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Academic literature on the topic 'Annotation de génome'

Author: Grafiati

Published: 25 May 2024

Last updated: 31 July 2025

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Journal articles on the topic "Annotation de génome"

1

VIGNAL, A., C. DIOT, C. MOLETTE, et al. "Génomique des canards." INRAE Productions Animales 26, no. 5 (2013): 391–402. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2013.26.5.3168.

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Abstract:

    La démocratisation des outils de la génomique et plus particulièrement du séquençage à haut débit a permis le séquençage du génome du canard commun. Des projets complémentaires sont déjà initiés pour prolonger et exploiter au mieux ces premiers acquis. En tout premier lieu, il s’agit de poursuivre la description de la structure du génome et d’en exploiter les connaissances : cartes d’hybrides irradiés pour ordonner la séquence le long des chromosomes ; génomique comparée avec le génome de la poule pour bénéficier des connaissances sur ce génome modèle ; recherche de

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2

DUCHESNE, A., C. GROHS, P. MICHOT, et al. "Du phénotype à la mutation causale : le cas des anomalies récessives bovines." INRA Productions Animales 29, no. 5 (2020): 319–28. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2016.29.5.3000.

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Abstract:

Cet article présente la méthodologie utilisée pour identifier la mutation responsable d’une anomalie génétique à partir de cas d’animaux affectés. Dans un premier temps, une collection de cas aussi homogènes que possible est constituée, de la même race et avec les mêmes signes cliniques, complétée par une population témoin apparentée mais non atteinte. Une analyse de pedigree est possible pour rechercher l’ancêtre commun qui a pu transmettre l’anomalie à chacun des cas. Le génotypage par puce permet de mettre en évidence très rapidement une petite région du génome homozygote et identique à tou

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3

Ciriac, CHARLES. "Annexe de la thèse "Acquisition de nouvelles connaissances génétiques sur les souches de Mycobacterium bovis, circulant en France, par l'approche du séquençage du génome complet.", partie "4. Séquençage de nouveaux génomes complets", Ciriac CHARLES." September 8, 2022. https://doi.org/10.5281/zenodo.7060232.

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Abstract:

Annex S1: Sequencing metric of the 10 new genomes and obtained with fastqc. A: Metric provide to Illumina metric. B: metric provide to MinION metric. Annex S2 : Alignments of the 12<em> M. bovis</em> complete genomes (including new genomes, Af2122/97 and Mb3601) was performed using progressiveMauve (annex S4). Annex S3: Pan-genomic study performed on 12 <em>M. bovis</em> complete genomes. “1” shows the presence of CDS and “0” his absence. Annex S4: Annex S4: Indels between the ten new complete genomes and Mb3601 using progressiveMauve. Annotation of these indels was per

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Dissertations / Theses on the topic "Annotation de génome"

1

Daccord, Nicolas. "Analyse bioinformatique du génome et de l’épigénome du pommier." Thesis, Angers, 2018. http://www.theses.fr/2018ANGE0034/document.

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Abstract:

La pomme est l’un des fruits les plus consommés au monde. En utilisant les dernières technologies de séquençage (PacBio) et de cartes optiques (BioNano), nous avons généré un assemblage de novo de haute qualité du génome du pommier (Malus domestica Borkh.). Nous avons réalisé une annotation des gènes et des éléments transposables pour permettre à cet assemblage d’être utilisé en tant que génome de référence. La grande contiguité de l’assemblage a permis de détecter les éléments transposables de façon exhaustive, ce qui fournit une opportunité sans précédents d’étudier les régions non-caractéri

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2

Cleynen, Alice. "Approches statistiques en segmentation : application à la ré-annotation de génome." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00913851.

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Abstract:

Nous proposons de modéliser les données issues des technologies de séquençage du transcriptome (RNA-Seq) à l'aide de la loi binomiale négative, et nous construisons des modèles de segmentation adaptés à leur étude à différentes échelles biologiques, dans le contexte où ces technologies sont devenues un outil précieux pour l'annotation de génome, l'analyse de l'expression des gènes, et la détection de nouveaux transcrits. Nous développons un algorithme de segmentation rapide pour analyser des séries à l'échelle du chromosome, et nous proposons deux méthodes pour l'estimation du nombre de segmen

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3

Sevin, Emeric. "Annotation des petits éléments dans les génomes procaryotes : nouveaux outils informatiques et application à Sinorhizobium meliloti." Rennes 1, 2007. http://www.theses.fr/2007REN1S160.

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Abstract:

L’automatisation des protocoles d’annotation a vu naître un grand nombre d’outils informatiques. Malgré ceux-ci et la multitude des données générée par le séquençage intensif des génomes procaryotes, des petits éléments essentiels à la compréhension globale des systèmes continuent d’être négligés dans les annotations. Citons notamment les éléments régulateurs à la périphérie des gènes (promoteurs/terminateurs), les petits ARN non codant (ARNnc), ou encore les gènes peptidiques, correspondant à des protéines de moins de 100 aa. Nous avons effectué un crible des régions intergéniques de Sinorhiz

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4

Beyne, Emmanuelle. "Règles de cohérence pour l'annotation génomique : développement et mise en œuvre in silico et in vivo." Bordeaux 1, 2008. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00350902.

