Дисертації з теми "Poumon – Résistance aux maladies"
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Bellanger, Anne-Pauline. "Etude des interactions initiales entre moisissures et cellules épithéliales respiratoires dans les pathologies fongiques infectieuses (aspergillose invasive) et immuno-allergiques (pneumopathies d'hypersensibilité)." Besançon, 2010. http://www.theses.fr/2010BESA0006.
Анотація:
Les moisissures sont des champignons microscopiques ubiquitaires présents dans l'environnement qui peuvent être responsables de pathologies fongiques caractérisées par des manifestations cliniques variées. Les mécanismes de défense immunitaire contre les agents fongiques sont nombreux, allant de mécanismes protecteurs, mis en jeu immédiatement (immunité innée) à des mécanismes adaptatifs sophistiqués qui sont induits spécifiquement pendant l'infection (immunité adaptative cellulaire). Ce travail comporte une partie bibliographique sur les mécanismes physiopathologiques mis en jeu en cas d'infection (exemple de l'argillose invasive) et en cas de réaction d'hypersensibilité (exemple de la maladie du poumon de fermier) et sur les outils (modèles cellulaires et techniques analytiques) permettant d'étudier ces mécanismes physiopathologiques. Dans les travaux de recherche, nous nous sommes intéressés au rôle de l'épithélium respiratoire, première ligne de défense de l'hôte lors de l'inhalation d'agents fongiques, dans deux situations, l'une aboutissant à un mécanisme infectieux, l'aspergillose invasive, et l'autre à une réponse d'hypersensibilité retardée avec dépôts d'immuns complexes, la maladie du poumon de fermier. L'étude de la réponse initiale des cellules épithéliales pulmonaires, première barrière de défense de l'organisme, nous a permis de mieux appréhender les mécanismes mis en jeu en réponse à l'inhalation de différents allergènes. Ainsi, le rôle de la germination des conidies dans le développement de la réaction inflammatoire au cours de l'aspergillose a pu être établi et de nouveaux arguments en faveur du rôle pathogène des moisissures dans le poumon de fermier ont été acquis, en particulier pour A. Corymbifera, alors que pour cette maladie, seul S. Rectivirgula, actinomycète thermophile, est retenu comme agent étiologique depuis des années. Par ailleurs, le travail effectué avec les fractions protéiques purifiées d'E. Amstelodami a mis en évidence un rôle prépondérant des protéines de la forme filament dans la réponse inflammatoire initiale. Afin d'approfondir les mécanismes physiopathologiques mis en jeu et d'étudier le rôle des moisissures dans le recrutement lymphocytaire, nous avons comme projet d'utiliser à présent les cellules dendritiques. Ces cellules sont obtenues après traitement par facteurs de croissance de monocytes sanguins prélevés chez des sujets sains (voire même dans un deuxième temps chez des agriculteurs malades). Plusieurs études rapportent l'intérêt des cellules dendritiques, qui sont spécialisées dans la reconnaissance, le traitement et la présentation des antigènes, et qui jouent un rôle fondamental dans la régulation de l'immunité innée et adaptative. De ce fait, les travaux futurs utilisant ce type cellulaire devraient être riches en informations et permettre de compléter les données obtenues concernant la première étape initiale épithéliale.
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Waldschmidt, Ingrid. "Effet de l’effort, l’entrainement et l’inflammation sur l’immunité innée des voies respiratoires profondes du Trotteur Français." Caen, 2013. http://www.theses.fr/2013CAEN2095.
Анотація:
Les chevaux athlètes sont couramment atteints d’affections respiratoires, touchant principalement les voies respiratoires profondes et à l’origine de contre-performance. Malgré la fréquence de ces affections, les mécanismes impliqués restent méconnus même si le lien entre l’inflammation respiratoire et l’immunité semble incontestable. Les pistes de recherche sont néanmoins nombreuses et les connaissances sur l’étiologie de ces affections nécessitent d’être améliorées. L’objectif global de cette thèse est de mieux comprendre l’impact de l’effort, l’entrainement et l’inflammation sur l’immunité innée respiratoire pulmonaire. Pour cela, la première partie de ce travail a consisté à établir un modèle expérimental d’évaluation de l’immunité innée pulmonaire du cheval, notamment un modèle de stimulation des TLR, récepteurs impliqués dans la reconnaissance des motifs pathogènes. Les macrophages alvéolaires ont été isolés des lavages broncho-alvéolaires des chevaux par adhésion et les conditions de stimulation des TLR 2/6, 3 et 4 ont été mises au point par PCR. La production de cytokines par les macrophages alvéolaires a été quantifiée par ELISA et l’expression des TLR par PCR. Ce modèle expérimental est utilisable dans divers conditions physiologiques ou pathologiques afin d’évaluer la capacité des macrophages alvéolaires à identifier des motifs pathogènes ex vivo. Ce modèle expérimental a été utilisé dans la seconde étape de ce travail afin d’évaluer l’effet de l’effort et l’entrainement sur l’immunité innée respiratoire des chevaux en suivi longitudinal. Un lot de 8 chevaux expérimentaux a été entrainé et des prélèvements respiratoires ont été réalisés à des étapes clés du protocole. Les macrophages alvéolaires ont été isolés et leur réponse immune évaluée selon le protocole préalablement défini. Les résultats de cette étude ont montré un effet modeste de l’effort ponctuel et un effet néfaste et durable de l’entrainement sur l’immunité innée respiratoire, notamment une immunosuppression anti-virale et anti-bactérienne. L’effet de l’inflammation a été évalué sur un lot de chevaux de terrain, souffrant d’affections respiratoires (IAD et infection bactérienne) en utilisant ce même modèle d’évaluation de l’immunité innée respiratoire. Les résultats de cette étude ont montré que la réponse des macrophages alvéolaires de chevaux atteint d’IAD n’est pas significativement différente de celle de chevaux sains tandis la réponse des cellules à la stimulation du TLR 4 est augmentée chez les chevaux atteints d’affections respiratoires. Cependant le nombre réduit de chevaux inclus dans l’étude nous oblige à rester prudent dans l’interprétation de ces résultats. Pour conclure, la réalisation de ces travaux a permis d’établir un modèle expérimental permettant d’évaluer la réponse immunitaire des macrophages alvéolaires face à des mimétiques de pathogènes. L’utilisation de ce modèle a permis de mettre en évidence l’impact négatif de l’entrainement sur l’immunité anti-virale et anti-bactérienne, expliquant en partie la plus grande susceptibilité des chevaux athlètes aux affections pulmonaires durant ces périodes. L’étiologie de l’IAD reste encore floue, des études complémentaires utilisant un effectif plus élevé de chevaux seraient nécessaires pour compléter nos résultatsLower airway diseases are a common problem in sport and racing horses. Because the innate immunity plays an essential role in lung defense mechanisms against pathogens, we aimed to assess the effect of acute exercise, training and inflammation on pulmonary innate immune responses. In the first step of these PhD research, we evaluate an experimental model to assess equine pulmonary innate immune response which could be used in several conditions. Alveolar macrophages were isolated from broncho-alveolar lavages using an adhesion method and stimulated by TLR 2/6, 3 and 4 agonists. TLR are receptors able to recognize pathogen associated molecular patterns and to induce an immune response. Best conditions of alveolar macrophages stimulations were selected using PCR method. Evaluation of alveolar macrophages response to TLR ligands was performed by measurement of cytokine production in culture supernatants by ELISA. TLR relative expression was quantified by PCR. This experimental model was used in the second step of this work to evaluate the effect of strenuous exercise and training on respiratory innate immunity of horses. A longitudinal study was organized using eight young standardbred horses. Horses were trained and respiratory samplings were performed at different step of the protocol. Results of this study show a moderate effect of strenuous exercise and a negative and prolonged effect of training on alveolar macrophage response against viruses and bacteria. Effect of respiratory inflammation was assessed on owner horses presented at Cirale for respiratory affections. Pulmonary innate immunity was evaluated using the experimental model and compared between healthy horses and horses suffering of IAD and bacterial infection. Results show that alveolar macrophage response of IAD horses was not different from those of healthy horses. Alveolar macrophage response to TLR 4 stimulation was higher in bacterial infection group than in healthy group but the low number of horses included in each group need to take these results with caution. To conclude, this PhD research provides an experimental model to evaluate the ability of alveolar macrophages to recognize pathogens and initiate an immune response. The effect of strenuous exercise and training was assessed using this experimental model and show the negative impact of training on viral and bacterial immunity, which partly explain the high sensitivity of horses to respiratory affections during training periods. Molecular mechanisms involved in IAD stay unknown; complementary studies including higher number of horses should be required to complete these data
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Guérard, Marie. "Signalisation nucléaire de l'IGF-1R et résistance aux thérapies anti-EGFR dans les cancers du poumon." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016GREAV085/document.
Анотація:
Responsable de 1,6 million de décès par an dans le monde, le cancer du poumon constitue aujourd’hui la première cause de mortalité par cancer. Les cancers bronchiques non-à-petites cellules représentent 85% des cancers du poumon et ont un pronostic vital très mauvais. Les EGFR-TKI (inhibiteurs de l’activité tyrosine kinase de l’EGFR, gefitinib) constituent un réel progrès thérapeutique pour le traitement des cancers du poumon. Cependant, ces traitements ne sont efficaces que dans un petit sous-groupe de patients. Un des enjeux actuels est donc d’identifier les mécanismes de résistance primaire mis en jeu par les tumeurs.Les récepteurs à activité tyrosine kinase (RTK) activent des voies de signalisation intracellulaires depuis la membrane plasmique. Ces dernières années, une translocation nucléaire des RTK a également été mise en évidence. Ces travaux récents suggèrent que la signalisation nucléaire des RTK pourrait contribuer à la résistance des tumeurs en réponse aux thérapies anti-cancéreuses.Dans l’équipe, il a été montré que l’activation de l’IGF-1R est associée à la progression tumorale des adénocarcinomes pulmonaires et que le gefitinib induit une accumulation nucléaire de l’IGF-1R dans un modèle d’adénocarcinome mucineux. Sur la base de ces résultats, nous avons émis l’hypothèse que l’IGF-1R nucléaire pourrait jouer un rôle dans la résistance aux EGFR-TKI des adénocarcinomes pulmonaires mucineux.Nos résultats indiquent que plus de 70% des adénocarcinomes pulmonaires présentent un marquage nucléaire de l’IGF-1R. A l’aide de différents modèles cellulaires résistants aux EGFR-TKI, nous montrons que le gefitinib induit l’accumulation nucléaire de l’IGF-1R dans les adénocarcinomes pulmonaires mucineux. Cette translocation nucléaire implique l’endocytose clathrines-dépendante de l’IGF-1R et la formation d’un complexe entre l’IGF-1R, l’importine β1 et la pro-amphiréguline. La neutralisation de l’amphiréguline prévient le transport nucléaire de l’IGF-1R et resensibilise les cellules à l’apoptose induite par le gefitinib in vitro et in vivo. L’ensemble de ces résultats identifient le trafic intracellulaire de l’IGF-1R comme un nouveau composant de la réponse aux EGFR-TKI et suggèrent que la signalisation nucléaire IGF-1R/Areg contribue à la progression des adénocarcinomes mucineux sous EGFR-TKIResponsible of 1.6 million deaths each year worldwide, lung cancer is today the leading cause of cancer mortality in the world. Non-small-cell lung cancers account for about 85% of lung cancer and have a very bad prognosis (5-year survival rate inferior to 10%). EGFR-TKI (EGFR tyrosine kinase inhibitors, gefitinib) are a real medical advance for lung cancers treatment. However, these treatments are efficient in a small subgroup of patients. So, one of the current issues is to identify primary resistance mechanisms involved in tumors.Tyrosine kinase receptors (RTK) activate intracellular signaling pathways from the plasma membrane. These last years, a nuclear translocation of the RTK was shown. Recent works suggest that RTK nuclear signaling could contribute to tumors resistance in response to anti-cancerous therapies.In our team, it was shown that activation of IGF-1R signaling is associated with lung adenocarcinoma progression and that gefitinib induces IGF-1R nuclear accumulation in a mucinous adenocarcinoma cell line. On the basis of these results, we hypothesize that nuclear IGF-1R could play a role in the resistance of mucinous lung adenocarcinoma to EGFR-TKI.Our results indicate that more than 70% lung adenocarcinoma tumors present a positive IGF-1R nuclear staining. Thanks to EGFR-TKI-resistant cell lines, we show that gefitinib induces the nuclear accumulation of IGF-1R in mucinous adenocarcinoma. This nuclear translocation involves clathrin-mediated endocytosis and a complex between IGF-1R, importin β1 and pro-amphiregulin. Amphiregulin silencing prevents IGF-1R nuclear translocation in response to gefitinib and restores gefitinib-induced apoptosis in vitro and in vivo. Our whole results identify that IGF-1R intracellular trafficking is a new component of response to EGFR-TKI and strongly suggest that a nuclear IGF-1R/amphiregulin signaling contributes to mucinous lung adenocarcinoma progression in response to EGFR-TKI
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Gruson, Didier. "Infections sévères en réanimation : de la colonisation à l'infection à bactéries potentiellement résistantes : exemple de Pseudomonas aeruginosa." Bordeaux 2, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR21098.
