Dissertations / Theses: 'ARN de transfert de la thréonine'

1

Walbott, Hélène. "Etude biochimique et structurale de deux pyrimidine-c5 méthyltransférases des arn de transfert." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112159.

Full text

Abstract:

Dans la cellule, l’ARNt est une molécule-clé de la traduction génétique. Pour être fonctionnel, il doit subir différentes étapes de maturation post-transcriptionnelle, au cours desquelles certains de ses nucléotides sont modifiés chimiquement grâce à des enzymes dites de modification. Mon sujet de thèse a porté sur l’étude biochimique et structurale de deux pyrimidine-C5 méthyltransférases (MTases) des ARNt. Une première partie de mon travail a consisté en la caractérisation biochimique de la cytosine-C5 MTase de S. Cerevisiae, Trm4. L’analyse de son mécanisme catalytique et de son organisation modulaire a ainsi été réalisée. Une seconde partie de mon travail a contribué à l’identification de la m5U54 MTase d’ARNt de P. Abyssi, PabTrmU54, et a conduit à la résolution de sa structure tridimensionnelle en complexe avec la S-adénosyl-L-homocystéine, par cristallographie aux rayons X. L’ensemble de ces résultats a permis d’améliorer nos connaissances sur le mode de reconnaissance spécifique du substrat ARN par les enzymes de modification
In the cell, tRNA is a key molecule of genetic translation. To become functional, it undergoes different steps of post-transcriptional maturation. During this process, some of its nucleosides are chemically modified by modification enzymes. My thesis project focused on the biochemical and structural study of two tRNA C5-pyrimidine methyltransferases (MTases). The first part of my work consisted in the biochemical characterization of the S. Cerevisiae C5-cytosine MTase, Trm4. The analysis of its catalytic mechanism and of its modular organization was then realized. The second part of my work contributed to the identification of the P. Abyssi tRNA m5U54 MTase, PabTrmU54, and led to the resolution of its crystal structure in complex with S-adenosyl-L-homocysteine, by X-ray crystallography. Finally, all these results participated in the improvement of our knowledge about the specific mode of RNA recognition by modification enzymes

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

2

Guillon, Jordan. "Caractérisation moléculaire de mécanismes d’échappement à la sénescence : définition d'une hétérogénéité de la sénescence Regulation of senescence escape by TSP1 and CD47 following chemotherapy treatment Regulation of senescence escape by the cdk4–EZH2–AP2M1 pathway in response to chemotherapy tRNA biogenesis and specific aminoacyl-tRNA synthetases regulate senescence stability under the control of mTOR. Proteomics approaches to define senescence heterogeneity and chemotherapy response Chemotherapy-induced senescence, an adaptive mechanism driving resistance and tumor heterogeneity." Thesis, Angers, 2020. http://www.theses.fr/2020ANGE0005.

Full text

Abstract:

La sénescence est induite suite à l’érosion télomérique, l’activation d’oncogènes ou en réponse à la chimiothérapie. Ce mécanisme de suppression tumorale empêche la prolifération de cellules anormales et la transformation. Cependant, certains travaux ont montré qu’en réponse à la chimiothérapie la sénescence constitue davantage un mécanisme d’adaptation permettant aux cellules tumorales d'échapper. Ainsi, nous avons caractérisé de nouveaux mécanismes d’échappement permettant de définir une hétérogénéité de sénescence. Lors de nos études, nous avons observé que la stabilité de ce mécanisme suppressif est régulée épigénétiquement par EZH2. Cette méthylase module l’expression d’AP2M1, une protéine d’endocytose nécessaire à l’échappement. La pérennité de la sénescence est également modulée par les facteurs sécrétés du SASP tels que la TSP1. Cette glycoprotéine limite, par interaction avec son récepteur CD47, l’émergence de cellules persistantes. La réduction de l’expression de ce récepteur favorise alors l'échappement à la sénescence. Enfin, la biosynthèse des ARNt module également la stabilité de ce mécanisme suppressif. Lors de l’émergence de cellules persistantes, mTOR favorise l’expression d’ARNt spécifiques et la résolution du stress protéique. L’expression des ARNt-ligases correspondantes est alors nécessaire à l’échappement. Ainsi, la sénescence est plus hétérogène que ce qui était initialement décrit. Sa stabilité est perturbée par l’expression de régulateurs épigénétiques, de protéines de l’endocytose, de récepteurs spécifiques et par la dérégulation de la biosynthèse d’ARNt
Senescence is induced as a result of telomeric shortening, activation of oncogenes or in response to chemotherapy. This tumour suppression mechanism prevents the proliferation of abnormal cells and transformation. However, some studies have shown that in response to chemotherapy, senescence is more of an adaptation mechanism allowing tumour cells to escape. Thus, we have characterized new escape mechanisms allowing to define senescence heterogeneity. During our studies, we observed that the stability of this suppressive mechanism is epigenetically regulated by EZH2. This methylase modulates the expression of AP2M1, an endocytosis protein required for escape. The stability of senescence is also modulated by secreted SASP factors such as TSP1. By interaction with its receptor CD47, this glycoprotein limits the emergence of persistent cells. The reduction in the expression of this receptor then favours the escape of senescence. Finally, tRNA biosynthesis also modulates the stability of this suppressive mechanism. During the emergence of persistent cells, mTOR promotes the expression of specific tRNAs and the resolution of protein stress. The expression of the corresponding tRNA ligases is then required for escape. Thus, senescence is more heterogeneous than initially described. Its stability is disturbed by the expression of epigenetic regulators, endocytosis proteins, specific receptors and by the deregulation of tRNA biosynthesis

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

3

Gaudin, Cyril. "Nouvelles caractérisations structurales de l'ARN transfert-messager." Rennes 1, 2004. http://www.theses.fr/2004REN10023.

Full text

Abstract:

La "trans-traduction" est un mécanisme bactérien qui permet la libération de ribosomes bloqués en cours de synthèse protéique. Ce mécanisme fait intervenir l'ARN transfert-messager (ARNtm), comportant un domaine ARNt et un cadre ouvert de lecture, et la protéine SmpB. Chez certaines espèces, le gène codant pour l'ARNtm a subi une permutation circulaire dont la transcription aboutit à un ARN précurseur maturé sous la forme de deux ARN distincts. Nous avons caractérisé par cartographie chimique et enzymatique la structure secondaire de cet ARNtm en deux parties. D'autre part, nous avons déterminé, par résonance magnétique nucléaire, le degré de similarité structurale entre le domaine assurant la fonction ARNt de la molécule (TLD) et les ARNt standards. Nous avons montré que ce domaine interagit avec SmpB. Afin d'obtenir des informations supplémentaires sur l'initiation de la trans-traduction, nous avons entrepris de résoudre la structure du complexe TLD/SmpB par RMN.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

4

Morelle, Geoffrey. "Les ARN de transfert, une nouvelle source de petits ARN non-codants chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ015/document.

Full text

Abstract:

Au cours de ces 10 dernières années une nouvelle classe de petits ARN non-codants nommés "tRNA-derived fragments" (tRFs) a été caractérisée. Tandis que le rôle canonique des tRNA est bien connu, les raisons pour lesquels des fragments de tRNA s'accumulent dans la cellule restent inconnues. Actuellement, peu d'informations sont disponibles sur leurs biogenèses et leurs rôles biologiques, mais les preuves montrant leur importance dans la régulation de l'expression des gènes augmente régulièrement. Cependant, peu de données sont disponibles chez les plantes. A l'aide d’expérience de "deep-sequencing" et de northern blot nous avons confirmé l'existence d'une grande population en tRFs d'origine variée. A la suite de ces observations, trois questions sont établies. Tout d'abord, quelles sont les enzymes responsables de la biogenèse des tRFs. Ensuite, où les tRFs sont générés. Enfin, est-ce que les tRFs sont des sous-produits de la dégradation des tRNA ou ont-ils une fonction biologique?
During the last decade, a new class of small non-coding RNAs called tRNA-derived fragments (tRFs) has emerged. Whilst the canonic role of tRNA is well-known, the reason(s) why stable tRFs remains in the cell is unknown. Indeed, the number of tRFs has rapidly increased in various evolutionary divergent organisms. To date, only few data on their biogenesis and on their biological roles is known but their importance in the regulation of gene expression and in cell life is expanding. In plants, the existence of tRFs has also been reported but only few data are available. Using deep-sequencing on various small RNA libraries from Arabidopsis thaliana and Northern blots experiments, we confirmed the existence of a large but specific population of tRFs. Following these observations, three questions are addressed. First, what are the enzymes responsible for tRFs biogenesis, second where are tRFs generated and third, are tRFs merely degredation by-products or do they have biological functions?

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

5

Barraud, Pierre. "Etudes structurales de différents processus biologiques impliquant les ARN de transfert." Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00364789.

Full text

Abstract:

Le travail retranscrit dans cette thèse regroupe l'étude de différents processus biologiques impliquant les ARN de transfert. Premièrement, dans le cadre de l'étude du rôle de la protéine de nucléocapside (NC) dans la formation du complexe d'initiation de la transcription inverse du VIH-1, un site de fixation fort et spécifique de la NC a été identifié sur le bras D de l'ARNtLys3 — l'ARNt servant d'amorce à la transcriptase inverse lors de la synthèse du brin d'ADNc(-). Cette fixation permet d'une part la fusion des interactions tertiaires entre les bras T et D de l'ARNtLys3 et pourrait d'autre part être l'un des facteurs déplaçant l'équilibre vers la formation de l'hybride ARNtLys3/ARN viral. L'étude structurale par RMN du complexe NC/bras D s'est heurtée à des problèmes d'échange chimique dans la gamme intermédiaire–rapide de l'échelle de temps spectrale. L'utilisation de séquences de type CPMG–HSQC a permis d'améliorer le rapport signal/bruit des expériences RMN, et particulièrement celui des signaux des résidus de l'interface. Ceci nous a permis d'identifier les résidus de la NC impliqués dans la reconnaissance du bras D. Deuxièmement, la structure de la m1A58 méthyltransférase de T. thermophilus (TrmI) — une enzyme de modification des ARNt — a été résolue par cristallographie et affinée à 1.7 Å. Ceci a permis d'identifier trois résidus potentiellement impliqués dans la catalyse et/ou la reconnaissance du substrat ARNt (D170, Y78 et Y194). La production de variants de TrmI au niveau de ces résidus ainsi que des études d'amarrage moléculaire d'une adénine au site actif ont permis de confirmer cette hypothèse et de proposer un rôle catalytique pour chacun d'eux. Parallèlement, des études par gel natif et par spectrométrie de masse en conditions non dénaturantes ont montré une stoechiométrie 1/2 pour le complexe entre l'enzyme TrmI tétramérique et le substrat ARNt. Troisièmement, la résolution de la structure cristallographique de l'ARNtfMet initiateur d'E. coli a révélé une conformation unique de la région de l'anticodon. Cette conformation unique est associée au paires GC de la tige anticodon, caractéristiques des ARNt initiateurs. Cette conformation particulière — dans laquelle la base A37 ne vient pas s'empiler entre les bases 36 et 38, comme dans tous les ARNt élongateurs — permet de mettre en lumière de nombreux résultats biochimiques de la littérature et suggère un mécanisme par lequel la machinerie de l'initiation de la traduction pourrait discriminer l'ARNt initiateur de tous les ARNt cellulaires.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

6

Laforest, Marie-Josée. "Phylogénie de l'édition des ARN de transfert mitochondriaux chez les chytridiomycètes." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2001. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/NQ65315.pdf.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

7

Barraud, Pierre. "Etudes structurales de différents processus biologiques impliquant les ARN de transfert." Paris 5, 2008. http://www.theses.fr/2008PA05P616.

