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Dissertationen zum Thema „Transcriptomique en cellule unique“

Autor: Grafiati
Veröffentlicht am 25. Mai 2024

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Alberge, Jean-Baptiste. "Étude des mécanismes de l'initiation et de la progression du myélome multiple par transcriptomique en cellule-unique et cartographie de l'hydroxyméthylome." Thesis, Nantes, 2021. http://www.theses.fr/2021NANT1006.

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Le myélome multiple (MM) est une tumeur hématologique causée par la prolifération incontrôlée de plasmocytes à longue durée de vie. L’hétérogénéité génomique du MM est caractérisée par une diversité importante des altérations génétiques somatiques, des modifications épigénétiques, et des programmes transcriptionnels dont l’articulation reste mal comprise et que nous explorons en trois axes. Nous montrons que (1) l’ADN du MM est globalement appauvri en 5-hydroxyméthylcytosine (5hmC) par rapport à l’ADN de plasmocytes non-tumoraux. Le faible niveau global de 5hmC dans l’ADN corrèle avec l’agress
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Bonnaffoux, Arnaud. "Inférence de réseaux de régulation de gènes à partir de données dynamiques multi-échelles." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSEN054/document.

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L'inférence des réseaux de régulation de gènes (RRG) à partir de données d'expression est un défi majeur en biologie. L’arrivée des technologies de mesure de transcriptomique à l’échelle de la cellule a suscité de nombreux espoirs, mais paradoxalement elles montrent une nouvelle complexité du problème d’inférence des RRG qui limite encore les approches existantes. Nous avons commencé par montrer, à partir de données d'expression en cellules uniques acquises sur un modèle aviaire de différenciation érythrocytaire, que les RRG sont des systèmes stochastiques à l'échelle de la cellule et qu'il y
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Ruiz, Garcia Sandra. "Appréhender l'hétérogénéité cellulaire et la dynamique de différenciation des épithéliums des voies aériennes au moyen de signatures transcriptionnelles sur cellule unique." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4204/document.

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Les voies aériennes humaines sont bordées d'un épithélium pseudostratifié composé principalement de cellules basales et de cellules pyramidales parmi lesquelles figurent les cellules sécrétrices de mucus et les cellules multiciliées. Toutes ces cellules contribuent à la clairance mucociliaire des voies respiratoires. Cet épithélium se régénère lentement dans des conditions homéostatiques, mais il est capable de se régénérer rapidement après agression grâce à des processus de prolifération, de migration, de polarisation et de différenciation. Chez les patients atteints de maladies respiratoires
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Marcy, Guillaume. "Etude des spécificités transcriptionnelles et de la compétence des progéniteurs neuraux postnataux du cerveau antérieur chez la souris." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018PSLEP070/document.

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Lors du développement, la coordination d’évènements moléculaires et cellulaires mène à la production du cortex qui orchestre les fonctions sensori-motrices et cognitives. Son développement s’effectue par étapes : les cellules gliales radiaires (RGs) – les cellules souches neurales (NSCs) du cerveau en développement – et les cellules progénitrices de la zone ventriculaire (VZ) et de la zone sous ventriculaire (SVZ) génèrent séquentiellement des vagues distinctes de nouveaux neurones qui formeront les différentes couches corticales. Autour de la naissance, les RGs changent de devenir et produise
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Lehmann, Nathalie. "Development of bioinformatics tools for single-cell transcriptomics applied to the search for signatures of symmetric versus asymmetric division mode in neural progenitors." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2021. http://www.theses.fr/2021UPSLE070.

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Ces dernières années, l’émergence des approches en cellules uniques (scRNA-seq) a favorisé la caractérisation de l’hétérogénéité cellulaire avec une précision inégalée. Malgré leur démocratisation, l’analyse de ces données reste complexe, en particulier pour les organismes dont les annotations sont incomplètes. Au cours ma thèse, j’ai observé que les annotations génomiques du poulet sont lacunaires, ce qui engendre la perte d’un grand nombre de lectures de séquençage. J’ai évalué à quel point une annotation améliorée affecte les résultats biologiques et les conclusions issues de ces analyses.
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Cussat-Blanc, Sylvain. "Créatures Artificielles : Développement d'Organismes à partir d'une Cellule Unique." Phd thesis, Université des Sciences Sociales - Toulouse I, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00449673.

