Literatura científica selecionada sobre o tema "Peuplement de poissons"

Abstract We present a method for combining individual indicator results into a comprehensive diagnostic of fishing impacts on fish populations and communities. A conceptual framework for interpreting combined trends in a set of simple indicators is proposed, relying beforehand on qualitative expectations anchored in ecological theory. The initial state of the community is first assessed using published information. Which combinations of trends are acceptable or undesirable is decided, depending on the initial status. The indicators are then calculated from a time-series and their time trends are estimated as the slopes of linear models. Finally, the test results are combined within the predefined framework, providing a diagnostic on the dynamics of fishing impacts on populations and communities. The method is demonstrated for nine coastal and shelf-sea fish communities monitored by French surveys. Most communities were persistently or increasingly impacted by fishing. In addition, climate change seems to have contributed to changes in East Atlantic communities. Cet article propose une méthode utilisant des indicateurs pour élaborer un diagnostic sur les effets de la pêche sur les populations et les peuplements de poissons. Un cadre conceptuel permet d'interpréter les tendances conjointes d'indicateurs à partir de la théorie écologique. L'état initial du peuplement est d'abord évalué sur la base d'informations publiées. En fonction de l'état initial et des objectifs de gestion, les combinaisons des tendances sont qualifiées d'indésirables ou satisfaisantes. Les indicateurs sont ensuite estimés à partir de données de campagnes de pêches scientifiques: abondance et longueur moyenne d'une sélection de populations, nombre, biomasse totale, poids moyen et longueur moyenne dans le peuplement, et la pente du spectre de taille multispécifique. Les tendances temporelles de ces indicateurs sont testées au moyen d'un modèle linéaire, et les résultats des tests sont combinés en un diagnostic final. La méthode est mise en œuvre pour neuf peuplements de poissons côtiers et du plateau continental, suivis par des campagnes françaises. Il en résulte que la plupart de ces peuplements sont affectés par la pêche de manière stationnaire ou croissante. Par ailleurs, les changements climatiques dans l'Atlantique Nord-Est contribuent aussi à des modifications dans les peuplements de poissons de cette région.

Le peuplement ichtyologique d'un marais littoral endigué, géré en eau douce, a été étudié sur une zone de 2 700 ha, située au nord du marais Breton-Vendéen (Loire-Atlantique, France). Le réseau hydraulique, qui représente près de 16 % de cette surface, se compose, d'environ 91 m de linéaire de fossés par ha (en tout 234 km) et de bassins présents uniquement dans la partie d'origine salicole du marais. Les hauteurs d'eau, l'envasement et le recouvrement par la végétation aquatique dépendent de la gestion humaine et sont très variables (moyennes respectives : 42 cm; 43 cm; 70 %). Cela se traduit par un morcellement spatial de l'habitat pour les poissons. La stratégie d'échantillonnage adoptée, qui tient compte de cette hétérogénéité, a permis de décrire un peuplement comportant 21 espèces. Dominé par les poissons-chats et par les anguilles, ce dernier est caractéristique de la zone à brèmes des cours d'eau. Les abondances sont relativement élevées (en moyenne 315 kg/ha et 11 460 poissons/ha), mais elles sont très hétérogènes. L'évolution qualitative et quantitative de la répartition spatio-temporelle est décrite à l'aide d'une analyse factorielle des correspondances portant sur 74 échantillons prélevés par pêche électrique entre 1987 et 1989. Bien que l'approche de ce milieu soit complexe et les références bibliographiques relativement rares, l'analyse des premières données permet d'ores et déjà d'identifier quelques problèmes de gestion ayant des répercussions directes sur le peuplement piscicole de cette zone.

