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Dissertations / Theses on the topic 'Amibe libre'
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Merlin, Christian. "Contribution a l'evaluation des relations phylogenetiques au sein des amibes libres du genre naegleria : etude de la variabilite genetique chez des souches de naegleria gruberi et de naegleria jadini." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO1P126.
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2
Casper, Thierry. "Les infections disséminées à amibes libres chez les sujets infectés par le VIH : à propos d'une observation." Montpellier 1, 1997. http://www.theses.fr/1997MON11029.
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3
Fouque, Emilie. "Les processus de différenciation et la résistance des kystes aux traitements de désinfection chez l'amibe libre Vermamoeba vermiformis." Thesis, Poitiers, 2013. http://www.theses.fr/2013POIT2310/document.
Full textAbstract:
V. vermiformis est une amibe libre répandue dans l'environnement et les milieux artificiels comme les réseaux d'eau chaude sanitaire (RECS). Il est maintenant bien établi qu'elle joue un rôle de réservoir pour des bactéries pathogènes, comme L. pneumophila. Le contrôle de V. vermiformis dans les RECS représente donc un enjeu sanitaire important. Les amibes libres peuvent passer d'une forme métaboliquement active (trophozoïte) à une forme de résistance, le kyste, lorsque les conditions sont défavorables ce qui leur confère une résistance aux traitements. Malgré la haute prévalence de V. vermiformis dans les RECS, les processus de différenciation et la résistance de ses kystes aux traitements n'ont été que peu étudiés. Nous avons donc investigué les changements morphologiques et ultrastructuraux qui s'opèrent lors de l'enkystement et désenkystement de V. vermiformis. Il en ressort que l'enkystement est un phénomène rapide (9 h) qui conduit à la formation de kystes entourés d'une paroi double couche. Lors du désenkystement, les trophozoïtes n'émergent pas à travers un ostiole comme c'est le cas chez Acanthamoeba. Puis, nous avons étudié l'effet des conditions environnementales et de la concentration cellulaire sur l'enkystement. Nous avons observé que plus la concentration cellulaire est élevée plus l'enkystement est rapide, ce qui suggère l'existence de mécanismes de communication intercellulaire. Enfin, nous avons étudié la résistance des kystes aux traitements utilisés dans les RECS et aux protéases. Ces traitements étaient efficaces, in vitro, pour inactiver les kystes de V. vermiformis. Ces travaux ont permis d'apporter des connaissances de bases sur les processus de dVermamoeba vermiformis is a free-living amoeba (FLA) widespread in the environment and artificial environments such as hot water networks. It is now well established that it acts as a reservoir for many pathogenic bacteria, such as Legionella pneumophila. The control of V. vermiformis in artificial environments represents an important health issue. FLA can turn from a metabolic active form (trophozoite) to a resistance form, called cyst, when conditions are unfavorable. Cysts are more resistant to treatments. Despite the high prevalence of V. vermiformis in hot water networks, the processes of differentiation and the resistance of cysts to disinfection treatments have been poorly studied. Therefore we investigated morphological and ultrastructural changes occurring during encystment and excystment of V. vermiformis. It appears that encystment is a fast process (9 h) which leads to the formation of cysts surrounded by a double-layered wall. During excystment, trophozoites do not emerge through an ostiole as is the case with Acanthamoeba. Then, we studied the effect of environmental conditions and cell concentration on encystment. We observed that the higher cell concentration was, the faster the encystment was, which suggests the existence of intercellular communication. Finally, we studied the resistance of cysts to conventional disinfection treatments used in hot water networks and to innovative treatment with proteases. These treatments were effective, in vitro, to inactivate V. vermiformis cysts. This work provides new finding regarding differentiation processes and cysts resistance of V. vermiformis, a free-living amoeba poorly studied
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Ataya, Abdou. "Étude isoenzymatique de populations naturelles d'amibes libres du genre Naegleria : relations phylogénétiques et arguments génétiques en faveur d'une reproduction de type sexué chez l'espèce Naegleria lovaniensis." Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO1T184.
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Vandenesch, François. "Relations entre amibes libres et légionella : étude in vitro et in vivo." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO1M477.
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HAGNERE, CATHERINE. "Symbioses d'amibes libres et de bacteries de l'environnement hydrique induisant une mercuri-resistance et une limitation de la proliferation de bacteries pathogenes." Strasbourg 1, 1993. http://www.theses.fr/1993STR15011.
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El, Kadiri El Hassani El Yamani Ghiziane. "Contribution à l'étude des amibes libres essais de systématique et approche écologique /." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37614625j.
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8
EL, KADIRI EL MASSANI EL YAMANI GHIZLANE. "Contribution a l'etude des amibes "libres" : essais de systematique et approche ecologique." Clermont-Ferrand 2, 1988. http://www.theses.fr/1988CLF21121.
Full textAbstract:
Inventaire de la faune amoebienne de differents biotopes (bacs de climatiseurs, un bassin naturel d'eau pluviale, differents niveaux d'un effluent d'une source hyperthermale et bacs de cultures industrielles d'une algue marine unicellulaire) 68 souches d'amibes ont ete isolees. Le pouvoir pathogene de deux genres, acanthamoeba et naegleria a ete teste sur des souris blanches. Certains facteurs abiotiques dont la temperature et la salinite, influencent la repartition des genres et especes dans les differents sites de prelevement
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Omar, Shabir Ahmad. "Étude isoenzymatique des amibes libres du genre Acanthamoeba (Protozoa acanthamoebidae) par isoélectrofocalisation : application à l'identification des souches et répercussions taxonomiques." Lyon 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LYO1W267.
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Thomas, Vincent. "Amibes libres de l'environnement : écologie et interactions avec des micro-organismes pathogènes émergents." Habilitation à diriger des recherches, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00694418.
Full textAbstract:
Le risque de contamination des réseaux par les légionelles est aujourd'hui bien connu. Ces bactéries sont naturellement résistantes à un certain nombre de stress, elles peuvent survivre de façon prolongée dans les biofilms et proliférer de façon très importante via une croissance intracellulaire dans les amibes. Les amibes peuvent elles-mêmes présenter une résistance élevée aux traitements de décontamination usuels et offrent donc une protection supplémentaire aux légionelles. Si l'association amibes-légionelles dans les réseaux a été largement étudiée, il n'en est pas de même pour un certain nombre d'autres associations existant entre les amibes et des micro-organismes pathogènes avérés ou pathogènes émergents. Parmi les agents pathogènes émergents associés aux amibes, de nouvelles espèces bactériennes apparentées aux Chlamydia pourraient être responsables de pneumonies et d'avortements à répétition chez l'Homme et l'animal. Ces nouvelles espèces de Chlamydia présentent de nombreuses particularités, dont une survie à l'état libre dans l'environnement beaucoup plus importante que celles des Chlamydia " classiques " et une résistance importante aux températures élevées. De nouveaux virus " géants " associés aux amibes ont aussi été récemment décrits. Ils présentent de nombreuses particularités biologiques par rapport aux virus plus classiques et, bien que les preuves formelles de leur pathogénicité restent à apporter, certains de ces virus pourraient être responsables de pneumonies. Enfin, l'association amibes libres - mycobactéries soulève des questions importantes. Des travaux récents démontrent que des mycobactéries atypiques résistantes à certains traitements de décontamination (glutaraldéhyde notamment) sont aussi plus résistantes à certains traitements antibiotiques et plus à même de survivre dans les amibes. Par ailleurs la plupart des espèces de mycobactéries présentent la capacité de survivre dans les kystes amibiens, eux-mêmes très résistants à la plupart des traitements de décontamination. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire portent sur l'étude de l'écologie des amibes libres de l'environnement ainsi que sur l'étude de leur résistance à différents types de traitements biocides. Le rôle des amibes en tant que lieu d'échange de matériel génétique entre micro-organismes est abordé, ainsi que l'interaction des amibes avec les légionelles, les espèces apparentées aux Chlamydia, les virus d'amibes et les mycobactéries.
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Maisonneuve, Elodie. "Interactions amibes libres / micro-organismes : préférence trophique et étude comparative avec les macrophages." Thesis, Poitiers, 2017. http://www.theses.fr/2017POIT2257/document.