Full text

Abstract:

Le travail de cette thèse regroupe l’étude de différents processus biologiques impliquant les ARNt. Premièrement, dans l’étude du rôle de la NC dans la formation du complexe d’initiation de la transcription inverse du VIH-1, un site de fixation fort et spécifique de la NC a été identifié sur le bras D de l’ARNtLys3. Cette fixation permet la fusion des interactions entre les bras T et D. Deuxièmement, la structure de la m1A58 MTase de T. Thermophilus a été résolue par cristallographie. Ceci a permis d’identifier trois résidus impliqués dans la catalyse. Parallèlement, des études ont montré une stoechiométrie 1/2 pour le complexe entre l’enzyme TrmI et l’ARNt. Troisièmement, la résolution de la structure de l’ARNtfMet initiateur d’E. Coli a révélé une conformation unique de la région de l’anticodon. Cette conformation permet d’expliquer des résultats biochimiques de la littérature et suggère comment la machinerie de l’initiation de la traduction pourrait discriminer cet ARNt
During this thesis, we have studied several biological processes involving tRNA. First, the study of the role of the NC protein in the formation of the HIV-1 reverse transcription initiation complex enabled us to identify a strong and specific binding site for the NC onto the D-arm of tRNALys3. This allows the melting of tertiary interactions between the T and D-arms. Secondly, the structure the m1A58 MTase of T. Thermophilus was solved by crystallography. Three residues involved into catalysis and tRNA substrat recognition were identified. In addition, experiments revealed the 1/2 stoichiometry of the TrmI tRNA complex. Thirdly, the resolution of the E. Coli initiator tRNAfMet structure uncovered a unique conformation of the anticodon region. This peculiar structure put in light biochemical results of the literature and suggests a mechanism by which the translation initiation machinery could discriminate the initiator tRNA

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

8

Gasparutto, Didier. "Synthèse chimique totale d'un ARN de transfert avec ses bases modifiées." Grenoble 1, 1992. http://www.theses.fr/1992GRE10148.

Full text

Abstract:

Des progres dans la synthese chimique des oligoribonucleotides sont decrits et ont conduit a la premiere synthese chimique totale d'un acide ribonucleique de transfert. L'introduction de synthons phosphoramidites originaux en serie arn, avec l'utilisation du groupement n-ethyl-n-methylamino pour la protection transitoire du phosphate, constitue la premiere amelioration majeure. Ces monomeres permettent d'obtenir des rendements de couplage sur support de l'ordre de 98% en 4 minutes, compares aux 95-96% atteints apres 15 min. Avec les derives diisopropylamino classiques. Ces composes, utilises avec succes pour la preparation de fragments d'arn de 16 a 36 bases de longueur, permettent d'envisager la synthese d'oligoribonucleotides de longueur superieure a 50 residus. Cependant, des problemes d'elimination du groupement tbdms protegeant la fonction alcool en position 2 du ribose existent pour les longs fragments synthetiques et, une etude de la protection de l'hydroxyle en 2 a alors ete entreprise. L'utilisation, pour l'etape de desilylation finale, du trishydrofluorure de triethylamine (tea. 3hf) en remplacement du fluorure de tetrabutylammonium (tbaf) constitue un progres important. L'excellente reactivite de ce reactif ainsi que sa totale compatibilite avec les fragments nucleiques ont ete mises en evidence sur des modeles mixtes adn-arn, ainsi que sur des oligoribonucleotides de synthese. L'ensemble de ces ameliorations a alors permis la preparation de l'arn de transfert specifique de l'alanine chez e. Coli, compose de 76 nucleotides dont trois bases modifiees: la pseudouracile, la thymine et la dihydrouracile. Cette molecule synthetique, qui a ete isolee puis totalement caracterisee, a montre une activite biologique convenable vis-a-vis de l'alanine

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

9

Ouenzar, Bouchra. "Un exemple de spécialisation de la population des ARN de transfert en relation avec la différenciation cellulaire chez le poulet." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112145.

Full text

Abstract:

Une corrélation significative a été observée entre la distribution des gènes de tARN analysée par hybridation tARN-ADN et par cartographie électrophorétique et celle des tARN matures de différents tissus de poulet. La relation entre cette dernière distribution et les codons dans l'ARNm a été étudiée par analyse comparée du tARN total et du tARN polysémique de 2 tissus de poulet: le magnum d'oviducte et les tendons d'embryons. Dans l'ARNm du magnum, la distribution moyenne des codons est proche de celle des vertébrés, par contre, l'ARMm des tendons dont 60 % de la synthèse protéique est constituée par le collagène, présente une composition particulière en codons (19 % de codons glycine et 12 % de codons proline). L'étude de la séquence primaire des tARN a permis d'identifier leurs anticodons. L'augmentation relative du tARNPro et du tARNGly dans les tendons respectivement de 100 et 40 % par rapport au magnum, indiquent une spécialisation de ces tARN pour la synthèse du collagène. Cependant ces valeurs n'atteignent pas celles des codons correspondants dans l'ARNm des tendons. La relation entre l'abondance de tARN spécifiques et le niveau de synthèse du collagène a été étudiée dans les cellules en culture primaire de tendons d'embryons de poulet. Dans ces cellules la synthèse du collagène peut être : -soit induite par addition d'ascorbate : et dans ce cas, quelle que soit la synthèse du collagène les proportions relatives des iso-tARN glycine et proline restent constantes. -soit inhibée par transformation vire-induite : une chute d'environ 50 % est alors observée dans les proportions relatives de ces tARN parallèlement à l'apparition des caractéristiques de la transformation. Il semble donc que la spécialisation de la population de tARN pour la synthèse du collagène est déterminée par le phénotype différencié de la cellule.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

10

Bonnefond, Luc Giegé Richard Rudinger-Thirion Joëlle. "La tyrosyl-ARNt synthétase mitochondriale humaine originalités fonctionnelles, structurales et place dans l'évolution /." Strasbourg : Université Louis Pasteur, 2007. http://eprints-scd-ulp.u-strasbg.fr:8080/809/01/Bonnefond_Luc_2007.pdf.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

11

Schmitt, Emmanuelle. "Caracterisation fonctionnelle de deux motifs peptidiques conserves chez les methionyl-arnt synthetases procaryotes." Palaiseau, Ecole polytechnique, 1994. http://www.theses.fr/1994EPXX0001.

Full text

Abstract:

L'utilisation de la mutagenese dirigee et la caracterisation biochimique de variants du motif kmsks de la metrs d'e. Coli a permis de demontrer la participation de chacun des residus definissant cette sequence a la stabilisation de l'etat de transition conduisant a la formation du methionyl adenylate. De plus, nous montrons qu'un tel role dans la catalyse n'est possible que grace a un mouvement de la boucle kmsks au cours de la reaction. La reconnaissance specifique de l'anticodon methionine a ete abordee par une approche permettant d'isoler des metrs modifiees specifiquement dans la region 460, et devenues capables d'aminoacyler in vivo un arnt#m#e#t portant un anticodon non methionine. Cette etude a revele l'importance de deux residus aspartate (456 et 449) et du residu asn 452. La caracterisation biochimique de variants ponctuels de ces positions a permis d'aboutir a deux conclusions essentielles: 1) le residu asn 452 est indispensable a la reconnaissance de l'anticodon methionine. Son role se situe dans la stabilisation du complexe e:arnt; 2) la presence des residus aspartate en position 449 ou 456 est indispensable pour assurer le rejet des anticodons non methionine. Ces deux residus ne sont toutefois pas necessaires a l'aminoacylation de l'arnt#f#m#e#t sauvage. Ainsi, la reconnaissance de l'anticodon methionine au niveau de la region 460 met en uvre des determinants positifs (trp 461, asn 452) mais egalement des determinants negatifs (asp 449 et 456) necessaires a l'exclusion des mauvais substrats

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

12

HOANG, NAUDIN BOI MINH CHAU. "Cartographie du centre actif d'aminoacyl-arnt synthetases a l'aide de la spectrometrie de masse maldi." Palaiseau, Ecole polytechnique, 1996. http://www.theses.fr/1996EPXXA037.

Full text

Abstract:

Les recents developpements de la spectrometrie de masse a desorption laser assistee par matrice, maldi-ms, ont permis de mettre au point une strategie analytique conduisant a l'identification rapide et fiable des acides amines essentiels a la catalyse ou a la liaison des substrats. Cette methodologie offre l'opportunite de s'affranchir des contraintes d'une approche classique des processus catalytique par marquage d'affinite covalent. Pour valider notre strategie nous nous sommes interesses aux aminoacyl-arnt synthetases

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

13

Meinnel, Thierry. "Interaction de la methionyl-arnt synthetase avec ses arnt specifiques." Palaiseau, École polytechnique, 1990. http://www.theses.fr/1990EPXX0005.

Full text

Abstract:

Les determinants d'interaction des arnt#m#e#t ont ete identifies grace a une strategie basee sur l'obtention d'arnt chimeriques de sequence desiree. Cette etude a demontre que la sequence de l'anticodon specifiait a elle seule la complexation de l'arnt a la mts, cette reconnaissance etant preponderante dans le processus de discrimination. Il est egalement montre que la structure generale de l'arnt contribue a orienter l'extremite acceptrice dans le site actif, demontrant ainsi l'effet - certes mineur - de l'etape catalytique dans la discrimination. La connaissance d'un point de contact possible de l'arnt#m#e#t avec la mts nous a permis, par mutagenese dirigee, de tester l'importance des residus de la region suspectee dans l'interaction de l'anticodon avec la mts. Parmi les residus testes, le residu w461 a ainsi ete montre indispensable a la reconnaissance de l'anticodon. En parallele, la mise en place d'un crible genetique a autorise l'isolement de bacteries exprimant des mts mutantes devenues capables d'aminoacyler un arnt#m#e#t portant une mutation rendant son anticodon anticomplementaire au codon de terminaison ambre. L'etude complete des enzymes mutantes ainsi que la determination de la sequence nucleotidique de leur gene ont permis de prouver que des mutations dans la region voisine du w461 (region 460) conditionnent l'aminoacylation par la mts de l'arnt mute. Ceci demontre que la region 460 (une quinzaine de residus) est le site d'interaction de l'enzyme avec l'anticodon. Des mutations dans une seconde region (region 211) peuvent alors, en accelerant l'etape catalytique, ameliorer les performances de ces enzymes suppresseurs

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

14

Salinas, Thalia Drouard Laurence. "Mécanisme d'importation des ARN de transfert cytosoliques dans la mitochondrie de plante." Strasbourg : Université Louis Pasteur, 2007. http://eprints-scd-ulp.u-strasbg.fr:8080/711/01/Salinas2006.pdf.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

15

Salinas, Thalia. "Mécanisme d'importation des ARN de transfert cytosoliques dans la mitochondrie de plante." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/SALINAS_Thalia_2006.pdf.

Full text

Abstract:

Au cours de l’évolution, les génomes mitochondriaux de plante ont subi de multiples réarrangements, aboutissant à la perte d’information génétique. Une des conséquences est que le nombre d’ARN de transfert (ARNt) codés par le génome mitochondrial n’est pas suffisant pour permettre la traduction mitochondriale et des ARNt codés dans le génome nucléaire sont importés du cytosol vers la mitochondrie. Trois points de ce processus ont été abordés dans ce travail de thèse. Une approche transgénique a mis en évidence le rôle de l’anticodon et de la boucle D dans l’importation des ARNtGly. Ensuite, des études in vitro et biochimiques ont permis l’identification de la protéine « Voltage Dependent Anion Channel » (VDAC) et des protéines du complexe TOM comme étant des facteurs protéiques membranaires impliqués dans le transport des ARNt cytosoliques dans la mitochondrie. Finalement, une étude biochimique a été initiée pour mieux comprendre l’interaction entre les ARNt et la protéine VDAC
During evolution, plant mitochondrial genomes underwent multiple rearrangements leading to the loss of genetic information. One of the consequences is that the number of mitochondrial encoded tRNA genes is not sufficient to ensure plant mitochondrial translation. In order to compensate this deficiency, cytosolic tRNAs have to be imported into mitochondria. Although this phenomenon is an essential process for mitochondrial biogenesis in most eukaryotic cells, it remains poorly understood. Three aspects of this process in plants have been studied during my PhD thesis. A transgenic approach showed that the anticodon and D-domain are essential for tRNAGly import. Moreover, in vitro and biochemical studies allowed the identification of outer mitochondrial proteins, namely the "Voltage Dependent Anion Channel" (VDAC) and TOM proteins, involved in tRNA import into plant mitochondria. Finally, biochemical studies were initiated in order to understand the tRNA-VDAC interaction

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

16

Barbezier, Nicolas. "Étude de la synthèse et de la maturation des précurseurs dicistroniques ARNt-snoARN chez Arabidopsis thaliana." Perpignan, 2006. http://www.theses.fr/2006PERP0762.

