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Dissertations / Theses on the topic 'Arc gene'
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LE, ROUX MARIE-GAELLE. "Purification et analyse d'un gene de recepteur de l'oestradiol chez la truite arc-en-ciel. Purification et analyse partielles d'un deuxieme gene homologue." Rennes 1, 1990. http://www.theses.fr/1990REN10016.
Full textAbstract:
Deux banques genomiques de truite ont ete construites dans le vecteur lambda embl3. Ces deux banques ont ete analysees avec l'adnc du recepteur de l'stradiol de truite, et six clones genomiques ont ete purifies. Quatre de ces clones correspondent a un gene dont la sequence est homologue a 99% a celles de l'adnc. Les deux autres clones genomiques contiennent des fragments d'un deuxieme gene du recepteur de l'stradiol partiellement homologue a l'adnc, ou d'un pseudogene
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Gutzmann, Jakob [Verfasser]. "Characterization of Tmem128 – An activity regulated ER protein, interacting with the immediate early gene Arc/Arg3.1 / Jakob Gutzmann." Berlin : Freie Universität Berlin, 2013. http://d-nb.info/1041874472/34.
Full text
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NAIMI, BEN YOUSSEF. "Clonage, analyse et etude de la structure d'un gene vitellogenine chez la truite arc-en-ciel (oncorhynchus mykiss)." Rennes 1, 1992. http://www.theses.fr/1992REN10122.
Full textAbstract:
Le gene vitellogenine dont la regulation est sous la dependance de l'oestradiol est un modele attrayant pour etudier les interactions entre le recepteur de l'oestradiol et les elements regulateurs situes dans la region 5 de ce gene. La construction de banques genomiques chez la truite arc-en-ciel (oncorhynchus mykiss) et leur criblage par une sonde homologue de cdna vitellogenine, nous a permis de purifier un ensemble de clones vitellogenines. Ceux-ci peuvent representer une famille de genes vitellogenines chez la truite comme dans le cas des autres especes deja etudiees. Nous avons remarque egalement au sein de ces clones, une probable existence de pseudogenes vitellogenines. Nous nous sommes plus particulierement interesses a l'un de ces clones (clone s8) qui s'etend le plus en 5 et nous avons montre qu'il contient un gene vitellogenique (gene s8) qui possede une taille de 11,5 kb. Le sequencage de 6,3 kb du cote 5 de ce gene et la comparaison des sequences proteiques obtenues par lecture triple phase avec celles des genes vtg ii de poulet et a2 de xenope, montrent que le gene s8 possede une structure exon-intron proche de celle observee chez les autres especes. Nous avons ainsi pu deduire la position des exons 1 a 19. L'extremite 3 flanquante de ce gene est d'environ 3,5 kb alors que la region 5 ne renferme que 48 pb. La presence d'une tata box potentielle y a cependant ete caracterisee
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MOUCHEL, NATHALIE. "La vitellogenine chez la truite arc-en-ciel : etude structurale comparee de la proteine et de son gene. etude preliminaire de la regulation transcriptionnelle d'un gene vitellogenine." Rennes 1, 1995. http://www.theses.fr/1995REN10031.
Full textAbstract:
La vitellogenine est une lipoglycophosphoproteine majoritaire de l'uf qui serait une source de nutriments pour l'embryon. Chez les vertebres, elle est synthetisee dans le foie de la femelle sous l'effet de l'oestradiol a une periode donnee, puis transportee dans le sang jusqu'a l'ovocyte ou elle sera clivee en trois peptides: les lipovitelline i et ii et la phosvitine. Elle est codee generalement par une famille de genes. Dans le but d'etudier la structure et la regulation de ces genes chez la truite, une banque d'adn genomique de truite a ete criblee a l'aide d'une sonde correspondant a l'extremite 3' d'un adnc vitellogenine de truite. Environ 30 spots positifs ont ete visualises, suggerant l'existence d'une importante famille multigenique chez la truite. Onze clones ont ete cartographies parmi lesquels un clone a ete sequence. La comparaison de sa sequence a celle des genes vitellogenine de xenope et de poulet a revele des regions homologues aux exons de ces deux genes. Pour determiner la structure de ce gene, l'extremite 5' de l'adnc vitellogenine a ete obtenue apres une etape de transcription inverse suivie d'une amplification par pcr. L'analyse du polypeptide deduit de cet adnc a permis de mettre en evidence trois zones bien conservees entre les differentes especes a l'interieur desquelles de courts motifs presentent une homologie avec des proteines mammaliennes. La comparaison de cet adnc a la sequence du gene vitellogenine a permis d'etablir sa structure exons-introns, tres similaire a celle des genes des vertebres a l'exception du domaine phosvitine de truite. Dans le but d'etudier l'evolution de la famille multigenique de la truite, nous nous sommes interesses aux relations d'homologie presentees par certains des clones issus de la banque d'adn genomique de truite. Cette etude a revele qu'il existait au moins quatre genes vitellogenine (gene i, ii, iii et iv) presentant un minimum de 98% d'homologie et lies deux a deux. La region promotrice du gene vitellogenine ii a ete isolee et etudiee par des experiences de transfection dans les cellules mcf7. Une sequence de 210 pb en amont du site d'initiation de la transcription s'est revelee responsable de l'inductibilite a l'oestradiol
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Kumar, Sabhya. "Effects of Constant Track Running Exercise on the Expression of the Immediate Early Gene Arc in the Rat Hippocampus." Thesis, The University of Arizona, 2013. http://hdl.handle.net/10150/297635.
Full textAbstract:
Arc is an IEG expressed in the CA1 sub-field of the hippocampus, following stimulus from an external environment and is expressed in the place cells involved in spatial learning. An initial experiment showed that Arc expression levels decreased with 25 minute rest periods between sessions. The current study aimed to see if similar results are seen with track running, if the rest periods are removed. The rats ran on a small circular track, ensuring that a small ensemble of place cells activate on each lap. Animals were assigned to 4 groups: positive control for Arc induced by MECS; negative control for animals sacrificed from their home cage; a 5 minute group and a 45 minute group. The brain tissue was stained using FISH. The 45 minute group had a 4% lower Arc expression than the 5 minute group. A univariate ANOVA indicated a statistically significant effect in the main factor of Behavioral Group (F= 6.955, p=0.03). Tukey tests showed that the differences between the MECS and the CC groups (p<0.05) and the MECS and the 45 minute groups (p<0.05) were significant. The behavioral groups showed no statistical significance meaning that massed exposure without rest does not attenuate Arc signal.
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Lazennec, Gwendal. "Etude de la regulation transcriptionnelle du gene recepteur des strogenes (er) chez la truite arc-en-ciel (oncorhynchus mykiss)." Rennes 1, 1995. http://www.theses.fr/1995REN10169.
Full textAbstract:
Les genes strogeno-dependants sont regules par le recepteur des strogenes (er), recepteur qui est controle par la presence d'stradiol dans la cellule. Le taux d'er peut etre un facteur cle du niveau d'expression des genes strogeno-dependants. Il est donc important de determiner quels sont les facteurs controlant l'expression du gene er lui-meme. Le travail presente dans cette these a consiste a etudier la regulation du gene er chez la truite arc-en-ciel. Ce travail montre par northern blot, protection a la rnase, extension d'amorce et pcr que le site d'initiation majoritaire du gene er de truite (rter) se situe au debut de l'adnc rter clone. De plus, nous mettons en evidence des phenomenes d'epissage alternatif dans la partie 5' non traduite du gene rter. Ces epissages pourraient creer un niveau supplementaire de controle de l'expression du gene rter. L'etude de la regulation transcriptionnelle du gene rter montre que de nombreux facteurs de transcription modulent son expression. Nous mettons en evidence que le gene rter est autoregule par son propre recepteur via une sequence de type ere (estrogen responsive element) presente dans un amplificateur de 0,2 kb du promoteur du gene rter. Cet ere est protege dans les experiences de protection a la dnase i realisees avec des extraits nucleaires de foie et d'hypophyse de truite. Nous montrons par gel retard que le rter et le facteur coup-tf sont capables de se lier a l'ere. Les experiences de protection a la dnase i realisees sur l'amplificateur de 0,2 kb mettent en evidence deux autres sites de protection. Le premier, appele fp2, correspond a un demi-ere et le second, appele fp3, lie des facteurs majoritairement exprimes dans le foie. L'identite des facteurs se liant a fp3 n'est pas encore determinee mais il apparait que des facteurs de la famille oct interagissent avec cette region. Dans les cellules mcf-7 (cellules du cancer du sein contenant de l'er), la zone fp3 joue un role transcriptionnel en augmentant le niveau basal d'expression du promoteur rter et son niveau d'expression en presence d'stradiol. Le facteur coup-tf peut egalement se lier a la zone fp23 chevauchant fp2 et fp3. Coup-tf agit, via fp23, en synergie avec le rter. En absence de coup-tf, le promoteur du gene rter est tres faiblement induit par le rter et l'stradiol. La combinaison des facteurs rar et rxr permet egalement d'observer une synergie en presence de rter et d'stradiol. Par contre, en presence d'acide all trans retinoique et d'stradiol, l'induction est totalement bloquee. Le site de la repression exercee par rar, rxr et l'acide all trans retinoique est vraisemblablement l'ere. Un autre facteur de transcription module negativement l'expression du gene rter. Il s'agit du facteur pit-1 qui est abondant dans l'hypophyse. Ce facteur reprime a la fois l'expression basale et l'induction par le rter et l'stradiol. Pit-1 pourrait donc expliquer la non inductibilite du gene rter dans l'hypophyse. De meme, coup-tf qui est faiblement exprime dans l'hypophyse, pourrait etre le facteur limitant de l'expression du gene rter dans ce tissu.
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Töle, Jonas Claudius. "Über die Arc-catFISH-Methode als neues Werkzeug zur Charakterisierung der Geschmacksverarbeitung im Hirnstamm der Maus." Phd thesis, Universität Potsdam, 2013. http://opus.kobv.de/ubp/volltexte/2014/7049/.
