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Dissertations / Theses on the topic 'Annotation de génome'

Author: Grafiati
Published: 25 May 2024
Last updated: 31 July 2025

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1

Daccord, Nicolas. "Analyse bioinformatique du génome et de l’épigénome du pommier." Thesis, Angers, 2018. http://www.theses.fr/2018ANGE0034/document.

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Abstract:
La pomme est l’un des fruits les plus consommés au monde. En utilisant les dernières technologies de séquençage (PacBio) et de cartes optiques (BioNano), nous avons généré un assemblage de novo de haute qualité du génome du pommier (Malus domestica Borkh.). Nous avons réalisé une annotation des gènes et des éléments transposables pour permettre à cet assemblage d’être utilisé en tant que génome de référence. La grande contiguité de l’assemblage a permis de détecter les éléments transposables de façon exhaustive, ce qui fournit une opportunité sans précédents d’étudier les régions non-caractéri
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Cleynen, Alice. "Approches statistiques en segmentation : application à la ré-annotation de génome." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00913851.

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Abstract:
Nous proposons de modéliser les données issues des technologies de séquençage du transcriptome (RNA-Seq) à l'aide de la loi binomiale négative, et nous construisons des modèles de segmentation adaptés à leur étude à différentes échelles biologiques, dans le contexte où ces technologies sont devenues un outil précieux pour l'annotation de génome, l'analyse de l'expression des gènes, et la détection de nouveaux transcrits. Nous développons un algorithme de segmentation rapide pour analyser des séries à l'échelle du chromosome, et nous proposons deux méthodes pour l'estimation du nombre de segmen
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3

Sevin, Emeric. "Annotation des petits éléments dans les génomes procaryotes : nouveaux outils informatiques et application à Sinorhizobium meliloti." Rennes 1, 2007. http://www.theses.fr/2007REN1S160.

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Abstract:
L’automatisation des protocoles d’annotation a vu naître un grand nombre d’outils informatiques. Malgré ceux-ci et la multitude des données générée par le séquençage intensif des génomes procaryotes, des petits éléments essentiels à la compréhension globale des systèmes continuent d’être négligés dans les annotations. Citons notamment les éléments régulateurs à la périphérie des gènes (promoteurs/terminateurs), les petits ARN non codant (ARNnc), ou encore les gènes peptidiques, correspondant à des protéines de moins de 100 aa. Nous avons effectué un crible des régions intergéniques de Sinorhiz
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Beyne, Emmanuelle. "Règles de cohérence pour l'annotation génomique : développement et mise en œuvre in silico et in vivo." Bordeaux 1, 2008. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00350902.

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Abstract:
L'annotation génomique identifie l'ensemble des éléments significatifs présents sur l'ADN génomique, le support du programme de fonctionnement de l'organisme. Elle prédit leurs fonctions biologiques et leurs relations. L'annotation d'un génome complet est soumise à diverses contraintes : elle doit être réalisée rapidement et représenter l'organisme comme système biologique fonctionnel cohérent. Nous proposons une méthode de vérification de la qualité de l'annotation génomique, basée sur un ensemble de règles de cohérence définies d'après les connaissances et contraintes biologiques admises par
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Bocs, Stéphanie. "(Ré)annotation de génomes procaryotes complets - Exploration de groupes de gènes chez les bactéries." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00008296.

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Abstract:
La stratégie experte semi-automatique de prédiction de Séquences CoDantes (CDS) d'un chromosome procaryote est fondée sur le modèle statistique des chaînes de Markov. Elle est constituée des stratégies AMIMat pour l'apprentissage de l'hétérogénéité de composition des CDS d'un chromosome et AMIGene pour la reconnaissance et le filtrage des CDS les plus probables. AMIMat permet de construire k matrices de transition à partir de k classes de gènes définies selon l'usage des codons synonymes. La précision d' AMIGene dépend de la qualité des matrices et d'autres paramètres validés automatiquement p
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6

Flutre, Timothée. "L' annotation des éléments transposables par la compréhension de leur diversification." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077239.