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Abstract:

L'annotation génomique identifie l'ensemble des éléments significatifs présents sur l'ADN génomique, le support du programme de fonctionnement de l'organisme. Elle prédit leurs fonctions biologiques et leurs relations. L'annotation d'un génome complet est soumise à diverses contraintes : elle doit être réalisée rapidement et représenter l'organisme comme système biologique fonctionnel cohérent. Nous proposons une méthode de vérification de la qualité de l'annotation génomique, basée sur un ensemble de règles de cohérence définies d'après les connaissances et contraintes biologiques admises par

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5

Bocs, Stéphanie. "(Ré)annotation de génomes procaryotes complets - Exploration de groupes de gènes chez les bactéries." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00008296.

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Abstract:

La stratégie experte semi-automatique de prédiction de Séquences CoDantes (CDS) d'un chromosome procaryote est fondée sur le modèle statistique des chaînes de Markov. Elle est constituée des stratégies AMIMat pour l'apprentissage de l'hétérogénéité de composition des CDS d'un chromosome et AMIGene pour la reconnaissance et le filtrage des CDS les plus probables. AMIMat permet de construire k matrices de transition à partir de k classes de gènes définies selon l'usage des codons synonymes. La précision d' AMIGene dépend de la qualité des matrices et d'autres paramètres validés automatiquement p

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6

Flutre, Timothée. "L' annotation des éléments transposables par la compréhension de leur diversification." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077239.

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Abstract:

Les éléments transposables sont des fragments du génome possédant la particularité d'être mobiles. Ils ont un impact majeur sur la structure des génomes mais également sur l'expression des gènes avoisinants, notamment via des mécanismes épigénétiques. Cependant, mis à part certains organismes modèles pour lesquels nous disposons de séquences de référence, l'annotation des éléments transposables représente un goulot d'étranglement dans l'analyse des génomes séquences. J'ai donc comparé les programmes informatiques existants utilisés dans les approches d'annotation de novo des éléments transposa

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7

Morlot, Jean-Baptiste. "Annotation of the human genome through the unsupervised analysis of high-dimensional genomic data." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066641/document.

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Abstract:

Le corps humain compte plus de 200 types cellulaires différents possédant une copie identique du génome mais exprimant un ensemble différent de gènes. Le contrôle de l'expression des gènes est assuré par un ensemble de mécanismes de régulation agissant à différentes échelles de temps et d'espace. Plusieurs maladies ont pour cause un dérèglement de ce système, notablement les certains cancers, et de nombreuses applications thérapeutiques, comme la médecine régénérative, reposent sur la compréhension des mécanismes de la régulation géniques. Ce travail de thèse propose, dans une première partie,

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8

Claudel-Renard, Clotilde. "Inférence fonctionnelle et prédiction de voies métaboliques : application à la bactérie fixatrice d'azote Sinorhizobium meliloti." Toulouse 3, 2003. http://www.theses.fr/2003TOU30170.

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Abstract:

Des génomes entiers de bactéries sont séquencés en nombre croissant. Parallèlement sont mis en place des programmes d'analyse systématique de l'expression des gènes et des protéines dans différentes conditions. La compréhension du fonctionnement d'un organisme nécessite une annotation des fonctions des gènes et l'intégration de ces données dans des schémas fonctionnels. Les voies métaboliques constituent une classe de fonctions permettant d'aborder ce problème d'intégration, elles sont bien répertoriées chez de nombreux organismes et sont accessibles à l'expérimentation. Dans un premier temps,

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9

Scalzitti, Nicolas. "Nouvelle stratégie d'annotation des génomes par l'utilisation d'algorithmes d'intelligence artificielle." Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2021. http://www.theses.fr/2021STRAJ040.

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Abstract:

Les projets de séquençage à haut débit produisent une énorme quantité de données biologiques brutes. Cependant, elles sont difficilement exploitables si elles ne sont pas annotées. Pour traiter ces données, des programmes d’annotation de génomes ont été développés, mais ces derniers sont encore trop sujet aux erreurs de prédiction, faisant de l’annotation des génomes un des défis majeurs en bio-informatique. Dans ce contexte, mes travaux de thèse s’organisent autour d’un trinôme : 1) l’amélioration de la prédiction des gènes eucaryotes codant pour des protéines en se focalisant spécifiquement

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10

Blandin, Gaëlle. "Évolution des génomes de levures : analyse de la redondance et génomique comparative." Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077171.

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More sources

Books on the topic "Annotation de génome"

1

Soh, Jung. Genome Annotation. Taylor & Francis Group, 2012.

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2

Genome Annotation. CRC Press, 2012.

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3

Sensen, Christoph W., Jung Soh, and Paul M. K. Gordon. Genome Annotation. Taylor & Francis Group, 2016.

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