Dissertations / Theses: 'Analyse du protéome'

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Ferré, Marc. "Analyse bio-informatique du protéome mitochondrial et du spectre des mutations de la protéine Opa1." Phd thesis, Université d'Angers, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00457327.

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Abstract:

Les mitochondries sont impliquées dans de nombreux processus cellulaires essentiels tels que le catabolisme des nutriments, la phosphorylation oxydative, l'apoptose et la régulation des flux calciques. Elles ont une structure dynamique, qui s'adapte en permanence aux besoins cellulaires, et sont sous le contrôle de réseaux de régulation coordonnant leur masse, leur structure et leurs fonctions. Le protéome mitochondrial est ainsi composé d'une très grande diversité de protéines qui dérive en partie de l'ancêtre procaryote des mitochondries et résulte majoritairement d'une information codée par le génome nucléaire, mais aussi d'une information plus restreinte portée par le génome mitochondrial. Sept cents protéines mitochondriales ont été caractérisées chez l'homme, grâce à diverses approches de protéomique, de génomique et de bio-informatique, mais il est probable que les mitochondries en comportent un nombre bien supérieur. La caractérisation de ces protéines est essentielle à la compréhension des nombreuses maladies génétiques et communes associées à des dysfonctionnements mitochondriaux. Au cours de ce travail de thèse nous avons comparé in silico les séquences des protéines mitochondriales humaines avec celles des procaryotes, mettant en évidence que les protéines impliquées dans les pathologies sont majoritairement homologues à des protéines procaryotes. Nous avons ensuite développé une stratégie de recherche bio-informatique de nouvelles protéines mitochondriales basée sur leur origine procaryote et la présence d'une extension N-terminale caractéristique. L'ensemble des protéomes procaryotes connus a été comparé au génome humain et différents outils de filtrage ont été développés pour identifier de nouvelles protéines. Parallèlement à cette stratégie globale de criblage, nous nous sommes focalisés sur l'étude d'une des protéines participant à la fusion mitochondriale qui est associée à l'atrophie optique autosomique dominante, la protéine Opa1. Cette dynamine GTPase est impliquée dans le remodelage de la membrane interne mitochondriale, l'apoptose, la maintenance de l'ADN mitochondrial et le métabolisme énergétique. Nous avons développé une base de données internationale répertoriant les différents variants affectant Opa1 afin de caractériser son spectre mutationnel. Cet outil a secondairement servi à une étude clinique multicentrique portant sur près de mille patients porteurs d'une neuropathie optique. À travers ces deux approches, nous avons pu développer de nouveaux outils bio-informatiques qui devraient contribuer à une meilleure compréhension de la physiopathologie mitochondriale.

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Papin, Nelly. "Développement d'une puce à protéine pour l'analyse quantitative du protéome par spectrométrie de masse." Paris 5, 2007. http://www.theses.fr/2007PA05D033.

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Abstract:

Ce projet de thèse s'inscrit dans le contexte d'extension à la fois qualitative et quantitative des domaines d'investigation post-génomiques. La protéomique en particulier a vécu ces dernières années un essor remarquable en terme de nouvelles technologies à haut débit. Ce travail vise à développer une puce à protéine permettant de quantifier de façon ciblée un grand nombre de protéines d'intérêt au sein d'échantillons complexes. Pour ce faire, les protéines issues d'échantillons différents sont discernées par un marquage chimique différentiel. Les échantillons ainsi marqués sont alors mélangés puis déposés sur une puce présentant des anticorps spécifiques de chaque protéine d'intérêt. Retenues spécifiquement sur la puce à anticorps, les protéines peuvent ensuite être analysées de façon quantitative par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Afin de démontrer la faisabilité de cette technologie, a été développée la quantification par MALDI-TOF basée sur une modification chimique différentielle et étudié son impact sur l'intéraction anticorps. Les agents de capture ont été sélectionnés et caractérisés parmi les anticorps commerciaux les plus adéquats à l'étude des protéines du sérum. Ceci afin de rendre ces techniques facilement applicables aux besoins diagnostics et cliniques. Nous avons ainsi réalisé la quantification de l'apolipoprotéine AI au sein du sérum en corrélation avec les analyses diagnostics
This thesis project deals with protein quantification and characterization technology. The aim of this thesis was to develop a protein microarray to quantify proteins in different biological samples. The method involved differential labelling of proteome extracts with chemical tags for the purpose of protein differenciation and quantification. After modification, the protein samples were mixed and applied to a hydrogel antibody microarray. Following washing with PBST, the captured proteins were digested by trypsin or glu C on the features. The peptides were then analyzed by MALDI-TOF mass spectrometry to obtain their relative quantification. As a proof of concept, was developed the MS quantification based on differential chemical modification and studied the impact of modification on the antibody interaction. Capture agents were commercial available antibodies which had suitable binding characteristics. Using this approach, we achieved quantification of apolipoprotein AI in serum corresponding to classical diagnostic analysis results, thus supporting our goal of applying this technology for diagnostic and clinical analysis

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Deniel, Nicolas. "Analyse des effets pharmaco-nutritionnels de la glutamine sur le protéome intestinal humain." Rouen, 2008. http://www.theses.fr/2008ROUENR06.

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Abstract:

La glutamine (Gln) est le substrat préférentiel des cellules à division rapide telles que les entérocytes et possède de nombreuses fonctions métaboliques régulatrices. Des études in vitro et cliniques ont notamment mis en évidence ses effets bénéfiques sur la trophicité intestinale et l'évolution clinique de patients en situation d'agression. L'analyse protéomique permet de caractériser de manière globale et intégrative les variations qualitatives et quantitatives de l'expression protéique occasionnées par des changements environnementaux. L'un des enjeux de la nutriprotéomique est de fournir aux scientifiques une vue d'ensemble des mécanismes protéiques engagés via l'action d'un ou de plusieurs nutriments au sein d'un système biologique donné et ainsi, de permettre l'exploration de concepts d'études innovants. Toutefois, les études nutritionnelles concernant l'adaptation du protéome intestinal humain en réponse à des nutriments, tels que la Gln, dans différentes situations physiopathologiques restent actuellement limitées. Dans un premier temps, nous avons étudié les modulations de l'expression du protéome de la lignée cellulaire épithéliale intestinale humaine HCT-8 induites par deux concentrations de Gin (physiologique : 2 mM, ou pharmacologique : 10 mM) en présence de trois conditions expérimentales : i) conditions basales, ii) conditions pro-inflammatoires (IL1 β, TNF-α et IFNy) [Article1] et iii) conditions apoptotiques (CH11) [Article2]. Les résultats de ces deux études confirment et complètent les données existantes de la littérature concernant les effets anti-inflammatoires et anti-apoptotiques bénéfiques de la Gin. Secondairement, nous nous sommes intéressés aux effets de l'apport par voie entérale d'un supplément nutritionnel, contenant de la Gin sous forme de dipeptide (alanyl-glutamine) associé à des micronutriments antioxydants (zinc, sélénium, β-carotène, vitamines C et E), vis-à-vis de l'apport d'une solution de Gln seule sur le protéome duodénal de volontaires sains [articie3j. L'association à la Gln d'un mélange d'antioxydants module significativement le protéome duodénal humain des sujets sains. Les perspectives de ces recherches seraient de poursuivre l'analyse du protéome intestinal humain en situations d'agression et de dénutrition afin de permettre l'identification de cibles thérapeutiques pour des interventions pharmaco-nutritionnelles

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Chapeton, Montes Diana Joanne. "Influence de l'environnement sur le protéome de surface de Clostridium difficile : analyse globale et caractérisation de la cystéine protéase Cwp84." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00790732.

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Abstract:

Clostridium difficile est une bactérie pathogène responsable de diarrhées nosocomiales et de la plupart des colites pseudomembraneuses. Le principal facteur de risque est la prise d'antibiotiques qui altère la composition du microbiote intestinal, et favorise ainsi l'implantation de la bactérie au niveau colique. Après une étape de colonisation, la bactérie produit ses principaux facteurs de virulence, les toxines A et B. La colonisation est un processus multifactoriel, qui met en jeu différentes protéines de surface dont des adhésines et une cystéine protéase Cwp84.Dans une première partie, nous avons analysé le processus de maturation de la protéase Cwp84, ainsi que sa localisation dans la bactérie, afin de mieux comprendre son rôle dans la virulence de C. difficile. La protéase recombinante, purifiée sous forme de zymogène, présente un processus de maturation particulier comprenant des clivages successifs, qui aboutissent à la forme mature de 47 KDa. La protéase ainsi activée présente une activité protéolytique sur la fibronectine. Dans la bactérie, Cwp84 existe sous deux formes majoritaires, associées à la surface de la bactérie : une première forme, d'environ 80 KDa, associée aux protéines de la couche S, dont le rôle serait de cliver le précurseur des protéines de la couche S en deux protéines matures ; une deuxième forme, d'environ 50 KDa correspondant vraisemblablement à la forme mature de la protéase recombinante de 47 KDa, est retrouvée à la fois dans la fraction extracellulaire et associée à la surface de la bactérie. Nous avons montré que la protéase rélarguée est capable de se ré-associer sous sa forme mature de manière spécifique à la surface de C. difficile. Dans une deuxième partie, nous avons analysé l'impact de conditions environnementales mimant celles rencontrées par la bactérie au cours de son transit dans le tractus digestif de l'hôte, sur la modulation de facteurs de colonisation, dont la protéase. Nous avons montré qu'un pH acide favorise à la fois l'expression et le processus de maturation de la protéase vers sa forme mature de 47 KDa. Des analyses protéomiques et transcriptomiques ont montré que d'autres protéines impliquées dans colonisation sont surexprimées dans un milieu avec glucose, cette régulation étant vraisemblablement liée à la diminution du pH résultant de la fermentation du glucose plutôt qu'à un effet direct de ce sucre. Cette régulation des facteurs de virulence par le pH acide est probablement un élément favorable au processus de colonisation de l'hôte. Ces différentes analyses ont également permis l'identification de facteurs de virulence potentiels, qui devront être caractérisés par la suite.

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Jancek, Séverine. "Signatures génomiques de trois écotypes de l'algue verte Ostreococcus (Chlorophyta, Prasinophyceae) : analyse de leur protéome." Perpignan, 2008. http://www.theses.fr/2008PERP0853.

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Abstract:

Les plus petits eucaryotes connus à ce jour sont des unicellulaires planctoniques du genre Ostreococcus. Les génomes complets de trois souches d’Ostreococcus, isolées à partir de trois niches écologiques différentes, ont récemment été séquencés. Ces « écotypes » correspondent à une souche de surface adaptée à une forte exposition à la lumière (Ostreococcus lucimarinus), une souche de profondeur adaptée à une luminosité plus faible (O. Sp. RCC809) et une souche de surface adaptée aux intensités lumineuses fortes à faible (O. Tauri). La comparaison de ces génomes a dans un premier temps révélé une divergence inattendue en acides aminés entre les gènes orthologues (identité moyenne de 70%) et d’autant plus surprenante que les séquences des gènes du 18S, les gènes marqueurs utilisés pour caractériser les espèces planctoniques, ont en moyenne 99% d’identité. La comparaison de la divergence entre ces trois souches avec la divergence entre les génomes eucaryotes disponibles dans 4 lignées eucaryotes (métazoaires, viridiplantae, ascomycètes et chlorophytes) a permis de mettre en évidence que le gène marqueur 18S sous-estimait nettement la divergence globale des organismes unicellulaires. Dans un second temps, j’ai comparé les protéomes des trois Ostreococcus afin de déterminer les bases génétiques de leur adaptation à leur niche écologique. Cette comparaison a permis l’identification à la fois des gènes orthologues communs aux trois souches et des gènes spécifiques propres à chaque souche. Les fonctions des gènes spe��cifiques et les taux de substitution des gènes orthologues m’ont permis d’identifier des gènes candidats à l’origine des adaptations de ces organismes à leur milieu
The genus Ostreococcus regroups the smallest unicellular photosynthetic eukaryotes known to date. Complete genome of three species of Ostreococcus, isolated from three different ecological niches, have been recently entirely sequenced. These ecotypes correspond to a surface strain adapted to high light intensity (Ostreococcus lucimarinus), a deep strain adapted to low light intensity (O. Sp. RCC809) and a polyvalent surface strain adapted to high light and low light intensity (O. Tauri). First, genome comparison reveals an unexpected divergence in amino acids between orthologous genes (mean identity of 70%) and more surprising that their 18S sequences, marker genes used to characterized planktonic species, have an identity above 99%. Divergence between these three strains have been compared with divergence between complete genomes available in four eukaryotic lineages (Metazoa, Viridiplantae, Ascomycetes and Chlorophyta). These comparisons underlined the fact that the 18S marker gene underestimates the global divergence in unicellular organisms. Second, I compared the proteomes of the three Ostreococcus to determine the genetic basis of their adaptation to their ecological niche. This comparison allowed to identify both orthologous genes shared by the three strains and species specific genes for each strains. Research of the functions of specific genes in one hand, and estimation of the substitution rates between orthologous genes in the other hand, allowed to identify the likely canditates for the origin of adaptation of these organisms to their environment, and this analysis suggests a major role of transmembrane proteins in species evolution

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Boisson, Bertrand. "Caractérisation et fonction de la N-myristoylation du protéome d'Arabidopsis thaliana." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066367.

