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Academic literature on the topic 'ADN ribosomal'

Author: Grafiati

Published: 4 June 2021

Last updated: 1 February 2022

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Journal articles on the topic "ADN ribosomal"

1

Barboza Rojas, Karina, Alejandro Hernández Soto, and Claudia Zúñiga Vega. "Semejanzas entre el ajo (Allium sativum) costarricense y el ajo asiático según secuencias de ADN ribosomal." Revista Tecnología en Marcha 25, no. 2 (2012): 32. http://dx.doi.org/10.18845/tm.v25i2.312.

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Abstract:

En Costa Rica, la producción de ajo (Allium sativum) es escasa y se limita principalmente a las regiones de Llano Grande de Cartago. Sin embargo, por el precio que tiene actualmente en el mercado, el ajo costarricense se vislumbra como una hortaliza que podría constituirse en un recurso valioso para los productores nacionales. Por lo anterior, en este artículo se presenta la caracterización mediante secuencias ribosomales de materiales de ajo provenientes Costa Rica y su comparación con ajo importado de China. El ADN se extrajo a partir de hojas de vitroplantas de ajo mantenidas en un congelador a -70°C, pulverizadas en un mortero. El ADN ribosomal se amplificó, purificó y secuenció. Se realizó el análisis bioinformático de las secuencias ribosomales. El BLASTn permitió determinar que los productos de PCR amplificados corresponden a la secuencia parcial de los genes 28S y 18S (sitios de unión de los cebadores) y a la secuencia completa de la región ITS-1, 5.8S e ITS-2. Se encontró que todas las secuencias alinearon en casi un 100% con la accesión EU626375.1 publicada en la base de datos del GeneBank, correspondiente al clon Allium sativum voucher BF-ALL-037. En general, las secuencias mostraron ser muy conservadas. Los puntajes obtenidos del alineamiento realizado con ClustalW reflejaron una identidad del 97 al 99% entre las secuencias.El presente estudio es el primer reporte de este tipo que se realiza sobre ajo costarricense y generó información básica e indispensable para continuar con los estudios moleculares de este cultivo.

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2

Betancurt-Olvera, Marcela, Ma Dolores Perez-Lainez, Raúl Nieto-Angel, Alejandro F. Barrientos-Priego, María del Rosario García-Mateos, and Tarsicio Corona-Torres. "COMPARACIÓN DE SEIS MÉTODOS DE EXTRACCIÓN DE ADN EN TEJOCOTE (Crataegus mexicana Moc. & Sessé)." Revista Fitotecnia Mexicana 41, no. 1 (2018): 75–79. http://dx.doi.org/10.35196/rfm.2018.1.75-79.

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Abstract:

El uso de técnicas de marcadores moleculares se inicia con un buen extracto de ADN; esto es, un ADN con buen rendimiento y pureza. Con la finalidad de obtener ADN puro e íntegro, en el presente estudio se evaluaron seis métodos de extracción de ADN: Dumolin, Doyle, Tsumura, Núñez, CTAB modificado y Kit Wizard Genomic DNA en brotes frescos y liofilizados, así como en hojas deshidratadas de tejocote (Crataegus mexicana Moc. & Sessé). La mejor calidad de ADN se obtuvo con los métodos Doyle y CTAB, mientras que los mayores rendimientos fueron con el Kit y con el método Doyle. Así mismo, se encontró que el material vegetal liofilizado proporcionó mayor rendimiento en todos los protocolos en los brotes frescos y hojas deshidratadas. En la verificación mediante PCR se encontró que el gen ribosomal 16S podía ser fácilmente amplificado con los protocolos de Doyle, CTAB modificado y el kit comercial.

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3

Faibra, D. T. "Le polymorphisme des longueurs des fragments de restriction démontre l’hétérogénéité parmi des souches de Dermatophilus congolensis." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 46, no. 1-2 (1993): 253–56. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9374.

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Abstract:

L'existence de différences antigéniques et de virulence entre souches de Dermatophilus congolensis est connue. Afin de comprendre l'épidémiologie de la dermatophilose, il est important de pouvoir différencier entre les souches du germe. On a étudié vingt souches isolées sur le terrain à partir de bovins au Tchad et au Cameroun, ainsi qu'une souche américaine de référence, sur le polymorphisme des longueurs des fragments de restriction. Après digestion de l'ADN par l'enzyme de restriction BamHI et blotting selon Southern, une sonde d'ADN ribosomal consistant du plasmide pMC5, porteur d'une insertion d'ADN de Mycoplasma capricolum de 4,8 kb codant pour les RNA ribosomaux 5S, 23S et une partie des 16S, a permis de distinguer 6 ribotypes chez D. congolensis, selon les profils obtenus par hybridation des ADN ribosomaux. Certains ribotypes peuvent avoir une large répartition géographique. Par ailleurs, des souches appartenant à au moins 5 ribotypes peuvent être trouvées dans un même troupeau, ce qui peut partiellement expliquer le peu de succès obtenu lors d'essais de vaccination contre la dermatophilose sur le terrain.

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4

Vásquez C, Jorge Alberto, Mauricio Ramirez Castrillón, and Zulma Isabel Monsalve F. "Actualización en caracterización molecular de levaduras de interés industrial." Revista Colombiana de Biotecnología 18, no. 2 (2016): 129. http://dx.doi.org/10.15446/rev.colomb.biote.v18n2.61530.

