Thèses : « Sélection animale »

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Foulley, Jean-Louis. « Méthodes d'évaluation des reproducteurs pour des caractères discrets à déterminisme polygénique en sélection animale ». Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112160.

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Résumé :

Cette thèse présente et discute des modèles linéaires et non linéaires d'analyse des caractères discrets polygéniques appliqués en sélection animale sur la base de recherches récentes effectués en ce domaine. Seuls les modèles non linéaires basés sur la notion de variable continue sous-jacente à seuils introduite par Wright sont décrits. L'accent est mis sur les techniques statistiques valeur génétique et des paramètres de variabilité génétique et phénotypique. Le cas simple de réponses dichotomiques sert de base à la présentation de chaque type de méthodologie. Une attention particulière est réservée également aux structures de données à modèles mixtes comportant des effets de population génétique et des paramètres de milieu parasites considérés comme des effets fixés ainsi que des valeurs paternelles transmises, des valeurs génétiques additives ou d'aptitude productive comme effets aléatoires. One approche en modèle linéaire mixte due à Beitler et Landis (1985) est examinée en détail puis généralisée à des situations plus complexes. En ce qui concerne le modèle non linéaire seuils, on montre comment les méthodes bayésiennes s’avèrent particulièrement bien adaptées pour estimer les paramètres de position et de dispersion sur l'échelle sous-jacente dans le cas de sources de variation mixtes. La généralité de cette approche est illustrée par une discussion de plusieurs situations où cette proc64ure peut être appliquée (polytomie ordonnée, réponses binaires multiples, mélange de caractères binaires et continues)
Linear and non-linear models for the analysis of categorical data in animal breeding are reviewed and discussed on account of recent research made in that area. Only non-linear methods based on the threshold liability concept introduced by Wright are described. Emphasis is on describing statistical techniques for estimating genetic merit and parameters of genetic and phenotypic variation. For the non-linear threshold model, it is shown how Bayesian methodology is particularly well suited for estimating location and dispersion parameters in the underlying scale under mixed sources of variation. The generality of this approach is illustrated through a discussion of several situations in which this procedure can be applied (ordered polychotomies, multiple binary responses, mixture of binary and normal traits)

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Hamon, Julie. « Optimisation combinatoire pour la sélection de variables en régression en grande dimension : Application en génétique animale ». Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00920205.

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Résumé :

Le développement des technologies de séquençage et de génotypage haut-débit permet de mesurer, pour un individu, une grande quantité d'information génomique. L'objectif de ce travail est, dans le cadre de la sélection génomique animale, de sélectionner un sous-ensemble de marqueurs génétiques pertinents permettant de prédire un caractère quantitatif, dans un contexte où le nombre d'animaux génotypés est largement inférieur au nombre de marqueurs étudiées. Ce manuscrit présente un état de l'art des méthodes actuelles permettant de répondre à la problématique. Nous proposons ensuite de répondre à notre problématique de sélection de variables en régression en grande dimension en combinant approches d'optimisation combinatoire et modèles statistiques. Nous commençons par paramétrer expérimentalement deux méthodes d'optimisation combinatoire, la recherche locale itérée et l'algorithme génétique, combinées avec une régression li- néaire multiple et nous évaluons leur pertinence. Dans le contexte de la génomique animale les relations familiales entre animaux sont connues et peuvent constituer une information importante. Notre approche étant ﬂexible, nous proposons une adapta- tion permettant de prendre en considération ces relations familiales via l'utilisation d'un modèle mixte. Le problème du sur-apprentissage étant particulièrement présent sur nos données dû au déséquilibre important entre le nombre de variables étudiées et le nombre d'animaux disponibles, nous proposons également une amélioration de notre approche permettant de diminuer ce sur-apprentissage. Les diﬀérentes approches proposées sont validées sur des données de la littérature ainsi que sur des données réelles de Gènes Diﬀusion.

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Lê, Cao Kim-Anh. « Outils statistiques pour la sélection de variables et l'intégration de données "omiques" ». Toulouse, INSA, 2008. http://eprint.insa-toulouse.fr/archive/00000225/.

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Résumé :

Les récentes avancées bio technologiques permettent maintenant de mesurer une énorme quantité de données biologiques de différentes sources (données génomiques, protéomiques, métabolomiques, phénotypiques), souvent caractérisées par un petit nombre d'échantillons ou d'observations. L'objectif de ce travail est de développer ou d'adapter des méthodes statistiques adéquates permettant d'analyser ces jeux de données de grande dimension, en proposant aux biologistes des outils efficaces pour sélectionner les variables les plus pertinentes. Dans un premier temps, nous nous intéressons spécifiquement aux données de transcriptome et à la sélection de gènes discriminants dans un cadre de classification supervisée. Puis, dans un autre contexte, nous cherchons à sélectionner des variables de types différents lors de la réconciliation (ou l'intégration) de deux tableaux de données omiques. Dans la première partie de ce travail, nous proposons une approche de type wrapper en agrégeant des méthodes de classification (CART, SVM) pour sélectionner des gènes discriminants une ou plusieurs conditions biologiques. Dans la deuxième partie, nous développons une approche PLS avec pénalisation l1 dite de type sparse car conduisant à un ensemble "creux" de paramètres, permettant de sélectionner des sous-ensembles de variables conjointement mesurées sur les mêmes échantillons biologiques. Un cadre de régression, ou d'analyse canonique est proposé pour répondre spécifiquement à la question biologique. Nous évaluons chacune des approches proposées en les comparant sur de nombreux jeux de données réels à des méthodes similaires proposées dans la littérature. Les critères statistiques usuels que nous appliquons sont souvent limités par le petit nombre d'échantillons. Par conséquent, nous nous efforçons de toujours combiner nos évaluations statistiques avec une interprétation biologique détaillée des résultats. Les approches que nous proposons sont facilement applicables et donnent des résultats très satisfaisants qui répondent aux attentes des biologistes
Recent advances in biotechnology allow the monitoring of large quantities of biological data of various types, such as genomics, proteomics, metabolomics, phenotypes. . . , that are often characterized by a small number of samples or observations. The aim of this thesis was to develop, or adapt, appropriate statistical methodologies to analyse highly dimensional data, and to present efficient tools to biologists for selecting the most biologically relevant variables. In the first part, we focus on microarray data in a classification framework, and on the selection of discriminative genes. In the second part, in the context of data integration, we focus on the selection of different types of variables with two-block omics data. Firstly, we propose a wrapper method, which agregates two classifiers (CART or SVM) to select discriminative genes for binary or multiclass biological conditions. Secondly, we develop a PLS variant called sparse PLS that adapts l1 penalization and allows for the selection of a subset of variables, which are measured from the same biological samples. Either a regression or canonical analysis frameworks are proposed to answer biological questions correctly. We assess each of the proposed approaches by comparing them to similar methods known in the literature on numerous real data sets. The statistical criteria that we use are often limited by the small number of samples. We always try, therefore, to combine statistical assessments with a thorough biological interpretation of the results. The approaches that we propose are easy to apply and give relevant results that answer the biologists needs

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Kistler, Tristan. « Plans de sélection multi-caractères pour les abeilles mellifères (Apis mellifera) : conception et efficacité ». Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2025. http://www.theses.fr/2025UPASB011.

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Des plans de sélection apicoles émergent dans le monde entier, visant à améliorer divers caractères tels que la production et la résilience. Cependant, les apiculteurs manquent de références et de méthodes pour optimiser la sélection. En effet, trois spécificités des abeilles compliquent l'application de la théorie générale de la sélection : l'haplo-diploïdie, l'accouplement polyandrique et précoce des reines, et l'expression des caractères au niveau de la colonie. Considérant ces spécificités, cette thèse explore des stratégies de sélection, l'estimation des paramètres génétiques, et propose un outil de simulation stochastique des schémas de sélection apicoles.Concernant les stratégies de sélection, les simulations montrent que la monoandrie (reine fécondée par un seul mâle) sur 20 ans de sélection phénotypique favorise le gain sur les effets génétiques exprimés par les groupes d'ouvrières par rapport à ceux exprimés par les reines et conduit à un gain génétique total similaire ou inférieur par rapport à la polyandrie, et une consanguinité de 25 à 50 % plus élevée. La sélection massale permet un gain génétique supérieur de 20 % à la sélection intrafamiliale, mais augmente la consanguinité de 33 %.La sélection précoce des mères dans le cadre d'une sélection sur valeurs génétiques prédites raccourcit les intervalles de génération d'un tiers et peut augmenter le gain génétique de 50 %, selon l'objectif de sélection considéré, bien qu'elle empêche le phénotypage des caractères tardifs sur les mères candidates à la sélection.Concernant l'estimation des paramètres génétiques, les simulations montrent que lorsque tous les faux-bourdons s'accouplant à une reine proviennent d'une seule reine productrice de faux-bourdons (DPQ), les erreurs d' estimation des paramètres génétiques diminuent de 10 % par rapport au cas où les faux-bourdons proviennent de trois DPQs sœurs. Cependant, l'incertitude quant à la stratégie d'accouplement utilisée parmi ces deux possibilités peut biaiser considérablement les estimations génétiques. Les DPQs sont souvent accouplées de manière non-dirigée car elles ne transmettent pas le matériel génétique obtenu par l'accouplement aux générations suivantes de la population sous sélection. Il est montré que l'ajout d‘un effet non génétique dans le modèle d'évaluation pour les sous-populations de faux-bourdons s'accouplant avec les DPQs corrige les phénotypes des colonies de DPQs sans introduire de biais dans les estimations des paramètres génétiques.En utilisant les données d'une petite population en sélection en Provence, les paramètres génétiques pour des caractères apicoles, de fécondité ou liés à la résilience sont estimés. Malgré l'incertitude due à des données limitées, la plupart des caractères, y compris ceux liés à la résilience, indiquent un potentiel de sélection, tandis que la tendance à l'essaimage et la douceur des colonies n'ont pas montré d'héritabilité.Tous les travaux de thèse visent à guider les apiculteurs-sélectionneurs dans l'amélioration génétique et la maîtrise de la consanguinité de leur cheptel. L'outil de simulation mis au point dans la thèse est disponible publiquement pour continuer d'explorer les plans de sélection apicole
Breeding plans in honeybees are emerging worldwide, aiming to improve traits such as production and resilience. However, beekeepers lack references and methods to optimize selection. Indeed, three bee specificities complicate the application of general breeding theory: haplo-diploidy, early and polyandrous queen mating, and colony-level trait expression. Considering these specificities, this thesis explores selection strategies, estimation of genetic parameters, and contributes a stochastic simulation tool of bee breeding schemes.Regarding selection strategies, simulations showed that monoandry (queen fertilized by a single male) over 20 years of phenotypic selection favors gain on genetic effects expressed by worker groups over those expressed by queens and leads to similar or lower total genetic gain compared to polyandry, and 25-50% higher inbreeding. Mass selection yields 20% more genetic gain than within-family selection but increases inbreeding by 33%.Early dam selection based on estimated breeding values shortens generation intervals by a third and can increase genetic gain by up to 50%, depending on the breeding goal, despite impeding late-trait phenotyping on dam selection candidates.Regarding the estimation of genetic parameters, the simulations show that when all drones mating a queen originate from a single drone-producing queen (DPQ), standard errors of genetic estimates decrease by 10% compared to when drones originate from three sister-DPQs. However, pedigree uncertainty on which of these two mating strategies is used can severely bias genetic estimates. DPQs are often open-mated because they don't transmit the genetic material obtained from their mates to further generations of the breeding population. It is shown that correction of DPQ-colony phenotypes, by adding a non-genetic effect in the evaluation model for the drone subpopulations mating DPQs, avoids bias in genetic parameter estimates.Using data from a small breeding population in Southern France, genetic parameters for beekeeping traits, fecundity, and resilience traits were estimated. Despite uncertainty due to limited data, most traits, including those related to resilience, indicated potential for selection, while swarming drive and gentleness showed no heritability.This thesis work aims to guide bee breeders in the genetic improvement and inbreeding control of their stock. The simulation tool developed in this thesis is publicly available to explore breeding plans for honeybees further

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Audebert, Christophe. « Dans un contexte d'une santé globale : apport des technologies moléculaires dans un modèle de production/sélection de semence animale ». Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. http://www.theses.fr/2023ULILS111.

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Le concept d'une Santé Globale a émergé depuis le début des années 2000 en partant du principe qu'il existe une interdépendance entre les actions anthropiques et l'émergence de maladies à potentiel pandémique. Cette approche intégrée repose sur une démarche holistique établissant un continuum entre les pratiques liées à l'élevage d'animaux de rente, leur écosystème et les humains en relation plus ou moins étroite avec ces mêmes animaux.Les travaux présentés s'appuient sur la mobilisation, le développement d'outils moléculaires et analytiques s'attachant à sécuriser, optimiser une phase précoce de notre système alimentaire : la sélection et la reproduction animale. La production de semence animale et plus particulièrement, celle de verrat, a pour particularité d'être couramment produite et distribuée en frais. De ce fait, celle-ci est le plus souvent stabilisée, après dilution, par l'emploi d'antibiotiques. Un grand empirisme préside à l'élaboration des formulations d'antibiotiques utilisées dans ce contexte. Ce support en fait un modèle original pour l'étude de l'émergence de bactéries résistantes aux antibiotiques.Prenant pour point de départ cette production à la base d'une filière agro-alimentaire, les travaux présentés auront pour objectif de démontrer comment les outils génomiques peuvent concourir à une meilleure appréhension de l'émergence de bactéries résistantes, et comment ils peuvent être invoqués pour apporter des solutions permettant d'amoindrir le risque de cette émergence. Une extension à d'autres contextes montrera dans quelle mesure ces approches permettraient une plus grande efficacité dans la prise en charge de cas d'infections humaines ou animales. Les travaux et le parcours proposés relatent, d'une part, des applications innovantes bâties sur les technologies génomiques en tentant d'établir, d'autre part, des passerelles et possibilités de transferts de méthodologies entre des applications liées à l'élevage et celles liées à la santé humaine
The Global Health concept emerged in the early 2000s, on the premise that there is an interrelationship between human actions and the emergence of diseases with pandemic potential. This integrative approach is based on a holistic process linking livestock farming practices, their ecosystems and humans in close or less close contact with these animals.The work presented here relies on the mobilization and development of molecular and analytical tools aimed at securing and optimizing an early phase of our food system: animal selection and reproduction. The production of animal semen, particularly boar semen, is characterized by its widespread fresh production and distribution. As a result, it is usually conditioned, upon dilution, through the use of antibiotics. Antibiotic formulations used in this context are developed empirically. As a result, it provides an original model for studying the emergence of antibiotic-resistant bacteria.Based on this production, which underpins the agri-food industry, the work presented will aim to demonstrate how genomic tools can contribute to a better understanding of the emergence of resistant bacteria, and how they can be applied to provide solutions to reduce the risk of such an emergence. An extension to other contexts will reveal the potential of these approaches to improve the effectiveness of human and animal infection management. The proposed work and itinerary relate, on the one hand, innovative applications built on genomic technologies and, on the other hand, attempt to establish bridges and opportunities for transferring methodologies between livestock and human health applications

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Ramis, Catalina. « La Concanavaline A : acquisition de l'activité lectine et implication dans la toxicité des graines de Canavalia ensiformis en alimentation animale ». Rouen, 2000. http://www.theses.fr/2000ROUES045.

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Cette thèse a été réalisé dans le cadre d'une collaboration scientifique entre le Venezuela et la France et a pour objet l'étude de la biosynthèse et de l'activation de la concanavaline A (ConA), principale lectine accumulée dans les graines du haricot canavalia (Canavalia ensiformis). Cette lectine présente une forte toxicité qui limite son utilisation comme matière première en alimentation animale. Afin d'isoler un génotype sans activité lectine, nous avons développé un test qui a permis le criblage rapide de 1186 mutants générés par irradiation aux rayons γ, et l'identification de 3 mutants présentant une activité lectine plus faible que le cultivar commercial, mais encore trop élevée pour une utilisation directe des graines dans l'alimentation de poulets. Par conséquent, un programme a été initié vers la création d'un génotype sans activité lectine par manipulation génétique. Afin de définir la (ou les) cible(s) d'une telle manipulation génétique, nous avons étudié la biosynthèse de la ConA afin de caractériser les étapes de l'activation de la prolactine (proConA) inactive en ConA active. Dans un premier temps, nous avons pu établir la structure du N-glycanne associe a la proConA, et montrer que celui-ci n'est pas impliqué dans un processus d'auto-inhibition de l'activité lectine du précurseur. Par ailleurs, nous avons établi que l'activation de la proConA nécessite sa déglycosylation et une acidification du milieu. Dans un deuxième temps, nous avons cloné et exprimé, dans des cellules de tabac BY2, le gène codant pour la ConA. L'ensemble de ce travail a permis d'établir les bases d'un nouveau projet de recherche au Venezuela, ayant pour objectif l'expression antisens du gène d'une des enzymes clés de l'activation de la ConA ; permettant ainsi d'obtenir un génotype de Canavalia sans activité lectine.

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Marras, Stefano. « Variation inter-individuelle des performances de nage chez le loup, Dicentrarchus labrax ». Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20210.

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Les poissons utilisent la nage pour accomplir des activités aussi essentielles que la prédation, la fuite, la migration, ou la recherche d'un partenaire. Bien que la nage soit attendue être vitale pour la plupart des poissons, il a été montré de fortes différences dans les performances entre individus d'une même espèce. Cette thèse s'intéresse aux variations inter-individuelles des nages aérobies et anaérobies chez le loup de mer (Dicentrarchus labrax). Plus précisément, les travaux ont évalué l'étendu de cette variation et sa répétitivité au cours du temps et ont cherché à identifier l'existence d'un compromis fonctionnelle entre les différents types de nages. La vitesse maximum de la nage aérobie s'est révélée remarquablement uniforme et répétable chez le loup, suggérant une sélection pour les individus qui peuvent constamment maintenir les fonctions aérobies à leur maximum. Au contraire, les traits de la nage anaérobie, comme la nage par à-coup, la performance de sprint et la réponse de fuite, ont tous révélés de très fortes variations inter-individuelles. La variation de la vitesse maximale de nage par à-coup semble refléter un compromis entre la performance réalisée et le temps de récupération induit par cette performance. Les variations des vitesses de sprint et des réponses de fuite étaient relativement stables et répétables mais aucune explication fonctionnelle à ces variations n'a pu être trouvée. Malgré l'attendu théorique d'une corrélation négative (compromis) entre les performances aérobies et anaérobies et d'une corrélation positive entre les différentes performances anaérobies, aucune relation claire n'a été trouvée. En l'état, il apparait difficile d'expliquer les fortes variations des performances de nage anaérobies chez le loup. Toutefois, l'existence chez cette espèce d'un cycle de vie impliquant la colonisation d'habitats contrastés (mer versus lagune) pourrait expliquer le maintient de plusieurs phénotypes de nages
Fish swim to accomplish such essential activities as prey capture, avoiding predation, migrating, mating. Despite the vital nature of swimming, there is evidence that individuals of a fish species show wide variation in their ability to swim. This thesis investigated individual variation in major traits of aerobic and anaerobic swimming performance in the European sea bass (Dicentrarchus labrax); the extent to which trait variation was stable and repeatable over time, and whether the variation reflected trade-offs between different types of performance. Maximum aerobic swimming speed was remarkably uniform in the sea bass, and highly repeatable, indicating selection for individuals which can preserve maximal aerobic function at all times. By contrast, traits of anaerobic performance, such as maximum anaerobic bursting speed, maximum sprinting speed, and the fast-start escape response, all show a high degree of individual variation. Variation in maximum anaerobic bursting speed may reflect a trade-off whereby high performance requires a significantly longer recovery period. The basis for the variation in sprinting speed and escape response is unknown, although the variation was relatively stable and repeatable over time. There were no clear relationships between the different independent performance traits in the sea bass, despite the fact that a negative relationship (trade-off) between aerobic and anaerobic performance had been predicted on theoretical grounds, as had positive relationships between different types of anaerobic performance. Thus, the large degree of variation in anaerobic performance cannot be explained at present, but may reflect a life cycle of seasonal colonization of diverse habitats, where no single performance phenotype has an adaptive advantage

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Tesniere, Germain. « Arrangements institutionnels à l’ère de la génomique : une approche comparative des régimes et des instruments de sélection animale dans trois pays européens ». Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017PSLEM058/document.

