Rozprawy doktorskie: „Signature ARN”

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Dufraigne, Christine. "Evolution des génomes : étude des transferts horizontaux et des duplications à l'aide de la signature génomique". Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066102.

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Yepmo, Mélissa. "Signature unique de l’ARN circulaire dans les muscles squelettiques humains de différentes sensibilités à l’insuline". Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2023. http://www.theses.fr/2023STRAJ109.

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Streszczenie:

Les ARN circulaires désignent une classe d'ARN non codants qui se caractérisent par une structure en boucle fermée de manière covalente. Sur le plan fonctionnel, ils peuvent agir sur la physiologie cellulaire en inhibant les microARN et en régulant l'expression des gènes et des protéines. La fonction émergente de ces ARNc n'est pas entièrement comprise, mais des études initiales ont récemment montré que les ARNc sont impliqués dans la régulation de la sécrétion d'insuline. A travers ces travaux, nous avons cherché à identifier les ARNc dans le muscle squelettique au niveau des fibres glycolytiques et oxydatives de patients sains ou atteints de diabète de type 2. Nos résultats ont démontré une signature unique en ARN circulaire non seulement en fonction du statut (sain ou DT2) mais aussi en fonction du type de fibres musculaires (triceps ou soleus). Notre étude a pu mettre en évidence pour la première fois un nouveau moyen de régulation de l’expression des gènes et des protéines, indépendamment de ce qui est déjà connu au niveau du muscle squelettique. Ces résultats permettent l’identification de nouveaux acteurs impliqués dans le développement du diabète de type 2 avec l’identification potentielle de nouvelles cibles thérapeutiques
Circular RNAs are a class of non-coding RNAs characterized by a covalently closed loop structure. Functionally, they can act on cell physiology by inhibiting microRNAs and regulating gene and protein expression. The emerging function of circRNAs is not fully understood, but initial studies have recently shown that they are involved in the regulation of insulin secretion. In this work we tried to identify circRNAs in skeletal muscle at the level of glycolytic and oxidative fibers in healthy and type 2 diabetic patients. Our results showed a unique circular RNA signature not only as a function of status (healthy or T2DM) but also as a function of muscle fibre type (triceps or soleus). For the first time, our study has been able to identify a new way of regulating gene and protein expression independently of what is already known in skeletal muscle. These results allowed us to identify new key molecules involved in the development of type 2 diabetes, with the potential to identify new therapeutic targets

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Gendron, Judith. "Les longs ARN non codants, une nouvelle classe de régulateurs génomique tissu-spécifique : signature moléculaire spécifique des neurones dopaminergiques et sérotoninergiques". Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066518.

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Streszczenie:

Seul 1,2% du génome code des protéines :98,8% est non-codant,cependant 93% du génome est transcrit, principalement en longs ARN non-codants (lncRNA). Or ces lncRNA constituent une nouvelle classe de régulateurs génomique agissant à tous les niveaux d’expression des gènes et ils sont fortement spécifiques du tissu,modulés au cours du temps et en conditions physiopathologiques.Ainsi,nous proposons que chaque cellule spécifiée exprime son répertoire de lncRNA spécifique avec une carte des zones de chromatines ouvertes renseignant son identité cellulaire.Dans cette perspective,nous avons isolé par FACS 2types cellulaires impliqués dans des pathologies: i) des neurones dopaminergiques humains(nDA) différenciés à partir d’hiPS et ii) des neurones DA et sérotoninergiques (n5-HT)murins.Sur ces 2types neuraux isolés,nous avons identifié 1363 lncRNA exprimés dans les nDA (dont 989nouveaux) constituant le répertoire des neurones DA et 1257 lncRNA dans les n5-HT (719nouveaux) constituant le répertoire des n5-HT.Or leur comparaison a montré que seuls 194 lncRNA sont communs aux 2types cellulaires:la majorité des lncRNA est exprimée soit dans les nDA soit dans les n5-HT,attestant leur spécificité cellulaire.De plus,39%des zones de chromatines ouvertes/potentiellement régulatrices des nDA ne sont pas non plus retrouvées dans les n5-HT.Ainsi, nous avons généré un catalogue d’éléments non codants constituant des signatures moléculaires spécifiques des nDA et n5-HT,ouvrant de nouvelles pistes physiopathologiques:Dans cette optique,les signatures non codantes DA ont été comparées avec les SNP associés à la maladie de Parkinson et des études de fonction sur des lncRNA candidats ont été réalisées
Only 1.2% of the genome codes for proteins; 98.8% is thus non-coding, despite 93% of the human genome being actively transcribed, mostly in long non-coding RNA (lncRNA).These lncRNA constitute a new class of genomic regulator capable of acting at all levels of gene expression and their expression is highly tissue-specific,modulated during the time and under normal/pathological conditions.Thus, we propose that each specified cell expresses a specific repertoire of lncRNA correlated to open/active chromatin regions specifying its cellular identity.In this context, we isolated by FACS 2neural types involved in many pathologies: i) human dopaminergic neurons (nDA) differentiated from hiPS and ii) DA and serotoninergic (n5-HT) neurons. From these 2neural types, we identified 1,363 lncRNA in nDA (among which 989 new, whether 73%) constituting the repertoire of nDA, and 1,257 lncRNA (among which 719 new) constituting the repertoire of n5-HT. Moreover,their comparison has shown that only 194 lncRNA are common to both neural types:thus the majority of lncRNA is expressed either in nDA or in n5-HT, indicating a high degree of cell-specificity.In addition, 39% of open chromatin regions, potentially regulatory, were also not detected in the n5-HT.Thus, we have generated DA and 5-HT specific catalogues of non-coding elements of the genome, which constitute DA and 5-HT specific molecular signatures, that could participate in deepening our knowledge regarding nDA or n5-HT development and dysfunctions. With this in mind,these DA specific elements have been compared with the SNP described as Parkinson Disease risk variants and candidate lncRNA were selected to perform studies of function

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Mullani, Nowsheen. "An RNA Signature Links Oxidative Stress To Cellular Senescence". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2019SORUS560.pdf.

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Le stress oxydatif est l’une des voies menant à la sénescence cellulaire. Bien que les dommages causés par les espèces réactives de l'oxygène aux protéines et à l'ADN soient bien décrits, notre compréhension de la manière dont la transcription peut participer à l'apparition de la sénescence est encore limitée. Au niveau de la transcription, le stress oxydatif entraîne l’accumulation d’ARN promoteurs (ARNAu) et d’ARN amplificateur (ARNs), conséquence de la libération défectueuse du RNAPII de la chromatine, un phénomène connu sous le nom de RNAPII crawling. Nous avons observé que l'exploration de RNAPII était également détectée en aval d'une petite série de gènes connus pour être régulés par HP1Υ au niveau de leur terminaison. L'exploration de ce phénomène a donné un résultat inattendu, en ce sens qu'il a révélé un effet inhibiteur du peroxyde d'hydrogène sur le complexe exosome d'ARN impliqué dans la dégradation des ARN polyadénylés. Le RNAPII rampant a pour résultat la transcription de séquences d’ALU situées au voisinage des promoteurs et amplificateurs et en aval de gènes sans intron et de petites séries de gènes contenant un intron. Comme les séquences ALU contiennent des séquences A codées par le génome, elles doivent normalement être dégradées par l’exosome de l’ARN. Cependant, comme le stress oxydatif inhibe également cette activité d'ARNase, les ARNm contenant des séquences d'ALU transcrites par hasard se stabilisent et sont détectés dans le cytoplasme et même dans les fractions de polysomes. Ce phénomène peut participer à l'apparition de la réponse à l'interféron associée au stress oxydatif
Oxidative Stress is one of the routes leading to cellular senescence. While the damages that reactive oxygen species inflict on proteins and DNA are well described, our insight on how transcription may participate in the onset of senescence is still limited. At a transcriptional level, oxidative stress results in accumulation of promoter RNAs (uaRNAs) and enhancer RNAs (eRNAs) as a consequence of defective release of the RNAPII from the chromatin a phenomenon known as RNAPII crawling. We observed that RNAPII crawling was also detected downstream of a small series of genes known to be regulated by HP1Υ at the level of their termination. Exploring this phenomenon yielded an unexpected result in the sense that it revealed an inhibiting effect of hydrogen peroxide on the RNA exosome complex involved in degradation of polyadenylated RNAs. The crawling RNAPII results in the transcription of ALU sequences located in the neighborhood of promoters and enhancers and downstream of intron-less genes and of small series of intron-containing genes. As ALU sequences contain genome encoded A tracts, they should normally be degraded by the RNA exosome. Yet, as oxidative stress also inhibits this RNAse activity, mRNAs containing serendipitously transcribed ALU sequences get stabilized and are detected in the cytoplasm and even polysome fractions. This phenomenon may participate in the onset of the interferon response associated with oxidative stress

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Jebbawi, Fadi. "Etude des lymphocytes T régulateurs naturels CD8+CD25+: signature micro-ARN et effets des micro-ARNs sur l'expression de FOXP3, CTLA-4 et GARP". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2014. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209338.

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Mon travail de thèse a consisté à caractériser une sous-population de lymphocytes T régulateurs naturels de phénotype CD8+CD25+.

Nous avons purifié les CD8+CD25+ nTregs et vérifié par cytométrie de flux leur expression en FOXP3 et CTLA-4. Puis nous avons pu montrer que ces cellules possèdent des propriétés suppressives dans un test d’inhibition de la prolifération de lymphocytes T activés allogéniquement. Les lymphocytes CD8+CD25+ nTregs expriment les gènes FOXP3, CTLA-4, GARP et CCL-4 et les cytokines IL-10 et TGF-β. Par contre, les gènes CD28, ICOS, FOXO1 et Helios sont sous-exprimés dans les nTregs CD8+CD25+ par rapport aux lymphocytes T CD8+CD25-.

Nous avons établi une signature micro-ARN qui comprend 10 micro-ARNs différentiellement exprimés :7 micro-ARNs sous-exprimés "miR-9, -24, -31, -155, -210, -335 et -449 " et 3 micro-ARNs surexprimés " miR-214, -205 et -509". De plus, nous avons pu explorer la relevance biologique de cette signature micro-ARN en montrant dans un premier temps que les miRs "-31, -24, -210, -335" ciblent spécifiquement la région 3'UTR de FOXP3, de même les miR-9 et miR-155 ciblent la région 3'UTR de CTLA-4, et les miR-24, et -335 ciblent la région 3'UTR de GARP. Ceci a été fait par des expériences de co-transfections suivies d'une mesure de l'activité rapportrice luciférase. De plus, nous avons pu démontrer par des expériences de transduction lentivirale ex vivo, de cellules T primaires, que des micro-ARNs de la signature régulent l’expression de FOXP3, CTLA-4 et GARP dans les Tregs naturels CD8+CD25+ humains.

Cette étude montre l'importance des micro-ARNs dans la régulation post-transcriptionnelle des gènes impliqués dans la fonction régulatrice des lymphocytes T régulateurs.

Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Panasenkava, Veranika. "Utilisation de cellules souches pluripotentes induites combinée à une approche transcriptomique pour améliorer le diagnostic moléculaire des troubles du neurodéveloppement chez l’homme". Electronic Thesis or Diss., Université de Rennes (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024URENB060.