Анотація:
L'infection sévère constitue une des raisons majeures d'admission et la complication principale des séjours en réanimation. Le défi lié à l'état infectieux grave est permanent : il faut apprendre à prévenir, comprendre et gérer ces situations difficiles. Nos travaux de recherche clinique concernent la prévention de la transmission de P. Aeruginosa, le développement d'une politique de "bon usage" des antimicrobiens, la limitation de l'émergence des résistances et l'optimisation de la prise en charge empirique des infections acquises. Nous avons analysé la transmission du pyocyanique dans une unité de réanimation, notamment chez le patient immunodéprimé. Après avoir caractérisé la résistance aux fluoroquinolones liée aux mutations de la cible, nous avons démontré l'intérêt d'une pratique de notation des antibiotiques dans la prévention des pneumopathies nosocomiales et de la résistance aux βlactamines de P. Aeruginosa responsable de pneumonies nosocomiales et corréler le phénotype de résistance par hyperproduction de céphalosporinases avec la pratique antibiotique empiriqueThe severe infection is the greater reason of the admission into the intensive care unit. Because this challenge is continuous, we should learn to prevent, to understand and to manage it. Our clinical research concerns the prevention of he colonisation due to P. Aeruginosa, the development of a good pactice in antibiotic usage, the decrease of the emergence in antibiotic resistance and the appropriateness of the empiric treatment of the ventilator-associated pneumonia. We have analysed the colonisation by P. Aeruginosa in an intensive care unit, especially in the cases of imunosuppressed patients. After characterize the resistance to quinolones due to mutations in the DNA gyrase and Topoisomerase IV, we have evaluated the positif impact of an antibiotics cycling protocol on the incidence of nosocomial pneumonia and the resistance to βlactams. We have compared the phenotypes of resistance in a context of pneumonia due to P. Aeruginosa and we have evaluated the incidence of the phenotype defined by the overproduction of cephalosporinases
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Michel, Régis. "Contribution à l'étude des Pasteurella d'origine bovine en France." Lyon 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LYO11699.
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Ibn, Saied Wafa. "Pneumopathie nosocomiale acquise en réanimation : caractérisation en fonction de l’existence et de la durée de ventilation mécanique." Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. https://theses.md.univ-paris-diderot.fr/IBN_SAIED_Wafa_va.pdf.
Анотація:
Les infections nosocomiales représentent la première cause de mortalité et le premier poste de prescription d’antibiothérapies. Les pneumopathies nosocomiales représentent la première cause de morbi-mortalité en réanimation. Dans un contexte de ressources antibiotiques limitées et une augmentation de l’incidence des germes résistants, nous avons étudié:1°) Les facteurs de risque de pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) en tenant compte de la durée de la ventilation mécanique2°) La différence entre les pneumopathies associées aux soins en réanimation chez les patients non ventilés et les pneumonies acquises sous ventilation mécanique en terme d’étiologie et de conséquences pronostiques.3°) L’impact de l’adéquation de l’antibiothérapie initiale et les facteurs de risque d’avoir un traitement inadéquat du fait de la résistance bactérienne dans les PAVM à germes gram négatifs.Nos résultats montrent que : Les pneumonies acquises en réanimation en dehors de la ventilation mécanique invasive (ICU-HAP) et les PAVM sont dues aux mêmes germes avec un risque de décès plus important chez les ICU-HAP. Les PAVM précoces et tardives sont associées à des facteurs de risques différents pouvant justifier de politiques de préventions différentes. L’antibiothérapie préalable et la colonisation préalable à des bactéries multi résistantes expliquent la survenue de PAVM à Gram négatifs résistants. La durée de ventilation invasive avant la survenue de la pneumopathie n’est pas un facteur de risque indépendant de survenue de PAVM à gram négatifs résistants. Un pourcentage d’infection ou de colonisation à bacille gram négatif (BGN) résistant supérieur à 10% dans le centre est associé à la survenue d’une PAVM à gram négatif résistant, indépendamment des facteurs individuels. Les PAVM à S. maltophilia surviennent très tardivement, sont très largement associées à une consommation d’antibiotiques élevée, en particulier les pénèmes. Elles sont plus souvent associées à une antibiothérapie initiale inadéquate.Notre travail confirme la nécessité d’un effort particulier afin d’optimiser le diagnostic et l’adéquation précoce des antibiothérapies, en particulier pour les pneumonies acquises en dehors de la ventilation mécanique et les PAVM à BGN potentiellement résistants aux antibiotiquesHealthcare-associated infections are the leading cause of death and the first prescription of antibiotics. Healthcare-associated pneumonia represents the first cause of morbidity mortality in ICU. In the context of limited antibiotic resources and an increase in the incidence of resistant germs, we studied:1) Risk factors for ventilator acquired pneumonia (VAP) taking into account the duration of mechanical ventilation (MV).2) If there is a difference between nonventilated and mechanically ventilated pneumonia in terms of etiology and prognostic?3) What is the impact of the adequacy of the initial antibiotic treatment, and what are the risk factors for inadequate treatment in gram-negative resistant VAP?Our results show that: Pneumonia acquired by no ventilated patient in the ICU (ICU-HAP) and VAP are due to the same germs with a higher risk of death in ICU-HAP. Early and late VAP are associated with different risk factors that may need different prevention policies. Previous-antibiotic therapy and prior-colonization with multiresistant bacteria explain the occurrence of resistant Gram Negative VAP. Duration of MV before the onset of pneumonia is no longer an independent risk factor for the occurrence of resistant gram-negative VAP. A percentage of infection or colonization with resistant BGN upper to 10% in the centre is associated with the occurrence of a gram-negative, resistant PAVM, regardless of individual risk factors. S. maltophilia VAP occurs belatedly and are very widely associated with high antibiotic consumption, especially penems. They are more often associated with inadequate initial antibiotic therapy.Our work confirms the need for further research to optimize the diagnosis and early adequacy of antibiotics, in particular in ICU-HAP and VAP caused by potentially antibiotic-resistant BGN
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Bardet, Chloé. "Identification précoce de bactéries et étude des mécanismes de résistance aux antibiotiques par analyses protéomiques en spectrométrie de masse." Thesis, Limoges, 2014. http://www.theses.fr/2014LIMO0039.
Анотація:
En infectiologie, comme en cancérologie, la médecine personnalisée se développe. Ainsi, les traitements antibiotiques probabilistes cèdent leur place à des traitements adaptés aux pathologies et aux patients. En plus des risques d’échecs liés à une thérapie non adaptée, le traitement probabiliste d’une infection est associé à l’augmentation des résistances acquises chez les bactéries. Cependant, cette orientation nécessite de disposer de tests compagnons, c’est-à-dire des tests diagnostiques sensibles et spécifiques pouvant précocement identifier les bactéries et les marqueurs de résistance à partir des liquides biologiques. A côté des méthodes moléculaires largement développées mais ayant des limites de multiplexage, les techniques protéomiques ont récemment été intégrées dans le diagnostic en infectiologie. Ce travail de thèse a consisté à développer des méthodes de spéctrométrie de masse et à les appliquer à la détection de pathogènes et de marqueurs de résistance. Ce travail s’est focalisé sur trois applications : 1) l’identification, la caractérisation et la quantification précoce de micro-organismes dans des échantillons primaires (aspirats endotrachéaux (AET)) de patients atteints de pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (PAVM), 2) la détection d’éléments génétiques de la résistance aux antibiotiques : les intégrons, 3) la détection de phénotypes de résistance aux antibiotiques chez Staphylococcus aureusPersonalized medicine for infectious diseases or cancer becomes more and more important in modern therapy. Furthermore, probabilistic treatment has been associated with the development of resistant bacteria causing infectious diseases. As a result, probabilistic treatments are replaced by adapted treatment for pathologies and patients. However, this new approach needs available companion diagnosis tests that are sensitive but also specific tests able to provide rapid pathogen and resistance markers identification in biological fluids. Beside molecular methods, widely developed but with multiplex limits, proteomic technics have recently joined the infectious diagnosis. This work consisted in developing mass spectrometry technics for bacteria and resistance marker identifications. This work focused on 3 applications: 1) identification and quantitation of microorganisms in crude samples (endotracheal aspirates (ETA)) from patient suffering of ventilator associated pneumonia (VAP), 2) detection of genetic elements involved in antibiotic resistance : the integrons, 3) detection of antibiotic resistance phenotypes in S. aureus
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Bodnar-Wachtel, Mélanie. "Étude du rôle de NLRP3 dans la tumorigenèse pulmonaire." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10184.
Анотація:
Mon travail de thèse s'intéresse au rôle du récepteur à l'immunité innée NLRP3, composant essentiel de l'inflammasome, dans le développement tumoral pulmonaire. Nos résultats révèlent que les cellules épithéliales pulmonaires immortalisées expriment un inflammasome NLRP3 fonctionnel. De façon inattendue, nous montrons que l'expression du récepteur NLRP3 est fortement diminuée, voire perdue des lignées tumorales de CBNPC et dans des tumeurs de patients, comparé au tissu sain adjacent. Nous montrons que NLRP3, de façon totalement indépendante de l'inflammasome, est impliquée dans la régulation transcriptionnelle de H2AFX, le gène codant pour le variant d'histone H2AX, élément clé de la signalisation des dommages à l'ADN. L'absence de NLRP3 dans les cellules HBEC altère l'amplification et la transmission du signal en réponse à des cassures double brin, résultant in fine à moins de réparation. Ce défaut de réparation des cassures se traduit par une instabilité génomique, qui est en effet plus forte dans les adénocarcinomes pulmonaires exprimant de faible niveau de NLRP3. Mon travail de thèse identifie donc le récepteur NLRP3 comme un facteur clé de la réponse aux dommages à l'ADN et du maintien de l'intégrité génomique en promouvant la transcription de H2AFX dans les cellules épithéliales pulmonaires. Ce nouveau rôle de NLRP3, associé à sa perte dans les tumeurs de CBPNC en font un potentiel suppresseur de tumeurDuring my PhD, I have been interested in the role of the innate immune receptor NLRP3, a key component of the inflammasome, in lung cancer development. Our results show the presence of a functional NLRP3 inflammasome in normal human bronchial epithelial cells (HBEC). Surprisingly, NLRP3 expression is strongly down-regulated in a large panel of NSCLC cell lines and patient tumors compared to healthy tissue. Moreover, we unravel that NLRP3 contributes to the transcription of H2AFX, the coding gene for the histone variant H2AX, in an inflammasome independent-manner. The deletion of NLRP3 in HBEC impairs double strand break signal amplification and transduction, resulting in a decrease in DNA repair. This repair defect leads to genomic instability, which is increased in lung adenocarcinomas expressing low levels of NLRP3. My PhD work identifies NLRP3 as a key factor of the DNA damage response and genomic integrity maintenance by regulating the transcription of H2AFX. This new role for NLRP3, together with its loss in NSCLC, makes it as a potential tumor suppressor
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Perino, Julien. "Implication de facteurs lipidiques (DPPG, sulfatide) et protéique (SP-D) dans un modèle d’infection respiratoire par les poxvirus." Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENV047.
Анотація:
Après l'éradication de la variole déclarée par l'OMS en 1980 grâce à la vaccination, la réémergence de la variole dans un contexte de menace bioterroriste est possible, ainsi une meilleure compréhension des phénomènes d'infection par les orthopoxvirus est nécessaire. Ainsi ce travail de thèse s'inscrit dans le cadre d'un programme de « développement de contre-mesures médicales contre la variole », par l'étude des mécanismes d'infection et d'immunité. La transmission du virus de la variole ayant lieu par voie respiratoire, il est primordial d'étudier les mécanismes d'entrée du virus dans les poumons et les facteurs protéiques et lipidique impliqués lors de ce mécanisme d'entrée. La fonction d'immunité innée, portée par certains phospholipides présents dans le surfactant pulmonaire, a d'abord été étudiée. La découverte de cette fonction antivirale in vitro pour le DiPalmitoyl PhosphatidylGlycerol (DPPG) a conduit à l'évaluation de son activité in vivo dans un modèle d'infection pulmonaire chez la souris, ce lipide entraînant une protection importante dans un modèle létal. Par ailleurs, l'étude de l'interaction entre le virus de la vaccine et certains lipides présents dans les membranes cellulaires a permis de mettre en évidence un récepteur membranaire secondaire potentiel du virus de la vaccine assurant des fonctions similaires à celles des glycosaminoglycanes : le sulfatide. Enfin, l'étude des protéines de l'immunité innée, spécifiques du surfactant pulmonaire, a permis de mettre à jour l'existence d'une forte interaction entre la protéine SP-D et le virus de la vaccine. Cette interaction entraîne une inhibition de l'infection. Résultat qui reste à être confirmé lors de l'utilisation d'un modèle murin recombinant, KO pour cette protéine. Ces travaux démontrent l'intérêt à consacrer aux facteurs protéiques et lipidiques du surfactant et des membranes cellulaires et suggèrent la possibilité de l'utilisation de ces molécules, modifiées ou non, dans le développement et l'amélioration d'outils thérapeutiques et/ou prophylactiques pour traiter les infections par les poxvirusVariola virus was declared eradicated in 1980 after a worldwide vaccination campaign. A better understanding of the infection process of orthopoxviruses is nevertheless necessary because of the potential release of variola by bioterrorists. Here we report potential counter-measures against Variola virus that could result from studying mechanisms of viral entry and immunity against Variola virus. The purpose of this work was to study multiple factors in vaccinia virus entry in the lung and thus gain a better understanding of the infectious process that could be used to stop infection by Orthopoxvirus. The innate immune functions displayed by some phospholipids (DiPalmitoyl PhosphatidylGlycerol) in lung surfactant were studied. The discovery of the ability of DPPG to inhibit vaccinia virus infection in cell culture led to the evaluation of its in vivo activity during a lethal vaccinia virus infection. Furthermore, the analysis of the interaction between vaccinia virus and plasma membrane lipids (sulfatide) enabled the definition of a secondary receptor for vaccinia virus in addition to glycosaminoglycans that were characterized previously. Finally, examination of the specific innate immunity provided by proteins in lung surfactant allowed us to highlight interactions between one surfactant protein (Surfactant protein D) and vaccinia virus. These interactions were then characterized as inhibitory interactions for vaccinia virus infection. Our findings underline the importance of lipids and proteins inlung surfactant as well as lipids in the plasma membrane in the Poxvirus infection and suggest that these molecules may be potential new targets for the development of new therapeutic and prophylactic products to efficiently treat poxvirus infection
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Girou, Emmanuelle. "Prévention des infections liées aux soins en réanimation." Paris 12, 2003. https://athena.u-pec.fr/primo-explore/search?query=any,exact,990003949320204611&vid=upec.
