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Academic literature on the topic 'ARN G-Quadruplexes'

Author: Grafiati
Published: 30 November 2024
Last updated: 31 July 2025

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Journal articles on the topic "ARN G-Quadruplexes"

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Copeland, Robert A., Jennifer Castro, Matthew H. Daniels, et al. "Abstract SY11-02: Small molecule inhibitors of RNA modifying enzymes as precision cancer therapeutics." Cancer Research 84, no. 7_Supplement (2024): SY11–02—SY11–02. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2024-sy11-02.

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Abstract:
Abstract Over 100 modifications to RNA are known to occur in human cells, where they influence many aspects of RNA biology, including protein and nucleic acid interactions. Our survey of human RNA-modifying enzymes with selectively essential phenotypes in specific cancers, suggests that these cancer-essential enzymes fall into four mechanistic categories: group transfer enzymes; base editors; nucleases; and helicases. Our team has discovered nanomolar or picomolar inhibitors of cancer-essential enzymes within each of these four categories. DHX9, a novel cancer target, is a multifunctional DEAH
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Castro, Jennifer, Matthew H. Daniels, Sunaina Pai, et al. "Abstract PR003: DHX9 inhibition as a novel therapeutic for ovarian and breast cancer with loss-of-function mutations in the DNA damage repair genes BRCA1 or BRCA2." Cancer Research 84, no. 1_Supplement (2024): PR003. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.dnarepair24-pr003.

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Abstract:
Abstract DHX9 is a multifunctional DEAH-box RNA helicase which can unwind regions of double-stranded DNA and RNA helices but has a greater propensity for secondary structures such as DNA/RNA hybrids (R-loops), circular RNA and DNA/RNA G-quadruplexes. Given the delicate balance of R-loop formation and resolution in maintaining efficient transcription and replication, the ability of DHX9 to unwind R-loops is important in helping to maintain genomic stability. In addition, DHX9 can interact and regulate a large variety of proteins, including key proteins in DNA damage repair pathways such as BRCA
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Silver, Serena J., Maureen M. Lynes, Brian A. Sparling, et al. "Abstract IA024: RNA-modifying enzyme inhibitors as synthetic lethal cancer therapeutics." Molecular Cancer Therapeutics 23, no. 6_Supplement (2024): IA024. http://dx.doi.org/10.1158/1538-8514.synthleth24-ia024.

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Abstract:
Abstract Over 100 modifications to RNA are known to occur in human cells, where they play critical roles in many aspects of normal cellular physiology, such as cell fate decisions and terminal differentiation, through effects on RNA biology such as protein and nucleic acid interactions. Our survey of human RNA-modifying enzymes suggests many are cancer essential enzymes with striking synthetic lethal profiles, including the XRN1 nuclease and DHX9 helicase. XRN1 degrades single stranded mRNA from the 5′→3′ direction and plays a key role in endogenous cellular mRNA turnover. XRN1 can also degrad
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Castro, Jennifer B., Matthew H. Daniels, Sunaina Nayak, et al. "Abstract 3908: DHX9 inhibition as a novel therapeutic for cancer with loss-of-function mutations in DNA damage repair genes BRCA1 and BRCA2." Cancer Research 84, no. 6_Supplement (2024): 3908. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2024-3908.

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Abstract:
Abstract DHX9 is a DEAH-box RNA helicase which can unwind regions of double-stranded DNA and RNA but has a greater propensity for secondary structures such as DNA/RNA hybrids (R-loops), circular RNA and DNA/RNA G-quadruplexes. Given the delicate balance of R-loop formation and resolution in maintaining efficient transcription and replication, the ability of DHX9 to unwind R-loops is important in helping to maintain genomic stability. In addition, DHX9 can interact and regulate a large variety of proteins, including key proteins in DNA damage repair pathways such as BRCA1, ATR, Ku86, and WRN. P
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Castro, Jennifer, Matthew H. Daniels, Sunaina Nayak, et al. "Abstract 1758: ATX-559, a first in class DHX9 inhibitor, and targeted therapeutic for molecularly defined tumors with genomic instability and replicative stress." Cancer Research 85, no. 8_Supplement_1 (2025): 1758. https://doi.org/10.1158/1538-7445.am2025-1758.

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Abstract:
Abstract DHX9, a multi-functional RNA helicase, contributes to genome stability by unwinding nucleic acid secondary structures, including DNA/RNA hybrids (R-loops), circular RNA and G-quadruplexes. Multiple cancer types exhibit increased expression of DHX9, and selective dependance to DHX9 has been observed in molecular defined tumors that exhibit genomic instability. These tumors often have elevated replicative stress due to rapid unregulated proliferation and defective DNA damage repair (DDRD) pathways; DHX9 inhibition in these tumors further increases replicative stress and DNA damage to ca
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Castro, Jennifer, Matthew H. Daniels, David Brennan, et al. "Abstract C087: DHX9 inhibition as a novel therapeutic modality in microsatellite instable colorectal cancer." Molecular Cancer Therapeutics 22, no. 12_Supplement (2023): C087. http://dx.doi.org/10.1158/1535-7163.targ-23-c087.