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Michaut, Magali. "Analyse de données transcriptome et protéome pour l'étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00362822.

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Abstract:

Ce travail a pour objet l'analyse de données transcriptome et protéome pour l'étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds, en particulier chez la cyanobactérie Synechocystis. Cet organisme procaryote permet notamment d'aider à la compréhension des plantes tout en étant facilement manipulable génétiquement. La démarche a d'abord consisté à analyser les réponses transcriptionnelles des gènes de Synechocystis en conditions de stress, notamment en présence de cadmium ou de peroxyde d'hydrogène. Des méthodes de prédiction d'interactions protéine-protéine ont ensuite été développées aﬁn de construire un réseau d'interactions. Ce dernier a été comparé à un réseau d'interactions identiﬁées expérimentalement, notamment en termes de structure. Puis il a été complété avec les données de transcriptome précédemment analysées, aﬁn d'obtenir une vision plus intégrée des diﬀérents phénomènes et d'étudier la dynamique des modules fonctionnels. Les résultats font apparaître diﬀérentes phases dans les réponses transcriptionnelles, ainsi que des groupes fonctionnels de protéines en interaction et co-exprimées. De plus, l'automatisation d'une méthode de classiﬁcation mixte hiérarchique-pyramidale est proposée. Une méthode d'identiﬁcation de biais de composition entre des groupes de protéines a aussi été développée. Par ailleurs, un outil de prédiction d'interactions protéine-protéine, applicable à toutes les espèces séquencées, a été développé. Ce logiciel open-source, InteroPorc, présente l'avantage d'être ﬂexible, puisqu'il peut s'appliquer à différents jeux d'interactions sources. En outre, l'outil est facilement utilisable en ligne à travers une interface web.

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Michaut, Magali. "Analyse de données transcriptome et protéome pour l’étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds." Paris 11, 2008. http://www.theses.fr/2008PA112178.

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Abstract:

Ce travail a pour objet l'analyse de données transcriptome et protéome pour l'étude des réponses aux stress oxydants et aux métaux lourds, en particulier chez la cyanobactérie Synechocystis. Cet organisme procaryote permet notamment d'aider à la compréhension des plantes tout en étant facilement manipulable génétiquement. La démarche a d'abord consisté à analyser les réponses transcriptionnelles des gènes de Synechocystis en conditions de stress, notamment en présence de cadmium ou de peroxyde d'hydrogène. Des méthodes de prédiction d'interactions protéine-protéine ont ensuite été développées afin de construire un réseau d'interactions. Ce dernier a été comparé à un réseau d'interactions identifiées expérimentalement, notamment en termes de structure. Puis il a été complété avec les données de transcriptome précédemment analysées, afin d’obtenir une vision plus intégrée des différents phénomènes et d’étudier la dynamique des modules fonctionnels. Les résultats font apparaître différentes phases dans les réponses transcriptionnelles, ainsi que des groupes fonctionnels de protéines en interaction et co-exprimées. De plus, l'automatisation d'une méthode de classification mixte hiérarchique-pyramidale est proposée. Une méthode d'identification de biais de composition entre des groupes de protéines a aussi été développée. Par ailleurs, un outil de prédiction d'interactions protéine-protéine, applicable à toutes les espèces séquencées, a été développé. Ce logiciel open-source, InteroPorc, présente l'avantage d'être flexible, puisqu'il peut s'appliquer à différents jeux d’interactions sources. En outre, l’outil est facilement utilisable en ligne à travers une interface web
This work aims at studying responses to oxidative stress and heavy metals through transcriptomic and proteomic data analysis, in particular in the cyanobacterium Synechocystis. This organism is a prokaryote largely studied which notably enables to improve the understanding of plants and is easy to manipulate genetically. The approach first involved analysing the transcriptional responses of Synechocystis' genes in stress conditions, particularly in the presence of cadmium or hydrogen peroxide. Methods to predict protein-protein interactions were then developed in order to construct an interaction network. This network was compared to an experimental network in terms of structure. It was then complemented with transcriptomic data previously analysed in order to obtain a more integrated view of the different phenomena and to study the dynamics of functional modules. The results show different phases in the transcriptional responses as well as functional groups of interacting and coexpressed proteins. In addition, the automation of a mixed hierarchical-pyramidal classification method is proposed. A method to identify composition biases between groups of proteins was also developed. Furthermore, a protein-protein interaction prediction tool was developed, of use for all sequenced species. This open-source software, InteroPorc, has been made available and has the great advantage of being flexible since it can be applied to different source interactions. Furthermore this tool can be easily run online through a web interface (http://biodev. Extra. Cea. Fr/interoporc/)

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Blanc, Jean-Frédéric. "Carcinogénèse hépatique : rôle des protéases matricielles et identification de nouveaux acteurs par analyse globale du protéome des carcinomes hépatocellulaires." Bordeaux 2, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR21129.

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Abstract:

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) se développe sur cirrhose, donc sur un foie siège d'altérations stromales. Les interactions entre stroma et cellules tumorales sont donc dans ce cas une cible d'étude pertinente. Nous avons étudié le rôle des protéases matricielles et montré que les cellules tumorales hépatiques régulent la production de MMP-2 pour les myofibroblastes. In vivo, sur un modèle de carcinogenèse chimique chez le rat, la pravastatine diminue la progression et le pouvoir invasif des tumeurs en diminuant l'activation de la MMP-2. Afin d'identifier les acteurs de la carcinogenèse hépatique, nous avons analysé le protéome des CHC développés sur hépatite C et décrit 45 protéines exprimées différentiellement. Parmi ces protéines, la reptine a fait l'objet d'une analyse complémentaire. Sa surexpression dans la lignée HuH7 augmente la tumorigénicité des cellules lors de xénogreffes sur des souris immunodéprimées alors que sa sous-expression induit l'apoptose de ces cellules
Hepatocellular carcinoma (HCC) arises often in cirrhotic patients with deep stromal alterations. Then, the study of interactions between stroma and cancerous cells is of great interest. We studied the function of matrix proteases in HCC progression and we have shown that tumoral hepatocytes regulated MMP-2 production by hepatic myofibroblasts. Then, using a model of chemical hepatocarcinogenesis in rats, we have shoxn that pravastatin decrease the metastatic potential of tumors, associated with an inhibition of MMP-2 activation. Finally, a proteomic analysis of hepatocellular carcinoma developed in hepatitis C allowed us to identify 45 proteins differentially expressed. Among these proteins, we have demonstrated the involvement of reptin in hepatic carcinogenesis. Indeed, the over expression of reptin in HuH7 cells increased the tumorigenicity of these cells after injection in immunocompromised mice whereas the down-regulation of reptin led to an apoptosis of the cells

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Turck, Natacha. "Analyse du protéome nucléaire au cours des processus de prolifération/différenciation dans les cellules épithéliales intestinales Caco-2/TC7." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2004. http://www.theses.fr/2004STR13097.

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Dsamou, Micheline. "Protéome salivaire et sensibilité à l'amertume chez l'Homme." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00935220.

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Abstract:

L'amertume fait partie intégrante de notre alimentation. Elle est par exemple fortement représentée dans certaines boissons (ex: café) ou dans certains légumes tels les crucifères. Néanmoins, la perception de l'amertume varie entre les individus et certains aliments considérés comme bénéfiques pour la santé peuvent être rejetés en raison de leur goût amer. Des facteurs génétiques (ex : polymorphisme génétique des récepteurs du goût amer) ou environnementaux (ex : âge, prise de médicaments) expliquent en partie les variations interindividuelles dans la perception de l'amertume. Cependant, d'autres facteurs péri-récepteurs pourraient intervenir, notamment la composition salivaire. Afin d'investiguer dans un premier temps le lien existant entre le protéome salivaire propre à un individu et sa sensibilité à l'amertume, le seuil de détection du goût amer de la caféine a été mesuré sur 29 hommes sains. Leur salive au repos a été étudiée par électrophorèse mono- et bidimensionnelle. L'analyse par électrophorèse bidimensionnelle de la salive au repos des 6 sujets les plus sensibles et 6 les sujets les moins sensibles à la caféine a permis la détection de 255 spots, dont 26 étaient significativement différents entre hyper- et hyposensibles. L'identification de ces 26 spots a révélé la surexpression de fragments d'alpha amylase, de fragments d'albumine sérique, et de sous-unités alpha de l'immunoglobuline A ainsi que la sous-expression de cystatine SN chez les hypersensibles. Ce dernier résultat a été confirmé par Western Blot. Ceci a permis de formuler une hypothèse sur le rôle de la protéolyse en bouche sur la sensibilité à l'amertume. Dans un deuxième temps et afin d'étudier l'effet des molécules amères sur la composition salivaire, une étude in vitro a été menée sur la lignée cellulaire de glandes salivaires humaines HSG différenciées en acini ou non. Après une mise au point des conditions de différenciation (culture dite en 3D), la cystatine SN a été détectée dans les cellules HSG par Western blot après traitement des cellules à la caféine, à la quinine, et à l'urée. Après traitement à la caféine à 5, 50 ou 100µM, une quantification par ELISA a mis en évidence que la cystatine SN était toujours plus abondante dans les cellules HSG différenciées que dans les cellules non-différenciées. Spécifiquement dans les cellules différenciées, l'exposition à la caféine induisait une sur-expression de cystatine SN, la teneur maximale en cystatine SN étant observée avec la caféine à 50 µM. La présence de cystatine SN a également été détectée dans les milieux de culture

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Mihour, Fatma. "Influence de la conservation au froid des échantillons alimentaires sur la viabilité des microorganismes présents : Essais de cryoprotection : approches microbiologiques et protéomique." Massy, ENSIA, 2003. http://www.theses.fr/2003EIAA0127.

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Ali, Rachedi Sonia. "Etude de la dormance des graines chez nicotiana plumbaginifolia et arabidopsis thaliana : role de l'acide abscissique et analyse proteomique." Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2002. http://www.theses.fr/2002INAP0051.

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Abstract:

La dormance chez les graines se caractérise par une incapacité temporaire à germer lorsqu'elles sont placées en conditions favorables à la germination. Chez Nicotiana plumbaginifolia (N. P. ) PbH1D la mise en place de la dormance au cours de la maturation des graines est concomitante d'une forte augmentation de la teneur en ABA et précède l'accélération finale de la déshydratation. Chez un mutant GA déficient la teneur en ABA est réduite ce qui révèle que les GAs participent à la régulation de la teneur en ABA au cours de la maturation des graines et donc à la mise en place de la dormance. Chez N. P. Comme chez Arabidopsis thaliana (A. T. ) écotype CVI les graines matures dormantes (D) fabriquent del'ABA entre 24 h et trois jours après le début de l'imbibition. Cette synthèse est responsable de la germination lente, elle est supprimée par la déficience en ABA ou un traitement au fluridone et ne se produit pas chez les graines non dormantes (ND). Elle est également supprimée par les traitements levant la dormance, comme un apport de GAs chez N. P. Et la stratification ou l'apport de nitrate chez A. T. . Les deux espèces, peuvent donc se différencier par le rôle plus ou moins antagoniste des GAs vis à vis de la néosynthèse d'ABA, expression de la dormance. Pour mieux comprendre les conséquences des différences hormonales sur le fonctionnement métabolique général de la graine, nous avons développé une analyse protéomique de la dormance des graines chez At. Nous avons analysé les profils bidimensionnels des protéines totales des semences D et ND sèches et imbibées. Nous avons identifié 138 protéines par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Cette étude nous a permis de montrer que la. .
Seeds dormancy is characterised by a temporary inability to germinate when they are placed in favourable germination conditions. In Nicotiana plumbaginifolia (Np) PbH1D, the establishment of dormancy during maturation of seeds is concomitant to a great increase in ABA content and occurs before the final acceleration of dehydration. In an ABA deficient mutant, production of ABA is very low and dormancy does not occur. In a GA deficient mutant, ABA content is reduced which is an indication that GAs are implicated in the regulation of ABA content during maturation of seeds and thus the establishment of dormancy. In Np, as well as in Arabidopsis thaliana CVI ecotype, mature dormant grains (D) produce ABA 24 hours to three days after the beginning of imbibition. This synthesis is responsible for slow germination, it is suppressed by a deficiency of ABA or fluridone treatment and does not occur in non-dormant grains (ND). It is also blocked by treatments suppressing dormancy, like addition of GAs in N. P. And stratification or addition of nitrate in A. T. . Both species can thus be distinguished by a more or less antagonistic role of GAs versus neo-synthesis of ABA, which is an expression of dormancy. In order to better understand the consequences of these hormonal differences upon the general functioning of metabolism in the seed, we developed a proteomic analysis of seeds in A. T. The genome of which has been completely sequenced. We have analysed bidimensional profiles of total proteins of D and ND seeds, dry and imbibed. We were able to identify by MALDI-TOF mass spectrometry 138 proteins. This study permit us to show that dry seeds are the site of metabolic changes.

