Littérature scientifique sur le sujet « Microsatélites »

La concha de abanico (Argopecten purpuratus) es un molusco bivalvo de importancia económica para el Perú, debido a su alto valor nutritivo y su amplia aceptación en los mercados de Estados Unidos, Japón y Europa. En el Perú, no se han realizado estudios a nivel genético poblacional en esta especie, existiendo solamente estudios morfométricos, cuyas variaciones estarían ligadas a cambios en la variabilidad genética del recurso (Cisneros et al., 2008). Además, existen pocos marcadores microsatélites reportados, los cuales son los marcadores moleculares más adecuados para evaluar la diversidad genética de una especie. El objetivo del presente estudio fue detectar microsatélites trinucleótidos “CAT” del genoma de A. purpuratus para lo cual se utilizó el método de librerías genómicas enriquecidas. Se optimizó un protocolo para extracción de DNA Genómico de alta calidad a partir de la gónada masculina y utilizando como buffer de lisis TNES-urea. Asimismo, se construyó una librería genómica enriquecida utilizando esferas magnéticas lo que permitió obtener un elevado porcentaje de clones positivos (65 80%). Finalmente, se obtuvo DNA plasmídico de alta calidad cuyo secuenciamiento servirá para diseñar cebadores que permitan evaluar el polimorfismo de los microsatélites. Palabras clave: concha de abanico, Argopecten purpuratus, librerías genómicas enriquecidas, microsatélites, polimorfismo.<br>--- The Peruvian scallop (Argopecten purpuratus) is an economically important bivalve in Peru due to its high nutritional qualities and its wide acceptance in the markets of United States, Japan and Europe. In Peru, there have not been studies of this resource at the population genetic level and there are only morphometric studies, one of those reports that variations at this level could be linked to the genetic variability of the resource (Cisneros et al., 2008). In addition, there are only few microsatellite markers reported, this molecular markers are the best to assess the genetic diversity. Due to this reason, the aim of this study was to detected trinucleotide microsatellites with the motif "CAT" from the genome of A. purpuratus using enriched genomic libraries. High quality DNA extraction from the male gonad with TNES-urea lysis buffer was optimized. Furthermore, the enriched genomic libraries constructed using magnetic beads allowed identification of a high percentage of positive clones (65-80%). Finally, the sequencing of the high quality plasmid DNA obtained will enable primers design for the evaluation of the microsatellites polymorphism. Keywords: Peruvian scallop, Argopecten purpuratus, enriched genomic libraries, microsatellite, polymorphism.<br>Tesis

Un requisito básico para cualquier programa de mejoramiento basado en la selección asistida por marcadores (MAS) es contar con un adecuado número de marcadores polimórficos. Entre toda la variedad de marcadores moleculares disponibles, los microsatélites, unidades cortas de entre 1 y 6 bp repetidas en tándem, ofrecen apreciables ventajas. Ser una técnica basada en el PCR, necesitar pequeñas cantidades de DNA y su naturaleza codominante, han hecho de ellos una herramienta muy popular en trabajos de investigación en animales y plantas. Pese a la importancia del camote (Ipomoea batatas L.) en el mundo, sólo un pequeño número de marcadores microsatélites están disponibles para este cultivo. Con el objetivo de generar mayor cantidad de microsatélites en el presente trabajo se construyeron dos librerías genómicas utilizando el DNA del cultivar africano “Tanzanía”. La búsqueda se basó en hallar microsatélites trinucleótidos, los cuales cuentan con la particularidad de reducir considerablemente la presencia de “bandas tartamudas” en comparación con los microsatélites dinucleótidos. El enriquecimiento de las librerías genómicas alcanzó el 1.59 % de un total de 2900 colonias evaluadas por diferentes métodos de selección, como White/blue, Colony lift y Southern blot. Quince pares de iniciadores fueron diseñados y ocho de ellos mostraron polimorfismo en un total de once accesiones de camote, provenientes de diversos lugares del mundo, mantenidas en el banco de germoplasma del Centro Internacional de la Papa (CIP).