Tesis sobre el tema "Co-infection ar le VIH"

L’infection par le VHB est endémique en Thaïlande. Malgré l’introduction des programmes de vaccination contre le VHB, la transmission périnatale reste une cause majeure d’infection chronique. Les objectifs de ce travail étaient d’identifier les mutants du VHB pouvant être associés à des échecs de vaccination, de diagnostic et de thérapeutique. Le travail présenté ici est divisé en trois parties. Dans une première partie, nous avons analysé la prévalence de la transmission périnatale du VHB dans une cohorte issue d’un protocole thérapeutique de prévention de la transmission materno-fœtale du VIH. Nous avons cherché à caractériser les mutants d’échappement à la vaccination contre le VHB. Parmi 3349 femmes enceintes séropositives pour le VIH, l’antigène (Ag) HBs était positif dans 7% des cas. L’Ag HBs était détectable à l’âge de 2 et 18 mois chez 11 enfants nés de mères porteuses chroniques. Les variants du VHB présents au sein de 9 de ces paires mère-enfant ont pu être étudiés après séquençage et clonage. Trois types de transmission du VHB ont pu être décrites ; i) transmission de variants non mutés par les mères présentant une charge virale VHB élevée ii) transmission d’un virus mutant minoritaire isolé chez la mère, et iii) transmission de mutants déjà présents à plus de 20% chez la mère. La capacité in vitro de ces mutants à échapper à la réponse neutralisante anti-HBs sera étudiée en utilisant un modèle de pseudo-particules portant les mutations identifiées
Thailand is an endemic area for chronic HBV infection. Despite implementation of HBV vaccination, perinatal HBV transmission remains a major cause of chronic infection. This study aimed at identifying HBV mutants that may be associated with vaccine failure, misdiagnosis of chronic HBV infection and antiviral treatment failure. The dissertation is divided in three parts. In the first part, we analyzed the prevalence of perinatal HBV transmission in a large HIV prevention cohort in Thailand and characterized the HBV vaccine escape mutants. Among 3,349 HIV-infected pregnant women, 7% were found HBsAg positive. Eleven children born to HBsAg-positive mother were found HBsAg-positive at 2–18 months of age. Complete series of samples were available for 9 mother-child pairs. Based on direct sequencing and cloning analysis, 3 patterns of transmission were observed : i) transmission of wild-type variants from mothers with high HBV DNA level, ii) transmission of maternal minor variant and iii) transmission of variants already present in maternal blood samples. The capacity of HBV variants to escape from anti-HBs neutralization in vitro will be further studied using HBV-pseudoviral particles harboring the characterized mutations

L'infection par le virus de l'hépatite C (VHC) concerne 10 à 30% des patients VIH. Notre objectif était d'explorer l'influence de la co-infection VHC chez les patients VIH à l'aide des données de la Banque Française de Pharmacovigilance et d'une cohorte régionale de patients VIH et co-infectés. Nous avons montré que les troubles hépatiques ou hématologiques survenaient plus fréquemment chez les patients co-infectés. Dans notre cohorte, l'aggravation clinique ou immunologique de l'infection VIH semblait plus rapide chez les patients co-infectés bien que la différence soit non significative. Ce travail souligne les différences existant dans la prise en charge thérapeutique des patients VIH et VIH+VHC (médicaments antirétroviraux (ARV), modifications ou arrêt des médicaments ARV). Le risque de survenue de troubles hépatiques ou hématologiques avec les médicaments ARV est une explication possible. La cohorte devrait être poursuivie afin d'augmenter le nombre de patients inclus
Hepatitis C infection (HCV) concerns 10% to 30% of HIV patients. The aim of our research was to explore the influence of HCV co infection in HIV patients with data from the French Pharmacovigilance database and from a regional cohort of HIV and coinfected patients. We showed that hepatic or haematological troubles occurred more frequently in coinfected patients. In the cohort study, clinical and immunological worsening of HIV infection seems to be faster in co infected patients, despite the lack of statistically significant difference. This work underlines the differences in the therapeutic management of the HIV and HIV+HCV patients (ARV drugs, modifications or withdrawal of ARV drugs). The risk of the occurrence of hepatic or haematological troubles with ARV drugs is a possible explanation. The cohort should be continued to increase the number of patients included

L’infection des cellules cibles par le Virus de l’Immunodéficience Humaine de type 1(VIH-1) suit une succession d’étapes finement régulées par de nombreux facteurs cellulaires et viraux. Mon travail de thèse a consisté à étudier certains aspects de cette régulation, en particulier la protéine virale Nef et son impact sur l’infectivité des virus, mais aussi la susceptibilité des cellules cibles à l’infection. Tout d’abord, nous nous sommes intéressés aux mécanismes selon lesquels Nef augmente l’infectivité virale. Pour cela, nous avons identifié les différences entre le protéome des virus sauvages et des virus dépourvus du gène nef (Δnef) grâce à deux méthodes protéomiques, laDIGE et l’iTRAQ. Nous avons pu mettre en évidence que les protéines Ezrine et EHD4 sont impliquées dans des processus qui rendent les virus sauvages plus infectieux que les virusΔnef. L’augmentation de l’infectivité virale par Nef dépend des glycoprotéines d’enveloppes avec lesquelles les particules virales sont pseudotypées. Dans le but d’identifier les bases moléculaires de ce mécanisme, nous avons généré des constructions chimériques entre des glycoprotéines d’enveloppes qui permettent (enveloppes permissives) ou ne permettent pas(enveloppes non permissives) au phénotype Nef de se manifester. Cette approche a permis démontrer que le domaine cytoplasmique de la protéine d’enveloppe est un des déterminants qui dictent l’acquisition du phénotype Nef. Mon travail s’est aussi axé sur le mécanisme de co-infection cellulaire par le VIH-1.Après co-incubation des cellules avec des virus VIH rapporteur GFP et DsRed, nos résultats ont montré que les événements de co-infection sont plus fréquents qu’attendus dans le cas d’une infection stochastique. Nous montrons que ce biais qui semble favoriser la co-infection et qui suggère l’hétérogénéité de la population cible en terme de susceptibilité à l’infection par le VIH-1 provient en fait d’une sous-estimation des fréquences de cellules infectées en raison d’un phénomène de latence post-intégrative. Ainsi, mes études ont permis de mieux comprendre les mécanismes permettant à Nef d’augmenter l’infectivité des particules virales ouvrant de nouvelles perspectives à ce sujet, de même qu’elles ont permis de mettre en évidence que la co-infection était bien un processus aléatoire mais qui permettait de révéler des cellules arborant un provirus silencieux
Pas de résumé en anglais

L’infection par le virus de l’hépatite C est fréquente chez les patients infectés par le VIH. Chez les patients co-infectés VIH-VHC, les lésions hépatiques sont plus sévères et évoluent plus rapidement vers la cirrhose et ses complications. Cette thèse est consacrée à la description des patients co-infectés pris en charge, en France (2006-2008), à l’évaluation de la prévalence et des facteurs de stéatose hépatique chez ces patients, et à la question de l’évaluation non invasive de la fibrose hépatique. La prise en charge des patients co-infectés VIH-VHC devrait inclure un dépistage systématique de la stéatose hépatique. L’évaluation de la fibrose hépatique par l’utilisation de deux scores non invasifs (Fibroscan-Apri, Fibroscan-Fibrotest, par exemple) pourrait être envisagée. En cas de discordance entre les résultats de ces scores, une biopsie hépatique doit être réalisée
Chronic hepatitis C virus (HCV) infection is common in patients with human immunodeficiency virus (HIV). HIV-HCV Co-infection is associated with more severe and more rapid progression of HCV, leading to increased incidence of fibrosis, cirrhosis, and end-stage liver disease. Our work is devoted to the description of HIV-HCV co-infected patients (2006-2008). We also evaluated the prevalence and factors associated with liver steatosis in these patients. Lastly, we addressed the issue of the non-invasive assessment of liver fibrosis. The management of HIV-HCV co-infected patients should comprise a systematic screening of liver steatosis. The assessment of liver fibrosis using two non-invasive tests (eg Fibroscan-Apri, Fibroscan-Fibrotest) should be considered. In case of discordance between the results of these tests, a liver biopsy must be performed

De par l’utilisation à large échelle des nouvelles trithérapies antirétrovirales depuis 1996, la morbidité due à l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) a évolué vers l’émergence de nombreuses pathologies chroniques. Parmi celles-ci, la co-infection avec un virus hépatotrope (hépatites B, C et Delta) est fréquente, du fait de modes de transmission proches et du risque accru d’évolution vers la chronicité en contexte d’immunodépression. Première cause de maladie terminale du foie par hépatocarcinome dans le Monde, l’hépatite B chronique (VHB) concerne actuellement 10% des patients infectés par le VIH. Les déterminants de l’évolution complexe de cette pathologie, et en particulier de la fibrose hépatique dans le contexte du VIH, ont été peu étudiés, alors que les enjeux en termes de pronostic à long terme et de thérapeutique commune VIH-VHB sont importants. Nous nous sommes intéressés dans notre travail de recherche à l’étude de deux groupes de facteurs de risque de fibrose hépatique en raison de leur impact en termes de prise en charge clinique et thérapeutique des patients co-infectés VIH-VHB : les facteurs liés au VHB lui même et ceux liés aux comorbidités hépatiques associées. Considérant que l’amélioration des connaissances en matière de thérapeutique antiVHB était primordiale pour la maîtrise de la fibrose hépatique, nous nous sommes conjointement intéressés à l’évaluation du Ténofovir disoproxil fumarate, analogue nucléotidique de la transcriptase inverse présentant une double activité anti-VIH et anti-VHB. Nous avons ainsi montré l’importance du génotype du VHB comme facteur de fibrose hépatique, et en particulier du génotype G, fortement associé à un degré avancé de fibrose dans notre population. L’impact des co-morbidités hépatiques a ensuite été analysé à partir des co-infections avec d’autres virus hépatotropes tels que ceux des hépatites C (VHC) ou Delta (VHD). En présence d’une réplication active du virus de l’hépatite Delta, celles du VHC et du VHB semblent partiellement inhibées, mais la sévérité de la fibrose hépatique est déterminée par la présence de l’hépatite C même chez les patients conjointement infectés par le VHD. Enfin, nous avons étudié la dynamique de décroissance du VHB lors du traitement par Ténofovir disoproxil fumarate. Cette décroissance s’est révélée être biphasique et principalement influencée par la charge virale initiale du VHB. Le degré de fibrose hépatique et les caractéristiques virologiques des patients n’ont eu aucune conséquence clinique sur la réponse au traitement. Notre travail s’est ouvert sur des perspectives de recherches complémentaires qui nous permettront à terme de posséder assez d’éléments sur l’association entre fibrose hépatique et co-infection VIH-VHB pour proposer un modèle prédictif d’évolution de la co-infection VIH-VHB à l’ère des trithérapies antirétrovirales puissantes. Grâce aux données de qualité de vie et aux données médico-économiques recueillies prospectivement au cours du suivi de cohorte, ce modèle pourrait permettre de compléter les recommandations de prise en charge des patients co-infectés par le VIH et l’hépatite B chronique.