Full text

Abstract:

Les C/D snoARN sont des petits ARN nucléolaires présents chez tous les eucaryotes et les archae qui guident la méthylation de nucléotides sur les ARNr ou d’autres ARN cellulaires. In vivo les snoARN sont complexés avec quatre protéines dont la fibrillarine responsable de la méthylation. Chez les plantes les tsnoARN sont un nouveau type d’organisation génomique de snoARN, dont l’expression génère un précurseur dicistronique ARNt-snoARN. Ceci suggère un nouveau mode de maturation de snoARN qui impliquerait des facteurs de la biogenèse des ARNt. Le but de ce travail est d’identifier l’endonucléase responsable de la maturation du prétsnoARN et de rechercher d’autres facteurs impliqués dans la synthèse et la maturation des tsnoARN. Lors de ce travail, nous avons montré que les tsnoARN sont répandus chez les plantes et que leurs transcriptions dépendaient de l’ARN polymérase III qui synthétise les ARNt. In vivo des mutations de l’ARNt du tsnoARN comme l’inactivation des gènes de la tRNASEZ et d’un homologue de RNT1P n’affectent pas l’expression du snoARN. Pour contourner les problèmes éventuels de redondance génique, nous avons donc créé un système in vitro qui reproduit la maturation du prétsnoARN basé sur l’utilisation d’extraits nucléaires d’inflorescences de choux fleur. Nous avons alors montré que la maturation du prétsnoARN s’effectue par deux voies distinctes dont une seule implique la tRNaseZ. Enfin l’étude de prétsnoARN mutés dans les boîtes C ou D impliqués dans la reconnaissance des protéines du complexe snoRNP suggère que le système in vitro mis au point reproduit l’assemblage de ces particules
Small nucleolar RNAs of class C/D (C/D snoRNAs) represent a large class of small non coding RNAs guiding methylation of ribosomal RNAs and other cellular RNAs. In plants more than a hundred genes have been identified in Arabiodopsis thaliana. Most of them are organised in clusters and expressed as polycistronic precursors that must be processed by endonuclease and exonuclease to liberate the snoRNA. A variation to these, unique to plants, are the dicistronic glycine tRNA-C/D snoRNA genes. In this work, we searched to identify the endonuclease responsible for tsnoRNA maturation and more factors involved in the tsnoRNA synthesis and maturation. To study the transcription and maturation pathway in vivo, we created transgenic plants expressing mutants of these tsnoRNAs. We show that dicistronic tRNA-snoRNA precursor is synthesised by RNA polymerase III system and is further processed to produce the tRNA and the snoRNA separated products. To study this step, we developed nuclear extracts from cauliflower inflorescence that accurately process the dicistronic tsnoRNA precursor in vitro. In addition we have evidence that these extracts allows assembly of the small nucleolar ribonucleoprotein (snoRNP) that is essential for snoRNA stability and activity

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

17

Kaba, Mohamed. "Etude électrochimique et spectroscopique des interactions entre ARN de transfert et cations divalents." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37598618q.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

18

Delage, Ludovic. "Etude du mécanisme d'importation des ARN de transfert dans les mitochondries de plantes." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2001. http://www.theses.fr/2001STR13142.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

19

Kapps, Delphine. "Rôle de l'import des ARN de transfert de l'hôte dans le développement Plasmodium." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ054/document.

Full text

Abstract:

La protéine tRip de Plasmodium, l’agent du paludisme, fait l’objet de mon travail de thèse. Identifiée au laboratoire, elle est localisée à la membrane plasmique de P. berghei, le modèle murin étudié in vivo. Elle permet l’import d’ARNt exogènes à l’intérieur du parasite. La génération et l’étude d’une souche P. berghei tRip-KO m’ont permis d’explorer l’importance de ce mécanisme et l’implication de tRip dans un complexe multiprotéique. J’ai démontré que la multiplication de P. berghei est très réduite lors du stade sanguin chez la souche tRip-KO. Par protéomique, j’ai montré qu’en l’absence de tRip, de nombreuses protéines sont sous-exprimées, en particulier celles riches en asparagines. Enfin, j’ai identifié trois partenaires protéiques de tRip, dont le substrat est l’ARNt. Ces résultats suggèrent que les ARNt importés par Plasmodium via tRip pourraient être substrat de protéines plasmodiales et acteurs de la synthèse protéique du parasite. Le transport d’ARNt étrangers dans une cellule est un mécanisme inconnu en dehors de cette étude. Il révèle une interaction inédite entre un hôte et son parasite intracellulaire, propice au développement de ce dernier
The organism studied in this work is Plasmodium, the malaria parasite. The laboratory identified a membrane protein, called tRip for tRNA import protein, displaying a tRNA binding domain exposed outside of the parasite. In vivo, in P. berghei which is the murine model used, tRip mediates the import of exogenous tRNAs into the parasite cytosol. My PhD work begun with the construction of a tRip-KO strain of P. berghei to investigate the role of tRNA import and the putative involvement of tRip within a proteic complex. The phenotype of the tRip-KO strain is significantly modified compared to the wild-type parasite during the blood stage: its rate of multiplication is much lower. By proteomic analyses, I showed that many proteins are under-regulated in the tRip-KO strain, especially those very rich in asparagines. Moreover, I dentified three protein partners for tRip, being tRNA aminoacylation or modification enzymes. These results suggest that host imported tRNAs could be taken in charge by parasitic enzymes and take part to Plasmodium protein synthesis. This work reveals a new host pathogen interaction and is the first example showing exogenous tRNA import into a cell

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

20

Dardel, Frédéric. "Clonage, structure et etude de l'expression du gene de la methionyl-tarn synthetase d'escherichia coli." Paris 6, 1989. http://www.theses.fr/1989PA066583.

Full text

Abstract:

Le gene metg codant pour la methionyl-tarn synthetase d'e. Coli a ete clone et sequence. La region en amont de ce gene a revele une phase ouverte divergente codee par l'autre brin d'adn et demarrant seulement 132 nucleotides en amont. Cette phase ouverte, appelee mrp, code pour une proteine de 39 kd de fonction inconnue mais presentant un site consensus de fixation de l'atp retrouve dans plusieurs atpases. Les signaux de transcription de ces deux genes ont ete determines. Mrp et metg constituent des operons monocistroniques, mais ce dernier peut etre exprime a partir de deux promoteurs, l'un proximal situe dans la region intergenique et l'autre distal situe 500 bases en amont, dans le gene mrp. La transcription du promoteur distal est modulee par un terminateur situe avant metg. Des fusions genetiques metg: lacz ont ete construites et ont permis de montrer que l'expression de metg etait regulee par le niveau intracellulaire d'activite de la methionyl-tarn synthetase. Ces resultats sont en accord avec les travaux physiologiques anterieurs. Un modele moleculaire de l'expression de metg base sur ces resultats a pu etre propose. Il postule que la methionyl-tarn synthetase se fixe sur son arn amont, au niveau d'un site presentant des homologie avec son substrat le tarn. Cette fixation modulerait la terminaison au niveau du terminateur amont, dans un mecanisme analogue a l'attenuation. Les outils informatiques realises pour ce travail sont egalement presentes

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

21

Francin-Allami, Mathilde. "L'extension polypeptidique N-terminale de la lysyl-ARNt synthétase de mammifère : un domaine fonctionnel de fixation générale des ARNt." Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris, 2002. http://www.theses.fr/2002ECAP0866.

Full text

Abstract:

Une étape importante pour la fidélité de la traduction du message génétique en protéine est l'aminoacylation des ARNt par les aminoacyl-ARNt synthétases. Ce travail de thèse a permis de mettre en évidence que l'extension N-terminale spécifique de la lysyl-ARNt synthétase (LysRS) de hamster est un domaine de fixation générale des ARNt. Cette extension agit en synergie avec le corps catalytique de l'enzyme pour fournir à la LysRS une forte capacité à lier les ARNt. La présence de cette extension N-terminale améliore l'efficacité catalytique de l'enzyme. Elle fixe préférentiellement le bras accepteur de l'ARNt Lys, et faciliterait le positionnement de son extrémité 3' dans le site actif de l'enzyme. La substitution systématique des résidus lysine et arginine de l'extension N-terminale de la LysRS de hamster a conduit à l'identification de quatre résidus particulièrement impliqués dans la fonction de ce domaine de fixation des ARNt. Ces résidus sont intégrés dans le motif conservé KxxxK(K/R)xxK. La LysRS native de hamster est capable d'aminoacyler sans discrimination n'importe quelle minihélice acceptrice d'ARNt. Le système lysine eucaryote a perdu une partie de sa spécificité comparé au système lysine des procaryotes. Toutefois, l'anticodon de l'ARNt Lys semble être un élément d'identité suffisamment puissant pour éviter toute mésaminoacylation in vivo. Chez les eucaryotes, les concentrations en ARNt non aminoacylés sont suboptimales comparés aux constantes catalytiques des aminoacyl-ARNt synthétases. En plus de la sélection des ARNt, la capture des ARNt s'avère être aussi une priorité pour la LysRS de mammifère, mais également pour d'autres aminoacyl-ARNt synthétases eucaryotes, ce qui pourrait expliquer l'acquisition par ces enzymes eucaryotes d'un domaine supplémentaire de fixation générale des ARNt.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

22

Cerini, Claire. "Clonage et caractérisation d'une aminoacyl-ARNt synthétase multifonctionnelle chez Drosophila melanogaster." Aix-Marseille 2, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX22057.

Full text

Abstract:

Chez les eucaryotes superieurs, 9 aminoacyl-arnt synthetases forment un complexe multienzymatique qui est compose de 11 polypeptides dont les poids moleculaires s'echelonnent entre 18 a 150 kd. Nous avons clone l'adn complementaire qui code pour le polypeptide de plus haut poids moleculaire du complexe chez drosophila melanogaster. Nous avons montre que la proteine correspondante est une aminoacyl-arnt synthetase multifonctionnelle (la glupro rs). Cette enzyme porte a la fois deux activites synthetasiques specifiques pour l'acide glutamique et la proline. Ces deux activites sont portees par des domaines fonctionnellement independants. De plus, cette enzyme possede un troisieme domaine, central, qui est constitue de six motifs repetes long de 46 acides amines et qui ne semble pas necessaire a l'expression des activites catalytiques. Parallelement, nous avons montre que le complexe multisynthetasique chez drosophila melanogaster a une composition identique a celui des mammiferes chez les procaryotes les deux activites synthetasiques sont codees par des genes distincts, suggerant que la multifonctionnalite de cette enzyme pourrait provenir d'une fusion de genes. Cette organisation multifonctionnelle pourrait etre reliee a l'emergence d'un complexe multienzymatique. Nous avons entrepris une etude fonctionnelle in vivo de cette enzyme en etablissant des lignees transgeniques de drosophile pour differents domaines de cette enzyme. Nous avons trouve que les lignees transgeniques exprimant la molecule entiere ou les motifs repetes montrent une reduction de la fecondite dans certaines conditions suggerant que les motifs repetes pourraient jouer un role dans une compartimentalisation du complexe. La region genomique a ete isolee et s'etend sur 19 kb. Nous avons egalement localise la position de quelques introns dont un est retrouve a la meme position dans l'enzyme humaine correspondante

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

23

Massenet, Séverine. "Identification des résidus pseudouridines dans les ARN ribosomiques "d'Archaea" et les petits ARN nucléaires des spliceosomes majeurs et mineurs : recherche et caractérisation de pseudouridine-synthases chez "Saccharomyces cerevisiae"." Nancy 1, 1999. http://www.theses.fr/1999NAN10311.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

24

RAMAMONJISOA, DANIEL. "Structure et expression de genes nucleaires de plantes codant pour des arn de transfert importes dans les mitochondries ou presents uniquement dans le cytosol. Edition des arn de transfert dans les mitochondries vegetales." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1994. http://www.theses.fr/1994STR13087.

Full text

Abstract:

L'origine genetique des arn de transfert (arnt) mitochondriaux des plantes est complexe. En particulier, le genome mitochondrial des plantes superieures ne renferme pas un jeu complet de genes d'arnt et certaines especes doivent etre importees du cytosol. Dans la premiere partie du memoire, nous avons cherche a definir dans quelle mesure le processus d'importation des arnt dans les mitochondries vegetales reposerait sur des proprietes de sequence. L'analyse des genes nucleaires d'arnt que nous avons isoles a montre qu'il n'y avait pas de motifs structuraux conserves qui seraient caracteristiques des arnt d'origine nucleaire importes dans les mitochondries ou des sequences flanquantes de leurs genes. Il semblerait donc qu'il ne puisse pas exister de precurseurs derivant directement des genes d'arnt etudies et dont l'extension serait fortement homologue, au niveau de la structure primaire ou secondaire, entre les arnt d'origine nucleaire importes dans les mitochondries. Par des experiences d'expression transitoire dans des protoplastes, nous avons mis en evidence que les genes etudies etaient bien potentiellement actifs in vivo, a part un gene d'arnt#l#e#u(aag). L'analyse de l'expression de ce gene d'arnt#l#e#u nous a permis de demonter l'importance des promoteurs internes pour la transcription des genes nucleaires d'arnt chez les plantes. Dans la deuxieme partie du memoire, nous montrons l'existence d'un phenomene d'edition, c'est-a-dire d'un changement de sequence post-transcriptionnel, dans l'arnt#p#h#e(gaa) mitochondrial des plantes dicotyledones: l'arnt mature possede un u en position 4, tandis qu'un c est code a cette position dans le gene mitochondrial correspondant. Nos etudes fonctionnelles indiquent que ce phenomene n'influence pas l'aminoacylation correcte de l'arnt#p#h#e mais est peut-etre necessaire a sa maturation

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

25

El, Farouk-Ameqrane Samira. "Etude des protéines VDAC dans le cadre de l’importation des ARNt dans les mitochondries de plantes." Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6111.