Full textAbstract:
Intensive Forschung hat in den vergangenen Jahrzehnten zu einer sehr detaillierten Charakterisierung des Geschmackssystems der Säugetiere geführt. Dennoch sind mit den bislang eingesetzten Methoden wichtige Fragestellungen unbeantwortet geblieben. Eine dieser Fragen gilt der Unterscheidung von Bitterstoffen. Die Zahl der Substanzen, die für den Menschen bitter schmecken und in Tieren angeborenes Aversionsverhalten auslösen, geht in die Tausende. Diese Substanzen sind sowohl von der chemischen Struktur als auch von ihrer Wirkung auf den Organismus sehr verschieden. Während viele Bitterstoffe potente Gifte darstellen, sind andere in den Mengen, die mit der Nahrung aufgenommen werden, harmlos oder haben sogar positive Effekte auf den Körper. Zwischen diesen Gruppen unterscheiden zu können, wäre für ein Tier von Vorteil. Ein solcher Mechanismus ist jedoch bei Säugetieren nicht bekannt.
Das Ziel dieser Arbeit war die Untersuchung der Verarbeitung von Geschmacksinformation in der ersten Station der Geschmacksbahn im Mausgehirn, dem Nucleus tractus solitarii (NTS), mit besonderem Augenmerk auf der Frage nach der Diskriminierung verschiedener Bitterstoffe. Zu diesem Zweck wurde eine neue Untersuchungsmethode für das Geschmackssystem etabliert, die die Nachteile bereits verfügbarer Methoden umgeht und ihre Vorteile kombiniert. Die Arc-catFISH-Methode (cellular compartment analysis of temporal activity by fluorescent in situ hybridization), die die Charakterisierung der Antwort großer Neuronengruppen auf zwei Stimuli erlaubt, wurde zur Untersuchung geschmacksverarbeitender Zellen im NTS angewandt.
Im Zuge dieses Projekts wurde erstmals eine stimulusinduzierte Arc-Expression im NTS gezeigt. Die ersten Ergebnisse offenbarten, dass die Arc-Expression im NTS spezifisch nach Stimulation mit Bitterstoffen auftritt und sich die Arc exprimierenden Neurone vornehmlich im gustatorischen Teil des NTS befinden. Dies weist darauf hin, dass Arc-Expression ein Marker für bitterverarbeitende gustatorische Neurone im NTS ist. Nach zweimaliger Stimulation mit Bittersubstanzen konnten überlappende, aber verschiedene Populationen von Neuronen beobachtet werden, die unterschiedlich auf die drei verwendeten Bittersubstanzen Cycloheximid, Chininhydrochlorid und Cucurbitacin I reagierten. Diese Neurone sind vermutlich an der Steuerung von Abwehrreflexen beteiligt und könnten so die Grundlage für divergentes Verhalten gegenüber verschiedenen Bitterstoffen bilden.<br>Intense research in the past decades has led to a detailed understanding of the mammalian taste system. Some important issues, however, have remained unanswered with the established methods that have been applied so far. One of these questions is whether different bitter substances can be distinguished. There are thousands of compounds which taste bitter to humans and elicit innate aversive behavior in animals. Moreover, these bitter substances are very heterogeneous regarding their structure as well as their effect on the organism. While many bitter tastants are potent poisons, others are harmless or even have beneficial effects in the amounts that are typically ingested. The ability to discriminate between those groups of bitter tastants could be an evolutionary advantage. Such a mechanism, however, is not known for mammals.
The aim of this thesis was to study the processing of taste information in the first station of gustatory processing in the mouse brain, the nucleus of the solitary tract (NTS). Of particular interest was the question concerning discrimination of bitter tastants. To this end a new method was established for the taste system combining the advantages of methods used before while circumventing their disadvantages. The Arc catFISH method (cellular compartment analysis of temporal activity by fluorescent in situ hybridization), which allows the characterization of responses of large neuron populations to two stimuli, was used to analyze taste-processing cells in the NTS.
In the course of this project a stimulus-induced Arc expression in the NTS was shown for the first time. The results demonstrated that Arc expression in the NTS appears specifically after stimulation with bitter tastants and that the Arc expressing neurons are located primarily in the gustatory part of the NTS. This indicates that Arc expression is a marker for bitter-processing gustatory neurons in the NTS. Upon stimulating twice with bitter compounds, distinct, yet overlapping neuron populations were identified, that reacted differently to the three bitter substances cycloheximide, quinine hydrochloride, and cucurbitacin I. Presumably these neurons are involved in the regulation of aversive reflexes and could form a basis for divergent behavior towards different bitter substances.
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Marballi, Ketan K., and Amelia L. Gallitano. "Immediate Early Genes Anchor a Biological Pathway of Proteins Required for Memory Formation, Long-Term Depression and Risk for Schizophrenia." FRONTIERS MEDIA SA, 2018. http://hdl.handle.net/10150/627116.
Full textAbstract:
While the causes of myriad medical and infectious illnesses have been identified, the etiologies of neuropsychiatric illnesses remain elusive. This is due to two major obstacles. First, the risk for neuropsychiatric disorders, such as schizophrenia, is determined by both genetic and environmental factors. Second, numerous genes influence susceptibility for these illnesses. Genome-wide association studies have identified at least 108 genomic loci for schizophrenia, and more are expected to be published shortly. In addition, numerous biological processes contribute to the neuropathology underlying schizophrenia. These include immune dysfunction, synaptic and myelination deficits, vascular abnormalities, growth factor disruption, and N-methyl-D-aspartate receptor (NMDAR) hypofunction. However, the field of psychiatric genetics lacks a unifying model to explain how environment may interact with numerous genes to influence these various biological processes and cause schizophrenia. Here we describe a biological cascade of proteins that are activated in response to environmental stimuli such as stress, a schizophrenia risk factor. The central proteins in this pathway are critical mediators of memory formation and a particular form of hippocampal synaptic plasticity, long-term depression (LTD). Each of these proteins is also implicated in schizophrenia risk. In fact, the pathway includes four genes that map to the 108 loci associated with schizophrenia: GRIN2A, nuclear factor of activated T-cells (NFATc3), early growth response 1 (EGR1) and NGFI-A Binding Protein 2 (NAB2); each of which contains the "Index single nucleotide polymorphism (SNP)" (most SNP) at its respective locus. Environmental stimuli activate this biological pathway in neurons, resulting in induction of EGR immediate early genes: EGR1, EGR3 and NAB2. We hypothesize that dysfunction in any of the genes in this pathway disrupts the normal activation of Egrs in response to stress. This may result in insufficient electrophysiologic, immunologic, and neuroprotective, processes that these genes normally mediate. Continued adverse environmental experiences, over time, may thereby result in neuropathology that gives rise to the symptoms of schizophrenia. By combining multiple genes associated with schizophrenia susceptibility, in a functional cascade triggered by neuronal activity, the proposed biological pathway provides an explanation for both the polygenic and environmental influences that determine the complex etiology of this mental illness.
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Maouche, Ahmed. "Caractérisation de voies de régulation paracrine potentiellement impliquées dans le devenir des cellules souches spermatogoniales chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss)." Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2018. http://www.theses.fr/2018NSARA083.
Full textAbstract:
Chez les mammifères, les cellules souches germinales primordiales nommées PGC sont soumises à différents microenvironnements successifs au sein de la gonade mâle qui permettent leur transition progressive d’abord en prospermatogonies avant la naissance puis en cellules souches spermatogoniales (SSC) chez l’adulte. Chez les poissons, l’existence potentielle d’états de transition intermédiaires entre les PGC et les SSC reste à être démontrée. De même, les mécanismes moléculaires impliqués dans la construction du pool initial de SSC ou dans son maintien à l’âge adulte restent mal compris. Le premier volet de la thèse a eu pour objectif d’étudier des voies de régulations susceptibles d’être impliquées dans le processus de formation, de renouvèlement ou de recrutement des SSC chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss).Le profil d’expression spatiotemporelle des gènes codant pour les ligands Kit, Gdnf, endothéline (Edn) et leurs récepteurs respectifs suggère que ces gènes pourraient agir successivement sur les SSC au cours de l’ontogenèse de la truite. A la différence des mammifères, les facteurs kit et gdnf pourraient agir à la fois de manière paracrine et autocrine. L’hormone folliculo-stimulante et les stéroïdes sexuels pourraient réguler les voies gdnf et edn. Le deuxième volet de la thèse a eu pour objectif d’améliorer la praticabilité de la méthode de transplantation des SSC pour régénérer des ressources génétiques précieuses. Nous montrons que la transplantation de SSC non purifiées dans la cavité abdominale d’embryons de truites « golden » triploïdes permet, chez<br>In mammals, Primordial Germ Cells (PGCs) are subject to sucessive microenvironments that allow their progressive transition first, into prospermatogonia at pre-natal stage and then into spermatogonial stem cells (SSC) in adults. In fish, the potential existence of intermediate transition states between PGC and SSC remains to be demonstrated. Likewise, the molecular mechanisms involved in the construction of the initial SSC pool or in its maintenance in adulthood remain poorly understood. The firUnlike mammals, the extracellular Kit and Gdnf ligands are duplicated and they could act as paracrine or autocrine regulatory factors. The follicle stimulating hormone and sex steroid hormones could regulate the gdnf/gfra1 and edn/ednr regulatory pathways. The second part of the thesis was aimed to improve the practicability of the SSC transplantation technique to regenerate valuable genetic resources in European aquaculture research infrastructures. We show that the transplantation of unpurified SSC into the abdominal cavity of triploid "golden" trout embryos allows, in approximately 70% of the injected animals, a satisfactory production of functional gametes derived solely from transplanted SSC
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Hamm-Baarke, Andrea. "Analyse der Informationsverarbeitung in CHL1-defizienten Mäusen mittels metabolischer Markierung, Expressionsstudien der Immediate-Early-Gene c-fos und arg3.1/arc sowie verhaltensbiologischer Tests." [S.l. : s.n.], 2003. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=972487735.
Full text
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DELALANDE, JEAN MARIE. "Expression de genes codant des facteurs myogeniques a motif bhlh et d'un gene codant une proteine crp, au cours du developpement musculaire de la truite arc-en-ciel (onchorhynchus mykiss)." Rennes 1, 1999. http://www.theses.fr/1999REN10043.
