Dissertations / Theses: 'Analyses biochimiques'

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Pennarubia, Florian. "Analyses biochimiques et fonctionnelles de protéines cibles de POFUT1." Thesis, Limoges, 2018. http://www.theses.fr/2018LIMO0075.

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Abstract:

La O-fucosylation, catalysée par Pofut1, est une glycosylation rare qui consiste en l’ajout d’un fucose O-lié sur la sérine ou la thréonine d’une séquence consensus (C2X4(S/T)C3), portée par un domaine EGF-like (ELD) d’une glycoprotéine membranaire ou sécrétée. Notre analyse de la lignée murine Pofut1cax/cax, hypomorphe pour le gène Pofut1, a révélé une hypertrophie musculaire post-natale associée à une diminution du pool de cellules satellites. Ce phénotype est en partie associé à un défaut d’interaction entre les récepteurs NOTCH hypo-O-fucosylés des myoblastes dérivés de cellulessatellites (MDCS) et leurs ligands DSL, ce qui aboutit à une plus faible activation de la signalisation Notch. D’autres protéines potentiellement impliquées dans la myogenèse peuvent également être la cible de POFUT1. C’est notamment le cas de la protéine Wnt inhibitory factor 1 (WIF1), qui dispose de cinq ELDs, dont deux sont potentiellement aptes à recevoir un O-fucose (ELDs III et V). Par une approche phylogénétique, nous avons montré la conservation de ces deux sites de O-fucosylation et de deux sites de N-glycosylation chez la plupart des bilatériens. Nos expériences démontrent l’occupationde tous ces sites, excepté le site de O-fucosylation de l’ELD V, chez la protéine WIF1 murine. La capacité de l’ELD III, produit de manière isolée, à recevoir un fucose O-lié a été démontrée après O-fucosylation in vitro, par l’association de cycloaddition azide-alcyne assistée au cuivre (CuAAC) et de spectrométrie de masse en mode MRM. Cette nouvelle approche expérimentale a par la suite été standardisée et sa sensibilité évaluée en comparant deux autres ELDs (ELDs 12 et 26 de NOTCH1) connus pour être O-fucosylés mais présentant des affinités différentes pour POFUT1. De façonsurprenante, l’ELD V de WIF1 ne peut être O-fucosylé, probablement en raison d’un clash stérique entre cet ELD et POFUT1, prévenant ainsi leur interaction. L’analyse de la protéine WIF1 entière a confirmé les résultats obtenus sur les ELDs isolés et démontre l’occupation des deux sites de N-glycosylation. Enfin, nos résultats montrent également l’importance de ces deux N-glycanes, mais également celle du O-fucose de l’ELD III, pour une sécrétion optimale de la protéine WIF1 murine
The, Pofut1-catalyzed O-fucosylation, is a rare glycosylation which consists of the addition of an O-linked fucose to the serine or threonine of a consensus sequence (C2X4(S/T)C3), carried by an EGF-like domain (ELD) of a membrane or secreted glycoprotein. Our analysis of the murine line Pofut1cax/cax, hypomorphic for the Pofut1 gene, revealed post-natal muscle hypertrophy associated with a decrease in the satellite cell pool. This phenotype was partly associated with a lack of interaction between hypo-O-fucosylated NOTCH receptors of satellite cell-derived myoblasts (SCDM) and their DSL ligands, which resulted in a lower activation of Notch signaling. Other proteins potentially involved in myogenesis may also be the target of POFUT1. This is indeed the case for the protein Wnt inhibitory factor 1 (WIF1), which has five ELDs, whose only two are potentially able to receive an O-fucose (ELDs III and V). Using a phylogenetic approach, we showed in most bilaterians that these two O-fucosylation sites and two N-glycosylation sites were conserved. Our experiments showed theoccupation of all these sites, except for the O-fucosylation site of murine WIF1 protein ELD V. The ability of the ELD III, produced as an isolated protein, to receive O-linked fucose was demonstrated after an in vitro O-fucosylation by combination of copper-catalysed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC) and MRM-mass spectrometry. This new experimental approach was then standardized and its sensitivity was evaluated by comparing two other ELDs (NOTCH1 ELDs 12 and 26) known to beO-fucosylated but with different affinities for POFUT1. Surprisingly, WIF1's ELD V could not be O-fucosylated, probably due to a steric clash between this ELD and POFUT1, thus preventing their interaction. The analysis of the full-length WIF1 protein confirmed our results obtained with isolated ELDs and demonstrated the occupation of the two N-glycosylation sites. Finally, our results also showed the importance of these two N-glycans, but also the importance of ELD III’s O-fucose, foroptimal secretion of the murine WIF1 protein

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Ploquin, Mickael. "Analyses biochimiques de la recombinaison homologue méiotique chez schizosaccharomyces pombe." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26236/26236.pdf.

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Ploquin, Mickaël. "Analyses biochimiques de la recombinaison homologue méiotique chez schizosaccharomyces pombe." Doctoral thesis, Université Laval, 2009. http://hdl.handle.net/20.500.11794/20877.

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Abstract:

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2009-2010
Les cassures double-brin de l'acide désoxyribonucléique (ADN) sont parmi les lésions les plus cytotoxiques car une seule lésion non réparée est létale chez la levure. Dans le but de réparer efficacement ces dommages, la cellule dispose de différents mécanismes tels que le Non Homologous End Joining (NHEJ). Toutefois ces mécanismes peuvent causer des mutations et, lorsqu' il est possible, la cellule privilégie un système qui permet une réparation très fiable: la recombinaison homologue. Ce processus peut aussi être utilisé lors de la méiose pour créer de la diversité génétique. La méiose est un mécanisme complexe et une mauvaise régulation peut mener à des problèmes tels que l' aneuploïdie. La recombinaison homologue méiotique se divise en quatre étapes majeures: (i) l' initiation qui crée des cassures double-brin par un complexe muItiprotéique incluant Rec12; (ii) la résection de l'ADN ou les protéines majeures sont Rad32/Rad50/Nbsl; (iii) l'invasion d'un duplex homologue avec les protéines RadSl et Dmcl, et pour terminer (iv) la résolution des jonctions de Holliday. Lors de mes études de doctorat, je me suis concentré sur la caractérisation biochimique des principales protéines des trois premières étapes (initiation, résection et particulièrement l'invasion) de la recombinaison méiotique chez Schizosaccharomyces pombe permettant la réparation des cassures double-brin. Mes travaux avaient pour but de caractériser les protéines Dmcl et le complexe Hop2/Mndl chez S.pombe. Nous avons déterminé que Dmcl avait comme Rad 51 la capacité de former un filament hélical sur l'ADN simple brin, ansi que de catalyser des réactions d'échange de brin. D'autre part j'ai mis en évidence le rôle que joue le complexe Hop2/Mndl dans la stimulation de Dmc 1, ainsi que les différences entre les protéines de S.pombe et de la SOurIS.

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Pourciel-Gouzy, Marie Laure. "Développement d'interfaces adaptées aux analyses biochimiques et biologiques. Application aux capteurs chimiques CHEMFETs." Phd thesis, INSA de Toulouse, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00142498.

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Abstract:

Les techniques d'analyses médicales nécessitent le développement, à faible coût, de capteurs chimiques fiables. Dans ce contexte, les transistors chimiques à effet de champ CHEMFETs offrent des solutions innovantes à condition d'optimiser l'interface entre microtechnologies et biotechnologies. Au cours de cette thèse, nous nous sommes attachés à développer des techniques permettant de coupler espèces biologiques et silicium. Deux approches ont été étudiées, toutes les deux basées sur l'utilisation des polymères. La première approche a été centrée sur le développement des techniques d'encapsulation et de création de micro-volumes. Pour cela, des micro-cuves d'analyse ont été réalisées d'abord en plexiglas® puis en PDMS. Après l'optimisation des caractéristiques géométriques, le suivi de lactivité bactérienne a été effectué grâce au suivi du pH de la solution à l'aide de pH-ISFETs. Nous avons ainsi démontré la possibilité de détecter l'activité bactérienne dans le cas de Lactobacillus Acidophilus et commencé à déterminer la « signature » biologique de cette bactérie. La deuxième approche a été consacrée à l'adaptation des CHEMFETs à la détection enzymatique. Pour cela, nous avons envisagé d'utiliser un polymère en tant que matrice de support d'un élément biologique. L'utilisation des techniques de photolithographie a ainsi permis la fabrication collective de couches enzymatiques en PVA en vue d'une détection biochimique. Après avoir appliqué le protocole de dépôt mis au point à l'uréase, nous avons caractérisé l'évolution de l'activité enzymatique des membranes ainsi réalisées. Ensuite, nous avons validé ce procédé par la fabrication de microcapteurs chimiques de type ENFET et nous avons détecté des taux d'urée par le suivi des variations du pH au sein de solutions de différentes concentrations.

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Riou, Christine. "Production et sécrétion du système hydrolytique de Sclerotinia sclerotiorum : analyses biochimiques et génétiques." Lyon 1, 1991. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00675428.

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Abstract:

Les champignons phytopathogenes produisent des complexes enzymatiques capables d'hydrolyser les polymeres pectiques, hemicellulosiques et cellulosiques, constituants des parois cellulaires vegetales. Afin d'etudier les aspects biochimiques et moleculaires de la photopathogenese, notre travail a porte sur le systeme hydrolytique secrete par le champignon phytopathogene, sclerotinia sclerotiorum. La mutagenese induite de protoplastes a permis d'isoler des souches alterees dans la production de glucanases et/ou de -glucosidases. Des tests de pathogenicite, realises in situ sur des plantules de tournesol et des feuilles de haricot, ont mis en evidence une bonne correlation entre les activites glucanasiques et le pouvoir pathogene des mutants. La caracterisation de l'equipement enzymatique secrete par s. Sclerotiorum et l'utilisation de substrats inducteurs et represseurs ont permis de definir les conditions de secretion de 13 enzymes lytiques (7 exo- et 6 endo-enzymes). Les enzymes pectinolytiques sont produits de facon constitutive, mais leurs activites augmentent dans les cultures effectuees sur les substrats complexes. La secretion des enzymes cellulolytiques est induite par les polysaccharides et reprimee par les sucres simples (glucose et xylose). Les inducteurs apparaissent aspecifiques, car les substrats pectiques et cellulosiques induisent simultanement les deux types d'activites enzymatiques. L'analyse en chromatographie de filtration a montre l'apparition de nouvelles formes moleculaires de certains enzymes, en fonction du milieu inducteur. Les isoelectrofocalisations preparatives et analytiques ont permis de mettre en evidence la complexite des systemes enzymatiques, l'existence de nombreux isoenzymes pour chaque activite et de reveler l'aspecificite de certaines activites. Trois enzymes ont ete purifies: une -galactosidase, une exo-polygalacturonase et une exo-polymethylgalacturonase. Ils ont ete caracterises pour leurs proprietes physicochimiques (pm, p, ionisation, optimum de ph, optimum de temperature, stabilite a la temperature et influence des ions), leurs modes d'action et leurs specificites. Leurs sequences n-terminales ont ete determinees. Des anticorps polyclonaux diriges contre les trois proteines purifiees ont ete produits et utilises pour etudier la secretion des enzymes par western blotting. L'extraction et la purification d'arn poly (a)#+ ont ete realisees. La traduction in vitro des arnm a permis de mettre en evidence l'expression specifique de genes au cours de l'induction des enzymes. Les anticorps specifiques des enzymes et les sondes d'oligonucleotides correspondant aux sequences n-terminales des proteines purifiees permettent d'envisager l'isolement des genes a partir d'une banque genomique construite dans le vecteur embl3 et de banques d'adnc construites dans le vecteur zap

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Pourciel, Marie Laure. "Développement d'interfaces adaptées aux analyses biochimiques et biologiques : application aux capteurs chimiques CHEMFETs." Toulouse, INSA, 2004. http://www.theses.fr/2004ISAT0013.

