Dissertations / Theses: 'ARNi'

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Segalotto, Matheus. "ARNI: an EEG-Based Model to Measure Program Comprehension." Universidade do Vale do Rio dos Sinos, 2018. http://www.repositorio.jesuita.org.br/handle/UNISINOS/7019.

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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
PROSUP - Programa de Suporte à Pós-Gradução de Instituições de Ensino Particulares
A compreensão de programa é um processo cognitivo realizado no cérebro dos desenvolvedores para entender o código-fonte. Este processo cognitivo pode ser influenciado por vários fatores, incluindo o nível de modularização do código-fonte e o nível de experiência dos desenvolvedores de software. A compreensão de programa é amplamente reconhecida como uma tarefa com problemas de erro e esforço. No entanto, pouco foi feito para medir o esforço cognitivo dos desenvolvedores para compreender o programa. Além disso, esses fatores influentes não são explorados no nível de esforço cognitivo na perspectiva dos desenvolvedores de software. Além disso, alguns modelos de cognição foram criados para detectar indicadores de atividade cerebral, bem como dispositivos de eletroencefalografia (EEG) para suportar essas detecções. Infelizmente, eles não são capazes de medir o esforço cognitivo. Este trabalho, portanto, propõe o ARNI, um modelo computacional baseado em EEG para medir a compreensão do programa. O modelo ARNI foi produzido com base em lacunas encontradas na literatura após um estudo de mapeamento sistemático (SMS), que analisou 1706 estudos, 12 dos quais foram escolhidos como estudos primários. Um experimento controlado com 35 desenvolvedores de software foi realizado para avaliar o modelo ARNI através de 350 cenários de compreensão de programa. Além disso, esse experimento também avaliou os efeitos da modularização e a experiência dos desenvolvedores no esforço cognitivo dos desenvolvedores. Os resultados obtidos sugerem que o modelo ARNI foi útil para medir o esforço cognitivo. O experimento controlado revelou que a compreensão do código fonte não modular exigia menos esforço temporal (34,11%) e produziu uma taxa de compreensão mais alta (33,65%) do que o código fonte modular. As principais contribuições são: (1) a execução de SMS no contexto estudado; (2) um modelo computacional para medir a compreensão do programa para medir o código-fonte; (3) conhecimento empírico sobre os efeitos da modularização no esforço cognitivo dos desenvolvedores. Finalmente, este trabalho pode ser visto como um primeiro passo para uma agenda ambiciosa na área de compreensão de programa.
Program comprehension is a cognitive process performed in the developers’ brain to understand source code. This cognitive process may be influenced by several factors, including the modularization level of source code and the experience level of software developers. The program comprehension is widely recognized as an error-prone and effort-consuming task. However, little has been done to measure developers’ cognitive effort to comprehend program. In addition, such influential factors are not explored at the cognitive effort level from the perspective of software developers. Additionally, some cognition models have been created to detect brain-activity indicators as well as wearable Electroencephalography (EEG) devices to support these detections. Unfortunately, they are not able to measure the cognitive effort. This work, therefore, proposes the ARNI, an EEG-Based computational model to measure program comprehension. The ARNI model was produced based on gaps found in the literature after a systematic mapping study (SMS), which reviewed 1706 studies, 12 of which were chosen as primary studies. A controlled experiment with 35 software developers was performed to evaluate the ARNI model through 350 scenarios of program comprehension. Moreover, this experiment also evaluated the effects of modularization and developers’ experience on the developers’ cognitive effort. The obtained results suggest that the ARNI model was useful to measure cognitive effort. The controlled experiment revealed that the comprehension of non-modular source code required less temporal effort (34.11%) and produced a higher correct comprehension rate (33.65%) than modular source code. The main contributions are: (1) the execution of SMS in the context studied; (2) a computational model to measure program comprehension to measure source code; (3) empirical knowledge about the effects of modularization on the developers’ cognitive effort. Finally, this work can be seen as a first step for an ambitious agenda in the area of program comprehension.

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Orbegozo, Ramírez Jeanette Paola. "Evaluación de la resistencia al virus de PLRV mediante el mecanismo de ARN de Interferencia (ARNi) en líneas transgénicas." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2012. https://hdl.handle.net/20.500.12672/576.

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Abstract:

El virus del enrollamiento de la papa (PLRV) es responsable de pérdidas severas en el rendimiento y calidad del cultivo de la papa en todo el mundo. Existen papas nativas y especies silvestres que presentan altos niveles de resistencia a PLRV (Solanum brevidens, S. tuberosum, S. chacoencse y S. raphanifolium). El desarrollo de nuevas variedades utilizando estas fuentes de resistencia es uno de los retos actuales del mejoramiento genético, sin embargo la naturaleza genética del cultivo de la papa que se desea mejorar es en la mayoría de los casos incompatible entre cultivos, sumándose a ello que la obtención de estos cultivos mejorados es cerca de 20 años. Por lo tanto la inserción directa de un gen que confiere resistencia a una variedad de importancia comercial tiene una ventaja muy significativa. En la presente tesis se evaluaron diez eventos (variedad Desiree) transformados con un constructo tipo hairpin que contenía el sistema de ARN de interferencia (ARNi), el cual mantiene activo y constante la formación del ARNdc entre las secuencias homólogas del transgen y el virus de PLRV. Los eventos fueron caracterizados por PCR y Southern blot, evidenciándose que tenían en su genoma entre una a dos copias del transgen. Los ensayos serológicos de DASELISA seleccionaron cuatro eventos con alta resistencia (bajas o nulas concentraciones del virus PLRV) durante su infección primaria, secundaria y terciaria. Finalmente, se determinó por Northern Blot que la resistencia a PLRV está relacionada con la presencia de los fragmentos pequeños de ARN (ARNsi) formados a partir del mecanismo de ARNi. -- PALABRAS CLAVE: Papa, transformación, PLRV, ARNi, ARNsi.
-- Potato Leafroll Virus (PLRV) is responsible for severe losses in yield and quality of potato worldwide. There are native and wild potatoes with high levels of resistance to PLRV (Solanum brevidens, S. etuberosum, and S. chacoencse raphanifolium).The development of new varieties using these sources of resistance is one of the current challenges of genetic improvement crop, however the genetic nature of the potato in most cases is incompatible between varieties, moreover to obtain the desired resistance takes over 20 years. Therefore the direct insertion of a gene that confers resistance to a variety of commercial importance have a significant advantage. The present thesis evaluated ten events (Desiree variety) transformed with a hairpin-type construct, containing the RNA interference system (RNAi), it will keep active and constant the formation of dsRNA between the homology sequence of transgene and PLRV. The events were characterized by PCR and Southern blot; they had in their genome from one to two copies of the transgene. Serological tests of DAS-ELISA selected four events with high resistance (low or zero concentrations of PLRV) during primary, secondary and tertiary infection. Finally, it was determined by Northern Blot that the resistance to PLRV is related to the presence of fragments of small interference RNA (siRNA) formed from the mechanism of RNAi. -- KEY WORDS: Potato, transformation, PLRV, RNAi, siRNA.
Tesis

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Presumey, Jessy. "Cibler les monocytes inflammatoires par ARNi pour une immunothérapie innovante des maladies autoimmunes." Thesis, Montpellier 1, 2011. http://www.theses.fr/2011MON1T017/document.

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Abstract:

Les monocytes inflammatoires Ly-6Chigh murins, et leurs homologues humains CD14+CD16-, jouent un rôle important dans l'initiation et la persistance des maladies inflammatoires chroniques. Leur action délétère dans ces pathologies a mené au développement de stratégies thérapeutiques visant à les éliminer ou empêcher leur recrutement aux sites inflammatoires. Toutefois, ces méthodes se sont avérées peu spécifiques des monocytes et surtout d'une faible efficacité compte tenu de l'aspect hautement inflammatoire des monocytes. Le besoin de développer de nouvelles stratégies est donc nécessaire. Les objectifs de ma thèse ont donc été dans un premier temps de caractériser in vivo le ciblage spécifique des monocytes inflammatoires par la formulation liposomale DMAPAP. Dans un second temps, l'utilisation de DMAPAP pour formuler des siRNA a permis d'évaluer l'efficacité thérapeutique d'une stratégie basée sur l'inhibition spécifique de gènes jouant un rôle clef dans l'inflammation dans les monocytes inflammatoires. Mon travail a permis de montrer dans un modèle préclinique d'arthrite que l'inhibition de gènes régulateurs de l'inflammation dans les monocytes Ly-6Chigh est une approche thérapeutique efficace permettant d'induire une immunomodulation des réponses pathogéniques des lymphocytes T effecteurs, aboutissant au défaut de recrutement des cellules immunitaires dans les articulations et à une amélioration des signes cliniques. J'ai également validé le transfert de cette technologie ex vivo sur cellules humaines primaires. L'inhibition de gènes clefs dans les monocytes inflammatoires représente donc une stratégie prometteuse pour le développement de futures thérapies dans la polyarthrite rhumatoïde. Par ailleurs, mes résultats confirment le rôle central des monocytes inflammatoires dans les pathologies inflammatoires chroniques
Inflammatory mouse Ly6Chigh monocyte subset and its human counterpart, defined as CD14+ CD16-, play key roles in the initiation and chronicization of immune-mediated inflammatory disorders (IMID). Deleterious effects of monocytes led to the development of therapeutic strategies aiming at depleting them or preventing their recruitment to inflamed tissues. However, these methods are poorly specific with weak efficacy considering the high number of inflammatory monocytes and their marked level of activation. The need for developing new therapeutic approaches is obvious. The aim of my thesis was to characterize selective delivery of a siRNA-containing lipid formulation to the Ly-6Chigh monocyte population and at evaluating the therapeutic potential of this targeted strategy. Using the cationic lipid-based DMAPAP vehicle for in vivo RNAi-mediated gene silencing, my work allowed demonstrating, in a preclinical mouse model of arthritis, the efficacy to inhibit master genes of inflammation specifically within Ly-6Chigh monocytes upon systemic injection. Reduced disease severity in mice was associated with an overall systemic immunomodulation of the pathogenic T cell populations and led to defective mobilization of immune cells to arthritic joints. Importantly, the formulation was successfully optimized in a perspective of clinical application and the targeting of human CD14+CD16- inflammatory monocytes was validated ex vivo. Overall, my findings demonstrate that the silencing of a key gene within Ly-6Chigh monocytes is a promising strategy for future therapeutic intervention in the context of IMID and reinforces the pivotal role of Ly-6Chigh monocytes in inflammatory processes

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Lavigne, Jennifer. "Caractérisation de l'hyperexcitabilité cérébrale dans des modèles murins d'épilepsies génétiques et développement d'une nouvelle stratégie pour la réduire." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016AZUR4053/document.