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Le développement de créatures artificielles est un domaine de recherche en plein essor. Depuis plus de vingt ans maintenant, de nombreuses techniques sont apparues afin de simuler à plusieurs niveaux des êtres artificiels : en commençant par la simulation de leur comportement au début des années 90, on a ensuite continué en modifiant leur morphologie pour qu'elle soit adaptée à leur environnement. Plus récemment, l'embryogenèse artificielle s'inspire des mécanismes de développement du vivant afin de générer de petites créatures de quelques dizaines à plusieurs centaines de cellules. Le but de
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Caccianini, Laura. "Imagerie de l'architecture dynamique de la chromatine dans la cellule unique." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2019. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02896692.

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La structure de la chromatine joue un rôle crucial dans la régulation de plusieurs fonctions cellulaires chez les cellules de mammifères. Perturber l’organisation spatiale de la chromatine peut avoir des conséquences dramatiques sur la vie d’une cellule et peut amener`des pathologies graves chez les organismes. Deux facteurs nucléaires, CTCF et Cohesine, sont parmi les principaux acteurs dans la régulation et le maintien de l’architecture de l’ADN. Des avancements importants ont révélé ́la complexité ́des mécanismes qui régulent l’organisation de la chromatine, mais le domaine manque encore d
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Bontoux, Nathalie. "Analyse du transcriptome d'une cellule unique à l'aide d'une puce microfluidique." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066600.

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Farina, Francesca. "Transport de l'ADN dans le cytoplasme d'une cellule eucaryote." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066283.

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Nous avons étudié le trafic intracellulaire de l’ADN nu dans la cellule eucaryote. Dans ces dernières années, des molécules d’ADN exogène ont été utilisées en thérapie génique et chimiothérapie. À présent nous ne savons pas par quelle voie ces molécules d’ADN atteignent le noyau des cellules. Pour étudier ce phénomène, nous avons utilisé le suivi de molécule unique nous permettant d’observer la dynamique d'une molécule d’ADN nu dans le cytoplasme d’une cellule eucaryote. La molécule choisie comme modèle est le Dbait, un fragment d’ADN double-brin développée à l’Institut Curie comme adjuvant de
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Senecal, Adrien. "Régulation transcriptionnelle du proto-oncogène c-Fos à l’échelle de la cellule unique." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066786.

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Le niveau d’expression des 21 000 gènes que comporte une cellule humaine doit être très précisément régulé en fonction de nombreux signaux extra- et intracellulaires. A ce titre, des défauts dans le contrôle de l’expression génique sont souvent impliqués dans des maladies comme les cancers. Le choix des gènes, ainsi que leurs niveaux d’expression, sont le résultat de la régulation de l’ARN polymérase II par une combinaison de facteurs de transcription. Généralement, ces évènements sont étudiés sur de larges populations cellulaires, masquant d’éventuelles variations entre cellules d’une même po
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Cruard, Jonathan. "Le Myélome Multiple et son environnement immunitaire à l’échelle de la cellule unique." Electronic Thesis or Diss., Nantes Université, 2023. http://www.theses.fr/2023NANU1033.

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Le Myélome Multiple (MM) est un cancer hématologique dont la cellule tumorale dérive du plasmocyte à longue durée de vie. Cette pathologie est caractérisée par une forte hétérogénéité à divers niveaux. Cette hétérogénéité comprend des altérations intrinsèques et extrinsèques aux tumeurs, lesquelles ont un impact sur le pronostic des patients et leurs réponses aux traitements. L’apparition des technologies de séquençage en cellule unique nous permet aujourd’hui d’explorer de nouveaux aspects de cette diversité. Les travaux présentés ici explorent dans un premier temps la diversité de réponse à
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Meistermann, Dimitri. "Modélisation du développement préimplantatoire humain à partir de données de transcriptome de cellule unique." Thesis, Nantes, 2020. http://www.theses.fr/2020NANT1019.

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Le développement préimplantatoire humain s'étend de la fécondation à la nidation de l'embryon dans la paroi utérine. C'est au cours de cette période que les cellules embryonnaires font leur premier choix de destin cellulaire, passant d'une cellule à un embryon stratifié par trois types cellulaires. Cependant, la séquence d'événements au cours de ces toutes premières spécifications reste inconnu. Pour la comprendre, nous avons tout d'abord établi des lignées induites de cellules souches pluripotente naïves humaines. Grâce à des analyses transcriptomiques, nous avons montré que ces lignées in vi
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Pierrat, Sébastien. "Etude de l'adhésion cellulaire à différentes échelles de la molécule unique à la cellule." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066485.

