Academic literature on the topic 'ARN polimerasa II'

El diagnóstico de COVID-19 se basa tanto en aspectos clínicos como en pruebas de detección, pero los síntomas y signos clínicos de los pacientes infectados son altamente atípicos y, por lo tanto, las pruebas moleculares son indispensables para su diagnóstico. La reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-qPCR) se lleva a cabo en laboratorios nivel BSL II; asimismo, los principales blancos moleculares para la detección viral son el gen E (envoltura), y el gen RdRP (ARN polimerasa dependiente de ARN). Los falsos negativos en este diagnóstico se deben a la calidad y cantidad de la muestra, condiciones de transporte, almacenamiento, y manejo de estas antes y después de la extracción (el ARN es termolábil y abundantes las RNasas), fase de la infección, mutaciones del virus y presencia de inhibidores de la PCR. En estos casos, se recomienda una nueva toma de muestra, especialmente de vías respiratorias bajas, para aumentar la carga viral. Se debe tener en cuenta la sensibilidad analítica de la RT-qPCR (5,2 copias de ARN/reacción) y que, una vez el RNA se extrae, se va degradando progresivamente afectando la sensibilidad diagnóstica de la prueba. Un diagnóstico oportuno permite optimizar el manejo (aislamiento y tratamiento) y monitorización de los pacientes, así como la aplicación de medidas de prevención y control de la expansión, y la vigilancia epidemiológica de la enfermedad.

Objetivos: Detectar el genoma proviral de HTLV-1 mediante el desarrollo de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Diseño: Descriptivo. Institución: D.A. Microbiología Médica, Facultad de Medicina, UNMSM. Participantes: Personas con y sin sospecha de HTLV-I. Principales medidas de resultados: detección de HTLV-1 mediante PCR. Resultados: El 71,4% de los pacientes con sospecha clínica de HTLV-I fue reactivo por métodos Inmunológico. Elisa HTLV I-II Biokit detectó 5 casos reactivos (X=2,359 ± DE: 0,7309); los dos casos con sospecha clínica de HTLV- I fueron no reactivos (DO: 0,007 y 0,04); los tres casos con antecedente clínico de estrongiloidiosis fueron no reactivos al Elisa (DO: 0,029, 0,001 y 0,00). El promedio de los sueros no reactivos con antecedente clínico de HTLV-1 y estrongiloidiosis fue 0,0154 ±0,018. En el grupo de voluntarios sanos, el promedio de las DO fue 0,0085 ± 0,0068. Al comparar los grupos, se observó que hubo diferencias significativas entre el grupo HTLV-1 y los grupos estrongiloidiosis y controles sanos (p<0,05). La amplificación del ADN gonómico (proviral) de muestras sanguíneas utilizó primers de la región Pol I. Conclusiones: El método inmunológico permitió diferenciar los grupos de estudio. El producto de amplificación de los pacientes con HTLV-I fue de 117 pb.