L'étude combinée des apports par les crues, du plancton, des contenus algaux du tractus digestif des Cladocères et du régime alimentaire de quelques espèces de poissons dans le lac de barrage oligotrophe Bin El Ouidane a permis de dégager les conclusions suivantes : - les apports particulaires et dissous par les crues durant la période d'étude 1995-1997 ont une influence marquée sur la dynamique saisonnière du zooplancton via les changements dans la dynamique du peuplement phytoplanctonique ; - durant les trois années d'étude, le maximum de biomasse zooplanctonique se situe généralement juste après les pics printanier et estival du phytoplancton mettant ainsi en évidence l'importance du zooplancton herbivore dans la chaîne alimentaire pélagique du lac ; - l'étude des contenus algaux du tractus digestif des Cladocères Daphnia longispina, Daphnia lumholtzi, Diaphanosoma brachyurum, Ceriodaphnia dubia, Ceriodaphnia reticulata et Bosmina longirostris a montré que l'essentiel des espèces sont des filtreuses herbivores qui adoptent un comportement nutritionnel variable en fonction du temps lié à la disponibilité en phytoplancton, à leur âge et aux caractéristiques biotiques et abiotiques de l'écosystème lacustre ; - l'étude préliminaire du régime alimentaire de trois espèces de poissons Tinca tinca, Eupomotis gibbosus et Cyprinus carpio montre que leur spectre alimentaire est nettement dominé par le plancton. La fraction faunistique au niveau de leur tube digestif est représentée essentiellement par les Cladocères de grande taille et les Chironomes. Ceci met en évidence l'importance de ces poissons, à régime essentiellement planctonophage, dans la régulation des peuplements planctoniques de la retenue Bin El Ouidane.

Les peuplements zooplanctoniques et piscicoles de la retenue de Sainte-Croix (lac oligotrophe profond) ont été suivis de la mise en eau (1974) à 1986. La phase initiale de colonisation (1974-1975), caractérisée par le calanide Acanthodiaptomus denticornis et la dominance des espèces piscicoles peuplant antérieurement le Verdon lotique (Barbus fluvatilis, Leuciscus cephalus) a été de courte durée. Par la suite, les cladocères sont restés dominants avec cependant de profondes modifications dans la structure du peuplement. En 1977-78, Daphnia longispina était dominante tout au long de l'année (76 %). Plus récemment, cette espèce ne représentait plus que 34 %. des effectifs (1983-84), puis 24 % (1985-1986). La situation actuelle est caractérisée par la présence de Diaphanosoma brachyurum en été et l'abondance des petites formes (bosmines). L'ichtyofaune s'est elle aussi modifiée avec, notamment, une importante population d'ablette (Alburnus cluburnus), exploitant la zone pélagique. Son régime alimentaire est largement zooplanctonophage mais inclut mollusques et insectes lorsqu'elle est capturée en zone littorale. Cette augmentation de la pression de prédation a entraîné un net déplacement du spectre des tailles du zooplancton vers tes classes inférieures à 0,8 mm en 1986 (82 %) alors que les grandes formes ( > à 1 mm) représentaient 60 % des effectifs en 1977-78. Les densités de D. longispina et D. brachyurum décroissent rapidement entre 1983 et 1986. Les conséquences de cette prédation sélective sont discutées (évolution prévisible du système) ainsi que les causes pouvant expliquer l'absence de régulation efficace (densité-dépendance) dans un tel système prédateur-proie.

Résumé Les peuplements piscicoles introduits représentent une empreinte anthropique majeure de l’histoire biologique des lacs d’altitude. Basé sur un état de l’art, notre travail s’interroge sur la façon dont la production scientifique intègre cette composante ichtyologique introduite. L’étude limnologique de ces milieux se révèle profondément influencée par la façon dont le poisson est perçu et les trois courants mis en évidence témoignent d’une empreinte sociologique et idéologique forte dans les connaissances produites. Nous nous interrogeons donc sur la nécessité de repenser la place accordée aux peuplements piscicoles dans l’étude des lacs d’altitude.

