors are introduced. Chapter II presents the complete QsMYB1 gene structure with the identification of two alternative splicing variants. Moreover, the results of QsMYB1 expression analysis, done by real-time PCR, in several organs and tissues of cork oak are also reported. Chapter III is dedicate to study the influence of abiotic stresses (drought and high temperature) and recovery on QsMYB1 expression levels. The effects of exogenous application of phytohormones on the expression profile of QsMYB1 gene are evaluated on Chapter IV. Chapter V describes the reverse genetic approach to obtain transgenic lines of Populus tremula L. x tremulóides Michx. overexpressing the QsMYB1 gene. Finally, in Chapter VI the final conclusions of this PhD thesis are presented and some future research directions are pointed based on the obtained results.
A cortiça é um material natural e renovável obtido de forma sustentável a partir do sobreiro (Quercus suber L.) ao longo do ciclo de vida da árvore. A formação da cortiça deriva do crescimento secundário resultante da atividade do câmbio cortical. No entanto, apesar da sua importância económica, o conhecimento dos mecanismos moleculares subjacentes à regulação do desenvolvimento e diferenciação da cortiça é ainda limitado. O trabalho desta Tese de Doutoramento teve como objetivo a caracterização de um fator de transcrição da família R2R3-MYB, o QsMYB1, anteriormente identificado como estando potencialmente envolvido na rede regulatória do desenvolvimento da cortiça. O primeiro capítulo faz uma introdução ao sobreiro e ao crescimento secundário, com especial ênfase na biossíntese da cortiça. São ainda descritos alguns estudos referentes à regulação do crescimento secundário ao nível da transcrição. São também introduzidas a superfamília de fatores de transcrição MYB e a família R2R3-MYB (em particular). No Capítulo II é apresentada a estrutura completa do gene QsMYB1, com identificação de duas variantes de “splicing” alternativo. São ainda descritos os resultados da análise de expressão do gene QsMYB1, realizada por PCR em tempo real, em vários tecidos e orgãos de sobreiro. O Capítulo III é dedicado ao estudo da influência de stresses abióticos (seca e temperatura elevada) e recuperação, nos níveis de expressão do gene QsMYB1. Os efeitos da aplicação exógena de fito-hormonas, no perfil de expressão de QsMYB1, são apresentados no Capítulo IV. No Capítulo V é descrita a abordagem de genética reversa com vista à sobreexpressão do gene QsMYB1 em linhas transgénicas de Populus tremula L. x tremulóides Michx. Finalmente, no Capítulo VI são apresentadas as conclusões finais desta Tese e são apontadas algumas linhas de investigação futura baseadas nos resultados obtidos.

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Paredes, João Cancela de Amorim Falcão. "Molecular study of cell degeneration and evolution induced by mRNA mistranslation". Doctoral thesis, Universidade de Aveiro, 2010. http://hdl.handle.net/10773/970.

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Doutoramento em Biologia
As proteínas existentes nas células são produzidas pelo mecanismo de tradução do mRNA, no qual a informação genética contida nos genes é descodificada em cadeias polipeptídicas. O código genético, que define as regras de descodificação do genoma, minimiza os erros de tradução do mRNA, garantindo a síntese de proteínas com elevada fidelidade. Esta é essencial para a estabilidade do proteoma e para a manutenção e funcionamento dos processos celulares. Em condições fisiológicas normais, os erros da tradução do mRNA ocorrem com frequências que variam de 10-3 a 10-5 erros por codão descodificado. Situações que aumentam este erro basal geralmente estão associadas ao envelhecimento, stresse e a doenças; no entanto, em certos organismos o código genético é traduzido naturalmente com elevado erro, indicando que a síntese de proteínas aberrantes pode de algum modo ser vantajosa. A fim de estudar a resposta celular aos erros de tradução do mRNA, construímos leveduras que incorporam serina no proteoma em resposta a um codão de leucina, usando a expressão constitutiva de um tRNASer mutante. Este fenómeno genético artificial provocou uma forte diminuição da esporulação, da viabilidade e da eficiência de mating, afectando imensamente a reprodução sexual da levedura. Observou-se também uma grande heterogeneidade no tamanho e na forma das células e elevada instabilidade genómica, com o aparecimento de populações poliplóides e aneuplóides. No sentido de clarificar as bases celulares e moleculares daqueles fenótipos e compreender melhor a biologia do erro de tradução do mRNA, construímos também células de levedura que inserem serina em resposta a um codão de leucina de modo indutível e controlado. Utilizaram-se perfis de mRNA total e de mRNA associado a polissomas para elucidar a resposta celular ao erro de tradução do mRNA. Observou-se a indução de genes envolvidos na resposta ao stresse geral, stresse oxidativo e na unfolded protein response (UPR). Um aumento significativo de espécies reactivas de oxigénio (ROS) e um forte impacto negativo na capacidade das células pós-mitóticas re-iniciarem o crescimento foram também observados. Este fenótipo de perda de viabilidade celular foi resgatado por scavangers de ROS, indicando que o stresse oxidativo é a principal causa de morte celular causada pelos erros de tradução. Este estudo levanta a hipótese de que o stresse oxidativo e a acumulação de ROS, ao invés do colapso súbito do proteoma, são as principais causas da degeneração celular e das doenças humanas associadas aos erros de tradução do genoma. ABSTRACT: Proteins are synthesized through the mechanism of translation, which uses the genetic code to transform the nucleic acids based information of the genome into the amino acids based information of the proteome. The genetic code evolved in such a manner that translational errors are kept to a minimum and even when they occur their impact is minimized by similar chemical properties of the amino acids. Protein synthesis fidelity is essential for proteome stability and for functional maintenance of cellular processes. Indeed, under normal physiological conditions, mistranslation occurs at frequencies that range from 10-3 to 10-5 errors per codon decoded. Situations where this basal error frequency increases are usually associated to aging and disease. However, there are some organisms where genetic code errors occur naturally at high level, suggesting that mRNA mistranslation can somehow be beneficial. In order to study the cellular response to mRNA mistranslation, we have engineered single codon mistranslation in yeast cells, using constitutive expression of mutant tRNASer genes. These mistranslating strains inserted serines at leucine-CUG sites on a proteome wide scale due to competition between the wild type tRNALeu with the mutant tRNASer. Such mistranslation event decreased yeast sporulation, viability and mating efficiencies sharply and affected sexual reproduction strongly. High heterogeneity in cell size and shape and high instability in the genome were also observed, with the appearance of some polyploid or aneuploid cell populations. To further study the cellular and molecular basis of those phenotypes and the biology of mRNA mistranslation, we have also engineered inducible mRNA misreading in yeast and used total mRNA and polysome associated mRNA profiling to determine whether codon misreading affects gene expression. Induced mistranslation up-regulated genes involved in the general stress response, oxidative stress and in the unfolded protein response (UPR). A significant increase in reactive oxygen species (ROS) and a strong negative impact on the capacity of post-mitotic cells to re-initiate growth in fresh media were also observed. This cell viability phenotype was rescued by scavengers of ROS, indicating that oxidative stress is the main cause of cell death caused by mRNA mistranslation. This study provides strong support for the hypothesis that oxidative stress and ROS accumulation, rather than sudden proteome collapse or major proteome disruption, are the main cause of the cellular degeneration observed in human diseases associated mRNA mistranslation.

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Rodenbusch, Rodrigo. "Análise de SNPS em genes de pigmentação humana em indivíduos com alto ou baixo conteúdo de melanina". Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2014. http://hdl.handle.net/10923/7245.

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The understanding of gene function in the externally visible characteristcs (EVC) expression has several uses in human population evolution studies or in forensic investigations. To this last, some effort has been done to discover an efficient and easy model for prediction of skin and eye color in humans. The obvious advantage of the prediction of such EVCs through the use of DNA is to be incorporated as routine in forensic labs and to be applied to police investigations. In our study we combined the genotyping of eight SNPs in pigment-related genes (rs4778138 - OCA2; rs12913832 - HERC2; rs16891982 - SLC45A2; rs8045560 - MC1R; rs1426654 - SLC24A5; rs2733832 - TYRP1; rs1042602 - TYR; rs916977 - HERC2) with different analytical approaches. Considering this SNP panel we evaluated allele frequencies from HAPMAP and ALFRED data obtained from subjects with High Melanin Content (HMC; from African populations), and Low Melanin Content (LMC; from European populations) and defined the alleles H (to predict HMC subjects) and alleles L (to predict LMC subjects). The cumulative distribution of alleles H and alleles L in two phenotypically different color groups of 134 South Brazilian subjects showed that 82% of HMC subjects (N = 61) had eight or more allele H and 100% of LMC subjects (N = 73) had less than eight allele H, with accuracy value of 96. 3%.We performed other analyses using AUC (Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve), PGL (Calculation of Pathway Genetic Load), and GP (Genetic Probability) approaches. The AUC was 0. 99 in predicting both HMC and LMC phenotypes; PGL showed the eight SNPs panel had 93% of concordance between genotype and HMC or LMC phenotypes; and GP approach showed 91% of concordance between prediction and HMC or LMC phenotypes. Our high-throughput genotyping technology combined with different analytical approaches reached very high accuracy to predict the extreme phenotypes of human pigmentation. We believe this forensic DNA phenotyping (FDP) technique would be particularly useful in cases in which the genetic profiles of crime scenes were not found in the DNA data banks or to help classify degraded cadavers skeletons, or biological clues of dismissed people.
A compreensão da função e expressão dos genes envolvidos nos traços externamente visíveis (EVC; do inglês externally visible characteristics) têm sido amplamente utilizada em vários estudos de evolução humana e investigações forenses. Para este último propósito, vários esforços têm sido feitos para descobrir um modelo eficiente e fácil para a predição da cor da pele e dos olhos em seres humanos. A vantagem óbvia da predição de tais EVCs, através da utilização do DNA, é sua incorporação na rotina em laboratórios forenses, sendo assim aplicada em investigações policiais. Em nosso estudo, relacionamos o genótipo de oito SNPs em genes relacionados com a pigmentação (rs4778138 - OCA2; rs12913832 - HERC2; rs16891982 - SLC45A2; rs8045560 - MC1R; rs1426654 - SLC24A5; rs2733832 - TYRP1; rs1042602 - TYR; rs916977 - HERC2) com diferentes abordagens analíticas. Este painel de SNPs considerou as frequências alélicas obtidas de dados do HapMap e Alfred a partir de indivíduos com Alto Conteúdo de Melanina (HMC; do inglês High Melanin Content; a partir de populações africanas), e Baixo Conteúdo de Melanina (LMC; do inglês Low Melanin Content; a partir de populações europeias) e definiu os alelos H (para predizer os HMC) e alelos L (para predizer os LMC). A distribuição cumulativa dos alelos H e L nos dois grupos com características de pigmentação fenotipicamente distintas, dos 134 indivíduos da nossa população, mostrou que 82% dos indivíduos HMC (N = 61) tinham oito ou mais alelos H e 100% dos indivíduos de LMC (N = 73) tinham menos de oito alelo H, com o valor de precisão de 96,3%.Outras abordagens como AUC (do inglês; Area Under the Receiver Operating Characteristic Curve), cálculo de PGL (do inglês; Pathway Genetic Load) e GP (do inglês; Genetic Probability) foram realizadas. A análise AUC foi de 0,99 tanto para a predição fenotípica dos HMC quanto LMC; as análises PGL, para o painel com 8 SNPs, teve 93% de concordância genótipo-fenótipo nos HMC ou LMC; e a abordagem GP mostrou 91% de concordância para predição dos fenótipos HMC e LMC. Nossa tecnologia de genotipagem de alto rendimento, combinada com diferentes abordagens analíticas, chegou a uma precisão muito alta para predizer os fenótipos extremos de pigmentação humana. Acreditamos que esta técnica de fenotipagem forense pelo DNA (FDP; do inglês forensic DNA phenotyping), seria particularmente útil nos casos em que os perfis genéticos de locais de crime não fossem encontrados no bancos de dados de DNA ou para ajudar a classificar cadáveres degradados, esqueletos, ou vestígios biológicos de pessoas desaparecidas.

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Jan, Hikmat Ullah. "Efficiency of QTL mapping based on least squares, maximum likelihood, and Bayesian approaches under high marker density". Universidade Federal de Viçosa, 2016. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/7521.

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Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-20T08:36:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 855396 bytes, checksum: 65fccf789cd10380472c42953c3e14dd (MD5)
Made available in DSpace on 2016-04-20T08:36:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 855396 bytes, checksum: 65fccf789cd10380472c42953c3e14dd (MD5) Previous issue date: 2016-02-19
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Os principais estudos sobre eficiência de mapeamento de locos determinantes de caracteres quantitativos (QTLs) assumiram poucos QTLs de efeito maior, nenhum gene de efeito menor, e reduzida densidade de marcadores moleculares. Este estudo avaliou a eficiência das análises de quadrados mínimos (regressão), de máxima verossimilhança e Bayesiana para o mapeamento de QTLs, assumindo alta densidade de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), zero a três QTLs e oito ou nove genes de efeitos menores em cada cromossomo, e reduzida proporção da variância fenotípica explicada por cada QTL (reduzida herdabilidade de QTL). Foram também avaliadas a influência do grau de dominância, da herdabilidade, do tamanho amostral, da densidade de marcadores e do efeito de QTL, e as conseqüências do ajuste de modelo aditivo-dominante na ausência de dominância, no mapeamento de QTLs. Foram simuladas 50 amostras de 400 indivíduos F2, os quais foram genotipados em relação a 1000 SNPs (densidade média de um SNP a cada centimorgan) e fenotipados para três caracteres apresentando distintos graus de dominância (dominância unidirecional positiva, dominância bidirecional e ausência de dominância). Para cada característica foi assumido controle por 12 QTLs e 88 genes de efeito menor, distribuídos nas regiões cromossômicas cobertas pelos SNPs (10 cromossomos). As herdabilidade foram 0.3 e 0.7 e os tamanhos amostrais foram 200 e 400. As análises de máxima verossimilhança e de regressão foram equivalentes quanto à eficiência. O mapeamento de QTL não é influenciado pelo grau de dominância, mas é afetado pela herdabilidade, pelo tamanho amostral, pela densidade de marcas e pelo efeito de QTL. A análise Bayesiana apresentou maior poder de detecção de QTLs, maior precisão de mapeamento, e maior número de falso-positivos em comparação às análises de máxima verossimilhança e de regressão. O fator que mais afeta o mapeamento de QTLs é o efeito do QTL.
Previous studies on quantitative trait loci (QTL) mapping efficiency assumed few QTLs of higher effect, no minor genes, and low marker density. This study assessed the efficiency of the least squares, maximum likelihood, and Bayesian approaches for QTL mapping assuming high single nucleotide polymorphism (SNP) density, zero to three QTLs and eight or nine minor genes per chromosome, and low proportion of the phenotypic variance explained by each QTL. We simulated 50 samples of 400 F2 individuals, which were genotyped for 1,000 SNPs (average density of one SNP/centiMorgan) and phenotyped for three traits controlled by 12 QTLs and 88 minor genes. The genes were randomly distributed in the regions covered by the SNPs along 10 chromosomes. The heritabilities were 0.3 and 0.7, and the sample sizes were 200 and 400. The least squares and maximum likelihood approaches were equivalent. The QTL mapping efficiency was not influenced by the degree of dominance but it was affected by heritability, sample size, marker density, and QTL effect. The Bayesian analysis showed greater power of QTL detection, mapping precision, and number of false- positives compared to the least squares and maximum likelihood approaches. The most important factor affecting the QTL mapping efficiency is the QTL effect.

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Faria, Gislâyne Maira Pereira de. "Aplicação da seleção genômica ampla em populações autógamas e alógamas". Universidade Federal de Viçosa, 2017. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/11663.

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Made available in DSpace on 2017-09-01T15:36:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto compelto.pdf: 1217833 bytes, checksum: dd513c056c18e5f4c6c240e4782f8f2b (MD5) Previous issue date: 2017-03-16
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Com o desenvolvimento da biologia molecular, foi possível o desenvolvimento de metodologias que reduziriam o tempo, para obtenção de genótipos superiores. A seleção não se basearia em apenas dados fenotípicos, com o desenvolvimento da genotipagem, seria possível o estudo completo do genoma da espécie em trabalho, desta forma, ter uma maior utilização destas informações genéticas, geradas no melhoramento de plantas. Essa nova metodologia desenvolvida em 2001 foi denominada de Seleção Genômica Ampla (GWS), que foi criada para predizer o fenótipo futuro de uma população baseando em informações de marcadores moleculares, cujos os efeitos genéticos aditivos, que estes explicam, já foram previamente estimados. A seleção genômica ampla tornou-se uma metodologia importante no melhoramento genético de plantas e animais o que pode permitir melhores acurácias e seleção precoce. Com isto, o objetivo deste trabalho em primeiro momento foi realizar um estudo sobre os principais fatores responsáveis por modificarem a estrutura genética de uma população tendo em vista o acasalamento ao acaso e sucessivas gerações de autofecundação e também avaliar a eficácia do processo de simulação em gerar as populações avaliadas. Foram simulados dados de indivíduos e de informações moleculares das populações F 2 , derivadas de genitores homozigotos contrastantes. As populações geradas foram de tamanho de 1000 indivíduos e considerou-se seis grupos de ligação com níveis de saturação de 201 marcas moleculares, totalizando 1206 marcadores codominantes. As populações foram submetidas a cinco gerações de autofecundação e acasalamento ao acaso. Para as populações avaliadas, a estrutura genética foi preservada durante o processo de simulação, tornando assim, a simulação um método eficaz. Fatores como o desequilíbrio de ligação, dominância, endogamia, afetaram de forma diferencial, quanto ao tipo de sistema de acasalamento. Na segunda etapa do trabalho foram simuladas populações com estrutura populacional apresentando dados fenotípicos e genotípicos de cada indivíduo dentro da população, imitando alguns dos cenários em que a Seleção Genômica Ampla é aplicada. Com isso, o trabalho teve como objetivo avaliar a acurácia da seleção genômica em diferentes cenários de distribuição de efeitos genéticos e populações de validação. Uma vez geradas as populações na primeira etapa com um número de 1000 indivíduos, para os dados genotípicos considerou-se 1206 locos marcadores, sendo 30 locos que controlava o caráter com herdabilidade de 30 e 60 % e grau médio de dominância de 0.5 e 1.0. Distintos efeitos de QTL foram simulados, um de acordo com uma distribuição uniforme, outro com distribuição binomial e outro com uma distribuição exponencial com o objetivo de retratar diferentes arquiteturas genéticas. A metodologia RR-BLUP foi utilizada a fim de se computar a acurácia da seleção genômica nos diferentes cenários estabelecidos. A simulação foi eficiente em preservar a estrutura genética das populações, os resultados mostram que o efeito de dominância age como um agente perturbador e que a ação do ambiente também afeta o processo seletivo, para fins de recomendação de uso da GWS.
The selection would not be based on phenotypic data only, with the development of genotyping, it would be possible to study the genome of the species in the work, thus, to have a greater use of this genetic information generated in the breeding of plants. This new methodology, developed in 2001, was called Genomic Wide Selection (GWS), which was created to predict the phenotype of a population based on information from molecular markers, whose additive genetic effects, which they explain, have already been previously estimated. Broad genomic selection has become an important methodology in the genetic improvement of plants and animals, which may allow better accuracy and early selection. The main objective of this work was to study the main factors responsible for modifying the genetic structure of a population in order to randomly mating and successive generations of self- fertilization, as well as to evaluate the effectiveness of the simulation process in generating The populations evaluated. Data from individuals and molecular information of the F 2 populations derived from contrasting homozygous parents were simulated. The populations generated were of 1000 individuals and six binding groups were considered with saturation levels of 201 molecular tags, totaling 1206 codominant markers. The populations were submitted to five generations of self-fertilization and random mating. For the populations evaluated, the genetic structure was preserved during the simulation process, thus making simulation an effective method. Factors such as linkage disequilibrium, dominance, inbreeding, affected differentially, as to the type of mating system. In the second stage of the work, populations with population structure were simulated presenting phenotypic and genotypic data of each individual within the population, imitating some of the scenarios in which the broad genomic selection is applied. Thus, the objective of this work was to evaluate the accuracy of genomic selection in different scenarios of distribution of genetic effects and validation populations. Once the populations in the first stage with a number of 1000 individuals were generated, 1206 loco markers were considered for the genotypic data, 30 of which were loco that controlled the heritability of 30 and 60% and a mean degree of dominance of 0.5 and 1.0. Different effects of QTL were simulated, one according to a uniform distribution, another with binomial distribution and another with an exponential distribution aiming to portray different genetic architectures. The RR-BLUP methodology was used in order to compute the accuracy of the genomic selection in the different established scenarios. The simulation was efficient in preserving the genetic structure of the populations, the results show that the dominance effect acts as a disturbing agent and that the action of the environment also affects the selection process, for purposes of GWS use recommendation.

