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Academic literature on the topic 'Analyse du protéome'
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Journal articles on the topic "Analyse du protéome"
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Joubert-Caron, R., and M. Caron. "Protéome et analyse protéomique : de nouveaux concepts pour de nouveaux champs d'applications biomédicales." médecine/sciences 15, no. 5 (1999): 701. http://dx.doi.org/10.4267/10608/1411.
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2
Sanges, S., L. Rice, L. Tu, J. L. Cracowski, D. Montani, J. Mantero, C. Ternynck, et al. "Identification de biomarqueurs de sévérité hémodynamique de l’hypertension artérielle pulmonaire associée à la sclérodermie systémique par analyse du protéome sérique." La Revue de Médecine Interne 41 (December 2020): A32—A33. http://dx.doi.org/10.1016/j.revmed.2020.10.059.
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3
Goichon, A., P. Chan, S. Lecleire, D. Vaudry, A. Coquard, A. F. Cailleux, P. Déchelotte, and M. Coëffier. "O09 Analyse du protéome duodénal après apport entéral de leucine chez l’homme : diminution de l’expression d’enzymes impliquées dans la bêta-oxydation des acides gras." Cahiers de Nutrition et de Diététique 46 (December 2011): S25. http://dx.doi.org/10.1016/s0007-9960(11)70030-x.
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4
Goichon, A., P. Chan, S. Lecleire, D. Vaudry, A. Coquard, A. F. Cailleux, P. Déchelotte, and M. Coëffier. "O09 Analyse du protéome duodénal après apport entéral de leucine chez l’homme : diminution de l’expression d’enzymes impliquées dans la bêta-oxydation des acides gras." Nutrition Clinique et Métabolisme 25 (December 2011): S25. http://dx.doi.org/10.1016/s0985-0562(11)70013-9.
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5
Goichon, A., J. Bertrand, P. Chan, S. Lecleire, A. Coquard, A. F. Cailleux, D. Vaudry, P. Déchelotte, and M. Coëffier. "O35 Analyse du protéome duodénal après apport entéral de protéines chez l’homme : augmentation de l’expression de protéines impliquées dans la structure cellulaire et la synthèse protéique." Cahiers de Nutrition et de Diététique 48 (December 2013): S40—S41. http://dx.doi.org/10.1016/s0007-9960(13)70333-x.
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6
Goichon, A., J. Bertrand, P. Chan, S. Lecleire, A. Coquard, A. F. Cailleux, D. Vaudry, P. Déchelotte, and M. Coëffier. "O35 Analyse du protéome duodénal après apport entéral de protéines chez l’homme : augmentation de l’expression de protéines impliquées dans la structure cellulaire et la synthèse protéique." Nutrition Clinique et Métabolisme 27 (December 2013): S40—S41. http://dx.doi.org/10.1016/s0985-0562(13)70307-8.
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7
Reboud-Ravaux, Michèle. "Le protéasome, la seconde vie d’une cible thérapeutique validée : aspects structuraux et nouveaux inhibiteurs." Biologie Aujourd’hui 215, no. 1-2 (2021): 1–23. http://dx.doi.org/10.1051/jbio/2021005.
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Le protéasome est la principale machinerie de dégradation des protéines pour toutes les cellules eucaryotes. Il est en effet impliqué dans une multitude de fonctions physiologiques. Ce rôle central dans l’homéostasie des protéines en fait une cible attractive pour des interventions thérapeutiques variées, des aberrations ayant été observées dans beaucoup de pathologies humaines. Le protéasome constitutif 26S (2,4 MDa) est formé de la particule catalytique 20S qui peut s’associer à une ou deux particules régulatrices 19S. Des analyses structurales remarquables ont permis de comprendre le fonctionnement de ce complexe multicatalytique et la régulation de la dégradation des protéines dépendant de l’ATP et de l’ubiquitine. Des changements conformationnels coordonnés de la particule régulatrice 19S permettent de coupler l’hydrolyse de l’ATP à la translocation du substrat protéique et de réguler l’ouverture du pore de la particule catalytique afin d’initier la dégradation itérative des protéines par les trois types de sites actifs. Une très grande variété d’inhibiteurs de ces activités a été découverte, qu’ils soient synthétiques ou d’origine naturelle, avec un premier succès en 2003 avec le bortezomib utilisé dans le traitement du myélome multiple, puis du lymphome du manteau. Une seconde génération d’inhibiteurs (carfilzomib et ixazomib) est employée en clinique. L’immunoprotéasome, distinct du protéasome constitutif et exprimé de manière prédominante dans les cellules immunitaires, se substitue au protéasome constitutif après induction par l’INF-γ et le TNF-α. Il devient actuellement une cible thérapeutique majeure pour traiter des cancers, des désordres auto-immuns et des troubles neurologiques à l’aide d’inhibiteurs spécifiques. Les protéasomes de certains microorganismes retiennent également l’attention en vue du développement d’inhibiteurs à visée thérapeutique. Enfin, l’activation du protéasome est une nouvelle approche pouvant aboutir au traitement des désordres protéotoxiques comme les neurodégénérescences.