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Abstract:

Mes travaux de thèse ont porté sur l’étude de deux modèles murins d’épilepsies génétiques de l’enfance liées à des mutations des canaux Nav1.1 (impliqués dans l’excitabilité des neurones inhibiteurs) : le Syndrome de Dravet (SD), une épilepsie pharmaco-résistante sévère, et l’Epilepsie Génétique avec Convulsions Fébriles Plus (EGCF+), présentant un phénotype plus modéré.Ils se sont décomposés en 3 axes : - La première partie mettant en évidence un phénomène d’épileptogenèse dans ces modèles murins.- La seconde permettant d’identifier des conditions expérimentales d’induction d'activités épileptiformes spécifiques du modèle murin du SD sur des tranches de cerveau.- La dernière consistant à mettre au point une stratégie pour réduire l’hyperexcitabilité cérébrale
During my thesis, I studied two murine models of childhood genetic epilepsies, caused by mutations of Nav1.1 channels (involved in the excitability of inhibitory neurons): Dravet Syndrome (DS), a severe and drug resistant epilepsy, and Genetic Epilepsy with Febrile Seizures Plus (GEFS+), characterized by a milder phenotype.My work is divided into three parts:- The first one revealed a process of epileptogenesis in these murine models.- In the second, I identified experimental conditions to induce epileptiform activities which are specific of the DS model in brain slices, which could allow pharmacological screens ex-vivo.- The third one was aimed at developing a new strategy to reduce cerebral hyperexcitability

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Lavigne, Jennifer. "Caractérisation de l'hyperexcitabilité cérébrale dans des modèles murins d'épilepsies génétiques et développement d'une nouvelle stratégie pour la réduire." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2016. http://theses.unice.fr/2016AZUR4053.

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Abstract:

Mes travaux de thèse ont porté sur l’étude de deux modèles murins d’épilepsies génétiques de l’enfance liées à des mutations des canaux Nav1.1 (impliqués dans l’excitabilité des neurones inhibiteurs) : le Syndrome de Dravet (SD), une épilepsie pharmaco-résistante sévère, et l’Epilepsie Génétique avec Convulsions Fébriles Plus (EGCF+), présentant un phénotype plus modéré.Ils se sont décomposés en 3 axes : - La première partie mettant en évidence un phénomène d’épileptogenèse dans ces modèles murins.- La seconde permettant d’identifier des conditions expérimentales d’induction d'activités épileptiformes spécifiques du modèle murin du SD sur des tranches de cerveau.- La dernière consistant à mettre au point une stratégie pour réduire l’hyperexcitabilité cérébrale
During my thesis, I studied two murine models of childhood genetic epilepsies, caused by mutations of Nav1.1 channels (involved in the excitability of inhibitory neurons): Dravet Syndrome (DS), a severe and drug resistant epilepsy, and Genetic Epilepsy with Febrile Seizures Plus (GEFS+), characterized by a milder phenotype.My work is divided into three parts:- The first one revealed a process of epileptogenesis in these murine models.- In the second, I identified experimental conditions to induce epileptiform activities which are specific of the DS model in brain slices, which could allow pharmacological screens ex-vivo.- The third one was aimed at developing a new strategy to reduce cerebral hyperexcitability

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Baron, Hylma Carolina. "Rôle de la protéine NSP3 dans la traduction de son propre ARN messager et sur la synthèse des autres protéines virales." Paris 11, 2008. http://www.theses.fr/2008PA114827.

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Abstract:

L’efficacité de la réplication virale dépend en grande partie de la capacité des virus à contourner l’appareil cellulaire à leur propre bénéfice. Pour compléter leur cycle viral, les virus synthétisent leurs protéines en utilisant la machinerie de traduction cellulaire. Dans le cas du Rotavirus, la traduction de ses ARNm, non polyadénylés mais coiffés à l’extrémité 5’, se réalise grâce à la protéine virale non structurale NSP3. Cette protéine reconnaît les 5 derniers nucléotides de l’extrémité 3’ des ARNm viraux, lesquels constituent une séquence consensus (UGACC dans le groupe A de Rotavirus). Cette protéine virale prend la place de la protéine polyA binding protein (PABP) dans le complexe de traduction cellulaire, permettant l’interaction entre les ARNm viraux et le facteur d’initiation de la traduction cellulaire eIF4G. La formation de ce complexe cependant va agir au détriment de la traduction des ARNm cellulaires. L’objectif de mon travail a été de confirmer le rôle essentiel de la protéine NSP3 dans la traduction des ARNm viraux. Pour cela, nous avons choisi de co-transfecter l’ARNm du gène 11 (codant NSP5) et l’ARNm de NSP3. Nos résultats montrent que la protéine NSP3 est indispensable pour la traduction des ARNm viraux mais également pour celle d’un gène rapporteur (Renilla luciférase). En effet nous avons montré que NSP3 est capable de se lier sur son propre ARNm afin de stimuler sa propre traduction et celle des autres protéines virales. Par ailleurs, nous avons montré en utilisant la technique des petits ARN interférents qu’une diminution de la quantité de NSP3 entraîne une diminution significative sur la synthèse des protéines virales et du pourcentage de cellules infectées tôt dans l’infection. Ces résultats confirment l’importance de NSP3 dans la traduction des ARNm viraux dans les premiers moments de l’infection. La seconde partie de ce travail a été consacrée à la recherche d’une voie alternative pour la traduction de l’ARN codant NSP3. Par la technique des ARNi interférents, nous avons inhibé l’expression du facteur de traduction eIF4GI et de la protéine DAP5 impliqués respectivement dans la traduction dépendante ou indépendante de la coiffe. Nous avons étudié aussi la phosphorylation du facteur eIF2a, un autre facteur impliqué dans la traduction des ARNm viraux. Enfin nous avons obtenus des résultats préliminaires sur l’influence des miRNA cellulaires sur la traduction des protéines de Rotavirus. Nos résultats montrent que les ARNm viraux de Rotavirus pourraient utiliser plusieurs voies alternativement ainsi que différents facteurs pour traduire ses propres ARNm
Rotavirus NSP3 binds simultaneously the 3’end of viral mRNAs and the translation initiation factors eIF4G and thus enhances viral mRNAs translation and impairs cell mRNAs translation. The role of NSP3 in rotavirus mRNA translation was further investigated by transfection of rotavirus mRNAs encoding NSP3 and NSP5 made in vitro. Using this assay, which mimics rotavirus infection, we show that the synthesis of NSP3 has a positive effect on its own expression and then allows efficient translation of the other rotavirus mRNA. Mutations in the RNA encoding NSP3 that impairs NSP3 binding to RNA or to eIF4G as well as mutation on the 3’ end of NSP3 own mRNA disrupt this positive effect, reduce NSP3 expression and reduce other rotavirus mRNA translation. Study by cell flow fluorometry of NSP3 expression at early time post infection confirms this observation. The expression of NSP3 during rotavirus infection preceed other viral proteins expression and lowering NSP3 expression by RNAi early reduce virus infection. Our work shows that the role of NSP3 in rotavirus translation is particularly important at the onset of infection when viral mRNAs have to compete with cellular mRNAs to reach the cell translation machinery

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Alwan, Rayan. "Criblage par ARN interférence pour l'identification de nouveaux gènes impliqués dans la différenciation myogénique." Thesis, Limoges, 2017. http://www.theses.fr/2017LIMO0015/document.