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Abstract:

Las levaduras, además de ser un modelo de la investigación biomédica, tienen diversas aplicaciones en la industria alimentaria, en agricultura y la producción de etanol combustible. Dado que la calidad y la cantidad del producto dependen de la dinámica y la frecuencia de los microorganismos presentes en la fermentación, el uso de herramientas de caracterización molecular se ha incrementado y popularizado en las industrias que emplean levaduras. Estas técnicas se basan en la amplificación o análisis por enzimas de restricción de una porción del ADN genómico de levadura y se clasifican de acuerdo a su capacidad de resolución taxonómica para discriminar a nivel inter o intra-específica. La primera parte de la revisión incluye pruebas interespecíficas tales como, análisis de restricción o RFLP para las regiones ITS2, ITS1-5.8, D1 / D2 de los genes 26S ribosomal DNA. La segunda parte incluye, pruebas de uso común para caracterización nivel de cepa, tales como: la amplificación aleatoria del ADN polimórfico (RAPD), análisis cromosómico por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE), análisis de restricción del ADN mitocondrial (ADNmt- RFLP) análisis por mini / micro satélites y la huella genética de ADN por amplificación de regiones interdelta de los transposones Ty. Esta revisión describe y discute los detalles técnicos de los métodos más utilizados para la caracterización molecular de las levaduras y algunos ejemplos de sus aplicaciones en el contexto industrial.Palabras clave: Levaduras, caracterización molecular, identificación intraespecífica especies, Saccharomyces cerevisiae.

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Quispe Montoya, Ramón Gustavo, José Antonio Ochoa, and Holger Mayta Malpartida. "Variabilidad genética del ADN mitocondrial de Vultur gryphus (cóndor andino) en Cusco y Apurímac a partir de plumas de muda." Revista Peruana de Biología 28, no. 2 (2021): e16669. http://dx.doi.org/10.15381/rpb.v28i2.16669.

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Abstract:

La variabilidad genética intrapoblacional de Vultur gryphus (cóndores andinos) de las regiones de Cusco y Apurímac fue evaluada mediante amplificación y secuenciación del ADN mitocondrial correspondientes a la región control y subunidad ribosomal 12S (D-Loop-ARNr12S), y a los genes Citocromo Oxidasa subunidad I (COI) y NADH deshidrogenasa subunidad II (ND2). El ADN se extrajo a partir de cálamos de plumas de muda de ejemplares en cautiverio y silvestres. Se analizaron los principales índices de diversidad genética como son: la diversidad haplotípica, la diversidad nucleotídica, el número promedio de diferencias nucleotídicas y el número de sitios polimórficos. La tasa de éxito de amplificación mediante PCR fue de 100% para las tres regiones de ADN analizadas. Se secuenció 600 pb de la región D-Loop-ARNr12S caracterizándose cuatro haplotipos, 704 pb del gen COI caracterizándose seis haplotipos y 1090 pb del gen ND2 caracterizándose cinco haplotipos. El gen COI presentó el mayor valor de diversidad haplotípica (Hd = 0.468), la región del gen D-Loop-ARNr12S presentó el mayor índice de diversidad nucleotídica (π = 0.00086), mientras que el gen COI presentó el mayor número promedio de diferencias nucleotídicas (K = 0.52615). Los resultados muestran bajos niveles de variabilidad genética en los genes mitocondriales de los cóndores andinos de la zona de estudio, que indicarían una población con estructura genética homogénea.

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Monteghirfo, Mario, Jaime Barrón, María Rodrigo, and Rodolfo Velazco. "Ribotipificación de Escherichia coli y Klebsiella pneumoniae productoras de BLEEs, aisladas de pacientes hospitalizados y de la comunidad del Instituto Nacional de Salud del Niño." Anales de la Facultad de Medicina 73 (May 7, 2013): 52. http://dx.doi.org/10.15381/anales.v73i1.2234.

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Abstract:

Objetivos: Investigar la epidemiología molecular y clínica de E. coli y K. pneumoniae productoras de beta lactamasas de espectro extendido (BLEE), de muestras procedentes de pacientes hospitalizados y de pacientes de la comunidad. Diseño: Descriptivo. institución: Centro de Investigación de Bioquímica y Nutrición, Facultad de Medicina, UNMSM; Servicio de Microbiología Instituto Nacional de Salud del Niño. Participantes: Muestra poblacional de Lima, de 31 personas. intervenciones: Extracción de ADN genómico de E. coli, amplificación de la región espaciadora intergénica entre los genes 16S y 23S con primers 1406f y 23Sr, detección por electroforesis en agarosa al 1,5% y tinción con bromuro de etidio. Se realizó el análisis de los patrones de huella de ADN mediante análisis del espaciador intergénico ribosomal (RISA). Para el agrupamiento jerárquico de los patrones se usó el algoritmo de agrupamiento UPGMA Principales medidas de resultados: Diferencias en los patrones RISA de E. coli. resultados: En las muestras analizadas, se detectó diferencias en los patrones RISA. Empleando el coeficiente de similitud de Jaccard, se formó agrupaciones con seis variables. Conclusiones: El nivel de resolución del análisis RISA fue lo suficientemente sensible para detectar diferencias entre las cepas de E. coli.

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Cervantes-Gámez, Rocío Guadalupe, Ofelda Peñuelas-Rubio, Nathali Araujo-Benard, et al. "Diversidad de hongos micorrízicos arbusculares asociados a plantas voluntarias de maíz en suelos de transición: ecosistema natural - uso agrícola." Scientia Fungorum 51 (April 10, 2021): e1330. http://dx.doi.org/10.33885/sf.2021.51.1330.