Full textAbstract:
Les amibes libres sont des protozoaires retrouvés dans de nombreux environnements où ils ingèrent par phagocytose des bactéries, des champignons, des virus ou d'autres protozoaires. Le modèle d'étude principal de cette thèse, divisée en deux grandes parties, a été Acanthamoeba castellanii. La première partie de la thèse a concerné l'étude de la préférence trophique des amibes, en présence de différents micro-organismes. Parmi ceux-ci, deux bactéries, Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus, se sont montrées les plus attractives pour les protozoaires étudiés. Des extraits bactériens ont été fractionnés et leur étude a permis de mettre en évidence la nature protéique des composés chimioattractifs impliqués dans ce dialogue intergenre. Certaines données de la littérature ont rapporté les similitudes entre A. castellanii et d'autres cellules phagocytaires que sont les macrophages. La seconde partie de la thèse a permis de comparer les activités de phagocytose d'A. castellanii et de la lignée macrophagique Thp-1 vis-à-vis de quatre micro-organismes : le champignon filamenteux Aspergillus fumigatus, les bactéries Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus, et un Adénovirus sérotype B3. L'influence des deux types de cellules phagocytaires sur la croissance des micro-organismes a également été étudiée. Ces travaux ont permis de mettre en évidence des différences de comportements des amibes libres par rapport aux macrophages vis-à-vis de micro-organismes pathogènes, montrant qu'il n'est pas toujours possible d'extrapoler les résultats d'études amibes libres/micro-organismes aux relations macrophages/micro-organismesFree living amoebae (FLA) are protoza found in various environments where they can feed by phagocytosis on bacteria, fungi, viruses or other protozoa. Acanthamoebae castellanii was used as the main model in this thesis, divided in two parts. The first part of the thesis relied on the trophic preference of amoebae, in presence of different microorganisms. Amongst them, two bacteria, Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus, appeared as the most attractive for the studied protozoa. Bacterial extracts have been fractionned and their study has shown the protein nature of the chemoattractants involved in this interspecies crosstalk.Literature data have reported similarities between A. castellanii and other phagocytic cells such as macrophages. The second part of the thesis allowed us to compare phagocytic activities of A. castellanii and Thp-1 macrophagic cells towards four microorganisms: the filamentous fungus Aspergillus fumigatus, the bacteria Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus and an Adenovirus B3 serotype. The influence of the two phagocytic cells on the microorganisms' growth has also been investigated. This has evidenced the behavior differences between FLA and macrophages towards pathogenic microorganisms, showing that results obtained by studying amoebae and microorganisms relationships could not be extrapolated in all cases to the relationships between macrophages and microorganisms
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Ben, Salah Iskandar. "Les mycobactéries du complexe Mycobacterium avium : identification et interactions avec les amibes libres." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20682.
Full textAbstract:
Les amibes libres sont des eucaryotes unicellulaires qui hébergent des mycobactéries environnementales. Cette association permet aux mycobactéries de résister aux conditions défavorables après sélection de stratégies de contournement de la phagocytose au profit des mycobactéries qui utilise les amibes comme “cheval de Troie”. Nous avons montré que 26 espèces de mycobactéries étaient capables de survivre dans les trophozoïtes et dans les kystes d’Acanthamoeba polyphaga. Nous avons ensuite sélectionné les mycobactéries du complexe Mycobacterium avium (MAC) comme prototypes des interactions avec les amibes. Dans un premier travail, nous avons identifié les espèces du MAC par une approche polyphasique basée sur le séquençage partiel du gène rpoB. Cette séquence permet de différentier les espèces et les sous espèces du MAC avec une divergence de 0. 7-5. 1% au sein des souches de références. Parmi les 100 isolats cliniques étudiés, ce cut-off a permis d’identifier 83% de M. Avium, 2% de M. Chimaera, 8% de M. Intracellulare et 7 souches atypiques. Nous avons ensuite montré que 5/7 des souches atypiques étaient représentatives de trois nouvelles espèces que nous avons nommées : M. Marseillense, M. Bouchedurhonense et M. Timonense. Ce travail a été appliqué à la description d’adénopathie à M. Colombiense. Nous avons enfin étudié les interactions des 8 espèces du MAC avec A. Polyphaga et nous avons montré qu’elles étaient toutes capable de se multiplier et de survivre dans les trophozoïtes et les kystes d’A. Polyphaga. En conclusion le séquençage du gène rpoB constitue un outil moléculaire performant pour la détection de nouvelles espèces dans le MAC et l’étude de leurs interactions avec les amibes.
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Halna, Jean-Michel. "Contribution à l'étude des amibes libres potentiellement pathogènes : à propos d'une enquête mulhousienne." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1985. http://www.theses.fr/1985STR1M132.
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Leprince, Sylvain. "Etude comparative de l'inactivation des amibes libres du genre Naegleria par voie chimique et physique." Caen, 2000. http://www.theses.fr/2000CAEN4001.
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Coulon, Céline. "Amibes libres de l'environnement : résistance aux traitements de désinfection et interactions avec les Chlamydiales." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00665238.
Full textAbstract:
Les amibes appartenant au genre Acanthamoeba sont ubiquitaires et responsables de diverses infections, en particulier de kératite amibienne. Par ailleurs elles sont résistantes à de nombreux traitements de désinfection, aussi bien sous leur forme libre (trophozoite) que sous leur forme enkystée. La plupart des données d'efficacité disponibles ont évalué des biocides utilisés pour la désinfection de l'eau potable et/ou des lentilles de contact, mais peu de données sont disponibles concernant le traitement des surfaces ou des matériels médicaux. Ces amibes sont également capables de servir de réservoir à des bactéries pathogènes, notamment des nouvelles espèces de Chlamydia regroupées sous le terme " Chlamydia-like ". Il s'agit de bactéries découvertes récemment et potentiellement responsables d'infections respiratoires et d'avortements spontanés. Malgré leur importance, peu de données sont disponibles concernant la survie et la résistance aux biocides de ces bactéries. L'objectif de ce travail a été dans un premier temps d'évaluer la résistance des amibes aux traitements de désinfections, aussi bien pour les trophozoites que pour les kystes. Dans un second temps, nous avons étudié la survie et la résistance des Chlamydia-like à la désinfection, ainsi que leurs interactions avec les amibes et avec différentes lignées cellulaires ; Chlamydia trachomatis a servi de contrôle dans cette deuxième série d'expérimentations. Les méthodes de culture et d'enkystement des trophozoites ainsi que le choix des souches testées se sont avérés critiques pour l'évaluation des biocides. Certains traitements de désinfection généralement réputés efficaces contre la plupart des micro-organismes ont montré une efficacité limitée vis-à-vis des kystes amibiens ainsi que des trophozoites (glutaraldehyde). Les Chlamydia-like se sont avérées capables de survivre dans l'environnement pendant de longues périodes mais sont globalement sensibles aux désinfectants. Certaines de ces bactéries sont également capables de survivre dans les kystes d'amibes, ce qui peut leur conférer une résistance accrue vis-à-vis des biocides.
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Coulon, Céline. "Amibes libres de l’environnement : résistance aux traitements de désinfection et interactions avec les Chlamydiales." Thesis, Paris 11, 2011. http://www.theses.fr/2011PA114806/document.
Full textAbstract:
Les amibes appartenant au genre Acanthamoeba sont ubiquitaires et responsables de diverses infections, en particulier de kératite amibienne. Par ailleurs elles sont résistantes à de nombreux traitements de désinfection, aussi bien sous leur forme libre (trophozoite) que sous leur forme enkystée. La plupart des données d’efficacité disponibles ont évalué des biocides utilisés pour la désinfection de l’eau potable et/ou des lentilles de contact, mais peu de données sont disponibles concernant le traitement des surfaces ou des matériels médicaux. Ces amibes sont également capables de servir de réservoir à des bactéries pathogènes, notamment des nouvelles espèces de Chlamydia regroupées sous le terme « Chlamydia-like ». Il s’agit de bactéries découvertes récemment et potentiellement responsables d’infections respiratoires et d’avortements spontanés. Malgré leur importance, peu de données sont disponibles concernant la survie et la résistance aux biocides de ces bactéries. L’objectif de ce travail a été dans un premier temps d’évaluer la résistance des amibes aux traitements de désinfections, aussi bien pour les trophozoites que pour les kystes. Dans un second temps, nous avons étudié la survie et la résistance des Chlamydia-like à la désinfection, ainsi que leurs interactions avec les amibes et avec différentes lignées cellulaires ; Chlamydia trachomatis a servi de contrôle dans cette deuxième série d’expérimentations. Les méthodes de culture et d’enkystement des trophozoites ainsi que le choix des souches testées se sont avérés critiques pour l’évaluation des biocides. Certains traitements de désinfection généralement réputés efficaces contre la plupart des micro-organismes ont montré une efficacité limitée vis-à-vis des kystes amibiens ainsi que des trophozoites (glutaraldehyde). Les Chlamydia-like se sont avérées capables de survivre dans l’environnement pendant de longues périodes mais sont globalement sensibles aux désinfectants. Certaines de ces bactéries sont également capables de survivre dans les kystes d’amibes, ce qui peut leur conférer une résistance accrue vis-à-vis des biocidesAcanthamoebae are ubiquitous amoebae responsible for several infections, mostly amoebic keratitis. They are also resistant to numerous disinfection treatments, as well under their free shape (trophozoite ) as under their encysted shape. Most of the available data of efficiency estimated biocides used for the disinfection of the drinking water and\or the contact lenses, but few data are available concerning the treatment of surfaces or medical devices. These amoebae are also capable of serving as reservoir for pathogenic bacteria, in particular for new species of Chlamydia named " Chlamydia-like ". These new bacteria recently discovered are potentially responsible for respiratory infections and miscarriages. Despite their importance, only few data are available concerning the survival and the resistance to biocides. The objective of this work was at first time to evaluate the resistance of amoebae to disinfection treatments, as well for the trophozoites as for the cysts. Secondly, we studied the survival and the resistance of Chlamydia-like to disinfection, as well as their interactions with amoebae and with various cellular lineages; Chlamydia trachomatis served as control in this second series of experiments. The methods of culture and encystement of trophozoites as well as the choice of selected strains turned out critical for the evaluation of biocides. Some treatments generally considered as effective treatments of disinfection against most of the microorganisms showed an efficiency limited towards the amoebic cysts as well as the trophozoites ( glutaraldehyde ). Chlamydia-like turned out capable of surviving in the environment during long periods but are globally sensitive to disinfectants. Some of these bacteria are also capable to surve in amoebal cysts, what can confer them a resistance increased towards biocides
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Cavalie, Laurent. "Relations entre amibes libres, légionelles et pseudomonas dans divers environnements techniques et en co-cultures." Montpellier 1, 2006. http://www.theses.fr/2006MON13514.