Les macrophages sont une cible cellulaire du VIH-1, et jouent un rôle important dans la pathogenèse virale. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée au rôle des macrophages dans la pathogenèse du VIH-1, mais aussi au cours de la co-infection avec Mycobacterium tuberculosis (Mtb), l'agent étiologique de la tuberculose. J'ai tout d'abord participé à une étude mettant en évidence que l'infection par le VIH-1 reprogramme la migration des macrophages, favorisant notamment le mode migratoire protéolytique. Cet effet est médié par l'interaction de la protéine virale Nef avec les protéines de l'hôte Hck et WASP, ce qui conduit à une modification de l'organisation et de la fonction des podosomes, structures impliquées dans la dégradation de la matrice extracellulaire et la migration dépendante des protéases. La meilleure capacité à migrer des macrophages infectés par le VIH-1 in vitro se traduit in vivo par une augmentation du recrutement des macrophages dans différents tissus de souris transgéniques qui expriment la protéine Nef. Ces travaux ont ainsi révélé un nouveau mécanisme par lequel le VIH-1 dissémine dans les tissus, via l'action de Nef dans les macrophages. L'association fréquente du VIH-1 avec Mtb complique le problème de santé publique posé par l'infection virale. En effet, Mtb aggrave la pathogenèse du VIH-1 chez les patients co-infectés. L'étude des mécanismes impliqués et le rôle des macrophages dans ce phénomène constituent les objectifs principaux de ma thèse. J'ai révélé que les macrophages infectés par Mtb génèrent un microenvironnement qui active les macrophages voisins vers un programme de polarisation anti-inflammatoire dit M(IL-10). J'ai mis en évidence que ces macrophages M(IL-10) sont particulièrement efficaces pour la production de VIH-1. J'ai démontré que le microenvironnement associé à la tuberculose entraîne la formation de nanotubes entre les macrophages, grâce à l'activation de la signalisation cellulaire médiée par l'axe IL-10/STAT3. Ces nanotubes, qui favorisent le transfert du virus d'un macrophage à un autre, sont à l'origine de la spectaculaire production de VIH-1 par les macrophages. Nous avons également constaté que ces cellules M(IL-10) s'accumulent dans la circulation sanguine des patients co-infectés ainsi que dans les poumons de primates non-humains co-infectés. Dans l'ensemble, mes travaux identifient les nanotubes comme des acteurs clés dans l'aggravation de la pathogenèse du VIH-1 lors de la co-infection avec Mtb. Ainsi, les nanotubes et la voie de signalisation IL-10/STAT3 pourraient représenter des cibles pour développer de nouvelles thérapies de lutte contre la comorbidité VIH/Mtb. Les résultats obtenus lors de ma thèse contribuent à une meilleure compréhension du rôle des macrophages dans la pathogenèse et la dissémination du VIH-1 dans un contexte de mono-infection, ou lors d'une co-infection avec Mtb
Macrophages are both crucial host effector cells for HIV-1 and important leukocytes involved in viral pathogenesis. For my doctoral thesis, I was interested in further characterizing the role of macrophages in HIV-1 pathogenesis, and during co-infection with Mycobacterium tuberculosis (Mtb), the etiological agent for tuberculosis (TB). I first participated in a study that provided evidence that HIV-1 infection reprograms the migration of macrophages, particularly by triggering the protease-dependent migration mode. This effect was mediated by the interaction of the viral protein Nef with the host proteins Hck and WASP, which leads to modification in the organization and proteolytic activity of podosomes, important structures for protease-dependent migration. The higher migration capacity of HIV-1-infected macrophages translated in vivo by an increase in the recruitment of macrophages in several tissues of Nef-transgenic mice. This work revealed a novel mechanistic understanding of how HIV-1 infection drives macrophages into tissues, contributing to viral dissemination and possibly creating a hidden cellular reservoir of virus. Worsening this public health issue posed by the HIV-1 epidemic is the frequent association of the virus with Mtb. Indeed, Mtb aggravates HIV-1 pathogenesis in co-infected individuals. Yet, the mechanisms involved in this process are still poorly understood, including the contribution of macrophages. To investigate how Mtb exacerbates the HIV-1 infection in human macrophages was the main focus of my thesis. First, I revealed that Mtb-infected macrophages generate a microenvironment that drives bystander macrophages towards phenotypic and functional features of the so-called M(IL-10) anti-inflammatory program. I found that these M(IL-10) macrophages are highly efficient for HIV-1 production. I demonstrated that the TB-associated microenvironment induces the formation of macrophage-to-macrophage connecting tunneling nanotubes (TNTs) through the IL- 10/STAT3 axis, a phenomenon that is responsible for the dramatic increase of HIV-1 production in M(IL-10) macrophages. Moreover, I provided evidence that M(IL-10) cells are expanded in the peripheral blood of co-infected patients and accumulate in the lungs of co-infected non-human primates. Altogether, this central part of my PhD thesis sheds light to TNTs as key players in the aggravation of HIV-1 pathogenesis in human macrophages during co-infection with Mtb. Thus, this cellular mechanism (together with the IL- 10/STAT3 axis) could represent an unexpected target to develop novel therapeutics against AIDS/TB co-morbidity. Collectively, the results obtained during my thesis contribute to a better understanding of the role of macrophages during HIV-1 pathogenesis and their ability to disseminate the virus in a mono-infection context, or during co-infection with Mtb

Mycobacterium tuberculosis (Mtb), la bactérie responsable de la tuberculose (TB), et le virus de l'immunodéficience humaine (VIH-1), l'agent du syndrome de l'immunodéficience acquise (SIDA), accélèrent leurs progressions mutuelles chez les patients co-infectés. Alors que de nombreuses données cliniques rapportent une augmentation de la charge virale dans les sites anatomiques co-infectés, les mécanismes qui en sont responsables restent insuffisamment décrits. Mtb cible principalement les macrophages. Nous émettons l'hypothèse que l'infection des macrophages par Mtb créé un microenvironnement propice à la réplication du VIH-1 au niveau des sites co-infectés. Pour le montrer, j'ai utilisé un modèle in vitro précédemment établi par mes équipes (le cmMTB - pour " conditioned media of Mtb-infected macrophages "). Celui-ci permet de mimer un environnement tuberculeux, par la différenciation et l'activation des macrophages vers un profil " M(cmMTB) ", largement retrouvé dans les poumons lors d'une tuberculose active. En rejoignant le laboratoire, j'ai participé à l'étude des mécanismes responsables de l'augmentation de la réplication virale dans le contexte de co-infection, en utilisant ce modèle. Nous avons trouvé que les M(cmMTB) forment de nombreux nanotubes (ponts intercellulaires), leur permettant de transférer plus de virus d'un macrophage à l'autre, et conduit à une forte augmentation de la production virale. L'objectif principal de ma thèse a donc été d'identifier, dans un contexte tuberculeux, de nouveaux facteurs impliqués dans l'augmentation de la réplication du VIH-1 dans les macrophages. Pour cela, une analyse transcriptomique des M(cmMTB) a été réalisée, révélant deux facteurs essentiels : le récepteur Siglec-1 et les interférons de type I (IFN-I) via STAT1. Dans un premier temps, j'ai étudié le rôle de Siglec-1 dans la synergie entre Mtb et le VIH-1 dans les macrophages. D'abord, j'ai montré que son expression de surface était augmentée par le cmMTB, de façon dépendante des IFN-I. Ensuite, j'ai établi que l'abondance des macrophages alvéolaires exprimant Siglec-1 chez les primates non-humains co-infectés avec Mtb et le virus de l'immunodéficience simienne corrélait avec la sévérité de la pathologie, et était associée à la signalisation des IFN-I, via l'activation de STAT1. De plus, j'ai identifié une nouvelle localisation de Siglec-1 le long d'un sous-type de nanotubes.[...]
Mycobacterium tuberculosis (Mtb), the bacteria causing tuberculosis (TB), and the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1), the etiological agent of acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), act in synergy to exacerbate the progression of each other in co-infected patients. While clinical evidence reveals a frequent increase of the viral load at co-infected anatomical sites, the mechanisms explaining how Mtb favours HIV-1 progression remain insufficiently understood. Macrophages are the main target for Mtb. Their infection by the bacilli likely shapes the microenvironment that favours HIV-1 infection and replication at sites of co-infection. To address this issue, I took advantage of an in vitro model mimicking the TB-associated microenvironment (cmMTB, "conditioned media of Mtb-infected macrophages") previously established in the laboratory; a model that renders macrophages susceptible to intracellular pathogens like Mtb. Upon joining the team, I participated in the study on how Mtb exacerbates HIV-1 replication in macrophages, using this model. We found that cmMTB-treated macrophages (M(cmMTB)) have an enhanced ability to form intercellular membrane bridges called tunneling nanotubes (TNT), which increase the capacity of the virus to transfer from one macrophage to another, leading to the exacerbation of HIV-1 production and spread. The principal objective of my PhD thesis was to identify novel factors that are involved in the exacerbation of HIV-1 replication in macrophages in the context of tuberculosis. To this end, a transcriptomic analysis of M(cmMTB) was conducted, and revealed two key factors: the Siglec-1 receptor and type I interferon (IFN-I)/STAT1 signaling. The first part of my PhD thesis dealt with the characterization of Siglec-1 as a novel factor involved in the synergy between Mtb and HIV-1 in macrophages. First, I demonstrated that its increased expression in M(cmMTB) was dependent on IFN-I. Second, in Mtb and simian immunodeficiency virus co-infected non-human primates, I established a positive correlation between the abundance of Siglec-1+ alveolar macrophages and the pathology, associated with the activation of the IFN-I/STAT-1 pathway. [...]