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Moussy, Alice. "Caractérisation des premières étapes de différenciation des cellules hématopoïétiques à l'échelle de la cellule unique." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017PSLEP029/document.

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Bien que largement étudiés, les mécanismes fondamentaux de prise de décision dans les processus de différenciation cellulaire restent mal compris. Les théories déterministes, souvent basées sur des études populationnelles, atteignent rapidement leur limite lorsqu’il s’agit d’expliquer les différences de choix individuels de cellules, pourtant exposées au même environnement. L’objectif de ma thèse est donc d’étudier les premières étapes de la différenciation des cellules hématopoïétiques à l’échelle de la cellule unique, par des analyses transcriptomiques, protéomiques et morphologiques. Ce tra
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Meunier, Anne. "Méthodes analytiques pour la détection de phénomènes biologiques de sécrétion à l'échelle de la cellule unique." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00858915.

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De par leur excellente résolution spatiale et leurs propriétés particulières, les ultramicroélectrodes (UME) constituent des outils de choix pour l'étude de mécanismes biologiques de sécrétion à l'échelle de la cellule unique. En configuration " synapse semi-artificielle ", du fait de la faible distance qui sépare la cellule émettrice de l'UME, les molécules sont libérées dans un faible volume, induisant alors des concentrations suffisamment élevées pour être détectables par électrochimie. Ainsi, les UME offrent la possibiIité de mesurer des flux, même infimes, de molécules électroactives en t
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Bois, Nadège. "Développement d'un système de gouttes en microfluidique pour la récupération et l'étude de la cellule unique." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066776.

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Les études de populations de cellules permettent de comprendre les mécanismes biologiques, normaux ou pathologiques. Cependant, il faut tenir compte de la particularité des cellules au sein d’une même population. Leur hétérogénéité peut noyer des informations significatives. Il est donc essentiel de pouvoir étudier cellule par cellule les niveaux d’expression des gènes. Cet enjeu majeur en biologie reste un défi compte tenu de la faible quantité de matériel contenu dans une seule cellule. Le but de notre projet a donc été de développer des outils innovants et intégrés basés sur la microfluidiq
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Jacquey, Frédéric. "Développement d'une technique de microspectrophotométrie rapide destinée à l'étude des signaux ioniques cytoplasmiques sur cellule unique." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO10092.

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Un dispositif original de micro-spectrophotometrie rapide a ete developpe, permettant la mesure simultanee de la concentration en ions libres intracytoplasmiques (h#+, ca#2#+ et mg#2#+), du potentiel d'action, et de l'amplitude de la contraction, sur des cellules en culture ou isolees: un colorant sensible aux ions libres est injecte par une micro-electrode, utilisee egalement pour la mesure des potentiels membranaires et la stimulation electrique de la cellule. L'acquisition rapide des spectres d'absorption cellulaires entre 400 et 700 nm, a la cadence de 50 spectres par seconde, permet de su
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Seeleuthner, Yoann. "Rôle des protistes hétérotrophes marins dans le cycle du carbone océanique par génomique en cellule unique." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLE002/document.

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Les eucaryotes unicellulaires (protistes), ont des rôles extrêmement importants dans les cycles biogéochimiques des océans. Tout d’abord, bien qu’en moyenne moins abondants que les cyanobactéries, les protistes photosynthétiques représentent une grande part de la production primaire nette. Étant relativement plus faciles à mettre en culture, les organismes photosynthétiques sont relativement plus étudiés et leurs génomes représentent une grande fraction des génomes de protistes marins disponibles dans les bases de données. En revanche, les organismes hétérotrophes demandent un travail beaucoup
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Mary, Pascaline. "Génération de gouttes en microfluidique pour l'étude de la cellule unique, l'extraction liquide-liquide et la vectorisation." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2009. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00005739.

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La génération contrôlée et à haut débit de gouttes de volume caractéristique un nanolitre dans des canaux microfluidiques permet le suivi simultané de réactions dans des centaines de microréacteurs. En particulier, l'encapsulation d'une cellule par goutte ouvre la voie de l'étude de populations hétérogènes d'organismes biologiques au niveau de la cellule unique. Cette thèse décrit, dans une première partie, le développement d'un microsystème dédié à la mesure haut débit de l'expression de gênes d'intérêt de cellules individuelles isolées dans des gouttes, par la méthode de transcription invers
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Lu, Cong. "Analyse microélectrochimique du stress oxydant à l'échelle de la cellule unique : application aux cellules cancéreuses du sein." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00828217.