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Abstract:

"Les techniques d'analyses médicales nécessitent le développement, à faible coût, de capteurs chimiques fiables. Dans ce contexte, les transistors chimiques à effet de champ CHEMFETs offrent des solutions innovantes à condition d'optimiser l'interface entre microtechnologies et biotechnologies. Au cours de cette thèse, nous nous sommes attachés à développer des techniques permettant de coupler espèces biologiques et silicium. Deux approches ont été étudiées, toutes les deux basées sur l'utilisation des polymères. La première approche a été centrée sur le développement des techniques d'encapsulation et de création de micro-volumes. Pour cela, des micro-cuves d'analyse ont été réalisées d'abord en plexiglas® puis en PDMS. Après l'optimisation des caractéristiques géométriques, le suivi de l'activité bactérienne a été effectué grâce au suivi du pH de la solution à l'aide de pH-ISFETs. Nous avons ainsi démontré la possibilité de détecter l'activité bactérienne dans le cas de Lactobacillus Acidophilus et commencé à déterminer la " signature " biologique de cette bactérie. La deuxième approche a été consacrée à l'adaptation des CHEMFETs à la détection enzymatique. Pour cela, nous avons envisagé d'utiliser un polymère en tant que matrice de support d'un élément biologique. L'utilisation des techniques de photolithographie a ainsi permis la fabrication collective de couches enzymatiques en PVA en vue d'une détection biochimique. Après avoir appliqué le protocole de dépôt mis au point à l'uréase, nous avons caractérisé l'évolution de l'activité enzymatique des membranes ainsi réalisées. Ensuite, nous avons validé ce procédé par la fabrication de microcapteurs chimiques de type ENFET et nous avons détecté des taux d'urée par le suivi des variations du pH au sein de solutions de différentes concentrations. "
Medical analysis techniques field needs low cost development of reliable chemical sensors. In this context, chemical field effect transistors ChemFET provide innovating answers but this will require microtechnology/ biotechnology interface optimization. In this work, we set out to develop techniques which allow us to link biologic species and silicon material. We studied two kinds of approaches both based on polymer use. First approach aimed improvement of encapsulation techniques micro-volumes creation. In this perspective, micro-tanks were fabricated, first in plexiglass® and secondly, in PDMS. Following optimization of geometric characteristics, bacterial activity was monitored thanks to the solution pH monitoring with pH-ISFET. In this way, we demonstrated the possibility to detect bacterial activity in Lactobacillus Acidophilus case and so, we began to determine bacterium biological hallmark. Second approach relies on ChemFET adaptation to enzymatic detection. In this way, we planed to use a polymer as physical support for biological material. So, classical photolithography techniques allow us to make enzymatic layers using PVA in order to realize biochemical detection. Following implementation of this process to urease, we characterized enzymatic activity evolution in the so fabricated membranes. Next, we validated this process fabricating ENFET chemical microsensors. Then, we were able to detect urea rates thanks to pH variations within solutions with various concentrations

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Lareau, Sylvain. "L'enkystement chez Acanthomoeba castellanii : profil métabolique étudié par analyses biochimiques et spectroscopie de résonance magnétique nucléaire." Thesis, University of Ottawa (Canada), 1989. http://hdl.handle.net/10393/5933.

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Abstract:

Acanthamoeba castellanii is a small living amoeba that assumes two states of differentiation: an amoeboid trophozoite form where cells can grow and divide, and a resting cyst where cells have suspended their life. The encystment process arises when the environmental conditions do not further support growth. In the laboratory, the process can be induced synchronously by a proper manipulation of the growth medium. Acanthamoeba castellanii is an interesting model for the study of cell differentiation since this organism possesses many features, like endocytosis and osmoregulation, that are found in higher organisms. In this thesis, studies of metabolic changes that occur during the encystment process are presented. During the last few years, NMR spectroscopy has been shown to be an outstanding technique to follow in a continuous and nondestructive way metabolic changes in living organisms. $\sp{31}$P NMR spectroscopy is used to assess the levels of metabolites related to the cell energetic process such as ATP and P$\sb{\rm i}$. It also provides information about intracellular pH. The $\sp $C NMR is used to monitor metabolites that are present in relatively high concentrations, such as some carbohydrates and amino acids. In order to study the encystment process by NMR, we have built a perfusion system that maintains under physiological conditions densely packed cells trapped in the observation part of an NMR coil. It is difficult to obtain quantitative measurements by NMR spectroscopy. In order to get more information about the encystment process, we have developed biochemical and chromatographic techniques to analyse mono- and disaccharides, amino acids, glycogen and cellulose, from only a few milligrams of cells. Our results have shown that, during the encystment process, an important part of the glycogen is transformed to trehalose. The missing source of glycosyl units seems to be generated by de novo synthesis. Lipid reserves are prime candidates as carbon sources for the synthesis. The use of $\sp $C labelled compounds have shown unusual gluconeogenic pathways in the amoeba. Trehalose and proline are found in large amounts in the cyst. These products seem to provide the cells the protection needed to survive dessication.

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Serra, Marco. "Une approche innovante pour la manipulation de supports solides magnétiques en microfluidique des gouttes." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018PSLET003.

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Abstract:

La microfluidique de gouttes est un domaine en pleine essor et ce grâce à ses caractéristiques particulières (faible consommation d’échantillon et de réactifs, diminution des temps d’analyse) qui en font un candidat de choix pour les applications bioanalytiques. Cet engouement est également lié aux différentes fonctionnalités disponibles en microfluidique de gouttes, telles que la génération de gouttes, leur fusion, leur brisure, leur tri ou l’encapsulation d’objet en leur sein. Ces différentes fonctionnalités ont notamment permis de réaliser de nombreuses réactions en phase liquide.Récemment, des stratégies innovantes ont été proposées afin d’introduire une phase solide dans les gouttes et ce via la manipulation de particules magnétiques. Différentes approches ont ainsi été reportées dans la littérature, mais à ce jour aucune approche microfluidique n’a été développée qui permettrait d’extraire et de préconcentrer un analyte d’intérêt présent dans une matrice complexe le tout avec des performance comparables au format conventionnel mais avec un temps d’analyse plus court et dans un format intégré.Dans ce contexte, nous avons conçu, microfabriqué et caractérisé un nouvelle approche de microfluidique de gouttes basée sur l’intégration de structures magnétiques adjacentes au microcanal principal qui permettent de générer une force magnétique importante localement lorsque ce structures sont activées par un aimant extérieur. Notre nouvelle approche permet notamment de combiner des étapes de capture/relargage mais aussi de clean-up et ce à haut débit. Nous avons ainsi montré que cette nouvelle approche permet l’intégration de processus multi-étapes complexes. Nous l’avons illustré en mettant en œuvre cette approche pour la préparation de librairies pour le séquençage nouvelle génération
Droplet microfluidics systems are experiencing a growing relevance in the bioanalytical-related fields, especially due to lower sample/reagents consumption, increased sensitivity and faster reaction time of its derived bioassays. This is due to the wide set of functionalities currently available in the droplet microfluidic toolbox (i.e., droplet generation, merging, splitting, sorting, cell encapsulation,…), fostering the implementation of homogeneous (liquid/liquid) processes. Recently, innovative strategies for the development of heterogeneous (typically solid/liquid) reactions have been proposed, based on the manipulation of functionalized magnetic solid-state supports to target specific entities. Different microfluidic principles have been presented for the manipulation of such supports; however, a robust device allowing the possibility to enrich or extract an analyte of interest from a complex matrix with performances comparable with those of lab-scale methods but guaranteeing faster processing times is still highly desired.To answer these needs, in this work we present the conception, fabrication and characterization of a novel droplet microfluidic approach based on the integration of a pair of soft magnetic components, placed adjacently to a microchannel and able to generate a strong and local magnetic force along the path of the droplet. Our concept combines both the capture/release and the clean/up functionality with the high throughput processing, including thus all the skills required for the implementation of multi-steps protocol. In particular, the size selection of nucleic acid libraries in next generation sequencing (NGS) application will be presented as a first proof of concept of our device

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Goregues, Christelle. "Analyses physiologiques, biochimiques et génétiques pour appréhender la diveristé fonctionnelle des bactéries dénitrifiantes en milieu marin côtier." Aix-Marseille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004AIX22106.

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Abstract:

La dénitrification est un processus respiratoire réalisé par des bactéries hétérotrophes anaérobies facultatives dites dénitrifiantes. En absence d'oxygène, des oxydes d'azotes (nitrate ou nitrite) sont alors utilisés comme accepteurs terminaux d'électrons alternatifs et sont réduits en composés gazeux (oxyde nitrique, oxyde nitreux et azote moléculaire). La dénitrification est un processus clef du cycle de l'azote dans les sédiments marins puisqu'elle diminue la quantité d'azote disponible pour la production primaire par diffusion dans l'atmosphère. Cependant, dans zones cotières qui reçoivent d'importantes quantités d'azote d'origine anthropique, la dénitrification permet d'éliminer l'excès d'azote et par conséquent de limiter l'eutrophisation de l'écosystème. [. . . ] La première partie de ce travail a permis de développer une méthode originale de DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) pour analyser la diversité fonctionnelle des bactéries dénitrifiantes via l'étude des gènes codant pour les nitrite réductases. Nous avons comparé la diversité structurale et fonctionnelle de 89 bactéries dénitrifiantes isolées à partir de sédiments et associé cette diversité aux caractéristiques biochmiques et physiologiques de ces isolats. Les résultats révèlent qu'il n'existe pas de correspondance entre les arbres phylogénétiques construits à partir des séquences du gène nirS et du gène codant pour l'ARNr 16s. Des souches taxonomiquement proches peuvent aussi présenter une physiologie et un métabolisme azoté différent. [. . . ]
Denitrification is a respiratory process mediated by heterotrophic facultative anaerobes called denitrifiers. In anaerobiosis, nitrogen oxides (nitrate or nitrite) are used as alternative electron acceptors and are reduced in gaseous compounds (nitric oxide, nitrous oxide and dinitrogen). In marin sediments, denitrification is a key process of nitrogen cycle since it limits the quantity of nitrogen available for primary production by diffusion in the atmosphere. However, in coastal zones receiving high levels of anthropogenic nitrogen, denitrification allows the elimination of nitrogen overload and consequently reduces ecosystem eutrophication. [. . . ] The first part of this work presented an original DGGE method (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) developped to assess the functional biodiversity of denitrifying bacteria through the sudy of nitrite reductase encoding genes. We compared the structural and the functional diversity of 89 denitrifers isolated from sediments and we associated this diversity of 89 denitrifiers isolated from sediments and we associated this diversity with the biochemical and physiological characteristics of these isolates. Results showed that it didn' exist any relation between nirS and 16s rRNA phylogenetic trees. Moreover, some taxonomically closed strains presented different physiology and different nitrogen metabolism [. . . ]

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Ferraris, Pauline. "Analyses ultrastructurales et biochimiques des membranes cellulaires associées aux complexes de réplication du virus de l'hépatite C." Thesis, Tours, 2011. http://www.theses.fr/2011TOUR3311/document.