Le syndrome de reconstitution immunitaire (IRIS) survient chez 30% des patients coinfectés VIH-tuberculose initiant les traitements anti-rétroviraux (HAART). Nous avons analysé avant et après HAART, les caractéristiques de la réponse anti-mycobactérienne chez 11 patients IRIS+ et 13 IRIS-. Avant HAART, les patients IRIS+ avaient une plus faible proportion de lymphocytes T γδVδ2+ CD94,158a,b+. Au moment de l’IRIS, le nombre de cellules T spécifiques de la tuberculine augmente intensément, associé à un « orage » de cytokines Th1 et pro-inflammatoires. Ces cellules spécifiques sont majoritairement des LT CD4 mémoires-effectrices, associées à l’activation de cellules T sentinelles, à une diminution des DC circulantes et à un pic de lymphocytes Tγδ Vδ2+ mémoires effectrices KIR-. L’amplification des cellules anti-mycobactériennes est poly-spécifique et l’IRIS n’est pas lié à une différence de souche de Mtb. En conclusion, l’IRIS est associé à la restauration d’une immunité antimycobactérienne efficace impliquant, entre autres, l’amplification massive de lymphocytes T CD4 activés mémoires effecteurs spécifiques et de LT γδ Vδ2+ non porteurs de KIRs.

En France, de 25000 à 30 000 personnes sont co-infectées par le VIH et le virus de l’hépatite C (VHC), avec des conséquences cliniques majeures. Des progrès importants ont été accomplis ces dernières années grâce au développement de nouveaux traitements contre le VHC, efficaces et très bien tolérés. En parallèle, le nombre de patients co-infectés a globalement baissé parmi les patients infectés par le VIH, mais de nouveaux groupes à risque de transmission du VHC sont apparus dans cette population, comme les hommes ayant des rapports sexuels avec d’autres hommes. Le vécu de la co-infection reste peu documenté. Cette thèse analyse les perceptions (qualité de vie, impact fonctionnel de la fatigue) et les comportements (sexuels, addictifs) des patients co-infectés, en lien avec l’évolution de leurs paramètres cliniques, et évalue comment utiliser ces données pour améliorer la prise en charge de la co-infection et mieux cibler les actions de prévention de la transmission du VHC
Between 25,000 and 30,000 people are co-infected with HIV and hepatitis C virus (HCV) in France, with major clinical repercussions. Major therapeutic advances have been made in recent years thanks to the development of direct-acting antivirals for HCV treatment, with very good efficacy and safety profiles. In the same time, while the number of co-infected patients has globally decreased among HIV-infected patients, new groups at risk of HCV transmission have emerged in this population, such as men who have sex with men (MSM). Co-infected patients’ day-to-day experience with the disease remains poorly documented. In this work, we analyze the perceptions (quality of life, functional impact of fatigue) and behaviors (sexual risk behaviors, addictive behaviors) of co-infected patients and their relationships with clinical parameters, and we try to determine to what extent such data can be used to improve the management of co-infection and to better target HCV prevention actions

Les hépatites virales constituent un enjeu majeur de santé public dans le domaine des maladies infectieuses. L’enjeu pour les prochaines années sera de mettre en œuvre des stratégies de dépistage et de de prise en charge des hépatites virales et du VIH, en particulier chez les usagers de drogue par voie intraveineuse et dans les pays à ressources limitées. Dans ce travail de thèse nous avons évalué des outils et des stratégies nouvelles pour améliorer le diagnostic et la prise en charge des infections par le VIH et le VHC dans les pays du Sud. Notre première étude porte sur l’évaluation de la performance diagnostique de la primo-infection du VIH sur Dried serum spot (DSS) par rapport aux tests rapides. Cette étude a été rétrospectivement réalisée chez 39 cas diagnostiqué Primo-infection du VIH entre 2000 et 2012 au CHU de Montpellier. En comparant avec le résultat sur le DSS, nous avons réussi à avoir une sensibilité de 87.2% (34/39) avec PCR Ag/Ac combiné 4eGeneration (ElecsysCombi PT test reactive et Liaison XL test reactive) témoignant de la bonne performance de ce test. Nous avons réalisé par la suite une étude clinico-virologique chez 104 patients co-infectés par le VIH et le VHC à Haiphong, Vietnam (ANRS 12262). C’est pour la première fois qu’une telle étude descriptive (évaluation clinico-virologique, évaluation de la fibrose hépatique avec les marqueurs biologiques recommandés par l’OMS et également par le Fibroscan®) est réalisée dans cette population au Vietnam. L’évaluation clinique, l’analyse des tests biochimiques et virologique et celle de la fibrose par l’élastographie hépatique (Fibroscan®, Echosens) ont été réalisées Parmi 104 patients, 93 (89,4%) avaient des ARN du VHC détectable (médiane 6,19 (4,95 à 6,83 log10 UI / mL). La plupart des patients ont été infectés par les génotypes 1a/1b (69%) et les génotypes 6a/6e (26%). 43 patients (41,3%) présentaient une fibrose significative (≥ F2), dont 24 patients (23,1%) avec une fibrose extensive (F3) et/ou une cirrhose hépatique (F4). L’évaluation de la fibrose hépatique par l’élastométrie (Fibroscan®) est utilisée comme l’examen de référence à comparer avec le test APRI (AST-to-platelet ratio index) recommandé par l’OMS dans la prise en charge des patients infectés par le VHC dans les pays à ressource limitée, en prenant le cut-off élevé supérieur ou égale à 2, nous avons réussi à classifier les fibroses sévères/cirrhose hépatique avec une sensibilité à 90% et une spécificité à 84% (Se: 90%, Sp: 84%, AUROC = 0,93, IC 95%: 0,86 à 0,99).Notre dernière étude a évalué la réponse des marqueurs immunologiques à l’association de Peginterféronα (PegIFNα) et ribavirine. Nous avons étudié la concentration des 25 cytokines chez 30 patients co-infectés par le VIH et le VHC. Les résultats ont été comparés entre les patients classés « RVS » (réponse virologique soutenue) (RVS, n = 19) et les non-répondeurs (NR, n = 11). Le changement en concentration des cytokines lié à la thérapie PegIFNα-ribavirine a été observé chez les patients RVS et NR. Le changement en concentration sérique de l'IL-8, MIP-1β; et MCP-1 pourrait être associé à l'efficacité de la bithérapie PegIFNα-ribavirine chez les patients co-infectés par le VIH et le VHC.L’amélioration du dépistage et du diagnostic est un élément primordial faisant partie du contrôle de ces infections virales. Notre étude a renforcé l’hypothèse de l’utilité de DBS. Le Fibroscan® et les marqueurs biologiques (APRI Test) sont des outils intéressants pour l’évaluation de la fibrose hépatique dans les pays à ressources limitées. Mot clés : Co-infection HIV-VHC, usagers de drogues par voie intraveineuse, dried blood Ssot, fibrose hépatique, fibroscan, APRI, interféron pégylé, Vietnam
Chronic viral hepatitis is a major public health issue worldwide in the field of infectious dis and mostly affects resource-constrained countries. The challenge for the resource-limited countries is to implement the strategies for screening and management of viral hepatitis, particularly for hepatitis C among people who inject drugs.In this thesis we have evaluated new tests and strategies to improved diagnosis and therapeutic monitoring of HCV and HIV infection in low resource setting. The first study evaluated the performances of HIV testing using filter paper (DSS – Dried serum spot) compared with rapid tests during the early phase of HIV infections. A total of 39 serum samples form newly diagnosed HIV infected persons was included. Fourth generation immunoassays (ElecsysCombi PT test reactive and Liaison XL test reactive) identified 34 out of 39 HIV early infections using dried serum spot, whereas the Determine TM HIV-1/2 rapid test detected 24 out of 39 HIV positive serum (87.2% vs 61.5% respectively, p = 0.009). Fourth generation Ag/Ab immunoassays performed on DSS had good performance for HIV testing during the early phases of HIV infection. In the second study, we conducted a cross-sectional study aimed to assess the proportion of clinically significant fibrosis in HIV/HCV-co-infected patients followed in Viet Tiep Hospital in Haiphong, Northern Vietnam. From February to March 2014, 104 HIV-HCV coinfected patients receiving antiretroviral therapy (ART) were prospectively enrolled. 93 (89.4%) had detectable HCV RNA, median 6.19 (4.95-6.83 Log10 IU/mL). Patients were mainly infected with genotypes 1a/1b (69%) and genotypes 6a/6e (26%). 43 patients (41.3%) had fibrosis ≥ F2 including 24 patients (23.1%) with extensive fibrosis (F3) and/or cirrhosis (F4). Using Fibroscan® as a gold standard, the high threshold (2) of AST-to-platelet ratio index (APRI) had very good performances for the diagnosis of extensive fibrosis/cirrhosis (Se: 90%, Sp: 84%, AUROC=0.93, 95%CI: 0.86-0.99).In the last study, the impact of pegylated interferonα (PegINFα) and ribavirin therapy on T cell immune response was explored in HIV/HCV coinfected patients. Concentrations of 25 cytokines and CD8+ T cell activation were monitored in HCV/HIV co-infected patients. Results were compared between patients retrospectively classified as sustained virological responders (SVR, n=19) and non-responders (NR, n = 11). High pretreatment concentrations of IP-10 (CXCL-10) and MCP-1 (CCL-2) were associated with poor anti-HCV response. Highest rise in MIP-1β; and MCP-1 levels was observed four weeks after anti-HCV treatment initiation in SVR compared to NR, whereas a decrease of IL-8 concentration was associated with treatment failure (p= 0.052). Treatment based on drugs having immunomodulating activities may benefits from immunomonitoring using multiplex techniques. In conclusion, improving access to HIV and HCV diagnosis and monitoring are critical toward the control of these infections. Our work performed illustrate how dried blood spot, point of care testing, Fibroscan and simplified assays may contribute to HIV and HCV care in low resource setting. Key word : Co-infection HIV-HCV, IV drug user, dried blood Spot, liver fibrosis, fibroscan, APRI, Pegylated interferon, Vietnam