Full textAbstract:
Ce travail traite des inter-relations entre Legionella pneumophila, Pseudomonas aeruginosa et les amibes libres en milieu hydrique. En effet, ces protozoaires pourraient être de véritables vecteurs bactériens voire amplificateurs. Il se greffe parallèlement un problème sanitaire puisque les légionelles ont l’origine d’épidémies dont le point de départ est un environnement hydrique contaminé. De plus, certaines amibes libres et P. Aeruginosa ont aussi un pouvoir pathogène. Un état des lieux a donc été réalisé sur leur présence dans divers environnements techniques. Les amibes libres y sont très présentes et l’on ne retrouve des légionelles qu’en leur présence. Cette hypothèse a alors été étudiée in vitro en eau thermale préalablement stérilisée. Elle confirme que certains genres amibiens permettent la multiplication des légionelles à l’inverse du genre Willaertia. Les P. Aeruginosa quant à eux entraînent la lyse amibienne par synthèse de facteurs de virulenceThis work treats interrelationships between Legionella pneumophila, Pseudomonas aeruginosa and free living amoebae in water. These protozoa could be true bacterial vectors or even amplifiers. There is an added medical problem since Legionella may cause outbreaks whose starting point is a contaminated hydrous environment. Moreover, certain free amoebas and P. Aeruginosa also have a pathogenic capacity. Different hydrous environments were tested for the presence of these organisms. Free amoebae were found in many environments and Legionella were only found in their presence. This assumption was then studied in vitro in sterilized thermal spring water. It confirms that certain amoebic genera allow the multiplication of Legionella contrary to Willaertia genera. P. Aeruginosa, on the other hand involve amoebic lysis by synthesis of factors of virulence
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Denet, Elodie. "Adaptation de Stenotrophomonas maltophilia aux amibes libres du sol et rôle des pompes à efflux." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1263.
Full textAbstract:
Les espèces bactériennes opportunistes responsables d'infections nosocomiales chez l'Homme se rencontrent dans les environnements terrestres et aquatiques. Elles sont très souvent caractérisées par une résistance naturelle aux antibiotiques leur conférant un phénotype appelé Multi-Drug Resistant (MDR). L'efflux d'antibiotiques via des pompes, est un des mécanismes à l'origine de cette multi-résistance. Alors que le rôle de ces pompes chez des bactéries isolées en milieu clinique est connu, aucune donnée n'est disponible concernant leur rôle chez les bactéries associées avec d'autres organismes eucaryotes du sol tels que les amibes. Pourtant des données de la littérature indiquent que les amibes, jusqu'alors principalement connues pour leur rôle prédateur de bactéries sont susceptibles d'héberger des bactéries " résistantes " aux amibes (ARB). Parmi ces ARB, des pathogènes opportunistes ont été identifiés dont certains sont connus pour être porteurs de pompes à efflux. Les pompes à efflux de ces bactéries pourraient donc intervenir dans l'adaptation aux amibes du sol. Afin de vérifier cette hypothèse, nous avons, dans un premier temps, isolé et identifié la flore amibienne et les ARB de différents sols. Parmi les ARB identifiées, Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas aeruginosa et Burkholderia cepacia sont caractérisées par des propriétés d'antibiorésistance contrastées et de virulence élevées. Des études d'interaction ont montré que S. maltophilia se multipliait dans des amibes axéniques et que des pompes à efflux Sme étaient surexprimées. Par ailleurs des molécules sécrétées par l'amibe stimulent la croissance bactérienne et des études préliminaires de profilage métabolique ont montré la présence de différents métabolites secondaires produits par l'amibe au cours de l'interaction avec S. maltophilia pouvant jouer un rôle dans l'expression des pompes à effluxThe opportunistic bacterial species, responsible for nosocomial infections in humans, occurs in terrestrial and aquatic environments. They are often characterized by natural resistance to antibiotics giving them a phenotype called Multi-Drug Resistant (MDR). The efflux of antibiotics via pumps, is one of the mechanisms behind this multi-resistance. While the role of these pumps in bacteria isolated from hospital is known, no data are available regarding their role in bacteria associated with other soil eukaryotic organisms such as amoebae. Nevertheless, data from the literature indicate that amoebae, mainly known to be predators of bacteria, are likely to harbour "amoeba resistant bacteria†(ARB). Among these ARB, opportunistic pathogens have been identified, some of which are known to be carriers of efflux pumps. The efflux pumps of these bacteria could thus interfere in the adaptation to soil amoebae. In order to verify this hypothesis, we first isolated and identified the amoebal population and the ARB of different soils. Among the identified ARB, Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas aeruginosa and Burkholderia cepacia are characterized by high contrast antibiotic resistance and high virulence. Interaction studies showed that S. maltophilia could multiplied in axenic amoebae and Sme efflux pumps were overexpressed. Furthermore, molecules secreted by the amoeba stimulate bacterial growth and preliminary studies of metabolic profile have shown that production of various secondary metabolites by the amoeba during the interaction with S. maltophilia could play a role in the efflux pumps expression
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Mba, Medie Felix. "Le rôle des cellulases dans les interactions entre les mycobactéries du complexe Mycobacterium tuberculosis et les amibes libres." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX20695/document.
