Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Infections à Acinetobacter – traitement médicamenteux“

Le nombre de patients immunodéprimés ne cesse d’augmenter en raison de l’amélioration du pronostic global du cancer et de l’utilisation croissante d’immunosuppresseurs tant en transplantation qu’au cours des maladies auto-immunes. Les infections sévères restent la première cause d’admission en réanimation dans cette population et sont dominées par les atteintes respiratoires. On distingue les déficits primitifs, volontiers révélés dans l’enfance, des déficits secondaires (médicamenteux ou non), les plus fréquents. Dans tous les cas, les sujets sont exposés à des infections inhabituelles de par leur fréquence, leur type et leur sévérité. À côté des pyogènes habituels, les infections opportunistes et la réactivation d’infections latentes font toute la complexité de la démarche diagnostique. Celle-ci doit être rigoureuse, orientée par le type de déficit, les antécédents, les prophylaxies éventuelles et la présentation clinicoradiologique. Elle permettra seule de guider le traitement probabiliste et les examens étiologiques, l’absence de diagnostic étant associée à une mortalité élevée.

Background: Significant bacteriuria is commonly reported in pregnancy which greatly predisposes pregnant women to urinary tract infection (UTI), one of the commonest health challenges in pregnancy worldwide especially in developing countries such as Nigeria. The objectives of this study are to determine the prevalence of and factors associated with significant bacteriuria among pregnant women attending the antenatal clinic (ANC) of Adeoyo Maternity Hospital, Yemetu, Ibadan, Nigeria, as well as determine the bacterial aetiology and antimicrobial susceptibility patterns of the isolates.Methodology: This is a laboratory-based cross-sectional study of 206 pregnant women between the ages of 15 and 47 years attending the ANC of the hospital, selected by simple random sampling method. Demographic and clinical data were obtained from the subjects using a structured questionnaire. Clean-catch specimen of mid-stream voided urine was collected from each subject participant. Urine samples were processed for culture and isolation of significant bacterial pathogens using standard bacteriological methods, and isolates identified to species level by the combination of colony morphology, Gram reaction, conventional biochemical tests and Analytical Profile Index (API) 20E test kits. Antibiotic susceptibility testing of the isolates to selected antibiotics was performed using the disk diffusion method.Results: The prevalence of significant bacteriuria in the study population was 8.7% (18/206), with 27.8% (5/18) symptomatic and 72.2% (13/18) asymptomatic. All isolated bacteria were Gram-negative with the most frequent being Escherichia coli 9 (50.0%), followed by Klebsiella pneumoniae 6 (33.3%), Pseudomonas aeruginosa 1 (5.6%), Acinetobacter haemolyticus 1 (5.6%) and Enterobacter aerogenes 1 (5.6%). The isolates were most sensitive to gentamicin (100%) and nitrofurantoin (94.4%), while they demonstrated highest resistance to amoxicillin-clavulanic acid (33.3%). Significant bacteriuria was associated with pyuria (p=0.01) and past history of UTI (p=0.004).Conclusions: The high prevalence of asymptomatic significant bacteriuria in this study necessitates the need for screening and treatment of pregnant women for this entity to prevent the subsequent development of UTI that may have grave consequences on pregnancy outcome. French title: Prévalence et facteurs associés à une bactériurie significative chez les femmes enceintes fréquentant la clinique prénatale de la maternité Adeoyo, Yemetu, Ibadan, Nigéria Contexte: Une bactériurie importante est couramment signalée pendant la grossesse, ce qui prédispose grandement les femmes enceintes aux infections des voies urinaires (IVU), l'un des problèmes de santé les plus courants pendant la grossesse dans le monde, en particulier dans les pays en développement comme le Nigéria. Les objectifs de cette étude sont de déterminer la prévalence et les facteurs associés à une bactériurie significative chez les femmes enceintes fréquentant la clinique prénatale (CPN) de l'hôpital de maternité Adeoyo, Yemetu, Ibadan, Nigéria, ainsi que de déterminer l'étiologie bactérienne et les modèles de sensibilité aux antimicrobiens de les isolats. Méthodologie: Il s'agit d'une étude transversale en laboratoire portant sur 206 femmes enceintes âgées de 15 à 47 ans fréquentant les CPN de l'hôpital, sélectionnées par une méthode d'échantillonnage aléatoire simple. Les données démographiques et cliniques ont été obtenues auprès des sujets à l'aide d'un questionnaire