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L'holoprosencéphalie (HPE) est une maladie rare qui affecte le développement de la ligne médiane du cerveau antérieur dès les premiers stades embryonnaires, rendant son diagnostic moléculaire complexe. Elle résulte principalement d’altérations génétiques entraînant une réduction de l'activité de la voie de signalisation Sonic Hedgehog (SHH). Cependant, un diagnostic moléculaire précis n’est possible que pour 30% des patients, ce qui souligne l’importance de développer des nouvelles approches diagnostiques. Le principal obstacle réside dans l'impossibilité d'accéder au tissu primaire affectée par la pathologie, soit le neuroectoderme antérieur. Pour surmonter cet obstacle, j’ai mis au point un modèle in vitro du développement du neuroectoderme antérieur en utilisant des cellules souches pluripotentes induites. Ce modèle m’a permis de produire des données transcriptomiques permettant d’évaluer les impacts moléculaires de la déficience en SHH et de définir des signatures transcriptomiques décrivant les variations de l'activité de la voie SHH pouvant être corrélées à la sévérité des phénotypes d’HPE. Ce travail a également révélé de nouveaux gènes co-exprimés et régulés par SHH, qui pourraient constituer de nouveaux marqueurs génétiques de l'HPE. Ces avancées ouvrent la voie à la création d’outils de diagnostic innovants, visant à améliorer la précision du diagnostic pour les patients atteints d'HPE
Abstract : Holoprosencephaly (HPE) is a rare disorder that affects the development of the midline of the forebrain during the earliest stages of embryogenesis, making molecular diagnosis challenging. It primarily results from genetic alterations that lead to a reduction in the activity of the Sonic Hedgehog (SHH) signaling pathway. However, a precise molecular diagnosis is only possible for 30% of patients, highlighting the importance of developing new diagnostic approaches. The main challenge is the inaccessibility of the primary tissue, specifically the anterior affected by HPE, namely the anterior neuroectoderm. To overcome this challenge, I established an in vitro model of anterior neuroectoderm using induced pluripotent stem cells. This model allowed me to generate transcriptomic data to assess the molecular impacts of SHH deficiency and define transcriptomic signatures that describe variations in SHH pathway activity, which may correlate with the severity of HPE phenotypes. This work also revealed new co-expressed and SHH-regulated genes, which could serve as new genetic markers for HPE. These advances pave the way for innovative diagnostic tools aimed at improving diagnostic accuracy for patients with HPE

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Torossian, Nouritza. "Study of long non-coding RNAs and reference-free detected RNAs as potential biomarkers and actors of Triple Negative Breast Cancers' chemoresistance". Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2023. http://www.theses.fr/2023UPSLS057.

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Les cancers du sein triple négatifs (CSTN) sont un sous-type hétérogène représentant 12% à 24% de tous les cancers du sein. Ils ont les plus mauvais pronostics et touchent souvent les femmes jeunes. Le traitement au stade localisé repose essentiellement sur la chimiothérapie, sans thérapie ciblée (hors cas de mutations germinales de BRCA). Quasiment toutes les patientes reçoivent la même chimiothérapie néoadjuvante (CNA) avec anthracyclines et taxanes, ce qui grève leur survie en l’absence de réponse complète pathologique (RCp). L’intensification thérapeutique est la tendance actuelle, notamment avec l’addition d’immunothérapie, afin d’améliorer taux de RCp et survie. Les signatures d’expression génique standard ne pas utilisables en pratique clinique pour prédire la chimiorésistance des CSTNs à la CNA, alors qu’elles permettraient de sélectionner les patientes pour une intensification thérapeutique. D’où l’intérêt d’explorer les transcrits issus des 90% du génome restant, constitué de régions non codantes et non référencées. Parmi eux, les ARNs longs non-codant (lnc) qui se caractérisent par une longueur d’au moins 200 nucléotides présentent l’intérêt pour certains d’entre eux d’avoir une expression tissu- voire cancer- spécifique. De plus, certains ARNs lnc ont un rôle démontré dans différents mécanismes de chimiorésistance. Les ARNs lnc ne sont cependant pas bien annotés dans le génome humain et de nouveaux transcrits non référencés, codant ou non, et de nouvelles isoformes de gènes connus, sont découverts quotidiennement.Mon 1er objectif de thèse était d’évaluer le transcriptome non référencé en tant que réservoir potentiel de biomarqueurs prédictifs de chimiorésistance des CSTN à la CNA. Nous avons analysé une cohorte de 78 CSTNs avant CNA, et comparé les cas chimiosensibles (chS) et chimiorésistants (chR) selon le score RCB (Residual Cancer Burden). Nous avons comparé l’analyse d’expression génique différentielle standard (DE-seq) sur les gènes annotés, et sur de nouveaux ARNs lnc détectés grâce à un profiler ARN, et une analyse non biaisée par les annotations génomiques, de fragments de transcrits différentiels. L’analyse non biaisée a permis d’obtenir la meilleure séparation des cas chS et chR dans notre cohorte exploratoire. Nous avons ensuite évalué cette approche sur une cohorte indépendante, et nous l’avons optimisée, en considérant les régions génomiques d’expression différentielle. Ceci nous a permis d’obtenir une signature reproductible entre les deux cohortes. Au total, ces résultats montrent le potentiel d’une approche non référencée pour générer une signature de chimiorésistance précoce des CSTN. Des validations supplémentaires sont nécessaires sur des cohortes plus larges.Mon 2nd objectif de thèse était d’évaluer les ARNs lnc en tant que potentiels acteurs/cibles thérapeutiques dans les CSTNs chR. Nous avons sélectionné les ARNs lnc surexprimés dans les CSTNs chR pre-CNA (versus les CSTNs chS pre-CNA) et dans les CSTNs chR post-CNA (versus les CSTNs chR pre-CNA). En intégrant leurs niveaux et spécificités d’expression, leurs localisations génomiques et les données préexistantes suggérant une fonction potentielle, nous avons retenu trois ARNs lnc (AL450326.1, LINC02609 et MIR503HG). Nous avons évalué l’impact de l’inactivation de leur expression sur la cytotoxicité du Docetaxel dans un modèle de lignée cellulaire de CSTN. L’inactivation de l’expression de chacun des trois ARNs lnc a induit une cytotoxicité accrue du Docetaxel. Une clonogénicité spontanée diminuée et une mort cellulaire accrue sous Docetaxel ont de plus été observées après la déplétion d’AL450326.1 et de LINC02609. Au total, nous avons identifié trois ARNs lnc jouant un rôle dans la chimiorésistance des CSTN. Des tests fonctionnels supplémentaires sont nécessaires pour en décrypter les mécanismes, avec pour objectif à long terme d’identifier de nouvelles approches thérapeutiques contrant la chimiorésistance des CSTNs à la CNA
Triple-negative breast cancers (TNBC) represent a heterogeneous subtype of breast cancers including 12% to 24% of all cases, having the poorest prognoses and often affecting young women. Treatment at localized stage is mainly based on chemotherapy, with no targeted therapy (except germline BRCA mutated patients). Nearly all patients receive the same Neo-Adjuvant Chemotherapy (NAC) with anthracyclines and taxanes, that badly impacts survival in the absence of pathological complete response (pCR). Therapeutic intensification, notably with addition of immunotherapy, is the current trend to increase pCR rate and improve survival. Standard gene expression signatures have failed to provide effective tools to predict TNBC chemoresistance, probably due to their incomplete nature, as they are mostly based on expression of protein coding genes and/or referenced transcripts and up to date there is no clinically useful transcriptomic signature predicting TNBC chemoresistance to NAC. Such a predictive signature would allow patient selection for therapeutic intensification. Therefore, it is important to explore the remaining 90% of the genome consisting of non-coding and non-referenced regions. One class of non-coding RNAs that is of great interest are long non-coding (lnc) RNAs, that are at least 200 nucleotides long, some of them being specifically expressed in cancer. Moreover, some lncRNAs have been shown to be implicated in different mechanisms of chemoresistance. LncRNAs are not fully well annotated in the human genome and new unreferenced transcripts, coding or not, and new isoforms of known genes are discovered daily.Therefore, the first goal of my PhD was to assess reference-free transcriptome as a potential reservoir of predictive biomarkers of TNBC chemoresistance. A cohort of 78 TNBCs before NAC was analyzed, comparing chemosensitive (chS) and chemoresistant (chR) cases based on international Residual Cancer Burden (RCB) score. A standard differential gene expression analysis (DE-seq) on annotated genes, and on new lncRNAs detected with a de novo RNA-profiler, and a reference-free analysis of differential fragments of transcripts without annotation bias were compared. Reference-free approach showed best separation of chS and chR patients in the training cohort. Further, based on comparison with an independent validation cohort, an optimized approach was proposed, where specific genomic regions with differential expression were selected. This technique gave a reproducible signature of chemoresistance between the two cohorts. In all, these results show the potential of a reference-free approach to generate a transcriptomic signature as predictive biomarker of early TNBC chemoresistance. Further investigation is needed to validate the signature using larger validation cohorts.The second objective of my PhD was to assess lncRNAs as potential actors/therapeutic targets in chR TNBCs. For that we selected lncRNAs upregulated in chR pre-NAC TNBCs (compared with chS pre-NAC TNBCs) and in chR post-NAC TNBCs (compared with chR pre-NAC TNBCs). Considering lncRNAs level and specificity of expression, genomic position, and pre-existing data of their potential function, three lncRNAs (AL450326.1, LINC02609 and MIR503HG) were retained for functional analysis. By knocking down levels of these lncRNAs in TNBC cell line model, an impact on Docetaxel cytotoxicity was assessed. All three lncRNAs knock downs showed an improved Docetaxel induced cytotoxicity. Knock down of AL450326.1 and LINC02609 resulted in a decreased spontaneous clonogenicity and increased Docetaxel induced cell death, giving a first indication of their mode of action. In all, we identified three lncRNAs playing a role in NAC chemoresistance. Further functional studies will allow to decipher the mechanisms by which the identified lncRNAs affect chemoresistance with the ultimate goal to identify new therapeutic approaches to circumvent NAC chemoresistance of TNBCs

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Outlioua, Ahmed. "Exploration des cytokines pro-inflammatoires et de l’inflammasome NLRP3 dans les infections intracellulaires : cas de H. pylori et des virus à ARN Gastric IL-1β, IL-8, and IL-17A expression in Moroccan patients infected with Helicobacter pylori may be a predictive signature of severe pathological stages RNA viruses promote activation of the NLRP3 inflammasome through cytopathogenic effect-induced potassium efflux The heme-regulated inhibitor is a cytosolic sensor of protein misfolding that controls innate immune signaling The Role of Optineurin in Antiviral Type I Interferon Production Possible introduction of Leishmania tropica to urban areas determined by epidemiological and clinical profiles of patients with cutaneous leishmaniasis in Casablanca (Morocco)". Thesis, université Paris-Saclay, 2021. http://www.theses.fr/2021UPASL029.