Full textAbstract:
Le génome de Mycobacterium tuberculosis, l’agent causal de la tuberculose, code pour une protéine ayant la capacité de se fixer sur la cellulose (Rv1987), une cellulase potentielle (Rv1090), et une cellulase pleinement active (Rv0062). Cette observation est surprenante, car la cellulose est un composant majeur des parois des cellules végétales, tandis que M. tuberculosis est un pathogène humain sans contact connu avec des plantes. Nous avons émis l’hypothèse que ces protéines pourraient jouer un rôle dans les interactions entre les mycobactéries du complexe M. tuberculosis avec les kystes d’amibes libres, dont la paroi contient également de la cellulose. Dans notre travail de thèse, nous avons cherché par une analyse in silico la présence de ces trois gènes chez toutes les bactéries ayant un génome complètement séquencé présentes dans la base de données CAZy (accessible en ligne à l’adresse www.cazy.org). Cette étude a montré que seulement 2,5% des bactéries codent pour les trois gènes simultanément. Parmi ces bacteries, nous avons ensuite confirmé expérimentalement par PCR et séquençage la présence des gènes Rv0062, Rv1090 et Rv1987 chez les mycobactéries du complexe M. tuberculosis. Nous avons ensuite vérifié la transcription de ces trois gènes chez la souche de référence M. tuberculosis H37Rv, puis produit dans Escherichia coli des protéines de fusion Rv1090 et Rv1987 et montré qu'elles étaient capables d'hydrolyser la cellulose (Rv1090) et de s’y fixer (Rv1987). De plus, nous avons mis en place un model expérimental d’interaction entre les mycobactéries du complexe M. tuberculosis et les amibes libres dans le but de comprendre le rôle des gènes Rv0062, Rv1090 et Rv1987. Dans un premier temps nous avons montré que M. tuberculosis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium canettii ainsi que Mycobacterium avium utilisé ici comme un controle positif étaient capables de survivre dans le cytoplasme des amibes libres telles que Acanthamoeba polyphaga. Ensuite, nous avons montré que M. tuberculosis et M. bovis mais pas M. canettii étaient capables de survivre à l’intérieur des kystes d’amibes. Enfin nous avons montré que M. tuberculosis, M. bovis et M. canettii étaient capables de survivre dans le sol pendant au moins 6 mois. Les données établies dans cette thèse soutiennent le rôle des cellulases dans la survie environnementale des mycobactéries du complexe M. tuberculosis, et ouvrent la voie à l’étude de cette phase méconnue dans le cycle de ces organismesThe genome of Mycobacterium tuberculosis, the causative agent of tuberculosis, encodes a protein with the ability to bind to cellulose (Rv1987), one potential cellulase (Rv1090), and one fully active cellulase (Rv0062). This observation is puzzling, because cellulose is a major component of plant cell walls, whereas M. tuberculosis is a human pathogen without known contact with plants. We hypothesized that these genes could play a role in the interactions between M. tuberculosis complex organisms and amoebal cysts, whose wall contains cellulose.In our thesis work, we have searched by in silico analysis for the presence of these three genes in all bacteria with complete sequenced genomes present in the CAZy database (available online at www.cazy. org). This study showed that only 2.5% of bacteria encode the three genes simultaneously. Among these bacteria we have confirmed experimentally by PCR and sequencing the presence of Rv0062, Rv1090 and Rv1987 in the M. tuberculosis complex organisms. We have checked the transcript of the three genes in the reference strain M. tuberculosis H37Rv and we subsequently produced Rv1090 and Rv1987 fusion proteins in Escherichia coli and demonstrated that they were indeed able to hydrolyze (Rv1090) and to bind (Rv1987) cellulose. In addition, we have developed an experimental model of interaction between M. tuberculosis organisms and the free-living amoebae in order to understand the role of Rv0062, Rv1090 and Rv1987 genes. Initially we have shown that M. tuberculosis, Mycobacterium bovis, Mycobacterium canettii and Mycobacterium avium used here as a positive control were able to survive in the cytoplasm of the free-living amoeba such as Acanthamoeba polyphaga. We have further shown that M. tuberculosis and M. bovis but not M. canettii were able to survive within the amoebal cysts. Finally we have shown that M. tuberculosis, M. bovis and M. canettii were able to survive in soil for at least 6 months. The data obtained in this thesis support the role of cellulase in the survival of M. tuberculosis complex organisms in the environment and pave the way for the study of this unknown phase in the cycle of these organisms
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Mounif, Eskandar. "Résines époxy/amine pour le rotomoulage réactif : étude de la rhéocinétique et simulation numérique de l'écoulement." Phd thesis, Paris, ENSAM, 2008. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00003668.
Full textAbstract:
Cette thèse porte sur l'étude rhéocinétique de deux systèmes époxy/amine, DGEBA/DETDA et DGEBA/IPD pour le rotomoulage réactif. Les paramètres cinétiques du mécanisme auto-catalytique et non catalytique de la réticulation isotherme ont été identifiés par une méthode inverse à l'aide des résultats du suivi cinétique par spectroscopie proche infra rouge (PIR). La différence du comportement rhéocinétique entre les deux systèmes est attribuée à la différence de réactivité intrinsèque des groupes amines mis en jeu et l'importance de l'effet de substitution (réactivité des amines primaires par rapport aux amines secondaire) des deux durcisseurs. Une nouvelle méthode de détermination de l'effet de substitution a été établie, en utilisant les taux de conversion de l'époxy et de l'amine primaire mesurées par PIR. L'analyse des phénomènes de vitrification et gélification des deux systèmes a permis d'établir le diagramme Temps-Température-Transformation (TTT). La comparaison de la rotomoulabilité des deux systèmes a été effectuée par l'ajout des courbes d'iso-viscosité sur le diagramme TTT. L'écoulement au cours du rotomoulage a été modélisé par un écoulement à surface libre sous gravité d'un fluide réactif à l'intérieure d'un cylindre horizontal en rotation autour de son axe principal. Dans le cas des fluides de viscosité faible, la méthode lagrangienne de Smoothed Particle Hydrodynamics SPH, a été appliquée en utilisant une expression adaptée de la viscosité.
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Moussa, Mirna. "Les amibes libres pathogènes des eaux chaudes de la Guadeloupe : étude écologique caractérisation moléculaire et prophylaxie des zones de baignade." Thesis, Antilles, 2015. http://www.theses.fr/2015ANTI0007/document.
Full textAbstract:
Les amibes sont des organismes unicellulaires eucaryotes, de 10 à 300 µm, pouvant vivre sous forme parasite ou évoluer librement dans les sols et les milieux aquatiques ou encore adopter l’une ou l’autre forme en fonction de l’environnement. Certaines amibes libres sont hautement pathogènes pour les animaux et l’homme, en particulier Naegleria fowleri qui se développe dans les eaux naturellement chaudes à des températures comprises entre 27 et 45°C. Cette espèce est responsable d'une encéphalite généralement mortelle, la méningo-encéphalite amibienne primitive (MEAP), dont un cas a été recensé en Guadeloupe en 2008. Un enfant de 9 ans ayant contracté la maladie est décédé quelques jours après un bain dans les eaux chaudes de Dolé, sur la commune de Gourbeyre. Notre travail de Thèse à l’Institut Pasteur, en collaboration avec l’ARS, a permis d’initier un programme de recherche sur ces amibes pathogènes très peu connues sur notre territoire, afin de mieux évaluer le risque lié aux baignades dans les sources géothermales de la Guadeloupe. Nous avons développé et mis au point une méthode de détection et de dénombrement des amibes faisant appel à la biologie moléculaire qui est aujourd’hui appliquée en routine au sein de notre laboratoire. Depuis Janvier 2011, un suivi mensuel a révélé la présence des amibes thermophiles et de l’amibe pathogène dans presque tous les sites analysés (Ravine Chaude, Bains de La Lise et Bain du Curé à Pigeon, Bains Jaunes, Bain de Dolé, Bain de Capes, Bain des Amours, Bain de la rivière Grosse-Corde, Chute du Carbet, Bain de Morphy et Bain chaud de Matouba), à l’exception des eaux chaudes soufrées et/ou salées de Sofaïa et de l’Anse Thomas à Bouillante. Le séquençage des produits de PCR obtenus et déposés dans Genbank nous a permis de confirmer l’appartenance de cette souche de N. fowleri, au type 3 Euro-américain, identique à celui détecté lors de l’accident de 2008 (Moussa et al. 2013). Le nombre d’amibes pathogènes retrouvées varie de 2 à 30 amibes/litre selon les bains, sans dépasser la limite de 100 amibes/litre recommandée par les autorités sanitaires. En dépit de ces faibles concentrations, une surveillance régulière des bassins est nécessaire. Sur l’ensemble de l’année 2011-2012, l’espèce pathogène N. fowleri a été la plus fréquemment rencontrée par rapport aux espèces non pathogènes N. lovaniensis et Hartmanella sp. Ces données de surveillance ont amené l’ARS et les communes concernées à organiser une campagne de sensibilisation à destination des populations locales et touristiques, reposant sur l’installation de panneaux de prévention à proximité des principaux sites où N. fowleri a été retrouvée.La présence régulière de N. fowleri tout au long de l’année dans la plupart des bains chauds et notamment dans les bains les plus fréquentés, a orienté notre travail sur la recherche de l’origine de leur contamination. Nous avons découvert que les sources géothermales ne sont pas contaminées à leur émergence, mais que les amibes proviennent de la terre en amont des bassins. Ce résultat qui montre que le sol est le réservoir naturel des amibes, nous a permis de proposer aux collectivités un moyen de lutte efficace en canalisant l’eau depuis l’émergence jusqu’au bassin, sans passer par le solAmoebas are eukaryotic unicellular organisms, measuring from 10 to 300 µm, being able to live under a parasite form or to evolve freely in soils and aquatic media. They can even adopt either form depending of the environment. Some free living amoebas are highly pathogenic for animals and humans, especially Naegleria fowleri which develops in naturally hot waters at temperatures between 27 and 45°C. This species is responsible for an encephalitis generally lethal, the primary amoebic meningoencephalitis (PAM), a case of which occured in Guadeloupe in 2008. A 9-year-old child having contracted the disease, died a few days after a bath in the hot waters of Dolé, in Gourbeyre. Our Thesis at the Institut Pasteur of Guadeloupe, in association with the ARS, initiated a research program on these pathogenic amoebas poorly known in our territory, to better estimate the risk to contract the disease while bathing in geothermal recreational waters of Guadeloupe. We developed and worked out a method of detection and enumeration of amoebas using the molecular biology, which is currently applied in routine in our laboratory. Since January, 2011, a monthly monitoring of the baths revealed the presence of thermophilic free living amoebas and pathogenic amoeba in almost all the analyzed sites (Ravine Chaude, La Lise, Bain du Curé à Pigeon, Bains Jaunes, Bain de Dolé, Bain de Capès, Bain des Amours, Bain de la rivière Grosse-Corde, Chutes du Carbet, Morphy and the hot bath of Matouba), with the exception of sulphurated and/or salty hot waters of Sofaïa and the Anse-Thomas in Bouillante. The sequencing of the PCR products obtained were deposited in Genbank and confirmed that the Guadeloupean N. fowleri belonged to the Type-3 Euro-American, identical to that detected in the patient in 2008 (Moussa et al. 2013). The number of pathogenic amoebas varied from 2 to 30 amoebas / liter according to the baths, without exceeding the limit of 100 amoebas / liter recommended by the health authorities. In spite of this rather low concentration the baths require a regular surveillance. On the full year 2011-2012, the pathogenic species N. fowleri was the most frequently encountered species followed by N. lovaniensis and Hartmanella sp. These data of the surveillance led the ARS and the municipalities concerned to organize an awareness campaign destinated to the local and tourist population, based on the installation of prevention panels near the main sites where N. fowleri was found. The regular presence of N. fowleri during the year in most of the hot baths, especially the most frequented ones, leads us to look for the origin of their contamination. We discovered that geothermal springs are not contaminated at their emergence, but that amoebas come from the soil upstream the baths. This result which shows that soil is the natural reservoir of amoebas, allowed us to propose to the authorities effective means of prevention by installing pipes to carry the water from the emergence to the bath, without touching the soil
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Robino, Etienne. "Etude des amibes marines et de leurs interactions avec les vibrios pathogènes d’huître." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG041.
