Relevant bibliographies by topics / Arbre des suffixes

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Academic literature on the topic 'Arbre des suffixes'

Author: Grafiati
Published: 4 June 2021
Last updated: 1 February 2022

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Journal articles on the topic "Arbre des suffixes"

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"Investigations on the reciprocal ternary system (±)-2-phenylpropionic acid–(±)-α-methylbenzylamine. Impact of an unstable racemic compound on the simultaneous resolution of chiral acids and bases by preferential crystallisationElectronic supplementary information (ESI) available: examination of the crystal growth paths for racemic solutions and the case of non-racemic solutions—application to the PC. See http://www.rsc.org/suppdata/p2/b1/b100706h/Glossary: A Acidic ion. A Configuration of a ladder; the chiral ion(s) of the ion pair at the top has (have) the right absolute configuration. AS3PC Auto-seeded programmed polythermic preferential crystallisation. B Basic ion. c Concentration. csat Concentration of a saturated solution. conglo Conglomerate. CCI Chiral counter-ion. DIPE Diisopropyl ether. eefmax Maximum ee of the mother liquor at the end of the entrainment effect. E Percentage of rungs formed [= (i – 2q)/i]. EhklP/N Set of ratios of the homochiral (R–R or S–S) interaction energies over the heterochiral (R–S) interaction energies at the (hkl) crystal–mother liquor interfaces. E(Pmaxi – 2q) Most probable percentage of rungs formed. F0D2 Desorption mechanism (0 bonds are formed, 2 bonds are destroyed). F2D0 Adsorption mechanism (2 bonds are formed, 0 bonds are destroyed). F3D1 Insertion mechanism (3 bonds are formed, 1 bond is destroyed). (F3D1)n Succession of several F3D1 mechanisms. i Number of events. IPBC Ionic periodic bond chain. j Suffix which defines the columns of the triangular tables. K Equilibrium constant of the double decomposition reaction. M Configuration of a ladder; only one of the two chiral ions of the ion pair at the top has the right absolute configuration. n Salt composed of A(+)B(–) ion pairs (n also refers to a single ion pair A(+)B(–)). n′ Salt composed of A(–)B(+) ion pairs (n′ also refers to a single ion pair A(–)B(+)). N Configuration of a ladder; only one of the two chiral ions of the ion pair at the top has the right absolute configuration. NCCI Non-chiral counter-ion. OP Optical purity. p Salt composed of A(+)B(+) ion pairs (p also refers to a single ion pair A(+)B(+)). p′ Salt composed of A(–)B(–) ion pairs (p′ also refers to a single ion pair A(–)B(–)). PC Preferential crystallisation. Pi – 2q Probability of the formation of i – 2q rungs, whatever the configuration (A, M, N or Z) of the ladder. q Integer number ranging from 0 to i/2, used to define the possible numbers of rungs formed for i events (i – 2q). rac Racemic compound. RA Relative advantage (of the racemic compound); [= (E(Pmaxi – 2q)rac – E(Pmaxi – 2q)conglo)/E(Pmaxi – 2q)conglo]. TL Temperature of dissolution of the racemic mixture. Thomo Temperature at which the whole mixture (partially enriched) is dissolved. TB Temperature of the starting point of the PC (TL < TB < Thomo). TF Temperature of filtration. Uij Values of the triangular tables. Probability of reaching the situation (xX) corresponding to the jth column of a triangular table when i events occurred. (xX) Situation of a ladder; x: number of rungs formed, X = A, M, N or Z. XRPD X-Ray powder diffraction. Z Configuration of a ladder; the chiral ion(s) of the ion pair at the top has (have) the wrong absolute configuration. β Supersaturation (= c/csat). ΔE Interval of E for which ΣPi – 2q ≥ 99%. π Ion pair ARBR (π also refers to the salt composed of these pairs). π′ Ion pair ASBS (π′ also refers to the salt composed of these pairs). ν Ion pair ARBS (ν also refers to the salt composed of these pairs). ν′ Ion pair ASBR (ν′ also refers to the salt composed of these pairs). ΣPi – 2q Sum of the probabilities Pi – 2q for several possible numbers of rungs formed i – 2q." Journal of the Chemical Society, Perkin Transactions 2, № 10 (7 вересня 2001): 2022–36. http://dx.doi.org/10.1039/b100706h.