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Abstract:

La myogénèse est un processus multi-étapes hautement régulé impliquant la prolifération et la différenciation de myoblastes. Bien que la myogenèse ait été largement décrite, les mécanismes de régulation qui régissent ce processus complexe sont encore mal connus, notamment les réseaux de gènes et les interactions potentielles entre les voies de signalisation impliquées. Afin d'identifier de nouveaux gènes jouant un rôle dans la différenciation myogénique, j’ai mis en place un nouveau protocole in vitro, basé sur la lignée myoblastique C2C12, l’utilisation de l’ARN interférence et l'analyse quantitative d'images d'une grande quantité de myoblastes différenciés. J’ai pu inactiver une centaine de gènes et par une analyse quantitative de la densité cellulaire, de la quantité de myotubes, de la morphologie du myotube et de l'indice de fusion, j’ai pu montrer que six gènes parmi les 100 sont impliqués à la fois dans la prolifération et la différenciation des cellules C2C12 et 13 gènes jouant un rôle uniquement dans l’étape de différenciation. Nos résultats montrent que notre crible peut être un outil efficace pour détecter aussi bien les phénotypes subtils permettant l'identification de nouveaux régulateurs myogéniques chez les mammifères
Myogenesis is a highly regulated multi-step process involving myoblast proliferation and differentiation. Although studies over the last decades have identified several factors governing these distinct major phases, many of them are not yet known. In order to identify novel genes, we took advantage of the C2C12 myoblastic line to establish a functional siRNA screen combined with quantitative-imaging analysis of a large amount of differentiated myoblasts. We knocked down 100 mouse-preselected genes without a previously characterized role in muscle. Using image analysis, we tracked gene-silencing phenotypes by quantitative assessment of cellular density, myotube quantity, myotube morphology and fusion index. Our results have revealed six genes involved in both stages of C1C12 myogenesis and 13 genes specific to the differentiation stage. These findings prove that our RNAi-based screen could be an efficient tool to detect clear and subtle phenotypes allowing the identification of new myogenic regulators in Mammals

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Bergami, Francesco. "The glutamine-rich N-terminal extension of Drosophila AGO2 mediates antiviral RNA interference in a TRiC/CCT dependent manner." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ094.

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Abstract:

L’analyse par spectrométrie de masse des protéines qu’interagies avec Dicer-2, R2D2 a identifié six sur huit composés du complexe chaperon TRiC / CCT. L’élimination de l'un des six composants du complexe TRiC / CCT identifiés par spectrométrie de masse a conduit à une réplication virale accrue d'au moins un des trois virus testés. L’ensemble des mes résultats suggèrent un rôle nouveau pour le complexe TRiC / CCT dans l'ARNi antiviral. Mes résultats soulèvent la question de savoir pourquoi le GRR d’AGO2 semble être nécessaire dans le contexte d'une réponse antivirale. Mes résultats indiquent que le complexe TRiC / CCT participe à l’étape de dissociation et à la relocalisation dynamique d'AGO2-L pendant l’infection virale
The mass spectrometry analysis of the complexes associating with Dicer-2, R2D2, and AGO2 identified six out of the eight subunits forming the TRiC/CCT complex. Knockdown of one of the six subunits identified is sufficient to increase the replication of DCV (DrosophilaC Virus). My results identify an interaction between the TRiC/CCT complex and the antiviral RNA interference. This interaction raises the question of how the GRR region of AGO2 is necessary for the antiviral response. My results suggest that the TRiC/CCT complex is involved in the dynamic dissociation and relocalization of AGO2 during viral infection

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Stierlé, Vérène. "Reversion du phénotype de résistance multiple aux antitumoraux par les petits ARNs interférents." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066612.

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Andrieu, Aurélie. "Explorer les voies de l’ARN interférence par initiation in planta pour dévoiler la fonction des gènes chez le riz (Oryza sativa L. ) et le cacaoyer (Theobroma cacao L. )." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20174.

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Abstract:

Découvrir la fonction de l'ensemble des gènes végétaux est devenue une priorité depuis l'avènement des méthodes récentes de séquençage. Outre le nombre sans cesse croissant de génomes entièrement séquencés, à l'image de celui du riz, le nombre de séquences exprimées disponibles, ADNc et EST, est lui aussi en augmentation constante. C'est notamment le cas pour le cacaoyer (Theobroma cacao L. ) à travers un projet de séquençage d'EST réalisé au CIRAD Montpellier (Argout et al. , 2008), qui a permis de générer 149 650 ESTs. L'analyse bioinformatique de ces séquences a permis de repérer plusieurs gènes candidats potentiellement impliqués dans la résistance aux pathogènes, ou encore dans la qualité de la fève. La masse de données issue de ces programmes de séquençage nécessite maintenant de pouvoir disposer de méthodes efficaces à haut débit pour l'analyse fonctionnelle des gènes identifiés. Plusieurs techniques sont actuellement utilisées avec succès pour déterminer la fonction des gènes chez les plantes, mais la plupart d'entres elles impliquent l'utilisation de la transformation génétique stable, à l'image de la technologie d'inactivation de l'expression des gènes basée sur l'ARN interférence. Cette technique est couramment utilisée en génomique fonctionnelle car elle permet d'analyser avec efficacité et de manière ciblée la fonction des gènes. Ces travaux de thèse avaient pour objectif de développer un nouvel outil de génomique fonctionnelle permettant d'étudier la fonction des gènes avec efficacité et rapidité, sans avoir recours à la transformation génétique stable, en adaptant la technique d'agroinfection in planta pour initier et propager le mécanisme de l'ARNi dans la plante. La première étape de ces recherches a consisté à mettre au point une méthode d'expression transitoire de gènes dans les feuilles de riz et de cacaoyer par agro-infection. Si l'agro-infection in planta de cellules de feuilles de cacaoyer a été relativement aisée à obtenir en adaptant à cet arbre la méthode d'agro-infiltration de N. Benthamiana, aucune technique équivalente n'existait pour les céréales. L'agro-infection in planta du riz a donc nécessité de développer un protocole original, efficace et reproductible. Une fois la technique d'expression transitoire de gène validée pour ces deux espèces, des expériences d'extinction de gènes ciblées par ARNi ont été effectuées pour trois gènes endogènes pin1, chs et slr1, ainsi qu'un transgène gus pour le riz, et pour trois endogènes pin1, chs et pds pour le cacaoyer. Pour tous les gènes ciblés, il a été possible d'induire l'ARNi dans les cellules végétales. Après son initiation in planta, l'ARN interférence se maintient dans les tissus agro-infectés, ce qui conduit à une diffusion passive des siRNA dans les tissus situés autour de la zone agro-infectée, sans pour autant conduire à la mise en place d'un signal systémique permettant au mécanisme d'extinction de se propager dans l'organisme. Sur la base de ces résultats, une série d'expériences a été initié dans le tabac pour identifier les conditions nécessaires à la mise en place d'un tel signal systémique, et développer un nouveau protocole d'agro-infection des plantes d'intérêt

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BRIAND, JEAN-FRANCOIS. "Etude des arn polymerases de levure : caracterisation de la sous-unite rpb8 et co-regulation de la synthese des arnt et arnr." Paris 6, 2000. http://www.theses.fr/2000PA066076.

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Abstract:

La transcription de l'adn est assuree chez les eucaryotes, comme la levure saccharomyces cerevisiae, par 3 enzymes : les arn polymerases i, ii et iii qui transcrivent respectivement les arn ribosomiques, les arn messagers et les arn de transfert. Il existe 5 sous-unites communes essentielles entre les 3 enzymes et deux qui le sont entre les arn polymerases i et iii. La sous-unite commune rpb8 peut etre remplacee par son homologue chez l'homme. Cette construction est thermosensible a 37\c. Dans ce travail, nous avons montre qu'une autre sous-unite commune, rpb6, etait un partenaire genetique de rpb8. Nous avons pu aussi montrer que la grande sous-unite de chacune des 3 arn polymerases interagit specifiquement avec rpb8, au niveau d'une petite region homologue dans les 3 enzymes. Une mutagenese de rpb8 a identifie plusieurs acides amines critiques a sa fonction in vivo. Ces mutations modifient l'interaction de rpb8 avec les grandes sous-unites. Les arn polymerases i et iii possedent 7 sous-unites communes, il est alors tentant d'imaginer qu'elles puissent etre co-regulees. Pour repondre a cette question, nous avons utilise des mutants inactivant specifiquement chacune des trois arn polymerases et regarde leur influence sur les deux autres activites. Nous avons pu mettre en evidence un lien entre la synthese des arnt et la synthese des arnr. Cette regulation est due, en partie, a une inhibition de la maturation des pre-arnr et non un arret de la transcription. Nous avons observe reciproquement que des mutants de l'arn polymerase i interferent avec la formation des arnt.

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Majzoub, Karim. "The antiviral siRNA interactome in Drosophila melanogaster." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ075/document.

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Abstract:

La voie de l’ARN interférence (ARNi), en particulier celle des siRNA, constitue la défense antivirale majeure chez les plantes,les nématodes et les insectes. Le génome de l’organisme modèle Drosophila melanogaster code pour trois protéines, Dcr-‐2, AGO2 et R2D2, indispensables à cette voie. Les mouches mutantes pour une de ces trois protéines sont plus susceptibles et succombent plus rapidement aux infections virales comparées aux mouches sauvages. Beaucoup d’études biochimiques ont permis d’obtenir une image assez précise de la fonction moléculaire de ces trois protéines in vitro. Cependant, plusieurs études in vivo ont révélé une réalité plus complexe, probablement liée à l’association de ces molécules avec des cofacteurs. Ce manuscrit décrit les approches adoptées afin d’identifier les partenaires protéiques de la voie des siRNA et d’étudier leurs rôles, notamment dans un contexte infectieux. Dcr-‐2, AGO2 et R2D2 ont été étiquetés par génie génétique avec un tag de 16 acides aminés, reconnu par la biotin-‐ligase BirA, qui permet leur biotinylation après leurs transfections dans les cellules S2. Les cellules transfectées ont été ensuite soumises à différentes infections virales,notamment avec le virus C de la Drosophile (DCV) (Dicistroviridae), le virus de la stomatite vésiculaire (VSV) (Rhabdoviridae) ou le Flock House virus (FHV) (Nodaviridae). Les cellules ont été ensuite lysées au pic de l’infection et les complexes protéiques purifiés et analysés par spectrométrie de masse.[...]
Fighting viral infections is hampered by the scarcity of viral targets and their variability resulting in development of resistance. Viruses depend on cellular molecules for their life cycle, which are attractive alternative targets, provided that they are dispensable for normal cell fonctions. Using the mode! organism Drosophila melanogaster, we identify the ribosomal protein RACK1 as a cellular factor required for infection by the internai ribosome entry site (IRES) containing virus Drosophila C virus (DCV). We further demonstrate that inhibition of RACK1 in human liver cells impairs hepatitis C virus (HCV) IRES-mediated translation and infection. Inhibition of RACK1 in Drosophila and hurnan cells does not affect cell viability and proliferation, and RACK1-silenced adult flies are viable, indicating that this protein is not essential for general translation. Our findings demonstrate a specific function for ribosomal protein RACK 1 in selective mRNA translation and uncover a promising targe! for the development of broad antiviral intervention

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Broster, Christine. "Caractérisation et Ciblage de Protéines Essentielles via l'utilisation de nanobodies chez Trypanosoma brucei." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0158.