Анотація:
Les services de réanimation rassemblent les malades les plus à risque de complications infectieuses en raison de leur extrême gravité et de leur exposition à de nombreux dispositifs invasifs. Une partie de ces infections nosocomiales, notamment celle liées aux soins est probablement évitable en mettant au point des mesures de prévention efficaces. Cette thèse présente les travaux que nous avons menés dans ce domaine ; la première partie étant consacrée à la prévention des pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) et la deuxième à la prévention de la transmission croisée manuportée. Nous avons montré que le recours à la ventilation non invasive en remplacement de la ventilation invasive conventionnelle était associé à une diminution significative non seulement des PAVM, mais également d’autres types d’infections. En revanche, le drainage continu des sécrétions sous-glottiques combiné à la position demi-assise ne semblait pas avoir d’effet sur la colonisation oro-trachéale des malades intubés et ventilés, étape physiopathologique préalable au développement des PAVM. Nous avons également montré que l’utilisation de la friction hydro-alcoolique, un usage raisonné des gants de soins et le dépistage ciblé des staphylocoques dorés multirésistants devaient être proposées pour limiter la transmission croisée manuportée en réanimationPatients hospitalized in intensive care units are at high-risk of acquiring infections because of their high severity and high exposure to invasive devices. One part of these infections may probably be avoided using effective measures, especially the part associated with care activities. This thesis presents the studies we conducted in this field with a first part focusing on the prevention of ventilator-associated pneumonia (VAP) and a second part discussing the prevention of cross transmission via hands. For VAP prevention, the use of noninvasive ventilation was associated with a significant reduction of VAP and other sites of infection whereas, in another study, the use of subglottic secretions drainage and semi-recumbent position had no effect on tracheal colonization, which normally precedes lung infection. We also demonstrated that the use of alcoholic hand-rubs, the rational use of gloves and, the screening of multiresistant Staphylococcus aureus on admission might help limiting cross transmission of microorganisms in intensive care units
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Palloix, Alain. "Potentiel et limites d'une résistance polygénique : la résistance du piment (Capsicum annuum) à Phytophthora capsici." Lyon 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LYO10094.
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Sève, Pascal. "Pharmacorésistance et cancer du poumon Non à petites cellules." Lyon 1, 2006. http://www.theses.fr/2006LYO10008.
Анотація:
Au cours de cette thèse, nous avons utilisé une approche immunohistochimique pour évaluer les valeurs pronostiques ou prédictives de protéines respectivement impliquées dans le métabolisme de la gemcitabine et des agents antitubuline dans le cancer du poumon non à petites cellules avancé. Nos résultats montrent que: (1) des faibles niveaux d'expression de cN-II sont les seuls facteurs pronostiques associés à la survie globale chez les patients traités par une chimiothérapie à base de gemcitabine ; (2) un haut niveau d'expression de β-tubuline III est associé à une résistance à la vinorelbine et à un mauvais pronostic chez 93 patients recevant une chimiothérapie à base de vinorelbine ; (3) le niveau d'expression de β-tubuline III est prédictif de la réponse au traitement et du devenir des patients recevant une chimiothérapie par paclitaxel, mais pas un facteur pronostic pour l'ensemble de ces patients
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Hatat, Anne-Sophie. "Epissage Alternatif d'ATG16L1b : un rôle dans l'échappement des tumeurs pulmonaires aux thérapies anti-EGFR." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018GREAV027/document.
Анотація:
L’identification de la notion de driver oncogene et le développement de molécules capables de cibler leur activité a entrainé d’importants changements dans le traitement des cancers CBNPC.L’EGFR est un récepteur transmembranaire à activité TK (Tyrosine Kinase) permettant latransmission de signaux extracellulaires jusqu’au sein de la cellule grâce à l’activation de voies de signalisations. Parmis ces voies de signalisation on retrouve les voies de prolifération et de survie cellulaire. Des mutations activatrices dans le domaine TK confèrent à ce dernier un rôle de driver oncogene. Dans ce domaine l’EGFR a joué un rôle avant gardiste. Ainsi de nombreuses molécules ciblant l’activité de l’EGFR muté (EGFR-TKI, gefitinib) ont été développées. L’utilisation de ces molécules en clinique a représenté une vraie révolution dans la prise en charge des patients. Cependant ces derniers développent inéluctablement des mécanismes de résistance. L’analyse transcriptomique de modèles ayant acquis une résistance aux EGFR-TKI a mis en évidence une dérégulation de l’expression des transcrits. Par ailleurs des résultats del’équipe ont montré que l’expression des protéines SR (facteurs d’épissage impliqués dans la régulation de nombreux transcrits) était dérégulée dans les CBNPC. Sur la base de ces résultats nous avons émis l’hypothèse que l’épissage alternatif des transcrits médié par les protéines SR pourrait jouer un rôle dans la résistance acquise par les tumeurs pulmonaires en réponse aux EGFR-TKI.Au sein du laboratoire des clones résistants ont été générés après exposition chroniqueau gefitinib de modèles cellulaires d’adénocarcinomes pulmonaires exprimant une mutation activatrice de l’EGFR.Nous avons tout d’abord mis en évidence une accumulation de l’expression de SRSF2 dans les clones résistants comparativement à la lignée sensible. Dans deux clones résistants au gefitinib, issus de la lignée d’adénocarcinome pulmonaire sensible PC9 exprimant un EGFR mutant Del19, nous montrons que la neutralisation de la protéine SRSF2 sensibilise les clones à l’apoptose induite par le gefitinib. Une analyse RNA-seq nous a permis d’identifier Atg16L1 comme un acteur potentiel de la resensibilisation à l’apoptose médiée par SRSF2. La neutralisation de SRSF2 entraine une modulation de l’épissage de l’exon8 de la protéine Atg16L1 en réponse à un traitement au gefitinib. Et la neutralisation de l’expression des transcrits ARN d’ATG16L1 comportant l’exon8 sensibilise les clones résistant à l’apoptose induite par le gefitinib. Ce switch d’épissage entraine une modulation de l’activité autophagique des cellules en réponse au gefitinib. Nous montrons qu’une expression majoritaire des transcrits comportant l’exon 8 favorise une inhibition de l’autophagie en réponse au gefitinib. De plus les modèlesrésistants pour lesquels on observait une resensibilisation à l’apoptose suite à une neutralisation des transcrits contenant l’exon 8, conservent leur phénotype de résistance lorsque dans ces mêmes conditions l’activité autophagique est inhibée. L’ensemble de ces travaux met en avant l’existence d’un switch d’épissage de la protéine Atg16L1 au niveau de son exon 8 contribuant à une inactivation de l’autophagie corrélée avec un phénotype de résistance à l’apoptose en réponse à un traitement par EGFR-TKI. Enfin SRSF2 participerait à la modulation de cet épissage en réponse à un traitement au gefitinibIdentifying what is a driver oncogene and developping small molecules that are able to targetits activity led to drastic changes in NSCLC treatments. EGFR is a transmembrane receptorwith Tyrosine Kinase (TK) activity allowing signal transmission from the environment towardsthe inner of the cell by signaling pathways activation. Among those signaling pathways arefound survival and proliferation pathways. Activating mutations make EGFR a driver onco-gene, which was the first protein to be identified as such. Hence numerous chemical compoundtargeting mutated EGFR (EGFR-TKI, gefitinib) have been developped. Their use in clinicsrepresent a huge improvement for patients care. However resistance mechanisms ultimatelyoccur. Transcriptomic analyses of acquired resistant models to EGFR-TKI have shown thattheir RNA transcripts expression is abnormal. Moreover results from the team have demons-trated that SR proteins (splicing factor) expression is deregulated in NSCLC. Based on thoseresults we hypothesized that SRSF2 mediated alternative splicing of mRNA could be involvedin resistance mechanims acquired by lung carcinoma in response to EGFR-TKIThe lab developped resistant clones by chronic exposure to gefitinib of EGFR mutated lungadenocarcinoma cellular models.We first observed the accumulation of the expression of SRSF2 protein in resistant clonescompared to the sensitive cell line. Secondly, sensitivity to gefitinib induced apoptosis of twoclones was resored when neutralising SRSF2. A RNA-seq analysis led us to identify Atg16L1 aspotentially being involved in the SRSF2-mediated sensitization to gefitinib-induced apoptosis.SRSF2 neutralisation modulates Atg16L1 splicing in response to gefitinib. Neutralisation ofExon 8 containing transcripts of Atg16L1 sensitizes resistant clones to gefitinib induced apop-tosis. This alternative splicing switch modulates autophagic activity of the cells in reponseto gefitinib. We have shown that exon8 containing transcripts favor autophagy inhibition inreponse to gefitinib. This work emphasize the role of Atg16L1 alternative splicing switch ofexon8 in autophagy inhibition and its correlation with a resistant phenotype in response toEGFR-TKI. SRSF2 may participate in the modulation of this alternative splicing switch inreponse to gefitinib
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Barnadas, Céline. "Épidémiologie moléculaire et résistance de Plasmodium vivax aux antipaludiques à Madagascar." Lyon 1, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/33/05/91/PDF/theseCeline_vivax.pdf.
Анотація:
Notre objectif a été d’évaluer (i) l’importance de Plasmodium vivax dans les infections palustres à Madagascar, (ii) la sensibilité de ce parasite à la chloroquine et à la sulfadoxinepyriméthamine, (iii) et la place des marqueurs moléculaires pour la surveillance de la résistance aux antipaludiques et de la circulation des souches parasitaires. Pour cela, notre étude a été conduite sur 8 sites sentinelles. Les patients présentant un paludisme causé par P. Vivax ont été inclus dans des tests d’efficacité thérapeutique selon les critères de l’OMS. L’analyse de polymorphismes génétiques sur les gènes pvcrt-o, pvmdr1, pvdhfr et pvdhps, impliqués dans la résistance aux antipaludiques, ainsi que sur les gènes pvcsp, pvmsp3, pvmsp1 utilisés pour le génotypage des souches a été réalisée sur les isolats collectés. Des marqueurs microsatellites ont également été recherchés pour évaluer la diversité génétique de ces isolats, ainsi que la circulation des souches parasitaires et la propagation des isolats résistantsOur objective was to assess (i) the importance of Plasmodium vivax infections in Madagascar, (ii) the parasite sensitivity to antimalarial drugs, and (iii) molecular markers role to monitor antimalarial drug resistance. The study was led on 8 sentinel sites. An in vivo protocol was conducted according to WHO criteria. P. Vivax isolates were analysed for nucleotidic polymorphisms on pvcrt-o, pvmdr1, pvdhfr and pvdhps genes. We searched fro polymorphisms on pvcsp, pvmsp3, pvmsp1 genes and on microsatellites sequences to genotype the isolates from the in vivo protocol. Microsatellites markers were also used to assess the genetic diversity of the Malagasy isolates. Other microsatellites sequences located in the flanking regions of dhfr and dhps genes were identified to assess the origin and propagation of resistant clones
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Bonduelle, Olivia. "Etude multiparamétrique des mécanismes de la réponse immunitaire contre les infections virales des voies respiratoires et après vaccination." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066447.
Анотація:
La protection immunitaire contre les infections virales respiratoires nécessite la mise en place de réponses innée et adaptative coordonnées. Durant ce travail de thèse, différents acteurs de ces réponses précoces et tardives ont été étudiés après infection et vaccination. Un modèle murin d’infection nasale par le virus de la vaccine nous a permis d’établir le rôle pivot de cellules dendritiques myéloïdes, exprimant le récepteur de chimiokine CX3CR1, dans l’initiation de la réponse lymphocytaire T. Ces résultats démontrent une coordination précoce des réponses innée et adaptative dans l'induction d'une réponse protectrice. Deux études cliniques ont permis d’étudier différents paramètres immunitaires et de modéliser la réponse induite après vaccination et infection par le virus influenza pandémique A(H1N1)pdm09. L'analyse multiparamétrique de 7 effecteurs de l’immunité adaptative met en évidence une forte hétérogénéité des réponses vaccinales, dépendante de la réponse antigrippale résiduelle. Une analyse en composantes principales identifie 5 profils de réponses adaptatives au vaccin. De plus, un an après vaccination, la mémoire immunitaire présente des caractéristiques similaires à la réponse induite après une infection modérée, alors que la qualité et l'intensité des réponses mémoires sont différentes après une infection sévère par le virus A(H1N1)pdm09. Ces résultats suggèrent qu’un équilibre entre les différents compartiments de la réponse cellulaire, après vaccination ou infection, est essentiel pour la protection immunitaire. Ces travaux ouvrent de nouvelles voies dans le choix des critères d’évaluation de l’efficacité vaccinale et des corrélats de protectionImmune protection against viral respiratory infections requires the induction of synchronized innate and adaptive immune responses. In this thesis, the role of various immune effectors acting in the early and late phases of the immune responses after infection and vaccination was studied. A murine model of vaccinia virus nasal infection allowed us to establish the pivotal role of myeloid dendritic cells expressing the CX3CR1 chemokine receptor in the initiation of specific T cell response. These results demonstrate the existence of an early coordination between innate and adaptive arms of the immune system, which is involved in the induction of a protective response. Data from two clinical studies were used to study various immune parameters after vaccination and infection with pandemic A(H1N1)pdm09 influenza virus and to model the induced responses. A multiparametric analysis of seven effectors of the adaptive immunity shows strong heterogeneity of vaccine-induced immune responses, depending on the residual anti-influenza response. A principal component analysis identifies five profiles of adaptive responses. In addition, a year after vaccination, specific immune memory has similar characteristics to the induced responses detected after a moderate viral infection. However, the quality and intensity of memory responses after pandemic vaccine are different from the one observed after a severe infection with A(H1N1)pdm09 influenza virus. These results suggest that a balance between the different compartments of the cellular immune responses after vaccination or infection is essential for immune protection. This work opens up new ways in the correlates of vaccine efficacy and protection
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Millet, Anne. "Résistance aux pathogènes et régulation de la réponse immune chez Caenorhabditis elegans." Aix-Marseille 2, 2005. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2005AIX22040.pdf.
