Gotowa bibliografia na temat „Régulation périodique”

Ayant constaté la nécessité de parvenir à des normes communes de régulation du commerce international des pesticides, les membres de la FAO ont, à partir de la 23 e session de l’Assemblée générale de la FAO en 1985, cherché à se doter d’un nouvel instrument encadrant le comportement des États dans ce domaine. Malgré de nombreuses révisions périodiques, le Code ne constituait pas encore le point d’application d’une réglementation juridique ambitieuse et compréhensive. L’objectif du présent travail est de montrer si ce résultat peut être obtenu par une réglementation juridiquement contraignante ( hard law ) au niveau international remplaçant l’actuelle réglementation molle ( soft law ) contenue dans le Code de 1985.

LA FIEVRE MEDITERRANEENNE FAMILIALE (FMF) EST UN DESORDRE HEREDITAIRE AUTOSOMIQUE RECESSIF QUI AFFECTE PRINCIPALEMENT LES POPULATIONS ORIGINAIRES DU BASSIN MEDITERRANEEN. CETTE MALADIE AUTO-INFLAMMATOIRE SE CARACTERISE PAR DES EPISODES RECURRENTS DE FIEVRE, ACCOMPAGNES DE DOULEURS ABDOMINALES, THORACIQUES ET ARTICULAIRES INTENSES. LA SURVENUE D'UNE AMYLOSE ENGAGE LE PRONOSTIC VITAL. LA COLCHICINE RESTE LE TRAITEMENT LE PLUS EFFICACE. NOTRE LABORATOIRE S'EST LANCE A LA DECOUVERTE DU GENE MEFV (MEditerranean FeVer) QUI FUT IDENTIFIE EN 1997 DANS LE CADRE D'UN CONSORTIUM FRANCAIS PAR CLONAGE POSITIONNEL ET ANALYSE FAMILIALE. A CE JOUR, PLUS DE 70 VARIANTS DE SEQUENCES SONT REPERTORIES DANS LA FMF. NOUS AVONS, ENTRE AUTRES, IDENTIFIE LA SEULE MUTATION NON-SENS Y688X. AFIN DE DETERMINER LE ROLE DE LA PROTEINE EN CAUSE (MARENOSTRIN/PYRIN) DANS L'INFLAMMATION AU NIVEAU MOLECULAIRE, NOUS AVONS QUANTIFIE PAR RT-PCR LES TRANSCRITS DE MEFV CHEZ DES PATIENTS ATTEINTS DE FMF. D'UNE MANIERE INTERESSANTE, NOUS AVONS MIS EN EVIDENCE QUE L'EXPRESSION RELATIVE DU GENE EST DIMINUEE EN FONCTION DU GENOTYPE ET DU PHENOTYPE. DE LA MEME FACON, L'EXPRESSION DE CERTAINES CYTOKINES PRO-INFLAMMATOIRES A ETE ETUDIEE ET SE REVELE SIGNIFICATIVEMENT PLUS ELEVEE CHEZ LES PATIENTS QUE CHEZ LES SUJETS SAINS. POUR COMPRENDRE LES MECANISMES QUI REGULENT CETTE EXPRESSION, NOUS AVONS TOUT D'ABORD LOCALISE LE SITE D'INITIATION DE LA TRANSCRIPTION PAR PRIMER EXTENSION ET CARACTERISE LE PROMOTEUR DU GENE MEFV PAR UN SYSTEME RAPPORTEUR TYPE LUCIFERASE. PAR LA SUITE, L'ANALYSE FONCTIONNELLE DE CE PROMOTEUR NOUS A PERMIS DE MONTRER QUE CERTAINS VARIANTS ENTRAINENT UNE DIMINUTION DE L'EXPRESSION DE GENE, VIA PROBABLEMENT LE RECRUTEMENT DE FACTEURS SPECIFIQUES DE PROMOTEURS MYELOIDES. CE TRAVAIL SUGGERE QUE LA PHYSIOPATHOLOGIE DE LA FMF POURRAIT RESULTER D'UNE DEREGULATION DE L'EXPRESSION DE GENE MEFV ET DES CYTOKINES. AINSI ET EN ACCORD AVEC LA LITTERATURE, L'IMPLICATION DE PYRIN/MARENOSTRIN DANS LE PROCESSUS INFLAMMATOIRE PEUT ETRE ENVISAGEE.