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Helicobacter pylori (H. pylori) est une bactérie qui infecte l’estomac et induit une gastrite inflammatoire, qui peut être chronique et évoluer vers un cancer gastrique. La sévérité de l’infection et son évolution clinique sont associées aux différents facteurs notamment le statut immunitaire de l’hôte. La réponse inflammatoire initiale à l'infection à H. pylori entraîne la sécrétion d'un large panel de cytokines, notamment l'interleukine-1β (IL-1β), l'IL-8 et l'IL-17A. qui semblent jouer un rôle clé dans l'initiation et la progression du cancer gastrique. Parmi ces cytokines, l'IL-1β est une cytokine clé au cours de l’infection à H. pylori dont l’expression est étroitement associée à l'inflammation gastrique et à la carcinogenèse. La production de cette cytokine dépend de l'activation de l'inflammasome, en particulier l'inflammasome NLRP3. Ce dernier, responsable de l’activation des processus inflammatoires, est essentiel pour le maintien de l'homéostasie contre diverses infections pathogènes telles les infections bactérienne et virale.L’objectif général de ce travail est i) d’étudier l’expression et le polymorphisme des gènes de cytokines comme IL-1β, IL-17 et IL-8 chez des patients marocains infectés par H. pylori. ii) explorer l’activation de l'inflammasome NLRP3 par H. pylori et déterminer les mécanismes impliqués dans l'activation de ce complexe par des virus à ARN ; connus comme des activateurs définis de NLRP3.Nos résultats ont souligné une prévalence élevée de H. pylori et ont mis en évidence une signature cytokinique : elle peut prédire la métaplasie au cours de la progression de l'infection à H. pylori impliquant une diminution de l’expression de l'IL17A dans l’antre et une augmentation de l’expression de l'IL-1β dans le fundus. Plus particulièrement, les polymorphismes génétiques de l’IL-1β (IL-1β -31 et -511) ne semblent pas influencer l’expression de l’IL-1β de manière significative.Au regard des difficultés rencontrés pour l’isolement et la culture de H. pylori, nous avons utilisé le LPS de H. pylori pour stimuler l’inflammasome. Nos résultats montrent que la transfection des cellules in vitro par le LPS bactérien induit la production de l’IL-1β qui semble être modulée par la caspase 4, NOD1 et NOD2. Par ailleurs, bien qu’il soit clairement établi que les virus à ARN induisent l’activation de l’inflammasome NLRP3, les mécanismes par lesquels ces virus induisent la production d'IL-1β ne sont pas bien compris et restent à confirmer. Les résultats de cette partie du travail ont montré que la réplication des virus à ARN cytopathogènes tels que le virus de la stomatite vésiculaire (VSV) ou le virus de l'encéphalomyocardite (EMCV) induit une mort cellulaire lytique conduisant à un efflux de potassium qui déclenche l'activation de l'inflammasome NLRP3. Ainsi, les virus à forte capacité de réplication et qui ont un effet cytopathique sont capables d'induire l'activation de la caspase-1 conduisant à la production d'IL-1β. A l'inverse, les virus qui induisent une très bonne réponse IFN de type I sont de très mauvais inducteurs de l'inflammasome NLRP3.Une meilleure compréhension de l’activation de l’inflammasome pourrait aider dans la mise au point de stratégies thérapeutiques ciblées utilisables dans la lutte contre les infections bactérienne et virale.Mots clés : Helicobacter pylori, inflammation, inflammasome NLRP3, IL-1β, virus à ARN
Helicobacter pylori (H. pylori) is a bacteria that infects the stomach and induces inflammatory gastritis, which can be chronic and progress to gastric cancer. The severity of the infection and its clinical course are associated with various factors including the immune status of the host. The initial inflammatory response to H. pylori infection results in the secretion of a wide range of cytokines, including interleukin-1β (IL-1β), IL-8 and IL-17A. which appear to play a key role in the initiation and progression of gastric cancer. Among these cytokines, IL-1β is a key cytokine during H. pylori infection whose expression is associated with gastric inflammation and carcinogenesis. The production of this cytokine depends on the activation of the inflammasome, in particular the NLRP3 inflammasome. The latter, responsible of the activation of inflammatory processes, is essential for the maintenance of homeostasis against various pathogenic infections such as bacterial and viral infections.The general objective of this work is i) to study the expression and polymorphism of genes for cytokines such as IL-1β, IL-17 and IL-8 in Moroccan patients infected with H. pylori. ii) explore the activation of the NLRP3 inflammasome by H. pylori and determine the mechanisms involved in the activation of this complex by RNA viruses; known as defined activators of NLRP3.Our results underlined a high prevalence of H. pylori and demonstrated a cytokine signature: it can predict metaplasia during the progression of H. pylori infection involving a decrease in IL17A expression in the antrum and increased expression of IL-1β in the fundus. In particular, the genetic polymorphisms of IL-1β (IL-1β -31 and -511) do not appear to influence IL-1β expression significantly.In view of the difficulties encountered in isolating and culturing H. pylori, we used LPS from H. pylori to stimulate the inflammasome. Our results show that the transfection of cells in vitro with bacterial LPS induces the production of IL-1β which appears to be modulated by caspase 4, NOD1 and NOD2. Furthermore, while it is clearly established that RNA viruses induce activation of the NLRP3 inflammasome, the mechanisms by which these viruses induce IL-1β production are not well understood and remain to be confirmed. The results of this part of the work showed that the replication of cytopathogenic RNA viruses such as vesicular stomatitis virus (VSV) or encephalomyocarditis virus (EMCV) induces lytic cell death leading to an efflux of potassium which triggers activation of the NLRP3 inflammasome. Thus, viruses with a high replication capacity and which have a cytopathic effect are capable of inducing the activation of caspase-1 leading to the production of IL-1β. Conversely, viruses which induce type I IFN response are very poor inducers of the NLRP3 inflammasome.A better understanding of the activation of the inflammasome could help in the development of targeted therapeutic strategies for use in the fight against bacterial and viral infections.Key words: Helicobacter pylori, inflammation, NLRP3 inflammasome, IL-1β, RNA virus

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Zhang, Haocheng. "Polarization Signatures in Blazar Emission". Ohio University / OhioLINK, 2015. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=ohiou1444237508.

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Day, Francesca. "Astrophysical signatures of axion-like particles". Thesis, University of Oxford, 2017. https://ora.ox.ac.uk/objects/uuid:215f6432-6dbb-4a16-80d8-3ad0bc76ec2d.

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The Standard Model of particle physics has enjoyed unprecedented success in predicting experimental results. However, evidence from astrophysical observations points to the existence of a dark sector of particles that interact only very weakly with the Standard Model. In this work, we search for dark sector signatures in X-ray telescope data. Much of this work concerns a class of hypothetical particles, the axion-like particle (ALP). ALPs are a theoretically well-motivated extension of the Standard Model. If ALPs exist, they may lead to intriguing astrophysical signatures: in the presence of a background magnetic field, ALPs and photons can interconvert. We could detect ALPs by searching for photon to ALP conversion. For example, photons produced by point sources in or behind galaxy clusters may convert to ALPs in the cluster's magnetic field. This could lead to observable spectral anomalies. Using this strategy, we place world leading bounds on the ALP-photon coupling. One potential signal of dark matter is an anomalous line in the spectra of galaxies and galaxy clusters. In 2014, an anomalous line was found at an energy of 3.5 keV. The nature and cause of this line is still under discussion. We analyse a scenario in which the 3.5 keV line arises from dark matter decay to ALPs, which interconvert with 3.5 keV photons in astrophysical magnetic fields. We further report an anomalous deficit at 3.5 keV in the spectrum of the Active Galactic Nucleus at the centre of the Perseus galaxy cluster. This motivates the study of a new model in which both features are caused by âfluorescent dark matterâ which resonantly interacts with 3.5 keV photons. We analyse observations of Perseus at 3.5 keV to date, and show that they are well explained by this model. Further theoretical and experimental work is needed to discover or exclude fundamental physics effects in X-ray spectra.

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Yu, Ping. "Direct Online/Offline Digital Signature Schemes". Thesis, University of North Texas, 2008. https://digital.library.unt.edu/ark:/67531/metadc9717/.

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Online/offline signature schemes are useful in many situations, and two such scenarios are considered in this dissertation: bursty server authentication and embedded device authentication. In this dissertation, new techniques for online/offline signing are introduced, those are applied in a variety of ways for creating online/offline signature schemes, and five different online/offline signature schemes that are proved secure under a variety of models and assumptions are proposed. Two of the proposed five schemes have the best offline or best online performance of any currently known technique, and are particularly well-suited for the scenarios that are considered in this dissertation. To determine if the proposed schemes provide the expected practical improvements, a series of experiments were conducted comparing the proposed schemes with each other and with other state-of-the-art schemes in this area, both on a desktop class computer, and under AVR Studio, a simulation platform for an 8-bit processor that is popular for embedded systems. Under AVR Studio, the proposed SGE scheme using a typical key size for the embedded device authentication scenario, can complete the offline phase in about 24 seconds and then produce a signature (the online phase) in 15 milliseconds, which is the best offline performance of any known signature scheme that has been proven secure in the standard model. In the tests on a desktop class computer, the proposed SGS scheme, which has the best online performance and is designed for the bursty server authentication scenario, generated 469,109 signatures per second, and the Schnorr scheme (the next best scheme in terms of online performance) generated only 223,548 signatures. The experimental results demonstrate that the SGE and SGS schemes are the most efficient techniques for embedded device authentication and bursty server authentication, respectively.

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Meunier, Léa. "Analyse de signatures transcriptomiques et épigénétiques des carcinomes hépatocellulaires". Thesis, Université de Paris (2019-....), 2020. http://www.theses.fr/2020UNIP7082.

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Élucider les processus transcriptionnels et épigénétiques dérégulés dans les cancers est fondamental pour mieux comprendre les voies biologiques impliquées et proposer une thérapie adaptée au phénotype moléculaire de chaque tumeur. Les approches classiques de classification non supervisée définissent des groupes moléculaires principaux pour chaque type tumoral. Cependant, ces méthodes, appliquées à des tumeurs complexes comme le carcinome hépatocellulaire (CHC), le 3ème cancer le plus mortel au monde, définissent des groupes qui restent relativement hétérogènes et ne reflètent qu’imparfaitement la diversité des mécanismes biologiques à l’œuvre dans ces tumeurs. Au cours de ma thèse, j’ai développé une stratégie d’analyses innovante, basée sur l’analyse en composantes indépendantes (ACI), pour extraire des signatures de processus biologiques précis à partir de grands jeux de données transcriptomiques et épigénétiques. Grace à cette nouvelle approche, j’ai identifié des groupes de gènes co-régulés, associés à des phénotypes ou altérations moléculaires précises. De même, l’analyse en composantes indépendantes du méthylome de 738 CHC m’a permis d’isoler 13 signatures épigénétiques stables, préférentiellement actives dans certaines tumeurs et certains sites CpG. Ces signatures incluent des signatures de méthylation précédemment associées au vieillissement et au cancer, mais aussi de nouvelles signatures d'hyper- et d'hypométhylation liées à des événements « drivers » et sous-groupes moléculaires spécifiques. Ces résultats nous éclairent sur la diversité des mécanismes moléculaires impliqués dans la carcinogenèse hépatique. Les outils d’analyse biostatistique innovants que j’ai développés ont été incorporés dans un package R librement utilisable par la communauté scientifique
Elucidating deregulated transcriptional and epigenetic processes in cancers is fundamental to better understand the biological pathways involved and to propose a therapy adapted to the molecular phenotype of each tumor. Classical unsupervised classification approaches define, for each tumor type, the main molecular groups. However, these methods, applied to complex tumors such as hepatocellular carcinoma (HCC), the 3rd cause of cancer-associated mortality worldwide, define groups that remain relatively heterogeneous and only imperfectly reflect the diversity of biological mechanisms at work in these tumors. During my PhD, I developed a, innovative strategy involving independent component analysis (ICA) to extract signatures of precise biological processes in large transcriptomic and epigenetic tumor data sets. This new approach allowed me to identify groups of co-regulated genes associated with specific phenotypes or molecular alterations. Similarly, independent component analysis of the methylomes of 738 HCC revealed 13 stable epigenetic signatures preferentially active in specific tumors and CpG sites. These signatures include signatures previously associated with ageing and cancer, but also new hyper- and hypomethylation signatures related to specific driver events and molecular subgroups. The work presented in this thesis sheds light on the diversity of molecular processes remodeling liver cancer transcriptomes and methylomes, improve the understanding of the molecular mechanisms involved in hepatic carcinogenesis and provides a statistical framework to unravel the signatures of these processes

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Auffret, Benoît. "La signature d'une herbe : Hélène Cadou poète /". Paris ; Budapest ; Torino : l'Harmattan, 2001. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb38805509j.