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Abstract:

Les parasites de la classe des Kinetoplastidae, comprenant notamment les trypanosomes et les leishmanies, sont responsables pour plusieurs maladies d’importance socio-économique et de santé publique. La maladie du sommeil, la maladie de Chagas et la leishmaniose, classées comme maladies tropicales négligées (NTD) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et la Surra, reportée par l’Organisation pour l’alimentation et l’agriculture, des Nations Unies (FAO). La Trypanosomiase Animale Africain sub-saharienne entraîne la mort de 3 millions bovins par an accompagné d'une perte annuelle de l'économie de 4,5 milliards de dollars américains. La leishmaniose cutanée, une maladie zoonose, présente 1,5 millions de nouveaux cas chaque année.Trypanosoma brucei (T. brucei) est un ancien eucaryote, utilisé comme organisme modèle dans le laboratoire pour l’étude des cils et des flagelles. Le remodelage du cytosquelette des trypanosomes est essentiel pour la morphologie cellulaire, le positionnement et la division des organites. L’étude des protéines essentielles du cytosquelette permet de mieux comprendre les processus cellulaires. Ces protéines pourraient également constituer des cibles potentielles pour des traitements thérapeutiques. Les trypanosomes échappent au système immunitaire de l’hôte en modifiant périodiquement les antigènes de présent à leur surface. En effet ces antigènes de surface sont endocytés, ainsi que les anticorps de l’hôte qui y sont attachés, au niveau d’une structure appelée la poche flagellaire (FP). TbBILBO1 est une protéine structurelle du collier de la poche flagellaire (FPC), essentielle à la biogenèse du FPC et à la survie du parasite. En raison du rôle majeur de la protéine TbBILBO1 dans le parasite, des partenaires de TbBILBO1 ont été recherchés.Dans ce travail, j’ai pu caractériser une nouvelle protéine essentielle du cytoskelette, la protéine FPC6, partenaire de TbBILBO1, qui se situe au niveau du complexe FPC/Complexe du Hook de T. brucei. L’ARN interférence de FPC6 conduit à une mort rapide des formes sanguines des trypanosomes, accompagnée d’un blocage de l’endocytose. Ensuite, j’ai produit un nanobody (Nb48), dirigé contre TbBILBO1, dans le système d’expression bactérien. Je l’ai également exprimé dans les lignées de trypanosomes. Le Nb48 reconnait TbBILBO1 sur les trypanosomes fixés par immunofluorescence et dans les extraits totaux de protéines dénaturées. L’analyse par résonance plasmonique de surface (SPR) a confirmé une haute affinité du Nb48 pour TbBILBO1. L’expression de Nb48 dans le parasite T. brucei en tant qu’intrabody demontrant que ce nanobody pouvait être exprimé de manière fonctionnelle, capable de reconnaitre spécifiquement sa cible protéique, TbBILBO1, intra-cellulaire et de bloquer sa fonction conduit à un effet trypanocide rapide. Ces études ouvrant ainsi la voie pour de nouvelles utilisations potentielles thérapeutiques dans le traitement des trypanosomiases
Kinetoplastid parasites, including trypanosomes and leishmania, are responsible for several diseases of socio-economic and public health importance worldwide. These include the Neglected Tropical Diseases: Sleeping Sickness, Chagas disease and Leishmaniasis, as classified by the World Health Organisation (WHO) and the global wasting disease of animals, Surra, as reported by the Food and Agricultural Organisation of the United Nations (FAO). Animal African Trypanosomiais (AAT) causes the death of 3 million cattle per year in sub-Saharan Africa, with an annual loss of 4.5 billion US dollars to the African economy. Cutaneaous leishmaniasis is a zoonotic disease, with 1.5 million new cases reported globally each year.Trypanosoma brucei is an ancient, early diverging eukaryote, used as a model organism in the laboratory for studying eukaryotic cilia and flagella. Remodelling of the trypanosome cytoskeleton is essential for cell morphology, organelle positioning and division. Study of essential proteins of the cytoskeleton provides insight into intracellular processes and could provide potential targets for therapeutic interventions. Trypanosomes evade the host immune system by periodically changing their external surface coat, which is endocytosed, along with any attached host antibodies, via a structure called the flagellar pocket. TbBILBO1 is a structural protein of the Flagellar Pocket Collar (FPC) that is essential for FPC biogenesis and parasite survival. Due to the importance of TbBILBO1 for the parasite, protein partners were investigated.In my thesis, I describe, firstly, the characterisation of a novel and essential cytoskeletal protein, FPC6, of the FPC/Hook complex of T. brucei; FPC6 is a partner of TbBILBO1. RNAi Knock-down of FPC6 protein leads to rapid cell death in the blood-stream form of the parasite accompanied with a block in endocytosis. Secondly, I describe the purification and intracellular expression of a nanobody (Nb48), raised against TbBILBO1. The purified Nb is able to identify TbBILBO1 in fixed trypanosomes and denatured protein. Surface Plasmon Resonance analysis confirmed a high affinity of Nb48 to TbBILBO1. Expression of Nb48 as an intrabody in T. brucei, reveals that it binds precisely to its target, TbBILBO1 and leads to rapid cell death. Further exploration of the potential uses of this trypanocidal nanobody is warranted

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Gil, Jr José. "Characterizing the 3D organization of holocentric chromosomes in Bombyx mori." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2022. http://www.theses.fr/2022UPSLS084.

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Abstract:

L'organisation du génome dans le noyau cellulaire a été observée et décrite dans différents organismes depuis plus de 140 ans. La plupart des organismes où cela a été fait sont monocentriques, c’est-à-dire dont les chromosomes n’ont qu’un seul centromère. Il a été montré que les centromères contraignent fortement l'architecture des chromosomes en interphase, et j'ai contribué lors de ma thèse à l’écriture d’une revue décrivant ce phénomène (Muller et al., 2019). Cependant, à travers l'Arbre de la Vie eucaryote, on peut trouver plusieurs exemples d'organismes qui sont holocentriques, c’est-à-dire qui ont plusieurs centromères distribués sur toute la longueur de leurs chromosomes. Pour étudier l'impact des centromères sur ce type de chromosomes, nous avons choisi comme organisme modèle le ver à soie, Bombyx mori. Bien que les chromosomes holocentriques de B. mori aient fait l'objet d'études décrivant l'organisation et la formation de leurs centromères et kinétochores (Cortes-Silva et al., 2020 ; Senaratne et al., 2021), l'organisation de leur génome reste à décrire. Ma thèse vise à caractériser l'organisation du génome de B. mori en utilisant des techniques basées sur le séquençage et des approches bioinformatiques sur deux systèmes expérimentaux.Dans la première partie de ma thèse, j'ai utilisé une combinaison de données Hi-C et ChIP-Seq d'embryons de B. mori pour identifier et caractériser les caractéristiques de l'organisation du génome. En utilisant les techniques Hi-C, j'ai produit des cartes de contact pour les 28 chromosomes de l'assemblage du génome de B. mori et j'ai pu montrer que les chromosomes de B. mori établissent des contacts peu fréquents entre eux, ce qui donne lieu à des territoires chromosomiques forts. J'ai ensuite combiné ces données Hi-C avec des ensembles de données ChIP-Seq correspondant à plusieurs marques épigénétiques de l'embryon de B. mori afin de définir et de caractériser les compartiments chromosomiques. Cette étude a révélé que les chromosomes de B. mori sont organisés en trois compartiments à l'échelle du génome : A, B et X. Les compartiments A et B de B. mori rappellent ceux décrits pour la première fois dans les chromosomes humains. Le compartiment X est composé de régions très compactes et pauvres en gènes qui n'interagissent ni avec les deux autres compartiments, ni avec des compartiments similaires sur le même chromosome. Ces résultats sont inclus dans une étude à laquelle j'ai participé et qui décrit l'organisation du génome des embryons de B. mori (Muller et al., en cours).Dans la deuxième partie de ma thèse, je me suis tourné vers les lignées cellulaires de B. mori afin de déterminer certains des facteurs contribuant à cette organisation du génome. Pour ce faire, j'ai utilisé l'ARN interférence pour perturber les centromères, les cohésines et les condensines, dont l'impact sur l'organisation du génome a été démontré chez d'autres organismes. J'ai acquis des données Hi-C, profilé différentes marques épigénétiques dans chaques conditions, et montré que les centromères et les complexes SMC jouent un rôle dans l'organisation du génome de B. mori, la cohésine et la condensine II ayant des effets opposés sur le repliement des chromosomes à courte et longue distance. Pour analyser correctement ces données, j'ai développé des outils bioinformatiques pour tenir compte de la nature holocentrique des chromosomes de B. mori. J'ai également eu l'occasion de mettre mes compétences en bioinformatiques au service d'une collaboration portant sur l'appariement méiotique des chromosomes de B. mori (Rosin et al., 2021). Ensemble, en utilisant Hi-C et ChIP-Seq et en effectuant l'analyse bioinformatique des deux, j'ai pu décrire pour la première fois l'organisation du génome de B. mori et caractériser les rôles des facteurs qui y contribuent
The genome’s organization within the cell nucleus has been observed and described in various different organisms for over 140 years. Most of the organisms where this has been done are monocentric, or organisms that have chromosomes with a single centromere. Studies have shown that centromeres strongly constrain the architecture of chromosomes in interphase and during my thesis, I contributed to a review describing this phenomenon (Muller et al., 2019). However, across the eukaryotic tree of life you can find several examples of organisms that are holocentric, or organisms that have centromeres distributed along the entire length of their chromosomes. To study the impact of centromeres on these types of chromosomes, we choose the silkworm, Bombyx mori, as our model organism. Although the holocentric chromosomes of B. mori have been subjects of studies describing the organization and formation of their centromeres and kinetochores (Cortes-Silva et al., 2020; Senaratne et al., 2021), their genome organization has yet to be described. My thesis aims at characterizing the genome organization of B. mori with the use of sequencing-based techniques and bioinformatic approaches on two experimental systems.In the first part of my thesis I used a combination of Hi-C and ChIP-Seq data from B. mori embryos to identify and characterize genome organizational features. Using Hi-C, I produced contact maps for all 28 chromosomes of the B. mori genome assembly and I was able to show that B. mori chromosomes make infrequent contacts between themselves resulting in strong chromosome territories. I then combined this Hi-C data with ChIP-Seq data sets corresponding to several B. mori embryo epigenetic marks in order to define and characterize chromosome compartments. This study revealed that B. mori chromosomes are organized into three genome-wide compartments: A, B and X. The A and B compartments in B. mori are reminiscent of those first described in human chromosomes. The X compartment is composed of highly compact, gene-poor regions that do not interact with the other two compartments, nor with like compartments on the same chromosome. These findings are included in a study that I was a part of describing the genome organization of B. mori embryos (Muller et al., in progress).In the second part of my thesis I turned to B. mori cell lines in order to determine some of the factors contributing to this genome organization. In order to do this, I used RNAi to perturb centromeres, cohesins and condensins which have been shown to have an impact on genome organization in other organisms. I acquired Hi-C data and profiled different epigenetic marks in each condition and show that centromeres and SMC complexes play a role in B. mori genome organization with cohesin and condensin II having opposite effects in short- and long-range chromosome folding. To properly analyze this data, I developed bioinformatic tools to account for the holocentric nature of B. mori chromosomes. I even had the chance to contribute my bioinformatic skill set to a collaboration studying meiotic pairing of B. mori chromosomes (Rosin et al., 2021). Taken together, using Hi-C and ChIP-Seq and performing the bioinformatic analysis of both, I was able to describe for the first time the genome organization of B. mori and characterize the roles of factors contributing to it