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Monteiro-Sepulveda, Milena. "Functional and immune alterations of the intestine in human obesity." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066573.
Анотація:
The intestinal epithelium has a determinant role in glucose homeostasis ensuring food digestion, nutrient absorption and gut-hormone release in response to dietary compounds. GLUT2, a high-capacity sugar transporter, is transiently recruited into the apical membrane of enterocytes in response to a sugar-rich meal. The consequent raise of serum insulin triggers GLUT2 internalization into the enterocytes, a mechanism that is lost in diabetic- or diet-induced insulin-resistant rodents. I could demonstrate an pathologic permanent apical GLUT2 location in the jejunum of morbidly obese subjects, who exhibit insulin resistance and type-2 diabetes. This apical GLUT2 location favors a bidirectional glucose transepithelial exchange. GLUT2 can also accumulate in enterocyte endosomes of obese subjects consuming a high-fat low-carbohydrate diet. Altered GLUT2 locations in enterocytes sign intestinal adaptations in human obesity (Diabetes J 2011). Obesity is a low-grade inflammatory disease, affecting the insulin sensitivity of many organs. Little is known about intestinal immunity in human obesity. I contributed to show that in obesity the intestinal mucosa is hypertrophic and contains an increased number of innate and adaptive immune cells. These modifications are associated to altered bioclinical parameters. The phenotype of jejunal T cell was determined in the epithelium and lamina propria by flow cytometry and by gene expression. The activity of T cell from obese, but not lean subjects impairs insulin sensitivity of Caco-2/TC7 enterocytes (2 manuscripts in preparation). Results show that immune adaptations of the small intestine lead to impaired insulin sensitivity of enterocytes and thereby may initiate the loss of GLUT2 trafficking, altering intestinal absorptive function in obesityL'épithélium intestinal contribue à l'homéostasie glucidique assurant la digestion des aliments, l'absorption des nutriments et la sécrétion des entero-hormones aprs un repas. GLUT2, un transporteur de sucre à haute capacité, est transitoirement recruté dans la membrane apicale des entérocytes en réponse à un repas riche en sucre. L'augmentation de l'insulinémie provoquée par l'hyperglycémie postabsorptive déclenche l'internalisation de GLUT2 dans l'entérocyte, mécanisme qui est perdu chez les rongeurs diabétiques ou rendus résistants à l'insuline par le régime. Dans le jéjunum de sujets obèses morbides résistants à l'insuline et/ou diabétiques de type 2, j'ai montré une localisation anormalement permanente, de GLUT2 dans la membrane apicale des entérocytes. La localisation apicale de GLUT2 favorise un échange bidirectionnel transépithélial de glucose. GLUT2 peut aussi s'accumuler dans les endosomes des sujets dont l'alimentation est riche en graisse et plus pauvre en hydrate de carbone. Ces localisations anormales de GLUT2 dans les entérocytes sont un signe d'adaptation pathologique de l'intestin à l'obésité humaine (Diabetes J 2011). L'obésité est une maladie inflammatoire à bas grade, affectant la sensibilité à l'insuline de plusieurs organes. L'immunité intestinale est peu étudiée dans l'obésité humaine. J'ai montré que la muqueuse intestinale des sujets obèses est hypertrophique et associée à un accroissement du nombre de cellules de l'immunité innée et adaptative. Ces modifications sont en lien avec les changements biocliniques mesurés chez les sujets obèses. Le phénotype des lymphocytes T du jéjunum a été établi en cytométrie de flux et par l'expression de gènes. L'activité des lymphocytes T de sujets obèses, pas celle des sujets minces, dégrade la sensibilité à l'insuline des entérocytes Caco2/TC7 (2 manuscripts en préparation). Nos résultats suggèrent que l'adaptation de l'immunité intestinale dans l'obésité affecte la sensibilité à l'insuline des entérocytes modifiant la fonction d'absorption des sucres dans l'intestin
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Viau, Muriel. "Effets des superantigènes B in vitro et in vivo dans un modèle de souris transgèniques humanisées." Paris 13, 2004. http://www.theses.fr/2004PA132031.
Анотація:
Les superantigènes (SAG) produits par des agents pathogènes ont la capacité de fixer une grande partie des immunoglobulines indépendamment du paratope. Notre travail a eu pour but d'étudier l'impact des SAg sur le système immunitaire. Nous avons montré que la fixation des SAg entraîne l'internalisation rapide du récepteur suivie par celle du CXCR4. In vivo, il y a une diminution spécifique des cellules utilisant les gènes fixées par les SAG. Les cellules B-1 péritonales et les cellules de la zone marginale spécialisées dans l'"immunité innée" sont affectées. Enfin, l'utilisation thérapeutique des SAg dans un modèle d'autoimmunité a permis de retarder le développementprécoce de la maladie. Ainsi, nous avons mis en évidence un nouveau mécanisme utilisé par les agents pathogènes pour affaiblir la réponse immunitaire de l'hôte. La compréhension des mécanismes impliqués permettra de mieux combattre les infections par les souches bactériennes multi-résistantes aux antibiotiques.
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Tasiemski, Aurélie. "Caractérisation et rôle des peptides antimicrobiens dans l'immunité innée de la sangsue Theromyzon tessulatum." Lille 1, 2001. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2001/50376-2001-349.pdf.
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Bélanger, Martin. "Caractérisation d'une lignée cellulaire cancéreuse du poumon résistante au VP-16." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/24091/24091.pdf.
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Bozdogan, Bülent. "Mécanismes de résistance aux lincosamides et aux streptogramines chez les bactéries à Gram positif." Paris 5, 1999. http://www.theses.fr/1999PA05N132.
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Fopa, Fomeju Berline. "Impact des duplications du génome du colza (Brassica napus L. ) sur l’organisation des régions génomiques impliquées dans la résistance quantitative à Leptosphaeria maculans." Rennes, Agrocampus Ouest, 2014. http://www.theses.fr/2014NSARC114.
Анотація:
Toutes les espèces végétales cultivées sont des polyploïdes récents ou anciens et possèdent des génomes plus ou moins dupliqués. Suite à un évènement de polyploïdisation, des modifications structurales ou fonctionnelles conduisent à des contenus en gène ou des régulations des copies des gènes différents entre les régions dupliquées. Ces événements peuvent être une source importante de diversification des gènes contrôlant les caractères complexes. Pour mieux comprendre le fonctionnement des facteurs génétiques contrôlant les caractères d’intérêt agronomique, il est donc nécessaire de les étudier en tenant compte des duplications présentes au sein du génome. Nous avons traité cette thématique chez le colza, une espèce au génome hautement dupliqué, avec l’objectif d’étudier l’impact des duplications sur l’organisation structurale et fonctionnelle des régions génomiques impliqués dans la résistance quantitative au Phoma. De nombreuses régions génomiques ont été identifiées confirmant la nature très polygénique de cette résistance. Leur distribution est quasi équivalente entre les génomes A et C du colza mais biaisée entre les sous-génomes issus de la triplication ancienne des Brasicas. Au moins 44 % des régions génomiques correspondent à des régions homéologues dupliquées de cinq blocs synténiques d’Arabidopsis thaliana. L’analyse génomique comparative avec A. Thaliana a montré que beaucoup des gènes maintenus dans plusieurs régions dupliqués sont impliqués dans la réonse au stress, ce qui converge avec les résultats obtenus dans d’autres espèces. La génomique comparative nous a également permis de dégager des hypothèses quant aux fonctions sous-jacentes aux régions impliquées dans la résistance quantitative du colza au PhomaAll crop species are recent or ancient polyploids and have more or less duplicated genomes. Following polyploidy events, structural and functional modifications result in differential gene content or regulation in the duplicated regions, which can play a fundamental role in the diversification o the genes underlying complex traits. To better understand the functioning of the genetic factors controlling the agronomic traits, I is necessary to analyze them in the light of the duplications in the genome. We have addressed this issue in oilseed rape, a species with a highly duplicated genome, with the aim of studying the consequences of genome duplications on the structural and functional organization of the genomic regions involved in quantitative resistance to stem canker. Numerous genomic regions were identified, which confirmed the high polygenic nature of this resistance. Their distribution was quite equivalent between A and C genomes of oilseed rape but a bias was observed in relation with the subgenomes deriving from the ancestral triplication event of Brassica clad. A least 44 % of the genomic regions corresponded to homologous duplicated regions of five Arabidopsis thaliana syntetic blocks. A comparative genomic analysis with A. Thaliana showed that many genes maintained in several duplicated regions were involved in the stress response, which converges with the results obtained in other species. Comparative genomics also allowed us to draw hypotheses on the function of genes underlying the QTL located in these genomic regions
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Boisnard, Arnaud. "Caractérisation des QTL de résistance au Rice yellow mottle virus chez le riz et relation avec les facteurs d’initiation de la traduction de type 4E et 4G." Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20080.
Анотація:
Cette étude présente la caractérisation de QTL de résistance partielle au virus de la panachure jaune chez le riz. Des approches de génétique et de cartographie classiques y ont été couplées à une approche gène candidat ciblée sur les facteurs d'initiation de la traduction, dont les virus semblent largement dépendre pour infecter les plantes. Dans une première étape, la cartographie des QTL a été optimisée grâce l'analyse combinée de deux populations. Dans une deuxième étape, les gènes des facteurs d'initiation de la traduction eIF4E et eIF4G ont été recherchés sur la séquence génomique du riz et leur positionnement a révélé trois co-localisations avec des QTL majeurs. Dans une troisième étape, des lignées quasi-isogéniques ont été développées dans le but de confirmer ou d'infirmer ces co-localisations. Le gène candidat eIF4E localisé sur le chromosome 1 a ainsi été invalidé. De même, sur le chromosome 2, le gène eIF4G-like a été invalidé, mais un deuxième candidat, eIF(iso)4G n'a pu être ni rejeté, ni confirmé. Enfin, sur le chromosome 12, une co-localisation entre un QTL majeur et un gène eIF4G-like a été confirmée et cartographiée finement à un intervalle de 1. 66 Mb, qu'une restriction à la recombinaison n'a pas permis de réduire encore. La région présente les caractéristiques des régions péricentromériques : peu de gènes et de nombreux éléments transposables insérés les uns dans les autres. La caractérisation du gène eIF4G-like a révélé la présence de polymorphismes non synonymes entre les allèles sensibles et résistants, ainsi que l'insertion dans un intron d'un rétrotransposon chez les allèles de résistance. Finalement, nos résultats révèlent que les gènes de la famille eIF4E ne gouvernent pas la résistance partielle, mais que deux gènes de la famille eIF4G constituent des candidats pour contrôler des QTLThis document presents the analysis of QTLs of partial resistance to Rice yellow mottle virus in rice. Classical genetic and mapping approaches were associated with a candidate-gene approach on eIF4E and eIF4G translation initiation factor genes, which seems to be largely involved in plant/virus interactions. In a first step, QTL mapping was improved by the analysis of two populations in a multi-cross design using an integrative map. In a second step, translation initiation factor eIF4E and eIF4G genes were identified on the rice genomic sequence; four of them were co-located with QTLs. In a third step, near-isogenic lines were developed in order to confirm or to reject these co-locations. EIF4E candidate gene, located near a major QTL on chromosome 1, was rejected. On chromosome 2, an eIF4G-like candidate gene was also rejected, whereas an eIF(iso)4G gene was neither confirmed, nor rejected. Finally, a co-location between a major QTL of chromosome 12 and an eIF4G-like gene was confirmed. The QTL was mapped to a 1,66 Mb interval, but a suppression of recombination impaired the reduction of this interval. The interval presents characteristics of pericentromeric regions: low gene density and large stretches of nested transposable elements. EIF4G-like characterization revealed non-synonymous polymorphisms between susceptible and resistant varieties, and the insertion of a retrotransposon in an intron, in resistant varieties. Finally, our results suggest that genes from eIF4E family do not control partial resistance and that two genes from eIF4G family are candidate for governing QTLs of resistance
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Chopy, Damien. "Modulation de la réponse immunitaire au cours d'une infection virale du système nerveux, l'étude du virus de la rage." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066129.