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Nasseroleslami, Bahman. "EEG signatures and directional information in planning and execution of arm isometric exertions". Thesis, University of Strathclyde, 2013. http://oleg.lib.strath.ac.uk:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=18973.

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The motor-related electroencephalographic (EEG) activity pattern in humans during motor behaviour is of interest to provide insight into normal motor control processes and for development of brain-computer interfaces (BCI), brain stimulation and rehabilitation systems. While the patterns preceding brisk voluntary movements, and especially movement execution, are well described, there are few EEG studies that address the cortical activation patterns seen in isometric exertions, and their planning. Furthermore, the effect of exertion direction on EEG signatures needs investigation. This study explores and reports on the time and time-frequency surface EEG signatures in isometric task experiments in normal subjects (n=8). Multichannel EEG is recorded during motor preparation, planning and execution of directional centre-out arm isometric exertions performed at the wrist in the horizontal plane, in response to instruction-delay visual cues. The directional information of surface EEG and modulation of EEG signatures by cue direction are investigated by statistical measures and linear classifiers. The observations suggest that isometric force exertion is accompanied by transient and sustained forms of event-related potentials (ERP) and event-related (de-)synchronisations (ERD/ERS), comparable to those of a movement task. Furthermore, the ERP and ERD/ERS are observed not only during execution, but also during preparation and planning of the isometric task. Transient synchronisation in 2-7 Hz frequency band and both transient and sustained desynchronisation in a (u) and β frequency bands were observed. Low-γ ERD is observed in all areas, except over the parietal region where ERS is seen. While ERP and ERD/ERS are not consistently modulated by task direction, the direction of exertion can be predicted by single-trial classification. Classification rates reach 69% and 83% in planning and execution stages, respectively. As no physical displaceme happens during the task, it can be hypothesised that the underlying mechanisms of motor-related ERD/ERS and the directional information do not only depend on limb coordinate change or target coordinates. The results contribute to the current understanding of different brain region functions during voluntary motor tasks and can help to clarify the relationships between invasive brain recordings and large-scale recordings such as EEG in this context. Ultimately, this will contribute to further clinical applications, including (BCI-)rehabilitation and electrical/magnetic brain stimulation research.

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Braud, Christophe Brouard Sophie. "Détermination d'une signature transcriptionnelle sanguine du devenir à long terme du greffon de patients recevant une allogreffe rénale". [S.l.] : [s.n.], 2007. http://castore.univ-nantes.fr/castore/GetOAIRef?idDoc=28056.

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Fraenkel, Béatrice. "La Signature, signe écrit, signe de validation et d'identité". Lille 3 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37605132g.

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Herlin, Isabelle. "Opérateurs d'analyse de texture conduisant à une signature invariante". Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37605898b.

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Braud, Christophe. "Détermination d'une signature transcriptionnelle sanguine du devenir à long terme du greffon de patients recevant une allogreffe rénale". Nantes, 2007. http://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show.action?id=9888d91f-f4b1-407a-82ae-0a0e30e146fb.

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L'un des objectifs en transplantation est d'induire un état de tolérance « opérationnelle ». Ce statut clinique, rare en transplantation rénale, se définit comme l'acceptation à long terme d'un greffon avec une fonction stable sans traitement immunosuppresseur et sans rejet aigu et/ou chronique chez un hôte immunocompétent. Actuellement, il n’existe pas de bons facteurs prédictifs de cet état. Ce travail a donc consisté à rechercher une signature transcriptionnelle de la tolérance « opérationnelle » dans le sang de patients recevant une allogreffe rénale par l’utilisation de la technologie des puces à ADN. Nous avons déterminé une liste de quarante-neuf gènes discriminant les patients « opérationnellement » tolérants des patients en rejet chronique ainsi que des individus sains. De plus, nous avons combiné des analyses statistiques et des analyses non statistiques afin de mieux caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans ce processus de tolérance « opérationnelle »
A major goal in transplantation is to induce a state of operational tolerance. This state, which is rare in kidney transplant recipients, is defined as long-term graft acceptance with a stable function without immunosuppressive treatment and without acute and/or chronic rejection in an immunocompetent recipient. At present, there are no good predictive factors of this state. This work consists of identifying a peripheral blood transcriptional signature associated with operational tolerance using microarray technology. We have identified a panel of forty-nine genes that discriminate operationally tolerant patients from patients with chronic rejection and from healthy volunteers. Furthermore, we have combined statistical and non-statistical analyses in order to better characterize the molecular mechanisms involved in this operational tolerance phenomenon

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Fricaudet, Xavier. "Blanc et Demilly : une unique signature (1891-1985), (1892-1964) /". Lyon : X. Fricaudet, 2003. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb39289168p.

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Saint-Auret, Gaëlle. "Identification de la signature moléculaire de C/EBPβ dans la cellule d'hépatome humain Hep3B". Rouen, 2008. http://www.theses.fr/2008ROUES057.

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Le foie joue un rôle essentiel dans les régulations métaboliques complexes qui participent largement à l'homéostasie de l'organisme. De plus, cet organe orchestre les changements qualitatifs et quantitatifs intervenant dans la production de protéines de défense immédiatement nécessaires à la réponse à un syndrome inflammatoire aigü systémique et au retour progressif à l'homéostasie qui s'ensuit. Le facteur de transcription CCAAT enhancer-binding protein beta (C/EBPβ) enrichi dans le foie est très impliqué dans tous ces processus. Toutefois, il existe de nombreuses incohérences quant au rôle précisément joué par ce facteur de transcription. En effet, la traduction de son ARNm conduit à la formation de plusieurs isoformes de la protéine qui peuvent être activatrices (LAP) ou inhibitrices (LIP) et peu d'études, à notre connaissance, ont tenu véritablement compte de l'isoforme présente. Pour mieux comprendre le rôle de chacune de ces isoformes, nous avons mis en place, dans la lignée d'hépatome humain Hep3B, un modèle d'expression inductible de la forme activatrice (LAP) ou dominante-négative (LIP) de C/EBPβ. Le rôle antagoniste de ces 2 isoformes dans la transcription des gènes cibles de C/EBPβ a été utilisé comme stratégie pour mieux cerner les gènes régulés par ce facteur de transcription. L'identité et la transcription (directe ou indirecte) de ces ensembles de gènes-cibles de C/EBPβ ont ensuite été mises en évidence grâce à l'utilisation de deux méthodologies à grande échelle : l'analyse du transcriptome par puce à ADN et l'immunoprécipitation de chromatine sur puce (ChIP on chip). L'analyse du transcriptome nous a permis d'identifier 676 gènes inversement régulés par LAP et LIP dans la lignée d'hépatome Hep3B. L'analyse des fonctions biologiques régulées par ces gènes a mis en évidence une induction par la forme activatrice et une répression par la forme dominante-négative de C/EBPβ des voies du métabolisme hépatique (lipides, détoxication), de la transcription, de la traduction, de l'apoptose et des voies impliquées dans la régulation du processus de prolifération cellulaire. De plus, l'étude par ChIP on chip nous a permis d'identifier 38 nouvelles cibles directes de C/EBPβ. Compte tenu des résultats issus de l'analyse du transcriptome, plusieurs études fonctionnelles ont été réalisées. Ces études nous ont permis de démontrer pour la première fois que, non seulement LAP était capable de réprimer la prolifération en l'absence de RB et P53 mais que cette isoforme favorisait également l'apoptose des cellules induite par la staurosporine alors que LIP, à l'inverse, avait un effet protecteur. Par ailleurs, les cellules Hep3B permettant la surexpression contrôlée de LAP ou LIP ont été stimulées par du milieu conditionné riche en cytokines proinflammatoires afin de mimer la réponse hépatique à l'inflammation aigüe systémique. Dans ce contexte expérimental, et, toujours par analyse du transcriptome, nous avons mis en évidence un ensemble de 77 gènes régulés par LAP et LIP. Ces gènes semblent donc être de bons candidats susceptibles de participer activement à la réponse de l'organisme lors d'une inflammation aiguë. En conclusion, notre approche tout à fait originale, caractérisée par l'identification des gènes inversement régulés par les isoformes LAP et LIP de C/EBPβ, a permis de mieux comprendre comment ces deux isoformes régulent plusieurs processus physiologiques et pathologiques du foie
The liver plays an essential part in complex metabolic regulations which widely contribute to the body homeostasis. Moreover, this organ conducts the qualitative and quantitative changes in the production of specific proteins immediately induced during the acute phase response and allowing a progressive come back to homeostasis. The liver-enriched transcription factor CCAAT enhancer-binding protein beta (C/EBPβ) is widely involved in these processes, but its precise the role isnot still defined. Conflicting studies have described contradictory functions for this transcription factor which could be explained by the complex mechanisms regulating the C/EBPβ activity. Indeed, C/EBPβ encodes an intronless gene that generates a single mRNA that is alternatively translated into two major isoforms : an active LAP (liver-enriched activator protein) and a dominant negative LIP (liver-enriched inhibitory protein). Today, few studies have really taken into account the present isoform. In order to better understand the precise role of each isoform, we first engineered the Hep3B human hepatoma cell line with a Tet-off inducible LAP or LIP isoform. The antagonistic role of the both isoforms in C/EBPβ target-genes transcription has been used as a strategy to better define the C/EBPβ-regulated genes. Then, the identity and the transcription (direct or indirect) of all these target-genes were determined by two functional genomic approaches : the transcriptome analysis by cDNA arrays and the chromatine immunoprecipitation on chip (ChIP on chip). Using a cDNA microarray which provides a complete coverage of the liver transcriptome, we identified 676 genes inversely regulated by LAP and LIP in the Hep3B hepatoma line. The analysis of the biological functions regulated by these genes brought into the flore an induction by LAP and a repression by LIP of several pathways including hepatic metabolism (fat, detoxification), transcription, translation, apoptosis and regulation of the cell proliferation. Moreover, the ChIP on chip study allowed the identification of 38 C/EBPβ new direct targets. According to the data resulting from the transcriptome analysis, several functional studies have been carried out. They allowed us to prove, for the first time, that LAP was, not only able to suppress the cell proliferation in the absence of RB and P53, but that this isoform also increased the staurosporine-induced apoptosis in Hep3B cells while LIP had a protector effect. Furthermore, the Hep3B cells expressing LAP or LIP have been stimulated by a conditioned medium rich in proinflammatory cytokines in order to mimic the hepatic response to the acute phrase of inflammation. In this experimental context, and still by transcriptome analysis, we brought into the fore a group of 77 genes regulated by LAP and LIP which interestingly seem to be involved during the acute phrase response. To conclude, our original approach characterized by the identification of genes inversely regulated by LAP and LIP allowed us to better understand how these two isoforms of C/EBPβ manage several physiological and pathological liver processes

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Servello, John A. "Thermal Identification of Clandestine Burials: A Signature Analysis and Image Classification Approach". Thesis, University of North Texas, 2010. https://digital.library.unt.edu/ark:/67531/metadc33201/.

