Academic literature on the topic 'Arbre de discrimination'

Le genre Aquilaria Lam. (Thymelaeaceae) comprend 21 espèces d’arbres (The Plant List, 2013) et se trouve principalement en Asie du Sud-Est. Lorsque l’arbre est infecté (champignons, bactéries), son bois devient brunâtre ou noirâtre (appelé bois d’agar) en raison de la sécrétion d’une oléorésine en réaction à l’infection. La résine est très parfumée et a été recherchée et utilisée pendant des siècles par les bouddhistes, les hindous et les musulmans pour faire de l’encens pour les cérémonies religieuses. Cette oléorésine se trouve principalement dans les espèces du genre Aquilaria, mais aussi dans quelques espèces des genres Gyrinops Gaertner et Gonystylus Teijsmann & Binnendijk. Il est difficile de faire la distinction entre ces espèces, et ce manque de connaissances taxonomiques a conduit à une surutilisation des arbres, mettant en danger ces espèces endémiques inscrites à l’Annexe II de la CITES. Nous avons utilisé la chimiotaxonomie comme outil de discrimination pour analyser les molécules polyphénoliques, métabolites secondaires, qui sont connus pour agir comme marqueurs taxonomiques dans d’autres plantes. En utilisant une technique d’analyse simple, efficace et peu coûteuse (chromatographie bidimensionnelle en couche mince), nous avons trouvé la même molécule polyphénolique dans les six espèces du genre Aquilaria étudiées, qui a été identifiée comme mangiférine par analyse colorimétrique et chromatographique en comparaison avec la mangiférine de contrôle. Au cours de ces analyses, nous avons trouvé une relation entre les genres Aquilaria et Gyrinops (botaniquement démontrée) par l’existence occasionnelle de mangiférine chez trois espèces du genre Gyrinops. Nous avons également constaté qu’un laps de temps de cent-quarante ans entre deux échantillons d’herbier de la même espèce n’avait pratiquement aucun effet sur la concentration de mangiférine dans la plante. Ces travaux ont montré les mérites de la chimiotaxonomie dans la recherche de marqueurs taxonomiques et l’originalité de l’analyse colorimétrique d’un métabolite de plante chromatographié en couche mince.

SUMMARY. Diversity analysis of moroccan carob (Ceratonia siliqua L.) accessions using phenotypic traits and RAPD markers. The carob (Ceratonia siliqua L.) is a perennial leguminous (Caesalpinioideae) that grows as an evergreen shrub or tree. It’s an important component of the Mediterranean vegetation and its adaptation in marginal soils of the Mediterranean regions is important environmentally and economically. Phenotypic and genetic diversity among 10 Ceratonia siliqua accessions coming from different areas of Morocco were studied with morphometric and RAPD approaches. The analysis of discriminative fruit characters showed highly significant differences among these accessions, the closely related ones have a similarity level less than 65%. No molecular studies have been carried out so far on Ceratonia siliqua. To provide markers useful for molecular diversity study of the carob tree, genomic DNA extraction and amplification conditions were finalized and 67 arbitrary primers were screened. 52 of them showed clearly reproducible banding patterns. The analysis of RAPD profiles revealed a high degree of genetic diversity within these carob accessions and enabled each of them to be uniquely fingerprinted. Overall, in our study we note that morphological relationship between carob accessions is deeply different to their molecular relationship. Concerning the distribution of the accessions according to their geographical origin, clustering based on RAPD data revealed a rough distribution of theses accessions. Indeed, Sidi Bou Ottman, Demnate and Essaouira accessions coming from the south of Morocco seem to be linked in the PCA plot. However, two geographically distant accessions, Aïn Sfa and Ouazzane coming from the north (about 700 Km) were clustered with Essaouira and Demanate - Sidi Bou Ottman, respectively.Key words. Carob, Ceratonia siliqua L., genetic variability, morphometry, RAPD.RÉSUMÉ. Analyse de la diversite des accessions du caroubier marocain (Ceratonia siliqua L.) utilisant des traits phenotypiques et des marqueurs RAPD. Le caroubier (Ceratonia siliqua L.) est une légumineuse pérenne (Caesalpinioideae), à feuillage persistant et pouvant croître entant qu’arbrisseau ou arbre. C’est un composant important de la végétation méditerranéenne et son adaptation aux sols marginaux des régions méditerranéennes est d’une grande importance écologique et économique. La diversité phénotypique et génétique au sein de 10 accessions de caroubier provenant de différentes régions du Maroc a été étudiée par des approches morphométriques et moléculaires (RAPD). L’analyse des caractères morphologiques discriminants du fruit a montré des différences hautement significatives au sein des accessions, puisque les apparentées d’entre elles n’ont approximativement que 65% de similarité. Jusqu’à nos jours, aucune étude moléculaire n’a été entreprise sur Ceratonia siliqua. Pour mettre à disposition des marqueurs utiles pour l’étude de la diversité moléculaire du caroubier, l’extraction de l’ADN génomique et les conditions de l’amplification ont été mises au point et 67 amorces arbitraires ont été criblées. 52 d’entre elles ont montré clairement des profils de bandes reproductibles. L’analyse des profils RAPD a révélé une diversité génétique de haut niveau entre les accessions de caroubier ce qui a permis à chacune d’elles d’être distinguée génétiquement de façon singulière. De manière générale, nous avons noté que la relation morphologique entre les accessions du caroubier est profondément différente de leur relation moléculaire. Concernant la distribution des accessions selon leur origine géographique, le regroupement basé sur les données de la RAPD a révélé une distribution grossière. En effet, les provenances de Sidi Bou Ottman, Demnate et Essaouira, originaires du sud de Maroc, semblent être liés par l’analyse des composantes principales (PCA). Cependant, deux accessions géographiquement distantes, Aïn Sfa et Ouazzane, originaires du Nord (approximativement 700 Kms) ont été liées avec Essaouira et Demanate - Sidi Bou Ottman, respectivement.Mots clés. Caroubier, Ceratonia siliqua L., diversité génétique, morphométrie, RAPD.

