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Dissertations / Theses on the topic 'Alignement multiple de séquence'

Author: Grafiati

Published: 4 June 2021

Last updated: 3 February 2022

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1

Deniélou, Yves-Pol. "Alignement multiple de données génomiques et post-génomiques : approches algorithmiques." Grenoble, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENM076.

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Abstract:

L'alignement multiple de réseaux biologiques a pour objectif d'extraire des informations fonctionnelles des données haut-débit représentées sous forme de graphes. Ceci concerne, par exemple, les données d'interaction protéines-protéines, les données métaboliques ou même les données génomiques. Dans un premier temps nous proposons un formalisme précis, qui s'appuie sur les notions de graphe de données stratifié et de multigraphe d'alignement (MGA), et qui définit les alignements multiples locaux en autorisant notamment un réglage de la conservation de la topologie entre les réseaux. Nous présen

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2

Peterlongo, Pierre. "Filtrage de séquences d'ADN pour la recherche de longues répétitions multiples." Phd thesis, Université de Marne la Vallée, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00132300.

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Abstract:

La génomique moléculaire fait face en ce début de siècle à de nouvelles situations qu'elle doit prendre en compte. D'une part, depuis une dizaine d'années, la quantité de données disponibles croît<br />de manière exponentielle. D'autre part, la recherche dans le domaine<br />implique de nouvelles questions dont les formulations in silico<br />génèrent des problèmes algorithmiquement difficiles à résoudre.<br /><br />Parmi ces problèmes, certains concernent notamment l'étude de réarrangements génomiques dont les duplications et les éléments transposables. Ils imposent que l'on soit en mesure de

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3

Derrien, Vincent. "Heuristiques pour la résolution du problème d'alignement multiple." Phd thesis, Université d'Angers, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00352784.

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Abstract:

L'alignement multiple est une opération permettant de mettre en évidence la similarité entre plusieurs séquences. Il est notamment utilisé pour la reconstruction de phylogénies, la recherche de motifs et la prédiction de structures. Cette thèse s'intéresse au développement de nouveaux algorithmes pour ce problème particulièrement difficile, et introduit deux algorithmes progressifs ayant pour point commun de réaliser un alignement multiple par alignements successifs de groupes de séquences.<br />Le premier algorithme, Plasma utilise une méthode de descente, dont chaque itération consiste à réa

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4

Belghiti, Moulay Tayeb. "Modélisation et techniques d'optimisation en bio-informatique et fouille de données." Thesis, Rouen, INSA, 2008. http://www.theses.fr/2008ISAM0002.

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Abstract:

Cette thèse est particulièrement destinée à traiter deux types de problèmes : clustering et l'alignement multiple de séquence. Notre objectif est de résoudre de manière satisfaisante ces problèmes globaux et de tester l'approche de la Programmation DC et DCA sur des jeux de données réelles. La thèse comporte trois parties : la première partie est consacrée aux nouvelles approches de l'optimisation non convexe. Nous y présentons une étude en profondeur de l'algorithme qui est utilisé dans cette thèse, à savoir la programmation DC et l'algorithme DC (DCA). Dans la deuxième partie, nous allons mo

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5

Kerbellec, Goulven. "Apprentissage d'automates modélisant des familles de séquences protéiques." Phd thesis, Université Rennes 1, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00327938.

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Abstract:

Cette thèse propose une nouvelle approche de découverte de signatures de familles de protéines. Etant donné un échantillon (non-aligné) de séquences appartenant à une famille structurelle ou fonctionnelle de protéines, cette approche infère des automates fini s non déterministes (NFA) caractérisant la famille.<br>Un nouveau type d'alignement multiple nommé PLMA est introduit afin de mettre en valeur les similarités partielles et locales significativement similaires. A partir de ces informations, les modèles de type NFA sont produits par un procédé relevant du domaine de l'inférence grammatical

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6

Wang, Wei. "Alignement pratique de structure-séquence d'ARN avec pseudonœuds." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS563/document.

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Abstract:

Aligner des macromolécules telles que des protéines, des ADN et des ARN afin de révéler ou exploiter, leur homologie fonctionnelle est un défi classique en bioinformatique, qui offre de nombreuses applications, notamment dans la modélisation de structures et l'annotation des génomes. Un certain nombre d'algorithmes et d'outils ont été proposés pour le problème d'alignement structure-séquence d'ARN. Cependant, en ce qui concerne les ARN complexes, comportant des pseudo-noeuds, des interactions multiples et des paires de bases non canoniques, de tels outils sont rarement utilisés dans la pratiqu

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7

Francois, Nicolas. "Alignement, séquence consensus, recherche de similarités : complexité et approximabilité." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00108020.