8
Selves, J., T. Valentin, C. Toulas, E. Chipoulet, F. Fouque, D. Bonnet, J. Reyre, V. Siani, and R. Guimbaud. "Analyse de l’expression de la protéine EPCAM dans le diagnostic du syndrome de Lynch." Annales de Pathologie 32, no. 5 (November 2012): S138. http://dx.doi.org/10.1016/j.annpat.2012.09.175.
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9
Sarr, Serigne Modou, Modou Thiaw, and Balla Aramane Mbengue. "Utilisation de paramètres bioécologiques pour analyser la biodiversité ichtyologique de l’Aire Marine Protégée (AMP) de Joal-Fadiouthau Sénégal et sa périphérie non protégée à la pêche." European Scientific Journal, ESJ 14, no. 33 (November 30, 2018): 349. http://dx.doi.org/10.19044/esj.2018.v14n33p349.
Full textAbstract:
With global changes, concerns about marine ecosystems and population dynamics are of increasing interest to researchers. As such, knowledge of the specific biodiversity of exploited marine ecosystems is generally considered a key factor in their resilience. This paper is a comparative study that focuses on analyzing the bioecological effects of MPA Joal-Fadiouth on fish populations by comparing the inside vs. outside of the MPA. Data were collected from scientific surveys conducted in cold and hot seasons in 2015. In each survey, 16 stations were sampled; 9 inside the MPA and 7 outside. The MPA is in open Ocean and the analysis of environmental parameters shows that the MPA area is a homogeneous environment. The variability is at the seasonal level. This variability is similar inside and outside the MPA. A total of 67 species in 37 families were found in the reserve, against 41 species in 32 families outside MPA. The biological indicators analysis shows a similar species richness and biomass between the two areas. However, total abundance is higher in the protected area. On the other hand, larger fish are more likely to be outside the protected area. In the MPA, 20 species sampled are in spawning period, but over 80 % of individuals are immature. The Joal-Fadiouth MPA implementation significantly improves the conservation of biodiversity with a dominance of herbivorous species and lower trophic levels. In addition, the reserve is a nursery area for many species (sardines, octopus, and shrimp) and reproduction for some species characteristics of the area, e.g.Hemiramphus brasiliensis and Stephanolepis hispidus.
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Angles, Stéphane, Julie Veysseyre, and Marianne Cohen. "Appellations d’Origine Protégée oléicoles, terroirs et territoires méditerranéens : une analyse comparative entre les appellations oléicoles en France et en Andalousie." Sud-Ouest Européen Revue géographique des Pyrénées et du Sud-Ouest, no. 36 (December 1, 2013): 123–33. http://dx.doi.org/10.4000/soe.489.
Full textDissertations / Theses on the topic "Analyse du protéome"
1
Ferré, Marc. "Analyse bio-informatique du protéome mitochondrial et du spectre des mutations de la protéine Opa1." Phd thesis, Université d'Angers, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00457327.
