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Auswahl der wissenschaftlichen Literatur zum Thema „Simulaciones de dinámica molecular“
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Zeitschriftenartikel zum Thema "Simulaciones de dinámica molecular"
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Rim, Daniela Noemi, Emmanuel N. Millán, María Belén Planes, Eduardo M. Bringa und Luis G. Moyano. „Análisis de clústeres para simulaciones de mecánica granular mediante algoritmos de aprendizaje automático“. Entre ciencia e ingeniería 14, Nr. 28 (28.12.2020): 81–86. http://dx.doi.org/10.31908/19098367.2058.
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Las simulaciones de dinámica molecular (MD) en colisiones de granos permiten incorporar propiedades complejas de interacciones de polvo. Realizamos simulaciones de colisiones de granos porosos, cada uno con muchas partículas, utilizando el software LAMMPS de MD. Las simulaciones consistieron en un grano de proyectil que golpeó un grano objetivo inmóvil más grande, con diferentes velocidades de impacto. La desventaja de este método es el gran costo computacional debido a que se modela una gran cantidad de partículas. Machine Learning (ML) tiene el poder de manipular grandes datos y construir modelos predictivos que podrían reducir los tiempos de simulación MD. Usando algoritmos ML (Support Vector Machine y Random Forest) podemos predecir el resultado de las simulaciones MD con respecto a la formación de fragmentos, después de varios pasos más pequeños que en las simulaciones MD habituales. Logramos una reducción de tiempo de al menos un 46%, para una precisión del 90%. Estos resultados muestran que SVM y RF pueden ser herramientas poderosas pero simples para reducir el costo computacional en simulaciones de fragmentación de colisiones.
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González, Diego Luis, Manuel Camargo und Julián Sanchez. „Tasas de difusión y de deposición en un modelo de epitaxia coloidal“. Revista de Ciencias 21, Nr. 1 (04.04.2018): 37. http://dx.doi.org/10.25100/rc.v21i1.6345.
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Se estudian las propiedades dinámicas de un modelo de suspensión coloidal bidimensional cuyas partículas son depositadas lentamente sobre un sustratounidimensional bajo la acción de un campo externo. Una vez que las partículas son depositadas en el sustrato pueden difundirse lateralmente sobre este último. Usando un modelo analítico basado en las ecuaciones de Langevin y de Fokker-Plank se estudia la dinámica de una partícula en la suspensión y sobre el sustrato. En particular, se calculanla tasa de deposición promedio sobre el sustrato, F, así como también la constante de difusión de las partículas sobre el sustrato, D. Los resultados del modelo analítico propuesto presentan un buen acuerdo con los encontrados usando simulaciones numéricasbasadas en dinámica molecular. Este modelo sencillo permite explorar la posibilidad de usar coloides para la formación de estructuras mediante la técnica de crecimiento epitaxial, la cual es relevante en distintos campos de aplicación.
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Barco-Ríos, Héctor, Héctor D. Aristizábal-Soto und Elisabeth Restrepo-Parra. „Interfaz gráfica de usuario para la simulación por dinámica molecular de películas delgadas“. TecnoLógicas 19, Nr. 36 (30.01.2016): 113. http://dx.doi.org/10.22430/22565337.590.
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En este trabajo se implementó el software de simulación para la nanoindentación de películas delgadas. El software desarrollado empleó la técnica de Dinámica Molecular. El modelo con el cual opera la interfaz gráfica (software), es un modelo aproximado, que reproduce las tendencias de las curvas características en pruebas de dureza de materiales. Por otro lado, el programa se diseñó y construyó con un entorno amigable, donde el usuario puede construir sus propias películas delgadas, tanto en monocapas como en bicapas. La interfaz permite controlar el espesor de la película, el número de capas y otras propiedades físicas tales como energía de disociación o parámetros de energía en la esfera; además, se puede tener control de los pasos de tiempo de dinámica. Para comprobar el funcionamiento del software se realizaron una serie de simulaciones utilizando los parámetros del cromo como material de referencia. Los resultados obtenidos, demostraron que el software puede reproducir las tendencias y curvas características en pruebas de dureza de materiales. Se espera mejorar este software para que sea una herramienta que permita realizar comparaciones con futuras investigaciones experimentales.
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Barrera Valderrama, Daniel Iván, Markus Doerr und Martha Cecilia Daza Espinosa. „Función de los confórmeros de ataque cercano en la acilación enantioselectiva del (R,S)-propranolol catalizada por lipasa B de Candida antarctica“. Revista Colombiana de Biotecnología 20, Nr. 1 (01.01.2018): 16–30. http://dx.doi.org/10.15446/rev.colomb.biote.v20n1.73652.