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Abstract:

Antecedentes: Las plantas voluntarias se consideran un problema en suelos de cultivo como posible reservorio de enfermedades, pero también de diversidad de microorganismos. Plantas micotróficas como el maíz permitirían preservar inóculos micorrízicos. La zona de preservación ecológica La Uba, en Guasave, Sinaloa, es un relicto de vegetación de selva baja caducifolia y su microbiota ha sido poco estudiada. Esta región ha sido reconvertida a suelo agrícola, por lo que estudiamos una zona de transición aledaña. Objetivo: Establecer la diversidad de hongos micorrízicos arbusculares (HMA) presentes en rizósfera y raíces de plantas voluntarias de maíz en una zona de transición contigua a La Uba. Métodos: Se colectaron raíces de maíz de plantas voluntarias y suelo una vez, entre ciclos agrícolas en una zona de transición. Se extrajo ADN genómico de raíces colonizadas con HMA y esporas del suelo, se amplificó y se secuenció masivamente el ITS del ADN ribosomal. Resultados y conclusiones: Se encontraron un total de 12 especies de HMA, pertenecientes a los géneros Glomus, Rhizophagus, Funneliformis y Gigaspora; siendo Glomus el más abundante. Glomus indicum se reporta por primera vez en México. Las plantas voluntarias de maíz pueden servir como reservorio de inóculo de HMA en suelos agrícolas.

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Quijada, Adrián, Guadalupe Méndez-Cárdenas, Blanca Hernández-Baños, and Elena Álvarez-Buylla. "La región de los ITS del ADN ribosomal del núcleo (nrADN), fuente de caracteres moleculares en la sistemática de las gimnospermas." Botanical Sciences, no. 60 (May 2, 2017): 159. http://dx.doi.org/10.17129/botsci.1527.

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Abstract:

The ITS region of gymnosperm plants has shown to be longer than the typical angiosperm ITS and shows considerable length variation. The larger size relative to the ITS in angiosperms offers more characters for phylogenetic reconstruction, which make this marker suitable for inference at different taxonomic levels. Unlike chloroplast DNA (cpDNA), ITS data can provide direct evidence of interspecific hibridization. This permits the use of the ITS to obtain measurements of introgression rates among populations and to detect events of reticulate evolution. Infraspecific ITS variation in the genus Pinus has been reported, which can compromises the inference of interspecific relationships. This potential must be taken into account in phylogenetic inference of gymnosperms.

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Guarín Torres, Yenny Consuelo, Mónica Jovanna Patiño Pacheco, and John Wilson Martínez. "Identificación del agente causal de la pudrición parda en frutos de duraznero (Prunus pérsica, L. Batsch) en Boyacá." Entramado 15, no. 1 (2019): 298–309. http://dx.doi.org/10.18041/1900-3803/entramado.1.5418.

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Abstract:

La enfermedad fungosa más limitante del duraznero (Prunus pérsica, L. Batsch) en Colombia es la pudrición parda, Monilia spp., que afecta flores, brotes y frutos, causando pérdidas hasta del 80%. El objetivo de la investigación fue identificar el patógeno asociado a pudrición parda en cuatro variedades: Dorado, Rubidoux, Diamante y Rey negro en el departamento de Boyacá. El estudio inicio con la colecta de frutos enfermos en Jenesano, Paipa, Tuta, Sotaquirá y Nuevo Colón. En laboratorio se realizó la obtención, aislamiento y purificación de los hongos presentes. Se realizó también caracterización morfológica de las colonias y conidias sobre cultivos monospóricos y caracterización molecular mediante amplificación por PCR del ADN ribosomal empleando iniciadores ITS4 e ITS5. Se obtuvieron 32 aislamientos del género Monilia y se identificaron tres especies presentes en la zona muestreada: Monilia fructícola, Monilia fructígena y Monilia laxa, en 62,5%, 25% y 12,5%, respectivamente. En la amplificación de la región ribosomal se observaron diferencias entre las dos primeras especies, en el tamaño de las bases amplificadas, siendo M. fructicola de 550 pb y M. fructigena de 545pb. Este trabajo contribuye a la caracterización de las especies de Monilia que afectan al duraznero en varias regiones del departamento de Boyacá.

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Suárez-Galaz, Alejandro Rafael, Silvia Hernández-Betancourt, Jesús Alonso Panti-May, Pablo Manrique-Saide, and Marco Antonio Torres-Castro. "Evidencia de Leptospira spp. en musarañas Cryptotis mayensis. Nuevo hospedero en Yucatán, México." Revista Biomédica 32, no. 3 (2021): 161–65. http://dx.doi.org/10.32776/revbiomed.v32i3.889.

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Abstract:

Introducción. Las especies patógenas del género Leptospira ocasionan la leptospirosis en seres humanos y animales susceptibles. Los roedores son los reservorios naturales de las bacterias; otros animales silvestres son hospederos accidentales. Las musarañas han sido involucradas en el ciclo de transmisión de este patógeno en varios países; sin embargo, en México, no existe información al respecto. Objetivo. Describir la infección con Leptospira spp. en musarañas capturadas en Yucatán, México. Material y métodos. Se capturaron dos ejemplares de musaraña (Cryptotis mayensis) en el municipio de Hunucmá. Ambos fueron eutanasiados para recolectar fragmentos de riñón, bazo y músculo estriado esquelético que sirvieron en la extracción de ADN total. La infección con Leptospira se exploró por PCR convencional para la amplificación de un fragmento del gen 16S ribosomal (16S rRNA). Asimismo, para corroborar y robustecer los resultados, se realizaron otras reacciones para la amplificación de fragmentos correspondientes a los genes lipL32 y rpoC. Resultados. En la extracción de ADN correspondiente a tejido renal de un ejemplar se obtuvieron los amplificados de los genes 16S rRNA y rpoC. Conclusiones. Este trabajo representa el primer reporte de la infección con Leptospira en tejido renal de C. mayensis de Yucatán, México. Es necesario realizar más estudios en la región para determinar la participación de estos animales en el ciclo epidemiológico del género bacteriano.

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Dissertations / Theses on the topic "ADN ribosomal"

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Lebofsky, Ronald. "Réplication de l'ADN et instabilité génomique dans les cellules humaines : activité des origines et progression des fourches dans un locus répété et un locus simple." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066601.

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Zeledon, Carlos. "TC-NER dans le gène de l'ARN ribosomal 35S chez Saccharomyces cerevisiae." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2013. http://hdl.handle.net/11143/6373.