Full textAbstract:
Les mitochondries sont impliquées dans de nombreux processus cellulaires essentiels tels que le catabolisme des nutriments, la phosphorylation oxydative, l'apoptose et la régulation des flux calciques. Elles ont une structure dynamique, qui s'adapte en permanence aux besoins cellulaires, et sont sous le contrôle de réseaux de régulation coordonnant leur masse, leur structure et leurs fonctions. Le protéome mitochondrial est ainsi composé d'une très grande diversité de protéines qui dérive en partie de l'ancêtre procaryote des mitochondries et résulte majoritairement d'une information codée par le génome nucléaire, mais aussi d'une information plus restreinte portée par le génome mitochondrial. Sept cents protéines mitochondriales ont été caractérisées chez l'homme, grâce à diverses approches de protéomique, de génomique et de bio-informatique, mais il est probable que les mitochondries en comportent un nombre bien supérieur. La caractérisation de ces protéines est essentielle à la compréhension des nombreuses maladies génétiques et communes associées à des dysfonctionnements mitochondriaux. Au cours de ce travail de thèse nous avons comparé in silico les séquences des protéines mitochondriales humaines avec celles des procaryotes, mettant en évidence que les protéines impliquées dans les pathologies sont majoritairement homologues à des protéines procaryotes. Nous avons ensuite développé une stratégie de recherche bio-informatique de nouvelles protéines mitochondriales basée sur leur origine procaryote et la présence d'une extension N-terminale caractéristique. L'ensemble des protéomes procaryotes connus a été comparé au génome humain et différents outils de filtrage ont été développés pour identifier de nouvelles protéines. Parallèlement à cette stratégie globale de criblage, nous nous sommes focalisés sur l'étude d'une des protéines participant à la fusion mitochondriale qui est associée à l'atrophie optique autosomique dominante, la protéine Opa1. Cette dynamine GTPase est impliquée dans le remodelage de la membrane interne mitochondriale, l'apoptose, la maintenance de l'ADN mitochondrial et le métabolisme énergétique. Nous avons développé une base de données internationale répertoriant les différents variants affectant Opa1 afin de caractériser son spectre mutationnel. Cet outil a secondairement servi à une étude clinique multicentrique portant sur près de mille patients porteurs d'une neuropathie optique. À travers ces deux approches, nous avons pu développer de nouveaux outils bio-informatiques qui devraient contribuer à une meilleure compréhension de la physiopathologie mitochondriale.
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Papin, Nelly. "Développement d'une puce à protéine pour l'analyse quantitative du protéome par spectrométrie de masse." Paris 5, 2007. http://www.theses.fr/2007PA05D033.
Full textAbstract:
Ce projet de thèse s'inscrit dans le contexte d'extension à la fois qualitative et quantitative des domaines d'investigation post-génomiques. La protéomique en particulier a vécu ces dernières années un essor remarquable en terme de nouvelles technologies à haut débit. Ce travail vise à développer une puce à protéine permettant de quantifier de façon ciblée un grand nombre de protéines d'intérêt au sein d'échantillons complexes. Pour ce faire, les protéines issues d'échantillons différents sont discernées par un marquage chimique différentiel. Les échantillons ainsi marqués sont alors mélangés puis déposés sur une puce présentant des anticorps spécifiques de chaque protéine d'intérêt. Retenues spécifiquement sur la puce à anticorps, les protéines peuvent ensuite être analysées de façon quantitative par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Afin de démontrer la faisabilité de cette technologie, a été développée la quantification par MALDI-TOF basée sur une modification chimique différentielle et étudié son impact sur l'intéraction anticorps. Les agents de capture ont été sélectionnés et caractérisés parmi les anticorps commerciaux les plus adéquats à l'étude des protéines du sérum. Ceci afin de rendre ces techniques facilement applicables aux besoins diagnostics et cliniques. Nous avons ainsi réalisé la quantification de l'apolipoprotéine AI au sein du sérum en corrélation avec les analyses diagnosticsThis thesis project deals with protein quantification and characterization technology. The aim of this thesis was to develop a protein microarray to quantify proteins in different biological samples. The method involved differential labelling of proteome extracts with chemical tags for the purpose of protein differenciation and quantification. After modification, the protein samples were mixed and applied to a hydrogel antibody microarray. Following washing with PBST, the captured proteins were digested by trypsin or glu C on the features. The peptides were then analyzed by MALDI-TOF mass spectrometry to obtain their relative quantification. As a proof of concept, was developed the MS quantification based on differential chemical modification and studied the impact of modification on the antibody interaction. Capture agents were commercial available antibodies which had suitable binding characteristics. Using this approach, we achieved quantification of apolipoprotein AI in serum corresponding to classical diagnostic analysis results, thus supporting our goal of applying this technology for diagnostic and clinical analysis
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Deniel, Nicolas. "Analyse des effets pharmaco-nutritionnels de la glutamine sur le protéome intestinal humain." Rouen, 2008. http://www.theses.fr/2008ROUENR06.
