Academic literature on the topic 'Analyse des voies métaboliques'

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Dissertations / Theses on the topic "Analyse des voies métaboliques"

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Moulin, Cécile. "Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire : application au métabolisme du cancer." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASG022.

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Abstract:
L’objectif de cette thèse est d’étudier comment la cellule mammifère adapte son métabolisme aux étapes du cycle cellulaire. Le cycle cellulaire est l’ensemble des étapes menant une cellule à se diviser. Le rôle du métabolisme est de fournir à la cellule les éléments et l’énergie dont elle a besoin pour fonctionner. En particulier, à chaque étape du cycle cellulaire, la cellule a besoin de différents éléments pour pouvoir, à terme, se diviser correctement. Il est donc crucial pour la cellule de coordonner le métabolisme et le cycle cellulaire et en particulier de contrôler ce que le métabolisme produit au cours du cycle cellulaire. Pour mieux comprendre ce lien entre ces deux processus, nous avons étudié comment un modèle mathématique du métabolisme répondait à différentes variations imposées par le cycle cellulaire et nous avons comparé ces réponses à la littérature. Satisfaits des résultats obtenus, nous avons alors construit un modèle hybride représentant l’évolution du métabolisme au cours du cycle cellulaire. Nous retrouvons dans ce modèle hybride les grandes variations connues des voies métaboliques au cours des phases du cycle cellulaire ainsi que des variations expérimentales des métabolites énergétiques et redox. Encouragés par ces résultats, nous avons finalement perturbé notre modèle hybride pour retrouver des tendances du métabolisme dues au cancer, un ensemble de maladies touchant à la fois le cycle cellulaire et le métabolisme<br>The goal of this thesis is to study how the mammal cell adjusts its metabolism to the steps of the cell cycle. The cell cycle is the series of events leading a cell to divide itself. The purpose of the metabolism is to supply the cell with all the elements and the energy it needs to work. In particular, at every step of the cell cycle, the cell needs different elements to properly divide itself. So, it is crucial for the cell to coordinate the metabolism and the cell cycle and in particular to control what the metabolism produces through the cell cycle. To have a better understanding of the links between these two processes, we studied how a mathematical model representing the metabolism answered to different variations imposed by the cell cycle and we compared those answers to the literature. Satisfied by the results, we therefore built a hybrid model representing the evolution of the metabolism through the cell cycle. We recover in this hybrid model the main known variations of the metabolism through the cycle’s phases as well as experimental variations of the energetic and redox metabolites. Encouraged by these results, we finally disturbed our hybrid model to recover metabolic tendencies due to cancer, a set of diseases affecting both the metabolism and the cell cycle
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Dupont, Pierre-Yves. "Conception d'outils bioinformatiques pour la modélisation de voies métaboliques et de leur régulation." Thesis, Clermont-Ferrand 1, 2011. http://www.theses.fr/2011CLF1MM27/document.