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Abstract:
Les éléments transposables sont des fragments du génome possédant la particularité d'être mobiles. Ils ont un impact majeur sur la structure des génomes mais également sur l'expression des gènes avoisinants, notamment via des mécanismes épigénétiques. Cependant, mis à part certains organismes modèles pour lesquels nous disposons de séquences de référence, l'annotation des éléments transposables représente un goulot d'étranglement dans l'analyse des génomes séquences. J'ai donc comparé les programmes informatiques existants utilisés dans les approches d'annotation de novo des éléments transposa
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Morlot, Jean-Baptiste. "Annotation of the human genome through the unsupervised analysis of high-dimensional genomic data." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066641/document.

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Abstract:
Le corps humain compte plus de 200 types cellulaires différents possédant une copie identique du génome mais exprimant un ensemble différent de gènes. Le contrôle de l'expression des gènes est assuré par un ensemble de mécanismes de régulation agissant à différentes échelles de temps et d'espace. Plusieurs maladies ont pour cause un dérèglement de ce système, notablement les certains cancers, et de nombreuses applications thérapeutiques, comme la médecine régénérative, reposent sur la compréhension des mécanismes de la régulation géniques. Ce travail de thèse propose, dans une première partie,
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Claudel-Renard, Clotilde. "Inférence fonctionnelle et prédiction de voies métaboliques : application à la bactérie fixatrice d'azote Sinorhizobium meliloti." Toulouse 3, 2003. http://www.theses.fr/2003TOU30170.

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Abstract:
Des génomes entiers de bactéries sont séquencés en nombre croissant. Parallèlement sont mis en place des programmes d'analyse systématique de l'expression des gènes et des protéines dans différentes conditions. La compréhension du fonctionnement d'un organisme nécessite une annotation des fonctions des gènes et l'intégration de ces données dans des schémas fonctionnels. Les voies métaboliques constituent une classe de fonctions permettant d'aborder ce problème d'intégration, elles sont bien répertoriées chez de nombreux organismes et sont accessibles à l'expérimentation. Dans un premier temps,
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9

Scalzitti, Nicolas. "Nouvelle stratégie d'annotation des génomes par l'utilisation d'algorithmes d'intelligence artificielle." Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2021. http://www.theses.fr/2021STRAJ040.

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Abstract:
Les projets de séquençage à haut débit produisent une énorme quantité de données biologiques brutes. Cependant, elles sont difficilement exploitables si elles ne sont pas annotées. Pour traiter ces données, des programmes d’annotation de génomes ont été développés, mais ces derniers sont encore trop sujet aux erreurs de prédiction, faisant de l’annotation des génomes un des défis majeurs en bio-informatique. Dans ce contexte, mes travaux de thèse s’organisent autour d’un trinôme : 1) l’amélioration de la prédiction des gènes eucaryotes codant pour des protéines en se focalisant spécifiquement
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Blandin, Gaëlle. "Évolution des génomes de levures : analyse de la redondance et génomique comparative." Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077171.

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Chelkha, Nisrine. "Etudes du génome de diverses amibes et de leurs interactions avec des virus géants et d’autres microorganismes." Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/191122_CHELKHA_490trpga652cfvqep580b712k_TH.pdf.

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Abstract:
Acanthamoeba est un protiste phagocytaire ubiquitaire du sol et de l'eau. Les virus géants, incluant notamment les mimivirus, les marseillevirus ou les pandoravirus, sont d'autres micro-organismes résistants à Acanthamoeba. Ils vivent en sympatrie avec d'autres micro-organismes au sein de l'amibe, et de nombreux transferts latéraux de séquences ont été décrits avec Acanthamoeba castellanii. De plus, certaines espèces d'Acanthamoeba semblent présenter des susceptibilités différentes vis-à-vis des virus géants.L’objectif de ce travail a été d’explorer pour la première fois le répertoire génique
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Hubans, Christine. "Méthode ab initio de prédiction d'opérons chez les procaryotes et validations biologiques chez les Bordetelles." Lille 1, 2006. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2006/50376_2006_246.pdf.