Full textAbstract:
Les amibes libres dans les environnements aquatiques utilisent la phagocytose des bactéries pour leur nutrition. Selon l’hypothèse de l’évolution fortuite de la virulence, les mécanismes cellulaires et moléculaires de la phagocytose étant conservés des amibes aux cellules immunitaires des animaux, la prédation exercée par les amibes pourraient favoriser l’émergence de bactéries pathogènes résistantes à la phagocytose. Depuis 2008, les huîtres creuses Crassostrea gigas sont victimes d’épisodes de surmortalités en France. Cette pathologie poly-microbienne implique le virus Herpes OsHV-1 µvar qui provoque une immunosuppression des huîtres qui sont alors colonisées par divers bactéries pathogènes opportunistes dont des vibrios induisant la mort de l’animal. V. tasmaniensis LGP32 est un pathogène intracellulaire facultatif des hémocytes d’huître qui résiste à la phagocytose et détruit les hémocytes en utilisant un certain nombre de facteurs de virulence. Nous avons donc entrepris d’étudier les interactions entre les amibes libres de l’environnement ostréicole et les vibrios afin de vérifier si certains mécanismes de virulence pouvaient aussi jouer un rôle dans ce type d’interactions. En réalisant des échantillonnages sur le terrain, nous avons mis en évidence que l’interaction entre vibrios et amibes est écologiquement réaliste, et observé une faible diversité de protistes hétérotrophes près des tables ostréicoles de la lagune de Thau par rapport à d’autres environnements moins anthropisés. Des études fonctionnelles entre LGP32 et l’amibe Vannella sp. AP1411 ont montré que LGP32 est capable de résister à la prédation par les amibes impliquant certains facteurs de virulence comme la métalloprotéase Vsm et la pompe d’efflux du cuivre de type P-ATPase CopA qui sont aussi impliqués dans l’interaction de LGP32 avec les huîtres. En revanche, d’autres facteurs de virulence impliqués chez l’huître ne le sont pas dans la résistance à la prédation par les amibes indiquant que certains facteurs sont impliqués dans des interactions avec divers hôtes tandis que d’autres seraient impliqués dans des interactions plus spécifiquesFree living amoebae inhabit aquatic environments and use phagocytosis of bacteria for their nutrition. According to the hypothesis of coincidental evolution of virulence, the cellular and molecular mechanisms of phagocytosis being preserved from amoebae to the immune cells of animals, the predation exerted by amoebae could favor the emergence of pathogenic bacteria resistant to phagocytosis. Since 2008, Crassostrea gigas oysters have suffered from over-mortality in France. This poly-microbial disease involves the Herpes OsHV-1 μvar virus which causes an immunosuppression of oysters that are then colonized by various opportunistic pathogenic bacteria including vibrios inducing the death of the animal. V. tasmaniensis LGP32 is a facultative intracellular pathogen of oyster hemocytes that resists phagocytosis and destroys hemocytes using different virulence factors. We have therefore undertaken to study the interactions between marine amoebae of the oyster environment and the vibrios in order to verify if some mechanisms of virulence could also play a role in this type of interactions. By performing field sampling, we demonstrated that the interaction between vibrios and amoebae is ecologically realistic and observed a low diversity of heterotrophic protists near the oyster tables of the Thau Lagoon compared to other less anthropogenic environments. Functional studies between LGP32 and the amoeba Vannella sp. AP1411 showed that LGP32 is able to resist amoeba predation involving certain virulence factors such as Vsm metalloprotease and CopA P-ATPase copper efflux pump which are also involved in the interaction of LGP32 with oysters. In contrast, other virulence factors implicated in the oyster are not involved in amoeba-predation resistance indicating that some factors are involved in interactions with various hosts while others would be involved in more specific interactions
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Barbot, Vanessa. "Implication des levures du genre Candida et des amibes libres dans le risque infectieux lié à l'eau – contexte des soins dentaires." Thesis, Poitiers, 2012. http://www.theses.fr/2012POIT1404/document.
Full textAbstract:
La contamination microbienne des units de soins dentaires (USD) est connue depuis les années 60. L'eau circule à l'intérieur des USD dans des conditions favorables au développement d'un biofilm (faible débit, nature des surfaces, stagnation). Ce biofilm, réservoir de micro-organismes potentiellement pathogènes, peut représenter un risque infectieux pour les patients et le personnel dentaire exposés à l'eau et aux aérosols générés lors des soins dentaires, en particulier s'ils sont immunodéprimés.Des micro-organismes provenant de l'eau, tels que les amibes libres, peuvent être retrouvés dans ce biofilm. Des protozoaires ubiquitaires de l'environnement du genre Acanthamoeba ou Hartmannella, connus comme pathogènes opportunistes chez l'Homme (kératites, méningo-encéphalites) et ayant la capacité de servir d'hôte pour le développement intracellulaire de certains microorganismes pathogènes (ex : Legionella pneumophila), ont en effet été isolés dans l'eau des USD.D'autre part, des micro-organismes provenant de la cavité buccale d'un patient peuvent également se retrouver dans le système d'eau des USD, en même temps que des traces de salive et/ou de sang, suite à un dysfonctionnement ou un mauvais entretien des valves anti-reflux des porte-instruments rotatifs. Les levures du genre Candida sont des commensaux du tube digestif humain, pathogènes opportunistes notamment responsables d'infections oro-pharyngées, et parfois retrouvées dans les USD.Ce travail a consisté d'une part en l'étude de la capacité de deux amibes libres : A. castellanii et H. vermiformis, ainsi que de trois espèces de Candida : C. albicans, C. glabrata et C. parapsilosis, à survivre dans l'eau, en présence ou non de salive. Les résultats montrent une influence dose-dépendante et espèce-dépendante de la salive sur la survie des trois levures, et aucun effet sur la viabilité des amibes. Des interactions ont pu être mises en évidence entre amibes libres et levures : A. castellanii est capable d'internaliser puis de digérer les trois espèces de levures, induisant leur élimination rapide, indépendamment de la présence de salive. En revanche, H. vermiformis permet la survie et la prolifération de Candida spp. dans l'eau, même en l'absence de salive.Enfin, dans une démarche de prévention et de lutte contre le risque infectieux lié à l'eau des USD, l'efficacité de différents traitements chimiques communément utilisés : le chlore (NaOCl), le peroxyde d'hydrogène (H2O2) et l'Oxygenal 6©, a été étudiée sur les différentes espèces de Candida et d'amibes libres. Ces traitements montrent une efficacité variable : le chlore requiert l'utilisation de concentrations élevées (>26 ppm) et peu compatibles avec l'usage courant des USD. Le H2O2 ne présente pas d'activité significative dans les conditions testées (de 0.07% à 0.9% v/v). En revanche, l'Oxygenal 6© apparaît le plus efficace pour l'éradication des levures du genre Candida et des amibes libres dans l'eau (dès 0.05%)Microbial contamination of dental unit waterlines (DUW) is known since the 60's. Water circulates throughout DUW with environmental conditions encouraging biofilm development (low flow, surface material, stagnation). This biofilm, which is a reservoir of potentially pathogenic micro-organisms, may represent an infectious risk for patients and dental staff exposed to water and aerosols generated during dental cares, in particular for immunocompromised persons. Micro-organisms coming from water, such as free-living amoebae (FLA), may be isolated in this biofilm. Protozoa belonging to Acanthamoeba or Hartmannella genera are ubiquitous in the environment; they are known to be opportunistic pathogens for Human (keratitis, meningo-encephalitis), to encourage intracellular development of some pathogenic micro-organisms (for example: Legionella pneumophila), and they have already been isolated in DUW.On the other hand, micro-organisms coming from the oral cavity of an infected patient may also be isolated in DUW water, mixed with saliva traces and/or blood, mainly because of the dysfunction or the poor maintenance of anti-retraction valves. Candida yeasts colonize human's oral cavity and digestive tract as commensals or opportunistic pathogens, thus implicated in oro-pharyngeal infections; they are sometimes isolated in DUW.This work focused first on the study of the survival capacity of two species of FLA: A. castellanii and H. vermiformis, and three species of yeasts: C. albicans, C. glabrata and C. parapsilosis, in water, with or without saliva. Results showed that the addition of saliva permitted both survival and proliferation of all three tested Candida species whereas no effect was observed on FLA growth. Then, interactions have been demonstrated between FLA and yeasts: A. castellanii were able to internalize and then digest the three tested yeasts species, inducing their rapid degradation, independently of saliva presence. Conversely, H. vermiformis were able to promote Candida survival and proliferation in water, with or without saliva.Finally, in order to prevent and fight against infectious risk associated with DUW water, the efficacy of commonly used chemical treatments: chlorine (NaOCl), hydrogen peroxide (H2O2) and Oxygenal 6©, was studied against the three species of Candida and the two species of FLA. These treatments showed a variable efficacy: chlorine was effective only using the highest tested concentrations (> 14 ppm), which are not compatibles with DUW use. H2O2 displayed no significant activity in the experimental conditions (0.07% to 0.9% v/v). Oxygenal 6© seemed to be the more effective for eradication of Candida yeasts and FLA, in water (even with 0.05% v/v)