structuré. Un échantillon propre d'urine évacuée à mi-chemin a été recueilli auprès de chaque participant sujet. Les échantillons d'urine ont été traités pour la culture et l'isolement d'agents pathogènes bactériens importants à l'aide de méthodes bactériologiques standard, et les isolats ont été identifiés au niveau de l'espèce par la combinaison de la morphologie de la colonie, de la réaction de Gram, des tests biochimiques conventionnels et des kits de test de l'indice de profil analytique (API) 20E. Les tests de sensibilité aux antibiotiques des isolats aux antibiotiques sélectionnés ont été effectués à l'aide de la méthode de diffusion sur disque. Résultats: La prévalence de la bactériurie significative dans la population étudiée était de 8,7% (18/206), avec 27,8% (5/18) symptomatique et 72,2% (13/18) asymptomatique. Toutes les bactéries isolées étaient Gram-négatives, la plus fréquente étant Escherichia coli 9 (50,0%), suivie de Klebsiella pneumoniae 6 (33,3%), Pseudomonas aeruginosa 1 (5,6%), Acinetobacter haemolyticus 1 (5,6%) et Enterobacter aerogenes 1 (5,6%). Les isolats étaient les plus sensibles à la gentamicine (100%) et à la nitrofurantoïne (94,4%), alors qu'ils présentaient la résistance la plus élevée à l'amoxicilline-acide clavulanique (33,3%). Une bactériurie significative était associée à une pyurie (p=0,01) et à des antécédents d'infection urinaire (p=0,004). Conclusions: La prévalence élevée de bactériurie significative asymptomatique dans cette étude nécessite le dépistage et le traitement des femmes enceintes pour cette entité afin de prévenir le développement ultérieur d'infections urinaires pouvant avoir de graves conséquences sur l'issue de la grossesse.

L'antibiorésistance est un problème de santé publique majeur à l'heure actuelle et ceci sera d'autant plus vrai dans les prochaines décennies. Parmi les bactéries impliquées dans ce phénomène alarmant, Acinetobacter baumannii et Mycobacterium abscessus ont développé toutes deux des résistantes à de nombreux antibiotiques actuellement disponibles sur le marché. La recherche et le développement de nouveaux antibiotiques est donc nécessaire afin de lutter contre ces pathogènes.La rifabutine, un macrocycle hémisynthétique de la classe des rifamycines, a récemment montré des activités intéressantes in vitro contre A. baumannii et M. abscessus, ce qui s'est traduit ensuite par une efficacité in vivo de la molécule. La rifabutine semble donc prometteuse dans la lutte contre ces bactéries, cependant l'emploi de cet antibiotique est à ce jour limité. Afin de traiter une infection causée par A. baumannii, la rifabutine doit être injectée par voie intraveineuse, ce qui n'est pas chose simple au vue de la faible solubilité aqueuse de la molécule. Concernant la lutte contre M. abscessus, la rifabutine, bien qu'efficace in vivo, présente une activité limitée contre cette mycobactérie, ce qui peut conduire à un échappement thérapeutique.Les travaux présentés dans ce manuscrit de thèse cherchent donc à pallier les limitations de la rifabutine mentionnées ci-dessus.Dans une première partie, des prodrogues hydrosolubles de la rifabutine ont été synthétisées dans le but de permettre une administration par voie intraveineuse et ainsi de lutter efficacement contre des infections à A. baumannii en clinique. Afin de conduire à la libération de rifabutine après clivage enzymatique dans le plasma, une stratégie de cyclisation intramoléculaire a été employée. Après l'évaluation des composés lors de tests de stabilité plasmatique, des études de relations structure-stabilité ont été réalisées, menant à l'identification de trois prodrogues prometteuses. Des études in vitro supplémentaires ont ensuite été conduites telles que la mesure de la solubilité aqueuse et de l'inhibition de la croissance bactérienne, puis une étude in vivo de pharmacocinétique a finalement été réalisée afin d'identifier un candidat pour le développement.Dans une seconde partie, des analogues de la rifabutine modifiée en position C25 ont été synthétisés afin d'identifier des composés plus puissants. En se basant sur une stratégie de chimie en parallèle, un grand nombre de dérivés a pu rapidement être obtenu, puis ceux-ci ont été évalués contre M. abscessus dans le but de mener des études de relations structure-activité