Full textAbstract:
Les facteurs myogeniques a domaine bhlh (mrfs) sont des facteurs transcriptionnels qui dirigent l'expression des genes musculaires et sont capables d'orchestrer le programme myogenique dans la cellule. Pour activer le programme myogenique, ces facteurs transcriptionnels cooperent avec d'autres proteines parmi lesquelles, la proteine crp3. La contribution de ces proteines dans les processus de regulation de la myogenese, est bien etablie chez les vertebres tetrapodes, mais peu d'etudes ont ete realisees sur ce sujet chez les poissons. Nous avons realise une etude par hybridation in situ de l'expression de genes de trois mrfs au cours du developpement precoce de la truite arc-en-ciel : deux genes myod et un gene myogenine. L'expression differentielle des trois mrfs identifie precocement des populations de myoblastes distinctes a l'interieur des somites. Cette heterogeneite cellulaire, prelude vraisemblablement a l'heterogeneite des fibres musculaires retrouvees par la suite dans le myotome. Les deux genes myod, issus d'une tetraploidisation du genome de la truite arc-en-ciel, sont exprimes differemment. Ces genes semblent donc jouer des roles distincts au cours du developpement musculaire precoce. Nous avons aussi mis en evidence dans les phases tardives du developpement embryonnaire une regionalisation de l'expression du gene tmyogenine dans les zones apicales du myotome. Ces regions presentent une forte activite de neo-synthese de fibres. La tmyogenine pourrait donc servir de marqueur de l'hyperplasie. Nous avons isole un gene codant pour une proteine de type crp. L'etude de l'expression de ce gene au cours du developpement precoce a mis en evidence une expression de ce gene dans la plaque segmentaire et dans les somites neoformes. Ce territoire d'expression recouvre ceux des regulateurs myogeniques bhlh suggerant que des interactions sont possibles. Le pattern d'expression de ce gene tcrp ne correspond a aucun des patterns des genes crp connus chez les tetrapodes.
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Weiwei, Dai. "Amino acids regulate hepatic intermediary metabolism-related gene expression via mTORC1-dependent manner in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)." Thesis, Pau, 2015. http://www.theses.fr/2015PAUU3042/document.
Full textAbstract:
Au cours de ma thèse, nous avons utilisé la truite arc-en-ciel, un poisson carnivore et modèle potentiellement pertinent du diabète, pour étudier des mécanismes de régulation du métabolisme intermédiaire hépatique par les nutriments (acides aminés (AA) et le glucose). Nous nous sommes plus particulièrement intéressés aux voies de signalisation de l’insuline et des acides aminés (Akt et mTORC1). Grâce à l’utilisation de rapamycine, un inhibiteur pharmacologique de mTORC1, nous avons montré que l'activation de mTORC1 stimule l'expression de gènes de la lipogenèse, de la glycolyse et du catabolisme des acides aminés, tandis que la voie de signalisation Akt inhibe celle des gènes impliqués dans la néoglucogenèse. Ces études ont été conduites dans le foie de truite ou en culture primaire d’hépatocytes de truite arc-en-ciel. En outre, nous avons démontré lors de stimulations à court terme in vivo et in vitro que l'expression hépatique des gènes de la lipogenèse est plus sensible à l'apport de protéines alimentaires ou d’AA qu’à l'apport de glucides ou de glucose. De plus, nous avons observé que des taux élevés d’AA conduisent, par le biais de l’activation de la voie de signalisation mTORC1, à une augmentation de l'expression des gènes lipogéniques mais surtout à une répression de l’inhibition de l’expression des gènes de la néoglucogenèse induite par l’insuline. Cet effet s’accompagne d’une augmentation de la phosphorylation de IRS-1 sur le résidu Ser302 qui pourrait être responsable de la baisse de phosphorylation d'Akt et par conséquent d’une inhibition de l’action de l'insuline. Enfin, en réalisant un test de tolérance au glucose chez des truites préalablement traitées avec de la rapamycine, nous avons conclu que la néoglucogenèse hépatique joue un rôle probablement majeur dans le contrôle de l'homéostasie glucidique chez la truite. Ainsi, une absence d’inhibition de la néoglucogenèse pourrait contribuer au maintien de l'hyperglycémie prolongée et au phénotype d’intolérance au glucose caractéristique des poissons carnivores. Cette thèse met en avant le rôle des protéines/AA dans la régulation du métabolisme intermédiaire de la truite et identifie certaines voies de signalisation cellulaire sollicités par les acides aminés pour réguler le métabolisme. Elle permet ainsi d’éclaircir certaines particularités nutritionnelles de la truite<br>During my doctoral study, we used rainbow trout, a representative carnivorous fish and relevant diabetic model, to study the mechanisms underlying the regulation of hepatic intermediary metabolism by nutrients (amino acids (AAs) and glucose), and determine the potential involvement of insulin/Akt and mTORC1 signaling pathways in these regulations. Using acute administration of rapamycin, a pharmacological inhibitor of TOR, we first identified that mTORC1 activation promotes the expression of genes related to fatty acid biosynthesis, glycolysis and amino acid catabolism, while Akt negatively regulates gluconeogenic gene expression in rainbow trout liver and primary hepatocytes. Furthermore, we demonstrated hepatic fatty acid biosynthetic gene expression is more responsive to dietary protein intake/AAs than dietary carbohydrate intake/glucose during acute stimulations in vivo and in vitro. Moreover, we further showed that high levels of AAs up-regulate hepatic fatty acid biosynthetic gene expression through an mTORC1-dependent manner, while excessive AAs attenuate insulin-mediated repression of gluconeogenesis through elevating IRS-1 Ser302 phosphorylation, which in turn impairs Akt phosphorylation and dampens insulin action. Finally, using glucose tolerance test and acute inhibition of rapamycin, we concluded that hepatic gluconeogenesis probably plays a major role in controlling glucose homeostasis, which maybe account for the prolonged hyperglycemia and glucose intolerance phenotype of carnivorous fish. The present thesis brings forward our understandings about the roles of protein/AAs in the regulation of hepatic intermediary metabolism in trout and identifies relevant cellular signaling pathways mediating the action of amino acids on metabolism. It also clarifies some nutritional characteristics of the trout
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Zhu, Tengfei. "Rôle des microARNs dans la régulation du métabolisme du cholestérol chez la truite arc-en-ciel alimentée avec des régimes à base de végétaux." Thesis, Pau, 2018. http://www.theses.fr/2018PAUU3036/document.
Full textAbstract:
L'aquaculture a connu un développement considérable au cours des dernières décennies. De par leurs disponibilités limitées, la farine de poisson et l'huile de poisson, considérées comme des ingrédients traditionnels de l'alimentation des poissons d’élevage, ont été largement remplacées par des matières premières végétales afin de soutenir le développement durable de l'aquaculture. Cette évolution de la composition des aliments aquacoles a entraîné une réduction importante de la teneur en cholestérol des aliments aquacoles. Dans ce contexte, l'objectif de la thèse était d’analyser les modifications du métabolisme du cholestérol chez la truite arc-en-ciel en réponse à une alimentation strictement végétale. Nous avons porté une attention particulière aux mécanismes sous-jacents à la régulation du métabolisme du cholestérol, en nous concentrant sur les facteurs de transcription et les microARNs. Enfin, nous avons évalué la possibilité d'utiliser les microARNs comme biomarqueurs non invasifs. Nos études ont montré qu’une alimentation végétale induit chez la truite une hypocholestérolémie associée à une modification de l’expression des gènes impliqués dans la synthèse et dans l'efflux du cholestérol mais aussi des facteurs de transcription SREBP-2 et LXRα. Nous avons également observé une diminution de l’expression du miR-223 dans le foie des truites nourries avec un régime à base de plantes ce qui suggère l'implication de mécanismes post-transcriptionnels dans la régulation de la synthèse du cholestérol chez la truite arc-en-ciel. Nous avons ensuite effectué une étude de la régulation du métabolisme du cholestérol chez une lignée de truite arc-en-ciel sélectionnée pour sa meilleure capacité de croissance sur aliment végétal. Nous avons observé une augmentation de l'expression du miR-33a chez les truites nourries avec un régime à base de plantes et une expression plus importante des miR-122 et 128 chez les truites de la lignée sélectionnée, quel que soit le régime. En analysant l’expression de gènes cibles potentiels des miR-33a, 122 et 128, nous avons pu mettre en évidence une régulation cohérente entre les miR-33a et 128 et leurs cibles potentielles que sont respectivement la caspase 6 apoptosis-related cysteine peptidase like 2 (casp6l2) et la phosphodiesterase 4B cAMP-specific a (pde4ba). Ces résultats mettent en évidence deux nouvelles voies moléculaires affectées par l’alimentation végétale chez la truite. Grâce à la combinaison d’approches in vivo et in vitro, nous avons constaté que l'expression des gènes impliqués dans la synthèse de cholestérol et celle du facteur de transcription SREBP-2 et du miR-33a augmentent chez les truites nourris avec l’aliment végétal et inversement diminuent en culture primaire d’hépatocytes de truite stimulés par du 25-hydroxycholestérol. Il semble donc SREBP-2 et miR-33a agissent en synergie pour réguler la synthèse du cholestérol. Enfin, nous avons détecté avec succès miR-1, miR-33a, miR-122, miR-128 et miR-223 dans le plasma de truite. Nous avons observé que les taux plasmatiques de miR-128 et de miR-223 sont soumis à des variations postprandiales similaires à celles observées pour leurs homologues hépatiques. Des corrélations significatives ont été observées entre les taux hépatiques et plasmatiques des miR-128 et miR-223. D’autres corrélations apparaissent entre les miR-122, 128 et 223 et l'expression de gènes liés à la synthèse et à l'efflux du cholestérol. Ces résultats indiquent que les micrARNs plasmatiques 122, 128 et 223 constituent de potentiels biomarqueurs non invasifs du métabolisme du cholestérol chez la truite arc-en-ciel<br>Aquaculture has been subjected to a huge development during the last decades. Due to limiting availabilities, fishmeal and fish oil, the traditional ingredients of fish feed, have been widely replaced with vegetable ingredients in order to support the sustainable development of aquaculture. This evolution of aquafeeds has resulted in a reduction of the cholesterol content of the diets. In this context, the major objective of the thesis was to decipher the physiological changes related to cholesterol metabolism occurring in fish fed the plant-based diet. We furthermore analyzed the mechanisms underlying the regulation of cholesterol metabolism, focusing on transcription factors and microRNAs. Additionally, the possibility of utilizing miRNA as potential noninvasive biomarker was also investigated in the thesis. Our studies have shown that utilization of plant-based diet resulted in hypocholesterolemia and modified the expression of genes involved in cholesterol synthesis and efflux as well as that of their corresponding transcriptional factors SREBP-2 and LXRα. We also observed a lower expression of miR-223 in the liver of trout fed the plant-based diet suggesting the involvement of posttranscriptional mechanisms in the regulation of cholesterol synthesis. We then carried out another experiment using a line of rainbow trout selected for better growth performance on plant-based diet. We found that the hepatic expression of miR-33a increased in trout fed the plant-based diet, while the expression of miR-122 and miR-128 was much higher in the selected line regardless of the diet. By analyzing the expression of putative target genes of miR-33a, 122 and 128, we noticed consistent regulations between miR-33a and 128 and their respective putative targets, which were caspase 6 apoptosis-related cysteine peptidase like 2 (casp612) and cAMP-specific phosphodiesterase 4B a (pde4ba). These results highlighted two new molecular pathways affected by the plant-based diet. Through the combination in vivo and in vitro approaches, we demonstrated that the expression of the genes involved in cholesterol synthesis and that of the transcription factor SREBP-2 and the miR-33a increased in trout fed plant-based diet devoid of cholesterol while conversely decreased in rainbow trout primary cell culture of hepatocytes stimulated by 25-hydroxycholesterol. These data indicate that SREBP-2 and miR-33a act synergistically to control cholesterol synthesis. Finally, we successfully detected miR-1, miR-33a, miR-122, miR-128 and miR-223 in trout plasma. We observed similar postprandial changes between plasma levels of miR-128 and miR-223 and their hepatic counterparts. Significant correlations were observed between hepatic and plasma levels of miR-128 and miR-223. Other correlations appeared between miR-122, 128 and 223 and the expression of genes related to synthesis and efflux of cholesterol. Altogether, these results indicate that plasma microRNAs 122, 128 and 223 are potential non-invasive biomarkers of cholesterol metabolism in rainbow trout
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Amoros, Claire. "Production et analyse de lignees stables de truites arc-en-ciel (oncorhynchus mykiss) transgeniques : expression de genes rapporteurs sous controle du promoteur de 2,4 kb du gene de la prolactine de saumon chinook (oncorhynchus tschawytscha)." Rennes 1, 1999. http://www.theses.fr/1999REN10024.