Full text

Abstract:

Ces travaux de thèse se sont intéressés aux protéines VDAC et au transport des ARNt dans les mitochondries végétales. En effet, ces protéines interviennent dans le transport des ARNt et de l’ADN dans les mitochondries végétales. Ma thèse s’est donc focalisée dans un premier temps sur l’étude de l’interaction entre VDAC et les ARNt puisqu’aucun site potentiel de liaison avec l’ARN connu n’a pu être prédit. Cette étude a permis de montrer que l’interaction implique plusieurs acides aminés distribués le long de la séquence protéique et en particulier l’hélice a, la Gly2 ainsi que les Lys47 et Lys48. Cette interaction nécessite une protéine de taille entière et vraisemblablement sa structure en tonneau β. Ainsi dans un second temps, il semblait nécessaire de déterminer sa structure spatiale. Nous avons donc produit et purifié les protéines VDAC en grande quantité puis nous avons mis au point leurs conditions de cristallisation. Comme VDAC peut interagir avec différents acides nucléiques et avec des ARNt qu’ils soient importés ou non, nous avons recherché à quel niveau se faisait la sélectivité lors du transport des ARNt dans les mitochondries végétales. Les résultats nous ont montré que la sélectivité est un processus complexe mettant en jeu différentes barrières lors du transport des ARNt. Enfin pour décortiquer plus finement le processus d’importation des ARNt dans les mitochondries, nous avons recherché les partenaires des protéines VDAC potentiellement impliqués dans le transport des ARNt dans les mitochondries végétales. Cette étude a permis de mettre en évidence 8 protéines qui pourraient aussi interagir avec les ARNt
During this work, I was interested in plant VDAC proteins and in the mechanism of tRNA import into plant mitochondria. These proteins are known to be involved in several mechanisms such as transport of metabolites or apoptosis. Recently it was shown that these proteins are implicated in tRNA and DNA import into plant mitochondria. Thus we studied how VDAC can interact with nucleic acids as no binding site can be predicted. The results show that the interaction imply several aminoacids of the protein in particular the Gly2, Lys47, Lys48 and the a helix. As VDAC proteins form a β barrel, we tried to determine their spatial structure to better understand how it can interacts with tRNA. So we express and purify these proteins in big quantity and we get cristallisation conditions. Then as VDAC can interact with different kind of nucleic acids and with imported or not imported tRNA, we tried to understand where is performed the selectivity in the transport of tRNA into mitochondria. This study show that the process of selectivity is complex and imply several barrieres. Finally, we looked for VDAC partners involved in tRNA transport. We identified 8 proteins that can potentially interact with tRNA too

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

26

Soutourina, Julie. "Les acides amines de la serie d dans la traduction." Palaiseau, Ecole polytechnique, 2000. http://www.theses.fr/2000EPXX0044.

Full text

Abstract:

Malgre la predominance des acides amines de la serie l, on trouve egalement des acides amines d dans les organismes vivants, ou ils ont des fonctions specifiques. Mais les acides amines d peuvent aussi etre toxiques, notamment en interferant avec la biosynthese des proteines. Ainsi, il a ete montre, il y a deja plus de trente ans, que la tyrosyl-arnt synthetase d'escherichia coli aminoacylait in vitro l'arnt t y r avec de la d-tyrosine. Peu apres, une activite d-tyr-arnt t y r desacylase capable d'hydrolyser l'arnt t y r mesaminoacyle par la d-tyr, a ete decouverte dans divers organismes. La premiere partie de ce travail a consiste a caracteriser le role physiologique de la d-tyr-arnt t y r desacylase d'e. Coli. L'inactivation du gene dtd (yihz) codant cette enzyme montre que la desacylase protege le colibacille contre les effets toxiques de la d-tyr. La presence de genes homologues a dtd dans de nombreux organismes suggere que l'action de la desacylase est un mecanisme general de protection vis-a-vis de la d-tyr. Le clonage et l'inactivation du gene d'une desacylase chez saccharomyces cerevisiae ont confirme cette idee. La formation de d-tyr-arnt t y r par la tyrosyl-arnt synthetase de cette levure a egalement ete demontree. Une autre serie d'experiences revele que la desacylase exerce, in vivo, un role protecteur a l'encontre de plusieurs autres acides amines d : d-trp, d-asp, d-ser et d-gln chez e. Coli, d-leu chez s. Cerevisiae. Ce resultat indique un transfert de ces acides amines d sur leurs arnt specifiques, puis la desacylation du d-aminoacyl-arnt par la d-tyr-arnt t y r desacylase. Ces deux hypotheses ont ete verifiees in vitro dans le cas du d-trp et du d-asp. La derniere partie de ce travail a ete consacree a la d-cysteine, a laquelle e. Coli est tres sensible. L'identification, puis l'inactivation du gene d'une d-cysteine desulfhydrase (yedo) montre que cette enzyme protege e. Coli contre la toxicite de la d-cys et lui permet d'utiliser cet acide amine comme source de soufre.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

27

Besagni, Céline. "Mutations des ARNt mitochondriaux de la levure Saccharomyces cerevisiae et implications pathologiques." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112153.

Full text

Abstract:

Il existe de nombreuses pathologies mitochondriales, certaines dues à des mutations dans le noyau, d’autres dans le génome mitochondrial. Parmi ces dernières, une grande partie est due a des mutations des ARNt. Les malades présentent alors des dystrophies musculaires plus ou moins sévères pouvant atteindre différents organes. De plus, la quantité de molécules mutées ainsi que le contexte nucléaire influent sur la gravité des symptomes. C es divers paramètres associés aux limites techniques rendent l’étude de ces mutations difficile chez l’homme ainsi que la recherche d’un traitement. Notre choix c’est alors portés sur la levure S. Cerevisiae (homoplasmique, simple a manipuler, permettant la transformation de ses mitochondriaux par biolistique, et possédant une conservation structurale entre ses ARNt mitochondriaux et ceux de l’homme) comme organisme modèle pour la recherche de gène capable de corriger l’effet de ces mutations. Pour cela, il était préalablement nécessaire de valider le modèle levure en créant des mutations équivalentes (position, substitutions) aux mutations humaines dans les gènes qui codent les ARNt de levure. Ainsi nous avons pu observer une corrélation entre la sévérité des pathologies humaines et le phénotype mutant de levure associé à la même mutation. De plus, comme il est constaté chez l’homme, ce phénotype est dépendant du contexte nucléaire. Par la suite, la recherche de gène correcteurs nous a permis d’identifier le facteur d’élongation de la traduction EF-Tu comme suppresseur de toutes les mutations ARNt obtenues jusqu’à présent ce qui laisse penser à un effet chaperon de la protéine en plus de son rôle durant la traduction ce qui est prometteur d’un point de vue thérapeutique
115 mutations have been identified in the human tRNA genes responsible of human degenerative diseases. The severity of the pathologies is mainly due to the mutations, the affected tissues, the level of heteroplasmy and the nuclear context. In order to find a solution to correct the effect of these mutations, it’s necessary to better understand their molecular mechanisms. Studying such mutaitons in human cultured cells has limits (notably for experimental reasons) and it would be easier at first to use a simple organism as a model. Hence the idea to work with the yeast S. Cerevisiae that is homoplasmic allows a lot of molecular and genetics methods, particularly the possibility to transform the mitochondria by biolistic and creating equivalent mutations to the human ones in the yeast Trna. Once the yeast model validated, for an equivalent mutation in human and yeast, we observed a good correlation between the severity of the human pathology and the mutant phenotype in yeast. Like in human, the yeast phenotype depends of the nuclear context. We found that overexpression of the translation factor EF-Tu is able to correct all the tRNA mutations (even tRNA mutations which lead to a defect on tRNA maturation). Because of this general effect, the possibility to use EF-Tu in human cells is promising and parameters of this effect have been established

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

28

Chaix, Carole. "Protection fonctionnelle en synthèse ribonucléique : application à la préparation de fragments d'un ARN de transfert." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1990. http://www.theses.fr/1990GRE19008.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

29

Sieber, François. "Development of a tool to address nucleic acids into mitochondria." Strasbourg, 2011. http://www.theses.fr/2011STRA6123.

Full text

Abstract:

Les mitochondries, organelles présentes chez la majorité des cellules eucaryotes, proviennent de l’endosymbiose d’une α-protéobactérie à l’intérieur d’une cellule proto-eucaryotique ancestrale. Elles sont impliquées dans de nombreux processus fondamentaux comme la production d’ATP par phosphorylation oxydative, la synthèse d’acides aminés ou l’apoptose. Leur dysfonctionnement engendre des répercussions dramatiques sur le fonctionnement des cellules eucaryotes. Ils peuvent être associés par exemple à la stérilité mâle cytoplasmique chez les plantes ou à de nombreuses maladies chez l’homme telles que des maladies neurodégénératives et musculaires. Au cours de l’évolution la majorité des gènes bactériens ancestraux ont été perdus ou transférés dans le génome nucléaire et l’ADN mitochondrial ne code plus que pour un nombre limité de gènes. Ainsi, la majorité des protéines mitochondriales sont codées par des gènes nucléaires. De plus, les mitochondries d’un grand nombre d’espèces ne contiennent pas un nombre suffisant de gènes d’ARNt et importent des ARNt cytosoliques pour effectuer la traduction des ARNm de l’organelle. Le nombre et la nature des ARNt importés dans les mitochondries varient selon les espèces. Contrairement aux mécanismes d’importation des protéines qui sont maintenant bien connus (Neupert and Herrmann, 2007), les mécanismes gouvernant le transport des ARNt dans la mitochondrie restent très mal compris (Salinas et al. , 2008; Sieber et al. , 2011a). Par ailleurs, plusieurs défis majeurs restent à relever afin de comprendre l’ensemble des processus fondamentaux liés à la biogenèse mitochondriale. Ils se heurtent à plusieurs verrous scientifiques et techniques. L’un des verrous les plus importants est le suivant : à ce jour, aucune approche ne permet de transformer de manière stable l’ADN mitochondrial végétal ou humain. Pour tenter de répondre à cette problématique, la stratégie employée repose sur 2 principes majeurs : l’interaction possible entre un acide nucléique et une protéine, et l’existence de séquences d’adressage permettant l’importation dans les mitochondries de protéines codées par des gènes nucléaires. Ainsi, une protéine fusionnée à une séquence d’adressage mitochondriale capable d’interagir avec un acide nucléique allogène devrait entraîner ce dernier dans les mitochondries. [. . . ]
Mitochondria are organelles found in nearly all eukaryotes. They are considered to be the energetic center of the cell because they generate ATP by oxidative phosphorylation, but they are also involved in many more biological processes such as lipid and amino acid metabolism, iron-sulphur (FeS) cluster biogenesis, calcium homeostasis and apoptosis. Mitochondria originate from the endosymbiosis of an alpha-proteobacterium ancestor into a proto-eukaryotic cell. Classical mitochondria have retained a highly reduced vestige of the genome of the ancestral bacteria such that most mitochondrial proteins but also numerous tRNAs have to be imported from the cytosol to the mitochondria (Sieber et al. , 2011a). Mitochondrial genomes are subject to numerous mutations that can result in mitochondrial dysfunctions, which are often dramatic for cell viability. Such mitochondrial disorders can be at the center of human neurodegenerative and neuromuscular diseases, diabetes, aging and also cancers (Florentz et al. , 2003). In plants, mitochondrial disorders can originate from the presence of chimeric sequences in mitochondrial genomes, which lead to cytoplasmic male sterility (CMS). CMS plants are incapable of producing functional pollen and constitute a valuable tool in agronomy to produce hybrid plants that are more vigorous in culture (Budar and Pelletier, 2001). Mitochondrial transformation is thus of great interest, both for the study of mitochondrial disorders, and as a biotechnological tool for example in agronomy. Mitochondrial gene expression also remains poorly characterized and awaits reverse genetics tools for a better understanding. Except for the yeast S. Cerevisiae and the unicellular algae C. Reinhardtii where stable mitochondrial transformation has been achieved by biolistic approaches (Fox et al. , 1988; Remacle et al. , 2006), no means exist to stably transform mitochondrial DNA of higher eukaryotes. In my Ph. D. , I focused on developing a tool for efficient introduction of exogenous RNA into mitochondria of various model organisms. The strategy was to use a nucleic acid binding protein fused to a mitochondrial targeting sequence to create a protein shuttle capable of targeting RNA substrates to the mitochondrial matrix. As a shuttle candidate, I chose the mouse dihydrofolate reductase (DHFR) that binds nucleic acids non-specifically in vitro. A mitochondrial targeting sequence fused to the protein allows it to be imported into isolated mitochondria. DHFR fused to a mitochondrial targeting sequence (pDHFR) is conventionally used to dissect the mechanism of protein import into mitochondria of yeast (Pfanner et al. , 1987), and was used as a starting point for this study

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

30

Kamenskiy, Petr Tarassov Ivan Krasheninnikov Igor. "Studying the role of the precursor of mitochondrial lysyl-tRNA synthetase in the targeting of a cytosolic tRNA-Lys in the mitochondria of S. cerevisiae." Strasbourg : Université Louis Pasteur, 2007. http://eprints-scd-ulp.u-strasbg.fr:8080/778/01/KAMENSKIY2007.pdf.