Antimicrobial resistance is a major public health issue nowadays and this will be even more true in the coming decades. Among the bacteria involved in this alarming phenomenon, Acinetobacter baumannii and Mycobacterium abscessus are both resistant to many antibiotics currently available on the market. Research and development of new antibiotics is therefore necessary to fight these pathogens.Rifabutin, a semi-synthetic macrocyle of the rifamycin class, has recently shown interesting in vitro activities against A. baumannii and M. abscessus, which then translated into in vivo efficacy. Rifabutin therefore seems to be promising to the fight against these bacteria, but the use of this antibiotic is currently limited. In order to treat an infection caused by A. baumannii, rifabutin requires to be injected by intravenous route, which is not so easy because of the low water solubility of the molecule. Concerning the treatment of M. abscessus infections, rifabutin, although effective in vivo, has moderate activity against this mycobacterium, which could lead to therapeutic escape.Therefore, the work presented in this thesis manuscript seeks to address the limitations of rifabutin mentioned above.In a first part, water-soluble prodrugs of rifabutin have been synthesized in order to allow an intravenous injection and thus fight effectively against A. baumannii infections. To achieve the release of rifabutin after enzymatic cleavage in plasma, an intramolecular cyclization strategy was employed. After evaluation of the compounds in plasma stability assays, structure-stability relationship studies were performed, leading to the identification of three promising prodrugs. Additional in vitro studies were then conducted such as the measurement of aqueous solubility and bacterial growth inhibition, and finally an in vivo pharmacokinetic study was performed to be able to select for a preclinical candidate.In a second part, analogues of rifabutin modified at the C25 position were synthesized to identify more potent compounds. Based on a parallel chemistry strategy, a large number of derivatives were rapidly obtained and then evaluated against M. abscessus in order to conduct structure-activity relationship studies

La résistance aux antibiotiques a atteint un niveau inquiétant dans un contexte de baisse constante de la mise sur le marché de nouvelles molécules. Le microbiote intestinal joue un rôle majeur dans l'émergence et la dissémination de cette résistance, mais les mécanismes impliqués ne sont pas tous élucidés. Dans ce travail de thèse, nous nous sommes concentrés sur l'impact des 13-lactamines, classe d'antibiotique la plus couramment utilisée, sur ce microbiote. Nous nous sommes tout d'abord intéressés aux modifications du microbiote induites par l'imipénème, antibiotique de dernier recours, chez des patients multi-traités et au microbiote déjà altéré. Dans ces conditions, les altérations supplémentaires du microbiote sont difficiles à mettre en évidence tant par culture que par métagénomique. Cet antibiotique, dont l'élimination fécale est certes faible, est pourtant reconnu comme un facteur de risque d'infection à bactéries résistantes. Ce travail montre les limites des méthodes actuelles de caractérisation des microbiotes, dont la sensibilité et la profondeur d'analyse restent à améliorer. Une autre question mal étudiée est la dissémination de la résistance en l'absence de pression de sélection. Nous avons étudié cela de façon quantitative dans des conditions naturelles, en piégeant de petits mammifères sauvages à diverses distances d'un point unique d'utilisation d'antibiotiques dans un village isolé de forêt amazonienne. Nos résultats ont montré que la résistance acquise aux 13-lactamines ne dissémine pas dans la nature en l'absence de pression de sélection, ce qui représente une forte incitation à contrôler la diffusion des antibiotiques dans l'environnement. Enfin, nous avons montré qu'il était possible de minimiser l'impact des antibiotiques sur le microbiote intestinal, en inactivant par absorption les résidus antibiotiques présents dans le colon. Cette stratégie a en effet permis de restaurer partiellement la résistance à la colonisation par une souche de Klebsiella pneumoniae résistante au céfotaxime chez des souris traitées par céfotaxime. Au total, notre travail a clarifié plusieurs aspects de l'impact des β-lactamines sur le microbiote intestinal et a ouvert une voie innovante de prévention de celui-ci, qui demande à être explorée plus avant