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Oliveira, Gina Camilo de. "Clonagem e caracterização do fator inibitório de macrófago do fungo Paracoccidioides brasiliensis". reponame:Repositório Institucional da UnB, 2006. http://repositorio.unb.br/handle/10482/5790.

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Resumen

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2006.
Submitted by samara castro (sammy_roberta7@hotmail.com) on 2010-10-24T17:57:02Z No. of bitstreams: 1 2006-Gina Camilo de Oliveira.pdf: 655367 bytes, checksum: 40e91312e15ca06d389e0b1649a314b9 (MD5)
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O fungo dimórfico Paracoccidioides brasiliensis é o agente etiológico da paracoccidioidomicose (PCM), uma micose sistêmica e endêmica na América Latina. Estima-se que 10 milhões de indivíduos estejam infectados, mas apenas 2% desenvolvem a doença. A forma miceliana encontrada na natureza constitui a fase infectiva que diferencia para a forma de levedura no pulmão humano estabelecendo a infecção. O fungo promove uma resposta imunitária mediada por células e uma resposta inflamatória no pulmão. Os macrófagos são células efetoras do sistema imunitário que reconhecem e eliminam patógenos invasores. Inicialmente identificada como uma citocina de linfócitos T, o fator inibitório de macrófago (MIF) é também uma citocina do macrófago e atua como um importante mediador da inflamação, devido às suas características imunomodulatórias. MIF apresenta atividade enzimática de tautomerase, conferida pelo aminoácido Prolina conservado na posição 2 e também tem uma participação importante no ciclo celular por meio da inibição da apoptose ao inativar p53. O Projeto Genoma Funcional e Diferencial de P. brasiliensis realizado no Laboratório de Biologia Molecular da Universidade de Brasília junto à Rede Genoma Centro-Oeste permitiu a geração de ESTs (do inglês “Expressed Sequence Tags”) a partir de bibliotecas de cDNA das formas de micélio e levedura de P. brasiliensis. Não há relatos na literatura de homólogos de MIF em fungos, porém, no genoma do P. brasiliensis foi descrito uma seqüência que possui similaridade gênica significativa com o MIF de mamíferos, indicando um envolvimento potencial na patogênese do P .brasiliensis. O fragmento encontrado (contig 1528: pbmif) é de aproximadamente 400 pares de bases, diferencialmente expresso na fase de levedura de P.brasiliensis. MIF é uma proteína que possui homólogos em plantas, nematóides e vertebrados. O objetivo desse trabalho é identificar e caracterizar possíveis clones de cDNA (PbMIF) homólogos a MIF isolado da biblioteca de P. brasiliensis. Um clone de cDNA de MIF foi seqüenciado e identificado como similar a MIF humano. A expressão do mRNA é diferencial em levedura, como detectado por Northern Blot. A sequência de aminoácidos de MIF do P. brasiliensis tem similaridade de 56% (32% de identidade) com o MIF de Mus musculus. Para a produção da proteína recombinante em Escherichia coli, o cDNA de MIF foi clonado no vetor de expressão (pET21). A detecção e caracterização de um homólogo de fator inibitório de macrófago (MIF) no P. brasiliensis é um relato inédito descrito em fungos e o papel de MIF mimetizando uma citocina pode revelar novos fatores de virulência para a infecção pelo P. brasiliensis. Portanto, pela coevolução com o sistema imunitário, patógenos poderiam desenvolver relevantes estratégias para evasão das defesas do hospedeiro desenvolvendo moléculas homólogas a citocinas, como seria o caso do MIF de P. brasiliensis. O papel do MIF de P.brasiliensis é desconhecido, assim sua caracterização favorecerá o desenvolvimento de informações sobre o mecanismo de patogenicidade do fungo . _________________________________________________________________________________ ABSTRACT
The dimorphic fungus Paracoccidioides brasiliensis is the etiological agent of paracoccidioidomycosis (PCM), a fungal disease that is endemic in Latin America. This infection affects 10 million individuals but only 2% develop the disease. The mycelia found in nature constitute the infective phase that differentiates to yeast form in the human lungs to establish the infection. The fungus promotes a cell mediated immune and inflammatory pulmonary response. Macrophages are pivotal effector cells of the innate immune system, recognizing and eliminating invasive microbial pathogens. Initially identified as a T-cell cytokine, the Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) is also a macrophage cytokine and an important mediator of inflammation, it has immunomodulatory characteristics. MIF has enzymatic activity relationed to the Nterminal proline residue in the position 2 and MIF can inhibit apoptosis through the inactivity of p53. From the project “Functional and Differential Genome of P. brasiliensis” ESTs (Expressed Sequence tags) database we discover a putative fungi homologue to the mammalian MIF. There are no previous reports in the literature of MIF homologues in fungi, however the sequence described in the genome of P. brasiliensis has sequence similarity to MIF genes found in animal, nematode and plant. The aim of this work is to investigate the gene encoded by the Pb MIF homolog in order to characterize its coding sequence and predicted polypeptide and characterize the differential expression. A MIF related cDNA clone was fully sequenced and the predicted MIF homolog was identified. The mRNA expression is restricted to the yeast form, as detected by Northern Blot. Sequence analysis indicated that the predicted amino acid sequence has a similarity of 56% (32% identical) with the MIF of Mus musculus. The Pb MIF CDS (coding sequence) was subcloned into bacterial expression vector (pET21) fused to a histidine tag. This CDS was expressed in Escherichia coli to produce recombinant protein. We have detected and characterized a Pb MIF putative homolog. This is the first report of a MIF homolog among fungi and its role as a cytokine mimetic may reveal new virulent factors for P. brasiliensis infection. During the co-evolution with immune system, pathogens must had developed relevant strategies of evasion of host response. Though incorporating cytokines homologs may be a successful strategy for P. brasiliensis infection. The Pb MIF homolog may be part of an unknown strategy for P. brasiliensis survival inside the mammalian host.

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Batista, Vinícius Daniel Ferreira. "Construção de um vetor para expressão heteróloga em Pichia pastoris". reponame:Repositório Institucional da UnB, 2012. http://repositorio.unb.br/handle/10482/11731.

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Resumen

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2012.
Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-11-28T12:00:31Z No. of bitstreams: 1 2012_ViniciusDanielFerreiraBatista.pdf: 1512646 bytes, checksum: e4fb096aa8b82d64fbc0c08c52e23512 (MD5)
Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2012-12-03T14:18:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_ViniciusDanielFerreiraBatista.pdf: 1512646 bytes, checksum: e4fb096aa8b82d64fbc0c08c52e23512 (MD5)
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O sistema de expressão Pichia pastoris tem sido utilizado com sucesso na produção de uma grande variedade de proteínas heterólogas. Esta levedura reúne características como fácil manipulação molecular, crescimento celular rápido, capacidade de realizar modificações pós-traducionais e secreção eficiente de proteínas, além de atingir altas densidades celulares com grande produção da proteína heteróloga. O objetivo deste estudo foi construir um vetor de expressão em P. pastoris para produção de proteína heteróloga, reunindo elementos genéticos que possibilitem a seleção de transformantes com multicópias integradas, buscando aumentar o nível de expressão. Nesse sentido, foi utilizado o vetor comercial pPICZαA (Invitrogen) que teve seu gene de resistência Sh ble substituído pelo gene kanR, derivado do transposon Tn 903, alterando a resistência ao antibiótico zeocina para o antibiótico G418. Elevadas concentrações deste antibiótico podem ser utilizadas para a seleção de clones com alto número de cópias integradas. Após troca da marca de seleção, foram clonados no vetor um promotor do gene constitutivo glicolítico PGK1 (PPGK1) de P. pastoris, um sinal de secreção fator α de acasalamento de Saccharomyces cerevisiae - com códons otimizados para P. pastoris - e um novo sítio múltiplo de clonagem. Para analisar a capacidade de produzir uma proteína heteróloga, o gene da pró-quimosina B de Bos taurus foi clonado no vetor e mostrou-se capaz de coagular leite no teste de atividade. Novos elementos genéticos podem ser clonados no vetor a fim de aumentar a frequência de integração genômica, como uma porção repetitiva do DNA de P. pastoris - que servirá como alvo da integração - e o gene defectivo leu2-d de S. cerevisiae para uso de marca auxotrófica. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT
The Pichia pastoris expression system has been successfully used in the production of a wide variety of heterologous proteins. This yeast combines characteristics such as easy molecular handling, rapid cell growth, capacity to carry out post-translational modifications and efficient secretion. In addition, it can achieve high cell densities with high production of the heterologous protein. The aim of this study was to create a new P. pastoris vector using genetic elements that allow the selection of multicopy transformants aiming to increase heterologous expression. We used the commercial vector pPICZαA (Invitrogen) as a platform to replace the native Sh ble gene by kanR , derived from transposon Tn5, and, thus, changing antibiotic resistance from zeocin to G418. High concentrations of the former antibiotic can be used to select clones with high number of integrated copies. Next, we cloned the promoter of the constitutive glycolytic gene PGK1 (PPGK1) from P. pastoris, the α mating factor signal sequence of Saccharomyces cerevisiae - with codons optimized for P. pastoris - and a new multiple cloning site. To analyze the ability to produce a heterologous protein, the bovine chymosin B was cloned and successfully secreted as judged by milk coagulating test. Furthermore, we began the construction of a new vector based on the auxotrophic leu-2d marker from S. cerevisiae which should enable the selection of multiple events of integration in the genome of a LEU2-null strain of P. pastoris.

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Andrade, Rosângela Vieira de. "Análise do transcriptoma e da expressão diferencial de genes de micélio e levedura de Paracoccidioides brasiliensis". reponame:Repositório Institucional da UnB, 2006. http://repositorio.unb.br/handle/10482/3748.

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Resumen

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2006.
Submitted by Priscilla Brito Oliveira (priscilla.b.oliveira@gmail.com) on 2009-11-13T22:24:33Z No. of bitstreams: 1 2006_Rosângela Vieira de Andrade.pdf: 1964649 bytes, checksum: 02d5cbead8298816e470ce3372c02313 (MD5)
Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2010-02-25T23:59:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Rosângela Vieira de Andrade.pdf: 1964649 bytes, checksum: 02d5cbead8298816e470ce3372c02313 (MD5)
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Paracoccidioides brasiliensis, um fungo dimórfico, termo-regulado, é o agente etiológico da paracoccidioidomicose (PCM), uma micose sistêmica de alta prevalência na América Latina. Presume-se que a sua patogenicidade seja uma conseqüência do processo de diferenciação celular, da forma de micélio para a de levedura, que ocorre neste fungo durante a infecção humana. O presente trabalho iniciou-se com o Projeto Genoma Funcional e Diferencial do P. brasiliensis, no qual foram seqüenciadas 25.597 Expressed Sequence Tags (ESTs). Destas, 19.718 ESTs possuíam PHRED 20 e foram agrupadas em 6.022 grupos (genes), dos quais 2,655 eram contigs (grupos com mais de uma EST) e 3,367 eram singlets (grupos com apenas uma EST). Os 6,022 grupos representam aproximadamente 80% do genoma estimado deste fungo. Estes genes foram anotados e categorizados funcionalmente (MIPS) de acordo com o processo celular no qual estavam envolvidos: virulência (28 genes), genes potencialmente envolvidos em alvos para drogas (17 genes), vias de transdução sinal (37 genes), transportadores tipo MDR (multidrugs resistence) (20 genes), genes de choque térmico (48 genes) e estresse oxidativo (23 genes), entre outros. Genes diferencialmente expressos em células de micélio e levedura foram identificados usando duas metodologias de análises da expressão gênica em larga escala: subtração in silico e microarranjos de cDNA. A subtração in silico foi baseada no cálculo do número de ESTs de micélio e de levedura em cada contig. Contigs formados por 100% da mesma forma ou por um número maior de ESTs em uma das fases foram considerados diferencialmente expressos. Esta análise indicou 417 genes diferencialmente expressos, sendo 178 de micélio e 239 de levedura. Para os microarranjos de cDNA, 1.152 genes foram selecionados, sendo 565 contigs formados por 6 ou mais ESTs de micélio e levedura, 39 contigs formados por 2, 3, 4 ou 5 ESTs exclusivos de micélio ou levedura e 548 singlets que apresentavam anotação funcional. Nos microarranjos, os fragmentos de cDNA foram amplificados por PCR e hibridados com RNA total das duas formas. Destes genes, 328 mostraram-se diferencialmente expressos, sendo 58 de micélio e 270 de levedura. Estas duas estratégias identificaram 110 genes diferencialmente expressos em micélio e levedura. Dentre estes, foram selecionados para análise os genes classificados em três categorias MIPS. Na categoria metabolismo, foram selecionados 12 genes, sendo 5 (icdh, scs, tal, adk, udk) mais expressos em micélio e 7 (icl, acylcs, pdh, adh, papsr, aca, amt) mais expressos em levedura. Na categoria metabolismo e transporte de íons, foram selecionados 5 genes, sendo 2 (chs, ats) da via de síntese de novo de cisteína do metabolismo de enxofre e 3 (isc, ktp, pct) envolvidos no transporte de íons. Na categoria controle e organização celular - parede celular, membrana e citoesqueleto, foram selecionados 5 genes: ags, pcd, vrp bgl e hex. O caráter diferencial de todos estes genes foi confirmado por experimentos de northern blot. Estas análises mostraram que: células de micélio apresentam uma tendência para o metabolismo aeróbico enquanto um metabolismo anaeróbico é sugerido para as células de levedura; a super expressão em levedura dos genes que codificam as enzimas ATP sulfurilase, APS quinase, PAPS redutase e coline sulfatase, pertencentes ao metabolismo de enxofre, mostram a importância do enxofre orgânico para os processos de crescimento e diferenciação deste patógeno; a expressão diferencial de genes envolvidos na organização celular é essenciais para o processo de diferenciação celular, virulência e conseqüentemente patogenicidade de P. brasiliensis. Neste contexto, o conjunto das informações geradas neste trabalho fornece novos caminhos para o entendimento da transição dimórfica do P. brasiliensis, bem como identifica novos genes importantes para a virulência/patogenicidade deste fungo, que constituem potenciais alvos para o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas.

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Santos, Marcos Gonzaga dos. "Papel funcional da fosfatidilserina de Leishmania (Leishmania) amazonensis na infecção de macrófagos". Universidade de São Paulo, 2008. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-23092008-132202/.

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A caracterização da síntese de fosfatidilserina (PS) em Leishmania (Leishmania) amazonensis mostrou a presença de uma única via de síntese de PS, pela ação da enzima fosfatidilserina sintetase II (PSS II). A seqüência que codifica essa enzima, presente em cópia única no genoma, apresentou uma identidade de 38% e uma similaridade de 55% com seu homólogo humano. Tentativas de se nocautear esse gene não foram bem sucedidas, indicando que o gene é essencial à sobrevivência do parasita. Ensaios de incorporação de fosfolipídios marcados mostraram que o parasita captura do meio fosfatidiletanolamina, substrato da PSS II, mas a incorporação de PS se dá em uma taxa muito baixa. Também foi feita a caracterização do transporte de serina pelo parasita, que mostrou a existência de um único transportador com pH ótimo de 7,5, dependente da aitvidade metabólica da célula, com um Km de 0,826 +/- 0,183 mM e Vmax de 355,37 +/- 19,41 pmol/min * 2 * 107 promastigotas, que se mantém ativo a até 45 oC.
The characterization of phosphatidylserine (PS) synthesis in Leishmania (Leishmania) amazonensis revealed a single pathway that presented phosphatidylserine synthase II (PSS II) activity. The single copy gene that encoded this enzyme showed 38% of identity and 55% of homology to the human homolog. Attempts for the gene knockout were not successful, indicating that the gene is essential for the parasite survival. Incorporporation assays of labeled phospholipids showed that the parasite take phosphatidylethanolamine, substract for the PSS II, from the medium, but the rate of incorporation of PS occurred at a very low rate. The biochemical characterization of the serine incorporation by the parasite showed the existence of a single transport system, with an optimum pH of 7.5, which was dependent of metabolic activity of the cell, that showed a Km of 0.826 +/- 0.183 mM and Vmax of 355.37 +/- 19.41 pmol/min *2 * 107 promastigotes, that remained active up to 45oC.

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Rezende, Tereza Cristina Vieira de. "Identificação de um novo Antígeno de Paracoccidioides brasiliensis (Lumazina Sintase) através da Técnica de IVIAT". reponame:Repositório Institucional da UnB, 2006. http://repositorio.unb.br/handle/10482/6067.