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Clandestine burials, the interred human remains of forensic interest, are generally small features located in isolated environments. Typical ground searches can be both time-consuming and dangerous. Thermal remote sensing has been recognized for some time as a possible search strategy for such burials that are in relatively open areas; however, there is a paucity of published research with respect to this application. This project involved image manipulation, the analyses of signatures for "graves" of various depths when compared to an undisturbed background, and the use of image classification techniques to tease out these features. This research demonstrates a relationship between the depth of burial disturbance and the resultant signature. Further, image classification techniques, especially object-oriented algorithms, can be successfully applied to single band thermal imagery. These findings may ultimately decrease burial search times for law enforcement and increase the likelihood of locating clandestine graves.

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Vietri, Giustina. "Searching for outflows signatures in sdss spectra of x-ray selected, obscured agn in the cosmos field". Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2014. http://amslaurea.unibo.it/7413/.

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Partendo dal campione di AGN presente nella survey di XMM-COSMOS, abbiamo cercato la sua controparte ottica nel database DR10 della Sloan Digital Sky Survey (SDSS), ed il match ha portato ad una selezione di 200 oggetti, tra cui stelle, galassie e quasar. A partire da questo campione, abbiamo selezionato tutti gli oggetti con un redshift z<0.86 per limitare l’analisi agli AGN di tipo 2, quindi siamo giunti alla selezione finale di un campione di 30 sorgenti. L’analisi spettrale è stata fatta tramite il task SPECFIT, presente in IRAF. Abbiamo creato due tipi di modelli: nel primo abbiamo considerato un’unica componente per ogni riga di emissione, nel secondo invece è stata introdotta un’ulteriore com- ponente limitando la FWHM della prima ad un valore inferiore a 500 km\s. Le righe di emissione di cui abbiamo creato un modello sono le seguenti: Hβ, [NII]λλ 6548,6581, Hα, [SII]λλ 6716,6731 e [OIII]λλ 4959,5007. Nei modelli costruiti abbiamo tenuto conto della fisica atomica per quel che riguarda i rapporti dei flussi teorici dei doppietti dell’azoto e dell’ossigeno, fissandoli a 1:3 per entrambi; nel caso del modello ad una componente abbiamo fissato le FWHM delle righe di emissione; mentre nel caso a due componenti abbiamo fissato le FWHM delle componenti strette e larghe, separatamente. Tenendo conto del chi-quadro ottenuto da ogni fit e dei residui, è stato possibile scegliere tra i due modelli per ogni sorgente. Considerato che la nostra attenzione è focalizzata sulla cinematica dell’ossigeno, abbiamo preso in considerazione solo le sorgenti i cui spettri mostravano la riga suddetta, cioè 25 oggetti. Su questa riga è stata fatta un’analisi non parametrica in modo da utilizzare il metodo proposto da Harrison et al. (2014) per caratterizzare il profilo di riga. Sono state determinate quantità utili come il 2 e il 98 percentili, corrispondenti alle velocità massime proiettate del flusso di materia, e l’ampiezza di riga contenente l’80% dell’emissione. Per indagare sull’eventuale ruolo che ha l’AGN nel guidare questi flussi di materia verso l’esterno, abbiamo calcolato la massa del gas ionizzato presente nel flusso e il tasso di energia cinetica, tenendo conto solo delle componenti larghe della riga di [OIII] λ5007. Per la caratterizzazione energetica abbiamo considerato l’approccio di Cano-Diaz et al (2012) e di Heckman (1990) in modo da poter ottenere un limite inferiore e superiore della potenza cinetica, adottando una media geometrica tra questi due come valore indicativo dell’energetica coinvolta. Confrontando la potenza del flusso di gas con la luminosità bolometrica dell’AGN, si è trovato che l’energia cinetica del flusso di gas è circa lo 0.3-30% della luminosità dell’AGN, consistente con i modelli che considerano l’AGN come principale responsabile nel guidare questi flussi di gas.

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Bender-Osmani, Ambre. "Méthylation de l'ADN et identité cellulaire : fonctions de la méthylation de l'ADN dans les lignages gamétiques et hématopoïétiques chez la souris". Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ102.

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La méthylation de l’ADN est la marque épigénétique la plus connue. Elle consiste en l’ajout d’un groupement méthyle au niveau de la cytosine, produisant la 5-méthyl-cystosine (5mC). Cette réaction chimique est catalysée par des ADN méthyltransférases : DNMT1, DNMT3A et DNMT3B. Peu de choses sont connues concernant les changements de 5mC au cours des lignages cellulaires dans l’embryon et comment cette marque contribue à l’établissement ou au maintien de l’identité cellulaire. Nous avons cherché à mieux comprendre ces mécanismes en étudiant la 5mC dans deux lignages cellulaires : les cellules primordiales germinales (PGCs) et les cellules souches hématopoïétiques (HSCs). Nous avons généré les premiers méthylomes de ces cellules au cours de leur développement chez la souris. Chez les PGCs, nous avons mis en évidence l’existence de deux phases de reprogrammation de la 5mC. Une première phase entre E9,5 et E13,5, où le génome des PGCs se déméthyle et une phase de reméthylation entre E14,5 et E17,5, chez les gamètes mâles uniquement. Néanmoins, certaines régions, dont notamment les éléments transposables sont résistants à la vague de déméthylation. L’utilisation de souris conditionnellement, nous a permis de mettre en évidence l’implication des protéines DNMT1 et UHRF2 dans le maintien de la 5mC au niveau de ces séquences. Concernant les HSCs, nous avons mis en évidence qu’elles acquièrent un profil de 5mC qui leur est propre lors de deux phases. La première a lieu dès l’apparition des HSCs dans l’organisme tandis que l’acquisition de la signature hématopoïétique définitive se déroule à l’âge adulte dans la moelle osseuse. L’utilisation de souris conditionnelles, nous a permis de mettre en exergue l’implication de DNMT3A et DNMT3B dans la mise en place de ces profils, avec un rôle prépondérant de DNMT3B lors de la phase d’acquisition précoce et de DNMT3A lors du verrouillage de leur profil de 5mC
The methylation of DNA is a well-known epigenetic mark. It consists in adding a methyl group to a cytosine producing the 5-methylcytosine (5mC). This is catalysed by the DNA methyltransferase (DNMT) family: DNMT1, DNMT3A and DNMT3B. Little is known about the changes in DNA methylation that follow lineage decisions in the embryo and how these contribute, establish or maintain cellular identities. We are addressing these questions using as a model the specification of mouse primordial germ cells (PGCs) and mouse hematopoietic stem cells (HSCs) in the mouse embryo. We generate the first genome-wide maps of 5mC during their development. These maps highlight two waves of DNA methylation in PGCs. The first one takes place between E9,5 and E13,5, where the genome demethylates while the second one corresponds to a remethylation phase only in male PGCs between E14,5 and E17,5. Nevertheless, some regions, notably the transposable elements, are resistant to this demethylation wave. We demonstrate the implication of DNMT1 and UHRF2 in maintaining the 5mC on these regions using transgenic mice presenting specific deletion in PGCs. In HSCs, the 5mC maps highlight two wave of DNA methylation. The first one correlates with the first appearance of the HSCs in early embryos while the second one corresponds to their migration to the bone marrow and seems to act as a definitive lock for their hematopoietic identity. Using transgenic mice presenting specific deletions in HSCs, we prove the implication of DNMT3A and DNMT3B in hematopoietic stem cells, with a major role in locking HSC identity of DNMT3B during the first wave and a DNMT3A during the second one respectively

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Höfert, Thomas. "Signaturen kritischer Intellektualität : Else Lasker-Schülers Schauspiel "Arthur Aronymus /". St. Ingbert : Röhrig Universitätsverl, 2002. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb38876544r.

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Qiu, Shulin. "Réseaux d'interconnexion tolérant les pannes et analyse de signature en compression de données /". Paris : École nationale supérieure des télécommunications, 1996. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb35810126m.

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Doan, Donald Scott. "Using Motor Electrical Signature Analysis to Determine the Mechanical Condition of Vane-Axial Fans". Thesis, University of North Texas, 2002. https://digital.library.unt.edu/ark:/67531/metadc3256/.

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The purpose of this research was a proof of concept using a fan motor stator as transducer to monitor motor rotor and attached axial fan for mechanical motion. The proof was to determine whether bearing faults and fan imbalances could be detected in vane-axial fans using Motor Electrical Signature Analysis (MESA). The data was statistically analyzed to determine if the MESA systems could distinguish between baseline conditions and discrete fault frequencies for the three test conditions: bearing inner race defect, bearing outer race defect, and fan imbalance. The statistical conclusions for these proofs of concept were that MESA could identify all three faulted conditions.

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Haibe-Kains, Benjamin. "Identification and assessment of gene signatures in human breast cancer". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2009. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210348.

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This thesis addresses the use of machine learning techniques to develop clinical diagnostic tools for breast cancer using molecular data. These tools are designed to assist physicians in their evaluation of the clinical outcome of breast cancer (referred to as prognosis).

The traditional approach to evaluating breast cancer prognosis is based on the assessment of clinico-pathologic factors known to be associated with breast cancer survival. These factors are used to make recommendations about whether further treatment is required after the removal of a tumor by surgery. Treatment such as chemotherapy depends on the estimation of patients' risk of relapse. Although current approaches do provide good prognostic assessment of breast cancer survival, clinicians are aware that there is still room for improvement in the accuracy of their prognostic estimations.

In the late nineties, new high throughput technologies such as the gene expression profiling through microarray technology emerged. Microarrays allowed scientists to analyze for the first time the expression of the whole human genome ("transcriptome"). It was hoped that the analysis of genome-wide molecular data would bring new insights into the critical, underlying biological mechanisms involved in breast cancer progression, as well as significantly improve prognostic prediction. However, the analysis of microarray data is a difficult task due to their intrinsic characteristics: (i) thousands of gene expressions are measured for only few samples; (ii) the measurements are usually "noisy"; and (iii) they are highly correlated due to gene co-expressions. Since traditional statistical methods were not adapted to these settings, machine learning methods were picked up as good candidates to overcome these difficulties. However, applying machine learning methods for microarray analysis involves numerous steps, and the results are prone to overfitting. Several authors have highlighted the major pitfalls of this process in the early publications, shedding new light on the promising but overoptimistic results.

Since 2002, large comparative studies have been conducted in order to identify the key characteristics of successful methods for class discovery and classification. Yet methods able to identify robust molecular signatures that can predict breast cancer prognosis have been lacking. To fill this important gap, this thesis presents an original methodology dealing specifically with the analysis of microarray and survival data in order to build prognostic models and provide an honest estimation of their performance. The approach used for signature extraction consists of a set of original methods for feature transformation, feature selection and prediction model building. A novel statistical framework is presented for performance assessment and comparison of risk prediction models.

In terms of applications, we show that these methods, used in combination with a priori biological knowledge of breast cancer and numerous public microarray datasets, have resulted in some important discoveries. In particular, the research presented here develops (i) a robust model for the identification of breast molecular subtypes and (ii) a new prognostic model that takes into account the molecular heterogeneity of breast cancers observed previously, in order to improve traditional clinical guidelines and state-of-the-art gene signatures./Cette thèse concerne le développement de techniques d'apprentissage (machine learning) afin de mettre au point de nouveaux outils cliniques basés sur des données moleculaires. Nous avons focalisé notre recherche sur le cancer du sein, un des cancers les plus fréquemment diagnostiqués. Ces outils sont développés dans le but d'aider les médecins dans leur évaluation du devenir clinique des patients cancéreux (cf. le pronostique).

Les approches traditionnelles d'évaluation du pronostique d'un patient cancéreux se base sur des critères clinico-pathologiques connus pour être prédictifs de la survie. Cette évaluation permet aux médecins de décider si un traitement est nécessaire après l'extraction de la tumeur. Bien que les outils d'évaluation traditionnels sont d'une aide importante, les cliniciens sont conscients de la nécessité d'améliorer de tels outils.