En 1998, le traitement de la co-infection VHC rarement discuté avant l'ère des HAART, compte tenu d'une réponse médiocre à la monothérapie par IFNα et d'un pronostic de vie lié au VIH estimé en moyenne à 10 ans, fût reconsidéré. C'est ainsi que débuta en 2000, l'essai RIBAVIC HC02, essai randomisé et multicentrique comparant l'association de la ribavirine 800 mg/j à l'Interféron 3 MUI x3/semaine ou au PEG-α-2b Interféron 1,5 μg/kg/semaine pendant 48 semaines. Une cohorte des patients inclus dans l'essai RIBAVIC (cohorte RIBAVIC EP10) débuta en 2001 pour évaluer le devenir à long terme de ces patients. L'essai RIBAVIC et la cohorte RIBAVIC ont apporté les enseignements suivants : - la cinétique de la charge virale VHC peut différer selon la nature du traitement antirétroviral. - la prévalence et les facteurs de risque de la stéatose sont similaires à ceux observés dans la population mono-infectée VHC - le taux de réponse virologique soutenue est inférieur chez les patients co-infectés (27%) comparé aux patients mono-infectés VHC (50%) - le taux de non réponse virologique (diminution de la charge virale VHC inférieure à 2 log à S12) sous traitement par pegIFN plus ribavirine est plus élevé (33%) comparé aux patients monoinfectés VHC (14%). L'interaction entre la ribavirine et l'abacavir pourrait être un facteur de risque. - l'indétectabilité de l'ARN VHC dès S4 est prédictive de la réponse à long terme (valeur prédictive positive 97%) et la décroissance de la charge virale VHC est significativement plus lente chez les patients rechuteurs comparée aux patients répondeurs long terme à S2 et à S4 - Au cours du traitement anti-VHC :1- le risque d'anémie est élevé et majoré par la coprescription de zidovudine et de ribavirine ; 2- l'amaigrissement est fréquent et sévère et peut être révélateur d'une toxicité mitochondriale ; 3- le risque bactérien n'est pas lié au taux des polynucléaires neutrophiles mais à la fibrose hépatique ; 4- le risque de toxicité mitochondriale, d'aggravation de la fibrose et de décompensation hépatique est majoré par l'interaction entre la didanosine et la ribavirine - une réponse virologique soutenue est associée à un bénéfice histologique et clinique.

La co-infection par le VIH et le virus de l’hépatite C entraine un passage plus fréquent à la chronicité de l'hépatite, une sévérité accrue et une moindre efficacité du traitement. Nous avons préalablement montré que la co-infection VIH participe à l'augmentation de la charge virale VHC, facteur péjoratif pour l’efficacité du traitement. Notre travail avait pour objectif de mieux caractériser sur le plan immunologique et virologique la co-infection VIH, en particulier dans la phase aiguë de l'hépatite. Parmi une population VIH ayant des pratiques à risque, nous avons constitué et étudié de façon prospective, une cohorte de 38 patients en phase d’hépatite C aiguë. L'évaluation d'un nouveau test de dépistage associant la détection de l'antigène et des anticorps anti-VHC nous a permis de proposer une stratégie optimale pour le suivi des patients VIH à risque d’infection VHC. Nous avons observé que l’hépatite C chez les co-infectés VIH est caractérisée par un faible taux de guérison spontanée (9%) et de faibles réponses immunes cellulaires spécifiques du VHC, médiées principalement par des cellules T CD4 de type effecteur-mémoire. Ces cellules spécifiques, rares dans le sang périphériques, ont pu être ainsi caractérisées après expansion in vitro. Nous avons montré un caractère favorable potentiel des réponses immunes anti-VHC dans l’évolution spontanée ou sous traitement. Les altérations immunes liées au VIH affectent la mise en place de l’immunité anti-VHC cellulaire et humorale, mais pas l’efficacité du traitement du VHC lorsqu’il est instauré précocement. Ces arguments plaident en faveur d'un diagnostic et d'une proposition de traitement anti-VHC les plus précoces possibles

L’Organisation Mondiale de la Santé estime qu’en 2017 près d’un million d’enfants de moins de 15 ans ont développé la tuberculose mais seulement la moitié des cas ont été notifiés. Les difficultés pour recueillir des échantillons de crachat chez les enfants et la nature paucibacillifère de la tuberculose pédiatrique représentent de véritables challenges diagnostiques. Cela aboutit à la prescription fréquente de traitement empirique avec un risque de sur- ou sous-diagnostic. De plus, peu de laboratoires dans les pays à ressources limitées ont les capacités du diagnostic de la tuberculose. Les échantillons doivent être transportés vers des laboratoires de référence pouvant affecter les performances des tests, notamment en l’absence de chaine de froid.Trois études ont été menées à Mbarara (Ouganda) pour évaluer des échantillons non-respiratoires et des méthodes de conservation des échantillons pour améliorer le diagnostic de la tuberculose de l’enfant. Dans la première étude, nous avons évalué les performances de l’XpertMTB/RIF sur les expectorations et les selles d’enfants avec présomption de tuberculose et nous avons documenté le devenir des enfants selon la décision thérapeutique. Dans la deuxième étude, nous avons évalué les performances de l’XpertMTB/RIF dans les selles et du test lipoarabinomanann (LAM) dans les urines chez des enfants admis dans un état critique. Dans la troisième étude, nous avons déterminé le taux de détection avec XpertMTB/RIF et la culture MGIT d’échantillons de crachats frottis-positifs conservés à température ambiante sans traitement, ou traités avec Omnigène ou éthanol à différents périodes de temps.Sur 392 enfants (âge médian 3,9 ans, 45,5% de filles et 31% VIH positifs) inclus dans la 1e étude, 4,3% ont été confirmés microbiologiquement. L’XpertMTB/RIF dans le crachat avait une sensibilité de 90,9% et une spécificité de 99,1% contre un test de référence microbiologique. La sensibilité et la spécificité de l’Xpert dans les selles étaient de 55,6% et 98,2%. La mortalité était de 6,9% à trois mois, et était plus importante chez les enfants traités (10,7%) que chez les enfants non-traités (4,5%). Aucun des enfants traités pour une tuberculose microbiologiquement confirmée n’est décédé contre 12,3% de ceux traités de façon empirique.Parmi les 234 enfants (âge médian 16,5 mois, 48,3% de filles, 31,6% VIH positifs et 58,5% sévèrement malnutris) inclus dans la 2e étude, 5,1% avaient une tuberculose microbiologiquement confirmée. XpertMTB/RIF dans les selles avait une sensibilité de 50% et une spécificité de 99,1%. La sensibilité du test urinaire LAM était de 50% et la spécificité de 74,1%. Les faux positifs LAM étaient plus fréquents parmi les résultats positifs LAM de bas grade et dans les urines avec une contamination bactérienne.Dans la 3e étude, après 15jours, il n’y avait pas de différence de détection par XpertMTB/RIF entre les échantillons traités avec Omnigène ou éthanol et les échantillons non traités, ne montrant pas de bénéfice de l’ajout d’un conservateur. Nous avons décrit une baisse substantielle de viabilité de Mycobacterium tuberculosis dans les échantillons traités par Omnigène, ce qui n’est pas en faveur de l’utilisation de l’Omnigène pour le transport des échantillons avant culture MGIT.En conclusion, XpertMTB/RIF dans les selles a montré des résultats prometteurs chez les enfants ne pouvant pas cracher et pourrait être une alternative intéressante à des méthodes plus complexes comme l’induction du crachat et l’aspiration gastrique pour les centres de santé primaire des pays à ressources limitées. La faible spécificité du LAM dans les urines nécessite des investigations complémentaires avant son utilisation pour le diagnostic de la tuberculose de l’enfant. En dépit des résultats encourageants de l’XpertMTB/RIF sur les échantillons conservés avec Omnigène ou l’éthanol, des investigations complémentaires dans des conditions programmatiques sont nécessaires
The world health organization estimates that in 2017, close to 1 million children below 15 years developed tuberculosis but only half of them were notified. Difficulty to obtain sputum in children and the paucibacillary nature of intrathoracic childhood tuberculosis challenge the diagnosis of tuberculosis in children. This leads to the common use of empirical treatment with a high risk of over or under diagnosis. Besides that, few facilities in low resource settings have adequate laboratory capacity to diagnose tuberculosis. Samples must be transported to a reference laboratory, which can effect performance of the tests, especially in the absence of cold chain.Three studies were conducted in Mbarara (Uganda) to evaluate non-respiratory samples and specimen preservation methods to improve diagnosis of pediatric tuberculosis. In the first study, we assessed the performance of XpertMTB/RIF on sputum and stool in children with presumptive tuberculosis and documented outcomes of children according to the tuberculosis treatment decision. In the second study, we assessed the performance of stool XpertMTB/RIF and urine lipoarabinomanann (LAM) among children admitted with severe illness. In the 3rd study, we determined XpertMTB/RIF and MGIT culture recovery rates of smear positive sputum specimen kept untreated at room temperature and treated with either Omnigene or ethanol over different time periods.Of 392 children (median age 3.9 years, 45.4% female and 31% HIV infected) enrolled in the 1st study, 4.3% (17/392) were microbiologically confirmed tuberculosis. Using a microbiological reference standard, sputum XpertMTB/RIF had a 90.9% sensitivity and specificity of 99.1%. The sensitivity and specificity of stool XpertMTB/RIF was 55.6% and 98.2%. The study reported mortality of 6.9% within three months with a higher proportion (10.7%) among children treated for tuberculosis compared to the non-treated children (4.5%). None of treated children with bacteriologically confirmed tuberculosis died compared to 12.3% of those treated empirically.Of 234 patients (median age 16.5 months, 48.3% female, 31.6% HIV infected, 58.5% severely malnourished) enrolled in the 2nd study, 5.1% were microbiologically confirmed tuberculosis. Stool XpertMTB/RIF had a sensitivity of 50% and specificity of 99.1%. For the urine LAM test, it was 50% and 74.1%, respectively. False positive LAM results were more common among low grade positive LAM results and occurred more frequently when urine samples had bacterial contamination.The 3rd study documented that by 15th day, there was no difference of XpertMTB/RIF recovery rate between samples treated with Omnigene or ethanol and untreated samples, meaning that in the study conditions there was no benefit of adding any preservative for samples stored at room temperature up to 15 days. We observed a substantial loss of viability of Mycobacterium tuberculosis on samples treated with Omnigene, which does not support the use of Omnigene for sample transportation before MGIT testing.In conclusion, XpertMTB/RIF on stool gave promising results for the use in children unable to provide sputum and could be an interesting alternative to more complex methods such as sputum induction and gastric aspirate for primary health care centers of limited resource countries. The low specificity of the urine LAM requires further investigation before its use for diagnosis of tuberculosis in children. Despite the encouraging XpertMTB/RIF results from specimen preserved either with Omnigene or ethanol further evaluation under routine field conditions is necessary