Full textAbstract:
L'objectif de cette etude a consiste en l'analyse de l'expression conduite par le promoteur du gene de la prl isole chez le saumon chinook (sprl) (oncorhynchus tschawytscha), dans des lignees stables de truites arc-en-ciel transgeniques (oncorhynchus mykiss). Pour cela, 2 constructions ont ete microinjectees dans des ufs de truites. Toutes les deux contiennent le promoteur sprl fusionne aux genes rapporteurs bacteriens lacz ou cat. Une analyse par dosage de l'activite cat nous a permis de mettre en evidence une expression forte, et specifique de l'hypophyse. Lorsque l'expression du gene lacz est analysee, l'activite -galactosidase est detectee dans la pars rostral de l'adenohypophyse dans des cellules regroupees en follicules, caracteristiques des cellules a prl. Sur des coupes d'hypophyses, un double marquage revele une colocalisation de la prl endogene et de l'activite enzymatique. Cette etude montre donc que l'expression de genes rapporteurs sous controle du promoteur sprl est specifique des cellules a prl, in vivo. Lors de ce travail, il est apparu que toutes les cellules a prolactine n'expriment pas systematiquement le transgene. L'analyse de l'expression du gene lacz sous controle du promoteur sprl pour les individus de 13 familles f2 et 1 famille f3 representant 9 profils electrophoretiques distincts de migration de l'adn permet de conclure que : $$ 2/3 des familles possedent des individus qui expriment le transgene, $$ quels que soient l'individu et la famille etudies, toutes les cellules a prolactine n'expriment pas le transgene (variegation) et l'expression du transgene est variable entre 2 cellules d'un meme individu et 2 individus d'une meme famille. Cette variabilite d'expression pourrait resulter de la combinaison de differents facteurs comme la taille du promoteur, la forte quantite de copies de transgene integre, la presence de sequences procaryotes, les effets inhibiteurs du gene rapporteur lacz, ou encore l'utilisation de lignees non pures. En conclusion ce travail apparait comme particulierement original du fait de l'obtention d'une expression cellules-specifique d'un transgene stabilisee sur 4 generations. De plus, cette etude pose le probleme de la variabilite d'expression du transgene dans des lignees stables de poissons transgeniques, probleme tres peu etudie chez les poissons.
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Lansard, Marine. "Rôle des acides aminés dans la régulation de l'expression des gênes hépatiques du métabolisme intermédiaire chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss)." Thesis, Bordeaux 1, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR14069/document.
Full textAbstract:
Ce travail de thèse avait pour objectif d’étudier la régulation de l’expression des gènes du métabolisme intermédiaire par les acides aminés alimentaires dans le foie de truite arc-en-ciel. Ces études ont permis de caractériser, pour la première fois dans le foie de truite, les principaux acteurs de la voie de signalisation Akt/TOR et leurs régulations. Nos résultats in vitro montrent qu’un mélange d’acides aminés, seul ou avec l’insuline, est capable de réguler l’expression de nombreux gènes impliqués dans la lipogenèse, la néoglucogenèse et la glycolyse. Les régulations observées en présence conjointe d’un mélange d’acides aminés et d’insuline semblent être, pour la plupart, dépendantes de la voie TOR. Par la suite, nous avons étudié l’effet de certains acides aminés comme la leucine (connue pour son effet « signal ») ainsi que la lysine et la méthionine (souvent ajoutées dans les aliments piscicoles riches en matières premières végétales afin d’atteindre l’équilibre en acides aminés). En présence d’insuline, la leucine, contrairement à la lysine et la méthionine, active la voie de signalisation TOR et régule l’expression de certains gènes (néoglucogenèse et lipogenèse) de façon similaire à un mélange d’acides aminés. Parallèlement, in vivo, nous avons étudié la régulation de l’expression des gènes du métabolisme intermédiaire lors d’un remplacement partiel ou total des huiles et farines de poisson par des produits végétaux dans l’aliment piscicole. Cette expérimentation a montré que, ni les voies de signalisation Akt/TOR, ni l’expression des gènes cibles ne sont affectés par ces nouveaux aliments. En conclusion, ces travaux ont montré que les acides aminés semblent jouer un rôle important dans la régulation de l’expression des gènes hépatiques du métabolisme intermédiaire chez la truite arc-en-ciel<br>The objective of my PhD was to characterize the regulation of the intermediary metabolism related gene expression by dietary amino acids in the liver of rainbow trout. This work allowed us to characterize, for the first time in the liver of trout, the main proteins of the Akt/TOR signalling pathway and their regulations. In vitro results showed that a mixture of amino acids, in the presence or absence of insulin, is able to regulate the expression of numerous genes involved in lipolysis, gluconeogenesis and glycolysis. Such regulations induced by an amino acid mix together with insulin appear to be, at least partly, TOR-dependent. Afterwards, I studied the effect of specific amino acids known to be a signalling molecule (leucine) or having potential application as supplements to reach essential amino acid balance in plant ingredients-rich diet (lysine and methionine). In the presence of insulin, leucine, in contrast to lysine and methionine, is able to activate the TOR signalling pathway and regulate the expression of several genes involved in gluconeogenesis and lipogenesis in the same way as a mixture of amino acids. Furthermore, we studied in vivo, the effect of partial or total replacement of fish oil and fish meal by plant products in fish feed on .the regulation of intermediary metabolism related gene expression. This study showed that neither Akt/TOR signalling pathway nor the expression of the target genes were affected by such diets. In conclusion, these studies showed that amino acids seem to play an important role in the hepatic regulation of intermediary metabolism gene expression in the rainbow trout
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Pakdel, Farzad. "Clonage, sequencage et expression in vitro de l'adn complementaire du recepteur aux oestrogenes chez la truite arc-en-ciel : regulation in vivo de l'expression du gene sous l'effet de l'oestradiol 17-beta." Rennes 1, 1989. http://www.theses.fr/1989REN10108.
Full text
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LE, ROUZIC PHILIPPE. "Caracterisation du recepteur de la prolactine chez la truite arc-en-ciel (oncorhynchus mykiss). Clonage de l'adn complementaire codant pour ce recepteur et etude de la regulation de l'expression du gene dans les organes de l'osmoregulation." Rennes 1, 2000. http://www.theses.fr/2000REN10045.
Full textAbstract:
Afin de mieux comprendre les effets de la prolactine (prl) chez la truite arc-en-ciel (oncorhynchus mykiss), nous avons entrepris l'etude des recepteurs de la prl (trr-prls) chez cette espece. En utilisant comme sonde d'adnc une partie du domaine extracellulaire du recepteur de tilapia (oreochromis niloticus) pour cribler des banques d'adnc de differents organes de truite arc-en-ciel, nous avons clone un fragment codant pour le trr-prl. Le clone entier code pour une proteine mature de 614 acides amines analogue aux formes longues de r-prls deja decrites chez les vertebres superieurs et le tilapia. Les regions du domaine extracellulaire impliquees dans la liaison a la prl et les sequences du domaine cytoplasmique necessaires pour la transduction du signal caracteristiques du r-prl fonctionnel sont retrouvees dans ce clone, bien que la comparaison des sequences primaires ne presentent qu'une faible identite (34 a 48%). L'analyse de la liaison de la trprl sur le domaine extracellulaire du trr-prl par resonance plasmonique de surface, montre que l'hormone interagit avec son recepteur par la formation d'un homodimere instable de faible affinite, complexe decrit auparavant chez les vertebres superieurs. L'analyse des transcrits codant pour le r-prl par northern-blot a permis de mettre en evidence une taille unique d'arnm (3,4 kb). Ce resultat, compare a ceux obtenus chez le tilapia, est un argument supplementaire en la faveur de l'existence chez les poissons d'une seule forme de r-prl. L'analyse de l'expression cellulaire et tissulaire des transcrits du r-prl et de la proteine par northern-blot, hybridation in situ et immunohistochimie, a permis de definir les organes cibles de la prl chez la truite arc-en-ciel et de confirmer les roles decrits de cette hormone chez les salmonides. Enfin, nous avons etudie la regulation de l'expression du gene codant pour r-prl dans les organes de l'osmoregulation par analyse de northern-blots et par rt-pcr semi-quantitative, dans differentes situations physiologiques: le transfert d'eau douce en eau de mer, la smoltification chez le saumon atlantique (salmo salar) et le stress de confinement.