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Tasleem-Tahir, Ayesha. "Analyse du protéome de l'albumen et des couches périphériques du grain de blé (Triticum aestivum L.) en développement : vers une intégration des données avec le transcriptome." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00923145.

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Abstract:

Le blé est la seconde céréale la plus produite dans le monde. Il constitue une importante source de denrées alimentaires et de beaucoup d'autres usages industriels. La compréhension des mécanismes impliqués dans le développement du grain de blé est fondamentale pour développer des blés à valeur ajoutée. La physiologie du grain de blé et les mécanismes moléculaires impliqués dans son développement nécessitent d'être mieux connus et ces connaissances pourront être très utiles pour l'amélioration du blé mais aussi des autres céréales. L'approche protéomique a été aussi utilisée dans ce contexte mais aucun travail n'avait jusqu'ici été réalisé sur la totalité des phases de développement des tissus et sur des intervalles de temps très courts. La caractérisation des changements d'expressions protéiques dans les couches périphériques du grain et de l'albumen est présentée dans cette étude. Nous avons utilisé les grains de Triticum aestivum de la variété Récital, cultivés à l'INRA de Clermont-Ferrand. Les grains ont été prélevés tous les 50°C jour (°Cj) depuis la fécondation jusqu'à la maturité sur 15 stades de développement pour les couches périphériques et sur 21 stades pour l'albumen amylacé. Pour chaque échantillon, les couches périphériques des grains ont été disséquées et les protéines totales extraites. L'analyse des protéines en électrophorèse bidimensionnelle puis par spectrométrie de masse MALDI-TOF a permis d'identifier via l'interrogation des bases de données, 207 protéines différentiellement exprimées sur 15 stades de développement (0°Cj-700°Cj). Ces protéines ont ensuite été classées en 16 classes fonctionnelles. L'analyse en cluster a révélé 5 profils d'expression au cours du temps. Parallèlement, l'albumen amylacé a été isolé des grains et les protéines métaboliques de ce tissu extraites. Après électrophorèse bidimensionnelle des protéines, 487 protéines variant significativement dans l'albumen sur l'ensemble des stades de développement (0°Cj-1006°Cj) ont été identifiées par utilisation de la LC-MS. Les protéines ont été réparties sur neuf profils d'expression et 17 fonctions biochimiques. Le protéome des couches périphériques a ensuite été comparé au protéome de l'albumen dans le but de comprendre si l'évolution des processus biochimiques diffère dans chacun de ces tissus. Au final, nous avons optimisé l'intégration des données protéomiques avec celles du transcriptome (en se focalisant sur les protéines du métabolisme carboné). Seulement 32% des profils d'expression protéome/transcriptome montrent une corrélation significative au cours du développement (152°Cj-700°Cj). Les profils d'expression des enzymes ont été comparés sur les deux niveaux. Ils devraient permettre de distinguer les processus régulés au niveau du transcriptome de ceux régulés au niveau du protéome. L'ensemble de ces données pourra être compilé dans une base de données propre de la variété Récital et utilisé comme référence dans l'étude des maladies et des stress abiotiques des tissus du grain de blé en développement.

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Alazay, Ludovic. "Étude des mécanismes d’actions de la stimulation électrique haute fréquence utilisée comme traitement de la maladie de Parkinson." Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10255.

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Abstract:

La maladie de Parkinson est une maladie neuro-dégénérative d’hypo-motricité. Des facteurs génétiques et environnementaux ont été mis en évidence dans son apparition. Les traitements reposent sur une approche pharmacologique ou chirurgicale. Le traitement par stimulation cérébrale profonde (SCP) mis au point par le Professeur Benabid a démontré son efficacité. L’objectif de cette étude est de comprendre les mécanismes d’action de la SCP. Nous avons montré, par une étude du transcriptome par micro-array, que la stimulation électrique à haute fréquence provoque un profil d’expression génique propre. Les modifications de l’expression génique portent essentiellement sur des gènes de la synthèse et dégradation protéique ainsi que de la transcription et maturation des ARN. L’importance des contrôles qualités est mise en avant et nous présentons des moyens d’améliorer la reproductibilité des résultats de micro-array. L’étude a été poursuivi par une approche de l’expression protéique par incorporation de méthionine marquée et par spectrométrie de masse SELDI-TOF. Les résultats montrent une diminution significative de l’expression protéique lors de la stimulation électrique
Parkinson's disease is a neurodegenerative disease of hypomotricity. Both genetic and environmental factors are involved in it development as research could state. Pharmacological or chirurgical treatments can be considered. Deep brain stimulation (DBS) developed by Professor Benabid, is a treatment that proved its efficiency. As a whole, this study intends to analyse how the DBS mechanisms are. A micro-array transcriptomic was done. It enables to highlight that electrical high frequency stimulate a deep change in the genetic expression profile. Major impacts are seen on the expression of genes responsible of protein synthesis and catabolism as well as many acting on RNA transcription and maturation. The importance of quality control is highlighted and techniques to improve reproducibility of micro-array’s results are described. A second step analyse proteins’ expression through incorporation of radioactive methionin and SELDI-TOF mass spectrometry. Results shown a significant decrease of proteins’ expression provoked by the high frequency electrical stimulation

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Villers, Fanny. "Tests et sélection de modèles pour l'analyse de données protéomiques et transcriptomiques." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112198.

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Abstract:

Les techniques permettant de recueillir des données d'expression pour un grand nombre de gènes ou protéines se sont développées ces dernières années. L'objet de cette thèse est de contribuer à l'apport de méthodes statistiques adaptées pour traiter ces données. Une première partie est consacrée à l’analyse différentielle de données protéomiques obtenues à partir d’images d’électrophorèse. Il s’agit de détecter les protéines dont l’abondance diffère selon différentes conditions expérimentales. Dans le cas où l’on compare plus de deux conditions simultanément, l’analyse différentielle consiste à détecter les composantes non nulles de l’espérance d’un vecteur gaussien dont les composantes ne sont pas indépendantes et dont la structure de dépendance est connue. Nous proposons une approche de type "sélection de modèles" basée sur la minimisation d'un critère des moindres carrés pénalisés. Les deux autres parties de la thèse concernent les modèles graphiques gaussiens, qui peuvent être utilisés pour décrire les réseaux d’interactions entre gènes. Dans la deuxième partie, nous présentons une étude basée sur des simulations afin de comparer les performances de plusieurs méthodes d'estimation de graphe. Dans la troisième partie nous proposons un test de validation de graphe. Les biologistes ont en effet souvent une bonne connaissance des relations directes entre gènes et nous proposons de tester si le graphe qui s'en déduit est correct. Pour cela nous construisons un test de voisinage de chaque sommet du graphe. Notre procédure est basée sur le test d'une hypothèse linéaire dans un modèle de régression multivariée dont les variables explicatives sont aléatoires
The techniques for gathering data expression for a large number of genes or proteins have grown in recent years. The purpose of this thesis is to provide statistical methods appropriate to treat these data. The first part concerns the differential analysis of proteomic data obtained from bidimensional electrophoresis. The aim is to detect the proteins whose abundance differs according to the experimental condition. When we compare simultaneously more than two conditions, this comes to detect the non-zero components of the mean of a Gaussian vector whose components are not independent and whose dependence structure is known. We propose a model selection approach based on the minimization of a penalized least squares criterion. The two other parts of the thesis concern Gaussian graphical models, that can be used to desribe interactions between genes. In the second part we propose a study based on simulations to compare the performances of several methods of graph estimation. In the third part we propose a test of graph. Indeed, biologists often have a previous knowledge of the genetic network and may want to assess the quality of their model thanks to gene expression data. To this aim we constructed a procedure for testing the neighborhoods of the nodes of the graph. Our procedure is based on the test of a linear hypothesis in a Gaussian linear regression in random Gaussian design

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Kolditz, Catherine-Inès. "Déterminisme nutritionnel et génétique de la teneur en lipides musculaires chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) : étude par analyse de l'expression de gènes candidats, du protéome et du transcriptome du foie et du muscle." Thesis, Bordeaux 1, 2008. http://www.theses.fr/2008BOR13717/document.

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Abstract:

Ce travail de thèse a eu pour objectif d’identifier les mécanismes majeurs intervenant dans la régulation de l’adiposité musculaire chez la truite arc-en-ciel. Pour cela, nous avons analysé les effets combinés de la sélection génétique et de l’alimentation, facteurs prépondérants de variation de l'adiposité. Deux lignées de truites arc-en-ciel sélectionnées sur la teneur en lipides du muscle dorsal ("muscle gras" et "muscle maigre"), ont été nourries pendant 6 mois avec un régime contenant 10 ou 23% de lipides (% de la matière sèche). Nous avons mesuré l'activité et/ou l'expression d’enzymes clé des principales voies métaboliques intervenant dans l'utilisation de l'énergie, puis développé une analyse différentielle globale à l’échelle du transcriptome (microarray nylon) et du protéome (électrophorèse bidimensionnelle). Ces analyses portent sur le muscle blanc, tissu cible de la sélection, et le foie, carrefour métabolique et site majeur de la lipogenèse chez les poissons. Les résultats obtenus confirment l’effet inhibiteur d’un apport alimentaire riche en lipides sur la lipogénèse et la désaturation des acides gras dans le foie, déjà observé chez des individus de plus grande taille, et fournissent de nouvelles connaissances sur l’effet exercé sur les autres voies, en particulier la protéolyse. Ces analyses ont également permis de mettre en évidence des différences métaboliques existant entre lignées, qui concernent non seulement le métabolisme des lipides mais aussi celui des autres substrats énergétiques. Il apparaît que les deux moyens utilisé pour augmenter la teneur en lipides du muscle mettent en jeu des mécanismes moléculaires différents. Nos travaux ont permis d’identifier deux gènes dont l’expression est augmentée dans le muscle en réponse à un apport alimentaire riche en lipides et par la sélection génétique en faveur d’un indice d’adiposité musculaire élevé, et qui pourraient être des marqueurs moléculaires de l’adiposité musculaire
The objective of the study was to identify genes and proteins that are involved in the control of muscle fat deposition in rainbow trout. We analyzed the combined effects exerted by genetic selection and dietary treatment, which are the two main factors that can be used to manage body fat content. Two lines of rainbow trout, obtained after 3 generations of divergent selection for high or low muscle fat content, were fed diets containing either 10% or 23% lipids (% dry matter), for six months. We analyzed the activity and gene expression of key enzymes involved in energy utilization, and performed a more global approach through transcriptome (nylon microarray) and proteome (two- dimensional electrophoresis) analysis. We analyzed the liver, which is the centre of intermediary metabolism and the main site of lipogenesis in fish, and the muscle, the target tissue of the selection provedure. The results confirmed the depressing effect exerted by a lipid rich diet on lipogenesis and fatty acid desaturation, already described in larger size fish, and provided new insight about the effect exerted on the other metabolic pathways, in particular the proteolysis. These analyses pointed out metabolic differences existing between lines. They involved not only lipid metabolism, but also the other pathways of nutrient utilization. With regard to their muscle-fattening effect, the dietary treatment and the genetic selection appear to act through different molecular mechanisms. These analyses allowed the identification of two genes that are over-expressed in muscle upon both high dietary lipid supply and upward selection for muscle fat content, suggesting that these two genes could be relevant molecular markers of muscle fattening

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Fabre, Bertrand. "Analyse de la diversité structurale des complexes de protéasome humain par approches protéomiques quantitatives." Toulouse 3, 2013. http://www.theses.fr/2013TOU30328.