Full textAbstract:
La glutamine (Gln) est le substrat préférentiel des cellules à division rapide telles que les entérocytes et possède de nombreuses fonctions métaboliques régulatrices. Des études in vitro et cliniques ont notamment mis en évidence ses effets bénéfiques sur la trophicité intestinale et l'évolution clinique de patients en situation d'agression. L'analyse protéomique permet de caractériser de manière globale et intégrative les variations qualitatives et quantitatives de l'expression protéique occasionnées par des changements environnementaux. L'un des enjeux de la nutriprotéomique est de fournir aux scientifiques une vue d'ensemble des mécanismes protéiques engagés via l'action d'un ou de plusieurs nutriments au sein d'un système biologique donné et ainsi, de permettre l'exploration de concepts d'études innovants. Toutefois, les études nutritionnelles concernant l'adaptation du protéome intestinal humain en réponse à des nutriments, tels que la Gln, dans différentes situations physiopathologiques restent actuellement limitées. Dans un premier temps, nous avons étudié les modulations de l'expression du protéome de la lignée cellulaire épithéliale intestinale humaine HCT-8 induites par deux concentrations de Gin (physiologique : 2 mM, ou pharmacologique : 10 mM) en présence de trois conditions expérimentales : i) conditions basales, ii) conditions pro-inflammatoires (IL1 β, TNF-α et IFNy) [Article1] et iii) conditions apoptotiques (CH11) [Article2]. Les résultats de ces deux études confirment et complètent les données existantes de la littérature concernant les effets anti-inflammatoires et anti-apoptotiques bénéfiques de la Gin. Secondairement, nous nous sommes intéressés aux effets de l'apport par voie entérale d'un supplément nutritionnel, contenant de la Gin sous forme de dipeptide (alanyl-glutamine) associé à des micronutriments antioxydants (zinc, sélénium, β-carotène, vitamines C et E), vis-à-vis de l'apport d'une solution de Gln seule sur le protéome duodénal de volontaires sains [articie3j. L'association à la Gln d'un mélange d'antioxydants module significativement le protéome duodénal humain des sujets sains. Les perspectives de ces recherches seraient de poursuivre l'analyse du protéome intestinal humain en situations d'agression et de dénutrition afin de permettre l'identification de cibles thérapeutiques pour des interventions pharmaco-nutritionnelles
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Chapeton, Montes Diana Joanne. "Influence de l'environnement sur le protéome de surface de Clostridium difficile : analyse globale et caractérisation de la cystéine protéase Cwp84." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00790732.
Full textAbstract:
Clostridium difficile est une bactérie pathogène responsable de diarrhées nosocomiales et de la plupart des colites pseudomembraneuses. Le principal facteur de risque est la prise d'antibiotiques qui altère la composition du microbiote intestinal, et favorise ainsi l'implantation de la bactérie au niveau colique. Après une étape de colonisation, la bactérie produit ses principaux facteurs de virulence, les toxines A et B. La colonisation est un processus multifactoriel, qui met en jeu différentes protéines de surface dont des adhésines et une cystéine protéase Cwp84.Dans une première partie, nous avons analysé le processus de maturation de la protéase Cwp84, ainsi que sa localisation dans la bactérie, afin de mieux comprendre son rôle dans la virulence de C. difficile. La protéase recombinante, purifiée sous forme de zymogène, présente un processus de maturation particulier comprenant des clivages successifs, qui aboutissent à la forme mature de 47 KDa. La protéase ainsi activée présente une activité protéolytique sur la fibronectine. Dans la bactérie, Cwp84 existe sous deux formes majoritaires, associées à la surface de la bactérie : une première forme, d'environ 80 KDa, associée aux protéines de la couche S, dont le rôle serait de cliver le précurseur des protéines de la couche S en deux protéines matures ; une deuxième forme, d'environ 50 KDa correspondant vraisemblablement à la forme mature de la protéase recombinante de 47 KDa, est retrouvée à la fois dans la fraction extracellulaire et associée à la surface de la bactérie. Nous avons montré que la protéase rélarguée est capable de se ré-associer sous sa forme mature de manière spécifique à la surface de C. difficile. Dans une deuxième partie, nous avons analysé l'impact de conditions environnementales mimant celles rencontrées par la bactérie au cours de son transit dans le tractus digestif de l'hôte, sur la modulation de facteurs de colonisation, dont la protéase. Nous avons montré qu'un pH acide favorise à la fois l'expression et le processus de maturation de la protéase vers sa forme mature de 47 KDa. Des analyses protéomiques et transcriptomiques ont montré que d'autres protéines impliquées dans colonisation sont surexprimées dans un milieu avec glucose, cette régulation étant vraisemblablement liée à la diminution du pH résultant de la fermentation du glucose plutôt qu'à un effet direct de ce sucre. Cette régulation des facteurs de virulence par le pH acide est probablement un élément favorable au processus de colonisation de l'hôte. Ces différentes analyses ont également permis l'identification de facteurs de virulence potentiels, qui devront être caractérisés par la suite.