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Abstract:
Aujourd'hui comprendre les mécanismes moléculaires qui régissent la vie est un challenge de la biologie. C'est avec l'objectif de comprendre les voies métaboliques et leur régulation que de nombreuses méthodes «in silico» ont été développées. La conservation de l'organisation des gènes sur les génomes procaryotes reflète des interactions fonctionnelles, c'est pourquoi annoter ces structures est primordial. Au cours de nos travaux, nous avons développé un algorithme de prédiction d'opérons travaillant uniquement sur base d'une séquence génomique. Notre méthode combine la prédiction de plusieurs
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Ral, Jean-Philippe. "Multiplicité et redondance des enzymes du métabolisme de l'amidon dans la lignée verte." Lille 1, 2004. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2004/50376-2004-23.pdf.

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Abstract:
Les ADP-glucose α-1,4 glucane α-4-glucosyltransférases ou amidon-synthétases catalysent le transfert du glucose libre de l'ADP-glucose vers les extrémités non réductrices des chaînes glucaniques en élongation créant ainsi une liaison O-glucosidique de type α-l,4. Une souche mutante au locus STA3 de l'algue verte Chlamydomonas reinhardtii présente une diminution forte de la quantité d'amidon couplée à une perturbation de la structure de l'amylopectine. Nos travaux font la démonstration que le locus STA3 correspond au gène de structure de l'amidon synthétase soluble III (SSIII). L'étude de l'act
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Bland, Céline. "Innovations pour l'annotation protéogénomique à grande échelle du vivant." Thesis, Montpellier 1, 2013. http://www.theses.fr/2013MON13508.

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Abstract:
La protéogénomique consiste à affiner l'annotation du génome d'organismes modèles pour lesquels des données protéomiques sont générées à haut-débit. Des erreurs d'annotation structurale ou fonctionnelle sont encore fréquentes. Innover dans les méthodologies permettant de lever ces ambiguïtés est essentiel. L'étude spécifique du N-terminome permet de vérifier expérimentalement l'identification du codon d'initiation de la traduction et de certifier les données obtenues. Pour cela, deux stratégies innovantes ont été développées basées sur : i) le marquage sélectif du N-terminal des protéines, ii)
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Lehmann, Nathalie. "Development of bioinformatics tools for single-cell transcriptomics applied to the search for signatures of symmetric versus asymmetric division mode in neural progenitors." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2021. http://www.theses.fr/2021UPSLE070.

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Abstract:
Ces dernières années, l’émergence des approches en cellules uniques (scRNA-seq) a favorisé la caractérisation de l’hétérogénéité cellulaire avec une précision inégalée. Malgré leur démocratisation, l’analyse de ces données reste complexe, en particulier pour les organismes dont les annotations sont incomplètes. Au cours ma thèse, j’ai observé que les annotations génomiques du poulet sont lacunaires, ce qui engendre la perte d’un grand nombre de lectures de séquençage. J’ai évalué à quel point une annotation améliorée affecte les résultats biologiques et les conclusions issues de ces analyses.
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Beyne, Emmanuelle. "Règles de cohérence pour l'annotation génomique : développement et mise en oeuvre in silico et in vivo." Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00350902.

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Abstract:
L'annotation génomique identifie l'ensemble des éléments significatifs présents sur l'ADN génomique, le support du programme de fonctionnement de l'organisme. Elle prédit leurs fonctions biologiques et leurs relations. L'annotation d'un génome complet est soumise à diverses contraintes: elle doit être réalisée rapidement et représenter l'organisme comme système biologique fonctionnel cohérent. Nous proposons une méthode de vérification de la qualité de l'annotation génomique, basée sur un ensemble de règles de cohérence définies d'après les connaissances et contraintes biologiques admises par
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Andréani, Julien. "Etude des grands virus à ADN nucléo-cytoplasmique : isolements et caractérisations." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0695.