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La lipasa B de Candida antarctica (CalB) se ha utilizado en la acilación quimio- y enantioselectiva del racemato (R,S)-propranolol. CalB tiene enantioselectividad moderada (E=63) por el R-propranolol. La enantioselectividad, se origina en la reacción de transferencia del grupo acilo desde la serina catalítica, acilada, al propranolol. La fase inicial de esta reacción involucra la formación de complejos de Michaelis y posteriormente conformaciones de ataque cercano. El análisis de las conformaciones de ataque cercano ha permitido en varios casos explicar el origen de la catálisis o reproducir el efecto catalítico. En este trabajo se profundiza en la comprensión la función de las conformaciones de ataque cercano en la enantioselectividad de la acilación del (R,S)-propranolol catalizada por CalB. Para lo anterior se realizó un estudio detallado de los complejos de Michaelis y de las conformaciones de ataque cercano del paso enantioselectivo de la reacción de acilación del (R,S)-propranolol utilizando un protocolo de dinámica molecular QM/MM (SCCDFTB/CHARMM) utilizando 6 distribuciones de velocidades iniciales y simulaciones de 2,5 ns. Se estudiaron 7 complejos CalB-propranolol. Los enlaces de hidrógeno del sitio activo de CalB acilada relevantes para la actividad catalítica fueron estables en todas las simulaciones. Las poblaciones de los complejos de Michaelis y de las conformaciones de ataque cercano son dependientes de la distribución de las velocidades iniciales de la dinámica molecular. La enantioselectividad moderada de CalB acilada, encontrada experimentalmente, puede ser parcialmente atribuida a la alta población de conformaciones de ataque cercano observada para el S-propranolol.
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Soria Salazar, Jorge, und Oswaldo Aldás Palacios. „Estudios de interacciones entre moléculas antioxidantes y moléculas relacionadas con radicales oxidativos mediante cálculos mecano cuánticos y simulaciones de dinámica molecular“. La Granja 14, Nr. 2 (30.12.2011): 13. http://dx.doi.org/10.17163/lgr.n14.2011.02.
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<div class="page" title="Page 1"><div class="section"><div class="layoutArea"><div class="column"><p><span>Los flavonoides son reconocidos por su actividad antioxidante; sin embargo, su relación estructura-actividad antioxidante no es muy clara. Mediante cálculos mecano cuánticos se determinaron las estructuras de equilibrio de éstos y de moléculas relacionadas con radicales libres del oxígeno. Los cálculos fueron realizados al nivel de teoría RHF/6-311G utilizando el programa GAMESS. La quercetina, fisetina, y los ácidos caféico y ferúlico presentaron estructuras de equilibrio planas. La genisteína y la floretina presentaron desviaciones de la planaridad de 47,2 </span><span>◦</span><span>C </span><span>y 90,9 </span><span>◦</span><span>C</span><span>. El potencial electrostático molecular (MEP) en el nivel de teoría RHF/6-311G** mostró que en las moléculas planas, la deslocalización electrónica se extiende a largo de toda su estructura. Los MEPs permitieron identificar las regiones favorables para las interacciones, alrededor de los grupos hidroxilo de los anillos A y B. Las simulaciones de dinámica molecular para las interacciones Quercetina-O</span><span>2 </span><span>y Quercetina-H</span><span>2</span><span>O; mostraron que las primeras son débiles, mientras que en las últimas la interacción es mediante enlaces hidrógeno en 4’-OH y 7-OH. El criterio de reactividad basado en las magnitudes de las cargas parciales de los oxígenos de los grupos hidroxilo, sugirió que el sitio más reactivo está ubicado en 4’-OH, lo que concuerda con datos experimentales y de estudios teóricos. En este grupo hidroxilo la distancia promedio del enlace hidrógeno fue 1,76 Å, formando un ángulo de 111,6 </span><span>◦</span><span>C</span><span>. </span></p></div></div></div></div>
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Cabanillas-Casas, Cristopher J., Gustavo Cuba-Supanta, Justo Rojas Tapia und Chachi Rojas-Ayala. „Efectos de forma y tamaño del poro sobre las propiedades mecánicas de las membranas del grafeno nanoporoso“. MOMENTO, Nr. 62 (01.01.2021): 63–78. http://dx.doi.org/10.15446/mo.n62.88422.
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En el presente trabajo se estudiaron los efectos de forma y tamaño de los poros sobre las propiedades mecánicas de membranas de grafeno nanoporosas (GNP). Las simulaciones de dinámica molecular fueron ejecutadas para estudiar las respuestas mecánicas y estructurales bajo una tracción uniaxial. Los resultados de las curvas tensión-deformación de las membranas de GNP muestran un comportamiento lineal elástico para razones de deformación pequeñas ($<$0.03) independiente de la dirección quiral. La anisotropía quiral (dirección armchair y zigzag) es notoria conforme se incrementa la deformación hasta el punto de fractura. Las membranas de GNP con poro hexagonal y rectangular presentan una mayor tensión de fractura (65 GPa y 81 GPa, respectivamente). Además, el módulo elástico de Young disminuye conforme se incrementa el tamaño del poro. Se espera que este estudio brinde aplicación práctica como filtros de membranas de alto rendimiento.
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Vega Guillén, Víctor Augusto, und Justo Rojas-Tapia. „Efectos de la transformación de fases con respecto a la orientación y velocidad en el nanocable de cobre deformados por tracción“. Revista del Instituto de Investigación de la Facultad de Ingeniería Geológica, Minera, Metalúrgica y Geográfica 23, Nr. 45 (22.06.2020): 75–81. http://dx.doi.org/10.15381/iigeo.v23i45.18060.
