Academic literature on the topic 'Agrumes – Maladies'

Les buts poursuivis sont: identification des clones et des cultivars, séparation des plantes nucellaires des plantes zygotiques. Mise en évidence de protéines solubles et analyse des protéines enzymatiques. Interactions greffons-porte-greffes (affinités, incompatibilités, résistance aux maladies). Régime de reproduction (viabilité du pollen, autofécondation, fécondation croisée)

Xanthomonas citri pv. Citri est la bactérie responsable du chancre asiatique des agrumes, qui affecte plusieurs genres de la famille des Rutacées. Elle est distribuée dans de nombreux pays agrumicoles et listée comme organisme de quarantaine. Trois pathotypes ont été décrits chez ce pathovar sur la base d'apparentes différences de gammes d'hôtes. Nos objectifs étaient de décrire les relations phylogénétiques entre les pathotypes et pathovars de Xanthomonas citri pathogènes des Rutacées et d'améliorer notre connaissance de l'épidémiologie par une approche de génétique évolutive. Pour cela, nous avons analysé leur diversité avec quatre méthodes moléculaires. Les pathotypes A* et Aw, infectant principalement les limettiers, n'ont pas été différenciés par leurs profils génétiques (obtenus par des méthodes de polymorphisme de longueur des fragments amplifiés (AFLP) et l'analyse de séquences multilocus (MLSA)) et pathologique et doivent être considérés comme synonymes. La proximité des deux lignées phylogénétiques correspondant aux pathotypes A et A* suggère un ancêtre commun relativement récent. Deux méthodes de génotypage ciblant des séquences insertionnelles et des minisatellites ont été développées et évaluées pour des analyses épidémiologiques à différentes échelles spatiales. Les approches bayésiennes ont été pertinentes pour décrire deux populations au Vietnam, dont l'une a vraisemblablement été récemment introduite. Le fort déséquilibre de liaison détecté à tous les niveaux géographiques suggère un isolement géographique entre les souches. Ces outils pourraient être intégrés dans un système global de surveillance ou à des fins d’analyse épidémiologique de X. Citri pv. Citri
Xanthomonas citri pv. Citri is the causal agent of Asiatic canker, a severe disease infecting several genera in the Rutaceae family. This bacterium is present in many countries worldwide and listed as a quarantine organism. Three pathotypes were described within X. Citri pv. Citri based on apparent differences in host range. Our objectives were to describe the phylogenetic relationships among pathotypes and pathovars of Xanthomonas citri strains pathogenic to Rutaceae and to improve our knowledge on the epidemiology of Asiatic canker by using an evolutionary genetics approach. For this we studied the genetic diversity of these xanthomonads using four molecular methods. Pathotypes A* and Aw, which are primarily pathogenic to limes, could not be genetically (based on Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) and MultiLocus Sequence Analysis (MLSA)) and pathologically distinguished and should be considered synonyms. The proximity of phylogenetic lineages comprising pathotypes A and A*, respectively, suggest a fairly recent common ancestor. Two molecular techniques targeting insertion sequences and minisatellites were developed and evaluated for further epidemiological investigations at several spatial scales. Bayesian approaches proved useful in describing two populations in Vietnam, one of which was likely recently introduced. Strong levels of linkage disequilibrium were detected at all spatial scales, primarily suggesting geographical isolation between strains. Tools evaluated in this work could be usefully integrated in a global surveillance system of X. Citri pv. Citri and for supporting epidemiological analyses