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Dissertations / Theses on the topic "Arbre des suffixes"

1

Fayolle, Julien. "Compression de données sans perte et combinatoire analytique." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066028.

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2

Jullian, Yann. "Représentation géométrique des systèmes dynamiques substitutifs par substitutions d'arbre." Aix-Marseille 2, 2009. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2009AIX22065.pdf.

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Abstract:
On s'intéresse au problème de la représentation géométrique des systèmes dynamiques substitutifs dans le cadre des susbstitutions inversibles. On étudie d'abord les systèmes symboliques engendrés sur un plan combinatoire. Utilisant l'automate des préfixes-suffixes, on met notamment en évidence des paires de mots bi-infinis égaux pour tout indice positif (resp. Strictement négatif). On introduit les substitutions d'arbre. Combinatoirement, elles peuvent être vues comme des généralisations des substitutions sur les mots. D'un point de vue métrique, elles permettent de construire facilement des arbres fracals auto-similaires. On réunit les définitions et résultats sur les substitutions d'arbre avec l'étude des actions de groupes sur les arbres réels servant à décrire la dynamique des automorphismes de groupe libre. On construit (sur deux classes d'exemples) des arbres réels par substitutions d'arbre et on définit sur ceux-ci des échanges de domaines conjugués à des sytèmes substitutifs
We study ways of giving geometric representation to symbolic substitutive systems when the substitution is invertible. First, we analyse the combinatorics of the generated symbolic systems. Using the prefix-suffix automata, we bring out pairs of bi-infinite words which are equal for each positive or equal (resp. Negative) index. Tree substitutions are introduced. On the combinatorial side, they can be seen as generalisations of substitutions on words. From a metric point of view, they are to define self-similar fractal real trees efficiently. Results on tree substitutions are then joined with the study of group actions on real trees that are used to describe the dynamics of automorphisms of the free group. We construct (on two sets of examples) real trees using tree susbstitutions, and we define domains exchanges conjugate to substitutive systems
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3

Cénac, Peggy. "Récursivité au carrefour de la modélisation de séquences, des arbres aléatoires, des algorithmes stochastiques et des martingales." Habilitation à diriger des recherches, Université de Bourgogne, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00954528.

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Abstract:
Ce mémoire est une synthèse de plusieurs études à l'intersection des systèmes dynamiques dans l'analyse statistique de séquences, de l'analyse d'algorithmes dans des arbres aléatoires et des processus stochastiques discrets. Les résultats établis ont des applications dans des domaines variés allant des séquences biologiques aux modèles de régression linéaire, processus de branchement, en passant par la statistique fonctionnelle et les estimations d'indicateurs de risque appliqués à l'assurance. Tous les résultats établis utilisent d'une façon ou d'une autre le caractère récursif de la structure étudiée, en faisant apparaître des invariants comme des martingales. Elles sont au coeur de ce mémoire, utilisées comme outils dans les preuves ou comme objets d'étude.
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4

Tempel, Sébastien. "Dynamique des hélitrons dans le genome d'Arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables." Phd thesis, Université Rennes 1, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185256.