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Bruniaux, Jonathan. "Développement de nanoparticules lipidiques pour la délivrance de courtes séquences d'ARN interférents." Thesis, Grenoble, 2014. http://www.theses.fr/2014GRENV025/document.

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Abstract:

L'ARN interférence est un mécanisme d'inhibition post-transcriptionnel, capable de réguler l'expression des gènes. Ce mécanisme endogène, activé par l'intermédiaire de microARN, peut être détourné après transfection de cours fragments d'ARN synthétiques, notamment les siARN. Cette technique autorise ainsi le ciblage spécifique de l'ensemble des gènes composant le génome, dont l'extinction transitoire permet d'étudier à la fois leurs fonctions, mais aussi de découvrir de nouvelles cibles thérapeutiques ou de nouveaux biomarqueurs. Ce très fort potentiel pour la recherche in vitro se retrouve également in vivo, où l'ARN interférence peut être directement utilisé comme agent thérapeutique pour des situations pathologiques telles que les cancers, les infections ou les maladies systémiques. Cependant, la délivrance intra-cytoplasmique des ARN interférents exogènes est nécessaire pour déclencher ce mécanisme de régulation. À l'heure actuelle, en dépit de nombreuses méthodes de transfection développées dans la littérature, cette étape de délivrance reste une limite importante selon les applications envisagées.En ce sens, ces travaux de thèse ont permis de développer un nouveau vecteur à base de nanoparticules lipidiques cationiques, les cLNP, dédié à la transfection cellulaire de siARN. Cette formulation de cLNP a été adaptée, à l'aide d'un plan d'expérience, d'une formulation neutre de LNP permettant l'encapsulation de molécules lipophiles pour des applications en imagerie de fluorescence et/ou de délivrance de médicaments liposolubles. Les caractérisations physico-chimiques des particules cLNP ont démontré une très forte stabilité colloïdale, à la fois pour dans les tampons aqueux et dans les milieux de culture cellulaire complémentés par du sérum. En outre, ces nano-vecteurs se sont avérés extrêmement efficaces pour établir et conserver des liaisons électrostatiques avec des siARN, permettant ainsi d'obtenir rapidement des complexes démontrant une stabilité élevée dans le temps. Les efficacités d'inhibition fonctionnelle de ces nanoparticules ont été testées avec succès sur 3 lignées cellulaires différentes (PC3, HeLa et U2OS). L'ensemble des résultats obtenus confirme le fort potentiel de ce nouveau nano-vecteur, en termes d'inhibition fonctionnelle et d'absence de cytotoxicité, et le positionne parmi les meilleurs agents de transfection commerciaux testés. Ces caractéristiques sont complétées par des capacités de multi-modalité, dont la possibilité d'encapsuler dans le cœur des particules des drogues ou des fluorophores lipophiles. Enfin, des tests préliminaires réalisés sur des cellules considérées comme difficile à transfecter (cellules primaires, cellules non-adhérentes, neurones), ou sur des structures cellulaires tridimensionnelles plus complexes, ouvrent de nouvelles perspectives extrêmement prometteuses
L'auteur n'a pas fourni de résumé en anglais

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Holz, Correia Carine Lidiane. "Dynamique de l’émergence in vitro des mutants d’échappement du virus de la peste des petits ruminants (PPRV) face à l’activité ARN interférente ciblant le gène de la nucléoprotéine : implications pour les stratégies thérapeutiques." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20126.

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Abstract:

Les membres du genre Morbillivirus, famille Paramyxoviridae sont responsables de graves maladies chez l'homme et les animaux, comme la rougeole, la peste bovine (RP) et la peste des petits ruminants (PPR). Malgré l'existence de vaccins efficaces contre ces maladies, des traitements spécifiques sont souhaitables. L'inhibition de la réplication de ces virus peut-être acquise par interférence ARN (ARNi), un mécanisme d'inhibition post-transcriptionnel déclenché par des séquences courtes d'ARN double-brin (siARN). Le CIRAD a précédemment identifié 3 siARNs ciblant des régions conservées du gène de la nucléoprotéine virale capables d'inhiber au moins 80% de la réplication in vitro des virus de la rougeole, de la RP et de la PPR. Cependant, un problème majeur dans la stratégie d'ARNi est le risque d'apparition de virus résistants. Dans cette étude, nous avons évalué le risque d'apparition de mutants d'échappement du virus de la PPR sous pression de sélection de 3 siARNs appliqués seul ou en association après plusieurs transfections successives in vitro. Excepté pour la combinaison des 3 siARNs, le virus a échappé à l'ARNi après 3 à 20 passages consécutifs, avec des mutations simples ou multiples (synonymes ou pas) ou une délétion de 6 nucléotides dans la zone cible des siARN. Ces résultats mettent en évidence une plasticité génomique inattendue des morbillivirus surtout illustrée par cette délétion non-délétère d'une partie significative d'un gène viral essentiel, qui devrait être considérée comme un obstacle à l'utilisation de l'ARNi comme thérapie antivirale. Cependant, l'utilisation combinée de 3 siARNs peut être proposée pour diminuer le risque d'échappement aux siARNs
Viruses in the genus Morbillivirus, within the family Paramyxoviridae are responsible for severe humans and animal diseases, including measles, rinderpest (RP) and peste des petits ruminants (PPR). In spite of the existence of efficient vaccines against these diseases, specific treatments to be applied when the infection is already present are desirable. Inhibition of morbillivirus replication can be achieved by RNA interference (RNAi), a mechanism of post-transcriptional gene silencing triggered by small double-stranded RNA (siRNA). The CIRAD previously identified three siRNAs that target conserved regions of the essential gene encoding the viral nucleoprotein and are able to prevent in vitro at least 80% of the replication of measles, RP and PPR viruses . However, a major problem in RNAi is the important risk of emergence of escape mutants. In this study, we investigated the ability of PPR virus to escape the inhibition conferred by single or multiple siRNAs after several consecutive transfections in vitro. Except with the combination of the three different siRNAs, the virus systematically escaped RNAi after 3 to 20 consecutive passages. The mutations were characterized by either single or multiple punctual nucleotide mutations (synonymous or not) or a deletion of a stretch of 6 nucleotides into the siRNA target. These results demonstrate that the genomic plasticity of morbilliviruses, illustrated maily by this significant and no-deleterious deletion in an essential viral gene, should be considered as an obstacle to the use of RNAi in antiviral therapy. However, the combined use of three siRNAs can be proposed to prevent treatment failure with siRNAs

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Särnbrink, My. "Arns makt : Representationer av makt, positivt kapital och livsmål i berättelserna om tempelriddaren Arn." Thesis, Linköpings universitet, Kultur, samhälle, mediegestaltning, 2011. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-70805.