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Jancek, Séverine. "Signatures génomiques de trois écotypes de l'algue verte Ostreococcus (Chlorophyta, Prasinophyceae) : analyse de leur protéome." Perpignan, 2008. http://www.theses.fr/2008PERP0853.
Full textAbstract:
Les plus petits eucaryotes connus à ce jour sont des unicellulaires planctoniques du genre Ostreococcus. Les génomes complets de trois souches d’Ostreococcus, isolées à partir de trois niches écologiques différentes, ont récemment été séquencés. Ces « écotypes » correspondent à une souche de surface adaptée à une forte exposition à la lumière (Ostreococcus lucimarinus), une souche de profondeur adaptée à une luminosité plus faible (O. Sp. RCC809) et une souche de surface adaptée aux intensités lumineuses fortes à faible (O. Tauri). La comparaison de ces génomes a dans un premier temps révélé une divergence inattendue en acides aminés entre les gènes orthologues (identité moyenne de 70%) et d’autant plus surprenante que les séquences des gènes du 18S, les gènes marqueurs utilisés pour caractériser les espèces planctoniques, ont en moyenne 99% d’identité. La comparaison de la divergence entre ces trois souches avec la divergence entre les génomes eucaryotes disponibles dans 4 lignées eucaryotes (métazoaires, viridiplantae, ascomycètes et chlorophytes) a permis de mettre en évidence que le gène marqueur 18S sous-estimait nettement la divergence globale des organismes unicellulaires. Dans un second temps, j’ai comparé les protéomes des trois Ostreococcus afin de déterminer les bases génétiques de leur adaptation à leur niche écologique. Cette comparaison a permis l’identification à la fois des gènes orthologues communs aux trois souches et des gènes spécifiques propres à chaque souche. Les fonctions des gènes spe��cifiques et les taux de substitution des gènes orthologues m’ont permis d’identifier des gènes candidats à l’origine des adaptations de ces organismes à leur milieuThe genus Ostreococcus regroups the smallest unicellular photosynthetic eukaryotes known to date. Complete genome of three species of Ostreococcus, isolated from three different ecological niches, have been recently entirely sequenced. These ecotypes correspond to a surface strain adapted to high light intensity (Ostreococcus lucimarinus), a deep strain adapted to low light intensity (O. Sp. RCC809) and a polyvalent surface strain adapted to high light and low light intensity (O. Tauri). First, genome comparison reveals an unexpected divergence in amino acids between orthologous genes (mean identity of 70%) and more surprising that their 18S sequences, marker genes used to characterized planktonic species, have an identity above 99%. Divergence between these three strains have been compared with divergence between complete genomes available in four eukaryotic lineages (Metazoa, Viridiplantae, Ascomycetes and Chlorophyta). These comparisons underlined the fact that the 18S marker gene underestimates the global divergence in unicellular organisms. Second, I compared the proteomes of the three Ostreococcus to determine the genetic basis of their adaptation to their ecological niche. This comparison allowed to identify both orthologous genes shared by the three strains and species specific genes for each strains. Research of the functions of specific genes in one hand, and estimation of the substitution rates between orthologous genes in the other hand, allowed to identify the likely canditates for the origin of adaptation of these organisms to their environment, and this analysis suggests a major role of transmembrane proteins in species evolution
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Boisson, Bertrand. "Caractérisation et fonction de la N-myristoylation du protéome d'Arabidopsis thaliana." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066367.
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Michaut, Magali. "Analyse de données transcriptome et protéome pour l'étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00362822.