Full text

Abstract:

Thèse de doctorat : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie : Strasbourg 1 : 2007. Thèse de doctorat : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie : Université M. V. Lomonossov, Moscou : 2007.
Thèse soutenue en co-tutelle. Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. p. 58-69.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

31

Costa, Annie. "Intérêt de l'analyse quantitative de la queuosine et de ses dérives par CLHP dans la détection et l'exploration in vitro et in vivo d'une hypomodification des ARNt porteurs de ces nucléosides hypermodifiés." Dijon, 2002. http://www.theses.fr/2002DIJOMU05.

Full text

Abstract:

Chez les eucaryotes supérieurs, on recense quatre types d'ARNt modifiés par la queuosine (Q) ou ses dérivés et qui sont désignés ARNt-Q : les ARNt asn et ARNt his portant la Q et les ARNt asp et ARNt tyr portant respectivement la mannosyl-Q et la galactosyl-Q. Selon la nature, l'âge et l'état normal ou néoplastique des tissus étudiés, les ARNt-Q ont été décrits comme totalement ou partiellement modifiés. Afin de déterminer quel(s) ARNt-Q étai(ent) spécifiquement affecté(s) par une variation de modification, nous avons développé un protocole d'ananlyse par CLHP des nucléosides d'ARNt totaux qui permet de doser les trois queuosines et les quatre ARNt-Q correspondants. Ce protocole a été appliqué au dosage des ARNt-Q modifiés présents dans le foie de différents animaux, dans des cellules normales ou néoplastiques de foie de rat en culture, ainsi que dans des tumeurs humaines du tractus génital féminin. Nos résultats montrent que les ARNt-Q des foies de mammifères adultes sont totalement modifiés en queuosines. Par contre, une diminution du taux de modification des ARNt-Q est observée dans les foies de rats nouveau-nés et dans les foies de poulets élevés en batterie. Une hypomodification importante des ARNt-Q est également constatée dans des cellules d'hépatome de rat. Les tumeurs humaines du tractus génital féminin présentent, elles aussi, une diminution du contenu en queuosines de leur ARNt. Dans toutes ces études, nous avons pu démontrer que les ARNt asp sont toujours les moins affectés par l'hypomodification. Ces observations montrent que l'hypomodification des ARNt-Q est la conséquence, soit d'une diminution de l'apport en queuine, soit d'un dysfonctionnement métabolique spécifique aux cellules tumorales. Les mécanismes impliqués dans l'hypomodification des ARNt-Q de tissus tumoraux et dans cette sorte de "protection" constante des ARNt asp modifiés restent à élucider.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

32

Roger, Benoît. "Rôle de la nucléoline dans la régulation de la production des ARN ribosomiques." Toulouse 3, 2001. http://www.theses.fr/2001TOU30126.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

33

Gouilloud, Évelyne. "Structure et expression d'un gène d'ARN de transfert tyrosine isolé dans le génome de X. Laevis." Paris 11, 1985. http://www.theses.fr/1985PA112271.

Full text

Abstract:

Deux types de gènes de tRNA tyrosine ont été isolés dans le génome de X. Laevis. Le premier (TyrC) est groupé avec 7 autres gènes de tRNA sur un fragment de 3. 18 kb répété 150X en tandem à un locus chromosomique unique. L’autre (TyrD), présenté dans cette thèse a été isolé à partir d’une banque de DNA génomique de X. Laevis. Il se trouve sur un fragment de 9. 4 kb présent à 1-3 copies par génome haploïde. Le gène TyrD a été séquencé, transcrit in vitro, et son produit analysé par fingerprinting. Les deux gènes ont des séquences adjacentes en 3’ et en 5’ différentes, des introns avec une homologie de séquence limitée en 3’. Le gène TyrD étant 6x mieux transcrit in vitro, nous avons construit des gènes hybrides et des mutants de délétion de chaque type. La transcription in vitro de ces gènes chimères nous permet de conclure que les séquences en 5’ (préférentiellement les 12 premières pb en amont du gène) sont responsables de cette transcription différentielle. Les séquences riches en GC en amont du gène TyrC semblent jouer un rôle inhibiteur dans la transcription. Il existe un gène de tRNAMetB sur le fragment de 3. 18 kb qui possède en amont une séquence de 8 pb avec alternance de purines et de pyrimidines, riche en GC. Des expériences d’insertions d’oligonucléotides synthétiques en amont de ce gène et de celui du tRNATyrD nous ont permis de tirer les conclusions suivantes : - les octamères ayant un fort potentiel Z-DNA (100% GC, stricte alternance Pu-Py) ne jouent un rôle sur la modulation de la transcription que lorsque insérés jusqu’à 30 pb en amont du gène ; - l’alternance en Pu-Py diminue significativement la transcription surtout lorsque le % en GC augmente. Nous avons analysé l’expression in vivo des 2 gènes de tRNATyr en hybridant des « Northerns blots » avec des oligonucléotides complémentaires des introns de chacun d’eux. Le 17-mer spécifique du gène dispersé (TyrD) hybride à une bande unique d’ARN de cellules somatiques, dont la taille correspond au transcrit primaire de ce gène, mais ne semble pas hybrider à l’ARN ovarien. Par contre, le 15-mer spécifique du gène groupé (TyrC) ne montre pas de signal avec l’ARN somatique mais hybride à un ARN ovocytaire dont la taille correspond à celle d’un précurseur non épissé dont les extrémités 5’ et 3’ ont été excisées. Les précurseurs intacts du gène TyrC sont détectables tout au long de l’oogenèse. Nous avons montré que dans les ovocytes prévitellogéniques, ces pré-tRNAs sont stockés dans les particules ribonucleeoprotéiques de 42S. Aucun des 2 précurseurs ne sont présents pendant les premières divisions synchrones de l’embryon. Les pré-tRNAs du gène TyrD ne sont détectables qu’à la transition mid-blastuléenne (stade 9) ; ils sont depuis lors accumulés. Les pré-tRNAs du gène TyrC existent aussi à la transition mid-blastuléenne mais leur présence décroit après le stade 10. Une sonde spécifique d’une partie commune aux 2 gènes permet de détecter les tRNAs matures tout au long de l’embryogénèse suggèrent que les précurseurs présent dans l’ovocyte sont dégradés à la fécondation. Ces changements dans l’expression des gènes de tRNATyr au cours du développement du xénope, contrastent avec ceux déjà connu pour les ARNs U1 et 5S.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

34

Megel, Cyrille. "Petits ARN non codants dérivant d’ARN de transfert et endoribonucléases impliquées dans leur biogenèse chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ104/document.

Full text

Abstract:

Parmi les petits ARN non codants, les fragments dérivant d’ARNt (tRF) ont été identifiés dans tous les embranchements de la vie. Cependant, très peu de donnée existe sur les tRF de plantes. Les populations de tRF issues de plusieurs banques de petits ARN (différents tissus, plantes soumises à des stress abiotiques, ou fractions immunoprécipitées avec la protéine ARGONAUTE1) ont été analysées. Les populations sont essentiellement constituées de tRF-5D ou des tRF-3T (clivage dans la boucle D ou T respectivement) et elles varient d’une banque à l’autre. Par une approche in silico suivie de tests de clivage in vitro, des RNases T2 d’A. thaliana (RNS) ont été identifiées comme étant capables de cliver les ARNt dans la région de l’anticodon, de la boucle D et de la boucle T. Lors de l’étude de l’expression des RNS, nous avons observé que deux d’entre elles sont fortement exprimées à un stade de maturation tardif des siliques. Ainsi, la population en tRF issue de stades de développement avancés des siliques a été analysée. Des expériences de carences en phosphate nous ont permis de démontrer l’implication d’une des RNS dans la genèse de tRF dans A. thaliana. Au final, nos données ouvrent de nouvelles perspectives quant à l’implication des RNS et des tRF comme des acteurs majeurs dans l’expression des gènes chez les plantes
Among the small ncRNAs, tRNA-derived RNA fragments (tRFs) were identified in all domains of life. However, only few data report on plants tRFs. Short tRF were retrieved from A. thaliana small RNA libraries (various tissues, plants submitted to abiotic stress or argonaute immunoprecipitated fractions). Mainly tRF-5D or tRF-3T (cleavage in the D or T region respectively) were found, and fluctuations in the tRF population were observed.Using in vitro approaches, A. thaliana RNase T2 endoribonucleases (RNS) were shown to cleave tRNAs in the anticodon region but also in the D or T region. Through a whole study of RNS expression, we show that two RNS are also strongly expressed in the siliques at a late stage of development. Thus, we analyzed the tRF population of this particular developmental stage. Upon phosphate starvation, we demonstrate also the implication of one RNS in the production of tRFs in planta. Altogether, our data open new perspectives for RNS and tRFs as major actors of gene expression inplants

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

35

Lalande, Stéphanie. "Biogenèse et fonctions de petits ARN non-codants dérivant d'ARN de transfert, les tRF, chez les plantes." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ109.

Full text

Abstract:

Des petits ARN non codants dérivant d'ARN de transfert (tRF) ont été identifiés dans tous les domaines de la vie, et de plus en plus de fonctions importantes leur sont attribuées chez de nombreux organismes. Dans ce travail mené sur la plante modèle Arabidopsis, nous avons d’abord montré que la population en tRF varie en fonction des tissus et des conditions de stress. Concernant leur biogenèse, les endoribonucléases responsables du clivage des ARNt ont été identifiées, il s'agit des RNases T2, RNS1, 2 et 3. Afin de réaliser une étude structure/fonction, une approche d’expression en système de levure a été initiée pour permettre l’obtention de quantité suffisante de RNS1 purifiée. L’étude des fonctions des tRF montre que certains d’entre eux sont associés à AGO1, qu'ils semblent cibler entre-autres des éléments transposables et qu’ils pourraient avoir une localisation nucléaire. Enfin, deux tRF, le tRF-5D (Ala) et le tRF-5D (Asn) inhibent efficacement la traduction in vitro. Une association de tRF-5D (Ala) aux polyribosomes de plantules d'Arabidopsis a pu être visualisée, suggérant que certains tRF puissent agir en tant que régulateur global de la traduction
Small non-coding RNAs derived from transfer RNAs (tRFs) have been identified in all domains of life, and more and more important functions are attributed to them in many organisms. In this work on the model plant Arabidopsis, we first showed that the tRF population varies according to tissues and stress conditions. With regard to their biogenesis, the endoribonucleases responsible for tRNA cleavage were identified, it is the RNases T2, RNS1, 2 and 3. In order to carry out a structure / function analysis, heterologous expression in yeast has been developed with the hope to get sufficient amount of purified RNS1. The question of tRF functions has also been studied. It has been shown that some tRFs are associated with AGO1, that they often seem to target transposable elements and could have a nuclear localization. Finally, the study of the involvement of the tRFs in the regulation of translation was tackled. Two tRFs, tRF-5D (Ala) and tRF-5D (Asn) efficiently inhibit translation in vitro. An association of tRF-5D (Ala) with polyribosomes of Arabidopsis seedlings could be visualized suggesting that some plant tRFs could as global regulator of the translation process

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

36

Sueur, Gabrielle. "La phosphatase CDC25A et le micro-ARN-16 au coeur de la biologie des leucémies aiguës myéloïdes portant une mutation FLT3-ITD." Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30156.