Abstract Introduction: Loss of the Y-chromosome (LOY) is frequent in myelodysplastic syndromes (MDS) and observed as a single aberration in 3-4% of male MDS patients (pts). It is often clonal and not only age associated and confers a very good prognosis and a very low risk for leukemic transformation (Greenberg et al, Blood 2012; Schanz et al, JCO 2012). But LOY does not prove a hematologic disease per se (Arber et al, Blood 2016). To facilitate a better discrimination between age-related and clonal LOY, the aim of this study was to identify molecular mutations and cytomorphological features which might be characteristic for MDS with isolated LOY. Methods: We included 291 pts in our analysis. The cohort comprised 199 pts with normal karyotype (NK) and morphologically proven MDS (excess blasts (EB) in 77/199 (38%) pts) and 92 pts with LOY. NK was defined by 20 normal metaphases or at least 10 normal metaphases and normal fluorescence in situ hybridization (FISH, Tab.1). Results from mutational analysis were available for all pts with NK and for 61 pts with LOY as single cytogenetic aberration in ≥3 metaphases. Seventeen core genes (Tab.2) were sequenced in all 260 pts by Sanger and/or next generation sequencing (NGS). In 134 pts further 28 genes (Tab.2) were analyzed using one of two NGS panels. In addition to these myeloid genes, the second NGS panel covered single nucleotide polymorphisms on the Y-chromosome which enabled determination of the LOY clone size. Detailed cytomorphology for the evaluation of dysplasia was performed by two experts (UG, UB) as previously described (Germing et al, Leuk Res 2012) in 41 pts, including pts with small LOY clones and with cytogenetic sub-clones. Results: Sequencing of 40 pts with LOY and morphologically proven dysplasia showed higher frequencies of mutations in TET2 (epigenetic regulator), ZRSR2 (splicing factor, located at Xp22.2), and CBL (kinase signaling) compared to MDS with NK (Fig.1). Amongst others, mutations in IDH1/2 (epigenetic regulators) and RUNX1 (transcription factor) were rare in MDS with LOY (Fig.1). The total number of mutated core genes did not significantly differ between MDS with LOY and MDS with NK and no EB (p=0.54), but it was significantly higher in MDS with NK and EB (p=0.014, Fig.2). To distinguish between LOY as ancestral or secondary mutation we sequenced 12 pts with MDS and cases we included as clonal cytopenia of undetermined significance (CCUS, pts with cytopenia(s) and molecular mutation and/or LOY≥75% of metaphases) (Wiktor et al, GCC 2000) using the second NGS panel that allowed determination of LOY clone size and detection of molecular mutations. Thereby, we identified four pts where LOY was most likely the founder aberration, two pts with LOY as secondary aberration in addition to ancestral molecular mutations, and six pts with co-dominance of LOY and a molecular mutation (Fig.3). Finally, we aimed to evaluate if the cut off of LOY≥75% (Wiktor et al, GCC 2000) can distinguish between age-related and clonal LOY in our cohort. In 41 pts analyzed in more detail, peripheral blood counts (hemoglobin: mean 10.4 vs. 9.7 g/dL; white blood count: 4.9 vs. 6.0x10(9)/L, platelets: 163 vs. 198x10(9)/L) and dysplasia of the individual cell lines (erythro-, granulo-, megakaryopoesis) did not differ significantly between LOY≥75% and <75%. Likewise, the VAF of molecular mutations did not significantly differ between MDS and pts without dysplasia according to LOY≥75% and <75%. Notably, for pts with LOY≥75% the number of mutated core genes was significantly higher in MDS compared to pts without dysplasia (p=0.024, Fig.4). Conclusions: Cytopenia with isolated LOY seems to comprise a heterogeneous mixture of cytomorphologic and molecular subtypes. We identified pts where LOY definitely is part of the MDS clone that also harbors molecular mutations, indicating that LOY is not only age-associated in these cases. The low total number of mutated genes corresponds to the previously described favorable prognosis of isolated LOY (Schanz et al, JCO 2012; Greenberg et al, Blood 2012). Our data support the current guidelines that LOY does not prove a hematologic disease in the absence of diagnostic morphologic features. In these cases LOY might fulfill the requirements of a clonal mutation as described for clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) or CCUS. In summary, our data suggest that MDS with LOY shows a characteristic molecular mutation profile. Disclosures Germing: Janssen: Honoraria; Celgene: Honoraria, Research Funding; Novartis: Honoraria, Research Funding.