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Abstract:

Dans ce mémoire, nous étudions la complexité algorithmique de plusieurs problèmes combinatoires<br />concernant la comparaison de séquences biologiques. Nous nous pla¸cons successivement du point de vue de<br />chacune des trois principales théories de la complexité algorithmique : la NP-complétude, l'approximabilité<br />et la complexité paramétrique.<br />Dans un premier temps, nous considérons plusieurs formes du problème de l'extraction des motifs communs<br />à un ensemble de séquences donné. Les motifs communs permettent, en pratique, de classifier les protéines<br />grâce à leur structu

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8

Nicolas, François. "Alignement, séquence, consensus, recherche de similarités : complexité et approximabilité." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20179.

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9

Grigolon, Silvia. "Modelling and inference for biological systems : from auxin dynamics in plants to protein sequences." Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA112178/document.

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Abstract:

Tous les systèmes biologiques sont formés d’atomes et de molécules qui interagissent et dont émergent des propriétés subtiles et complexes. Par ces interactions, les organismes vivants peuvent subvenir à toutes leurs fonctions vitales. Ces propriétés apparaissent dans tous les systèmes biologiques à des niveaux différents, du niveau des molécules et gènes jusqu’aux niveau des cellules et tissus. Ces dernières années, les physiciens se sont impliqués dans la compréhension de ces aspects particulièrement intrigants, en particulier en étudiant les systèmes vivants dans le cadre de la théorie de

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10

Denielou, Yves-Pol. "Alignement Multiple de Données Génomiques et Post-Génomiques : Approches Algorithmiques." Phd thesis, Université de Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00610419.

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Abstract:

L'alignement multiple de réseaux biologiques a pour objectif d'extraire des informations fonctionnelles des données haut-débit représentées sous forme de graphes. Ceci concerne, par exemple, les données d'interaction protéines-protéines, les données métaboliques ou même les données génomiques. Dans un premier temps nous proposons un formalisme précis, qui s'appuie sur les notions de graphe de données stratifié et de multigraphe d'alignement (MGA), et qui définit les alignements multiples locaux en autorisant notamment un réglage de la conservation de la topologie entre les réseaux. Nous présen

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Rinaudo, Philippe. "Algorithmique de l'alignement structure-séquence d'ARN : une approche générale et paramétrée." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00847745.

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Abstract:

L'alignement de macromolécules biologiques comme les protéines, l'ADN ou encore l'ARN est une problématique biologique et bio-informatique qui a pour but de révéler une partie des mystères du fonctionnement des cellules, constituants des êtres vivants. Les ARN non-codant sont des macromolécules intervenant dans le métabolisme de tout être vivant et les deux problématiques majeurs les concernant sont: la prédiction de leur structure pour mieux comprendre leur fonctionnement et leur détection dans des bases de données ou des génomes. L'une des approches: l'alignement structure-séquence d'ARN, ré

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Joseph, Agnel Praveen. "Comparison of protein folds based on similarities in local backbone conformation." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077100.

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Abstract:

Une grande partie de mon travail de thèse porte sur le développement de méthodes efficaces pour l'alignement par paires et multiples protéines structurelles. Ceci est basé sur l'utilisation de la protéine Blocks qui est le plus largement utilisé alphabet structural [1, 2]. Une structure de la protéine complète peut être représenté par une séquence d'alphabets, où chaque alphabet correspond à un PB. L'alignement des séquences PB donne une comparaison de la structure des protéines. Basé sur des stratégies classiques d'alignement de séquences, un outil efficace pour l'alignement de séquences PB a

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Hasan, Taufik. "Etude d'un système de téléphone portable avec accès multiple utilisant le spectre étalé par séquence directe." Brest, 1989. http://www.theses.fr/1989BRES2001.

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Abstract:

Le but de cette etude est d'appliquer la methode d'etalement de spectre par sequence directe, en utilisant essentiellement la propriete d'acces multiple, a un systeme de telephone portable grand public. Deux modeles a structures differentes de telephone sans fil sont decrits

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Guo, Lisong. "Boost the Reliability of the Linux Kernel : Debugging kernel oopses." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066378/document.