<p>En este estudio se estandarizó una metodología para la caracterización molecular de cepas nativas de Bacillus thuringiensis, la cual se basó en la amplificación de los genes cry mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Se utilizaron cuatro mezclas de oligonucleótidos: dos Generales (I y II), los cuales reconocen genes de las familias cry1, cry2, cry3, cry4 y cry1Ia, y dos Específicos (A y B), que identifican los genes de la familia cry1 (cry1Aa, cry1Ab, cry1Ac, cry1Ba, cry1Ca y cry1Da). La calidad y concentración del ADN bacteriano influyó sobre la especificidad y concentración de los productos obtenidos mediante la amplificación de los genes cry. La calidad del ADN purificado a través del método rápido reportado por M. He et al. (Nucleic Ac. Res. 18:1660, 1990) permitió una amplificación eficiente. Para realizar la PCR en condiciones óptimas, se utilizó una mezcla de reacción con un volumen final de 20 µl, la cual contenía 0,4 µM de cada oligonucleótido, 1X PCR buffer (50 mM KCL, wmM Tris-HCl, pH 8,3 y 3,0 mM MgCl 2), 200 µM de cada dNTP y 1U de Taq-ADN-polimerasa, además de 10-100 y 300- 500 ng de ADN bacterial para las mezclas de los oligonucleótidos Generales y Específicos, respectivamente. El programa de amplificación incluyó 30 ciclos de desnaturalización a 94°C, hibridación a 53°C y síntesis a 72°C durante 20 segundos cada uno. La metodología estandarizada se puede utilizar rutinariamente para amplificar los genes cry procedentes de aislamientos nativos de B. thuringiensis, lo cual permite clasificarlos y seleccionarlos de una manera rápida y precisa de acuerdo con su actividad biológica y potencial biotecnológico; adicionalmente, como paso previo de los ensayos de toxicidad contra diversas especies de insectos plaga de interés agrícola.</p><p><strong><br /></strong></p><p><strong>Utilization of Polymerase Chain Reaction for Characterization of Native Isolates of Bacillus thuringiensis</strong></p><p>A methodology based on Polymerase Chain Reaction (PCR) techniques was standardized for the molecular characterization of cry genes in Bacillus thuringiensis. Four oligonucleotides mixes (primers) were used: two General (I and II) -which recognize the genes families cry1, cry2, cry3, cry4 and cry1Ia-, and two Specific (A and B) which recognize the genes family cry1 (cry1Aa, crylAb, cry1Ac, cry1Ba, cry1Ca and cry1Da). The quality of bacterial DNA influenced the amplification product specificity and concentration. The quality of the DNA purified by M. He et al. fast method (Nucleic Ac. Res. 18:1660, 1990) allowed an efficient amplification. The optimum conditions for PCR were achieved using a mixture reaction with a final volume of 20 µL which contained 0.4 µM of each primer, 1X PCR buffer (50 mM KCL, 10mM Tris-HCI, pH 8.3 and 3.0 mM MgCI,), 200 µM dNTP's, 1 U Taq-DNA-polymerase, 10-100 ng of bacterial DNA for the General mixtures and 300-500 ng of bacterial DNA for the Specific mixtures. The amplification program included 30 cycles as follows: denaturation at 94°C, annealing at 53°C and synthesis at 72°C during 20 seconds each one. The standardized methodology could be used routinely in the cry genes amplification of native isolates of B. thuringiensis for the classification, rapid and precise selection according to the potential biological activity as a previous step to toxicity trials against diverse insect pests of agriculture interest.</p>

Justificación: El estudio de los polimorfismos de las regiones hipervariables I y II (HVI y HVII) del ADN mitocondrial (ADNmt) se ha convertido en una herramienta invaluable para la ciencia forense, ya que en algunas ocasiones un determinado individuo puede presentar más de un tipo de ADN mitocondrial este fenómeno es conocido como Heteroplasmia. Esta coexistencia de dos o más poblaciones de ADNmt puede ocurrir en una sola mitocondria, célula o individuo, lo que puede aumentar la complejidad en la interpretación de los resultados de las experticias forenses. Objetivos: Analizar la frecuencia de la heteroplasmia en las regiones HVI y HVII del genoma mitocondrial en una muestra de la población de Maracaibo. Metodología: Se seleccionaron al azar 50 muestras de ADN de la población de Maracaibo, las regiones hipervariables se amplificaron mediante reacción en cadena de la polimerasa, posteriormente se secuenciaron mediante método de Sanger y los fragmentos se separaron por electroforesis capilar, se reportaron las diferencias con respecto a la secuencia de referencia de Cambridge. Resultados: El 26% de las muestras presentaron heteroplasmia en la región HVI, el 52% en la región HVII. Conclusiones: El hecho de aparecer la heteroplasmia en una determinada secuencia no inválida el uso del análisis del ADN mitocondrial con fines forenses, dependiendo de la complejidad del caso a peritar la heteroplasmia puede ser de gran ayuda.