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Abstract:

Comme pour la plupart des virus à ARN+, le VHC induit des remaniements membranaires appelés membranous web. Les protéines non structurales virales formant le complexe de réplication du virus sont associées à ces membranes néosynthétisées. La compréhension de la mise en place de ces membranes cellulaire est encore actuellement mal connue. Afin d’étudier ce phénomène, nous avons dans un premier temps sélectionné des clones cellulaires Huh7.5 hébergeants un réplicon sous-génomiquedu virus. Nous avons ainsi pu mettre en évidence la présence d’un réseau multivésiculaire semblant provenir de l’induction de mécanismes d’autophagie. Plus récemment l’utilisation du modèle de propagation du virus complet nous a permis de mieux caractériser ce réseau multivésiculaire en déterminant trois sous réseaux vésiculaires structuralement différents. L’analyse de cette étude est effectuée principalement par microscopie électronique avec des techniques innovantes tels que la reconstruction tridimensionnelle et des immunogolds
As other RNA viruses, HCV induces membrane alterations termed membranous web and its nonstructural proteins forming the viral replication complex are associated to these neo-synthesized membranes. The mechanism underlying these host cell membranes alterations is still currently unknown. To investigate this mechanism, we initially selected Huh7.5 cells clones harbouring a HCV subgenomic replicon. We were able to demonstrate the presence of a multivesicular network apparently linked to the autophagy induction mechanisms. More recently, using the cell culture-adapted HCVsystem, we better characterized this network by determining three multivesiculars vesicles structurally different subnets. This study was carried out mainly by performing electron microscopy observations,with using innovative techniques such as three-dimensional reconstruction and immunogold

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Delompre, Thomas. "Compréhension des mécanismes de perception sensorielle de compléments nutritionnels sous différentes formulations." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2021. http://www.theses.fr/2021UBFCK038.

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La prise de compléments nutritionnels est utile lorsque l’alimentation quotidienne ne suffit plus à couvrir les besoins de l’organisme en nutriments et en énergie. Les ingrédients actifs de ces produits sont principalement des vitamines, des minéraux, des éléments traces, des extraits de plantes. Le mode d’administration par voie orale est largement plébiscité par les consommateurs, c’est pourquoi les produits sont commercialisés sous forme de comprimés effervescents, à croquer, sous forme de poudres et comprimés à mettre en bouche ou sous formes gélifiées. Outre leur efficacité sur le plan nutritionnel, ces produits doivent satisfaire le consommateur sur le plan organoleptique. Cependant, ces compléments nutritionnels sont souvent décrits avec des défauts de goûts non identifiés qui limitent leur acceptabilité.La caractérisation sensorielle de ces « mauvais goûts », l’identification des composés impliqués et la compréhension des mécanismes à l’origine de leur détection sont un véritable challenge pour les industries concernées. Dans ce travail, une méthodologie basée sur des approches sensorielles et cellulaires a été mise en œuvre afin d’améliorer les connaissances sur la perception des « mauvais goûts » des compléments nutritionnels et mettre en évidence des pistes envisageables pour de nouvelles stratégies de masquage.Pour la caractérisation et la quantification des « mauvais goût », les profils sensoriels de différentes gammes et formes de compléments nutritionnels ont été déterminés par des panels de dégustateurs. Un protocole d’analyse sensorielle adapté à la forme galénique évalué (effervescente ou orodispersible) a permis d’identifier et de quantifier certaines perceptions négatives. Les résultats obtenus démontrent en autre la présence d’une amertume prononcée pour de nombreux compléments nutritionnels, qui pourraient contribuer de manière récurrente à leur « mauvais goût ». Une analyse sensorielle de ces mêmes compléments nutritionnels dans des conditions avec et sans blocage du flux rétronasal a révélé des interactions perceptives positives et/ou négatives entre molécules aromatiques et sapides, dont l’origine bien que discutée reste à démontrer.La corrélation entre les profils sensoriels et les compositions nutritives des compléments nutritionnels a révélé que certains composés actifs comme des vitamines pouvaient être responsable de cette amertume. L’être humain possède 25 structures moléculaires spécialisées dans la reconnaissance des molécules amères que l’on appelle des TAS2Rs. L’utilisation d’un protocole d’expérimentation fonctionnelle in vitro a montré que quatre composés vitaminiques étaient capables d’activer un ou plusieurs TAS2R(s). Parallèlement, nous avons complété cette expérimentation fonctionnelle par des mesures psychométriques de seuil de détection à l’amertume chez l’humain. La comparaison des jeux de données sensoriels et cellulaires a révélé l’impact de la physiologie orale et de l’intégration centrale de l’information sur la perception d’un stimulus gustatif. Les résultats obtenus ont démontré que la combinaison d’une approche cellulaire et sensorielle semblait être une méthode alternative efficace pour évaluer la contribution d’un ou plusieurs composés aux perceptions sensorielles négatives des compléments nutritionnels
Taking nutritional supplements is recommended when a normal diet is no sufficient to maintain a good nutritional status. The active ingredients of these products are mainly vitamins, minerals, trace elements and plant extracts. The oral method of administration is widely preferred by consumers, therefore the products are marketed as effervescent tablets, chewable, orodispersible powders and tablets or gelled forms. In addition to their nutritional effectiveness, these products must meet consumer’s expectations as “taste” or “flavor”. However, these nutritional supplements are often described with not identified taste defects, which limit their acceptability.The sensory characterization of these “off-tastes”, the involved compounds identification and the understanding of the mechanisms at the origin of their detection are a real challenge for industry concerned. In this work, a methodology based on sensory and cellular approaches has been implemented in order to improve knowledge on the perception of nutritional supplements “off-tastes” and to highlight possible options for new masking strategies.For the “off-tastes” characterization and quantification, the sensory profiles of different ranges and forms of nutritional supplements were determined by panels of tasters. A sensory analysis protocol adapted to the galenic form evaluated (effervescent or orodispersible) allows to identify and quantify some negative perceptions. The results obtained also demonstrated the presence of a slightly strong bitterness for many nutritional supplements, which could recurrently contribute to their "off-taste". A sensory analysis of these same nutritional supplements with and without retronasal flow blockage conditions revealed positive and/or negative perceptual interactions between aromatic and sapid molecules whose origin remains to be demonstrated.The correlation between sensory profiles and nutritional supplements compositions revealed that some active ingredients such as vitamins could be involved in their bitterness. In humans, bitter substances are detected in the mouth by 25 bitter taste receptors called TAS2Rs. In vitro functional experimental protocol showed that four vitamin compounds were able to activate one or more TAS2R(s). In parallel, we completed this functional experiment with psychometric measurements of the human bitter detection threshold. Comparison of sensory and cellular data revealed the importance of oral physiology and information central integration on the taste stimulus perception. The results obtained demonstrated that the combination of a cellular and sensory approach seemed to be an effective alternative method to evaluate the real contribution of one or more compounds to the negative sensory perceptions of nutritional supplements

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Laterreur, Nancy. "Analyses biochimiques et développement de techniques permettant d'étudier les propriétés enzymatiques et la régulation de la télomérase chez la levure Saccharomyces cerevisiae." [S.l. : s.n.], 2007.

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Laterreur, Nancy. "Analyses biochimiques et développement de techniques permettant d'étudier les propriétés enzymatiques et la régulation de la télomérase chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2007. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3882.

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Abstract:

La télomérase est une ribonucléoprotéine à transcriptase inverse essentielle au maintien des télomères, extrémités des chromosomes eucaryotes. Les télomères sont des éléments essentiels pour assurer la stabilité et l'intégrité des chromosomes puisque plusieurs protéines s'y lient et forment un capuchon protecteur au bout du chromosome, le protégeant ainsi contre la dégradation et les fusions bout-à-bout qui pourraient survenir et causer plusieurs problèmes, incluant la mort cellulaire. Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, plusieurs études ont identifié les éléments essentiels au fonctionnement de la télomérase. Ainsi, on a déterminé que la molécule d'ARN TLC1 ainsi que la protéine Est2p, sous-unité catalytique de la télomérase, formaient le complexe enzymatique minimal pour la fonction de la télomérase in vitro . Par contre, les protéines Est1p, Est1p et Cdc13p s'ajoutent au complexe minimal pour former un holoenzyme fonctionnel in vivo. Toutes ces protéines sont essentielles in vivo et si l'une d'elles est manquante, la cellule est vouée à la mort cellulaire après quelques générations dû au raccourcissement graduel des télomères à chaque division cellulaire. Dans cette étude, nous présentons différents projets qui ont pour but de caractériser de façon biochimique l'holoenzyme de la télomérase et de l'étudier dans son état natif. De plus, un nouveau mécanisme de régulation de la télomérase est proposé et se fait via la ribonucléase III Rnt1p. Les résultats obtenus suggèrent que Rntlp agit à titre de régulateur négatif de la télomérase et ceci dans une période précise du cycle cellulaire. Rntlp diminuerait l'expression des sous-unités de la télomérase pour ainsi réguler son activité. Par ailleurs, dans le but d'étudier les aspects biochimiques de la télomérase et d'identifier de possibles partenaires inconnus, nous avons entamé la purification de l'holoenzyme dans son état natif.La purification s'est avérée plus difficile que prévu et n'a pas donné les résultats escomptés. Finalement, toujours dans l'optique d'étudier la télomérase dans son état natif (sans l'utilisation d'étiquettes protéiques), nous avons entamé un projet d'expression et de purification d'une portion d'une des sous-unités de la télomérase, Est1p, dans le but d'élever des anticorps. Cette purification s'est effectuée en bactéries, à l'aide du système de la protéine de fusion GST. Il s'est avéré que la purification du fragment de la protéine Est1p nécessitait plusieurs étapes de purification plutôt que la méthode classique de purification à l'aide de l'étiquette GST.

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D'Amours, Annie. "Analyses biochimiques et fonctionnelles de la protéine Cdc13p, impliquée dans la protection des télomères, et études biochimiques et structurales de la région de liaison de l'ARN TLC1 à la sous-unité catalytique, Est2p, de la télomérase chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2008. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3937.