La compréhension de l'émergence des maladies infectieuses végétales causées par les bactéries passe par l'identification des populations sources, des routes d'invasion et des voies de dissémination, ainsi que par l'estimation des paramètres biotiques et abiotiques associés. Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) est l'agent pathogène responsable du chancre Asiatique des agrumes. La bactérie est distribuée dans plusieurs pays agrumicoles du monde et listée comme organisme de quarantaine par ceux où elle est absente. Nous avons abordé l'épidémiologie moléculaire de Xcc à deux échelles spatio-temporelles grâce à un schéma de 14 microsatellites (MLVA-14) et un schéma de 31 marqueurs minisatellites (MLVA-31). Le typage MLVA-14 s'est montré adapté au génotypage d'une bactérie monomorphe comme Xcc. Le typage MLVA-31 a permis de diviser le pathovar Xcc en quatre groupes génétiques distincts correspondant aux différences de gammes d'hôtes mise en évidence chez cette bactérie. Le pathotype A (souches à large gamme d'hôtes parmi les rutacées) est séparé en deux groupes génétiques, tandis que les pathotypes A* et Aw (souches à gamme d'hôtes restreinte au limettier Mexicain et quelques espèces proches) constituent chacun un groupe génétique. Alors que l'expansion géographique de Xcc depuis son aire d'origine dans la première moitié du XXème siècle a quasi exclusivement concerné un seul groupe génétique, trois des quatre groupes décrits ont contribué à l'émergence de Xcc en Afrique au cours de la dernière décennie. La bactérie est pré-adaptée et a été introduite avec son hôte depuis sa population d'origine, faisant de la barrière migratoire la seule étape à franchir pour rencontrer un succès d'invasion. L'objectif de cette thèse a été de décrire les différentes populations émergentes grâce à des approches d'épidémiologie moléculaire et inférentielles, et identifier les différentes origines, routes et acteurs de la dissémination. Nous avons dans un premier temps montré la coexistence de deux groupes génétiques distincts au Mali : DAPC1 qui est dispersé dans quatre provinces du pays et DAPC2 qui est resté cantonné à l'espace péri-urbain de Bamako. L'analyse de l'émergence de Xcc au Sénégal a révélé le succès invasif de DAPC2 dans un autre environnement. La structure des populations DAPC1 du Mali et DAPC2 du Sénégal suggèrent que les plants de pépinières constituent une voie de dissémination majeure dans ces pays. À l'opposé, DAPC2 de Bamako n'est pas détecté en pépinières au Mali et n'a pas montré de caractère invasif. L'existence d'une population « tête de pont » invasive de souches DAPC1 au Mali donnant lieu à une épidémie au Burkina Faso a été mise en évidence par une approche ABC (calcul Bayésien approché). Les populations DAPC2 du Mali et du Sénégal ne présentent pas de lien épidémiologique direct mais partagent des liens de parenté avec des souches présentes dans le sous-continent Indien. Dans un deuxième temps, l'analyse d'une population de souches appartenant au pathotype A* en Ethiopie nous a permis de procéder à des estimations de paramètres démographiques, tels que les tailles efficaces. Nous avons montré que l'approche inférentielle nous permettait d'éclairer l'histoire démographique de Xcc dans un cas d'émergence, et de mettre en avant une dynamique saisonnière accentuant probablement le déséquilibre mutation-dérive lié à la situation d'émergence. L'émergence de Xcc en Afrique est principalement associée aux activités humaines. Sa dissémination locale et globale peut alors être considérablement limitée par des mesures de gestion plus stricte au niveau des pépinières et des flux de commerces
Several plant emerging infectious diseases are caused by bacteria. To improve our understanding of their emergence, a description of the emerging populations, the reconstruction of invasion routes and pathways, as well as the identification of involved biotic and abiotic parameters are fundamental. The bacterium Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) is responsible for Asiatic citrus canker. It is present in many citrus producing countries and listed as a quarantine organism in canker-free countries.Two MLVA schemes were used for molecular epidemiological analyses of Xcc. The first one, MLVA-14, targeted 14 microsatellite markers, and is useful to describe the genetic diversity of this monomorphic bacterium. The second, MLVA-31, targeted 31 minisatellite markers, is suited to global epidemiology analyses. Based on MLVA-31 data, Xcc is divided in four genetic groups (referred to as DAPC clusters) corresponding to Xcc pathotype classification based on host range. Three pathotypes were described: pathotype A strains are able to infect most citrus species, while pathotypes A* and AW strains are naturally restricted to fewer host species.DAPC 1 is responsible for almost all cases of geographical expansion of Xcc over the first half of the 20th century, we show that three Xcc genetic clusters have emerged in Africa over the last decade. Xcc is pre-adapted to its host species. Invasive success of Xcc is then mostly conditioned by migration events. Our objectives were to describe these invasive populations using a molecular epidemiology approach and to assess the origin, routes and actors of this dissemination in Africa. Two genetic clusters were found in Mali: DAPC1 is present in four provinces while DAPC2 is restricted to the Bamako urban environment. In contrast, DAPC2 emerging populations in Senegal showed an invasive succes in an other environment. Populations structures of DAPC1 in Mali and DAPC2 in Senegal highlighted the role of nurseries in Xcc dissemination. On the contrary, DAPC2 strains in Bamako were not detected in Malian nurseries and showed a limited invasive success. Approximate Bayesian Computation highlighted an invasive bridgehead scenario between DAPC1 in Mali and Burkina Faso. DAPC2 populations in Mali and Senegal were not found epidemiologically related but were genetically related to strains previously reported from the Indian subcontinent.Demographic parameters inference, such as effective population sizes, were inferred from Ethiopian pathotype A* populations. The inference approach was useful to decipher the demographic history of this emerging population, and suggested seasonal fluctuations in population sizes over time.Emergence of Xcc in Africa was found strongly related to human activities. Therefore, the local and global dispersion could be limited by a better management of nurseries and trade

Le virus de la tristeza (ctv) provoque une des maladies les plus destructrices des agrumes. Sur l'ile de la reunion, la presence de souches virales severes limite le developpement des especes directement sensibles au virus. L'indexage biologique d'une vingtaine d'isolats locaux du virus sur cinq plantes hotes a mis en evidence des differences qualitatives et quantitatives de pouvoir pathogene entre isolats, allant de modere a severe. Cependant tous les isolats etudies apparaissent homogenes quant a leur reaction avec dix anticorps monoclonaux. Une faible variabilite du gene de capside a ete observee par restriction avec les enzymes eco ri, hae iii et rsa i. Les mesures de vigueur ont montree l'action premunisante de plusieurs isolats locaux sur combava (citrus hystrix). La transmission du ctv sur le mode semi-persistant par toxoptera citricidus a ete confirmee. Parmi les especes potentiellement hotes du virus (rutacees et passiflores) les citrus representent le reservoir principal de l'agent pathogene. Un delai minimum de deux a quatre mois est necessaire a la detection du ctv par le test elisa dans l'ensemble de la frondaison de jeunes plants greffes. L'analyse spatio-temporelle, a l'aide d'anticorps monoclonaux, des cinetiques de contamination de neuf vergers plantes indemnes a montre l'activite vectrice elevee des pucerons sur l'ile. En effet, malgre les variations enregistrees entre vergers d'especes ou d'implantations differentes, toutes les parcelles ont ete entierement contaminees avant leur entree en production (3eme annee). Neanmoins, des perspectives interessantes de diminution des contaminations par vecteur grace a l'emploi du paillage plastique noir ont ete mises en evidence. Parmi les principaux vecteurs connus du ctv presents a la reunion, t. Citricidus est l'espece qui assure l'essentiel des contaminations en raison de l'abondance des populations infestant les agrumes, de sa meilleure efficacite intrinseque de transmission et de sa gamme de plantes hotes restreinte aux rutacees