Les inflammasomes sont des complexes protéiques intracellulaires qui ont un rôle majeur dans l'immunité innée. Leur activation conduit à la mort de la cellule dans un contexte hyperinflammatoire. Compte-tenu des effets potentiellement délétères, tissulaires et systémiques, les inflammasomes sont strictement régulés. A l'heure actuelle, la compréhension des mécanismes conduisant à leur activation et leur régulation reste partielle. Dans une première partie de cette thèse, nous avons utilisé une technique de biotinylation proximale (BioID) pour identifier les protéines interagissant avec l'inflammasome. Nous avons identifié 111 protéines dont la relation étroite avec l'inflammasome était vraisemblable. Parmi ces 111 protéines, 25% avaient d'ailleurs déjà été décrites comme des protéines interagissant avec le complexe. L'identification d'un adaptateur majeur de l'autophagie, p62/sequestosome-1 (p62), nous a conduit à focaliser notre attention sur son rôle dans la régulation de l'inflammasome. Nous avons d'abord démontré que l'interaction entre p62 et l'inflammasome existait, sur le plan biochimique. Par la suite, nous avons prouvé que p62 était un substrat du complexe et que l'activation de ce dernier entrainait le clivage de p62 au niveau d'un résidu aspartique en position 329. Enfin, nous avons caractérisé les conséquences fonctionnelles de ce clivage, en montrant que les fragments protéiques générés entrainaient une régulation positive ou négative du complexe. Nous avons alors émis l'hypothèse que p62 pourrait réguler l'inflammasome de manière différente selon le signal activateur. Dans une seconde partie, translationnelle, nous nous sommes intéressés aux conséquences des mutations dans la séquence de gènes codant les constituants de l'inflammasome ou des protéines régulatrices du complexe. Celles-ci sont à l'origine des maladies auto-inflammatoires monogéniques. Ces maladies sont caractérisées par des épisodes récurrents de fièvre associés variablement à d'autres symptômes systémiques. La plus fréquente est la fièvre méditerranéenne familiale (FMF), avec une prévalence estimée entre 1 et 5 pour 10 000 habitants en France. Les mutations du gène MEFV, codant la pyrine, sont à l'origine de la FMF. La pyrine peut induire la formation d'un inflammasome spécifique. Récemment, le mécanisme d'activation de l'inflammasome pyrine a été mieux caractérisé : certaines toxines (comme la toxine B du Clostridium difficile, TcdB) induisent l'activation de l'inflammasome pyrine. Nous avons utilisé ces nouvelles connaissances afin d'explorer les conséquences de l'activation de l'inflammasome pyrine par la TcdB dans les monocytes des patients atteints de FMF, comparés aux monocytes de donneurs sains. Nos résultats indiquent que ces mutations induisent un abaissement du seuil d'activation de l'inflammasome pyrine. Par ailleurs, les corrélations génotype/phénotype indiquent qu'il existe un effet de dosage génétique, en lien avec le nombre d'allèles mutés. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour les patients atteints de FMF, tant dans la compréhension de la physiopathologie que dans la possibilité de mise au point de tests fonctionnels pour le diagnostic de la maladie
Inflammasomes are intracellular multiprotein complexes that have a major role in innate immunity. Their activation leads to hyperinflammatory cell death. In view of potentially deleterious effects, the inflammasomes are strictly regulated. At present, the understanding of the mechanisms leading to their activation and regulation remains partial. In a first part of this thesis, we used a technique of proximity-dependent biotinylation (BioID) to identify the proteins interacting with the inflammasome. We identified 111 proteins with a close relationship to the inflammasome. Among these 111 proteins, 25% had already been described as proteins interacting with the complex. The identification of a major adaptor of autophagy, p62/sequestosome-1 (p62), led us to focus our attention on its role in the regulation of inflammasome. We first demonstrated that the interaction between p62 and inflammasome was real, at the biochemical level. Subsequently, we proved that p62 was a substrate of the complex and that the activation of the latter led to the cleavage of p62 at the aspartate 329. Finally, we characterized the functional consequences of this cleavage and showed that the protein fragments generated led to a positive or negative regulation of the complex. We thus hypothesized that p62 could regulate the inflammasome differently according to the activator signal. In a second translational part, we looked at the consequences of mutations in the sequence of genes coding