L'importance de la recombinaison génétique dans l'évolution du VIH-1 est telle qu'elle pourrait constituer une étape à part entière du cycle infectieux du virus. Ce phénomène n'est possible qu'à la suite d'une double infection cellulaire. Cependant, l'infection d'une cellule par un virus VIH-1 réduit sa susceptibilité à se faire réinfecter par un phénomène dit d'interférence virale. Nos objectifs étaient de caractériser la dynamique de la susceptibilité cellulaire aux doubles infections VIH-1 ainsi que d'identifier les possibles modifications de ce paramètre en fonction du délai de double infection à la recherche des différents acteurs à l'origine de ces variations. Pour réaliser les doubles infections (coinfections et superinfections), in vitro, nous avons utilisé deux types de particules virales VIH-1 chacune possédant une protéine rapportrice différente, la protéine GFP et la protéine HSA. Ces particules virales nous ont permis, par cytométrie de flux, de suivre les distributions de ces deux infections en fonction du délai de temps entre les deux évènements. Nous proposons une approche originale pour quantifier certains des mécanismes induits par différents acteurs de l'interférence virale HIV-HIV après la 1ère infection. Alors que seule l'expression de Rev au sein des cellules infectées est nécessaire et suffisante pour fortement diminuer la distribution des superinfections, l'expression d'autres gènes viraux permet d'appliquer une restriction virale supplémentaire. Nous démontrons également qu'en absence de ces mécanismes viraux indépendants mais complémentaires, les cellules infectées conserveraient dans le temps une susceptibilité accrue aux doubles infections
The importance of genetic recombination in the evolution of HIV-1 is such that it could be a separate step in the infection cycle of the virus. This phenomenon is possible only after a double cellular infection. However, infection of a cell by an HIV-1 virus reduces its susceptibility to be reinfected by a phenomenon called viral interference. Our objectives were to characterize the dynamics of cell susceptibility to HIV-I infection doubles and identify possible changes of this parameter based on the dual infection time to research the different actors at the origin of these variations. To achieve the dual infections (co-infections and superinfection), in vitro, we used two types of HIV-1 viral particles each having a different rapporteur protein, GFP and HSA protein. These virus particles allowed us, by flow cytometry, follow the distributions of these two infections versus time delay between the two events. We propose a novel approach to quantify some of the mechanisms induced by different actors of the HIV-viral interference after the first HIV infection. While only the expression of Rev within infected cells is necessary and sufficient to significantly reduce the distribution of superinfection, the expression of other viral genes used to apply an additional viral restriction. We also demonstrate that in the absence of these independent but complementary viral mechanisms, infected cells retain over time an increased susceptibility to infections doubles

La leishmaniose viscérale (LV) est une infection opportuniste chez les patients infectés par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). Malgré le traitement par les antirétroviraux et un traitement de la LV bien conduit, l'évolution vers des récidives est fréquente. La l ere partie de ce travail a consiSté en une étude "bio-clinique" menée sur une cohorte de 27 patients co-infectés Leishmania/VIH suivis au long cours, elle a permis de mettre en évidence des facteurs de risque de survenue de L V, de montrer l'intérêt majeur de la PCR pour le suivi clinique et thérapeutique de cette affection et de définir une forme évolutive de LV particulière à ce type de patients. Le défaut de réponse thérapeutique à l'amphotéricine B chez ces patients nous a conduit à caractériser les isolats de L. Infantum afin de déterminer la nature des épisodes secondaires de LV (ré-infection ou rechute) et à étudier leur chimiosensibilité in vitro. Nous avons donc mis au point et évalué différentes méthodes de test de chimiosensibilité sur promastigotes et amastigotes. La sensibilté à l'amphotéricine B et aux dérivés antimoniés a été évaluée. Enfin, l'ergostérol constituant la cible privilégiée de l'amphotéricine B , nous avons analysé la modification de la composition de la membrane de parasites résistants et sensibles. Ces travaux ont permis de valider trois modèles de test de chimiosensibilité in vitro. L'absence de détection de résistance à l'amphotéricine B des isolats in vitro malgré une non-réponse clinique, le fort taux de résistance aux dérivés antimoniés, ainsdi que les modifications de la composition membranaire en stérols de souches résistantes à l'amphotéricine B sont discutés
Visceral leishmaniasis (VL) is an opportunistic infection in HIV-I-positive patients. Recurrences are frequent despite Highly Active Anti-Retroviral Therapy and adequate antileishmanial treatment. The first part of this work consisted in a 'bioclinical' study of a cohort of 27 Leishmania/HIV co-infected patients which were followed-up in the long term; this allowed (i) highlighting VL risk factors, (ii) showing the major interest of PCR in clinical and drug treatment follow-up of these patients, and (iii) defining a nosological entity of VL specific to this kind of patients. The inefficiency of amphotericin B treatment in these patients then lead us on the ione hand, to characterize Leishmania infantum isolates in order to determine the nature of their secondary episodes of VL (relapse or re-infection), and, on the other hand, to study the in vitro drug sensitivity of the same isolates. Different methods of in vitro drug susceptibility testing were perfected and evaluated using both promastigote and amastigote forms. Sensitivity to amphotericin Band antimonials was evaluated. Finally, ergosterol being the target of amphotericin B, we analyse the modifications in membrane sterol composition of sensitive and resistant parasites. These studies permitted to validate three in vitro drug susceptibility methods. The apparent absence of in vitro resistance to amphotericine B despite an absence of clinical response, the high resistance rate to antimonials and the modifications in membrane sterol composition of amphotericin B resistant strains are discussed

LA TRANSMISSION MERE-ENFANT (TME) EST RESPONSABLE DE PLUS DE 90% DU NOMBRE D'ENFANTS INFECTES PAR LE VIH-1. LES ANTIRETROVIRAUX (ARV) ONT PERMIS DE REDUIRE EFFICACEMENT LA TME DU VIH-1 DANS LES PAYS DEVELOPPES. AVANT L'AN 2000, IL N'Y AVAIT PAS DE PROGRAMME DE PREVENTION DE LA TME DU VIH-1 AU CAMEROUN. LES OBJECTIFS PRINCIPAUX DE CETTE THESE ETAIENT DE CONTRIBUER A LA MISE EN PLACE D'UN PROGRAMME DE PREVENTION DE LA TME DU VIH-1 AU CAMEROUN EN UTILISANT LA NEVIRAPINE (NVP) ET D'ETUDIER DES FACTEURS ASSOCIES AU CONTROLE OU NON DE LA TME COMME L'ENVIRONNEMENT CYTOKINIQUE DU PLACENTA ET LES CONFECTIONS PALUSTRES. NOS RESULTATS INDIQUENT QUE LE TAUX DE TME DU VIH-1 AVEC LA NVP ETAIT DE 13% ET CECI DANS UN CONTEXTE DE FORTE DIVERSITE VIRALE ET DE FAIBLE RESISTANCE INITIALE DU VIH-1 AUX ARV (MOINS DE 5%). UNE VARIABILITE IMPORTANTE DES NIVEAUX DE CYTOKINES (ARNM ET SECRETION) ETAIT OBSERVEE DANS LES PLACENTAS DES FEMMES VIH-1 NEGATIVES ET POSITIVES. LORSQUE LES PARAMETRES CLINIQUES ETAIENT PRIS EN CONSIDERATION, DES DIFFERENCES SIGNIFICATIVES ETAIENT OBSERVEES ENTRE LES FEMMES VIH-1 NEGATIVES ET POSITIVES AVEC UNE PREDOMINANCE DU TNF-oc CHEZ LES POSITIVES. LA PARASITEMIE PALUSTRE ETAIT PLUS ELEVEE CHEZ LES FEMMES VIH-1 POSITIVES. NOS RESULTATS INDIQUENT EGALEMENT QUE LE PALUDISME MODULAIT L'ENVIRONNEMENT CYTOKINIQUE PLACENTAIRE. NOUS AVONS MONTRE EN PARALLELE QUE LE TNF-a, QUI EST ELEVE LORS DU PALUDISME, AUGMENTE LA REPLICATION VIRALE DANS DES HISTOCULTURES DE PLACENTAS INFECTES PAR LE VIH-1. CES RESULTATS CONFIRMENT L'EFFICACITE DE LA NVP POUR REDUIRE LA TME DU VIH-1. CEPENDANT LE PALUDISME POURRAIT DIMINUER CETTE EFFICACITE EN MODIFIANT LES PROFILS DE CYTOKINES PLACENTAIRES
More than 90% of hiv-1 infected children acquire the virus through mother-to-child transmission (mtct). Antiretroviral (arv) prophylaxis have greatly reduced mtct of hiv-1 in the developed world. Before 2000, no effective program on the prevention of mtct existed in cameroun. The main objectives of this thesis were to contribute in the initiation of a program on the prevention of hiv-1 mtct in cameroun using nevirapine (nvp) and to study factors associated with the control or not of mtct such as the placental cytokine profiles and malaria confections. We observed a 13% mtct of hiv-1 with nvp prophylaxis in a context of a large hiv-1 diversity in yaounde. Less than 5% of the pregnant women naïve of arv treatment presented resistant mutations to arv. A high variability was observed in the mrna expression and secretion of cytokines in the placentas of both hiv-1 negative and positive women. Analyses considering clinical parameters revealed significant differences between hiv-1 negative and positive women, with tnf-a predominating in the hiv-1 positive group. Malaria parasitemia was significantly higher among hiv-1 positive women. Malaria parasite was observed to greatly alter the placenta cytokine environment. We then showed in parallel that tnf-a, which is associated with malaria, enhanced viral replication on hiv-1 infected placental histocultures. Together, these results show that nvp is efficient in the prevention of hiv-1 mtct and that malaria could alter this efficiency by modulating the placental cytokine environment