De nos jours, les données disponibles deviennent de plus en plus volumineuses et elles peuvent être de nature très diverse : vagues, manquantes, numériques, symboliques par exemple. Or ce qui importe à l'utilisateur, ce ne sont pas les données elles-mêmes, mais les connaissances qu'on peut en extraire. Face à la quantité de données disponibles, le traitement efficace de données est problématique. Dans cette thèse, nous adoptons une approche d'extraction de connaissances à partir de données basée sur l'apprentissage inductif, plus précisément, par arbres de décision.

De façon générale, un système construit par apprentissage inductif a pour but de discriminer les individus de différentes classes. Sa qualité dépend de la capacité de discrimination qu'il acquiert au cours de l'apprentissage au travers des données. En particulier, un algorithme de construction d'arbre de décision procède par évaluation successive de la capacité de discrimination des attributs pour construire l'arbre de décision.

Nos travaux concernent l'étude des mesures de discrimination tant classiques que floues, et leurs applications en apprentissage inductif.

D'une part, nous nous intéressons aux mesures de discrimination dans la construction des arbres de décision. Dans un premier temps, ces mesures font l'objet d'une étude selon une approche axiomatique. Nous développons un nouveau modèle pour caractériser les mesures de discriminations floues. Dans un deuxième temps, nous proposons d'utiliser ces mesures dans les différentes étapes de la construction des arbres de décision flous.

D'autre part, nous étudions l'utilisation de ces mesures de discrimination pour d'autres aspects de l'apprentissage. Nous examinons tout d'abord le problème de l'évaluation des classifieurs et proposons une méthode basée sur l'utilisation de la notion de capacité de discrimination. Enfin, nous considérons le problème du traitement des données manquantes et proposons une technique de substitution des valeurs manquantes, qui restitue la capacité de discrimination des attributs.

Ces travaux sont validés sur des données conventionnelles et appliqués à des données réelles dans le cadre de deux applications qui concernent la classification de courriers électroniques et la classification de traces d'interactions homme-machine.