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Abstract:
Les hélitrons constituent un groupe d'éléments transposables découverts récemment dans les génome eucaryotes. A travers une étude bioinformatique, nous avons étudié leur mode d'invasion, la modularité de leur séquence et leurs impacts sur les gènes à leur proximité dans le génome d'Arabidopsis thaliana. Les hélitrons sont les éléments transposables les plus répandus dans ce génome ; néanmoins ils ne sont que partiellement reconnus par des logiciels d'alignement. Nous avons modélisé ces éléments sous la forme d'une grammaire formelle. Cette grammaire est constituée des deux extrémités terminales séparées par une séquence nucléotidique quelconque de taille fixée. Nous avons créé une matrice d'occurrences des modèles associant toutes les combinaisons possibles d'extrémités. La matrice a fait apparaître des associations préférentielles entre certaines extrémités et a permis la découverte de nouvelles familles d'hélitrons chimériques. La détection des ORFs contenant les protéines de transposition a permis de confirmer la relation hélitron autonome non-autonome et de comprendre le mécanisme de création des chimères d'hélitrons. Nous avons proposé une nouvelle nomenclature des hélitrons basée sur leurs extrémités et non sur leur séquence globale. L'étude de la séquence d'une famille d'hélitrons a montré une réorganisation constante des domaines nucléiques entre les différentes copies de cette famille. Pour comprendre cette organisation, nous avons mis au point le logiciel DomainOrganizer qui permet d'observer la composition en domaines des éléments transposables. DomainOrganizer détecte les frontières entre domaines à partir d'un alignement multiple et crée la liste des domaines. A partir de cette liste, il recherche, par un algorithme d'optimisation combinatoire, le nombre minimal de domaines qui recouvrent au maximum l'ensemble des séquences. Enfin, DomainOrganizer visualise et classe les séquences en fonction de leurs domaines. L'analyse par domaines de la famille AtREP21 a permis de comprendre la nature de cette variabilité et de retracer l'histoire évolutive de cette famille à partir de l'identification des domaines. L'étude de la localisation des hélitrons AtREP3 dans ce génome de plante a montré une insertion préférentielle de ceux-ci dans les promoteurs de gènes. Les profils d'expression de ces gènes, nous a permis d'identifier plusieurs clusters. Par ailleurs, les motifs de régulation ont montré une grande variabilité de motifs dans les promoteurs mais pas dans les hélitrons. Ces résultats ont montré que les hélitrons non-autonomes transportent dans leurs séquences internes des motifs de liaisons aux facteurs de transcription. Des analyses complémentaires devront être réalisées pour comprendre l'action régulatrice des hélitrons sur les gènes situés à leur proximité.
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5

Mondal, Kartick Chandra. "Algorithmes pour la fouille de données et la bio-informatique." Thesis, Nice, 2013. http://www.theses.fr/2013NICE4049.

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Abstract:
L'extraction de règles d'association et de bi-clusters sont deux techniques de fouille de données complémentaires majeures, notamment pour l'intégration de connaissances. Ces techniques sont utilisées dans de nombreux domaines, mais aucune approche permettant de les unifier n'a été proposée. Hors, réaliser ces extractions indépendamment pose les problèmes des ressources nécessaires (mémoire, temps d'exécution et accès aux données) et de l'unification des résultats. Nous proposons une approche originale pour extraire différentes catégories de modèles de connaissances tout en utilisant un minimum de ressources. Cette approche est basée sur la théorie des ensembles fermés et utilise une nouvelle structure de données pour extraire des représentations conceptuelles minimales de règles d'association, bi-clusters et règles de classification. Ces modèles étendent les règles d'association et de classification et les bi-clusters classiques, les listes d'objets supportant chaque modèle et les relations hiérarchiques entre modèles étant également extraits. Cette approche a été appliquée pour l'analyse de données d'interaction protéomiques entre le virus VIH-1 et l'homme. L'analyse de ces interactions entre espèces est un défi majeur récent en bio-informatique. Plusieurs bases de données intégrant des informations hétérogènes sur les interactions et des connaissances biologiques sur les protéines ont été construites. Les résultats expérimentaux montrent que l'approche proposée peut traiter efficacement ces bases de données et que les modèles conceptuels extraits peuvent aider à la compréhension et à l'analyse de la nature des relations entre les protéines interagissant
Knowledge pattern extraction is one of the major topics in the data mining and background knowledge integration domains. Out of several data mining techniques, association rule mining and bi-clustering are two major complementary tasks for these topics. These tasks gained much importance in many domains in recent years. However, no approach was proposed to perform them in one process. This poses the problems of resources required (memory, execution times and data accesses) to perform independent extractions and of the unification of the different results. We propose an original approach for extracting different categories of knowledge patterns while using minimum resources. This approach is based on the frequent closed patterns theoretical framework and uses a novel suffix-tree based data structure to extract conceptual minimal representations of association rules, bi-clusters and classification rules. These patterns extend the classical frameworks of association and classification rules, and bi-clusters as data objects supporting each pattern and hierarchical relationships between patterns are also extracted. This approach was applied to the analysis of HIV-1 and human protein-protein interaction data. Analyzing such inter-species protein interactions is a recent major challenge in computational biology. Databases integrating heterogeneous interaction information and biological background knowledge on proteins have been constructed. Experimental results show that the proposed approach can efficiently process these databases and that extracted conceptual patterns can help the understanding and analysis of the nature of relationships between interacting proteins
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