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Les quantités et flux infinitésimaux de biomolécules électroactives émises par une cellule unique isolée en boite de Pétri peuvent être mesurés en temps réel par une ultramicroélectrode placée au contact de la cellule sécrétrice. Le travail présenté dans ce manuscrit a pour but d'étendre cette méthodologie analytique d'utilisation des microélectrodes de carbone platiné à l'étude du lien entre stress oxydant et l'effet de substances anti-cancéreuses (FcdiOH, DP1 et Fc-OH-TAM) sur des cellules tumorales du sein. Le signal ampérométrique est collecté par une microélectrode de carbone platiné posi
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Crozatier, Cécile. "Contrôle et analyse électrochimique de la réactivité biologique à l'échelle de la cellule unique dans un dispositif microfluidique." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00178656.

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Les systèmes d'analyse miniaturisés sont particulièrement adaptés pour les analyses de cellules en faible nombre ou de cellules isolées. Une telle diminution du volume d'analyse permet une augmentation de la concentration locale et par conséquent une augmentation de la sensibilité des mesures effectuées. Les travaux présentés dans cette thèse se positionnent dans ce cadre en proposant un outil analytique novateur, couplant le contrôle dynamique des micro-environnements de la cellule par la microfluidique et l'analyse instantanée et locale des espèces en solution par l'électrochimie.<br />Grâce
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Trouchet, Amandine. "PCR digitale pour la détection et la caractérisation de micro-organismes pathogènes au niveau de la cellule unique." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC170/document.

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Nous avons pour but de développer un système microfluidique en gouttes, capable, à l’échelle de la cellule/bactérie unique, de détecter et de co-localiser plusieurs marqueurs génétiques, en utilisant une version digitale et multiplexée de la réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Les systèmes de PCR digitale actuellement commercialisés ne le permettent toujours pas. Un tel prototype garantira la présence de multiples marqueurs à l’intérieur d’un même génome, ce qui permettra l’identification du pathogène avec précision et un taux de faux-positifs proche de zéro. Comme première application
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Chen, Tong. "Développement de biocapteurs hyperfréquences microfluidiques pour la spectroscopie diélectrique non-invasive de la cellule unique : applications en cancérologie." Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/2172/.

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L'analyse biologique à l'échelle de la cellule unique, permettant la compréhension des mécanismes cellulaires, est de toute importance pour les domaines de la biologie, de la médecine et en particulier pour la cancérologie. Les microtechnologies ont ouvert la perspective de tels dispositifs et de nombreuses recherches sont en cours sur le développement de systèmes d'analyse non-invasive, rapide, sans marquage ni altération des cellules. La convergence de biocapteurs hyperfréquenes avec la microfluidique permet de répondre à ces challenges. Nous avons développé conjointement (1) des micro-dispo
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Guille, Manon. "Détection par microélectrodes de flux atto-à femtomolaires de neuromédiateurs sur cellule unique et dans un tissu vivant." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066207.

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Eid, Joelle. "Etude du relargage du VIH-1 en temps réel à l'échelle de la cellule unique par la Viro-fluidique." Thesis, Université de Montpellier (2022-….), 2022. http://www.theses.fr/2022UMONT007.

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Le cycle de réplication du VIH-1 débute par l’entrée du virus dans la cellule hôte et s’achève par la libération des particules virales dans le milieu extracellulaire. L’étape cruciale de libération virale reste peu étudiée car elle nécessite une étude à l’échelle de la cellule unique. En effet, la quantification de la production virale réalisée à partir de populations de cellules dont les cinétiques de réplication du VIH-1 sont très hétérogènes, donnerait des résultats approximatifs. C’est pourquoi nous avons développé une approche microfluidique qui permet d’étudier la dynamique du relargage
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Martineau, Eugénie. "Linking single cell directionality to dynamic multicellular transitions in Myxococcus xanthus : a multiscale analysis." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0089.

