Littérature scientifique sur le sujet « Sélection animale »
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Articles de revues sur le sujet "Sélection animale"
1
SELLIER, P. « Etat des lieux de l’amélioration génétique des animaux domestiques ». INRAE Productions Animales 13, HS (22 décembre 2000) : 7–11. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3805.
Texte intégralRésumé :
La situation actuelle de la sélection animale est décrite dans ses grandes lignes, en mettant l’accent sur les évolutions notoires de la dernière décennie. A ce jour, l’activité de sélection se fonde pour l’essentiel sur les méthodes éprouvées de la génétique quantitative classique (modèle infinitésimal). Elle n’en connaît pas moins des adaptations permanentes visant à accroître l’efficacité de la sélection et l’adéquation des populations sélectionnées aux besoins évolutifs du monde de l’élevage. Les avancées de la génétique moléculaire, pour importantes qu’elles soient, n’ont pas encore imprégné en profondeur le secteur de la sélection animale : elles ne font actuellement l’objet que d’un petit nombre d’applications ciblées sur quelques gènes individuels, mais la situation est susceptible d’évoluer rapidement dans ce domaine.
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LAGARRIGUE, S., et M. TIXIER-BOICHARD. « Nouvelles approches de phénotypage pour la sélection animale ». INRAE Productions Animales 24, no 4 (8 septembre 2011) : 377–86. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2011.24.4.3271.
Texte intégralRésumé :
Le phénotype correspond aux valeurs mesurables prises par des caractères choisis pour leur intérêt socio-économique ou cognitif. Lesbesoins de phénotypage dépendent de l'évolution des méthodes de sélection et des systèmes d'élevage ainsi que des développements technologiquespermettant une approche standardisée, à haut débit et automatisable. En matière de sélection animale, la mise en place de lasélection génomique introduit le concept de population de référence sur laquelle des phénotypes difficilement mesurables en routine peuventêtre obtenus pour établir les relations entre marqueurs génétiques et performance. L'association marqueurs-phénotype ouvre égalementla voie au diagnostic individuel en appui à la gestion du troupeau. La robotisation et l'identification électronique individuellesupposent des investissements importants mais offrent des perspectives très nouvelles pour le phénotypage de caractères comme l'efficacitéalimentaire ou le comportement. De façon complémentaire, les technologies de génomique fonctionnelle et l'analyse de l'empreinte spectraledes protéines permettent d'accéder aux mécanismes sous-jacents et d'affiner la définition du phénotype à l'échelle moléculaire. Leconcept de biomarqueur capable de prédire le phénotype est en plein essor en médecine humaine et pourra aussi s'appliquer aux animauxd'élevage. Plus le phénotypage sera proche du mécanisme d'action, plus la détection des gènes contrôlant la variation du phénotype seraprécise. En particulier, la recherche de régions du génome (eQTL) contrôlant l'expression d'un gène permet d'explorer les mécanismesresponsables de la variabilité de caractères complexes. On attend donc de grands progrès dans l'identification des gènes qui sous-tendentles QTL grâce aux progrès conjoints du phénotypage et du séquençage du génome.
3
Tanguay, Nancy, Sylvie de Grosbois et Johanne Saint-Charles. « Santé territoriale, indicateurs de santé animale et vision holistique ». Recherches amérindiennes au Québec 43, no 2-3 (28 juillet 2014) : 3–19. http://dx.doi.org/10.7202/1026103ar.
Texte intégralRésumé :
Dans le cadre d'un programme de recherche interdisciplinaire sur l'alimentation traditionnelle et les contaminants, des groupes de discussion ont été réalisés à l'été 2008 auprès des communautés atikamekw d'Obed jiwan et de Manawan (Québec) afin de documenter les changements qu'elles ont observés chez les animaux chassés et pêchés et d'obtenir une meilleure compréhension de leur processus de sélection des prises propres à la consommation. Les Atikamekw utilisent une multitude d'indicateurs afin d'évaluer l'état de santé des animaux qu'ils consomment. Les changements observés sont interprétés de façon holistique au sein d'une vision de la santé qui accorde une place prépondérante au territoire. La sélection des prises s'insère de plus dans un ensemble de facteurs qui influencent les choix alimentaires des Atikamekw. La documentation de ce savoir est essentielle à l'élaboration de recomman dations alimentaires culturellement pertinentes.
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BROCHARD, M., D. BOICHARD, V. DUCROCQ et S. FRITZ. « La sélection pour des vaches et une production laitière plus durables : acquis de la génétique et opportunités offertes par la sélection génomique ». INRAE Productions Animales 26, no 2 (17 avril 2013) : 145–46. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2013.26.2.3144.
Texte intégralRésumé :
Alors que l’amélioration génétique a été un des facteurs principaux du développement des filières laitières, elle doit aujourd’hui se renouveler notamment pour davantage contribuer à la durabilité de l’agriculture. Un virage vers une prise en compte des caractères de robustesse des animaux (fertilité, résistance aux mammites, longévité des animaux…) a été pris à la fin des années 1990 mais les résultats sont insuffisants. Aujourd’hui, la sélection génomique est une formidable opportunité que les schémas de sélection saisissent pour augmenter fortement le progrès génétique sur les caractères de robustesse tout en maintenant le progrès constant sur la production laitière. En parallèle nous assistons actuellement à un foisonnement de projets dont le but est de permettre à terme la sélection sur de nouveaux caractères. Les deux premiers domaines concernés sont la santé animale et la composition fine du lait. L’efficacité alimentaire et l’empreinte environnementale sont également une perspective réelle mais complexe, qui nécessitera plus de temps et des collaborations à l’échelle nationale ou internationale. Ces avancées passent par une phase dite de phénotypage (collecte de mesures relatives aux caractères liés au phénotype d’intérêt) plus ou moins complexe et coûteuse. Les dispositifs de phénotypage sont des axes stratégiques majeurs pour les acteurs des schémas de sélection. La révolution génomique induit d’autres changements dans le monde de la sélection, de type organisationnel, avec des réorganisations, des compétitions et des alliances nouvelles entre acteurs historiques (organisations en charge de la mise en oeuvre du dispositif génétique français selon la loi sur l’élevage de 1966) ou émergents (entreprises étrangères et/ou d’autres secteurs). La génétique est une carte essentielle à jouer pour atteindre les objectifs de durabilité des élevages et filières de demain.
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BOUQUET, A., G. RENAND et F. PHOCAS. « Evolution de la diversité génétique des populations françaises de bovins allaitants spécialisés de 1979 à 2008 ». INRAE Productions Animales 22, no 4 (20 juin 2009) : 317–30. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2009.22.4.3357.
Texte intégralRésumé :
Cet article présente un bilan de la variabilité génétique des trois principales populations bovines allaitantes françaises en contrôle de performances (CP). Des noyaux de sélection diffusent largement des taureaux de monte naturelle (MN) ou d’insémination animale (IA) utilisés dans le reste des élevages de production au CP. La connaissance des généalogies est bonne dans les trois races mais est hétérogène entre élevages de sélection et de production. Les taux d’accroissement de consanguinité estimés sont faibles à modérés dans les populations Limousine, Charolaise et Blonde d’Aquitaine (environ 0,01, 0,1 et 0,2% par génération, respectivement) et correspondent à des effectifs génétiques relativement élevés (>1000, 601 et 247). Les effectifs génétiques estimés sont plus faibles dans les noyaux de sélection des reproducteurs de MN et d’IA que dans l’ensemble des élevages en CP mais ils restent importants. L’évolution des statistiques dérivées des probabilités d’origine des gènes montre l’existence de goulets d’étranglement anciens dans la population Blonde d’Aquitaine et plus récents dans les populations Charolaise et Limousine. Ces goulets résultent de l’utilisation de l’IA historiquement forte dans la population Blonde d’Aquitaine et plus modérée mais en constante augmentation dans les populations Charolaise et Limousine. Pour préserver la variabilité génétique toujours disponible dans ces populations, il conviendrait de recruter dans les programmes de sélection des taureaux d’IA une proportion suffisante de mâles issus de taureaux de MN et de veiller à équilibrer les contributions des pères à taureaux aux différentes séries de testage.