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Depuis les années 2000, le développement de la génomique, permettant une connaissance étendue de l’ADN des êtres vivants, transforme la façon dont ceux-ci sont évalués, sélectionnés (sélection génomique des plantes et animaux) et mis en marché. Couplée à des changements politiques et règlementaires, cette technologie contribue à faire évoluer les arrangements institutionnels dans le champ étudié ici de l’amélioration génétique animale, aussi bien au niveau des dispositifs nationaux que des pratiques des acteurs. La libéralisation en cours questionne notamment la dimension collective de la production du progrès génétique et les droits de propriétés sur les ressources génétiques. Dans une perspective comparative entre la France, l’Irlande et les Pays-Bas, cette thèse a pour objectif d’analyser la pluralité des arrangements institutionnels établis dans le champ de la sélection génomique de la race bovine Holstein. Elle mobilise les évolutions récentes de la théorie néo-institutionnelle s’intéressant à l’hétérogénéité organisationnelle et à la matérialité des institutions. Premièrement, elle met en évidence trois régimes institutionnels qui révèlent des arrangements différents notamment entre organisations publiques et privées. Deuxièmement, cette diversité d’arrangements est précisée par l’analyse des instruments contractuels entre entreprises de sélection et éleveurs via des modèles d’organisation de la production et des échanges de ressources génétiques (sous leurs formes biologiques et informationnelles). Ces modèles illustrent la diversité des formes de propriété dont ces ressources génétiques font l’objet entre éleveurs et entreprises et, montrent que les rôles respectifs de ces acteurs sont redéfinis. Ces résultats permettent de mieux comprendre le développement d’une logique libérale (Pays-Bas) en dualité avec le renforcement (Irlande) ou la fragilisation (France) d’une logique coopérative de production du progrès génétique
Since the early 2000s, the development of genomics, which enables extensive knowledge of the DNA of living entities, has transformed the way in which living entities are evaluated, selected (genomic selection of plants and animals) and marketed. Coupled with political and regulatory changes, this technology contributes to modify the national institutional arrangements in the targeted field of animal genetic improvement, practices of actors. The current liberalization process questions both the collective dimension of genetic progress and the property rights of the genetic resources. In a comparative perspective between France, Ireland and The Netherlands, the objective of this thesis is to analyze the plurality of institutional arrangements pertaining to the Holstein cattle breed’s genomic selection. This thesis is situated within the recent evolutions of the neo-institutional theory focused on organizational heterogeneity and materiality of institutions. Firstly, it highlights three institutional regimes that reveal different arrangements particularly between public and private organizations. Secondly, this diversity of arrangements is completed by an analysis of contractual tools between breeding companies and animal breeders through models of production strategies and exchanges related to genetic resources (both biological and informational forms). These models emphasize a variety of property forms of genetic resources between companies and breeders and also show that actors’ roles in genetic selection activities are redefined. These results provide a better understanding of the development of a liberal logic (The Netherlands) in duality with the reinforcement (Ireland) or weakening (France) of a cooperative logic for the production of improved animal genetics

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Estivals, Guillain. « Spéciation sympatrique chez les cichlidés en Amazonie ? : spéciation et sélection sexuelle dans le modèle Apistogramma agassizii (Steindachner, 1875) ». Thesis, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2020. http://www.theses.fr/2020MNHN0002.

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Nous avons choisi le modèle Apistogramma agassizii pour tester la spéciation rapide en sympatrie chez les cichlidés Amazoniens. A. agassizii partage de nombreuses similitudes avec les cichlidés Haplochromines qui sont des exemples remarquables de radiations adaptatives chez les vertébrés. Tout comme les Haplochromines A. agassizii est philopatrique, et présente : un important polymorphisme de couleur avec un dimorphisme sexuel marqué, un choix de partenaire différentiel, et une garde parentale. Nous avons échantillonné 1170 individus d’A. agassizii provenant de 36 popsites (unité de collecte la plus petite) au Loreto en Amazonie péruvienne. La variabilité génétique d'A. agassizii a été étudiée en utilisant 2 marqueurs mitochondriaux (COI et Cyt b) et 10 locus microsatellites. Les 1170 individus ont été génotypés parmi lesquels 104 ont été séquencés pour les deux marqueurs mitochondriaux. Au total 44 haplotypes ont été obtenus à partir des séquences concaténées. Les analyses ont mis en évidence 3 « species flocks » (nommés Sp1, Sp2 et Sp3) vicariants, qui auraient commencé à diverger de leur ancêtre commun le plus récent (MRCA) il y a 1,83 Ma (calibration à partir de fossiles). Les degrés de différentiation génétique des 3 « species flocks » s’organiseraient de façon fractale suivant la hiérarchisation du réseau hydrographique. Les valeurs de différenciations génétiques (estimateur θ du FST) que nous avons observé dans les « species flocks », n’avaient encore jamais été observés sur de si petites échelles géographiques pour un poisson en Amazonie (Sp1 : 0,04 - 0,37, moy. = 0,16 ± 0,06 (σ) ; Sp2 : 0,08 - 0,40, moy. = 0,17 ± 0,09 (σ)). Les rivières Marañon, l’Ucayali et l’Amazone, constitueraient le niveau hiérarchique de rang 1 en limitant la dispersion des 3 « species flocks », favorisant la spéciation allopatrique. Les microbassins hydrographiques constitueraient le niveau de hiérarchisation inférieur de rang 2, avec des différenciations génétiques d’amplitude variable structurant les species flocks en sympatrie. Le terme de « sympatrie » étant ici employé au sens large. Enfin, à l’intérieur des microbassins, les ruisseaux constitueraient le niveau hiérarchique de rang 3 dans lequel des proto-espèces (unité génétique dont le processus de spéciation peut être réversible) divergeraient en sympatrie stricte. L’histoire évolutive du « species flock » Sp1 a été conditionnée par des événements hydro-géomorphologiques multiples qui auraient alternativement favorisés des évènements de fragmentation ou de dispersion induisant des mélanges de populations mises en contacts secondaires. Des expérimentations sur le mode du choix de partenaire ont été réalisées en tenant compte des 3 niveaux hiérarchiques identifiés. Au niveau de hiérarchie de rang 1 (sous-bassin), les femelles Sp1 et Sp2 ont choisi préférentiellement des mâles de leur propre « species flock » (Sp1 : p-value = 0,0005 ; Sp2 : p-value = 0,0029). Pour le rang 2 nous avons testé le choix des femelles Sp1 en leur proposant un mâle de leur ruisseau (même microbassin) et un mâle d’un ruisseau d’un autre microbassin. Pour le rang 3 nous avons testé le choix des femelles Sp1 en leur proposant un mâle de leur ruisseau et un mâle d’un autre ruisseau appartenant au même microbassin. Dans les deux configurations, les femelles marquaient généralement une préférence sexuelle selon l’origine des mâles, sans que celle-ci ait pu être testée de façon suffisamment approfondie pour corroborer que la sélection sexuelle jouerait un rôle moteur dans le processus de spéciation en sympatrie. Les mécanismes évolutifs mis en évidence dans le modèle Apistogramma agassizii pourraient également être impliqués dans la diversification d’autres espèces de Cichlidés, voire d’autres groupes d’organismes en Amazonie et expliquer pour partie l’hyper diversité spécifique dans le plus grand bassin hydrographique du monde
We chose the Apistogramma agassizii model to test for rapid, potentially sympatric, speciation in Amazonian cichlids. A. agassizii shares many similarities with Haplochromines cichlids which are remarkable examples of adaptive radiations in vertebrates. Like the Haplochromines, A. agassizii is philopatric, and show: an important colour polymorphism with marked sexual dimorphism, a differential partner selection, and parental care. We sampled 1170 individuals of A. agassizii from 36 popsites (smallest collection unit) located in the Loreto region of the Peruvian Amazon. The genetic variability of A. agassizii throughout the study area was studied using 2 mitochondrial markers (COI and Cyt b) and 10 microsatellite loci.The 1170 individuals was genotyped, of which 104 were sequenced for both mitochondrial markers. A total of 44 haplotypes were obtained from the concatenated sequences. The results revealed 3 vicarious "species flocks" (named, Sp1, Sp2 and Sp3) that would have started to diverge from their most recent common ancestor (MRCA) 1.83 Ma ago (calibration from fossils).The degrees of genetic differentiation of the 3 "species flocks" would be fractally organised according to the hierarchy of the hydrographic network. The values of genetic differentiation (FST estimator θ) that we observed within the "species flocks" had never before been observed on such small geographical scales for a fish in the Amazon (Sp1: 0.04 - 0.37, avg. = 0.16 ± 0.06 (σ); Sp2: 0.08 - 0.40, avg. = 0.17 ± 0.09 (σ)). Thus, large rivers within sub-watersheds, such as the Marañon, Ucayali and Amazon, would constitute the hierarchical level of rank 1. They would limit the dispersion of the 3 evidenced "species flocks" Sp1, Sp2, Sp3, by constituting barriers to genes flow and possible allopatric speciation. The micro-watersheds would constitute the lower hierarchical level of rank 2, with genetic differentiations of variable amplitude structuring the species flocks in sympatry. The term "sympatry" being used here in the broad sense, considering that these micro-watersheds are very close to each other and are connected by a main river on the same bank. Finally, within the micro-watersheds, the streams would constitute the hierarchical level of rank 3 in which proto-species (genetic unit whose speciation process may be reversible) would diverge in strict sympatry, between connected streams, or even within the same stream (within the same popsite or collecting site). We have shown that the evolutionary history of the "species flock" Sp1 had been conditioned by multiple hydro-geomorphological events which would have alternately favoured fragmentation or dispersion events inducing mixtures of populations in secondary contact. Mate choice experiments were carried out taking into account the 3 identified hierarchical levels. At hierarchy level 1 (sub-watersheds), females Sp1 and Sp2 preferentially chose males of their own "species flock" (Sp1: p-value = 0.0005; Sp2: p-value = 0.0029). Mate choice experiment for level 2 (micro-watersheds) and 3 (stream) were carried out within the species flock Sp1. We tested the choice of females by offering them a male from their stream (same micro-watersheds) and a male from a stream in another micro-watersheds. For level 3 we tested the choice of females by offering them a male from their stream and a male from another stream belonging to the same micro-watersheds. In both configurations, females generally showed sexual preference according to male origin, but this could not be tested in sufficient depth to corroborate that sexual selection would play a driving role in the process of sympatric speciation.The evolutionary mechanisms highlighted in the Apistogramma agassizii model could also be involved in the diversification of other Cichlid species, or even other groups of organisms in the Amazon, and partly explain the exceptional species diversity in the world's largest watershed

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Patry, Clotilde. « Les impacts de la sélection génomique sur les évaluations génétiques classiques ». Phd thesis, AgroParisTech, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00781220.

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Résumé :

Les évaluations génomiques apportent une information précoce et suffisamment précise pour choisir les jeunes taureaux dans les schémas de sélection des bovins laitiers, incitant à remplacer le long processus de testage sur descendance par une étape de sélection génomique.Dès lors, seuls les candidats sélectionnés ont des filles avec performances et participent aux évaluations génétiques classiques. Cependant, toutes les informations ayant servi à la sélection ne sont plus incluses dans l'analyse et l'estimation des valeurs génétiques par la méthode du BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) peut être incorrecte.Les évaluations génétiques classiques restent indispensables pour l'évaluation des animaux non génotypés, pour la comparaison des taureaux à l'échelle mondiale, et pour le calcul des futures prédictions génomiques. Compte-tenu de la rapide intégration de la génomique dans les schémas de sélection des bovins laitiers, il était important d'en étudier les conséquences sur les évaluations génétiques classiques.A l'échelle nationale, nos simulations ont montré que les valeurs génétiques des taureaux retenus sur information génomique étaient systématiquement sous-estimées et moins précises quand l'étape de sélection génomique n'était pas prise en compte dans le modèle statistique. Pour éviter ce biais, une méthode a été testée avec succès : pour l'ensemble des candidats à la sélection, des pseudo-performances sont calculées à partir des index génomiques et analysées par le BLUP. Suivant la prise en compte ou non de l'étape de sélection génomique, les pays participant aux évaluations internationales peuvent fournir des données biaisées et/ou incomplètes, au risque de pénaliser fortement leurs propres taureaux dans les classements internationaux. La diversité des pratiques à l'échelle mondiale et l'interaction des possibles sources de biais dans les évaluations internationales rendent sa propagation incontrôlable et fortement dommageable.Il est donc nécessaire et urgent d'adapter les évaluations génétiques classiques pour prendre en compte l'information génomique et ses pratiques associées. Diverses approches récentes sont discutées afin de proposer des alternatives faciles à mettre en place dans les centres d'évaluation, permettant de maintenir des évaluations non biaisées mais aussi plus précises.

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Lefebvre, Brigitte. « Impact de l'utilisation des promoteurs de croissance en production animale sur la sélection de bactéries pathogènes d'origine intestinale, caractérisation de leur potentiel pathogène et de leur virulence ». Thèse, Université de Sherbrooke, 2008. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/5090.

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Résumé :

Cette thèse porte sur l'impact des promoteurs de croissance utilisés en production animale sur l'incidence de bactéries pathogènes pour l'humain et les animaux, notamment les E. coli O157:H7 et les souches apparentées. Escherichia coli O157:H7 est un pathogène d'origine alimentaire impliqué dans le développement de colites hémorragiques plus communément appelées"maladie du hamburgeur" et du syndrome urémique hémolytique chez l'humain. Le bovin de boucherie constitue le principal réservoir de la redoutable bactérie. Dans un premier temps, j'ai évalué l'impact des promoteurs de croissance utilisés en production bovine sur les performances bovines et sur la prévalence de l'excrétion fécale de O157:H7. Je présente ici une étude confirmant l'effet bénéfique, au niveau économique, des promoteurs de croissance mais démontre aussi que les agents testés peuvent accroître le risque de contamination environnemental par E. coli O157. Par ailleurs, l'évaluation du potentiel et du pouvoir de virulence de O157:H7 a démontré que les isolats O157:H7 provenant des bovins et ceux isolés de cas humains sont génétiquement distincts bien que la majorité des isolats possèdent le même arsenal de gènes de virulence. J'ai également mis en évidence un isolat O157 bovin possédant des caractéristiques génétiques bien particulières ainsi qu'un pouvoir de virulence distinct. Mes travaux fournissent des évidences au sujet de l'existence d'isolats O157 bovins possédant des variants de facteurs de virulence ce qui pourrait aider à élucider le rôle de ces déterminants dans le développement des lésions d'attachement et d'effacement au niveau des microvillosités intestinales chez l'humain, un mécanisme crucial à la virulence de O157:H7. Finalement, mes recherches ont démontré que les souches commensales de E. coli retrouvées chez les poulets comptent plusieurs résistances aux antibiotiques et facteurs de virulence qui pourraient provoquer des infections chez l'animal ou l'humain. L'utilisation massive d'antibiotiques dans l'élevage des poulets pourrait avoir exercée une pression sélective à l'origine de la sélection de ces souches.

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Limousin, Denis. « Sélection sexuelle chez un papillon acoustique : étude évolutive du signal mâle et de la préférence femelle ». Thesis, Tours, 2011. http://www.theses.fr/2011TOUR4018/document.

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Résumé :

Le processus de sélection intersexuelle peut impliquer plusieurs mécanismes différents dans le choix du partenaire. Chez la pyrale Achroia grisella, les femelles choisissent les mâles en se basant sur des caractères de leur chant d'avertissement ultrasonique, et de précédentes études ont montré que ce choix peut procurer, à une femelle discriminante, certains bénéfices génétiques indirects. Dans cette thèse, j'ai continué à explorer le mécanisme de bénéfices indirects chez cette espèce en 1) déterminant avec plus de précision un paramètre acoustique, l‟amplitude du chant, qui influence le choix des femelles et en 2) examinant la covariance génétique entre les traits du chant mâle et ceux de la préférence femelle. J'ai constaté qu'en plus de préférer des chants mâles émis avec une plus grande amplitude et une plus grande puissance acoustique, les femelles font également une discrimination en faveur des chants comprenant des forts « pics d'amplitude ». Cependant, mes analyses génétiques moléculaires de la relation entre les traits du signal mâle et ceux de la préférence femelle, n'ont révélé aucune covariance significative, comme prédit par la théorie de la sélection sexuelle. Ces derniers résultats fournissent un aperçu important concernant l‟existence d‟un tempo réduit de la sélection sexuelle, dans les populations naturelles
The process of inter-sexual selection may involve several different mechanisms of mate choice. In the pyralid moth Achroia grisella, females choose males based on characters of their ultrasonic advertisement song, and previous work has indicated that such choice may afford a discriminating female certain indirect genetic benefits. In this thesis I continued to probe the indirect benefits mechanism in this species by 1) determining with more precision one acoustic character, song amplitude, that influences female choice and by 2) examining the genetic covariance between the male song trait and the female preference trait. I found that in addition to preferring male songs delivered at greater amplitude and with greater acoustic power, females also discriminate in favor of songs including higher 'amplitude peaks'. However, my molecular genetic analyses of the relationships between the male signal and female preference traits did not reveal any significant covariance, as predicted by sexual selection theory. These latter findings provide important insight on the reduced tempo of sexual selection that may exist in natural populations

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Zidat, Timothée. « Communication chimique chez un mammifère social et monogame : rôle dans la sélection sexuelle et les relations entre groupes ? » Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSE1072.