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Abstract:
Abstract Background: DHX9 is a DEAH-box RNA helicase which has been reported to play important roles in replication, transcription, translation and RNA splicing/processing, all of which contribute to DHX9’s role in the maintenance of genomic stability. Functionally, DHX9 unwinds and/or resolves regions of double-stranded DNA and RNA helices but has a greater propensity for secondary structures such as DNA/RNA hybrids (R-loops), circular RNA (circRNA) and DNA/RNA G-quadraplexes. Overexpression of DHX9 is evident in multiple cancer types, including colorectal cancer (CRC) and lung cancer. In par
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Dissertations / Theses on the topic "ARN G-Quadruplexes"

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Bonnat, Laureen. "Synthèse et étude d'ADN et d'ARN G-quadruplexes à topologies contrôlées. Applications pour la caractérisation et la sélection de ligands." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV081/document.

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Abstract:
Les acides nucléiques riches en guanines ou en cytosines peuvent se replier sur eux-mêmes et former des systèmes tétramériques tels que les G-quadruplexes (G4) ou les i-motifs. Ces motifs, abondamment représentés dans certaines régions du génome humain semblent contribuer à la régulation cellulaire et suscitent depuis plusieurs années un intérêt grandissant. Ils sont notamment présents dans la région télomérique, mais aussi dans les promoteurs d’oncogènes ou au sein des génomes viraux et sont impliqués dans certaines pathologies humaines. Ils représentent ainsi des cibles thérapeutiques et dia
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Bourdon, Sebastien. "Régulation des ARN G-Quadruplexes par les protéines de liaison à l'ARN et leur interaction avec les N6-Méthyladénosines dans les cellules du cancer." Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024TLSES129.

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Abstract:
Le développement du cancer et la réponse aux traitements sont associés à des variations de la régulation post-transcriptionnelle qui entraîne une modification du protéome qualitativement et/ou quantitativement. La régulation post-transcriptionnelle implique des protéines de liaison à l’ARN (RBP), interagissant avec des éléments cis comme les séquences, les modifications ou les structures de l’ARN. Parmi ces éléments cis, les structures non-canoniques nommées ARN G-Quadruplexes (RG4), et les modifications N6-Méthyladénosines (m6A), jouent un rôle critique dans le modelage post-transcriptionnel
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Largy, Eric. "Ciblage d’acides nucléiques G-quadruplexes : synthèse et développement de méthodes pour l’analyse et le criblage de ligands sélectifs multimodaux." Thesis, Paris 11, 2011. http://www.theses.fr/2011PA112257.

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Abstract:
L’objectif de ces travaux de thèse était l’étude des interactions de petites molécules avec les multiples structures de l’ADN quadruplex via i) le développement et l’utilisation d’un test haut-débit pour l’analyse des interactions ligand-ADN quadruplex et le criblage de chimiothèques/ciblothèques et ii) la préparation de composés aux modes d’interactions multiples (empilement/sillon, covalent/non-covalent, etc.), sélectifs (quadruplex vs. duplex et intra-quadruplex) et éventuellement fonctionnalisés (biotine, fluorophore, etc.). La première partie des travaux a été centrée sur le développement
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Zheng, Alice Jia-Li. "How the Epstein-Barr virus-encoded EBNA1 mRNA translation is regulated in cis by its mRNA dynamic structure and its nascent polypeptide." Thesis, Université Paris Cité, 2021. https://wo.app.u-paris.fr/cgi-bin/WebObjects/TheseWeb.woa/wa/show?t=3378&f=38122.

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Abstract:
La traduction des ARNm et la production de protéines sont des phénomènes étroitement contrôlés dans la cellule. La séquence de l'ARNm et sa structure, auxquelles sont associées des protéines se liant à l'ARN, ainsi que la qualité de la protéine produite à partir de cet ARNm, évaluée notamment par la voie de contrôle qualité associée aux ribosomes, sont des éléments impliqués dans ce processus majeur pour la cellule. Dans ce domaine, le contrôle de la production de protéine EBNA1 (Epstein-Barr Nuclear Antigen 1) du virus d'Epstein -Barr est un exemple intéressant. La protéine EBNA1 est essentie
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Stefan, Loïc. "Template-Assembled Synthetic G-Quartets (TASQ) hydrosolubles : du ligand de quadruplexes d'ADN et d'ARN à la plateforme catalytique." Thesis, Dijon, 2013. http://www.theses.fr/2013DIJOS084/document.