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Abstract:

La plupart des fonctions cellulaires essentielles nécessitent l'action coordonnée d'un nombre important de protéines qui sont associées en complexes multi-protéiques, ces derniers étant souvent hautement dynamiques à la fois dans le temps, dans l'espace, et en abondance. Le protéasome, complexe multiprotéique ubiquitaire et présent dans tous les compartiments cellulaires, est indispensable à la survie des cellules eucaryotes car il est responsable de la dégradation de protéines modifiées et non fonctionnelles, ou de protéines impliquées dans la régulation de nombreux processus cellulaires clés. Le protéasome présente donc une grande diversité fonctionnelle, mais également structurale. Il est en effet constitué par l'association dynamique de plusieurs sous complexes, un cœur catalytique appelé protéasome 20S présent dans tous les complexes de protéasome, et quatre types de régulateurs, 19S, PA28a/ß, PA28?, et PA200. Le protéasome 20S existe lui-même sous 4 formes principales, selon l'intégration contrôlée des sous-unités catalytiques standards (ß1, ß2 et ß5), ou immunologiques (ß1i, ß2i et ß5i), et peut être présent sous forme libre dans la cellule ou en association avec un ou deux complexes régulateurs, identiques ou différents. Le niveau de connaissance de la stœchiométrie de ces complexes, de leur répartition cellulaire, de leur dynamique, et de leur rôle fonctionnel spécifique est aujourd'hui très limité. L'objectif de ce travail de thèse a été de développer des approches utilisant les techniques les plus récentes d'analyses protéomiques quantitatives basées sur la spectrométrie de masse pour étudier la diversité structurale des complexes de protéasomes. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à la répartition des complexes de protéasome dans des cellules de leucémie aigüe myéloïde (U937 et KG1a). Pour cela, nous avons optimisé un protocole de fractionnement subcellulaire de cellule réticulées au formaldéhyde, un agent chimique qui va permettre de stabiliser les interactions protéine-protéine, associé à une technique de purification de l'ensemble des complexes de protéasome endogène et à une analyse par protéomique quantitative. Nos résultats ont montré qu'au niveau subcellulaire, le protéasome est régulé via des changements d'interaction avec ses régulateurs plutôt que via des variations de la stœchiométrie en sous unités-catalytiques. Dans un second temps, nous avons cherché à déterminer l'ensemble des protéines partenaires du protéasome dans les différents compartiments des cellules U937, pour accéder à ses fonctions subcellulaires principales. Nous avons montré que le protéasome est plutôt impliqué dans les voies de signalisation intracellulaire dans le cytosol alors qu'il est plutôt associé au contrôle qualité des protéines dans le réticulum endoplasmique. Dans le noyau, le protéasome semble avoir un rôle dans la transcription et la réparation de l'ADN endommagé. Ces résultats mettent en lumière des fonctions spécialisées du protéasome dans chaque compartiment cellulaire. Dans une troisième partie, nous avons étendu l'étude des complexes de protéasome à 8 lignées cellulaires d'origines différentes et avons pu montrer que les compositions en sous-unités catalytiques et en régulateurs étaient très variables en fonction du type cellulaire. Nous avons également développé une méthode d'étude de profil d'abondance protéique qui nous a permis de mettre en évidence des associations spécifiques et tout à fait originales de certains sous-complexes de protéasome, avec des régulateurs particuliers. L'une d'entre elles, l'interaction préférentielle entre l'immunoprotéasome et le régulateur PA28aß a pu être confirmée par d'autres approches biochimiques. Nos travaux, basés sur le développement d'outils biochimiques et de stratégies de protéomique quantitative innovants, ont donc permis de mieux comprendre la diversité, la stœchiométrie, et la dynamique des complexes de protéasome. Les méthodes développées pourront être appliquées à l'étude d'autres complexes protéiques d'intérêt
Most of essential cellular pathways require the coordinated action of a large number of proteins that associate to form multi-protein complexes, often highly dynamic in time, space and abundance. The proteasome, an ubiquitous multiprotein complex, is responsible for the degradation of modified and non-functional proteins, or proteins involved in the regulation of most cellular key processes. Therefore the proteasome has a large functional, but also structural, diversity. It is constituted by the dynamic association between several complexes with a central catalytic particle, called 20S proteasome, present in all proteasome complexes, and four types of regulators, called 19S, PA28aß, PA28? and PA200. The cellular 20S proteasome exists in four main conformations, depending on the controlled integration of standard (ß1, ß2 and ß5), or immunological (ß1i, ß2i and ß5i) catalytic subunits, and can be found in its free form or in association with one or two, identical or different, regulatory complexes. The level of knowledge of these complexes stoichiometry, their cellular distribution, their dynamics and their specific functional roles is now very limited. The aim of this thesis project was to develop approaches using the most recent quantitative proteomic techniques based on mass spectrometry to study the structural diversity of proteasome complex. First, we studied the distribution of proteasome complexes in acute myeloid leukemia cells (U937 and KG1a). We optimized an integrated strategy combining in vivo formaldehyde cross-linking for an early stabilization of proteasome complexes, cellular fractionation of cross-linked cells, immunopurification of proteasome complexes, and label-free mass spectrometry quantification of proteins. Our results showed that, at the subcellular level, the proteasome is mainly regulated through changes in the 20S proteasome interaction with its regulators rather than through changes in the composition of its catalytic subunits. In a second part, we identified all proteasome associated proteins in three different compartments of U937 cells to determine its main subcellular functions. We showed that the proteasome is rather associated with intracellular signaling pathways in the cytosol whereas it is mainly associated with proteins involved in protein quality control in the endoplasmic reticulum. In the nucleus, we found that the proteasome is associated with proteins involved in transcription or DNA damage response. These results highlight a specialized function of proteasome in each cellular compartment. In a third part, we extended the study of proteasome complexes to 8 cell lines of different origins and we showed that catalytic subunits and regulators compositions of proteasome complexes are highly variable depending on the cell type. In addition, we have developed a method of protein abundance profiling that allowed us to define the existence of proteasome complex subtypes formed by specific 20S proteasome species and regulatory complexes. One of these preferential interactions involving the immunoproteasome and the PA28aß regulator has been confirmed by other biochemical approaches. Our work, based on the development of innovative biochemical tools and quantitative proteomic strategies, have thus helped to better understand the diversity, the stoichiometry and the dynamics of proteasome complexes at the subcellular level and between different cell types. The developed methods might be useful to study the distribution and composition of other protein complexes

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Gouriet, Frédérique. "Mise au point d'une nouvelle technique par microarray antigénique pour le diagnostic sérologique par syndrome en maladies infectieuses." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20652.

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Cheraiti, Naoufel. "Étude des interactions entre souches de Saccharomyces lors de cultures mixtes en conditions œnologiques : implication de l'acétaldéhyde." École nationale supérieure agronomique (Montpellier), 2007. http://www.theses.fr/2007ENSA0017.

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Abstract:

L’utilisation de plusieurs souches de levures au sein d’un même inoculum peut être envisagée pour la réalisation de la fermentation alcoolique afin d’associer diverses potentialités technologiques complémentaires. Toutefois, ces associations sont limitées par l’apparition d’interactions entre souches peu étudiées jusqu’à maintenant. Nous avons tout d’abord mis au point un modèle expérimental mettant en jeu un couple de souches / Saccharomyces cerevisiae / Saccharomyces uvarum en co-culture, et permettant de mettre en évidence de telles interactions au niveau de la cinétique de fermentation, de la croissance, des produits de fermentations et du potentiel d’oxydo-réduction cellulaire. Ces modifications ont été attribuées à la diffusion d’un métabolite entre les deux souches : l’acétaldéhyde. L’extension de l’étude à diverses souches de Saccharomyces cerevisiae a révélé une production précoce importante d’acétaldéhyde pour certaines souches, propriété non encore mise en évidence par ailleurs. Afin de mieux étudier l’effet d’une telle production précoce d’acétaldéhyde au sein d’une co-culture, nous avons simulé l’élimination ou la perfusion précoce d’acétaldéhyde par des moyens physiques sur diverses souches. Les modifications métaboliques induites et leurs intensités restent très spécifiques pour chaque souche. L’étude plus particulière de la perfusion précoce d’acétaldéhyde en conditions de carence en Zinc, perfusion qui abolit les effets phénotypiques de cette carence chez de nombreuses souches de levure a été effectuée par des techniques d’analyses transcriptômique et protéômique. Cette étude nous a permis d’identifier une réponse métabolique coordonnée de la cellule à cette perfusion d’acétaldéhyde.

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Le, Feuvre Aurélie. "Etude du système ubiquitine-protéasome : analyse du rôle de la protéine hHR23/Rad23 dans l'ubiquitylation de p53 et recherche de cofacteurs du protéasome 26S." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20206.

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Abstract:

Le système Ubiquitine-Protéasome (UbPr) est au cœur de la plupart des processus biologiques, du fait de son rôle central dans la protéolyse régulée. La dégradation d'une protéine via le système UbPr implique généralement deux grandes étapes successives: l'ubiquitylation de la protéine et sa dégradation par le protéasome 26S. Cependant, il reste de nombreuses questions quant au fonctionnement du système UbPr. Durant ma thèse, j'ai suivi deux axes de recherches visant à étudier l'étape mal caractérisée qu'est l'interface ubiquitylation/dégradation. Le premier était l'étude du rôle de la protéine Rad23/hHR23, décrite comme un adaptateur impliqué dans l'adressage des substrats ubiquitylés au protéasome, sur la régulation de l'ubiquitylation de la protéine p53 par Hdm2. J'ai montré que l'effet de Rad23 est double: en plus d'inhiber la multi-mono- et la poly-ubiquitylation de p53 par Hdm2, Rad23 favorise l'auto-ubiquitylation de Hdm2. Par ailleurs, j'ai confirmé que le domaine de Rad23 responsable de ces effets est le domaine UBA2, et j'ai montré que la dimérisation de Rad23 semble impliquée dans ces processus. Le deuxième axe était d'identifier de nouveaux facteurs cellulaires impliqués dans l'adressage des substrats ubiquitylés au protéasome ou qui assistent ce dernier dans la protéolyse. Mon but était de purifier par fractionnement cellulaire des cofacteurs du protéasome qui ont un effet activateur sur la dégradation de la protéine p53 ubiquitylée. J'ai obtenu, dans un premier temps, des résultats très intéressants indiquant que le complexe PA28 αβ pourrait jouer un rôle dans l'activation du protéasome 26S. Cependant, ces résultats n'ont pas pu être compris faute de temps et en raison de problèmes expérimentaux. Dans un second temps, j'ai purifié à partir des extraits cellulaires une autre activité qui était capable de s'associer et d'activer le protéasome 26S. J'ai ainsi identifié deux activateurs potentiels: la protéine Ecm29 et le complexe de traduction eIF3
The ubiquitin-proteasome system (UPS) plays a key role in most biological pathways, due to its central function in regulated proteolysis. Protein degradation through the UPS usually occurs in two main steps: ubiquitylation of proteins and subsequent degradation by the 26S proteasome. However, many open questions remain concerning UPS functioning. During my thesis, I followed two main research axes aimed at investigating the ill-understood ubiquitylation/degradation interface. One axis was to further study the role(s) in Hdm2-mediated p53 ubiquitylation of the Rad23/hHR23 protein, known to be an adaptator involved in addressing ubiquitylated substrates to the proteasome. I showed that Rad23 effect is twofold: in addition to inhibit both multi-mono- and poly-ubiquitylation of p53 by Hdm2, Rad23 somehow favors Hdm2 auto-ubiquitylation. Moreover, I confirmed that the domain responsible for the effects of Rad23 is its UBA2 domain, and showed that Rad23 dimerization might be involved in these processes. The second axis was aimed at identifying new cellular factors involved in targeting ubiquitylated substrates to the proteasome, or in assisting 26S proteasome during protein degradation. My goal was to purify and characterize proteins, through cell extract fractionation, having a positive effect on degradation of ubiquitylated p53 by purified 26S proteasome. Rapidly, my work was focused on the PA28 αβ complex, that was found in active fractions, and I obtained striking results indicating that it could play a role in 26S activation. However, due to time constraints and technical difficulties, this part of my work could not be brought to a conclusive end yet. In a second part of this project, I purified from cell extracts another activity that is able to both bind to and activate the 26S proteasome. Two potential candidates were identified in the active fractions: the Ecm29 protein and the translational complex eIF3

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Moreau, Violaine. "Analyse bioinformatique des sites d'intéractions protéine-protéine et prédictions épitopiques." Montpellier 1, 2006. http://www.theses.fr/2006MON13515.

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Abstract:

Pour mieux comprendre les interactions protéine-protéine, deux outils bioinformatiques dédiés à la prédiction d'épitopes ont été conçus. Le premier, MIMOP, localise l'épitope par analyse de la séquence de mimotopes sélectionnés par l'anticorps (Ac) reconnaissant l'antigène (Ag). MIMOP propose deux approches : l'une recherche des similarités de séquences entre Ag et mimotopes, l'autre recherche sur l'Ag des résidus clés identifiés dans les séquences des mimotopes. Le deuxième outil, PEPOP, prédit des séquences peptidiques à partir de la structure 3D de l'Ag. Ces peptides permettent soit de localiser l'épitope (peptides antigéniques) soit d'obtenir des Acs ciblant une zone spécifique de l'Ag (peptides immunogéniques). Les différentes méthodes de conception des peptides sont basées sur l'identification de segments à la surface de l'Ag et leurs distances spatiales. La performance des deux outils a été validée par comparaison des prédictions avec des données expérimentales.

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Andreani, Jessica. "Analyse évolutive, prédiction structurale et inhibition des interactions protéine-protéine." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066291.