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Résumé :

La communication chimique (ou olfactive) est la forme de communication la plus répandue dans le règne animal et joue un rôle essentiel dans la médiation des comportements sociaux et reproductifs. Mon travail de thèse a consisté à étudier le rôle que pouvait avoir la communication chimique chez une espèce sociale, la marmotte Alpine (Marmota marmota). Je me suis d'abord intéressée au rôle de l'olfaction dans un contexte de sélection sexuelle. La marmotte Alpine est une espèce à reproduction coopérative et seuls les dominants peuvent se reproduire ce qui génère une compétition intrasexuelle très forte pour l'accès à la reproduction. En analysant les sécrétions de glandes anales de 154 individus par chromatographie en phase gazeuse et spectrométrie de masse, j'ai pu mettre en évidence que les sécrétions chimiques informaient sur le statut de maturité sexuelle, le statut social ainsi que sur le sexe des individus. Ces informations pourraient être impliquées dans la compétition intrasexuelle chez cette espèce. De plus, bien qu'étant socialement monogame, la marmotte Alpine cocufie parfois son partenaire social avec des mâles présentant une meilleure compatibilité génétique (apparentement et génotype au Complexe Majeur d'Histocompatibilité). En analysant les sécrétions de glandes anales de 63 marmottes sexuellement matures, j'ai pu mettre en évidence une concordance entre les distances chimiques et l'apparentement ce qui pourrait permettre aux femelles d'évaluer la compatibilité génétique des partenaires potentiels. Pour finir, la marmotte Alpine étant une espèce territoriale je me suis intéressée au rôle de l'olfaction dans les relations intergroupes. Pour cela, j'ai testé l'hypothèse du « dear enemy phenomenon » et mis en évidence que n'importe quel étranger au groupe social est considéré comme un ennemi du groupe. Pour conclure, mes résultats montrent que la communication chimique semble jouer un rôle essentiel dans les interactions sociales et reproductives chez la marmotte Alpine
Chemical communication (or olfaction) is the most common form of communication in the animal kingdom and plays an essential role in mediating social and reproductive behaviour. During my Ph.D. thesis, I study the role of chemical communication in a social species, the Alpine marmot (Marmota marmota). I was first interested in the role of olfaction in sexual selection context. The Alpine marmot is a cooperative breeder and only the dominant pair access to the reproduction, generating an intense intra-sexual competition for access to reproduction. By analysing anal gland secretions of 154 individuals with gas chromatography and mass spectrometry, I found that anal gland secretions could inform on sexual maturity, social status and sex. This information may be involved in intra-sexual competition in this species. Furthermore, although being a socially monogamous species, extra-pair paternity occurs in the Alpine marmot. Females choose males with an optimal genetic compatibility (relatedness and genotype to the Major Histocompatibility Complex). By analysing anal gland secretions of 63 sexually mature marmots, I found a significant concordance between chemical distance and relatedness, allowing females to assess the genetic compatibility of the potential partners. Finally, the Alpine marmot as being a territorial species, I was interested in the role of olfaction in relations between groups. For this, I tested the "dear enemy" hypothesis and I highlighted that any stranger to the social group is considered as an enemy of the group. To conclude, chemical communication plays an essential role in social and reproductive interactions in social species

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Antonios, Simona. « Méthodes basées sur la généalogie pour partitionner le gain génétique et le fardeau génétique chez les ovins laitiers ». Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024TLSEP099.

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Résumé :

Cette thèse explore des méthodes basées sur la généalogie pour partitionner le gain génétique et le fardeau génétique (FG) dans les races ovines laitières françaises : Lacaune (LAC), Basco-Béarnaise (BB), Manech Tête Noire (MTN) et Manech Tête Rousse (MTR). Le Chapitre 2 a utilisé une analyse rétrospective pour affiner la partition de la tendance génétique dans les échantillonnages mendéliens par catégorie d'animaux définies par le sexe et par la voie de sélection, ainsi que pour caractériser les contributions génétiques à long terme. Nous avons analysé le gain génétique pour la production laitière dans quatre races : LAC, BB, MTN et MTR. Les mères à béliers (MAB) et les mâles d’insémination artificielle (IA) ont été les sources les plus importantes de progrès génétique, comme l'a montré la décomposition des tendances de l'échantillonnage mendélien. Les contributions annuelles étaient plus variables pour les mâles d'IA que pour les MAB, étant donné que ces contributions ont été calculées en moyenne sur un plus petit nombre d'individus. En termes d'échantillonnage mendélien, les femelles ont contribué davantage que les mâles au gain génétique total, et nous interprétons cela comme étant dû au fait les femelles constituent un plus grand réservoir de diversité génétique. En outre, nous avons calculé les contributions à long terme de chaque individu aux pseudo-générations suivantes. L'échantillonnage mendélien était plus important que la moyenne des parents pour déterminer la sélection des individus et leurs contributions à long terme. Ces contributions étaient plus significatives pour les mâles d'IA (dont la descendance est plus importante que celle des femelles) et en BB qu’en LAC (étant une race de taille plus importante).Au Chapitre 3, la théorie qui montre la nature additive du FG est présentée. L'effet du FG et l'effet génétique additif (dans une population non consanguine) ont une corrélation négative dépendant de la fréquence des allèles, de la consanguinité et de la dominance. Nous avons calculé et décrit les coefficients de consanguinité partielle dans trois races : BB, MTN et MTR. Ensuite, nous avons inclus ces coefficients dans un modèle mixte en tant que covariables de régression aléatoire pour estimer la variance et les valeurs génétiques du FG pour la production laitière. Il existe une variance génétique pour le FG dans les races MTN et MTR, mais elle n'était pas différente de zéro pour BB. Comme attendu, nous avons estimé des corrélations génétiques négatives entre le FG et les valeurs génétiques estimées ; cependant, elles étaient proches de zéro dans les trois races. La faible magnitude du FG ne justifie pas une sélection fondée sur ce critère.Dans le Chapitre 4, nous avons évalué l'efficacité de l'intégration du FG dans les stratégies de sélection chez les ovins laitiers. Nous avons simulé 10 générations de sélection. Six scénarios qui diffèrent par les critères de sélection (uniquement les valeurs génétiques additive estimées du caractère, uniquement les valeurs génétiques estimées du FG, ou à la fois les deux) et les stratégies d’accouplement (minimiser le FG ou la consanguinité attendue dans la descendance) ont été évalués. Les scénarios ont été comparés en termes de gain génétique, coefficients et taux de consanguinité, taille efficace et précision de la sélection. Il est possible d'utiliser les prédictions des effets du FG pour sélectionner les animaux directement ou dans le cadre de stratégies d'accouplement. Cependant, la sélection basée sur le FG (en raison de sa variation et de sa magnitude) ne présente pas d'intérêt pratique. À la lumière de nos résultats, l'inclusion d'animaux génotypés pourrait améliorer la précision de la prédiction des FG individuelles. D'autres recherches sont nécessaires
This thesis explores pedigree-based methods to partition genetic gain and inbreeding load in French dairy sheep breeds: Lacaune (LAC), Basco-Béarnaise (BB), Manech Tête Noire (MTN) and Manech Tête Rousse (MTR).The Chapter 2 used a retrospective analysis to fine partitioning genetic trend in Mendelian samplings by categories of animals defined by sex and by selection pathways, and to similarly characterize long-term genetic contributions. We analysed genetic gain for milk yield in four dairy sheep breeds: LAC, BB, MTN and MTR. Dams of males and Artificial Insemination (AI) males were the most important sources of genetic progress as observed in the decomposition in Mendelian sampling trends. The yearly contributions were more erratic for AI males than for dams of males as they are averaged across a smaller number of individuals. Overall, in terms of Mendelian sampling, females contributed more than males to the total genetic gain, and we interpret that this is because females constitute a larger pool of genetic diversity. In addition, we computed long-term contributions from each individual to the following pseudo-generations. Mendelian sampling was more important than Parent Average to determine the selection of individuals and their long-term contributions. Long-term contributions were larger for AI males (with larger progeny sizes than females) and in BB than in LAC (with the latter being a larger population).In Chapter 3, we presented theory that show the additive nature of the inbreeding load. The inbreeding load effect and the regular (in non-inbred population) additive genetic effect have a negative correlation depending on allele frequencies, inbreeding and dominance. We calculated and described the partial inbreeding coefficients in three French dairy sheep populations: BB, MTN and MTR. Then, we included these coefficients in a mixed model as random regression covariates, to predict genetic variance and breeding values of the inbreeding load for milk yield in the same breeds. There is genetic variance for inbreeding load in MTN and MTR breeds, but it was not different from zero for BB. As expected, we estimated negative genetic correlations between inbreeding load and breeding values; however, estimates were close to zero in the three sheep breeds. The small magnitude of inbreeding load does not warrant selection based on this criterion.In Chapter 4, we evaluated the effectiveness of involving inbreeding load in selection strategies in a dairy sheep breeding scheme. We did this by simulation of 10 generations of evaluations and selection. Six scenarios that differ in the criteria of selection (only breeding values, only breeding values of inbreeding load, or both genetic and inbreeding load breeding values) and mate allocation strategies (minimising inbreeding load or minimising expected future inbreeding) were evaluated. Scenarios were compared in terms of genetic gain, inbreeding coefficients, rate of inbreeding, effective population size, and accuracy of selection. The use of predictions of inbreeding load effects to select animals directly or in mating strategies is feasible. However, selection based on inbreeding load (due to its variation and magnitude) is not of practical interest. In light of our results, the inclusion of genotype animals could improve the accuracy of predicting individual inbreeding loads. Further research is needed

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Raoul, Jérôme. « Utilisation d'un panel SNPs très basse densité dans les populations en sélection de petits ruminants ». Thesis, Toulouse, INPT, 2017. http://www.theses.fr/2017INPT0128/document.

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Résumé :

Les programmes de sélection visent à produire des reproducteurs de bonnes valeurs génétiques pour la filière. La connaissance de marqueurs moléculaires du génome des individus et de mutations d’intérêt ouvrent des perspectives en termes d’organisation de la sélection. A l’aide de simulations déterministes et stochastiques, l’intérêt technique et économique de l’utilisation d’un panel de marqueurs moléculaires très basse densité a été évalué dans les populations ovines et caprines en sélection et permis d’obtenir les résultats suivants : i) utiliser un tel panel pour accroître, quand elle est limitée, la quantité de filiations paternelles n’est pas toujours rentable, ii) la stratégie de gestion des gènes d’ovulation qui maximise la rentabilité économique du plan de sélection a été déterminée par optimisation et des stratégies simples à implémenter, qui donnent des rentabilités proches de la rentabilité maximale, ont été proposées, iii) un programme de sélection génomique basé sur un panel très basse densité, permet à coût constant une efficacité supérieure aux programmes basés actuellement sur le testage sur descendance des mâles
Breeding programs aim to transfer high genetic value breeding stock to the industry. The knowledge of molecular markers of individual’s genome and causal mutations allow to conceive new breeding program designs. Based on deterministic and stochastic simulations, the technical and economic benefits of using a very low density molecular markers panel were assessed in sheep and goat populations. Following results were obtained: i) using such a panel to increase female paternal filiations in case of incomplete pedigree is not always profitable, ii) a method of optimization has been used to derive the maximal profits of managing ovulation genes, and practical management giving profits close to the maximal profits have been determined, iii) at similar cost, a genomic design based on a very low density panel is more efficient than the current design based on progeny testing

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Metzger, Marie. « Rôle de l'information dans l'acquisition des partenaires sexuels et le choix du sexe de la descendance chez les hyménoptères parasitoïdes – Exemple de Venturia Canescens Gravenhorst (Hymenoptera : Ichneumonidae) ». Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00347435.

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Résumé :

Les processus de prises de décisions, et les comportements que les animaux adoptent à l'issue de ces processus, ont nécessairement des conséquences sur leurs chances de survivre et de se reproduire. Dans un environnement variable, l'utilisation d'informations fiables apparaît donc comme essentielle pour maximiser sa valeur adaptative. Dans le cadre théorique de la sélection sexuelle, l'objectif principal de la thèse est de comprendre les informations utilisées par les hyménoptères parasitoïdes lors des différentes étapes de la séquence d'appariement et de l'allocation aux sexes. Le manuscrit débute par une importante synthèse bibliographique puis présente les expériences menées en laboratoire et sur le terrain, en prenant l'exemple du parasitoïde solitaire Venturia canescens. Les résultats soulignent l'importance cruciale des informations liées aux conspécifiques lors de la phase d'acquisition des partenaires. Lors de la localisation du partenaire sexuel, les mâles augmentent leur efficacité de recherche en combinant l'information olfactive émise par les femelles à celle reliée à leurs habitats. Lors du choix du partenaire sexuel, les femelles reconnaissent et évitent de s'accoupler avec leurs frères, probablement sur la base d'une signature chimique, ce qui s'explique par le coût délétère des accouplements consanguins chez cette espèce. Comme chez de nombreuses espèces de parasitoïdes, la sex-ratio est biaisée en faveur des femelles, mais contrairement aux prédictions des modèles théoriques, le choix du sexe de la descendance ne semble pas dépendre des informations liées aux conspécifiques. Des contraintes physiologiques pourraient être responsables de ce biais.

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Alem, Sylvain. « Du jeu des sélections chez une pyrale musicienne : étude de l'origine, de l'évolution et du maintien sélectif des comportements sexuels ». Thesis, Tours, 2012. http://www.theses.fr/2012TOUR4042.

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Résumé :

Pour comprendre comment la sélection naturelle modèle les traits sexuels, l’emploi d’une approche intégrative des processus sélectifs en jeu semble aujourd’hui indispensable. Durant ma thèse je me suis ainsi intéressé aux influences simultanées des sélections de viabilité et sexuelle sur l’origine, l’évolution et le maintien des traits sexuels de la petite teigne de la ruche (Achroia grisella). Chez cette pyrale les mâles se regroupent en leks, produisent un chant d’appel ultrasonique intense et les femelles choisissent un partenaire sexuel en se basant sur des caractéristiques acoustiques spécifiques de ce chant. Cependant les signaux sexuels ultrasoniques des mâles peuvent également attirer des prédateurs : les chauves-souris insectivores. Ainsi, au sein des leks, les sélections sexuelle et de viabilité jouent et peuvent modeler (1) l’évolution du choix des femelles, (2) le maintien et l’évolution du lek, (3) l’origine de la communication acoustique sexuelle. Les travaux conduits durant cette thèse soulignent l’intérêt de l’étude du jeu des sélections sexuelle et de viabilité pour comprendre comment la sélection naturelle peut modeler l’origine, l’évolution et le maintien des traits sexuels. Les résultats indiquent en particulier le rôle crucial de la pression de prédation dans ces processus sélectifs
In order to achieve a better understanding of how natural selection shapes sexual traits it is essential to consider the interplay of the various selective processes at work. For my thesis I investigated the simultaneous influences of viability and sexual selections on the origin, the evolution and the maintenance of sexual traits in the lesser waxmoth Achroia grisella. Females of this pyralid moth choose their mate based on acoustic characters of the ultrasonic calling song broadcasted by males while competing at lek. However male ultrasonic displays are very conspicuous and may attract specific predators: insectivorous bats. Therefore at leks sexual and viability selection pressures act simultaneously and can shape (1) the evolution of female mate choice, (2) the maintenance and evolution of lekking, (3) the origin of sexual acoustic communication. Taken as a whole this work emphasises the relevance of the study of selective interplays between viability and sexual selections in order to improve our understanding of how natural selection may shape the origin, evolution and maintenance of sexual traits. In particular results indicate the crucial role played by predation pressure within these evolutionary processes

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Brard, Sophie. « Quel cadre théorique et pratique pour l'utilisation de la sélection génomique dans l'amélioration génétique des chevaux ? » Thesis, Toulouse, INPT, 2015. http://www.theses.fr/2015INPT0083/document.

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Résumé :

La sélection génomique substitue à la connaissance de la généalogie celle des séquences d’ADN et connait un succès spectaculaire dans la sélection des bovins laitiers. En équin, le gain de précision pour les valeurs génétiques en CSO a été estimé faible entre la généalogie et la génomique, éventuellement à cause des particularités des populations d’apprentissage et de validation. L’objectif est de définir pour les races équines les conditions d’efficacité et de fonctionnement de la sélection génomique. La partie théorique de la thèse a consisté en une méta-analyse afin de comprendre le lien entre précision théorique et observée en fonction des paramètres des populations. L’étude a montré l’importance du nombre efficace de marqueurs Me. Ce paramètre spécifique de la population, de la structure génomique et de la parenté doit être évalué, au même titre que l’héritabilité en génétique classique. D’un point de vue pratique, la 1ère voie d’amélioration était de rechercher des gènes à effet majeur sur l’aptitude au concours de saut d’obstacles (CSO) ou au concours complet. Aucun gène majeur n’a été localisé malgré des détections significatives. Le 2nd levier pour améliorer l’estimation des valeurs génétiques en CSO était d’utiliser le Single-Step, méthode qui combine l’information génomique des étalons génotypés et la généalogie de l’ensemble des chevaux non génotypés utilisés pour l’indexation. L’évaluation pour le CSO a donc été revisitée. Malgré le re-calcul de l’héritabilité et l’application des points sur toute la période, le gain en précision reste faible. La sélection génomique a également été testée sur des chevaux d’endurance, mais comme pour le CSO les précisions obtenues pour le moment ne sont pas assez élevées pour justifier une utilisation de la sélection génomique. Récemment, un gène majeur agissant sur l’aptitude à trotter (DMRT3) a été identifié. Malgré l’effet très négatif d’un allèle sur la qualification et les performances précoces, le Trotteur français (TF) est polymorphe pour le gène à cause d’un effet positif de ce même allèle sur les performances tardives. La sélection classique et la sélection génomique ont été comparées en incluant ou non dans le modèle un marqueur lié à DMRT3, nous permettant d’identifier la meilleure combinaison de modèle et de méthode à utiliser pour estimer les valeurs génétiques du TF. Enfin, le paramètre Me a été estimé dans les populations de chevaux utilisées au cours de la thèse, et les résultats des évaluations génomiques ont été comparés en fonction de Me et des autres paramètres influant sur la précision de la sélection génomique. Deux nouveaux projets prévoyant de génotyper des chevaux de CSO d’une part et des TF d’autre part devraient permettre respectivement d’améliorer la précision de l’évaluation génomique en CSO et de confirmer l’intérêt de la prise en compte de DMRT3 dans l’évaluation génomique des TF
Genomic selection uses genotypes information instead of pedigree information for the estimation of breeding values. In dairy cattle, the selection schemes were greatly improved with this method. In horses, a first attempt of genomic selection showed that the evaluation accuracy was not much improved when using genotypes information compared to classic evaluation, possibly because of the structure of the reference and validation populations. The objective of the thesis was to define the theoretical and practical conditions for the use of genomic selection in horses. The theoretical work of the thesis consisted in a meta-analysis to understand the relation between observed and theoretical accuracy depending on the parameters of the population. We proved the importance of the effective number of independent segments in the genome Me. This parameter is specific of the population and of the genomic structure and relationship structure. We recommend to estimate this parameter before genomic evaluation, just like heritability that is estimated before genetic evaluation. Regarding practical tasks of the thesis, the first solution to improve the breeding values estimation for jumping performances was to look for genes having a major effect on performances in jumping competitions and three-day’s events, but no major gene was evidence in spite of significant detections. The 2nd solution was to perform a single-step evaluation. This method combines information from genotyped stallions and from the pedigree of the whole population. Even if the heritability was re-estimated and points distributed to all horses to have a homogeneous criteria, the accuracy of genomic evaluation was not much improved. Genomic selection was also tested on horses running endurance races, but as for jumping the accuracy was not high enough. Recently, a major gene having a huge effect on the ability of horses to trot was evidenced (DMRT3). Even if one allele has a negative effect on qualification and early earnings, French Trotter (FT) is still heterozygote because of a positive effect of this allele on late performances. Genetic and genomic evaluations were compared with or without using in the model a SNP linked to DMRT3 as a fixed effect. This study allowed identifying the best combination of model and method to use for estimation of FT breeding values. Finally, the parameter Me was estimated in the populations of horses used in the thesis. The results of genomic evaluations were compared according to Me and the other parameters having an influence on the accuracy of genomic evaluations. Two new projects will genotype more jumping horses and FT, they should allow to improve the accuracy of genomic evaluation for jumping horses and to acknowledge the interest of using DMRT3 in the genomic evaluation of FT

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Duparc, Antoine. « Dynamiques spatio-temporelles des ressources alimentaires et des activités humaines : impacts sur la sélection d'habitat d'un grand herbivore de montagne ». Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAV018/document.