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Abstract:
La biologie des systèmes actuelle s’appuie sur des techniques d’analyse biologique à haut débit comme la transcriptomique ou la métabolomique. Cependant, ces techniques haut débit ont leurs limites et peuvent générer des erreurs. En croisant les résultats de différentes techniques d’analyse biologique, nous espérons pallier une partie de leurs limites. À cet effet, nous avons commencé à développer une plateforme de modélisation, MPSA (Metabolic Pathways Software Analyzer), permettant d’intégrer les données générées à des réseaux métaboliques. MPSA permet de représenter les graphes de voies métaboliques, d’effectuer des simulations basées sur la résolution de systèmes d’équations différentielles et d’étudier la structure des réseaux métaboliques par le calcul et la représentation des modes élémentaires. Nous avons développé différentes applications web permettant, d’une part, l’interprétation des résultats biologiques en utilisant des bases de données et, d’autre part, leur export vers MPSA. La base de données centrale de ce développement est myKegg, incluant l’ensemble des voies métaboliques humaines de la base de données publique KEGG ainsi qu’une base de synonymes construite elle aussi à partir de KEGG. Cette base permet d’identifier des voies métaboliques et de les importer dans MPSA. Une base de données de métabolomique, BioNMR, a aussi été construite spécifiquement pour organiser les résultats générés à partir de spectres de RMN. Une autre application web, GeneProm, a été développée pour l’analyse de promoteurs de gènes ou promotologie. Un protocole d’étude a été mis au point et testé sur un groupe de 4 gènes codant pour les isoformes 1 à 4 de la protéine ANT, transporteur mitochondrial d’ATP, chacune ayant un rôle et un profil d’expression spécifique dans la bioénergétique cellulaire. L’étude par promotologie de ces 4 gènes a permis d’identifier des éléments de régulation spécifiques dans leurs séquences promotrices et d’identifier des gènes potentiellement co-régulés. Ces gènes peuvent ensuite être exportés vers notre plateforme MPSA. L’ensemble de ce développement sera inclus au projet de plateforme intégrative de l’Unité de Nutrition Humaine de l’INRA<br>Current systems biology relies on high-throughput biological analysis techniques such as transcriptomics or metabolomics. However, these techniques may generate errors. By crossing results from different analysis techniques, we hope to avoid at least part of these limits. For that purpose, we started to develop a modeling platform, MPSA (Metabolic Pathways Software Analyzer). MPSA allows integrating biological data on metabolic pathways. MPSA also ensures the display of metabolic pathways graphs, the simulation of models based on ordinary differential equations systems solving and the study of network structures using elementary flux modes. We have developed several web applications allowing on the one hand to interpret biological results by using databases, and on the other hand to export these data to MPSA. The main database of this work is myKegg. It includes all human KEGG metabolic pathways and a list of synonyms for human KEGG entries. This base allows to identify metabolic pathways from a list of biological compounds and to import them in MPSA. Another database, BioNMR, has been developed to organize the data extracted from NMR spectra. Another web application named GeneProm has been developed to analyze gene promoters. A promotology protocol was developed and tested on a set of four genes coding for the four ANT (adenine nucleotide translocator) protein isoforms. Each ANT isoform has a specific expression profile and role in cell bioenergetics. The promotology study of these four genes led us to construct specific regulatory models from identified regulatory elements in their promoter sequence. Potentially co-regulated genes were deduced from these models. Then they can be exported to our MPSA platform. This whole development will be included in the project of Integrative Biology platform in the INRA Human Nutrition Unit
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Rabatel, Andréane. "Développement embryonnaire du puceron Acyrthosiphon pisum : caractérisation de voies métaboliques et gènes clé dans les interactions trophiques avec Buchnera aphidicola." Phd thesis, INSA de Lyon, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00673174.

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Abstract:
Les pucerons sont parmi les principaux ravageurs des cultures dans les régions tempérées. Leur succès comme parasites de plantes repose sur leur fort potentiel reproductif dû à la parthénogénèse durant le printemps et l'été ainsi qu'à la symbiose avec Buchnera aphidicola. Cette bactérie symbiotique obligatoire fournit aux pucerons les acides aminés essentiels qui sont déficients dans leur alimentation déséquilibrée (la sève élaborée des plantes), et contribue ainsi à leur développement et reproduction. Le premier volet de ce travail de thèse a consisté à déterminer les besoins en acides aminés des différents stades embryonnaires, afin d'identifier des facteurs clé de l'association symbiotique au cours du développement du puceron du pois Acyrthosiphon pisum. Cette étude, conduite sur des embryons prélevés in vivo ou mis en culture in vitro, a révélé i) des exigences métaboliques évoluant au cours de développement du puceron, ii) une dépendance au compartiment maternel pour l'approvisionnement des embryons en acides aminés, et iii) de