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Los NCs tienen muchos comportamientos únicos que no se ven en los materiales a nivel volumen. El objetivo del estudio es conocer los efectos de la trasformación de fases con respecto a la orientación y velocidad en el nanocable de cobre deformados por tracción. Debido la necesidad de comprender mejor los mecanismos de deformación mediante simulaciones y el método de dinámica molecular con los potenciales del tipo EAM evaluamos la transformación de fases en la correlación directa entre la curva tensión-deformación, y el porcentaje de la abundancia de pares. En la región elástica en un rango de 60% a 80% de átomos se encuentran formando estructuras FCC, unos 10% a 20% la estructura HCp, la formación de la estructura BCC es mínima y el porcentaje de otras formaciones están en un rango de 20% a 40%, afectadas por la velocidad y orientación como resultado el mayor módulo de elasticidad es de 100 GPa y límite de fluencia de 9.0 GPa con una orientación de (111) este fenómeno único permite el diseño de nanosistemas.
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Rodríguez, Javier, Signed Prieto, Esperanza Fajardo, Fredy Lopez, Jairo Castro und Yolanda Soracipa. „Caminata al azar predictiva de la dinámica de obesidad y predicciones de obesidad y sobrepeso en la población infantil de Colombia y de variación peso/talla y peso/edad en México“. Revista Med 21, Nr. 2 (29.11.2013): 18. http://dx.doi.org/10.18359/rmed.1172.
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<p>La obesidad y el sobrepeso constituyen problemas de salud pública tanto a nivel mundial como en América Latina. La teoría de la probabilidad y la caminata al azar probabilista han sido base para el desarrollo de predicciones de la dinámica de diferentes epidemias. En este trabajo se estudió el crecimiento de la obesidad en cuatro países con base en la caminata al azar, para confirmar la capacidad de la metodología para describir y predecir esta dinámica específica, y se desarrollaron simulaciones de variables asociadasal estudio de sobrepeso y obesidad en Colombia y México, proyectando una predicción al 2015. Se estudiaron tasas de obesidad de Estados Unidos, Finlandia, Australia e Inglaterra desde 1982 a 1996, en analogía con una caminata al azar probabilista, valuando su capacidad predictiva para el año 1997. Posteriormente se desarrollaron simulaciones de la dinámica de sobrepeso y obesidad en Colombia con base en reportes reales de los años 2005 y 2010 de acuerdo con el índice de masa corporal (IMC), así como simulaciones de la dinámica de peso/talla y peso/edad en la población mexicana de menores de 0 a 5 años, dividida en cuatro regiones, con base en los reportes de 1999 y 2006, proyectándolas hasta el 2015, con base en la caminata al azar.El análisis de la dinámica de crecimiento de la obesidad con base en la caminata al azar, permitepredecir cuando los índices van a permanecer estables o cuando van a subir en Estados Unidos, Finlandia, Australia e Inglaterra, logrando predicciones con un porcentaje de efectividad igual osuperior al 97,85% para 1997. Las simulaciones obtenidas para México y Colombia predicen un comportamiento probable hasta el 2015, encontrando que en 2015 en Colombia las prevalencias de obesidad para niños de 0 a 9 años oscilarán entre 4,2 y 11,2, y de sobrepeso para niños entre 10 y 17 años entre 12,9 y 19,4. También se encontraron valores predictivos entre 0,1 y 7,7 para el 2015 en México en niños de 0 a 5 años, respecto a la variable de peso/talla, mientras que respecto a peso/edad se encontraron entre 0,2 y 11,89. Se evidenció que la metodología utilizada es útil para el estudio de diferentes variables asociadas a la dinámica de obesidad y sobrepeso y sirve como base para el desarrollo de predicciones de utilidad en la toma de decisiones de salud pública.</p>
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Rosero, Ricardo. „Una Revisión Acerca de Tecnologías y Modelación de Enlaces HVDC para Estudios Eléctricos“. INNOVATION & DEVELOPMENT IN ENGINEERING AND APPLIED SCIENCES 2, Nr. 1 (04.06.2020): 19. http://dx.doi.org/10.53358/ideas.v2i1.363.
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Los sistemas Corriente Continua de Alta Tensión (HVDC), actualmente son muy utilizados a nivel mundial debido a sus ventajas frente a sistemas de transmisión tradicionales. Se realizo una investigación sobre la modelación y simulación estático-dinámica de los sistemas HVDC. Los modelos encontrados se basan en conversores tipo fuente de corriente (LCC), conversores tipo fuente de voltaje (VSC), conversores modulares multinivel (MMC), sistemas multiterminal DC (MTDC) y de alimentación múltiple (multi-infeed HVDC). Las principales simulaciones, son transitorios electromagnéticos (EMT), estado cuasi estacionario (QSS), simulaciones híbridas de fasores dinámicos y transitorios electromecánicos, simulaciones híbridas de transitorios electromagnéticos (EMT) y estabilidad transitoria (TS), fasores dinámicos basado en interfaz (DPIM) para simulaciones híbridas EMT y TS, flujos de potencia HVDC y simulación digital de tiempo real (RTDS), determinando la complejidad de los sistemas HVDC en el modelado, simulación y controles con el objetivo de que enlaces mixtos AC/DC sean factibles técnicamente.
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Pino Romero, Neisser, Roxana López Cruz und Gabriel Wainer. „Modelamiento Computacional de la Dinamica de Transmisión de la Varicela mediante Automatas Celulares (Cell-DEVS)“. Pesquimat 20, Nr. 2 (15.05.2018): 53. http://dx.doi.org/10.15381/pes.v20i2.13969.