RESUMO - Introdução: Actualmente 11,3 milhões de indivíduos estão co-infectados pela Tuberculose/Vírus Imunodeficiência Humana (TB/VIH), uma das principais causas de incapacidade e morte no mundo. É determinada pela exposição dos indivíduos aos factores de risco e condições/determinantes sociais de saúde. Várias são as medidas criadas a nível nacional e internacional na luta contra TB e a infecção VIH. Objectivo: Caracterizar e comparar os casos de TB entre os indivíduos não infectados com VIH e os infectados com VIH, considerando as características sócio-demográficas, o tratamento, patologias associadas e factores de risco. Método: Estudo descritivo, quantitativo e observacional. A informação foi obtida a partir da base de dados do Sistema Nacional de Vigilância Epidemiológica da Tuberculose dos casos de TB notificados entre 1 de Janeiro de 2008 a 31 de Dezembro de 2009. Para tratamento e análise estatística (descritiva e inferencial) o programa usado foi o SPSS versão 18,0. Resultados: 12,8% dos indivíduos estavam co-infectados com TB/VIH e 87,2% não estavam co-infectados. A presença de VIH nos casos de tuberculose apresenta evidência de relação com quase todas variáveis em estudo (p<0,00) excepto a presença de insuficiência renal (p<0,307). Apresentam maior probalidade de risco da co-infecção TB/VIH os homens, a faixa etária [35;44[, os estrangeiros, os desempregados, estar em retratamento e fumar. Os indivíduos com Doença Hepática (OR= 5,238; IC95%: 3,706;7,403; ORA = 3,104; IC95%: 2,164;4,454), patologias associadas (OR=13,199; IC95%: 11,246; 15,491; ORA=21,348; IC95%:17,569; 25,940) e factores de risco (OR=3,237; IC95%: 2,968; 3,531; ORA=2,644; IC95%: 2,414; 2,985) tem maior probalidade da co-infecção TB/VIH. O ajustamento para o sexo e a idade interferiu em todas variáveis em estudo. Conclusão: Os homens, da faixa etária [35;44 [, desempregados, estrangeiros, em retratamento, fumadores apresentam maior probalidade de risco de estar co-infectado com TB/VIH.
ABSTRACT - Introduction: Currently 11.3 million people are co-infected with TB/Human Immunodeficiency Virus (TB/HIV) infection, a major cause of disability and death worldwide. It’s determined by the exposure of individuals to risk factors and Social Determinants of health. Several measures are established nationally and internationally in the fight against TB and HIV. Objectives: Characterize and compare the cases of TB among individuals not infected with HIV and those are infected with HIV, considering the socio-demographic characteristics, treatment, comorbidities and risk factors. Methodology: A descriptive, observational and quantitative. The information was obtained from the database of the National Epidemiological Surveillance of Tuberculosis TB cases reported between 1 January 2008 to 31 December 2009. For treatment and statistical analysis (descriptive and inferential) program used was SPSS version 18,0. Results: 12,8% of individuals were co-infected with TB / HIV and 87,2% were not co-infected. The presence of HIV in tuberculosis cases has evidence of relationship with almost all study variables (p<0.00) except for the presence of renal failure (p <0.307). Have a higher probability of risk of co-infection TB/HIV men, age [35, 44 [, foreigners, unemployed, be in retreatment and smoking. Patients with Liver Disease (OR = 5,238; 95% CI: 3,706; 7,403; AOR = 3,104; 95% CI: 2,164; 4,454), associated pathologies (OR = 13,199; 95% CI: 11,246; 15,491; AOR = 21,348; 95% CI: 17,569; 25,940) and risk factors (OR = 3,237; 95% CI: 2,968; 3,531; AOR = 2,644; 95% CI: 2,414; 2,985) have greater likelihood of co-infection TB/HIV. The adjustment for sex and age interfered in all study variables. Conclusion: Individuals males, age range [35; 44 [, unemployed, foreigners, being on retreatment, who smoke have a higher probalidade of risk of being co-infected with TB/HIV.

Les interférons de type I (IFN-I) peuvent être produits par toutes les cellules mais les rares cellules dendritiques plasmacytoïdes en sont les principales cellules productrices. L’IFNa orchestre de nombreux mécanismes pathogéniques dans l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1). L’étude de modèles physiologiques et pathophysiologiques peut fournir des informations cruciales sur les moyens d’exploiter la signalisation de l’IFNa dans un but thérapeutique. Les pDCs de femmes produisent plus d’IFNa en réponse à la stimulation du récepteur Toll-like 7 (TLR7) que les pDCs d’hommes. Les mécanismes impliqués dans cette différence n’ont été que partiellement identifiés. Nous démontrons ici un mécanisme par lequel la plus forte expression d’IRF5 dans les pDCs chez les sujets sains féminins, sous le contrôle d’ERa, participe à leur production plus élevée d’IFNa en réponse à TLR7. La co-infection par le virus de l’hépatite C (VHC) est aujourd’hui l’une des principales causes de mortalité parmi les individus infectés par le VIH-1. Nous avons émis l’hypothèse que l’activation immunitaire chronique plus élevée rapportée chez des individus co-infectés par le VIH-1 et VHC pourrait être due à un dysfonctionnement de la voie de TLR7/IFN-I dans les pDCs. Nos données montrent que le VHC entraîne, chez des individus infectés par le VIH-1, des altérations associées aux pDCs et à l’IFNa, qui sont associées ˆ la sévérité de la maladie hépatique. Nos résultats suggèrent que les patients co-infectés par le VIH-1 et le VHC, même à fibrose minime, pourraient bénéficier d’un traitement plus précoce
Type I interferons (IFN) can be produce by any cell type but plasmacytoid dendritic cells (pDC) are the main producers. IFNa orchestrates multiple pathogenic mechanisms in human immunodeficiency virus 1 (HIV-1). Studying physiological and pathophysiological model scan provide critical informations on how to harness IFNa signaling for therapeutic purposes. pDCs from females produce more IFNa upon Toll-like receptor (TLR) 7 stimulation than pDCs from males. The mechanisms underlying such difference have only been partially identified. We demonstrate here a mechanism by which increased IRF5 expression in females, under the control of the esrogen receptor a, contribute to increased IFN? production upon TLR7 stimulation. HCV co-infection is one of the major cause of mortality among HIV-1 infected individuals. We hypothesized that increased chronic immune activation observed in HCV-HIV-1 co-infected individuals may be related to altered TLR7/IFNa signaling in pDCs. Our data show that HCV triggers alterations in pDCs and IFNa signaling in HIV-1 co-infected individuals, which are associated to hepatic disease severity. Our results suggest that HCV-HIV-1 co-infected individuals, even with minimal fibrosis, may benefit from ealier treatment initiation

La tuberculose est une maladie ancienne et ré-émergente qui constitue un véritable problème de santé publique dans le monde. L’émergence de la tuberculose à souches de M. tuberculosis multirésistantes et ultrarésistantes aux antituberculeux en plus de la pandémie du VIH/Sida, représentent un défi majeur dans la lutte contre la tuberculose pour son contrôle et son élimination. Ce contrôle de la tuberculose nécessite des mesures en santé publique et au niveau de l’individu. Ces mesures concernent la disponibilité et l’accessibilité à des tests de diagnostic rapides, des traitements efficaces et des outils de surveillance et de contrôle.Nos travaux concernent la recherche, le développement et la validation de méthodes moléculaires multiplexées, souvent basées sur le polymorphisme des loci CRISPR (Clustered Regularly Interspersed Palindromic Repeats). Elles sont rapides, à haut débit, moins onéreuses et applicables pour la santé publique (transmission de la tuberculose sensible et multirésistante, évaluation des programmes nationaux de tuberculose) mais aussi pour un meilleur diagnostic dans l’intérêt du patient (antibiogramme moléculaire, identification infra-spécifique). C’est ainsi que nous avons développé et validé le spoligoriftyping (méthode de génotypage combiné à la détection moléculaire de la résistance de M. tuberculosis à la rifampicine), le “TB-SPRINT” (Spoligoriftyping plus la détection moléculaire de la résistance à l’isoniazide) et le sous-typage de M. africanum. Ces différentes méthodes, aux performances (sensibilité/spécificité) satisfaisantes (99/100% pour le spoligoriftyping, 95/100% en moyenne pour le “TB-SPRINT”) ont servi à des études d’épidémiologie moléculaire dans des pays comme le Pakistan, le Nigéria et le Brésil. D’autres travaux en cours portent sur le génotypage basé sur les CRISPR d’autres espèces (Salmonella enterica, Legionella pneumophila) et sur des études de génomique comparative. Nos tests, utilisés en routine, replacent le laboratoire au cœur de la lutte anti-tuberculeuse et permettront d’importantes avancées en Santé Publique et Microbiologie médicale et environnementale
Tuberculosis (TB) remains a major public health concern worldwide despite all the efforts to fight this disease. The emergence of multi drug and extensively drug resistant TB and the pandemic of HIV/AIDS constitute major threats and challenge for the TB control and eradication. TB control requires measures in public health and in individual level as accessibility to tests for early diagnostic, effective treatment and tools for tuberculosis surveillance and control.The goals of this work were research, development and validation of new molecular multiplexed methods based on polymorphism of the CRISPR (Clustered Regularly Interspersed Palindromic Repeats) loci and single nucleotides polymorphisms. These methods are rapid, high throughput, cheap and can be applied both for public health purposes (transmission of susceptible and multi-drug resistant tuberculosis, evaluation of national TB programs) as for interest of TB patient (drug resistance testing, infra-specific identification). Thus we developed spoligoriftyping and “TB-SPRINT” tests that allow genotyping and rifampicin or rifampicin and isoniazide resistance detection. Another test was developed for subtyping of M. africanum. All these methods had high performances (sensitivity/specificity), 99/100% for the spoligoriftyping and about 95/100% for the “TB-SPRINT” and were applied for molecular epidemiology studies of countries as Nigeria, Brazil and Pakistan. Other ongoing work and developments of genotyping methods are the spoligotyping of L. pneumophila and S. enterica and comparative genomics projects.Used in routine, our methods may play key roles in TB control and would allow important advances in Public Health, in medical and environmental Microbiology