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Borey, Marion. "Effets de l’alimentation végétale sur les capacités digestives de la truite arc-en-ciel et sur le microbiote associé à sa muqueuse digestive en fonction de son génotype." Thesis, Pau, 2017. http://www.theses.fr/2017PAUU3008/document.
Full textAbstract:
La pression sur les quotas de pêche et l’augmentation de la production aquacole ont contribué à une substitution importante des farines et des huiles de poisson incorporées dans les aliments pour poissons carnivores, par des farines et des huiles végétales. La truite arc-en-ciel, qui est un poisson carnivore, est affectée par ce changement de régime. Ainsi un retard de croissance apparaît dès le plus jeune stade si certaines transformations et supplémentations ne sont pas apportées aux végétaux. L’objectif de ce travail a été d’évaluer, aux stades alevins et juvéniles, l’impact d’une substitution totale des huiles et farines de poisson sur le tractus digestif de la truite arc-en-ciel, et plus particulièrement sur ses capacités digestives et sur la composition de son microbiote intestinal. Le but in fine étant de déterminer si certaines enzymes de la digestion, transporteurs intestinaux, ou sous-communautés bactériennes sont impactés par le changement de régime et peuvent expliquer le retard de croissance observé. Chacun de ces facteurs ont été étudiés via une approche de métagénomique par séquençage de nouvelle génération NGS pour la caractérisation du microbiote, et via de la PCR quantitative et des mesures d’activités enzymatiques pour la comparaison des capacités digestives. Des lignées isogéniques de truites, identifiées comme divergentes dans leur réponse à l’alimentation végétale (capables d’adaptation ou réfractaires) ont permis de disposer d’un matériel biologique pertinent pour répondre à cette question. Une modification du microbiote intestinal associé à la muqueuse digestive pourrait également contribuer à la baisse de l’homéostasie intestinale. Le changement de régime conduit en effet à une équitabilité plus faible chez les truites ayant reçue un aliment végétal, ce qui reflète un changement dans la représentativité de certains OTUs. Ce changement de régime s’est également traduit par des communautés dissimilaires en moyenne à 70 %, d’après l’estimation de la β-diversité entre les communautés de truites nourries avec l’aliment marin et celles nourries avec l’aliment végétal. La sélection opérée par l’aliment a conduit à un remplacement des OTUs rencontrés au sein des Firmicutes, c’est-à-dire que différentes espèces bactériennes de Firmicutes sont rencontrées suivant le régime considéré. La comparaison de communautés bactériennes entre les différentes lignées isogéniques a montré que la sélection opérée par le génotype de l’hôte a davantage eu lieu sur le remplacement des β-Protéobactéries. Enfin, les comparaisons d’abondances en certaines espèces bactériennes particulières suggèrent que les bactéries Cetobacterium somerae, capables de synthétiser de la vitamine B12, et Shewanella, dont l’implication dans la stimulation des cellules β du pancréas endocrine a déjà été observée chez d’autres espèces, pourraient être impliquées dans la réponse métabolique des truites aux végétaux. Les modifications identifiées dans ce travail constituent des indicateurs biologiques qui pourront être mis à profit pour évaluer la réponse du tractus digestif des truites à de nouvelles formules alimentaires<br>Over-fishing pressure and increasing aquaculture production led to an important substitution of fish oil and fish meal with oil and meal from plant origin in feed meant for farming fish. However this replacement has some deleterious incidence on fish. For rainbow trout, which are carnivorous fish, some growth delay often appears from the early life stages when they are fed with plant based diet. The aim of this work was to assess, at alevin and juvenile stages, the impact of a total replacement of fish meal and oil on rainbow trout gastrointestinal tract, and more particularly on the digestive capacity and the associate microbiota. The objective, in fine, being to determine if some digestive enzymes, intestinal transporters, or bacterial communities are impacted by the dietary replacement and if these biological factors can be related to the observed growth delay. Metagenomic approach using next generation sequencing was used to characterize the gut bacterial communities, while digestive capacity was assessed through quantitative PCR and enzymatic measurements in order to compare rainbow trout responses to a plant-based diet. In our investigations, rainbow trout isogenic lines that diverge in their response to this alternative diet (tolerant or rather reluctant) were adopted because they constitute a pertinent biological material for answering this question.In alevin rainbow trout, a plant-based diet led to an increase of pepsinogen, trypsinogen, and chymotrypsinogen genes which codes for proteolitic enzymes. Two main assumptions can explain this response, and their effectivness remains to investigate: wether this is a physiological response due to a lower weight of trout fed with the plant-based diet, or so it is due to an increase transcritpion of pancreatic enzymes to compensate for a reduction of protein digestibility. In the intestine, it appears that an increase transcription of IAP, SGLT1, CCK-t, and PEPT1 genes, and a decrease transcription of GLUT2 gene under a plant-based diet could reflect a disability to grow under a vegetable diet.In juvenile rainbow trout, a plant-based diet led to a decrease of lipid digestibility, and of triglycerides and total amino acid plasmatic levels. These perturbations could be explained in part by a decrease of the phosphatase alkaline activity, which suggest perturbancesof intestinal homeostasis, and by a decrease of phospholipase A2 activity. Transcriptional decrease of the triglycerides transporter MTP and of the prolidase, which is a peptidase from intestinal cell cytosol, has also been observed. Some modification of the microbiota associated to the intestinal mucosa could also contribute to the decrease of the intestinal homeostasis. The dietary replacement effectively led to reduce evenness of the bacterial communities in trout fed with a plant-based diet, which reflected a shift in the representativeness of some OTUs. Bacterial community from trout fed with a marine diet and trout fed with a plant-based diet were on average 70 % dissimilar. Dietary substitution led to the replacement of OTUs from the Firmicutes class, different bacterial species being observed according to the considered diet. The comparison of bacterial community between the isogenic lines showed that the genotype led to the replacement of β-Proteobacteria. Finally, abundance comparison suggested that Cetobacterium somerae, which is able to synthesise vitamin B12, and Shewanella, which has already been reported to stimulate pancreatic β cells, could be implicated in the trout response to vegetable.Modifications observed in this work constitute biological indicator that could be used to assess the response of the digestive tract to future feed formulations
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Sandra, Olivier. "Caracterisation du recepteur de la prolactine (r-prl) chez la truite arc-en-ciel (oncorhynchus mykiss) et le tilapia (oreochromis niloticus) : clonage d'un adn complementaire codant pour le r-prl et expression in vivo du gene codant pour ce r-prl." Paris 6, 1997. http://www.theses.fr/1997PA066545.
Full textAbstract:
Afin de mieux comprendre les actions de la prolactine (prl) chez la truite arc-en-ciel, nous avons entrepris l'etude des recepteurs de la prl (trr-prl) chez cette espece. Un dosage radio-recepteur a l'aide de prl de truite purifiee n'a pas permis de mettre en evidence la liaison de cette prl dans les organes testes. La qualite du ligand ne semble pas en cause si l'on en juge par sa liaison specifique elevee sur le rein de tilapia. Afin de developper d'autres approches pour l'analyse des trr-prl, nous avons entrepris de cloner un adnc codant pour le trr-prl, par une strategie en deux etapes, la premiere consistant a obtenir l'adnc codant pour le r-prl du tilapia (tir-prl) et la seconde a isoler le trr-prl par criblage heterologue a l'aide de l'adnc codant pour le tir-prl. Nous avons utilise la prl-i de tilapia recombinante pour cribler une banque d'expression preparee a partir de rein de tilapia et tranfectee dans des cellules cos. Le clone isole (3 kb) code pour une proteine mature de 606 acides amines. Le domaine extracellulaire est depourvu de motif en double antenne et il contient deux paires de cysteines, des sites de glycosylations potentiels et le motif wsxws. Le domaine cytoplasmique est compose de 372 acides amines et possede une sequence de type boite 1 ainsi que plusieurs tyrosines. La structure generale du tir-prl est donc semblable a celle de la forme longue du r-prl de mammifere, bien que la comparaison des sequences primaires ne revele qu'un faible identite (37%). Un seul transcrit a ete detecte par northern-blot dans les differents organes testes, qui est un argument en faveur d'un tir-prl unique pour les deux prls de tilapia et suggere une regulation directe des fonctions de ces organes par la prl. Nous avons egalement precise la nature des cellules cibles des tiprls et etudie l'evolution du nombre de r-prl dans les organes osmoregulateurs au cours d'un transfert en eau saumatre. Le criblage d'une banque d'adnc d'intestin de truite avec une sonde d'adnc correspondant au domaine extracellulaire du tir-prl a permis d'isoler un clone codant pour une partie du domaine extracellulaire du r-prl de truite. L'analyse en northern-blot met en evidence la presence de ce trr-prl dans differents organes, suggerant que la prl est impliquee dans la regulation de plusieurs fonctions physiologiques chez la truite.
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Rutherford, Stephen Mark. "The genetic and physical analysis of mutants of chloroplast number and size in Arabidopsis thaliana." Thesis, Open University, 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.308129.
Full text
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DUPRE, PATRICIA. "Transformation genetique de ginkgo biloba via agrobacterium tumefaciens : application au transfert des genes rol abc d'agrobacterium rhizogenes (doctorat : biotechnologies vegetales)." Amiens, 1999. http://www.theses.fr/1999AMIEP067.
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Losa, Llabata Marta. "Gene regulation in embryonic development." Thesis, University of Manchester, 2016. https://www.research.manchester.ac.uk/portal/en/theses/gene-regulation-in-embryonic-development(8a9efb79-1ca9-409e-89b9-9d66213e593f).html.