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Abstract:

Les télomères, une structure spécialisée retrouvée à l'extrémité des chromosomes, protègent le matériel génétique et permettent, entre autres, la réplication complète du génome. Par ses fonctions essentielles, le télomère est protégé par un capuchon composé de différentes protéines ayant chacune un rôle particulier à jouer. Parmi ces protéines se retrouve Cdc13p, une protéine essentielle, se liant à la toute fin du télomère. Cdc13p protège le télomère contre la dégradation par des exonucléases. Il est connu qu'en absence de Cdc13p, la cellule va subir une dégradation du brin télomérique C-riche, engendrant une accumulation d'ADN simple brin. Par contre, il n'est pas encore connu si cette dégradation est associée à une phase particulière du cycle cellulaire ou si elle se déroule tout-au-long de celui-ci. Pour répondre à cette interrogation, une analyse de l'accumulation d'ADN simple brin au télomère en fonction du cycle cellulaire a été effectuée à l'aide d'un allèle thermosensible du gène CDC13, l'allèle cdc13-1 [exposant] ts, en conditions restrictives. Les résultats obtenus suggèrent que la dégradation engendrée par la perte de fonction de protection de la protéine Cdc13p nécessite un premier passage dans la phase S du cycle cellulaire et qu'elle s'effectue lors du passage en phase G2/M. En parallèle, une vérification de la présence de la protéine Cdc13-1p en comparaison à Cdc13p, à température restrictive, a été effectuée par immunobuvardage de type Western afin de s'assurer que les phénotypes observés étaient réellement attribuable à une perte de fonction de la protéine et non à une dégradation de celle-ci via le système de contrôle de qualité associé à la protéine San1p. En plus de protéger le télomère, Cdc13p participe aussi au recrutement de la télomérase, l'enzyme responsable de la synthèse des télomères chez les eucaryotes. Cette ribonucléoprotéine est composée d'une transcriptase inverse, Est2p, de protéines accessoires et d'une composante ARN, TLC1 chez la levure, qui dicte l'ajout de séquence nucléotidique télomérique. Des recherches ont démontré que la liaison de l'ARN de la télomérase à l'holoenzyme ne nécessite pas une séquence spécifique, mais plutôt une structure particulière dans l'ARN. Plus particulièrement, la présence d'un pseudonoeud dans la région de liaison à Est2p a dernièrement été suggérée chez Saccharomyces cervisiae. Sachant que la présence d'une telle structure a aussi été suggérée chez d'autres organismes, tel Tetrahymena thermophila et l'humain, et qu'elle s'avère normalement nécessaire à l'obtention d'activité télomérase, il a été hypothétisé qu'elle pourrait être commune à tous les ARNs de la télomérase. Dès lors, des études biochimiques et structurales à l'aide de différentes constructions ont été entreprises afin de tenter de déterminer la présence ainsi que la structure d'un potentiel pseudonoeud dans l'ARN TLC1. Bien que les résultats obtenus ne puissent prouver directement la présence d'une telle structure chez TLC1, ils tendent tous à démontrer sa présence. De plus, un profil télomérique caractéristique d'un survivant de type I a été observé pour une souche de levure ¨rad52[delta], suggérant l'existence d'une voie, permettant à une cellule de devenir un survivant, indépendante de la protéine Rad52p. Cette situation avait, jusqu'à présent, seulement été observée en absence de la protéine Exo1p, la principale exonucléase active au télomère.

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Mérot, Bertrand. "Etudes de l'embryogénèse somatique de la canne à sucre, Saccharum sp. optimisation de la production : application aux cultures de cellules et de protoplastes : analyses cytologiques, biochimiques et hormonales /." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37616302j.

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Mérot, Bertrand. "Études de l'embryogenèse somatique de la canne à sucre (Sacharum sp. ) : optimisation de la production : application aux cultures de cellules et de protoplastes : analyses cytologiques, biochimiques et hormonales." Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA112367.

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Abstract:

Après un rappel des principales caractéristiques biologiques et agronomiques de la canne à sucre, les possibilités de sélection classiques présentées au regard des exigences permanentes en nouveaux cultivars. L’intérêt d’un recours aux cultures in vitro est donc discuté au sein d’une revue bibliographique et étendue aux graminées dans leur ensemble en présentant les perspectives de manipulation génétique. Le premier axe de recherches poursuivi dans cette thèse fût l’amélioration de la production d'embryons somatiques en tant que matériel source pour les cultures de cellules et de protoplastes. Les facteurs des milieux de culture ont été étudiés. L’agarose et le nitrate d’argent ont eu un effet positif. Les facteurs génétiques se sont révélés plus importants que les facteurs physiologiques. La production a ainsi pu être augmentée de 5 à 50% permettant les premiers essais positifs d’enrobage d’embryons somatiques. Seule, l'initiation directe en milieu liquide des explants embryogènes a permis l'établissement de suspensions de microcals aptes à régénérer et qui fournissent une grande quantité de protoplastes. Les densités de culture et le niveau de dissociation des structures cellulaires sont apparus décisifs sur l'évolution des suspensions. Dans le but de mieux comprendre la régulation de l'embryogenèse somatique chez une graminée comme la canne à sucre, des études cytologiques et des analyses biochimiques comparatives ont été menées entre cals embryogènes et cals non embryogènes. L'organisation générale des cals et la nature des parois se sont révélées très différentes. La présence de réserves est caractéristique des cals embryogènes, de même qu'une tendance nette à la lignification. Des différences quantitatives et qualitatives importantes ont été mises en évidence dans les teneurs endogènes en régulateurs de croissance, notamment au niveau de l'ABA et du métabolisme des cytokinines. Une grosse glycoprotéine majoritaire s'est révélée spécifique des cals embryogènes, ainsi que l'activité d'isozymes et la composition en acides aminés. Les différentes natures possibles de cette protéine sont discutées, ainsi que la régulation du métabolisme protéique en relation avec les régulateurs de croissance et la voie des polyamines. Ces résultats ont été confrontés aux acquis de la culture in vitro, permettant ainsi de proposer quelques protocoles expérimentaux et tentant de contribuer à une meilleure compréhension de l'embryogenèse somatique chez les graminées
In order to increase the yield of sugarcane somatic embryos, the culture media factors were studied. Agarose and Silver nitrate had a positive effect. Genetical factors appeared most important than physiological factors. Thus, the yield was increased from 5% to 50% allowing the first positive trials of encapsulation of somatic embryos, and the application to cell and protoplast cultures. The very compact structure of embryogenic calli remained an obstacle. The establishment of microcallus suspension cultures has been allowed only by direct initiation in liquid medium of embryogenic expiant. These suspensions were able to regenerate plants and to give a great quantity of protoplasts. Some cytological studies and biochemical analysis were carried out to compare embryogenic and non embryogenic calli. Callus structure and cellwall behavior appeared very different. A lignification of embryogenic callus was pointed out. Some very important qualitative and quantitative differences were exhibited in endogenous growth regulators and particularly in ABA and cytokinin metabolism. A specific protein of embryogenic calli and some differences of isozymes and amino-acids were also showed. The whole of these results are discussed in taking the results of in vitro culture into account for a best understanding of gramineous somatic embryogenesis

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Gakière, Bertrand. "Dérégulation de la biosynthèse de la méthionine chez les plantes supérieures : analyses phénotypiques, moléculaires et biochimiques de plants d'Arabidopsis thaliana exprimant des ARN antisens ou sens de la cystathionine [gamma]-synthase ou de la cystathionine [bêta]-lyase." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1999. http://www.theses.fr/1999GRE10058.

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Abstract:

Les plantes, a la difference des autres eucaryotes, possedent tout l'equipement enzymatique necessaire a la synthese de novo de methionine, un aminoacide qui, outre ses roles dans la synthese proteique, est aussi le precurseur, via la s-adenosylmethionine, de la plupart des methylations cellulaires mais aussi de la synthese de l'ethylene, des polyamines et de la biotine. L'importance de cet aminoacide chez les plantes est attestee par l'utilisation d'inhibiteurs provoquant des carences avec leurs corteges d'effets dramatiques sur la croissance et la developpement des plantes. Malgre la caracterisation recente des trois enzymes de la voie metabolique, la cystathionine -synthase, la cystathionine -lyase et la methionine synthase, leur regulation reste a eclaircir. Des strategies arn antisens et sens ont ete developpees ciblant les deux premieres enymes de la voie afin d'y identifier les etapes regulatrices clef. Les plantes d'arabidopsis exprimant l'arn antisens de la cystathionine -synthase montrent une modeste diminution de la teneur en methionine malgre une reduction dramatique du niveau de l'enzyme ciblee. Cette diminution de la teneur en methionine engendre de nombreuses alterations phenotypiques qui peuvent etre presque entierement compensees par un apport de methionine exogene. Les plantes d'arabidopsis exprimant l'arn antisens de la cystathionine -lyase presentent une augmentation de l'activite cystathionine -lyase, ce qui est contraire aux resultats attendus. Les premieres mesures effectuees dans ces plantes indiquent la presence d'une autre enzyme pouvant utiliser la cystathionine comme substrat. Il en resulte une augmentation du niveau de methionine libre dans la plante. Les plantes obtenues par une strategie antisens ciblant la cystathionine -lyase sont naines et fleurissent prematurement alors que celles obtenues par une strategie sens sont massives et de floraison tardive et ne surproduisent pas de methionine, suggerant une interconnection entre metabolisme de base et mecanismes hormonaux. Les plantes d'arabidopsis exprimant l'arn sens de la cystathionine -synthase presentent une elevation du niveau d'homocysteine et de methionine libre pouvant s'accompagner de difficultees developpementales. L'existence de phenotypes affectant les etapes de germination et de mise a fleur ainsi que la taille des organes nous conduisent a envisager une etude de la regulation spatiotemporelle de la biosynthese de la methionine chez les plantes. Le clonage de la methionine synthase, ultime etape de la synthese de la methionine, nous permettra d'etendre nos investigations. Cette etude nous apporte une comprehension nouvelle de la biosynthese de la methionine chez les vegetaux superieurs qui pourrait permettre l'amelioration de la qualite nutritionnelle des alimentations d'origine vegetale et de valider les enzymes de la biosynthese de la methionine en tant que cibles herbicides potentielles.

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Desrois, Martine. "Prevention des alterations de l'endothelium au cours de la preservation a long terme du myocarde : etude par srm du phosphore-31 et analyses biochimiques sur le coeur isole, perfuse de rat des effets de la l-arginine et de la concentration en potassium." Aix-Marseille 2, 1999. http://www.theses.fr/1999AIX22038.

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Abstract:

Dans le domaine de la preservation des greffons cardiaques, un nouveau concept s'est developpe ces dernieres annees concernant la protection de l'endothelium vasculaire. Longtemps considere comme une barriere passive, l'endothelium est maintenant percu comme un veritable organe regulant de nombreuses fonctions vasculaires et contribuant a differentes situations physiopathologiques. En particulier, des travaux varies ont montre que les alterations de l'endothelium jouent un role fondamental dans le coeur soumis a une sequence d'ischemie et de reperfusion. L'objectif de mon projet de these a ete d'ameliorer une nouvelle solution cardioplegique, appelee solution crmbm, destinee a la preservation des greffons cardiaques a long terme, afin de limiter les alterations de l'endothelium liees a un episode d'ischemie et de reperfusion. Nous avons evalue l'effet de la diminution de la concentration en potassium et l'influence de l'ajout de la l-arginine, precurseur de l'oxyde nitrique (no), dans la solution cardioplegique crmbm sur la preservation a long terme du myocarde. Le modele animal utilise est celui du coeur isole et perfuse de rat (methode de langendorff, modele isovolumique) soumis a huit heures d'ischemie en hypothermie (4\c) et reperfuse (37\c). La qualite de la preservation myocardique est caracterisee par une evaluation fonctionnelle, metabolique (energetique et ph intracellulaire par spectrometrie de resonance magnetique du phosphore-31) et par la mesure de l'integrite cellulaire (dosage de metabolites et d'enzymes dans les tissus myocardiques congeles et les effluats cardiaques). Par la mesure d'une large gamme de parametres metaboliques et fonctionnels, nous avons demontre que la diminution de la concentration en potassium et l'ajout de la l-arginine dans la solution cardioplegique crmbm ameliorent la preservation du coeur de rat soumis a une ischemie en hypothermie a long terme et reperfuse.

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Rosenberger, Corinne. "Etude biochimique de l'autisme : analyse linéaire discriminante." Paris 5, 1988. http://www.theses.fr/1988PA05P243.

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Loeuillet, Dominique. "Analyse des interactions tachykinines-recepteurs : etudes biochimiques et structurales." Paris 6, 1989. http://www.theses.fr/1989PA066321.