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La δ-proteobactérie Myxococcus xanthus est étudiée depuis des décennies pour sa capacité à s’auto-organiser en réponse à des stimuli environnementaux. Cette bactérie colonise des niches écologiques favorables grâce à sa capacité à se mouvoir sur des surfaces. Cette motilité lui permet d’avoir un comportement prédateur envers des organismes proies, alors qu’en absence de nutriments, elle met en place un processus développemental permettant la formation de corps fructifères contenant des myxospores résistant aux stress environnementaux. Tous ces comportements multicellulaires requièrent un contr
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Fiszman, Nicolas. "Etude de cinétique de la traduction eucaryote à l'échelle de la molécule unique." Phd thesis, Palaiseau, Institut d'optique théorique et appliquée, 2013. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00939858.

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La synthèse des protéines est un mécanisme central de la vie cellulaire dont la compréhension est un enjeu du domaine biomédical. Les études en molécule unique permettent d'observer chaque système réactionnel individuellement et donnent accès à des évènements asynchrones difficilement observables en mesure d'ensemble, tels la traduction de protéines.Cette thèse présente les premiers résultats en molécule unique sur la traduction par un ribosome eucaryote (mammifère). Nous observons les systèmes traductionnels grâce à des marqueurs fluorescents liés à des oligonucléotides pouvant s'hybrider sur
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Rodrigues, Peixoto Antonio José. "Stratégies de différenciation des lymphocytes T CD8 intervenant au cours d'une réponse immunitaire in vivo : étude au niveau d'une cellule unique." Paris 5, 2005. http://www.theses.fr/2005PA05N20S.

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Ce travail a consisté en la caractérisation de la différenciation des cellules T CD8 après immunisation in vivo. Dans un premier temps nous avons développé des outils nécessaires pour cette étude : La single-cell multiplex quantitative RT-PCR. Cette méthode nous a permis d'avoir un nouveau regard sur la différenciation des cellules T CD8 in vivo. L'acquisition de l'activité cytolytique par les cellules T naïves après immunisation est acquise uniquement lorsque les cellules uniques co-expriment des molécules cruciales pour la fonction effectrice. De plus, ceci n'est pas un phénomène synchrone.
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Geisler, Hubert. "Structuration d'hydrogels thermoactivables pour l'analyse de cellules uniques." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2020. http://www.theses.fr/2020UPSLS001.

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Dans cette thèse est présentée une nouvelle technologie microfluidique de capture de cellules uniques basée sur l’utilisation d’hydrogels thermoactivables. Nous utilisons notamment le PolyNIPAM, un polymère dont le volume est augmenté dans l'eau de 400% lorsque la température est inférieure à 32°C et est dégonflé lorsque la température est supérieure à 34°C. Nous exploitons ce gonflement réversible pour ouvrir et fermer des compartiments intégrés dans une chambre microfluidique.Le greffage et la structuration de ces motifs d’hydrogel repose sur la chimie click thiol-ène, initiée par voie therm
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Ben, Meriem Zacchari. "Memory of stress response in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC311.

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La mémoire cellulaire est une capacité critique dont font preuve les micro-organismes pour s'adapter aux fluctuations environnementales potentiellement néfastes. Chez l'eucaryote unicellulaire S. cerevisiae, il a été montré à l’échelle d’une population que la mémoire cellulaire peut prendre la forme d'une réponse plus rapide ou moins prononcée suite à des stress répétés. Nous présentons ici une étude sur la façon dont les levures réagissent à des stress hyperosmotiques de courte durée à l’échelle de la cellule unique. Nous avons analysé le comportement dynamique du promoteur STL1, exprimé en c
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Ducousso, Mathieu. "Acoustique picoseconde dans une cellule biologique individuelle." Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00537030.

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L'acoustique picoseconde est une technique qui permet de générer et de détecter des ondes acoustiques de longueur d'onde submicrométrique par l'utilisation d'impulsions lumineuses ultrarapides (100 fs). Si la technique commence à être appliquée industriellement pour le contrôle non-destructif de films solides micrométriques, comme les microprocesseurs, très peu d'études concernent son application aux milieux liquides ou mous, malgré son potentiel unique pour les mesures acoustiques très hautes fréquences (supérieur à la dizaine de GHz). Ce travail de thèse dresse un premier panorama d'applicat
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Brisset, Sophie. "Apport de l'hybridation génomique comparative (CGH) sur puce en cytogénétique constitutionnelle : applications à l'étude de remaniements télomériques et à l'analyse chromosomique d'une cellule unique." Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05N03S.