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Abstract:

Divers agents environnementaux peuvent causer des dommages à l’ADN qui, si non réparés, peuvent mener à des mutations et éventuellement le cancer. Des mécanismes de réparation sont donc nécessaires afin de maintenir l’intégrité du génome. Un de ces mécanismes est la réparation par excision de nucléotides (NER) qui va réparer des dommages qui causent une distorsion dans l’hélice d’ADN comme ceux formés par les rayons UV. La NER se divise en deux sous-voies : la réparation global du génome (GGNER), responsable de réparer l’ADN transcriptionnelement inactif ainsi que le brin nontranscrit de gènes actifs, et la réparation couplée à la transcription(TC-NER), responsable de réparer le brin transcrit de gènes actifs. La TC-NER ne diffère de la GG-NER que par la méthode de reconnaissance du dommage et va réparer les dommages plus rapidement que la GG-NER. Chez Saccharomyces cerevisiae, les gènes de l’ARN ribosomal peuvent exister en 2 états distinct dans la cellule, soit actifs et transcrits par l’ARN polymerase I ou soit inactifs et recouverts de nucléosomes. Des études ont démontré que suite à une irradiation aux UV, il y avait fermeture des gènes ribosomaux actifs et réouverture au fur et à mesure que les dommages sont réparés. De plus, il a été démontré, qu’après irradiation, il y avait une présence plus importante d’ARN polymerase I au début du gène qu’à la fin. Ces évidences suggèrent que la TC-NER va réparer les dommages au début du gène et que son influence va diminuer au fur et à mesure qu’on avance dans le gène. Ainsi, les travaux présentés dans ce mémoire vise à évaluer l’impact de la TC-NER sur la cinétique de réparation de l’ADN ribosomal. À cet effet, une série d'extension d’amorces ont été effectuées dans différentes régions du gène de l’ARN ribosmal 35S. Ces analyses ont montré que la réparation des dommages UV au début du gène est médiée par la TCNER alors que plus loin dans le gène, la réparation est médiée en plus grande partie par la GG-NER. De plus, l’analyse de la réparation dans la région terminatrice de la transcription a montré que la TC-NER s’arrête au site principal de terminaison T1 dans une souche WT. Alors que dans une souche ayant un défaut dans le terminaison de la transcription, rpal2A, la TC-NER arrête au site terminaison secondaire T2. Dans une autre souche déficiente dans la terminaison, nsi1[triangle], le TC-NER n’est pas détectable après le site T1, mais une réparation plus rapide est observée après le site T2. [symboles non conformes]

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Zapata, Sonia. "Contribution à l'étude des Psychodopygina d'Equateur (Diptera, Psychodidae, Phlebotominae) : Biologie et systématique." Thesis, Reims, 2012. http://www.theses.fr/2012REIMS031/document.

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Abstract:

Des prospections réalisées en Equateur (Amazonie et côte pacifique) ont permis la collecte d'un matériel entomologique abondant et diversifié, notamment chez les Psychodopygina. Nos travaux ont permis de réaliser plusieurs travaux de systématique, essentiellement moléculaire. Afin de tester les hypothèses phylogénétiques développées par Galati (2010), nous avons conduit une étude de phylogénie moléculaire chez les Psychodopygina. Basée sur les séquences des domaines D1, C2 et D2 de l'ADNr 28S et sur celles d'une partie du cytochrome b de l'ADNmt, elle inclut 49 espèces représentant les sept genres de la sous tribu et la majorité des sous-genres et séries. Les marqueurs ribosomiques sont mieux adaptés à la problématique que le marqueur mitochondrial. Le genre Psychodopygus est monophylétique. En raison du positionnement de Ny. richardwardi parmi les Trichophoromyia, nous concluons à la paraphylie des genres Nyssomyia et Trichophoromyia. Le genre Psathyromyia est également paraphylétique, tout comme le genre Martinsmyia. Le genre Bichromomyia serait le groupe frère du genre Psychodopygus et la validité du genre Vianniamyia, inclus dans le genre Psathyromyia doit être discutée. Des phylogénies moléculaires plus terminales ont été réalisées par comparaison de séquences de l'ITS2, de l'EF-1α et du cytochrome b.Chez les Psychodopygus de la série Guyanensis, une étude moléculaire couplée à une étude morphologique et morphométrique de morphotypes différents chez Ps. geniculatus, en sympatrie avec Ps. corossoniensis et Ps. luisleoni nous a conduit à décrire une espèce nouvelle pour la science : Ps. francoisleponti.Chez Pa. aragaoi, notre étude pilote basée sur l'analyse de morphotypes différents allopatriques et sympatriques renforce l'hypothèse de l'existence probable d'un complexe d'espèces chez ce taxon. Chez Ny. trapidoi, les analyses moléculaires et enzymatiques conduites sur des exemplaires clairs et foncés ne supportent pas la mise en évidence de deux populations comme cela avait été auparavant démontré. Nos approches épidémiologiques ont permis de mettre en évidence l'ADN d'Endotrypanum monterogeii chez plusieurs exemplaires de Ny. trapidoi. Si aucun phlebovirus n'a été détecté dans les échantillons étudiés, nous rapportons la présence d'un flavivirus chez Pa. abonnenci. Mots-clés: Psychodopygina, Equateur, ADN ribosomique, ADN mitochondrial, phylogénie, Endotrypanum<br>Most Ecuadorian sand flies studied so far belong to Psychodopygina sub tribe and the present research uses morphometric and modern molecular techniques to answer many some questions regarding this taxon in Ecuador. We present phenetic and phylogenetic analyses based on the sequences of the domains D1, C2 and D2 of the 28S rDNA and cytochrome b mtDNA were used to test the classification of Psychodopygina sub tribe proposed by Galati (2010). Our study includes 49 species representing the seven genera included in the sub tribe and its main subgenera and series. The results support the monophyly of the genus Psychodopygus. The genera Psathyromyia, Nyssomyia and Trichophoromyia are paraphyletic. Bichromomyia is the sister group of Psychodopygus and the validity of the genus Viannamyia is doubtful because it is included inside the Psathyromyia genus. Our data strongly suggest the presence of two populations within Ps. geniculatus and the lack of intermediate forms between these two morphotypes incited us to describe a new sympatric species, Psychodopygus francoisleponti.We also carried out a pilot study based on the analysis of different allopatric and sympatric morphotypes of Pa. aragaoi which suggested the existence of a possible complex of species in this taxa.Finally, we analyzed of mitochondrial gene sequences and isoenzymes from Ny. trapidoi collecte from Ecuador and our result did not support the existence of two sibling species within as previously reported in the literature. From an epidemiological point of view, we emphasize the probable vectorial role of Nyssomyia trapidoi for Endotrypanum monterogeii. Moreover, no phlebovirus was detected in the processed sand flies whereas a flavivirus has been found in a pool of Psathyromyia. abonnenci females.Key words: Psychodopygina, Ecuador, ribosomal DNA, mitochondrial DNA, phylogeny, Endotrypanum