Antibiotic resistance has reached a worrying level in a context of continuai decline in the marketing of new molecules. The intestinal microbiota plays a major role in the emergence and spread of resistance, but the mechanisms involved are not ail understood. In the present work, we focused on the impact of p-lactams, the most commonly used class of antibiotic, on this microbiota. First we investigated the changes induced by imipenem, last-resort antibiotic, in the microbiota of multi-treated patients with an already altered microbiota. In these circumstances, additional changes of the microbiota are difficult to highlight, both by culture and metagenomics. This antibiotic, which have an admittedly low fecal excretion, is nonetheless recognized as a risk factor for infection with resistant bacteria. This work shows the limitations of current methods of microbiota characterization, whose sensitivity and depth of analysis need to be improved. Another poorly studied issue is the dissemination of resistance in the absence of selective pressure. We studied it quantitatively in natural conditions, by trapping small wild mammals at various distances from a single point of antibiotic use in a remote village of the Amazonian forest. Our results showed that acquired resistance to P-lactams do not spread in the wild in the absence of selective pressure, which is a strong incentive to control the diffusion of antibiotics in the environment. Eventually, we showed that it was possible to minimize the impact of antibiotics on intestinal microbiota, by inactivating antibiotics residues in the colon by adsorption. Indeed this strategy has allowed to partially restore resistance to colonization by a cefotaxime-resistant strain of Klebsiella pneumoniae in mice treated with cefotaxime. Overall, our work has clarified several aspects of the impact of p-lactams on intestinal microbiota and opened an innovative way to prevent this impact, which needs to be explored further

Les coronavirus sont des virus à ARN provoquant des maladies respiratoires, entériques, hépatiques et neurologiques de gravité variable chez différentes espèces, dont l'Homme. Parmi eux, sept peuvent infecter l'Homme. Les souches HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-229E et HCoV-HKU1 entraînent des infections légères des voies respiratoires. Le SARS-CoV, le MERS-CoV et le SARS-CoV-2, potentiellement mortels, ont quant à eux été à l'origine de pandémies. Aujourd'hui, le SARS-CoV-2 circule toujours mais la stratégie vaccinale a permis de réduire significativement les risques d'hospitalisation et de décès. Également, le premier médicament antiviral spécifique a été autorisé sur le marché (Paxlovid™). Néanmoins, les coronavirus sont des virus présentant un taux de mutation et de recombinaison élevé, la probabilité de faire face à de nouvelles épidémies est donc très forte. Il est ainsi nécessaire de découvrir de nouvelles thérapies pour traiter la COVID-19 mais aussi anticiper et prévenir les prochaines épidémies. Grâce à son rôle essentiel dans le cycle de réplication virale des coronavirus et son absence d'homologue chez l'Homme, la protéase virale 3CL est une cible prometteuse dans le développement de composés à visée anticoronavirale. De plus, cette protéase est remarquablement conservée entre les espèces de coronavirus. La 3CLpro est donc une cible intéressante pour la conception d'antiviraux à large spectre capables de lutter contre le SARS-CoV-2 mais également contre les potentiels coronavirus émergents. Ainsi, l'objectif de ce travail de thèse était de mettre en place une stratégie permettant de découvrir de nouveaux inhibiteurs non peptidomimétiques de la 3CLpro du SARS-CoV-2 à la fois puissants, sélectifs et capables d'exercer une pan-inhibition sur les autres espèces de coronavirus. La première partie de ce projet de thèse a consisté à mettre au point et réaliser un criblage à haut débit sur la protéase 3CL du SARS-CoV-2, ce qui a permis d'identifier plusieurs séries chimiques d'intérêt. La suite de ce travail a porté sur l'optimisation de deux séries chimiques, des inhibiteurs covalents réversibles pour la première et non covalents pour la deuxième, dont les chémotypes n'ont pas été décrits sur la protéase 3CL. Dans ces deux séries chimiques, plus de 90 analogues ont été synthétisés dans le but d'améliorer la puissance sur la cible et d'établir des relations structure-activité. Les propriétés physico-chimiques et ADME in vitro, le mode de liaison à la cible, la sélectivité vis-à-vis de protéases humaines, l'inhibition des 3CLpro d'autres coronavirus et l'activité antivirale in cellulo ont été étudiés