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Abstract:

Lorsqu'une erreur survient dans le noyau Linux, celui-ci émet un rapport d’erreur appelé "kernel oops" contenant le contexte d’exécution de cette erreur. Les kernel oops décrivent des erreurs réelles de Linux, permettent de classer les efforts de débogage par ordre de priorité et de motiver la conception d’outils permettant d'améliorer la fiabilité du code de Linux. Néanmoins, les informations contenues dans un kernel oops n’ont de sens que si elles sont représentatives et qu'elles peuvent être interprétées correctement. Dans cette thèse, nous étudions une collection de kernel oops provenant d

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Hue, Martial. "Méthodes à noyau pour l'annotation automatique et la prédiction d'interaction de structures de protéine." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077151.

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Abstract:

De nombreuses structures de protéines sont désormais résolues à débit élevé, et donnent lieu à un besoin d'annotation automatique. Dans cette thèse, nous examinons plusieurs approches d'apprentissage statistique, basées sur les machines à vecteurs de support (SVM). En effet, la SVM offre plusieurs possibilités adaptées à la complexité des structures de protéines et de leurs interactions. Nous proposons de résoudre ces deux problèmes en examinant de nouveaux noyaux positifs. Dans une premième partie, une fonction noyau pour l'annotation de structures de protéines est présentée. Le noyau est bas

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Luu, Vinh Trung. "Using event sequence alignment to automatically segment web users for prediction and recommendation." Thesis, Mulhouse, 2016. http://www.theses.fr/2016MULH0098/document.

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Abstract:

Une masse de données importante est collectée chaque jour par les gestionnaires de site internet sur les visiteurs qui accèdent à leurs services. La collecte de ces données a pour objectif de mieux comprendre les usages et d'acquérir des connaissances sur le comportement des visiteurs. A partir de ces connaissances, les gestionnaires de site peuvent décider de modifier leur site ou proposer aux visiteurs du contenu personnalisé. Cependant, le volume de données collectés ainsi que la complexité de représentation des interactions entre le visiteur et le site internet nécessitent le développement

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Ghauri, Irfan. "Traitement du signal pour les systèmes d'accès multiple par répartition en codes utilisant la méthode de séquence directe." Paris, ENST, 2000. http://www.theses.fr/2000ENST0004.

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Abstract:

Le récepteur rake est le récepteur traditionnellement utilise dans les systèmes d'accès multiple par répartition en code (amrc) utilisant la méthode de séquence directe. Ce récepteur est un filtre adapte à la cascade du canal et a la séquence d'étalement de l'utilisateur considère. C'est un appareil qui combine les différents trajets génères par le canal de propagation de façon cohérente et qui exploite ainsi la diversité des fréquences. Le récepteur considère les interférences créées par les utilisateurs concurrents comme du bruit non corrèle. Ceci est dû à l'étalement des symboles des différ

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Tetley, Romain. "Analyse mixte de protéines basée sur la séquence et la structure - applications à l'annotation fonctionnelle." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4111/document.

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Abstract:

Dans cette thèse, l'emphase est mise sur la réconciliation de l'analyse de structure et de séquence pour les protéines. L'analyse de séquence brille lorsqu'il s'agit de comparer des protéines présentant une forte identité de séquence (≤ 30\%) mais laisse à désirer pour identifier des homologues lointains. L'analyse de structure est une alternative intéressante. Cependant, les méthodes de résolution de structures sont coûteuses et complexes - lorsque toutefois elles produisent des résultats. Ces observations rendent évident la nécessité de développer des méthodes hybrides, exploitant l'informat

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19

Deret, Sophie. "Analyse des particularités structurales des chaînes isolées d'immunoglobulines monoclonales responsables de complications rénales et multiviscérales." Poitiers, 1997. http://www.theses.fr/1997POIT2353.

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Abstract:

La reponse immunitaire a mediation humorale se traduit par la production d'immunoglobulines (ig) dont la diversite de structure leur permet de se lier a un tres grand nombre de determinants antigeniques. Cependant, la production d'ig peut avoir des consequences pathologiques. Ce travail concerne les complications renales et multiviscerales dues a la production d'une sous-unite d'ig monoclonale dans des contextes de maladies immunoproliferatives. Nous avons etudie les particularites structurales de chaines d'ig responsables de la maladie de depots de chaines legeres d'ig (lcdd), et de chaines l

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Thompson, Julie. "Evolution of multiple alignments : Towards efficient data exploitation and knowledge extraction in the post-genomique era." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/MAALOUM_Julie_2006.pdf.