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Abstract:
Formés à partir de brins d’ADN ou d’ARN riches en guanines, les quadruplexes résultent de l’empilement de tétrades de guanines constituées chacune par l’auto-assemblage dans un même plan de quatre guanines, stabilisées entre elles par un réseau de liaisons hydrogènes. En s’inspirant de cet édifice naturel, il est présenté au long de ce manuscrit de thèse la synthèse et l’étude de molécules de type TASQ (pour template-assembled synthetic G-quartet) hydrosolubles capables de former de manière intramoléculaire une tétrade de guanines synthétique : les DOTASQ, le PorphySQ et le PNADOTASQ. La premi
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Ferret, Lucille. "Involvement of lysosomes in cancer resistance to transcription inhibitors." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL044.

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Abstract:
Les lysosomes jouent un rôle clé dans divers mécanismes de résistance aux traitements anticancéreux, notamment en piégeant les médicaments à l’intérieur de leur structure et en activant des voies de stress adaptatives. Si cibler la transcription s’est révélée être une stratégie prometteuse contre les cellules cancéreuses, les mécanismes sous-jacents de résistance aux inhibiteurs de la transcription demeurent largement méconnus. Mon projet de thèse vise à explorer le rôle des lysosomes dans les mécanismes de résistance induits en réponse à deux inhibiteurs puissants de l’ARN POL I (composés A e
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Decorsière, Adrien. "Régulation de la maturation en 3' des pré-ARNm de gènes de susceptibilité aux cancers p53 et msh6." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1313/.

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Abstract:
La maturation en 3' des pré-ARNm constitue une étape de régulation posttranscriptionnelle indispensable à l'expression d'un gène. Elle est composée de deux réactions : le clivage de l'extrémité 3' qui permet de libérer l'ARNm du site de transcription et l'ajout de la queue poly(A) qui contrôle à la fois l'export nucléaire, la stabilité et la traduction du transcrit mature. Plusieurs études montrent, d'une part, que la maturation en 3' est inhibée de manière globale lors de dommages à l'ADN et d'autre part, que des dérégulations de cette maturation peuvent contribuer au développement tumoral. N
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Paul, Alexis. "G-quadruplexes and acridines : from molecular recognition to drug design." Strasbourg, 2009. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2009/PAUL_Alexis_2009.pdf.

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Bedrat, Amina. "G4-Hunter : un nouvel algorithme pour la prédiction des G-quadruplexes." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0197/document.

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Abstract:
Des séquences compatibles avec la formation de G4 sont présentes au niveau de certaines régions clés du génome telles que les extrémités des chromosomes, mais également les régions de commutation de classe des immunoglobulines, les promoteurs de certains gènes dont des oncogènes et des séquences transcrites. Plus de 370 000 cibles potentielles ont été prédites lors des analyses bioinformatiques du génome humain. Cependant, ces prédictions ne sont pas exhaustives étant limitées par la formulation des algorithmes de prédiction utilisés. En effet, les séquences recherchées suivent la formule cons
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Hodeib, Samar. "Real-time unfolding of DNA G-quadruplexes by helicases and polymerases." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017PSLEE027/document.

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Abstract:
Les structures G-quadruplexes (G4) sont considérées comme des obstacles qui s’opposent à la progression du réplisome. Les séquences capables de former des G4 dans le génome humain se trouvent dans les régions d’ADN double brin au niveau des oncogènes et des proto-oncongènes et sur l’extrémité simple brin des télomères. La plupart des études biochimiques et biophysiques ont caractérisé les propriétés thermodynamiques des G4 en utilisant par exemple la température de fusion Tm pour déduire la thermodynamique de la formation/résolution du G4. Cependant, les expériences en solution donnent seuleme
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Conference papers on the topic "ARN G-Quadruplexes"

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Lorenz, Ronny, and Peter F. Stadler. "Squares in Cycles: Prediction of G-Quadruplexes in Circular RNA Secondary Stuctures." In Simpósio Brasileiro de Bioinformática. Sociedade Brasileira de Computação, 2024. https://doi.org/10.5753/bsb.2024.245308.

Full text
Abstract:
RNA secondary structures, determined by non-crossing base pairs, capture many of the salient features of RNA molecules, explain the free energy of structure formation very accurately, and can be computed efficiently given the sequence information only. G-quadruplexes are compact local structures that have been shown to have important biological function and can be integrated into secondary structure prediction. In recent years circular RNAs have gained considerable interest as a biological relevant subclass of RNAs. While algorithms and tools are available that extend secondary structure predi
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