components of the inflammasome or proteins regulating it. These are the cause of monogenic auto-inflammatory diseases. These diseases are characterized by recurrent episodes of fever associated with other systemic symptoms. The most frequent is Familial Mediterranean Fever (FMF), with prevalence estimated at between 1 and 5 per 10 000 inhabitants, in France. Mutations of the MEFV gene, encoding pyrin, cause FMF. Pyrine may trigger the formation of a specific inflammasome. Recently, the mechanism of activation of the pyrin inflammasome has been better characterized: toxins (such as toxin B of Clostridium difficile, TcdB) induce the activation of the pyrin inflammasome. We used this new knowledge to investigate the consequences of TcdB on pyrin inflammasome activation in monocytes from FMF patients compared to monocytes from healthy donors. Our results indicate that these mutations induce a decreased threshold of activation of the pyrin inflammasome. In addition, genotype / phenotype correlations indicate a gene-dosage effect, related to the number of mutated alleles. These results open new perspectives for patients with FMF, in understanding the pathophysiology of the diseass and in developing functional diagnostic tests

Il existe différents scénarios dans lesquels on exige qu'un système fonctionne de manière périodique et, par conséquent, un besoin durable d'avoir un contrôleur capable de répondre à cette demande. On peut dire que l'approche la plus courante pour construire ces contrôleurs est le paradigme de conception du contrôle répétitif. Néanmoins, si les systèmes considérés souffrent de retards temporels et/ou de types particuliers de signaux périodiques, les directives du paradigme du contrôle répétitif peuvent être trop strictes et tirées par les cheveux pour être suivies. La thèse cherche des moyens alternatifs de construire le contrôleur dans le cadre du contrôle par modèle interne et étudie les structures ressemblant à celles du contrôle répétitif mais avec des variables libres différentes pour transférer de manière pratique les idées principales du contrôle périodique aux systèmes à retard temporel. La structure de contrôleur IMC proposée consiste en un inverse sans retard du modèle approximant le système, des filtres passe-bas pour assurer la pertinence du contrôleur et des retards temporels pour façonner la réponse en fréquence de la boucle fermée globale. La première proposition de conception utilise des filtres de troisième ordre et des retards groupés pour réaliser la régulation périodique de systèmes approximés par des modèles de premier ordre avec retard temporel. La motivation derrière cela est de répondre à la demande de flexibilité et de commodité dans les applications industrielles. La deuxième approche de conception considère un filtre construit sur la base des zéros et des pôles souhaités pour la sensibilité en boucle fermée. Un avantage notable de cette approche, contrairement à la première, est que les systèmes d'ordre élevé avec des retards peuvent en outre être traités analytiquement. La dernière conception considère un retard distribué ressemblant étroitement aux structures utilisées pour les contrôleurs répétitifs d'ordre élevé. Néanmoins, une différence notable est que les composants de retard groupés dans le retard distribué ne sont pas nécessairement liés à la période du signal ciblé. L'utilisation du retard fait varier le contrôleur de manière linéaire par rapport à ses paramètres, ce qui, par conséquent, favorise une approche de conception basée sur l'optimisation. Enfin, une théorie préliminaire basée sur la paramétrisation de Youla-Kucera est présentée comme une orientation future pour la recherche. Cette théorie révèle que les contrôleurs répétitifs et les contrôleurs basés sur IMC peuvent être considérés comme une réalisation particulière de la paramétrisation. De plus, ce paramètre montre que les méthodes de conception proposées pour le contrôle périodique peuvent être étendues aux systèmes instables à retard infini de dimension