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Abstract:

Grâce à la génomique et les technologies protéomiques, la bioinformatique est traversée par une véritable révolution ou l'approche réductioniste traditionnelle est remplacée par de nouvelles stratégies systémiques. Par conséquent, de nouveaux systèmes intégrés sont développés pour la gestion des données hétérogènes, la fouille de l’information et la mise en évidence des connaissances. Dans ce contexte, les alignements multiples de séquences fournissent un environnement idéal pour l'intégration fiable des informations liées à un génome ou un protéome. Durant cette thèse, trois développements on

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Bérard, Sèverine. "Comparaison de séquences répétées en tandem et application à la génétique." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00005930.

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Abstract:

Les séquences répétées en tandem sont constituées de motifs adjacents. Elles constituent une classe de séquences génétiques dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cette thèse, nous traitons le problème de la comparaison de séquences répétées en tandem sous un modèle évolutif particulier. Plus précisément, nous nous intéressons au problème de leur alignement dans lequel, en plus des trois opérations classiques, mutation, insertion et délétion, nous considérons l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la séquence, c'est-à-dire u

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Gîrdea, Marta. "New methods for biological sequence alignment." Thesis, Lille 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL10089/document.

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Abstract:

L'alignement de séquences biologiques est une technique fondamentale en bioinformatique, et consiste à identifier des séries de caractères similaires (conservés) qui apparaissent dans le même ordre dans les deux séquences, et à inférer un ensemble de modifications (substitutions, insertions et suppressions) impliquées dans la transformation d'une séquence en l'autre. Cette technique permet de déduire, sur la base de la similarité de séquence, si deux ou plusieurs séquences biologiques sont potentiellement homologues, donc si elles partagent un ancêtre commun, permettant ainsi de mieux comprend

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Carpentier, Mathilde. "Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures pour l' annotation des génomes." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066571.

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Dubreuil, Laurent. "Amélioration de l'étalement de spectre par l'utilisation de codes correcteurs d'erreurs." Limoges, 2005. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/3964483f-5b1f-41dd-b862-6c3d029c0d41/blobholder:0/2005LIMO0041.pdf.

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Abstract:

Dans cette thèse, nous étudions un système de communication nommé étalement de spectre. Le principe de ce système consiste à répartir l'énergie du signal à émettre sur une bande de fréquence plus large que celle réellement nécessaire à la transmission du signal utile. Le fonctionnement de l'étalement de spectre est basé sur l'utilisation de "séquences d'étalement" ayant de bonnes propriétés de corrélation. Dans cette thèse, nous introduisons des codes correcteurs d'erreurs pour améliorer l'efficacité de l'étalement du signal. L'objectif de cette thèse est de déterminer l'efficacité de cette mé

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Morisse, Pierre. "Correction de données de séquençage de troisième génération." Thesis, Normandie, 2019. http://www.theses.fr/2019NORMR043/document.

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Abstract:

Les objectifs de cette thèse s’inscrivent dans la large problématique du traitement des données issues de séquenceurs à très haut débit, et plus particulièrement des reads longs, issus de séquenceurs de troisième génération.Les aspects abordés dans cette problématiques se concentrent principalement sur la correction des erreurs de séquençage, et sur l’impact de la correction sur la qualité des analyses sous-jacentes, plus particulièrement sur l’assemblage. Dans un premier temps, l’un des objectifs de cette thèse est de permettre d’évaluer et de comparer la qualité de la correction fournie par

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Barba, Matthieu. "Modules réactionnels : un nouveau concept pour étudier l'évolution des voies métaboliques." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00657359.

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Abstract:

J'ai mis au point une méthodologie pour annoter les superfamilles d'enzymes, en décrire l'histoire et les replacer dans l'évolution de leurs voies métaboliques. J'en ai étudié trois : (1) les amidohydrolases cycliques, dont les DHOases (dihydroorotases, biosynthèse des pyrimidines), pour lesquelles j'ai proposé une nouvelle classification. L'arbre phylogénétique inclut les dihydropyrimidinases (DHPases) et allantoïnases (ALNases) qui ont des réactions similaires dans d'autres voies (dégradation des pyrimidines et des purines respectivement). (2) L'étude de la superfamille des DHODases (qui sui

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Aloulou, Houssem. "Dérivation de diagrammes de séquence UML compactes à partir de traces d’exécution en se basant des heuristiques." Thèse, 2015. http://hdl.handle.net/1866/13460.

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