Full text

Abstract:

Les patients présentant une Duplication Interne en Tandem dans le récepteur FLT3 (FLT3-ITD) représentent 25% des cas de Leucémie Aiguë Myéloïde (LAM), et ont un mauvais pronostic de survie par rapport aux patients exprimant le récepteur sauvage. Notre équipe a précédemment identifié la phosphatase CDC25A comme une cible précoce du récepteur muté et un acteur essentiel de la biologie de ces LAM. Les inhibiteurs pharmacologiques de CDC25A disponibles n'étant pas utilisables en clinique, nous avons donc décidé d'étudier plus en détail la voie de signalisation FLT3-ITD/CDC25A afin de trouver une autre approche pour la cibler. Dans ce travail, nous montrons tout d'abord que dans les cellules de LAM FLT3-ITD, STAT5 constitue un régulateur transcriptionnel direct de CDC25A. Nous avons ensuite identifié le micro-ARN-16 (miR-16) comme un régulateur négatif de CDC25A dont l'expression est réprimée par STAT5 en aval de FLT3-ITD. Nous nous sommes ensuite intéressés au rôle fonctionnel du miR-16, et avons montré que les cellules leucémiques FLT3-ITD sont très dépendantes de la répression de l'expression du miR-16 pour leur prolifération et le blocage de leur différenciation, deux caractéristiques essentielles des LAM. Nous avons également montré une sensibilité très marquée des lignées leucémiques et des cellules primaires FLT3-ITD par rapport aux cellules FLT3-WT à l'inhibition de Bcl2, une cible du miR-16
Patients presenting an Internal Tandem Duplication in the FLT3 receptor (FLT3-ITD) represent up to 25% of Acute Myeloid Leukemia (AML) cases, and suffer from an overall poorer outcome than their peers expressing the wild type receptor. Our team has demonstrated that expression of the cell cycle regulator CDC25A is tightly controlled by FLT3-ITD in this model, and that CDC25A is a key player in the biology of these AML. However, targeting CDC25A has proven complicated and currently available pharmacological inhibitors show high toxicity. Therefore we are studying the regulation mechanisms of CDC25A downstream of FLT3-ITD, to hopefully identify another strategy to target this pathway. In this work we first show that in FLT3-ITD AML, STAT5 is a direct transcriptional regulator of CDC25A. Furthermore, we identify the micro-RNA-16 (miR-16) as a negative regulator of CDC25A whose expression is repressed by STAT5 downstream of FLT3-ITD. Interestingly, FLT3-ITD leukemic cells are very dependent on the repression of miR-16 expression for their proliferation and differentiation block, two hallmarks of AML. We also highlight a very high sensitivity to the inhibition of Bcl2, another known miR-16 target, in FLT3-ITD cell lines and AML primary samples, compared to the FLT3-WT ones

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

37

Brandina, Irina L. Martin Robert Krasheninnikov Igor. "Identification et rôles de nouveaux facteurs protéiques cytosoliques impliqués dans l'import d'ARNt dans les mitochondries de levure." Strasbourg : Université Louis Pasteur, 2006. http://eprints-scd-ulp.u-strasbg.fr:8080/523/01/Brandina2006.pdf.

Full text

Abstract:

Thèse doctorat : Aspects Moléculaires et Cellulaires de la Biologie : Strasbourg 1 : 2006. Thèse doctorat : Aspects Moléculaires et Cellulaires de la Biologie : M. Lomonossov - Moscou - Russie : 2006.
Thèse soutenue sur un ensemble de travaux. Thèse soutenue en co-tutelle. Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 9 p.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

38

Bour, Tania. "Exploration au coeur de la machinerie traductionnelle de Plasmodium falciparum : étude de domaines de liaison aux ARN de transfert." Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6109.

Full text

Abstract:

Ce travail de thèse concerne deux protéines impliquées dans la traduction chez Plasmodium falciparum, parasite responsable du paludisme chez l’Homme. Elles ont en commun de reconnaître les ARN de transfert (ARNt): (i) l’aspartyl-ARNt synthètase (AspRS) reconnaît spécifiquement l’ARNtAsp et catalyse l’attachement de l’acide aspartique sur son extrémité 3’ et (ii) une protéine de fonction inconnue, appelée PftRBP (tRNA binding protein) qui elle, interagit avec tous les ARNt. L’AspRS cytoplasmique de P. Falciparum, qui s’accumule au cours du stade sanguin du développement du parasite est plus courte que ne l’indique la banque de données génomique. De plus, deux domaines fonctionnels caractéristiques de cette enzyme ont été identifiés : un motif riche en lysines dans l’extension N-terminale et une courte insertion présente dans le domaine de liaison à l’anticodon. Comme ces deux domaines, essentiels pour l’activité de l’AspRS du parasite, sont absents dans son homologue humain, ils ont été utilisés dans diverses approches prometteuses pour la recherche de molécules pourvues de propriétés potentiellement antipaludiques. La deuxième protéine, PftRBP n’est retrouvé que chez Plasmodium et comporte un domaine de liaison aux ARNt à son extrémité C-terminale. Nous avons pu montrer in vitro que†PftRBP: (i) lie spécifiquement et avec une forte affinité tous les ARNt, (ii) reconnaît le coude formé par les boucles D et T dans la structure conservée en L des ARNt, (iii) s’organise en tétramère et (iv) est localisée à la surface du parasite. L’ensemble de ces données suggère une fonction unique et originale pour cette protéine impliquant un trafic d’ARNt entre le parasite et son hôte
This PhD work concentrates on two proteins of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. They are both involved in the protein synthesis process of this parasite and interact with transfer RNAs (tRNAs): (i) aspartyl-tRNA synthetase (AspRS) specifically recognizes tRNAAsp and catalyzes the binding of aspartic acid to its 3’ end and (ii) a protein of unknown function, PftRBP (tRNA binding protein), that interacts with all tRNAs. It has been shown that the plasmodial AspRS, which accumulates during the erythrocytic stage of the parasite is shorter than expected, based on the genome database. This AspRS has two unique functional domains: a lysine-rich tRNA binding motif in the N-terminal extension of the protein and a short insertion in the anticodon binding domain. It has been demonstrated that these two motifs are essential for the parasite’s AspRS activity. Since they are absent in the human homologue, they were targeted to identify specific inhibitors with putative antimalarial effects. The second protein, PftRBP, displays a tRNA binding domain at its C-terminus that binds to all tRNA sequences. Indeed, in vitro PftRBP (i) binds only tRNAs with a high affinity, (ii) recognizes the elbow formed by the D and T loops of the conserved tRNA L-shaped structure, (iii) forms a tetramer and (iv) is exposed at the parasite’s surface. These results suggest a unique and original function for this protein implicating tRNA trafficking between the parasite and its host

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

39

Brandina, Irina L. "Identification et rôles de nouveaux facteurs protéiques cytosoliques impliqués dans l'import d'ARNt dans les mitochondries de levure." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/BRANDINA_Irina_L._2006.pdf.

Full text

Abstract:

Chez S. Cerevisiae un ARNtLys (appelé tRK1) est partiellement importé dans la mitochondrie. Une pré-protéine, préMsk1p, a été identifiée comme nécessaire mais non suffisante pour diriger cet adressage. L’objectif de la thèse était d’identifier de nouveaux facteurs participant à l’importation d’ARNt dans les mitochondries de levure et d’étudier leur rôle dans ce processus. Un des facteurs d'import a été identifié comme un enzyme glycolytique, enolase. Cette découverte a permis de reconstruire un système minimal d’importation de tRK1 in vitro à partir de deux protéines recombinantes, préMsk1p et enolase, tRK1 et les mitochondries isolées. Trois protéines du système ubiquitine/protéasome (UPS) ont été identifiées par des cribles 2- et 3-hybride comme des facteurs potentiels d’import de tRK1. Une corrélation a été observée entre l’efficacité d’importation de tRK1 et l’activité protéolytique du protéasome, suggérant que l’UPS pourrait être impliqué dans la régulation de l’importation de tRK1
In yeast S. Cerevisiae, one ARNtLys (referred to as tRK1) is partially imported into mitochondria. One pre-protein, preMsk1p, was previously identified as necessary but not sufficient to direct the import. The aim of the thesis work was to identify new protein factors of tRK1 mitochondrial import and characterisation of their precise role in this pathway. One import factor of tRK1 mitochondrial targeting was identified as a glycolytic enzyme, enolase. This finding permitted to reconstruct in vitro the import mechanism by using individual recombinant proteins (preMsk1p and enolase), tRK1 and mitochondria. Three proteins of ubiquitin/protéasome system (UPS) were identified by two – and three-hybrid screenings for interactions with tRK1 or preMsk1 and are proposed as tRNA import factors. Direct correlation between efficiency of tRNA import and proteolytic activity of proteasome was observed. We therefore suggest that UPS is implicated in tRNA import regulation in yeast

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

40

Kamenskiy, Petr. "Studying the role of the precursor of mitochondrial lysyl-tRNA synthetase in the targeting of a cytosolic tRNA-Lys in the mitochondria of S. Cerevisiae." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2007. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2007/KAMENSKIY_Petr_2007.pdf.

Full text

Abstract:

Chez S. Cerevisiae, l'ARNtLys CUU (tRK1) codé par l'ADN nucléaire, est adressé dans la mitochondrie. La mitochondrie contient également tRK3, codé par le génome mitochondrial supposé de suffire à la traduction mitochondriale. Ceci pose la question sur la fonction de tRK1 importé dans la traduction organellaire. L'import de tRK1 implique la participation des facteurs protéiques dont le précurseur de lysyl-ARNt synthétase mitochondriale (preMsk1p) et l'enolase (Eno2p). Les travaux de thèse avaient deux objectifs: (a) étudier le mécanisme d'interaction entre tRK1 et preMsk1p; (b) exploiter ces connaissances pour mettre au point un test in vivo permettant de vérifier si tRK1 serait impliqué dans la traduction mitochondriale. Il a été démontré que: (i) interaction de l'ARNt-Lys (tRK1) avec le précurseur de la lysyl-ARNt synthétase mitochondriale preMsk1p est indispensable pour l'import de l'ARN dans mitochondrie; (ii) formation du complexe tRK1/preMsk1p est facilité par la présence de enolase (Eno2p). (iii) interaction de l'ARNt importé avec preMsk1p est différente de celle avec la lysyl-ARNt synthétase cytosolique. Nous avions ensuite démontré que seul le domaine N-terminal de la pre-MSK1 serait capable de diriger l'import de tRK1. Cette découverte a été exploité pour mettre au point le système génétique permettant étudier la fonction de l'ARNt importé. L'inhibition de l'import de tRK1 qui résulte du remplacement du gène MSK1 par celui de son orthologue ayant le domaine N-terminal réduit, a pour effet une inhibition de traduction de codons AAG à la température élevée. Ceci est la première démonstration directe du rôle de tRK1 importé dans la traduction mitochondriale.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

41

Val, Romain. "Adressage d'ARN et manipulation génétique des mitochondries dans les cellules végétales et humaines." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. http://www.theses.fr/2008STR13109.