forts besoins en acides aminés aromatiques, notamment en tyrosine, pour les stades embryonnaires tardifs et le premier stade larvaire précoce. Le deuxième volet de cette thèse a alors eu pour objectif l'identification de gènes cibles à l'intérieur des voies révélées par l'approche métabolique. A l'aide d'une puce à ADN dédiée au génome du d'A. pisum, les profils d'expression des gènes du puceron ont été analysés au cours de son développement embryonnaire. L'analyse fonctionnelle des différents groupes de gènes montre que ceux liés au métabolisme des acides aminés présentent de hauts niveaux d'expression et des variations significatives entre les différents stades. La voie métabolique des acides aminés aromatiques et tout particulièrement les gènes menant à la synthèse de la tyrosine, ainsi que les gènes/voies liés à la formation et à la maturation de la cuticule, sont parmi les plus sollicités chez les embryons tardifs. L'ensemble des résultats obtenus par les approches métabolique et transcriptomique suggère une synthèse et une accumulation de tyrosine au cours du développement embryonnaire, en vue de son utilisation comme précurseur pour la sclérotisation et le tannage cuticulaire après la ponte. Le dernier volet de ce travail de thèse a consisté en une analyse fonctionnelle du rôle du gène ACYPI007803, codant l'enzyme catalysant la synthèse de la tyrosine à partir de la phénylalanine, par la technique d'ARN interférence (RNAi). Une augmentation de la mortalité des larves pondues par les femelles traitées est corrélée à la diminution de l'expression du gène cible dans les compartiments symbiotiques (les chaines embryonnaires et les bactériocytes maternels) et confirme le rôle clé du gène ACYPI007803 dans le développement des embryons chez le puceron du pois.
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Gabriel, Andréa-Wiktor. "Le pluralisme des voies d’écologisation de la gestion des biomasses résiduaires en agriculture : analyse à partir des réseaux métaboliques et étude de cas dans la vallée de la Drôme." Thesis, université Paris-Saclay, 2021. http://www.theses.fr/2021UPASB017.

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Abstract:
Les biomasses résiduaires (BR) (ex. effluents d’élevage, résidus de cultures, déchets verts et urbains) jouent un rôle clé en agriculture. La modernisation de l’agriculture depuis le XIXe siècle a profondément transformé leur métabolisme, entraînant appauvrissement des sols, pollutions, perte d’autonomie des exploitations agricoles et des territoires en matière de fertilisation.Aujourd’hui, des faits scientifiques solides démontrent la nécessité d’une écologisation de la gestion des BR, mais la nature de cette écologisation fait débat. Des visions radicalement différentes de ce que devraient être les bases biophysiques du fonctionnement de nos sociétés coexistent et mettent en tension nos communautés humaines et scientifiques. Cette thèse vise à apporter un cadre analytique pour une mise en dialogue des multiples voies d’écologisation : les réseaux métaboliques. L’étude a été conduite dans la vallée de la Drôme, terrain emblématique du développement de l’agriculture biologique. Les productions diversifiées, les flux de BR ainsi que les multiples valeurs accordées au métabolisme par les agriculteurs offrent un terrain d’exploration permettant de penser les contradictions, les tensions mais aussi les complémentarités pour l’action entre deux voies d’écologisation contrastées : d’une part la voie ingénieuriale de l’optimisation et du “bouclage des flux” (l’écologie industrielle) et d’autre part, le fait de cultiver des attachements avec le reste du vivant au travers de multiples valeurs, au delà du seul utilitarisme économique (l’écologie des terrestres). Cette étude dresse les perspectives d’une écologisation plus pragmatique, qui ne ferait pas l’économie du pluralisme des savoirs<br>Abstract: Residual biomass (RB) (e.g. livestock effluents, crop residues, green and urban waste) plays a key role in agriculture. The modernization of agriculture since the 19th century has profoundly transformed their metabolism, leading to soil impoverishment, pollution and loss of autonomy of farms and territories in terms of fertilization.Today, solid scientific facts prove the need for an ecologization of RB management, but the nature of this ecologization is debated. Radically different visions of what should be the biophysical basis of the functioning of our societies coexist and put our human and scientific communities in tension. This thesis aims to provide an analytical framework for a dialogue between the multiple pathways of ecologization: the metabolic networks. The study was conducted in the Drôme valley, a region well knowned for the development of organic agriculture. The cartography of production and flows of RB as well as the description of the multiple values given by farmers to the metabolism of RB allow us to think the tensions and complementarities between two contrasting paths of ecologization: the engineering path of optimization and "closing the loop" (industrial ecology) and cultivating bounds with the rest of the living through multiple values, beyond economic utilitarianism (the earthbound).This thesis draws up the perspectives of a more pragmatic path towards ecologization
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Mahout, Maxime. "Logic programming tools for metabolic fluxes analysis and biological applications." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2023. http://www.theses.fr/2023UPASG086.