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Abstract:
La plupart des virus sont connus pour leur capacité à causer des maladies symptomatiques chez l’Homme et chez les autres animaux. Certains d’entre eux sont des grands virus à ADN nommés Virus à Grand ADN Nucléo-Cytoplasmique (NCLDV), rapportés comme infectant les cellules eucaryotiques. Au début du XXI ème siècle, quatre familles ont été définies par Iyer et al. comme ayant une origine commune (groupe monophylétique) : Asfarviridae, Phycodnaviridae, Irido-Ascoviridae et Poxviridae.En 2003, la description d’Acanthamoeba polyphaga mimivirus a cassé un paradigme dans le monde des virus. Par leur
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Djebali, Sarah. "Un cadre formel pour l'annotation experte des gènes eucaryotes." Phd thesis, Université d'Evry-Val d'Essonne, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00112099.

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Abstract:
Malgré des avancées considérables dans le domaine de l'annotation automatique de gènes, l'annotateur de référence reste l'expert humain. Nous avons donc développé Exogean, une méthode automatique qui suit le même processus que l'expert humain. Pour cela, Exogean utilise des multi-graphes orientés acycliques colorés (DACMs) où les sommets sont des objets biologiques, et les multiples couleurs d'arêtes entre les sommets sont des relations entre ces objets. Les DACMs sont parcourus suivant des chemins qui répliquent les règles suivies par l'expert humain lorsqu'il analyse les données.<br /><br />
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Smith, Adam Alexander Thil. "Exploitation automatisée des contextes métabolique et génomique pour l'annotation fonctionnelle des génomes prokaryotes." Thesis, Evry-Val d'Essonne, 2012. http://www.theses.fr/2012EVRY0002/document.

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Abstract:
Cette thèse porte sur le développement d'approches bioinformatiques exploitant de l'information de contextes génomiques et métaboliques afin de générer des annotations fonctionnelles de gènes prokaryotes, et comporte deux projets principaux. Le premier projet focalise sur les activités enzymatiques orphelines de séquence. Environ 27% des activités définies par le International Union of Biochemistry and Molecular Biology sont encore aujourd'hui orphelines. Pour celles-ci, les méthodes bioinformatiques traditionnelles ne peuvent proposer de gènes candidats; il est donc impératif d'utiliser des m
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Descorps-Declere, Stéphane. "Modélisation du processus d'annotation par une architecture blackboard." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066165.

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Abstract:
Devant la multiplication des projets de séquençage de génomes complets, il est aujourd’hui essentiel de disposer d’outils informatiques performants capables d'aider l’utilisateur biologiste vers un meilleur usage des méthodes d’analyses. Ceci s’avère particulièrement important en raison des très nombreuses méthodes d’analyse disponibles ainsi que des grandes quantités de données concernées. Ce travail vise à apporter une contribution à cette problématique, par l’élaboration d’un modèle bio-informatique adapté à l’annotation de génomes complets. Avec l’étude de l’état de l’art, nous avons dégag
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Carpentier, Mathilde. "Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures pour l' annotation des génomes." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066571.

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Lao, Julie. "Conception et mise en oeuvre d’une approche bioinformatique dédiée à l’identification des ICE, IME et éléments composites dans les génomes de Firmicutes." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2021. http://www.theses.fr/2021LORR0063.

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Abstract:
Les ICE (Éléments intégratifs conjugatifs) et les IME (Éléments intégratifs mobilisables) sont des éléments mobiles bactériens qui jouent un rôle clé dans les transferts horizontaux. Ils ont la capacité de s'intégrer et de se transférer par conjugaison d'une bactérie à une autre. Ces éléments sont très répandus dans les génomes bactériens mais sont encore mal connus. Leur identification automatique est un défi et ils ne sont en général pas annotés dans les génomes. Jusqu'à présent, seules deux approches bioinformatiques permettent la détection des ICE et la détection des IME, mais leur fiabili
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Arnaiz, Olivier. "Annotation des génomes de paramécies Improved methods and resources for paramecium genomics: transcription units, gene annotation and gene expression The Paramecium Germline Genome Provides a Niche for Intragenic Parasitic DNA: Evolutionary Dynamics of Internal Eliminated Sequences ParTIES: a toolbox for Paramecium interspersed DNA elimination studies." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL046.