Coronaviruses are RNA viruses causing respiratory, enteric, hepatic and neurological diseases of varying severity in different species, including humans. Among them, seven can infect humans. HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-229E, and HCoV-HKU1 strains cause mild respiratory tract infections. SARS-CoV, MERS-CoV, and SARS-CoV-2 are potentially fatal and have caused major outbreaks. Today, SARS-CoV-2 is still circulating but the vaccine strategy has significantly reduced the risks of hospitalization and death. Also, the first specific antiviral drug has been authorized on the market (Paxlovid™). Nevertheless, coronaviruses are viruses with a high mutation and recombination rate, therefore the probability of facing new epidemics is very high. Thus, there is a need to discover new therapies to treat COVID-19 but also to anticipate and prevent future epidemics. Thanks to its essential role in the viral replication cycle of coronaviruses and the lack of human homolog, the viral protease 3CL is a promising target for the development of anti-coronaviral compounds. Moreover, this protease is remarkably conserved among coronavirus species. The 3CLpro is then an interesting target for the design of broad-spectrum antivirals able to fight against SARS-CoV-2 but also against potential emerging coronaviruses. Thus, the objective of this thesis work was to develop a strategy to discover new non-peptidomimetic inhibitors of the 3CLpro of SARS-CoV-2 that are potent, selective and capable of exerting pan-inhibition on other coronavirus species. The first part of this thesis project consisted of developing and performing a high-throughput screening on the SARS-CoV-2 3CL protease, allowing the identification of several chemical series of interest. Further work focused on the optimization of two chemical series, reversible covalent inhibitors for the first one and non-covalent for the second one, whose chemotypes have not been described on the 3CL protease. In these two chemical series, more than 90 analogues have been synthesized with the aim of improving the potency on the target and establishing structure-activity relationships. Physicochemical and ADME properties in vitro, binding mode, selectivity towards human proteases, inhibition of 3CLpro from other coronaviruses and in cellulo antiviral activity were studied

L’émergence des bactéries résistantes aux béta-lactamines et aux carbapénèmes, a abouti à la réintroduction de la colistine comme agent de dernier recours pour traiter les infections dues à ces germes. Cependant, les résistances chromosomique et plus récemment plasmidique à la colistine ont apparu. Ce problème de bactéries multi-résistantes a par la suite déclenché la publication d’articles alarmants sur les dangers de ces germes. Pour répondre à la dramatisation médiatique liée à ce problème, mon projet de thèse vise à proposer des stratégies thérapeutiques pour traiter les infections dues aux bactéries multi-résistantes. Dans un premier temps, nous avons testé l’activité d’un large panel comprenant des anciens antibiotiques contre les bactéries résistantes aux carbapénèmes et d’autres résistantes à la colistine. Plusieurs familles d’antibiotiques ont été efficaces contre ces 2 types de bactéries résistantes.Dans un deuxième temps, nous avons évalué l’activité d’antibiotiques combinés en vue de détecter une synergie d’action. Deux combinaisons synergiques ont été retenues : colistine + sulfadiazine et colistine + acide fusidique. Ces associations d’antibiotiques ont démontré un effet bactéricide sur une collection de bactéries Gram négatives résistantes à la colistine, et ceci indépendamment du mécanisme de résistance
The emergence of beta-lactam and carbapenem resistant bacteria, resulted in the reintroduction of colistin as an agent of last resort to treat infections caused by these bacteria. However, chromosomal resistances and more recently plasmidic to colistin appeared. This problem of multidrug-resistant bacteria subsequently triggered the publication of alarming articles on the dangers of these germs. To answer the media dramatization related to this problem, my thesis project aims to propose therapeutic strategies to treat infections due to multiresistant bacteria.Initially, we tested the activity of a large panel including old antibiotics against carbapenem resistant bacteria and others resistant to colistin. Several families of antibiotics have been effective against these two types of resistant bacteria.In a second step, we evaluated the activity of combined antibiotics in order to detect a synergistic action. Two synergistic combinations were retained: colistin + sulfadiazine and colistin + fusidic acid. These combinations of antibiotics have shown a bactericidal effect on a collection of Gram-negative colistin-resistant bacteria, independent of the resistance mechanism