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Benslimane, Abdel-Ali. "Contribution à l'étude des séquences répétées de l'ADN nucléaire des végétaux supérieurs : structure et variabilité." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112206.

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Abstract:

Chez les plantes supérieures, l'ADN nucléaire contient une forte proportion de séquences répétées (40% à 80% du génome). Au cours de ce travail, nous avons étudié la structure moléculaire et la variabilité de deux séquences d'ADN végétal répétées en série: un ADN satellite du chou-fleur et l'ADN ribosomal (ADNr) du blé. Chez le chou-fleur, l'hydrolyse de l'ADN nucléaire par l'endonucléase de restriction Hind Ill a mis en évidence la présence d'un ADN satellite. Cet ADN est constitué de courtes répétitions en série (177 pb). Plusieurs unités de répétition ont été clonées et la séquence nucléotidique de quelques unes a été déterminée. L'analyse fine de de cette séquence a montré que l'ADN satellite du chou-fleur dériverait probablement d'un gène tARN ancestral. Comme dans le cas des séquences "SINE" et "Hirt", nous avons proposé un mécanisme de rétroposition pour expliquer l'amplification de cet ADN. Chez plusieurs lignées de blé, l'ADNr a été utilisé pour rechercher d'éventuelles variations somaclonales et gamétoclonales. Les hybridations moléculaires réalisées entre l'ADN restreint de ces lignées de blé et des sous-clones marqués de l'ADNr ont mis en évidence une variation de l'organisation de l'espaceur non transcrit. De plus, nous avons montré que cette même région de l'ADNr pouvait être utilisée comme marqueur pour suivre le déroulement d'un programme d'obtention d'haploïdes doublés<br>Nuclear DNA of higher plants contains a high proportion of repetitive sequences, ranging from 40 to 80 of the genome. Ln this work, we describe the molecular structure and the extent of variability for two tandemly arranged plant nuclear DNA repeats: a cauliflower satellite DNA and the wheat ribosomal DNA ( rDNA). Ln cauliflower we have characterized a nuclear satellite DNA evidenced by a Hind Ill ladder restriction diagram. Subsequent cloning and nucleotidic sequence analyses have shawn this DNA to be made up of remarkably conserved 177 pb short repeats and to be likely derived from a tRNA gene ancestor. As in · the case of "SINE" and "Hirt" sequences, we propose a retroposition mechanism to explain the amplification of this satellite DNA. Ln several wheat cultivars, rDNA was used to probe the eventual variability consecutive ta in vitro culture of somatic or gametophytic cells. Molecular hybridizations performed between restricted wheat DNA and labelled nuclear rDNA subclones have shown a variation of the organization of the nontranscribed spacer region. Morever, we have shown that the nontranscribed region of the rDNA couId be used as a valuable molecular marker to check the development of an androgenetic process

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Daniel, Laurianne. "Human Ribosomal DNA and RNA Polymerase I Fate during UV-induced DNA Repair." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1093/document.

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Abstract:

La réparation par excision de nucléotides (NER) garantit l'intégrité du génome lors de l'exposition aux rayons UV. Après irradiation aux UV, un des premiers problèmes rencontrés par la cellule est l'arrêt général de la transcription dû au blocage de l'ARN polymérase II (ARNP2) au niveau des lésions UV. Pour régler ce problème, le NER possède une voie de réparation spécifiquement couplée à la transcription (TCR). Les connaissances concernant le NER ont été obtenu via des études sur la transcription par l'ARNP2. Cependant, dans les cellules à fort métabolisme, plus de 60% de la transcription correspond à la transcription, dans le nucléole, de l'ADN ribosomique (ADNr) par l'ARN polymérase I (ARNP1). De nombreuses protéines sont absence du nucléole, c'est pourquoi certains processus nucléaires ne peuvent avoir lieu dans cette structure. Afin d ‘être répliqué et réparé, l'ADNr se déplace à la périphérie du nucléole. Malgré l'importance de la transcription par l'ARNP1, la réparation de l'ADNr a été peu étudiée chez l'homme. De plus, à notre connaissance, aucune étude ne s'est penchée sur le mécanisme moléculaire du déplacement de l'ADNr à la périphérie du nucléole. Notre étude démontre l'implication de la TCR dans la réparation de l'ADNr après lésions UV induites. De plus, nos recherches ont démontré que l'ARNP1 reste accrochée à l'ADNr et sont tous les deux délocalisés à la périphérie du nucléole après irradiation aux UV. Enfin, nous avons identifié l'actin et la moysine I nucléaires comme facteurs protéiques nécessaire à cette délocalisation<br>Nucleotide excision repair (NER) guarantees genome integrity and proper cellular functions against UV-induced DNA damage. After UV irradiation, one of the first burden cells have to cope with is a general transcriptional block caused by the stalling of RNA polymerase II (RNAP2) onto distorting UV lesions. To insure UV lesions repair specifically on transcribed genes, NER is coupled with transcription in an extremely organized pathway known as Transcription-Coupled Repair (TCR). Most of the knowledge about TCR has been gathered from RNAP2 transcription. However, in highly metabolic cells, more than 60% of total cellular transcription results from ribosomal DNA (rDNA) transcription, by the RNA polymerase I (RNAP1), which takes place in the nucleolus. Many nuclear proteins are excluded from the nucleolus and because of this some nucleolar processes cannot occur inside this structure. In order to be replicated and repaired rDNAs need to be displaced at the nucleolar periphery. Despite the importance of RNAP1 transcription, repair of the mammalian transcribed rDNA has been scarcely studied. Moreover, to the best of our knowledge no molecular mechanism has been proposed for rDNA displacement. Our study clearly demonstrated that the full TCR machinery is needed to repair UV-damaged rDNA and restart RNAP1 transcription. Our results show that UV lesions block RNAP1 transcription and that RNAP1 is firmly stalled onto rDNAs without being degraded. Our study also describes the displacement of the RNAP1/rDNA complex to the nucleolar periphery after UV irradiation and identifies both nuclear ß-actin and nuclear myosin I as factors required for this displacement