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Qoraiche, Smaïl. "Dénombrement des amibes libres dans les eaux d'une station d'épuration de l'agglomération lyonnaise : interprétation génétique de l'analyse isoenzymatique des souches du genre Naegleria (Protozoa vahlkampfiidae) isolées." Lyon 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LYO1T196.
Full text
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Delafont, Vincent. "Diversité et implication des amibes libres dans la survie et la persistance des mycobactéries non tuberculeuses au sein d'un réseau d'eau potable." Thesis, Poitiers, 2015. http://www.theses.fr/2015POIT2278/document.
Full textAbstract:
Les amibes libres sont des microorganismes unicellulaires eucaryotes dont l'écologie au sein des réseaux d'eau potable est mal connue. Les amibes libres représentent un enjeu de santé publique, du fait de leur capacité à favoriser la présence de bactéries potentiellement pathogènes, parmi lesquelles des mycobactéries.Une campagne de prélèvement menée sur le réseau d'eau potable de Paris a permis d'évaluer la diversité des amibes libres et de leur microbiome bactérien, par pyroséquençage ciblant les gènes ribosomaux (16S et 18S). Ces analyses ont suggéré la prédominance des genres Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba et Protacanthamoeba. Le microbiome des amibes a révélé une grande diversité bactérienne, dominée par Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas et Pseudoxanthomonas. L'intégration des paramètres physicochimiques a permis de suggérer l'importance de l'origine de l'eau, la température, le pH et la concentration en chlore dans la dynamique des populations amibiennes. Une endosymbiose originale entre V. vermiformis et des bactéries du phylum TM6 a également été mise en évidence.Les amibes ont été fréquemment co-isolées avec des mycobactéries dans le réseau, principalement les espèces M. llatzerense et M. chelonae. Des expériences d'infection chez A. castellanii ont permis d'observer la capacité de ces mycobactéries à survivre et croitre en présence d'amibes. Par génomique comparative et analyses transcriptomiques, plusieurs facteurs de virulence, conservés entre M. llatzerense, M. chelonae et M. tuberculosis, ont été identifiés et sont surexprimés au cours de l'infection. Ces données suggérent leur implication dans la résistance à la prédation amibienne.L'ensemble de ces travaux a permis d'améliorer la connaissance des populations amibiennes et de leur microbiome au sein du réseau d'eau potable, apportant des éléments supplémentaires concernant leur implication dans la survie et la persistance des mycobactériesFree-living amoebae are unicellular eukaryotes whose ecology in drinking water networks remains poorly understood. They may represent a public health concern, because of their ability to favour the presence of potentially pathogenic bacteria, among which are mycobacteria.A sampling scheme based on Paris drinking water network allowed identifying the diversity of both freeliving amoebae and their bacterial microbiome, using ribosomal RNA targeted pyrosequencing. These analyses indicated the major presence of Acanthamoeba, Vermamoeba, Echinamoeba and Protacanthamoeba genera. The microbiome was highly diverse and dominated by Pseudomonas, Stenotrophomonas, Bradyrhizobium, Sphingomonas and Pseudoxanthomonas. The coupling of physicochemical parameters to this analysis allowed underlining the importance of water origin, temperature, pH and chlorine concentration in shaping amoebal populations. Also an original endosymbiosis between V. vermiformis and a bacterium of the TM6 phylum was described. Free-living amoebae were frequently co-isolated with mycobacteria in the water network, mainly M. llatzerense and M. chelonae species. Infection experiments on A. castellanii illustrated the capacity of these species to resist and grow in presence of amoebae. Through genomics and transcriptomics approaches, several virulence factors, conserved between M. llatzerense, M. chelonae and M. tuberculosis were identified, and found to be upregulated during infection experiments. These results suggest their involvement in mycobacterial resistance to amoebal predation.Altogether, this work helped to better understand the ecology of free-living amoebae and their microbiome in drinking water networks, as well as the role of free-living amoebae in the survival and persistence of mycobacteria in such environments
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Rolland, Steven. "Mise en évidence de gènes d'amibes libres impliqués dans l'interaction avec des bactéries intracellulaires." Thesis, Poitiers, 2019. http://www.theses.fr/2019POIT2281.
Full textAbstract:
Les amibes libres sont des protistes qui colonisent des systèmes aqueux naturels ou artificiels. Certaines souches parmi le genre Acanthamoeba sont responsables de pathologie infectieuse chez l’Homme. Par ailleurs, en réponse à des stress environnementaux, les amibes se différencient en une forme de résistance appelée kyste, les protégeant ainsi contre les conditions de vie défavorable. Les amibes libres sont décrites comme des réservoirs environnementaux pour de nombreux pathogène de l’Homme, telle que la bactérie Legionella pneumophila, agent responsable d’une forme grave de pneumonie : la légionellose. Durant ma thèse, nous nous sommes intéressés aux gènes d’amibes libres pouvant être impliqués dans la biologie de l’amibe, notamment l’enkystement, et lors de l’interaction avec L. pneumophila. Pour cela, plusieurs protéines d’A. castellanii ont été sélectionnées à partir d’une analyse protéomique d’amibes infectées par cette bactérie. La surexpression de ces gènes dans l’amibe n’affecte pas la croissance intracellulaire de L. pneumophila. Cependant, la surexpression de deux de ces gènes inhibe partiellement le processus d’enkystement. L’une d’entre elles, la protéine Erat, a été analysée plus en détails. C’est une N-acétyltransferase-like de la famille des GNATs, d’origine possiblement procaryotique, et dont l’expression est fortement réprimée durant l’enkystement. L’ensemble de ces travaux a permis de développer des outils moléculaires sur le modèle A. castellanii, ainsi que d’améliorer la connaissance sur la physiologie de l’amibe et notamment sur le processus d’enkystementFree-living amoebae are protists who colonize natural and artificial environments. Some strains of the genus Acanthamoeba are human pathogens. In addition, in response to environmental stresses, amoebae can differentiate into a resistant form called cyst, protecting them from adverse conditions. Free-living amoebae are described as environmental reservoirs for many bacterial pathogens, such as Legionella pneumophila, a bacteria responsible for a serious form of pneumonia, called legionellosis. During this study, we were interested in the genes of A. castellanii that could be involved in amoebal physiology, especially encystment, and during interaction with L. pneumophila. For this purpose, several proteins of A. castellanii were selected from a proteomic analysis of L. pneumophila infected amoebae. The gene overexpression in the amoeba did not affect the intracellular growth of L. pneumophila. However, the overexpression of two of these genes partially inhibited the encystment process. One of them, the Erat protein, was analyzed in more details. It is an N-acetyltransferase-like of the GNAT family, has a potential prokaryotic origin, and its expression was strongly repressed during encystment. To conclude, this work led to the development of molecular tools on the A. castellanii model, as well as to improve knowledge on the amoebal physiology and in particular on the encystment process
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Dey, Rafik. "Étude comparée de la prolifération de Legionella pneumophila dans différents hôtes amibiens et de leurs inter - relations : implication potentielle de phospholipides aminés." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00650228.