Les VIH-1 sont caractérisés par une forte diversité génétique et la recombinaison génétique constitue un facteur important de leur évolution. Malgré leur grande divergence génétique, les VIH-1 groupe M, pandémique, et groupe O, endémique au Cameroun, peuvent générer des formes recombinantes intergroupes MO. La description actuellement de 19 formes recombinantes VIH-1/MO (URF_MO), dont 10 au cours de ces dix dernières années, pose la question d’un éventuel avantage conféré par la recombinaison et des modalités de leur émergence. Les objectifs de ce travail étaient donc d’étudier le potentiel réplicatif ainsi que l’émergence in vitro et in vivo de formes recombinantes VIH-1/MO. Le potentiel réplicatif a été étudié sur la base d’un profil simple de recombinaison [Ogag/pol-Menv], avec un point de cassure dans Vpr, du fait de l’observation d’un point chaud de recombinaison dans cette région. Après de multiples essais pour construire un clone moléculaire infectieux chimérique (CMIC) à partir de clones moléculaires infectieux parentaux de VIH-1/M sous-type B et de VIH-1/O sous-groupe T, un CMIC pVIH-1/OM a été synthétisé et a permis la génération de virus recombinants par transfection puis co-culture. Un stock a été généré afin de comparer son potentiel réplicatif par rapport à celui des souches parentales VIH-1/M et VIH-1/O. Deux marqueurs ont été suivis dans les surnageants de culture : l’activité de la Transcriptase Inverse (TI) et la quantité d’Ag P24. Les résultats ont mis en évidence une supériorité de la souche parentale de groupe M par rapport à celle de groupe O pour les deux marqueurs. En revanche, pour la souche recombinante VIH-1/OM, les données d’activité de la TI ne se superposaient pas à celle de la quantité d’AgP24, suggérant un comportement hybride du recombinant, en termes d’activité enzymatique et de production d’AgP24. In vitro, les modalités d’émergence ont été appréhendées par l’étude de la génération de points de cassure au sein des LTRs initialement différents du recombinant VIH-1/OM généré et dans lesquels un évènement de recombinaison devait avoir lieu pour les rendre identiques. La cinétique d’émergence et les profils de recombinaison ont été analysés par la méthode SGA, afin de caractériser les quasi-espèces ARN et ADN. Nos résultats ont mis en évidence une localisation préférentielle de la recombinaison dans la région R des LTRs, avec trois motifs majoritaires de recombinaison (506-513pb, 513-522pb et 523-547pb), dont le second prédominait en fin de culture. Notre modèle expérimental a été validé en comparant ces résultats aux données in vivo des URF_MO décrites. D’autres motifs de recombinaison ont été observés in vivo, suggérant qu’il n’existe pas de motif et de mécanisme uniques de recombinaison. In vivo, nous avons eu l’opportunité de décrire un cas de recombinaison MO, révélant une double infection VIH-1/M+O non diagnostiquée, chez une patiente présentant des résultats de génotypage de résistance discordants par rapport à ses antériorités VIH-1/M. Ce travail a permis de caractériser la dynamique de réplication des populations virales VIH-1/M et VIH-1/O avant recombinaison, puis celle du recombinant VIH1/MO. Le suivi immuno-virologique de la patiente a permis de dater l’émergence de cette forme recombinante, probablement favorisée par les dysobservances thérapeutiques et la succession d’échecs virologiques. Ce cas souligne la difficulté de prise en charge de telles situations, et, en particulier, la nécessité de traitements antirétroviraux actifs sur les trois populations virales. En conclusion, nos résultats apportent de nouveaux éléments de compréhension du phénomène de recombinaison entre VIH et nous offrent de nombreuses perspectives de travail
HIV-1 are characterized by a high genetic diversity and genetic recombination has an strong impact on their evolution. Despite their great genetic divergence, HIV-1 group M, pandemic, and group O, endemic in Cameroon, can generate HIV-1/MO intergroup recombinants. The current description of 19 HIV-1/MO recombinant forms (URF_MO), including 10 in the last ten years, raises the question of a possible benefit of the recombination and the modalities of their emergence. Therefore, the objectives of this study were to study the replicative potential and the in vitro and in vivo emergence of HIV-1/MO recombinant forms. The replicative potential was analyzed, based on a simple recombination pattern, [Ogag/pol-Menv], harbouring a breakpoint in Vpr, due to a recombination hotspot in this region. After many attemptsto generate Chimeric Infectious Molecular Clone (CIMC) from HIV-1/M subtype B and HIV-1/O subgroup T parental infectious molecular clones, a CIMC pVIH-1/OM was synthesized and provided recombinant viruses by transfection and co-culture. A stock was generated to compare the replicative potential of recombinant viruses with HIV-1/M and HIV-1/O parental strains. Two markers were monitored in culture supernatants: Reverse Transcriptase (RT) activity and P24 antigen quantity. The results showed a superiority of the group M parental strain compared to group O for both markers. In contrast, for the HIV-1/OM recombinant strain, RT activity data did not overlap with the amount of P24 antigen, suggesting an hybrid behaviour of the recombinant, in terms of enzyme activity and P24 production. In vitro, the emergence modalities were apprehended by the study of the generation of breakpoints within the LTRs, initially discordant, of the generated HIV-1/OM recombinants and in which a recombination event had to occure to become identical. Emergence kinetics and recombination profiles were analysed, using a Single Genome Amplification strategy, in order to characterize RNA and DNA quasi-species. Our results showed a preferential localization of recombination in the R region of LTRs, with three major recombination patterns (506-513bp, 513-522bp and 523-547bp), the second one predominating at the end of culture. Our experimental model was validated by comparing these results with the in vivo data from URF_MOs. Other recombination patterns were observed in vivo, suggesting that patterns and mechanisms of recombination are not unique. In vivo, we had the opportunity to describe a unique case of HIV-1/MO recombination which revealed an undiagnosed HIV-1/M+O dual infection, based on discordant results in a routine drug-resistance test in an individual initially diagnosed as HIV-1/M. This work allowed us to characterize the replication dynamics of the HIV-1/M and HIV-1/O viral populations before recombination, and that of the HIV-1/MO recombinant. The immunovirological follow-up of this patient has allowed to date the emergence of this recombinant form, probably favored by therapeutic dysobservances and the succession of virological failures. This case highlights the complexity of following such situations and the need, in particular, for antiretroviral therapy active on the three viral populations. In conclusion, our findings provide new insights into the phenomenon of HIV recombination and offer many opportunities to work

Les traitements simultanés des antituberculeux et de thérapie antirétrovirale (ARV) chez les patients co-infectés par le VIH et la tuberculose (TB) peut être compliqué en raison de la survenue du syndrome inflammatoire de reconstitution immunitaire associé à la TB (TB-IRIS) dont le diagnostic est basé sur les manifestations cliniques. La compréhension de l’immunopathologie de TB-IRIS est cruciale pour améliorer le diagnostic et la prise en charge des patients. L'immunité innée semble de plus en plus jouer un rôle dans le TB-IRIS. Dans la présente thèse de doctorat, j'ai étudié le rôle de l'immunité innée cellulaire, notamment des cellules NKT et γδ t, ainsi que l'implication des marqueurs soluble plasmatique : IL-1Ra, sCD14 et sCD163 liés à l’activation des monocytes/macrophages dans la survenue de l’iris chez les patients co-infectés par le VIH et TB au Cambodge.Les résultats ont montré que : 1/. Le TB-IRIS est associé a une forte activation des cellules γδ T et des sous populations γδ2+ avant l’initiation des ARV, 2/. Aucun des marqueurs IL-1Ra, sCD14 et sCD163 n’était prédictif de la survenue de l’iris. L'analyse longitudinale des taux plasmatiques d’ IL-1Ra pourrait être utile pour le diagnostic de l’iris et l’évaluation de la réponse au traitement antituberculeux. En conclusion, nos résultats révèlent l’association entre une activation importante de l’immunité innée et l’émergence de TB-IRIS dans la physiopathologie. De plus, nos données apportent des nouveaux éléments de l'iris et des marqueurs pour évaluer l'efficacité du traitement antituberculeux
Simultaneous anti-tuberculosis and antiretroviral (ARY) therapy in HIV and tuberculosis (TB) co-infected patients can be complicated due to the occurrence of TB-associated immune reconstitution inflammatory syndrome (TB-IRIS). The diagnosis test of TB-IRIS is not yet available and mainly based on clinical data. A better understanding of TB-IRIS immunopathology is crucial to improve diagnostic test and patients’ clinical outcomes. Innate immunity seems increasingly play a role in TB-IRIS. In the present doctoral thesis, is studied the role of cellular innate immunity, including NKT and γδ t cells, and as well as the implication of IL-1Ra, sCD14 and sCD163 plasma soluble markers related to the activation of monocytes/macrophages in the development of iris in HIV and TB co-infected patients in Cambodia. The results have shown that 1/. TB-IRIS is associated with a strong activation of γδ t cells and γδ2+ subset before initiation of ARY, 2/. None of IL-1Ra, sCD14 and sCD163 markers was predictive of the onset of iris. Longitudinal analysis of IL-1Ra plasma level could be useful for the diagnosis of the iris occurrence and for the evaluation of response to TB-IRIS In conclusion, our results reveal the association between important activation of innate immunity and the emergence of TB-IRIS in the physiopathology. In addition, our data provides new element of TB-IRIS and markers for evaluation of TB treatment efficacy

Objectifs : Les objectifs principaux de cette thèse sont les suivants : 1) analyse de l’évolution du profil épidémiologique des patients coinfectés VIH-VHC initiant le traitement de l’hépatite C; 2) l’évaluation de l’impact des comportements de santé et des styles de vie sur l’évolution clinique de la maladie Résultats : J’ai pu mettre en évidence que le profil des patients coinfectés VIH-VHC initiant un traitement de l’hépatite C a changé en France avec l’évolution des traitements.Mes travaux ont permis de montrer que, chez les patients coinfectés VIH-VHC, une consommation élevée de café (3 tasses par jour et plus) diminue le risque de fibrose hépatique avancée. Cet effet bénéfique du café est également observé chez les patients coinfectés VIH-VHC avec une consommation élevée d’alcool. De plus, mes travaux ont mis en évidence une relation dose-dépendante entre la fréquence de consommation de cacao et la réduction du risque de fibrose hépatique avancée chez les patients coinfectés VIH-VHC. Par ailleurs, mes analyses n’ont pas mis en évidence un effet significatif de la consommation de café sur le risque de fibrose hépatique avancée chez les femmes coinfectées VIH-VHC. Enfin l’un des résultats marquant de la relation entre VHC et risque d’obésité qui est connue est que la guérison augmente davantage ce risque sur le long terme. Conclusion : Des interventions pour modifier certains styles de vie et comportements ont le potentiel de diminuer le risque de survenue ou d’aggravation de comorbidités, en particulier après la guérison VHC, un événement désormais atteignable pour tous les patients coinfectés
Objectives: The main objectives of this thesis are: 1) analysis of the evolution of the epidemiological profile of co-infected HIV-HCV patients initiating the treatment of hepatitis C; 2) assessment of the impact of health behaviors and lifestyles on the clinical course of the diseaseResults: I was able to highlight that the profile of co-infected HIV-HCV patients initiating treatment for hepatitis C has changed in France with the evolution of treatments.My work has shown that, in HIV-HCV coinfected patients, high coffee consumption (3 cups per day or more) decreases the risk of advanced liver fibrosis. This beneficial effect of coffee is also observed in co-infected HIV-HCV patients with high alcohol consumption. In addition, my work has shown a dose-dependent relationship between the frequency of cocoa consumption and the reduced risk of advanced liver fibrosis in coinfected HIV-HCV patients. Furthermore, my analyzes did not reveal a significant effect of coffee consumption on the risk of advanced liver fibrosis in coinfected HIV-HCV women. Finally, one of the striking results of the relationship between HCV and known risk of obesity is that healing increases this risk in the long term.Conclusion: Interventions to modify certain lifestyles and behaviors have the potential to reduce the risk of developing or worsening comorbidities, particularly after HCV healing, an event now achievable for all co-infected patients