En el presente estudio se determinó la variabilidad genética de cepas de Listeríamonocytogenes aisladas de leche cruda procedentes de 11 ganaderías lecheras que expenden este producto alimenticio en Lima. Se tomaron 250 unidades de muestra equivalentes a 50 muestras de leche cruda según las indicaciones de la FDA y se sembraron en los medios específicos Oxford y Palcam. L. monocytogenes fue aislada en el 8% (4/50) de las muestras analizadas procedentes dos de Puente Piedra y dos de Lurín. En el 4% (2/50) de las muestras se encontró Listería spp. Se aislaron 4 colonias por muestra positiva obteniendo un total de 16 aislados de L. monocytogenes, éstos fueron identificados por pruebas bioquímicas y la reacción en cadena de la polimerasa. Los aislados de L. monocytogenes fueron genotipificados por la técnica del ADN polimórfico Amplificado al Azar (RAPD) utilizando 10 cebadores de secuencia arbitraria. Los perfiles de RAPD fueron muy homogéneos en las 16 cepas, generando tan sólo tres genotipos denominados I, II Y III a los cuales pertenecen 4, 10 Y 6 cepas respectivamente, similares genotipos se obtuvieron en cepas de L. monocytogenes procedentes de muestras clínicas de humanos, El 62.5 % (10/16) de cepas de L. monocytogenes aisladas de leche cruda. de las ganaderías de Lima se agrupan mediante la técnica del RAPD en el genotipo II.

La listeriosis afecta principalmente a gestantes, neonatos, ancianos y pacientes con baja respuesta inmune, entre otros; es causada por Listeria monocytogenes. En este estudio se caracterizaron molecularmente 20 cepas clínicas de L. monocytogenes aisladas a partir de 18 casos de listeriosis perinatal procedente del Hospital San Bartolomé de Lima-Perú durante los años 2001 al 2005. Las bacterias fueron caracterizadas inicialmente con pruebas bacteriológicas convencionales, tales como presencia de β-hemólisis incompleta, reacción CAMP positiva con Staphylococcus aureus y negativa con Rhodococcus equi, así como, la utilización diferencial de carbohidratos D-glucosa y L-ramnosa, pero no de D-xilosa ni D-manitol. Las cepas fueron identificadas mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y tipificadas con la técnica del ADN Polimórfico Amplificado al Azar (RAPD) utilizando los cebadores OMP-01, M13, M132, PJ108 y PJ118. Con OMP-01 y PJ108 se obtuvieron seis RAPD (tipo): ocho cepas con el tipo AI, tres con cada uno de los tipos A-II, A-III y B-II, dos con tipo B-I y una con el tipo A-IV. Se concluye que, de los 18 casos de listeriosis, se aislaron 20 cepas de L. monocytogenes con seis genotipos diferentes, siendo el RAPD tipo A-I, el más frecuente con el 40% (8/20) de las cepas estudiadas.