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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2006.
Submitted by samara castro (sammy_roberta7@hotmail.com) on 2010-11-20T00:21:50Z No. of bitstreams: 1 2006-Tereza Cristina Vieira de Rezende.pdf: 3693859 bytes, checksum: 931204476ebc225e7238b8afde44e9c0 (MD5)
Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-12-03T00:40:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006-Tereza Cristina Vieira de Rezende.pdf: 3693859 bytes, checksum: 931204476ebc225e7238b8afde44e9c0 (MD5)
Made available in DSpace on 2010-12-03T00:40:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006-Tereza Cristina Vieira de Rezende.pdf: 3693859 bytes, checksum: 931204476ebc225e7238b8afde44e9c0 (MD5)
Paracoccidioides brasiliensis é um fungo termodimórfico agente causador da paracoccidioidomicosse (PCM), uma micose que afeta 10 milhões de indivíduos na América Latina. A infecção é adquirida pela inalação de propágulos aéreos produzidos pela forma miceliana do fungo, os quais se convertem à morfologia leveduriforme na temperatura do hospedeiro. P brasiliensis expressa in-vivo importantes genes que podem contribuir para a patogênese do fungo. Nós utilizamos a tecnologia do antígeno induzido in-vivo (IVIAT) para identificar novos genes de P. brasiliensis que podem ser expressos durante o processo de infecção. A técnica IVIAT é uma modificação do rastreamento imunológico que evita o uso de modelo animal e permite a identificação de antígenos expressos em vários estágios da infecção. Nós utilizamos a estratégia de IVIAT para identificar genes possivelmente induzidos in-vivo. Usando esta técnica nós selecionamos proteínas imunogênicas que poderiam ser expressas especificamente durante a infecção e não durante o crescimento sob condições padrões do laboratório. O soro de onze pacientes com PCM obtidos em Goiânia, foram combinados e, em seguida, adsorvidos com extratos de células totais e lisados de células leveduriformes cultivadas in-vitro. Esses soros foram utilizados para rastrear proteínas de uma biblioteca de cDNA da fase leveduriforme de P. brasiliensis construída no vetor ZAPII. Clones foram obtidos e caracterizados. O cDNA que codifica para uma proteína de 174 resíduos de aminoácidos foi caracterizado como lumazina sintase (PbLS) de P.brasiliensis (GenBank: DQ081183). Análises comparativas entre a PbLS e outros organismos foram feitas. Essa proteína catalisa o penúltimo passo na síntese de riboflavina em plantas, fungos e bactérias. Para produzir anticorpos contra a PbLS recombinante, uma construção no pGEX-4T-3-LS foi realizada e introduzida dentro das células de Escherichia coli e a expressão e purificação da proteína recombinante foi obtida. A análise da reatividade imunológica da proteína recombinante mostrou que esta é reconhecida por soros de pacientes com PCM e não é reativa com soros de indivíduos controle. Para analisarmos a expressão do gene Pbls nas duas formas de P.brasiliensis utilizamos a técnica RT-PCR semiquantitativo. Os transcritos para LS foram preferencialmente expressos na forma leveduriforme do fungo. Pneumócitos humanos infectados com P.brasiliensis foram utilizados para investigar a expressão dos transcritos num modelo de infecção. O gene Pbls foi detectado em células de pneumócitos humanos infectados com células leveduriformes. A LS representa um alvo atrativo para o desenvolvimento de drogas contra patógenos, visto que, bactérias, fungos e plantas são dependentes da síntese endógena da vitamina B2. Estudos mostram que a LS recombinante são fortemente imunogênicos e elucidam resposta immune celular e humoral, conferindo proteção em camundongos. Esses dados são muito interessantes e despertam o interesse em se estudar essa proteína do fungo P. brasiliensis. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT
Paracoccidioides brasiliensis is a thermally dimorphic fungus causing paracoccidioidomycosis (PCM), a mycosis that affects 10 million individuals in Latin America. The infection is acquired by inhaling airborne propagules produced by the fungal mycelium which transforms into the pathogenic yeast form, when at the body temperature. P brasiliensis expresses invivo many important virulence genes that may contribute to the overall fungus pathogenesis. We utilized in vivo-induced antigen technology (IVIAT) to identify new P. brasiliensis antigens that could be expressed during the infection process. IVIAT is a modified immunoscreening that circumvents the need for animal models and permits identification of antigens expressed at various stages of infection. We used the IVIAT strategy to identify P. brasiliensis genes putatively induced in vivo. Using this technique we selected immunogenic proteins which should be expressed specifically during human infection and not during growth under standard laboratory conditions. Sera from eleven patients with PCM infection obtained in Goiânia were pooled and after that were adsorbed with whole cells and lysates of the in vitro cultured yeast phase. These sera were probed to induced proteins from a cDNA expression library of the yeast phase of P. brasiliensis constructed in ZAPII. Clones were obtained and characterized. Of special note is a cDNA (Pbls) encoding a 174 amino acid residues protein characterized as lumazine synthase (PbLS) homologue of P.brasiliensis (GenBank: DQ081183).This protein catalyzes the penultimate step in the synthesis of riboflavin in plants, fungi, and microrganisms. In order to produce antibodies against the recombinant PbLS the expression construct pGEX-4T-3-LS was introduced into Escherichia coli cells and the expression and purification of the recombinant protein was obtained. The analysis of the immunological reactivity of the recombinant protein showed that this is recognized by sera of patients with PCM and is not reactive with sera of control individuals. To analyze the expression of the Pbls gene in the two forms of P.brasiliensis we use semiquantitative RT-PCR. The transcripts for LS had been preferentially expressed in the yeast form of fungus. Human pneumocytes infected with P.brasiliensis had been used to investigate the expression of transcripts in an infection model. The Pbls gene was detected in yeast cells infecting human pneumocytes. The lumazine synthase represents an attractive targets for the development of drugs against pathogens, since bacteria, fungus and plants are dependent of the endogenous synthesis of the B2 vitamin. Studies shown that recombinant lumazine synthase is strongly immunogenic and elicits both humoral and cellular immune responses confering protection in mice. Those data make very interesting the study of this protein in P. brasiliensis.

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Ferraz, Joyce Aparecida Martins Lopes. "Estudo de polimorfismo do cromossomo x na população da região sudeste do Brasil /". Araraquara : [s.n.], 2011. http://hdl.handle.net/11449/100605.

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Orientador: Regina Maria Barreto Cicarelli
Coorientador: Ángel Carracedo Alvarez
Banca: Greiciane Gaburro Paneto
Banca: Rogério Nogueira de Oliveira
Banca: Celso Teixeira Mendes Júnior
Banca: Raquel Mantuanelli Scarel Caminaga
Resumo: Os marcadores polimórficos short tandem repeats do cromossomo X (X.STR) são de utilização recente na prática forense, sendo aplicados, principalmente, com a finalidade de complementar os dados obtidos com marcadores genéticos autossômicos. Tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados da população brasileira em relação aos X.STRs, este projeto teve o objetivo de determinar as frequências alélicas e os parâmetros estatísticos de interesse forense para 10 X.STRs na população de São Paulo.SP, Rio de Janeiro.RJ, Belo Horizonte.BH e Vitória.ES (Sudeste do Brasil). Posteriormente, os X.STRs foram genotipados em casos deficientes de relação biológica e, com o objetivo de compilar os dados genéticos populacionais brasileiros publicados para X.STRs, este projeto desenvolveu o Banco Genético Brasileiro do Cromossomo X (BGBX). Para isso, foram analisados 1001 indivíduos não relacionados e residentes nas cidades descritas acima e 3 casos deficientes de relação biológica. Os marcadores X.STRs foram amplificados em sistema decaplex e submetidos à eletroforese em analisador genético ABI377 e ABI3500. Os programas GeneScan e GeneMapper ID.X foram utilizados para a determinação alélica e, a planilha Excel e o programa Arlequin, para a determinação das frequências alélicas, parâmetros estatísticos e análise de distância genética entre diferentes populações. Em relação aos X.STRs analisados, os marcadores DXS6809 e GATA172D05 foram os mais discriminativos, enquanto os marcadores DXS8378, DXS7133 e DXS7423 apresentaram os menores poder de discriminação. Diferenças significativas de frequências alélicas foram obtidas dentre as populações brasileiras e entre estas e demais populações estrangeiras, sendo que uma maior distância genética foi obtida em relação à população africana de Uganda... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The short tandem repeat polymorphic markers of X chromosome (X.STR) are of recent use in forensic practice, been applied mainly in order to complement the data obtained with autosomal genetic markers. Given the needs of expansion of the Brazilian population data in relation to X.STRs, this project aimed to determine the allele frequencies and the statistical parameters of forensic interest to 10 X.STRs in the population from São Paulo.SP, Rio de Janeiro.RJ, Belo Horizonte.BH e Vitória.ES (Southeast of Brazil). Subsequently, the X.STRs were genotyped in deficient kinship cases and, with the aim of compiling the Brazilian genetic population data published for X.STRs, this project developed the Brazilian Genetic Database of Chromosome X (BGBX). For this, we have analyzed 1001 unrelated individuals, residents in the cities previously described, and three deficient kinship cases. The X.STR markers were amplified in decaplex system and submitted to electrophoresis on ABI377 and ABI3500 genetic analyzers. GeneScan and GeneMapper ID.X softwares were used to determine the allele and, Excel spreadsheet and Arlequin software, for the determination of allele frequencies, statistical parameters and genetic distance analysis between different populations. Regarding the X.STRs analyzed, markers DXS6809 and GATA172D05 were the most discriminative, while the markers DXS8378, DXS7133 and DXS7423 showed the lowest discrimination power. Significant differences in allele frequencies were obtained within Brazilian populations and between these and other foreign populations, and a greater genetic distance was... (Complete abstract click electronic access below)
Doutor

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Henrique, Bach Artur. "Aplicação de técnica molecular no desenvolvimento de teste para diagnóstico de tuberculose paucibacilar e na caracterização gonotípica do Mycobacterium tuberculosis". Universidade Federal de Pernambuco, 2003. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/6330.

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Made available in DSpace on 2014-06-12T18:04:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5587_1.pdf: 1696084 bytes, checksum: cd6a790cc623fff1e18807d3c5d4b618 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003
A Tuberculose (TB) é uma patologia cujo diagnóstico precoce e tratamento adequado são essenciais para a eficácia dos programas públicos de controle da doença, os quais buscam curar os doentes e evitar a transmissão da doença. O diagnóstico laboratorial envolve a baciloscopia realizada com auxílio da coloração de Ziehl- Neelsen, uma metodologia rápida, barata e acessível, com uma sensibilidade de 104 bacilos/ml e a cultura que é mais sensível mas cujo resultado pode demorar entre 9 a 45 dias. Para o diagnóstico de tuberculose espera-se que as técnicas de amplificação genéticas melhorem a velocidade, sensibilidade e especificidade para a detecção de micobactérias. Neste sentido foram objetos deste estudo o desenvolvimento de uma técnica molecular para diagnóstico de tuberculose paucibacilar e a caracterização genotípica de isolados de Mycobacterium tuberculosis (M.tb). Uma reação de heminested PCR voltada para o diagnóstico de tuberculose e utilizando como alvo, o marcador genético IS6110, foi elaborada a partir de criteriosa escolha de primers e condicões ideais de concentração dos primers e cloreto de magnésio e de temperaturas de anelamento. A sensibilidade da técnica foi de 30 fg e pode ser concluída em até 3 dias após a coleta de amostras biológicas para análise. Comparada com a PCR convencional, a heminested PCR aumenta a sensibilidade e especificidade, o que é importante, especialmente nas amostras biológicas paucibacilares. Os resultados da caracterização genotípica de 61 isolamentos de M.tb obtidos durante os anos de 2000 a 2002, possibilitaram através da técnica do Double Repetitive Elements-PCR (DREPCR) identificar cinco grupos de pacientes, designados I, II, III, IV e V com 4, 3, 6, 2 e 2 pacientes respectivamente, portadores de cepas com 100% de similaridade e apresentando respectivamente 5, 5, 1, 2 e 5 bandas na eletroforese em gel de agarose. As cepas com mesmo perfil de resistência a drogas apresentaram perfis genéticos distintos, exceto três do grupo I. A melhor correlação epidemiológica dos grupos foi a apresentada pelo grupo I. Três membros são da mesma familía, todos portadores de cepas resistentes a isoniazida e rifampicina. São três mulheres com diagnóstico de diabetes mellitus . O primeiro caso diagnosticado de TB nessas pacientes foi em 1999 e o segundo em 2000. O terceiro caso foi diagnosticado na filha desta última em 2002. O impacto da genotipagem nestes casos, foi a análise da dinâmica de transmissão e a imediata utilização de esquema terapêutico adequado para a filha, já que era conhecida a Artur Henrique Bach Diagnóstico e Genotipagem de M.tuberculosis resistência aos antimicrobianos de primeira escolha utilizados para o tratamento das outras duas pacientes

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Boeira, Júnior Breno Ramos. "Associação de polimorfismos nos genes MSX1 e PAX9 com agenesia dentária". reponame:Repositório Institucional da UCS, 2011. https://repositorio.ucs.br/handle/11338/701.

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Resumen

A agenesia dentária é a falha do desenvolvimento do germe dentário causando a ausência definitiva do dente. Constitui–se na anomalia dentária mais comum, afetando até um quarto da população em geral. A principal causa está relacionada com a função anormal de genes específicos que desempenham um papel chave durante a odontogênese, especialmente o MSX1 e o PAX9. Apesar da alta frequência dessa anomalia, apenas algumas mutações no MSX1 e no PAX9 foram associadas com a agenesia não–sindrômica até o momento. Uma vez que um número maior de indivíduos afetados é esperado nos próximos anos, uma análise mais profunda dos defeitos genéticos que levam à agenesia torna–se fundamental. O objetivo desta pesquisa foi estudar seis famílias segregando oligodontia/hipodontia não–sindrômica, além de investigar a presença de mutações nos genes MSX1 e PAX9 com a finalidade de associar fenótipo e genótipo. As famílias, que apresentam mais de um integrante com agenesia, foram selecionadas a partir de uma clínica particular. Amostras de células epiteliais bucais foram coletadas de todos os indivíduos por meio de escovas citológicas. O DNA foi isolado, amplificado e sequenciado. Todas as sequências foram comparadas com as existentes no GenBank. A homologia das sequências mutantes também foi comparada utilizando–se o software online BLAST. Os genes MSX1 e PAX9 de dez indivíduos controle não afetados e sem grau de parentesco também foram sequenciados. Foi identificada uma nova mutação missense no exon 2 próximo ao final do domínio pareado do PAX9 em três famílias. A mutação heterozigótica C503G resulta em uma troca de aminoácido de alanina para glicina no resíduo 168 (Ala168Gly), o qual é invariavelmente conservado entre várias espécies. A mudança alanina–glicina pode determinar uma alteração da estrutura proteica devido às propriedades únicas de flexibilidade da glicina, levando à agenesia dentária. Tal mutação não encontra–se registrada em nenhum banco de dados conhecido ou na literatura sendo, portanto, inédita. As mutações intrônicas IVS2–109G>C, IVS2–54A>G e IVS2–41A>G também foram identificadas no PAX9. Essas variantes polimórficas podem estar envolvidas no fenótipo uma vez que um probando, o qual apresentou todas as três mutações intrônicas em homozigose, foi afetado com a mais severa forma de oligodontia dentro da amostra. A transição * 6C>T foi identificada no exon 2 do MSX1, em apenas uma família. Devido ao fato de estar localizada seis bases após o stop codon, essa mutação homozigótica pode dificultar/alterar o término da tradução contribuindo, assim, para o fenótipo. Novos estudos acerca da expressão gênica em um número maior de famílias afetadas irá aumentar o conhecimento sobre agenesia dentária. Tal entendimento permitirá alcançar melhores opções de tratamento e, talvez, uma ferramenta de diagnóstico precoce que, possivelmente, envolverá o exame de DNA baseado em variantes polimórficas. Todos esses dados podem auxiliar a clínica odontológica em um futuro próximo.
Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T14:28:55Z No. of bitstreams: 1 Tese Breno Ramos Boeira Junior.pdf: 3106508 bytes, checksum: d974027dc18150cfe6e3bc0b2ba8edb1 (MD5)
Made available in DSpace on 2014-06-17T14:28:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Breno Ramos Boeira Junior.pdf: 3106508 bytes, checksum: d974027dc18150cfe6e3bc0b2ba8edb1 (MD5)
Universidade de Caxias do Sul
Tooth agenesis, the failure of development of tooth bud causing definitive absence of the tooth, is the most common dental anomaly affecting up to one quarter of the general population. The main cause is related to abnormal function of specific genes which play key roles during odontogenesis, particularly MSX1 and PAX9. Despite the high frequency of this anomaly, there are only a restricted number of mutations in MSX1 and PAX9 that have been associated with non–syndromic tooth agenesis so far. Since a greater number of affected subjects is expected over the coming years, a deeper analysis of the gene networks underlying tooth agenesis is critical. The aim of this research was to investigate six families segregating non–syndromic oligodontia/hypodontia as well as to screen for mutations in their MSX1 and PAX9 genes, attempting to associate phenotype and genotype. Families were selected from a private office. They should present more than one relative affected with agenesis. All subjects had a sample of buccal epithelial cells collected with cytology brushes. DNA was isolated, amplificated and sequenced. All sequences were compared to those in GenBank. Homology of the mutant sequences was also compared using BLAST online software. MSX1 and PAX9 genes from ten unrelated unaffected control subjects were also sequenced. A novel missense mutation lying in the exon 2 close to the end of the paired domain of PAX9 was identified in three families. Heterozygous mutation C503G is expected to result in an alanine–to–glycine amino acid change in residue 168 (Ala168Gly), which is invariably conserved among several species. The alanine–glycine change might lead to protein structural alteration due to the unique flexibility properties of glycine, leading to tooth agenesis. This is a novel mutation since it is not registered neither in any known database nor in literature. Intronic mutations IVS2–109G>C, IVS2–54A>G and IVS2–41A>G were also identified in PAX9. These polymorphic variants may be involved in the phenotype as one proband, showing all three intronic mutations in homozygosis, was affected with the most severe oligodontia within the sample. Transition *6C>T lying in the exon 2 six base pairs after the stop codon was detected in MSX1 gene in one family. Due to its proximity to the stop codon, this homozygous mutation can hinder a regular translation termination thus contributing to the phenotype. Further studies with gene expression in larger affected families will increase knowledge of tooth agenesis. Such understanding will allow to achieve better treatment options and, perhaps, an early diagnosis tool which would possibly lie on the DNA examination based on polymorphic variants. All this data may assist dental practice in a near future.

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PATINO, LEONARDO CELIN. "VISÕES SOBRE GENES DE PESQUISADORES EM GENETICA, BIOLOGIA MOLECULAR E GENÔMICA EM DIFERENTES NIVEIS DE FORMAÇÃO". INSTITUTO DE FISICA, 2017. http://repositorio.ufba.br/ri/handle/ri/23410.

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Submitted by LEONARDO CELIN (leocell399@gmail.com) on 2017-06-21T10:43:55Z No. of bitstreams: 1 VISÕES SOBRE GENES DISSERTAÇÃO.pdf: 1876548 bytes, checksum: d241d45e96a9af017d262a020d38a3aa (MD5)
Approved for entry into archive by Vanessa Reis (vanessa.jamile@ufba.br) on 2017-06-29T11:51:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 VISÕES SOBRE GENES DISSERTAÇÃO.pdf: 1876548 bytes, checksum: d241d45e96a9af017d262a020d38a3aa (MD5)
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FAPESB
Na segunda metade do século XX, a compreensão do gene foi determinada, em grande medida, por um entendimento molecular expresso no que tem sido denominado, na literatura de filosofia da biologia, “conceito molecular clássico”. De acordo com esse conceito, um gene é uma sequência bem delimitada de DNA, com começo, fim e localização bem definidos, que codifica um produto funcional único, seja uma molécula de RNA ou um produto polipeptídico. No entanto, hoje este conceito enfrenta uma série de desafios, o que tem levado alguns autores se referir a uma crise do conceito de gene. Minimamente, este conceito tem enfrentado problemas que justificam a investigação de seu entendimento em diferentes contextos, inclusive pela comunidade científica. Assim, investigamos no presente estudo como genes são entendidos por uma comunidade de pesquisadores dedicados a Biologia Molecular e Genômica, incluindo estagiários de iniciação científica, pós-graduandos e professores, com o intuito de analisar em que medida eles estão comprometidos com o conceito molecular clássico, se outros modos de compreender gene estão presentes em suas visões e, em particular, de testar a hipótese de que quanto maior o nível de formação sobre genética, biologia molecular e áreas afins, maior a compreensão dos limites do conceito molecular clássico e a presença de uma diversidade de entendimentos sobre os genes. Os resultados obtidos numa análise de 53 entrevistas semiestruturadas mostraram que visões sobre genes desafiadas por achados das três últimas décadas, como os conceitos “informacional” e “molecular clássico”, estão fortemente presentes nos discursos dos alunos de graduação e pós-graduação. Os professores, por sua vez inclinaram-se por conceitos contemporâneos e processuais mostrando um entendimento uma relação direta entre o seu nível de formação e seu entendimento sobre os genes. No entanto os resultados mostraram também alguns discursos não contemplados na nossa hipótese como algumas respostas diferenciadas dos estudantes de graduação em relação aos pós-graduandos, no sentido de algumas abordagens mais críticas sobre o conceito de gene do que os estudantes de pós-graduação, que mostraram dificuldades em enxergar os seus desafios. O que sugere que seria importante a inclusão, na educação cientifica de nível superior, de uma abordagem mais atualizada a respeito dos genes e de seus papeis nos sistemas vivos assim como abordagens filosóficas e históricas na ciência.