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Abstract:

Uppsatsen behandlar böckerna och filmerna om Arn och undersöker genom berättelserna vilka representationer av makt, positivt kapital och livsmål som gestaltas. Uppsatsen baseras på den teoretiska tanken att populärkultur innehåller representationer med budskap, värderingar, normer och föreställningar gällande vår verklighet och därigenom påverkar vår uppfattning om världen, vår plats i samhället, vår identitet och vår uppfattning om vad som är värdefullt, viktigt och sant.
My Särnbrink hette tidigare My Ravin.

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Santamaria, Aguilar Sara [Verfasser], Athanasios [Akademischer Betreuer] Vafeidis, and Arne [Gutachter] Arns. "Analysis of trends and variability of water levels / Sara Santamaria Aguilar ; Gutachter: Arne Arns ; Betreuer: Athanasios Vafeidis." Kiel : Universitätsbibliothek Kiel, 2020. http://d-nb.info/1234451344/34.

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Ivain, Lorraine. "Virulence et résistance aux antibiotiques du staphylocoque doré : recherche des ARNm ciblés par deux ARN régulateurs." Thesis, Rennes 1, 2017. http://www.theses.fr/2017REN1B016/document.

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Abstract:

Staphylococcus aureus est une bactérie pathogène opportuniste de l’Homme et de l’animal qui représente l’une des premières causes d’infections nosocomiales. A l’heure actuelle, la sévérité de ces infections est accentuée par l’augmentation des multi-résistances aux antibiotiques qui en font un problème majeur de santé public. La découverte et l’étude des ARN régulateurs (ARNrég) exprimés par le staphylocoque doré a permis de mettre en évidence leurs rôles de régulateurs de l’étape de colonisation et d’infection (quorum sensing, virulence, résistance aux antibiotique, adaptation environnementales). Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à l’étude de deux ARNrég, SprD impliqué dans la virulence de la bactérie sur modèle animal murin et SprX régulant la résistance aux glycopeptides. Dans le but de comprendre les bases moléculaires de leurs rôles dans la bactérie, nous avons souhaité identifier et valider l’ensemble des cibles directes à ces deux ARN. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à l’étude des nouvelles cibles de SprX. Pour cela, nous avons mis en place une approche in vivo de validation des cibles des ARNrég basée sur la technique des gènes rapporteurs. Nous avons ainsi pu valider deux nouvelles cibles de SprX, les ARNm ecb et purC impliqués respectivement dans l’évasion du système immunitaire et dans le métabolisme des purines. SprX interagit au niveau du site d’initiation de la traduction de ces deux ARNm, et inhibe leurs traductions. Par la suite, nous avons souhaité rechercher de nouvelles cibles pour SprD. Nous avons pu adapter à S. aureus une technique d’identification de nouvelles cibles des ARNrég. L’ensemble des résultats obtenus permettent de préciser les rôles déjà connus des deux ARNrég et offrent de nouvelles possibilités concernant l’étude et la validation des cibles potentielles
Staphylococcus aureus is an opportunistic pathogen that causes a wide variety of nosocomial and community-acquired infections. Its adaptive capacities, multiple antibiotic resistances and high virulence makes it a major public health issue. The discovery and study of small regulatory RNAs (sRNAs) expressed by S. aureus showed their implication in the switch colonization to host infection. During my phD, I focused on the study of two sRNAs: (i) SprD, involved in staphylococcal virulence and (ii) SprX which regulates glycopeptides resistance. To understand the molecular basis of their roles in staphylococcal physiology, we searched for their direct targets using two different techniques. For SprX, we set up an in vivo technique to validate mRNA targets previously predicted using bioinformatics tools. This method based on the use of a fluorescent reporter gene allowed us to validate two novels SprX targets, the ecb and purC mRNAs involved in immune evasion system and purine metabolism, respectively. We further showed that SprX interacts at the ribosome binding sites preventing translation initiation. In another chapter of my phD project, we adapted the MAPS technique to S. aureus and applied it to the search of SprD direct partners by affinity purification of sRNA-mRNA duplexes. Overall, the results obtained during my thesis allowed us to precise the roles of SprD and SprX and will offer novel possibilities for the staphylococcal community to identify and/or validate of sRNA targets

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Guigou, Ludovic. "L'arginyl-ARNt synthétase de mammifère : rôle des interactions protéine-protéine et protéine-ARN sur son activité." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112141.

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Abstract:

Les aminoacyl-ARNt synthétases (aaRSs) catalysent la liaison entre un ARNt et son acide aminé correspondant. Chez trois aaRSs, l'activation de l'acide aminé ne se produit qu'en présence de l'ARNt spécifique. L'étude de ce comportement chez l'ArgRS de hamster a montré que trois points de contact avec l'ARNt sont importants dans l'étape d'activation : les bases A76, C35 et A20. Ces trois bases doivent être porte��es par un ARNt possédant à la fois une certaine rigidité (forme en "L" intacte) et une certaine flexibilité (apportée ici par des paires G-U). Nous en concluons que le déclenchement de l'activation implique un ajustement induit réciproque entre l'ARNt et l'ArgRS. Les enzymes du complexe multi-aaRSs des eucaryotes supérieurs contiennent des domaines basiques additionnels dont certains interagissent avec les ARNts. Nous montrons que la présence de ces domaines permet d'augmenter l'affinité du complexe pour les ARNts spécifiques de ses neufs enzymes uniquement. Le corps catalytique des aaRSs du complexe impose donc sa spécificité aux domaines basiques, ces derniers augmentant l'affinité entre le corps catalytique et l'ARNt. La protéine p43, une protéine du complexe multi-aaRSs liant les ARNts et interagissant avec l'ArgRS, ne joue pas le rôle de cofacteur en trans de cette enzyme. Des cristaux d'un dérivé de la protéine p43 ont été obtenus et la structure résolue par remplacement moléculaire. Les résidus N-terminaux impliqués dans la fixation de l'ARNt sont invisibles dans la carte de densité électronique. Une mise au point des conditions de préparation du complexe multi-aaRS en vue d'une étude structurale par microscopie électronique et cristallographie a été réalisée
Each aminoacyl-tRNA synthetase catalyze the esterification of its cognate amino acid to the 3'-end of its cognate tRNA(s). Some aminoacyl-tRNA synthetases (aaRSs) catalyze the amino acid activation step only in the presence of a cognate tRNA. This behaviour has been studied in Arginyl-tRNA synthetase (ArgRS) from hamster. Our results show that three contact points with the tRNA molecule are important in the activation step : bases A76, A20 and C35. These three bases must be presented by a tRNA possessing both rigidity (intact " L " shape) and flexibility (provided by G-U base-pairs). We conclude that the triggering of the activation step in ArgRS implies an induced-fit mechanism. Enzymes from the multi-aaRSs complex found in higher eukaryotes display additional basic domains, some of them interacting with tRNAs. We show that these domains increase the affinity of the enzymes of the complex for their specific tRNAs only. Thus, the catalytic body of each enzyme determines its specificity, while the additionnal basic domains increase the affinity of the enzymes for their specific tRNA(s). The p43 protein, a component of the complex able to interact with tRNAs and ArgRS, does not affect the catalytic parameters of this enzyme. Crystals of a short form of the p43 protein have been obtained and the structure has been solved by molecular replacement, but the N-terminal residues, that are responsible for the interaction with tRNAs, are not visible. Conditions for the isolation of the multi-aaRSs complex have been refined in order to carry out a structural study using cryo-electron microscopy and crystallography

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Cremer, Stephan [Verfasser], Arnd [Akademischer Betreuer] Timmermann, Arno [Akademischer Betreuer] Olthoff, and Thomas [Akademischer Betreuer] Crozier. "LMA Supreme, I-Gel und Larynx-Tubus-Suction-D : eine prospektiv randomisierte, vergleichende Evaluation mittels fiberoptischer Kontrolle und Farbindikatoren / Stephan Cremer. Gutachter: Arnd Timmermann ; Arno Olthoff ; Thomas Crozier. Betreuer: Arnd Timmermann." Göttingen : Niedersächsische Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen, 2012. http://d-nb.info/1042925631/34.

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Arguin, Mélina. "Rôle de la protéine chaperonne Hfq dans la spécificité de l'appariement du petit ARN RyhB avec ses ARNm cibles." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2007. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3868.

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Abstract:

Un intérêt certain s'est développé pour les petits ARN (sRNA) depuis qu'ils ont été identifiés comme d'importants régulateurs métaboliques et adaptateurs aux stress chez la bactérie. Chez l'entérobactérie Escherichia coli, plus d'une soixantaine de petits ARN sont connus; ces ARN de moins de 300 nucléotides ne codent en général pour aucune protéine. L'un de ces petits ARN, RyhB, est impliqué dans le métabolisme du fer. La régulation de gène ryhB est contrôlée par Fur, un répresseur de transcription liant le fer, et le gène est exprimé lorsque la bactérie est soumise à une carence en fer. Une fois exprimé, le petit ARN RyhB s'apparie à une vingtaine d'ARN messagers (ARNm) cibles, et le duplex d'ARN est dégradé par un mécanisme dépendant de la RNase E. Étant donné que toutes les cibles de RyhB codent pour des protéines qui utilisent le fer ou l'emmagasinent, ce mécanisme permet de réguler étroitement l'utilisation du fer lorsque ce métal se fait rare. Le mécanisme d'appariement très spécifique de RyhB sur ses cibles est peu connu. Cependant, il a déjà été proposé qu'une protéine chaperonne ARN, Hfq, pourrait promouvoir l'appariement entre RyhB et ses cibles: en se liant sur chacun des ARN, la protéine les rapprocherait dans l'espace, favorisant l'appariement. Aussi, il a été démontré que la présence de cette protéine était essentielle au maintien de l'intégrité de RyhB. Dans cette étude, nous proposons qu'en plus de promouvoir l'interaction de RyhB avec ses cibles, Hfq serait un acteur essentiel pour la spécificité de cette interaction. Nous avons établi un système comparatif entre les cibles de RyhB et d'un ARNm cible potentiel, dit noncible. Nous avons d'abord caractérisé la liaison de Hfq avec ses ARNm cibles, puis l'avons comparé celle de la non-cible. Nous avons pu ainsi montrer une préférence de Hfq pour les ARNm cibles. Nous montrons clairement que Hfq favorise l'appariement de RyhB aux cibles, mais inhibe son appariement avec la non-cible. De plus, nous avons déterminé que Hfq semble se lier aux ARNm cibles sur leur région d'initiation de la traduction, affectant la traduction, et par le fait même, leur stabilité. Finalement, nous croyons que c'est la protéine chaperonne Hfq qui détermine spécifiquement quels ARNm RyhB doit cibler.