Full text

Abstract:

La connaissance des mécanismes moléculaires qui contrôlent le système génétique des mitochondries reste très parcellaire. Ceci est largement dû à l'incapacité de manipuler leur génome avec les méthodologies conventionnelles. Nous développons une nouvelle approche basée sur l'import naturel des ARNt. Nous utilisons un mime d'ARNt comme navette pour importer dans les mitochondries des cellules végétales des séquences-passagères fixées en 5'. Après transcription dans le noyau, les ARN chimériques sont adressés aux mitochondries. L'import de séquences allant jusqu'à 154 nucléotides a été obtenu. Le processus suit la spécificité de l'import naturel des ARNt. Un trans-ribozyme à tête de marteau ciblé contre l'ARNm mitochondrial atp9 a été élaboré et importé dans les mitochondries grâce à ce système, entraînant ainsi le premier "knockdown" d'un ARN mitochondrial dans des cellules de plante. Le phénotype associé était un retard de croissance. L'analyse de la quantité d'une vingtaine d'ARNm a permis de démontrer une diminution de 70% de l'ARNm nucléaire de l'oxydase alternative 1 (aox-1) suite au knockdown de l'ARNm atp9, avec une forte chute de la protéine correspondante dans les mitochondries et une diminution de la consommation d'oxygène. Ces résultats mettent en évidence l'influence d'un événement mitochondrial sur l'expression d'un gène nucléaire, démontrant ainsi l'existence d'une régulation rétrograde. Dans une optique de thérapie génique, la transposition du système de navette a été tentée dans des cellules humaines. Tous les ARN chimériques élaborés étaient arrêtés dans l'espace intermembranaire des mitochondries. D'autres mimes d'ARNt devront donc être testés
The understanding of the molecular mechanisms which control the genetic system of mitochondria remains restricted. This is mainly due to the impossibility to manipulate their genome with conventional methods. We are developing an alternate approach based on the physiological mechanism of tRNA import. We use a tRNA mimic as a shuttle to import into mitochondria in plant cells passenger RNAs attached to its 5' end. Following nuclear transformation and transcription in the nucleus, the chimeric RNAs are targeted to mitochondria. So far, we obtained the import of passenger sequences up to 154 nucleotides in size into the mitochondria of transformed plant cells. The process follows the natural specificity of the tRNA import pathway. A trans-cleaving hammerhead ribozyme targeted to the mitochondrial atp9 mRNA was designed and imported into mitochondria as a passenger RNA attached to the tRNA mimic, yielding the first knockdown of a mitochondrial RNA in plant cells. The associated phenotype was a decrease in cell growth rate. The analysis of the level of about twenty mRNAs showed that the atp9 mRNA knockdown led to a 70% decrease of the nuclear-encoded alternative oxidase (aox-1) mRNA, with a strong drop in the amount of the corresponding protein in mitochondria and a decrease in the oxygen consumption. These results highlight the influence of a mitochondrial event on the expression of a nuclear gene, demonstrating the existence of a retrograde regulation. From a gene therapy point of view, we tried to transpose our shuttling system into human cells. All chimeric RNAs used were retained in the intermembrane space of the mitochondria. Thus, other tRNA mimics need to be tested

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

42

Sohm, Bénédicte. "Impact de mutations pathologiques dans les ARNt mitochondriaux humains sur les propriétés d'aminoacylation et sur le protéome mitochondrial." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2003/SOHM_Benedicte_2003.pdf.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

43

Blaise, Mickaël. "Nouvelles fonctions associées aux systèmes d'aminoacylation procaryotiques." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. http://www.theses.fr/2006STR13168.

Full text

Abstract:

La première partie de notre travail concerne la duplication de l’aspartyl-ARNt synthétase de Thermus thermophilus. Alors que l’une des deux AspRS, l’AspRS1 de type bactérien exprime l’activité conventionnelle de charge de l’ARNtAsp, la seconde, l’AspRS2 du type archaea est impliquée dans la formation de l’Asn-ARNtAsn. Nous avons contribué à l’analyse des propriétés particulières de cette AspRS à savoir à l’élucidation des bases structurales déterminant sa spécificité relâchée pour les ARNtAsp et ARNtAsn. Nous avons montré qu’à l’inverse de ce qui avait été admis, toutes les AspRS de type archaea ne sont pas de spécificité relâchée; ce qui nous a motivé pour rechercher les bases structurales qui dans d’autres AspRS du même type déterminent la spécificité stricte pour l’ARNtAsp. La comparaison des structures 3D de l’AspRS archaea de Pyrococcus à spécificité stricte et celle de l’AspRS de Thermus à spécificité relâchée, nous a permis de mettre en évidence les bases structurales responsables de cette différence de spécificité. Des études d’autres groupes corroborent nos résultats et ont démontré que les résidus de la boucle L1 sont impliqués également dans la spécificité des AspRS eubactériennes. Toutefois, jusqu’à présent aucun des travaux effectués n’a permis de restreindre de manière convaincante la spécificité relâchée d’une AspRS, indiquant que des éléments autres que la boucle L1 sont impliqués dans la spécificité stricte ou relâchée des AspRS. Dans une deuxième partie, nous avons étudié un paralogue du domaine catalytique de l’aspartyl-ARNt synthétase, présent chez certaines archaea et qui exerce une activité asparagine synthétase de conversion de l’acide aspartique en asparagine. Nous avons établi la structure tridimensionnelle de cette enzyme, à l’état libre et sous forme complexée à ses substrats. La structure 3D de l’asparagine synthétase archaea (AS-AR) présente une forte homologie structurale avec la structure de l’asparagine synthétase eubactérienne (AsnA) mais aussi avec le site catalytique des AspRS. Les résidus impliqués dans la fixation de l’Asp et l’Asn dans l’AS-AR sont identiques à ceux de l’AsnA eubactérienne. Les divergences observées pour les résidus impliqués dans la fixation de l’Asp dans les AspRS peuvent expliquer la différence d’orientation du substrat dans les sites catalytiques des AspRS et des asparagine synthétases. Cette étude structurale couplée à une étude phylogénétique permet de retracer le schéma évolutif des AspRS ancestrales; celles-ci ont non seulement évolué les AspRS et les asparaginyl-ARNt synthétases modernes des trois phylum mais aussi les asparagines synthétases A eubactériennes et archaea. La troisième partie de notre travail porte sur l’étude d’un homologue du site catalytique de la glutamyl-ARNt synthétase présent dans de nombreuses protéobacteries a révélé une fonction jusqu’alors ignorée, l’hypermodification de l’anticodon d’un ARNt. Cette enzyme, renommée Glu-Q-RS, hypermodifie l’anticodon sur la base queuosine en position 34 de l’ARNtAsp. La comparaison de la structure 3D de la Glu-Q-RS avec celle de la glutamyl-ARNt synthétase souligne la grande similarité entre les deux structures mais ne permet pas de comprendre les bases structurales à l’origine de cette différence de fonction. Ce travail de thèse ainsi que d’autres travaux publiés récemment révèlent que la plupart des procaryotes ne possèdent pas un jeu strict de 20 aaRS. L’étude des duplications de gènes d’aaRS ou de modules d’aaRS à l’état libre permet de mettre en évidence des nouvelles fonctions associées aux systèmes d’aminoacylation. Ces travaux dévoilent que de nombreux procaryotes ont exploité les structures modulaires d’aaRS, des protéines ancestrales, afin de créer des enzymes à spécificité plus large ou pour faire apparaître de nouvelles fonctions.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

44

Chèvre, Raphaël. "Étude du mécanisme d'action des copolymères à blocs amphiphiles pour le transfert de gène in vivo." Nantes, 2009. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=53397cdd-f222-4eb5-8820-49663ddd216f.

Full text

Abstract:

Les copolymères à blocs amphiphiles comptent aujourd'hui parmi les vecteurs les plus efficaces pour le transfert de gène in vivo dans de nombreux tissus tels que le muscle squelettique, le cœur ou les poumons. Le mécanisme d'action de ces vecteurs demeure peu connu, et l'étude de ce mécanisme représente un enjeu majeur pour leur futur développement clinique. Au cours de cette thèse, nous nous sommes plus particulièrement intéressés au Lutrol®, polymère efficace in vivo et déjà admis par les pharmacopées internationales. L'incapacité de ces molécules à transfecter des cellules en culture suggère que l'environnement cellulaire détermine leur mécanisme d'action. Afin d'étudier le mécanisme de ces vecteurs au niveau cellulaire, nous avons conçu un modèle permettant d'observer le mécanisme du Lutrol® sur les différentes étapes du trajet des acides nucléiques, depuis l'internalisation du transgène jusqu'à son expression. En utilisant plusieurs stratégies in vitro faisant intervenir le Lutrol® en association directe ou indirecte avec les vecteurs cationiques, nous avons déterminé son niveau d'implication dans la transfection, son rôle au niveau de la cellule et des acides nucléiques, mais également les raisons de son inaptitude à transfecter des cellules en culture en identifiant les barrières limitant son utilisation in vitro. Les résultats obtenus suggèrent fortement que le Lutrol® améliore l'efficacité de transfection par un mécanisme physico-chimique inerte et passif, aboutissant in vivo à une internalisation cellulaire du plasmide par un mécanisme de délivrance directe dans le cytoplasme, indépendant de l'endocytose, et donc en rupture avec celui des lipides cationiques
Amphiphilic block copolymers have been developed recently for their efficient in vivo transfection activities in various tissues including skeletal muscle, heart and lung. However their mechanism of action remains unknown and better understanding of this mechanism represents a major goal for the future development of this new class of vectors. In this study, we particularly focused on Lutrol®, an FDA approved polymer, because of its high in vivo efficiency and remarkably low toxicity. As block copolymers does not allow the transfection of cultured cells in vitro, we suggested that the cell environment was strongly involved in their mechanism of action. In order to evaluate the mechanism of these polymers at the cellular level, we designed a model allowing us to observe the impact of Lutrol® on the different steps involved in the nucleic acids trafficking, from the transgene internalisation to its expression. Using several in vitro transfection strategies involving direct or indirect assemblies of Lutrol® / nucleic acids / cationic vectors, we attempted to elucidate which steps were influenced by lutrol, its role on nucleic acids and cells, but also the reasons of its in vitro transfection inability. Results presented in this report strongly suggest that Lutrol® improves transfection efficiency by a passive and inert physico-chemical mechanism, leading to the enhancement of cellular uptake through a direct delivery mechanism into the cell cytoplasm, and not via an endosomal pathway, strongly contrasting with cationic lipids internalisation pathway

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

45

Amar, Lahouari. "Développement de vecteurs lentiviraux régulables pour le transfert de gène dans le système nerveux central." Paris 6, 2007. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00168863.

Full text

Abstract:

La thérapie génique est envisagée pour traiter les maladies du système nerveux. Les vecteurs lentiviraux sont utilisés pour transférer un gène codant un facteur thérapeutique ou un shARN. Cependant, pour adapter le traitement en fonction des besoins du patient ou de l’arrêter en cas de complications graves, il est important de contrôler l’expression du gène thérapeutique. Dans ce cadre, nous avons développé un système de régulation de l’expression de gènes thérapeutiques au sein d’un seul vecteur lentiviral. Dans une première approche, un vecteur lentiviral unique comportant le système “Tet-on” a été construit. L’expression régulée de la tyrosine hydroxylase a été validée in vitro et dans un modèle de la maladie de Parkinson. Nous avons également développé un nouveau système de régulation de l’expression de shARN. Ce système permet de contrôler efficacement l’expression de la GFP et de p53 par l’apport ou le retrait de doxycycline.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

46

Pais, de Barros Jean-Paul. "Identification, analyse comparative et implication fonctionnelle de nucléosides hypermodifiés et localisés en position wobble dans des ARNt de tissus normaux ou néoplasiques de mammifères." Dijon, 1996. http://www.theses.fr/1996DIJOMU08.

Full text

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

47

Glasser, Anne-Lise. "Contribution à l'étude des relations structures-fonctions des acides ribonucléiques de transfert de cellules eucaryotes : analyse, identification et rôle de nouveaux nucléosides hypermodifiés." Dijon, 1993. http://www.theses.fr/1993DIJOS019.

Full text

Abstract:

Les ARNt se caractérisent par la présence d'une grande variété de nucléosides modifiés. Selon leur positionnement et leur structure chimique, les nucléosides modifiés confèrent, en partie du moins, son identité a l'ARNt qui les contient. La caractérisation chimique de certains nucléosides hypermodifiés a été entreprise pour tenter d'élucider les relations entre la structure de ces nucléosides et leur fonction biologique. La stratégie analytique mise au point et utilisée dans cet objectif réside essentiellement en un ensemble de méthodes combinées chromatographiques et spectrométriques permettant, à partir d'ARNt, l'isolement, la purification et l'identification de mono nucléosides de structures inconnues. A l'aide de ces méthodes et après avoir établi une bibliothèque des paramètres chromatographiques et spectraux de plus de 50 nucléosides de référence, nous avons déterminé la structure chimique de nouveaux nucléosides modifiés. L'étude conduite sur les ARNT méthionine initiateurs (ARNt#Met #i) de plusieurs espèces de levures et de végétaux, nous a ainsi permis de découvrir et d'identifier deux purines hypermodifiées localisées en position 64 et de structures chimiques inédites: adénosine et guanosine phosphoribosylées. Nous avons pu montrer qu'une telle modification purique peut etre considérée comme un marqueur de ces ARNt#M#e#ti. Son role biologique serait d'empêcher l'ARNt#M#e#ti d'être entrainé vers les étapes de l'élongation protéique. Nous avons également mis en évidence et établi la structure d'un autre nucléoside hypermodifié, la 2-o-methyl-5-carbomoylmethyluridine (ncm#5um), localisé en position 34 (wobble) d'un nouvel isoaccepteur l'ARNt#l#e#u (ncm#5umaa) isolé de la levure saccharomyces cerevisiae. Nous avons alors montre qu'une telle structure chimique entraine une reconnaissance unique et spécifique du seul codon leucine UUA

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

48

Saad, Nizar. "Identification and analysis of a T-Box regulatory element controlling the expression of the enzymes involved in the tRNA-dependent synthesis of asparagine in Clostridium acetobutylicum." Strasbourg, 2011. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2011/SAAD_Nizar_2011.pdf.