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Fré, Nicole Nascimento da. "Dados genéticos populacionais e de mutações de novo de 23 Lócus Y-STRS em indivíduos do Rio Grande do Sul". Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2014. http://hdl.handle.net/10923/6709.

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Made available in DSpace on 2014-07-19T02:01:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000459408-Texto+Completo-0.pdf: 1270061 bytes, checksum: a4594eb8c40c25e57008dc9d40066c93 (MD5) Previous issue date: 2014
We evaluated haplotype and allele frequencies, as well as statistical forensic parameters, for 23 Y-chromosome short tandem repeats (STRs) loci of the PowerPlex®Y23 system (DYS19, DYS385a/b, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS635, Y-GATA-H4, DYS481, DYS533, DYS549, DYS570, DYS576, DYS643) in a sample of 150 apparently healthy males, resident in south Brazil. A total of 150 different haplotypes were identified. The highest gene diversity was observed for the single locus marker DYS570 (GD = 0. 7888) and for a two-locus system DYS385 (GD = 0. 9009). We also examined 150 father-son pairs by the same system, and observed a total of 13 mutations were identified in the 3,450 father-son allelic transfers, with an overall mutation rate across the 23 loci of 3. 768 x 10-3 (95% CI = 3. 542 x 10-3 to 3. 944 x 10-3). In all cases there was only one locus mutated with gain/loss of repeats in the son (5 one-repeat gains, and 7 one-repeat and 1 two-repeat losses); we observed no instances of mutations involving a non-integral number of repeats.
Foram avaliadas as frequências alélicas e haplotípicas, bem como os parâmetros estatísticos forenses, para 23 lócus Short Tandem Repeat (STRs) de cromossomo Y presentes no kit comercial PowerPlex®Y23 system (DYS19, DYS385a/b, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, DYS448, DYS456, DYS458, DYS635, Y-GATA-H4, DYS481, DYS533, DYS549, DYS570, DYS576, DYS643) em uma amostra de 150 homens saudáveis, residentes no sul do Brasil. Um total de 150 haplótipos diferentes foram identificados. A maior diversidade genética foi observada para o marcador de lócus único DYS570 (GD = 0,7888) e para o lócus duplo DYS385 (GD = 0,9009). Também foram analisados 150 de pares de pai-filho pelo mesmo sistema, e um total de 13 mutações foram observadas em 3. 450 transferências alélicas entre pais-filhos, com uma taxa geral de mutação nos 23 lócus de 3. 768 x 10-3 (95% CI = 3. 542 x 10-3 - 3. 944 x 10-3). Em todos os casos foi encontrado apenas um lócus mutado com ganho ou perda de repetições no filho (5 ganhos de repetição única, 7 perdas de repetição única e 1 perda de dupla-repetição). Não foi observado nenhum caso de mutação envolvendo um número não integral de mutações.

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Gastaldo, André Zoratto. "Frequência alélica de sete marcadores Short Tandem Repeat em indivíduos do estado do Rio Grande do Sul, Brasil". Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2012. http://hdl.handle.net/10923/1362.

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Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000438710-Texto+Completo-0.pdf: 388887 bytes, checksum: 75275a00e6033933e4d572bb06d67de4 (MD5) Previous issue date: 2012
Population data of seven short tandem repeat loci of the PowerPlex® CS7 were obtained from a sample of 401 individuals from Rio Grande do Sul (Southern Brazil). The loci are the two pentanucleotides STRs in the PowerPlex® 16 (PENTA D and PENTA E), an extra pentanucleotide (PENTA C), and four loci STR in the FFFL Fluorescent STR System (LPL, F13B, FES/FPS, and F13A01). Allele frequency and other forensically relevant statistics data were generated for these seven loci. All of the analyzed loci meet Hardy-Weinberg equilibrium expectations and no linkage disequilibrium were found, except for LPL locus. The observed and expected heterozygosity, power of discrimination and exclusion and polymorphic information content were calculated. The combined power of discrimination and combined power of exclusion were 0. 999999987 and 0. 998159054, respectively. Genetic distances between population from Rio Grande do Sul and other populations are presented.
Dados populacionais de sete loci Short Tandem Repeat do kit comercial PowerPlex® CS7 foram obtidos a partir de uma amostra de 401 indivíduos do Rio Grande do Sul (sul do Brasil). Os loci são os dois pentanucleotídeos STRs do PowerPlex® 16 (PENTA D e PENTA E), um pentanucleotídeo extra (PENTA C), além dos quatro loci STR do kit comercial FFFL Fluorescent STR System (LPL, F13B, FES/FPS e F13A01). As frequências alélicas e outros dados estatísticos de relevância forense foram analisados. Todos os loci atenderam às expectativas de Hardy-Weinberg e não foram encontrados desequilíbrios de ligação, exceto para o locus LPL. A heterozigosidade observada e esperada, o poder de discriminação e exclusão e o conteúdo de informação polimórfica foram calculados. O poder combinado de discriminação e o poder combinado de exclusão foram de 0,999999987 e 0,998159054, respectivamente. As distâncias genéticas entre a população do Rio Grande do Sul e outras populações foram apresentadas neste trabalho.

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Aranguren, Díaz Yani Cristina. "Genética molecular de Genlisea violacea A.St.-Hil. E Genlisea aurea A.St.-Hil. (Lentibulariaceae) /". Jaboticabal, 2016. http://hdl.handle.net/11449/141485.

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Orientador: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda
Resumo: O gênero Genlisea forma parte da maior família de plantas carnívoras, as Lentibulariaceae. Das aproximadamente 30 espécies conhecidas do gênero, 17 encontram-se no Brasil e delas 10 são endêmicas. O gênero tem sido pouco estudado, sendo ainda escassos os estudos sobre aspectos genéticos e praticamente se desconhecem seu estado de conservação ou a fragilidade das populações naturais. Genlisea violacea A.St.-Hil. e G. aurea A.St.-Hil. são endêmicas e estão distribuídas nas formações de Cerrado e de Mata Atlântica, que são biomas muito frágeis. Neste trabalho foram estudadas a biologia reprodutiva e a polinização de G. violacea em duas populações naturais. Além disso, foram analisadas a estrutura genética e a dinâmica de populações de G. violacea e G. aurea. Para isso se desenvolveram microssatélites a partir de dados genômicos de G. aurea, transferíveis nas espécies congenéricas, incluindo G. violacea. Adicionalmente foi estudada a estrutura genética de algumas populações de G. violacea e G. aurea. Segundo as observações e análises realizadas, G. violacea é espécie alógama e autocompatível que oferece néctar aos visitantes, facilitando a autopolinização durante a antese e polinização cruzada durante todo o tempo de vida da flor, por meio de pelo menos duas espécies de abelhas. Mesmo assim, existem diferencias fenotípicas entre populações e incluso apresenta vario morfotipos dentro da mesma população. Ademais, foram desenvolvidos 12 marcadores microssatélites em G. aurea, que sã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The Genlisea genus is part of the larger family of carnivorous plants, Lentibulariaceae. They are approximately 30 known species of the genus, 17 in Brazil and 10 of them are endemic. The genus has been understudied, yet there are few studies on genetic aspects and practically its conservation status and the fragility of the natural populations are unknown. Genlisea violacea A.St.Hil. and G. aurea A.St.Hil. are endemic and are distributed in the formations of the Cerrado and Atlantic Forest, which are very fragile biomes. In this study we analyzed the reproductive biology and pollination of G. violacea in two natural populations. In addition, we also analyzed the genetic structure and dynamics of G. violacea and G. aurea populations. For this we developed microsatellite from genomic data of G. aurea, and did cross-amplification in congeneric species including G. violacea. According to the observations and analyses, G. violacea is self-compatible and allogamous that offers nectar to visitors, facilitating self-pollination during anthesis and cross-pollination throughout the flower lifetime through at least two species of bees. Also, there are differences between populations and phenotypic features included morphotypes within the same population. In addition, 12 microsatellite markers were developed in G. aurea, which are transferable to congeneric species. The populations of both species have low variability and average, respectively for G. violacea and G. aurea, with high var... (Complete abstract click electronic access below)
Doutor

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Vieira, Pedro Emanuel Ferreira dos Reis. "Amino acid toxicity in Zebrafish". Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2011. http://hdl.handle.net/10773/8229.

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Resumen

Mestrado em Biologia Aplicada - Biologia Molecular e Celular
Proteins are synthetized through the mechanism of translation and are constituted by amino acids. Besides being the basic units of proteins, amino acids also play other important roles in the cell such as signaling or regulation of cell growth. However, in excess, amino acids can be toxic, although the mechanism of toxicity is still not clear. In this study we used zebrafish as a vertebrate model to assess the toxicity induced by different amino acids as a result of nutritional imbalance. Moreover, we evaluated the changes induced by amino acid toxicity during zebrafish development in order to understand if this toxicity could be related with wrong incorporation of mischarged amino acids during translation. The results show that some of the canonical amino acids cause high toxicity in zebrafish, namely L-tryptophan, L-glutamine, Lphenylalanine and L-arginine. To understand if this toxicity could be caused by the production of aberrant proteins, due to tRNA mischarging, result of an unbalanced amino acid pool, we analyzed the activation of protein degradation pathways. For this we did western blot analysis of the poliubiquitination state of the proteome. No differences were observed between different amino acid concentrations and the control indicating that the ubiquitin-proteasome pathway is not directly correlated with the amino acid toxicity observed.
As proteínas são sintetizadas através do mecanismo de tradução e são constituídas por aminoácidos. Além de serem as unidades básicas das proteínas, os aminoácidos também desempenham outras funções importantes na célula, tais como sinalização ou regulação do crescimento celular. No entanto, em excesso, os aminoácidos podem ser tóxicos, embora o mecanismo de toxicidade não esteja claro. Neste estudo, usámos o peixezebra como modelo vertebrado para avaliar a toxicidade induzida por diferentes aminoácidos como resultado do desiquílibrio nutricional. Para tal, avaliámos as alterações induzidas pela toxicidade de aminoácidos durante o desenvolvimento do peixe-zebra, para compreender se esta toxicidade podia estar relacionada com a incorporação errada de aminoácidos durante a tradução. Os resultados mostram que alguns dos aminoácidos causam toxicidade em peixe-zebra, nomeadamente, L-triptofano, L-glutamina, Lfenilalanina e L-arginina. Para entender se esta toxicidade pode ser causada pela produção de proteínas aberrantes, devido ao carregamento errado de aminoácidos no tRNA, resultante de um excesso de aminoácidos, analisámos a activação de vias de degradação de proteínas. Para isso realizámos análises por western blot do estado de poliubiquitinação do proteoma. Não foram observadas diferenças entre as diferentes concentrações de aminoácidos e do controlo, indicando que a via da ubiquitina-proteossoma não está directamente relacionada com a toxicidade de aminoácidos observada.

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Sousa, Diana Sofia Ortiga de. "Mistranslation in Candida albicans". Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2011. http://hdl.handle.net/10773/8156.

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Mestrado em Biologia Aplicada
The genetic code establishes the rules that determine the transfer of genetic information from nucleic acids to proteins. The importance of the genetic code in genome decoding and its high conservation suggests that its evolution is highly restricted or even frozen. Despite this, various prokaryotic and eukaryotic genetic code alterations have been found, showing that the code is surprisingly flexible. For instance, the human pathogen Candida albicans contains an ambiguous tRNACAG that decodes a CUG codon as Ser (97%) and as Leu (3%). To further study ambiguity in other amino acid codons, we have engineered 8 mutant tRNASer that misincorporate Ser at 8 different codons belonging to distinct amino acids families (Glu, Arg, Asn, Cys, Phe, Gln, His and Pro) in Candida albicans. The wild-type tRNA was subjected to site-directed mutagenesis in order to change its anticodon to CUC, CCU, GUU, GCA, GAA, CUG, GUG and GGG. The tRNA stability, the cellular changes and the stress response of the resulting mistranslating strains were evaluated through northern blot analysis, cell transformation efficiency, growth rate and expression of a HSP104-GFP reporter system. A phenotypic screening probing various environmental stress conditions was performed in order to further characterize these strains. Experimental data suggest that these genetic code ambiguities affect fitness negatively in standard growth conditions and introduce growth advantages in presence of stress conditions. Thus, stress response triggered by codon ambiguity increase adaptation potential.
O código genético estabelece regras que determinam a transferência de informação genética a partir dos ácidos nucleicos para proteínas. A importância do código genético na descodificação do genoma e sua alta conservação sugere que a sua evolução é altamente restrita. Apesar disso, várias alterações no código genético dos procariotas e eucariotas têm sido encontradas, mostrando que o código é surpreendentemente flexível. Por exemplo, o patogénico humano Candida albicans contém um tRNACAG ambíguo que descodifica o codão CUG como Ser (97%) e como Leu (3%). Para continuar o estudo da ambiguidade noutros codões, induzimos 8 tRNASer mutantes, que incorporam incorretamente o aminoácido serina a 8 codões diferentes, pertencentes a distintas famílias de aminoácidos (Glu, Arg, Asn, Cys, Phe, Gln, His e Pro), em Candida albicans. O tRNA não mutado foi submetido a mutagénese dirigida, a fim de modificar o seu anticodão UGA para CUC, CCU, GUU, GCA, GAA, CUG, GUG e GGG. A estabilidade do tRNA, as alterações celulares e resposta ao stress das estirpes mutantes resultantes foram avaliadas através da análise de Northern blot, da eficiência de transformação das células, da taxa de crescimento e da expressão do sistema repórter HSP104-GFP. Além disso, a caracterização fenotípica em determinadas condições de stress foi realizada com o intuito de caracterizar melhor essas estirpes. Os dados experimentais sugerem que essas ambiguidades ao código genético afetam negativamente a aptidão das células em condições de crescimento normais e introduzem vantagens no crescimento na presença de condições de stress. Assim, a resposta ao stress provocada pela ambiguidade dos codões pode aumentar o potencial de adaptação.

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Aguilar, Rodriguez David Enrique. "Estudo molecular da anemia de Fanconi". [s.n.], 2003. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/316588.

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Resumen

Orientador: Carmen Silvia Bertuzzo
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-03T15:38:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AguilarRodriguez_DavidEnrique_D.pdf: 4668835 bytes, checksum: 3c1abf6e2f254877f29ff8772ac563fc (MD5) Previous issue date: 2003
Doutorado

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Sousa, Debora Dinelly de. "Caracterização genética dos vírus dengue sorotipo 1 isolados em Roraima durante os anos de 2008 a 2010". Universidade Federal de Roraima, 2013. http://www.bdtd.ufrr.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=262.

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Resumen

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Na região Norte, Roraima destaca-se como um dos Estados hiper-endêmicos para o dengue, com circulação dos quatro sorotipos nos últimos três anos, e com uma elevada incidência da doença na última década. Por outro lado, sua localização geográfica tem um papel importante na entrada de novos genótipos/sorotipos do dengue ao Brasil. O DENV-1, depois de uma breve incursão no estado nos anos de 1981-1982, foi reintroduzido no ano 2000, e tem sido um dos sorotipos mais isolados até o ano de 2011, porém, existem poucos dados que mostram a ocorrência de variabilidade genética ou de alguma evolução na composição genética deste sorotipo durante as infecções ocorridas nos diferentes anos. O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular do gene do envelope de isolados de DENV-1 durante epidemias ocorridas no período de 2008 a 2010 no estado de Roraima. As amostras foram inoculadas em células da linhagem C6/36 de Aedes albopictus, e identificadas por imunoflorescência indireta e pela técnica de RT-Hemi-Nested-PCR. Para a obtenção de um amplicom da região do envelope, uma RT-PCR foi realizada com o uso de iniciadores específicos, gerando um produto com 1724 pb. Os amplicons foram sequenciados e as sequências consenso foram obtidas usando o programa Geneious v.5.5.4. Para realização da análise molecular, as sequências foram comparadas com sequências referência dos quatro sorotipos do vírus dengue, e dos cinco genótipos do DENV-1 de diferentes partes do mundo, disponíveis no GenBank. A reconstrução filogenética foi realizada por dois métodos, o de Máxima Verossimilhança e o Bayesiano. Todos os isolados foram agrupados no genótipo V do DENV-1. As sequências utilizadas neste estudo apresentaram de 99-100% de similaridade com cepas de DENV-1 de Países e Estado vizinhos, como República Bolivariana da Venezuela, Guiana Inglesa, Colômbia e Amazonas, e se agruparam na árvore filogenética formando um subclado com cepas destes países e com outros da região do Caribe, indicando, mais uma vez, Roraima, como possível via de entrada de sorotipos/genótipos de dengue no país, fato totalmente comprovado quando houve a entrada e dispersão do genótipo II do vírus DENV-4 no ano de 2010. As cepas brasileiras do genótipo V do DENV-1 formaram três linhagens distintas. Os isolados deste estudo (2008-2010) se agruparam na linhagem III, diferente da cepa que circulou no Estado no de 2001, a qual era pertencente à linhagem II. Ao comparar estas sequências, foram encontradas quatro substituições de aminoácidos, duas (E428 e E436) provavelmente neutras que não modificaram a conformação tridimensional do envelope, pois trocaram aminoácidos de características físico-químicas similares (Leucina x Valina; Isoleucina x Valina) e duas substituições (E227 e E338) com alta probabilidade de modificar o envelope (Prolina x Serina; Leucina x Serina). Estes resultados provavelmente indicam uma evolução adaptativa no DENV-1, ou entrada de uma nova linhagem ao Estado, enfatizando a importância do monitoramento molecular de cepas de DENV circulantes em determinada região, permitindo um melhor entendimento do vírus.
In northern Brazil, Roraima is highlighted as one of the dengue virus hyperendemic states, where the four serotypes has been circulating for the last three years and with a high incidence of this disease in the last decade. On the other hand, its geographic localization has an important part on the entry of new genotypes/serotypes of dengue in Brazil. DENV-1, after a short incursion in the state in years 1981 and 1982, was reintroduced in 2000 and it was one of most isolated serotypes until 2011. Nevertheless, there is little data that shows the occurrence of genetic variability or any evolution in genetic composition from this serotype on infections occurred in different years. The objective of this project was to perform a molecular characterization of the envelope gene isolated from DENV-1 on infections occurred between 2008 and 2010 in Roraima. The samples were inoculated in C6/36 cells from Aedes albopictus, and identified by indirect immunofluorescence and RT-Hemi-Nested-PCR techniques. To obtain an amplicom from the envelope region, it was made an RT-PCR test with specific primers, generating a product with 1724 bp. The amplicons were sequenced and the consensus sequences were obtained using the program Geneious V.5.5.4. For molecular analysis, the current sequences were compared to sequences from the four serotypes of dengue virus and also compared to five genotypes of DENV-1 from different parts of the world available on GenBank. The phylogenetic reconstruction was made by two methods, Maximum-likelihood and Bayesian. All of the isolates were grouped in genotype V of DENV-1. The sequences showed 99-100% of similarity with strains of DENV-1 from neighbor countries and states as the Bolivarian Republic of Venezuela, Guyana, Colombia and Amazonas, they were grouped on a phylogenetic tree forming a subclade with strains of these countries and Caribbean region, and besides indicating, once more, Roraima as a possible entry route of serotypes/genotypes of dengue in Brazil, fact totally proven in 2010 with the entry and dispersion of genotypes II of DENV-4. The Brazilian strains of genotype V of DENV-1 formed three distinct lineages. The isolates of this study (2008-2010) were grouped in lineage III, different from the strain that circulated in the state in 2001, which belonged to lineage II. When these sequences were compared, it was found four aminoacid substitutions, two of them (E428 e E436) probably neutral which did not change tridimensional conformation of the envelope, since amino acids with similar physicochemical characteristics were changed (Leucine x Valine; Isoleucine x Valine), and two substitutions (E227 e E338) with high probability of changing the envelope (Proline x Serine; Leucine x Serine). These results may indicate an adaptive evolution of DENV-1 or the entry of a new lineage in the State, emphasizing the importance of molecular monitoring strains of DENV in circulation in certain regions, allowing better understanding of the virus.