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En el presente trabajo, se realiza un modelo computacional mediante los Autómatas Celulares (Cell-DEVS) que describa la dinámica de transmisión de la Varicela en un grupo cerrado de personas donde se pueda propagar la enfermedad. Desde la perspectiva de la epidemiología matemática se tiene el modelo matemático SEIR de W. O. Kermack y A. G. McKendrick que representa la dinámica de la epidemia, en nuestro caso la Varicela, donde se realizará las simulaciones computacionales tanto por los Métodos Numéricos como los Autómatas Celulares para analizar el desarrollo de la enfermedad.
Dissertationen zum Thema "Simulaciones de dinámica molecular"
1
Wachter, Chamblas Javier Alejandro. „Estudio de la deformación de vidrios metálicos en base a cobre y zirconio en condiciones de compresión y en un impacto a velocidades sub y supersónicas, mediante simulaciones de dinámica molecular“. Tesis, Universidad de Chile, 2016. http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/140201.
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Doctor en Ciencias de la Ingeniería, Mención en Ciencia de los MaterialesLos vidrios metálicos son aleaciones con una estructura atómica desordenada que han atraído interés durante las últimas décadas debido a sus propiedades mecánicas particulares como un alto módulo y límite elástico. Sin embargo, éstos se presentan como materiales frágiles a temperatura ambiente debido a su tendencia a la localización de la deformación mediante la formación de bandas de corte. La explotación de las propiedades de los vidrios metálicos requiere el desarrollo de estrategias efectivas para controlar la localización de la deformación y poder prevenir la fractura frágil. Este objetivo puede ser alcanzado si los mecanismos que gobiernan la plasticidad en los vidrios metálicos a escala atómica son bien conocidos. En particular, cuando tratamos con nano-estructuras, aparecen efectos superficiales debido a la mayor proporción de átomos que corresponden a la superficie con respecto a los que se encuentran en el volumen. Con el ánimo de proporcionar mayor entendimiento de estos efectos y de como ellos influyen sobre las propiedades mecánicas de nano-estructuras de vidrio metálico, se estudió su comportamiento mécanico usando simulaciones de dinámica molecular. Se eligió la aleación Zr-Cu-Al por ser uno de los pocos sistemas ternarios con un potencial interatómico bien definido que puede ser implementado en los programas computacionales utilizados en el modelamiento de materiales. El estudio fue enfocado en el modelamiento de dos casos de deformación. El primer caso lo constituye un ensayo de compresión sobre nano-columnas en el cual se estudió la relación entre el módulo elástico y límite elástico con el largo y diámetro de las nano-columnas. El segundo estudio trató sobre la deformación que sufren una nanopartícula y un substrato, ambos de vidrio metálico basados en cobre y zirconio, en un impacto a velocidades sub y supersónicas. En ambos casos resultó muy importante el papel que juega la relación superficie-volumen en la deformación. En el modelamiento de la compresión se encontró que los nano-alambres son capaces de deformarse plásticamente gracias a la disminución de la energía elástica almacenada por la muestra cuando disminuye el volumen. En el caso del impacto de nano-partículas de vidrio metálico se muestra que a esta escala la deformación es un fenómeno global que funde toda la partícula y debido a la mayor proporción de área con respecto al volumen, esta se enfría rápidamente, lo que conserva la estructura atómica amorfa de la muestra.
2
Arancibia, Leandro Manuel. „Simulaciones de dinámica de solitones y polarones en polímeros conductores“. Bachelor's thesis, Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, 2020. http://bdigital.uncu.edu.ar/14057.
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Mediante el hamiltoniano SSH (Su-Schrieffer-Heeger) para la molécula de poliacetileno, se estudia el comportamiento de excitaciones topológicas no lineales de tipo solitón y polarón al aplicarse distintos perfiles de campo eléctrico. Se encuentra que la estabilidad de dichas excitaciones depende de la intensidad de campo eléctrico y del tiempo de exposición al mismo.
Así mismo se encuentra la estabilidad para un solitón en un campo eléctrico sinusoidal lo que suscita la esperanza de crear dispositivos opto-electrónicos orgánicos que conduzcan corriente alterna, un fenómeno poco estudiado en el campo.Fil: Arancibia, Leandro Manuel. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.
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Campos, Oyarzún Fabián Ignacio. „Estudio de la Fluidodinámica de Aneurismas Cerebrales Usando Simulaciones CFD“. Tesis, Universidad de Chile, 2010. http://repositorio.uchile.cl/handle/2250/103866.
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Los aneurismas son una enfermedad de los vasos sanguíneos, que consiste en, una dilatación anormal y localizada producto de un debilitamiento en la pared de la arteria. El rompimiento de aneurismas cerebrales puede provocar severos daños irreversibles en el paciente e incluso la muerte, de aquí la importancia de desarrollar avances en la medicina preventiva de esta enfermedad, la cual se puede establecer bajo investigaciones de simulaciones numéricas que describan el comportamiento fluidodinámico de la sangre y mecánico de las arterias.
El trabajo de título realizado se enmarca dentro de la investigación desarrollada en el Departamento de Ingeniería Mecánica de la Universidad de Chile en el estudio de aneurismas cerebrales, investigación que es parte de un proyecto FONDECYT "Dinámica del Flujo y la Interacción con la Pared Arterial en Modelos Reales de Aneurismas Cerebrales". Investigación que ha desarrollado una metodología de reconstrucción de casos de aneurismas cerebrales reales a archivos de formato CAD desde exámenes médicos de angiografía rotacional 3D, los cuales fueron proporcionados por el Instituto de Neurocirugía ASENJO, como también la metodología de modelación del problema.