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Abstract:

Protein-protein interactions are of fundamental importance in virtually all cellular processes. This PhD thesis has focused on the analysis and prediction of these interactions through the combined use of structural data and evolutionary information. In a study of over 1,000 couples of homologous interfaces extracted from a database developed in our team, we uncovered astonishing plasticity in the way interface structure evolves, although we identified some rather invariant features which provide tracks for extracting meaningful information from multiple sequence alignments of binding partners. Consequently, we developed a coarse-grained interface scoring function using a multi-body statistical potential coupled to evolution. This scoring function improves the prediction of protein interfaces and was used among other methods on two practical cases of protein docking. Finally, we developed a robust computational protocol to rationalize the design of peptidic interaction inhibitors
Les interactions protéine-protéine sont fondamentales dans la plupart des processus cellulaires. Cette thèse est centrée sur l’analyse et la prédiction de ces interactions en utilisant à la fois les données structurales et l’information issue de l’évolution. A travers l’étude de plus de 1000 couples d’interfaces homologues, extraits d’une base de données développée dans notre équipe, nous avons mis en évidence une plasticité étonnante dans l’évolution de la structure des interfaces. Nous avons cependant identifié des propriétés assez conservées qui fournissent des pistes pour l’extraction d’information à partir des alignements de séquences multiples de deux partenaires en interaction. Nous avons ensuite développé une fonction de score « gros grain » utilisant un potentiel statistique multi-corps couplé à l’information évolutive. Cette fonction améliore les prédictions d’interfaces protéiques et a été utilisée dans deux cas concrets d’amarrage moléculaire. Enfin, nous avons développé un protocole bio-informatique robuste pour le design d’inhibiteurs peptidiques d’une interaction protéine-protéine

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Thierry-Mieg, Nicolas. "Modélisation informatique et analyse prédictive des interactions protéine-protéine chez Caenorhabditis elegans." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2001. http://www.theses.fr/2001GRE10185.

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Abstract:

L'objectif de cette thèse consiste en la modélisation informatiqueet l'analyse prédictive d'interactions protéine-protéine chez Caenorhabditis elegans. L'approche adoptée est la suivante. Dans un premier temps, nous avons participé à la production de données d'interaction dans le cadre du projet de cartographie systématique par double hybride des interactions protéine-protéine chez C. Elegans, dirigé par le professeur Marc Vidal au Dana Farber Cancer Institute, Boston. Nous avons été responsable de tous les aspects bioinformatiques : entre autres, conception d'amorces de PCR pour le clonage, développement d'algorithmes pour la production des données, conception d'une base de données pour le stockage, mise en place d'une interface web pour la publication des résultats. L'étape suivante a été consacrée à la construction d'une base de données d'interactions protéine-protéine multi-organismes, fédérant les données d'interaction du laboratoire de Marc Vidal avec d'autres données disponibles dans des bases spécialisées. Une attention particulière a été prêtée au choix des descripteurs retenus pour la caractérisation des protéines. Les descripteurs retenus sont éventuellement la localisation cellulaire et les mots-clés issus de SwissProt, ainsi que les domaines de Pfam, Prostite, et plus récemment InterPro. Enfin, une troisième partie a concerné la conception et la mise en oeuvre d'un système prédictif d'interactions protéine-protéine. Notre objectif est d'orienter les recherches menées dans le laboratoire du professeur Vidal, en proposant des paires de protéines susceptibles d'interagir. La méthode développée relève du domaine de l'Extraction de connaissances à partir de Données (KDD). La majeure partie du travail porte sur la conception de procédures originales de pré-traitement et de post-traitement pertinentes. Les résultats sont encourageants, et permettent d'envisager rapidement une validation biologique en collaboration avec le laboratoire du professeur Vidal.

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Beleoken, Ongmessen Elvire. "Approches innovantes appliquées à l’identification des auto-antigènes dans les hépatites auto et allo-immunes." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA11T048.

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Abstract:

L’hépatite allo-immune post-greffe de moelle osseuse (GMO) est très mal définie. Le premier objectif de notre thèse était d’identifier, par analyse sérologique du protéome, les antigènes (Ag) cibles d’auto-anticorps (Ac) présents dans le sérum de patients. Cinq patients, ayant reçu une GMO, ont développé des troubles hépatiques à l’arrêt du traitement immunosuppresseur, avec des signes histologiques ressemblant à ceux des hépatites auto-immunes (HAI). Avant et pendant l’épisode hépatique, des serums ont été testés sur des immunoblots réalisés avec des protéines nucléaires, cytosoliques, microsomiques et mitochondriales obtenues à partir d’homogénat de foie de rat, séparées par électrophorès bi-dimensionnelle et transférées sur membrane de nitro-cellulose. Après digestion trypsique, les protéines d’intérêt, marquées uniquement ou plus intensément par les sérums en phase d’hépatite, étaient identifiées par spectrométrie de masse MALDI-TOF/TOF et nanoHPLC LTQ-Orbitrap®. Un nombre total de 103 protéines antigéniques a été identifié, parmi lesquelles 12 sont reconnues par les sérums de 3 patients. A l’issue de cette première description immunologique des hépatites allo-imunes post-GMO, nous formulons des hypothèses physiopathologiques permettant d’expliquer l’évolution d’un mécanisme allo-immun vers une réaction auto-immune. En outre, nous recommandons la réduction très progressive des doses d’immunosuppresseur après GMO.La protéine hnRNP A2/B1 est une cible des anticorps anti-nucléaires (AAN) dans le lupus érythémateux disséminé (LED), la polyarthrite rhumatoïde (PR) et l’HAI. Dans la deuxième partie de la thèse, le but était de caractériser les interactions Ag-Ac en fonction de la pathologie, en utilisant la résonance plasmonique de surface par imagerie (SPRi). Trente-neuf peptides chevauchants de 17 acides aminés, couvrant l’ensemble de l’isoforme B1 de la protéine humaine, ont été immobilisés à la surface d’un prisme. Les interactions entre les peptides immobilisés et les sérums de 8 patients de chaque pathologie et de donneurs sains (D) ont été étudiées en temps réel. Les constantes de vitesse de dissociation koff, calculées pendant la phase de dissociation des complexes Ag-Ac formés, reflètent la stabilité de ces complexes.Plusieurs interactions significatives ont été observées : i) avec une stabilité élevée entre P55-70 et les sérums d’HAI par rapport aux contrôles (p= 0.003); ii) avec une faible stabilité entre P118-133 et P262-277 et les serums de LED, P145-160 et les sérums de PR par rapport aux serums D (p=0, 006; p=0,002; p=0,007). Le peptide P55-70 est donc un biomarqueur potentiel dans l’HAI. Les courbes d’interaction et les koff observés après la formation de complexes avec des anticorps anti-IgG et anti-IgM d’une part, et le traitement des sérums par des nucléases d’autre part, montrent que : i) les IgM sont majoritaires et ii) des acides nucléiques, présents ou non selon la maladie auto-immune, participent aux interactions entre les anti-hnRNP B1 et le peptide AA55-70 ainsi qu’entre les autres peptides et les sérums témoins, et contribuent à la stabilité des complexes Ag-Ac. Les résultats de nos travaux et les innovations technologiques en spectrométrie de masse et en SPR permettent d’envisager la mise au point de nouveaux tests pour le suivi des patients atteints d’hépatites auto et allo-immunes
Alloimmune hepatitis following bone marrow transplantation (BMT) is poorly characterized. The first goal of this thesis was to identify antigens (Ag) targets of autoantibodies (auto-Ab) in sera from patients, using serological proteome analysis. Five patients who received an allogeneic BMT developed liver dysfunctions with histological features suggestive of autoimmune hepatitis (AIH) after the withdrawal of immunosuppressive therapy. Before and during the onset of hepatic dysfunction, sera were tested on immunoblots performed with cytosolic, microsomal, mitochondrial and nuclear proteins from rat liver homogenate, resolved by two-dimensional electrophoresis and transferred onto nitrocellulose membranes. After tryptic digestion, antigenic targets were identified by two tandem mass spectrometry techniques: MALDI-TOF/TOF and nanoHPLC LTQ Orbitrap®. A total of 103 different proteins were identified. Twelve of them were recognized by sera from three patients. This is the first immunological description of hepatitis occurring after BMT, enabling a discussion of the mechanisms that transform an alloimmune reaction into an autoimmune response. Any decision to withdraw immunosuppression after allogeneic BMT should be made with caution and hepatic parameters monitored systematically.Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) A2/B1 is a target for antinuclear autoantibodies in systemic lupus erythematosus (SLE), rheumatoid arthritis (RA), and autoimmune hepatitis (AIH). In the second part of the thesis, the goal was to characterize Ag-Ab interactions as a function of pathology, using surface plasmon resonance imagery (SPRi). Sera from 8 patients from each pathology and healthy donors (D) were passed across a SPRi surface containing 39 overlapping peptides of 17 mers covering the human hnRNP B1. Interactions involving the immobilised peptides were followed in real time and dissociation rate constants koff for each interaction were calculated. koff values reflect the stability of the complex. Several significant interactions were observed: i) high stability (lower koff values) between P55-70 and the AIH sera compared to controls (p= 0.003); ii) lower stability (higher koff values) between P118-133 and P262-277 and SLE sera, P145-160 and RA sera compared to controls (p=0.006, p=0.002, p=0.007). These results indicate that P55-70 of hnRNP B1 is a potential biomarker for AIH in immunological tests.The binding curves and koff values observed after the formation of complexes with anti-IgM and anti-IgG antibodies and after nuclease treatment of the serum indicate that i) IgM isotypes are prevalent and ii) circulating nucleic acids, present or absent according to the autoimmune disorders, participate in the interaction between anti-hnRNP B1 and P55-70 and also between controls and the peptides studied and are involved in antigen-antibody stability. Results from our work as well as promising innovations in mass spectrometry and SPR technologies lead us to consider the development of new tests, usable in monitoring patients with auto and alloimmune liver diseases

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Charrier, Lucie. "Analyse fonctionnelle de la protéine CRB3 in vivo." Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27300.

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Abstract:

La physiologie des épithéliums requiert la distribution asymétrique de nombreuses composantes cellulaires. Cette organisation structurale est nommée polarité épithéliale et se caractérise par la formation d'un domaine apical et un domaine basolatéral. La polarisation des cellules épithéliales dépend de la protéine Crumbs 3 (CRB3 chez la souris). Plus spécifiquement, cette protéine contribue à l'établissement du pôle apical et à la formation des jonctions serrées dans les cellules épithéliales en culture. De plus, la protéine CRB3 est capable de réprimer la croissance tumorale et la formation de métastases dans des modèles de xénogreffes. Toutefois, les mécanismes moléculaires agissant en aval de CRB3 sont méconnus et les fonctions physiologiques de CRB3 in vivo chez les mammifères sont peu caractérisées. Ainsi, l'objectif de mon projet était d'analyser le phénotype des souris invalidées pour Crb3 et de valider son rôle potentiel en tant que suppresseur de tumeurs. Nous avons généré des lignées de souris permettant le knockout conditionnel de Crb3. Comme première approche, nous avons invalidé le gène Crb3 dans tout l'organisme. Nous observons une létalité périnatale associée à une détresse respiratoire. Toutefois, les animaux Crb3-/- ne présentent pas de défaut macroscopique majeur. Une analyse plus détaillée révèle des anomalies de développement des alvéoles pulmonaires, la présence de kystes rénaux et la fusion des villosités intestinales. CRB3 est également essentielle pour maintenir l'identité de la membrane apicale dans les cellules épithéliales rénales et intestinales. Une perte de CRB3 cause également une forte augmentation des niveaux de β-caténine cytoplasmique dans l'épithélium intestinal. Cette protéine est un médiateur essentiel de la voie oncogénique Wnt. De plus, la mutation de Crb3 amplifie la croissance tumorale chez les souris ApcMin/+, qui développent de nombreux adénomes dus à la suractivation de la voie Wnt. Dans l'ensemble, nos résultats mettent en lumière l'importance de CRB3 dans l'homéostasie de l'épithélium pulmonaire, rénal et intestinal. De plus, nos données suggèrent que CRB3 pourrait agir en tant que suppresseur de tumeurs via son action sur la voie Wnt.

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Boex-Fontvieille, Edouard. "Analyse fonctionnelle de la protéine WSCP chez Arabidopsis thaliana." Phd thesis, Université de Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00837559.