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Résumé :

Ces dernières décennies, l'augmentation conjointe des populations de grands herbivores et des activités humaines de nature a donné lieu à de nouveaux enjeux de gestion du territoire conciliant objectifs de conservation et développement touristique. Afin de faire face à ce défi, les gestionnaires ont besoin de mieux comprendre les choix comportementaux qui sont à l’origine de la répartition spatiale des animaux et l’impact des activités humaines sur ces comportements. En prenant l'exemple du chamois (Rupicapra rupicapra), l'objectif de cette thèse est de répondre à ce besoin de connaissances sur le comportement spatial des grands herbivores, en prenant en compte d'une part la sélection des ressources alimentaires en fonction de l'hétérogénéité spatiale et de la dynamique de leur environnement, et d'autre part la réponse comportementale à l'influence de différents types d'activités récréatives de plein air. Nous avons tout d’abord modélisé le paysage alimentaire du chamois et ses variations saisonnières en combinant des données sur la végétation et sur le régime alimentaire à des données de télédétection. Puis à partir de 10 années de suivi de près de 100 animaux par collier GPS dans la Réserve de Chasse et de Faune Sauvage du massif des Bauges, nous avons démontré que les chamois ajustent leurs critères de sélection spatiale au cours du temps en fonction de l’évolution temporelle des caractéristiques de leur fourrage (qualité et quantité), notamment en fonction de leur variabilité ou caractère limitant. Ceci nous a amené à réévaluer le cadre d’application de deux hypothèses classiques en écologie spatiale des herbivores, l’hypothèse de la maturation du fourrage (Forage Maturation Hypothesis) et l’existence d’une réponse fonctionnelle dans la sélection d’habitat. Une des originalités de cette thèse est d’avoir pris en compte le caractère grégaire de cette espèce et de montrer comment la structure socio-spatiale de la population entraîne des variations locales du processus de sélection d’habitat, avec des implications démographiques fortes pour les individus. Nos résultats remettent en cause l’idée que les animaux se redistribuent au sein des populations en fonction des ressources disponibles, ce qui découle probablement de l’importance des relations sociales et du cout et des risques associés à la dispersion. Dans un second temps, nous avons abordé la thématique du dérangement du chamois face à trois activités humaines saisonnières, dont l’étude de la distribution dans notre site d’étude, à l’aide de GPS distribués aux pratiquants, a permis d’établir le paysage du dérangement pour les animaux. Le ski de randonnée et la marche à pied impactent clairement les déplacements des animaux, induisant une dépense énergétique supplémentaire. En revanche pour la chasse, la complexité de la réponse des chamois ne permet pas à l'heure actuelle de différentier l’impact des chasseurs de simples randonneurs, qui sont également présent sur le site en période de chasse. Ce travail se conclut par des propositions de gestion durable des populations sauvages compatibles avec la pratique des activités de loisirs de plein air
These last decades, large herbivores population and outdoor human activities increased tremendously leading to the emergence of new challenges for the management of wild species and recreational activities, which need to reconcile conservation goals and tourist development. In order to face these challenges, wildlife managers need to better understand behavioral choice of animal that lead to their spatial distribution and how these behaviors are influenced by human activities. Based on chamois (Rupicapra rupicapra) as a study case, the aim of this PhD is to enhance our knowledge of spatial behavioral of large herbivores, on one hand by understanding individual selection for food resources according to resource spatial heterogeneity and their temporal dynamics, and on the other hand, by assessing the impact of human outdoor recreational activities on spatial behavior. We first modeled the foodscape of chamois and its seasonal variation by combining field data on vegetation and animal diet with remote sensing data. Then, based on a 10 years dataset of monitoring of >100 animals marked with GPS collars in the Game and Wildlife Reserve of the “massif des Bauges”, we demonstrated chamois adjusted their criteria for spatial selection through time according to the temporal evolution of their forage traits (quality and quantity), accounting notably whether these traits were variable or limiting. This led us to reevaluate the framework of two classical hypotheses in studies of herbivore spatial ecology, the “Forage Maturation Hypothesis” and the emergence of a functional response in habitat selection. One newness in our work is to have accounted for the gregariousness of this species, which allowed us to unveil that socio-spatial structure of the population induced local variation in the habitat selection process, with marked consequences on individual demographic performances. This challenges the idea that individuals should redistribute in space within a population according to available resources, probably because of the importance of social relationships and costs and risks associated with dispersal. Second, we investigated the response of chamois to disturbances resulting from 3 outdoor activities. We assessed the spatial use of recreationists by ditributing GPS-tracker from which we defined landscape of disturbance to animal. Ski touring and hiking both impacted animal movements, resulting in supplementary energetic expenditures. On the other hand, hunting induced complex spatial responses in chamois that need further investigation, as the response to hunters could not be differentiated from responses to hikers who continue to be on site even during the hunting period. We conclude this work with proposals for a better long-term management of wildlife compatible with the practice of outdoor recreational activities

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Baudouin, Alice. « Rôles relatifs des facteurs démographiques, sociaux et sélectifs sur la sélection de partenaires reproducteurs chez le gorille des plaines de l'ouest ». Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1B057/document.

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Résumé :

Chez de nombreuses espèces, il a été montré que les stratégies de choix de partenaires socio-sexuels par un individu étaient liées aux qualités de ces partenaires (phénotypiques ou génétiques) et étaient susceptibles de maximiser la qualité de ses descendants et améliorer sa propre valeur adaptative. Nous nous sommes intéressés au choix de partenaires chez les femelles de gorille de plaines de l’ouest par une étude de leur dispersion sociale en lien avec l’influence relative de l’environnement social et des caractéristiques des mâles adultes dans les décisions des femelles à résider dans un groupe social ou à émigrer, et dans leur choix du groupe dans lequel immigrer. Nous avons montré que les femelles immigrent préférentiellement dans des groupes reproducteurs plutôt que vers des mâles solitaires et vers des groupes jeunes plutôt que vieillissants. Les groupes de 10-15 individus sont évités. Les femelles émigrent des groupes contenant une grande proportion d’individus affectés par une maladie de peau. A court terme après un effondrement démographique du à une épidémie à virus Ebola, le taux d’émigration des femelles diminue dans les groupes de grande taille, ce qui suggère une meilleure qualité reproductrice et protectrice des mâles survivants. Les caractéristiques génétiques des partenaires sexuels dans le choix des femelles, notamment les gènes du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) qui codent pour des protéines impliquées dans les défenses immunitaires, peuvent être impliquées dans le choix de partenaire chez certains primates. Son implication éventuelle n’avait jamais été étudiée chez le gorille. Dans cette perspective nous avons cherché à développer une méthode pour étudier ce complexe de gènes à partir d’échantillons d’ADN non invasifs (fèces), c’est-à-dire avec de l’ADN faiblement concentré et dégradé. Nous avons défini une nouvelle amorce puis utilisé des méthodes de séquençage haut débit, d’électrophorèse sur gel à gradient dénaturant et un marqueur microsatellite lié au CMH afin de déterminer une méthode d’analyse à l’échelle populationnelle. Huit nouveaux allèles de CMH ont été détectés par séquençage haut débit. Le marqueur microsatellite présente un schéma d’amplification complexe et nécessite une optimisation des protocoles qui permettra de réduire les couts d’analyses de la variabilité du CMH à l’échelle populationnelle. Nos développements ouvrent de nouvelles perspectives pour l’étude de l’influence du CMH sur le choix de partenaire dans des populations sauvages de primates
In many species, it has been shown that strategies of choice of socio-sexual partners by an individual are related to the phenotypic or genetic quality of these partners and are likely to maximize the quality of its descendants and improve its own fitness. We investigated the partner choice in western lowland gorilla females in studying their social dispersion and the relative influence of the social environment and the characteristics of adult males in females’ decisions, to stay in a social group or to emigrate, and in their choice of the group into which immigrate. We showed that females preferentially migrated towards breeding groups rather than solitary males and towards younger rather than aging groups. Groups of 10-15 individuals were avoided. Females emigrated from groups containing a large proportion of individuals affected by skin disease. In the short term after a demographic die-off due to an Ebola epidemic, female’s emigration rates declined in large groups, suggesting better reproductive and protective value of surviving males. The influence of the genetic characteristics of the sexual partners in the choice of females, in particular the genes of the major histocompatibility complex (MHC) genes that encode proteins involved in immune defenses, may be involved in partner choice in some primates. Its possible involvement had never been studied in the gorilla. In this perspective we have sought to develop a method to study this gene complex from non-invasive DNA samples (feces), that is to say with weakly concentrated and degraded DNA. We defined a new primer and then used high throughput sequencing, denaturing gradient gel electrophoresis, and a MHC-linked microsatellite marker to determine a population-level analysis method. Eight new MHC alleles were detected by high throughput sequencing. The microsatellite marker has a complex amplification pattern and requires protocol optimization that will reduce the cost of analyzing MHC variability at the population level. Our developments open new perspectives for the study of the influence of CMH on partner choice in wild populations of primates

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Carillier-Jacquin, Céline. « Etude de la prédiction génomique chez les caprins : faisabilité et limites de la sélection génomique dans le cadre d'une population multiraciale et à faible effectif ». Thesis, Toulouse, INPT, 2015. http://www.theses.fr/2015INPT0086/document.

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Résumé :

La sélection génomique, qui a révolutionné la sélection génétique des bovins laitiers notamment, est désormais envisagée dans d’autres espèces comme l’espèce caprine. La clé du succès de la sélection génomique réside dans la précision des évaluations génomiques. Chez les caprins laitiers français, le gain de précision attendu avec la sélection génomique était un des questionnements de la filière en raison de la petite taille de la population de référence disponible (825 mâles et 1945 femelles génotypés sur une puce SNP 50K). Le but de cette étude est d’évaluer comment augmenter la précision des évaluations génomiques dans l’espèce caprine. Une étude de la structure génétique de la population de référence caprine constituée d’animaux de races Saanen et Alpine, a permis de montrer que la population de référence choisie est représentative de la population élevée sur le territoire français. En revanche, les faibles niveaux de déséquilibre de liaison (0,17 entre deux SNP consécutifs) de consanguinité et de parenté au sein de la population, similaires à ceux trouvés en ovins Lacaune, ne sont pas idéaux pour obtenir une bonne précision des évaluations génomiques. De plus, malgré l’origine commune des races Alpine et Saanen, leurs structures génétiques suggèrent qu’elles se distinguent clairement d’un point de vue génétique. Les méthodes génomiques (GBLUP ou Bayésiennes) « two-step », basées sur des performances pré-corrigées (DYD, EBV dérégressées) n’ont pas permis une amélioration significative des précisions des évaluations génomiques pour les caractères évalués en routine (caractères de production, de morphologie et de comptages de cellules somatiques) chez les caprins laitiers. La prise en compte des phénotypes des mâles non génotypés permet d’augmenter les précisions des évaluations de 3 à 47% selon le caractère. L’ajout des génotypes de femelles issues d’un dispositif de détection de QTL améliore également les précisions (de 2 à 14%) que ce soit pour les évaluations two steps ou les évaluations basées sur les performances propres des femelles (single step). Les précisions sont augmentées de 10 à 74% avec les évaluations single step comparées aux évaluations two steps, ce qui permet d’atteindre des précisions supérieures à celles obtenues sur ascendance. Les précisions obtenues avec les évaluations génomiques multiraciales, bicaractères et uniraciales sont similaires même si la précision des valeurs génomiques estimées des candidats à la sélection est plus élevée avec les évaluations multiraciales. La sélection génomique est donc envisageable chez les caprins laitiers français à l’aide d’un modèle génomique multiracial single step. Les précisions peuvent être légèrement augmentées par l’inclusion de gènes majeurs tels que celui de la caséine αs1 notamment à l’aide d’un modèle « gene content » pour prédire le génotype des animaux non génotypés
Genomic selection which is revolutionizing genetic selection in dairy cattle has been tested in several species like dairy goat. Key point in genomic selection is accuracy of genomic evaluation. In French dairy goats, gain in accuracy using genomic selection was questioning due to the small size of the reference population (825 males and 1 945 females genotyped). The aim of this study was to investigate how to reach adequate genomic evaluation accuracy in French dairy goat population. The study of reference population structure (Alpine and Saanen breeds) showed that reference population is similar to the whole population of French dairy goats. But the weak level of linkage disequilibrium (0.17 between two consecutive SNP), inbreeding and relationship between reference and candidate population were not ideal to maximize genomic evaluation accuracy. Despite their common origin, genetic structure of Alpine and Saanen breeds suggested that they were genetically distant. Two steps genomic evaluation (GBLUP, Bayesian) based on performances corrected for fixed effect (DYD, deregressed EBV) did not improve genetic evaluation accuracy compared to classical evaluations for milk production traits, udder type traits and somatic cells score classically selected in French dairy goat. Taking into account phenotypes of ungenotyped sires increased genomic evaluation from 3 to 47% depending on the trait considered. Adding female genotypes also improved genomic evaluation accuracies from 2 to 4% depending on the method (two steps or single step) and on the trait. When using gemomic evaluation directly based on female performances (single step), accuracy of genomic evaluation reach the level obtained from ascendance in classic evaluation which was not the case using two steps evaluations. Genomic evaluation accuracies were similar when using multiple-trait model, multi-breed or single breed evaluation. But accuracies derived from prediction error variances were better when using multi-breed genomic evaluations. Genomic selection is feasible in French dairy goats using single step multi-breed genomic evaluations. Accuracies could be slightly improved integrating major gene as αs1 casein especially when using « gene content » approach to predict genotypes of ungenotyped animals

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Douhard, Frédéric. « Vers des systèmes d'élevage résilients : une approche de l'allocation de la ressource pour combiner sélection et conduite dans l'environnement du troupeau ». Phd thesis, AgroParisTech, 2013. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00986412.

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Résumé :

Sélectionner les animaux qui ont le plus haut niveau de production, en tenant peu compte d'autres caractères, a toujours bien fonctionné dans les conditions d'un environnement favorable (i.e. ration riche en nutriments, faible charge pathogène, thermoneutralité). Toutefois, pour de nombreuses raisons (économiques, climatiques, écologiques), les éleveurs auront sans doute de plus en plus de mal à réunir de telles conditions dans l'environnement de leur troupeau, et pourront même délibérément choisir de ne pas le faire. Sélectionner des animaux qui soient adaptés avec les conditions futures des troupeaux devient donc tout aussi important qu'adapter la conduite du troupeau en fonction des génotypes sélectionnés. Pour mieux identifier les contraintes et les opportunités d'appliquer ces deux options, nous proposons, pour la première fois dans cette thèse, un modèle animal intégrant les effets de la sélection génétique et de la conduite du troupeau. Ce modèle intègre des coefficients d'allocation de la ressource alimentaire entre les fonctions biologiques en tant que caractères héritables Il permet de simuler à court-terme les performances zootechniques et à long-terme les réponses à la sélection résultant de la transmission de ces caractères d'allocation entre générations. Le modèle a été appliqué à la chèvre laitière et se focalise sur la conduite en lactation longue (LL) d'une partie des chèvres du troupeau (conduite consistant à préserver des femelles en lactation ayant après une mise bas sans réengagement d'une nouvelle reproduction). Nous sommes partis du principe que la sélection et la conduite du troupeau influencent tous deux la façon dont chaque animal alloue ses ressources entre ses fonctions biologiques. Nous avons cherché à évaluer la portée de ce principe pour mieux comprendre le développement des interactions génotype-environnement (G x E) sur le long terme. Dans un troupeau soumis à des variations du niveau d'alimentation, différentes stratégies de sélection ciblant l'amélioration de la production laitière et de la longévité ont été simulées. En accord avec la théorie de l'allocation, les réponses à la sélection révèlent que l'amélioration de la production et de la survie doit faire face à un compromis entre ces deux caractères. Cependant, ce compromis est atténué lorsque la sélection est combinée avec la conduite en LL d'une partie du troupeau. Un tel effet de synergie entre sélection et conduite résulte d'une interaction complexe entre la dynamique individuelle de performance au cours de la LL et le renouvellement du troupeau. Ainsi, la capacité innée des chèvres à prolonger leur lactation semble pouvoir être valorisée pour améliorer la résilience du troupeau.

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Machefert, Coralie. « Déterminisme génétique des spectres moyen infrarouge du lait et de l'efficience alimentaire, vers la caractérisation de l'adaptabilité des brebis laitières ». Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024TLSEP144.