Анотація:
Le virus de la rage est responsable d’une encéphalomyélite fatale. Ce Rhabdovirus neurotrope et non lytique est transmis principalement par la morsure d’un animal enragé. Il infecte un neurone proche du site de morsure, migre au sein du système nerveux (SN) pour atteindre le cerveau où il se réplique massivement et déclenche les premiers symptômes de la maladie. L’objectif de cette étude est de préciser le caractère bénéfique ou délétère de la réponse immunitaire innée in vitro et in vivo sur 4 facteurs de la virulence rabique: l’accessibilité du virus au SN, la survie de la cellule infectée, la mise en place de la stratégie immunoévasive rabique et l’immunodépression induite par l’infection. Ce travail révèle un rôle ambivalent de l’immunité innée. D’une part, elle est bénéfique pour l’hôte car elle freine l’accessibilité du virus au SN, stimule la mort du neurone infecté et permet l’infiltration de cellules immunitaires dans le SN. A l’inverse, l’immunité innée stimule l’expression de B7H1 et donc l’immunoévasion rabique. De plus, le stress induit par l’infection dans le SN stimule la voie immuno-modulatrice cholinergique et favorise l’immunodépression rabique
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Olicard, Cécile. "Recherche de substances anti-virales chez l'huître creuse, Crassostrea gigas." La Rochelle, 2004. http://www.theses.fr/2004LAROS110.
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Barbier, Diane. "Impact du virus Influenza de type A sur la régulation de MUC5AC, l’une des principales mucines respiratoires." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066683.
Анотація:
Les virus Influenza de type A (VIA) sont les agents étiologiques de la grippe, une pathologie respiratoire aigue hautement contagieuse qui constitue une cause majeure de mortalité et de morbidité dans le monde. En effet, ces virus sont responsables d’épidémies saisonnières chaque année mais également de pandémies sévères chaque siècle. Au cours de l’infection grippale, l’organisme va mettre rapidement en place un système de défense immunitaire inné afin de limiter la propagation du virus et de l’éradiquer. En particulier, le mucus qui tapisse les voies aériennes supérieures, constitue une barrière physique potentiellement capable de capter et de séquestrer des pathogènes tels que des bactéries ou des virus. Au cours de ma thèse, nous nous sommes intéressés à la régulation de MUC5AC, l’une des principales mucines respiratoires, par le VIA in vitro dans des cellules épithéliales pulmonaires et in vivo chez la souris. Notre projet a été de mettre en évidence la voie de signalisation impliquée dans cette régulation et de discuter le rôle de l’expression de MUC5AC au cours de l’infection grippale. Nos résultats démontrent qu’à la fois des souches saisonnières et pandémiques, de type H3N2 ou H1N1, sont capables d’augmenter l’expression de MUC5AC au niveau de l’ARNm et au niveau protéique. Notre travail démontre également que l’induction de MUC5AC est dépendante de la réplication virale et de l’induction de protéases et implique la voie de signalisation EGFR/MEK/ERK/Sp1. Nos résultats dissèquent pour la première fois la voie d’induction de MUC5AC par le VIA et ouvrent de nouvelles perspectives pour la compréhension du rôle des mucines dans les infections virales
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Dostert, Catherine. "Etude de la réponse antivirale de la drosophile." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. http://www.theses.fr/2005STR13146.
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Bilak, Hana. "DmMyD88, un nouvel élément pour l'étude des récepteurs Toll de la drosophile." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2004. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2004/BILAK_Hana_2004.pdf.
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Lefebvre, Christophe. "Étude de la réponse immunitaire chez la sangsue theromyzon tessulatum : approches différentielles." Lille 1, 2002. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2002/50376-2002-101.pdf.
Анотація:
Les modèles invertébrés ont apporté un renouveau dans l'étude de l'immunité innée. Les études présentées dans ce travail de thèse se sont intégrées à cette volonté de découvrir de nouveaux acteurs de l'immunité innée chez les invertébrés. Elles se sont appuyées sur des approches différentielles chez notre modèle, la sangsue Theromyzon tessulatum. D'abord, l'analyse biochimique par chromatographie liquide aura permis la mise en évidence de modulations peptidiques dans le liquide cœlomique après une infection par de LPS. Un peptide portant une activité anti-bactérienne a été détecté. Il fait l'objet de travaux plus approfondis concernant son activité et sa régulation après une infection expérimentale. Puis, l'analyse s'est orientée vers les modulations d'expression génique induites après une infection bactérienne au sein de l'organisme complet. Cette étude a été validée par l'élaboration de biopuces à ADN confectionnées à façon avec les candidats différentiels. Les gènes dont l'expression est modulée par l'infection expérimentale débouchent tous sur autant de perspectives afin de déterminer leur rôle dans l'immunité chez la sangsue. Le gène de la cystatine B est surexprimé après une infection bactérienne dans un seul type de cœlomocyte circulant dans le liquide cœlomique. La cathepsine L est retrouvée spécifiquement dans les mêmes cellules. Mais son gène n'est pas modulée par l'infection. Cette concentration dans un seul type de cellule circulante apporte de précieuses informations sur l'identité probable des cellules immunitaires de T. Tessulatum. Les résultats suggèrent l'importance de la balance Cystatines-Cathepsines dans l'immunité innée.
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Lafarge, Sandrine. "Signalisation dans le lymphocyte B humain au décours de son activation in vitro via les molécules de l'immunité innée." Saint-Etienne, 2008. http://www.theses.fr/2008STET007T.
Анотація:
Une activation lymphocytaire B anormale ou déréglée est souvent la cause de nombreuses maladies auto-immunes ou cancéreuses, en particulier onco-hématologiques. Cette activation cellulaire est sous le contrôle de différentes voies de signalisation intracellulaire d'où l'émergence de nombreux axes d'études sur le rôle et la modulation de la signalisation. L'objectif de mon travail de thèse était donc d'étudier la signalisation dans les lymphocytes B in vitro dans un contexte expérimental inflammatoire. Les cytokines/chimiokinies et les TLR ayant un rôle majeur dans l'inflammation, nous avons dans un premier temps, détecté l'expression du TLR9 par les lymphocytes B. Ainsi, nous avons identifié deux populations lymphocytaires B distinctes (naïve et mémoire) exprimant toutes deux le TLR9 membranaire. Après stimulation par le sCD40L, l'IL-2, l'IL-10 et des oligonucléotides de type CpG-ODN, ces populations produisaient d'importantes quantités d'IL-6. Cette dernière induisant la différenciation des lymphocytes B en plasmocytes, ces données montrent le rôle indirect de la signalisation via le TLR9 dans la production d'anticorps en réponse à un signal de danger. Par la suite, nous nous sommes posé la question des mécanismes sous-jacents entrant en jeu lors de l'activation des lymphocytes B et nous sommes donc intéressés plus précisément à la signalisation intracellulaire. Tout d'abord, nous avons développé une technique d'analyse de cytométrie en flux permettant d'observer les voies de signalisation NF-κB et STAT3. Ensuite nous avons cherché à savoir si la voie de signalisation STAT3 était impliquée dans la production d'IgA lorsque le BCR n'était pas engagé par un antigène c'est à dire en cultivant des lymphocytes B en présence de sCD40L, IL10 et TGF-β. Nous avons tout d'abord montré que la production d'IgA, dans ce modèle, ne nécessitait pas d'ajout de TGF-β exogène et que cette production dépendait bien des voies intracellulaires NF-κB et STAT3. De plus, la voie STAT3 était directement activée par l'IL-10 sans dépendance vis à vis de IL-6 et coopérait avec la voie NF-κB, ce qui rendait la voie STAT3 encore plus sensible à l'IL-10 en augmentant l'expression d' IL-10R par les lymphocytes B. Ces travaux montrent une fois de plus l'importance de la voie intracellulaire STAT3 dans les réponses immunitaires. Le rôle prépondérant de la voie STAT3 dans le développement lymphocytaire B la désigne comme une cible potentielle pour le développement de vaccins muqueux, en particulier pour l'obtention de réponses humorales (IgA) aux interfaces muqueuses.
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Martin, Estelle. "Les conséquences de l’infection par le virus chikungunya sur les vecteurs du genre Aedes." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066306.
Анотація:
Le virus chikungunya (CHIK) transmis par les moustiques Aedes aegypti et Aedes albopictus a émergé dans la région de l’Océan Indien en 2005-2006. Sur l’île de La Réunion, un changement de vecteur semble avoir favorisé la sélection d’un nouveau variant viral plus efficacement transmis par Ae. Albopictus. L’efficacité de ce système virus–vecteur est-elle associée à un cout de l’infection virale ? En se répliquant intensivement, le virus devient néfaste au vecteur qui pour réduire les effets négatifs de l’infection, peut modifier certains traits d’histoire de vie. Nous avons montré que l’infection virale conduit à une diminution de la survie qui est compensée par un investissement plus précoce de ses ressources vers la reproduction : Ae. Albopictus de La Réunion infectée par le virus CHIK pond plus tôt juste avant de mourir. A Mayotte, Ae. Aegypti et Ae. Albopictus co-existent et partagent souvent les mêmes gîtes larvaires entrainant une compétition pour les mêmes ressources nutritives. Nous avons montré que la compétition n’influe pas sur la compétence vectorielle. Néanmoins, lorsque les larves des deux espèces sont présentes en proportions équivalentes, Ae. Albopictus est favorisée : un meilleur taux de survie et un taux d’infection disséminée plus élevée. Pour contrôler l’infection virale, les moustiques ont développé des mécanismes de défense qui reposent entres autres sur l’ARN interférence (RNA). Nos résultats préliminaires montrent que la diminution de l’expression des gènes ago2 et dcr2 n’affectent pas la réplication du virus CHIK dans les conditions de laboratoires utilisées.
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Schikorski, David. "Mise en évidence de molécules impliquées dans la réponse immunitaire innée du système nerveux central de la sangsue médicimale Hirudo medicinalis." Lille 1, 2007. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2007/50376-2007-303.pdf.
Анотація:
Longtemps considéré comme un organe dépourvu de toute immunité, le système nerveux central (SNC) des vertébrés est capable de mettre en place une réponse immunitaire innée intrinsèque. Peu d'études ont porté sur cette réponse chez les invertébrés. Nous avons donc choisi d'étudier la réponse immunitaire innée du SNC d'un invertébré: la sangsue médicinale Hirudo medicinalis. En effet, le SNC de cet invertébré est capable de se réparer totalement suite à une blessure en présence ou non de micro-organismes pathogènes. Cette faculté implique l'existence d'une réponse immunitaire innée efficace au sein du SNC de cet animal. Au cours de cette étude, nous avons donc entrepris la recherche d'effecteurs moléculaires impliqués dans cette défense. Des approches biochimiques et moléculaires nous ont notamment permis de mettre en évidence au niveau du SNC la présence de deux peptides antibactériens, la neuromacine et l' Hmlumbricine, et d'une cytokine proinflammatoire, l'Hm-EMAP II. Le rôle de ces différentes molécules au cours de la réponse anti-infectieuse du système nerveux a également été étudié. D'une façon générale, l'ensemble de nos résultats indiquent que ces différentes molécules sont impliquées dans la réponse immunitaire innée du SNC de la sangsue médicinale. Par ce travail, nous montrons que la chaîne nerveuse d' H. Medicinalis est capable de répondre à une infection par la mise en place d'une réponse immunitaire innée élaborée et comparable à celle existant chez les vertébrés.
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Giroux, Leprieur Etienne. "Facteurs de résistance à la chimiothérapie à base de sels de platine dans les cancers bronchiques non à petites cellules : Rôle de la voie Sonic Hedgehog dans la chimiorésistance." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066223/document.
Анотація:
Le cancer bronchique non à petites cellules (CBNPC) est particulièrement chimiorésistant. Aucun marqueur robuste de chimiorésistance n'a été validé dans ce type de cancer. Nous avons cherché à décrire dans ce travail des marqueurs innovants de résistance à la chimiothérapie à base de platine dans les CBNPC. Après avoir étudié les caractéristiques cliniques et moléculaires habituelles des patients réfractaires à la chimiothérapie, nous avons étudié le rôle de la voie Sonic Hedgehog (Shh) dans le CBNPC et son impact en termes de chimiorésistance. Nous avons ainsi montré que cette voie de signalisation, connue comme liée aux cellules souches cancéreuses, est corrélée au caractère réfractaire à la chimiothérapie. L'expression de Gli2 est associée à la progression tumorale, à la survie sans progression et à la survie globale. Nous avons également démontré une corrélation entre l'activation de la voie Shh et la transition épithélio-mésenchymateuse, qui est liée à l'agressivité tumorale, le pouvoir métastasiant et la chimiorésistance. Nous avons aussi validé le rôle de la voie Shh dans la prolifération tumorale et la chimiorésistance dans un autre modèle de cancer thoracique, le mésothéliome pleural malin. Enfin, nous nous sommes intéressés à l'expression de hPAF1C (human polymerase II-associated factor 1 complex), facteur suractivé dans les cellules souches cancéreuses et lié à l'activation de la voie Shh. Nous avons montré que l'expression de hPAF1C est associée à un mauvais pronostic et à la prolifération tumorale par interaction avec c-Myc. Ces résultats soulignent le rôle important de la voie Shh dans le CBNPC en termes de chimiorésistance et d'agressivité tumoraleNon-small cell lung cancer (NSCLC) is known to be chemoresistant. Few robust markers of chemoresistance have been validated so far in this type of cancer. We have described in this work new innovative markers of resistance to cisplatin-based chemotherapy in NSCLC. After the study of usual clinical and molecular caracteristics of patients who were refractory to chemotherapy, we have then explored the role of the Sonic Hedgehog (Shh) pathway in NSCLC and its impact in term of chemoresistance. We have shown that Shh pathway, closely linked with cancer stem cells, was correlated with the refractory property to chemotherapy. Positive Gli2 immunohistochemistry score was associated with tumor progression et progression-free survival. We have also demonstrated a correlation between Shh activation and epithelial-mesenchymal transition, known to be linked with tumor aggressiveness, metastatic ability and chemoresistance. We have then validated the great role of Shh pathway in tumor proliferation and chemoresistance in another thoracic cancer, known to be chemoresistant, the malignant pleural mesothelioma. At last, the impact of ceancer stem cells on tumor aggressiveness and prognosis has been demonstrated through the study of the expression of hPAF1C (human polymerase II-associated factor 1 complex), described as overactivated in cancer stem cells and linked to Shh pathway activation. We have shown that hPAF1C expression was associated with poor prognosis and with tumor proliferation through an interaction with c-Myc. These results underline the major role of Shh pathway and cancer stem cells in SNCLC in term of chemoresistance and tumor aggressiveness
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Cover, Stéphane. "Pneumopathie d'hypersensibilité aux sels d'or : revue de la littérature et apport de la tomodensitométrie, à propos d'un cas." Montpellier 1, 1993. http://www.theses.fr/1993MON11118.