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Pfrimer, Pollyanna. "Expressão de uricase de Bacillus subtilis em Escherichia coli". reponame:Repositório Institucional da UnB, 2007. http://repositorio.unb.br/handle/10482/3312.

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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2007.
Submitted by Thaíza da Silva Santos (thaiza28@hotmail.com) on 2009-12-15T19:46:20Z No. of bitstreams: 1 2007_PollyannaPfrimer.pdf: 1059709 bytes, checksum: 8164ee6bf9cb611160660a0168601a11 (MD5)
Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-01-18T22:07:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_PollyannaPfrimer.pdf: 1059709 bytes, checksum: 8164ee6bf9cb611160660a0168601a11 (MD5)
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A uricase, uma enzima que converte ácido úrico em alantoína, é comumente usada em kits comerciais de dosagem de ácido úrico. Com a finalidade de produzir esta enzima em grande escala por técnicas de Engenharia Genética, o gene da uricase de Bacillus subtilis subtilis foi clonado e expresso em Escherichia coli. Para tanto, foi feita uma PCR utilizando-se como template o DNA cromossomal de B. subtilis e primers específicos para amplificação do gene pucLM. O amplicon foi sub-clonado seguindo-se seqüenciamento para a confirmação da seqüência do gene e clonagem do gene pucLM no vetor de expressão pET21a. Esse vetor de expressão permite a fusão do gene da uricase com uma cauda de histidina His . O vetor resultante, pETURI, foi usado para 6x transformar as linhagens de E. coli BL21 DE3? pLysS, BL21 (DE3) C41, BL21 (DE3) C43, BL21 (DE3) PRILL e SURE, e a indução da expressão. Amostras da linhagem de E. coli BL21 DE3? pLysS foram selecionadas para o presente estudo. Essas células foram coletadas em diversos tempos de indução e analisadas por SDS-PAGE, que revelou a presença de uma proteína de indução de ~63 kDa. A espectrometria de massa foi utilizada para determinar a massa molecular da enzima recombinante, tendo detectado um íon com massa molecular de 58,67 kDa. Análises de Western Blot confirmaram a presença da cauda de histidina na proteína de indução e detectaram degradação da enzima recombinante na porção N-terminal. A purificação foi realizada em uma coluna de afinidade Ni-NTA. Ensaios enzimáticos detectaram uma proteína estável com pH ótimo 8,0, temperatura ótima entre 25ºC e 37ºC e atividade uricásica na fração eluída com atividade específica de 39 U/mg. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT
Uricase, an enzyme that converts uric acid into allantoin, is commonly used in commercial kits for uric acid detection. Aiming to produce this enzyme in industrial scale using Genetic Engineering techniques, the uricase gene of Bacillus subtilis subtilis was cloned and expressed in Escherichia coli. In order to achieve this, a PCR was performed using B. subtilis cromossomal DNA as template and specific primers to amplify the gene pucL. The amplicon was sub-cloned following sequencing to confirm the gene sequence and cloning of the gene pucL in vector of expression pET21a. This vector of expression permits the fusion of the uricase gene with a histidine tag His . The resulting vector, pETURI, was used to transform the strains of 6x E. coli BL21 DE3? pLysS, BL21 (DE3) C41, BL21 (DE3) C43, BL21 (DE3) PRILL, and SURE, and the expression was induced by adding IPTG to the culture media. Samples of E. coli BL21 DE3? pLysS strain were selected to be used in the present study. These cells were collected in several induction times and analyzed by SDS- PAGE, which revealed the presence of a ~63-kDa induction protein. Mass espectrometry was used to determine the molecular mass of the recombinant enzyme, having detected an ion with molecular mass of 58,67 kDa. Western Blot analyses confirmed the presence of the histidine tag in the induction protein and detected degradation of the recombinant enzyme in the N-terminal portion. Purification was carried out in Ni-NTA affinity column. Enzymatic essays detected a stable protein with optimum pH 8.0, optimum temperature ranging from 25ºC and 37ºC, and uricase activity in the eluding fraction with specific activity of 39 U/mg.

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Jesus, Flavia Fuchs de. "Variabilidade genetica em Proteopsis Mart. & Zucc. e Minasia H.Rob. (Asteraceae : Vernonieae), generos endemicos de campos rupestres". [s.n.], 2001. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/317357.

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Resumen

Orientadores : Vera Nisaka Solferini, João Semir
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-07-28T02:33:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jesus_FlaviaFuchsde_M.pdf: 2401675 bytes, checksum: ed542ab450a33a320e3068a87005a896 (MD5) Previous issue date: 2001
Mestrado

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Rodrigues, Dalva Nery. "Detecção de mutações em pacientes deficientes do fator VII". [s.n.], 2002. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/310163.

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Resumen

Orientador: Joyce Maria Annichino-Bizzacchi
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas
Made available in DSpace on 2018-08-02T08:19:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigues_DalvaNery_M.pdf: 16457240 bytes, checksum: efaa7db9002ceb22a6effb7c5b8cd9a2 (MD5) Previous issue date: 2002
Resumo: O fator VII humano é uma glicoproteína dependente da vitamina K que tem a função de iniciar a coagulação sanguínea, ao formar um complexo com o fator tissular. O gene do fator VII está localizado no cromossomo 13q34, é composto por 9 exons e 8 introns, e possui 12,8 kb. A deficiência do fator VII é transmitida por herança autossômica recessiva, e os aspectos clfnicos são muito variáveis, nem sempre havendo uma correlação entre a atividade do fator VII e a tendência hemorrágica. Apenas um estudo, em 705 doadores de sangue de origem inglesa, determinou que a prevalência da deficiência de fator VII foi de 2,1%. A origem étnica da população brasileira é muito diferente, sendo altamente heterogênea e composta de imigrantes da Europa, África, Ásia e indígenas. Neste estudo a prevalência da deficiência de fator VII em 267 pacientes brasileiros acompanhados no Ambulatório de Hemostasia do Hemocentro-Unicamp, por alteração laboratorial do tempo de protrombina, ou quadro clínico hemorrágico foi de 3,7%. A análise das mutações no gene do F7 em seis pacientes não relacionados, permitiram a identificação de um defeito genético em todos os pacientes, incluindo uma nova mutação de ponto. O rastreamento das alterações moleculares foi realizado pelos métodos de SSCP e CSGE, que se mostraram complementares. O método de SSCP evidenciou um padrão anormal em dois pacientes não relacionados, referente a mutação G10828A no exon 8, levando a substituição R304Q. O CSGE revelou quatro padrões anormais referentes a três mutações no exon 8 (G10846T que corresponde a C310F; G10828A que corresponde a R304Q; e G10909A que corresponde a G331D) e uma mutação no exon 6 (G8926T que corresponde a 11405), esta a única ainda não descrita anteriormente. A atividade plasmática do fator VII varia significativamente inter e intraindividualmente. Essas variações podem ser decorrentes de fatores adquiridos e genéticos. Assim determinamos cinco polimorfismos no gene do fator VII (5'F7, IV57, R353Q, -401GIT e --402G/A), mas apesar do pequeno número de pacientes analisados, não se detectou nenhuma relação entre os genõtipos e a atividade do fator VII
Abstract: Factor VII is a vitamin K-dependent glycoprotein with a pivotal role in the initiation of the blood coagulation, following interaction with tissue factor. The Factor VII gene is located on chromosome 13q34 and is consist of nine exons and eight introns spanning 12,8Kb. Factor VII deficiency is transmitted as an autossomal recessive trait, the incidence of the disorder in the general population being 1 in 500.000. The clinical manifestations of Factor VII deficiency are variable, and there is no correlation between coagulation activity and tendency to bleed. A prevalency of 2,1% was reported for Factor VII deficiency in a series of 705 English blood donors. In the present study, the prevalence of. Factor VII deficiency based on na altered prothrombin time or hemorrhagic state 267 brazilian patients attended at the Hemostasis Ambulatory of Hemocentre at UNICAMP was 3,7%. Analysis of the Factor VII gene in six unrelated patients revealed a genetic defect in ali cases, including a new point mutation. The screening for molecular alterations was done using SSCP and CSGE, which gave complementary result.s. SSCP gave an abnormal pattern in two unrelated patients in which the mutation G10828A in the exon 8,resulted in the substituation R304Q. CSGE identified four abnormal patterns resulting from three mutations in exon 8 (G10846T corresponding to C310F; G10828A corresponding to R304Q; and G10909A corresponding to G331D) one mutation in exon 6 (G8926T corresponding to 1140S), the only one of these mutations not already described. Plasma Factor VII activity showed considerable inter-and intra-individual variation which may have resulted from acquired or genetic factors. Five polymophisms in the Factor VII gene, which can contribute to Factor VII levei variation were described (5'F7, IVS7, R353Q, -401GIT and -402G/A). However, the study of these patients with FVII deficiency demonstrated no relationship between the genotypes and Factor VII activity
Mestrado
Mestre em Farmacologia

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Almeida, Juliana Piva de. "Influência dos testes de triagem para detecção de sangue nos exames imunológicos e de genética forense". Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2009. http://hdl.handle.net/10923/1268.

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Bloodstains are one of the major physical evidence to elucidate a crime. Diluted blood invisible to the naked eye can be detected using special reagents called presumptive tests. The effects of presumptive tests with luminol, Luminol 16®, Bluestar® Forensic and benzidine on the inhibition of human antiglobulin test, human hemoglobin immunochromatographic test and genotyping were evaluated in this study. All bloodstains were prepared by apllication of 2 μL drop of venous blood to squares of white cloth (100% cotton) and allowed to dry for 48 hours. Samples were then submitted to presumptive tests and dried for 48 hours before the inhibition of human antiglobulin and human hemoglobin immunochromatographic tests were evaluated. DNA was extractec by the organic method and quantified by Quantifiler® Human DNA Quantification (Applied Biosystems) at 48 hours, 7 days, 30 days or 120 days after reagents application. Samples treated with both luminol solutions or Bluestar® Forensic gave positive results at immunologic tests, indicating noninterference with human blood confirmatiry tests. Twenty samples treated with benzidine were negative for the inhibition of human antiglobulin test. Of the 20 bloodstains submitted to immunochromatographic test, 18 resulted negative, evidencing a deletery effect of benzidine over human blood confimatory tests. Real time PCR showed that 48 hours after benzidine solution application, DNA of samples was degraded. After 120 days of treatment, all treated samples had degraded DNA compared to the untreated material, to different extents.
Manchas de sangue são vestígios de grande importância para a elucidação de um crime. Sangue diluído, invisível a olho nu, ou em superfícies escuras, pode ser detectado utilizando reagentes especiais, através dos chamados "testes presuntivos". Os efeitos dos testes preliminares para sangue utilizando luminol, Luminol 16®, Bluestar® Forensic e benzidina sobre os métodos de inibição da antiglobulina humana, imunocromatográfico para hemoglobina humana e sobre o exame de DNA foram avaliados nesse trabalho. As manchas de sangue foram produzidas através da aplicação de 2 μL de sangue venoso em fragmentos de tecido branco (100% algodão). As amostras foram submetidas aos exames presuntivos e deixadas para secar por 48 horas antes da realização dos testes de inibição da antiglobulina humana e imunocromatográfico para hemoglobina humana. O DNA foi extraído pelo método orgânico e quantificado com Quantifiler® Human DNA Quantification (Applied Biosystems) em 48 horas, 7 dias, 30 dias ou 120 dias após a aplicação dos reagentes. As amostras tratadas com ambas as preparações de luminol ou com Bluestar® Forensic obtiveram resultado positivo nos exames imunológicos, mostrando que não influenciam nos testes confirmatórios para sangue humano. As 20 amostras tratadas com benzidina tiveram resultado negativo no teste de inibição da antiglobulina humana. Das 20 amostras submetidas ao teste imunocromatográfico, 18 obtiveram resultado negativo, evidenciando o efeito deletério da benzidina sobre os testes confirmatórios para sangue humano. Através de PCR em tempo real foi possível observar que, 48 horas após contato com a solução de benzidina, as amostras tiveram o DNA degradado. Todos os reagentes testados causaram degradação do DNA, em diferentes extensões, após 120 dias de sua aplicação.

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SALVADOR, Sílvia Filipa Alves Beato. "Contributo para o estudo da caracterização genética de estirpes portuguesas de Echinococcus granulosus". Doctoral thesis, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, 2016. http://hdl.handle.net/10362/19019.

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Resumen

A hidatidose/equinococose é uma zoonose causada pelo céstode Echinococcus granulosus, juntamente com as suas variantes específicas denominadas de genótipos. Estão descritos 11 genótipos diferentes sendo que alguns destes já obtiveram o estatuto de novas espécies de Echinococcus e outras foram rearranjadas em complexos crípticos de espécies. O ciclo de vida do parasita é maioritariamente doméstico, tendo canídeos como hospedeiros definitivos e pequenos ruminantes e gado bovino como hospedeiros intermediários. O Homem é considerado um hospedeiro acidental. Embora a hidatidose/equinococose seja um problema de Saúde Pública em Portugal, existem poucos dados epidemiológicos sobre a infecção por este parasita e esses são apenas referentes a alguns hospedeiros intermediários. O principal objectivo deste trabalho é caracterizar geneticamente as amostras de Echinococcus obtidas em Portugal e estudar as relações filogenéticas destas com as amostras descritas em todo o mundo. Foram obtidas 211 amostras provenientes de matadouros portugueses, sendo 175 de ovinos, 3 de caprinos e 32 de bovinos. Foi ainda obtida uma amostra de um humano. Foram ainda utilizadas neste estudo três amostras provenientes de búfalos de Itália e duas amostras provenientes de ovinos do Brasil. Com as amostras férteis (n=72) foi feita a caracterização molecular para fragmentos de genes mitocondriais. A análise molecular das amostras de fígado, rim, pâncreas e pulmão, identificou a maior parte como pertencendo ao complexo G1-G3 de E. granulosus sensu stricto. Uma amostra foi identificada como E. canadensis genótipo G7. Com base nas sequências concatenadas dos genes cox1+ATP6+rrnL+rrnS (~2600pb) foi efectuada inferência filogenética a qual demonstrou probabilidade de segregação de três amostras portuguesas juntamente com sequências de referência do genótipo G3 do E. granulosus s.s.. Foi observada uma elevada fertilidade (~30%) nos quistos hidáticos provenientes de ovinos, tendo um elevado potencial infeccioso para os diversos hospedeiros intermediários, informação que está de acordo com o observado com outros estudos realizados na Europa. As 71 amostras portuguesas identificadas como pertencentes ao complexo de genótipos G1-G3 estão dispersas no Centro e Sul de Portugal, sendo este o complexo genético mais comummente encontrado nos animais de pastorícia e no gado bovino. Foi identificada uma amostra de bovino como pertencendo ao genótipo G7 do complexo E. canadensis que pode ser um alerta para a possibilidade de transmissão deste genótipo entre o gado bovino, facto que ainda não tinha sido descrito até à actualidade. Foi também efectuada análise filogenética com base em dois fragmentos de genes nucleares que revelaram resultados semelhantes aos obtidos com a análise efctuada com os fragmentos de genes mitocondriais, revelando a presença de uma amostra que segregava juntamente com o complexo E. canadensis e todas as outras amostras encontravam-se dentro do complexo E. granulosus s.s. genótipos G1-G3. A zona sul de Portugal (Alentejo), considerada como hiperendémica, continua a ter bastantes situações de abate de animais a nível doméstico, normalmente sem controlo veterinário. Assim a existência de mais estudos epidemiológicos e moleculares envolvendo outros matadouros, com maior abrangência a nível nacional e contemplando outros possíveis hospedeiros, permitiria evidenciar a situação epidemiológica do E. granulosus s.s. no país. Também seria importante a existência de estudos em amostras humanas para uma melhor implementação dos programas de Saúde Pública e para uma opção mais eficaz na escolha de tratamentos para a parasitose.
Cystic echinococcosis is a zoonosis caused by the tapeworm Echinococcus granulosus, with its specie variabilities known as genotypes, characterized in 11 different genotypes. Some of these became new species and others were rearranged in complex cryptic species. The lifecycle of the parasite is mainly domestic, requiring dogs as definitive hosts and livestock species as intermediate hosts. Humans are considered accidental hosts. Although cystic echinococcosis is a public health problem in Portugal, the rare data available concerns only infection in intermediate hosts. The aim of this work is to do a genetic characterization of Echinococcus samples in Portugal and evaluate its phylogenetic relationships worldwide. A slaughterhouse survey was conducted to assess prevalence and perform the molecular characterization of E. granulosus in sheep, cattle, goats and human samples. For the survey 211 samples were obtained, namely 175 from sheep, 3 from goats, 32 from cattle and 1 human. Also were used 3 samples form Italian buffalos and 2 samples from Brazilian sheep Molecular analyses based on mitochondrial genes identified genotypes G1- G3 of E. granulosus sensu stricto in almost all livers, pancreas, kidneys and lung samples. One sample was identified as G7 genotype of E. canadensis. Based on the concatenated sequences of cox1+ATP6+rrnL+rrnS (~2600 bp), the phylogenetic trees have shown the probability of segregation, showing that three portuguese samples were segregated with G3 genotype of E. granulosus sensu stricto. The high (30,0%) cyst fertility observed in sheep argues for the potential contribution of sheep to the lifecycle of E. granulosus sensu stricto, like previous observations in Europe. The 71 Portuguese samples identified as G1-G3 genotypes are dispersed in the center and south of Portugal and are the dominant genetic cluster in pastoral and livestock animals. The identification of a cattle sample as G7 genotype of E. canadensis alerts us to the transmission of the G7 genotype to cattle. This is a new finding not known until now. The nuclear genes analysis sowed similar phylogenetic trees revealing a sample segregated with E. canadensis complex and the other samples segregated with the E. granulosus s.s. genotypes G1-G3. The souththern part of Portugal, considered having a hyperendemic situation, still has a high number of slaughtered animals at home, usually without veterinary inspection. Further extensive slaughterhouse surveys with molecular identification also involving other slaughterhouses, are essential to obtain a better overview of the epidemiological situation of E. granulosus sensu lato in the country. In addition, human studies are relevant to better improve public health programs and treatments.