L'étude de la variabilité physico-chimique et de la typologie ichtyenne a été réalisée dans les deux bras de la Garonne à Toulouse de 1994 à 1997. Ces deux bras sont soumis aux contraintes de l'endiguement, des barrages, et aux rejets industriels pour le bras inférieur. Ces perturbations créent une singularité au niveau du peuplement piscicole, qui apparaît différent du peuplement à l'amont et à l'aval. Les rejets industriels ont eu pour effet de rendre le bras inférieur abiotique jusqu'en 1985, mais une diminution de ces mêmes rejets depuis 1992 a conduit à la recolonisation de ces rejets depuis 1992 a conduit à la recolonisation de ce bras par une communauté piscicole aussi diversifiée que celle du bras supérieur. Les investigations écotoxicologiques et écologiques montrent peu de différences entre les deux bras. Paradoxalement, la densité de poissons est plus importante dans le bras pollué. Cependant, l'étude de la biologie permet de mieux démontrer l'effet de perturbations anthropiques, notamment sur la croissance. En effet, celle-ci apparaît moins rapide dans le bras pollué que dans le bras non pollué. Le peuplement de l'ensemble des deux bras est constitué de 30 espèces, et très largement dominé par les cyprinidés. Un tel peuplement est caractéristique des zones situées plus en aval, et se retrouve sur la Garonne à 100 km de Toulouse. Ainsi, lorsque l'on considère l'évolution du peuplement de poissons de la Garonne à Toulouse d'un point de vue spatio-temporel, celui-ci apparaît comme une discontinuité dans le continuum fluvial, et présente une différence entre les communautés piscicoles des deux bras. De plus, il a été également mis en évidence que ce peuplement change en fonction des saisons et selon le type d'habitat considéré.

Les zones intertidales jouent un rôle essentiel dans le renouvellement des ressources halieutiques. De nombreuses espèces marines, poissons comme macro-crustacés ont un cycle de vie qui leur impose de passer au cours de leur période juvénile par ces écosystèmes. De par sa position à l'interface terre-mer, la zone intertidale est soumise à d'importantes fluctuations des facteurs environnementaux. Cependant, la façon dont cet écosystème répond aux forçages environnementaux, notamment en ce qui concerne la composition et la structure des peuplements, leurs dynamiques et persistances saisonnières et interannuelles sont encore mal connues. En Manche Orientale, l'estran sableux représente plus de 70 % du littoral et constitue d'importantes zones de nourriceries pour les juvéniles de poissons. Dans ce contexte scientifique et régional, l'objectif global de cette thèse a été de décrire les assemblages des peuplements de poissons et de macro-crustacés de la zone intertidale et d'analyser l'influence de l'environnement sur les assemblages et la dynamique des espèces. Une telle étude a pour but de mieux comprendre le fonctionnement de cet écosystème et de préciser son importance dans le cycle biologique des espèces marines, notamment des espèces d'intérêt halieutique. Une première partie de ce travail a permis de déterminer la composition et la variabilité des assemblages de poissons et de macro-crustacés en relation avec les fluctuations environnementales et climatiques. A partir d'un suivi à long terme (11 années) mais aussi saisonnier, nous avons mis en évidence une stabilité des assemblages des peuplements de la macrofaune (poissons et crustacés). A l'inverse les abondances présentent des fluctuations interannuelles et saisonnières en relation avec des facteurs comme la NAO, la température, la salinité ou encore la turbidité. Dans la deuxième partie de la thèse, nous avons analysé si les variations des conditions environnementales de la zone intertidale pendant la période printanière sont d'ordre à affecter les performances physiologiques et la survie des juvéniles qui colonisent cet écosystème. Nous avons focalisé notre étude sur l'espèce de poisson dominante et la zone intertidale, la plie "Pleuronectes platessa". Différents indices qui reflètent les performances physiologiques des juvéniles (croissance et indices de conditions) ont été mesurés sur les juvéniles de plie tout au long de la période de colonisation. Les résultats montrent que la croissance récente, la condition K et l'état nutritionnel (ARN/ADN) des juvéniles de poissons sont élevés tout au long de la période de colonisation des juvéniles et présentent peu de variations intra- et interannuelles, indiquant que l'estran offre des conditions favorables au développement et à la survie des juvéniles de poisson et par conséquent à leur recrutement. Malgré l'importance du bloom de "Phaeocystis globosa" dans la région et de ses fortes variations interannuelles, nous n'avons pas constaté d'effets de ce bloom sur les assemblages, les abondances ou encore les performances physiologiques des poissons