Full textAbstract:
Ce travail a pour objet l'analyse de données transcriptome et protéome pour l'étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds, en particulier chez la cyanobactérie Synechocystis. Cet organisme procaryote permet notamment d'aider à la compréhension des plantes tout en étant facilement manipulable génétiquement. La démarche a d'abord consisté à analyser les réponses transcriptionnelles des gènes de Synechocystis en conditions de stress, notamment en présence de cadmium ou de peroxyde d'hydrogène. Des méthodes de prédiction d'interactions protéine-protéine ont ensuite été développées afin de construire un réseau d'interactions. Ce dernier a été comparé à un réseau d'interactions identifiées expérimentalement, notamment en termes de structure. Puis il a été complété avec les données de transcriptome précédemment analysées, afin d'obtenir une vision plus intégrée des différents phénomènes et d'étudier la dynamique des modules fonctionnels. Les résultats font apparaître différentes phases dans les réponses transcriptionnelles, ainsi que des groupes fonctionnels de protéines en interaction et co-exprimées. De plus, l'automatisation d'une méthode de classification mixte hiérarchique-pyramidale est proposée. Une méthode d'identification de biais de composition entre des groupes de protéines a aussi été développée. Par ailleurs, un outil de prédiction d'interactions protéine-protéine, applicable à toutes les espèces séquencées, a été développé. Ce logiciel open-source, InteroPorc, présente l'avantage d'être flexible, puisqu'il peut s'appliquer à différents jeux d'interactions sources. En outre, l'outil est facilement utilisable en ligne à travers une interface web.
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Michaut, Magali. "Analyse de données transcriptome et protéome pour l’étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds." Paris 11, 2008. http://www.theses.fr/2008PA112178.
Full textAbstract:
Ce travail a pour objet l'analyse de données transcriptome et protéome pour l'étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds, en particulier chez la cyanobactérie Synechocystis. Cet organisme procaryote permet notamment d'aider à la compréhension des plantes tout en étant facilement manipulable génétiquement. La démarche a d'abord consisté à analyser les réponses transcriptionnelles des gènes de Synechocystis en conditions de stress, notamment en présence de cadmium ou de peroxyde d'hydrogène. Des méthodes de prédiction d'interactions protéine-protéine ont ensuite été développées afin de construire un réseau d'interactions. Ce dernier a été comparé à un réseau d'interactions identifiées expérimentalement, notamment en termes de structure. Puis il a été complété avec les données de transcriptome précédemment analysées, afin d’obtenir une vision plus intégrée des différents phénomènes et d’étudier la dynamique des modules fonctionnels. Les résultats font apparaître différentes phases dans les réponses transcriptionnelles, ainsi que des groupes fonctionnels de protéines en interaction et co-exprimées. De plus, l'automatisation d'une méthode de classification mixte hiérarchique-pyramidale est proposée. Une méthode d'identification de biais de composition entre des groupes de protéines a aussi été développée. Par ailleurs, un outil de prédiction d'interactions protéine-protéine, applicable à toutes les espèces séquencées, a été développé. Ce logiciel open-source, InteroPorc, présente l'avantage d'être flexible, puisqu'il peut s'appliquer à différents jeux d’interactions sources. En outre, l’outil est facilement utilisable en ligne à travers une interface webThis work aims at studying responses to oxidative stress and heavy metals through transcriptomic and proteomic data analysis, in particular in the cyanobacterium Synechocystis. This organism is a prokaryote largely studied which notably enables to improve the understanding of plants and is easy to manipulate genetically. The approach first involved analysing the transcriptional responses of Synechocystis' genes in stress conditions, particularly in the presence of cadmium or hydrogen peroxide. Methods to predict protein-protein interactions were then developed in order to construct an interaction network. This network was compared to an experimental network in terms of structure. It was then complemented with transcriptomic data previously analysed in order to obtain a more integrated view of the different phenomena and to study the dynamics of functional modules. The results show different phases in the transcriptional responses as well as functional groups of interacting and coexpressed proteins. In addition, the automation of a mixed hierarchical-pyramidal classification method is proposed. A method to identify composition biases between groups of proteins was also developed. Furthermore, a protein-protein interaction prediction tool was developed, of use for all sequenced species. This open-source software, InteroPorc, has been made available and has the great advantage of being flexible since it can be applied to different source interactions. Furthermore this tool can be easily run online through a web interface (http://biodev. Extra. Cea. Fr/interoporc/)
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Blanc, Jean-Frédéric. "Carcinogénèse hépatique : rôle des protéases matricielles et identification de nouveaux acteurs par analyse globale du protéome des carcinomes hépatocellulaires." Bordeaux 2, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR21129.