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CASTRO, Rafaela Dorileo de. "Caracterização genética da glucano sintetase de Pneumocystis jirovecii". Master's thesis, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, 2014. http://hdl.handle.net/10362/15340.

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Resumen

Pneumocystis jirovecii é um micro-organismo fúngico que pode causar pneumonia em doentes imunocomprometidos. O ciclo de vida de Pneumocystis inclui uma forma biológica trófica e outra quística na qual estão presentes, em sua composição, hidratos de carbono chamados β-Glucanos. Estes componentes são liberados na corrente sanguínea após lise do micro-organismo pela resposta imunitária ou fármacos, sendo assim, considerado um marcador sorológico que atua como auxiliar no diagnóstico da PPc. Porém, este marcador não é específico para o gênero Pneumocystis, podendo ser um teste positivo em outras infecções fúngicas como a candidíase. Caracterizar a sequência genética da Glucano Sintetase permite uma nova abordagem em relação aos testes sorológicos e a possíveis novos alvos terapêuticos. Um teste sorológico para o β-Glucano específico para P. jirovecii podendo ser um marcador muito mais útil e confiável do que os utilizados atualmente. Neste trabalho foi feita a caracterização genética do fragmento correspondente à Glucano Sintetase de P. jirovecii com base na sequência de β-Glucano de P. carinii e na sequência completa de P. jirovecii através de metodologias de PCRs. Com o resultado do sequenciamento do fragmento de β-Glucano de P. jirovecii puderam ser observadas possíveis bases candidatas a polimorfismos de base única (SNP). Determinar os polimorfismos em uma sequência resulta em conhecimento da diversidade genética do micro-organismo para além de reconhecer marcadores moleculares que podem determinar sua origem geográfica, resistência a fármacos e fatores de virulência. Duas bases foram identificadas na sequência como possíveis SNPs. Estudos em projetos futuros com técnicas como o RFLP podem caracterizar e determinar as consequências e importância destes polimorfismos no fragmento da Glucano Sintetase de P. jirovecii. Estabelecer esta importância pode levar à compreensão do modelo de infecção e defesa deste micro-organismo para que possamos perceber melhor sua atuação
Pneumocystis jirovecii is an important opportunistic agent that causes one of the most severe respiratory infections in immunocompromised patients, known as Pneumocystis pneumonia (PcP). Although PcP is commonly associated with HIV infection, the numbers of PcP cases and P. jirovecii asymptomatic carriers are increasing among HIV seronegative patients with other predisposing immunodeficiencies. In the last decades, molecular techniques have allowed the detection of very low burdens of P. jirovecii, usually not detectable by the classic microscopic methods. The aim of this study was to determine the frequency of P. jirovecii infection in HIV seronegative and seropositive Portuguese patients from a community central hospital in Lisbon, using molecular approaches. A total of 300 respiratory specimens were obtained from 274 (91.3%) HIV seronegative and 26 (8.7%) HIV seropositive patients. Of the 274 HIV seronegative patients, underlying medical conditions included: 139 malignancies, 45 chronic obstructive pulmonary diseases (COPD), 37 pneumonias (not PcP), 17 tuberculosis (TB), 16 autoimmune diseases, nine solid-organ transplantation and 11 other causes. Of the 26 HIV seropositive patients, 10 had clinical suspicion of PcP and the remaining 16, other medical causes. All samples were analyzed by real-time PCR (RT-qPCR) targeting the P. jirovecii nuclear single-copy kexin-like serine protease (KEX1) gene and by nested-PCR directed to the P. jirovecii mitochondrial multicopy large-subunit rRNA (mtLSU rRNA) gene. The analysis of the results, indicate that P. jirovecii DNA was detected in 119 (39.7%) patients of the studied population (98, 35.8% HIV seronegative; 21, 80.8% HIV seropositive); 51 (36.7%) malignancies, 20 (44.4%) COPD, nine (24.3%) pneumonias (not PcP), one (5.9%) TB, five (31.2%) autoimmune diseases, eight (88.9%) solid-organ transplantation and four (36.4%) other causes. Among the HIV seropositive patients, P. jirovecii DNA was detected in 10 (100%) with clinical suspicion of PcP and 11 (68.8%) of patients with other causes. There was a statistically significant association between solid-organ transplantation HIV seronegative (P = 0,003) patients and HIV positive (P <0.001) patients and the presence of P. jirovecii DNA. The RT-qPCR assay detected 55 positive samples (18.3%), whereas the nested-PCR assay detected 108 positives ones (36%). A concordance of results was observed in 225 (75%) samples. The RT-qPCR showed a specificity of 94.3% and sensitivity of 40.7%, with a positive predictive valor of 80%, using the nested-PCR as reference standard. The lowest CT values corresponded to HIV seronegative patients undergoing organ transplantation, and HIV seropositive patients symptomatic for PcP. This work confirms the importance of the HIV seronegative (with other predisposing immunodeficiency) and HIV seropositive patients colonized by P. jirovecii in a hospital environment. This population is at risk of developing PcP or may transmit the pathogen to other susceptible patients, and may play an important role in the circulation and transmission of the organisms in the community.

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Miranda, Vívian de Jesus. "Caracterização da expressão do gene codificador da enzima de conjugação a ubiquitina (E2) em soja inoculada com Meloidogyne incognita e infestada com Anticarsia gemmatalis". reponame:Repositório Institucional da UnB, 2011. http://repositorio.unb.br/handle/10482/8821.

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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2011.
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A soja é uma cultura de grande importância econômica no Brasil. No entanto, vários fatores bióticos afetam sua produtividade. Entre esse fatores destacam-se os danos causados por insetos-praga, como lagartas desfolhadoras e por fitonematoides. Várias estratégias envolvendo transgenia têm sido desenvolvidas para o controle de pragas e doenças, sendo importante o uso de promotores gênicos capazes de direcionar a expressão de transgenes nos tecidos atacados, atingindo níveis adequados para desencadear a proteção vegetal. Vários trabalhos sugerem um importante papel da via ubiquitina-proteassoma ao longo do desenvolvimento das plantas, assim como em resposta a estresses bióticos. Particularmente, genes codificadores de enzima de conjugação a ubiquitina (E2) mostraram ser ativados em sítio de alimentação de Meloidogyne incognita e em resposta ao ataque de insetos. Neste contexto, o presente trabalho tem como objetivo determinar o perfil de expressão transcricional do gene E2 em diferentes tecidos de soja, em diferentes fases do desenvolvimento, em raízes inoculadas com M. incognita e folhas infestadas por Anticarsia gemmatalis, pela técnica de qRT-PCR, como caracterização de promotor cognato UceS8.3, previamente isolado e patenteado. Para a normalização do gene E2 nos experimentos de qPCR, oito genes de referência clássicos foram selecionados e validados quanto a sua estabilidade de expressão nas diferentes condições experimentais analisadas. Os melhores genes de referência foram utilizados na quantificação dos níveis do transcrito do gene E2. O acúmulo de transcritos de E2 foi determinado espacial e temporalmente, nos orgãos de raiz, caule, folha, flor e vagem, nos fases de desenvolvimento (V4, R2 e R4). Foi observado que ocorre acúmulo de transcritos de E2 em R4, provavelmente relacionado a senescência da planta. Em seguida, bioensaios foram conduzidos em raízes de soja inoculadas com juvenis de segundo estádio (J2) de M. incognita, e em folhas infestadas com lagartas de quarto ínstar de A. gemmatalis. Nas interações com nematóide e com insetos, foi detectado acúmulo de transcritos de E2 de 2 a 6 vezes. Paralelamente, o banco de bibliotecas subtrativas GENOSOJA foi utilizado para verificar acúmulo de transcritos de E2 em resposta a estresses (bióticos e abióticos). As análises in silico mostraram que o gene E2 é mais abundante em resposta a bactéria Bradirhyzobium japonicum, ao fungo Phakopsora pachyrhyzi e ao estresse hídrico. Os resultados obtidos de quantificação de transcritos de E2 e da análise in silico foram relacionados a cis-elementos presentes na região regulatória, e indicam que o promotor UceS8.3 representa uma importante ferramenta biotecnológica para obtenção de plantas geneticamente modificadas resistentes a fitonematóides, doenças fúngicas, insetos desfolhadores e/ou deficiência hídrica. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT
Soybean is a crop of great economic importance in Brazil. However, several biotic factors have been affecting soya productivity. Among them, the damage caused by insect pests such as defoliating caterpillars and plant nematodes. Several strategies involving transgenic plants have been developed to control pests and diseases, being important the utilization of gene promoters capable of driving transgene expression in tissues attacked, at appropriate levels to trigger plant protection. Several studies suggest an important role of ubiquitin-proteasome pathway during plant development and in plant responses to biotic stresses. Particularly, genes encoding ubiquitin conjugation factors (E2) have been shown to be activated in feeding sites of Meloidogyne incognita and in response to insect attack. In this context, this study aims to determine the accumulation of the E2 transcripts considering different tissues of soybean, different stages of development, roots inoculated with M. incognita and leaves infested with Anticarsia gemmatalis, by qRT-PCR technique in order to further characterize its cognate promoter (UceS8.3). Aiming E2 gene normalization in qPCR experiments, eight classical reference genes were selected and validated for their expression stability. The best reference genes were used in the normalization of the E2 gene. To characterize the spatial and temporal accumulation of E2 transcripts, samples of root, stem, leaf, flower and pod were collected at three different developmental stages (V4, R2 and R4). It was found that E2 transcripts accumulated in R4, probably related to senescence process. Thus, bioassays were conducted in soybean roots inoculated with second stage juveniles (J2) of M. incognita, and leaves infested with fourth instar larvae of A. gemmatalis. Considering the nematode and caterpillars interactions, it was detected an E2 transcripts accumulation of 2 to 6 times. Parallely, the subtractive libraries bank GENOSOJA was used to verify the accumulation of E2 transcripts in response to other stresses (biotic and abiotic). In silico analysis showed that the E2 gene is more abundant in response to Bradirhyzobium japonicum bacteria, Phakopsora pachyrhyzi fungal, and to drought stress. The results were related to cis-elements present in the regulatory region, and suggested that the UceS8.3 promoter represents an important biotechnological tool to genetic modified plant generation resistant to plant nematodes, fungal diseases, defoliating insects and/or hydric deficit.

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Aranguren, Díaz Yani Cristina [UNESP]. "Genética molecular de Genlisea violacea A.St.-Hil. E Genlisea aurea A.St.-Hil. (Lentibulariaceae)". Universidade Estadual Paulista (UNESP), 2016. http://hdl.handle.net/11449/141485.

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O gênero Genlisea forma parte da maior família de plantas carnívoras, as Lentibulariaceae. Das aproximadamente 30 espécies conhecidas do gênero, 17 encontram-se no Brasil e delas 10 são endêmicas. O gênero tem sido pouco estudado, sendo ainda escassos os estudos sobre aspectos genéticos e praticamente se desconhecem seu estado de conservação ou a fragilidade das populações naturais. Genlisea violacea A.St.-Hil. e G. aurea A.St.-Hil. são endêmicas e estão distribuídas nas formações de Cerrado e de Mata Atlântica, que são biomas muito frágeis. Neste trabalho foram estudadas a biologia reprodutiva e a polinização de G. violacea em duas populações naturais. Além disso, foram analisadas a estrutura genética e a dinâmica de populações de G. violacea e G. aurea. Para isso se desenvolveram microssatélites a partir de dados genômicos de G. aurea, transferíveis nas espécies congenéricas, incluindo G. violacea. Adicionalmente foi estudada a estrutura genética de algumas populações de G. violacea e G. aurea. Segundo as observações e análises realizadas, G. violacea é espécie alógama e autocompatível que oferece néctar aos visitantes, facilitando a autopolinização durante a antese e polinização cruzada durante todo o tempo de vida da flor, por meio de pelo menos duas espécies de abelhas. Mesmo assim, existem diferencias fenotípicas entre populações e incluso apresenta vario morfotipos dentro da mesma população. Ademais, foram desenvolvidos 12 marcadores microssatélites em G. aurea, que são transferíveis a espécies congenéricas. Nas populações das espécies estudadas observou-se variabilidade baixa e média, respectivamente para G. violacea e G. aurea, com maior variação dentro que entre populações, que refletem o sistema reprodutivo misto e uma polinização entomofílica. No caso de G. aurea, na estruturação genética se observou uma separação entre as populações da Bahia e do sul e centro oeste do país. As diversidades genéticas baixas destas duas espécies sugerem que devem ser vigiadas e protegidas para sua conservação.
The Genlisea genus is part of the larger family of carnivorous plants, Lentibulariaceae. They are approximately 30 known species of the genus, 17 in Brazil and 10 of them are endemic. The genus has been understudied, yet there are few studies on genetic aspects and practically its conservation status and the fragility of the natural populations are unknown. Genlisea violacea A.St.Hil. and G. aurea A.St.Hil. are endemic and are distributed in the formations of the Cerrado and Atlantic Forest, which are very fragile biomes. In this study we analyzed the reproductive biology and pollination of G. violacea in two natural populations. In addition, we also analyzed the genetic structure and dynamics of G. violacea and G. aurea populations. For this we developed microsatellite from genomic data of G. aurea, and did cross-amplification in congeneric species including G. violacea. According to the observations and analyses, G. violacea is self-compatible and allogamous that offers nectar to visitors, facilitating self-pollination during anthesis and cross-pollination throughout the flower lifetime through at least two species of bees. Also, there are differences between populations and phenotypic features included morphotypes within the same population. In addition, 12 microsatellite markers were developed in G. aurea, which are transferable to congeneric species. The populations of both species have low variability and average, respectively for G. violacea and G. aurea, with high variation within than among populations, reflecting the mixed reproductive system and pollination by insects. In G. aurea was observed in genetic structure a separation between the populations from Bahia and the South and Center-West of the country. The low diversity of these two species is indicative of the importance of monitoring and protecting the natural populations.

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Vara, Joana Marisa Cavaleiro. "Epigenética: potencialidades na genética forense". Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2013. http://hdl.handle.net/10773/12031.

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Mestrado em Biologia Molecular e Celular
A epigenética é um conjunto de processos hereditários e reversíveis que não alteram a sequência do DNA, alterando, no entanto a sua expressão. De entre os vários processos epigenéticos existentes destacam-se a metilação e a modificação de histonas. A metilação é um processo estável e que pode ser usado em diversos estudos, no âmbito forense, como a identificação de fluidos/tecidos, paternidade, estimativa de idade, discriminação de gémeos monozigóticos, identificação de causa e circunstâncias de morte e estudos neuropsiquiátricos. Em relação às metodologias usadas no estudo da metilação, destanca-se o método baseado na conversão por bissulfito. A epigenética ainda é um campo muito recente, por isso outros estudos devem ser desenvolvidos para que se tenha uma melhor caracterização do padrão de metilação humana, melhorar metodologias e controlar variáveis importantes, como fator ambiental. Conclui-se com base nos estudos observados que as técnicas baseadas em eventos de metilação do DNA, devem ser vistas como potenciais ferramentas em genética forense, destacando-se a previsão de idade como um bom exemplo desse mesmo potencial.
The epigenetic is a group of heritable and reversible processes which do not alter the DNA sequence, altering, however its expression. Among the various epigenetic processes existing stand out methylation and histone modification. The methylation process is stable and that can be used in several studies under forensic such as identification of fluids/tissues, parenthood, age estimation, discrimination of monozygotic twins, identifying the cause and circumstances of death and neuropsychiatric studies. In relation to methods used to study the methylation destanca the method based on the conversion of bisulfite. The epigenetic field is still very new, so further studies should be developed in order to have a better characterization of the human methylation pattern, improving methodologies and control important variables such as environmental factor. The conclusion is based on studies observed that the techniques based on DNA methylation events should be seen potential valuable tools in forensic genetics, especially the prediction of age as a good example of this same potential.

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Picanço, Juliane Bentes. "Estudo de trialelias no marcador forense tpox e caracterização do terceiro alelo". Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2014. http://hdl.handle.net/10923/6704.