Dans les années 90, de nouvelles technologies à haut-débit, telles que le profilage de l'expression génique par biopuces à ADN (microarrays), ont été mises au point afin de permettre aux scientifiques d'analyser l'expression de l'entièreté du génôme de cellules cancéreuses. Ce nouveau type de données moléculaires porte l'espoir d'améliorer les outils pronostiques traditionnels et d'approfondir nos connaissances concernant la génèse du cancer du sein. Cependant ces données sont extrêmement difficiles à analyser à cause (i) de leur haute dimensionalité (plusieurs dizaines de milliers de gènes pour seulement quelques centaines d'expériences); (ii) du bruit important dans les mesures; (iii) de la collinéarité entre les mesures dûe à la co-expression des gènes.

Depuis 2002, des études comparatives à grande échelle ont permis d'identifier les méthodes performantes pour l'analyse de groupements et la classification de données microarray, négligeant l'analyse de survie pertinente pour le pronostique dans le cancer du sein. Pour pallier ce manque, cette thèse présente une méthodologie originale adaptée à l'analyse de données microarray et de survie afin de construire des modèles pronostiques performants et robustes.

En termes d'applications, nous montrons que cette méthodologie, utilisée en combinaison avec des connaissances biologiques a priori et de nombreux ensembles de données publiques, a permis d'importantes découvertes. En particulier, il résulte de la recherche presentée dans cette thèse, le développement d'un modèle robuste d'identification des sous-types moléculaires du cancer du sein et de plusieurs signatures géniques améliorant significativement l'état de l'art au niveau pronostique.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Lyonnet, Culinas du Moutier François-Xavier. "Cartographie génomique par analyse de signature ADN sur molécule unique issue de molécules en épingle à cheveux micro-manipulées par pinces magnétiques". Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018PSLEE036.

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Les techniques de micromanipulation de molécules d’ADN uniques offrent des perspectives nouvelles pour lire et exploiter l’information contenue dans les génomes. Cela inclut le séquençage, la cartographie, le dénombrement de molécules et l'identification de modifications chimiques de l'ADN. Dans ce contexte, l'Équipe ABCDLab de l'ENS a développé une méthode utilisant l’ouverture et la fermeture mécanique répétée d’une molécule d’ADN en épingle à cheveux par pince magnétique. Cet outil permet de déterminer la position d'hybridation de petits oligonucléotides ainsi que celle d'anticorps révélant la position de marques épigénétiques. Un avantage de cette approche est de pouvoir travailler sur la même molécule pour d’une part identifier les marques épigénétiques et d'autre part réaliser une cartographie de sa position dans le génome. Mon travail de thèse consiste à développer un ensemble de méthodes bio-informatique visant à réaliser cette étape de cartographie. Le signal expérimental consiste en lecture des positions d’hybridation d’un, ou de plusieurs petits oligonucléotides sur la molécule étudiée. Cette mesure permet de construire une signature spécifique de la molécule que l’on peut rechercher dans le génome d’origine. Dans ce travail de thèse, j'ai réalisé des expériences avec sur pinces magnétiques pour acquérir des signatures moléculaires sur des molécules sélectionnées en aveugle dans E. coli. J'ai développé un logiciel capable de faire la recherche de ces signatures dans un génome et ensuite effectué l’ensemble du traitement des données pour tester le logiciel. Après plusieurs étapes d’optimisation, j’ai pu retrouver la position génomique des molécules étudiées, établissant ainsi une preuve de concept de cette stratégie de cartographie. Le travail a concerné l'ensemble de la chaîne de mesure : (1) le choix des sondes utilisées pour constituer la signature d’une molécule observée en optimisant un ensemble de critères liés aux conditions expérimentales et à la combinatoire des motifs de séquence. (2) la mise au point d’algorithmes de cartographie adaptés aux caractéristiques expérimentales des mesures. Enfin, j'ai testé ces algorithmes, à la fois sur des données simulées in silico et in vitro sur de l'ADN d'origine bactérienne. Je discuterais en quoi les performances des solutions de cartographie développées ici sont influencées par, d’une part les limites du montage expérimental actuel, et d’autre part les limites des approches bioinformatiques. Je présenterais les voies d’amélioration possibles de ces dernières. Mes travaux établissent qu'identifier des molécules d’ADN uniques par pinces magnétiques est possible dans le contexte d’application épigénétique et en génomique
Single molecule micromanipulations technic offer new perspectives to read and unravel genome information. This includes sequencing, mapping, molecule counting and identification of DNA modifications. In this respect, ABCDLab team has developed a cutting edge method using repeated mechanical opening and closing of a DNA molecule with a hairpin shape using magnetic tweezers. This tool allows measuring along the DNA molecule the hybridization positions of oligonucleotides a few bases long and also to locate specific antibodies transiently bound to epigenetic markers. With this approach we can identify with the single molecule level epigenetics markers and localized them on the genome. My PhD work consisted of developing a set of bioinformatics methods to perform DNA mapping using magnetics tweezer signal consisting of hybridization positions along the studied molecule. This measurement may be viewed as a fingerprint of the molecule which can be searched on the reference genome. During my thesis, I have realized an experimental test using magnetic tweezers to acquire a set fingerprint data on a set of blinded selected molecules in the E. coli genome. I have developed a software performing a rapid search of these fingerprints inside the genome. Then I have performed the whole data treatment to check the software on the selected molecules. After several rounds of optimization, I have recovered the genetic position of the studied molecules, establishing a proof of concept of this cartography strategy. The work has addressed the whole measuring chain; (1) by choosing the oligonucleotides best adapted to obtain the molecular signature by optimizing the set of experimental constrains and combinatorial motifs of the sequence. (2) by tuning the cartography algorithm to adapt to the experimental measurement constrains. Finally, I have tested these algorithms, both on simulated data in silico and on experimental fingerprint in vitro. I shall discuss how the performances of these cartography solutions that have been developed here are impacted by the experimental limitations of the present technique, and by the bioinformatics limits. I shall present possible improvements to these methods. My studies constitute a proof of concept for genomic and epigenetic applications

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Maudoux, Christophe. "Vers l’automatisation de la détection d’anomalies réseaux". Electronic Thesis or Diss., Paris, HESAM, 2024. http://www.theses.fr/2024HESAC009.

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Nous vivons dans un monde hyperconnecté. À présent, la majorité des objets qui nous entourentéchangent des données soit entre-eux soit avec un serveur. Ces échanges produisent alors de l’activitéréseau. C’est l’étude de cette activité réseau qui nous intéresse ici et sur laquelle porte ce mémoire. Eneffet, tous les messages et donc le trafic réseau généré par ces équipements est voulu et par conséquentlégitime. Il est de ce fait parfaitement formaté et connu. Parallèlement à ce trafic qui peut êtrequalifié de ”normal”, il peut exister du trafic qui ne respecte pas les critères attendus. Ces échangesnon conformes aux attendus peuvent être catégorisés comme étant du trafic ”anormal”. Ce traficillégitime peut être dû à plusieurs causes tant internes qu’externes. Tout d’abord, pour des raisonsbassement mercantiles, la plus part de ces équipements connectés (téléphones, montres, serrures,caméras,. . . ) est peu, mal, voire pas protégée du tout. De ce fait, ils sont devenus les cibles privilégiéesdes cybercriminels. Une fois compromis, ces matériels communiquant constituent des réseaux capablesde lancer des attaques coordonnées : des botnets. Le trafic induit par ces attaques ou les communicationsde synchronisation internes à ces botnets génèrent alors du trafic illégitime qu’il faut pouvoir détecter.Notre première contribution a pour objectif de mettre en lumière ces échanges internes, spécifiques auxbotnets. Du trafic anormal peut également être généré lorsque surviennent des événements externesnon prévus ou extra-ordinaires tels des incidents ou des changements de comportement des utilisateurs.Ces événements peuvent impacter les caractéristiques des flux de trafic échangés comme leur volume,leurs sources, destinations ou encore les paramètres réseaux qui les caractérisent. La détection de cesvariations de l’activité réseau ou de la fluctuation de ces caractéristiques est l’objet de nos contributionssuivantes. Il s’agit d’un framework puis d’une méthodologie qui en découle permettant d’automatiserla détection de ces anomalies réseaux et éventuellement de lever des alertes en temps réel
We live in a hyperconnected world. Currently, the majority of the objects surrounding us exchangedata either among themselves or with a server. These exchanges consequently generate networkactivity. It is the study of this network activity that interests us here and forms the focus of thisthesis. Indeed, all messages and thus the network traffic generated by these devices are intentionaland therefore legitimate. Consequently, it is perfectly formatted and known. Alongside this traffic,which can be termed ”normal,” there may exist traffic that does not adhere to expected criteria. Thesenon-conforming exchanges can be categorized as ”abnormal” traffic. This illegitimate traffic can bedue to several internal and external causes. Firstly, for purely commercial reasons, most of theseconnected devices (phones, watches, locks, cameras, etc.) are poorly, inadequately, or not protectedat all. Consequently, they have become prime targets for cybercriminals. Once compromised, thesecommunicating devices form networks capable of launching coordinated attacks : botnets. The trafficinduced by these attacks or the internal synchronization communications within these botnets thengenerates illegitimate traffic that needs to be detected. Our first contribution aims to highlight theseinternal exchanges, specific to botnets. Abnormal traffic can also be generated when unforeseen orextraordinary external events occur, such as incidents or changes in user behavior. These events canimpact the characteristics of the exchanged traffic flows, such as their volume, sources, destinations,or the network parameters that characterize them. Detecting these variations in network activity orthe fluctuation of these characteristics is the focus of our subsequent contributions. This involves aframework and resulting methodology that automates the detection of these network anomalies andpotentially raises real-time alerts

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Urs, Chaitra Vijaygopalraj. "A Vehicle-collision Learning System Using Driving Patterns on the Road". Thesis, University of North Texas, 2013. https://digital.library.unt.edu/ark:/67531/metadc283807/.

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Demand of automobiles are significantly growing despite various factors, steadily increasing the average number of vehicles on the road. Increase in the number of vehicles, subsequently increases the risk of collisions, characterized by the driving behavior. Driving behavior is influenced by factors like class of vehicle, road condition and vehicle maneuvering by the driver. Rapidly growing mobile technology and use of smartphones embedded with in-built sensors, provides scope of constant development of assistance systems considering the safety of the driver by integrating with the information obtained from the vehicle on-board sensors. Our research aims at learning a vehicle system comprising of vehicle, human and road by employing driving patterns obtained from the sensor data to develop better systems of safety and alerts altogether. The thesis focusses on utilizing together various data recorded by the in-built embedded sensors in a smartphone to understand the vehicle motion and dynamics, followed by studying various impacts of collision events, types and signatures which can potentially be integrated in a prototype framework to detect variations, alert drivers and emergency responders in an event of collision.

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Baras, Cléo. "Tatouage informé de signaux audio numériques /". Paris : École nationale supérieure des télécommunications, 2006. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb40922772q.

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Ardin, Maude. "Investigating cancer aetiology through the analysis of somatic mutation signatures". Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSE1236/document.