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L'hybridation génomique comparative (CGH) sur chromosomes et sur puce à ADN (CGH microrray) permettent une analyse globale des déséquilibres chromosomiques du génome. La première partie de ce travail a concerné l'étude de remaniements télomériques par CGH sur puce. Nous avons analysé par les deux techniques de CGH des fœtus à nuque épaissie. La CGH sur puce nous a permis de caractériser précisément un remaniement chromosomique déséquilibré diagnostiqué chez un fœtus à nuque épaissie. La deuxième partie a concerné l'analyse CGH sur une cellule unique. Une première étape a été la mise au point d
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Foulon, Sophie. "Développement du séquençage ARN ciblé sur cellules uniques en microfluidique de gouttes et applications." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019PSLET037.

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Les technologies d'analyse à l'échelle de la cellule unique ont vu le jour il y a quelques années et sont depuis en constante évolution. Ces technologies permettent de mieux comprendre le fonctionnement d'ensemble de cellules très hétérogènes. Elles permettent par exemple de découvrir et suivre des sous types cellulaires, avec des applications en cancérologie ou encore en neurobiologie. Nous avons développé une technologie pour étudier le profil d'expression de gènes d'intérêt au niveau d'une cellule unique, en utilisant la microfluidique en gouttes. En limitant le nombre de gènes étudiés comp
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Aquino, Yann. "Bases génétiques et évolutives de la variabilité interpopulationnelle de la réponse immunitaire au SARS-CoV-2." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS488.

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Tous les humains ne sont pas égaux face au SARS-CoV-2. Les bases génétiques et immunologiques de ces différences inter-individuelles commencent à être déchiffrées, mais les prédicteurs de différences immunitaires face au SARS-CoV-2 entre populations restent méconnus. Dans ce contexte, nous rapportons des données de séquençage d'ARN en résolution cellule unique sur des cellules mononucléaires du sang périphérique provenant de 222 donneurs sains de diverses origines, qui ont été stimulées par le SARS-CoV-2 ou le virus de la grippe. Nous montrons que le SARS-CoV-2 induit une activité moins forte,
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Ozier-Lafontaine, Anthony. "Kernel-based testing and their application to single-cell data." Electronic Thesis or Diss., Ecole centrale de Nantes, 2023. http://www.theses.fr/2023ECDN0025.

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Les technologies de sequençage en cellule unique mesurent des informations à l’échelle de chaque cellule d’une population. Les données issues de ces technologies présentent de nombreux défis : beaucoup d’observations en grande dimension et souvent parcimonieuses. De nombreuses expériences de biologie consistent à comparer des conditions.L’objet de la thèse est de développer un ensemble d’outils qui compare des échantillons de données issues des technologies de séquençage en cellule unique afin de détecter et décrire les différences qui existent. Pour cela, nous proposons d’appliquer les tests
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Nissant, Antoine. "Caractérisation des canaux chlorures de la membrane basolatérale du néphron distal de souris." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066450.

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Santamaria, Kathleen. "Etude de l’hétérogénéité des centrocytes humains à travers l’expression du CD23 : différenciation en plasmablastes et expression d’une signature minimale transcriptionnelle au niveau cellule-unique comportant DEC2." Thesis, Rennes 1, 2020. http://www.theses.fr/2020REN1B038.

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La différenciation terminale des lymphocytes B à travers le centre germinatif conduit à la production de cellules sécrétrices d’anticorps : les plasmocytes (PC) à longue durée de vie et de haute affinité pour l’antigène. Cette réaction implique la formation d’une microstructure anatomique qui comprend une zone sombre : lieu d’intenses proliférations des centroblastes et de maturation d’affinité de leur BCR, et une zone claire dans laquelle ont lieu les commutations de classes isotypiques du BCR et la sélection des centrocytes (CC). Ce processus est finement contrôlé par les lymphocytes T folli
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Koh, Alaric C. W. "Analyses électrochimiques d’espèces réactives de l’oxygène et de l’azote produites par un macrophage immunostimulé." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066465.

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La libération des espèces réactives de l’oxygène de l’azote (ROS/RNS) par des macrophages immunostimulés a été suivie en temps réel avec des microélectrodes de carbone platiné. Les mesures à potentiels constants ont montré que des macrophages activés par IFN-γ/LPS et/ou PMA produisent principalement le ONOO−, NO•, NO2− et/ou H2O2. Sous activation par IFN-γ/LPS, la majorité de ces espèces semblait être dérivée d’une co-production de NO• et d’O2•− par la NOS inductible. Ce travail a fourni la première preuve directe de la libération d’ONOO− par les macrophages immunostimulés. De plus, des mesure
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Rey, Camille. "Cytosolic bacterial subversions of mucosal immunity : a study of microfold (M) cell and enterocyte infections by S. flexneri and L. monocytogenes." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. https://theses.md.univ-paris-diderot.fr/Rey_camille_1_va_20180321.pdf.