There are various scenarios where one demands a system to operate in a periodic manner and, therefore, a lasting need to have a controller that can meet this demand. Arguably, the most common approach to construct these controllers is the Repetitive Control design paradigm. Nevertheless, if the considered systems suffer from time-delays and/or particular types of periodic signals, then the guidelines from the repetitive control paradigm may be too strict and far-fetched to follow. The thesis seeks alternative ways of constructing the controller in the Internal Model Control framework and studies the structures resembling that of the repetitive control but with different free-variables to conveniently carry over the main ideas for periodic control to time-delay systems. The proposed IMC controller structure consists of a delay-free inverse of the model approximating the system, low-pass filters to ensure the properness of the controller, and time-delays to shape the frequency response of the overall closed-loop. The first design proposition utilizes third-order filters and lumped delays to achieve the periodic regulation of systems approximated by first-order models with time-delay. The motivation behind this is to meet the demand for flexibility and convenience in industrial applications. The second design approach considers a filter constructed based on the zeros and poles desired for the closed-loop sensitivity. A notable advantage of this approach, in contrast to the first one, is that high-order systems with delays can be additionally addressed analytically. The last design considers a distributed delay closely resembling the structures used for high-order repetitive controllers. Nevertheless, a notable difference is that the lumped delay components within the distributed delay are not necessarily related to the period of the targeted signal. The use of the distributed delay makes the controller vary linearly with respect to its parameters, which, as a consequence, favors an optimization-based design approach. Finally, a preliminary theory based on Youla-Kucera parametrization is presented as a future direction for the research. This theory reveals that repetitive controllers and IMC-based controllers can be viewed as a particular realization of the Youla-Kucera parametrization. Moreover, this parameter shows that the proposed design methods for periodic control can be extended to unstable infinite-dimensional time-delay systems
Existují různé scénáře, kdy je vyžadováno, aby systém fungoval periodickým způsobem, a proto existuje trvalá potřeba mít regulátor, který tuto poptávku dokáže splnit. Pravděpodobně nejběžnějším přístupem ke konstrukci těchto regulátorů je návrhové paradigma opakovaného řízení. Pokud však uvažované systémy trpí časovými zpožděními a/nebo určitými typy periodických signálů, pak mohou být pokyny z paradigmatu opakovaného řízení příliš přísné a přitažené za vlasy, než aby se daly dodržovat. Práce hledá alternativní způsoby konstrukce regulátoru v rámci Internal Model Control a studuje struktury podobné repetitivnímu řízení, ale s různými volnými proměnnými, aby bylo možné pohodlně přenést hlavní myšlenky periodického řízení do systémů s časovým zpožděním. Navrhovaná struktura IMC regulátoru sestává z bezprodlevové inverze k modelu aproximujícího systém, dolních propustí pro zajištění správnosti regulátoru a časových zpoždění pro tvarování frekvenční odezvy celkové uzavřené smyčky. První návrh návrhu využívá filtry třetího řádu a koncentrovaná zpoždění pro dosažení periodické regulace systémů aproximované modely prvního řádu s časovým zpožděním. Motivací je splnit požadavky na flexibilitu a pohodlí v průmyslových aplikacích. Druhý návrhový přístup uvažuje filtr konstruovaný na základě nul a pólů požadovaných pro citlivost v uzavřené smyčce. Významnou výhodou tohoto přístupu, na rozdíl od prvního, je to, že systémy vyššího řádu se zpožděním lze dodatečně řešit analyticky. Poslední návrh uvažuje s distribuovaným zpožděním, které se velmi podobá strukturám používaným pro opakující se regulátory vysokého řádu. Nicméně významný rozdíl je v tom, že koncentrované složky zpoždění v rámci distribuovaného zpoždění nemusí nutně souviset s periodou cíleného signálu. Použití zpoždění způsobí, že regulátor se lineárně rozloží s ohledem na jeho parametry, což v důsledku upřednostňuje přístup návrhu založený na optimalizaci. Nakonec je představena předběžná teorie založená na parametrizaci Youla-Kucera jako budoucí směr výzkumu. Tato teorie odhaluje, že na repetitivní regulátory a regulátory založené na IMC lze pohlížet jako na konkrétní realizaci parametrizace Youla-Kucera. Tento parametr navíc ukazuje, že navrhované metody návrhu pro periodické řízení lze rozšířit na nestabilní systémy s nekonečně velkým časovým zpožděním