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Denamur, Erick. "Étude de la diversité génétique de Pseudomonas aeruginosa par le polymorphisme des estérases et de l'ADN ribosomal." Paris 11, 1991. http://www.theses.fr/1991PA114842.

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Caburet, Sandrine. "Structure mosai͏̈que et instabilité de l'ADN ribosomal humain : implications dans la sénescence et la cancérogenèse." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077038.

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Dulanto, Gomez Jimmy Ronald. "Identificación rápida de especies del género Vibrio asociados con el cultivo de "langostino blanco" Litopenaeus vannamei por amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA)." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2013. https://hdl.handle.net/20.500.12672/3432.

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Abstract:

La investigación tuvo como objetivo incorporar una metodología de identificación rápida conocida como ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) para identificar especies del género Vibrio. Se estandarizó la técnica con cepas referenciales. Luego, se aislaron cepas bacterianas asociadas con el cultivo de Litopenaeus vannamei. Posteriormente, se realizaron pruebas bioquímicas para encontrar cepas candidatas de pertenecer al género Vibrio. Al finalizar esta primera etapa, la técnica ARDRA estandarizada, fue aplicada en las cepas candidatas, confirmando de esta manera la factibilidad de la metodología bajo las condiciones estudiadas. En una segunda etapa, se secuenció la región 16S rDNA para confirmar e identificar las cepas candidatas por análisis filogenético. Se reportaron tres especies diferentes con alta similitud pertenecientes al Vibrio core group (Vibrio communis, Vibrio harveyi y Vibrio parahaemolyticus). Con estos resultados, fue posible diseñar una identificación rápida por ARDRA para identificar el Vibrio core group y la especie Vibrio communis. La metodología de diseño del ARDRA fue soportado por una valoración diagnóstica bioinformática, obteniendo de esta evaluación, una sensibilidad y una especificidad de 97,1 y 76,9%, respectivamente para la identificación del Vibrio core group, mientras que para identificar la especie Vibrio communis, se obtuvo una sensibilidad y una especificidad de 100 y 97,4%, respectivamente. Finalmente, se ha demostrado que es posible identificar ciertas especies del genero Vibrio asociados con la acuicultura de Litopenaeus vannamei, por ARDRA y esta metodología de identificación, tiene la ventaja de ser mucho más rápido y económico en comparación con la identificación por análisis filogenético, teniendo a su vez la desventaja de ser dependiente del uso del secuenciamiento en un primer momento para el diseño del ARDRA. Palabras clave: Litopenaeus vannamei, ARDRA, Vibrio communis, Vibrio harveyi, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio core group, evaluación diagnóstica bioinformática.<br>Tesis

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Galián, Megías José Antonio. "Estudio de la evolución del espaciador ribosomal intergénico 45S (IGS45S) y otras familias de ADN repetido en plantas, mediantes técnicas moleculares y citogenéticas." Doctoral thesis, Universidad de Murcia, 2014. http://hdl.handle.net/10803/146174.

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Abstract:

Tesis por compendio de publicaciones<br>El objetivo fundamental de esta tesis fue ahondar en los procesos de evolución molecular de algunas de las distintas familias de ADN repetido que se usan de forma rutinaria en los trabajos de taxonomía, filogeografía y filogenética de plantas, para con herramientas de biología molecular (PCR, clonación, secuenciación…) y citogenética molecular (FISH) poner a prueba las teorías generalmente aceptadas sobre los procesos de variación y homogeneización de tales secuencias repetidas. En el primer trabajo de esta tesis como compendio de artículos, utilizando la secuencia de ADN satélite E180 previamente descrita para el género Medicago, diseñamos primers específicos para (1) evaluar la robustez y sensibilidad tanto de la PCR como del FISH para detectar familias de ADN repetido, (2) obtener nuevos datos sobre la evolución genómica (cariotípica) del género Medicago usando ADNsat como marcador, y (3) evaluar el rastro filogenético dejado por una familia de ADNsat en un género tan particular como Medicago, donde se tiene la evidencia de que complejos patrones de hibridación han jugado un papel fundamental en su historia evolutiva. Nuestros resultados demuestran que la detección tanto por técnicas moleculares como citogenéticas de la familia repetida E180 es altamente reproducible a través del género, y que los patrones cromosómicos sirvieron para diferenciar complejos de especies estrechamente relacionados (son taxón-específicos). El segundo trabajo de esta tesis vino motivado por las continuas referencias bibliográficas que usaban las secuencias de la familia de ADN ribosomal nuclear 5S como marcador genético en la práctica de concatenar partes diferentes de dos genes seguidos para usarlas como pertenecientes a un mismo gen, en la creencia de que la homogeneización de secuencia dentro de la familia era completa. En consecuencia comparamos la integridad de la secuencia (longitud, motivos universales conservados y estructura secundaria) y el comportamiento filogenético de zonas 5S codificantes completas en comparación con las quiméricas (concatenadas) de un grupo de genes de ADNrn 5S obtenido de varias especies estrechamente relacionadas. Los resultados que se desprenden sugieren que la homogeneización de secuencias no está operando, ni siquiera dentro de un mismo tándem, en la región codificante del ADNrn 5S, la cual había sido tradicionalmente considerada como un ejemplo de secuencia altamente conservada. De esta manera, la generalizada práctica de concatenar secuencias de genes 5S puede incrementar la diversidad haplotípica, distorsionando los patrones de evolución génica y conduciendo a relaciones haplotípicas incorrectas en algunas reconstrucciones evolutivas. En el tercer y último trabajo de la tesis, estudiamos la secuencia del espaciador intergénico (IGS) del ADNr 45S de Ginkgo biloba y Medicago arborea respectivamente. En el caso de G. biloba, y basándonos en trabajos previos, intentamos discernir si las familias de ADNrn 45S y 5S estaban o no combinadas en el mismo locus. Usando técnicas de citogenética molecular y secuenciación de ADN mostramos que la única organización existente en esta especie es la asociada (primera vez que se demuestra en gimnospermas), donde el gen 5S aparece insertado dentro del IGS 45S.

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Zedane, Loubab. "Phylogenetic hypothesis of the Oleeae tribe (Oleaceae) : diversification and molecular evolution patterns in plastid and nuclear ribosomal DNA." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30085.

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Abstract:

La tribu d'Oleeae (Oleaceae) est un modèle biologique très intéressant pour étudier la diversification et les patterns d'évolution moléculaire chez les plantes. Les reconstitutions de l'histoire évolutive et phylogénétique des relations entre ses espèces ont été au cœur de cette thèse. Ce travail a conduit à des progrès significatifs dans la résolution des relations phylogénétiques au sein de la tribu à différents niveaux taxonomiques. Nous avons démontré que l'utilisation d'une approche de "Genome Skimming" est très appropriée pour générer plastomes complets (ptDNA) et de l'ADN ribosomal nucléaire (nrDNA), même sur un échantillon d'herbier. Nous avons montré l'utilité du ptDNA pour reconstruire la première ossature phylogénétique robuste pour la tribu, et fourni de nouvelles connaissances sur l'histoire biogéographique et sur l'évolution de certains traits. Nous avons aussi montré que l'évolution de la composition en bases du nrDNA peut être influencée par des facteurs climatiques<br>The Oleeae tribe (Oleaceae) is a very interesting biological model to investigate plant diversification and molecular evolution patterns. However, a comprehensive phylogeny is missing to accurately describe the evolutionary and biogeographic history of this tribe. Reconstructions the Oleeae evolutionary history and the phylogenetic relationships between its species were the core of this thesis. This work has led to significant progress in resolving the phylogenetic relationships within the tribe at different taxonomic levels. We demonstrated that the use of a shotgun approach is a highly suitable method to generate complete plastomes (ptDNA) and nuclear ribosomal DNA (nrDNA), even on herbarium sample. We showed the usefulness of ptDNA to reconstruct highly resolved phylogeny of Oleeae and provided new insights into the biogeographic history and the evolution of some traits. We also showed that the evolution of nrDNA base-composition seems to be influenced by environmental factors

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More sources

Books on the topic "ADN ribosomal"

1

Måns, Ehrenberg, ed. Structural aspects of protein synthesis. 2nd ed. World Scientific, 2013.

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2

Structural aspects of protein synthesis. World Scientific, 2005.

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3

Structural Aspects Of Protein Synthesis. World Scientific Publishing Company, 2004.

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4

Liljas, Anders. Structural Aspects Of Protein Synthesis. World Scientific Publishing Company, 2004.

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5

Divan, Aysha, and Janice A. Royds. 3. RNA. Oxford University Press, 2016. http://dx.doi.org/10.1093/actrade/9780198723882.003.0003.

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Abstract:

The first RNA molecules to be discovered were those involved in protein synthesis, mRNA, transfer RNA (tRNA), and ribosomal RNA (rRNA). In recent years, a vast number of additional RNA molecules have been identified. ‘RNA’ explains that these are non-coding RNAs that are not involved in protein synthesis, but influence many normal cellular and disease processes by regulating gene expression. RNA interference (RNAi) as one of the main ways in which gene expression is regulated is described with applications to therapy. Classes of RNA, including long non-coding RNAs and catalytic RNAs, are explained along with RNA techniques used to study RNA molecule and gene function.

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6

John W. B. Hershey (Editor), Michael B. Mathews (Editor), and Nahum Sonenberg (Editor), eds. Translational Control (Cold Spring Harbor Monograph Series) (Cold Spring Harbor Monograph Series). Cold Spring Harbor Laboratory Pr, 1996.

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7

Translational control. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1996.

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Book chapters on the topic "ADN ribosomal"

1

Hadjiolov, Asen A. "Ribosomal Genes." In The Nucleolus and Ribosome Biogenesis. Springer Vienna, 1985. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-7091-8742-5_2.

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2

Ofengand, James, Jerzy Ciesiolka, and Kelvin Nurse. "Ribosomal RNA at the Decoding Site of the tRNA-Ribosome Complex." In Structure and Dynamics of RNA. Springer US, 1986. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4684-5173-3_22.