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Mellal, Dénia. "Synthèse d'analogues d'aminoacyl-ARNt et de conjugués peptidyl-ARN pour l'étude d'une aminoacyl-transférase non ribosomale de type FEM." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066619.

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Abstract:

Les aminoacyl-transférases Fem catalysent une étape essentielle de la biosynthèse du peptidoglycane bactérien et sont considérées comme des cibles attractives pour le développement de nouveaux antibiotiques. FemX extraite de la souche Weissela viridescens (FemXWv) a été choisie comme enzyme modèle des aminoacyl-transférases. Elle transfert le résidu L-Ala de l’Ala-ARNtAla sur l’amine de la L-Lys du précurseur du peptidoglycane UDP-Mur-NAc-pentapeptide (UM5K). Les structures cristallographiques de l’apo-enzyme et du complexe UM5K/FemXWv ont été résolues mais la co-cristallisation avec l’Ala-ARNtAla n’a pas été obtenue. Pour concevoir de nouveaux outils biochimiques pour la co-cristallisation de FemXWv, nous avons développé l’hémi-synthèse d’aminoacyl-ARNt hautement modifiés et de conjugués peptidyl-ARN qui intéragissent spécifiquement avec l’enzyme. Les analogues d’Ala-ARNtAla contenant une liaison amide à la place de la liaison ester naturelle facilement hydrolysable, ont été synthétisés et une étude de l’influence de la conformation du ribose terminal sur le transfert d’aminoacyl a été effectuée par étude RMN. Un analogue d’intermédiaire réactionnel comportant un motif carbamate a été synthetisé pour mimer l’attaque nucléophile du carbonyle de l’Ala-ARNtAla par la chaine latérale du résidu L-Lys. Une autre approche pour obtenir des analogues d’aminoacyl-ARNt a été d’introduire un azoture sur l’ARNt et un alcyne sur l’UM5K pour synthétiser des conjugués peptidyl-ARN dans lesquels l’ARNt est lié de manière covalente au précurseur du peptidoglycane par la cycloaddition de Meldal-Huisgen-Sharpless catalysée au Cu(I). Les analogues préparés ont été testés en tant qu’inhibiteurs de FemXWv (collaboration avec le LRMA) et ont révélés de bons IC50 qui varient de 5. 8 µM à 25 pM. Par ces approches, nous avons conçu des outils biochimiques pour la co-cristallisation de FemXWv. Les informations obtenues sur la structure du site actif et le mécanisme catalytique de FemXWv devraient fournir les informations nécessaires pour le design de molécules actives sur les cibles enzymatiques de type Fem. Plus généralement, ces outils pourraient ête utilisés pour étudier les enzymes ARNt-dépendantes
Aminoacyl-transferases Fem catalyse an essential step of peptidoglycan biosynthesis in pathogenic bacteria and are considered as attractive targets for the development of novel antibiotics. FemX from Weissela viridescens, the model enzyme of the family, transfers L-Ala from Ala-tRNAAla to the ε-amino group of L-Lys in the peptidoglycan precursor UDP-Mur-NAc-pentapeptide (UM5K). The crystal structures of the apo-enzyme and of UM5K/FemX complex have been determinated but co-crystallization with Ala-tRNAAla has not been obtained. To design biochemical tools for co-crystallization of FemXWv, we developed the semi-synthesis of highly modified aminoacyl-tRNAs and peptidyl-RNA conjugates that interact specifically with the enzyme. Analogues of Ala-tRNAAla containing an amide linkage, instead of the natural hydrolysable ester function, were synthesized and a study on the influence of the terminal ribose conformation on the aminoacyl transfer was done by NMR studies. Reactional intermediate analogue containing a carbamate moiety was designed to mimic the nucleophilic attack of the carbonyl of Ala-tRNAAla by the lateral chain of L-Lys. Another approach of obtaining aminoacyl-tRNA analogues was to introduce an azide onto tRNA and an alkyne onto UM5K to design peptidyl-RNA conjugates, containing the tRNA covalently linked to the peptidoglycan precursor, by Meldal-Huisgen-Sharpless Cu(I) catalyzed cycloaddition. The analogues were tested as inhibitors of FemXWv (LRMA collaboration) and revealed very good IC50 values wich range from 5. 8 µM to 25 pM. By these approaches, we designed biochemical tools for co-crystallization of FemXWv. The information gathered on the structure of its active site and on the catalytic mechanism of FemXWv, should provide the critical information for the rationale design of drugs active on Fem targets. More generally, these tools could also be used to study tRNA-dependent enzymes

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Arguin, Mélina. "Rôle de la protéine chaperonne Hfq dans la spécificité de l'appariement du petit ARN RyhB avec ses ARNm cibles." [S.l. : s.n.], 2007.

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Arns, Arne [Verfasser]. "Regional to local assessment of extreme water levels : methods and application to the northern part of the German North Sea coastline / Arne Arns." Siegen : Universitätsbibliothek der Universität Siegen, 2014. http://d-nb.info/1058750135/34.

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Trinquier, Aude. "Coupling between transfer RNA maturation and ribosomal RNA processing in Bacillus subtilis." Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. http://www.theses.fr/2019UNIP7066.

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Abstract:

La synthèse des protéines cellulaires requiert à la fois des ribosomes fonctionnels et des ARN de transfert (ARNt) matures comme molécules adaptatrices. Les ribosomes sont de larges complexes ribonucléoprotéiques dont la biogenèse représente la plupart de la transcription cellulaire et consomme une majeure partie de l’énergie de la cellule. Par conséquent, la biogenèse des ribosomes fait l’objet d’une régulation importante afin d’ajuster le nombre de ribosomes aux besoins de la cellule et de dégrader efficacement les particules défectueuses qui pourraient interférer avec la traduction. Les ARNs ribosomiques (ARNr) et les ARNt sont tous deux transcrits sous formes de précurseurs et sont universellement maturés pour devenir fonctionnels pour la traduction. Ce travail de thèse a permis de mettre en évidence un couplage entre la maturation des ARNt et la biogenèse des ribosomes chez la bactérie modèle à Gram positif Bacillus subtilis. Ainsi, l’accumulation d’ARNt immatures lors d’une déplétion en enzymes de maturation, abolit spécifiquement la maturation en 3’ de l’ARNr 16S par l’endoribonucléase YqfG/YbeY, dernière étape dans la formation de la petite sous-unité ribosomique (30S). Nous avons mis en évidence que ce défaut de maturation résultait d’un défaut d’assemblage tardif du 30S coïncidant avec des changements d’expression de plusieurs facteurs d’assemblage du ribosome. Nous avons montré que cette modulation d’expression provenait d’effets transcriptionel et post-transcriptionel. De façon inédite, nos résultats indiquent que l’accumulation d’ARNt immatures est perçue par RelA (le facteur de la réponse stringente), déclenchant la production de (p)ppGpp. Nous avons observé que cette synthèse de (p)ppGpp et la baisse concomitante des niveaux de GTP cellulaire, inhibe la maturation de l’ARNr 16S en 3’, probablement via un blocage des GTPases impliquées dans l’assemblage des ribosomes. L’inhibition de la maturation de l’ARNr 16S côté 3’ est supposée conduire, par la suite, à une dégradation des particules partiellement assemblées par la RNase R. Ainsi, nos résultats supportent un modèle où RelA jouerait un rôle central ; en percevant une déficience de maturation des ARNt et en ajustant, en conséquence, la biogenèse des ribosomes via la production de (p)ppGpp. Ce mécanisme de couplage permettrait de maintenir un équilibre fonctionnel entre ARNt et ARNr, les deux composants majeurs de la machinerie de traduction
Cellular protein synthesis both requires functional ribosomes and mature transfer RNAs (tRNAs) as adapter molecules. The ribosomes are large essential ribonucleoprotein complexes whose biogenesis accounts for most of cellular transcription and consumes a major portion of the cell’s energy. Ribosome biogenesis is therefore tightly adjusted to the cellular needs and actively surveilled to rapidly degrade defective particles that could interfere with translation. Interestingly, tRNAs and ribosomal RNAs (rRNAs) are both transcribed from longer primary transcripts and universally require processing to become functional for translation. In this thesis, I have characterized a coupling mechanism between tRNA processing and ribosome biogenesis in the Gram-positive model organism Bacillus subtilis. Accumulation of immature tRNAs during tRNA maturase depletion, specifically abolishes 16S rRNA 3’ processing by the endonuclease YqfG/YbeY, the last step in small ribosomal subunit formation. We showed that this maturation deficiency resulted from a late small subunit (30S) assembly defect coinciding with changes in expression of several key 30S assembly cofactors, mediated by both transcriptional and post-transcriptional effects. Interestingly, our results indicate that accumulation of immature tRNAs is sensed by the stringent factor RelA and triggers (p)ppGpp production. We showed that (p)ppGpp synthesis and the accompanying decrease in GTP levels inhibits 16S rRNA 3’ processing, most likely by affecting GTPases involved in ribosome assembly. The inhibition of 16S rRNA 3’ processing is thought to further lead to degradation of partially assembled particles by RNase R. Thus, we propose a model where RelA senses temporary slow-downs in tRNA maturation and this leads to an appropriate readjustment of ribosome biogenesis. This coupling mechanism would maintain the physiological balance between tRNAs and rRNAs, the two major components of the translation machinery

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Li, Yi. "Study of Arnt-interacting proteins on Arnt-dependent signaling pathways." Scholarly Commons, 2006. https://scholarlycommons.pacific.edu/uop_etds/2786.