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Résumé :

Face à la nécessité croissante d'améliorer l'autonomie alimentaire dans les élevages ovins laitiers, sélectionner des animaux capables d'optimiser l'utilisation de leur ration tout en maintenant une production laitière de qualité devient un enjeu important. Pour atteindre cet objectif, l’utilisation de méthodes de phénotypage efficaces, rapides, peu coûteuses et non invasives est un point clef. Parmi ces outils, l'analyse du lait par spectrométrie en moyen infrarouge (MIR), déjà utilisée en routine lors du contrôle laitier, est une solution prometteuse. Le projet de thèse avait pour buts d’étudier le déterminisme génétique de l’efficience alimentaire chez les ovins laitiers, ainsi que d’évaluer la pertinence des spectres MIR du lait pour identifier les brebis les plus efficientes. Il avait également pour objectifs d’explorer la variabilité génétique captée par les spectres MIR du lait, et la possibilité d’utiliser ces spectres en sélection phénomique. Pour cela, le projet de thèse s’est appuyé sur les données issues du projet européen H2020 SMARTER, collectées dans des exploitations commerciales de brebis Lacaune, ainsi que sur des données recueillies sur l’unité expérimentale INRAE de La Fage. Les travaux sur l’efficience alimentaire ont montré que l'alimentation collective en ovins laitiers reste le principal défi dans l'évaluation de ce critère en fermes commerciales. Dans ces conditions d'alimentation collective, deux critères d’efficience alimentaire approchée ont été proposés et évalués. Ils ont montré des héritabilités faibles à modérées (de 0.08 ± 0.02 à 0.21 ± 0.03) au cours de la lactation. L’utilisation des spectres MIR pour distinguer les animaux les plus efficients ou inefficients a présenté une précision de classification modérée (accuracy moyenne de 0.59 à 0.81). L’étude génétique des spectres MIR a montré que les transmittances le long des spectres MIR du lait de brebis Lacaune étaient des caractères héritables (de 0,13 ± 0,01 à 0,42 ± 0,02), montrant des profils d’héritabilité différents entre la première et la deuxième moitié de la lactation, ne pouvant pas s’expliquer par une interaction génétique environnement. Comme attendu, ces transmittances ont présenté de fortes corrélations génomiques avec les composants du lait estimés par spectrométrie, mais aussi des corrélations génomiques faibles à modérées avec d’autres critères et non directement liés au spectre (score de cellules somatiques (SCS), mobilisation des réserves corporelles). De plus, nous avons montré que les données spectrales étaient une source d'information utile pour l'étude des caractères complexes car elles sont modérément à fortement génétiquement corrélées avec les caractères d’efficience alimentaire approchée. Enfin, les spectres MIR du lait se sont révélés prometteurs dans les prédictions phénomiques des caractères de production laitière et un caractère de santé (SCS à la lactation) inclus dans les objectifs de sélection actuels, mais pas pour les caractères de morphologie de la mamelle
Due to the growing need to improve feed autonomy on dairy sheep farms, selecting animals capable of optimizing the use of their feed while maintaining quality milk production is becoming a major challenge. To achieve this objective, the use of effective, rapid, inexpensive and non-invasive phenotyping methods is a key point. Among these tools, milk analysis by mid-infrared (MIR) spectrometry, already routinely used in milk recording, is a promising solution. The aims of the thesis project were to study the genetic determinism of feed efficiency in dairy sheep, and to assess the ability of milk MIR spectra for identifying the most efficient ewes. It also aimed to explore the genetic variability captured by milk MIR spectra, and the possibility of using these spectra in phenomic selection. To this end, the thesis project was based on data from the European H2020 SMARTER project, collected on commercial Lacaune ewe farms, as well as on data collected at the INRAE La Fage experimental unit. Work on feed efficiency has shown that collective feeding remains the main challenge in assessing this trait on commercial dairy sheep farms. Under these collective feeding conditions, two approximate feed efficiency traits were proposed and evaluated. They showed low to moderate heritabilities (from 0.08 ± 0.02 to 0.21 ± 0.03) during lactation. The use of MIR spectra to distinguish the most efficient or inefficient animals showed moderate classification accuracy (average accuracy from 0.59 to 0.81). The genetic study of MIR spectra showed that transmittances along the MIR spectra of Lacaune ewe's milk were heritable traits (from 0.13 ± 0.01 to 0.42 ± 0.02), showing different heritability profiles between the first and second half of lactation that could not be explained by a genetic-environmental interaction. As expected, these transmittances showed strong genomic correlations with milk components estimated by spectrometry, but also low to moderate genomic correlations with other, not directly related traits to the spectrum (somatic cell score (SCS), mobilization of body reserves). In addition, we have shown that spectral data are a useful source of information for the study of complex traits, as they are moderately to strongly genetically correlated with approximate feed efficiency traits. Finally, milk MIR spectra have shown promise in phenomic predictions of milk production traits and a health trait (SCS in lactation) included in current breeding goals, but not for udder morphology traits

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Robin, Frédéric. « Dynamique de la distribution, sélection de l’habitat et stratégie d’alimentation chez la barge à queue noire limosa limosa à l’échelle des sites d’hivernage français ». Thesis, La Rochelle, 2011. http://www.theses.fr/2011LAROS324.

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Résumé :

La Barge à queue noire Limosa limosa est un oiseau limicole communément rencontré tout au long de l’année sur le territoire Français. Les individus présents sur la partie ouest de l’Europe sont représentés par deux sous-espèces : la sous-espèce L. l. limosa, dite barge à queue noire « continentale », est principalement observée pendant les phases de migration et en très faibles effectifs reproducteurs sur les marais ouest Atlantique; la sous-espèce L. l. islandica, dite « islandaise », est quant à elle, exclusivement présente en hivernage le long des côtes atlantiques et de la Manche. L’étude menée au cours de ces travaux de thèse porte principalement sur la barge « islandaise » en dehors de la période de reproduction sur les sites d’hivernage le long de la façade atlantique Française. Contrairement à L. l. limosa, la population de L. l. islandica connaît sur l’ensemble de son aire de répartition, une expansion aussi bien en termes d’effectif qu’en nombre de sites fréquentés. La synthèse des effectifs nationaux hivernants montre que la population hivernante en France suit cette même tendance, avec une progression de 1350 à 27000 individus au cours des vingt dernières années. Actuellement, la France accueille environ 30 % de la population sur un nombre de sites grandissant mais néanmoins restreint, principalement représentés par les Réserves Naturelles littorales abritant des vasières intertidales utilisés comme zone d’alimentation. À partir de données biométriques, génétiques ou encore des historiques de vie des oiseaux équipés de bagues couleurs, les périodes de présence des deux populations sur le territoire Français ont pu être mis à jour. De plus, au sein de la sous-espèce islandaise, plusieurs durées d’hivernage en France ont été avancées, pouvant varier de 2 à 8 mois selon les individus. La phénologie des effectifs étudiée sur chacun des sites suggère une utilisation très variée des sites ainsi que de nombreux échanges entre ces sites au cours d’un même hiver. Couramment utilisée dans la compréhension de la distribution des populations d’oiseaux, la disponibilité de la ressource trophique a également été étudiée au regard du régime alimentaire de la Barge queue noire à partir d’échantillonnages de macrofaune, de collecte de fèces mais aussi d’analyses d’isotopes stables. Au cours de l’hiver, à l’échelle des Pertuis Charentais, les barges montrent deux régimes distincts mais néanmoins monospécifiques. Elles s’alimentent de rhizomes de zostères (Zostera noltii) sur les herbiers des vasières de l’Ile de Ré et de bivalves (Macoma balthica) sur les vasières nues. Au cours de l’hiver, il est supposé que la déplétion de ces ressources conduit à une redistribution des effectifs de barges sur de nouvelles zones d’alimentation voire de nouveaux reposoirs. Les deux régimes alimentaires sont majoritairement retrouvés à l’échelle de la distribution nationale des barges. Néanmoins, leurs distributions au sein des sites français dépend des caractéristiques sédimentaires, des interactions intra et interspécifiques, de la disponibilité de reposoirs de marée haute et des dérangements tels que la chasse. Ce travail a permis d’établir de solides connaissances et aboutit à la collecte de données détaillées et complémentaires qui vont permettre de tester les modèles théoriques de distribution spatiale des organismes à l’échelle d’une région de leur aire de distribution
The Black-tailed godwit Limosa limosa is a shorebird species commonly observed in France throughout the year. Two sub-species are dissociated in West European. The so called “continental” Godwit L. l. limosa is observed in France during migration cycles and some pairs breed in marshes on the Atlantic coast; the so called “Icelandic” Godwit winters exclusively along coast of the Western Europe. This present work mainly investigates the wintering ecology of Icelandic–godwit in coastal mudflats of France. Contrarily to the continental sub-species, the whole Icelandic-godwit L. l. islandica population increased quantitatively as long as the number of sites used. In France, national counts pointed out that wintering population follows this trend and have increased from 1350 to 27000 individuals during the last twenty years. This population represents now around 30% of the whole islandica population but individuals stage in large flocks in a very limited number of sites, mainly included in Nature Reserves. From standard biometrics, molecular analyses and resighting data, phenologies of the both sub-species can then be specified for France. Furthermore, this study allowed to define how long the wintering period lasts in France for Icelandic-Godwits, between 2 and 8 months depending on individuals. Phenology at site scale suggested that godwits used several sites throughout the winter. As currently used for understanding the distribution of bird populations, trophic resource availability was studied in regard to the diet of the Black-tailed godwit from macrofauna sampling, droppings collection and stable isotope analyses. At the Pertuis Charentais scale, two feeding behaviors were clearly distinguished: seagrass grazing (Zostera notlii) or bivalve probing (Macoma balthica). Food depletion along the winter is expected to lead to the decrease of local populations, and to the selection of new feeding area or roost. Considering the distribution of the species at the national level, the diets were recorded depending on the mudflats’ characteristics. Even if food distribution is commonly used to understand at first the bird population distribution, our observations point out that, here at a local level, more parameters may influence the wintering distribution such as sediment characteristics, intra and inter-specific interactions, high tide roosts availability and human disturbances as the hunt. This work allowed to establish a solid knowledge and to collect many complementary data to test the distribution theories on the Black-tailed Godwit population wintering in France

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Vandeputte, Marc. « Genetic variation of growth and sex ratio in the European sea bass (Dicentrarchus labrax L.) as revealed by molecular pedigrees ». Phd thesis, AgroParisTech, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00957623.

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Résumé :

Le bar (Dicentrarchus labrax) est une espèce majeure de l'aquaculture méditerranéenne, dont la production est passée de presque rien en 1985 à plus de 100 000 tonnes annuelles aujourd'hui. Dans un grand nombre de cas, des géniteurs sauvages sont encore utilisés pour produire des juvéniles chez cette espèce, et l'on constate une forte prédominance des mâles, aux performances zootechniques inférieures, dans les populations d'élevage. Le but du présent travail de recherche était tout d'abord de quantifier les variations génétiques de la croissance et du sex ratio entre familles de bar produites par fécondation artificielle et élevées en commun, en utilisant le génotypage de locus microsatellites pour reconstruire les pedigrees des animaux mesurés. Dans un second temps, nous avons également étudié la réponse en termes de croissance et de sex ratio à une sélection expérimentale sur la croissance en longueur. Nous avons tout d'abord pu montrer que la technique expérimentale choisie (fécondation artificielle, élevage en commun et reconstruction des pedigrees par génotypage) était efficace et susceptible d'être appliquée non seulement en expérimentation, mais aussi pour la mise en place de programmes de sélection chez le bar. La croissance chez le bar montre une héritabilité élevée pour le poids à taille commerciale de 400g environ (h²=0.38-0.44), mais plus modeste pour le taux de croissance de 35 à 400g (0.16-0.34), montrant l'importance de la croissance précoce, très héritable (h²=0.61) dans la construction de la performance à taille commerciale. Par ailleurs, la croissance du bar n'est pas significativement influencée par des effets maternels non génétiques ou de dominance. Nous avons estimé les interactions génotype-milieu pour la croissance entre des sites de grossissement très différents, et si ces interactions se sont révélées modestes pour le poids à taille commerciale (rA=0.70-0.99 entre sites), elles étaient beaucoup plus fortes pour le taux de croissance (rA=0.21-0.61 entre sites). Bien que nous ayons à dessein choisi des environnements très différents pour ce test, ceci souligne l'importance de conduire les programmes de sélection dans un environnement proche de l'environnement d'élevage. Nous avons montré que le sex-ratio des populations naturelles de bar ne différait pas de 50-50 en moyenne, mais que certaines classes d'âge pouvaient avoir un sex-ratio biaisé, vraisemblablement du fait d'effets environnementaux. En élevage, les sex-ratios sont variables entre familles et influencés à la fois par le père et par la mère. Aucun modèle purement génétique ne permet d'expliquer les distributions observées, qui peuvent être décrites soit par un modèle ayant au moins deux loci bialléliques et une variance micro-environnementale, soit par un modèle polygénique à seuil (h²=0.62 pour la tendance sexuelle sur l'échelle sous-jacente). Avec ce dernier modèle, on note une corrélation génétique positive (rA=0.50) entre tendance sexuelle et croissance. Ceci permet de prédire que la domestication devrait permettre un rééquilibrage du sex-ratio vers 50-50, la sélection croissance biaisant le sex-ratio vers plus de femelles. C'est ce que nous observons ensuite dans notre expérience de réponse à la sélection pour la croissance. Cette même expérience nous permet de confirmer le potentiel de l'espèce pour une amélioration génétique de la croissance, avec un gain de 23% en première génération. Le modèle polygénique (ou à tout le moins polyfactoriel) de déterminisme du sexe est a priori rare chez les Vertébrés. Après avoir développé son utilisation possible pour obtenir à terme des populations de bars d'élevage monosexes femelles, le modèle polygénique est replacé dans la théorie du déterminisme du sexe chez les Vertébrés ectothermes, où il semble pouvoir être considéré comme beaucoup plus répandu qu'on ne le considère classiquement. [...] Suite et fin du résumé dans la thèse.

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David, Morgan. « Personnalité, stratégies d'approvisionnement et d'appariement chez les diamants mandarins (Taeniopygia guttata) ». Thèse, Université de Bourgogne, 2011. http://www.archipel.uqam.ca/4943/1/D2346.pdf.

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Résumé :

En biologie évolutive, la variation phénotypique a longtemps été réduite au substrat sur lequel agissait la sélection naturelle. Toutefois, la constance intra-individuelle et le maintien intra-populationnel de certains comportements conduisirent au milieu des années 90 au développement du concept de personnalité animale, basé sur la caractérisation de traits tels que la néophobie, l'agressivité, les tendances exploratoires ou la prise de risque. De nombreuses études montrent que la personnalité est soumise à la sélection naturelle et est reliée à certaines stratégies biodémographiques, telles que la dispersion ou le comportement anti-prédateur. Les liens entre la personnalité animale et les stratégies d'appariement et d'approvisionnement, deux composantes fondamentales de la vie des organismes, ont pourtant été négligés jusqu'ici. Nous nous sommes donc attachés au cours de cette thèse à déterminer l'influence de la personnalité sur certains comportements sexuels et alimentaires à l'aide d'un organisme modèle en écologie comportementale : le Diamant mandarin (Taeniopygia guttata). Puis, à l'inverse, nous avons souligné le rôle des sélections naturelle et sexuelle dans le maintien des variations de personnalité. Nos résultats indiquent que certains traits de personnalité mesurés sont inter-corrélés au niveau de notre population captive d'oiseaux, définissant un syndrome comportemental. De plus, la personnalité prédit de manière différentielle le succès d'approvisionnement entre les contextes de compétition par exploitation et par interférence. Ainsi, les individus proactifs sont dominants lors d'épisodes de compétition par interférence mais souffrent d'un plus faible succès d'approvisionnement lors de jeux producteur-chapardeur. Ces résultats soulèvent la possibilité que la sélection naturelle favorise différentes personnalités dans différents contextes, offrant un mécanisme d'explication du maintien des variations intra-populationnelles de personnalité. De plus, ils suggèrent que la personnalité contraint l'optimalité des comportements à travers les situations. Enfin, dans un contexte de choix du partenaire, nous avons montré que la personnalité des femelles utilisées dans des tests de préférence par association influence les mesures de la sélectivité, des scores de préférence et de leur répétabilité. L'étude conjointe de la personnalité animale et des stratégies d'appariement et d'approvisionnement constitue ainsi une voie prometteuse dans l'explication du maintien des variations de personnalité par sélections naturelle et sexuelle, ainsi que dans l'étude de l'influence de la personnalité sur les stratégies biodémographiques des organismes en contextes alimentaire et sexuel. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : personnalité, syndromes comportementaux, Taeniopygia guttata, compétition alimentaire, choix du partenaire, sélection sexuelle, approvisionnement social, jeu producteur-chapardeur

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Lansade, Léa. « Le tempérament du cheval : étude théorique : application à la sélection des chevaux destinés à l'équitation ». Tours, 2005. http://www.theses.fr/2005TOUR4005.

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Résumé :

Le tempérament est défini comme un ensemble de caractéristiques comportementales, stables dans le temps et entre situations, qui sont appelées des traits. Cette stabilité signifie que le comportement de l'individu est dans une certaine mesure prédictible. En testant la stabilité des réponses comportementales individuelles entre des situations variées et dans le temps (entre les âges de 8 mois et de 2. 5 ans), nous avons pu mettre en évidence quatre traits de tempérament, relativement ou complètement indépendants entre eux : la propension à manifester des réactions de peur, la motivation sociale, la réactivité vis-à-vis des humains et l'activité locomotrice en situations menaçantes. Pour chacun de ces traits, nous avons développé une série de tests standardisés et identifié les mesures comportementales les plus adaptées pour les caractériser. Une seconde partie a permis d'étudier l'ontogenèse du tempérament dans le jeune âge (entre les âges de 3 et 24 semaines), et en particulier de la propension à manifester des réactions de peur et de la réactivité vis-à-vis des humains. Cette étude a montré que ces traits ne s'expriment pas au travers de réponses comportementales dans le tout jeune âge, mais que ces réponses apparaissent progressivement au cours du temps. Il n'est donc pas possible de prédire de façon fiable le tempérament chez les poulains, avant l'âge de 8 mois. En revanche, dès que l'animal commence à manifester des réponses, celles-ci sont stables dans le temps et par conséquent prédictibles. Dans une troisième partie, nous avons étudié les facteurs génétiques et environnementaux pouvant influencer la mise en place du tempérament. L'étude des facteurs génétiques a mis en évidence un effet de l'origine paternelle ainsi qu'un effet du sexe sur la plupart des traits précédemment identifiés. En particulier les mâles (castrés à l'âge de un an) sont plus peureux, moins motivés socialement et moins actifs que les femelles. L'étude des facteurs environnementaux a montré que des expériences précoces comme des manipulations du poulain pouvaient avoir un effet durable sur certains aspects du tempérament, mais seulement si elles interviennent au cours de périodes particulières comme le sevrage. Enfin, dans une dernière partie, nous avons mis en évidence des liens entre les traits de tempérament identifiés et l'aptitude des chevaux à être utilisés, que ce soit plutôt pour le loisir ou le sport. En terme d'application pratique, cela signifie que des tests réalisés dès l'âge de 8 mois permettent de prédire l'aptitude des chevaux à être utilisés à l'âge adulte. Sur le plan fondamental, il s'agit du premier modèle de tempérament équin dont la stabilité à long terme a pu être démontrée
Temperament is defined as a set of behavioural characteristics which are stable over time and across situations, called “traits”. This stability means that, to a certain extent, the behaviour of the individual is predictable. By testing the stability of behavioural responses in various situations and over time (between 8 months to 2. 5 years of age), we identified four temperamental traits, which are relatively or totally independent of each other: fearfulness, social motivation, responsiveness to humans and locomotor activity. For each of these traits, we developed a set of standardised tests and identified the most appropriate behavioural indicators to characterise them. The second part of the study examined the ontogeny of temperament at a young age (between 3 and 24 weeks), particularly that of fearfulness and responsiveness to humans. This work showed that these traits are not expressed through specific behaviour at a very young age but appear progressively with time. Thus, it is not possible to predict temperament in very young foals. However, once a foal expresses a particular response, this remains stable over time and is therefore predictable. The third part of the study investigated the influence of genetics and environmental factors on temperament development. The study of genetic factors showed a sire and a sex effect on most of the traits previously identified. In particular, males were more fearful, more responsive to humans, less active and had weaker social motivation than females. The study of environmental factors showed that early experiences, such as foal handling, can have persistent effects on certain aspects of temperament, but only if they are present during particularly sensitive periods, such as weaning. The final part of the work identified the relationship between the temperamental traits previously identified and the horse's suitability to be used for leisure or sport. From a practical point of view, this means that foals to be used as adults can be tested as early as 8 months to predict their behavioural qualities

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Salvin, Pauline. « Les signaux des femelles dans la communication intersexuelle ; études chez le canari domestique, Serinus canaria ». Thesis, Paris 10, 2018. http://www.theses.fr/2018PA100137/document.