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GRIFFON, L., P. BOULESTEIX, A. DELPEUCH, A. GOVIGNON-GION, J. GUERRIER, O. LEUDET, S. MILLER, R. SAINTILAN, E. VENOT et T. TRIBOUT. « La sélection génétique des races bovines allaitantes en France : un dispositif et des outilsinnovants au service desfilières viande ». INRA Productions Animales 30, no 2 (19 juin 2018) : 107–24. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2017.30.2.2237.
Texte intégralRésumé :
Hérité de la loi sur l’Élevage de 1966, le dispositif génétique français a permis la mise en place d’un vaste recueil de phénotypes en ferme et en station. Toutes ces collectes ont pu être valorisées collectivement au travers de nombreuses évaluations génétiques, et notamment les évaluations nationales sur les données recueillies en ferme appelées « IBOVAL ». Ces évaluations ont évolué tant d'un point de vue méthodologique (évaluations polygéniques et maintenant génomiques) que sur l’éventail des caractères valorisés. La filière de production de viande bovine dispose aujourd’hui d’outils génétiques performants permettant d’évaluer les reproducteurs bovins allaitants, de les sélectionner sur leurs aptitudes bouchères et leur qualités maternelles en ferme et en station (contrôle individuel ou sur descendance). Le panel de caractères traités (naissance, sevrage, post-sevrage, reproduction, aptitudes bouchères) permet d’élaborer des objectifs de sélection adaptés aux orientations raciales, aux contraintes de la filière et de l’élevage. Les programmes de sélection utilisant ces outils génèrent un progrès génétique. Celui-ci est diffusé efficacement, même si la faible pénétration de l’insémination animale reste un facteur limitant. Enfin, l’arrivée de la génomique, les changements organisationnels induits par le nouveau règlement zootechnique européen et le contexte difficile de l’élevage vont entraîner des évolutions au niveau des outils et des objectifs de sélection.
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CANARIO, Laurianne, Nicole BÉDÈRE, Marc VANDEPUTTE, Didier BOICHARD, Jérôme RAOUL et Catherine LARZUL. « Quelles génétiques pour les systèmes d’élevages certifiés en agriculture biologique ? » INRAE Productions Animales 37, no 2 (13 septembre 2024) : 8177. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2024.37.2.8177.
Texte intégralRésumé :
Dans les systèmes d’élevage sous cahier des charges agriculture biologique (AB), les animaux peuvent être plus vulnérables car ils sont élevés dans des environnements moins contrôlés. Élever des animaux issus de programmes de sélection conçus pour les systèmes conventionnels dans des systèmes moins intensifs peut s’avérer inadéquat s’ils ne savent pas composer avec les fluctuations de la disponibilité et de la qualité des ressources alimentaires. Les cahiers des charges en AB font peu mention de races ou de lignées et les productions animales AB actuelles peuvent souffrir d’un manque de ressources génétiques adaptées. Les éleveurs AB tendent à formuler des besoins génétiques spécifiques à leurs systèmes d’élevage avec un intérêt majeur pour la robustesse, ce qui suppose pour les généticiens et les sélectionneurs d’être en mesure de fournir une offre somme toute différente et plus diversifiée. Peu de travaux portent sur les objectifs de sélection spécifiques au cahier des charges AB, et l’offre génétique attendue par les éleveurs concernés est souvent réfléchie en rupture avec les systèmes conventionnels. Il est nécessaire de repenser l’utilisation des méthodes de sélection animale dans le cadre de l’AB. Cet article présente l’état des connaissances et les moyens génétiques qui sont mobilisables pour adapter les animaux issus de populations sélectionnées aux systèmes biologiques.
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HANOCQ, E., L. TIPHINE et B. BIBÉ. « Le point sur la notion de connexion en génétique animale ». INRAE Productions Animales 12, no 2 (30 avril 1999) : 101–11. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1999.12.2.3869.
Texte intégralRésumé :
La notion de connexion est présentée dans son contexte statistique d’origine, puis définie dans le cadre plus spécifique de la génétique animale. Une connexion satisfaisante, à savoir une répartition suffisamment équilibrée des performances dans les différents niveaux des facteurs de variation génétiques ou environnementaux, est indispensable pour pouvoir estimer et comparer les facteurs (effets "troupeau", valeurs génétiques ...) inclus dans un modèle d’évaluation génétique. Elle est mesurée à l’aide d’un critère dont les valeurs varient de façon continue entre 0 (absence de connexion) et 1 (équilibre optimal). Par ailleurs, si les estimations sont réalisables, elles doivent être suffisamment précises pour pouvoir être exploitées et donc s’appuyer sur un nombre de performances assez important. Un critère est aussi présenté pour mesurer cette précision. Ces deux critères sont utilisés à titre d’exemple dans le cadre d’un dispositif théorique. Une telle approche permet aussi d’illustrer la perte de progrès génétique qu’entraîne l’absence de connexion. Dans le contexte d’un schéma de sélection, les facteurs géographiques et temporels représentent des facteurs de risques quant à l’absence de connexion. Les difficultés de perception par le sélectionneur d’un défaut de connexion sont soulignées. Elles amènent à préconiser des études spécifiques de la connexion et de manière plus générale de la nature et de la représentativité des performances incluses dans une évaluation génétique. Enfin, les principaux cas de figure auxquels peuvent être confrontés les schémas de sélection (connexion absente, insuffisante ou satisfaisante) et la stratégie correspondante du sélectionneur sont discutés.
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Baron, Michel, et Michèle Champion. « GENOMIQUE ET NUTRITION ANIMALE : Contributions de la sélection des oléagineux aux attentes de l’alimentation animale ». Oléagineux, Corps gras, Lipides 9, no 2 (mars 2002) : 139–42. http://dx.doi.org/10.1051/ocl.2002.0139.
Texte intégral
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LAUVERGNE, J. J. « La gestion des populations : L’évaluation de la diversité génétique des gros animaux de ferme ». INRAE Productions Animales 5, HS (2 décembre 1992) : 263–64. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4301.
Texte intégralRésumé :
Même s’il n’existe pas de corps de doctrine officialisée, l’évaluation de la diversité génétique domestique animale est un exercice auquel se sont livrés et se livrent encore de nombreux auteurs. Une telle démarche est évidemment fondamentale en phylogénie, sélection et gestion rationnelle des ressources génétiques de la planète. En ces quelques pages il ne peut être question d’épuiser le sujet, mais de dégager quelques notions de base.
Thèses sur le sujet "Sélection animale"
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Foulley, Jean-Louis. « Méthodes d'évaluation des reproducteurs pour des caractères discrets à déterminisme polygénique en sélection animale ». Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112160.