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Abstract:
En biologie des systèmes, l'analyse des voies métaboliques est une méthode essentielle pour étudier le métabolisme et améliorer la compréhension du fonctionnement des systèmes vivants. Deux concepts clés sont l'analyse des modes élémentaires de flux (EFMs), qui permet de décrire les réseaux métaboliques en termes de voies minimales, et les Minimal Cut Sets (MCSs), représentant les coupures minimales de flux du réseau en termes de réactions. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé une méthode de programmation logique pour le calcul des modes élémentaires de flux: aspefm. L'outil est une méthode de raisonnement automatique à base de Answer Set Programming (ASP), étendue par des contraintes linéaires. Cette approche permet de récupérer des voies lorsque les méthodes classiques ne le peuvent pas, d'interroger directement le réseau et d'éviter l'explosion en mémoire. La méthode peut prendre en compte des contraintes biologiques importantes de tous types, ce que nous avons illustré sur un réseau central d'Escherichia coli. Elle est aussi applicable aux réseaux à l'échelle du génome, et calcule plus aisément des solutions de large taille que les méthodes à base de programmation linéaire. Notre méthode a été appliquée, à la bactérie pathogène Pseudomonas aeruginosa (PA) qui est présente dans 80% des plaies chroniques. PA utilise des stratégies écologiques différentes de celles des bactéries modèles comme E. coli. Elle est retrouvée généralement dans les plaies chroniques avec une autre bactérie infectieuse, Staphylococcus aureus (SA). Nous supposons que leurs deux métabolismes sont complémentaires, ce qui permet une production de biomasse plus élevée conduisant à des mauvais pronostics pour les patients. L'extension de notre outil aspefm à l'analyse des MCSs sur un modèle de consortium de ces deux bactéries nous a permis de retrouver des métabolites dont l'échange entre les deux bactéries permettrait de compenser des phénotypes prédits létaux, ainsi que d'explorer des cibles thérapeutiques potentielles contre les bactéries. Par ailleurs, dans un autre cadre, nous avons appliqué notre méthode de calcul au métabolisme de la cellule cancéreuse humaine et à la formation du stroma tumoral<br>In systems biology, metabolic pathways analysis is an essential method to study metabolism and improve the understanding of biological systems. Key concepts include Elementary Flux Modes (EFMs), describing metabolic networks in terms of minimal pathways, and Minimal Cut Sets (MCSs), representing minimal cutting sets of reactions affecting network flux. In the scope of this thesis, we developed a logic programming method for the computation of Elementary Flux Modes: aspefm. The tool is an automatic reasoning method based on Answer Set Programming (ASP), extended by linear constraints. This approach allows one to get minimal pathways when classical methods are unable to, and to directly query the network, helping with memory usage considerations. Important biological constraints of many different kinds can be integrated into the program, which we illustrated on a central metabolic model of Escherichia coli. The method is also applicable to genome-scale metabolic models, showing better performance than linear programming-based methods on enumeration of large-size solutions. The method was applied to the pathogenic bacterium Pseudomonas aeruginosa (PA) found in 80% of chronic wounds. PA uses different ecological strategies than model bacteria. PA is commonly co-isolated from wounds with another opportunistic pathogen, Staphylococcus aureus (SA), and it is hypothesized the metabolisms of the two bacteria are complementary enabling higher biomass production and increasing wound bioburden leading to poor patient outcomes. We extended our tool aspefm to the analysis of MCSs on a consortium model of these two bacteria, permitting us to retrieve exchanged metabolites involved in the recovery of growth after several intervention strategies, and leading to insights about potential therapeutic targets against the two bacteria. Furthermore, in an other context, we applied our computation method to cancer cell metabolism and tumoural stroma formation
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Scalabre, Aurélien. "Étude clinique des modifications du profil métabolique urinaire secondaires à une anomalie congénitale de l’écoulement des urines par Résonance Magnétique Nucléaire et analyse métabolomique." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1272/document.