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Chazara, Trokiner Olympe. "Diversité génétique structurale et fonctionnelle du CMH chez le Poulet : Implication pour la résistance aux maladies." Phd thesis, AgroParisTech, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00601989.
Анотація:
Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) est une région génomique complexe des Vertébrés, encore imparfaitement connue chez le poulet, qui présente à certains locus une très grande variabilité génétique et qui joue un rôle central dans l'organisation de la réponse immunitaire d'un animal aux pathologies infectieuses. Le CMH est également une région de choix pour étudier le déterminisme génétique de l'adaptation aux agents pathogènes dans un contexte évolutif. De plus une meilleure connaissance du déterminisme génétique de la réponse immunitaire contre les agents pathogènes est un atout important pour développer une stratégie globale de lutte contre les maladies infectieuses. Nous avons donc entrepris d'utiliser les récents outils de la génomique, notamment des marqueurs génétiques de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) afin de caractériser la région B du CMH du poulet. En premier lieu, la diversité génétique a été évaluée dans plus de 80 races ou populations en utilisant le marqueur LEI0258. Ensuite, afin de couvrir l'ensemble de la région à l'aide de marqueurs SNPs, nous avons choisi d'identifier ces polymorphismes par reséquençage de 11 gènes d'intérêt et par comparaison des séquences obtenues entre elles et avec la séquence du génome et les séquences de référence disponibles dans les bases de données. En parallèle, ces travaux ont également permis d'améliorer la connaissance de certains gènes, notamment trois gènes de classe II non classiques de type DM. Une puce de 96 SNPs dédiée à la région B du CMH du poulet a été produite et devrait rapidement permettre d'exploiter des études d'infections expérimentales réalisées à l'INRA.
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Chazara, Olympe. "Diversité génétique structurale et fonctionnelle du CMH chez le Poulet : implication pour la résistance aux maladies." AgroParisTech, 2010. https://pastel.hal.science/index.php?halsid=35l606vho81sjdsfhrtdi0bke1&view_this_doc=pastel-00601989&version=1.
Анотація:
Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) est une région génomique complexe des Vertébrés, encore imparfaitement connue chez le poulet, qui présente à certains locus une très grande variabilité génétique et qui joue un rôle central dans l'organisation de la réponse immunitaire d'un animal aux pathologies infectieuses. Le CMH est également une région de choix pour étudier le déterminisme génétique de l'adaptation aux agents pathogènes dans un contexte évolutif. De plus une meilleure connaissance du déterminisme génétique de la réponse immunitaire contre les agents pathogènes est un atout important pour développer une stratégie globale de lutte contre les maladies infectieuses. Nous avons donc entrepris d'utiliser les récents outils de la génomique, notamment des marqueurs génétiques de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) afin de caractériser la région B du CMH du poulet. En premier lieu, la diversité génétique a été évaluée dans plus de 80 races ou populations en utilisant le marqueur LEI0258. Ensuite, afin de couvrir l'ensemble de la région à l'aide de marqueurs SNPs, nous avons choisi d'identifier ces polymorphismes par reséquençage de 11 gènes d'intérêt et par comparaison des séquences obtenues entre elles et avec la séquence du génome et les séquences de référence disponibles dans les bases de données. En parallèle, ces travaux ont également permis d'améliorer la connaissance de certains gènes, notamment trois gènes de classe II non classiques de type DM. Une puce de 96 SNPs dédiée à la région B du CMH du poulet a été produite et devrait rapidement permettre d'exploiter des études d'infections expérimentales réalisées à l'INRAThe major histocompatibility complex (MHC) is a complex genomic region in Vertebrates, still imperfectly known in the chicken and which shows a great genetic variability. The MHC is also an interesting region for studying the genetic determinism of adaptation to pathogens in an evolutionary context. Moreover, the MHC plays a central role in the immune response of an animal to infectious diseases, while a better understanding of the genetic determinism of the immune response against pathogens is important for developing a comprehensive strategy to fight against infectious diseases. We therefore used recent tools of genomics, including genetic markers such as SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) to characterize the B region of the chicken MHC. First, genetic diversity has been evaluated in more than 80 breeds or populations with the LEI0258 marker. Then, to cover the entire region using SNP markers, we chose to identify these polymorphisms by resequencing 11 genes of interest and comparing the sequences obtained with the genome sequence and reference sequences available in databases. It also led to the improvement of the knowledge of a number of genes, including three DM-like non-classical class II genes. A 96 SNPs chip, dedicated to the B region of the chicken MHC, has been produced and will soon provide the genotypes of a number of infectious challenge studies conducted at INRA
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Richard, Manon. "Clusters de gènes de résistance aux maladies chez le haricot commun : bases moléculaires, régulation et évolution." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA112401.
Анотація:
Le haricot commun est la légumineuse à graine la plus consommée au monde en alimentation humaine. Le génome du haricot possède plusieurs énormes clusters de gènes de résistance (R) qui ont la particularité de se cartographier en extrémité de groupes de liaison. Le génome du haricot commun (génotype Andin G19833) a été récemment séquencé et nous avons participé à ce projet en annotant la famille des NB-LRR (NL), classe prépondérante des gènes de résistance. Ces données génomiques nous ont permis de réaliser les 3 études suivantes. (i) L’identification des bases moléculaires de Co-x un gène R vis-à-vis d’une souche très virulente de C. lindemuthianum chez JaloEEP558 a été initiée. La cartographie fine de Co-x suivie du séquençage de la région cible chez JaloEEP558 (Co-x) a permis d’identifier un gène candidat codant une kinase atypique qui pourrait être la cible d’un effecteur fongique, gardée par un gène R. (ii) Des études récentes ont mis en évidence l’implication de petits ARNs (miRNAs induisant la production de phased siRNAs) dans la régulation de l’expression des NL. Le séquençage et l’analyse de banques de sRNAs de haricot nous ont permis d’identifier ce mécanisme et de mettre le doigt sur un nouveau mécanisme de régulation des NL impliquant des sRNAs de 24 nt. (iii) Des ADN satellites ont été étudiés à l’échelle du génome du haricot. L’étude des centromères de haricot a permis de mettre en évidence l’existence de 2 ADN satellites différents, Nazca et CentPv2. Nous avons également étudié un ADN satellite subtélomérique khipu précédemment identifié au niveau de 2 clusters de gènes R du haricot. L’étude de khipu à l’échelle du génome suggère l’existence d’échanges fréquents de séquences entre subtélomères de chromosomes non homologues. Ces résultats nous ont amenés à proposer que des éléments structuraux et une combinaison de mécanismes de régulation (TGS et PTGS) permettent la prolifération des NL sans effet néfaste pour la plante, conduisant à l’obtention de très gros clusters de NL dans le génome du haricotCommon bean is the main source of protein for human consumption in many developing countries. Several huge disease resistance (R) gene clusters have been mapped at the end of common bean linkage groups. The common bean genome (Andean genotype G19833) has recently been sequenced. Access to the complete genome sequence of common bean allowed us to annotate the Nucleotide Binding-Leucine Rich Repeat (NL) encoding gene family, the prevalent class of disease R genes in plants, and to perform the 3 following studies: (i) We have investigated the molecular basis of Co-x, an anthracnose R gene to a highly virulent strain of C. lindemuthianum, previously identified in the Andean cultivar JaloEEP558. Fine mapping of Co-x and sequencing of the target region in JaloEEP558, allowed us to identify a candidate gene encoding an atypical kinase. We hypothesised that this atypical kinase is a fungal effector target. (ii) Several recent studies have highlighted the role of small RNA (miRNAs that triggered phased siRNAs production) in the regulating of NL gene expression. Analyses of small RNAs libraries of common bean led to the identification of this mechanism in common bean and also allowed us to propose a new NL regulation pathway involving 24 nt sRNAs. (iii) We have studied centromeric and subtelomeric satellite DNAs at common bean genome level. We have identified 2 different satellite DNAs in common bean centromeres, Nazca and CentPv2. We have also conducted the analyze of the subtelomeric satellite khipu, previously identified in common bean R clusters and confirmed that frequent sequence exchange occurs between non-homologous chromosome ends in common bean genome. Together, these results led us to propose that both structural elements and a combination of regulatory mechanisms (TGS, PTGS) allow the amplification of NL sequences without detrimental effect for the plant leading to the large NL clusters observed in common bean
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Bussmann, Vincent. "Caractérisation physique et expression du gène NRAMP1 chez les petits ruminants : application à l'évaluation de son rôle dans la résistance du mouton à la salmonellose abortive ovine." Tours, 1999. http://www.theses.fr/1999TOUR3806.
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Percoco, Giuseppe. "Biomolécules et immunité cutanée en lien avec l'écologie microbienne de la peau." Rouen, 2012. http://www.theses.fr/2012ROUES007.
Анотація:
Interface entre l‟organisme et l‟environnement, la peau est le plus grand organe qui assure une fonction « barrière » vis-à-vis des stress biotiques ou abiotiques. Elle est constituée de trois couches cellulaires superposées: l‟hypoderme, le derme, et l‟épiderme. L’épiderme renferme également quatre couches cellulaires distinctes: la couche basale, la couche épineuse, la couche granuleuse et la couche cornée. Les kératinocytes issus de la couche basale, constituent le type cellulaire le plus abondant au sein de l‟épiderme. Dans ce projet, nous avons analysé l‟expression de nombreux gènes (gènes structuraux et gènes de défense) par PCR quantitative en temps réel, au sein des différentes couches épidermiques isolées d‟explant de peau humaine saine par microdissection laser (Laser Capture Microdissection, LCM). Nous avons ensuite évalué les effets de bactéries du microbiome cutané sur l‟expression de gènes de défense. La distribution des produits de ces gènes a également été examinée par une approche immunocytochimique. Les résultats majeurs obtenus sont décrits ci-après. 1) Nous avons optimisé le protocole de LCM pour isoler deux fractions épidermiques respectivement enrichies en kératinocytes de la couche basale et de la couche granuleuse (Percoco et al. , 2012. Experimental Dermatology 21, 531-534). Cet outil prometteur est maintenant aisément applicable à la recherche en Dermatologie. 2) Nous avons montré, que dans une peau humaine saine, les gènes responsables de l‟immunité innée, codant notamment pour les bêta-defensines humaines de type 2 et 3 (human beta-defensin, hBD), sont exprimés de façon différentielle au sein des couches épidermiques. 3) Nous avons observé que les trois bactéries Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus aureus et Pseudomonas fluorescens sont capables de moduler positivement l‟expression des gènes codant pour des beta-defensines (hBD2 et hBD3) et des cytokines pro-inflammatoires (IL-1 alpha et bêta et IL-6). 4) En utilisant des anticorps spécifiques, nous avons localisé les produits de ces gènes dans les différentes couches épidermiques, à l‟échelle cellulaire par microscopie à épifluorescence, et à l‟échelle ultrastructurale par microscopie électronique à transmission (Percoco et al. , Soumis).
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Sire, Christelle. "Etude des effets de la protéine P1 et du virus de la panachure jaune du riz (Rice yellow mottle virus) sur l'extinction post-transcriptionnelle des gènes : application à la construction de vecteurs viraux chez le riz." Perpignan, 2005. http://www.theses.fr/2005PERP0598.