Texte intégralRésumé :
Cette thèse présente et discute des modèles linéaires et non linéaires d'analyse des caractères discrets polygéniques appliqués en sélection animale sur la base de recherches récentes effectués en ce domaine. Seuls les modèles non linéaires basés sur la notion de variable continue sous-jacente à seuils introduite par Wright sont décrits. L'accent est mis sur les techniques statistiques valeur génétique et des paramètres de variabilité génétique et phénotypique. Le cas simple de réponses dichotomiques sert de base à la présentation de chaque type de méthodologie. Une attention particulière est réservée également aux structures de données à modèles mixtes comportant des effets de population génétique et des paramètres de milieu parasites considérés comme des effets fixés ainsi que des valeurs paternelles transmises, des valeurs génétiques additives ou d'aptitude productive comme effets aléatoires. One approche en modèle linéaire mixte due à Beitler et Landis (1985) est examinée en détail puis généralisée à des situations plus complexes. En ce qui concerne le modèle non linéaire seuils, on montre comment les méthodes bayésiennes s’avèrent particulièrement bien adaptées pour estimer les paramètres de position et de dispersion sur l'échelle sous-jacente dans le cas de sources de variation mixtes. La généralité de cette approche est illustrée par une discussion de plusieurs situations où cette proc64ure peut être appliquée (polytomie ordonnée, réponses binaires multiples, mélange de caractères binaires et continues)Linear and non-linear models for the analysis of categorical data in animal breeding are reviewed and discussed on account of recent research made in that area. Only non-linear methods based on the threshold liability concept introduced by Wright are described. Emphasis is on describing statistical techniques for estimating genetic merit and parameters of genetic and phenotypic variation. For the non-linear threshold model, it is shown how Bayesian methodology is particularly well suited for estimating location and dispersion parameters in the underlying scale under mixed sources of variation. The generality of this approach is illustrated through a discussion of several situations in which this procedure can be applied (ordered polychotomies, multiple binary responses, mixture of binary and normal traits)
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Hamon, Julie. « Optimisation combinatoire pour la sélection de variables en régression en grande dimension : Application en génétique animale ». Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00920205.
Texte intégralRésumé :
Le développement des technologies de séquençage et de génotypage haut-débit permet de mesurer, pour un individu, une grande quantité d'information génomique. L'objectif de ce travail est, dans le cadre de la sélection génomique animale, de sélectionner un sous-ensemble de marqueurs génétiques pertinents permettant de prédire un caractère quantitatif, dans un contexte où le nombre d'animaux génotypés est largement inférieur au nombre de marqueurs étudiées. Ce manuscrit présente un état de l'art des méthodes actuelles permettant de répondre à la problématique. Nous proposons ensuite de répondre à notre problématique de sélection de variables en régression en grande dimension en combinant approches d'optimisation combinatoire et modèles statistiques. Nous commençons par paramétrer expérimentalement deux méthodes d'optimisation combinatoire, la recherche locale itérée et l'algorithme génétique, combinées avec une régression li- néaire multiple et nous évaluons leur pertinence. Dans le contexte de la génomique animale les relations familiales entre animaux sont connues et peuvent constituer une information importante. Notre approche étant flexible, nous proposons une adapta- tion permettant de prendre en considération ces relations familiales via l'utilisation d'un modèle mixte. Le problème du sur-apprentissage étant particulièrement présent sur nos données dû au déséquilibre important entre le nombre de variables étudiées et le nombre d'animaux disponibles, nous proposons également une amélioration de notre approche permettant de diminuer ce sur-apprentissage. Les différentes approches proposées sont validées sur des données de la littérature ainsi que sur des données réelles de Gènes Diffusion.
3
Lê, Cao Kim-Anh. « Outils statistiques pour la sélection de variables et l'intégration de données "omiques" ». Toulouse, INSA, 2008. http://eprint.insa-toulouse.fr/archive/00000225/.
Texte intégralRésumé :
Les récentes avancées bio technologiques permettent maintenant de mesurer une énorme quantité de données biologiques de différentes sources (données génomiques, protéomiques, métabolomiques, phénotypiques), souvent caractérisées par un petit nombre d'échantillons ou d'observations. L'objectif de ce travail est de développer ou d'adapter des méthodes statistiques adéquates permettant d'analyser ces jeux de données de grande dimension, en proposant aux biologistes des outils efficaces pour sélectionner les variables les plus pertinentes. Dans un premier temps, nous nous intéressons spécifiquement aux données de transcriptome et à la sélection de gènes discriminants dans un cadre de classification supervisée. Puis, dans un autre contexte, nous cherchons à sélectionner des variables de types différents lors de la réconciliation (ou l'intégration) de deux tableaux de données omiques. Dans la première partie de ce travail, nous proposons une approche de type wrapper en agrégeant des méthodes de classification (CART, SVM) pour sélectionner des gènes discriminants une ou plusieurs conditions biologiques. Dans la deuxième partie, nous développons une approche PLS avec pénalisation l1 dite de type sparse car conduisant à un ensemble "creux" de paramètres, permettant de sélectionner des sous-ensembles de variables conjointement mesurées sur les mêmes échantillons biologiques. Un cadre de régression, ou d'analyse canonique est proposé pour répondre spécifiquement à la question biologique. Nous évaluons chacune des approches proposées en les comparant sur de nombreux jeux de données réels à des méthodes similaires proposées dans la littérature. Les critères statistiques usuels que nous appliquons sont souvent limités par le petit nombre d'échantillons. Par conséquent, nous nous efforçons de toujours combiner nos évaluations statistiques avec une interprétation biologique détaillée des résultats. Les approches que nous proposons sont facilement applicables et donnent des résultats très satisfaisants qui répondent aux attentes des biologistesRecent advances in biotechnology allow the monitoring of large quantities of biological data of various types, such as genomics, proteomics, metabolomics, phenotypes. . . , that are often characterized by a small number of samples or observations. The aim of this thesis was to develop, or adapt, appropriate statistical methodologies to analyse highly dimensional data, and to present efficient tools to biologists for selecting the most biologically relevant variables. In the first part, we focus on microarray data in a classification framework, and on the selection of discriminative genes. In the second part, in the context of data integration, we focus on the selection of different types of variables with two-block omics data. Firstly, we propose a wrapper method, which agregates two classifiers (CART or SVM) to select discriminative genes for binary or multiclass biological conditions. Secondly, we develop a PLS variant called sparse PLS that adapts l1 penalization and allows for the selection of a subset of variables, which are measured from the same biological samples. Either a regression or canonical analysis frameworks are proposed to answer biological questions correctly. We assess each of the proposed approaches by comparing them to similar methods known in the literature on numerous real data sets. The statistical criteria that we use are often limited by the small number of samples. We always try, therefore, to combine statistical assessments with a thorough biological interpretation of the results. The approaches that we propose are easy to apply and give relevant results that answer the biologists needs
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Kistler, Tristan. « Plans de sélection multi-caractères pour les abeilles mellifères (Apis mellifera) : conception et efficacité ». Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2025. http://www.theses.fr/2025UPASB011.