<br>--- A basic requisite for any breeding program based in marker-assisted selection (MAS) is counting with a suitable number of polymorphic markers. Among the large variety of molecular markers available, microsatellites, short tandem repeat units of between 1 and 6 bp in length, offer appreciable advantages. Being a PCR-based technique, requiring only small amounts of DNA and their co-dominant nature have made them a very popular tool in animal and plant studies. Despite the importance of sweetpotato (Ipomoea batatas L.) in the world, only a small set of microsatellite markers are available for this crop. Aiming to generate a large number of SSR markers in sweetpotato, two genomic libraries have been constructed using DNA of an african sweetpotato cultivar "Tanzania". In order to look for tri-nucleotide microsatellites, which frequently produce fewer “stutter bands” as compared to di-nucleotide microsatellites. The enrichment of genomic libraries achieved 1.59 % of a total number of 2900 clones evaluated by different screening methods as White/blue, Colony lift and Southern blot. Fifteen pair of primers were designed, and eight of them showed polymorphism in eleven sweetpotato accessions from different places of the world, which are kept in the germoplasm bank of the International Potato Center (CIP).<br>Tesis

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario<br>El mejillón chileno (Mytilus chilensis), es una especie ampliamente distribuida a lo largo de las costas de Chile ubicándose desde Iquique hasta Tierra del Fuego. Esta especie es un recurso de gran relevancia económica, principalmente en el sur de Chile. En el presente trabajo se llevó a cabo la validación de un conjunto de microsatélites no focales, obtenidos in silico, a partir de información de secuencias expresadas (ESTs) de Mytilus edulis, previamente desarrollados en el laboratorio FAVET-INBIOGEN. Además de un conjunto de cinco marcadores microsatélites, ya publicados en la literatura. Adicionalmente se estudió el tipo de herencia considerando información familiar. El DNA se obtuvo de noventa mejillones pertenecientes a la especie Mytilus chilensis. Veinte microsatélites putativos fueron genotipados de los cuales solo ocho resultaron ser altamente polimórficos, con un promedio de 10,88 alelos por locus. El coeficiente de endogamia estimado para cada marcador varió de -0,26 a 0,69. Todos los loci mostraron diferencias significativas, en relación a lo esperado respecto del equilibrio de Hardy-Weinberg (Valor P <0,05). En su gran mayoría causado por una deficiencia en el número de heterocigotos. Se sugiere que este fenómeno podría ser consecuencia de una alta frecuencia de alelos nulos y de un proceso de subestructuración genética de la población, pero se requiere mayor información al respecto para confirmar ésta hipótesis. Considerando la actividad productiva intensiva en esta especie, los resultados obtenidos en este trabajo proporcionan información útil sobre aspectos importantes de la genética de Mytilus chilensis<br>Financiamiento Proyecto 07CN13PPD-240 Innova Chile

Diez microsatélites para alpacas y llamas fueron usados para evaluar parentesco en 47 alpacas registradas de la Estación Experimental IVITA - Maranganí, provenientes de la provincia de Canchis (Cusco - Perú). El análisis se llevo a cabo utilizando dos metodologías: secuenciador automático (ABI 377 DNA sequencersâ) y técnica de tinción con nitrato de plata. Los microsatélites fueron amplificados en tres reacciones de PCR múltiple y diez reacciones de PCR simple. Los 10 microsatélites fueron polimórficos para ambas metodologías. El número de alelos vario entre 4 y 20, las frecuencias alélicas y probabilidad de exclusión (PE) fueron calculadas utilizando el software Cervus 2.0. Todos los loci, a excepción de dos, se encontraron dentro de los rangos publicados por Lang et al. (1996) y Penedo et al. (1998). La probabilidad de exclusión acumulada para los 10 loci de 0.9999. La probabilidad de exclusión acumulada para cada reacción de PCR múltiple fue mayor a 0.90. Ambas metodologías obtuvieron los mismos resultados. Los resultados confirmaron la paternidad en 17 casos, sin embargo, en más de un 22% de los casos, padres alternativos fueron identificados como padres comparando con los registros.