Se simularon 10 casos reales de aneurismas cerebrales terminales en el software de elemento finito ADINA 8.5, bajo los supuestos de paredes rígidas, condición de Womersley para flujo pulsante, fluido no-newtoniano e incompresible.
Se estudiaron modificaciones al modelo considerando fluido newtoniano, presiones distintas en las salidas y se integró temporalmente usando una aproximación de segundo orden. Estos resultados fueron comparados con los entregados por el modelo usado en trabajos anteriores. También se modificó gráficamente un caso terminal eliminando el aneurisma, y se estudiaron las diferencias que se producen al formarse la malformación en la arteria.
Con las simulaciones de los 10 casos, se estudió estadísticamente los resultados, encontrando relaciones estadísticas lineales para la presión y esfuerzo de corte de la pared en el aneurisma y el tiempo de residencia dentro de él.
4
Dednam, Wynand. „Atomistic simulations of competing influences on electron transport across metal nanocontacts“. Thesis, Universidad de Alicante, 2019. http://hdl.handle.net/10500/26155.
Der volle Inhalt der QuelleAnnotation:
In our pursuit of ever smaller transistors, with greater computational throughput, many
questions arise about how material properties change with size, and how these properties
may be modelled more accurately. Metallic nanocontacts, especially those for which
magnetic properties are important, are of great interest due to their potential spintronic
applications. Yet, serious challenges remain from the standpoint of theoretical and
computational modelling, particularly with respect to the coupling of the spin and lattice
degrees of freedom in ferromagnetic nanocontacts in emerging spintronic technologies. In
this thesis, an extended method is developed, and applied for the first time, to model the
interplay between magnetism and atomic structure in transition metal nanocontacts. The
dynamic evolution of the model contacts emulates the experimental approaches used in
scanning tunnelling microscopy and mechanically controllable break junctions, and is
realised in this work by classical molecular dynamics and, for the first time, spin-lattice
dynamics. The electronic structure of the model contacts is calculated via plane-wave and
local-atomic orbital density functional theory, at the scalar- and vector-relativistic level of
sophistication. The effects of scalar-relativistic and/or spin-orbit coupling on a number of
emergent properties exhibited by transition metal nanocontacts, in experimental
measurements of conductance, are elucidated by non-equilibrium Green’s Function
quantum transport calculations. The impact of relativistic effects during contact formation
in non-magnetic gold is quantified, and it is found that scalar-relativistic effects enhance the force of attraction between gold atoms much more than between between atoms which
do not have significant relativistic effects, such as silver atoms. The role of non-collinear
magnetism in the electronic transport of iron and nickel nanocontacts is clarified, and it is
found that the most-likely conductance values reported for these metals, at first- and lastcontact,
are determined by geometrical factors, such as the degree of covalent bonding in
iron, and the preference of a certain crystallographic orientation in nickel.Physics
Ph. D. (Physics)
5
Roccia, Bruno Antonio. „Desarrollo de simulaciones numéricas para el estudio del vuelo de micro vehículos aéreos de alas batientes inspirados en la biología“. Doctoral thesis, Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, 2013. http://hdl.handle.net/11086/1481.
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Tesis (DCI)--FCEFN-UNC, 2013Desarrolla de un modelo computacional completo para estudiar el vuelo de insectos y aves pequeñas. Este modelo fue construido acoplando: un modelo cinemático, uno aerodinámico no estacionario, un modelo dinámico no lineal, y una técnica para combinar dichos modelos
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Argûello, Marcos Exequiel. „Desarrollo de simulaciones numéricas de alta fidelidad para estudiar el comportamiento dinámico de un concepto de aeronave X-Hale-UAV“. Bachelor's thesis, Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales. Escuela de Ingeniería Aeronáutica, 2014. http://hdl.handle.net/11086/1991.
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Trabajo Final (IA)--FCEFN-UNC, 2014Desarrolla las ecuaciones de movimiento y una herramienta de simulación (simulaciones numéricas) de alta fidelidad que permita investigar el comportamiento dinámico (sin considerar la aerodinámica) de un modelo simplificado de un concepto de aeronave X-Hale-UAV
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Casas, Gómez Camilo Andrés. „Simulación Dinámica Molecular de Aleaciones Amorfas de Cu-Zr-Al“. Tesis, Universidad de Chile, 2010. http://www.repositorio.uchile.cl/handle/2250/102475.
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Gutiérrez, González Martín Gyovanny. „Simulación molecular del efecto iónico en polímeros de quitosano“. Tesis de Licenciatura, Universidad Autónoma del Estado de México, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11799/99081.
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La biofísica computacional se ha convertido en unas de las ramas más dinámicas de la
biología contemporánea, ocupándose principalmente del estudio de los procesos celulares a
nivel molecular, siendo su unidad fundamental de investigación las macromoléculas. Sin
embargo, el estudio del movimiento y comportamiento estructural de una macromolécula
muestra una notable dificultad.
Una de las alternativas más prometedoras para el estudio de sistemas biológicos es sin duda
la simulación molecular, tal como Dinámica Molecular (DM). La DM se ha convertido en
una de las herramientas numéricas más poderosas para estudiar propiedades termodinámicas
de macromoléculas como son las proteínas, polisacáridos y otras biomoléculas.