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Abstract:
Les dilatations des voies urinaires de diagnostic anténatal (DVU) peuvent être transitoires, ou correspondre à une anomalie significative de l'écoulement des urines pouvant entrainer une dégradation de la fonction rénale. L'identification de biomarqueurs urinaires pourrait contribuer à différencier précocement les uropathies des dilatations transitoires. La métabolomique permet l'identification de toutes les molécules de bas poids moléculaire présentes dans un échantillon biologique et la mise en évidence d'une signature métabolique associée à un événement physiopathologique. L'objectif principal de cette thèse est l'identification de marqueurs urinaires pronostiques chez les nouveaux nés présentant une DVU de diagnostic anténatal, par spectroscopie RMN et analyse métabolomique.Soixante-dix nouveau-nés ayant une DVU unilatérale et 90 témoins ont été inclus dans cette étude prospective. Tout d'abord, nous comparons la précision de différentes classifications échographiques pour l'évaluation du risque d'intervention chirurgicale.Ensuite, nous montrons l'absence de différence significative entre les profils métaboliques urinaires des nouveau-nés ayant une DVU et ceux des témoins. Dans une troisième partie, nous démontrons l'influence significative de l'âge, du poids et de la taille sur le profil métabolique urinaire des nouveau-nés. Enfin, nous montrons l'évolution du profil métabolique urinaire avec la croissance chez les nourrissons ayant une DVU.Ce travail permet une meilleure compréhension de la physiopathologie des DVU et de la maturation métabolique des nouveau-nés. Il contribue à identifier des biais potentiels dans les études métaboliques en néonatologie<br>The prenatal finding of unilateral Urinary Tract Dilatation (UTD) can be transient or represent a significant urinary flow impairment that would lead to progressive deterioration of renal function. Identifying urinary biomarkers could help to differentiate uropathy requiring surgical management from transient dilatation at an early stage.Metabolic phenotyping studies provide untargeted quantification of all detectable low molecular-weight molecules by profiling without any a priori the metabolic signatures of biological samples in connection to physiopathological events.The main objective of this study is to identify diagnosis and prognosis urinary markers for uropathy in newborns with prenatally diagnosed unilateral UTD using 1H-NMR spectroscopy combined with multivariate statistical analyses.A total of 70 newborns with unilateral UTD and 90 controls were included in this prospective study. First, the usefulness of different ultrasound grading systems in predicting the need for surgical intervention is evaluated. Then, we report the absence of significant difference between the urinary metabolic profiles of newborns with UTD and controls. In thethird part, the influence of age, weight and height on the urinary metabolic profiles of healthy newborns is highlighted for the first time, and key-metabolites responsible for this evolution are identified. Finally, we demonstrate the influence of age on the urinary metabolic profiles of children with UTD. This work allows a deeper understanding of the metabolic maturation of healthy newborns. It contributes to identify potential confounding factors for metabolomics investigations in neonatology. It represents a step toward a better comprehension of thephysiopathology of UTD
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Boyer, Frédéric. "Reconstruction ab initio de voies métaboliques." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2004. http://www.theses.fr/2004GRE10076.