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Résumé :

Pendant de nombreuses années, les femelles ont été décrites comme passives dans les interactions mâles-femelles et ont parfois été négligées dans les études sur les comportements reproducteurs et la communication animale. Pourtant, il est de plus en plus évident que les comportements des femelles influencent ceux des mâles et que les mâles peuvent ajuster leurs comportements de parades aux comportements des femelles. L’objectif principal de cette thèse est de mieux comprendre les signaux que les femelles émettent lors d’interactions avec un mâle dans un contexte de reproduction chez le canari domestique. L’ensemble de mes résultats montre tout d’abord que les femelles utilisent des signaux de parades visuels et acoustiques, c’est-à-dire des postures de sollicitation à l’accouplement et des trilles-spécifiques de femelles, comme une invitation à s’accoupler, mais qu’elles peuvent aussi les utiliser pour inciter le mâle à parader et l’aider à échantillonner la qualité de partenaires potentiels. D’autre part, ces deux signaux n’auraient pas la même efficacité selon le contexte d’émission. Ensuite, il semblerait que les signaux véhiculés par la modalité visuelle pourraient jouer un rôle plus important qu’on ne le pensait jusque-là dans les interactions intersexuelles chez cette espèce. Enfin, cette thèse a aussi pu apporter de nouveaux éléments concernant les préférences des femelles pour les chants de mâles et a montré que les méthodes utilisées en laboratoire pour tester les préférences des femelles étaient fiables et congruentes. Cette thèse permet de contribuer aux recherches grandissantes mettant en évidence le rôle important de la femelle dans les interactions intersexuelles
Much studies on reproduction and animal communication have considered the female as the passive sex; the role of the female during male-female interactions have often been overlooked. However, there is growing evidence that female behaviours can affect those of the males and that males can adjust their courtships to female behaviours. The aim of this thesis is to understand the signals produced by females during interactions with a male in a reproductive context in the domestic canary. Overall, my results show that females not only use their visual and acoustic signals, the copulation solicitation display and the female-specific trills, as an invitation to copulate but also to incite male to sing as an aid to sample potential mates. Then, these two signals could not have the same efficacy in different contexts of transmission. Moreover, the visual components of the communication seem to be more important than previously thought during intersexual interactions in this species. Finally, this thesis provides new elements about the female preferences for male songs and shows that methods used to test female preferences in laboratory are reliable and congruent. This thesis contributes to the growing number of researches showing that females play an active role in intersexual interactions

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Gadenne, Hélène. « Les effets des changements climatiques et des changements d’usages sur les oiseaux d’eau migrateurs : une approche mécaniste chez un oiseau emblématique, la Cigogne blanche ». Thesis, Poitiers, 2012. http://www.theses.fr/2012POIT2278/document.

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Résumé :

Comprendre les adaptations qui permettent aux espèces de vivre dans des environnements variables, temporellement et spatialement, est essentiel pour prédire la façon dont elles peuvent répondre aux changements globaux actuels et futurs. De nombreuses études à long terme ont montré que les fluctuations climatiques affectaient la dynamique des populations, mais l'influence relative des processus de sélection d'habitat et de densité-dépendance sur la sélection d'habitat est encore mal connue et expliquée. L'objectif de cette thèse est donc d'étudier, d'une part, par une approche corrélative, la sélection d'habitat densité-dépendante à quatre échelles spatiales différentes, chez une population de cigognes blanches (Ciconia ciconia) en augmentation; et d'autre part, par une approche mécaniste, d'étudier les effets relatifs du climat, de l'habitat et de l'expérience des reproducteurs en termes de fitness (nombre de jeunes produits, condition corporelle des jeunes et sexe-ratio) chez cet oiseau, suivi depuis 30 ans dans un milieu sensible, les zones humides de l'ouest de la France, en Charente-Maritime. Ce travail a contribué à identifier des mécanismes qui conduisent aux décisions de sélection d'habitat de nidification qui restaient encore mal compris, et appuie les travaux qui montrent que la dégradation des habitats par les activités humaines peut influer sur les décisions de sélection d'habitat. De plus, ces résultats apportent des informations essentielles à la compréhension des adaptations de cette population dans un environnement variable, ce qui permet de prédire plus efficacement le devenir de la population face aux changements environnementaux futurs
Understanding adaptations that allow species to live in temporally and spatially variable environments is crucial to predict how species may respond to current and future global changes. Long-term studies have shown that climatic variations affect the dynamic of populations. However, the relative influence of habitat selection and density-dependence processes is still poorly understood and explained. The aim of this thesis is, firstly by a correlative approach, to investigate the density-dependent habitat selection at varying spatial scales in an increasing white stork (Ciconia ciconia) population. Secondly, by a mechanistic approach, we studied the relative effects of climate, habitat and breeder experience in terms of reproductive fitness (fledging success, body condition and sex ratio) in this population monitored for 30 years in a sensitive wetland in Charente-Maritime, western France. This work helped identifying the mechanisms that lead to nesting habitat selection. This work supports research showing that habitat degradation by human activities may affect habitat selection decisions. In addition, these results provide crucial information to understand the adaptations of this population in a changing environment, which allows predicting more efficiently the response of the population to future environmental changes

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Ibos, Guilhem. « Orientation volontaire de l’attention visuelle chez l’homme et le macaque Rhésus ». Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10109/document.

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Résumé :

L’attention visuelle est un phénomène primordial pour la perception visuelle de notre environnement. Elle correspond à l’ensemble des mécanismes qui permettent la sélection d’information visuelle dans le but de la traiter en particulier. Lorsque volontaire, son orientation est considérée comme lente, contrairement à l’orientation de l’attention visuelle involontaire, qui est rapide et réflexive. Grâce à une étude de psychophysique humaine, nous montrons que le déplacement volontaire de l’attention est rapide mais qu’un ensemble de processus cognitifs ont jusqu’à présent masquer ce phénomène.Au niveau cérébral, l’orientation de l’attention visuelle est sous tendue par un réseau d’aires,impliquant le champ oculomoteur frontal (FEF) et l’aire latérale intrapariétale (LIP). En enregistrant l’activité unitaire des neurones de ces 2 aires de 2 macaques Rhésus impliqués dans une tâche de détection de cible nécessitant l’orientation volontaire de l’attention visuelle,nous montrons que ces 2 aires jouent un rôle différent. Ainsi FEF semble impliqué dans l’orientation des capacités attentionnellles et représente également la sélection de l’objet important. LIP n’est pas impliqué dans l’orientation de l’attention visuelle, en revanche, ses neurones présentent une réponse cognitive spécifique de la détection de la cible. Nos résultats suggèrent que FEF contrôle l’orientation volontaire de l’attention visuelle alors que LIP sert à la détection de la cible.Qui plus est, nous montrons l’existence dans FEF d’une nouvelle classe de cellules impliqués dans le contrôle exécutif des fonctions cognitives et notamment attentionnelles
Visual attention is a critical process to a correct perception of our visual environment.This term includes all mechanisms involved in the selection of information in order to processit in priority. It is generally proposed that voluntary orientation of attentional capacity is a220slow and sustained process, while unvoluntary orientation is fast. We show here by apsychophysical study that voluntary orientation is in fact a rapid process that is easely maskedby others cognitiv process of general engagement.This phenomenon is sustained by a large network of cerebral areas, including the Frontal Eye Field (FEF), and the Lateral IntraParietal area (LIP). We recorded neuronal activity of 2monkey’s FEF and LIP neuronal activity while they were engaged in a attentional task. Weshow here that these 2 areas play 2 crucial differents roles. Contrary to FEF, that is highlyinvolved in attentional orientation and engagement, LIP neuronal activity present few attentional modulations. LIP and FEF cells present large cognitive activities selectives to selection of the important event of the task. We hypothesis that FEF controles the voluntary orientation of visual attention while LIP detects the target.More over, we highly the existence of a new FEF’s cell category involved in the executive control of cognitives function (as attentional)

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Loyau, Adeline. « Sélection sexuelle et honnêteté des signaux chez le Paon bleu (Pavo cristatus) ». Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2005. http://www.theses.fr/2005MNHN0064.

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Résumé :

Les mâles de nombreuses espèces présentent un ensemble de caractères sexuels secondaires extravagants qui auraient évolués sous l’action de la sélection sexuelle. Ces traits multiples pourraient signaler de manière fiable (i. E. “honnête”) la qualité génétique des mâles. En préférant des mâles capables d’exprimer les signaux les plus importants, les femelles pourraient bénéficier de la qualité génétique de leurs partenaires afin de la transmettre à leurs descendants. En retour, les femelles devraient investir d’avantage dans la reproduction lorsqu’elles sont appariées avec les mâles les plus attractifs. Nous avons étudié les mécanismes de la sélection sexuelle chez une espèce à lek, le Paon bleu, Pavo cristatus. Nous avons trouvé que les mâles développaient des signaux multiples. En effet, la compétition entre les mâles favorisait les mâles avec un long tarse et une longue traîne, et les femelles choisissaient les mâles en fonction de leur degré d’ ornementation et de leur activité de parade. Ces mâles installaient leur territoire là où la probabilité de rencontrer des femelles était la plus importante. Les signaux utilisés par les femelles pour choisir leurs partenaires se sont révélé être des témoins honnêtes de l’état de santé des mâles et de leurs capacités immunitaires. Lorsqu’elles étaient expérimentalement appariées avec des mâles attractifs, les femelles investissaient d’avantage dans la reproduction. L’ensemble de ces résultats démontre que les traits multiples des mâles ont pu évoluer car ils sont liés à des “bons gènes” que les femelles obtiennent pour leurs descendants
In many species males exhibit varous conspicous secondary sexual traits thought to have evolved under sexual selection. These multiple traits may honestly signal male genetic quality. Prefering males able to express the most important signals, females may benefit from the genetic quality of their mates to transmit this genetic quality to their offspring. In turn, females are expected to invest more into reproduction when they are paired with more attractive males. We studied the mechanisms of sexual selection in a lekkig species, the Common peafowl, Pavo cristatus. We found that males display multiple signals. Indeed, male-male competition favored males with longer tarsis and longer trains and females preferred to mate with more ornamented males and males showing a high display rate. These males settled their territory where the probability to encounter females was the highest. The signals used by the femelles to choose a mate were honest signals of male health status and male immune capacities. When experiementally paired with attractive males, females invested more into reproduction. Overall, these results demonstrate that male multiple traits can have evolved because they were linked to “good genes” gathered by the females for their offspring

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Dollé, Laurent. « Contribution d'un modèle computationnel de sélection de stratégies de navigation aux hypothèses relatives à l'apprentissage spatial ». Phd thesis, Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066407.

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Résumé :

La nature de l’apprentissage spatial des mammifères, et particulièrement des rats, est l’objet d’un débat ancien impliquant l’existence de deux théories contradictoires: selon la théorie associative, les amers à disposition de l’animal sont appris indépendamment et mis en compétition selon leur capacité à mener l’animal vers le but voulu. La théorie cognitive supporte quant à elle l’intégration de tous les amers dans une représentation spatiale. Enfin, des données neurobiologiques indiquent l’existence de structures modulaires pouvant impliquer les deux hypothèses et pouvant interagir de façon compétitive ou coopérative. Un modèle computationnel de sélection de stratégies de navigation a été conçu pour prendre en compte ces différentes hypothèses. Sa conception modulaire a nécessité la mise en place d’une règle de sélection ne dépendant pas de la nature de l’apprentissage des stratégies et pouvant privilégier soit certains amers, soit l’utilisation d’une représentation spatiale intégrant plusieurs amers. Ce modèle sélectionne en ligne des stratégies apprises en parallèle par un module séparé dont l’existence est corroborée par des travaux récents démontrant l’implication de structures du cortex préfrontal dans cette fonction. Ce modèle bio-inspiré est capable de reproduire des expériences dans lesquelles l’influence des amers a donné lieu à des interprétations issues de l’une ou de l’autre des deux théories. Nous y apportons un corpus d’explications, conciliant à la fois les données neurobiologiques et comportementales, ainsi que des prédictions qui permettront aux neurobiologistes d’estimer l’utilité de ce modèle. Une implémentation robotique est également en cours.

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Bertin, Angéline. « Variabilité morphologique et sélection naturelle chez Asellus aquaticus (Crustacea, Isopoda) ». Dijon, 2002. http://www.theses.fr/2002DIJOS043.

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Résumé :

La compétition intense entre les mâles pour l'accès au partenaire sexuel est supposée favoriser le développement de traits qui améliorent la capacité compétitive des mâles. Un avantage reproducteur des mâles de grande taille a été reporté chez Asellus aquaticus. Cet avantage peut résulter de la sélection sexuelle directe d'un caractère corrélé à la taille du corps. Nous avons alors étudié comment la morphologie des mâles influence leur succès reproducteur. A l'aide de méthodes de morphométrie géométrique, nous avons mis en évidence d'autres cibles potentielles de la sélection sexuelle. Nous avons également évalué l'influence relative de la taille du corps et de la taille des antennes sur le succès reproducteur des mâles. Nos résultats confirment que la sélection sexuelle de la taille des antennes est en partie responsable de l'avantage reproducteur des mâles de grande taille. Toutefois, les régimes de sélection sexuelle varient entre populations. Des résultats expérimentaux complémentaires indiquent que la densité des populations, en régulant la fréquence des interactions mâles-mâles et mâles-femelles, expliquent une part des variations observées sur le terrain
Competition between males for reproduction is supposed to favour the development of traits that improve the competitive ability of males. Indeed, a reproductive advantage of large body size in males has been reported in Asellus aquaticus. Such an advantage of large size can also be the consequence of sexual selection acting directly on a character closely correlated to body size. Therefore, we studied how morphology influences male reproductive success. Using geometric morphometric methods, we have evidenced other possible targets of sexual selection. We have also assessed the relative influence of body size and antennae size on the reproductive success of males. Our results confirm that sexual selection on antennae size is partly responsible for the observed large-male advantage in mating. However, selection regimes vary between populations. Additional results from laboratory experiments indicate that population density, though regulating the frequency of both male-male and male-female interactions, can explain the variations observed in the field

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Fariello, Rico María Inés. « Détection pan génomique de locus sous sélection en présence de données multi-populationnelles en marquage dense : nouvelles méthodes multipoint et applications aux espèces animales d'élevage ». Toulouse 3, 2013. http://thesesups.ups-tlse.fr/2113/.

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Résumé :

Depuis leur domestication, les animaux de ferme ont montré une grande diversification phénotypique. Ils représentent ainsi un modèle pour l'étude de la sélection. De plus, la détection des traces de sélection dans ce type d'espèce peut donner des résultats importants pour l'agronomie, en identifiant des régions du génome associées aux caractères agronomiques ou à la résistance aux maladies. Des données donnant accès à l'information génotypique de populations permettent d'effectuer des études de détection de traces de sélection pan génomiques. Dans ce contexte, les tests de détection de sélection existants doivent relever deux nouveaux défis : avec le nombre croissant de marqueurs typés, la corrélation entre eux augmente, ce qui doit être pris en compte. D'autre part, les tests utilisés se basent sur la comparaison de deux populations. Considérer plus de deux populations devrait permettre d'augmenter la puissance de détection, mais nécessite que les corrélations entre les populations générées par leur évolution conjointe soient prises en compte. J'ai proposé deux tests statistiques pour détecter la sélection en utilisant des données génétiques denses collectées dans plusieurs populations. Le premier est basé sur la différentiation haplotypique entre populations et utilise des données individuelles. Le deuxième cumule des signaux de tests simple marqueur en utilisant la théorie du score local et ne nécessite que des données populationnelles. Par simulations et application à des données réelles, j'ai montré que la puissance de détection augmente par rapport à d'autres tests. L'analyse de jeux de données chez le mouton et la caille permet de proposer des gènes candidats
Since initial domestication by Humans, farm animal species have experienced great phenotype diversification and thus represent an interesting model for the study of natural and artificial selection. Besides, the detection of selection signatures in these species can have substantial agronomic outcomes, pointing out genomic regions related to production traits or resistance to diseases. Many datasets giving access to genome wide genotypic information have become available enabling to scan entire genomes for signatures of selection. Many tests designed to detect positive selection are challenged by at least one of the following problems. First, as the number of available markers increases, so do their correlations which need to be taken into account. Second, many tests have been designed to compare populations only pairwise. Considering more than two populations simultaneously should increase the power to detect selected regions, but necessitates to account for correlations between them arising from their shared history. I proposed two statistical tests for the detection of positive selection signatures using dense genetic data collected from multiple populations. One is based on haplotypic differentiation between populations, requiring genetic data at the individual level. The second one consists in cumulating single marker signals using local score theory, requiring data at the population level. Through simulated and real datasets, I showed that these tests increased the detection power compared to other existing tests in many cases. Applied to two data sets in sheep and quail, they also point out biologically relevant candidate genes under selection

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Quintana, Alexandre. « Recherche de substances pharmacologiquement actives à partir d'insectes. Sélection par criblage à haut débit ». Aix-Marseille 3, 2002. http://www.theses.fr/2002AIX30082.

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Résumé :

La chimie des substances naturelles s'appuie essentiellement dans le processus de "Drug Discovery" sur trois classes d'êtres vivants, les végétaux, les micro-organismes et les organismes marins. Notre étude vise à établir l'intérêt que représentent les insectes dans la recherche de nouvelles molécules thérapeutiques, de par leur prodigieuse biodiversité et leur recours massif à la chimie (communication, défense. . ). Nous exposons la démarche scientifique que nous avons suivie pour mettre au point un protocole de préparation d'extraits d'insectes (105 espèces) au format 96 puits sur lesquels le criblage à haut débit a été conduit. Après une phase de déréplication, nous avons déterminé les structures chimiques des molécules responsables de l'activité pharmacologique (quelques µM). Enfin, nous présentons la purification et la caractérisation chimique de substances défensives de termites du genre Reticulitermes qui nous ont permis d'une part d'établir un exemple d'étude sur des molécules disponibles en d'infimes quantités, et de proposer d'autre part, une nouvelle approche chimiotaxonomique pour ce genre d'isoptère européen
Research in drug discovery from natural products is essentially based on three classes of organisms : plants, micro-organisms and marine organisms. Our study aims at demonstrating that insects represent a huge potential in the search for novel therapeutic molecules, because of their biodiversity and high reliance on chemistry (communication, defence…). We describe the scientific process that has been followed in order to develop a valid protocol for preparing insect extracts (105 species) in a 96 wells format, used for high throughput screening. After a dereplication phase, we have also determined the chemical structures of those molecules that showed pharmacological activity (at few µM). Finally, we present a study on purification and chemical characterisation of Reticulitermes termite defensive compounds, by which we not only established an examplary study for dealing with molecules present in minute amounts, but it also allowed us to develop a new chemotaxonomic tool for this European Isoptera genus

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Degeorges, Anne. « Investissement male et femelle à différentes étapes du cycle de reproductino et succès reproducteur chez la mouette tridactyle (Rissa tridactyla) ». Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066698.