L'objectif de cette thèse est le développement d'une méthode permettant l'identification de facteurs conduisant à différents niveaux de contamination radioactive des végétaux. La méthodologie proposée est basée sur l'utilisation d'un modèle radioécologique de transfert des radionucléides dans l'environnement (code de calcul ASTRAL) et une méthode de discrimination par arbre. En particulier, pour parer les problèmes d'instabilité des arbres de discrimination et conserver leur structure, une méthode de stabilisation par rééchantillonnage bootstrap dans les nœuds est utilisée. Des comparaisons empiriques sont effectuées entre les arbres de discrimination construits par cette méthode (appelée méthode REN) et ceux obtenus par la méthode CART. Une mesure de similarité, permettant la comparaison de la structure de deux arbres de discrimination, est définie. Cette mesure est utilisée pour étudier les performances de stabilisation de la méthode REN. La méthodologie proposée est appliquée à un scénario simplifié de contamination. Les résultats obtenus permettent d'identifier les principales variables responsables des différents niveaux de contamination radioactive de quatre légumes-feuilles (laitue, chou, épinard et poireau). Certaines règles extraites de ces arbres de discrimination peuvent être utilisables dans un contexte post-accidentel
The objective of this thesis is the development of a method allowing the identification of factors leading to various radioactive contamination levels of the plants. The methodology suggested is based on the use of a radioecological transfer model of the radionuclides through the environment (ASTRAL computer code) and a classification-tree method. Particularly, to avoid the instability problems of classification trees and to preserve the tree structure, a node level stabilizing technique is used. Empirical comparisons are carried out between classification trees built by this method (called REN method) and those obtained by the CART method. A similarity measure is defined to compare the structure of two classification trees. This measure is used to study the stabilizing performance of the REN method. The methodology suggested is applied to a simplified contamination scenario. By the results obtained, we can identify the main variables responsible of the various radioactive contamination levels of four leafy-vegetables (lettuce, cabbage, spinach and leek). Some extracted rules from these classification trees can be usable in a post-accidental context

Nous proposons une nouvelle méthode de discrimination non-paramétrique. Puis nous étudions deux récentes méthodes: la méthode cart de Breiman (1984) et la discrimination logistique. Enfin nous comparons ces méthodes aux méthodes classiques: la discrimination linéaire et la méthode du plus proche voisin

Dans le contexte du Traité d’Interdiction Complète des Essais nucléaires, la capacité à discriminer les explosions nucléaires d'armes événements sismiques devient un défi majeur. L'objectif de la thèse est d’obtenir des systèmes de décision capables de fournir de bonnes performances ainsi qu’un cheminement conduisant à l’étiquette de chaque événement sismique qui soit en relation avec les raisonnements menés par les sismologues du CEA. Afin de répondre à cette exigence d’intelligibilité, nous avons dépassé les classifieurs de type « boîtes noires » (réputés pour leurs performances mais mal acceptés par les sismologues) pour leur préférer les arbres de décision classiques et lous. La ramification de l’arbre réalise un compromis entre bonne performance (arbre de grande taille) et intelligibilité (structure arborescente des données qui reste compréhensible lorsque l’arbre est petit). Nous avons aussi exploré une autre voie provenant de l'apprentissage non supervisé de densités : formation de mélanges d’experts par identification de clusters de référence. Les systèmes d’inférence flous associés retrouvent certaines des règles de type « Si-alors » utilisées plus ou moins consciemment par les sismologues. Enfin, nous devons proposer des modèles similaires d’une mise à jour à l’autre afin que les sismologues aient confiance dans le modèle proposé. Nous avons donc complété la définition d’intelligibilité par la notion de stabilité de modèles. Les différentes méthodes retenues ont été testées sur une application réelle de discrimination d’événements sismiques enregistrés en France métropolitaine entre 1997 et 2003. Chaque événement, identifié comme séisme, coup de toit ou explosion de mines, est caractérisé par cinq variables de haut niveau (i. E. Issues du traitement des signaux sismiques). Dans ce cadre, nous avons obtenu des taux de bonne classification de l’ordre de 93% et les interfaces proposées ont été acceptées par les sismologues du fait de leur intelligibilité.