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Les cellules cancéreuses sont caractérisées par des altérations de l'ADN causées par des facteurs exogènes, comme l'exposition à des agents environnementaux tels que le tabac ou les UV, ou par des mécanismes endogènes tels que les erreurs de polymérase lors de la réplication de l'ADN. L'analyse des causes et des conséquences de ces altérations permet de mieux comprendre les facteurs et mécanismes à l'origine du développement d'un cancer. Les technologies de séquençages à haut débit offrent l'opportunité d'étudier la nature précise de ces altérations à l'échelle du génome et permettent de révéler des signatures mutationnelles distinctes et spécifiques de cancérigènes, fournissant ainsi des hypothèses sur l'étiologie des cancers.L'objectif de ma thèse a consisté à développer des méthodes et des outils bioinformatiques accessibles et conviviaux permettant de faciliter l'analyse et l'interprétation des signatures mutationnelles à partir de données de séquençage à haut débit. L'application de ces outils et méthodes à des séries originales de tumeurs humaines et de systèmes expérimentaux de mutagénèse et carcinogénèse a permis de mieux caractériser la signature mutationnelle de l'acide aristolochique (AA) ainsi que d'autres cancérigènes d'intérêt
Cellular genomes accumulate alterations following exposures to exogenous factors, like environmental agents such as tobacco smoking or UV, or to endogenous mechanisms such as DNA replication errors. Analysing the causes and consequences of these changes allows a better understanding of the mechanisms underlying cancer development and progression. Next-generation sequencing (NGS) technologies provide the opportunity tostudy the nature of the resulting alterations on a genome-wide scale and started to reveal distinct mutational signatures specific to past carcinogenic exposures providing clues on cancer aetiology.The aim of my thesis was to develop user-friendly bioinformatic tools and methods for facilitating the analysis and interpretation of carcinogen-specific mutational signatures from NGS data. Applying these tools and methods to human tumours and experimental models of mutagenesis led to a better characterisation the mutational signature of aristolochic acid (AA), as well as other carcinogens of interest

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Naccache, David. "Signatures numériques et preuves à divulgation nulle, cryptanalyse, défense et outils algorithmiques /". Paris : École nationale supérieure des télécommunications, 1995. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb35821591m.

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Prat-Martinez, Jaime. "Étude des performances d'un prototype du calorimètre électromagnétique d'ALEPH : signature des électrons et réjection des pions". 63-Aubière : Impr. U.E.R. Sci, 1985. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb36110268r.

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Prat-Martinez, Jaime. "Etude des performances d'un prototype du calorimètre électromagnétique d'Aleph signature des électrons et réjection des pions". Grenoble : ANRT, 1985. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37595085g.

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Schweitzer, Alexis. "Amélioration du niveau de sécurité des systèmes électroniques programmables par application du concept d'analyse de signature". Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37609782n.

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Frausto, Bernal Paul Axayacatl. "ICARE-S2 : infrastructure de confiance sur des architectures de réseaux pour les services de signature évoluée /". Paris : École nationale supérieure des télécommunications, 2004. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb399352534.

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Schönwald, Arne [Verfasser], Hermann [Gutachter] Kolanoski, Marek [Gutachter] Kowalski i Sebastian [Gutachter] Böser. "Investigation of all-flavour neutrino fluxes with the IceCube detector using the cascade signature / Arne Schönwald. Gutachter: Hermann Kolanoski ; Marek Kowalski ; Sebastian Böser". Berlin : Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, 2016. http://d-nb.info/1102992852/34.

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Hubert, Jean-Noël. "Génomique des populations appliquée : détection de signatures de sélection au sein de populations expérimentales". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS141/document.

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La génomique des populations rend possible la mise en évidence de traces de sélection dans le génome. Les travaux effectués considèrent en général une échelle de temps longue (~ 10³ générations). En comparaison, peu d’intérêt a été porté aux études expérimentales de court terme (~ 10 générations). De telles expériences sont pourtant susceptibles de nous renseigner sur la base génétique de caractères complexes. Nous proposons une méthode de vraisemblance basée sur un modèle de Wright-Fisher pour détecter la sélection à partir d’échantillons génétiques temporels acquis sur une période de dix générations. Nous montrons par simulation que notre méthode permet de différencier les signaux dus à la combinaison de la sélection et de la dérive génétique de ceux dus à la dérive seule. Nous montrons également par simulation qu’il est possible d’estimer le coefficient de sélection appliqué à un locus testé. De plus, nous illustrons l’intérêt de notre méthode pour la détection de marqueurs candidats à la sélection au travers de deux études génomiques sur données réelles, chez le diable de Tasmanie (Sarcophilus harrisii) et chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Ces applications mettent en évidence des régions génomiques candidates pour des phénotypes complexes dans des contextes différents. Dans l’ensemble, nos résultats montrent qu’il est possible de détecter des gènes sujets à une sélection directionnelle intense à partir d’échantillons génétiques temporels, même si la sélection est de courte durée et si les populations examinées ont un faible effectif
Population genomics makes it possible to detect traces of selection in the genome. Studies in this field have mainly focused on long time scale (~ 10³ generations). In comparison, short-term experimental studies (~ 10 generations) have attracted much less interest. Such experiments are, however, likely to inform us about the genetic basis of complex characters. We propose a likelihood method based on a Wright-Fisher model to detect selection from genetic temporal samples collected over ten generations. We show through simulation that our method can disentangle signals due to the combination of genetic drift and selection to those due to drift alone. We also show through simulation that it is possible to estimate the selection coefficient applied to a tested locus. In addition, we illustrate the interest of our method for the detection of candidate markers for selection through two genome scans performed on real data, in the Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) and in the rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). These practical applications highlight candidate genomic regions for complex phenotypes in different contexts. Collectively, our results show the possibility of detecting genes submitted to strong directional selection from genetic time-series, even if selection is applied on a short time period and if the examined populations are small

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Brocard, Gilles. "Origine, variabilité spatio-temporelle et signature morphologique de l'incision fluviale dans les Alpes dauphinoises (S-E France) /". Grenoble : Laboratoire de géologie de l'Université I de Grenoble, 2003. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb39929432g.

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Matheis, Manfred. "Signaturen des Verschwindens : das Bild des Philosophen in Literatur und Philosophie um 1800 /". Würzburg : Königshausen & Neumann, 1997. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37110893r.

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Blachly, Alexander. "Mensuration and tempo in 15th-century music : cut signatures in theory and practice /". Ann Arbor (Mich.) : UMI, 2006. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb400633697.

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Kamoun, Aurélie. "Caractérisation des cancers de vessie par l’analyse intégrative des données de puces exons". Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA11T007.

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Les rapides progrès technologiques en matière de techniques de biologie à grande échelle, comprenant notamment les microarrays, conduisent en 2006 au développement d’une nouvelle génération de puces à très haute résolution, capables de cibler à la fois tous les gènes du transcriptome humain, mais également tous les exons de ces gènes pris individuellement. L’avènement de cette puce, communément appelée puce exon, permit d’obtenir une mesure précise des changements transcriptomiques affectant les cellules cancéreuses, en offrant la possibilité de prendre en compte l’expression relative de différents exons d’un même gène.L’épissage alternatif et la transcription alternative sont les deux principaux mécanismes biologiques à l’origine de l’existence de plusieurs transcrits pour un même gène. Ces processus biologiques ont été mis en évidence depuis longtemps mais leur régulation dans les cellules normales ainsi que leurs dérégulations dans les cancers sont encore mal caractérisées de par la complexité des mécanismes impliqués. Par leur design, les puces exons permettent de mettre en évidence la présence de variations d’expression entre plusieurs transcrits potentiels d’un même gène, ouvrant ainsi la voie à une meilleure compréhension de ces processus biologiques.A partir d’un important jeu de données d’échantillons de cancers de la vessie dont le profil transcriptomique fut obtenu par puces exons, nous nous sommes intéressés à l’étude des changements d’épissage alternatif et à l’utilisation de promoteurs alternatifs dans les tumeurs de vessie. L’utilisation d’outils statistiques et mathématiques dédiés à l’analyse de ces puces nous a permis dans un premier temps d’identifier de nombreux gènes dont l’expression relative des différents transcrits est spécifiquement dérégulée dans les tumeurs de vessie. Ces transcrits constituent une nouvelle source pour l’identification de cibles thérapeutiques spécifiques des tumeurs. Nous avons pu montrer qu’avec une approche ciblée sur les changements d’expression relative de transcrits alternatifs d’un même gène, il était possible de constituer un panel de potentiels marqueurs tumoraux permettant le développement de nouveaux tests urinaires utiles à la détection des cancers de vessie et à la surveillance des patients.Par une analyse non supervisée des profils d’exons potentiellement dérégulés, nous avons pu observer une stratification des tumeurs similaire à celle observée par l’étude des profils géniques issus de puces classiques, confirmant alors l’existence d’un sous groupe de tumeurs de vessie présentant des caractéristiques transcriptomiques propres. Nous avons pu associer à ce sous-groupe de mauvais pronostic, une signature d’inclusion différentielle de certains exons. Cette signature impliquant 19 gènes permet d’identifier précisément ces tumeurs de manière très spécifique et constitue par conséquent un outil puissant utilisable en clinique.L’étude ciblée d’une voie de signalisation fréquemment dérégulée dans les cancers nous a permis de mettre en évidence une dérégulation globale de l’expression relative des transcrits alternatifs de gènes impliqués dans la prolifération cellulaire, et d’en identifier de probables régulateurs. Enfin, L’analyse des données de puces exons à la lumière des données de méthylation de l’ADN nous a permis d’identifier un mécanisme épigénétique régulant l’utilisation de promoteurs alternatifs dans un sous-groupe de tumeurs de vessie.L’ensemble des résultats obtenus par l’analyse de ces puces exons a par conséquent permis de caractériser à l’échelle du transcrit les dérégulations spécifiques des tumeurs de vessie, et d’en identifier certains mécanismes. Ces dérégulations permettent non seulement d’identifier spécifiquement plusieurs sous-groupe de tumeurs dont un de mauvais pronostic, mais offrent également de nouvelles possibilités quant-à la recherche de marqueurs urinaires pour la surveillance des patients
The development of microarray technology in the late 1990’s served as an essential tool to comprehend the scope of transcriptomic deregulations occurring in cancer cells. Signals generated from the first generation of transcriptomic microarrays gave simultaneous measures of expression from a large number of genes, therefore enabling to identify candidate genes involved in cancer progression and putative therapeutic targets. In 2006, through a fast de- velopment of high-throughput technologies, the available large scale analysis tools became enriched with a new generation of high resolution microarrays measuring expression signals both at the gene-level and at the exon-level of each gene. The advent of this high-resolution microarray, commonly called exon array, provided the opportunity to get a more accurate meas- ure of transcriptomic changes affecting cancer cells by enabling to consider relative expression changes of the exons from a same gene.Alternative splicing and alternative transcription are the two main biological mechanisms accounting for the production of several transcripts from a same gene. Although these bio- logical processes have been known for a long time, their regulation in normal cells and their deregulation in cancer still remain challenging to well-characterize, mainly due to the complex- ity of the involved mechanisms. Through their design, exon arrays enable to identify variable expression patterns within several potential transcripts of a same gene, therefore bringing new insight into these biological processes.Based on a large dataset of bladder cancer samples that were profiled on exon arrays, we focused on the study of alternative splicing changes and alternative promoter usage in bladder tumours. Analysis of these exon arrays through the use of adapted statistical and mathemat- ical tools initially resulted in the identification of numerous genes showing differential relative expression patterns of their transcripts between cancer and normal samples. These transcripts represent a new opportunity to define tumour-specific therapeutic targets. We demonstrated that using an approach targeted on relative expression changes of transcripts from a same gene, it was possible to build up a panel of potential tumour-specific markers enabling the development of new urinary test to detect bladder cancer and monitor its evolution.Through an unsupervised analysis of putatively deregulated exon profiles, we observed that the partitioning of bladder tumours was similar to the classification resulting from the study of classical gene microarray expression profiles, consequently confirming the existence of a bladder subgroup with peculiar transcriptomic properties. For this subgroup of bad prognosis, we established a signature based on the differential alternative inclusion of several exons. This signature relates to 19 genes and enables to accurately identify tumours from this subgroup, therefore providing a powerful tool to be used in clinical practice.By studying a specific pathway often deregulated in cancer, we highlighted an overall dereg- ulation of the relative expression of alternative transcripts from genes involved in cell prolifer- ation, and identified potential actors involved in the underlying regulatory process. Eventually, the analysis of exon arrays in the light of DNA methylation array data enabled us to identify an epigenetic mechanism regulating the use of alternative promoters in a subgroup of bladder tumours.Together, the results obtained from exon array analysis consequently provided a character- ization at the transcript level of bladder tumour specific deregulations and brought insight into the underlying mechanisms. The highlighted deregulations not only allow to accurately identify two subgroups of tumours, of which one has a bad prognosis, but also offer new possibilities regarding the definition of urinary markers for patient monitoring

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Shinde, Jayendra. "Mutational signatures reveal the dynamic interplay of risk factors and cellular process during liver tumorigenesis". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC324/document.