Full textAbstract:
Branchial arches (BAs) are a series of transient structures that develop on the ventro-lateral surface of the head in vertebrate embryos. BAs initially appear as a series of similar segments; as development proceeds each BA will contribute to different structures. Here, it was investigated the transcriptional mechanisms that instruct the different fates of the BAs in development. Initially, each BA contains a blood vessel, known as aortic arch (AA) artery, that connects the dorsal aorta with the heart. Remodelling of the AAs is crucial to form the adult heart circulation. This process leads to regression of the anterior AAs, running though the first and second BAs (BA1 and BA2), and persistence of the AAs contained in more posterior BAs (PBA). To identify the mechanisms that control remodelling of the AAs, we compared the transcriptomes and epigenomic landscapes of different BAs. Using RNA-seq and H3K27Ac ChIP-seq, we uncovered the activation of a vascular smooth muscle cell (VSMC) differentiation transcriptional program exclusively in the PBAs (and not in BA1/BA2). In support of this finding, we show that VSMC differentiation occurs specifically in the PBAs, but not BA1-2 in mouse embryonic development. Despite the absence of VSMC differentiation in developing BA1-2, cells harvested from these tissues reveal a spontaneous tendency to differentiate towards VSMC fate when grown in vitro, and activate several VSMC-specific genes (Myocd, Acta2, Tagln, Jag1). Together, our results suggest that forming VSMCs is a key process for the persistence of AAs. We also showed that cells derived from all BAs have the potential to differentiate to VSMCs in vitro. However, only cells in the PBAs differentiate to VSMCs in vivo, resulting in the maintenance of posterior AAs. In this study, we also uncovered a novel transcriptional principle that specifies the fate of BA2. Using ChIP-seq, we found that binding of Meis transcription factors establish a ground pattern in the BAs. Hoxa2, which specifies BA2 identity, selects a subset of Meis-bound sites. Meis binding is strongly increased at these sites, which coincide with active enhancers, linked to genes highly expressed in the BA2 and regulated by Hoxa2. Thus, Hoxa2 modifies a ground state binding of Meis to instruct segment-specific transcriptional programs.
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Liu, Jingwei. "Around the poor use of dietary carbohydrate phenotype in trout (Oncorhynchus mykiss) : its epigenetic consequences and metabolic modulation through a programming strategy." Thesis, Pau, 2019. http://www.theses.fr/2019PAUU3011.
Full textAbstract:
La truite arc-en-ciel carnivore (Oncorhynchus mykiss) est considérée comme une espèce pauvre utilisatrice de glucides alimentaires. Des études récentes ont montré qu'une hypométhylation globale de l'ADN hépatique induite par un régime alimentaire riche en glucides et pauvre en protéines pourrait être impliquée dans l'établissement / le maintien du de ce phénotype chez la truite, mais le détail des mécanismes sous-jacents reste inconnu. La thèse vise à étudier les mécanismes épigénétiques sous-jacents à ce phénotype de faible utilisation des glucides alimentaire chez la truite et à examiner si le métabolisme du glucose et l’épigénome chez les juvéniles peuvent être programmés par un stimulus hypoxique précoce. Nous avons d’abord identifié tous les gènes paralogues liés aux voies de méthylation / déméthylation de l’ADN (dnmt, tet et tdg) dans le génome de la truite, clarifié leurs histoires évolutives et analysé leurs profils d’expression au cours de la gamétogenèse et de l’embryogenèse chez la truite. Nous avons ensuite étudiés plus en détail les processus et les mécanismes potentiellement à l’origine de l'hypométhylation de l'ADN hépatique global constatée chez la truite après un régime riche en glucides et pauvre en protéines. Les résultats ont montré pour la première fois qu'une diminution du taux deprotéines et une augmentation du taux de glucides dans l’aliment induisent de manière indépendante et en interaction une hypométhylation hépatique globale chez la truite, qui semble établie par le biais d'une voie de déméthylation active. Nous avons également constaté qu’une forte hyperglycémie induite par une injection de glucose induit une hypométhylation globale de l’ADN au niveau des sites CmCGG dans le foie de la truite. Les mécanismes détaillés de ces processus de déméthylation restent à élucider. Enfin, grâce à la stratégie de programmation métabolique, nous avons pour la première fois confirmé que l’utilisation d’un stimulus non nutritionnel au début de la vie, l’hypoxie, pouvait moduler de façon persistante la transcription des gènes liés au métabolisme du glucose chez la truite juvénile sans nuire aux performances de croissance. De plus, selon sa nature chronique ou aigue, l’hypoxie, a tendance à induire des effets de programmation opposés sur les gènes codants pour les transporteurs au glucose notamment dans le foie et le muscle de la truite juvénile. Dans son ensemble, la thèse met en avant notre compréhension du rôle du méthylome dans la contribution à la faible capacité d'utilisation des glucides alimentaires chez la truiteLa thèse met aussi en lumière le potentiel d'utilisation de l'hypoxie comme stimulus pour programmer le métabolisme du glucose, l'épigénome et l'utilisation des glucides alimentaires chez la truite arc-en-ciel<br>The carnivorous rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) is considered as a poor user of dietary carbohydrates. Recent studies showed that a high-carbohydrate/low protein diet inducing hepatic global DNA hypomethylation could be involved in the establishment/maintenance of the poor dietary carbohydrates utilisation phenotype in trout, but the detail mechanisms remain unclear. The present thesis aimed at investigating the epigenetic mechanisms underlying this poor dietary carbohydrate utilisation phenotype in trout, and exploring if the glucose metabolism and the epigenome in juveniles can be programmed through a hypoxic stimulus during early life. We first identified all the paralogous genes related to DNA methylation/demethylation pathways (dnmt, tet and tdg) in trout genome, clarified their molecular evolution histories and monitored their transcriptional expression patterns during gametogenesis and embryogenesis in trout. Besides, we investigate further the causes, processes and potential mechanisms about the hepatic global DNA hypomethylation in trout after feeding a high carbohydrate/low protein diet. Results for the first time demonstrated that a decrease in protein content and an increase in carbohydrate content in the diet can independently as well as interactively induce hepatic global hypomethylation in trout. This global loss of methylation is probably established through an active demethylation pathway. We also found that a strong hyperglycaemia induced by glucose injection induces global CmCGG hypomethylation in the liver of trout. The detailed mechanisms of these demethylation processes remain to be elucidated. Finally, through metabolic programming strategy, we confirmed for the first time that using a non-nutritional stimulus, hypoxia, during early life stage persistently modulates the transcription of glucose metabolism-related genes in juvenile trout without negative effects on growth performance. Moreover, acute and chronic hypoxia tended to induce opposite programming effects on glucose-transporter encoding genes in both liver and muscle of juvenile trout. Together, the present thesis brings forward our understandings about the roles of epigenetics in contributing to the low ability to use dietary carbohydrates in trout, and sheds light on the potential of using hypoxia as the stimulus in metabolic programming strategy to tailor the glucose metabolism, the epigenome and dietary carbohydrate utilisation in rainbow trout
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Hargest, Rachel. "Gene therapy for gastrointestinal cancer using the APC gene in familial adenomatous polyposis." Thesis, Imperial College London, 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.339234.
Full text
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Le, Bihanic Florane. "Effets des hydrocarbures aromatiques polycycliques sur les stades précoces de poissons modèles : développement de bioessais et étude comparée de mélanges." Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01068302.
Full textAbstract:
La majorité des polluants organiques persistants, tels que les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP), sont hydrophobes et de ce fait s'accumulent au cours du temps dans les sédiments aquatiques. Dans ce contexte, des tests ont été mis en œuvre sur embryons et pro-larves de truite arc-en-ciel Oncorhynchus mykiss et de médaka japonais Oryzias latipes pour étudier la toxicité de ces contaminants. Un sédiment artificiel et de nouveaux critères d'effets sur l'intégrité de l'ADN et l'activité natatoire ont été développés pour améliorer la reproductibilité et la sensibilité des tests. Ces bioessais ont été appliqués à la comparaison de la toxicité de trois mélanges de HAP : un extrait pyrolytique et deux extraits issus d'un pétrole léger Arabian Light et lourd de type Erika. Les trois mélanges de HAP ont été enrobés sur un sédiment artificiel ou sur des graviers à des concentrations comparables à celles retrouvées dans l'environnement. L'exposition des embryons à ces matrices contaminées a provoqué des perturbations de l'expression de gènes impliqués dans le fonctionnement mitochondrial, le métabolisme de la vitamine A, la formation de dommages à l'ADN ainsi que la synthèse d'hormones. Parallèlement ces mélanges ont induit des effets tératogènes, des perturbations de l'activité natatoire et des effets génotoxiques. Le degré de toxicité et le spectre d'effets induits étaient différents selon la composition des mélanges testés. Les mélanges pétrogéniques présentant une forte proportion en HAP de faibles poids moléculaires et HAP alkylés, se sont avérés plus toxiques envers les jeunes stades de développement de poissons que le mélange pyrolytique, composé en majorité de HAP à hauts poids moléculaires non substitués. Des résultats comparables ont été obtenus avec les modèles médaka japonais et truite arc-en-ciel.
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Wells, Dagan. "Mutation analysis of the adenomatous polyposis coli gene." Thesis, University College London (University of London), 1998. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.286789.
Full text
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CHOURROUT, DANIEL. "Gynogenese, polyploidie et transfert de genes chez la truite arc-en-ciel (salmo gairdneri)." Paris 6, 1989. http://www.theses.fr/1989PA066105.
Full textAbstract:
Chez la truite comme chez la majorite ecrasante des vertebres, la reproduction implique deux parents diploides de la meme espece, qui donnent naissance apres meiose et fecondation a des descendants diploides. Cependant, ces evenements connaissent occasionnellement des perturbations qui conduisent a une contribution genetique d'un seul des parents (gynogenese ou androgenese), ou a une elevation du nombre de chromosomes (polyploidie). Nous avons pu ici induire la gynogenese diploide, la triploidie et la tetraploidie chez la truite grace a des traitements varies du sperme, des ovocytes et des ufs fecondes. En plus de materiels originaux utilisables pour diverses experimentations (des lignees consanguines par exemple), ces manipulations ont apporte des solutions a des problemes majeurs de l'elevage de la truite, comme le controle de la reproduction. D'autres genotypes nouveaux ont resulte de la reproduction des tetraploides, qui ont ete pour la premiere fois demontres fertiles chez les poissons. Plus recemment, nous avons montre que l'injection de grandes quantites de plasmides linearises dans le cytoplasme des ufs fecondes conduit a leur integration stable dans le genome de la truite. Distribue de facon mosaique chez les animaux resultant des injections, l'adn etranger est efficacement transmis a leurs descendants. Cette technique simple pourrait avoir des retombees importantes, aussi bien pour l'experimentation biologique que pour l'amelioration genetique de la truite
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Barry, Cornelius Stephen. "Expression of the tomato ACC oxidase genes." Thesis, University of Nottingham, 1995. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.309596.