Les ensembles d’arbres constituent à l’heure actuelle l’une des méthodes d’apprentissage statistique les plus performantes. Toutefois, leurs propriétés théoriques, ainsi que leurs performances empiriques restent sujettes à de nombreuses questions. Nous proposons dans cette thèse d’apporter un nouvel éclairage à ces méthodes. Plus particulièrement, après avoir évoqué les aspects théoriques actuels (chapitre 1) de trois schémas ensemblistes principaux (Forêts aléatoires, Boosting et Discrimination Stochastique), nous proposerons une analyse tendant vers l’existence d’un point commun au bien fondé de ces trois principes (chapitre 2). Ce principe tient compte de l’importance des deux premiers moments de la marge dans l’obtention d’un ensemble ayant de bonnes performances. De là, nous en déduisons un nouvel algorithme baptisé OSS (Oriented Sub-Sampling) dont les étapes sont en plein accord et découlent logiquement du cadre que nous introduisons. Les performances d’OSS sont empiriquement supérieures à celles d’algorithmes en vogue comme les Forêts aléatoires et AdaBoost. Dans un troisième volet (chapitre 3), nous analysons la méthode des Forêts aléatoires en adoptant un point de vue « noyau ». Ce dernier permet d’améliorer la compréhension des forêts avec, en particulier la compréhension et l’observation du mécanisme de régularisation de ces techniques. Le fait d’adopter un point de vue noyau permet d’améliorer les Forêts aléatoires via des méthodes populaires de post-traitement comme les SVM ou l’apprentissage de noyaux multiples. Ceux-ci démontrent des performances nettement supérieures à l’algorithme de base, et permettent également de réaliser un élagage de l’ensemble en ne conservant qu’une petite partie des classifieurs le composant
Decision trees ensembles are among the most popular tools in machine learning. Nevertheless, their theoretical properties as well as their empirical performances are subject to strong investigation up to date. In this thesis, we propose to shed light on these methods. More precisely, after having described the current theoretical aspects of three main ensemble schemes (chapter 1), we give an analysis supporting the existence of common reasons to the success of these three principles (chapter 2). This last takes into account the two first moments of the margin as an essential ingredient to obtain strong learning abilities. Starting from this rejoinder, we propose a new ensemble algorithm called OSS (Oriented Sub-Sampling) whose steps are in perfect accordance with the point of view we introduce. The empirical performances of OSS are superior to the ones of currently popular algorithms such as Random Forests and AdaBoost. In a third chapter (chapter 3), we analyze Random Forests adopting a “kernel” point of view. This last allows us to understand and observe the underlying regularization mechanism of these kinds of methods. Adopting the kernel point of view also enables us to improve the predictive performance of Random Forests using popular post-processing techniques such as SVM and multiple kernel learning. In conjunction with random Forests, they show greatly improved performances and are able to realize a pruning of the ensemble by conserving only a small fraction of the initial base learners

Ce mémoire introduit deux nouvelles méthodes de diagnostic fondées sur une approche reconnaissance des formes afin de faciliter la détection et la localisation de défaillances sur les véhicules en après-vente. La formalisation du problème nous a amenée à considérer le cas de discrimination de classes à occurrences simultanées et des données symboliques. La première méthode est fondée sur une technique de sélection des variables par classe et sur l'utilisation d'un indice de dissimilarité, alors que la deuxième méthode est fondée sur les arbres de décision implantés dans une architecture un contre-tous. Ces méthodes ne nécessitent pas une transformation du problème considéré en un problème classique à classes exclusives et seules les observations appartenant à des classes simples sont utilisées pour la construction des règles de décision. Les deux méthodes ont été appliquées à la problématique détection et localisation de défaillances en présentant des résultats obtenus sur des données réelles.