Анотація:
Les virus phytopathogènes,ont développé des stratégies pour empêcher le mécanisme de silencing (PTGS), constituant une défense anti-virale efficace, grâce à la spécialisation d'une, ou plusieurs, de leurs protéines vers cette fonction. L'étude présentée porte sur l'analyse de la suppression du silencing, lors d'une interaction naturelle entre le Rice yellow mottle virus (RYMV), agent responsable de la panachure jaune en Afrique, et son hôte,le riz (Oryza sativa L. ). Pour ce virus hautement variable, la phylogénie d'une collection d'isolats de RYMV est bien caractérisée. L'ensemble de ces données, a été utilisé pour mener une étude comparative, qui a permis d'apprécier le rôle de la protéine P1, sur le PTGS du gène rapporteur gus chez O. Sativa et chez Nicotiana benthamiana. Cette analyse a révélé une forte variabilité sur l'efficacité de la suppression. Lors d'une infection de O. Sativa par différents isolats de RYMV, une aptitude différentielle à contourner le mécanisme de PTGS a été révélée, en fonction de leur phylogénie et de leur pathogénie : l'efficacité globale du RYMV pour la suppression de PTGS sur un transgène, n'est pas reliée à la phylogénie, et est inversement corrélée à son pouvoir pathogène. Ces résultats suggèrent que la suppression du PTGS lors d'une infection naturelle, est la résultante d'un mécanisme complexe. L'implication probable de la CP dans ce mécanisme, a été révélé par l'analyse de la dérégulation des miARN. Ces résultats sont d'autant plus intéressants, qu'ils pourront être mis à profit, pour l'optimisation de vecteurs d'expression et de VIGS développés dans une deuxième étudeMost plant viruses have evolved to conteract the defence mechanism based on RNA silencing. Thus, many viral proteins have been well studied for their features in silencing suppression. Among these proteins, P1 protein from Rice yellow mottle virus, responsible for serious disease in irrigated rice systems in Africa, has been described. This study characterised silencing suppression features of RYMV under natural infection on rice plants. Biolistic delivery assays on rice leaves and Agrobacterium-based leaf infiltration assays on Nicotiana benthamiana, determined that P1 undergoes silencing with variable efficiency when inoculating different P1. Moreover, as RYMV is a highly diverse virus, both at genetic scale or at pathogenicity scale, we attempted to evaluate variability of silencing suppression with RYMV particles. Infected O. Sativa with different RYMV isolates, exhibited contrasted silencing suppression on uidA transgene. We thus revealed that RYMV has a qualitative effect on silencing suppression, which is not correlated to virus phylogeny. Silencing suppression at virus scale was also inversely correlated to pathogenicity of isolates. These results suggested that silencing suppression occuring under RYMV infection, is a complex mechanism. Thus, the involvement of the coat protein, on miRNA accumulation regulation, was demonstrated in transgenic rice lines expressing this protein. Moreover these results will be usefull to improve RYMV-based expression and VIGS vectors, that have been developed in a second study. The purpose of this work is to assess the ability of construction of RYMV-based expression and VIGS vectors and to evaluate gene insertion constraint
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Leone, Philippe. "Etudes structurales de protéines impliquées dans la réponse immunitaire innée des insectes." Aix-Marseille 1, 2005. http://www.theses.fr/2005AIX11077.
Анотація:
Apres une infection microbienne, l'activation de la réponse immunitaire innée dans l'hémolymphe des insectes implique principalement deux familles de protéines: les récepteurs qui interagissent spécifiquement avec des motifs moléculaires à la surface de l'intrus, et les protéases à serines qui amplifient et régulent le signal par des cascades protéolytiques. J'ai utilisé différents systèmes d'expression (bactérie, levure, cellules d'insectes) pour produire quatre clip-trypsines de la drosophile afin de résoudre leur structure cristallographique. Ces protéases à serines de type trypsine possèdent au moins un court domaine N-terminal riche en cystéines, appelé ‘clip' et responsable de la régulation de l'enzyme. Le meilleur résultat a été obtenu avec les cellules SF9 qui expriment et sécrètent correctement la clip-trypsine CG9733. D'autre part, le domaine clip de CG16705 a été renaturé à partir de corps d'inclusion exprimés dans la bactérie. Dans le contexte d'une collaboration avec le laboratoire IBMC (Strasbourg) j'ai exprimé le récepteur PGRP-SD dans des cellules S2 et résolu sa structure cristallographique. Cette protéine de reconnaissance du peptidoglycane (PGRP) isolé chez la drosophile est un récepteur des bactéries Gram+, comme PGRP-SA. Les résultats suggèrent toutefois que les deux récepteurs reconnaissent différemment le peptidoglycane de ces bactéries, et qu'ils interagissent avec des corécepteursdifférents. Bien que le site de fixation du peptidoglycane soit conservé, la comparaison des structures de PGRP-SA et PGRP-SD montre des changements importants dans son environnement proche, en particulier dans la répartition des charges électrostatiques. De plus l'analyse des résidus de surface met en évidence une région non conservée entre les deux récepteurs et probablement impliquée dans l'interaction avec un co-récepteur, ainsi qu'une crevasse hydrophobe conservée chez toutes les PGRPUpon microbial infection, the activation of innate immunity in the hemolymph of insects involves principally two protein families: receptors which interact with specific molecular patterns on microorganisms, and serine proteases which amplify and regulate the signal through proteolytic cascades. I used different expression systems (bacteria, yeast and insect cells) to produce four drosophila clip-trypsins in order to solve their crystallographic structure. These trypsin-like serine proteases have at least one small N-terminal cysteine-rich domain called ‘clip' which is involved in the regulation of the enzyme. The best result was obtained with SF9 cells which expressed and properly secreted the clip-trypsin CG9733. The clip domain of CG16705 was also refolded from inclusion bodies expressed in bacteria. In collaboration with the laboratory IBMC (Strasbourg), I expressed the receptor PGRP-SD in drosophila S2 cells and solved its crystallographic structure. This peptidoglycan recognition protein (PGRP) from drosophila is a receptor for Gram+ bacteria, as PGRP-SA, but the data suggest they recognize different bacteria and interact with different co-receptors. Although the peptidoglycan binding site is conserved, the comparison of PGRP-SD and PGRP-SA structures reveals some differences, especially in the surface charge distribution. Furthermore, the analysis of surface residues highlights two regions: one that is not conserved between the two receptors and probably interacts with co-receptors, the other, a hydrophobic crevice that is highly conserved across the PGRP family
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Levy, Francine. "Analyse de la réponse immunitaire de la drosophile par une approche protéomique." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/LEVY_Francine_2005.pdf.
Анотація:
Grâce au séquençage du génome de la drosophile en mars 2000, les analyses post-génomiques sur cet insecte ont connu un essor exceptionnel. L'étude de l'expression des gènes et de leurs produits peut être abordée soit en mesurant le niveau quantitatif des ARN messagers (transcriptomique), soit en étudiant directement les peptides/protéines présents à un instant donné (peptidomique/protéomique). Ces deux approches sont complémentaires, cependant seule la seconde permet d'étudier les modifications post-traductionnelles, jouant un rôle essentiel dans la fonctionnalité des protéines, ou encore les interactions au sein de complexes multiprotéiques fonctionnels. Au cours de ma thèse, j'ai mis en place une stratégie d'étude protéomique afin d'analyser les protéines de l'hémolymphe de drosophile contrôles ou infectées expérimentalement. Pour cela, deux techniques ont été utilisées : la première est basée sur l'électrophorèse bidimensionnelle, et la seconde sur le marquage différentiel isotopique des échantillons. En comparant les profils protéiques de l'hémolymphe des drosophiles avant et après infection, j'ai mis en évidence et identifié de nombreuses molécules dont la concentration relative varie significativement suite à l'infection. Certaines correspondent à des protéases ou des inhibiteurs de protéase, d'autres à des protéines sensorielles, des molécules antioxydantes, des protéines de liaison aux lipides, au calcium et au fer. Les résultats obtenus ont permis de mettre en évidence de nouveaux candidats dont l'implication dans la réponse immunitaire était insoupçonnée jusqu'alors. L'analyse protéomique globale réalisée au cours de ma thèse nous a ainsi permis d'ouvrir de nouvelles perspectives pour aborder l'étude des mécanismes de défense de la drosophileSequencing of the genome of the insect model, Drosophila melanogaster, which was completed in 2000, gave a great impetus to post-genomic studies. Investigation of gene and gene product expression can be achieved by transcriptomic and peptidomic/proteomic analyses. These approaches are complementary, however, only the latter allows the study of post-translational modifications, which play an important role in protein functionality, or interactions within protein complexes. Improvements in advanced techniques and bioinformatics provide new tools to characterize proteins involved in physiological processes, such as the immune response of Drosophila. Profiling of the proteins present in the hemolymph of noninfected flies versus flies infected by various microorganisms, was realized by two-dimensional gel electrophoresis and differential isotope labelling of samples. Through this differential analysis, various families of molecules were found to be regulated after the infection. Among them, I identified proteases, protease inhibitors, odorant binding proteins and molecules involved in the binding of lipids, calcium or iron. These molecules are thus new candidates for the further detailed investigation of innate immune mechanisms. In summary, this differential proteomic analysis of the immune response of Drosophila, provides new prospects for the study of proteins regulated during innate immunity
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Michel, Tatiana. "Rôle des protéines de reconnaissance du peptidoglycane (PGRPs) dans la réponse immunitaire de la drosophile." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13107.
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Bischoff, Vincent. "Rôle des PGRPs dans l'activation et dans le contrôle de la réponse immunitaire de Drosophila melanogaster." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/BISCHOFF_Vincent_2006.pdf.
Анотація:
Cette thèse porte sur le rôle des PeptidoGlycan Recognition Proteins au cours de la réponse immunitaire innée de la drosophile. Mes résultats démontrent que PGRP-SD coopère avec PGRP-SA et GNBP-1 dans la reconnaissance des bactéries à Gram-positif et l’activation de la voie immune Toll, contrôlant l’induction de certains peptides antimicrobiens. J’ai ensuite démontré que PGRP-SC1 et SC2, qui ont une activité enzymatique amidase, régulent activement la voie IMD. En dégradant le peptidoglycane, ces amidases diminuent en effet son pouvoir immuno-stimulateur. L’absence de contrôle de la réponse immunitaire à des effets développementaux, probablement liés à l’augmentation de l’apoptose. Un travail préliminaire sur PGRP-LF, indique que cette protéine fonctionne comme régulateur négatif des voies IMD et JNK. PGRP-LF agit en l’absence et en présence d’une infection, en limitant l’activation de ces deux voies de signalisation au cours du développement.
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Abi, Khattar Ziad. "Impact de la résistance aux peptides antimicrobiens et aux composés toxiques sur les interactions bactéries-insectes : cas des infections par Photorhabdus luminescens et Bacillus cereus." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20202.
Анотація:
Les peptides antimicrobiens (PAMs) sont les principaux effecteurs de la réponse immunitaire humorale des insectes. Les entérobactéries des genres Photorhabdus et Xenorhabdus et les bacilles à Gram-positif Bacillus cereus et Bacillus thuringiensis sont capables d'infecter et tuer de nombreux insectes à l'état larvaire. Ceci suggère qu'ils développent des stratégies de résistance à ces peptides. L'objectif de ce travail a été d'identifier les gènes qui confèrent la résistance aux PAMs chez P. Luminescens et B. Cereus et d'étudier leur rôle dans l'infection chez les insectes. Dans un premier temps, nous avons démontré que la résistance in vitro aux PAMs des souches de Xenorhabdus n'est pas corrélée à leur virulence chez les insectes contrairement à celle de P. Luminescens et B. Thuringiensis. Chez P. Luminescens, nous avons identifié le gène msbB (lpxM) qui code une acétyltransférase impliquée dans l'acylation secondaire du lipide A du lipopolysaccharide. L'expression hétérologue de msbB de P. Luminescens chez un mutant lpxM de Klebsiella pneumoniae sensible aux PAMs complémente la résistance de ce mutant aux PAMs. En parallèle, nous avons étudié le rôle de la pompe à efflux MdtABC de P. Luminescens durant le processus infectieux. La délétion du gène mdtA de P. Luminescens a montré que ce gène n'est essentiel ni à la résistance à divers agents antimicrobiens (dont les PAMs) ni à la virulence chez les insectes. En utilisant une souche de TT01 contenant une fusion transcriptionnelle entre le promoteur du gène mdtA et le gène rapporteur codant la GFP (Green Fluorescent Protein), nous avons montré que l'expression des gènes mdtABC n'est pas constitutive in vitro mais qu'elle est significativement induite par le cuivre. Néanmoins, cet opéron est fortement induit après culture dans des surnageants de cultures bactériennes en phase stationnaire et durant les phases tardives de l'infection chez les insectes. Cette forte induction est observée exclusivement au niveau des bactéries qui colonisent les matrices extracellulaires de l'organe hématopoïétique de Locusta migratoria et du tube digestif de Spodoptera littoralis. Pour la première fois chez une bactérie entomopathogène, nous avons mis en évidence un signal spécifique d'un tissu de l'insecte induisant l'expression de gènes bactériens durant l'infection. Enfin, nous avons étudié le locus dlt de B. Cereus impliqué dans la D-alanylation des acides téchoïques chez les bactéries à Gram-positif et dont une région similaire est retrouvée chez P. Luminescens. Nous avons démontré qu'un mutant de l'opéron dlt de B. Cereus est fortement sensible in vitro à l'action des PAMs cationiques dont ceux de l'immunité innée des insectes tels que le lysozyme et un PAM inductible la cécropine B de Spodoptera frugiperda. Ce mutant est également avirulent par injection intrahémocoelique chez les insectes. Ces derniers résultats illustrent bien la corrélation entre la résistance aux PAMs et la virulence chez les bactéries entomopathogènesAntimicrobial peptides (AMPs) are the major effectors of insect humoral immune response. Enterobacteria of the genera Photorhabdus and Xenorhabdus as well as the Gram-positive bacilli Bacillus cereus and Bacillus thuringiensis are able to infect and to kill many insects at larval stage. That suggests that bacteria develop mechanisms of resistance to these AMPs. The goal of this study was to identify genes that confer resistance to AMPs in P. Luminescens and B. Cereus and to study their role in insect infections. In this study, we first demonstrated that in vitro AMP resistance of Xenorhabdus strains is not correlated with their virulence in insects unlike P. Luminescens and B. Thuringiensis strains. In P. Luminescens, we identified the msbB (lpxM) gene which encodes an acetyltransferase involved in the secondary acylation of lipid A moiety of the Lipopolysaccharide. The heterologous expression of P. Luminescens msbB gene in the AMP sensitive Klebsiella pneumoniae lpxM mutant restores AMP resistance to the wild-type levels. In addition, we addressed the role of P. Luminescens MdtABC efflux pump during the infection process. Inactivation of P. Luminescens mdtA gene allowed us to show that this gene is neither essential for in vitro resistance to various antimicrobial agents (including AMPs) nor for virulence in insects. Using a strain of P. Luminescens harbouring a transcriptional fusion of the mdtA gene promoter with a reporter gene encoding the Green Fluorescent Protein (GFP), we showed that in vitro mdtABC operon expression is not constitutive but it is significantly induced by copper. Nevertheless, this operon is highly induced in supernatants from stationary phase bacterial cultures as well as during late stages of insect infection. This strong mdtABC induction was only observed within bacteria colonizing the extracellular matrixes of Locusta migratoria hematopoietic organ and Spodoptera littoralis gut. For the first time in entomopathogenic bacteria, we identified a specific signal from an insect tissue that induces bacterial gene expression during infection. Finally, we studied the dlt locus of B. Cereus which is involved in teichoic acid D-alanylation in Gram-positive bacteria. A similar dlt region was also found in P. Luminescens. We have shown that a B. Cereus dlt operon mutant is highly sensitive to the in vitro action of AMPs including those of insect innate immunity such as lysozyme and the inducible AMP cecropin B of Spodoptera frugiperda. This mutant was also avirulent after intrahemocoelic injection within insects. These results illustrate the correlation between AMP resistance and virulence in entomopathogenic bacteria
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Vézilier, Julien. "Résistance aux insecticides et transmission de la malaria chez le moustique Culex pipiens." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20038.