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Abstract:
La reconstruction des voies métaboliques d'un organisme est une tâche importante pour les biologistes et plusieurs approches ont déjà été proposées pour assister ce travail mais il y a un besoin pour des approches plus exploratoires. La première partie de cette thèse s'intéresse à la reconstruction ab initio de voies métaboliques. Cela consiste en la recherche d'un réseau réactionnel qui connecte au moins deux composés en se basant uniquement sur une base de réactions autoriées. Nous proposons une nouvelle formulation de ce problème qui considère les réactions comme transferts d'atomes entre composés chimiques. Une voie métabolique est ainsi associée à un transfert d'atomes entre deux composés. Le problème de la reconstruction est exprimé comme la recherche d'une composition d'injections partielles dont la taille de l'image est maximale. La complexite de ce problème a été étudiée et un algorithme le résolvant est présenté. La seconde partie présente la formalisation d'un problème de comparaison de graphes. Le cas particuliers traité dans cette thèse concerne la comparaison d'un réseau de réactions avec l'organisation spatiale des gènes sur le génome. Cette comparaison permet l'identification de voies métaboliques codées en opérons dans les génomes bactériens<br>Reconstructing the metabolic pathways of an orgnanism is a task of major importance and several approaches have already been proposed in order to help biologists in this task but more exploratory approaches are needed. The first part of this thesis emphasis on what we call ab initio metabolic pathway reconstruction. This is the problem of finding a reaction network connceting two or more compounds relying only on a database of feasible reactions. We propose here a new formulation for this problem. Given a set of biochemical reactions together with their substrates and products, we consider the reactions as transfers of atoms between the chemical compounds and we look for sequences of reactions transferring a maximal (or preset) number of atoms between a source and a sink compound. We state this problem as the one of finding a composition of partial injections that maximises the image size. The theoretical complexity of this problem has been studied and a practical algoritm to solve it is presented. Ths second part presents a formalization of a problem concerning graphs comparison. The particular case treated in this thesis concerns the comparison of a network of reactions with the spatial organization of genes on the genome. This comparison permits to identify operons encoded metabolic pathways
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Meurice, Guillaume. "Reconstruction in silico de voies métaboliques : application aux voies glycolitiques de Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii." Rennes, Agrocampus Ouest, 2004. http://www.theses.fr/2004NSARI041.

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Abstract:
Depuis la dernière décennie, la recherche en microbiologie fait face à un véritable changement qualitatif et quantitatif avec l’émergence de la génomique (qui concerne les génomes et leur analyse) et le développement de la biologie à haut débit (tous les ʺomiquesʺ). Ce changement permet d’aborder l’étude du fonctionnement cellulaire (voies de signalisations, voies métaboliques) dans sa globalité, et non plus par l’étude individuelle de ses acteurs biologiques. Dans le cadre de cette thèse, nous nous intéressons à la reconstruction des voies métaboliques d’une bactérie d’intérêt agro-alimentaire, Propionibacterium freudenreichii subsp. Shermanii (P. Shermanii), à partir de l’analyse de son génome. La problématique de la reconstruction de voies métaboliques est double. D’une part, il faut pouvoir identifier les fonctions enzymatiques présentes dans l’organisme, ce qui se traduit par l’analyse du génome de P. Shermanii. D’autre part, il s’agit de reconstruire le réseau des voies métaboliques à partir des fonctions enzymatiques précédemment identifiées. Après avoir mis en place des méthodologies et des outils bioinformatiques permettant d’analyser les données génomiques de P. Shermanii, nous en avons reconstruit manuellement et automatiquement les voies glycolytiques (glycose et pentose phosphates).
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Gambert, Ségolène. "Rôle du glycérol dans la régulation des voies métaboliques cardiaques." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA114817.