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Abstract:

Les protéines WSCP (Water-soluble Chlorophyll binding Proteins) de classe II sont des protéines solubles capables de fixer la chlorophylle et ses dérivés chez les Brassicaceae. Ces protéines font partie de la famille des inhibiteurs de protéases et elles présentent la particularité d'être induites en conditions de stress abiotiques à la lumière. Leurs fonctions in planta sont à ce jour très peu documentées. Cette thèse présente l'étude de la fonction physiologique d'une WSCP chez la plante modèle Arabidopsis thaliana. Nous avons montré dans un premier temps que la protéine WSCP n'est pas induite en conditions de stress pendant la photomorphogénèse. En revanche, elle est exprimée dans les plantules à l'obscurité (étiolées) et dans le tissu de transmission des fleurs, lieu de passage des tubes polliniques. Dans la fleur, nous avons mis en évidence la régulation de WSCP par les facteurs de transcriptions HEC et NTT impliqués dans le développement floral. Par une approche de génique inverse, nous avons montré un rôle de WSCP dans le contrôle de la mort cellulaire du tissu de transmission. En conséquence, la progression des tubes polliniques est altérée et la mort cellulaire non spécifique influence le développement des graines. Chez les plantules étiolées, le transcrit WSCP est exprimé au niveau de la crosse apicale, structure dont la fonction est de protéger les plantules au cours de l'émergence hors du sol. De manière intéressante, les facteurs NTT et HEC sont également exprimés dans les plantules étiolées mais régulent l'expression du gène WSCP de façon différente. De plus, la protéine WSCP s'accumule en présence de l'hormone de stress éthylène dans la crosse apicale et l'activité du promoteur du gène WSCP augmente en conditions de stress mécaniques. Prises ensembles, ces expériences laissent présager d'un rôle protecteur de la protéine WSCP au cours de la skotomorphogénèse.

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Fauny, Jean-Daniel. "Analyse fonctionnelle de la protéine Scalloped chez Drosophila melanogaster." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077066.

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Baudot, Anaïs. "Analyse bioinformatique des interactomes : une approche de la fonction cellulaire des protéines." Aix-Marseille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX22021.

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Abstract:

La plupart des fonctions biologiques sont assurées par des interactions entre macromolécules, plus particulièrement entre protéines, et forment au sein des cellules un réseau complexe composé de plusieurs centaines d'interactions. Mon travail de thèse a consisté dans une première étape à automatiser la méthode PRODISTIN, développée au laboratoire dans le but d'extraire de l'information biologique des réseaux d’interactions, et à la faire évoluer vers la prise en compte de la pondération des arêtes du réseau. Dans une deuxième étape, la méthode a été appliquée à l'étude bioinformatique des gènes paralogues issus de la duplication ancestrale du génome de la levure. Cette étude a mené à la proposition d'une échelle de divergence fonctionnelle sur la base des interactions entre protéines. Nous nous sommes ensuite intéressés à l'analyse globale de 9 voies de signalisation intégrées à l'interactome de drosophile. Ceci nous a permis d'identifier un réseau modulaire de signalisation central à l'interactome et de prédire une fonction dans la signalisation pour certaines protéines. Nous travaillons actuellement à une analyse locale de la voie de signalisation Pi3K intégrée à l'interactome humain
Organism cell functioning mainly depends on physical interactions, more particularly between proteins. These protein-protein interactions form complex intricate networks in the cell. The aim of my PhD work was first to automatize the PRODISTIN method, developped in the lab in order to extract biological information from interaction networks, and to expand it to weighted networks. Second, the method has been applied to study paralogous genes, remnant of yeast whole genome duplication. It permitted to propose a functional scale of divergence for duplicated genes based on the analysis of protein-protein interactions. Third, we made a global analysis of 9 signaling pathways integrated in the drosophila interactome. We identified a modular signaling network lying centrally in the interactome and predicted a signaling function for certain proteins of yet unknown function. We are currently working on a local analysis of Pi3K signaling pathway integrated in human interactome

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Miroux, Bruno. "Analyse de la structure secondaire d'une protéine membranaire mitochondriale la protéine découplante du tissu adipeux brun." Paris 11, 1993. http://www.theses.fr/1993PA11T018.

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Condemine, Wilfried. "Protéine PML endogène : analyse biochimique et étude en biologie celulaire." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077092.

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Abstract:

Un nombre important de propriétés très diverses ont été proposées pour PML. Nous avons décidé de déterminer directement l 'abondance relative des différentes isoformes PML endogènes. Les formes majoritaires de PML co-migrent avec PML-I/-II, alors que PML-III/-IV/-V s'avèrent systématiquement minoritaires. La relevance physiologique des précédentes études qui reposaient exclusivement sur la surexpression de PML-IV est donc à reconsidérer. Si la relation décrite entre PML-III et le centrosome n'a pas pu être confirmée, les régions spécifiques C-terminales des isoformes conservées dans l'évolution, PML-I/-IV/-V, possèdent toutes une propriété d'adressage nucléolaire, suggérant une relation PML-nucléole. Une nouvelle structure nucléaire définie par PML, baptisée NANB (Nucleolus-Associated Nuclear Bodies), est présente dans des fibroblastes humains primaires. Dans ces structures, la protéine PML est simultanément reliée au nucléole, à la sénescence et à la dégradation protéique
An important number of various properties were suggested for PML. We decided to determinate directly the relative abundance of the endogenous different PML isoforms. Major PML isoforms co-migrate with PML-I/-II, whereas PML-III/-IV/-V are systematically minor. So, the physiological aspect of the previous studies that were exclusively with PML-IV surexpression is to be reconsidered. If the relation described between PML-III and the centrosome could not be confirmed, the specific C-termini of evolutionarily conserved isoforms, PML-I/-IV/-V, share a property of nucleolar targeting, suggesting a PML-nucleolus relation. A new nuclear structure defined by PML, and called NANB (Nucleolus-Associated Nuclear Bodies), is present in human primary fibroblasts. In these structures, PML is simultaneouslv connected to the nucleolus, senescence and proteic degradation

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Moreau, Karen. "Analyse structurale et fonctionnelle de la protéine intégrase des rétrovirus." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10132.

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Abstract:

L'intégration du génome viral au sein de l'ADN cellulaire est une étape essentielle du cycle réplicatif des rétrovirus. Elle nécessite deux éléments viraux qui sont la protéine intégrase (IN) et les séquences spécifiques (att) présentes aux extrémités de l'ADN. La protéine intégrase est responsable de l'insertion des deux extrémités virales en un même site selon un processus appelé intégration concertée. Le travail présenté dans ce manuscrit a pour but une meilleure compréhension du processus d'intégration rétrovirale et une caractérisation plus précise de la protéine intégrase. Les travaux évoqués ont éte réalisés in vitro dans un système reproduisant fidèlement l'intégration concertée. Ce système a été mis au point sur le modèle des protéines intégrase d'un virus appartenant à la famille des ALSV (Avian Leukemia and Sarcoma Viruses) (le virus RAV-1 : Rous Associated Virus type 1) et d'un lentivirus (le virus HIV-1 : Human Immunodeficiency Virus). L'analyse de différents mutants de la protéine intégrase du virus RAV-1 a permis de définir des résidus essentiels qui sont impliqués dans différentes fonctions de l'enzyme telles que ses activités catalytiques (clivage, ligation, désintégration), la fixation à l'ADN et la multimérisation. Ainsi, au niveau du domaine central, la mutation de certains résidus entraîne des clivages anormaux des extrémités virales. Ces résidus pourraient donc être directement impliqués dans la reconnaissance de l'ADN viral. D'autres mutations au niveau des domaines central et C-terminal inhibent la multimérisation de l'intégrase ainsi que l'intégration concertée. D'autre part, l'importance de chacune des extrémités virales a été analysée dans ce système. Il a pu être mis en évidence que la présence d'une seule extrémité virale est suffisante pour réaliser un processus d'intégration concertée bien que l'efficacité soit fortement réduite. L'absence d'extrémité virale autorise une intégration conjointe des deux extrémités mais le processus est peu efficace et non-concerté. L'ensemble des données obtenues nous apporte de nouveaux éléments pour une meilleure compréhension du mécanisme d'intégration et a permis de définir de nouvelles cibles pour le développement d'inhibiteurs de l'intégrase

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Gaultier, Alban. "Analyse fonctionnelle de la région adhésive de la protéine ADAM13." Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066153.

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Bedez, Florence. "Analyse du core-TFIIH par des approches expérimentales, bioinformatiques et de génomiques comparatives." Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6181.

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Abstract:

Le facteur TFIIH est impliqué dans le cycle cellulaire, la réparation de l’ADN et la transcription. Il s’organise en 2 sous complexes, le CAK et le core. Au cours de l’élongation de la transcription, il phosphoryle notamment le domaine C-terminal de la POLII sur la sérine 5 et 7 permettant le recrutement des protéines impliquées dans la maturation des ARNm et des snRNA. Au cours de ce travail; nous avons mené des études expérimentales afin d’identifier les partenaires du core et de cartographier les interactions protéiques au sein du core. La purification du core endogène a nécessité la mise en place de la méthodologie TAP-TAG et indiquent des résultats prometteurs. Les études d’interaction mettent en évidence le rôle du C-terminal de p34 dans l’intégrité du core. L’étude bioonformatique a consisté à établir le bilan présence absence des sous unités du core chez 65 eucaryotes ainsi que les alignements de séquences complètes (MACS) pour chaque sous unité. Les résultats montrent une conservation du core chez les eucaryotes à l’exception de certains protistes. Les MACS révèlent la perte du domaine PH de p62 chez E. Histolytica, et une forte divergence des séquences p34 chez les Euglenozoae. Afin de proposer un rôle biologique pour p62 et p34, nous avons choisi la méthode des profils phylogénétiques. Pour p62, les résultats suggèrent un lien fonctionnel entre le domaine PH et l’activation transcriptionnelle via la modification des histones par Bre1 et Set1. Pour p34, un tiers des protéines présentant un profil similaire à p34 sont impliquées dans l’épissage et l’addition de la coiffe suggérant un lien fonctionnel entre le core et la maturation des ARNm
TFIIH is a factor involved in transcription, cell cycle and DNA repair. It consists of ten subunits organized in two sub-complexes, the core and the CAK. During transcription elongation, the RNA POLII carboxy-terminal domain phosphorylation by TFIIH plays a role in transcription of protein coding and snRNA genes. First, our study consisted to identify the transient interacting proteins of the core using TAP tag strategy and to dissect the protein interacting domains within the core. The purification of the endogenous core required the technological development of TAP tag. Our first results suggest that adaptations will be necessary to purify the core with transient partners. The interaction studies showed the role of C-terminus domain of p34 in the core stability. Secondly, we used a comparative genomics approach consisting to establish the phylogenetic distribution of the core-TFIIH subunits in eukaryotes and to construct a multiple alignment of complete sequences (MACS) for each subunit. Our results revealed the core conservation in eucaryotes except in few protists. The MACS analysis exhibits the lost of p62 PH domain in E. Histolytica and the sequence divergences within p34 family in Euglenozoae. To get insights into p62 and p34 function, we used the phylogenetic profile methods. First, our results revealed that the gene sets sharing Tfb1 distribution is enriched in genes involved in histones modifications such Bre1and Set 1 and suggest a link between p62 and transcription activation. Secondly,they showed that the genes set sharing Tfb4 profile exhibits enrichment in genes of splicing and capping, suggesting a link between the core and the pre-mRNA processing

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Boucrot, Emmanuel. "Analyse moléculaire de SifA, une protéine de virulence de Salmonella typhimurium." Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX22067.

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Celli, Lionel. "Identification et analyse des partenaires cytoplasmiques de la protéine ICAM-1." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2004. http://www.theses.fr/2004GRE10036.

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Abstract:

L'inflammation constitue l'un des mécanismes de défense les plus importants des orgnanismes pluricellulaires. Elle est définie comme l'ensemble des phénomènes cellulaires déclenchés par l'agression d'un agent pathogène. Lors de la diapédèse leucocytaire qui est une étape essentielle de l'inflammation, la protéine ICAM-1 permet l'adhérence puis l'extravasation des leucocytes circulant dans les vaisseaux sanguins. Dans cette étude, nous avons élargi le rôle de la protéine ICAM-1 à la migration cellulaire, autre étape critique de l'inflammation permettant aux leucocytes ayant quitté la circulation systémique, de migrer à travers la matrice extracellulaire en direction du foyer inflammatroire. Par double hybride, nous avons ensuite montré une nouvelle interaction entre la partie cytoplasmique d'ICAM-1 et l'alpha actinine 4. Enfin, en utilisant des mutants ponctuels de la partie cytoplasmique d'ICAM-1 qui perturbent les interactions ICAM 1/alpha actinines non musculaires, nous avons démontré que ces interactions sont impliquées lors de l'extravasation mais aussi lors de la migration
The inflammation process is one of the most important defense in multicellular organism. It is defined as a succesion of cellular and molecular phenomena triggered by the introduction of pathogens. During leukocyte diapedesis, a critical inflammation step, ICAM-1 participates, in adherence and extravasation of circulating leukocytes. In this study, we first demonstrate that ICAM-1 is involved in cell migration, another inflammation step that permits leukocyte to migrate through the extracellular matrix in direction of inflammatory site. In addition, using two hybrid screening we have identified aplha-actinin 4 as a new cytoplasmic partner of ICAM-1. Using ICAM-1 cytoplasmic mutants that inhibit ICAM-1/non-muscular alpha-actinins interaction, we demonstrate that ICAM-1 interactions with both non muscle alpha-actinins (isoform 1 and 4) are involved during extravasation and migration

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Sobecki, Michal. "Analyse fonctionnelle de la protéine Ki-67 dans le cycle cellulaire." Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20126.