Full textAbstract:
Il est aujourd'hui bien établi que les amibes libres jouent le rôle de vecteurs à la bactérie pathogène Legionella pneumophila favorisant ainsi son développement et sa propagation dans l'environnement. Ainsi, et jusqu'à maintenant, toutes les espèces d'amibes libres étudiées ont démontré une capacité à soutenir et favoriser la croissance de la bactérie responsable des légionelloses. Toutefois, l'ensemble des études a porté sur un nombre restreint d'espèces amibiennes, et leurs capacités relatives à soutenir la croissance bactérienne n'ont que très peu été abordées. Nous avons comparé la capacité de différentes espèces amibiennes à soutenir la prolifération de différentes souches de L. pneumophila du sérogroupe 1. Ces études ont mis en évidence les propriétés particulières d'une souche d'amibe appartenant à l'espèce Willaertia magna. Cette souche présente, au contraire de toutes les autres espèces, la capacité à inhiber et diminuer la prolifération de certaines souches de L. pneumophila. Nous avons par ailleurs pu démontrer l'existence d'une phagocytose interamibienne entre différentes espèces d'amibes, un phénomène jamais mis en évidence à notre connaissance. Les conséquences de cette phagocytose interamibienne sur la croissance et la prolifération de L. pneumophila sont aussi rapportées. La microscopie électronique suggère fortement que la bactérie L. pneumophila ne peut inhiber la fusion phagolysosomale chez W. magna à l'inverse du phénomène observé chez les espèces amibiennes permissives. Ces observations démontrent l'importance de phénomènes membranaires dans la capacité des bactéries à parasiter leur hôte amibien. L'analyse comparée de la composition lipidique des membranes de différentes espèces amibiennes montre chez W. magna une expression élevée de phosphatidylcholine. L'inhibition de la voie de biosynthèse de ce phospholipide par méthylation de phosphatidyléthanolamine résulte en une forte diminution de la croissance amibienne, suggérant que cette voie métabolique joue un rôle important dans les capacités de résistance de W. magna.
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Goudot, Sébastien. "Étude des facteurs d'influence de l'écologie de Naegleria fowleri dans les biofilms." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0304/document.
Full textAbstract:
Dans l'objectif d'anticiper et de réduire la prolifération de l'amibe pathogène Naegleria fowleri dans les circuits de refroidissement de certaines centrales électriques, notre travail vise à mieux comprendre l'écologie de cette amibe dans des environnements complexes tels que les biofilms d'eau douce récemment reconnus comme niche écologique préférentielle des amibes libres. Des essais de laboratoire ont été réalisés pour déterminer l'impact des facteurs environnementaux naturels et anthropiques: température, nature du matériau support de la formation du biofilm, charge nutritionnelle et monochloramination sur le comportement et le devenir de Naegleria fowleri dans le biofilm. Ces travaux ont permis de démontrer que la survie, l'implantation, la croissance, le maintien et le déclin de Naegleria fowleri dans les biofilms sont principalement gouvernés par la concomitance des facteurs température et ressource nutritive. Les autres facteurs: nature du matériau, désinfection à la monochloramine et compétition amibienne, se présentent plutôt comme des paramètres de perturbation ou d'inhibition de cette dynamique. Par ailleurs, les résultats obtenus sur la colonisation du biofilm par les amibes confortent le rôle prépondérant de cet habitat comme réservoir naturel des amibes libres et Naegleria fowleriThis study is aiming at preventing and reducing the proliferation of the pathogenic free-living amoeba Naegleria fowleri in several power plant cooling circuits. This work contributes to provide a better understanding of the ecology of this amoeba in complex environments such as freshwater biofilms, which recently has been recognized as privileged ecological niche for free-living amoebae. Laboratory tests were conducted to determine the impact of environmental factors such as temperature, type of support material for the biofilm formation, nutritional resources and monochloramination treatment on the behavior and the fate of Naegleria fowleri in the biofilm. This work has demonstrated that the survival, implantation, maintain, growth and decline of Naegleria fowleri in biofilms are mainly governed by a combination of the temperature and nutritional resource factors. The other factors: type of support material, monochloramination treatment, and amoebic competition, appeared rather as disruptive or inhibitory parameters of this dynamic. Moreover, the obtained results for the amoebic colonization of the biofilm matrix confirm the crucial role of this habitat as natural reservoir for free-living amoebae and Naegleria fowleri
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Freitas, Adilson Alves de. "Estudos de incorporação de solutos não-iônicos em micelas de detergentes zwitteriônicos." Universidade de São Paulo, 2001. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46132/tde-11102007-095443/.
Full textAbstract:
Entre as mais importantes propriedades de soluções aquosas micelares está a capacidade de incorporar substâncias orgânicas com diferentes polaridades e graus de hidrofobicidade. Como demonstrado por Quina et aI. (J Phys. Chem., 1995, 99, 11708-11714), um dos métodos mais promissores para a obtenção de correlações entre e a eficiência de solubilização em micelas e as estruturas do soluto e do detergente é através do uso de relações lineares de energia livre (LSERs). No presente trabalho, investigou-se a incorporação de uma série de solutos neutros em micelas dos detergentes zwitteriônicos dimetil-hexadecilamônio-propano sulfonato (CDAPS; 31 solutos) e o N-óxido de dimetil-dodecilamina (DDAO; 33 solutos), bem como em micelas catiônicas da forma protonada de DDAO (DDAOH+; 33 solutos). As constantes de incorporação dos solutos foram determinadas experimentalmente por meio de técnicas fotofísicas, métodos de solubilização e cromatografia líquida e gasosa. A análise dos resultados foi efetuada através de técnicas de regressão múltipla, obtendo-se as seguintes LSERs: CDAPS: Log Ks = - 0,55 + 0,99 R2 - 0,82 π2 + 0,36 Σα2 - 0,99 Σβ2 + 2,73 Vx DDAOH+: Log Ks = - 0,68 + 1,30 R2 - 0,78 π2 + 0,67 Σα2 - 1,45 Σβ2 + 2,29 Vx DDAO: Log Ks = - 0,46 + 0,89 R2 - 0,61 π2 + 0,82 Σα2 - 1,66 Σβ2 + 2,59 Vx onde Σα2 e Σβ2 representam a \"acidez\" e a \"basicidade\" do soluto, com relação à formação de pontes de hidrogênio, R2 corresponde à refração molar em excesso, π2 representa a dipolaridade e Vx é o volume molar do soluto. As LSERs obtidas indicam que os detergentes zwitteriônicos formam sistemas distintos dos demais estudados até o momento. No entanto, os sistemas DDAO e DDAOH+ apresentam LSERs muito semelhantes entre sí, sugerindo que a incorporação dos solutos não é afetada por uma mudança da estrutura (carga) da cabeça do detergente.One of the most important properties of aqueous micellar solutions is their capacity to incorporate organic solutes with different degrees of polarity and hydrophobicity. As demonstrated by Quina et aI. (J. Phys. Chem., 1995, 99, 1170811714), one of the most promissing methods for obtaining correlations between solubilization eficiency and the solute and surfactant structure is via the use of linear solvation energy relationships (LSERs). The present work investigates the incorporation of a series of neutral solutes in micelles of the zwitterionic detergents hexadecyldimethylammonium propanesulfonate (CDAPS; 31 solutes) and the N-oxide of dodecyldimethylamine (DDAO; 33 solutes), as well as in the cationic micelles of the protonated form of DDAO (DDAOH+; 33 solutes). The incorporation constants were determined experimentally by photophysical techniques, from solubility measurements and by liquid and gas chromatographic methods. Analysis of the results by multiple regression techniques led to the following LSERs: CDAPS: Log Ks = - 0,55 + 0,99 R2 - 0,82 π2 + 0,36 Σα2 - 0,99 Σβ2 + 2,73 Vx DDAOH+: Log Ks = - 0,68 + 1,30 R2 - 0,78 π2 + 0,67 Σα2 - 1,45 Σβ2 + 2,29 Vx DDAO: Log Ks = - 0,46 + 0,89 R2 - 0,61 π2 + 0,82 Σα2 - 1,66 Σβ2 + 2,59 Vx where Σα2 and Σβ2 are the hydrogen bond acidity and basicity of the solute, R2 is the excess molar refraction, π2 is the dipolarity and Vx corresponds to the molar volume of the solute. The LSERs obtained demonstrate that zwitterionic surfactants are distinct from the other systems investigated previously. However, the similarity of the LSERs of DDAO and DDAOH+ suggests that incorporation of solutes is not affected by changes in the structure (charge) ofthe polar headgroup.