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Les pathogènes bactériens cytosoliques S. flexneri et L. monocytogenes échappent à l'immunité extracellulaire de la muqueuse en induisant leur entrée et leur mode de vie intracellulaire dans l'épithélium intestinal. Dans leur cellule hôte, ils peuvent rapidement s’échapper de leur vacuole d'internalisation, envahir le cytosol et éviter l’élimination par la dégradation cellulaire en se propageant directement de cellule à cellule.Afin d’initier l’invasion intestinale, ces deux pathogènes ciblent les cellules M préleveusesd'antigènes qui recouvrent les sites d'induction immunitaire. Toutefois le
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Saviano, Antonio. "Physiopathologie du foie à l'échelle de la cellule unique : caractérisation de l'hétérogénéité cellulaire et identification de nouvelles cibles thérapeutiques dans les maladies hépatiques chroniques et le cancer hépatocellulaire." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ093.

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Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est parmi les principales causes de mortalité dans le monde et les traitements disponibles sont insuffisants. Ceci est dû à la connaissance limitée de la complexité biologique et du microenvironnement hépatiques en situation normale et pathologique. Pour répondre à ces besoins, nous avons développé un protocole de séquençage d’ARN sur cellule unique (scRNA-seq) à partir de tissus primaires de foie humain. Nous avons assemblé un atlas de cellules du foie humain et comparé le profil scRNA-seq du foie normal au profil du CHC. L’atlas a révélé l’hétérogénéité au
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Grosselin, Kevin. "Cartographie épigénétique de cellules cancéreuses résistantes rares par microfluidique en gouttelettes." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018PSLET015.

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La nature dynamique de la chromatine est un acteur majeur de la régulation de la transcription et est suspectée de contribuer à l'évolution tumorale. L'étude des modifications de la chromatine à l'échelle de la cellule unique est indispensable pour comprendre l'impact de la plasticité épigénétique au cours de la tumorigénèse.Dans ce manuscrit, je décris le développement d'un système basé sur la microfluidique en gouttelettes permettant d'obtenir la cartographie des modifications de la chromatine à l'échelle de la cellule unique.Le système a été évalué pour cartographier des modifications d'his
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Vandecasteele, Marie. "Interactions locales (synapses chimiques et électriques) entre les neurones dopaminergiques de la substance noire compacte." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066323.

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Galindo, González Luis Javier. "Deep eukaryotic phylogenomics : the holomycota branch Combined cultivation and single-cell approaches to the phylogenomics of nucleariid amoebae, close relatives of fungi Evolutionary Genomics of Metchnikovella incurvata (Metchnikovellidae): an early Branching Microsporidium A new fungal clade helps reconstructing the tree of Fungi and the evolution of the flagellum in Holomycota Ancient Adaptive Lateral Gene Transfers in the Symbiotic Opalina–Blastocystis Stramenopile Lineage." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS050.

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La plupart de la diversité biologique est en réalité microbienne. L'arbre phylogénétique des eucaryotes comprend plusieurs grands supergroupes monophylétiques, dont les Opisthokonta. Ce groupe comprend deux branches, les Holozoa, qui inclut les animaux, et les Holomycota, qui regroupe les champignons et leurs parents unicellulaires. Bien que les champignons multicellulaires soient bien connus, nos connaissances sur la diversité des champignons unicellulaires et de leurs parents phylogénétiques restent limitées. Cette fraction unicellulaire comprend plusieurs lignées zoosporiques (par exemple c
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Bost, Pierre. "Decoding cellular communications and interactions between immune cells by using single-cell approaches." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2020SORUS020.pdf.

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Les communications cellulaires sont indispensables au bon fonctionnement des organismes multicellulaires, notamment pour s’adapter à un environnement changeant en permanence. Les cellules du système immunitaire n’échappent pas à cette règle mais les interactions entre cellules immunitaires restent peu connues et compliquée à étudier. La récente apparition des technologies de séquençage dites ‘cellules uniques’ représente une opportunité unique pour étudier ces communications. Dans cette thèse, différentes approches expérimentales et analytiques ont été développées pour étudier ces communicatio
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Josephides, Joseph Mark. "Genome-wide link between DNA replication and genome instability at the single cell level." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2023. http://www.theses.fr/2023UPSLS059.