Este trabajo está enfocado en simular quitosano, biopolímero encontrado principalmente en
el exoesqueleto de crustáceos e insectos. El quitosano es utilizado principalmente en el
campo médico, alimenticio y cosmético gracias a propiedades como biocompatibilidad,
antifúngico, no toxico, entre otras.
En este trabajo, se estudió el quitosano en un ambiente salino mediante simulaciones
moleculares para conocer la interacción del quitosano con distintas concentraciones de sal
(NaCl), enfocándonos en el cambio estructural que sufre la cadena polimérica al variar el
grado de protonación y concentración salina. Se analizaron los diferentes comportamientos
que éstas presentan y como dichos comportamientos pueden afectar el autoensamblaje
molecular, una de las propiedades utilizadas más importantes del quitosano.
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Jofré, Escobar Javier Andrés. „Mejoramiento de la termoestabilidad de enzimas mediante dinámica molecular y análisis de componentes principales“. Tesis, Universidad de Chile, 2013. http://www.repositorio.uchile.cl/handle/2250/114024.
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Magíster en Ciencias de la Ingeniería - Mención QuímicaIngeniero Civil con Mención en Biotecnología
La industria biotecnológica precisa del uso de enzimas optimizadas, en particular, de termoestabiliad elevada ya que procesos industriales como la elaboración de biocombustibles de segunda generación requieren temperaturas de operación por sobre las temperaturas óptimas para la mayoría de las enzimas. El diseño de nuevas enzimas modificando enzimas ya existentes puede ser un proceso extensivo en términos experimentales y analíticos y no asegura necesariamente un grado determinado de mejora. En el presente trabajo se desarrolló una nueva herramienta para el mejoramiento de la termoestabilidad de enzimas con énfasis en dinámica molecular. Se diseñó un procedimiento para simular el comportamiento de la estructura de la proteína estudiada a tres diferentes temperaturas, 300, 350 y 400K. Se elaboró un nuevo índice de flexibilidad usando análisis de componentes principales, el valor if, que a partir de la simulación, permite determinar las regiones más flexibles y candidatas a ser rigidizadas para mejorar la termoestabilidad. Las estructuras de las variantes diseñadas a partir de lo anterior se simularon para evaluar su grado de mejora en términos de la flexibilidad y compactación. El procedimiento se validó mediante su aplicación a las estructuras de las enzimas Cel7A de Talaromyces emersonii y Cel7B de Melanocarpus albomyces. Se recuperaron regiones identificadas en otro estudio como flexibles y se encontraron nuevas regiones para ser rigidizadas. De la aplicación del procedimiento a la enzima Cel72 se obtuvieron 3 nuevas enzimas de las cuales dos mostraron reducir la compactación respecto de la nativa y una mostró reducir la flexibilidad de la estructura. Se diseñó una estrategia para mejorar la termoestabiliad de enzimas, fue posible identificar regiones flexibles y se vieron cambios en la flexibilidad y compactación de variantes respecto de sus enzimas nativas. El procedimiento aquí descrito tiene el potencial de ser una herramienta rápida y de bajo costo, sin embargo, se requerirá de ensayos de termoestabilidad de las enzimas aquí propuestas para validar experimentalmente el procedimiento.
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Bitrián, Varea Vicente. „Estudio de modelos de ión polarizables para sales fundidas mediante dinámica molecular“. Doctoral thesis, Universitat Politècnica de Catalunya, 2011. http://hdl.handle.net/10803/35682.
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La presente tesis es un estudio mediante simulaciones de dinámica molecular de los efectos de la polarización inducida en las propiedades de las sales fundidas, en concreto de los haluros de plata. Estas sales se caracterizan por exhibir en estado sólido conductividades iónicas excepcionalmente altas, comparables a las de los haluros alcalinos en fase líquida, lo que se conoce como comportamiento superiónico. Las aplicaciones tecnológicas de las sales superiónicas abarcan ámbitos diversos, como las baterías recargables de litio ligeras, las pilas de combustible o los sensores de gas.
Los modelos utilizados para reproducir el comportamiento de las sales fundidas pueden clasificarse en dos categorías, modelos de ión polarizable (PIM) o de ión rígido (RIM), según si incluyen o no los momentos dipolares inducidos en los iones. Si en los PIM se asume que los momentos dipolares son debidos únicamente al campo eléctrico creado por los demás iones, en determinadas circunstancias puede producirse la polarización catastrófica, que consiste en un crecimiento incontrolado de los momentos dipolares iónicos. Las causas de esta anomalía y las circunstancias en que tiene lugar han sido analizadas teóricamente, y para evitarla se ha propuesto un nuevo tipo de PIM en los que a la polarización inducida por el campo eléctrico se añade la debida a la deformación de las capas electrónicas de los iones como consecuencia de su solapamiento con las de los vecinos más próximos.
La influencia de la polarización en la estructura y el transporte iónico de AgBr y AgI fundidos se ha valorado comparando los resultados obtenidos con RIM y diversos PIM. Las propiedades simuladas con PIM en los que se tiene en cuenta la polarizabilidad de los aniones muestran un mejor acuerdo con los resultados experimentales, lo que permite concluir que la polarización juega un papel importante en estas sales. En particular, se consiguen reproducir los rasgos más característicos de los factores de estructura coherente estáticos obtenidos mediante la difracción de neutrones, como el triple rizado del pico principal de AgBr o el prepico de AgI. Las simulaciones permiten demostrar además que dicho prepico señala la existencia de una ordenación de medio alcance propiciada por la creación de zonas de baja densidad de cationes (o voids) como consecuencia de la inducción de polarización.