Les coronavirus sont des virus ARN enveloppés qui infectent les mammifères et les oiseaux. Chez l’homme, quatre coronavirus causent des maladies bénignes comme des rhumes et rhinites, HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63 et HCoV-HKU1. Au cours des deux dernières décennies, trois nouveaux coronavirus hautement pathogènes ont été identifiés, le SARS-CoV (« Severe Acute Respiratory Syndrome ») en 2003, le MERS-CoV (« Midle East Respiratory Syndrome ») en 2012 et récemment le SARS-CoV-2 en décembre 2019. La pandémie mondiale du COVID-19 a mis en évidence le manque d’antiviraux ciblant les coronavirus. Bien que de nombreux vaccins efficaces soient développés pour contrer la pandémie de COVID-19 due au SARS-CoV-2, il n’y a toujours aucun antiviral spécifique commercialisé contre ce virus et les traitements actuels consistent à traiter uniquement les symptômes.L’équipe du Dr Karin SERON du laboratoire de Virologie Moléculaire et Cellulaire du Centre d’Infection et d’Immunité de Lille s’est spécialisée dans l’identification d’antiviraux d’origine naturelle. En effet les plantes sont une source importante de molécules thérapeutiques et de nombreuses plantes sont encore utilisées aujourd’hui en médecine traditionnelle. L’objectif de ma thèse a été d’utiliser les connaissances et techniques développées par le laboratoire pour identifier des antiviraux naturels contre les coronavirus humains hautement pathogènes et de comprendre leurs mécanismes d’action. Mon premier projet a été réalisé en collaboration avec le groupe de Dr Simon Bordage du laboratoire de Pharmacognosie de la Faculté de Pharmacie de Lille dirigé par le Pr Sevser Sahpaz. Suite au criblage d’extraits de plantes, utilisées en médecine traditionnelle ivoirienne, contre le coronavirus HCoV-229E, nous avons sélectionné l’extrait de Mallotus oppositifollius qui était le plus actif. Après un fractionnement bioguidé, le principe actif a été isolé et identifié. Il s’agit du phéophorbide a (Pba). Le Pba inhibe HCoV-229E mais aussi les coronavirus hautement pathogènes MERS-CoV et SARS-CoV-2 (IC50 = 0,18 μM) ainsi que d’autres virus enveloppés par un mécanisme de photo-inactivation dynamique. Nous avons montré que le Pba cible la membrane virale et inhibe l’étape de fusion. Le Pba est le premier antiviral naturel possédant une activité virucide photo-dépendante décrite contre le SARS-CoV-2. Cette molécule pourrait potentiellement être utilisée en thérapie clinique ou comme désinfectant de surface. Mon deuxième projet porte sur une anthocyanidine, la delphinidine, déjà décrite par notre laboratoire comme antiviral contre le virus de l’hépatite C. Nous avons montré que la delphinidine inhibe de façon dose-dépendante l’entrée des coronavirus HCoV-229E, MERS-CoV et SARS-CoV-2 dans les cellules (IC50 = 16-20 μM). Nos résultats montrent que la delphinidine cible les sites de glycosylation de la protéine de surface S. Grâce à une collaboration avec le laboratoire de Chimie Bio-organique et Médicinale de Strasbourg, dirigé le Dr Mourad Elhabiri, nous avons criblé des dérivés de la delphinidine afin d’identifier des molécules plus actives. Nous avons ainsi identifié un composé actif contre le HCoV-229E à une concentration très faible (IC50 = 0,06 μM) mais qui semble avoir un mécanisme d’action différent de la delphinidine. En effet, il est actif à l’étape de réplication.En conclusion, au cours de ma thèse j’ai pu identifier de nouveaux antiviraux naturels contre les coronavirus humains et notamment le SARS-CoV-2 ayant des mécanismes d’action inédits. Ces travaux pourront servir de base à l’obtention de molécules pouvant être utilisées, dans l’avenir, pour le traitement des maladies à coronavirus
Coronaviruses are enveloped RNA viruses infecting mammals and birds. Four coronaviruses causing mild diseases, like common cold, have been described in human, HCoV-OC43, HCoV-229E, HCoV-NL63 and HCoV-HKU1. During the last two decades, three new, highly pathogenic coronaviruses have been identified the SARS-CoV (Severe Acute Respiratory Syndrom) in 2003, the MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome) in 2012 and recently the SARS-CoV-2 in December 2019. The COVID-19 global outbreak caused by SARS-CoV-2, highlighted the lack of specific antiviral available against this family of virus. The team of Dr Karin SERON from the Cellular and Molecular Virology laboratory of the Center for Infection and Immunity of Lille, is specialized in the identification of antiviral compounds from natural origin. Indeed, plants are a source of natural therapeutic compounds and many plants are still being used in traditional medicine. The aim of my thesis was to identify natural antiviral agents against highly pathogenic human coronaviruses with the help of the knowledge and tools developed by the laboratory. My first project was carried out in collaboration with the group of Dr Simon Bordage from the Pharmacognosy laboratory of the Faculty of Pharmacy of Lille directed by Pr Sevser Sahpaz. Plant extracts from Ivorian plants used it traditional medicine were tested against the coronavirus HCoV-229E and we selected the most active, the Mallotus oppositifollius extract. After bio-guided fractionation, the