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Made available in DSpace on 2014-07-18T02:01:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000459291-Texto+Completo-0.pdf: 2043101 bytes, checksum: 4e24ba48e0e78b22fe2b62461eb9b386 (MD5) Previous issue date: 2014
Genotyping of polymorphic short tandem repeats (STRs) loci is widely used in forensic DNA analysis. STR loci eventually present tri-allelic pattern as a genotyping irregularity and, in that situation, the doubt about the tri-allele locus calculation can reduce the analysis strength. Alleles at the TPOX STR locus have 6– 14 different numbers of a four-nucleotide (AATG) repeat motif arranged in tandem. Although tri-allelic genotypes are generally rare, the TPOX tri-allelic pattern has a higher frequency, varying widely among populations. Despite this, there are few accurate reports to disclose the nature of the TPOX third allele. In this work we performed two studies: In the first one we present data obtained from 45 individuals belonging to the same pedigree, in which there were cases of tri-allelic TPOX genotypes. The subjects were apparently healthy with a normal biological development. We noticed six tri-allelic cases in this family, and all of them were women. Karyotype analysis showed no occurrence of partial 2p trisomy. All the tri-allelic cases had the genotype 8–10–11, probably due to three copies of the TPOX STR sequence in all cells (Type 2 tri-allelic pattern). Based on previous data we assumed an allele 10 as the TPOX third allele. The pedigree analyses show evidence that the TPOX extra allele was an allele 10, it is placed far from the main TPOX locus, and that there is a potential linkage of the TPOX extra-allele-10 with one marker on Xq. This was the first study that included a large pedigree analysis in order to understand the nature TPOX tri-allelic pattern. In the second study, we investigate whether there is a single third-extra allele in the TPOX tri-allelic pattern, what it is, and where it is. We looked for TPOX tri-allelic subjects in 75,113 Brazilian families. Considering only the parental generation (mother+father) we had 150,226 unrelated subjects evaluated. From this total, we found 88 unrelated subjects with tri-allelic pattern in the TPOX locus (0. 06%; 88/150,226). Seventeen percent of these subjects (15/88) presented heterozygosis with peak imbalance, which we describe as a derived category to Clayton’s Type 2 tri-allelic pattern (a higher peak of double dose homozygote plus a regular sized peak). In this paper we presented detailed data from 66 trios (mother+father+child; with true biological relationships) where the tri-allelic pattern was observed in the mother or in the father. In 39 of these families (39/66; 59%) the third-extra TPOX allele was transmitted either from the mother or from the father to the child. Our evidence indicated an allele 10 as the thirdextra TPOX allele, and it is on the X chromosome. The present data, which support the previous hypothesis, improve the knowledge about tri-allelic pattern of TPOX CODIS' locus allowing the use of TPOX profile in forensic analyses even when with tri-allelic pattern. This evaluation is now available for different forensic applications.
A genotipagem de short tanden repeats ( STRs ) é amplamente utilizada na análise de DNA forense, contudo eventuais ocorrências de trialelias podem reduzir o poder da análise. Alelos do lócus de STR TPOX tem de 6-14 números diferentes do motivo de repetição em tandem de quatro nucleotídeos (AATG). Apesar dos genótipos tri-alélicos sejam geralmente raro, o padrão tri-alélico do TPOX tem uma alta freqüência, variando amplamente entre as populações. Apesar disso, há poucos relatos precisos para divulgar a natureza do terceiro alelo do TPOX. Neste trabalho nós realizamos dois estudos: No primeiro, apresentamos os dados obtidos a partir de 45 indivíduos pertencentes à mesma linhagem, em que houve casos de genótipos tri-alélicos do TPOX. Os indivíduos foram aparentemente saudável, com um desenvolvimento biológico normal. Percebemos seis casos tri-alélicos nesta família, e todos eles foram em mulheres. A análise do cariótipo mostrou nenhuma ocorrência de trissomia parcial 2p. Todos os casos trialélicos tinham o genótipo 8-10-11, provavelmente devido a três cópias da seqüência do STR TPOX em todas as células (Padrão tri-alélico tipo 2). Com base nos dados anteriores, assumimos o alelo 10 como sendo o terceiro alelo do TPOX. As análises do pedigree mostraram evidências de que o alelo extra do TPOX foi o alelo 10, é localizado distante do lócus principal do TPOX, e que existe um potencial de ligação entre o alelo- extra-10 do TPOX com um marcador em Xq. Este foi o primeiro estudo que incluiu uma grande análise do pedigree, a fim de compreender a natureza do padrão tri-alélico do TPOX. No segundo estudo, investigamos se há um único terceiro extra-alelo no padrão tri-alélico do TPOX, o que é ele, e onde está. Nós pesquisamos por indivíduos tri-alélicos no lócus TPOX em 75. 113 famílias brasileiras. Considerando apenas a geração parental (mãe + pai) tivemos 150. 226 indivíduos não relacionados avaliados. Desse total, encontramos 88 indivíduos não relacionados com o padrão tri-alélico no lócus TPOX (0,06%, 88/150, 226). Dezessete por cento destes indivíduos (15/88) apresentaram heterozigoses com desbalanço de picos, que descrevemos como uma categoria derivada do padrão tri-alélico de Clayton Tipo 2 (um pico mais alto de homozigoto dose dupla, mais um pico de tamanho regular). Neste trabalho, apresentamos dados detalhados de 66 trios (mãe + pai + filho; com verdadeiras relações biológicas) onde o padrão tri-alélico foi observado na mãe ou no pai. Em 39 destas famílias (39/66; 59%) o terceiro alelo-extra do TPOX foi transmitido tanto a partir da mãe ou do pai para a criança. Nossas evidências indicaram o alelo 10 como sendo o terceiro alelo-extra do TPOX, e ele está no cromossoma X. Os dados apresentados, os quais suportam as hipóteses anteriores, melhoram o entedimento sobre o padrão tri-alélico do lócus TPOX do CODIS permitindo o uso do perfil TPOX em análises forense, mesmo quando com o padrão tri-alélico. Essa avaliação está agora disponível para diferentes aplicações forenses.

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Picanço, Juliane Bentes. "Ocorrência de trialelia no lócus da tireóide peroxidase (TPO): estudo de caso familial". Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2010. http://hdl.handle.net/10923/1355.

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Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000423608-Texto+Completo-0.pdf: 504079 bytes, checksum: fc36e6004509d573c3484797487fe665 (MD5) Previous issue date: 2010
Alleles at the TPOX STR locus have different numbers of a four-nucleotide repeat motif arranged in tandem. Although tri-allelic genotypes are generally rare, the TPOX tri-allelic pattern has a higher frequency, varying widely among populations. Despite this, there are few accurate reports to disclose the nature of the TPOX third allele. In this work we present data obtained from 45 individuals belonging to the same family, in which there are cases of tri-allelic TPOX genotypes. The studied subjects were apparently healthy with a normal biological development. We noticed six tri-allelic cases in this family, and all of them were women. In this genealogy the tri-allelic cases were 8; 10; 11 probably due to three copies of the TPOX STR sequence in all cells (Type 2 tri-allelic pattern). Karyotype analysis showed no occurrence of partial 2p trisomy. It was observed that both the alleles 8 and 11 were able to segregate independently. We suggested that allele 10 is the extra allele and its insertion took place far from the main TPOX locus. This was the first study that included a pedigree analysis in order to understand the nature TPOX tri-allelic pattern.
Os alelos encontrados no lócus TPOX têm diferentes números de arranjos de repetições de tetranucleotídeo dispostos em tandem. Embora os genótipos trialélicos sejam geralmente raros, as altas freqüências alélicas do genótipo TPOX variam de população para população. Apesar de uma freqüência considerável de trialelia no lócus da TPOX, existem poucos relatos precisos para identificar e/ou divulgar a natureza do alelo terceiro. Neste trabalho nós apresentamos dados obtidos de 45 indivíduos de uma mesma família, onde houve casos de trialelia no lócus TPOX. Observamos que entre os 45 indivíduos estudados todos se mostraram aparentemente saudáveis, com um desenvolvimento biológico normal. Constatamos seis casos de trialelia do TPOX nesta família, todos eles presentes em indivíduos do sexo feminino. Na genealogia estudada, o padrão tri-alélico foi devido à existência de três cópias da seqüência STR que é positiva para o anelamento com os primers desenhados para reconhecer o lócus TPOX. Identificou-se como uma trialelia do Tipo 2, a qual está presente em todas as células do indivíduo, e não em apenas um sub-grupo celular. Pela análise de cariótipo, descartou-se a ocorrência de trissomia parcial 2p. Todos os genótipos tri-alélicos foram compostos pelos alelos 8, 10 e 11. Foi observado que tanto o alelo 8 como o alelo 11 foram capazes de segregar independentemente. Nós sugerimos que o alelo 10 é o alelo extra e que sua inserção não está em desequilíbrio de ligação com o lócus da TPOX. Esse foi o primeiro estudo que incluiu uma análise de pedigree com a finalidade de entender a natureza de casos de trialelia do lócus TPOX.

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Lorenzoni, Márcio Mandelli. "Caracterização de prováveis genes do sistema de secreção tipo III em Escherichia coli de adesão difusa". reponame:Repositório Institucional da UnB, 2009. http://repositorio.unb.br/handle/10482/4488.

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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2009.
Submitted by Raquel Viana (tempestade_b@hotmail.com) on 2010-04-12T19:24:52Z No. of bitstreams: 1 2009_MarcioMandelliLorenzoni.pdf: 3831224 bytes, checksum: 3001c54fd129f0a73cc6293a06a30627 (MD5)
Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2010-05-06T19:42:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_MarcioMandelliLorenzoni.pdf: 3831224 bytes, checksum: 3001c54fd129f0a73cc6293a06a30627 (MD5)
Made available in DSpace on 2010-05-06T19:42:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_MarcioMandelliLorenzoni.pdf: 3831224 bytes, checksum: 3001c54fd129f0a73cc6293a06a30627 (MD5) Previous issue date: 2009-07
As Escherichia coli de adesão difusa (DAEC) correspondem a um grupo heterogêneo e pouco caracterizado quando comparado aos demais patotipos de E. coli. O fato de algumas linhagens descritas serem patogênicas e outras não geram dúvidas sobre a classificação precisa deste grupo. Contribui para isso, o fato de ainda não existir qualquer marcador molecular específico para genes de virulência de DAEC. Alguns patógenos da mucosa intestinal fazem uso do Sistema de Secreção Tipo Três (TTSS) para a injeção de proteínas efetoras em células alvo. Neste trabalho, utilizando linhagens de DAEC isoladas de crianças diarréicas do DF, realizamos experimentos de PCR com iniciadores definidos a partir de genes do TTSS da linhagem E23468/69 de EPEC. Assim, foram sintetizados iniciadores dirigidos às seqüências rorf1, cesAB, escR, escT e sepQ. Análises de similaridade revelaram escores de até 100% entre alguns dos produtos obtidos e linhagens de EPEC, EHEC, STEC. Foi possível identificar o fragmento de DNA referente ao provável gene escR completo, bem como de seqüências de DNA extremamente conservadas da rorf1, cesAB, escT e sepQ. Os produtos das amplificações correspondentes aos prováveis genes do TTSS foram clonados, para a criação de um banco de seqüências, visando futuras análises. Devido ao êxito na detecção de alguns prováveis genes do TTSS em nossas amostras e, uma vez que a expressão de genes do TTSS ainda não foi relatada em DAEC, experimentos visando analisar a expressão desses prováveis genes foram realizados por meio de RT-PCR, empregando RNA isolado de linhagens de DAEC em culturas submetidas a condições de indução dos genes do TTSS. Tal abordagem nos permitiu demonstrar que houve transcrição dos prováveis genes escN, escR e escT, apesar dos resultados divergirem um pouco em relação às amostras e genes testados. Nossas análises indicaram claramente a presença e a expressão dos prováveis genes do TTSS em duas das amostras de DAEC analisadas. Estudos complementares deverão ser realizados a fim de avaliarmos a funcionalidade deste sistema de secreção e os resultados obtidos certamente contribuirão na elucidação dos mecanismos de virulência deste ainda controverso patotipo. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT
The diffusely adhering Escherichia coli (DAEC) is a heterogeneous group and less characterized when compared to other pathotypes of E. coli. The fact that some strains are pathogenic and others not, creates doubts about the exact classification of this group. Contributes to it, the lack of molecular markers corresponding to the virulence genes of DAEC. Some intestinal pathogens use the Type Three Secretion System (TTSS) to inject effector proteins into target cells. In this study, using strains of DAEC originated from diarrheic children of DF, we performed PCR experiments employing primers based on genes of the TTSS of EPEC strain E23468/69, directed to the sequences rorf1, cesAB, escR, escT and sepQ. DNA analyses revealed similarity scores of 100% between some of the products and EPEC, EHEC and STEC strains. It was possible to detect the presence of a DNA fragment corresponding to the complete escR gene, as well as highly conserved DNA sequences homologous to rorf1, cesAB, escT, and sepQ. The amplification products corresponding to the probable TTSS genes were cloned in order to create a database of sequences, to be submitted to further analyses. The success obtained in detecting probable TTSS genes in our samples and, since the expression of genes of the TTSS has not yet been reported in DAEC, experiments were performed in order to examine the expression of these candidate genes by means of RNA extraction and reverse transcription procedures of cultures grown under TTSS genes induction conditions. This approach allowed us to conclude that the escN, escR and escT genes were transcribed, although the results differ somewhat among the samples and genes tested. Our analyses clearly showed the presence and expression of TTSS genes in two samples of DAEC. Additional studies should be conducted to assess the functionality of this secretion system, and the results certainly help in elucidating the mechanisms of virulence of this still controversial pathotype.

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Bravo, Chaucanés Claudia Patrícia. "Expressão e caracterização enzimática da Tioredoxina redutase (Trr1) e do seu substrato Tioredoxina (Trx1) e identificação de novas drogas por modelagem molecular do alvo Trr1 do fungo patogênico Cryptococcus neoformans". reponame:Repositório Institucional da UnB, 2014. http://repositorio.unb.br/handle/10482/16078.

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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2014.
Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2014-08-14T11:27:23Z No. of bitstreams: 1 2014_ClaudiaPatriciaBravoChaucanes_Parcial.pdf: 2199963 bytes, checksum: 32f34de0fb4306a0e65e2ee1e766bf95 (MD5)
Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2014-08-14T11:58:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_ClaudiaPatriciaBravoChaucanes_Parcial.pdf: 2199963 bytes, checksum: 32f34de0fb4306a0e65e2ee1e766bf95 (MD5)
Made available in DSpace on 2014-08-14T11:58:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_ClaudiaPatriciaBravoChaucanes_Parcial.pdf: 2199963 bytes, checksum: 32f34de0fb4306a0e65e2ee1e766bf95 (MD5)
As infecções fúngicas invasivas configuram um problema grave de saúde pública, especialmente em pacientes imunocomprometidos. Mais de 90% de todas as mortes relacionadas com fungos procedem de espécies que pertencem aos gêneros: Cryptococcus, Candida, Aspergillus e Pneumocystis. A Criptococose é causada pelo fungo encapsulado Cryptococcus neoformans, que causa doença pulmonar e pode-se espalhar amplamente no cérebro e pele; afeta cerca de um milhão de pessoas anualmente e mata cerca de 650.000. A virulência desse fungo é mediada por vários fatores, como a presença de uma cápsula polissacarídica anti-fagocítica e a indução de enzimas antioxidantes tais como peroxidases e catalases. Estes mecanismos antioxidantes de defesa se mostram importantes, não só para a resistência às espécies reativas, mas também para a sobrevivência em hospedeiros mamíferos. Estas enzimas antioxidantes, importantes para a virulência, podem servir como alvos excelentes para a terapia antifúngica. O gene TRR1 é essencial em C. neoformans e, codifica para a enzima citoplasmática tioredoxina redutase. Esta proteína tem um papel importante na manutenção redox da célula e é parte do complexo chamado sistema tioredoxina, no qual participam a tioredoxina (Trx), tioredoxina redutase (Trr) e NADPH, protegendo as células contra o estresse oxidativo e nitrosativo. Algumas drogas estão disponíveis para o tratamento de infecções fúngicas sistêmicas ou superficiais, contudo, existe apenas um número limitado de agentes antifúngicos eficazes (anfotericina B e o fluconazol para tratar a criptococose), muitos deles com efeitos secundários tóxicos e indesejáveis. Além disso, a resistência aos antifúngicos representa uma limitação nas atuais terapias utilizadas, demonstrando uma necessidade urgente de uma nova geração de agentes antifúngicos. No presente trabalho, a expressão heteróloga, purificação e caracterização enzimática de Trr1 e seu substrato Trx1 do fungo patogênico C. neoformans foram realizados. Os genes TRR1 e TRX1 de C. neoformans (H99) foram expressos em Escherichia coli via estratégia recombinante. Os fragmentos gênicos foram obtidos por meio da montagem de genes sintéticos inseridos no vetor pET21a para a produção como proteínas de fusão na forma solúvel. Os produtos expressos foram purificados por cromatografia de afinidade em coluna de níquel e detecção por western-blot e foi possível identificar uma banda de ̴ 39 kDa e outra de ̴ 12 kDa, correspondentes às proteínas recombinantes Trr1 e Trx1. A análise de atividade enzimática da proteína Trr1 recombinante foi realizada por ensaios de cinética enzimática. Os parâmetros cinéticos Vmáx e Km foram determinados variando a concentração de Trx1 de 0.25 μM até 15 μM. Como resultado a velocidade de reação foi aumentando gradualmente à medida que a concentração xiv de substrato crescia, mostrando assim a capacidade da Trr1 em reduzir Trx1. Este trabalho possibilitou a produção das proteínas recombinantes com atividades biológicas esperadas, proporcionando quantidades necessárias para a realização de estudos estruturais tridimensionais (3D). Como resultado preliminar foi identificado o crescimento dos cristais para a proteína recombinante Trx1 de C. neoformans, em presencia do agente precipitante sulfato de amônio 2 M pelo método de difusão de vapor em gota sentada. A partir do refinamento das condições será possível encontrar uma solução ideal para a difração dos cristais de cada proteína. Diante dos resultados obtidos pelo nosso grupo, na proposta maior do projeto principal: “Pós-genoma de fungos patogênicos humanos visando o desenvolvimento de novas drogas antifúngicas”, este trabalho encontra-se inserido nesta linha de pesquisa para a obtenção de novas moléculas candidatas que inibam a atividade da proteína tioredoxina redutase, especificamente na viabilidade do fungo patogênico C. neoformans. Embora estas moléculas tenham sido selecionadas por varredura virtual de quimiotecas, uma metodologia in silico, os resultados in vitro feitos previamente em nosso grupo já apontaram o potencial destas moléculas como antifúngicos para o gênero Paracoccidioides spp. Em parceria com pesquisadores da França foi predita a estrutura da proteína Trr1 de C. neoformans por modelagem molecular por homologia. A partir da varredura virtual de quimiotecas foram selecionadas 4 moléculas inibitórias do banco Life Chemicals que interagem com os modelos de Trr1 obtidos para C. neoformans (Anexo). Os testes in vitro para validar tais inibidores potenciais estão sendo realizados em nosso laboratório, com intuito de desenvolver novas drogas para o tratamento de infecções fúngicas de relevância mundial, e gerar informações básicas da estrutura e função desta proteína.
Invasive fungal infections constitute a major public health problem, especially in immunocompromised patients. Over 90% of all deaths related to fungi come from species belonging to the genera Cryptococcus, Candida, Aspergillus and Pneumocystis. Cryptococcosis is caused by Cryptococcus neoformans, an encapsulated fungus that causes lung disease and can spread widely in the brain and skin, affects about one million people each year and kills about 650,000. The virulence of this fungus is mediated by several factors such as the presence of an anti-phagocytic polysaccharide capsule, and the induction of antioxidant enzymes such as peroxidases and catalases. These antioxidant defense mechanisms have been shown to be important not only for resistance to reactive species but also for survival in the mammalian host. These antioxidant enzymes important for virulence may serve as excellent targets for antifungal therapy. The TRR1 gene is essential and encodes the cytoplasmic thioredoxin reductase enzyme. This protein has a role in maintaining the redox balance of the cell and forms part of a complex called thioredoxin system, which contains thioredoxin (Trx), thioredoxin reductase (Trr) and NADPH, protecting cells against oxidative and nitrosative stress. Some drugs to treat systemic and superficial fungal infections are available; however, there is only a limited number of effective antifungal agents (amphotericin B and fluconazole to treat cryptococcosis) many of them are toxic and present undesirable secondary effects. Furthermore, drug resistance is a limitation on current therapy used, demonstrating an urgent need for a new generation of antifungal agents. In this study, heterologous expression, purification and enzymatic characterization of Trr1 and its substrate Trx1 of the fungal pathogen C. neoformans were performed. The TRX1 and TRR1 genes of C. neoformans (H99) were expressed in Escherichia coli using recombinant strategy. The gene fragments were obtained by assembling synthetic genes and these were inserted into pET21a vector for production as fusion proteins in soluble form. The expressed products were purified by affinity chromatography on nickel column and detected by western blot. It was possible to identify a band of ̴ 39 kDa and another of ̴ 12 kDa corresponding recombinant proteins Trr1 and Trx1. The enzymatic activity of the recombinant protein Trr1 was confirmed by assays of enzyme kinetics. The kinetic parameters Km and Vmáx were determined by varying the Trx1 concentration of 0.25 μM to 15 μM. As a result the reaction rate was gradually increased as the substrate concentration, showing the ability of Trr1 to reduce Trx1. In conclusion, this work shows a viable system for the production of recombinant proteins providing amount necessary to perform three-dimensional structural studies (3D). As a preliminary result crystal xvi growth for recombinant protein, Trx1 of C. neoformans was identified in the presence of sulfate 2M as the precipitant agent. From the refinement of the conditions will be possible to find an ideal solution for diffraction of crystals of each protein. Considering the results obtained by our group, most of the main project proposal: "Post-genome of human pathogenic fungi aiming the development of new antifungal drugs," this work is inserted in this line of research for obtaining new candidate molecules that inhibit the activity of thioredoxin reductase protein, specifically on the viability of the pathogenic fungus C. neoformans. Although these molecules have been selected for virtual screening library, a methodology in silico, in vitro results previously made in our group have pointed out the potential of these molecules as antifungal in the Paracoccidioides genus. In collaboration with researchers from France, the structure of the protein Trr1 of C. neoformans was predicted by molecular homology modeling. From the virtual screening library, four inhibitory molecules that interact with the Trr1 models obtained for C. neoformans were selected from Life Chemicals database (Appendix). Currently in vitro tests to validate these potential inhibitors are being carried out in our laboratory, aiming at developing new drugs for the treatment of fungal infections of global significance, and generating basic information on the structure and function of this protein.