<br>Ten microsatellites for alpacas and llamas were used to evaluate paternity in 47 alpacas registered at IVITA Research Station Maranganí, Canchis Province (Cusco – Perú). Analysis was carried out using both methodologies: Automatic Sequencer (ABI 377 DNA sequencersâ) and silver staining techniques. Microsatellites were amplified in three multiplex reactions and ten single PCR reactions. They were polymorphic for all alpaca samples using both methodologies. The number of alleles varied between 4 and 20, the allelic frequencies and the exclusion probability were calculated using Cervus 2.0. All loci, except for two, were within the range published by Lang et al. (1996) and Penedo et al. (1998). The accumulated exclusion probability for the ten loci was 0.9999. For each multiplex reaction the accumulated exclusion probability was more than 0.90. Both methodologies yielded the same results. It was possible obtain the same results using both methodologies. The results confirmed paternity in 17 cases of parent-offspring pairs, however in a further 22% of cases alternative adults were identified as parents compared with the register.<br>Tesis

En este trabajo de Tesis se evalúo de manera extensiva la diversidad genética presente en los maíces nativos de Latinoamérica, combinando datos fenotípicos y genotípicos, con dos propósitos diferentes. El primero, un estudio donde la diversidad genética, las relaciones interpoblacionales y la estructura poblacional de los materiales nativos permitieron ligar aspectos históricos, antropológicos y arqueológicos del maíz para crear una historia consolidada de la migración del maíz desde su centro de origen en Mesoamérica hacia el Caribe y Sudamérica. El segundo, es explorado el potencial de las razas de maíz para proporcionar nuevos alelos favorables para mejoramiento. La evaluación fenotípica y genotípica conjunta de accesiones del Banco de Germoplasma con material mejorado por CIMMYT permitió identificar fuentes de variación alélica importante para algunos caracteres de interés como tolerancia a la sequía. La caracterización de la diversidad genética de los materiales nativos para la conservación y explotación con fines de mejoramiento es un enfoque muy prometedor en particular con el desarrollo constante de nuevas herramientas genéticas.<br>In this thesis work, the genetic diversity of Latin American maize landraces was evaluated extensively combining phenotypic and genotypic data, for two different purposes. First, to study the genetic diversity, relationships, and population structure of native materials allowing the linkage of historical, anthropological and archaeological data to create a consolidated history of maize migration from its origin center in Mesoamerica towards The Caribbean and South America. Second, to explore the potential of maize landraces to provide new elite alleles for breeding, the phenotypic and genotypic characterization of gene bank accessions compared to improved material from CIMMYT allowed the identification of important sources of allelic variation for traits of interest including drought tolerance. The characterization of native genetic diversity for conservation and exploitation towards breeding is a very promising approach, especially considering on going development of new genetic tools and methodologies

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario<br>El Terrier Chileno es una nueva raza de perros que recientemente ha sido reconocida por el Kennel Club Chile como la primera raza originada en Chile. En la actualidad hay más de cinco generaciones registradas en el pedigrí, pero no existe información sobre la estructura genética de la raza. En el presente trabajo se investigó la variabilidad genética y se estimaron los niveles de endogamia de esta nueva población. Adicionalmente, el objetivo fue validar un conjunto de marcadores del tipo microsatélites para análisis de paternidad. El ADN se obtuvo de cincuenta fundadores de la raza no emparentados, elegidos de acuerdo a datos de pedigrí. Diecisiete microsatélites fueron genotipados y todos resultaron ser altamente polimórficos, con un número de alelos que osciló entre 4 y 14. El coeficiente de endogamia estimado para cada marcador varió de -0,02 a 0,52. Nueve microsatélites mostraron desviaciones significativas del equilibrio Hardy-Weinberg, probablemente causada por deficiencia de heterocigosidad. Se sugiere que este fenómeno podría ser consecuencia de un aislamiento poblacional ocurrido durante el desarrollo de la raza, pero se requiere mayor investigación al respecto para confirmar esta hipótesis. La probabilidad de exclusión combinada para todos los marcadores fue 0,9999. La información generada en este trabajo representa una herramienta importante que puede ser usada para conducir mejoras en la crianza del Terrier Chileno durante los próximos años y contribuirá con el proyecto que busca que la Federación Cinológica Internacional reconozca al Terrier Chileno como una raza canina oficial<br>Laboratorio de Investigaciones en Biotecnología y Genómica Animal (FAVET-INBIOGEN

El genotipo doble monoploide DM1-351644 de Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) desarrollado por la Universidad de Virginia fue secuenciado por el Consorcio de Secuenciamiento del Genoma de la Papa (PGSC) en el Instituto de Genómica de Beijing teniendo como resultado una gran cantidad de super-scaffolds con posición genómica desconocida. Con el fin de contribuir a la orientación y posicionamiento de estos super-scaffolds se construyó un mapa genético. En este trabajo, se analizaron 100 nuevos marcadores microsatélites diseñados por el PGSC, de los cuales 37 marcadores se lograron posicionar en 12 grupos de ligamiento. Debido a la utilización de microsatélites con posición cromosómica conocida se pudo asignar estos grupos de ligamiento a los 12 cromosomas específicos de la papa. Con estos marcadores posicionados se pudieron ubicar 37 super-scaffolds, contribuyendo al conocimiento del orden de las secuencias genómicas con posición cromosómica desconocida productos del secuenciamiento del genoma de DM. El conocimiento del genoma será una herramienta importante para ser utilizada en los futuros programas de mejoramiento. Palabras claves: PGSC, super-scaffolds, microsatélites, polimofismo, segregación, distorsión, mapa genético.<br>--- A doubled monoploid DM1-351644 of Solanum tuberosum Grupo phureja (DM) developed by the University of Virginia was sequenced by the Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC) at the Beijing Genomics Institute resulted in a lot of super-scaffolds with unknown genomic position. ´ In order to contribute to the orientation and positioning of these super-scaffolds, a genetic map was constructed. In this study, we analyzed 100 new microsatellite markers designed by PGSC, which 37 markers were achieved position in 12 linkage groups. Due to the use of microsatellites with known chromosomal position, these linkage groups could be assigned to the 12 specific chromosomes of potato. With these markers 37 super-scaffolds could be located, contributing to the knowledge of the order of genomic sequences from DM with unknown chromosomal position. The knowledge of the genome will be an important tool to be used in future breeding programs. Key words: PGSC, super-scaffolds, microsatellite, polymorphism, segregation, distortion, genetic map.<br>Tesis

Antecedents del tema. La recerca i validació de biomarcadors de resposta a la immunoteràpia en el càncer colorectal avançat amb fenotip Microsatellite Instability High / Deficient Mismatch Repair system (MSI-H / dMMR) constitueix un dels principals reptes en el panorama de el càncer colorectal, en part justificat per la baixa freqüència d’aquest fenotip (al voltant de el 5% dels tumors avançats). Pacients i mètodes. Pacients amb càncer colorectal avançat MSI-H / dMMR tractats amb immunoteràpia basada en inhibidors de PD-1 / PD-L1 a l’Hospital Vall d’Hebron van formar la cohort d’estudi. Segons si la supervivència lliure de progressió a inhibidors de PD-1 / PD-L1 va ser major a 6 mesos o igual / menor, els pacients van ser dividits en dos grups, el grup IT-respon (n: 9 pacients), i el grup IT-resist (n: 7 pacients), respectivament. Amb l’objectiu de dilucidar factors predictius de benefici a inhibidors de PD-1 / PD-L1, es va dur a terme una anàlisi exploratòria multimodal que va incloure genòmica (seqüenciació de nova generació amb un panell de 431 gens per determinar càrrega