Full text

Abstract:

Ce projet a permis de comprendre au niveau structural et mécanistique le fonctionnement du système d’antiterminaison chez Clostridium acetobutylicum et de conclure que ce mécanisme de régulation de l’expression des gènes est totalement dépendant du contexte physiologique de chaque espèce bactérienne. La redondance des gènes de la synthèse de l’Asn-ARNtAsn chez C. Acetobutylicum a permis de révéler un mécanisme complexe de régulation de ces gènes en réponse au stress environnemental et aux changements physiologiques subis par C. Acetobutylicum. Ce mécanisme est basé sur la régulation au niveau transcriptionnel de l’expression des gènes codant pour la voie indirecte de synthèse de l’Asn-tRNAAsn. Durant notre recherche on a montré que cette régulation est effectuée par un riboswitch de type T-Box spécifique d’un ARN de transfert, l’ARNtAsn. L’utilisation d’une combinaison d’études in vitro et in vivo, a permis de montré une ambigüité dans l’usage du codon au niveau de la « spécifier loop » de cette T-Box. Cette ambigüité permet la reconnaissance des deux espèces d’ARNt; l’ARNtAsn(GUU) et l’ARNtGlu(UUC). Enfin, la découverte de la synchronisation de 2 riboswitch de type T-Box est une découverte majeure qui permettra une avancée dans la compréhension du rôle de la T-Box dans son contexte cellulaire. Ces découvertes ouvrent la voie à une meilleure compréhension de la régulation des gènes chez les bactéries Gram positives pathogènes qui dans leur grande majorité utilisent ce riboswitch
The T-box control system is a very common mechanism that Gram+ bacteria use to regulate the transcription of a variety of genes, like those involved in tRNA aminoacylation, in response to amino acid starvation. This regulation system is based on the stabilization of an antiterminator structure by the interaction with a cognate uncharged tRNA. Analysis of Gram+ Clostridium acetobutylicum (Cac) genome revealed an aberrant redundancy for the genes putatively involved in asparagine (Asn) and AsntRNAAsn synthesis. Through our investigations using various approaches, we showed that Cac only uses the indirect pathway to form Asn and Asn-tRNAAsn. We demonstrated that an entire transamidation pathway is organized as an operon under the control of a tRNAAsn-dependent T-Box riboswitch. One of our important findings gave some explanation to the function of this gene redundancy, which might be interconnected to control tRNA-dependent Asn synthesis, which might in turn be involved in controlling Cac metabolic switch from acid to solvent production. Moreover, we gave new exciting explanations on how the T-Box recognizes its cognate tRNA. Our work brought some evidences that a T-Box can use more than one codon to control gene expression and that; therefore, they have more than one tRNA ligand. Finally, we demonstrated that one antitermination event can be reprogrammed through a synchronization mediated by a protein effector, and guided by another T-Box. Thanks to this process, a T-Box would be able to adequately respond to the level of two metabolically related amino acids. This finding paves the way for a better understanding of the antitermination mechanism in Gram+ bacteria

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

49

Pham, Van Hau. "Novel inhibitors of the tRNA-dependent amidotransferase of "Helicobacter pylori" : Peptides generated by phage display and dipeptide-like compounds." Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27079.

Full text

Abstract:

Cette thèse présente la découverte de nouveaux inhibiteurs de l’amidotranférase ARNt-dépendante (AdT), et résume les connaissances récentes sur la biosynthèse du Gln-ARNtGln et de l’Asn-ARNtAsn par la voie indirecte chez la bactérie Helicobacter pylori. Dans le cytoplasme des eucaryotes, vingt acides aminés sont liés à leur ARNt correspondant par vingt aminoacyl-ARNt synthétases (aaRSs). Ces enzymes sont très spécifiques, et leur fonction est importante pour le décodage correct du code génétique. Cependant, la plupart des bactéries, dont H. pylori, sont dépourvues d’asparaginyl-ARNt synthétase et/ou de glutaminyl-ARNt synthétase. Pour former le Gln-ARNtGln, H. pylori utilise une GluRS noncanonique nommée GluRS2 qui glutamyle spécifiquement l’ARNtGln ; ensuite, une AdT trimérique, la GatCAB corrige le Glu-ARNtGln mésapparié en le transamidant pour former le Gln-ARNtGln, qui lira correctement les codons glutamine pendant la biosynthèse des protéines sur les ribosomes. La formation de l’Asn-ARNtAsn est similaire à celle du Gln-ARNtGln, et utilise la même GatCAB et une AspRS non-discriminatrice. Depuis des années 2000, la GatCAB est considérée comme une cible prometteuse pour le développement de nouveaux antibiotiques, puisqu’elle est absente du cytoplasme de l’être humain, et qu’elle est encodée dans le génome de plusieurs bactéries pathogènes. Dans le chapitre 3, nous présentons la découverte par la technique du « phage display » de peptides cycliques riches en tryptophane et en proline, et qui inhibent l’activité de la GatCAB de H. pylori. Les peptides P10 (CMPVWKPDC) et P9 (CSAHNWPNC) inhibent cette enzyme de façon compétitive par rapport au substrat Glu-ARNtGln. Leur constante d’inhibition (Ki) est 126 μM pour P10, et 392 μM pour P9. Des modèles moléculaires ont montré qu’ils lient le site actif de la réaction de transmidation catalysée par la GatCAB, grâce à la formation d’une interaction π-π entre le résidu Trp de ces peptides et le résidu Tyr81 de la sous-unité GatB, comme fait le A76 3’-terminal de l’ARNt. Dans une autre étude concernant des petits composés contenant un groupe sulfone, et qui mimiquent l’intermédiaire de la réaction de transamidation, nous avons identifié des composés qui inhibent la GatCAB de H. pylori de façon compétitive par rapport au substrat Glu-ARNtGln. Cinq fois plus petits que les peptides cycliques mentionnés plus haut, ces composés inhibent l’activité de la GatCAB avec des Ki de 139 μM pour le composé 7, et de 214 μM pour le composé 4. Ces inhibiteurs de GatCAB pourraient être utiles pour des études mécanistiques, et pourraient être des molécules de base pour le développement de nouvelles classes d’antibiotiques contre des infections causées par H. pylori.
This thesis describes the discovery of inhibitors of a tRNA-dependent amidotransferase (AdT) and summarizes the present state of our knowledge about the two-step biosynthesis of Gln-tRNAGln and Asn-tRNAAsn in Helicobacter pylori. In eukaryotic cytoplasm, twenty amino acids (aa) are generally attached to their cognate tRNAs by twenty corresponding aminoacyl-tRNA synthetases (aaRSs). These enzymes have a high specificity, and their function is important to the proper decoding of mRNA. However, in a number of bacteria including H. pylori, GlnRS and/or AsnRS are absent. To synthesize Gln-tRNAGln, H. pylori first uses a noncanonical GluRS2 which is specific for tRNAGln to form Glu-tRNAGln; then the trimeric AdT (GatCAB) transforms Glu-tRNAGln into Gln-tRNAGln which is proper for protein biosynthesis. In a similar manner, the biosynthesis of Asn-tRNAAsn also takes place in H. pylori by using the same GatCAB and a canonical nondiscriminating AspRS. The widespread use of these indirect pathways among prominent human pathogens, and their absence in the mammalian cytoplasm, identify AdT as a promising target for the development of new and highly specific antimicrobial agents. By using phage display, we discovered several cyclic peptides rich in tryptophan and proline that inhibit H. pylori GatCAB. Peptides P10 (CMPVWKPDC) and P9 (CSAHNWPNC) are competitive inhibitors of GatCAB with respect to its substrate Glu-tRNAGln. The inhibition constants (Ki) of P10 and P9 are 126 and 392 μM, respectively. Their docking models revealed that they bind to the transamidation active site of GatB via π-π stacking interactions with Tyr81, as does the 3’-terminal A76 of tRNA. We also discovered two small dipeptide-like sulfone-containing inhibitors of H. pylori GatCAB by mimicking the intermediate of its transamidation reaction. Although they are much smaller than the cyclic peptides mentioned above, they are competitive inhibitors of GatCAB with respect to GlutRNAGln, with Ki values of 139 μM for compound 7 and 214 μM for compound 4. These inhibitors could be useful not only to study the reaction mechanisms of GatCAB, but also could be lead compounds for the development of a new class of antibiotics to treat infections caused by H. pylori.

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

50

Doublet, Vincent. "Structure et évolution du génome mitochondrial des Oniscidea (Crustacea, Isopoda)." Poitiers, 2010. http://theses.edel.univ-poitiers/theses/2010/Doublet-Vincent/2010-Doublet-Vincent-These.pdf.

Full text

Abstract:

L'ADN mitochondrial (ADNmt) des animaux est généralement constitué de molécules circulaires monomériques de ~16 kb. Cependant, parmi les rares exceptions qui ont été décrites, deux espèces d’Oniscidea Armadillidium vulgare et Porcellionides pruinosus (Crustacés Isopodes terrestres) présentent un ADNmt atypique composé de molécules monomériques linéaires de ~14 kb associées à des dimères circulaires et palindromiques de ~28 kb. Afin de connaître plus en détail sa structure, l'ADNmt atypique d'A. Vulgare a été séquencé. Il contient bien les 13 gènes codants pour des protéines et les deux sous unités ribosomales généralement présents dans l'ADNmt des Métazoaires, mais en revanche il ne présente pas l’ensemble des 22 ARN de transferts (ARNt) attendus. De plus, une étonnante hétéroplasmie générant un ARNt alloaccepteur pour les acides aminés Alanine et Valine (ARNtAla/Val) a été découverte. Cette hétéroplasmie est un exemple unique chez les Eucaryotes par la présence de deux gènes différents sur le même locus mitochondrial. De façon surprenante, cette hétéroplasmie a également été observée chez de nombreuses autres espèces d'Oniscidea qui possèdent aussi un génome mitochondrial atypique. Il semble donc que l'apparition de cet ADNmt atypique chez les Isopodes ait permis l'apparition de l'ARNtAla/Val, et que les forces évolutives permettant le maintien de ces deux gènes essentiels à la traduction mitochondriale soient impliquées dans la conservation de cette structure atypique
In animals, mitochondrial DNA (mtDNA) is generally composed of ~16 kb circular monomer molecules. However, two species of terrestrial Crustaceans Armadillidium vulgare and Porcellionides pruinosus (Isopoda: Oniscidea) are exceptions. Their mtDNA is composed of ~14 kb linear monomers associated to ~28 kb circular head-to-head dimers. In order to describe its structure, the complete mtDNA sequence of A. Vulgare has been obtained. It does contain the 13 protein coding genes and the 2 ribosomal sub-units generally found in metazoan mtDNA, but not all of the 22 expected transfer RNA (tRNAs). Besides, a surprising heteroplasmy that generates a dual tRNA alloacceptor for both amino acids Alanine and Valine (tRNAAla/Val) has been discovered. This heteroplasmy by the presence of two different genes on a single mitochondrial locus is an unique example in eukaryotes. Interestingly, this heteroplasmy has been observed in a wide range of Oniscidea species carrying an atypical mtDNA. The appearance of the atypical mitochondrial genome in isopods may have permit the appearance of the tRNAAla/Val, and evolutionary forces that allow the maintenance of these two genes essential for mitochondrial translation might conserve the atypical structure of mtDNA

APA, Harvard, Vancouver, ISO, and other styles

Dissertations / Theses on the topic 'ARN de transfert de la thréonine'

Create a spot-on reference in APA, MLA, Chicago, Harvard, and other styles