Se ha deducido el teorema de fluctuación-disipación para la función de respuesta dieléctrica en PIM, que revela que la respuesta de una sal a un campo eléctrico externo débil depende de las correlaciones en el equilibrio entre momentos dipolares. El comportamiento de las propiedades dieléctricas de AgI y NaI fundidos muestra diferencias importantes en función de si se incluyen o no los efectos de la polarización.
Además se han llevado a cabo simulaciones de AgI en estado sólido, que permiten reproducir el comportamiento superiónico de la fase -AgI, y se ha comenzado a estudiar de forma preliminar la estructura de CuI fundido, obteniendo de nuevo una mejora sustancial al tener en cuenta la polarización inducida en los iones de iodo.The present PhD Thesis is a molecular dynamics (MD) study of the effects of induced polarization on the properties of molten salts, in particular silver halides. These salts are notable for exhibiting exceptionally high values of ionic conductivity in solid phase, comparable to those of molten alkali halides. Such a behaviour is known as superionic. The technological applications of superionic salts are widespread, ranging from lightweight high-power-density lithium-ion batteries to fuel cells or gas sensors. The models used to reproduce the molten salts behaviour can be classified into two categories: polarizable ion models (PIM) or rigid ion models (RIM), depending on whether they include or not the dipole moments induced on the ions. The PIM in which it is assumed that dipole moments are only caused by the electric field created by other ions can yield, in certain situations, to an unphysical growth of ionic dipoles, known as polarization catastrophe. The causes of this anomaly, and the circumstances in which it takes place, have been studied analytically, and a new type of PIM has been suggested to solve it. In these new models, a contribution to the polarization is added to that induced by the electric field, due to the deformation of the electronic shells of the ions as a consequence of their overlap with nearest-neighbour shells. The influence of polarization on the structure and ionic transport of molten silver bromide (AgBr) and iodide (AgI) has been assessed by comparing the results obtained with RIM and several different PIM. The properties simulated with PIM in which anion polarizability is allowed for show an improved agreement with experimental results. This fact allows us to conclude that polarization plays a major role in these salts. In particular it is possible to reproduce the main features of the coherent static structure factors obtained experimentally by neutron diffraction, like the three-peak feature characteristic of AgBr or the prepeak in AgI. Furthermore, MD simulations are useful to suggest that this prepeak signals the existence of a medium-range order in the salt structure, related to the opening of low-density cationic regions (or voids) as a result of induced polarization. The fluctuation-dissipation theorem for the dielectric response function in PIM has been theoretically derived. It proves that the molten salt response to the application of a weak external electric field depends on the equilibrium correlations of charge- and dipole moment-density. Molten AgI and NaI dielectric properties show important differences if polarization effects are included or not in the model. Simulations of silver iodide in solid state have been also performed, that succeed in reproducing the superionic behaviour of -AgI phase. In addition, a preliminary study of the structure of molten CuI has been made that concludes that substantial improvement is obtained provided that polarization induced on iodide ions is considered in the description.
Bücher zum Thema "Simulaciones de dinámica molecular"
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Cinética y dinámica molecular química. Madrid,Spain: Eudema Universidad: Manuales, 1991.
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Capparelli, Alberto. Fisicoquímica básica. Editorial de la Universidad Nacional de La Plata (EDULP), 2013. http://dx.doi.org/10.35537/10915/27875.
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El presente texto cubre los aspectos fundamentales de un curso básico de Fisicoquímica General para estudiantes de Ciencias Exactas (Química, Bioquímica, Biotecnología y Farmacia), Ingeniería Química y ciencias afines. Si bien existen textos de carácter general, el que se propone aquí está basado en más de 30 años de actividad docente desarrollada por el autor en el ámbito de la la UNLP en este campo de la química. El libro, como tal, cubre aspectos básicos y aplicados de la fisicoquímica general, tratando de orientar al estudiante en aquellos temas que presentan mayores dificultades en la comprensión de los conceptos que se enseñan como parte de un curso básico e introductorio de fisicoquímica. En este aspecto, este libro no cubre los capítulos de estructura molecular, espectroscopía, termodinámica estadística y fisicoquímica de superficies. Por lo tanto, el texto se sustenta sobre tres aspectos centrales: la descripción macroscópica de los fenómenos, el establecimiento de correlaciones entre los fenómenos observados así como la formulación de hipótesis, modelos y teorías para explicar los hechos experimentales. Se busca mostrar las limitaciones implícitas en los modelos, con el fin de establecer una dinámica entre lo que se observa y lo que se pretende describir en términos de los mismos. En el desarrollo de los temas, la ejercitación y la resolución de problemas está incluida explícitamente en el texto, enfatizando los aspectos en los cuales el estudiante presenta sistemáticamente mayores dificultades de comprensión de las ideas centrales. Aquellos temas que se fundamentan en herramientas más elaboradas, se presentan en forma de Anexos para no entorpecer el desarrollo de los aspectos más básicos.
Buchteile zum Thema "Simulaciones de dinámica molecular"
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Macías, Alfredo, Jacinto Liendo und Ricardo Silva. „Un método híbrido (dinámica molecular / MonteCarlo) para modelar plasticidades sinápticas en células excitables“. In IV Latin American Congress on Biomedical Engineering 2007, Bioengineering Solutions for Latin America Health, 634–37. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2007. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-74471-9_147.