Background:Patients with Systemic Sclerosis (SSc) have increased risk of malignancy compared to general population. The specific risk factors and underlying physiopathological mechanisms are still unknown, although some studies suggest that a relationship between malignancies and certain antibodies can exist. Lung, breast and hematological cancers are the most frequently seen among these patients.Objectives:To describe the prevalence of malignancies in a cohort of SSc patients and analyze the epidemiological, clinical and immunological characteristicsMethods:A retrospective observational study was conducted at a tertiary-level university hospital, including a cohort of patients with SSc (ACR/EURLAR 2013 criteria). The main variable was neoplasia prevalence and also, malignancy type, age, evolution of the SSc at the time of diagnosis and mortality were collected. Regarding SSc, demographic data, clinical and immunological characteristics, organ involvement, capillaroscopy findings and presence of other autoimmune diseases were collected.Results:A 15% of the 98 patients with SSc presented malignancies (80% women). The mean age at the time of diagnosis was 57±15 years old (table 1). The frequency of cancer was: 40% breast, 13% colon, 7% ovary and lung. 2 patients died (1 breast, 1 lung). The limited subtype (lSSc) was the most frequent (80%) and 33% showed overlap syndrome (26% Sjögren syndrome). Regarding clinical manifestations: 67% had telangiectasia, 33% pitting scars, joint and digestive involvement. Most frequently seen antibodies were: 67% anti centromere (ACA) and 20% anti topoisomerase (ATA). None of the patients presented anti-ARN polimerase III (ARN-pol), and 13% had none of them (triple negative). Active and early capillaroscopy patterns were seen in a 46% and 27%. SSc and cancer were diagnosed in less than 5 years difference among a 33% of the cohort. A relationship between age and cancer was detected (p=0,042). Patients with neoplasia were a mean of 10 years older than those without malignancies (IC95%: 1-19 years)Table 1.SSc with neoplasian= 15(%)SSc without neoplasian= 83(%)Female12 (80)76 (92)Mean age*(n; DE)57(15)52(17)Pre-scleroderma1 (7)11 (13)Limited12 (80)54 (65)Diffuse2 (13)12 (15)SINE06 (7)Overlap syndrome5 (33)14 (17) Sjögren4 (27)10 (12) MCTD1 (7)2 (2) Rheumatoid Arthritis1 (7)3 (4) Myositis1 (7)0Clinical manifestations Telangiectasia10 (67)41 (49) Pitting Scars5 (33)11 (13) Joint5 (33)27 (33) Digestive5 (33)33 (40) Digital ulcers4 (27)11 (13) Calcinosis4 (27)12 (14) ILD3 (20)16 (19) PAH3 (20)8 (10) Cardiac3 (20)4 (5) Muscular2 (13)3 (4) Puffy Fingers2 (13)24 (29) Renal02(2)Antibodies ACA10 (67)46 (55) ATA3 (20)12 (14) Anti-ARN04 (5) Triple negative2 (13)23 (28)Capillaroscopy Early4 (27)19 (23) Active7 (46)39 (47) Late03 (4)Treatment Calcium antagonists11 (73)52 (63) PPIs7 (46)33 (40) Corticosteroids8 (53)24 (29) DMARD5 (33)26 (31)*P<0,05 test t-studentMCTD (Mixed Connective Tissue Disease), ILD (Interstitial Lung Disease), PAH (Pulmonary Artery Hypertension), Triple negative (anti ARN, ACA and ATA negative antibodies), PPI (Proton Pump Inhibitor), ACE inhibitors (Angiotensin Converting Enzyme inhibitors), ARBs (Angiotensin II Receptor Blockers), DMARD (Disease-Modifying Anti-Rheumatic Drugs).Conclusion:Our study showed a similar prevalence of the most frequent neoplasia among patients with SSc compared to general population (around 15%). This prevalence is similar to other series. The only epidemiological factor related to neoplasia was the age; a major proportion of lSSc was detected but without statistical significance. In a third of the patients there were less than 5 years of difference between cancer and SSc diagnosis. No association was found between neoplasia and certain antibodies. We recommend further studies to evaluate the relationship between SSc and cancer.Disclosure of Interests:None declared

Introducción. El frijol común (Phaseolus vulgaris L.) es una leguminosa consumida ampliamente en países en vías de desarrollo. En Costa Rica su consumo es alto (10,54 kg.persona-1.año-1) y su producción se localiza principalmente en regiones al sur y al norte del país. Los granos de esta leguminosa podrían estar contaminados con Fusarium, un hongo micotoxigénico que coloniza diferentes cultivos. Objetivo. Identificar las especies de Fusarium que colonizan los granos de frijol negro en Costa Rica. Materiales y métodos. Se recolectaron 49 muestras de granos de frijol negro durante 2017, 2018 y 2019 en regiones donde se produce este grano en Costa Rica. Estas se utilizaron para aislar e identificar las especies de Fusarium basado en secuencias parciales de los genes TEF1α (factor de elongación de la traducción 1-alfa) y RPB2 (subunidad de la ARN polimerasa II). Resultados. Se obtuvieron 28 aislamientos de Fusarium, de los cuales 82% pertenecen al com[1]plejo de especies Fusarium incarnatum-equiseti (FIESC). La presencia de especies de Fusarium varió según el año de recolección; en el 2018 se encontró la menor prevalencia (43%) y el 2019 la mayor (76%). El 71% de las especies de Fusarium se aislaron de muestras recolectadas en la región sur del país. F. equisetti se aisló solo de una muestra procedente de la región Atlántica, mientras que F. incarnatum, F. oxysporum y F. verticillioides se encontraron distribuidos en muestras colectadas en diferentes regiones del país. Conclusión. El presente estudio demostró la diversidad de especies de Fusarium que colonizan los granos de frijol negro en Costa Rica según la ubicación geográfica y el año de recolección de la muestra. La mayoría de las especies aisladas resultaron productoras de micotoxinas que causan efectos adversos en la salud humana.