Intertidal areas provide an essential habitat to fish and macrocrustaceans. These systems are particularly used by juveniles of many fish and macrocrustacean species as nurseries because of the potential advantages they provide for the growth and survival of young fish, namely high prey availability, refuge from predators and good environmental conditions. These habitats are in permanence subject to strong environmental and human fluctuations.Therefore, the comprehension of the functioning and the conservation of the sandy beaches are necessary to maintain the biodiversity and to guarantee the renewal of the fisheries. It is in this framework that our study oriented us to determine the importance of the environmental factors on one hand on the dynamic of the ichtyofauna and on the other hand on physiological performances of the juveniles of fish on the intertidal zones of the English Channel. First, this work allowed us to determine the composition and variability of the fish and macrocrustaceans assemblages in relationship with the environmental and climatic fluctuations. According to our results, the importance of the role of the intertidal habitats of the English Channel in the renewal of the fisheries was proved. Standard qualitative community ecology metrics (species composition, richness, diversity, evenness and similarity) indicated notable inter-annual stability over the study period. Afterward, a 2nd part of this study was consecrated to the seasonal study of the assemblages and the impact of the environmental changes. Our results allowed us to demonstrate that abiotic and climatic factors (mainly temperature, salinity, suspended matter and the winter NAO) have a great influence on the structure of fish and macrocrustacean assemblages but also the impact of Phaeocystis globosa blooms on the population structure. To better understand the nursery functions, the study of physiological performances of juvenile common plaice Pleuronectes platessa during the spring period on the intertidal zone was discussed in order to understand if changes in the environment have an impact on their healthy development. For this, we analyzed various indices that reflect the physiological performance of juvenile common plaice (growth and condition indeces). The results show that the recent growth, the Fulton's K and nutritional ratio RNA/DNA juvenile fish are high throughout the juvenile period of colonization, indicating that nurseries are favorable to the development and survival of fish and therefore their recruitment. Finally, all the work presented shows that the environment of the intertidal areas of the Eastern English Channel is favorable to good life cycle course of marine fish fauna

Le peuplement ichthyologique a ete echantillonne avec une senne de plage dans les herbiers domines par enhalus acoroides des iles osi et marsegu a l'archipel des molusques, indonesie. La profondeur des deux stations etudiees varie entre 0,50 et 1,25 m. L'utilisation d'elefan a permis d'exprimer la croissance, la totale mortalite et le recrutement de monacanthus tomentosus (monacanthidae). La relation taille-poids, calcule par la methode de l'axe majeur reduit montre que la croissance de cette espece est allometrique majorante. Le regime alimentaire de chacune des 19 especes recoltees a ete analyse qualitativement. Les crustaces, les mollusques et les vegetaux sont les proies importantes les plus consommees. Toutes les especes etudiees montrent qu'il y a des poissons herbivores, des poissons carnivores, des poissons omnivores et des poissons piscivores. L'etude des regimes alimentaires d'especes a mis en evidence qu'il y a 4 niveaux trophiques. La variation du regime alimentaire en fonction de la taille des individus montre que les regimes alimentaires des jeunes individus sont generalement differents de ceux de l'adulte