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Abstract:

Ki-67 maintient l'hétérochromatine constitutive lors de la prolifération cellulaire. La protéine Ki-67 est fortement exprimée dans le noyau des cellules de mammifères en prolifération. Sa présence est devenue un marqueur de référence en histopathologie diagnostic dans le cancer avec 330 millions de références sur des sites Internet et plus de 18 000 articles indexés avec le mot clé Ki-67 dans PubMed. Malgré son utilisation comme référence incontestable de la prolifération cellulaire, les rôles fonctionnels, les régulations et les mécanismes moléculaires où Ki-67 est impliquée demeurent obscurs. Depuis l'identification de Ki-67 en 1983, les différentes études avec l'utilisation d'outils moléculaires (anticorps, oligonucléotide antisens, shRNA, siRNA) qui inhibent l'expression de Ki-67 dans des cellules cancéreuses de tous types ont mis en évidence une forte régression à leur prolifération. La localisation prédominate de Ki-67 est dans le nucléole, son inactivation photodynamique abroge la transcription de l'ARN ribosomal qui est requis pour la prolifération cellulaire. Le consensus est que Ki-67 favorise la prolifération cellulaire, mais à ce jour aucune étude n'a mis en évidence ni un mécanisme d'action, ni un rôle essentiel de Ki-67 dans la prolifération cellulaire in vivo. Dans notre travail, nous abordons la question du rôle de Ki-67 dans les cellules humaines cancéreuses non transformées en culture ainsi qu'in vivo chez la souris. Nous avons montré que Ki-67 n'est pas nécessaire pour la prolifération cellulaire. En revanche, Ki-67 est indispensable pour maintenir la structure de l'hétérochromatine constitutive. Nous avons mis en évidence des nouveaux mécanismes de régulation de l'expression de Ki-67 au cours du cycle cellulaire, sa transcription étant contrôlé par CDK4/6 via la phosphorylation de la protéine rétinoblastome, et sa dégradation en G1 tardive via APC/C-Cdh1. Après extinction de l'expression de Ki-67 par ARNi ou par ablation du gène de Ki-67 par la nouvelle approche TALEN, nous n'avons observé aucun effet sur la synthèse de l'ARN ribosomique, sur le déroulement normal du cycle cellulaire, sur le développement embryonnaire ou la fertilité de la souris. Par contre, son extinction inhibe la progression des tumeurs dans des modèles de Xénogreffes, et induit un remodelage du paysage de l'expression de certain gènes. Notre étude par protéomique des protéines interragissant avec Ki-67 a identifié des protéines nucléolaires à l'interface entre l'hétérochromatine périnucléolaires et les composants granulaires nucléolaires. Ces complexes protéiques empêchent la dispersion de l'hétérochromatine constitutive au cours du cycle cellulaire. Au vu de nos résultats, nous concluons que dans les cellules non-proliférantes l'anémie de Ki-67 est associée à la diffusion de l'hétérochromatine constitutive. Ki-67 est indispensable à la maintenance de cette hétérochromatine qui serait essentielle pour le développement des tumeurs
Ki-67 links constitutive heterochromatin maintenance to cell proliferation.Ubiquitous nuclear expression of Ki-67 in proliferating mammalian cells has led to its use as a benchmark diagnostic marker for cell proliferation, especially in cancer histopathology. Its importance is reflected by over 330 million hits when searching using the keyword “Ki-67” on Google, and over 18,000 papers on PubMed. In spite of its use as a surrogate marker for cell proliferation, the mechanisms of regulation of Ki-67 expression and its physiological functions in cell proliferation remain obscure. Early functional studies found that inhibition of Ki-67 expression by injection of antisense oligonucleotides or inactivating antibodies into cultured cancer cells inhibited cell proliferation. This is in agreement with later results obtained by peptide-nucleic acid, antisense oligonucleotide, siRNA or shRNA experiments in various cancer cell lines. Photodynamic inactivation of Ki-67 abrogates ribosomal RNA transcription, consistent with its predominantly nucleolar localisation and apparent requirement for cell proliferation. However, a recent study in HeLa cells found only minor effects on the cell cycle distribution upon Ki-67 knockdown. Nevertheless, Ki-67 is required for localising several nucleolar proteins to the mitotic chromosome periphery, potentially providing a mechanism for nucleolar assembly, as previously suggested by segregating nucleolar components upon cell division and chromosome segregation. Therefore, although the consensus is that Ki-67 promotes cell proliferation, this has not been clearly demonstrated, and no studies have ascertained requirements for Ki-67 in vivo.In this work, we address these questions in non-transformed human cells and cancer cells in culture and in vivo in mice. We have shown that Ki-67 is dispensable for cell proliferation but is required to maintain constitutive heterochromatin. We found that Ki-67 expression is cell cycle-dependent due to dynamic control by CDK4/6 and Cdh1. However, silencing of Ki-67 by RNAi or a TALEN-mediated Ki-67 gene ablation had no effect on ribosomal RNA synthesis, cell cycling, mouse development or fertility, but prevented tumour progression and led to remodelling of the gene expression landscape in cycling cells. Interaction proteomics and functional assays revealed that Ki-67 defines the boundary between perinucleolar heterochromatin and the nucleolar granular components, and prevents dispersal of constitutive heterochromatin during cell cycling. Conversely, Ki-67 downregulation in non-proliferating cells is associated with constitutive heterochromatin dispersal. The results suggest that Ki-67 mediates organisation of heterochromatin, and allows efficient tumour progression

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Bert, Karine. "Etude de l'activité endonucléasique du protéasome 20S : effet de l'interaction de la protéine HIV-Tat avec le protéasome 20S sur la dégradation des éléments ARNm AU-rich et HIV-TAR et analyse comparative de ces deux substrats." Clermont-Ferrand 2, 2002. http://www.theses.fr/2002CLF21362.

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Le protéasome est un complexe multiprotéique distribué de façon ubiquitaire parmi les cellules eucaryotes et procaryotes. Il est impliqué par ses activités protéolytique et RNasique dans de nombreuses fonctions cellulaires, dont les mécanismes de défense antivirale. Ainsi, l'activité endonucléasique conduit à la dégradation de certains ARNm viraux. De plus, des protéines virales de diverses origines, telle la protéine Tat du VIH, s'associent avec le protéasome et interfèrent avec ses activités protéolytiques. Cependant, l'impact de l'interaction Tat-protéasome sur l'activité endonucléasique demeuraient inconnues. La protéine HIV-Tat interviendrait sur le contrôle de la défense intracellulaire en tant qu'inhibiteur de l'activité RNasique protéasomale responsable de la dégradation d'ARN viraux

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Pépin, Geneviève. "Étude de la régulation de la ribonucléase III humaine Dicer : analyse de ses partenaires d'interactions protéiques." Doctoral thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25786.

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Abstract:

La ribonucléase III humaine Dicer est responsable de la biosynthèse des microARN et représente un pilier de la régulation génique, et donc de l’homéostasie cellulaire. Les microARN sont de petits éléments régulateurs de 19 à 24 nt qui régulent ~60% des gènes chez l’humain et sont impliqués dans la majorité des processus cellulaires. De ce fait, il n’est pas étonnant qu’il y ait, dans la majorité des cancers, une diminution globale du niveau des microARN et que, dans plusieurs cas, un changement d’expression ou de localisation de la protéine Dicer ait été noté. Malgré le rôle important que joue Dicer dans la cellule, sa régulation n’est pas très bien connue, ni même les complexes de nature protéique au sein duquel il se trouve. Pour pallier à ce manque, nous avons criblé une librairie d’ADN complémentaires par double-hybride chez la levure, ce qui nous a permis de découvrir, et de caractériser, de nouvelles protéines pouvant interagir avec Dicer. Les résultats obtenus démontrent que Dicer est stabilisé par son interaction avec la protéine résidente du réticulum endoplasmique (RE) cytoskeleton-linking endoplasmic réticulum (ER) membrane protein of 63 kDa (CLIMP-63). La protéine Dicer forme un complexe avec CLIMP-63 peu de temps après sa traduction de novo. Les protéines semblent interagir à l’intérieur du RE et mener à l’export de la protéine Dicer hors de la cellule. Durant la mitose, où les niveaux de protéines Dicer sont réduits, Dicer peut être acétylé par l’acétyl-transférase General Control of Amino-acid Synthesis 5 (GCN5), une modification qui semble stabiliser Dicer. La localisation nucléaire de Dicer peut être causée par la protéine Mitogen-activated protein kinase upstream kinase-binding inhibitory protein (MBIP), au cours d’un processus nécessitant une lysine acétylable à la position 301 du signal de localisation nucléaire de MBIP. Finalement, la cytokine (TWEAK) pourrait moduler l’activité de clivage de Dicer via une interaction directe entre les deux protéines. L’utilisation du double-hybride chez la levure a permis de jeter un éclairage nouveau sur les protéines pouvant réguler la fonction et la localisation de l’enzyme Dicer dans les cellules humaines, au-delà de sa simple activité catalytique.

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Zanese, Marion. "Etude de l'activité anti-apoptotique de XIAP par analyse fonctionnelle in cellulo." Bordeaux 2, 2008. http://www.theses.fr/2008BOR21544.

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Abstract:

La protéine XIAP est capable d'inhiber l'apoptose mais les mécanismes moléculaires régissant cette activité sont encore mal définis. Afin d'identifier ces mécanismes, nous avons étudié l'impact de mutations affectant différentes fonctionnalités de la protéine sur la réponse apoptotique à divers inducteurs. L'apoptose a été mesurée grâce à la mise au point d'un test fonctionnel basé sur la mesure de l'activité protéolytique des caspases 3 et 7 dans des cellules surexprimant XIAP mutée ou non. Nous montrons que : (1) l'effet protecteur de XIAP varie selon l'inducteur utilisé ; (2) en condition de surexpression, les modifications post-traductionnelles de la protéine affectent peu son activité ; (3) l'activation de la voie NF-kB ne contribue pas à l'activité anti-apoptotique de XIAP tout comme l'activité E3 ubiquitine ligase du domaine RING qui n'est généralement pas nécessaire ; en revanche, (4) l'oligomérisation de la protéine via ses domaines BIR1 et RING contribue à son effet inhibiteur, et la perte simultanée d'interaction avec les caspases 3, 7 et 9 réduit significativement l'inhibition de l'activité des caspases 3 et 7. Par ailleurs, nous avons montré que les voies de signalisation intrinsèques peuvent être différenciées en fonction de l'existence d'une boucle d'amplification non canonique dépendante de Smac ou d'une branche d'activation directe de la caspase 7. En marge de ces travaux, sont également présentés dans ce manuscrit les premiers résultats obtenus dans le cadre du développement d'une nouvelle méthode fluorescente pour étudier les interactions protéine-protéine directement dans les cellules vivantes, et de son application aux protéines de la famille Bcl-2
The anti-apoptotic activity of XIAP protein is well-established but the underlying molecular mechanisms remain unclear. To identify these mechanisms we studied the effects of several mutations targeting specific features of the protein on its ability to inhibit apoptosis in response to various inducers. Apoptosis was quantified with a novel functional assay based on the measure of caspases 3 and 7 proteolytic activity in XIAP overexpressing cells. Our results show that : (1) the extend of XIAP-mediated inhibition of caspases varies depending on the inducer used to trigger apoptosis ; (2) when XIAP is overexpressed, post-translational modifications of the protein have a limited impact on its activity ; (3) NF-kB activation does not contribute to XIAP anti-apooptotic function and the E3 ubiquitin ligase activity of the RING domain is in most cases dispensable ; in contrast, (4) dimerization of the protein mediated by its BIR1 and RING domains contributes to its function, and the simultaneous loss of interaction with caspases 3, 7 and 9 diminishes but do not suppress the inhibition of caspases 3 and 7 activity. In addition we show that intrinsic apoptotic pathways can be differentiated depending on the existence of a non-canonical Smac amplification loop of a direct caspase 7 activation arm. Besides this work we also present the first results obtained in the course of the development of a new fluorescent method to study protein-protein interaction in living cells and its application to Bcl-2 family proteins

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Meimoun, Patrice. "Analyses des phosphoprotéines et du phosphoprotéome : application à l’étude de la phosphoénolpyruvate carboxylase kinase et à la carence en azote chez Arabidopsis thaliana." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112330.