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La réplication de l'ADN est essentielle pour les cellules, car elle permet de créer les quelque 30 000 milliards de cellules qui composent le corps humain à partir d'un seul zygote lors de l'embryogenèse. De plus, tout au long de la vie humaine, la réplication continue de l'ADN et la division cellulaire sont nécessaires pour remplacer les cellules âgées, mortes ou endommagées. Par conséquent, il est crucial que le programme de réplication de l'ADN fonctionne correctement à chaque division cellulaire. Cependant, de nombreux facteurs de stress, à la fois exogènes et endogènes, remettent régulièr
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Deprez, Marie. "Étude de l’hétérogénéité cellulaire et des dynamiques de régénération de l’épithélium respiratoire sain par analyses des signatures transcriptionnelles sur cellules uniques." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019AZUR6022.

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Les progrès technologiques en séquençage haut débit et en manipulation cellulaire permettent d'analyser simultanément et indépendamment le contenu de nombreuses cellules (ARN, ADN,...). Cette révolution "omique" offre un nouveau cadre pour revisiter la "Théorie Cellulaire", essentiellement basée sur des caractéristiques morphologiques et fonctionnelles. Les nombreuses modalités cellulaires désormais accessibles au niveau de la cellule unique, telles que leur transcriptome, leur localisation spatiale, leurs trajectoires développementales, enrichissent considérablement cette définition, et établ
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Chen, Wenli. "Spectroscopie diélectrique hyperfréquence de cellules uniques cancéreuses : de l'optimisation du capteur en sensibilité et répétabilité jusqu'au suivi en temps réel de stimuli chimiques." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30219/document.

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La mesure de cellules biologiques constitue une étape de routine dans de nombreuses investigations en biologie. Les techniques actuelles utilisées par les biologistes sont principalement basées sur l'utilisation marqueurs optiques de coloration ou fluorescents, qui fournissent des observations moléculaires et cellulaires très précises et efficaces. Dans ce contexte, la spectroscopie diélectrique micro-ondes pour analyse cellulaire constitue une méthode nouvelle et attrayante, en raison du manque de préparation et manipulation des cellules, sans besoin d'ajout de produits chimiques, qui pourrai
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Boone, Nathalie. "Les cellules souches olfactives humaines : un nouveau modèle d'étude des mécanismes à l'origine d'une maladie neurodégénérative, la dysautonomie familiale." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX20694.

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La dysautonomie familiale (FD) est une neuropathie héréditaire provoquée par des mutations au sein du gène IKBKAP, la plus commune d'entre elles induisant un épissage alternatif de l'exon 20 au sein de du pré-ARNm de façon tissu-spécifique. L'épissage aberrant est particulièrement prononcé dans les tissus nerveux, conduisant à la dégénerescence progressive des neurones sensoriels et autonomes. La spécificité de la perte des cellules nerveuses dans la FD est mal comprise, par manque d'un modèle approprié. Afin de mieux comprendre les mécanismes moléculaires de l'épissage des ARNm d'IKBKAP, nous
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Sun, Hui. "Développement d'une méthode microspectrophotométrique destinée à la mesure des concentrations ioniques cytoplasmiques sur cellule unique et étude physico-chimique des colorants microinjectés dans les myoballs de rat pour la détermination précise du pH et du magnésium libre cytoplasmiques." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO1T189.

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Tamra, Amar. "Spectroscopie diélectrique hyperfréquence de cellules individualisées sous électroporation." Thesis, Toulouse 3, 2017. http://www.theses.fr/2017TOU30011/document.

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L'électroporation est un procédé physique qui consiste à appliquer des impulsions de champ électrique pour perméabiliser de manière transitoire ou permanente la membrane plasmique. Ce phénomène est d'un grand intérêt dans le domaine clinique ainsi que dans l'industrie en raison de ses diverses applications, notamment l'électrochimiothérapie qui combine les impulsions électriques à l'administration d'une molécule cytotoxique, dans le cadre du traitement des tumeurs. L'analyse de ce phénomène est traditionnellement réalisée à l'aide des méthodes optique et biochimique (microscopie, cytométrie en
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