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Bonilla Millán, Fernando, Jhon Alexander Rodríguez Estrada und Oscar Eduardo Rojas Álvarez. „Interacciones intermoleculares de la proteína de membrana arf*gtp con potasio y glicerol, componentes mayoritarios de la vinaza de caña de azúcar“. In La contaminación industrial de aguas: Una mirada microbiológica y molecular, 47–92. Editorial Universidad Santiago de Cali, 2018. http://dx.doi.org/10.35985/9789585522381.2.
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La vinaza de caña de azúcar, al ser un residuo producido en altas cantidades derivado de los procesos industriales para la producción de Etanol, es una mezcla de compuestos que tiene una utilidad cíclica para matrices de suelos debido a su composición natural e industrial que recaen en las ventajas y desventajas de sus aplicaciones. El potasio y el glicerol, compuestos mayoritarios en su composición, son ligandos que ayudan a la conformación de complejos proteicos con la vinaza para tener alternativas en los usos industriales como aditivos para alimento animal y fertilizantes en matrices de suelos, muchos de estos, utilizados en cultivos de las mismas industrias. Estudios de química computacional permiten conocer propiedades intermoleculares entre la vinaza, el glicerol y el potasio mediante in-Interacciones intermoleculares de la proteína de membrana arf*gtp con potasio y glicerol, componentes mayoritarios de la vinaza de caña de azúcar teracciones moleculares estables convirtiéndola en una herramienta útil de evaluación de dichas propiedades y determinación de nuevas alternativas para usos industriales de este residuo. En esta investigación, se evaluó la dinámica de las interacciones intermoleculares entre el modelo proteínico tridimensional extraído del archivo de la base de datos de proteínas (PDB) por sus siglas en inglés, del modelo (2KSQ), el cual consiste en una proteína de membrana de la Echoli llamado Arf*GTP, con dos ligandos como potasio y glicerol mediante dinámica molecular utilizando un software llamado Dinámica Molecular Escalable por sus siglas en inglés, NAMD1. Se observaron y evaluaron las interacciones intermoleculares por medio del software llamado Visor de Dinámica Molecular por sus siglas en in-glés, VMD2 de la molécula modelada de la proteína de membrana Arf*GTP con componentes mayoritarios, tales como, el potasio y el glicerol en un ambiente solvatado definido e implícito de modelo de caja de agua (TIP3) con el fin de identificar y caracterizar las fuerzas intermoleculares, equilibrio en trayectorias, fluctuaciones atómicas, afinidades, constantes de velocidad e interacciones Arf*GTP-Potasio, Arf*GTP-Glicerol y Arf*GTP-Potasio-Glicerol en el contexto de usos industriales de la vinaza como alimento animal y fertilizantes. Final-mente, se observó que los tres complejos Arf*GTP se ven favorecidos por afinidades posicionales de los ligandos como los aminoácidos GLN 155, para el caso del potasio, y para los gliceroles lo fueron GLY 27 y LYS 127, como también, apantallamientos de algunos átomos de los aminoácidos con los ligandos. Con esta investigación, se busca tener más información acerca de las interacciones intermoleculares y constantes de velocidad, equilibrio de trayectorias y afinidades químicas de la proteína de membrana Arf*GTP con otros ligandos orgánicos e inorgánicos que aporten nuevas alternativas industriales para el uso de la vinaza de caña de azúcar.
Konferenzberichte zum Thema "Simulaciones de dinámica molecular"
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Reyes, Yuri. „Estudio de la agregación biocoloides por dinámica molecular“. In Conferencia Interdisciplinaria de Avances en Investigación. Lerma Estado de México, México: Universidad Autónoma Metropilitana, Unidad Lerma, 2018. http://dx.doi.org/10.24275/uam/lerma/repinst/ciai2018/000224.
Der volle Inhalt der QuelleBerichte der Organisationen zum Thema "Simulaciones de dinámica molecular"
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Acevedo, Ivonne, Francesca Castellani, Giulia Lotti und Miguel Székely. Informalidad en los tiempos del COVID-19 en América Latina: Implicaciones y opciones de amortiguamiento. Inter-American Development Bank, April 2021. http://dx.doi.org/10.18235/0003220.
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Este documento analiza la dinámica del mercado laboral en América Latina durante la pandemia del COVID-19. Después de una década en un círculo virtuoso de crecimiento con creación de empleos formales, la pandemia tuvo un impacto sin precedentes en el mercado laboral de la región, generando un crecimiento inusitado en la proporción de población en situación de inactividad, con reducciones considerables en la informalidad, y en cambio, fluctuaciones menores en los empleos formales. En este contexto el sector formal, dada su menor flexibilidad, se convirtió en una “red de protección social” que preservó la estabilidad del empleo y de los salarios. Las estimaciones indican que a partir de 2021 la informalidad crecerá a niveles superiores a los de la era pre-COVID (con 7.56 millones de empleos informales adicionales), como resultado del regreso de la población al mercado laboral para compensar la caída en los ingresos. De acuerdo con las simulaciones presentadas, posponer o condonar pagos de impuesto sobre la renta y contribuciones a la seguridad social condicionados a la generación de empleos formales podría reducir el crecimiento de la informalidad entre 50% y 75%; y lograr mejoras educativas tiene potencial para aminorarlo del 50%.