Cette étude expérimentale réalisée in situ, à l'aide de mésocosmes, a permis de déterminer certains effets simples et interactifs de la prédation (force top-down) et des nutriments (force bottom-up) sur la structure d'un peuplement phytoplanctonique lacustre. Les résultats montrent que quels que soient les apports en nutriments, il n'y a pas eu dégradation de la qualité de l'eau dans les enceintes sans poissons zooplanctonophages et que la biomasse algale a été régulée par des espèces de grands cladocères très abondantes dans ce cas. En présence de cyprinidés et d'apports conséquents en nutriments, la diversité spécifique, l'abondance totale et le biovolume des microalgues ont subi un net accroissement. Dans ces conditions, la prédation exercée par les poissons a favorisé l'installation de petits herbivores (rotifères et petits cladocères) au détriment des grandes formes. L'augmentation de la taille des microalgues et le développement de certains de leurs appendices concomitants avec la réduction de la taille des herbivores a pour conséquence une nette réduction de la pression du broutage et une dégradation de la qualité de l'eau par la prolifération algale. Par ailleurs, les résultats de l'étude font ressortir des stratégies de défense anti-herbivorie chez Scenedesmus quadricauda et Ceratium hirundinella. Les observations et les données acquises au cours de ce travail, confirment l'importance des forces top-down et bottom-up, dont les actions sont simultanées et déterminantes pour la structure et le fonctionnement des réseaux trophiques pélagiques lacustres

La compréhension de la connectivité entre les nourriceries estuariennes et les habitats marins est fondamentale pour l'étude de la dynamique des peuplements et des populations de poissons et pour la conception de stratégies efficaces de conservation et de gestion des pêches. Le but de ce travail était donc de fournir une première référence faunistique et écologique des poissons des estuaires et du lagon de l'île de Socotra (Nord-Ouest de l'Océan Indien) pour les gestionnaires de la zone côtière, avec un accent particulier sur le fonctionnement des populations d'une espèce sentinelle: Terapon jarbua. Dans cette étude, une approche multidisciplinaire a été développée afin de comprendre le fonctionnement et l'importance des estuaires (TOCE's : Temporarily Open / Closed Estuaries) et du lagon de l'île de Socotra pour les poissons marins. Différents outils de la biologie et de la chimie (taxonomie, écologie, phylogéographie, génétique des populations, microstructure et microchimie des otolithes) ont été utilisés et les principales conclusions de ce travail sont les suivantes: 1) Les estuaires de Socotra sont composés de 64 espèces dans 30 familles, un chiffre élevé par rapport aux normes régionales. La comparaison avec les inventaires faunistiques d'Afrique du Sud et du Yémen suggère que Socotra joue le rôle de tremplin biogéographique, en permettant la connexion d'une grande variété de groupes taxonomiques provenant de différentes unités biogéographiques. De plus 33 des 64 espèces recensées sont considérées comme importantes pour l'économie locale, soulignant l'importance primordiale des estuaires comme sites de fraie et nourriceries, pour le fonctionnement durable des services écosystémiques. 2) La phylogéographie et la structure génétique des populations de T. jarbua ont été analysées considérant des marqueurs de type Cytochrome c Oxydase sous-unité I et microsatellites. Une différenciation génétique élevée et significative a été observée à l'échelle de l'Indo-Ouest Pacifique. Trois groupes de populations ont pu être identifiés, le groupe du Nord-Ouest de l'Océan Indien (Socotra, Yémen et Iran), le groupe de l'Ouest de l'Inde et le groupe de la Mer de Chine. Cependant, les grandes différences nucléotidiques observées soulèvent certaines questions concernant l'identification de l'espèce et suggèrent que T. jarbua pourrait être en réalité un complexe d'espèces, en dépit du fait que la coloration caractéristique de T. jarbua facilite son identification. A l'échelle plus restreinte du Nord-Ouest de l'Océan Indien, une expansion récente de la population de T. jarbua après des extinctions locales au cours des glaciations du Pléistocène pourrait expliquer la faible mais significative différenciation génétique. Le génotypage des marqueurs microsatellites souligne une différenciation génétique relativement élevée et significative entre les estuaires, sur le secteur Socotra-Yémen. Si la distance géographique n'est pas un facteur structurant majeur des populations de T. jarbua dans la région du Golfe d'Aden, le lien étroit entre les juvéniles T. jarbua et les TOCE, ainsi que les phénomènes d'ouverture associés à de possibles goulots d'étranglement démographiques dans ces systèmes côtiers, peuvent expliquer la mise en place d'une différenciation génétique locale significative entre les estuaires. Bien que l'environnement dynamique de la région puisse limiter la différenciation génétique, la courte durée du stade larvaire de cette espèce (25 jours estimés par la lecture des microstructures de l'otolithe) et la possible rétention des larves dans certains secteurs peuvent réduire l'homogénéisation à plus grande échelle géographique. 3) Les analyses de la composition élémentaire des nucleus d'otolithes suggèrent l'existence de plusieurs zones de fraie marines ; ces données confrontées aux résultats des investigations en génétique des populations suggèrent un modèle régional de métapopulation composée de sous-populations ouvertes…