Анотація:
L'évolution de la résistance aux insecticides chez les moustiques responsables de la transmission de maladies infectieuses compromet notre capacité à contrôler ces populations de vecteurs et pose de graves problèmes de santé publique. Mais les nombreuses modifications physiologiques associées au phénomène de résistance aux insecticides pourraient altérer l'épidémiologie de ces maladies de manière plus indirecte en modifiant la capacité vectorielle des moustiques. Afin d'étudier cette question nous avons mis en place un nouveau système expérimental composé du parasite aviaire Plasmodium relictum SGS1 et de son vecteur naturel le moustique Culex pipiens. Nous avons étudié l'effet de différents allèles de résistance aux insecticides (représentant deux mécanismes principaux i.e. la résistance métabolique ou la modification de la cible) sur une série de traits d'histoire de vie du parasite et du moustique. L'impact de ces différents allèles a été étudié d'une part, dans les conditions contrôlées de leur expression dans un même fond génétique (en utilisant plusieurs souches de moustiques isogéniques), et d'autre part, dans les conditions plus réalistes de leur expression dans un fond génétique hétérogène (utilisation de moustiques échantillonnés sur le terrain). Nous montrons que la résistance aux insecticides a des effets pleïotropes sur l'immunocompétence et les traits d'histoire de vie des moustiques. Son effet sur le développement de Plasmodium semble en revanche limité. Nous discutons d'une part, de la nécessité de poursuivre une approche multifactorielle (impliquant la physiologie, l'immunité et le comportement des moustiques) afin de mieux comprendre l'impact de la résistance aux insecticides sur la transmission de Plasmodium, et d'autre part des perspectives intéressantes qu'offrent ce nouveau système expérimental pour l'étude de l'écologie évolutive des maladies à vecteursThe evolution of insecticide resistance in mosquitoes threatens our ability to control many-vector-transmitted diseases, thereby raising serious public health issues. Insecticide resistance entails numerous physiological changes in mosquitoes. This thesis investigates whether these physiological changes alter the quality of mosquitoes as vectors of malaria. To address this issue, we developed a new experimental system consisting in the avian malaria parasite Plasmodium relictum SGS1 and its natural vector, the mosquito Culex pipiens. We investigated the impact of two insecticide resistance mechanisms (target site resistance and metabolic resistance) on several mosquito and parasite life history traits relevant for malaria transmission. The effect of different insecticide resistant genes was investigated using both isogenic laboratory mosquito strains (i.e. against a homogeneous genetic background) and sympatric field caught mosquitoes (i.e. under the more realistic, albeit noisier, conditions of a heterogeneous genetic background). We show that insecticide resistance has a pleiotropic effect on several mosquito traits (immunocompetence, longevity, fecundity), whereas it has only a limited effect on Plasmodium development. We discuss, on the one hand, the need to pursue such a multi-factorial approach (combining the mosquito physiology, immunity and behavior) to better understand the impact of insecticide resistance on malaria transmission and, on the other hand, the promising perspectives offered by this new experimental system for studying the evolutionary-ecology of infectious diseases
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Charles, Marie Thérèse. "Bases physiologiques de la résistance aux maladies post-récolte induite par les rayons UV chez la tomate." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp03/NQ51252.pdf.
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Meaux, Juliette de. "Polymorphisme moléculaire relatif à la résistance aux maladies dans les populations naturelles de haricot commun (Phaseolus vulgaris)." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112001.
Анотація:
La dissection moléculaire de la diversité aux loci complexes de gènes de résistance chez les plantes suggère que des pressions de sélection pourraient avoir contribué à leur évolution. Chez le haricot commun (Phaseolus vulgaris) 2 familles multigéniques de Gènes de Résistance Candidats (RGCs) ont été identifiées. L'une d'entre elles est une famille très complexe présentant un grand nombre de membres. Afin d'appréhender les forces évolutives qui ont contribué à leur évolution, la diversité RFLP présentée par ces deux familles de RGCs a été étudiée dans des populations naturelles de haricot commun échantillonnées dans différentes régions et différents pays. La diversité des populations étudiées à été antérieurement caractérisée pour des marqueurs neutres et pour des phénotypes de résistance à des souches de Colletotrichum lindemuthianum, l'un des agents pathogènes principaux du haricot. .Molecular analysis of diversity at complex resistance gene loci suggest that selection could have contributed to their organisation. In common bean (Phaseolus vulgaris) two multigenic families of Resistance Gene Candidates (RGCs) have been identified, among which one shows a greater complexity with more numerous members than the other. In an attempt to bring insight into the question of the evolutionary forces which may have shaped their evolution, RFLP polymorphism for these 2 gene families was assessed in wild populations sampled across several regions. The populations had been previously assessed for diversity at neutral loci (RAPD) and diversity for resistance phenotypes to strains of Colletotrichum lindemuthianum, one of the major pathogen of bean. RGC polymorphism was detected for both gene families both within and among populations, at all geographical scales. The analysis of diversity shown by the less complex of the two families indicates that copy number polymorphism may be found at all geographical scales. .
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Ballimi, Elsa. "Etude des interactions riz-Magnaporthe oryzae. Diversité, origine et évolution du locus du gène de résistance Pi33." Montpellier, ENSA, 2007. http://www.theses.fr/2007ENSA0035.
Анотація:
La reconnaissance spécifique d’un agent pathogène suit souvent la théorie gène-pour-gène. Ne revue de la littérature à permis de mettre en évidence que 85 gènes et 347 QTL de résistance à M. Oryzae ont été cartographiés. Le produit du gène d’avirulence ACE1 présente l’originalité de ne pas être sécrété. Il se peut donc que le gène de résistance correspondant, Pi33, révèle un mécanisme de résistance original. Nous avons mis en évidence la présence du gène de résistance Pi33 à une fréquence élevée dans les riz cultivés indica. L’utilisation de couples de souches isogéniques a également permis de mettre en évidence Pi33 chez des espèces de riz sauvages. Ces résultats sont en faveur d’une origine ancienne de Pi33. En outre, l’introgression de Pi33 dans la variété IR64 à partir d’une accession de l’espèce sauvage O. Rufipogon a été caractérisée. De plus, une cartographie physique du locus de Pi33 a été réalisée dans une variété résistante. L’étude comparée des séquences de ce locus dans 3 variétés confirme son évolution complexe. Ainsi, 3 gènes candidats de type NBS-LRR ont été identifiés chez une variété sensible contre 7 chez une variété résistante. Le polymorphisme et l’expression des différents gènes candidats ont été caractérisés chez différentes variétés. Cette approche a permis de cibler 3 des NBS-LRR comme les candidats possibles pour Pi33. Différentes stratégies de clonage ont également été initiées ce qui a permis entre autre l’identification de 20 lignées mutantes pour lesquelles une caractérisation fonctionnelle de Pi33 est envisagée. Enfin, l’originalité de l’interaction ACE1/Pi33 pourrait se traduire par une originalité des réactions de défense. L’expression de gènes marqueurs de ces réactions a ainsi été comparée entre différentes interactions incompatibles et compatibles faisant intervenir ou non Pi33. Ces résultats semblent indiquer que même au sein de fonds génétiques différents, Pi33 entraînerait un profil d’expression conservé des gènes de défenseThe specific recognition of the pathogen follows the gene-for-gene theory. A review of the literature allowed to show that 85 genes and 347 QTLs of resistance to Magnaporthe oryzae have already been mapped. The product of the avirulence gene ACE1 of M. Oryzae is original because it is not secreted. Consequently, the resistance gene corresponding to ACE1, Pi33, could reveal a resistance mechanism different from those already known. During this work, the presence of the resistance gene Pi33 was detected at a high frequency in the domesticated rice subspecies indica. Using couples of isogenic strains, Pi33 was also identified in some accessions of wild rice species, suggesting an ancient origin of Pi33. Moreover, we characterized the introgression of Pi33 from an accession of the wild species O. Rufipogon in the variety IR64. In addition, we constructed a physical map of the Pi33 locus in a resistant variety. A partial sequence of the locus in this resistant variety was obtained and compared with the sequence of two susceptible varieties. The comparative study of the locus in 3 varieties confirmed a complex evolution of the locus. 3 NBS-LRR candidate genes were identified in the susceptible variety Nipponbare and 7 in the resistant variety IR64. Sequence polymorphism and level of expression of various candidate genes was characterized in different varieties. Although this approach did not allow identifying Pi33, the identification of 20 mutant lines for Pi33 will allow a functional analysis of the gene. Cloning Pi33 was attempted by different approaches (mutants, complementation). This work is still in progress. Finally, because the originality of the interaction ACE1/Pi33 could result in an original regulation pathway, the expression of marker genes was compared between different incompatible and compatible interactions involving Pi33 or not. These results suggest that even within different genetic backgrounds, Pi33 contributes to a conserved defence pathway
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Ferrero, Frédéric. "Approche physio-pathologique et exploitation génétique de l'expression de la résistance à l'oïdium (sphaerotheca pannosa lev. , var. Rosae) dans le genre Rosa." Avignon, 2005. http://www.theses.fr/2005AVIG0314.
Анотація:
L'oïdium du rosier est une maladie fongique foliaire, à lourdes conséquences économiques, provoquée par Sphaerotheca pannosa var. Rosae qui se développe sur l'hôte sans entraîner sa mort. Ce travail de thèse rapporte une étude en 4 étapes des relations hôte-parasite : 1- L'évaluation de l'expression des symptômes d'oïdium, dans une collection d'espèces botaniques et une de rosiers modernes. Elle a permis d'identifier des génotypes résistants. 2- Un programme de croisements pour évaluer la transmission de la résistance et les aptitudes à la combinaison. L'observation des ségrégations, sur les descendances d'un plan de croisement diallèle entre espèces 2x, a confirmé que le caractère de résistance était gouverné par plusieurs gènes. La démarche d'introgression de résistance, via un dihaploïde 2x de rosier moderne 4x, croisé avec R. Wichuraïana 2x, suivie de croisements frères–sœurs, s'est imposée pour fixer le caractère. 3- La recherche d'outils de criblage. Celle-ci a conduit à un test biologique d'évaluation de la résistance à l'oïdium et à des méthodes d'isolation et de maintien d'inoculum monoconidial. 4- L'étude de l'installation de la cuticule foliaire et de son efficience suivant : génotype, âge de l'organe et conditions d'environnement. Une méthodologie a été établie pour moduler l'installation de la cuticule sur des plantules issues d'in vitro. L'évapotranspiration cuticulaire de génotypes résistants a été mesurée inférieure à celle de sensibles. Enfin, une nutrition élevée en calcium activerait l'installation de la cuticule. En conclusion, l'ensemble de ces résultats contribue à la connaissance de la maladie et à la définition d'une stratégie pour la sélection du caractère de Résistance à l'oïdiumPowdery mildew of the rose tree induces heavy economic consequences. This disease is due to an external fungus Sphaerotheca pannosa var. Rosae that develops on the host without resulting in his death. This work of thesis points out a study in four steps of the relations host-parasite : 1- the evaluation of the expression of the symptoms of powdery mildew, in two collections, one of botanical species and another of modern rose trees. This approach allowed to identify resistant genotypes. 2- a program of crossings to evaluate the transmission of resistance and abilities for combination. The observation of the segregations, on the progenies from a diallele crossing plan between diploid species, confirmed that the character of resistance was controlled by several genes. The process for introgression of resistance, via a dihaploïd (2x) of modern rose tree (4x) cross with R. Wichuraïana (2x) followed with serial brother-sister crossings revealed as essential to fix the character. 3- the search for tools of sifting. This one led to a biological test of evaluation of resistance to powdery mildew and to methods for the isolation of the inoculum and following for the obtainment of mono-conidial isolates. 4- the study of the installation of the foliar cuticle and its efficiency according to : genotype, age of the organ and environmental conditions. A process was established to modulate the installation of the cuticle on plantlets resulting from in vitro. The cuticular evapotranspiration of resistant genotypes was measured lower than that of sensitive. At last, high calcium level in the nutrition of rose tree would activate the biosynthesis of the cuticle. In conclusion, the whole of these results contributes to the knowledge of the disease and to the definition of a strategy for the selection of the character of Resistance to powdery mildew