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Cote, Yoann. "Theory and molecular dynamics simulations of the local dynamics and free energy profiles of proteins : application to the interpretation of protein NMR data." Thesis, Dijon, 2012. http://www.theses.fr/2012DIJOS075.
Full textAbstract:
Comprendre la dynamique locale des protéines dans leur état natif (structure repliée etfonctionnelle) est essentiel pour comprendre leur dynamique globale et leur fonction biologique. Aucours de cette thèse, nous avons étudié la dynamique locale de plusieurs petites protéines enmesurant les fluctuations de sondes locales le long de la séquence d’acide aminé de ces protéines.Nous avons essayé de comprendre la dynamique de ces sondes locales, comment celles-ci serelaxaient entre leurs différentes conformations, comment leurs fluctuations étaient corrélées lesunes aux autres et comment peuvent-elles être reliées à la fonction biologique des protéines.Dans les trois premiers chapitres, nous introduisons les concepts du mouvement Browniende rotation libre, de la spectroscopie par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) et de ladynamique moléculaire (DM). Dans les chapitres 4 et 5, nous avons étudié la dynamique desliaisons amides de la chaine principale (backbone) des protéines sur leurs paysages d’énergie libre.Dans le chapitre 4, nous avons démontré que les fluctuations des liaisons amide dubackbone de la protéine VA3 sont décrites par une diffusion rotationnelle anormale plutôt que parune diffusion rotationnelle libre généralement utilisée pour interpréter les données RMN enrelaxation de spins et en couplage résiduel dipolaire. [...] Dans le chapitre 5, nous avons démontré la diffusion rotationnelle anormale de ces liaisons jusqu’à une échelle de temps de 100 ns en utilisant dix simulations de DM de 1 μs de la protéineUbiquitine. Nous avons aussi étudié la convergence des paramètres RMN extraits des trajectoiresde DM en fonction de leur durée. [...] Dans le chapitre 6, nous avons réalisé une l’étude de la corrélation entre les mouvements du backbone et des chaines latérales des protéines. [...] Dans la première partie du dernier chapitre de cette thèse, nous avons étudié l’évolution de la corrélation dynamique entre les chaines latérales et la chaine principale d’une protéine durant des évènements de dépliement/repliement. Pour cette étude préliminaire, nous avons utilisé unesimulation de DM d’un « ultra-fast folder » nommé Trp-cage réalisée à 380K. Nous avons confirméles résultats précédemment trouvés pour les protéines dans leur état natif. Nous avons observél’augmentation de la corrélation entre les séries temporelles yn(t) and δn(t) pendant un évènementde dépliement caractérisé par la sortie du tryptophane de sa cage. Un paramètre stérique s aégalement été défini afin de quantifier les intéractions des chaines latérales avec leurenvironnement. Dans une seconde partie de ce dernier chapitre, nous présentons une étudepréliminaire du dépliement d’un « downhill folder » nommé gpW sous contrainte d’une force. Pourcaractériser le dépliement de la protéine gpW, nous avons calculé les chemical shifts des atomes Cª et Hⁿ du backbone le long de sa séquence en fonction d’une coordonnée réactionnelle choisie comme étant la distance entre les Cª de résidus C- et N- terminaux. Nous avons démontré qu’il était difficile de discerner un comportement particulier à partir des tous les chemical shifts en fonction de la distance. Cependant, en moyennant la valeur des chemical shifts en sur tous lesrésidus de la protéine nous trouvons que l’évolution de cette valeur moyenne en fonction de ladistance permettait de décrire les évènements du dépliement de la protéine en fonction de lacoordonnée de réaction durant la simulation de DMUnderstand the local dynamics of proteins in their native state, i.e. in their folded functionalstructure, is a prerequisite to understand their global dynamics and their biological function. In thepresent thesis, we investigated the local dynamics of several small proteins by recording thefluctuations of local probes along the amino-acid sequence of those proteins. We tried tounderstand the dynamics of the local probe, i.e. how they relax between their differentconformations, how their fluctuations are correlated to each other, how their fluctuations arerelated to the function of the proteins. In the first three chapters, we introduced the concepts of the free rotational Brownian motion, of the Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy and of the Molecular Dynamics (MD)simulations. In chapters 4 and 5, we studied the dynamics of the backbone amide bonds of theproteins on their free-energy landscape. In chapter 4, we demonstrated that the fluctuations of the backbone amide bonds of the protein VA3 are described by a rotational anomalous diffusion rather than by a free rotationaldiffusion, as often assumed in the interpretation of the raw NMR-measured data (Spin relaxation(SR) data and Residual Dipolar Coupling (RDC) data. [...] In chapter 5, we demonstrated the anomalous diffusion of backbone amide bonds up to 100 ns by using ten MD trajectories of 1 μs of duration for the protein ubiquitin. We also studied the convergence of the NMR-derived parameters extracted from the MD trajectories in function of their duration. [...] In chapter 6, we addressed the question of the correlation between the motions of the side chains and main chain of a protein. [...] In the first part of the final chapter of the present thesis, we investigated the evolution of the correlation between the side-chain and the main-chain motions of a protein during unfolding/folding events. In this preliminary work, we used a single MD simulation of the ultrafast folder Trp-cage performed at 380 K. We confirmed the results found for proteins in theirnative state. We observed an increase of the correlation between the two time series yn(t) and δn(t) during an unfolding event characterized, here, by the exit of the TRP residue of its “cage”.A steric parameter s was also defined in order to quantify interactions of the amino-acid side chainwith its environment. In a second part of the last chapter, we present a preliminary study of theunfolding of the downhill folder gpW under a mechanical force. To characterized the unfolding ofgpW, we computed the chemical shift of the Cª and of the Hⁿ atoms along the amino-acidsequence of the protein in function of a reaction coordinate: the distance, rCªCª , between the Cª atoms of the N and C terminal residues. We demonstrated that it is hard to distinguish a typical behavior of all the chemical shift of all the residues along the amino-acid sequence in function of the distance rCªCª . However, by averaging the chemical shift over all the residues of the protein we found that the evolution of the average value of the chemical shift described the unfolding eventsof the protein during the MD simulations
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Guichard, Vincent. "Etude par spectrometrie raman de resonnance d'amines a l'etat de radical-cation et a l'etat triplet : contribution a l'etude des etats radicalaires et excites des derives benzeniques." Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066276.
Full textAbstract:
Etude structurale par spectrometrie raman de resonance des etats monocationique et triplet de quelques amines aromatiques, composes modeles de photochimie. Analyse des spectres de plusieurs especes structuralement proches. On montre que les etats ionises et triplet des benzenes substitues par des groupes mesomeres donneurs ont plusieurs points communs qui resultent d'interactions orbitalaires analogues entre le cycle benzenique et le substituant
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Potin-Gautier, Martine. "Photoamidation d'olefines fluorees, en milieu homogene et en milieux microemulsions non aqueux." Toulouse 3, 1987. http://www.theses.fr/1987TOU30011.
Full textAbstract:
Les amides perfluores et mixtes (a doubles chaines hydrogenee et perfluoree) sont des precurseurs de tensioactifs susceptibles d'ameliorer les proprietes des mousses extinctrices, par diminution de la tension interfaciale entre l'eau et l'huile par un meilleur etalement de la mousse. Ces amides sont synthetises par photoamidation d'olefines : r::(f)-ch=ch::(2), r::(f)-ch=ch-r::(h), r::(f)-ch::(2)-ch=ch-r::(h) dans le t-butanol et dans des microemulsions de formamide
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Diercxsens, Nicolas. "Synthèse d’amidines et de composés trifluorométhylés par le biais de molécules hautement réactives." Thèse, 2017. http://hdl.handle.net/1866/20038.
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