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Le cancer est une maladie du génome. La transformation tumorale résulte de l’acquisition de mutations somatiques via divers processus mutagènes opérant tout au long de la vie du patient. Les mécanismes à l’origine des mutations incluent les erreurs de réplication, les défauts de réparation de l’ADN, les modifications de base spontanées ou catalysées par des enzymes cellulaires, et l’exposition à des agents mutagènes endogènes (ROS) ou exogènes (tabac, UV…). Au cours de ma thèse, j’ai analysé des données de séquençage exome et génome complet de tumeurs hépatiques pour décortiquer les mécanismes à l’origine des mutations dans ces tumeurs, leur interaction avec les facteurs de risque, les processus cellulaires, les gènes drivers, et leur évolution au cours de la maladie. J’ai utilisé des méthodes statistiques existantes et dévoloppé des outils bioinformatiques innovants pour:- extraire les signatures de mutations et de réarrangements structuraux à l’aide de données de séquençage à haut débit- identifier les facteurs de risque et/ou les altérations génétiques à l’origine de chacune- prédire les mécanismes mutagènes à l’origine de chaque mutation somatique- explorer les corrélations entre la densité des mutations et les processus cellulaires comme la réplication et la transcription- reconstruire l’histoire clonale des tumeurs et dater l’apparition des signatures mutationnelles et des aberrations chromosomiques.Ces approches innovantes m’ont permis d’identifier 10 signatures mutationnelles: 5 signatures ubiquitaires à l’œuvre dans toutes les tumeurs hépatiques mais modulées par les facteurs de risque (sexe, alcool, tabac), et 5 signatures sporadiques opérant dans moins de 5% des tumeurs et associées à des étiologies connues (aflatoxine B1, acide aristolochique) ou restant à identifier. J’ai aussi mis en évidence 6 signatures de réarrangements structuraux, notamment des phénotypes duplicateurs et déléteurs, spécifiques de petits groupes de tumeurs. Chaque processus mutagène est modulé différemment par la réplication et la transcription. Les signatures liées à des molécules formant des adducts sur l’ADN (hydrocarbures polycycliques aromatiques, aflatoxine B1, acide aristolochique) sont nettement moins actives dans les gènes fortement exprimés suite à l’action du transcription-coupled repair, alors que la signature 16, liée à l’alcool, présente un motif unique de transcription-coupled damage. Une corrélation étonnante entre la densité des petites insertions et délétions (indels) et l’expression des gènes a été identifiée, conduisant à une accumulation considérable d’indels dans les gènes très forterment exprimés dans les cellules hépatiques. Enfin, l’histoire clonale des tumeurs hépatiques montre l’évolution des signatures mutationnelles au cours du temps et identifie l’accumulation de gains chromosomiques multiples comme un évènement tardif entraînant probablement une croissance de la tumeur jusqu’à une taille détactable en clinique. Ces résultats nous éclairent sur les mécanismes à l’origine des altérations génomiques dans l’histoire naturelle des cancers du foie
Cancer is a disease of the genome. A normal cell goes rogue and is transformed into a cancerous cell due to acquired somatic mutations in its genome. The catalogue of these somatic mutations observed in the cancer genome is the outcome of multiple mutational processes that have been operative over the lifetime of a patient. These mutational processes that have occurred throughout the development of cancer may be infidelity of the DNA replication machinery, impaired DNA repair system, enzymatic modifications of DNA, or exposures to exogenous or endogenous mutagens. Each mutational process leaves a characteristic pattern – a “mutational signature” on the cancer genome. Various genomic features related to genome architecture, including DNA replication and transcription, modulate these mutational processes. During my PhD, I analyzed whole exome and whole genome sequencing data from liver tumors to understand the mutational processes remodeling these tumor genomes, their interaction with risk factors, cellular processes, and driver genes, and their evolution along the tumor histories. For that aim, I used existing statistical methods and I developed innovative computational tools to:- extract mutational and structural variant signatures from next-generation sequencing data- identify risk factors or genetic alterations underlying each process- predict the mutational process at the origin of each somatic mutation- explore correlations between mutation rates and cellular processes like replication and transcription- reconstruct the clonal history of a tumor and the timing of mutational processes and copy-number changes These innovative analytical strategies allowed me to identify 10 mutational signatures: 5 ubiquitous signatures operative in every liver cancer but modulated by risk factors (gender, alcohol, tobacco), and 5 sporadic signatures operative in <5% of HCC and associated with specific known (aflatoxin B1, aristolochic acid) or unknown mutational processes. I also identified 6 structural variant signatures, including striking duplicator or deletor phenotypes in rare tumors. Each mutational process showed a different relationship with replication and transcription. Signatures of bulky DNA adducts (polycyclic aromatic hydrocarbons, aflatoxin B1, aristolochic acid) strongly decreased in highly expressed genes due to transcription-coupled repair, whereas the alcohol-related signature 16 displayed a unique feature of transcription-coupled damage. A striking positive correlation between indel rate and gene expression was observed, leading to recurrent mutations in very highly expressed tissue-specific genes. Finally, reconstructing the clonal history of HCC revealed the evolution of mutational processes along tumor development and identified synchronous chromosome duplications as late events probably leading to fast tumor growth and clinical detection of the tumor. Together, these findings shed new light on the mechanisms generating DNA alterations along the natural history of liver cancers

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Sadeghinaeenifard, Fariba. "Automated Tree Crown Discrimination Using Three-Dimensional Shape Signatures Derived from LiDAR Point Clouds". Thesis, University of North Texas, 2018. https://digital.library.unt.edu/ark:/67531/metadc1157521/.

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Discrimination of different tree crowns based on their 3D shapes is essential for a wide range of forestry applications, and, due to its complexity, is a significant challenge. This study presents a modified 3D shape descriptor for the perception of different tree crown shapes in discrete-return LiDAR point clouds. The proposed methodology comprises of five main components, including definition of a local coordinate system, learning salient points, generation of simulated LiDAR point clouds with geometrical shapes, shape signature generation (from simulated LiDAR points as reference shape signature and actual LiDAR point clouds as evaluated shape signature), and finally, similarity assessment of shape signatures in order to extract the shape of a real tree. The first component represents a proposed strategy to define a local coordinate system relating to each tree to normalize 3D point clouds. In the second component, a learning approach is used to categorize all 3D point clouds into two ranks to identify interesting or salient points on each tree. The third component discusses generation of simulated LiDAR point clouds for two geometrical shapes, including a hemisphere and a half-ellipsoid. Then, the operator extracts 3D LiDAR point clouds of actual trees, either deciduous or evergreen. In the fourth component, a longitude-latitude transformation is applied to simulated and actual LiDAR point clouds to generate 3D shape signatures of tree crowns. A critical step is transformation of LiDAR points from their exact positions to their longitude and latitude positions using the longitude-latitude transformation, which is different from the geographic longitude and latitude coordinates, and labeled by their pre-assigned ranks. Then, natural neighbor interpolation converts the point maps to raster datasets. The generated shape signatures from simulated and actual LiDAR points are called reference and evaluated shape signatures, respectively. Lastly, the fifth component determines the similarity between evaluated and reference shape signatures to extract the shape of each examined tree. The entire process is automated by ArcGIS toolboxes through Python programming for further evaluation using more tree crowns in different study areas. Results from LiDAR points captured for 43 trees in the City of Surrey, British Columbia (Canada) suggest that the modified shape descriptor is a promising method for separating different shapes of tree crowns using LiDAR point cloud data. Experimental results also indicate that the modified longitude-latitude shape descriptor fulfills all desired properties of a suitable shape descriptor proposed in computer science along with leaf-off, leaf-on invariance, which makes this process autonomous from the acquisition date of LiDAR data. In summary, the modified longitude-latitude shape descriptor is a promising method for discriminating different shapes of tree crowns using LiDAR point cloud data.

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Nouboud, Fathallah. "Contribution à l'étude et la mise au point d'un système d'authentification de signatures manuscrites". Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37617074t.

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Belkhouche, Mohammed Yassine. "Multi-perspective, Multi-modal Image Registration and Fusion". Thesis, University of North Texas, 2012. https://digital.library.unt.edu/ark:/67531/metadc149562/.

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Streszczenie:

Multi-modal image fusion is an active research area with many civilian and military applications. Fusion is defined as strategic combination of information collected by various sensors from different locations or different types in order to obtain a better understanding of an observed scene or situation. Fusion of multi-modal images cannot be completed unless these two modalities are spatially aligned. In this research, I consider two important problems. Multi-modal, multi-perspective image registration and decision level fusion of multi-modal images. In particular, LiDAR and visual imagery. Multi-modal image registration is a difficult task due to the different semantic interpretation of features extracted from each modality. This problem is decoupled into three sub-problems. The first step is identification and extraction of common features. The second step is the determination of corresponding points. The third step consists of determining the registration transformation parameters. Traditional registration methods use low level features such as lines and corners. Using these features require an extensive optimization search in order to determine the corresponding points. Many methods use global positioning systems (GPS), and a calibrated camera in order to obtain an initial estimate of the camera parameters. The advantages of our work over the previous works are the following. First, I used high level-features, which significantly reduce the search space for the optimization process. Second, the determination of corresponding points is modeled as an assignment problem between a small numbers of objects. On the other side, fusing LiDAR and visual images is beneficial, due to the different and rich characteristics of both modalities. LiDAR data contain 3D information, while images contain visual information. Developing a fusion technique that uses the characteristics of both modalities is very important. I establish a decision-level fusion technique using manifold models.

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Etienne, Christian. "Réalisation et évaluation d'un sodar monostatique étude des signatures sodars en fonction de paramètres météorologiques". Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb375974345.

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49

Louahala, Sami. "Signatures spectrales de roches en milieu tempéré valeurs réelles et valeurs perçues par le satellite /". Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37615427x.

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50

Sudama, Gita. "There are observable metabolic signature patterns in C. elegans specifically for different life stages grown with and without the added antioxidants Vitamin C and Vitamin E? /". Fairfax, VA : George Mason University, 2008. http://hdl.handle.net/1920/3088.

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Streszczenie:

Thesis (Ph.D.)--George Mason University, 2008.
Vita: p. 214. Thesis director: James D. Willett. Submitted in partial fulfillment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy in Bioinformatics. Title from PDF t.p. (viewed July 7, 2008). Includes bibliographical references (p. 204-213). Also issued in print.

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Rozprawy doktorskie na temat „Signature ARN”

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