Texte intégralRésumé :
Des plans de sélection apicoles émergent dans le monde entier, visant à améliorer divers caractères tels que la production et la résilience. Cependant, les apiculteurs manquent de références et de méthodes pour optimiser la sélection. En effet, trois spécificités des abeilles compliquent l'application de la théorie générale de la sélection : l'haplo-diploïdie, l'accouplement polyandrique et précoce des reines, et l'expression des caractères au niveau de la colonie. Considérant ces spécificités, cette thèse explore des stratégies de sélection, l'estimation des paramètres génétiques, et propose un outil de simulation stochastique des schémas de sélection apicoles.Concernant les stratégies de sélection, les simulations montrent que la monoandrie (reine fécondée par un seul mâle) sur 20 ans de sélection phénotypique favorise le gain sur les effets génétiques exprimés par les groupes d'ouvrières par rapport à ceux exprimés par les reines et conduit à un gain génétique total similaire ou inférieur par rapport à la polyandrie, et une consanguinité de 25 à 50 % plus élevée. La sélection massale permet un gain génétique supérieur de 20 % à la sélection intrafamiliale, mais augmente la consanguinité de 33 %.La sélection précoce des mères dans le cadre d'une sélection sur valeurs génétiques prédites raccourcit les intervalles de génération d'un tiers et peut augmenter le gain génétique de 50 %, selon l'objectif de sélection considéré, bien qu'elle empêche le phénotypage des caractères tardifs sur les mères candidates à la sélection.Concernant l'estimation des paramètres génétiques, les simulations montrent que lorsque tous les faux-bourdons s'accouplant à une reine proviennent d'une seule reine productrice de faux-bourdons (DPQ), les erreurs d' estimation des paramètres génétiques diminuent de 10 % par rapport au cas où les faux-bourdons proviennent de trois DPQs sœurs. Cependant, l'incertitude quant à la stratégie d'accouplement utilisée parmi ces deux possibilités peut biaiser considérablement les estimations génétiques. Les DPQs sont souvent accouplées de manière non-dirigée car elles ne transmettent pas le matériel génétique obtenu par l'accouplement aux générations suivantes de la population sous sélection. Il est montré que l'ajout d‘un effet non génétique dans le modèle d'évaluation pour les sous-populations de faux-bourdons s'accouplant avec les DPQs corrige les phénotypes des colonies de DPQs sans introduire de biais dans les estimations des paramètres génétiques.En utilisant les données d'une petite population en sélection en Provence, les paramètres génétiques pour des caractères apicoles, de fécondité ou liés à la résilience sont estimés. Malgré l'incertitude due à des données limitées, la plupart des caractères, y compris ceux liés à la résilience, indiquent un potentiel de sélection, tandis que la tendance à l'essaimage et la douceur des colonies n'ont pas montré d'héritabilité.Tous les travaux de thèse visent à guider les apiculteurs-sélectionneurs dans l'amélioration génétique et la maîtrise de la consanguinité de leur cheptel. L'outil de simulation mis au point dans la thèse est disponible publiquement pour continuer d'explorer les plans de sélection apicoleBreeding plans in honeybees are emerging worldwide, aiming to improve traits such as production and resilience. However, beekeepers lack references and methods to optimize selection. Indeed, three bee specificities complicate the application of general breeding theory: haplo-diploidy, early and polyandrous queen mating, and colony-level trait expression. Considering these specificities, this thesis explores selection strategies, estimation of genetic parameters, and contributes a stochastic simulation tool of bee breeding schemes.Regarding selection strategies, simulations showed that monoandry (queen fertilized by a single male) over 20 years of phenotypic selection favors gain on genetic effects expressed by worker groups over those expressed by queens and leads to similar or lower total genetic gain compared to polyandry, and 25-50% higher inbreeding. Mass selection yields 20% more genetic gain than within-family selection but increases inbreeding by 33%.Early dam selection based on estimated breeding values shortens generation intervals by a third and can increase genetic gain by up to 50%, depending on the breeding goal, despite impeding late-trait phenotyping on dam selection candidates.Regarding the estimation of genetic parameters, the simulations show that when all drones mating a queen originate from a single drone-producing queen (DPQ), standard errors of genetic estimates decrease by 10% compared to when drones originate from three sister-DPQs. However, pedigree uncertainty on which of these two mating strategies is used can severely bias genetic estimates. DPQs are often open-mated because they don't transmit the genetic material obtained from their mates to further generations of the breeding population. It is shown that correction of DPQ-colony phenotypes, by adding a non-genetic effect in the evaluation model for the drone subpopulations mating DPQs, avoids bias in genetic parameter estimates.Using data from a small breeding population in Southern France, genetic parameters for beekeeping traits, fecundity, and resilience traits were estimated. Despite uncertainty due to limited data, most traits, including those related to resilience, indicated potential for selection, while swarming drive and gentleness showed no heritability.This thesis work aims to guide bee breeders in the genetic improvement and inbreeding control of their stock. The simulation tool developed in this thesis is publicly available to explore breeding plans for honeybees further
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Audebert, Christophe. « Dans un contexte d'une santé globale : apport des technologies moléculaires dans un modèle de production/sélection de semence animale ». Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. http://www.theses.fr/2023ULILS111.
Texte intégralRésumé :
Le concept d'une Santé Globale a émergé depuis le début des années 2000 en partant du principe qu'il existe une interdépendance entre les actions anthropiques et l'émergence de maladies à potentiel pandémique. Cette approche intégrée repose sur une démarche holistique établissant un continuum entre les pratiques liées à l'élevage d'animaux de rente, leur écosystème et les humains en relation plus ou moins étroite avec ces mêmes animaux.Les travaux présentés s'appuient sur la mobilisation, le développement d'outils moléculaires et analytiques s'attachant à sécuriser, optimiser une phase précoce de notre système alimentaire : la sélection et la reproduction animale. La production de semence animale et plus particulièrement, celle de verrat, a pour particularité d'être couramment produite et distribuée en frais. De ce fait, celle-ci est le plus souvent stabilisée, après dilution, par l'emploi d'antibiotiques. Un grand empirisme préside à l'élaboration des formulations d'antibiotiques utilisées dans ce contexte. Ce support en fait un modèle original pour l'étude de l'émergence de bactéries résistantes aux antibiotiques.Prenant pour point de départ cette production à la base d'une filière agro-alimentaire, les travaux présentés auront pour objectif de démontrer comment les outils génomiques peuvent concourir à une meilleure appréhension de l'émergence de bactéries résistantes, et comment ils peuvent être invoqués pour apporter des solutions permettant d'amoindrir le risque de cette émergence. Une extension à d'autres contextes montrera dans quelle mesure ces approches permettraient une plus grande efficacité dans la prise en charge de cas d'infections humaines ou animales. Les travaux et le parcours proposés relatent, d'une part, des applications innovantes bâties sur les technologies génomiques en tentant d'établir, d'autre part, des passerelles et possibilités de transferts de méthodologies entre des applications liées à l'élevage et celles liées à la santé humaineThe Global Health concept emerged in the early 2000s, on the premise that there is an interrelationship between human actions and the emergence of diseases with pandemic potential. This integrative approach is based on a holistic process linking livestock farming practices, their ecosystems and humans in close or less close contact with these animals.The work presented here relies on the mobilization and development of molecular and analytical tools aimed at securing and optimizing an early phase of our food system: animal selection and reproduction. The production of animal semen, particularly boar semen, is characterized by its widespread fresh production and distribution. As a result, it is usually conditioned, upon dilution, through the use of antibiotics. Antibiotic formulations used in this context are developed empirically. As a result, it provides an original model for studying the emergence of antibiotic-resistant bacteria.Based on this production, which underpins the agri-food industry, the work presented will aim to demonstrate how genomic tools can contribute to a better understanding of the emergence of resistant bacteria, and how they can be applied to provide solutions to reduce the risk of such an emergence. An extension to other contexts will reveal the potential of these approaches to improve the effectiveness of human and animal infection management. The proposed work and itinerary relate, on the one hand, innovative applications built on genomic technologies and, on the other hand, attempt to establish bridges and opportunities for transferring methodologies between livestock and human health applications
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Ramis, Catalina. « La Concanavaline A : acquisition de l'activité lectine et implication dans la toxicité des graines de Canavalia ensiformis en alimentation animale ». Rouen, 2000. http://www.theses.fr/2000ROUES045.