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Abstract:

Trois tachykinines (la substance p, la neurokinine a et la neurokinine b) et trois recepteurs specifiques de ces peptides (nk-1, nk-2 et nk-3) ont ete caracterises chez les mammiferes. Sp arg-pro-lys-pro-gln-gln-phe-phe-gly-leu-met-nh#2 nk-1. Nka his-lys-thr-asp-ser-phe-val-gly-leu-met-nh#2 nk-2. Nkb asp-met-his-asp-phe-phe-val-gly-leu-met-nh#2 nk-3. Pour preciser les roles physiologiques associes a ces trois tachykinines, des agonistes selectifs de chacun des recepteurs sont necessaires. A partir d'un modele de conformation bvioaffine d'agonistes nk-1, deduit de l'analyse structurale de la substance p dans le methanol, des analogues conformationnellement contraints de la substance p ont ete synthetises. Une etude systematique de la conformation bioaffine de la partie c-terminale, a l'aide d'acides amines n-methyles et de proline a conduit a des agonistes selectifs du recepteur nk-1 (ex. : pro#9 sp). Les liaisons peptidiques de la region c-terminale ont ensuite ete remplacees par des chaines hydrocarbonees pour preciser l'enveloppe sterique des interactions substrat-recepteur. Suivant la meme methodologie, un agoniste hydrosoluble du recepteur nk-3 a ete propose: pro#7 nkb. D'autres resultats de correlation structure-affinite ont conduit a la synthese d'un analogue cyclique: cys#2#,#5 nkb. L'analyse conformationnelle par rmn de ces deux peptides a permis d'elaborer un modele de conformation bioaffine pour les agonistes nk-3. La synthese d'analogues de la neurokinine a, conformationnellement contraints par introduction d'acides amines n-methyles est finalement decrite

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Hubert, Lebreton Catherine. "Les modifications microbiologiques et biochimiques du cidre pendant sa phase postfermentaire." Dijon, 1990. http://www.theses.fr/1990DIJOS009.

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Jivkova, Desislava. "Exopolymère de Ramlibacter tataouinensis : optimisation de sa production , caractérisation biochimique et génétique." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0220.

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Abstract:

Les exopolysaccharides (EPS) bactériens peuvent avoir une haute valeur ajoutée comme agents de rétention d’eau en cosmétologie. Cette étude s’est intéressée à l’EPS de Ramlibacter tataouinensis TTB310 (Rta). Cette bactérie, isolée d'un sol semi-aride, possède un cycle cellulaire particulier avec des bâtonnets mobiles sensibles à la dessiccation et des kystes non-mobiles produisant un EPS lui permettant de tolérer la dessiccation prolongée. La production d’EPS et la croissance ont été optimisées par le choix de lactate comme source de C et d'énergie, le maintien du pH pendant la croissance avec de l'acide lactique, l’augmentation des concentrations des autres substrats et l’ajout des micro- et macro éléments. Ainsi des quantités suffisantes d'EPS ont été obtenues. Une extraction de l'EPS fermement attachée à la surface des bactéries en utilisant de l’acide trichloroacétique a été élaborée et optimisée. La caractérisation biochimique de l'EPS a été réalisée en combinant différentes techniques : CPG, FTICR-MS, RMN et FTIR. L'unité répétée de l'EPS de Rta est un décasaccharide constitué de ribose, glucose, galactose, mannose, rhamnose, acide glucuronique, désoxyhexose et avec des substituants tels que acétyle, succinyle et méthyle. Enfin, grâce à la disponibilité du génome entièrement séquencé de Rta, le cluster de gènes impliqué dans la production d'EPS a été identifié à l’aide des approches de biologie moléculaire et d'imagerie. La connaissance de la structure de l'EPS de Rta permettra de mettre au point les modifications physico-chimiques nécessaires à sa solubilisation pour en étudier les propriétés rhéologiques
Bacterial exopolysaccharides (EPS) can have a high added value when used as water retention agents in cosmetology. This work was focused on the EPS of Ramlibacter tataouinensis TTB310 (Rta). Rta, isolated from a semi-arid soil, has a special cell cycle with mobile rods sensitive to desiccation and non-mobile cysts producing an EPS allowing it to tolerate desiccation. EPS production and bacterial growth were optimized by : choosing lactate as a source of C and energy, maintaining the pH during the growth with lactic acid, increasing the concentrations of the other substrates, and additionning of micro- and macro elements. Thus sufficient amounts of EPS have been obtained. An extraction of EPS firmly attached to the bacteria surface using trichloroacetic acid was developed and optimized. The biochemical characterization of Rta EPS was performed by combining different techniques : CPG, FTICR-MS, RMN and FTIR. The repeated unit of Rta EPS is a decasaccharide consisting of ribose, glucose, galactose, mannose, rhamnose, glucuronic acid, deoxyhexose and with substituents such as acetyl, succinyl and methyl. Finally, thanks to the availability of the fully sequenced Rta genome, the gene cluster involved in the production of EPS has been identified, through molecular biology and imaging approaches. The elucidation of the structure of Rta EPS makes possible the future development of the physico-chemical modifications necessary for its solubilization in order to study its rheological properties

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Tardif, Maxime. "Analyses biochimique et protéomique de la poly (ADP-ribosyl)ation." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/27718/27718.pdf.

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Mathieu, Sandrine. "Étude d'une carotène-dioxygenase de raisin (VvCCD1) : aspects biochimiques et moléculaires." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20112.

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Icard-Vernière, Christèle. "De la semoule de blé dur aux pâtes alimentaires fraîches : évènements physiques et biochimiques." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20167.

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Abstract:

L'evolution de la composition en carotenoides, oxydases, arabinoxylanes, acide ferulique et proteines d'un melange de semoule de ble dur et d'eau au cours de sa transformation en pate alimentaire fraiche est etudiee dans une presse pilote afrem et dans un micro-malaxeur brabender : influence des contraintes physiques exercees sur les produits (couple mecanique, temperature, pression), de l'atmosphere (air ou azote) et de la composition de la solution d'hydratation (eau pure ou additionnee de molecules susceptibles de favoriser des reactions d'oxydation). Selon les molecules, on observe un effet preponderant des reactions d'oxydo-reduction (cas des carotenoides) ou des cisaillements (solubilisation des arabinoxylanes, etat d'agregation des proteines) qui s'exercent au cours des differentes etapes de la transformation. Le passage des produits d'un etat granulaire a un etat particulaire est un facteur determinant du declenchement de certaines reactions, que l'on attribue a la plus grande mobilite des macromolecules, probablement en relation avec le passage de celles-ci d'un etat vitreux a un etat caoutchouteux. Contrairement aux hypotheses generalement emises, l'evolution du niveau d'agregation des proteines, auquel on attribue un role determinant sur la qualite culinaire des pates alimentaires, evolue independamment de la teneur en carotenoides dont depend, pour une grande part, la coloration des produits. L'independance des voies de transformation de ces familles moleculaires ouvre la voie a des ameliorations ulterieures de la qualite globale des pates alimentaires.

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MIMOUNI, CHARLES. "Les demandes d'analyses biochimiques aux urgences de l'hopital b en periode de garde." Lille 2, 1991. http://www.theses.fr/1991LIL2M020.

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Condemine, Wilfried. "Protéine PML endogène : analyse biochimique et étude en biologie celulaire." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077092.

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Abstract:

Un nombre important de propriétés très diverses ont été proposées pour PML. Nous avons décidé de déterminer directement l 'abondance relative des différentes isoformes PML endogènes. Les formes majoritaires de PML co-migrent avec PML-I/-II, alors que PML-III/-IV/-V s'avèrent systématiquement minoritaires. La relevance physiologique des précédentes études qui reposaient exclusivement sur la surexpression de PML-IV est donc à reconsidérer. Si la relation décrite entre PML-III et le centrosome n'a pas pu être confirmée, les régions spécifiques C-terminales des isoformes conservées dans l'évolution, PML-I/-IV/-V, possèdent toutes une propriété d'adressage nucléolaire, suggérant une relation PML-nucléole. Une nouvelle structure nucléaire définie par PML, baptisée NANB (Nucleolus-Associated Nuclear Bodies), est présente dans des fibroblastes humains primaires. Dans ces structures, la protéine PML est simultanément reliée au nucléole, à la sénescence et à la dégradation protéique
An important number of various properties were suggested for PML. We decided to determinate directly the relative abundance of the endogenous different PML isoforms. Major PML isoforms co-migrate with PML-I/-II, whereas PML-III/-IV/-V are systematically minor. So, the physiological aspect of the previous studies that were exclusively with PML-IV surexpression is to be reconsidered. If the relation described between PML-III and the centrosome could not be confirmed, the specific C-termini of evolutionarily conserved isoforms, PML-I/-IV/-V, share a property of nucleolar targeting, suggesting a PML-nucleolus relation. A new nuclear structure defined by PML, and called NANB (Nucleolus-Associated Nuclear Bodies), is present in human primary fibroblasts. In these structures, PML is simultaneouslv connected to the nucleolus, senescence and proteic degradation

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Martin, Jean-Paul. "La chemiluminescence et la bioluminescence : application à l'analyse pharmaceutique et biochimique." Bordeaux 2, 1988. http://www.theses.fr/1988BOR2P099.

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Chagnaud, Patrice. "Etude biochimique et génétique d'une souche de Lactobacillus à activité malolactique." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20200.

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Abstract:

La souche lactobacillus sp. 89 possedant une activite malolactique interessante est etudiee. Les conditions de production d'une biomasse active vis-a-vis de l'acide l malique sont ameliorees. L'acide l malique est inducteur de la biosynthese du complexe malolactique, le glucose n'est pas represseur. Si les conditions de bioconversion (ph, temperature, presence d'acides organiques. . . ) se rapprochent des conditions rencontrees dans le vin par lactobacillus sp. 89, la transformation de l'acide l malique en acide l lactique et co#2 se deroule plus lentement. Les conditions du vin sont generalement plus favorables a la bioconversion qu'a la croissance. L'etude du systeme enzymatique responsable de la transformation de l'acide l malique en acide l lactique et co#2 montre qu'une seule enzyme assure la conversion sans formation de composes intermediaires. L'enzyme malolactique est composee de deux sous-unites identiques de poids moleculaire egal a 60000. Dans un troisieme temps, une amelioration des performances de la souche est envisagee par les techniques de genetique moleculaire. La premiere etape consiste a construire un plasmide navette entre escherichia coli et lactobacillus sp. 89

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Facy, Patrice. "Lectines nucleaires d'une lignee cellulaire tumorale humaine : analyse biologique et biochimique." Orléans, 1990. http://www.theses.fr/1990ORLE2008.

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Abstract:

Pour contribuer a la recherche du role, encore inconnu, des lectines nucleaires, les variations quantitatives de ces proteines ont ete analysees au cours de la differenciation in vitro des cellules tumorales promyelocytaires (hl60), qui peuvent etre induites a se differencier, avec arret de la proliferation cellulaire, sous l'effet d'agents chimiques. D'autre part, l'isolement et l'identification de certaines lectines nucleaires ont ete obtenus pour la premiere fois. Compte tenu de la propriete des lectines a reconnaitre specifiquement la partie osidique des glcoconjugues, l'analyse quantitative des lectines nucleaires a ete realisee par cytometrie en flux apres incubation de noyaux, isoles et debarrasses de leur enveloppe, en presence de glycoproteines de synthese marquees. L'isolement de certaines lectines a ete effectue a partir d'extraits proteiques nucleaires par chromatographie d'affinite a l'aide d'oses immobilises. De plus, une methode permettant d'une part de selectionner des hybridomes produisant des anticorps anti-lectines nucleaires, d'autre part de detecter des anticorps anti-lectines nucleaires au sein d'un melange d'anticorps diriges contre diverses proteines nucleaires, a ete developpee. Les principaux resultats de ce travail sont: i) l'apport de donnees en faveur d'un role des lectines nucleaires dans la modulation de la proliferation cellulaire et plus precisement dans la regulation des syntheses d'adn; ii) l'isolement de lectines nucleaires reconnaissant le d-glucose et d'autres reconnaissant la n-acetyl-d-glucosamine; iii) l'evaluation de l'importance des cations divalents dans la fixation de ces lectines sur des oses immobilises; iiii) la mise au point d'une technique permettant de selectionner des anticorps monoclonaux diriges contre des lectines nucleaires. En conclusion, ces resultats ouvrent la voie a la realisation de recherches a l'aide d'anticorps dans le

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Louvet, Loïc. "Métabolisme de l'inositol triphosphate et homéostasie calcique : analyse biochimique et mathématique." Amiens, 2005. http://www.theses.fr/2005AMIE0510.