Full text
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Niu, Weiran. "The expression of ABC genes in chlamydomonas reinhardtii under different growth conditions /." View abstract or full-text, 2004. http://library.ust.hk/cgi/db/thesis.pl?BIOL%202004%20NIU.
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Rudant, Eric. "Etude des aminoside 6'-n-acetyltransferases de type i (aac(6')-i) chez acinetobacter (doctorat : microbiologie)." Paris 11, 1998. http://www.theses.fr/1998PA114849.
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Lopes, Bruno Silvester. "Role of insertion sequences in the control of antibiotic resistance in Acinetobacter baumannii." Thesis, University of Edinburgh, 2012. http://hdl.handle.net/1842/6500.
Full textAbstract:
Acinetobacter baumannii is an emerging multiresistant pathogen increasingly known to cause infections in the immuno-compromised patients. Carbapenems and colistin are considered to be the last resorts in treatment of infections involving multidrug resistant strains of A. baumannii. Resistance to carbapenems is well known due to the presence of intrinsic carbapenemase gene blaOXA-51-like, which may be governed by insertion elements, or by acquired carbapenemases like blaOXA-23-like, blaOXA-58-like or blaOXA-40-like genes, most of which are frequently associated with insertion elements. The acquired carbapenemases can be integrated with the host chromosome making the bacterium strongly resistant to a range of antibiotics. Recent reports also suggest that the ubiquitous and intrinsic enzymes encoded by the blaOXA-51-like gene can be mobilized on a plasmid. In this thesis, the prevalence of antibiotic resistance was examined for 96 strains isolated from various parts of the world. The resistances to aminoglycosides, fluoroquinolones and cephalosporins were studied with a major focus on resistance to carbapenems. Section 1 shows the transposition of ISAba1 and its varied influence in controlling the blaOXA-51-like gene and the blaADC gene. It explains how ISAba1 being a strong factor in influencing antibiotic resistance genes contributes to the plasticity of the organism Section 2 is related with a novel insertion element ISAba125 controlling the blaADC gene and as an element providing high resistance to ceftazidime in comparison to ISAba1. Section 3 analyses the multi-drug resistant profile of strains isolated from Cochabamba, Bolivia. Besides the classification of carbapenem resistance for the clinical strains, the aminoglycoside resistance and ciprofloxacin mechanisms are examined in this project Section 4 relates with the pattern of resistance in strains isolated from the Aberdeen Royal Infirmary. It describes two novel variants of the blaOXA-51-like gene, namely blaOXA-216 and blaOXA-217 and also the acquisition of the blaOXA-23-like gene in two isolates from different years and deemed identical by their PFGE pattern. Section 5 describes the influence of ISAba825 in controlling the blaOXA-51-like gene and the blaOXA-58-like from clinical isolates Section 6 is related with the insertional inactivation of the blaOXA-132 gene and the carbapenem resistance caused by the activation of the blaOXA-58 gene in isolate Ab244 Section 7 describes the influence of insertion elements in strains having high ciprofloxacin resistance. This project is concerned with the role of efflux pump control system adeRS and how they influence the adeABC operon causing increased and decreased expression of the genes. Section 8 describes the multi drug resistant pattern of 36 strains each isolated from Europe and the United States In conclusion, there are various factors that influence the resistance profile of multidrug resistant A. baumannii isolates with insertion sequences such as ISAba1, ISAba2, ISAba3, ISAba825, IS1008, ISAba125, ISAba16 governing the expression or providing alternate mechanisms of resistance for the better fitness of the bacterium. Mutations in the genes identified in this study also have a crucial role in imparting resistance to this bacterium.
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Alphuche-Solis, Angel Gabriel. "Analysis of transgenic tomato plants with acc oxidase suppressed by sense constructs." Thesis, University of Nottingham, 1999. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.297991.
Full text
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Shailes, Hannah. "Targeting APC loss using synthetic lethality in colorectal cancer." Thesis, Queen Mary, University of London, 2018. http://qmro.qmul.ac.uk/xmlui/handle/123456789/43996.
Full textAbstract:
Mutations in the tumour suppressor gene Adenomatous polyposis coli (APC) are found in 80 % of sporadic colorectal cancer (CRC) tumours and are also responsible for the inherited form of CRC, Familial adenomatous polyposis (FAP). In order to identify novel therapeutic targets for the treatment of APC mutated CRC, we have generated an in vitro model of APC mutant CRC using CRISPR-cas9 gene editing. Using the APC wildtype colorectal carcinoma cell line RKO, we targeted the cells with guide RNA (gRNA) targeting exon 2 or exon 15 (encodes 80 % of APC) of the APC gene. We generated isogenic cell lines which differed in the expression of APC, the controls were APC wildtype and the APC mutant (APC Lys736fs) cell lines expressed a truncated ~80 kDa APC protein. We used these cell lines to perform an siRNA screen against 720 kinases and kinase-related genes. We selected seven genes to investigate further, unfortunately none of the potential hits validated. Additionally, we performed an FDA-approved compound screen targeting over 1000 compounds. From this, we identified a group of HMG-CoA reductase (HMGCR) inhibitors known as statins, which selectively cause a greater loss in cell viability in the APC mutated cell lines, compared to the APC wildtype cells. Mechanistically, our data suggests this synthetic lethal relationship is due to a greater decrease in the anti-apoptotic protein survivin. We propose this is due to statins altering the localisation of Rac1, reducing Pak1 activation and reducing the level of Wnt signalling. This results in the reduction of the Wnt target gene survivin. We have successfully identified an FDA-approved family of compounds, which show synthetic lethality with the APC mutation in our in vitro model.
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Chen, Muhan. "Application of transgenic mice models in functional study of two putative oncogenes ALC-1 and EIF5A2 /." Click to view the E-thesis via HKUTO, 2007. http://sunzi.lib.hku.hk/hkuto/record/B38593464.
Full text
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Guimarães, Carla Patrícia Pinto. "Os transportadores ABC peroxissomais : estrutura e função da ALDP." Doctoral thesis, Porto : Edição do Autor, 2004. http://hdl.handle.net/10216/64582.
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Guimarães, Carla Patrícia Pinto. "Os transportadores ABC peroxissomais : estrutura e função da ALDP." Tese, Porto : Edição do Autor, 2004. http://catalogo.up.pt/F?func=find-b&local_base=UPB01&find_code=SYS&request=000093324.
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Chen, Muhan, and 陳牧唅. "Application of transgenic mice models in functional study of two putative oncogenes: ALC-1 and EIF5A2." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2007. http://hub.hku.hk/bib/B38593464.
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Shen, Ying. "Regulation of EphA4 expression through the APC-mediated ubiquitin-proteasome pathway /." View abstract or full-text, 2007. http://library.ust.hk/cgi/db/thesis.pl?BICH%202007%20SHEN.
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Lyon, Raymond Scemama Jean-Luc. "Hox Gene Expression During Oreochromis niloticus Pharyngeal Arch Development: Discovering the Hox Code." [Greenville, N.C.] : East Carolina University, 2010. http://hdl.handle.net/10342/2728.
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Hashimoto, Kyoichi. "Cellular context-dependent consequences of Apc mutations on gene regulation and cellular behavior." Kyoto University, 2018. http://hdl.handle.net/2433/230974.
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Zheng, Songyue. "Transgenic expression of J-aminocyclopropane-1-carboxylic acid (ACC) N-Malonyltransferase from mung bean hypocotyls." Click to view the E-thesis via HKUTO, 2009. http://sunzi.lib.hku.hk/hkuto/record/B43223916.
Full text
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Tydén, Eva. "Cytochrome P450 3A and ABC-transport proteins in horse /." Uppsala : Department of Biomedical Sciences and Veterinary Public Health, Swedish University of Agricultural Sciences, 2008. http://epsilon.slu.se/200893.pdf.
Full text
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Rossanese, Lillian Barbosa de Queiroz 1980. "Estudo de mutações no gene APC em famílias com polipose adenomatosa familiar = APC germile mutations in families with familal adenomatous polyposis." [s.n.], 2012. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/313231.
Full textAbstract:
Orientador: Carmen Silvia Bertuzzo<br>Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas<br>Made available in DSpace on 2018-08-23T19:05:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2012<br>Resumo: Mutações germinativas no gene APC (Polipose adenomatosa coli) são responsáveis pela ocorrência de polipose adenomatosa familiar (PAF). Mutações somáticas levam à transformação maligna de adenomas. O objetivo desse trabalho foi identificar mutações germinativas no gene APC. No presente estudo, 20 pacientes com PAF foram estudados. A determinação das mutações germinativas no APC foi realizada por meio de sequenciamento, e as mutações foram comparadas com marcadores clínicos (sexo, idade no momento do diagnóstico, tabagismo, estádio TNM, classificação Coller-Astler e o grau de diferenciação do adenocarcinoma). Os dados foram comparados por meio do programa SPSS , com o teste de Fisher e teste de ?2 , considerando ? = 0,05. De acordo com os principais resultados da nossa amostra, 16 alelos com mutações deletérias (80 % dos pacientes) foram identificados, enquanto 7 (35%) pacientes não tinham mutações deletérias. Houve um predomínio de mutações nonsense (45% dos pacientes) e de mutações frameshift (20% dos pacientes). Não houve significância estatística entre as mutações germinativas identificadas e as variáveis clínicas consideradas em nosso estudo. Apenas a fase TNM foi associada com a presença de mutações deletérias. Os portadores com mutações deletérias tinha uma OR , 0,086 ( IC = 0,001-0,984 ); TNM I + II em comparação com III + IV , quando comparado com os pacientes sem mutações deletérias identificados. Neste estudo, demonstramos a heterogeneidade molecular de mutações germinativas no APC em portadores de PAF e a dificuldade para realizar diagnóstico molecular em uma população brasileira<br>Abstract: Adenomatous polyposis coli (APC) germline mutations are responsible for the occurrence of familial adenomatous polyposis (FAP). Somatic mutations lead to malignant transformation of adenomas. In this context, considering the significance of APC germline mutations in FAP, we aimed to identify APC germline mutations. In the present study, 20 FAP patients were enrolled. The determination of APC germline mutations was performed using sequencing, and the mutations were compared with clinical markers (gender, age at diagnosis, smoking habits, TNM stage, Astler-Coller stage, degree of differentiation of adenocarcinoma). The data were compared using the SPSS program, with the Fisher's exact test and ?2 test, considering ?=0.05. According to the main results in our sample, 16 alleles with deleterious mutations (80% of the patients) were identified while 7 (35%) patients had no deleterious mutations. There was a predominance of nonsense (45% of the patients) and frameshift (20% of the patients) mutations. There was no statistical significance between the APC germline mutations identified and the clinical variables considered in our study. Only TNM stage was associated with the presence of deleterious mutations. Patients with deleterious mutations had an OR, 0.086 (IC=0.001-0.984); TNM stage I + II in comparison with III + IV, when compared with the patients with no deleterious mutations identified. In this context, as a conclusion, we demonstrated the molecular heterogeneity of APC germline mutations in FAP and the difficulty to perform molecular diagnostics in a Brazilian population, considering the admixed population analyzed<br>Doutorado<br>Clinica Medica<br>Doutora em Ciências
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Zheng, Songyue, and 郑嵩岳. "Transgenic expression of 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid (ACC)N-Malonyltransferase from mung bean hypocotyls." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2009. http://hub.hku.hk/bib/B43223916.