Generalment s'ha pensat que la regulació de l'splicing alternatiu està controlada principalment per la interacció entre els factors reguladors de l'splicing i la taxa d'elongació de la ARN polimerasa II (RNAPII). Hi ha un evidencia emergent de la complexitat de la regulació de l'splicing alternatiu, que ara també inclou l'activitat d'ARNs no codificants i l'estat de la cromatina. Diverses experiments han demostrat que modificacions en les histones poden regular la inclusió d'exons alternatius, i que la taxa d'elongació de la RNAPII pot estar influenciada pels diferents estats de la cromatina. Els ARNs petits (sRNAs) són una família d'ARNs no codificants associats amb membres de la família de proteïnes Argonauta i són efectors de la via de silenciació gènica. Alguns sRNAs participen en una via alternativa anomenada via de silenciació gènica transcripcional (TGS). Evidències experimentals ha mostrat que els sRNAs interferents que s'uneixen a introns poden promoure l'aparició de modificacions en les histones que alteren la taxa de elongació de la transcripció provocant canvis en l'splicing alternatiu. Aquesta via és coneguda com via de silenciació gènica transcripcional acoplada a splicing alternatiu (TGS-AS). Tenint aixó en compte, nosaltres vam proposar que la proteïna Argonauta 1 (AGO1), podria induir la formació d'heterocromatina i canviar l'splicing alternatiu alterant l'elongació de la RNAPII. Per tal de realitzar una análisi a escala genómica de la regulació de l'splicing alternatiu, hem utilitzat dades provinents de noves tècniques de seqüenciació a gran escala, com ChIP-Seq i RNA-Seq. Hem trobat que hi ha regulació d'splicing alternatiu depenent d'AGO1. Els nostres resultats suggereixen que ARNs interferents endógens podrien estar relacionats amb aquesta regulació. A més, a la part final de la tesi demostrem que hi ha un codi de cromatina que requereix AGO1 que regula l'splicing alternatiu i que és específic per diferents tipus cel·lulars. Adicionalment hem trobat que altres efectors, com CTCF i HP1 alpha, també sòn importants per explicar els canvis en l'splicing dels pre-ARNs. Conjunatment amb altres treballs, aquesta tesis demostra que la regulació de l'splicing alternatiu implica la funció de molts components nuclears i probablement de molts altres que encara han de ser descoberts.
The regulation of alternative splicing has been generally thought of being primarily controlled by the interaction of splicing factors with the RNA molecule and by the elongation rate of the RNA polymerase II (RNAPII). There is an emerging understanding of the complexity of how alternative splicing is regulated which now involves the activity of non-coding RNAs and the chromatin state. Different experiments have shown that histone modifications can regulate the inclusion of alternative exons and that the elongation rate of the RNAPII could be influenced by different chromatin states. In this sense, small RNAs (sRNAs), which are a family of non-coding RNAs associated with members of the Argonaute family of proteins, that are effectors of the silencing pathway, which can participate in an alternative pathway known as transcriptional gene silencing (TGS). Experimental evidence shows that siRNAs targeting introns can induce chromatin marks that affect the rate of transcriptional elongation, affecting the splicing of pre-mRNAs, which is called transcriptional gene silencing alternative splicing (TGS-AS) \citep{Allo2009}. Thus, we proposed that the Argonaute protein (AGO1) could trigger heterochromatin formation and affect splicing by affecting RNAPII elongation. In order to perform a genome-wide analysis of the regulation of alternative splicing we used new highthroughput sequencing technologies as ChIP-Seq and RNA-Seq. We found that there is AGO1 dependent alternative splicing regulation, and our results suggest that endogenous sRNAs could be involved. Additionally, in the last part of the thesis we show a cell specific alternative splicing chromatin code, which also involves AGO1. Even though AGO1 regulation of alternative splicing was related to some specific cases, we found that other effectors, CTCF and HP1$\alpha$ were also important for the splicing changes decisions. This thesis and other recent reports show the regulation of alternative splicing as an integrated process,