Texte intégralRésumé :
Cette thèse a été réalisé dans le cadre d'une collaboration scientifique entre le Venezuela et la France et a pour objet l'étude de la biosynthèse et de l'activation de la concanavaline A (ConA), principale lectine accumulée dans les graines du haricot canavalia (Canavalia ensiformis). Cette lectine présente une forte toxicité qui limite son utilisation comme matière première en alimentation animale. Afin d'isoler un génotype sans activité lectine, nous avons développé un test qui a permis le criblage rapide de 1186 mutants générés par irradiation aux rayons γ, et l'identification de 3 mutants présentant une activité lectine plus faible que le cultivar commercial, mais encore trop élevée pour une utilisation directe des graines dans l'alimentation de poulets. Par conséquent, un programme a été initié vers la création d'un génotype sans activité lectine par manipulation génétique. Afin de définir la (ou les) cible(s) d'une telle manipulation génétique, nous avons étudié la biosynthèse de la ConA afin de caractériser les étapes de l'activation de la prolactine (proConA) inactive en ConA active. Dans un premier temps, nous avons pu établir la structure du N-glycanne associe a la proConA, et montrer que celui-ci n'est pas impliqué dans un processus d'auto-inhibition de l'activité lectine du précurseur. Par ailleurs, nous avons établi que l'activation de la proConA nécessite sa déglycosylation et une acidification du milieu. Dans un deuxième temps, nous avons cloné et exprimé, dans des cellules de tabac BY2, le gène codant pour la ConA. L'ensemble de ce travail a permis d'établir les bases d'un nouveau projet de recherche au Venezuela, ayant pour objectif l'expression antisens du gène d'une des enzymes clés de l'activation de la ConA ; permettant ainsi d'obtenir un génotype de Canavalia sans activité lectine.
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Marras, Stefano. « Variation inter-individuelle des performances de nage chez le loup, Dicentrarchus labrax ». Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20210.
Texte intégralRésumé :
Les poissons utilisent la nage pour accomplir des activités aussi essentielles que la prédation, la fuite, la migration, ou la recherche d'un partenaire. Bien que la nage soit attendue être vitale pour la plupart des poissons, il a été montré de fortes différences dans les performances entre individus d'une même espèce. Cette thèse s'intéresse aux variations inter-individuelles des nages aérobies et anaérobies chez le loup de mer (Dicentrarchus labrax). Plus précisément, les travaux ont évalué l'étendu de cette variation et sa répétitivité au cours du temps et ont cherché à identifier l'existence d'un compromis fonctionnelle entre les différents types de nages. La vitesse maximum de la nage aérobie s'est révélée remarquablement uniforme et répétable chez le loup, suggérant une sélection pour les individus qui peuvent constamment maintenir les fonctions aérobies à leur maximum. Au contraire, les traits de la nage anaérobie, comme la nage par à-coup, la performance de sprint et la réponse de fuite, ont tous révélés de très fortes variations inter-individuelles. La variation de la vitesse maximale de nage par à-coup semble refléter un compromis entre la performance réalisée et le temps de récupération induit par cette performance. Les variations des vitesses de sprint et des réponses de fuite étaient relativement stables et répétables mais aucune explication fonctionnelle à ces variations n'a pu être trouvée. Malgré l'attendu théorique d'une corrélation négative (compromis) entre les performances aérobies et anaérobies et d'une corrélation positive entre les différentes performances anaérobies, aucune relation claire n'a été trouvée. En l'état, il apparait difficile d'expliquer les fortes variations des performances de nage anaérobies chez le loup. Toutefois, l'existence chez cette espèce d'un cycle de vie impliquant la colonisation d'habitats contrastés (mer versus lagune) pourrait expliquer le maintient de plusieurs phénotypes de nagesFish swim to accomplish such essential activities as prey capture, avoiding predation, migrating, mating. Despite the vital nature of swimming, there is evidence that individuals of a fish species show wide variation in their ability to swim. This thesis investigated individual variation in major traits of aerobic and anaerobic swimming performance in the European sea bass (Dicentrarchus labrax); the extent to which trait variation was stable and repeatable over time, and whether the variation reflected trade-offs between different types of performance. Maximum aerobic swimming speed was remarkably uniform in the sea bass, and highly repeatable, indicating selection for individuals which can preserve maximal aerobic function at all times. By contrast, traits of anaerobic performance, such as maximum anaerobic bursting speed, maximum sprinting speed, and the fast-start escape response, all show a high degree of individual variation. Variation in maximum anaerobic bursting speed may reflect a trade-off whereby high performance requires a significantly longer recovery period. The basis for the variation in sprinting speed and escape response is unknown, although the variation was relatively stable and repeatable over time. There were no clear relationships between the different independent performance traits in the sea bass, despite the fact that a negative relationship (trade-off) between aerobic and anaerobic performance had been predicted on theoretical grounds, as had positive relationships between different types of anaerobic performance. Thus, the large degree of variation in anaerobic performance cannot be explained at present, but may reflect a life cycle of seasonal colonization of diverse habitats, where no single performance phenotype has an adaptive advantage
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Tesniere, Germain. « Arrangements institutionnels à l’ère de la génomique : une approche comparative des régimes et des instruments de sélection animale dans trois pays européens ». Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017PSLEM058/document.
Texte intégralRésumé :
Depuis les années 2000, le développement de la génomique, permettant une connaissance étendue de l’ADN des êtres vivants, transforme la façon dont ceux-ci sont évalués, sélectionnés (sélection génomique des plantes et animaux) et mis en marché. Couplée à des changements politiques et règlementaires, cette technologie contribue à faire évoluer les arrangements institutionnels dans le champ étudié ici de l’amélioration génétique animale, aussi bien au niveau des dispositifs nationaux que des pratiques des acteurs. La libéralisation en cours questionne notamment la dimension collective de la production du progrès génétique et les droits de propriétés sur les ressources génétiques. Dans une perspective comparative entre la France, l’Irlande et les Pays-Bas, cette thèse a pour objectif d’analyser la pluralité des arrangements institutionnels établis dans le champ de la sélection génomique de la race bovine Holstein. Elle mobilise les évolutions récentes de la théorie néo-institutionnelle s’intéressant à l’hétérogénéité organisationnelle et à la matérialité des institutions. Premièrement, elle met en évidence trois régimes institutionnels qui révèlent des arrangements différents notamment entre organisations publiques et privées. Deuxièmement, cette diversité d’arrangements est précisée par l’analyse des instruments contractuels entre entreprises de sélection et éleveurs via des modèles d’organisation de la production et des échanges de ressources génétiques (sous leurs formes biologiques et informationnelles). Ces modèles illustrent la diversité des formes de propriété dont ces ressources génétiques font l’objet entre éleveurs et entreprises et, montrent que les rôles respectifs de ces acteurs sont redéfinis. Ces résultats permettent de mieux comprendre le développement d’une logique libérale (Pays-Bas) en dualité avec le renforcement (Irlande) ou la fragilisation (France) d’une logique coopérative de production du progrès génétiqueSince the early 2000s, the development of genomics, which enables extensive knowledge of the DNA of living entities, has transformed the way in which living entities are evaluated, selected (genomic selection of plants and animals) and marketed. Coupled with political and regulatory changes, this technology contributes to modify the national institutional arrangements in the targeted field of animal genetic improvement, practices of actors. The current liberalization process questions both the collective dimension of genetic progress and the property rights of the genetic resources. In a comparative perspective between France, Ireland and The Netherlands, the objective of this thesis is to analyze the plurality of institutional arrangements pertaining to the Holstein cattle breed’s genomic selection. This thesis is situated within the recent evolutions of the neo-institutional theory focused on organizational heterogeneity and materiality of institutions. Firstly, it highlights three institutional regimes that reveal different arrangements particularly between public and private organizations. Secondly, this diversity of arrangements is completed by an analysis of contractual tools between breeding companies and animal breeders through models of production strategies and exchanges related to genetic resources (both biological and informational forms). These models emphasize a variety of property forms of genetic resources between companies and breeders and also show that actors’ roles in genetic selection activities are redefined. These results provide a better understanding of the development of a liberal logic (The Netherlands) in duality with the reinforcement (Ireland) or weakening (France) of a cooperative logic for the production of improved animal genetics
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Estivals, Guillain. « Spéciation sympatrique chez les cichlidés en Amazonie ? : spéciation et sélection sexuelle dans le modèle Apistogramma agassizii (Steindachner, 1875) ». Thesis, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2020. http://www.theses.fr/2020MNHN0002.