mutacional tumoral, mutacions Frameshift i patró de gens mutats), microambient tumoral (anticossos dirigits a CD3, CD8, FOXP3 i PD-L1) i microbioma en tumor focalitzat en Fusobacterium nucleatum (tècnica RNA In Situ Hybridization). En relació a la determinació del fenotip MSI-H / dMMR, es va realitzar una revisió central mitjançant immunohistoquímica i reacció en cadena de la polimerasa. Resultats. La càrrega mutacional tumoral i les mutacions Frameshift no es van correlacionar amb el benefici als inhibidors de PD-1 / PD-L1. En l’anàlisi de microambient tumoral es va constatar una major densitat de les diferents subpoblacions de cèl·lules T i d’expressió de PD-L1 en el grup IT-respon. Les mutacions bial.lèliques a PTEN van ser més freqüents en el grup IT-resist en comparació amb el grup IT-respon. Les mutacions bial.lèliques a ARID1A van ser objectivades exclusivament en el grup IT-respon. Els tumors amb mutacions bial.lèliques a ARID1A van presentar la major densitat limfocitària de la cohort i de PD-L1, al contrari que els tumors amb mutacions a CTNNB1, i a PTEN bial.lèliques. Els nivells de Fusobacterium nucleatum no es van correlacionar amb el benefici a inhibidors de PD-1 / PD-L1. Les discordàncies entre tècniques consistents en un fenotip MSS segons la reacció en cadena de la polimerasa i un fenotip dMMR segons la immunohistoquímica, es van trobar només en el grup IT-resist, tot que tota la cohort tenia una signatura genòmica compatible amb fenotip MSI- H / dMMR. Conclusions. En el context de el càncer colorectal avançat amb fenotip MSI-H / dMMR: 1. La càrrega mutacional tumoral no és un factor predictiu de benefici a inhibidors de PD-1 / PD-L1, a diferència de la infiltració limfocitària, encara que són necessaris més estudis; 2. Les mutacions bial.lèliques a ARID1A s’associen a una marcada infiltració tumoral per cèl·lules T, al contrari que les mutacions bial.lèliques a PTEN i l’activació de la via de Wnt a través de mutacions a CTNNB1. Aquestes troballes, que correlacionen amb patrons de resposta a inhibidors de PD-L1 / PD-L1, requereixen de major investigació pel seu potencial interès; 3. Els nivells de Fusobacterium nucleatum tumoral no correlacionen amb el benefici a inhibidors de PD-1 / PD-L1, però calen més estudis en aquesta direcció per la base biològica existent; 4. Els resultats discordants entre tècniques diagnòstiques de fenotip MSI-H / dMMR s’associen a un benefici limitat als inhibidors de PD-L1 / PD-L1; 5. El desenvolupament de biomarcadors sòlids en el camp de la immunoteràpia s’ha de basar en anàlisi multimodals representatius dels diferents hallmarks de el càncer colorectal MSI-H / dMMR.<br>Antecedentes del tema. La búsqueda y validación de biomarcadores de respuesta a la inmunoterapia en el cáncer colorrectal avanzado con fenotipo Microsatellite Instability High / Deficient Mismatch Repair system (MSI-H/dMMR) constituye uno de los principales retos en el panorama del cáncer colorrectal, en parte justificado por la baja frecuencia de este fenotipo (alrededor del 5% de los tumores avanzados). Pacientes y métodos. Pacientes con cáncer colorrectal avanzado MSI-H/dMMR tratados con inmunoterapia basada en inhibidores de PD-1/PD-L1 en el Hospital Vall d’Hebron formaron la cohorte de estudio. Según si la supervivencia libre de progresión a inhibidores de PD-1/PD-L1 fue mayor a 6 meses o igual/menor, los pacientes fueron divididos en dos grupos, el grupo IT-respond (n:9 pacientes), y el grupo IT-resist (n: 7 pacientes), respectivamente. Con el objetivo de dilucidar factores predictivos de beneficio a inhibidores de PD-1/PD-L1, se llevó a cabo un análisis exploratorio multimodal que incluyó genómica (secuenciación de nueva generación con un panel de 431 genes para determinar carga mutacional tumoral, mutaciones frameshift y patrón de genes mutados), microambiente tumoral (anticuerpos dirigidos a CD3, CD8, FOXP3 y PD-L1) y microbioma en tumor focalizado en Fusobacterium nucleatum (técnica RNA In Situ Hybridization). En relación a la determinación del fenotipo MSI-H/dMMR, se realizó una revisión central mediante inmunohistoquímica y reacción en cadena de la polimerasa. Resultados. La carga mutacional tumoral y las mutaciones frameshift no se correlacionaron con el beneficio a los inhibidores