La cartographie des réseaux de régulation de la transcription des gènes et des mécanismes moléculaires impliqués sont des problématiques importantes pour les biologistes. Les ressources bibliographiques de biologie moléculaire sont une mine prodigieuse d’informations expérimentales qui couvrent l'état de l'art actuel dans le domaine de l’expression de gènes. Cependant en raison de la taille gigantesque que représentent les données textuelles du domaine, des méthodes automatisées doivent être mises au point afin d’explorer ces données de manière systématique. Dans cette thèse, nous proposons un ensemble de méthodes pour fouiller la littérature de biologie moléculaire et extraire les faits pertinents en relation avec l'expression de gènes humains. Nous présentons tout d'abord une procédure générique destinée à l’extraction d'entités nommées candidates à partir des textes. Celle-ci combine une approche d’identification à base de règles de groupes nominaux en tant qu’entités nommées candidates avec une étape de mise en correspondance au sein de dictionnaires expertisés et élaborés à partir de ressources terminologiques publiques. Des techniques de désambiguïsation spécifiques au domaine sont aussi présentées afin de déterminer la nature réelle de l’entité nommée identifiée. Nous détaillons ensuite une méthode qui permet à la fois d’extraire les relations pertinentes établies entre les entités nommées et de retrouver certaines caractéristiques de ces associations grâce à une analyse syntaxique dite profonde et l’utilisation de structures prédicat-arguments. Nous montrons que l'acquisition de la sémantique à partir de la syntaxe peut être séparée en deux phases distinctes afin de réduire le coût associé à la conception manuelle de règles d'extraction spécifiques au domaine. Finalement, les performances du système sont évaluées à l'aide d'un corpus annoté de pubIications complètes de biologie moléculaire. Les résultats sont prometteurs et malgré la nature hétérogène des données extraites, le système présente des performances à la fois homogènes et compatibles avec la montée en charge
Charting transcriptionally regulated networks of genes and gathering related molecular mechanisms are important issues for biologists- The molecular biology literature is a very rich mine of experimental information that encompasses the current state of knowledge in the gene expression domain. However, due to its tremendous size, automated methods must be devised in order to explore these data in a systemic way. In this thesis, we propose a method set for mining the molecular biology literature and extracting relevant facts about human gene expression regulation We first present a generic methodology to extract potential named entities from texts. This combines rule-based identification of noun phrases as candidate named entities with matching against manually cleaned dictionaries from public sources. Domain-specific disambiguation techniques are also reported in order to help classifying the true nature of an identified named entity. Then we detail a procedure for both retrieving relevant relationships between named entities and their associated features using a deep syntactic analysis and predicate-argument structures. We show that the acquisition of semantics from syntax can be split into several distinct phases so as to lessen the labour usually associated with the design of domain-specific extraction rules. Finally the performance of the system is evaluated using an annotated corpus of specialized full-text publications. The results are promising and despite the heterogeneous nature of the information to retrieve from the data set, the system exhibits homogeneous and highly-scalable performances

Cette thèse porte sur l'opérativité des discours circulants dans le monde de l'art contemporain international. Notre analyse se fonde sur le cas des discours sur les biennales dans les revues spécialisées. La première partie interroge le traitement des biennales en sociologie de l'art, à partir notamment des travaux de R. Moulin et A. Quemin. Nous proposons une lecture communicationnelle de leur analyse du fonctionnement des biennales, en mettant en lumière les limites de leur modélisaton de la circulation des valeurs artistiques dans le champ de l'art contemporain. Cette première approche nous permet de définir les biennales comme des dispositifs présentant une « situation de réception ouverte » et d'élargir notre périmètre d'analyse à la réception critique de ces manifestations. Les deux dernières parties de la thèse questionnent l'opérativité de la réception publicisée des biennales, à partir du cas des revues spécialisées. L'analyse des formes éditoriales d'apparition des biennales dans les revues montre leur rôle de légitimation : le pouvoir des biennales est un effet de leur représentation médiatique, ce qui invalide le schéma linéaire de circulation des valeurs proposé par les sociologues étudiés. Mais l'opérativité des revues dépasse la simple légitimation des biennales : ces dispositifs de représentation, en générant une tension et une interdépendance entre les positions d'acteurs (critiques et commissaires) jouent un rôle dans la régulation de ces positions et dans la construction des valeurs artistiques. Au terme de l'analyse, nous proposons un nouveau modèle de fonctionnement de l'univers des biennales. Les biennales et les revues sont des opérateurs d'institution de la configuration, fonctionnant comme des dispositifs d'énonciation. L'univers des biennales ou plus largement la scène internationale de l'art contemporain, doivent donc être envisagés comme des « configurations discursives » davantage que comme des « champs »