active compound was isolated and characterized, the pheophorbide a (Pba). Pba is able to inhibit the infection of HCoV-229E and highly pathogenic coronaviruses MERS-CoV and SARS-CoV-2 (IC50 = 0.18 μM) as well as other enveloped viruses using a photo-dynamic inactivation mechanism. Pba targets the viral envelop and inhibits the fusion step. Pba is the first described natural antiviral against SARS-CoV-2 with direct photosensitive virucidal activity. This molecule could potentially be used in therapy or as disinfectant. My second project was about an anthocyanidin, the delphinidin, identified in the laboratory for its antiviral activity against hepatitis C virus. We showed that delphinidin is an entry inhibitor of coronaviruses in a dose-dependent manner for HCoV-229E, MERS-CoV and SARS-CoV-2 (IC50 = 16-20 μM). Our results show that delphinidin targets the glycosylation sites on the surface protein S. Thanks to a collaboration with the laboratory of Medicinal and Bioorganic Chemistry of Strasbourg, led by Dr Mourad Elhabiri, delphinidin synthetic derivates were screened in order to identify compounds with higher antiviral capacities. We thereby identify an active compound against HCoV-229E with a lower IC50 than delphinidin (IC50 = 0.06 μM). Surprisingly, its mechanism of action seems to be different than delphinidin with an activity at the replication step.In conclusion, during my thesis I was able to identify new natural antivirals against human coronaviruses, and in particular SARS-CoV-2, with novel mechanisms of action. This work may serve as a basis for obtaining molecules that can be used in the future for the treatment of coronavirus diseases

Approfondir les connaissances sur l'évolution et les facteurs associés aux comportements sexuels chez les PVVIH exposées aux traitements antirétroviraux en Afrique subsaharienne. Données collectées dans le cadre d'un essai randomisé conduit dans neuf hôpitaux de district ruraux au Cameroun. 459 PVVIH éligibles au traitement inclus et suivis sur 24 mois. Régression logistique à effets mixtes utilisée pour analyser les facteurs associés aux différentes variables réponses étudiées.La proportion des patients sexuellement actifs augmente de 32% à l'inclusion à 56% après 24 mois de traitement. Une augmentation supplémentaire du temps depuis l'initiation du traitement de 6 mois augmente de 30% de la probabilité de déclarer une activité sexuelle sous ARV. Proportion des patients ayant des comportements sexuels à risque (CSR) baisse significativement de 76% à l'inclusion à 66% au 24e mois, les patients obervants au traitement étaient moins susceptibles de rapporter les CSR. La proportion des patients susceptibles de transmettre le VIH par voie sexuelle (STVIH) baisse de 76% à l'inclusion à 27% après 24 mois de traitement ARV. Une augmentation du temps depuis l'initiation du traitement de 6 mois réduit de 66% la STVIH. Mes travaux montrent un impact positif des ARV sur l'activité sexuelle des PVVIH, les CSR et la STVIH, suggérant un effet positif de l'exposition des PVVIH aux traitements ARV sur la prévention de la transmission sexuelle du VIH. Mais, le risque potentiel de transmission du VIH persiste nécessitant le renforcement des interventions de réduction des risques dans les programmes d'accès aux ARV
To evaluate the evolution and factors associated with sexual behavior among PLWHA exposed to antiretroviral therapy in sub-Saharan Africa. Data collected as part of a randomized trial conducted in nine rural district hospitals in Cameroon. 459 PLWHA eligible for treatment included and followed for 24 months. Mixed effects logistic regression used to analyze factors associated with different response variables studied. Proportion of patients sexually active increased from 32% at baseline to 56% after 24 months of treatment. An additional 6 months increase of the time since initiation of treatment increase in 30% the probability of reporting sexual activity. Proportion of patients with sexual risk behavior (SRB) decreased significantly from 76% at baseline to 66% at 24 months and patient obervants to treatment were less likely to report CSR. Proportion of patients likely to transmit HIV through sexual intercourse (STVIH) decrease from 76% at baseline to 27% after 24 months of HAART. Analyses shown that increasing in 6 months of time since initiation of treatment reduced STVIH by 66%. My dissertation show a positive impact of ART on sexual activity, CSR and STVIH among PLWHA, suggesting a positive effect of exposure to HAART on the prevention of sexual transmission of HIV. However, the potential risk of transmission of HIV persists requiring strengthening risk reduction interventions in HAART access programs