de PD-1/PD-L1. En el análisis del microambiente tumoral se constató una mayor densidad de las diferentes subpoblaciones de células T y de expresión de PD-L1 en el grupo IT-respond. Las mutaciones bialélicas en PTEN fueron más frecuentes en el grupo IT-resist en comparación con el grupo IT-respond. Las mutaciones bialélicas en ARID1A fueron objetivadas exclusivamente en el grupo IT-respond. Los tumores con mutaciones bialélicas en ARID1A presentaron la mayor densidad linfocitaria de la cohorte y de PD-L1, al contrario que los tumores con mutaciones en CTNNB1, y en PTEN bialélicas. La niveles de Fusobacterium nucleatum no se correlacionaron con el beneficio a inhibidores de PD-1/PD-L1. Las discordancias entre técnicas consistentes en un fenotipo MSS según la reacción en cadena de la polimerasa y un fenotipo dMMR según la inmunohistoquímica, se encontraron sólo en el grupo IT-resist, a pesar que toda la cohorte tenía una firma genómica compatible con fenotipo MSI-H/dMMR. Conclusiones. En el contexto del cáncer colorrectal avanzado con fenotipo MSI-H/dMMR: 1. La carga mutacional tumoral no es un factor predictivo de beneficio a inhibidores de PD-1/PD-L1, a diferencia de la infiltración linfocitaria, aunque son necesarios más estudios; 2. Las mutaciones bialélicas en ARID1A se asocian a una marcada infiltración tumoral por células T, al contrario que las mutaciones bialélicas en PTEN y la activación de la vía de Wnt a través de mutaciones en CTNNB1. Estos hallazgos, que correlacionan con patrones de respuesta a inhibidores de PD-L1/PD-L1, requieren de mayor investigación por su potencial interés; 3. Los niveles de Fusobacterium nucleatum tumoral no correlacionan con el beneficio a inhibidores de PD-1/PD-L1, pero son necesarios más estudios en esta dirección por la base biológica existente; 4. Los resultados discordantes entre técnicas diagnósticas de fenotipo MSI-H/dMMR se asocian a un beneficio limitado a los inhibidores de PD-L1/PD-L1; 5. El desarrollo de biomarcadores sólidos en el campo de la inmunoterapia debe basarse en análisis multimodales representativos de los diferentes hallmarks del cáncer colorrectal MSI-H/dMMR.<br>Background. The search of immunotherapy biomarkers in Microsatellite Instability High / Deficient Mismatch Repair system (MSI-H/dMMR) metastatic colorectal cancer (mCRC) is an unmet need. The low prevalence of this phenotype (around 5% of advanced CRC) partly justifies the challenge. Patients and methods. Patients with MSI-H/dMMR mCRC treated with PD-1/PD-L1 inhibitors at Vall d’Hebron University Hospital comprised study cohort. According to whether the progression free survival with PD-1/PD-L1 inhibitors was longer to 6 months or equal/shorter, patients were clustered into IT- respond group (n: 9 patients) or IT- resist group (n: 7 patients), respectively. In order to evaluate determinants of benefit with PD-1/PD-L1 inhibitors, an exploratory multimodal analysis including genomics (through NGS panel tumor-only with 431 genes to determine TMB, frameshift mutations and mutational profile), immune microenvironment (using CD3, CD8, FOXP3 and PD-L1 antibodies), and microbiome focused on Fusobacterium nucleatum (RNA-ISH) were performed. Analysis of MSI-H/dMMR phenotype was centrally determined either by immunohistochemistry and polymerase chain reaction. Results. TMB and frameshift mutations did not correlate with PD-1/PD-L1 inhibitors benefit. Higher densities of T cell populations and PD-L1 expression were observed among IT-respond. Biallelic PTEN mutations were more frequent in IT-resist, compared to IT-respond, but biallelic ARID1A mutations were exclusively found in IT-respond. Biallelic ARID1A mutated tumours had the highest immune infiltration and PD-L1 scores, contrary to tumours with CTNNB1 mutation or biallelic PTEN mutations. Levels of Fusobacterium nucleatum did not correlate with benefit to PD-1/PD-L1 inhibitors. Misdiagnosis of MSI-H/dMMR phenotype consisting of MSS by polymerase chain reaction and dMMR by immunohistochemistry were only found in IT-resist group, although the whole cohort presented a genomic signature of MSI-H/dMMR. Conclusion. In advanced colorrectal cancer MSI-H/dMMR: 1. TMB is not a predictive factor of response to PD-1/PD-L1 inhibitors, contrary to