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Abstract:
Les nouvelles technologies de séquençage (NGS) ont révolutionné nos approches de la génomique.De nombreux génomes d'organismes ont été séquencés et assemblés.Le décryptage de l'information qu'ils contiennent (annotation) est plus que jamais une étape cruciale.Dans ce manuscrit, je vais me focaliser sur l’impact qu'ont eu les NGS sur l'annotation des génomes de paramécies, et notamment l'annotation de gènes et d'éléments transposables (ET).La paramécie est un eucaryote unicellulaire possédant deux types de noyaux. Un noyau germinal (MIC) utilisé pour transmettre l'information génétique à la gén
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Carvunis, Anne-Ruxandra. "Des protéines et de leurs interactions aux principes évolutifs des systèmes biologiques." Thesis, Grenoble, 2011. http://www.theses.fr/2011GRENS001/document.

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Abstract:
Darwin a révélé au monde que les espèces vivantes ne cessent jamais d’évoluer, mais les mécanismes moléculaires de cette évolution restent le sujet de recherches intenses. La biologie systémique propose que les relations entre génotype, environnement et phénotype soient sous-tendues par un ensemble de réseaux moléculaires dynamiques au sein de la cellule, mais l’organisation de ces réseaux demeure mystérieuse. En combinant des concepts établis en biologie évolutive et systémique avec la cartographie d’interactions protéiques et l’étude des méthodologies d’annotation de génomes, j’ai développé
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Carvunis, Anne-ruxandra. "Des protéines et de leurs interactions aux principes évolutifs des systèmes biologiques." Phd thesis, Université de Grenoble, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00586614.

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Abstract:
Darwin a révélé au monde que les espèces vivantes ne cessent jamais d'évoluer, mais les mécanismes moléculaires de cette évolution restent le sujet de recherches intenses. La biologie systémique propose que les relations entre génotype, environnement et phénotype soient sous-tendues par un ensemble de réseaux moléculaires dynamiques au sein de la cellule, mais l'organisation de ces réseaux demeure mystérieuse. En combinant des concepts établis en biologie évolutive et systémique avec la cartographie d'interactions protéiques et l'étude des méthodologies d'annotation de génomes, j'ai développé
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Scott-Boyer, Marie Pier. "Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique." Thèse, 2009. http://hdl.handle.net/1866/2978.

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Abstract:
La bio-informatique est un champ pluridisciplinaire qui utilise la biologie, l’informatique, la physique et les mathématiques pour résoudre des problèmes posés par la biologie. L’une des thématiques de la bio-informatique est l’analyse des séquences génomiques et la prédiction de gènes d’ARN non codants. Les ARN non codants sont des molécules d’ARN qui sont transcrites mais pas traduites en protéine et qui ont une fonction dans la cellule. Trouver des gènes d’ARN non codants par des techniques de biochimie et de biologie moléculaire est assez difficile et relativement coûteux. Ainsi, la prédic
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Sarrasin, Matthew. "An approach to improved microbial eukaryotic genome annotation." Thèse, 2017. http://hdl.handle.net/1866/20415.

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Moreira, Sandrine. "Décodage de l'expression de gènes cryptiques." Thèse, 2016. http://hdl.handle.net/1866/18548.

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Abstract:
Pour certaines espèces, les nouvelles technologies de séquençage à haut débit et les pipelines automatiques d'annotation permettent actuellement de passer du tube Eppendorf au fichier genbank en un clic de souris, ou presque. D'autres organismes, en revanche, résistent farouchement au bio-informaticien le plus acharné en leur opposant une complexité génomique confondante. Les diplonémides en font partie. Ma thèse est centrée sur la découverte de nouvelles stratégies d'encryptage de l'information génétique chez ces eucaryotes, et l'identification des processus moléculaires de décodage. Les di
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Kannan, Sivakumar. "Molecular protein function prediction using sequence similarity-based and similarity-free approaches." Thèse, 2007. http://hdl.handle.net/1866/15681.

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