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3

Subramanian, A. R. "Ribosomal Protein S1: “The Messenger RNA-Catching Arm” of Escherichia Coli Ribosome." In Gene Manipulation and Expression. Springer Netherlands, 1985. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-011-6565-5_28.

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Ricciardi, Sara, and Fabrizio Loreni. "Ribosomes." In Translation and Its Regulation in Cancer Biology and Medicine. Springer Netherlands, 2014. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-017-9078-9_13.

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5

Lapeyre, Bruno. "Conserved ribosomal RNA modification and their putative roles in ribosome biogenesis and translation." In Fine-Tuning of RNA Functions by Modification and Editing. Springer Berlin Heidelberg, 2004. http://dx.doi.org/10.1007/b105433.

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6

Phillips, R. L., M. D. McMullen, S. Enomoto, and I. Rubenstein. "Ribosomal DNA in Maize." In Chromosome Structure and Function. Springer US, 1988. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4613-1037-2_9.

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7

Hadjiolov, Asen A. "Transcription of Ribosomal Genes." In The Nucleolus and Ribosome Biogenesis. Springer Vienna, 1985. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-7091-8742-5_3.

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8

Grummt, I. "Mammalian Ribosomal Gene Transcription." In Nucleic Acids and Molecular Biology. Springer Berlin Heidelberg, 1989. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-83709-8_10.

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9

Henkin, Tina M. "Ribosomal Structure and Genetics." In Bacillus subtilis and Other Gram-Positive Bacteria. ASM Press, 2014. http://dx.doi.org/10.1128/9781555818388.ch46.

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Jacob, Samson T., Jane F. Mealey, and Rabinder N. Kurl. "Role of Poly(ADP-Ribose) Polymerase in Ribosomal RNA Gene Transcription." In ADP-Ribose Transfer Reactions. Springer US, 1989. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4615-8507-7_36.

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Conference papers on the topic "ADN ribosomal"

1

Chatterjee, Pratima, Mayukh Sarkar, and Prasun Ghosal. "Computing in Ribosomes: Implementing Sequential Circuits Using mRNA-Ribosome System." In 2016 IEEE International Symposium on Nanoelectronic and Information Systems (iNIS). IEEE, 2016. http://dx.doi.org/10.1109/inis.2016.060.

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2

Menoyo, Sandra, Antonio Gentilella, and George Thomas. "Abstract B05: Characterization of the pre-ribosomal complex, which mediates the p53 Impaired Ribosome Biogenesis Checkpoint (IRBC)." In Abstracts: AACR Special Conference on Translational Control of Cancer: A New Frontier in Cancer Biology and Therapy; October 27-30, 2016; San Francisco, CA. American Association for Cancer Research, 2017. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.transcontrol16-b05.

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3

Chatterjee, Pratima, and Prasun Ghosal. "Introducing Parallelism in Ribosomal Computing." In NANOCOM '21: The Eighth Annual ACM International Conference on Nanoscale Computing and Communication. ACM, 2021. http://dx.doi.org/10.1145/3477206.3477473.

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4

Maggi, Norbert, Patrizio Arrigo, and Carmelina Ruggiero. "Ribosomal DNA analysis by Wavelet Transform." In PROCEEDINGS OF THE INTERNATIONAL CONFERENCE ON NUMERICAL ANALYSIS AND APPLIED MATHEMATICS 2014 (ICNAAM-2014). AIP Publishing LLC, 2015. http://dx.doi.org/10.1063/1.4913177.

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5

Suga, H. "Ribosomal synthesis of nonnatural biopolymers in microscales." In 2006 International Conference on Microtechnologies in Medicine and Biology. IEEE, 2006. http://dx.doi.org/10.1109/mmb.2006.251476.

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6

Yang, Yu, Dimitrios Stathis, Prashant Sharma, et al. "RiBoSOM." In SAMOS XVIII: Architectures, Modeling, and Simulation. ACM, 2018. http://dx.doi.org/10.1145/3229631.3229650.

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7

Zarai, Yoram, Michael Margaliot, Eduardo D. Sontag, and Tamir Tuller. "Controlling the ribosomal density profile in mRNA translation." In 2016 IEEE 55th Conference on Decision and Control (CDC). IEEE, 2016. http://dx.doi.org/10.1109/cdc.2016.7798904.

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8

Panek, Josef, Jan Hajic, and David Hoksza. "Template-based prediction of ribosomal RNA secondary structure." In 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). IEEE, 2014. http://dx.doi.org/10.1109/bibm.2014.6999394.

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9

Fischer, S., A. K. Elsemüller, V. Y. Tomalla, M. Lasch, E. Deindl, and K. T. Preissner. "Inflammatory Function of Ribosomal RNA-containing Microvesicles from Mast Cells." In 63rd Annual Meeting of the Society of Thrombosis and Haemostasis Research. Georg Thieme Verlag KG, 2019. http://dx.doi.org/10.1055/s-0039-1680098.

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10

Li, Hui-min. "Comparison of Promoter Sequences in the Eukaryotic Ribosomal Protein Genes." In 2008 2nd International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (ICBBE '08). IEEE, 2008. http://dx.doi.org/10.1109/icbbe.2008.49.

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Reports on the topic "ADN ribosomal"

1

Taylor, Ronald C. Automated insertion of sequences into a ribosomal RNA alignment: An application of computational linguistics in molecular biology. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), 1991. http://dx.doi.org/10.2172/10108317.

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2

Taylor, R. C. Automated insertion of sequences into a ribosomal RNA alignment: An application of computational linguistics in molecular biology. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), 1991. http://dx.doi.org/10.2172/6057182.

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3

Woese, Carl R., Nigel Goldenfeld, and Zaida Luthey-Schulten. Role of horizontal gene transfer as a control on the coevolution of ribosomal proteins and the genetic code. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), 2011. http://dx.doi.org/10.2172/1010449.

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