Texte intégralRésumé :
Nous avons choisi le modèle Apistogramma agassizii pour tester la spéciation rapide en sympatrie chez les cichlidés Amazoniens. A. agassizii partage de nombreuses similitudes avec les cichlidés Haplochromines qui sont des exemples remarquables de radiations adaptatives chez les vertébrés. Tout comme les Haplochromines A. agassizii est philopatrique, et présente : un important polymorphisme de couleur avec un dimorphisme sexuel marqué, un choix de partenaire différentiel, et une garde parentale. Nous avons échantillonné 1170 individus d’A. agassizii provenant de 36 popsites (unité de collecte la plus petite) au Loreto en Amazonie péruvienne. La variabilité génétique d'A. agassizii a été étudiée en utilisant 2 marqueurs mitochondriaux (COI et Cyt b) et 10 locus microsatellites. Les 1170 individus ont été génotypés parmi lesquels 104 ont été séquencés pour les deux marqueurs mitochondriaux. Au total 44 haplotypes ont été obtenus à partir des séquences concaténées. Les analyses ont mis en évidence 3 « species flocks » (nommés Sp1, Sp2 et Sp3) vicariants, qui auraient commencé à diverger de leur ancêtre commun le plus récent (MRCA) il y a 1,83 Ma (calibration à partir de fossiles). Les degrés de différentiation génétique des 3 « species flocks » s’organiseraient de façon fractale suivant la hiérarchisation du réseau hydrographique. Les valeurs de différenciations génétiques (estimateur θ du FST) que nous avons observé dans les « species flocks », n’avaient encore jamais été observés sur de si petites échelles géographiques pour un poisson en Amazonie (Sp1 : 0,04 - 0,37, moy. = 0,16 ± 0,06 (σ) ; Sp2 : 0,08 - 0,40, moy. = 0,17 ± 0,09 (σ)). Les rivières Marañon, l’Ucayali et l’Amazone, constitueraient le niveau hiérarchique de rang 1 en limitant la dispersion des 3 « species flocks », favorisant la spéciation allopatrique. Les microbassins hydrographiques constitueraient le niveau de hiérarchisation inférieur de rang 2, avec des différenciations génétiques d’amplitude variable structurant les species flocks en sympatrie. Le terme de « sympatrie » étant ici employé au sens large. Enfin, à l’intérieur des microbassins, les ruisseaux constitueraient le niveau hiérarchique de rang 3 dans lequel des proto-espèces (unité génétique dont le processus de spéciation peut être réversible) divergeraient en sympatrie stricte. L’histoire évolutive du « species flock » Sp1 a été conditionnée par des événements hydro-géomorphologiques multiples qui auraient alternativement favorisés des évènements de fragmentation ou de dispersion induisant des mélanges de populations mises en contacts secondaires. Des expérimentations sur le mode du choix de partenaire ont été réalisées en tenant compte des 3 niveaux hiérarchiques identifiés. Au niveau de hiérarchie de rang 1 (sous-bassin), les femelles Sp1 et Sp2 ont choisi préférentiellement des mâles de leur propre « species flock » (Sp1 : p-value = 0,0005 ; Sp2 : p-value = 0,0029). Pour le rang 2 nous avons testé le choix des femelles Sp1 en leur proposant un mâle de leur ruisseau (même microbassin) et un mâle d’un ruisseau d’un autre microbassin. Pour le rang 3 nous avons testé le choix des femelles Sp1 en leur proposant un mâle de leur ruisseau et un mâle d’un autre ruisseau appartenant au même microbassin. Dans les deux configurations, les femelles marquaient généralement une préférence sexuelle selon l’origine des mâles, sans que celle-ci ait pu être testée de façon suffisamment approfondie pour corroborer que la sélection sexuelle jouerait un rôle moteur dans le processus de spéciation en sympatrie. Les mécanismes évolutifs mis en évidence dans le modèle Apistogramma agassizii pourraient également être impliqués dans la diversification d’autres espèces de Cichlidés, voire d’autres groupes d’organismes en Amazonie et expliquer pour partie l’hyper diversité spécifique dans le plus grand bassin hydrographique du mondeWe chose the Apistogramma agassizii model to test for rapid, potentially sympatric, speciation in Amazonian cichlids. A. agassizii shares many similarities with Haplochromines cichlids which are remarkable examples of adaptive radiations in vertebrates. Like the Haplochromines, A. agassizii is philopatric, and show: an important colour polymorphism with marked sexual dimorphism, a differential partner selection, and parental care. We sampled 1170 individuals of A. agassizii from 36 popsites (smallest collection unit) located in the Loreto region of the Peruvian Amazon. The genetic variability of A. agassizii throughout the study area was studied using 2 mitochondrial markers (COI and Cyt b) and 10 microsatellite loci.The 1170 individuals was genotyped, of which 104 were sequenced for both mitochondrial markers. A total of 44 haplotypes were obtained from the concatenated sequences. The results revealed 3 vicarious "species flocks" (named, Sp1, Sp2 and Sp3) that would have started to diverge from their most recent common ancestor (MRCA) 1.83 Ma ago (calibration from fossils).The degrees of genetic differentiation of the 3 "species flocks" would be fractally organised according to the hierarchy of the hydrographic network. The values of genetic differentiation (FST estimator θ) that we observed within the "species flocks" had never before been observed on such small geographical scales for a fish in the Amazon (Sp1: 0.04 - 0.37, avg. = 0.16 ± 0.06 (σ); Sp2: 0.08 - 0.40, avg. = 0.17 ± 0.09 (σ)). Thus, large rivers within sub-watersheds, such as the Marañon, Ucayali and Amazon, would constitute the hierarchical level of rank 1. They would limit the dispersion of the 3 evidenced "species flocks" Sp1, Sp2, Sp3, by constituting barriers to genes flow and possible allopatric speciation. The micro-watersheds would constitute the lower hierarchical level of rank 2, with genetic differentiations of variable amplitude structuring the species flocks in sympatry. The term "sympatry" being used here in the broad sense, considering that these micro-watersheds are very close to each other and are connected by a main river on the same bank. Finally, within the micro-watersheds, the streams would constitute the hierarchical level of rank 3 in which proto-species (genetic unit whose speciation process may be reversible) would diverge in strict sympatry, between connected streams, or even within the same stream (within the same popsite or collecting site). We have shown that the evolutionary history of the "species flock" Sp1 had been conditioned by multiple hydro-geomorphological events which would have alternately favoured fragmentation or dispersion events inducing mixtures of populations in secondary contact. Mate choice experiments were carried out taking into account the 3 identified hierarchical levels. At hierarchy level 1 (sub-watersheds), females Sp1 and Sp2 preferentially chose males of their own "species flock" (Sp1: p-value = 0.0005; Sp2: p-value = 0.0029). Mate choice experiment for level 2 (micro-watersheds) and 3 (stream) were carried out within the species flock Sp1. We tested the choice of females by offering them a male from their stream (same micro-watersheds) and a male from a stream in another micro-watersheds. For level 3 we tested the choice of females by offering them a male from their stream and a male from another stream belonging to the same micro-watersheds. In both configurations, females generally showed sexual preference according to male origin, but this could not be tested in sufficient depth to corroborate that sexual selection would play a driving role in the process of sympatric speciation.The evolutionary mechanisms highlighted in the Apistogramma agassizii model could also be involved in the diversification of other Cichlid species, or even other groups of organisms in the Amazon, and partly explain the exceptional species diversity in the world's largest watershed
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Patry, Clotilde. « Les impacts de la sélection génomique sur les évaluations génétiques classiques ». Phd thesis, AgroParisTech, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00781220.