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Bollache, Loïc. « Sélection sexuelle, parasitisme et patterns d'appariement chez le crustacé amphipode Gammarus pulex ». Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10206.

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Résumé :

La biologie de reproduction de Gammarus lupex est caractérisée par une phase de gardiennage précopulatoire couramment analysée comme une stratégie compétitive développée par les mâles afin d'assurer leur reproduction. Une homogamie en fonction de la taille est fréquemment observée lors de cette phase de gardiennage, tel que les grands mâles sont appariés aux grandes femelles, et les mâles d'une taille moindre aux femelles plus petites. Un suivi sur le terrain de plusieurs populations naturelles, complété par des expériences au laboratoire ont permis de préciser le ou les processus responsables de l'homogamie pour la taille chez Gammarus pulex. En confrontant les prédictions propres à chaque hypothèse avec le pattern observé dans les populations naturelles, les hypothèses de contraintes et de disponibilité des partenaires ont pu être réfutées. La sélection sexuelle apparaît désormais comme le processus majeur permettant d'expliquer l'homogamie. Nous avons comparé dans un second temps les effets de deux parasites acanthocéphales, Pomphorhyncus laevis et Polymorphus minutus sur le succès d'appariement des individus des deux sexes chez Gammarus pulex. Le succès d'appariement des mâles et des femelles parasitées s'avère être fortement affecté sur le terrain. Les mâles parasités sont moins compétitifs que les mâles sains, et les femelles infectées moins attractives que les femelles saines, principalement due à une diminution de leur fécondité. Le succès des mâles et des femelles parasités par P. Minutus est plus faible que celui des individus parasités par P. Laevis. Les différences observées entre les deux parasites doivent vraisemblablement être liées à leur impact au niveau de la physiologie de leur hôte intermédiaire, sans que l'on sache encore ce qui, à ce niveau, diffère réellement entre les deux espèces parasitaires.

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Charmantier, Anne. « Hétérogénéité de l'environnement en région méditerranéenne et évolution de la valeur sélective : paternités hors-couple et héritabilité de traits phénotypiques chez la Mésange bleue ». Montpellier, ENSA, 2003. http://www.theses.fr/2003ENSA0021.

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Gaudemar, Benoît de. « La sélection sexuelle chez le saumon atlantique (Salmo salar L. ) : vol. 1 (synthèse) - vol. 2 (annexes) ». Bordeaux 2, 1998. http://www.theses.fr/1998BOR28603.

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Marton, Monika. « Recherche de critères de sélection des graminées fourragères pour la qualité, basé sur des références avec animaux ». Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112466.

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Résumé :

Une série d'expériences est réalisée pour trouver des critères de sélection à l'amélioration génétique de la qualité des graminées fourragères au même stade de végétation. L'ingestibilité, la digestibilité, l'appétibilité et l'effet de plusieurs variétés sur la production laitière sont mesurées sur des moutons, des chèvres et des vaches, parallèlement avec des analyses de laboratoire des mêmes fourrages pendant plusieurs semaines du premier cycle de végétation au cours de sept années d'expériences. Les critères mesurés sur animaux distinguent l'effet végétal à différents niveaux de signification et sont généralement en corrélations plus ou moins fortement positives entre eux. Les exceptions sont souvent liées à l'ingestion. Une hypothèse suggère que la qualité générale des fourrages influencerait tous les critères animaux en même temps et dans le même sens, sauf peut-être l'ingestion et que des "qualités spécifiques" interviendraient dans la modification seulement de l'un ou l'autre de ces références. La teneur En phénols solubles des plantes se révèle comme critère de laboratoire le plus probablement explicatif de la "qualité générale". C'est le critère de sélection proposé. Différentes perspectives de recherche sont indiquées.

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De, Solan Bethmale Thomas. « Évolution de la coloration : une étude de la palette des vertébrés ». Thesis, Montpellier, 2020. https://ged.biu-montpellier.fr/florabium/jsp/nnt.jsp?nnt=2020MONTG063.

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Résumé :

La coloration joue souvent un rôle essentiel dans la survie et la reproduction des individus. En raison de ce rôle, son évolution est déterminée par des pressions sélectives multiples et souvent opposées. Cela en fait un trait intéressant pour comprendre le détail des processus qui façonnent l'évolution des phénotypes. L’objectif de mon doctorat était d’identifier les différentes forces sélectives qui façonnent l'évolution de la coloration et de comprendre comment l'évolution de la coloration pouvait influencer les processus de diversification. Ces questions ont déjà été étudiées de nombreuses fois, mais cela a généralement été fait à l’échelle de l’espèce. L'originalité de mon travail réside dans l'utilisation d'une analyse comparative à grande échelle, appliquée à des espèces provenant de trois clades majeurs de vertébrés, Aves, Amphibia et Squamata. J'ai d'abord étudié les pressions sélectives déterminant les variations de coloration à l'échelle intraspécifique. En utilisant les données de coloration de deux espèces de tritons, j'ai montré que la sélection pour la reconnaissance interspécifique déterminait l'évolution des colorations visibles de près, tandis que la sélection pour le camouflage influençait les colorations visibles à distance. J'ai ensuite étudié les forces sélectives qui façonnent la coloration à l'échelle interspécifique. Je me suis intéressé à l'évolution du mimétisme de coloration dans les communautés. J'ai développé une nouvelle méthode, basée sur le réseau neural artificiel, pour détecter les espèces mimétiques. J'ai également proposé un nouveau cadre pour étudier le mimétisme défensif, prenant en compte le rôle des indices et des signaux dans l'évolution de la coloration aposématique. Outre le mimétisme, j'ai testé l'influence relative de la sélection naturelle et sexuelle sur la disparité et la vitesse d'évolution de la coloration chez trois clades de vertébrés. Cette analyse a mis en évidence que les traits sexuels n'ont pas toujours un taux d'évolution plus élevé ni une disparité plus grande que les traits non sexuels. Enfin, j'ai étudié l'interaction entre l'évolution de la coloration et la diversification des espèces. Du fait du rôle de la coloration dans de nombreuses fonctions, il aurait été possible qu’elle influence les processus de diversification. J'ai cependant montré que, chez les Lacertidae, ni l'évolution de la coloration sexuelle ni le polymorphisme des couleurs n’avaient d’effets sur les taux de spéciation
Coloration often has an essential role in both the survival and the reproduction of individuals. Because of this role, its evolution is determined by multiple, and often opposite, selective pressures. These characteristics make coloration an interesting trait to understand the fine details of the processes that shape the evolution of phenotypes. During my PhD, my aim was to disentangle the different selective forces shaping the evolution of coloration and to understand the influence of coloration evolution on diversification processes. Although a solid literature on these subjects is already done, most of the previous studies were made at the species levels. The originality of my work lies in the utilization of large-scale comparative analysis, applied to different species coming from three major clades of vertebrates, Aves, Amphibia and Squamata, to address these questions. I first investigated the selective pressures determining coloration variations at the intraspecific scale. Using coloration data of two species of newts, I showed that selection for interspecific recognition determines the evolution of colorations visible at short range, while selection for crypsis influences the colorations visible at distance. Secondly, I investigated the selective forces shaping coloration at the interspecific scale. I studied how mimetic colorations evolves in communities. To detect mimetic species I developed a new method based on artificial neural networks. I also proposed a new framework to study defensive mimicry, which emphasize the role of both cues and signals in the evolution of aposematic colorations. Besides mimicry, I tested the relative influence of natural and sexual selection on the disparity and the rate of evolution of coloration in three clades of vertebrates. This analysis highlighted that sexual traits do not always have higher rates of evolution nor a higher disparity than non-sexual traits. Finally, I focused on the interplay between the evolution of coloration and species diversification. Because coloration has a role in numerous functions, it may influence diversification processes. However, in Lacertids, I showed that neither the evolution of sexual coloration nor color polymorphism affected the rates of speciation

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François, Nathe. « Influence d'une sélection pour la motivation sociale sur le comportement social des cailles domestiques (Coturnix japonica) ». Tours, 1999. http://www.theses.fr/1999TOUR4010.

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Résumé :

L'analyse du comportement social en situation de groupe est étudiée chez des lignées de cailles japonaises (coturnix japonica) sélectionnées de manière divergente sur la distance parcourue sur un tapis roulant pour rejoindre des congénères (lsr et hsr : low et high social reinstatement). Dans une situation de choix permanent entre une zone non sociale enrichie et une zone sociale permettant aux animaux un contact visuel mais pas d'interaction physique, on observe une proximité sociale très forte et équivalente pour les deux lignées à 1 et 2 semaines d'âge. Des 4 semaines les lignées diffèrent significativement par la diminution du temps de proximité sociale des lsr, amorcée plus tardivement (6 sem. ) Chez les hsr. Au contraire, dans un test d'openfield en paire ou les cailles peuvent interagir, on observe des distances interindividuelles significativement plus faibles chez les hsr à 1 et 3 semaines mais plus à 6 semaines. L'introduction d'un partenaire inconnu dans un groupe de cailles âgées de 3 et 6 semaines induit une forte interactivité des hsr (coups de bec) mais les lignées ne se distinguent pas par le nombre de comportements agressifs. Par contre lors de rencontres forcées entre mâles adultes inconnus, les hsr expriment plus de comportements agressifs que les lsr. Les hsr montrent des distances interindividuelles faibles quand ils sont jeunes ou quand ils ne peuvent interagirent. Lorsqu'ils sont sub-adulte ou adultes non séparés, ils ne diffèrent pas des lsr et ceci sans doute du a leur agressivité plus importante qui masque alors les différences de motivation sociale. Contrairement à l'hypothèse de départ supposant que les animaux les plus attirés par leurs congénères seraient mieux adaptes aux conditions de l'élevage. Les présents résultats montrent que les lsr en étant assez indifférent a l'environnement social contrairement aux hsr, développent moins de comportements agressifs et semblent donc mieux adaptés à l'élevage des volailles quel qu'en soit le mode.

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Philandrianos, Cécile. « Etude de l’effet de l’hyperthermie sélective induite par laser diode 1210 nm sur les cicatrices chéloïdes : étude expérimentale et clinique ». Thesis, Lille 2, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL2S050/document.

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Résumé :

IntroductionLes cicatrices chéloïdes (CC) sont des pathologies de la cicatrisation cutanée entraînant des gênes fonctionnelles et esthétiques souvent invalidantes. Elles sont liées à un excès de fabrication et une désorganisation du collagène lié en parti à un dérèglement du TGFβ. Les lasers thermiques permettent d'améliorer la cicatrisation par le biais d'une modification de la réponse inflammatoire. En effet, une élévation de la température entre 45 et 53°C entraine une hyperexpression des HSP 70, responsables d’une modification de l’expression du TGFβ. Le laser diode 810nm a déjà prouvé son efficacité mais il est contre indiqué chez les sujets de phototypes foncés qui sont les plus à risque de développer des CC. L'objectif de ce travail était d'évaluer l'effet d’un laser thermique sur les cicatrices chéloïdes chez l’animal et dans le cadre d’une étude clinique.Détermination des paramètres su laserDes études sur des explants de peau, puis sur des sujets volontaires sains ont permis de montrer que la longueur d’onde 1210 nm était la plus adaptée dans cette indication car elle est peu absorbée par la mélanine. Le choix des paramètres du laser ont également été déterminés afin d’obtenir une élévation contrôlée de la température cutanée. En théorie, un tir de laser diode 1210 nm, 5.1W/cm² pendant 10 secondes permet d’élever la température jusqu’à 53°C.Mise au point d’un modèle animal de CCIl n’existe pas de modèle animal de CC permettant d’étudier l’effet d’un laser. Nous avons donc mis au point un modèle pour le besoin de l’étude. Des fragments de CC humaines comprenant le derme et l’épiderme ont été greffés chez 40 souris nudes. Une évaluation clinique et histologique a permis de confirmer la bonne intégration du greffon et la persistance de son caractère chéloïde pendant 4 mois.Etude du laser diode 1210nm chez un modèle animal de CCUne étude du laser 1210 nm a été réalisée sur notre modèle animal. Il a été réalisé des tirs de laser directement sur les greffons et des évaluations cliniques et histologiques ont permis de montrer l’absence d’effet indésirable. La mesure de la température cutanée au moment du tir de laser était de 45°C en moyenne.Etude du laser diode 1210nm après excision intra chéloïdienne : étude cliniqueParallèlement à l’étude animale, il a été réalisé une étude pilote visant à évaluer la faisabilité et la sécurité d’un protocole de traitement des cicatrices chéloïdes utilisant le laser diode 1210nm. Il était réalisé une excision intra cicatricielle, puis la suture était irradiée par le laser 1210nm pendant environs 10 secondes. 20 patients ont été inclus dans l’étude. L’objectif de suivi était de 2 ans, mais l’étude est toujours en cours. Jusqu’à présent, il n’a été noté aucun effet délétère du laser. 8 patients ont bénéficié d’injections de corticoïdes en raison de récidive de la chéloïde à 6 mois.ConclusionCe travail à permis de mettre au point un modèle animal original de cicatrice chéloïde permettant pour la première fois l’étude des lasers in vivo. L’utilisation du laser 1210nm, 5.1W/cm2, pendant 10 secondes à entrainé une élévation de la température cutanée jusqu’à 45°C en moyenne sans aucun effet délétère sur la CC chez la souris. L’utilisation du laser thermique diode 1210 nm après une résection intra chéloïdienne n’a montré aucun signe de toxicité chez l’homme. La température cutanée était de 48°C en moyenne à la fin du tir. Une étude à plus grande échelle reste encore à réaliser afin de démontrer une efficacité de ce traitement prometteur
Introduction Keloid scars (KS) are pathologies of skin healing causing often functional and aesthetic disturbances. They are linked to excess production and disorganization of collagen mostly due to TGF bêta; overproduction. The thermal lasers can improve healing through a modification of the inflammatory response. Indeed, a rise of temperature between 45 and 53 ° C leads to an overexpression of HSP 70, which causes a change in the expression of TGF bêta;. The 810nm laser diode has already proven to be effective but its wavelength cannot used on dark phototypes who are prone to developing KS.The objective of this study was to evaluate the effect of a thermal laser on keloids in animal and in the context of a clinical study.Determination of laser parameters Studies on skin explants, and on healthy volunteers have shown that 1210 nm was the most suitable wavelength for this indication because it is poorly absorbed by melanin. The laser parameters were also carefully determined in order to control the skin temperature elevation. For a 1210 nm laser diode, an irradiance of 5.1W/cm² for 10 seconds leads to a maximum temperature of 53 ° C.Development of a KS animal model. Since, there was no KS animal model of DC , an innovative one was developed for this specific study. Fragments of human KS including the dermis and epidermis were transplanted in 40 nude mice. A clinical and histological evaluation confirmed the successful integration of the graft. At 4 months, it was proven that the KS remained unchanged. Study of the 1210nm diode laser in an KS animal modelThe 1210 nm laser was evaluated on our KS animal model. Laser irradiation was performed on the grafts. Clinical and histological evaluations have shown no adverse reactions. A 45 ° C mean temperature was recorded during laser irradiation .Study of l the 1210nm diode laser after intrakeloid excision. Parallel to the animal study, a pilot study was performed to assess the feasibility and safety of a 1210nm diode laser irradiation. An intrakeloid excision was achieved; the suture was then irradiated for about 10 seconds. 20 patients were included in the study. The study is still ongoing. A 2-year follow up is scheduled. So far, it was noted that no harmful effects of the laser. 8 patients received injections of corticosteroids due to of keloid recurrence at six months.conclusionAn original KS animal model was developed for the first time to study of the in vivo effects of laser irradiation. It was demonstrated that a 1210nm diode laser (5.1W/cm², for 10 seconds) led to a 45°C skin temperature without any deleterious effect. The 1210 nm diode laser after intrakeloid excision showed no signs of toxicity in humans. In humans, the maximum temperature was 48 ° C +/- 3°C . A long term follow-up on a large series of patients is still necessary to confirm the effectiveness of this promising treatment

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Vaysse, Amaury. « Identification des signatures génétiques de la sélection chez le chien ». Phd thesis, Université Rennes 1, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00676015.

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Résumé :

L'espèce canine est la plus ancienne espèce domestiquée, il y a environ 15.000 ans, et se compose aujourd'hui de plus de 350 races issues d'une sélection artificielle drastique et de croisements consanguins pratiqués durant les derniers siècles. Mon travail de thèse a pour objectif l'étude de la période dominée par la sélection naturelle au cours de l'évolution des canidés et la période récente de la création des races par une sélection artificielle intense. Nous avons identifié le catalogue des gènes sous sélection positive dans 10 espèces (chien, Homme, ouistiti, macaque, orang-outan, chimpanzé, souris, rat, cheval et vache) à partir de 10.730 gènes en relation d'orthologie de type 1:1. L'espèce canine présente plus de gènes sous sélection positive en commun avec les Laurasatheria et les rongeurs qu'à l'attendu. Nous avons ensuite identifié le catalogue des régions de différenciation alléliques entre races de chien à partir de données de génotypage de 170.000 SNPs de 456 chiens de 30 races, en collaboration avec l'équipe du Dr Matthew Webster (Université d'Uppsala en Suède) dans le cadre du consortium européen de génétique du chien LUPA. Ces régions sont candidates pour être les cibles de la sélection artificielle. Ce projet se poursuit actuellement afin de comparer les sélections naturelles et artificielles et de déterminer s'il existe des régions du génome qui sont constamment affectés par la sélection ; et de déterminer si l'espèce canine peut-elle être considérée comme une simulation réduite, mais accélérée de la radiation des mammifères.

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Loywyck, Valérie. « Approches multicritères de l'évolution de la variabilité génétique et de la taille efficace au sein des populations animales soumises à sélection ». Phd thesis, AgroParisTech, 2007. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00005003.