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Sanchez, Yajaira Anayansi Singh. "Determinação das alterações moleculares em pacientes com deficiencia de proteina C". [s.n.], 1999. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/310161.

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Resumen

Orientador: Joyce Maria Annichino Bizzacchi
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas
Made available in DSpace on 2018-07-28T15:02:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sanchez_YajairaAnayansiSingh_M.pdf: 3379773 bytes, checksum: e17058ecd9e6c695cd4f240c4256a6e4 (MD5) Previous issue date: 1999
Resumo: A proteína C é o componente central de um importante sistema natural de regulação antitrombótico. É uma glicoproteína plasmática dependente da vitamina K que age degradando proteoliticamente os fatores procoagulantes V e vm ativados. Além disso, a proteína C estimula a fibrinólise através da fonnação de um complexo com o inibidor do ativador do plasminogênio. A deficiência hereditária de proteína C é uma causa importante de doença tromboembólica venosa. Os primeiros relatos sobre esta deficiência sugeriam que a herança era autossômica dominante. Contudo, posteriormente a hipótese de uma herança autossômica recessiva, em que somente os homozigotos ou duplo heterozigotos desenvolvem trombose foi proposta. Por um longo período as bases moleculares para essas observações contlitantes não foram esclarecidas, apesar da hipótese de que em famílias com trombose a interação de outro defeito genético que interfere com o gene da proteína C, ou da associação com outros defeitos que predispõem à trombofilia devem estar presentes. O gene da proteína C está localizado no cromossomo 2 na posição q13-qI4. Composto por 9 exons e 8 introns, abrange aproximadamentellkD, e origina um RNAm de 1,6 a 1,8kb. Segundo dados do último database de mutações no gene da proteína C publicado em 1996 por Reistma et aI., foram descritas 160 mutações. Dentre estas, 135 eram diferentes mutações de ponto, sendo 79% mutações missense, 8% mutações no sítio de splicing, 6.6% mutações silenciosas e 6% mutações nonsense. Delas, 32% ocorreram em diIíucIeotídeos CpG, que são considerados hipermutáveis (hotspot). Foram também descritas 8 diferentes inserções, 12 pequenas deleções e uma grande deleção. Além disso, 4 polimorflsmos foram descritos. Neste trabalho foram estudados 6 pacientes com deficiência de proteína C que apresentaram trombose venosa. Outras deficiências que predispõem à trombose também foram avaliadas. Todos os exons e regiões intrônicas flanqueadoras do gene da proteína C foram estudados utilizando uma estratégia que combinava reação em cadeia da polimerase (PCR), análise de polimorfismo de conformação em hélice simples (SSCP) e eletroforese em gel sensível à conformação (CSGE) para o rastreamento de mutações. Os ftagmentos amplificados de PCR que apresentaram um padrão eletroforético alterado em relação aos controles normais nas análises por SSCP ou CSGE foram sequenciados para a determinação precisa das alterações moleculares. A análise pelo método de PCR-CSGE se mostrou mais eficaz no rastreamento de alterações moleculares que a análise pelo método de PCR-SSCP. Com essa metodologia foram detectadas mutações em 83% dos pacientes, identificando-se 5 mutações de ponto, incluindo uma mutação silenciosa, além de um polimorfismo para vários dos pacientes. Apenas uma dessas mutações ainda não foi descrita na literatura. A primeira, detectada em 2 pacientes não relacionados, é decorrente de uma transversão c~ T (posição 6182), que substitui o aminoáciqo Arg 157 por um codon de terminação prematura (stop), no exon 7. Este exon codifica a r~gião do peptídeo de ativação. Esta alteração r,esulta na exclusão do alelo mutante ou na síntese de uma proteína truncada que pode ou não ser secretada. A segunda, é uma transversão G~A (posição 6246), que substitui o aminoácido Arg 178 por GIn, no exon 7. Esta mutação afeta as interações entre os aminoácidos, causando uma mudança confonnacional, e rápida degradação, e conseqüente redução na secreção da proteína. A terceira, uma substituição A~G na região promotora (posição -1533), afeta a eficiência transcricional, uma vez que a mesma ocorre dentro de uma seqüência consenso de ligação com o HNF-3 (futor nuclear dos hepatócitos). A última, decorre de uma transversão G~T, (posição 3190), substituindo o aminoácido Gly 83 por Cys, no exon 5. Este exon codifica o primeiro domínio EGF. Esta mutação, que ainda não foi descrita na literatura, provavelmente afeta as interações entre aminoácidos, causando alterações na estrutura terciária, e redução na secreção da proteína. Es+..as &'terações devem ser as responsáveis pela deficiência hered.it:árúl de proteína C, pois segregam com a deficiência nos familiares estudados, e 3 delas já foram descritas como a causa da doença em outros pacientes. Nossos resultados indicam que na deficiência de proteína C é freqüente a ocorrência de mutações recorrentes, pois 4 mutações já haviam sido descritas em outros países, em famílias com essa deficiência, e 2 delas ocorreram em sítios hipermutáveis, de dimeros CpG, no exon 7. A determinação das alterações moleculares no gene da proteína C é uma importante ferramenta para o esclarecimento de àiagnósticos duvidosos de deficiência de proteína C e para a investigação da relação estrutura e função da proteína C
Abstract: Protein C is the central component of an important natural system of antithrombotic regulation. 1t is a pIasmatic vitamin-K dependent glicoprotein that acts degrading proteolitycal1y the procoagulant active factors V and vrn. In addition, protein C stimulates fibrinolysis through the fonnation of a complex with plasminogen activator inhibitor (PAI). The hereditary protein C deficiency is an important cause of venous thromboembolic disease. The first reports about protein C deficiency suggested that it had a dominant autossomic hereditary pattem. Nevertheless, subsequentlyan hypothesis of a recessive autossomic pattem in which only homozygotes and double heterozygotes would develop thrombosis was proposed. For a long time, the molecular basis for these conflicting observations were not elucidated, in spite ofthe hypothesis that in thrombofilic families other genetic defects which interfere with protein C gene or the association with other defects which predispose to thrombofilia might be presents. The gene which controIs the synthesis of protein C is locatedin chromosome 2, at position q13-q14. 1t spans 9 exons and 8 introns comprising a.region over llkb, which originates a rnRNA of 1.6 to 1.8kb. According to the protein C gene mutation database published by Reitsma et al.,1996; 160 mutations were described. Among these, 135 were different point mutations, 79% were miss~nse mutations, 8% were splice site mutations, 6.6% were silent mutations and 6% were nonsense mutations. Thirty two percent occurred in CpG dinucleotides, which are considered mutation hotspots. Eight different insertions, twelve short and one large deletion were descnDed. In addition, four polymorphisms were also described. In this work, 6 patients with protein C deficiency who developed venous thrombosis were studied. Other defiCÍenCÍes which predispose to thrombosis were also evaluated. All the nine exons and exon-intron boundaries of the proteinC gene were studied using a strategy which combines polymerase chain reaction (PCR), nonradioactive single-strand confonnational polymorphism (SSCP) and onfonnation-sensitive-gel electrophoresis (CSGE) ana1ysis for mutation screening. The PCR amplified fragments which revealed an altered pattem related to normal controls on SSCP or CSGE ana1ysis were sequenced to precise determination ofthe molecular alterations. The strategy which combines PCR-SCGE resulted more effective to detect alterations than the PCR SSCP strategy. This metodology allowed to detect mutations in 83% of studied patients: 5 point mutations, inc1uding a silent mutation, apart ftom a polymorphism in some patients. Only one of these mutations was not previously descnlJed. T.ae first one was detected in two unrelated patients, a C~T substitution (position 6182), that generated a premature stop codon at Arg 157, in exon 7. This exon code for the activation peptide. This mutation results in exclusion ofthe mutant allele or in a truncated protein. The second one, a G~A substitution (position6246), converted Arg178 to Gln, in exon 7. This alteration affects aminoacids interactions leading to a confonnational change withincreased degradation, that impair protein secretion. The third is a A~G substitution (position -1533), in the promoter region. This alteration affects transcriptional efficiency, since it occurs within HNF-3 (hepatocite nuclear factor) binding site consensus sequence. Finally, a G~T substitution (position 3190), converted Gly 83 to Cys, in exon 5. Tbis exon code for the first EGF domain. This mutation was not described, and could atfects aminoacids interactions, leading to terciary structure alterations and subsequent decrease of protein secretion. These alterations must be responsibles for the hereditary protein C deficiency, because they segregate with deficiency in families, and 3 of them were previously described as the cause of the disease in other patients. Our results indicate that in protein C deficiency the incidence of recurrent mutations is high1y ftequent, since 4 mutations were previously described in families with protein C deficiency in other countries and 2 of them involved the hypermutable region of CpG dimmers, in exon 7. The determination of the molecular alterations in the protein C gene is an important tool to elucidate doubtfu1 diagnostics of protein C deficiency and to investigate the relation between structure and function of protein C
Mestrado
Mestre em Farmacologia

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Lemos, Taila Andrade. "Identificação de proteinas que interagem com a proteinas CGI-55 para caracterização do seu contexto funcional". [s.n.], 2003. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/316880.

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Resumen

Orientador: Jorg Kobarg
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-03T16:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lemos_TailaAndrade_D.pdf: 5699393 bytes, checksum: bd7ff291e0c194a5a9407c2bb817d609 (MD5) Previous issue date: 2003
Doutorado

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Passos, Luiz Augusto Corrêa. "Analise do determinismo genetico da resistencia de camundongos infectados experimentalmente com a cepa Y de Trypanosoma cruzi". [s.n.], 2003. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/316906.

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Resumen

Orientador: Julia Keiko Sakurada
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-03T21:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Passos_LuizAugustoCorrea_D.pdf: 2722441 bytes, checksum: 4c6afe0c705cf3194732bf0eb7808897 (MD5) Previous issue date: 2003
Doutorado

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Ferreira, Violeta Silva. "MicroRNA expression profile of Danio rerio brain exposed to ethanol". Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2010. http://hdl.handle.net/10773/8982.

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Resumen

Mestrado em Biologia Molecular e Celular
miRNAs are short (~22 nt) non-coding RNA molecules that control gene expression at post-transcription level by degrading or inhibiting particular target genes. miRNAs are abundant in vertebrate genomes where they play an important role on the control of cell proliferation and differentiation, apoptosis, neurogenesis and synaptic plasticity. Although legally commercialize, alcohol is toxic for living organisms and its consumption can induce dependence. The regular alcohol intake increases the risk of hepatic disease and certain cancers, having a deleterious effect on the immune, endocrine and nervous system. The brain is not only an important target for alcohol metabolites, but also a rich source of miRNAs. Using miRNA microarrays approach, we aimed to understand how chronic (0.25% EtOH) and acute (0.25%; 0.5%, 1 e 1.5% EtOH) ethanol exposure affects miRNA expression. The results demonstrate that chronic ethanol intake deregulated the expression of 32 miRNAs. From those, miR-9, miR-23a, miR-30e, miR-133a, miR-181 were over-expressed and miR-16a, miR-145 and miR-181b were inhibited. The putative target genes for those miRNAs are implicated in cell cycle, differentiation, apoptosis and cell adhesion. The acute ethanol exposure also deregulated miRNA expression profile and each ethanol concentration shows a distinct miRNA expression profile. For example, the pro-apoptotic miRNA miR- 23a is up-regulated in chronic ethanol exposure but is down-regulated in the higher ethanol concentrations (1 e 1.5% EtOH) of acute test. These results suggest that alcohol consumption, even consumed in a short-period or concentration, affects the expression of miRNAs. Possibly, these alterations have implications on cellular cycle and apoptosis and therefore they could contribute to a higher risk of developing tumours.
Os miRNAs são pequenas moléculas (~22 nt) de RNA não-codificante que regulam a expressão genética ao nível pós-transcripcional através da degradação ou inibição dos genes alvo. Os miRNAs são abundantes nos genomas eucariótas, onde desempenham funções importantes no controlo da proliferação e diferenciação celular, apoptose, neurogénese e plasticidade sináptica. Apesar de ser uma substância legal, o álcool é tóxico para os seres vivos e o seu consumo regular pode induzir dependência. O consumo excessivo de álcool aumenta o risco de doença hepática e de determinados cancros e tem efeitos deletérios ao nível do sistema imunitário, endócrino e nervoso. O cérebro, para além de ser um importante alvo dos metabolitos do álcool, é um dos órgãos com maior expressão de miRNAs. Através da análise de microarrays de miRNAs pretendeu-se entender de que modo a exposição crónica ao etanol (0.25% EtOH) e a exposição aguda a um pulso de etanol (0.25%; 0.5%, 1 e 1.5% EtOH) afectam a expressão dos miRNAs. A expressão de 32 miRNAs foi significativamente alterada pela exposição crónica ao etanol, destacando-se o aumento da expressão do miR-9, miR-23a, miR-30e, miR- 133a, miR-181 e a diminuição na expressão do miR-16a, miR-145 e miR-181b. Genes envolvidos no ciclo celular, diferenciação, apoptose e adesão celular parecem ser os alvos preferenciais destes miRNAs. A exposição aguda também alterou a expressão de vários miRNAs, que variam consoante a concentração de etanol utilizada. Por exemplo, a expressão do miRNA próapoptótico miR-23a aumentou durante a exposição crónica ao etanol e diminuiu com o aumento da concentração do tóxico (1 e 1.5% EtOH) durante o teste agudo. Estes resultados sugerem que o consumo de álcool, mesmo num curto espaço de tempo ou concentração, afecta a expressão dos miRNAs. Possivelmente essas alterações têm implicações no ciclo celular e apotose, podendo contribuir deste modo para um risco acrescido de desenvolver tumores.

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Oliveira, Maria Sileuda Moreira de. "Caracterização molecular de isolados de Mycobacterium tuberculosis obtidos de internos em instituições correcionais de Campinas,SP, e a transmissão da tuberculose nessas instituições". [s.n.], 1999. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/317383.

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Resumen

Orientador: Wanderley Dias da Silveira
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-07-26T05:52:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_MariaSileudaMoreirade_M.pdf: 4472014 bytes, checksum: c608f97693c57bd85f52a46bfd836a3d (MD5) Previous issue date: 1999
Mestrado
Microbiologia
Mestre em Genética e Biologia Molecular

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Silva, Hugo Rody Vianna. "The fate of duplicate genes in plants". Universidade Federal de Viçosa, 2016. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/7804.

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Resumen

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-06T16:07:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1826443 bytes, checksum: d5304a575fc041fa7cd7350206cd3bad (MD5)
Made available in DSpace on 2016-06-06T16:07:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1826443 bytes, checksum: d5304a575fc041fa7cd7350206cd3bad (MD5) Previous issue date: 2016-02-26
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Plantas são organismos paleopoliplóides que sobreviveram ao deletério processo de duplicação do genoma. Após a duplicação, cópias de um mesmo gene (parálogos) evoluem de forma divergente devido ao relaxamento da seleção purificadora, tornando os genes duplicados fonte de diversificação evolutiva. No entanto, nem todas as categorias de genes são retidas nos genomas, ou perdidas, de forma aleatória. Vários modelos evolutivos têm sido propostos para explicar o destino evolutivo e retenção tendenciosa de genes duplicados, para consequentemente entender melhor a poliploidia. Entretanto, a aplicabilidade destes modelos têm sido pouco investigadas. Usamos abordagens de genômica comparativa e de filogenia molecular para investigar o destino evolutivo de genes duplicados em plantas. Inicialmente, inferimos sobre a ancestralidade de duas pequenas famílias de genes duplicados — metionina sintase e oligossacarídeos de rafinose — em genomas de nove espécies de plantas superiores para, então, caracterizar as forças evolutivas que moldaram os destinos evolutivos dos parálogos, usando dados de resequenciamento de 31 genomas de soja. Posteriormente, usamos dados genômicos de 25 espécies de plantas taxonomicamente divergentes para associar mecanismos de duplicação, categoria funcional do gene e idade de duplicação na retenção tendenciosa de genes duplicados. Nas duas famílias gênicas, cada parálogo evoluiu de forma divergente devido ao relaxamento da seleção purificadora, o que permitiu que mutações aleatórias com valor adaptativo fossem eventualmente fixadas por seleção positiva. No entanto, a seleção purificadora parece ter sido mais restritiva em ao menos um dos parálogos de cada família gênica, preservando função ancestral. Tanto a idade quanto o mecanismo de duplicação contribuíram para variação nos padrões de retenção de genes duplicados nos 25 genomas alvos deste estudo. O destino evolutivo e a retenção de genes duplicados nos genomas parecem ser moldados por peculiaridades inerentes a cada organismo poliplóide.
Plants are paleopolyploid organisms that survived the deleterious process of genome duplication. After duplication, copies of the same gene (paralogs) evolve in different ways due to the relaxation of purifying selection, making the duplicated genes the greatest source of evolutionary diversification. However, not all categories of genes are retained in the genomes, or lost, randomly. Several evolutionary models have been proposed to explain the evolutionary fate and biased retention of duplicate genes, to thereby better understand polyploidy. However, the applicability of these models has been ill defined. We used approaches of comparative genomics and molecular phylogeny to investigate the fate of duplicated genes in plants. Initially, we inferred about the ancestry of two small families of duplicated genes — methionine synthase and raffinose oligosaccharides — in the genomes of nine species of plants to then characterize the evolutionary forces that have shaped the evolutionary fate of paralogs, using resequencing data from 31 soybean genomes. Later, we used genomic data from 25 taxonomically different plant species to associate mechanisms of duplication, functional gene category and age of duplication to the biased retention of duplicate genes. In each of the two gene families, paralog evolved in different ways due to the relaxation of purifying selection, which allowed random mutations with adaptive value be fixed by positive selection. However, purifying selection seems to be more restrictive in at least one of paralogs of each gene family, preserving the ancestral function. Both the age and the mechanism of duplication contributed to variation in duplicate genes retention patterns in the 25 target genomes in this study. The fate and retention of duplicate genes in the genomes is apparently shaped by peculiarities inherent to each polyploid organism.

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Tesis sobre el tema "Biologia molecular e genética"

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