Os migrantes no seu percurso migratório, e no país de acolhimento, são expostos a diversos fatores que podem conferir maior vulnerabilidade ao VIH e à tuberculose (TB). Contudo, a vulnerabilidade a estas infeções nos migrantes tem sido pouco explorada em estudos recentes e em dados oficiais, particularmente no contexto Português. Esta tese pretende contribuir para o conhecimento sobre a carga das infeções VIH, TB e VIH-TB em populações migrantes em Portugal, e sobre a vulnerabilidade destas populações a estas infeções. Os objetivos específicos estabelecidos são: 1) descrever a prevalência e determinar fatores sociodemográficos, socioeconómicos e comportamentais relacionados com o VIH, TB e coinfecção VIH-TB em migrantes; 2) descrever as características clínicas e genómicas de migrantes com coinfecção VIH-TB; 3) compreender as especificidades e barreiras aos cuidados de saúde da TB em migrantes infetados com TB ou coinfecção VIH-TB. Este trabalho baseia-se numa revisão sistemática da literatura, num estudo transversal de base comunitária, na análise de dados clínicos e genómicos, e num estudo misto com profissionais de saúde. Em migrantes oriundos da África Subsariana observou-se uma elevada proporção de infeção por VIH (5.4%) e de infeção por TB no passado (4.1%). A revisão sistemática da literatura mostrou também uma maior prevalência de VIH-TB em migrantes face aos nacionais em países Europeus, sobretudo em migrantes da Africa subsariana. Muitos migrantes relataram uso inconsistente do preservativo (82.5%), múltiplos parceiros (23.5%), e sexo comercial (10.8%). Cerca de metade (49.7%) nunca fez teste para o VIH, e mais de um terço (35%) dos VIH-positivos desconhecia o seu estatuto serológico. A infeção por VIH foi associada à idade (1.07 [IC95%:1.03-1.11]), à violência por parte de um parceiro (2.77 [IC95%:1.08-7.10]), e ao uso consistente do preservativo (0.23 [IC95%:0.09-0.58]). Os participantes que tiveram TB no passado foram sobretudo homens (3.42 [IC95%:1.29-9.06]), e VIH-positivos (11.48 [IC95%:4.55-28.94]). Os migrantes co-infetados mais jovens tenderam a ser diagnosticados simultaneamente para as duas infeções, contrariamente aos mais velhos. Nos migrantes co-infetados verificou-se também uma maior proporção de estirpes não-B do VIH comparativamente aos nacionais, relacionadas com uma maior carga viral. Os profissionais dos cuidados de saúde primários relataram que a falta de conhecimento sobre a TB nos migrantes é um obstáculo ao seu diagnóstico precoce. O tratamento é frequentemente interrompido devido a deslocações ao país de origem e à falta de apoio social no país de acolhimento. Também o acesso e uso de cuidados de saúde da TB pelos migrantes são frequentemente dificultados por fatores socioeconómicos, administrativos, e pela reduzida proteção social. Os resultados deste trabalho mostram que as populações migrantes são vulneráveis ao VIH e à TB em Portugal, particularmente devido ao seu desconhecimento sobre as mesmas e sobre os serviços de saúde, às suas condições económicas, e às dificuldades de acesso à prevenção e a cuidados de saúde. Intervenções futuras são necessárias em proximidade com as comunidades, ao nível da proteção social, da educação para a prevenção, e no acesso aos serviços de saúde, devendo-se também fomentar a cooperação internacional para responder adequadamente a estes problemas de saúde global.
Migrant populations are exposed to several factors throughout their migratory journey and at the host country that can render an increased vulnerability to HIV and tuberculosis (TB). However, migrants’ vulnerability to these infectious diseases has been little explored in recent studies and in official reports, particularly regarding the Portuguese context. This thesis aims to contribute to improve knowledge on the burden of HIV, TB and HIV-TB co-infection among migrant populations in Portugal, and on the vulnerability of these populations to these infectious diseases. The specific objectives proposed are: 1) to describe prevalence and determine sociodemographic, socioeconomic and behavioural factors related to HIV, TB and HIV-TB co-infection among migrants; 2) to describe clinical and genomic characteristics of migrants with HIV-TB co-infection; 3) to understand the specificities and barriers to TB care among migrants infected with TB or HIV-TB. The accomplishment of these objectives is based on a systematic review of literature, on a cross sectional community-based study, on the analysis of clinical and genomic data, and on a mixed-methods study with healthcare providers. High proportion of HIV infection (5.4%) and of a past TB infection (4.1%) were observed among sub-Saharan African migrants. Data from the systematic review of literature have also shown a higher prevalence of HIV-TB among migrants compared to nationals in European countries, particularly among those from sub-Saharan African countries. Many migrants reported inconsistent condom use (82.5%), multiple partners (23.5%) and engagement in commercial sex (10.8%). About half (49.7%) was never tested for HIV. Over a third (35%) of HIV-positive participants were not aware of their HIV status. HIV infection was associated with increasing age (1.07 [IC95%:1.03-1.11]), violence from a partner (2.77 [IC95%:1.08-7.10]), and consistent condom use (0.23 [IC95%:0.09-0.58]). Those who had TB in the past were more likely to be men (3.42 [IC95%1.29-9.06]) and HIV-positive (11.48 [IC95%:4.55-28.94]). Younger co-infected migrants were more likely to be simultaneously diagnosed for both infections, contrarily to older migrants. A higher proportion of non-B HIV strains were also observed among co-infected migrants compared to nationals, which was also related to a higher viral load. Primary healthcare providers referred that migrants’ unawareness about TB is an obstacle to its early diagnosis. Treatment is also frequently interrupted due to travels to their country of origin and due to lack of social support in the host country. Access and use of TB care by migrants is also frequently hampered by socioeconomic and administrative hurdles and by limited social protection. The findings from this work show that migrant populations remain vulnerable to HIV and TB in Portugal, particularly due to their unawareness about these infections and the healthcare services, due to their economic situation, and due to difficulties in accessing preventive measures and health care. Future interventions are needed in proximity with the communities, at social protection level, in the education for prevention, and in the access to healthcare services, also promoting international cooperation to appropriately respond to these global health issues.

Relatório de Estágio do Mestrado em Ciências da Educação apresentado à Faculdade de Psicologia e de Ciências da Educação
A Escola sempre desenvolveu competências académicas, contudo é imperativo que se desenvolvam também as competências socioemocionas, fulcrais para o desenvolvimento da prontidão escolar e necessárias para que as crianças atinjam o sucesso. Para isso, é fundamental que os educadores e professores estabeleçam parcerias com as famílias. Para desenvolver estas competências e estratégias que permitam o estabelecimento de parcerias entre a escola e as famílias implementámos um programa de formação para educadores e professores, o TCM – AI (Webster-Stratton, 2014).Com a chegada do confinamento obrigatório, decorrente da pandemia devido ao SARS-CoV2, a aprendizagem passou a ser realizada em casa. Para avaliar as perceções desta relação, durante este tempo, foram elaborados questionários para os educadores/professores que frequentaram três dos workshops do TCM, e para as famílias das crianças das suas salas. Foi ainda nosso objetivo verificar se os docentes utilizavam as estratégias abordadas durante os workshops. Os resultados obtidos mostram que todos os docentes implementaram estratégias do TCM - AI para melhorar a sua relação com as crianças e famílias e que as famílias avaliaram as interações com os docentes como muito boas e boas, enquanto estes avaliaram as interações com as famílias como boas.Concluímos que os maiores constrangimentos apontados foram a falta de acesso a meios tecnológicos e de literacia nesta área por parte dos pais. Para garantir equidade no acesso das famílias aos meios tecnológicos, diminuir as desigualdades das crianças com desvantagens socioeconómicas e assegurar a possibilidade de acesso a uma educação de qualidade, recomendamos que seja facultado às famílias acesso a meios tecnológicos e que se realizem formações para os pais, capacitando-os para trabalhar nas plataformas digitais. Estas formações devem ser iniciadas presencialmente, em pequenos grupos, de forma a garantir que se estabeleça um contacto próximo, passando, posteriormente, a formação a desenrolar-se online, permitindo a experiência nessas mesmas plataformas.
The School has always developed academic skills, however it is imperative that socio-emotional skills are also developed, because they are central to the development of school readiness and necessary for children to achieve success. Therefore, it is essential that educators and teachers establish partnerships with families. To develop social and emotional skills and strategies that allow the establishment of partnerships between school and families, we have implemented a training program for educators and teachers, the TCM - AI (Webster-Stratton, 2014).With the arrival of mandatory confinement, due to the SARS-CoV2 pandemic, learning started to be done at home. To assess the perceptions of this relationship, during this time, we prepared questionnaires for educators/teachers who attended three of the TCM workshops, and for the families of the children in their classrooms. It was also our objective to verify if the teachers used the strategies discussed during the workshops. The results obtained show that all teachers implemented TCM - AI strategies to improve their relationship with children and families and that families rated interactions with teachers as very good and good, while educators/teachers rated interactions with families as good.In conclusion, the biggest constraints pointed out were the lack of access to technological means and literacy in this area by parents. In order to guarantee equity in the access of families to technological means, to reduce the inequalities of children with socioeconomic disadvantages and to ensure the possibility of access to quality education, we recommend that families be given access to technological means and that training be provided for parents, enabling them to work on digital platforms. These training courses must be initiated in person, in small groups, in order to ensure that close contact is established, with the training taking place later online, allowing the experience on those same platforms.Keywords: School-family partnership; social and emotional skills; distance learning, Covid-19 pandemic.