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Gainnier, Marc. "Analyse corrélative des événements physiologiques, électrophysiologiques et biochimiques au cours du travail musculaire dynamique." Aix-Marseille 2, 2002. http://www.theses.fr/2002AIX20673.

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Balloul, Jean-Marc. "Identification, analyse biochimique et clônage moléculaire d'un antigène protecteur de Schistosoma mansoni." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37602562s.

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Ricard, Brigitte. "β-D-mannosidase humaine : analyse biochimique comparée de l'enzyme rénale et urinaire". Paris 5, 1993. http://www.theses.fr/1993PA05P629.

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Metayer, Olivier. "Analyse du mécanisme biochimique de la résistance des Bactéroides aux 5-Nitroimidazoles." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR2P070.

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Balloul, Jean-Marc. "Identification, analyse biochimique, et clonage moléculaire d'un antigène protecteur de Schistosoma mansoni." Lille 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LIL10130.

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Chaaya, Nancy. "Anticorps catalytiques et répertoires immuns murins : analyse génétique, biochimique et bio-informatique." Thesis, Compiègne, 2019. http://www.theses.fr/2019COMP2495.

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Abstract:

A la fin des années 80, des anticorps catalytiques ont été découverts dans le sérum de patients, en particulier de patients atteints de maladies auto-immunes. Certains anticorps catalytiques ont un effet bénéfique sur la santé, tandis que d'autres sont délétères. Afin de comprendre le lien existant entre anticorps catalytiques et pathologies auto-immunes, des travaux antérieurs ont mené à la synthèse de quatre banques de fragments d’anticorps (scFv) exposés en surface de phages, représentant différents fonds génétiques et états immunologiques. Les scFv, constitues des régions variables des chaines lourdes (H) et légères (L) des anticorps, sont codes par différents segments de gènes d'immunoglobuline : V-D- J pour la chaine lourde, V et J pour la chaine légère. Dans l'objectif de récolter des informations sur l’immunogénétique des anticorps catalytiques, la distribution des sous-groupes de gènes au sein de chaque répertoire a été étudiée, en se basant sur l’étude de plus de 300 000 séquences. L'analyse des données NGS a montré une expression différentielle des sous-groupes de gènes selon la banque d’origine, suggérant que le fond génétique et / ou l'état immunologique influencent l'expression du sous-groupe de gènes d'immunoglobuline. La présence d'anticorps potentiellement catalytiques à activité β-lactamase a ensuite été étudiée dans les quatre banques par une approche in silico de modélisation tridimensionnelle. Les résultats suggèrent que certaines banques expriment potentiellement plus d'anticorps catalytiques que d'autres. Enfin, dans le but de valider cette approche in silico, une approche in vitro a été initiée. Cinq scFv exposés à la surface des phages ont été sélectionnés lors d'un travail précèdent par un processus itératif sur la base de leur activité catalytique. Chacun possède une structure primaire et tertiaire unique. L’un d’entre eux, le scFv P90C2, a été cloné et exprimé dans des bactéries E. coli BL21 (DE3) sous forme de corps d'inclusion, puis solubilise et enfin renaturé. Bien que le scFv P90C2 soluble conserve son activité de reconnaissance, son pouvoir catalytique est complètement perdu. L’influence de différents paramètres sur la fonctionnalité du scFv a été évaluée : (i) optimisation des conditions du protocole de renaturation, (ii) choix des codons à l’origine de la séquence peptidique du scFv, et enfin (iii) influence de la protéine de fusion pIII
In the late 80s, catalytic antibodies have been discovered in the serum of patients, especially patients with auto-immune diseases. Some of the catalytic antibodies appear to have a beneficial effect on health while others are deleterious. In order to understand the link between catalytic antibodies and immune system pathologies, previous work leaded to 4 single chain Fragment variable (scFv) libraries exposed on phage surface, representing different genetic backgrounds and immunological states. The scFvs, composed with the variable regions of the heavy (H) and light (L) chains, are encoded by immunoglobulin gene subgroups V(H), D(H), J(H), V(L) and J(L). With the objective to decipher the potential origin of catalytic antibodies, a statistical representation of each subgroup within each repertoire has been done, based on more than 300 000 sequences. The NGS data analysis showed a variable expression of some gene subgroups (comprising “rare” ones) between the 4 libraries showing that the genetic background and/or the immunological state influence immunoglobulin gene subgroup expression. Then, we investigated the presence of antibodies with potent active sites in the libraries by molecular modelling. Libraries express more putative catalytic antibodies than others depending on the genetic background and the immunological state profile. Finally, in the objective to validate this in silico approach, an in vitro approach was considered. 5 scFvs exposed on phage surface have thus been selected during a previous work by iterative process on the basis of their catalytic activity: β-lactamase like activity. Each of them displays a unique primary and tertiary structure. The scFvs exposed on the phage surface must be catalytically active while expressed in soluble form too. One of the selected scFvs, P90C2, was optimized and expressed in E. coli BL21 (DE3) bacteria in the form of inclusion bodies and then solubilized and refolded. Although soluble P90C2 fully retained its binding activity, its catalytic potency was completely lost. Further experiments aimed to i) optimize refolding protocol, ii) study the impact of scFv codon-optimization, and iii) show the influence of the pIII fusion protein on the scFv catalytic activity

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DUMOULIN, PASCAL. "Analyse biochimique et genetique de l'interaction entre le represseur lexa et l'adn." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1995. http://www.theses.fr/1995STR13150.

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Abstract:

Pour repondre a la question: comment l'helice trois se positionne-t-elle dans le grand sillon de l'adn, nous avons realise un photo-pontage specifique en modifiant un mutant du represseur lexa qui contient une cysteine unique en position cinquante deux, donc a l'extremite carboxy-terminale de l'helice trois. Les donnees de pontage impliquent que l'helice de reconnaissance de lexa est orientee dans le sens contraire generalement observe dans la famille des proteines a hth, et que cette helice doit former un angle plus fort par rapport au plan des paires de bases que dans le cas des proteines a hth standard. Dans un second temps, toute la structure du complexe du represseur lexa avec un fragment d'adn, portant l'operateur sos consensus, a ete sondee par clivage d'affinite et par photo-pontage d'affinite. Des residus cysteine uniques, introduits aux positions sept, vingt huit, trente huit et cinquante deux de la proteine, ont ete modifies chimiquement par soit, du p-azidophenacyl bromide ou par du s-(deux-pyridylthio)cysteaminyl-edta, pour sonder le complexe proteine-adn. A l'aide de la structure connue du domaine de liaison a l'adn et d'un fragment d'adn de forme b standard, nous avons construit un modele du complexe lexa-adn compatible avec ces donnees biochimiques. Le modele montre que l'helice de reconnaissance est dans le grand sillon et qu'elle forme un angle d'environ trente degre par rapport aux bases. Le motif hth de lexa est oriente de facon a ce que la partie amino-terminale de l'helice deux et de l'helice trois soient orientees vers l'axe de symetrie de l'operateur. En dehors de l'helice de reconnaissance, le modele montre que la partie amino-terminale de la premiere helice et de la seconde, ainsi que la boucle entre les deux feuillets beta sont aussi a proximite se l'adn. Finalement, les interactions possibles ont ete testees par des experiences d'interference par methylation, par ethylation ainsi qu'aux uraci les, et, les residus de l'helice trois impliques dans l'interaction specifique avec l'adn ont ete sondes par mutagenese dirigee

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Kaiser, Joanna. "Mécanotransduction osseuse : écoulement interstitiel, microstructure et couplages biochimiques." Phd thesis, Université Paris-Est, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00673263.

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Abstract:

Dans ce travail de thèse nous nous sommes intéressés aux phénomènes de transport au sein du réseau lacuno-canaliculaire (RLC) et de l'ostéon dans le tissu osseux cortical. Pour étudier la mécanotransduction ostéocytaire amenant au remodelage osseux, nous avons développé un modèle à trois échelles où sont pris en : l'électrcompte ostatique (modélisée par l'équation de Poisson Boltzmann), l'écoulement du fluide (représenté textit{via} une équation de Stokes modifiée et la conservation de la masse fluide) et le transport ionique (régi par l'équation de Nernst-Planck). L'étude de la distribution du potentiel électrique, a mis en exergue l'importance des double-couches électriques au voisinage des parois chargées des pores. Ces double-couches électriques, ainsi que la composition chimique du fluide donnent lieu à des phénomènes d'osmose et d'électroosmose intervenant dans l'écoulement du fluide interstitiel, et influençant la diffusion efficace des ions dans les pores. L'étude a démarré à l'échelle du pore canaliculaire pour être propagée à l'échelle du canalicule puis de l'ostéon, en utilisant une procédure d'homogénéisation périodique asymptotique. Une étude paramétrique nous a permis de cibler les paramètres agissant sur les phénomènes de transport et pouvant faire réagir les ostéocytes. Il est ressorti de cette étude que les effets électro-chimiques jouent rôle important. Nous avons donc choisi de nous focaliser sur la chimie et plus particulièrement sur les effets des flux ioniques physiologiques sur les ostéocytes dans le RLC. Des expériences, mises en place pour étayer ces aspects ont souligné l'importance des échanges chimiques entre les cellules et le fluide qui les entoure. Finalement, nous avons montré que les phénomènes de transports ayant lieu dans le RLC et dans l'ostéon interagissent les uns les autres, parachevant ainsi la description à trois échelles du tissu cortical

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Robillard, Létard Sophie. "Anodonta cygnea, espèce sentinelle ? Analyse de marqueurs biochimiques potentiellement indicateurs de contamination par les pesticides." Le Mans, 2003. http://cyberdoc.univ-lemans.fr/theses/2003/2003LEMA1017.pdf.

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Abstract:

Ce travail s’inscrit dans une démarche de validation du mollusque bivalve Anodonta cygnea comme organisme sentinelle des milieux dulçaquicoles. Ce travail porte sur l’étude de marqueurs biochimiques susceptibles de répondre de manière spécifique à une pollution par des pesticides. L’activité cholinestérasique a été plus particulièrement analysée. L’analyse des réponses de deux autres marqueurs biochimiques (activité catalasique et glutathion S-transférasique) a également été entreprise. Nos conclusions montrent que l’utilisation simultanée de plusieurs biomarqueurs ne permet pas d’établir de lien entre la pésence de contaminant et les effets biologiques observés. En l’état actuel de nos connaissances, nous estimons que les résultats obtenus ne permettent pas d’utiliser Anodonta cygnea comme organisme sentinelle dans le cadre d’une approche multibiomarqueurs
Our work belongs to a program of validation of the mollusc bivalve Anodonta cygnea as a sentinel organism of freshwater ecosystems. We studied responses of three potential pollution biomarkers (acetylcholinesterase, catalase and glutathion S-transferase activities). We have given special attention in the optimization of assay conditions of acetylcholinesterase enzymatic activity. In the light of our results, we estimate that a multibiomarker approach using Anodonta cygnea as a sentinel organism would be difficult considering the difficulty to obtain specific response profiles to each contaminant present in the environment. Henceforth, complementary studies are needed to deepen our knowledge on this subject

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Chagraoui, Abdeslam. "Analyse d'effets biochimiques et comportementaux d'agonistes dopaminergiques indirects (Dexamphetamine, GBR 12783, Amineptine) chez la souris." Rouen, 1991. http://www.theses.fr/1991ROUEA003.