Cette thèse s’inscrit dans le programme CIRCE (Cancer, inégalités régionales, cantonales et environnement) qui vise à comparer des cartographies d’occurrence des cancers avec des cartographies de qualité environnementale, pour le territoire français métropolitain. Notre objectif spécifique est de construire des cartographies relatives à la qualité de l’air à l’intérieur des logements, qui soient compatibles avec cette approche. Nous avons adopté une démarche en deux étapes : premièrement construire des profils-types du point de vue de la pollution intérieure, et ensuite évaluer la fréquence locale de ces classes dans des zones prédéterminées. La première étape a nécessité le développement d’une extension de méthodes de classification bien connues, basées sur les modèles de mélange gaussiens et l’algorithme EM, au cas de données censurées (de manière déterministe). La seconde étape a fait usage de méthodes de discrimination non paramétrique, basées sur des arbres binaires de décision (CART). Malheureusement, tous les arbres construits présentent une erreur de prédiction très élevée. Même si l’on peut détecter des associations significatives bien connues entre pollution intérieure et certaines caractéristiques du logement et de ses occupants, il semble très difficile de prédire le profil-type, ou même la concentration d’une substance, à partir de ces caractéristiques. Néanmoins, la méthodologie développée a de nombreuses qualités : simplicité de mise en oeuvre, étapes distinctes permettant un contrôle régulier des résultats, flexibilité dans le choix des variables, évaluation possible de l’erreur de prédiction
This Ph. D. Thesis is part of the CIRCE program (Cancer, regional and cantonal environmental inequalities) which aims at comparing maps of cancer occurrence with maps of environmental quality on the French territory. Our specific goal is to build geographic maps of the indoor air quality inside the homes, that are compatible with this approach. We adopted a two-step method: first, build typical profiles of indoor air pollution, then assess these classes’ local frequencies in predefined zones. In the first step, we developed an extension of classical clustering methods, based on Gaussian mixture models and the EM algorithm, to the case of (deterministically) censored data. In the second step, we used non-parametric discrimination tools based on binary decisions trees (CART). Unfortunately, the resulting trees have a very high prediction error rate. Even if known significant associations can be found between indoor pollution and some characteristics of the building and its occupants, it seems very hard to predict the profile, or even a single pollutant’s concentration, from those characteristics. However, our methodology has numerous advantages: simplicity of use, distinct steps enabling a steady control of the results, flexible choice of the variables, availability of a prediction error rate

Les récents mouvements sociaux qui ont secoué certains pays arabes notamment l'Algérie ont montré la fragilité de la situation sur le marché du travail dans ces pays en particulier pour les jeunes. Le premier chapitre porte sur l'analyse de la situation du marché du travail en Algérie sur une longue période. Ces dix dernières années la situation de l'emploi s'est dégradée en termes de sécurité de l'emploi en particulier pour les jeunes. La situation reste difficile, d'autant plus que la situation démographique actuelle envisage de fortes pressions sur le marché du travail dans le futur. Dans le deuxième chapitre, nous analysons les stratégies de recherche d'emploi notamment par le biais des méthodes informelles. Nos résultats montrent de fortes spécificités liées au genre dans les stratégies de recherche. Dans l'ensemble, les réseaux sociaux apparaissent comme étant une méthode efficace pour trouver un emploi en Algérie mais pas pour des emplois qualifiés. Le troisième chapitre vise à étudier l'architecture des systèmes d'emploi en Algérie. Il ressort que le modèle qui explique le mieux le comportement des hommes et des femmes est un modèle séquentiel à deux niveaux : participation vs non participation et ensuite le choix d'un segment sur le marché du travail. Dans le quatrième chapitre, nous analysons les déterminants du choix du secteur et les salaires pour les hommes et les femmes dans différents secteurs d'activités en Algérie. Nos résultats montrent que les femmes sont moins bien rémunérées par rapport aux hommes dans les différents segments. Le secteur public est celui qui protège le plus les femmes de la discrimination salariale
Recent social movements that swept some Arab countries including Algeria showed the fragility of the situation on the labor market in these countries in particular for young people. The first chapter deals with the analysis of the situation of the labor market in Algeria over a long period. Over the past decade the employment situation has deteriorated in terms of job security in particular for young people. The situation remains difficult, especially as the current demographic situation considering pressures on the labor market in the future. In the second chapter, we analyze the strategies for job search including through informal methods. Our results show strong gender specificities in search strategies. Overall, social networks appear to be an effective method to find a job in Algeria but not for skilled jobs. The third chapter aims to study the architecture of employment systems in Algeria. It appears that the model that best explains the behavior of men and women is a sequential two-level model: participation vs. non participation and then choosing a segment on the labor market. In the fourth chapter, we analyze the determinants of the choice of sector and wages for men and women in different sectors in Algeria. Our results show that women are paid less compared to men in the various segments. The public sector is the one that best protects women from wage discrimination