Understanding connectivity between estuarine nurseries and marine habitats is fundamental to explore fish population dynamics and to the design of effective conservation and fisheries management strategies. The aim of this work was to provide the first faunistic and ecological baseline of Socotra Island (North-Western Indian Ocean) estuaries and lagoon fishes for governmental coastal managers and decision makers, with a particular focus on the population functioning of a sentinel species: Terapon jarbua. In this study, a multidisciplinary approach was developed to understand the functioning and importance of Socotra estuaries (TOCE's: Temporarily Open / Close Estuaries) and lagoons for marine fishes. Several biological and chemical tools (taxonomy, ecology, phylogenetics, population genetics, otolith microstructure, otolith microchemistry) were used and the main findings of this work are as follows: 1) Socotra estuaries are composed of 64 species in 30 families, a high figure by regional standards. The comparison with faunistic records from South Africa and Yemen mainland provides further support to Socotra's function as a biogeographic "stepping stone" for certain species. Moreover 33 out of the 64 recorded species were considered as relevant species for the local economy. This underscores the paramount importance of these coastal water bodies as spawning and nursery sites and for the sustainability of vital provisioning ecosystem services. 2) The phylogeography and the genetic structure of T. jarbua populations were analyzed considering Cytochrome c Oxidase subunit I and microsatellites and underlined two patterns of genetic structure. A high and significant genetic differentiation was observed at the scale of the Indo-West Pacific. Three population clusters could be drawn, the North-Western Indian Ocean cluster (Socotra, Yemen and Iran), the West Indian Shelf cluster and the Chinese Sea cluster. However, the large number of nucleotide differences raised some issues concerning the species identification as T. jarbua might be a species complex, despite the fact that it shows a characteristic color pattern easily identifiable. At the restricted scale of the North-Western Indian Ocean, recent population expansion after local extinctions during the Pleistocene glaciations might explain small but significant genetic differentiation. Considering microsatellites, genotyping highlighted a relatively high and significant genetic differentiation between estuaries, over the Socotra-Yemen region. Geographical distance is not a major structuring factor for T. jarbua populations in the wider Gulf of Aden region. The strict link between juvenile T. jarbua and TOCE's, and the opening/closing associated with possible demographic bottlenecks, could increase the local differentiation among estuaries. Although the dynamic environment of the region driven by the monsoon system could reduce the genetic differentiation between populations, the short larval stage duration and potential larval retention in particular sectors might reduce homogenization over larger geographical scale. 3) The analysis of otolith nucleus elemental composition suggested the existence of several marine spawning grounds, thus confirming the population genetics approach suggesting a regional model of metapopulation composed of open subpopulations (i.e. multiple sources and more or less pronounced mixtures of larval flows displaying a spatio-temporal variability). In addition, transect Sr:Ba ratio analysis along the otolith growth axis showed clear pattern of post larval migrations into estuarine nurseries where individuals remain for two years. Finally, otolith edges elemental fingerprint assignation tests to nurseries were highly accurate and could conduct in the future to the assessment of the contribution level of a particular nursery to the adult population of T. jarbua as well as others ecologically or economically important species