Texte intégralRésumé :
Les évaluations génomiques apportent une information précoce et suffisamment précise pour choisir les jeunes taureaux dans les schémas de sélection des bovins laitiers, incitant à remplacer le long processus de testage sur descendance par une étape de sélection génomique.Dès lors, seuls les candidats sélectionnés ont des filles avec performances et participent aux évaluations génétiques classiques. Cependant, toutes les informations ayant servi à la sélection ne sont plus incluses dans l'analyse et l'estimation des valeurs génétiques par la méthode du BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) peut être incorrecte.Les évaluations génétiques classiques restent indispensables pour l'évaluation des animaux non génotypés, pour la comparaison des taureaux à l'échelle mondiale, et pour le calcul des futures prédictions génomiques. Compte-tenu de la rapide intégration de la génomique dans les schémas de sélection des bovins laitiers, il était important d'en étudier les conséquences sur les évaluations génétiques classiques.A l'échelle nationale, nos simulations ont montré que les valeurs génétiques des taureaux retenus sur information génomique étaient systématiquement sous-estimées et moins précises quand l'étape de sélection génomique n'était pas prise en compte dans le modèle statistique. Pour éviter ce biais, une méthode a été testée avec succès : pour l'ensemble des candidats à la sélection, des pseudo-performances sont calculées à partir des index génomiques et analysées par le BLUP. Suivant la prise en compte ou non de l'étape de sélection génomique, les pays participant aux évaluations internationales peuvent fournir des données biaisées et/ou incomplètes, au risque de pénaliser fortement leurs propres taureaux dans les classements internationaux. La diversité des pratiques à l'échelle mondiale et l'interaction des possibles sources de biais dans les évaluations internationales rendent sa propagation incontrôlable et fortement dommageable.Il est donc nécessaire et urgent d'adapter les évaluations génétiques classiques pour prendre en compte l'information génomique et ses pratiques associées. Diverses approches récentes sont discutées afin de proposer des alternatives faciles à mettre en place dans les centres d'évaluation, permettant de maintenir des évaluations non biaisées mais aussi plus précises.
Livres sur le sujet "Sélection animale"
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Quebec (Province). Dept. of Agriculture., dir. What the animal mechanism must be. Quebec : Dept. of Agriculture, 1997.
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2
Lodé, Thierry. Les stratégies de reproduction des animaux : L'aventure évolutive de la sexualité. Paris : Dunod, 2001.
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3
Hamilton, W. D. Narrow roads of gene land : The collected papers of W.D. Hamilton. Oxford : W.H. Freeman/Spektrum, 1996.
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4
K, Honig Werner, et Fetterman J. Gregor, dir. Cognitive aspects of stimulus control. Hillsdale, N.J : L. Erlbaum Associates, 1992.
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5
M, Black Jeffrey, dir. Partnerships in birds : The study of monogamy. Oxford : Oxford University Press, 1996.
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6
Darwin, Charles. The descent of man. 2e éd. Amherst, N.Y : Prometheus Books, 1998.
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10
Darwin, Charles. The Descent of Man. New York : Penguin Group USA, Inc., 2008.
Trouver le texte intégralChapitres de livres sur le sujet "Sélection animale"
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Giraudoux, Patrick. « Le commun du vivant ». Dans L’humain et le végétal. Processus et formes de vie partagés, 195–216. Besançon : Presses universitaires de Franche-Comté, 2024. https://doi.org/10.4000/12w2x.
Texte intégralRésumé :
L’écologie donne ici un sens fort à l’idée d’un monde partagé entre toutes les formes vivantes, dont plantes et microbes constituent près de 100 % de la biomasse. Les eucaryotes (dont font partie les plantes, les animaux et les fonges) sont par leur phylogénie et leur ontogenèse des organismes symbiotiques formés au cours de l’évolution à partir d’un ancêtre commun associant une archée et une ou deux bactéries conférant au nouvel organisme des propriétés émergentes supplémentaires, la respiration pour tous, et pour les plantes vertes, en plus, la photosynthèse chlorophyllienne. D’un point de vue fonctionnel, la biosphère se maintient depuis plus de 3,8 milliards d’années sous forme d’une succession d’écosystèmes Résumés 223 et de formes vivantes (la plupart éteintes). Celle-ci est partagée entre organismes autotrophes (capables de produire leur biomasse à partir de matière minérale) et hétérotrophes (qui en sont incapables), indispensables l’un à l’autre et en équilibre dynamique. L’évolution darwinienne qui est le moteur du réassortiment des formes vivantes terrestres a sélectionné positivement d’innombrables formes d’associations à avantages réciproques à tous les niveaux d’organisation biologique, tout en éliminant celles incompatibles entre elles dans la durée. Comme les animaux (dont l’humanité), sur un tronc métabolique commun, les plantes entretiennent des relations mutualistes avec les microbes et avec de nombreux autres organismes. La différence essentielle singularisant l’humanité du reste des formes vivantes, dont les plantes, est celle d’une conscience de soi extraordinairement développée et la transmission culturelle intergénérationnelle (néanmoins partagée sous des formes plus simples avec un certain nombre d’autres espèces animales). Elle ne la dispense cependant pas, sous peine de disparaître, de penser et d’entretenir les relations nécessairement symbiotiques qui la lient aux autres vivants.
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Granjou, Céline. « Précaution ou Eugénisme ? Risques et Promesses de la Sélection Génétique Animale Appliquée à des Fins de Santé Publique ». Dans Les Technologies de L'Espoir : La Fabrique D'une Histoire à Accomplir, 283–301. Les Presses de l’Université de Laval, 2010. http://dx.doi.org/10.1515/9782763709956-014.
Texte intégral
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COUSTHAM, Vincent, et Frédérique PITEL. « Épigénétique et amélioration des animaux d’élevage ». Dans Épigénétique en écologie et évolution, 269–84. ISTE Group, 2024. https://doi.org/10.51926/iste.9216.ch10.
Texte intégralRésumé :
L’élevage des animaux de rente doit tenir compte des enjeux environnementaux tels que le changement climatique et l'utilisation des ressources naturelles. Ce chapitre décrit comment les connaissances acquises en épigénétique offrent de nouvelles perspectives pour améliorer performance et la santé des animaux via la sélection génétique et le développement de stratégies innovantes de programmation des phénotypes.
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Aron, Serge, et Luc Passera. « 1. L'évolution et la sélection naturelle ». Dans Les sociétés animales, 15–32. De Boeck Supérieur, 2009. http://dx.doi.org/10.3917/dbu.aron.2009.01.0015.
Texte intégral
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HER, Charlotte, et François POMPANON. « Les empreintes de la domestication dans le génome du mouton ». Dans Génétique des domestications, 29–49. ISTE Group, 2024. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9167.ch2.
Texte intégralRésumé :
Premier animal d’élevage domestiqué il y a 10 500 ans au nord-ouest de l’Iran, à partir du mouflon asiatique, le mouton a connu une expansion dans le monde entier avec les migrations humaines. Aux caractéristiques initiales de domestication, en lien avec la sélection d’animaux plus dociles, s’ajoutent les variations génétiques pour des besoins spécifiques : le lait, la viande ou la laine.