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Abstract:

Le projet concerne l’étude des phosphoprotéines et du phosphoprotéome chez Arabidopsis thaliana dans l’objectif de préciser le rôle physiologique de la PEPCk in planta et l’identification de composants de signalisation lors de la carence en azote. Nos résultats valident l’utilisation d’une colonne commerciale (Qiagen) en mettant en évidence la possibilité : 1- en conditions dénaturantes et non dénaturantes, de séparer en une seule étape les formes phosphorylées et non-phosphorylées de la PEPC d’extraits foliaires; 2- en conditions dénaturantes, de purifier les P-protéines d’un extrait total de feuilles avec un rendement satisfaisant (environ 8 pour cent de la charge) et un niveau de contamination faible. L’analyse en spectrométrie de masse (NanoLC-MS/MS) a permis l’identification de 250 P-protéines putatives. En combinant ces méthodes avec l’électrophorèse bidimensionnelle j’ai contribué à la caractérisation de mutants insertionnels de PEPCk. Les résultats établissent que le gène At1g08650 code une PEPCk authentique et suggèrent la spécificité de cette kinase pour la PEPC. Par ailleurs, l’étude comparée des protéomes et des transcriptomes (en collaboration avec l’Unité NAP, INRA Versailles) des feuilles et des racines de la plante à différents stades de la carence azotée ne révèle pas de composants de signalisation liés au nitrate. En revanche, l’analyse préliminaire des phosphoprotéomes, élargissant le spectre des protéines visualisées, détecte des variations significatives de P-protéines dont l’identification est en cours. Ces résultats soulignent le potentiel de la méthode de chromatographie sur colonne Qiagen aussi bien dans un objectif ciblé que générique
This study concerns the phosphoproteome and phosphoproteins in Arabidopsis thaliana with the aim to clarify the physiological role of phosphoenolpyruvate carboxylase kinase (PEPCk) in planta and the identification of signalling components during nitrogen starvation. It required the development of plant-adapted analytical techniques. Our results validated the use of a commercial support (Qiagen) by showing: 1) the separation of phosphorylated and non-phosphorylated forms of PEPC from leaf extracts in both denaturing and non-denaturing conditions; 2) the purification of phosphoproteins from leaf extracts in denaturing conditions with good yields (around 8 per cent of the protein load) and low levels of contamination. NanoLC-MS/MS analysis allowed the identification of 250 putative phosphoproteins. Combining these methods with 2D-gel electrophoresis allowed the further characterization of PEPCk insertion mutants. The results established that the gene At1g08650 encodes an authentic PEPCk and suggests that this kinase is dedicated to the PEPC. Furthermore, a comparative proteome/transcriptome study (in collaboration with the Unité de Nutrition Azotée des Plantes (NAP), INRA Versailles) did not reveal any signalling components linked to nitrate in leaves and roots during the time course of nitrogen starvation. On the other hand, a preliminary phosphoproteome analysis, that widens the spectrum of visualized proteins, detected significant variations in phosphoproteins (the identification of which is in progress). The results underline the potential of the Qiagen affinity chromatography column for both targeted and generic studies

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Lafont, Virginie. "Analyse de la reconnaissance antigène-anticorps par modélisation moléculaire et mesures biophysiques en vue du développement de méthodes d'ingénierie rationnelle des protéines." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2004. http://www.theses.fr/2004STR13042.

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Souiai, Oussema. "Analyses et prédictions bioinformatiques de réseaux d'interactions protéine-protéines contextualisés." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22039.

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Abstract:

Mes travaux de thèse ont pour objet l'analyse et les prédictions bioinformatiques de réseaux d'interactions protéines-protéines contextualisés. Au cours de la première partie de mes travaux nous, avons prédit des interactomes tissulaires sur la base de la co-expression des deux interacteurs composant l'interaction dans un tissu. Par la suite nous avons analysé les caractéristiques fonctionnelles et topologiques des interactomes prédits. Cette analyse a permis de mettre en évidence l'existence d'un noyau d'interactions centrales dédiées aux fonctions de ménages, des interactions spécifiques localisées au centre dédiées aux processus de régulation et des interactions spécifiques localisées à la périphérie et dédiées aux accomplissements des fonctions physiologiques. Au cours de la deuxième partie de mes travaux, nous nous sommes intéressés à la contextualisation d'un interactome de macrophage via l'intégration de méta-données et des données de génomique (données d'expressions, annotation de termes) décrivant les interactions. Les résultats de la comparaison entre les analyses de trascriptomes et d'interactomes de macrophage suite à l'infection par le Mycobacterium tuberculosis se sont avérés complémentaires. En effet, alors que les analyses de transcriptomes mettent en évidence des processus immunitaires déployés par l'hôte, l'analyse des interactomes fait émerger des fonctions tout aussi cruciales pour l'éradication du pathogène telles que l'apoptose et sa régulation
This work aims at contextualizing and studying contextualized protein interaction networks. The first topic of my investigations is about predicting and analyzing tissular interactomes. Combined functional and topological analyses were performed. The combination of these features highlighted the existence of a functional core centrally located dedicated to housekeeping functions, central tissue-specific interactions involved in regulatory and developmental functions and peripheral tissue-specific interactions involved in organ physiological functions. This gradient of functions recapitulates the organization of organs, from cells to organs. The second topic of my thesis is the contextualization of macrophage interaction network. To infer the most likely macrophage interactome, we integrated the PPI dataset with other type of meta-data, statistically evaluated them and proposed a macrophage-contextualized interactome. The set of selected interactions is enriched in : experimentally verified interactions and immune related Biological Processes. The functional analysis of such networks brings valuable information on the cellular and molecular mechanisms sustaining the infection

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Aubin, Sandrine. "Analogues Hydrazinopeptoi͏̈diques : Synthèse et analyse sur le déroulement du cycle cellulaire." Rennes 1, 2003. http://www.theses.fr/2003REN10058.

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Abstract:

Le protéasome est un complexe protéique responsable de la dégradation d’un grand nombre de protéines, notamment des protéines régulatrices de la division cellulaire. Les mauvais fonctionnements du protéasome sont à l’origine de nombreux processus pathologiques et certains inhibiteurs du protéasome de type peptidique sont envisagés comme des molécules antitumorales. Les analogues hydrazinopeptoi͏̈diques sont des pseudopeptides constitués de motif aza-?3 amino acide et d’un motif aza ou N-aza amino acide. Ils ont été synthétisés afin de pallier aux inconvénients des inhibiteurs du protéasome tels que l’ALLN, le MG132 et le PS341. Nous avons donc analysé les potentialités inhibitrices de ces pseudopeptides sur les trois activités protéolytiques chymotrypsine, PGPH et trypsine du protéaosme in vitro. L’action antiproliférative des pseudopeptides a été analysée sur une lignée cancéreuse, les cellules L1210. L’effet de ces composés sur le déroulement du cycle cellulaire des cellules L1210 ainsi que l’effet proapoptotique sur ces cellules ont été étudiés.

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Vincenot, Anne. "Analyse fonctionnelle de la protéine C à l'aide de quatre nouveaux anticorps monoclonaux." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P123.

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Al-Hashimi, Nawfal. "L'énaméline, la plus grande protéine de l'émail dentaire : analyse évolutive chez les Amniotes." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066141.

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Chekroud, Karim. "Analyse du phénotype visuel d'un modèle de souris déficiente pour la protéine FATP1." Thesis, Montpellier 1, 2010. http://www.theses.fr/2010MON1T015.

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Abstract:

Chez les vertébrés, la perception de la lumière est possible grâce à la transformation de l'énergie des photons en un signal électrochimique dans les photorécepteurs. La photo-isomérisation du chromophore RAL-11-cis en RAL-tout-trans déclenche une cascade d'événements de transduction du signal et conduit à la perte de la sensibilité à la lumière des photorécepteurs, un processus de recyclage du chromophore visuel entre alors en jeu afin de rétablir cette sensibilité, c'est le cycle visuel de rétinoïdes. Le cycle visuel s'effectue dans les photorécepteurs et l'épithélium pigmentaire rétinien et fait intervenir plusieurs protéines. L'étape limitante de ce cycle est catalysée par la protéine spécifique de l'EPR RPE65. Mieux comprendre la régulation de cette étape permettra d'ouvrir des pistes thérapeutiques pour différentes pathologies liées l'activité du cycle visuel. Notre laboratoire a montré que FATP1, une protéine du métabolisme lipidique, inhibe l'activité de RPE65 in vitro. Dans ce travail, nous avons évalué l'effet de l'absence de FATP1 sur l'activité du cycle visuel et la fonction visuelle dans un modèle murin. La souris ko FATP1 est caractérisée par une baisse des amplitudes des ondes a et b de l'ERG, un retard de régénérescence de l'ERG et d'accumulation de rétinylesters après éblouissement. La formation du RAL-11-cis reste comparable à celle des souris sauvages. Les souris FATP-/- montrent une plus grande susceptibilité aux effets du vieillissement : des anomalies de structure ont été observées au niveau des photorécepteurs, de la membrane de Brüch et de la choroïde, sans accumulation excessive de lipides ou de lipofuscine ni de dégénérescence rétinienne. La perturbation de la fonction visuelle observé en l'absence de FATP1 chez la souris pourrait avoir un effet plus accru chez l'homme qui vie plus longtemps et dont la rétine reçoit plus de lumière. En conclusion, FATP1 pourrait être une composante importante pour le vieillissement de la rétine chez l'homme
In vertebrates, perception of light is made possible through the conversion of photon energy into an electrochemical signal in photoreceptors. The photo-isomerization of the chromophore 11-cis-RAL into all-trans-RAL triggers a cascade of signal transduction and leads to loss of light sensitivity of photoreceptors, thus, a recycling process of chromophore called the rétinal visual cycle is involved to restore this sensitivity. The visual cycle takes place in the photoreceptors and retinal pigment epithelium and involves several proteins. The limiting step of this cycle is catalyzed by RPE-specific protein RPE65. Better understanding the regulation of this step might open up new ways for treatment of various pathologies related to the visual cycle activity. Our laboratory has shown that FATP1, a protein involved in lipid metabolism, inhibits the activity of RPE65 in vitro. In this study, we evaluated the effect of the lack of FATP1 on the activity of the visual cycle and visual function in a mouse model. FATP1 ko mice are characterized by lower a and b amplitudes of the elctroretinogram, delayed ERG and retinylesters accumulation recovery after bleache. 11-cis-RAL synthesis rates are similar to those of wt mice. FATP1 ko mice show a greater susceptibility to the aging effects: structural abnormalities were observed in the photoreceptors, Bruch's membrane and choroid without excessive accumulation of lipid or lipofuscin or retinal degeneration. The disturbance of visual function which accopagne the lack of FATP1 in mice could have a more increased effect in human who live longer and wich the retina receives more light. In conclusion, FATP1 might be an important component for the aging of the retina in humans

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Abbadi, Mehdi. "Synthèse de marqueurs de la protéine de transport du D-glucose." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1999. http://www.theses.fr/1999GRE10001.

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Abstract:

De nombreuses pathologies comme le diabete ou la maladie d'alzheimer s'accompagnent de variations significatives de la consommation en d-glucose et vraisemblablement de variations de la densite membranaire des transporteurs du glucose (glut) correspondants. Il apparait ainsi souhaitable de pouvoir disposer d'outils permettant de detecter ces variations par denombrement des transporteurs du glucose, si possible in vivo. Dans un premier temps, des analogues du glucose et de l'acide-l-ascorbique (qui emprunte egalement les proteines glut) ont ete synthetises afin de mieux comprendre la nature des modifications pouvant etre apportees a ces composes sans que leur reconnaissance par les transporteurs glut ne soit affectee. La synthese de sondes pouvant permettre d'evaluer la densite membranaire des proteines glut a ensuite ete effectuee. Un premier type associe une detection externe (radiomarquage a l'iode) a un marquage d'affinite (fonction isothiocyanate) tandis que chez le second, deux glucoses sont relies entre eux par une chaine a partir de la face non-necessaire a la reconnaissance de glut ; le schema de synthese retenu permet d'acceder rapidement a des sondes pour un marquage radioactif d'une part ou par photo-affinite d'autre part, des proteines glut. L'ensemble des composes synthetises au cours de ce travail a ete evalue sur modeles biologiques (collaboration avec le service de medecine nucleaire du chu de grenoble et avec le departement de biochimie de l'universite de bath (grande-bretagne)). Parmi ces derives, une sonde de type bis-glucose s'est averee interessante puisqu'elle presente une affinite pour les proteines glut dix fois meilleure que celle du glucose lui-meme.

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Sylvestre, Patricia. "Analyse structurale et fonctionnelle de l'exosporium de Bacillus anthracis." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077185.

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Debaigt, Colin. "Analyse de la pharmacologie et du couplage des récepteurs des peptides de la famille du VIP." Poitiers, 2006. http://www.theses.fr/2006POIT2358.

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Dissertations / Theses on the topic 'Analyse du protéome'

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