La compréhension de la connectivité entre les nourriceries estuariennes et les habitats marins est fondamentale pour l'étude de la dynamique des peuplements et des populations de poissons et pour la conception de stratégies efficaces de conservation et de gestion des pêches. Le but de ce travail était donc de fournir une première référence faunistique et écologique des poissons des estuaires et du lagon de l'île de Socotra (Nord-Ouest de l'Océan Indien) pour les gestionnaires de la zone côtière, avec un accent particulier sur le fonctionnement des populations d'une espèce sentinelle: Terapon jarbua. Dans cette étude, une approche multidisciplinaire a été développée afin de comprendre le fonctionnement et l'importance des estuaires (TOCE's : Temporarily Open / Closed Estuaries) et du lagon de l'île de Socotra pour les poissons marins. Différents outils de la biologie et de la chimie (taxonomie, écologie, phylogéographie, génétique des populations, microstructure et microchimie des otolithes) ont été utilisés et les principales conclusions de ce travail sont les suivantes: 1) Les estuaires de Socotra sont composés de 64 espèces dans 30 familles, un chiffre élevé par rapport aux normes régionales. La comparaison avec les inventaires faunistiques d'Afrique du Sud et du Yémen suggère que Socotra joue le rôle de tremplin biogéographique, en permettant la connexion d'une grande variété de groupes taxonomiques provenant de différentes unités biogéographiques. De plus 33 des 64 espèces recensées sont considérées comme importantes pour l'économie locale, soulignant l'importance primordiale des estuaires comme sites de fraie et nourriceries, pour le fonctionnement durable des services écosystémiques. 2) La phylogéographie et la structure génétique des populations de T. jarbua ont été analysées considérant des marqueurs de type Cytochrome c Oxydase sous-unité I et microsatellites. Une différenciation génétique élevée et significative a été observée à l'échelle de l'Indo-Ouest Pacifique. Trois groupes de populations ont pu être identifiés, le groupe du Nord-Ouest de l'Océan Indien (Socotra, Yémen et Iran), le groupe de l'Ouest de l'Inde et le groupe de la Mer de Chine. Cependant, les grandes différences nucléotidiques observées soulèvent certaines questions concernant l'identification de l'espèce et suggèrent que T. jarbua pourrait être en réalité un complexe d'espèces, en dépit du fait que la coloration caractéristique de T. jarbua facilite son identification. A l'échelle plus restreinte du Nord-Ouest de l'Océan Indien, une expansion récente de la population de T. jarbua après des extinctions locales au cours des glaciations du Pléistocène pourrait expliquer la faible mais significative différenciation génétique. Le génotypage des marqueurs microsatellites souligne une différenciation génétique relativement élevée et significative entre les estuaires, sur le secteur Socotra-Yémen. Si la distance géographique n'est pas un facteur structurant majeur des populations de T. jarbua dans la région du Golfe d'Aden, le lien étroit entre les juvéniles T. jarbua et les TOCE, ainsi que les phénomènes d'ouverture associés à de possibles goulots d'étranglement démographiques dans ces systèmes côtiers, peuvent expliquer la mise en place d'une différenciation génétique locale significative entre les estuaires. Bien que l'environnement dynamique de la région puisse limiter la différenciation génétique, la courte durée du stade larvaire de cette espèce (25 jours estimés par la lecture des microstructures de l'otolithe) et la possible rétention des larves dans certains secteurs peuvent réduire l'homogénéisation à plus grande échelle géographique. 3) Les analyses de la composition élémentaire des nucleus d'otolithes suggèrent l'existence de plusieurs zones de fraie marines; ces données confrontées aux résultats des investigations en génétique des populations suggèrent un modèle régional de métapopulation composée de sous-populations ouvertes (sources multiples et mélange plus ou moins marqué des flux larvaires présentant une variabilité spatio-temporelle). De plus, les analyses des ratios Sr:Ba le long de l'axe de croissance des otolithes ont clairement montré des patrons de migrations des post-larves dans les estuaires où les juvéniles resteront deux ans. Enfin, les tests d'assignation d'empreintes géochimiques en bordure d'otolithe à des nourriceries spécifiques se sont avérés être très précis et pourraient conduire à terme à estimer la contribution d'une nourricerie à une population adulte de T. jarbua ainsi que d'autres espèces d'importance écologiques et économiques.