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Abstract:

Le GBR 12783 est un inhibiteur de la capture de la dopamine qui, sous sa forme tritiée, se fixe sélectivement et avec une forte affinité à un site du système de transport de la dopamine dans des expériences in vitro et in vivo. L'étude des déplacements in vitro des liaisons striatales du 3H-GBR 12783, du 3H-raclopride (ligand sélectif des récepteurs dopaminergiques du sous-type D-2) et du 3H-SCH 23390 (ligand sélectif des récepteurs dopaminergiques du sous-type D-1) nous a permis de préciser certaines propriétés pharmacologiques d'agonistes dopaminergiques indirects (GBR 12783, amineptine, dexamphétamine) et directs (SK&F 38393, quinpirole, apomorphine). Les effets moteurs de ces différents agonistes dopaminergiques ont été étudiés chez la Souris au moyen d'un actimètre informatisé Digiscan intégrant les interruptions d'un grand nombre de faisceaux lumineux infrarouges et fournissant des valeurs pour neuf paramètres des activités horizontales et verticales, et des mouvements sans déplacement. L'analyse de ces différents paramètres nous a permis de définir des profils des différentes substances étudiées et notamment de dégager une similitude entre les profils du GBR 12783 et de l'amineptine ainsi que des caractéristiques propres à la dexamphétamine, au SK&F 38393, au quinpirole, à l'apomorphine et à la désipramine. La similitude entre les effets du GBR 12783 et ceux de l'amineptine est retrouvée lors d'expériences d'interactions pharmacologiques. Ainsi, les effets locomoteurs du GBR 12783 et de l'amineptine sont antagonisés par des doses élevées de SCH 23390 (antagoniste des récepteurs du sous-type D-1), par des doses élevées de métoclopramide ou de halopéridol (antagonistes des récepteurs sous-tpe D-2), mais par de faibles doses d'amisulpride ou de DO 710 (dérivés des benzamides). En outre, les effets moteurs du GBR 12783 et de l'amineptine sont affectés de manière importante chez des souris prétraitées par la réserpine (qui déplète la dopamine vésiculaire) et ils sont supprimés chez des animaux traités par la gamma-butyrolactone (qui abolit l'activité électrique des neurones dopaminergiques). Par contre, les effets excito-locomoteurs de la dexamphétamine sont supprimés par de faibles doses de tous les antagonistes étudiés et demeurent pratiquement inchangés chez les souris prétraitées par la réserpine ainsi que chez celles traitées par la gamma-butyrolactone. Ces résultats indiquent, qu'à la différence de la dexamphétamine qui libère de la dopamine cytosolique, le GBR 12783 et l'amineptine inhibent la capture de la dopamine libérée, au moins en majeure partie, à partir des vésicules synaptiques sous l'influence de l'activité électrique des neurones dopaminergiques. En outre, le GBR 12783, l'amineptine et la dexamphétamine augmentent la température de souris prétraitées par la réserpine. Cette augmentation de température semble résulter, au moins partiellement, d'une stimulation de récepteurs du sous-type D-1, puisqu'elle est reproduite par le SK&F 38393 et qu'elle est antagonisée significativement par le SCH 23390. Utilisés à de faibles doses, le GBR 12783 et l'amineptine augmentent les effets excitolocomoteurs de la dexamphétamine, alors qu'à fortes doses, ils les inhibent. Ces effets biphasiques du GBR 12783 et de l'amineptine. Sur les effets excito-locomoteurs de la dexamphétamine sont comparés à l'inhibition exercée par le GBR 12783 et l'amineptine sur la libération de 3H-dopamine induite par la dexamphétamine dans un modèle de superfusion de synaptosomes préparés à partir de striatum de Rat. Enfin, des traitements chroniques par l'amineptine, ou par la désipramine, suppriment les effets sédatifs des faibles doses de quinpirole sur l'activité horizontale, mais n'affectent ni les effets du quinpirole sur les autres activités, ni les effets du SK&F 38393 et du GBR 12783. Les résultats sont discutés en relation avec le rôle des transmissions dopaminergiques essentiellement mésolimbiques dans les effets comportementaux des inhibiteurs de capture de la dopamine, mais aussi dans les effets d'antidépresseurs dont les mécanismes d'action primaires sont distincts de ceux du GBR 12783 et de l'amineptine.

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Tsafack, Takadong Julie Judith. "Microtubérisation chez Xanthosoma sagittifolium (L. ) Schott (Macabo) et analyse de quelques aspects physiologiques et biochimiques." Brest, 2011. http://www.theses.fr/2011BRES2005.

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Abstract:

Le macabo (Xanthosoma sagittifolium L. Schott, Araceae) est une plante à tubercules à la base de l’alimentation de populations des tropiques. L’induction des tubercules in vitro peut être un moyen efficace pour la propagation de matériel sain et l’augmentation de sa productivité. L’objectif principal de ce travail est de rechercher les conditions optimales pour la production des microtubercules et appréhender les mécanismes physiologiques et biochimiques de la tubérisation chez le macabo. La microtubérisation chez le macabo est influencée par le génotype, la teneur en saccharose, la nutrition azotée, les régulateurs de croissance et les traitements photo et thermopériodiques. Le meilleur rendement est obtenu sur milieu MS à 8% de saccharose et en jours courts de 8h avec thermopériode (25/20°C, jour/nuit) pendant 10 jours, suivis dune obscurité totale (JC1-Obs) à 20°C pendant 50 jours. Comme au champ, le cultivar blanc est plus productif in vitro que les cultivars rouge et jaune. Parmi les régulateurs de croissance testés (BAP, ABA, STS, GA3, ancymidol et flurprimidol), le milieu contenant la BAP à 30 µM augmente significativement le pourcentage de tubérisation. La microtubérisation peut être induite sans régulateur de croissance exogène avec un taux d’explants tubérisés de 70%. Les explants tubérisés (13,8%) peuvent être conservés au moins 8 mois à 25°C, en présence de saccharose (2%) et d’agents osmotiques (mannitol et sorbitol, 2%), en gardant le pouvoir germinatif des microtubercules. Plus de 90% des microtubercules germent et engendrent des vitroplants qui donnent un taux de reprise au champ d’environ 80% après un mois. Les milieux où le rapport NO3-/NH4+ est supérieur à 1, sont les plus favorables à la formation des tubercules et à l’accumulation des sucres solubles. Le milieu G (MG), plus pauvre en azote que le milieu MS, donne un faible pourcentage de tubérisation et réduit néanmoins le taux de repousse en induisant une faible activité a-amylase. L’initiation des tubercules, visibles au jour 10, est caractérisée par une stimulation de l’activité guaiacol-peroxydasique (G-Pox) et l’apparition de nouvelles isoperoxydases. Au cours des premières étapes de la tubérisation, des acides aminés (principalement Ala, Arg, Gln, Glu, Thr et Val) et des protéines s’accumulent, et des polypeptides nouveaux sont mis en évidence. Par ailleurs, l’augmentation du rapport glucose/fructose dans les feuilles parallèlement avec l’augmentation du saccharose et de l’amidon dans les parties basales coïncide avec l’apparition des premiers tubercules. Le saccharose dégradé par les invertases est associé à l’initiation des tubercules et la saccharose synthase assure leur remplissage
Cocoyam (Xanthosoma (L. ) Schott, Araceae) is an important staple tuber crop for tropical populations. In vitro tuber induction could be an effective way to propagate a disease-free material and increase the productivity of valuable cocoyam. The principal objective of this study is to investigate the optimal conditions for microtubers production and to understand the physiological and biochemical mechanisms of cocoyam tuberization. The cocoyam microtuberization is influenced by the genotype, the sucrose level, nitrogen nutrition, plant growth regulators (PGRs), photoperiod and thermoperiod regimes. The best response is obtained on MS medium supplemented with 8% sucrose, under short days of 8 h and with thermoperiod (25/20°C, day/night) for 10 days, followed by a continuous darkness at 20°C for 50 days. As in the field, the white cultivar is more productive than the red and yellow cultivars. Among the PGRs tested (BAP, ABA, STS, GA3, Ancymidol and flurprimidol), the medium with 30 µM 6-benzylaminopurine (BAP) significantly increase the tuberization frequency. Microtuberization can be induced on PGRs free medium with 70% rate of tuberized expiant. The tuberized explants (13. 8%) can be conserved in vitro for at least 8 months at 25°C, in the presence of sucrose (2%) and osmotic agents (mannitol and sorbitol, 2%). More than 90% of microtubers sprout and produce vitroplants that yield 80% of cocoyam plants after one month in the field. The media where the NO3-/NH4+ ratio is higher than 1, are more favourable to tuber formation and soluble carbohydrate accumulation. The G medium, that is poorer in nitrogen than MS medium, gives a low percentage of tuberization and nevertheless reduces the regrowth rate by inducing low a-amylase activity. Tuber initiation observable alter ten days of culture on inductive condition is characterized by a stimulation of the guaiacol-peroxidase activities and the apparition of novel isoperoxidases. During early stages of the microtuberization process, amino acids (mainly Ala, Arg, Gln, Glu, Thr and Val) and proteins accumulate, and novel polypeptides are highlighted. Furthermore, the glucose: fructose ratio increases in leaves concomitantly with the sucrose and starch increase in the basal part, which coincide with the first tubers apparition. Sucrose degraded by invertases is associated with tuber initiation and sucrose synthase assure their filling

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Derhy, Zakia. "Analyse biochimique et moléculaire d'une zinc-aminopeptidase du Plasmodium falciparum, agent du paludisme." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1998. http://www.theses.fr/1998MNHN0033.

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Abstract:

L'identification de nouvelles potentielles, impliquées dans des étapes clés du cycle biologique de P. Falciparum est devenue essentielle pour concevoir de nouvelles molécules inhibitrices du développement du parasite. Un gène en copie unique a été identifie par immunocriblage d'une banque génomique d'expression de la souche FcB1 de P. Falciparum. Sa séquence présente une phase ouverte de lecture unique et sans intron de 3171 pb, elle possède les caractéristiques (richesse en A+T et usages des codons) de P. Falciparum. Ce gène est exprimé dans les stades érythrocytaires (ARN de 4 kb). Il code pour une protéine de 122 kDa, présentant des similitudes importantes avec les aminopeptidases n d'escherichia coli et haemophilius influenza et significatives avec plusieurs autres aminopeptidases procaryotes et eucaryotes. Elle contient la séquence canonique HExxHx18, caractéristique des zinc-metallopeptidases de la famille m1, et le motif gamen, caractéristique des aminopeptidases de cette famille. La proteine correspondant au produit du gene a été identifiée dans des extraits solubles des stades schizontes erythrocytaires de p. Falciparum, la leucyl-aminopeptidase. Elle correspond à une protéine de 120 kDa et une forme probablement maturée de 68 kDa. In vitro, des formes de maturation supplémentaire de 105 kda et 96 kda sont également mises en évidence. Toutes ces formes sont reconnues par l'anticorps ayant servi à immunocribler la banque ainsi qu'un anticorps dirige contre une séquence peptidique déduite de la séquence du gène. La leucyl-aminopeptidase possède un large spectre d'hydrolyse, clivant les substrats L-Leu> Arg-> Ala-AMC, avec un pH optimal d'activité neutre. Son profil d'inhibition avec différents inhibiteurs de protéases la caractérise comme metallo-aminopeptidase du type N, ce qui est en accord avec les prédictions réalisées à partir de l'analyse de la séquence du gène

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Gilbert, Christophe. "Analyse génétique, physiologique et biochimique du système protéolytique de Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus." Lyon 1, 1993. http://www.theses.fr/1993LYO10096.