Full text
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Leung, Ching-man. "Characterization of two auxin-induced ACC synthase genes in tomatoes." Click to view the E-thesis via HKUTO, 2005. http://sunzi.lib.hku.hk/hkuto/record/B36748845.
Full text
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Leung, Ching-man, and 梁靜雯. "Characterization of two auxin-induced ACC synthase genes in tomatoes." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2005. http://hub.hku.hk/bib/B36748845.
Full text
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Rial, Nathaniel S. "The Adenomatous Polyposis Coli Tumor Suppressor Gene Suppresses Deoxycholic Acid Induction of the Chemotactic Cytokine CXCL8 in Human Colorectal Cancer." Diss., The University of Arizona, 2007. http://hdl.handle.net/10150/194449.
Full textAbstract:
Elevated deoxycholic acid (DCA) and mutations in the Adenomatous Polyposis Coli (APC) tumor suppressor gene have been associated with increased risk of colorectal cancer (CRC). Chronic inflammation has also been associated with increased risk of CRC. It is unclear if DCA mediates inflammation in the normal or transformed colonic mucosa. The status of APC was manipulated in human CRC cell lines to study the role of DCA mediated inflammation. The chemotactic cytokine, CXCL8, was used as a marker of inflammation. Addition of DCA to the HT29-parental cell line with mutant-APC increased the steady state mRNA and protein levels of CXCL8. Conversely, addition of DCA to the HT29-APC cell line with wild type-APC was protective for increased steady state RNA and protein levels of CXCL8. DCA activated transcription factors which had binding regions in the CXCL8 5’-promoter. To elucidate the mechanism of induction, the 5’-promoter of CXCL8 was investigated. DCA increased promoter-reporter activity of the CXCL8 gene in HT29-parental cell line but wild type-APC blocked this effect. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) revealed that DCA activated transcription factors, AP-1 and NF-κB were bound to the 5’-promoter of CXCL8. The transcription factor, β-catenin, was also bound to the 5’-promoter of CXCL8. Phenotypic effects were measured. Increased CXCL8 lead to matrix metalloproteinase-2 (MMP-2) production and increased invasion by HT29-parental cells on laminin coated filters. The DCA-mediated invasion was blocked by antibody directed against CXCL8 and wild type- APC. Therefore DCA-mediated inflammation occurs in transformed colonic epithelium and increases the invasive phenotype of CRC cells by CXCL8.
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Turnbull, Charlotte Louise. "Sequence stability of the APC gene : the role of DNA repair mechanisms in colon carcinogenesis." Thesis, University of Edinburgh, 2007. http://hdl.handle.net/1842/25262.
Full textAbstract:
To study the role of instability in colorectal cancer, this project focused on investigating any inherent sequence-specific mutation frequency of the <i>APC</i> gene. I used an approach where clonal selective advantage imparted by <i>APC</i> mutation is avoided, and have utilised a number of cancer and non-cancer cell lines, and patient tissue samples. As deficient DNA repair has been implicated in a number of CRC conditions, I have also investigated the effect of defective DNA mismatch repair (MMR) and base exclusion repair (BER) on <i>APC</i> mutation frequency and spectrum. In addition, I have also begun to develop a novel technique for directly measuring BER activity in live cells. I show substantial elevation of mutation frequency in the <i>APC</i> gene compared to control gene sequences. This is the first demonstration of inherent sequence instability of <i>APC</i> in normal cells. Polymorphism and evolutionary data indicate that <i>APC</i> is likely to be subject to a high neutral mutation rate and purifying selection. Furthermore, detailed analysis of <i>de novo</i> <i>APC</i> mutations has not implicated the involvement of any alternative mutational mechanisms such as CpG island methylation. Further work is therefore required to understand the sequence instability observed in these normal cells. In the cell lines studied, mutation frequency at all gene sequences was increased in the defective BER background and in heterozygous MMR cells. Detectable <i>APC</i> gene mutation frequency was substantially reduced in cell lines null for MMR. In patient samples a striking effect of Germline <i>MUTYH</i> mutation on <i>APC</i> mutation spectrum was observed in tumour samples, and the consequence of the bi-allelic inactivation of <i>MUTYH</i> on somatic inactivating mutations in <i>APC</i> and <i>K-ras</i> was clear. The findings presented in this thesis provide new understanding of early molecular events during tumourigenesis and how they are affected by defects in DNA repair systems, in particular BER and MMR.
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CAVALLERO, Sandro Roberto de Araújo. "Perfil mutacional do gene APC em pacientes com polipose adenomatosa familial no estado do Pará." Universidade Federal do Pará, 2014. http://repositorio.ufpa.br/jspui/handle/2011/6700.
Full textAbstract:
Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-05-19T19:21:00Z
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Dissertacao_PerfilMutacionalGene.pdf: 2625134 bytes, checksum: e7efa58ae5cc24a81a0ccc230222c78b (MD5)<br>Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-05-20T17:13:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2
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Dissertacao_PerfilMutacionalGene.pdf: 2625134 bytes, checksum: e7efa58ae5cc24a81a0ccc230222c78b (MD5)<br>Made available in DSpace on 2015-05-20T17:13:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2
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Previous issue date: 2014<br>O câncer colorretal é um grave problema de saúde pública na região norte, sendo a 3a neoplasia mais frequente entre os homens e a 2a entre as mulheres. Cerca de 10% destes tumores são hereditários e a polipose adenomatosa familial está entre as principais causas destes. Mutações no gene APC são responsáveis pelo desenvolvimento de tumores nestes pacientes e estão presentes desde a fase
mais precoce na carcinogênese, além disso, existe uma relação entre o tipo de mutação e apresentação clínica da doença. Até o presente momento não existe uma publicação com o perfil de mutação do gene APC na região norte do país. Este trabalho tem como objetivo principal, identificar o perfil de mutações no gene APC
em famílias do estado do Pará. Um total de 15 pacientes foi analisado provenientes
de cinco famílias, todos atendidos no UNACON do HUJBB. Foi realizado a extração
de DNA do sangue periférico e realizado um sequenciamento direto em um membro
de cada família, obtendo desta forma um screening molecular e os demais membros
da família foram genotipados pela técnica ARMS. A análise estatística foi realizada
pelos softwares que acompanham o próprio produto. Neste estudo foram
encontrados mutações nos 15 membros estudados (provenientes das 5 famílias),
40% das quais eram do tipo frameshift, 35% silenciadoras e 20% nonsense. Sendo
que 60% de todas as mutações ocorreram na região MCR. Entre as três mutações
mais frequentes na literatura, neste estudo foram encontradas duas: códon 1309
(em 40% dos indivíduos) e no códon 1061 (em 10% dos indivíduos). Estes números
foram bem diferentes dos encontrados na literatura, reforçando o papel da
miscigenação na frequência das mutações. A mutação c.3956delC foi a única
encontrada em todas as famílias analisadas, o que pode comportar-se como um
forte biomarcador desta síndrome. A avaliação clínica dos pacientes confirmou a
correlação genótipo/fenótipo, sendo um fator determinante para o direcionamento
clínico e aconselhamento genético. A plataforma confeccionada para análise de
mutações pela técnica ARMS será de grande utilidade, já que conseguiu detectar
mutações no 15 indivíduos estudados a um custo bem inferior que o
sequenciamento direto por PCR.<br>Colorectal cancer is a serious public health problem in the northern region of
the country, being the third most common cancer among men and the second among
women. About 10% of these tumors are hereditary and familial adenomatous
polyposis are among the main causes of these. Mutax APC gene is responsible for
the development of tumors in these patients and is present from a very early stage in
carcinogenesis, in addition, there is a relationship between the type of mutation and
clinical presentation of the disease. To date there is no publication with the profile of
the APC gene mutation in the northern region of the country. This work aims to
identify the profile of mutations in the APC gene families in the state of Pará. A total
of 15 patients were analyzed from five families, all attended in the Unacon HUJBB.
DNA was extracted from peripheral blood and performed a direct sequencing in one
member of each family, thus obtaining a molecular screening and other family
members were genotyped by ARMS technique. Statistical analysis was performed by
the software that came with the product itself . In this study, mutations were found in
all 15 patients studied (from 5 families), 40 % of which were frameshift, 35 % were
silencing and 20 % nonsense . Since 60 % of all mutations occurred in the MCR
region. Among the three most frequent mutations in the literature , this study found
two : codon 1309 (in 40 % of subjects) and in codon 1061 (10 % of subjects) . These
numbers were very different from those found in the literature, reinforcing the role of
miscegenation in the frequency of mutations. Only c.3956delC mutation was found in
all families , which can behave as a strong biomarker of this syndrome . The clinical
evaluation of patients confirmed the genotype / phenotype correlation , being a
determining factor for clinical guidance and genetic counseling . The plataform for
analysis of mutations by ARMS technique will be very useful , since it was able to
detect mutations in all 15 subjects studied at a lower cost than direct PCR
sequencing.
50
Olsson, Louise. "Early detection of colorectal cancer /." Stockholm, 2004. http://diss.kib.ki.se/2004/91-7349-841-6/.
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