L'analyse des aspects hydrauliques des ecosystemes fluviaux se heurte a la complexite d'une part de l'hydraulique des cours d'eau naturels et d'autre part du fonctionnement des systemes biologiques. Face a la demande croissante d'outils quantitatifs permettant de predire l'impact sur les poissons, plantes ou invertebres des amenagements fluviaux, hydrauliciens et ecologues ont developpe des modeles d'habitat issus du couplage 1) de modeles decrivant les conditions hydrauliques locales dans des troncons de cours d'eau avec 2) des modeles de preference des especes pour ces conditions, inspires du concept de niche ecologique. Les validations de ces modeles sont rares, monospecifiques et controversees. Cette these propose une modelisation statistique de l'habitat hydraulique, basee sur les similitudes de forme des distributions en frequence de vitesse, hauteur et contrainte observees dans plus de 50 troncons de bassins differents. Ces modeles hydrauliques statistiques, d'utilisation particulierement simple, mettent en evidence le role de variables clefs de l'hydraulique comme le nombre de froude des troncons sur la diversite des habitats. Couples avec de nouveaux modeles de preference piscicoles, ils fournissent un modele d'habitat statistique. Teste sur 11 troncons du bassin du rhone ayant fait l'objet de suivis piscicoles de long-terme, et malgre de fortes variations geographiques des peuplements, le modele d'habitat explique 13% de la variabilite observee de la structure specifique du peuplement, 23% de cette variabilite au niveau plus general des traits biologiques, et 35 a 47% de cette variabilite dans des cadres geographiques restreints. Il explique egalement jusqu'a 92% de la variabilite d'indices piscicoles synthetiques qui, par ailleurs, sont lies aux variables hydrauliques clefs (froude, reynolds) ainsi qu'a la geomorphologie. Ces resultats significatifs confirment le role majeur de l'hydraulique sur les communautes piscicoles. Ils ouvrent d'attractives perspectives d'application (illustrees dans le cas de la gestion des debits du rhone) et de generalisation. Ils ouvrent egalement un large champ de recherche qui concerne les liens generaux entre les descripteurs synthetiques indissociables de l'hydraulique, de la geomorphologie et de la biologie des ecosystemes fluviaux.

Ce travail poursuit un double objectif: fournir une synthèse des données existantes concernant l'ichtyocoenose du bassin de la seine et, au delà, comprendre les modalités d'organisation des peuplements piscicoles a l'échelle d'un bassin fluvial. La première partie aborde, a travers plusieurs niveaux de perception temporelle, les aspects relatifs a l'évolution des peuplements piscicoles. L'origine biogéographique de la faune est rappelée. Le poids des activités humaines sur la composition de l'ichtyocoenose actuelle est souligne. Enfin, l'évolution de la structure des peuplements depuis le milieu du siècle dernier est détaillée pour quelques secteurs du bassin. La seconde partie analyse l'organisation actuelle des peuplements a l'échelle du bassin en liaison avec différents paramètres de l'environnement. Deux facteurs structurants sont plus particulièrement examinés: le gradient longitudinal du réseau fluvial responsable d'une succession d'espèces de l'amont vers l'aval, et l'organisation régionale du bassin qui conduit a une différenciation des peuplements issus de rivières traversant des régions naturelles différentes. La conclusion insiste sur l'importance de prendre en compte la dimension historique dans l'étude des peuplements et sur la complexité de l'expression de la diversité des ichtyocoenoses en milieu fluvial