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Abstract:

Les bacteries lactiques, gram positives, possedent un systeme proteolytique complexe et essentiel (proteinases et exopeptidases) assurant la degradation des caseines du lait. Quatre aminopeptidases (api-iv), une x-prolyl-dipeptidyl-aminopeptidase (x-pro-dpap) et une proteinase de paroi etaient identifiees chez la souche lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus cnrz397. Nos travaux ont consiste a purifier a partir d'extraits de paroi cette cysteine-proteinase hydrolysant rapidement les caseines. Le monomere de poids moleculaire 170000 est actif dans les conditions optimales suivantes: temperature, 42c et ph 5,5. Un mutant deficient pour cette activite a ete obtenu. Par ailleurs, une proline iminopeptidase (pro-ip) a ete mise en evidence dans la paroi du lactobacille. Le gene pip codant pour cette pro-ip a ete clone puis sequence (981 paires de bases dont les 20 premiers acides amines codes du cote nh2-terminal forment une region hydrophobe semblable aux sequences signals des proteines exportees chez les lactocoques). L'expression du gene pip chez e. Coli permet d'obtenir une activite pro-ip amplifiee 1000 fois, dont 50% sont retrouves dans le periplasme, ce qui a facilite la purification de l'enzyme. Cette serine-protease active sous la forme d'un trimere de poids moleculaire 105000 (3 sous-unites de 35000), agit exclusivement sur les di- et tripeptides dans lesquels la proline est en position amino-terminale. L'enzyme est stabilisee en presence de serumalbumine de buf a 30c et a un ph compris entre 6,0 et 7,0. Les 11 premiers acides amines de la sequence nh2-terminale de la pro-ip purifiee correspondent exactement aux residus 33 a 43 traduits du gene pip. La presence d'une autre enzyme, de type aminopeptidase p, liberant un acide amine lie au cote imine d'une proline, a ete mise en evidence. Enfin, le clonage de la x-pro-dpap du lactobacille chez lactococcus lactis s'etant heurte a des problemes de recombinaison et de rearrangement d'adn, de nouvelles souches hotes de lactococcus lactis ont ete isolees

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Young, Joanne. "Analyse biochimique des proteines du translocateur de l'hemolysine et leurs interactions, in vivo." Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA112016.

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Abstract:

L'association de l'abc-transporteur hlyb et des proteines auxiliaires hlyd (mfp) et tolc (omf) est indispensable pour entrainer une secretion rapide de hlya, la toxine hemolysine, a travers les deux membranes de e. Coli vers le milieu. Hlya est un grand polypeptide et le signal de secretion relativement hydrophile est contenu dans les 46 acides amines c-terminaux de hlya. Par l'intermediaire de l'hydrolyse de l'atp, hlyb fournit une partie de l'energie necessaires au transport tandis que hlyd pourrait ouvrir la voie qui permettrait ce transport a travers le periplasme de la membrane externe. Les experiences decrites dans ce manuscrit ont trait a l'identification par des methodes biochimiques des interactions entre proteines translocatrices. Si on se base sur les etudes de stabilite et les experiences de pontage chimique effectuees in vivo, les methodes de co-purification et l'utilisation de mutants nuls et ponctuels dans tolc, hlyb et hlyd semblent montrer que ces trois proteines sont capables de former un complexe specifique susceptible de creer le passage vers la translocation. Celui ci contient au minimum des trimeres de hlyd ou alors il est constitue d'oligomeres plus importantes associes probablement a des trimeres de hlyb et des trimeres de tolc. Les donnees suggerent que le complexe se forme dans la membrane meme en l'absence de hlya. Elles suggerent egalement que la conformation des monomeres de hlyd ou que l'organisation des multimeres de hlyd changent en presence de hlyb. L'identification de deux alleles dominants non fonctionnels de hlyd affectant l'activite hemolytique, mais n'agissant pas sur la secretion de hlya dans le milieu, constitue une preuve supplementaire pour le double role que l'on attribue a hlyd dans le transport puis au repliement de hlya a la surface de l'enveloppe. Enfin, a la fois les etudes de pontage chimique et de dominance negative attestent de l'importance du domaine cytoplasmique n-terminal de hlyd dans la fonction de cette proteine.

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Lévêque, Nathalie. "Quantification de molécules biochimiques au niveau du derme humain par des techniques bio-analytiques." Besançon, 2002. http://www.theses.fr/2002BESA0017.

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Abstract:

Ces techniques ont été employées pour déterminer les concentrations dermiques en fer et en acide ascorbique au niveau de : peau "saine" ; peau "saine" sous stress oxydatif (ex. : ultra-violets) ; peau pathologique (psoriasis, dermatite atopique). (Cf. Résumé d'auteur)

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Billy, Ludivine. "Perception de la texture et de l'arôme des pommes : recherche de marqueurs biochimiques et contribution d'une bouche artificielle." Nantes, 2007. http://www.theses.fr/2007NANT2099.

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Abstract:

La texture et l’arôme sont les deux principaux critères de la qualité organoleptique des pommes. La problématique de cette thèse repose sur la compréhension du rôle de ces deux critères sur la qualité organoleptique des pommes à post-récolte, et du lien pouvant exister entre l’évolution de ces fruits et la perception sensorielle de ces attributs. La première partie de ce travail a permis d’identifier les marqueurs biochimiques de l’évolution de la texture des pommes. L’influence de la solubilisation et la dépolymérisation des pectines sur la texture a ainsi été plus particulièrement observée. La deuxième partie de cette thèse présente la conception d’une nouvelle technique d’extraction d’arôme de pommes, nommée « bouche artificielle », ainsi que la mise au point d’un outil de validation de ce prototype par une méthodologie d’analyse statistique de la texture d’image. Dans une dernière partie, les molécules odorantes des pommes ont été identifiées parmi l’ensemble des composés volatils préalablement extraits à l’aide de la bouche artificielle. Parmi elles, les molécules odorantes responsables de l’arôme des pommes ont été mises en évidence grâce à l’étude des relations entre ces molécules et les attributs sensoriels liés à l’arôme et à l’odeur des pommes
Texture and aroma are the two main apple quality characteristics. The aim of this work is based on the comprehension of the role of these properties on fruit quality perception during post-harvest period of storage, and to study their evolution during that period. The first part of this study made it possible to identify the biochemical markers of the texture evolution of apples, which are, the solubilization and the depolymerization of pectins. The second part of this work presents the development of a new extraction technique of apples aroma, named “artificial mouth”, as well as that of a validation tool of this prototype by a methodology of statistical analysis of the texture of image. In a last part, the odorous molecules of apples were identified using this artificial mouth. Among them, the odorous molecules responsible for apples aroma were also distinguished

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Abou, Samra Rouaïda. "Contribution à l'étude biochimique de la genèse de la maladie amyloïde chez l'homme." Tours, 1985. http://www.theses.fr/1985TOUR3805.

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Ould, Babah Khaled. "Analyse biochimique et structurale des interactions multiples des oncoprotéines E6 produites par les papillomavirus." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00866972.

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Abstract:

L' oncoprotéine E6 - qui joue un rôle crucial dans le processus d'oncogenèse induit par les papillomavirus a longtemps résisté à toute analyse. Depuis 1995 l'équipe Oncoprotéines a concentré ses efforts sur cette problématique. Ce qui a permis la résolution par RMN de la structure du domaine C-terminal de E6 en 2006. C'est dans ce cadre que j'ai commencé ce Doctorat en 2008, avec objectif de continuer la quête de données structurales sur E6 tout en acquérant des informations sur ses modes d'interaction avec ses cibles cellulaires. Les travaux de cette thèse ont permis l'obtention de la structure cristallographique de E6 (HPV16) en complexe avec un peptide de E6AP, en utilisant une approche originale capable de produire des protéines E6 stables et solubles. Cette structure constitue la première information structurale publiée sur des protéines E6 entières, attendue depuis plus de 20 ans par la communauté scientifique. J'ai effectué également durant cette thèse une analyse du système d'interaction de la protéine E6 basée sur une large étude d'interaction entre les protéines E6 (7 types) et 93 peptides porteurs de motif LxxLL.

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Laloi, Patrick. "Analyse biochimique, physiologique et génétique de l'activité caséinolytique et des aminopeptidases de Lactobacillus bulgaricus." Lyon 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LYO10141.

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Abstract:

Cette étude a eu pour objectif, d'identifier et de caracteriser chez lactobacillus bulgaricus certaines des enzymes du système protéolytique impliquées dans la dégradation des caséines. Une activité caséinolytique intense, plus active sur la caséine bêta que sur la caséine alpha est présente à la surface cellulaire. Une fraction importante de l'activité caséinolytique peut être extraite de la paroi cellulaire sans provoquer la lyse des bactéries. Les extraits obtenus lors de cette extraction comme les cellules entières hydrolysent rapidement les caséines en des produits dont les poids moléculaires sont proches de ceux des caséines natives. Après croissance en lait, L. Bulgaricus possède un niveau d'activité caséinolytique trois fois supérieur à celui mesuré après croissance en MRS, milieu riche en peptides de petites tailles. L'augmentation retentit essentiellement sur l'activité caséinolytique présente dans l'enveloppe cellulaire. Au moins douze espèces protéiques dont celle(s) responsable(s) de l'activité caséinolytique, sont présentes dans la paroi de L. Bulgaricus CNRZ 397, et la biosynthèse et/ou la compartimentation cellulaire de certaines de ces protéines est dépendante de la nature du milieu de culture. Quatre aminopeptidases (AP 1, 2, 3 et 4) et une x-prolyl-dipeptidylaminopeptidase (x-pro-dpap) ont été mises en évidence. Le lysylparanitroanilide (pna) est un substrat spécifique de l'AP2 et cette enzyme hydrolyse de nombreux substrats amino-acyl- et oligopeptidyl-bêta NA. La biosynthèse de l'AP1 et de l'AP3 est induite après croissance en milieu MRS alors que les autres peptidases identifiées sont synthetisées quel que soit le milieu de culture. L'AP2 et la X-pro-DPAP ont respectivement des masses moléculaires égales à 90 et 80 kD. L'Ap2 est caractérisée par un pl de 4,48 ; elle est située dans la paroi cellulaire. Après mutagenèse chimique, des mutants totalement ou partiellement depourvus d'AP2 ou de X-pro-DPAP ont été isolés. La déficience en AP2 provoque une augmentation de l'activité caséinolytique de paroi. De même, la déficience en X-pro-DPAP induit une augmentation de l'activité caséinolytique totale et de la fraction de cette activité localisée dans la paroi cellulaire. Il semble donc exister un mécanisme de régulation commun à la biosynthèse et/ou à la compartimentation cellulaire de l'AP2, de la X-pro-DPAP et des enzymes responsables de l'activité caséinolytique

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Dissertations / Theses on the topic 'Analyses biochimiques'

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