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« Chapitre 5. Sélection naturelle, écologie et comportement ». Dans Le comportement animal, 69–84. De Boeck Supérieur, 2009. http://dx.doi.org/10.3917/dbu.mcfar.2009.01.0069.
Texte intégral
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Cézilly, Frank. « 11. « Sélection sexuelle » et différenciation des rôles entre les femelles et les mâles chez les animaux ». Dans Mon corps a-t-il un sexe ?, 187–204. La Découverte, 2015. http://dx.doi.org/10.3917/dec.peyre.2015.01.0187.
Texte intégral
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Roffet-Salque, Mélanie, Pascale Gerbault et Rosalind E. Gillis. « Une histoire de l’exploitation laitière : approches génétique, archéozoologique et biomoléculaire ». Dans Regards croisés : quand les sciences archéologiques rencontrent l'innovation, 1–24. Editions des archives contemporaines, 2017. http://dx.doi.org/10.17184/eac.3788.
Texte intégralRésumé :
Le lait a une place importante dans le régime alimentaire d’un certain nombre de nos sociétés modernes, en particulier sur le continent européen. Pourtant, le lait n’est entré dans notre régime alimentaire que tardivement. En effet, ce n’est qu’avec la domestication des bovins, brebis et chèvres il y a plus de 10 000 ans, que l’homme a commencé à consommer du lait. Le lait frais est riche en lactose, le « sucre du lait », et sa consommation par des individus qui y sont intolérants peut provoquer des troubles digestifs. Pourtant, de nos jours, un adulte sur trois dans le monde peut digérer le lactose grâce à la production de l’enzyme lactase permettant l’hydrolyse du lactose en glucose et galactose. En Europe, la production de lactase à l’âge adulte est due à une seule mutation (-13910*T) dans le génome humain. Cette adaptation à la consommation de lait frais depuis la Préhistoire suggère une pression de sélection forte dans la population européenne. Tandis que l’analyse d’ADN ancien d’individus du début du Néolithique n’a pas permis de détecter cet allèle, il apparaît chez une proportion plus importante d’individus plusieurs millénaires après la domestication des bovins et caprinés. Outre les analyses génétiques permettant de détecter si les premiers agriculteurs avaient la capacité de digérer le lactose, la problématique de l’exploitation du lait pendant la préhistoire peut être abordée à partir des restes des animaux domestiques. L’étude des ossements animaux découverts sur les sites archéologiques permet d’avoir accès aux stratégies d’abattage des bovins et caprinés, et donc à la gestion démographique des troupeaux. Les courbes d’abattage ont permis de montrer que les caprinés étaient exploités pour leur lait dès le Néolithique précéramique. D’autres méthodes complémentaires des courbes d’abattage, les analyses isotopiques des restes dentaires animaux (bovins et caprinés), permettent d’établir la saisonnalité des naissances et l’âge au sevrage. Bien que relativement récentes, ces études ont déjà montré un sevrage précoce des veaux dans certains sites néolithiques, probablement en lien avec une durée de lactation plus courte chez les vaches néolithiques. L’étude de tessons de poterie est aussi un champ d’investigation précieux pour examiner les débuts de l’exploitation laitière. L’identification de lipides issus de lait dans des poteries du VIIe millénaire a permis de montrer que le lait était bien une denrée alimentaire au Proche-Orient. De même, la présence de résidus laitiers dans des récipients perforés découverts dans des sites archéologiques du début du Ve millénaire a permis d’identifier la production de fromages. Les approches génétique, archéozoologique et biomoléculaire restent complémentaires pour élucider les débuts de l’histoire de l’exploitation laitière.
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Raggad, N., A. Majdoub et A. Bouazizi. « Comportement sélectif des ovins en relation avec les caractéristiques chimiques sur un parcours herbacé du sem-aride supérieur de la Tunisie ». Dans Animal production and natural resources utilisation in the Mediterranean mountain areas, 104–11. Brill | Wageningen Academic, 2005. http://dx.doi.org/10.3920/9789086865611_016.
Texte intégralActes de conférences sur le sujet "Sélection animale"
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Catros, S. « A quoi servent les Bio-Imprimantes 3D ? » Dans 66ème Congrès de la SFCO. Les Ulis, France : EDP Sciences, 2020. http://dx.doi.org/10.1051/sfco/20206601012.
Texte intégralRésumé :
Les imprimantes 3D existent depuis plusieurs décennies et le principe général de la fabrication additive est de déposer des couches successives de matériau afin dobtenir un volume, à partir d’un modèle défini à l’avance grâce à une interface informatique. Depuis quelques années, ces imprimantes sont utilisées dans le domaine médical : ainsi, les chirurgiens peuvent obtenir une réplique en résine d’une situation clinique afin de planifier leur geste chirurgical pour réaliser des interventions moins invasives. Par ailleurs, on peut aujourdhui imprimer certains biomatériaux synthétiques sur mesure afin dobtenir des greffons personnalisés basés sur limagerie tridimensionnelle d’un patient. Ces applications utilisent sur des imprimantes fonctionnant principalement sur le principe de la stéréolithographie (photopolymérisation sélective de résines photosensibles) ou bien du dépôt à chaud de fil fondu : ces technologies ne permettent pas dutiliser des composés biologiques tels que des cellules ou des biomolécules. Plus récemment, des imprimantes 3D dédiées à l’impression déléments biologiques (Bio-Impression) ont été développées. On distingue la Bioimpression assistée par laser, la bioimpression par jet dencre et lextrusion dhydrogels. Ces trois méthodes présentent des points communs (utilisation d’une encre biologique, modélisation du motif à imprimer et pilotage de limprimante par une interface informatique, impression couche par couche). Cependant, en fonction de la technologie utilisée, la résolution et le volume des motifs imprimés peuvent varier de façon importante. Les machines permettant d’imprimer à haute résolution ne sont habituellement pas adaptées lorsquon cherche à obtenir des volumes importants ; de la même façon, lorsqu’une technologie permet d’imprimer des volumes importants, il est souvent difficile dobtenir de hautes résolutions dimpressions. De ce fait, on doit parfois combiner plusieurs technologies pour produire certains assemblages complexes. Ainsi, il est primordial de définir finement ses objectifs avant de choisir une technologie de bioimpression. Les applications des imprimantes 3D de tissus biologiques (Bio-imprimantes) sont toutes dans le champ de lingénierie tissulaire et aujourdhui presque exclusivement dans le domaine de la recherche. Les méthodes permettant d’imprimer à haute résolution trouvent des applications principalement en biologie cellulaire lorsquon cherche par exemple àé valuer les capacités de communication de plusieurs types cellulaires : en effet, il est possible de créer des motifs réguliers en imprimant des gouttes de bioencre contenant chacune quelques cellules avec la technologie laser. Par ailleurs, d’autres technologies basées sur lextrusion permettent de manipuler des amas cellulaires (sphéroïdes) et de les organiser entre eux, ce qui peut trouver des applications dans le domaine de la cancérologie. En combinant les technologies, on peut aujourdhui mettre en place des modèles d’étude pharmacologiques qui pourraient à terme se substituer à certaines expérimentations animales et ouvrir la voie à certaines thérapies ciblées. Enfin, la fabrication dorganes par bioimpression (« Organ Printing ») reste aujourdhui du domaine de la science fiction, même si quelques équipes travaillent sur cet aspect. Les imprimantes 3D biologiques apportent donc de nouveaux outils pour le chercheur dans de nombreuses applications en biologie et en médecine régénératrice. Le choix de la méthode la plus adaptée à L’objectif de L’étude est primordial afin dutiliser au mieux ces technologies.