T cell infiltration and PD-L1 expression, although further studies are required; 2. Biallelic ARID1A mutations, contrary to biallelic PTEN mutations and Wnt signalling activation through CTNNB1 mutation, associate with high and low T cell immune infiltrates, respectively, and deserve special interest because potential association with PD-1/PD-L1 inhibitors benefit; 3. Levels of Fusobacterium nucleatum do not correlate with benefit to PD-1/PD-L1 inhibitors, but further studies are warranted becasuse the biological background; 4. Discordances between techniques regarding the diagnosis of MSI-H/dMMR phenotype associate poor benefit to PD-1/PD-L1 inhibitors; 5. The development of biomarkers in immunotherapy field must rely on multimodal analysis encompassing the different hallmarks of MSI-H/dMMR colorrectal cancer.<br>Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en Medicina

La papa, es el cultivo no cereal más importante del mundo con una producción mundial que ha alcanzado los 329 millones de toneladas anuales. A pesar de la enorme importancia de este cultivo, aún se desconocen aspectos sobre la genética de muchas de sus características cualitativas y cuantitativas. El mapa UHD (> 10 000 AFLPs) de Solanum tuberosum, ha sido una herramienta de gran utilidad para el proyecto de secuenciamiento del genoma de la papa, que se enfocó inicialmente en el individuo RH89-039-16. Sin embargo, debido a su heterocigocidad se optó por una línea doble monohaploide de la especie S. phureja (DM1-3516R44), para lo cual fue necesario la construcción de novo de un mapa genético. Con la finalidad de identificar cambios en la estructura genómica de estos dos individuos, se analizaron 74 marcadores microsatélites cartografiados previamente en DM1-3516R44, lográndose integrar 62 loci microsatélite en el mapa UHD de RH89-039-16. La comparación de los mapas genéticos de RH89-039-16 y DM1-3516R44 reveló la existencia de colinealidad en grandes fragmentos de los cromosomas II, V y VI, mientras que los cromosomas I, IV, X y XII presentan diferencias en cuanto al contenido de ciertos marcadores. Los cromosomas VII y IX muestran la presencia de rearreglos cromosómicos que podrían ser inversiones o translocaciones, además la presencia de loci duplicados en los cromosomas VIII, I y II, indicaría la ocurrencia de eventos de duplicación intra e intercromosómica. Sin embargo para verificar tales cambios es necesario cartografiar más microsatélites y saturar la zona cromosómica de interés. -- Palabras clave: Papa, marcador molecular, microsatélite, cartografía genética, mapa UHD, colinealidad.<br>-- Potato is the most important non-grain food crop in the world, with production in 2009 reaching 330 million tons. Despite the importance of the potato in the world, the genetics of many important qualitative and quantitative agronomic traits are poorly understood. The UHD map (>10 000 AFLP markers) of Solanum tuberosum, was a great tool for the Potato Genome Sequencing Project (clon RH89-039-16). However due to the high heterozygosity of RH89-039-16, it was decided to sequence the S.phureja doubled monoploid clone, DM1-3 516R44, for which it was necessary the de novo construction of a genetic map. Microsatellites markers mapped in DM was mapped in the UHD map, with two purposes, integrate microsatellites in the UHD map, and identify changes in the chromosomal organization of Solanum tuberosum (RH89-039-16) and Solanum phureja (DM1-3516R44), by comparison of their genetic maps. The aligment of microsatellites of RH89-039-16 and DM1-3516R44 maps along chromosomes has shown the existence of collinearity in the chromosomes II, V and VI, while the chromosomes I, IV, X and XII has shown differences in content of some markers. The chromosomes VII y IX has shown the presence of chromosomal rearrangements that could be inversions or translocations, further the presence of duplicated loci in chromosomes VIII, I and II might indicate that of intra- and interchromosomal duplications have occurred. However in order to verify these alterations would be necessary mapping more microsatellite markers and saturate the chromosomal region of interest. -- Key words: potato, molecular marker, microsatellite, genetic mapping, UHD map, collinearity<br>Tesis