Full textAbstract:
Le carcinome hépatocellulaire (CHC) se développe sur cirrhose, donc sur un foie siège d'altérations stromales. Les interactions entre stroma et cellules tumorales sont donc dans ce cas une cible d'étude pertinente. Nous avons étudié le rôle des protéases matricielles et montré que les cellules tumorales hépatiques régulent la production de MMP-2 pour les myofibroblastes. In vivo, sur un modèle de carcinogenèse chimique chez le rat, la pravastatine diminue la progression et le pouvoir invasif des tumeurs en diminuant l'activation de la MMP-2. Afin d'identifier les acteurs de la carcinogenèse hépatique, nous avons analysé le protéome des CHC développés sur hépatite C et décrit 45 protéines exprimées différentiellement. Parmi ces protéines, la reptine a fait l'objet d'une analyse complémentaire. Sa surexpression dans la lignée HuH7 augmente la tumorigénicité des cellules lors de xénogreffes sur des souris immunodéprimées alors que sa sous-expression induit l'apoptose de ces cellulesHepatocellular carcinoma (HCC) arises often in cirrhotic patients with deep stromal alterations. Then, the study of interactions between stroma and cancerous cells is of great interest. We studied the function of matrix proteases in HCC progression and we have shown that tumoral hepatocytes regulated MMP-2 production by hepatic myofibroblasts. Then, using a model of chemical hepatocarcinogenesis in rats, we have shoxn that pravastatin decrease the metastatic potential of tumors, associated with an inhibition of MMP-2 activation. Finally, a proteomic analysis of hepatocellular carcinoma developed in hepatitis C allowed us to identify 45 proteins differentially expressed. Among these proteins, we have demonstrated the involvement of reptin in hepatic carcinogenesis. Indeed, the over expression of reptin in HuH7 cells increased the tumorigenicity of these cells after injection in immunocompromised mice whereas the down-regulation of reptin led to an apoptosis of the cells
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Turck, Natacha. "Analyse du protéome nucléaire au cours des processus de prolifération/différenciation dans les cellules épithéliales intestinales Caco-2/TC7." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2004. http://www.theses.fr/2004STR13097.
Full textBooks on the topic "Analyse du protéome"
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Nackoney, Janet, Jena Hickey, David Williams, Charly Facheux, Takeshi Furuichi, and Jef Dupain. Geospatial information informs bonobo conservation efforts. Oxford University Press, 2018. http://dx.doi.org/10.1093/oso/9780198728511.003.0017.
Full textAbstract:
The endangered bonobo (Pan paniscus), endemic to the Democratic Republic of Congo (DRC), is threatened by hunting and habitat loss. Two recent wars and ongoing conflicts in the DRC greatly challenge conservation efforts. This chapter demonstrates how spatial data and maps are used for monitoring threats and prioritizing locations to safeguard bonobo habitat, including identifying areas of highest conservation value to bonobos and collaboratively mapping community-based natural resource management (CBNRM) zones for reducing deforestation in key corridor areas. We also highlight the development of a range-wide model that analysed a variety of biotic and abiotic variables in conjunction with bonobo nest data to map suitable habitat. Approximately 28 per cent of the range was predicted suitable; of that, about 27.5 per cent was located in official protected areas. These examples highlight the importance of employing spatial data and models to support the development of dynamic conservation strategies that will help strengthen bonobo protection. Le bonobo en voie de disparition (Pan paniscus), endémique à la République Démocratique du Congo (DRC), est menacé par la chasse et la perte de l’habitat. Deux guerres récentes et les conflits en cours dans le DRC menacent les efforts de conservation. Ici, nous montrons comment les données spatiales et les cartes sont utilisées pour surveiller les menaces et prioriser les espaces pour protéger l’habitat bonobo, inclut identifier les zones de plus haute valeur de conservation aux bonobos. En plus, la déforestation est réduite par une cartographie collaborative communale de gestion de ressources dans les zones de couloirs essentiels. Nous soulignons le développement d’un modèle de toute la gamme qui a analysé un variété de variables biotiques et abiotiques en conjonction avec les données de nid bonobo pour tracer la carte d’un habitat adéquat. Environ 28 per cent de la gamme est prédit adéquat; de cela, environ 27.5 per cent est dans une zone officiellement protégée. Ces exemples soulignent l’importance d’utiliser les données spatiales et les modèles pour soutenir le développement de stratégies de conservations dynamiques qui aideront à renforcer la protection des bonobos.
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(Editor), Leslie Wilson, ed. Methods in Cell Biology: Green Flourescent Proteins (Methods in Cell Biology). Academic Pr, 1998.
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