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Abstract:
Les acides gras (AG) sont le substrat majoritaire pour la production d'ATP dans le cœur. Le contrôle de la balance AG/glucose serait un moyen d'optimiser la consommation d'O2, problématique dans certaines pathologies. Ce travail a porté sur l'implication du glycérol (gly) sur cette balance. Les modèles utilisés sont les cardiomyocytes en culture primaire de rat nouveau-né et le cœur isolé perfusé travaillant de rat adulte. Nos résultats montrent que l'augmentation de la concentration en gly entraîne une augmentation de son incorporation dans les phospholipides, de son oxydation, une diminution de l'oxydation du palmitate sans affecter l'oxydation du glucose. A forte concentration en gly, l'augmentation de la fréquence (reflétant la demande énergétique cardiaque) entraîne une augmentation de l'incorporation du gly dans les lipides complexes. Le gly pourrait donc intervenir au niveau de la balance énergétique en diminuant l'utilisation des AG pour la production d'énergie<br>Fatty acids (FA) represent the main substrate for ATP production in the heart. A balance between FA and carbohydrate utilization ensures that energy supply matches demand. This study was carried out glycerol (gly) implication on this balance. Used models are spontaneously beating neonatal rat cardiomyocytes in culture and rat working perfused isolated heart. Our results showed that the synthesis of phospholipids and the oxidation of gly increased proportionally to extracellular gly concentrations. Conversely, extracellular gly significantly reduced the palmitate oxidation and didn't modified glucose oxidation. At high concentration of gly, increased heart rate (reflected cardiac energetic demand) lead to increased complex lipids incorporation. These results clearly demonstrate the importance of gly in regulating the cardiac metabolic pathways and energy balance
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Bayle, Kevin. "Développements méthodologiques RMN 13C isotopique pour l'étude de voies métaboliques." Nantes, 2014. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=30bc90dd-d09e-4983-ac96-8f8ae6202686.

Full text
Abstract:
Le but de l’étude menée au cours du travail de thèse a été la détermination d’effets isotopiques associés à trois voies métaboliques (Embden-Meyerhof-Parnas, Entner-Doudoroff et phosphocétolase) par le biais de fermentations de micro-organismes et levures effectuant la biotransformation du glucose en éthanol et acide lactique. Dans un premier temps, une réflexion a été menée sur les paramètres analytiques nécessaires à l’analyse d’acides carboxyliques par RMN 13C isotopique. Les questionnements soulevés par l’analyse de l’acide acétique ont amené à élargir l’étude et prendre en compte une gamme plus large de molécules. L’ensemble de ces travaux constitue de ce fait une évaluation des conditions nécessaires à l’obtention de mesures exactes en RMN 13C isotopique indépendamment du spectromètre utilisé. De plus, la mesure par RMN-13C isotopique, utilise jusqu’à présent la teneur globale 13C, mesurée par SMRI. La détermination des fractions molaires mesurées en RMN permet l’obtention des teneurs intramoléculaires 13C. L’implémentation d’une méthode de référencement interne pour le carbone a nécessité la prise en compte de nombreux paramètres et a donc requis un développement conséquent dont la validation quantitative d’une nouvelle séquence RMN 1H visant à éliminer le « radiation damping ». Grâce à une méthodologie juste et précise, nous avons mis en évidence la présence d’effets isotopiques intramoléculaires supposés, apparents, associés aux voies métaboliques, malgré qu’ils soient relativement faibles. Ceux-ci diffèrent d’une voie à l’autre, en accord avec la formation de métabolites différents au cours de réactions enzymatiques caractéristiques à chaque voie<br>The aim of the study has been the determination of isotope effects associated with three metabolic pathways (Embden-Meyerhof-Parnas, Entner-Doudoroff and phosphoketolase) using fermentation by yeasts and microorganisms bio-transforming glucose into ethanol and lactic acid. Initially, a study was conducted on the analytical parameters required for the analysis of carboxylic acids by 13C iq-NMR. Doubts raised in relation to the analysis of acetic led to the study being expanded to include a wider range of molecules. This section of the work is therefore composed of an assessment of the conditions for obtaining accurate measurements of 13C iq-NMR regardless of the spectrometer used. The current strategy to access the site-specific 13C measurements (δ13Ci) is dependent on the δ13Cg, obtained by IRMS, coupled with the determination by 13C iq-NMR of the molar fraction for each carbon measured. The implementation of the same methodology for 13C iq-NMR has required many factors to be taken into consideration. Establishing an analytical protocol for the implementation of an internal standard for 13C iq-NMR has required significant development, with the quantitative validation of a new 1H NMR sequence aiming to eliminate radiation damping. Thanks to the accurate methodology established, we have been able to detect the presence of relatively small intramolecular kinetic isotope effects associated with the metabolic pathways studied. Each pathway gives a characteristic isotopic signature, consistent with the formation of metabolites produced by the specific enzymatic reactions. The 13C isotope effects obtained are in agreement with the reactions that characterise each pathway
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