This thesis deals with the operativeness of discourses within the world of international contemporary art. The analysis is based on the cases of discourses about biennials in art magazines. The first part proposes a communicational approach to the analysis of the functioning of biennials by sociologists of art. The linear model of the circulation of artistic values they suggest is called into question. We aim at defining biennials as devices open to the viewer's experience. This leads us to enlarge the perimeter of the analysis to include critical discourses and the media coverage of these exhibitions. The last two parts of the thesis deal with the operativeness of the media coverage of biennials, from the case of contemporary art magazines. The analysis of the « editorial formats » of the discourses about biennials, shows the role of legitimization of such magazines : the power of biennials is produced as an effect of the process of media representation. This results refutes the linear model of the circulation of values suggested by sociologists of art. But the role of art magazines cannot be reduced to the mere function of legitimization : these « devices of representation » by generating tensions and interdependences between the positions of the actors (critics and curators) play a leading role in the regulation of these positions and in the building of artistic values. At the end of the analysis, we propose a new model for the functioning of the world of biennials : biennials and magazines work as enunciative devices, and may be regarded as operators of the institution of « social figuration ». Thus, the world of biennials – or more largely, the international scene of contemporary art – must be regarded as a « discursive figuration » rather as a « field »

Cette thèse s'intéresse à plusieurs aspects concernant la régulation génétique sur les plans théorique et expérimental. Un premier travail théorique qui s'inscrit dans le cadre de la modélisation des systèmes biologiques se propose de trouver des réseaux de régulation simples qui puissent répondre de manière optimale lorsqu'ils sont soumis à une stimulation périodique. Le réseau appelé ``Incoherent Feed Forward Loop'' s'est avéré présenter la propriété intéressante de laisser passer des trains de pulses au profil temporel particulier. Des extensions de ce motif (``Diamond'', ``Double Diamond''...) ont été suggérées pouvant également présenter des propriétés intéressantes pour traiter des signaux plus complexes. Un travail de revue et d'observations concernant les boucles d'ADN est ensuite présenté. Après avoir observé des points communs dans les systèmes de boucle d'ADN déjà connus, nous avons interrogé les bases de données pour savoir quelles étaient les régions de régulation présentant les mêmes caractéristiques. Nous proposons une liste de plusieurs opérons qui mériteraient une démarche expérimentale pour la mise en évidence d'une boucle d'ADN. Un travail expérimental de biologie moléculaire est ensuite présenté. Il s'est attaqué à tester une hypothèse présente dans plusieurs travaux de bioinformatique ou de physique statistique. La question testée est la suivante: est-ce que des facteurs de transcription pourraient se lier à des sites de liaison appartenant non pas à la même région de régulation d'un gène (comme dans le cas de l'opéron lac) mais à des sites de liaison appartenant à des gènes différents? Nous avons testé cette hypothèse sur le système de régulation d'entrée en virulence de la bactérie Erwinia chrysanthemi. Les expériences reproduites et réalisées dans plusieurs conditions physiologiques différentes ont abouti à la conclusion que les régions de régulation supprimées ne semblent pas agir sur d'autres gènes par le mécanisme de boucle d'ADN. Le dernier chapitre propose une méthode expérimentale pour rechercher de telles interactions de façon large dans un génome de bactérie. La méthode est basée sur des techniques de biologie moléculaire couramment utilisées comme la mutagénèse aléatoire ou l'alpha-complémentation. Elle utilise le système enhancer du promoteur de glnA d'Escherichia coli et vise à trouver des interactions 3D significatives entre segments d'ADN au sein d'un génome de procaryote.