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Résumé :

L'objectif de cette thèse est double : examiner en détails d'une part, les liens entre les différents critères obtenus à partir de différents types d'information, tels que les marqueurs moléculaires, les pedigrees ou les phénotypes des caractères quantitatifs, et d'autre part, l'évolution conjointe de la variabilité neutre et de la variabilité sélectionnée. En fonction de la nature des informations, la variabilité génétique et son évolution sont décrites par différents paramètres qui s'appuient sur des modèles sous-jacents plus ou moins complexes et la représentation qu'on se fait de la diversité génétique sera donc plus ou moins réaliste. Ainsi, l'analyse du polymorphisme nous donne directement une image précise de la diversité au niveau du génome. Par exemple, les génotypes et les fréquences alléliques de gènes candidats, ou plus généralement de marqueurs moléculaires, nous donnent directement accès au polymorphisme spécifique à des gènes identifiés en des endroits précis du génome ; quant aux analyses basées sur les pedigrees, elles traduisent le polymorphisme en un locus neutre et anonyme, n'importe où dans le génome. Par contre, l'analyse des phénotypes nécessite des modèles de représentation plus complexes et nous une vue d'ensemble générale de la diversité génétique. Les principales méthodes pour l'analyse de la diversité génétique à partir d'informations de natures différentes, et celles utilisées au cours de cette thèse, sont présentées dans le premier chapitre. Les chapitres 2, 3 et 4 constituent une valorisation des différents types d'informations issues de lignées expérimentales de poulets sélectionnées pour des critères de réponse immunitaire. L'ensemble de ces analyses constitue une analyse intégrée de la diversité génétique. Dans le chapitre 2, nous analysons la diversité génétique et le gain génétique, sur la base des performances et des données généalogiques. Les valeurs observées de consanguinité et de gain génétique sont confrontées à des valeurs prédites à partir de modèles théoriques : les méthodes déterministes ont permis d'obtenir des valeurs prédictives proches des valeurs observées, les différences étant principalement dues à l'écart entre les hypothèses sur le schéma de sélection et la réalité, et les simplifications mathématiques faites dans les modèles de prédiction. Nous avons également testé l'effet du schéma de sélection sur la consanguinité et les autres critères de diversité génétique obtenus à partir des généalogies. Le nombre efficace d'ancêtres s'est révélé être le paramètre le plus pertinent pour suivre l'évolution de la diversité génétique puisqu'il prend en compte la perte de diversité qui a lieu au cours des générations sous l'effet de la dérive génétique. L'estimation des paramètres génétiques et leur évolution sont présentées au chapitre 3, ainsi que l'évolution du polymorphisme d'un gène candidat. Afin de tester la neutralité du CMH sur les caractères de nos lignées sélectionnées, nous avons analysé les composant de la variance et avons également comparé l'évolution du polymorphisme dans les lignées avec l'évolution théoriques issues de modèles de prédiction. Au-delà de la mise en évidence de l'effet du CMH dans la réponse immunitaire, cette étude a permis de souligner l'intérêt de combiner différentes approches afin de juger de l'effet d'un gène candidat, et de son évolution, et ce plus particulièrement quand ce gène présente des allèles rares. Nous avons également examiné les variations de la diversité génétique additive au cours du temps, en tentant de surmonter les difficultés pour estimer les paramètres génétiques liées au modèle théorique sous-jacent (modèle polygénique infinitésimal). Pour cela, nous avons testé l'augmentation du nombre de générations disponibles pour l'analyse par REML, et l'utilisation de l'information de quelques générations seulement ; ces approches se sont avérées satisfaisantes pour observer l'évolution de la variance génétique additive et inférer sur l'effet de la sélection sur la réduction de la variance génétique additive. Dans le chapitre 4, nous avons analysé et comparé l'évolution du polymorphisme de marqueurs moléculaires supposés neutres ou soumis à sélection. Afin de mettre en évidence la signature de sélection laissée par les QTL, nous avons combiné différentes méthodes, simulations et méthodes statistiques. L'étude a montré l'intérêt de comparer l'image de la diversité génétique définie par le polymorphisme de marqueurs situés dans des zones QTL à celle définie par le polymorphisme des marqueurs supposés neutres. Au travers des différents chapitres, la modélisation est apparue comme une approche efficace pour prédire l'évolution des populations sélectionnées, même si les hypothèses de modélisation faites (telles que le model additif polygénique, la normalité des distributions ou la population des fondateurs sous équilibre de Hardy-Weinberg, etc.) ne correspondent pas exactement au réel modèle biologique. La taille efficace de la population (Ne) est un paramètre clé dans l'estimation de la variabilité génétique que nous avons estimé dans les lignées expérimentales de poulets, soit à partir des généalogies, soit à partir des variations des fréquences alléliques. Il est apparu que les estimations faites à partir des généalogies étaient toujours inférieures aux estimations faites à partir des fréquences alléliques, quelque soit le type de locus considéré (gène candidat, markers supposé neutre ou soumis à sélection). L'estimation de Ne à partir des fréquences alléliques des marqueurs neutres a donné une valeur plus faible que celle à partir des fréquences alléliques des marqueurs soumis à sélection. Ceci nous permet de dire que la diversité génétique est plus réduite dans les régions soumises à sélection que dans le reste du génome. Au chapitre 5, nous n'avons pas analysé la diversité génétique en elle-même mais les conséquences d'une réduction de cette diversité génétique. L'étude a porté sur anomalies génétiques dans les populations ayant subi un fort goulot d'étranglement, telles que la population française bovine laitière Prim'Holstein. Nous avons montré que l'origine des pics de veaux mort-nés venait du très faible nombre de pères et de leur utilisation non équilibrée. Nous avons aussi examiné les conséquences, à court terme et à long terme, d'une contre sélection exercée sur l'allèle délétère responsable d'une anomalie.

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Lusianti, Fitri Lulu. « Les chants des canaris domestiques : leurs relations avec des caractéristiques physiologiques et le statut social des males émetteurs ». Paris 10, 2001. http://www.theses.fr/2001PA100077.

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Résumé :

Les caractéristiques sexuelles secondaires sur lesquelles se concentrent les théories relatives à la ±sélection sexuelleα ont pu évoluer grâce à des mécanismes de sélections intra- et inter sexuelles. L'hypothèse des ±bons gènesα postule que ces caractéristiques signalent des partenaires potentiels de qualité génétique supérieure. Le Canari domestique (Serinus canaria) a été choisi comme modèle d'étude parce que la sélection sexuelle serait à l'origine de son comportement social. Des caractéristiques telles que la sélection sexuelle serait à l'origine de son comportement social. Des caractéristiques telles que le chant font l'objet d'une sélection intra et inter sexuelle d'où il résulte des signaux honnêtes qui permettent aux femelles de discriminer entre les mâles de statuts différents. Des caractéristiques ,des chants alliées à d'autres facteurs tels que l'âge, la morphologie et statut hormonal (testostérone) sont des éléments déterminants de la hiérarchie sociale qui présente des tendances différentes chez les adultes et les jeunes d'un an. De plus les caractéristiques des chants sont l'expression de l'état de santé des individus ; des expériences imposant des régimes alimentaires différents montrent que la production de chant est coûteuse en énergie et dépend de la testostérone pour se développer. Cependant, la testostérone qui permet le développement des caractéristiques sexuelles secondaires peut aussi avoir un effet immuno-répresseur. En conséquence seuls des individus en parfaites conditions physiques peuvent supporter les coûts que représentent à la fois les caractères secondaires et les défenses immunitaires. Les canaris mâles dominants montrent de meilleures performances que les dominés ans le domaine du chant et de l'immunité à médiation humorale. Ces résultats montrent que les dominants peuvent payer les coûts de l'immunité et des caractères secondaires. En conséquence, les mâles dominants possèdent des avantages sur les mâles subordonnés pour s'accoupler. Les femelles accouplées avec des mâles dominants ont non seulement des oeufs et des éclosions plus rapides mais aussi possèdent une progéniture qui survie mieux l'année suivante. Enfin ces travaux montrent que la sélection sexuelle est active même chez une population de canaris domestiques qui vit en captivité e laboratoire
The theories of sexual selection focusing on secondary sexual traits may have evolved through mechanisms of intra- and intersexual selection. The "Good genes" hypothesis of sexual selection postulates that trait signals superior genetic quality to potential mates. Male canaries (Serinus canaria) were chosen as the study organism because sexual selection has been implicated in the evolution of its social behaviour. Traits such as song in male canary was the object of intra- and inter-sexual selection and confer honestsignals of vigour to females to disciminate males of different social status. Song trait with other factors such as sage, morphology and hormonal (testoterone) levels became the major determinants in social hierarchy, which showed different trend between adult and yearling canaries. Moreover, song trait was a condition-dependent expression on health status ; experiments on differential diet treatments demonstrated that song production was costly in relation to energetic requirement and deprived testosterone secretion that promote secondary sexual trait may also have immunosuppressive effect. Therefore, only individuals in prime condition were able to maintian costs both in the trait and immune function. Dominant male canaries showed better performance in singing and cellular-mediated immunity, but not in humoral immunity, than subordinate males. These findings indicated that dominant individuals paid different strategy to trade-off such cost, and were able to allocate resources between the expression of the trait and immunosuppression than those of subordinates. Consequently, dominant males in a social hierarchy enjoy a mating advantage over subordinate males ; females paired with dominant males showed earlier egg laying and hatching, and produced more offspring which survived better in the following year. In addition, sexual selection due to mate preference for dominant males showed earlier egg laving and hatching, and produced more offspring which survived better in the following year. In addition, sexual selection due to mate peference for dominant males has also been demonstrated in a laboratory population of canaries

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Rochus, Christina. « Diversité génétique du mouton domestique : exemple de populations suédoises et françaises ». Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2017. http://www.theses.fr/2017IAVF0008.

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Résumé :

Les moutons domestiques sont élevés pour la production de viande, de lait et de laine et sont retrouvés partout dans le monde dans des environnements variés. On a montré que les moutons présentaient une certaine diversité génétique, mais celle-ci n'a pas été complètement caractérisée: il existe encore de nombreuses populations de moutons qui n'ont pas été étudiées. L’objectif de cette thèse était d'étudier la diversité génétique dans des races de moutons suédoises et françaises, en utilisant puces de marqueurs de haute densité. De plus, dans les populations suédoises, d’autres méthodes ont été utilisées: le génotypage de marqueurs microsatellites, de séquences de rétrovirus endogènes et les données de pedigree. Dans la population Gute, l’estimation du niveau de consanguinité et d’'hétérozygotie, en utilisant le pedigree de toute la population suédoise enregistrée, ainsi que le pedigree et des génotypages de microsatellites complémentaires d'un échantillon de la population (N = 94) ont indiqué un schéma de sélection orienté vers une réduction de la consanguinité. L'étude des relations génétiques entre les races grâce au génotypage de rétrovirus endogènes a montré que les races ovines Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute et Roslag avaient des caractéristiques de races primitives (absence de rétrovirus ou présence de la séquence rétrovirale spécifique enJSRV-7) tandis que les races ovines Finewool, Gute et Roslag avaient des fréquences modérées de enJSRV-18, ce qui signe des races de moutons plus modernes. L'étude des variants de deux gènes de coloration de la toison, ASIP et MC1R, et leur association avec la couleur noire a révélé différentes histoires de sélection dans cinq races de moutons suédoises étudiées. L'étude de la structure des populations de moutons Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute et Klövsjö, grâce au génotypage de puces SNP à haute densité a révélé que ces races sont génétiquement distinctes. Leur comparaison avec d'autres races européennes et des races du Sud-Ouest asiatique les rapproche d'autres races de moutons à queue courte du nord de l'Europe et montre qu’elles ont accumulé plus de dérive génétique que les races provenant d'autres zones géographiques. L'étude de 27 races françaises avec des génotypages de puces à haute densité a révélé que les populations de moutons français abritent une grande partie de la diversité des moutons européens au sein d’une petite région géographique. Les balayages sélectifs ont montré : des points chauds de sélection, des cibles de sélection partagées par de nombreuses espèces, l’introgression d'un allèle adaptatif et une hétérogénéité allélique, qui a été confirmée par le reséquençage ciblé d'un gène de couleur de la toison, MC1R, dans des races sous sélection
Domestic sheep are raised for meat, milk and fibre production and are found all around the world in many types of environments. Sheep have been shown to be genetically diverse but this genetic diversity has not been fully described: there are still many sheep populations which have not yet been studied. The purpose of this thesis was to study genetic diversity in Swedish and French sheep breeds using high density marker arrays. Additional methods, including genotyping of microsatellite markers, and endogenous retroviruses and pedigree information were used to study Swedish sheep populations. Inbreeding and heterozygosity estimated in Gute sheep using the pedigree of the entire registered Swedish population and additionally microsatellite genotypes and pedigree from a sample of the population (N=94) indicated a breeding program with the purpose of reducing inbreeding. Studying genetic relationships among breeds by genotyping endogenous retroviruses indicated Klövsjö, Värmland, Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had characteristics of primitive breeds (absence of retroviruses or presence of the specific retrovirus event enJSRV-7) although Finewool, Gute and Roslag sheep breeds had moderate frequencies of enJSRV-18 which is indicative of more modern sheep breeds. Studying variants in two coat colour genes, ASIP and MC1R, and their association with black coat colour revealed different selection histories in five Swedish sheep breeds studied. Studying the population structure of Dalapäls, Fjällnäs, Gotland, Gute and Klövsjö sheep, using high density SNP genotyping revealed that these breeds are genetically distinct breeds. When comparing with other European breeds and south west Asian breeds, they grouped with other north European short-tailed sheep breeds and they had generally accumulated more drift than breeds from other geographical areas. Studying 27 French breeds with high density genotypes revealed that French sheep populations harbour much of European sheep diversity in a small geographic area. Selective sweeps identified: selection hotspots, selection targets in many species; introgression of an adaptive allele; and allelic heterogeneity, which was confirmed with targeted resequencing of a coat colour gene, MC1R, in breeds under selection

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Suire, Alexandre. « Évolution de la voix humaine : le rôle de la sélection sexuelle ». Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG027.

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Résumé :

Il a été suggéré que la voix grave des hommes résulterait de l’action de la compétition intrasexuelle pour signaler aux compétiteurs la dominance, la menace et la masculinité, tandis que la voix relativement aiguë des femmes serait le produit de la compétition intersexuelle pour signaler la fertilité et la féminité. En effet, au-delà du message linguistique, la voix humaine révèle de précieuses informations biologiques et sociales sur la qualité et la condition des locuteurs telles que le sexe, l’âge, la dimension corporelle, la personnalité et possiblement le statut social. Ces indices prennent toutes leur importance lorsqu’il s’agit d’évaluer des compétiteurs et d’éventuels partenaires sexuels. Au cours de cette thèse, nous avons ainsi étudié le rôle fonctionnel de la voix humaine sous l’angle de la sélection sexuelle. Premièrement, nos travaux suggèrent que les préférences vocales ne sont pas universelles et qu’elles dépendent de l’environnement culturel en question, puisque plusieurs de nos résultats dans une population de locuteurs francophones montrent que les hommes sont attirés par des voix relativement graves chez les femmes, contrairement à ce qui est majoritairement observée dans les populations anglophones. De même, la plupart des études se sont focalisées sur la hauteur et le timbre, mais nos résultats suggèrent que la qualité phénotypique peut être exprimée par d’autres éléments de la qualité vocale tels que la raucité, le souffle et divers éléments prosodiques. Deuxièmement, les interprétations évolutives jusque-là évoquées dans la littérature pour expliquer ces préférences restent insatisfaisantes. En effet, nos résultats montrent d’une part que la voix des hommes n’est pas corrélée au taux de testostérone, remettant en question l’idée d’un signal « honnête » de l’immunocompétence et, d’autre part, que la modulation vocale, correspondant à un pattern dynamique de la voix en contexte interactionnel, souligne l’importance d’étudier la voix dans des situations écologiquement valides. Enfin, nous avons montré via le principe du symbolisme phonétique que le dimorphisme sexuel de la voix humaine se traduit également au niveau de la composition sonore des prénoms et de leur attribution en fonction du sexe. Pour conclure, notre travail offre de nouvelles pistes de réflexion et établit la sélection sexuelle comme un paradigme de choix pour étudier la voix humaine
It has been suggested that the deep voices of men have been selected through intrasexual competition to signal dominance, threat and masculinity to competitors, whereas the high voices of women have been selected through intersexual competition to signal fertility and femininity. Indeed, beyond the linguistic message, the human voice conveys valuable biological and social information about the quality and condition of the speakers such as sex, age, body configuration, personality and possibly social status. These cues are crucial when assessing competitors and potential sexual partners. In this thesis, we studied the functional role of the human voice through the lens of sexual selection. Firstly, our work suggests that vocal preferences are not universal and depend on the culture under study, since several of our results in a population of French speakers show that men are attracted by relatively low-pitched voices in women, as opposed to what has been observed in English speaking populations. Likewise, most studies have focused on pitch and timbre, but our results suggest that phenotypic quality may be expressed through other elements of voice quality such as roughness, breathiness, and various prosodic elements. Secondly, the evolutionary interpretations hitherto evoked in the literature to explain these preferences remain unsatisfactory. Indeed, our results show that, on one hand, men's voices are not correlated with testosterone levels, suggesting that they are not a “honest” signal of immunocompetence and, on the other hand, that vocal modulation, which corresponds to a dynamic modification of voice quality in an interactional context, emphasizes the importance of studying voice in ecologically valid situations. Finally, we have shown through the principle of sound symbolism that the sexual dimorphism of the human voice is also reflected in the sound composition of first names and their attribution according to sex. To conclude, the present work offers several new lines of research and establishes sexual selection as a key evolutionary paradigm to study the human voice

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Mandon-Dalger, Isabelle. « Sélection de l'habitat et dynamique d'invasion d'un oiseau introduit, le cas du bulbul orphée à la Réunion ». Rennes 1, 2002. http://www.theses.fr/2002REN10043.

Texte intégral

Résumé :

Le Bulbul orphée (Pycnonotus jocosus) est un passereau qui a été introduit sur l'île de la Réunion il y a 30 ans et qui pose des problèmes à la production fruitière. La complexité du relief, la différence de pluviosité entre les deux versants, et la mosai͏̈que de paysages sur une faible surface, font de la Réunion un modèle pour l'étude des processus de colonisation. En s'appuyant sur une méthodologie multi-échelle, l'étude de l'invasion du Bulbul orphée permet de révéler l'importance des facteurs abiotiques dans la propagation. L'étude du régime alimentaire montre une forte consommation de pestes végétales qui pourraient favoriser l'installation du bulbul. A l'échelle du paysage, l'étude de la dynamique spatiale et temporelle fournit des arguments en faveur d'une micropropagation, le long d'habitats linéaires de type interface zone refuge / zone d'alimentation. Les paysages les plus fragmentés sont les plus propices à ces oiseaux et semblent limiter les déplacements des oiseaux. Ces résultats permettent de fournir des indicateurs pour l'estimation du coefficient de diffusion dans la modélisation de la propagation et une orientation originale de la gestion des impacts du bulbul.

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Beltran-Bech, Sophie. « Monogamie et changements de partenaire chez un parasite monogame, Schistosoma mansoni ». Perpignan, 2009. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00939328.

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