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Abstract:

In an effort to better understand the Ah receptor nuclear translocator (Arnt)-dependent signaling mechanisms, we employed a phage display system to identify Arnt-interacting peptides. Human liver cDNA library was utilized to screen for Arnt-interacting peptides using an Arnt construct fused to thioredoxin (TH-ArntCΔ418). Two clones, namely Ainp1 and Ainp2 (Arnt-interacting peptide), were identified and subsequently characterized. Ainp2 interacted with TH-ArntCΔ418 in the GST pull-down, TALON co-precipitation, and mammalian two-hybrid assays. Northern blot results revealed that Ainp2 is predominantly expressed in human liver. The putative full-length Ainp2 cDNA sequence was subsequently cloned using RACE PCR. Endogenous expression of Ainp2 was found in Jurkat cells and human fetal/adult liver medleys. Results from the transient transfection studies using a DRE- or ERE-driven reporter plasmid and the real-time QPCR experiments examining the endogenous CYP1A1 or GREB-1 expression demonstrated that Ainp2 enhances the 3MC-induced AhR signaling pathway in HepG2 cells, while suppresses the E2-induced ER signaling pathway in MCF-7 cells. These results suggested that Ainp2 plays a role in the Arnt-dependent signaling pathways. The suppressive effect of Ainp2 in the ER signaling pathway was not observed in Arnt-knockdown cells. Additionally, co-precipitation data showed that Ainp2 did not interact with ER α and ER β, suggesting that Ainp2 suppresses the ER signaling via an Arnt-mediated mechanism. The phage display technique also revealed another potential Arnt-interacting peptide Ainp1, which contains an open reading frame of 58 amino acids. The GST pull-down and mammalian two-hybrid assays showed that Ainp1 interacts with TH-ArntCΔ418. Northern blot results demonstrated that Ainp1 is ubiquitously present in all the tested tissues, including brain, placenta, skeletal muscle, heart, kidney, pancreas, liver, lung, spleen, and colon.

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Meinnel, Thierry. "Interaction de la methionyl-arnt synthetase avec ses arnt specifiques." Palaiseau, École polytechnique, 1990. http://www.theses.fr/1990EPXX0005.

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Abstract:

Les determinants d'interaction des arnt#m#e#t ont ete identifies grace a une strategie basee sur l'obtention d'arnt chimeriques de sequence desiree. Cette etude a demontre que la sequence de l'anticodon specifiait a elle seule la complexation de l'arnt a la mts, cette reconnaissance etant preponderante dans le processus de discrimination. Il est egalement montre que la structure generale de l'arnt contribue a orienter l'extremite acceptrice dans le site actif, demontrant ainsi l'effet - certes mineur - de l'etape catalytique dans la discrimination. La connaissance d'un point de contact possible de l'arnt#m#e#t avec la mts nous a permis, par mutagenese dirigee, de tester l'importance des residus de la region suspectee dans l'interaction de l'anticodon avec la mts. Parmi les residus testes, le residu w461 a ainsi ete montre indispensable a la reconnaissance de l'anticodon. En parallele, la mise en place d'un crible genetique a autorise l'isolement de bacteries exprimant des mts mutantes devenues capables d'aminoacyler un arnt#m#e#t portant une mutation rendant son anticodon anticomplementaire au codon de terminaison ambre. L'etude complete des enzymes mutantes ainsi que la determination de la sequence nucleotidique de leur gene ont permis de prouver que des mutations dans la region voisine du w461 (region 460) conditionnent l'aminoacylation par la mts de l'arnt mute. Ceci demontre que la region 460 (une quinzaine de residus) est le site d'interaction de l'enzyme avec l'anticodon. Des mutations dans une seconde region (region 211) peuvent alors, en accelerant l'etape catalytique, ameliorer les performances de ces enzymes suppresseurs

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Uchikawa, Emiko. "A structural approach of RNA-protein recognition and kinetics of binding in two examples : tRNA aminoacylation by arginyl-tRNA synthetase and 7SK stabilization by LaRP7." Strasbourg, 2011. http://www.theses.fr/2011STRA6052.

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Abstract:

Dans la cellule, les interactions ARN-protéines jouent un rôle fondamental dans divers processus impliqués dans la régulation de l'expression du message génétique. Si l'épissage de l'ARN pré-messager, la polyadénylation, le transport et l'adressage, la stabilité et la traduction sont des régulations de type post-transcriptionnel, les interactions ARN-protéines ont également un rôle-clé dans le domaine de la transcription. Effectivement, en addition aux capacités de codage, qui font de l'ADN et de l'ARN des supports de l'information génétique, la grande variabilité de structures et la flexibilité de l'ARN créent de nombreux sites uniques et le potentiel pour des régulations complexes. Les protéines se liant à l'ARN utilisent une bibliothèque de motifs structuraux pour reconnaître la séquence et la structure de leurs ARN cibles, ce qui conduit à un large éventail d'interactions, de labiles à stables. Ce manuscrit décrit nos travaux consistant à révéler les détails d'interactions RNA-protéines au niveau moléculaires, dans différents exemples concernant deux champs de la biologie cellulaire, la traduction et la transcription du code génétique. Nos cibles ont été choisies afin d'apporter des informations sur des interactions critiques pour la survie cellulaire et représentent différents modes de liaison de protéines à des ARN. Nous avions pour but d'utiliser la cristallographie aux rayons X, qui est une méthode fiable et reconnue pour la finesse des informations à l'échelle atomique que l'on peut en obtenir, et nous avons développé pour chaque cible un protocole de purification conduisant à une préparation homogène et cristallisable. Nous décrivons également les divers tests biophysiques et biochimiques ayant été utilisés pour caractériser nos échantillons
In the cell, RNA-protein interactions are fundamental to many processes involved in the regulation of gene expression, including pre-mRNA splicing, polyadenylation, editing, transport, cytoplasmic targeting, mRNA turnove and translation. In addition to these post-transcriptional processes, RNA-prote in interactions may also play a key rôle in transcription. Indeed, in addition to its coding capacity, which makes both DNA and RNA recipients of the genetic message, the high variability and conformationnal flexibility of RNA structure creates a number of unique binding sites and the potential for complex regulation by RNA binding proteins. These use a large Iibrary of structural modules in order to recognize RNAs in a combination of sequence- or structure-dependent ways, leading to a wide range of transient to more stable interactions. This manuscript describes our endeavour to reveal the details of RNAprotein interactions at the molecular level in several examples taken in two different fields of cell biology, transcription and translation. Our targets were chosen to better understand the molecular foundation of interactions critical for the cell survival, and represent different binding modes ofproteins to RNA. Aiming to use X-ray crystallography, a well-accepted and reliable mean to analyze recognition details at atomic resolution, we developed for each target a purification protocolleading to homogeneous preparations that were used for crystallization and subjected to various anai}'ses, including functional assays and biophysical characterization

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Sohm, Bénédicte. "Impact de mutations pathologiques dans les ARNt mitochondriaux humains sur les propriétés d'aminoacylation et sur le protéome mitochondrial." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2003/SOHM_Benedicte_2003.pdf.

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Blaise, Mickaël. "Nouvelles fonctions associées aux systèmes d'aminoacylation procaryotiques." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. http://www.theses.fr/2006STR13168.

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Abstract:

La première partie de notre travail concerne la duplication de l’aspartyl-ARNt synthétase de Thermus thermophilus. Alors que l’une des deux AspRS, l’AspRS1 de type bactérien exprime l’activité conventionnelle de charge de l’ARNtAsp, la seconde, l’AspRS2 du type archaea est impliquée dans la formation de l’Asn-ARNtAsn. Nous avons contribué à l’analyse des propriétés particulières de cette AspRS à savoir à l’élucidation des bases structurales déterminant sa spécificité relâchée pour les ARNtAsp et ARNtAsn. Nous avons montré qu’à l’inverse de ce qui avait été admis, toutes les AspRS de type archaea ne sont pas de spécificité relâchée; ce qui nous a motivé pour rechercher les bases structurales qui dans d’autres AspRS du même type déterminent la spécificité stricte pour l’ARNtAsp. La comparaison des structures 3D de l’AspRS archaea de Pyrococcus à spécificité stricte et celle de l’AspRS de Thermus à spécificité relâchée, nous a permis de mettre en évidence les bases structurales responsables de cette différence de spécificité. Des études d’autres groupes corroborent nos résultats et ont démontré que les résidus de la boucle L1 sont impliqués également dans la spécificité des AspRS eubactériennes. Toutefois, jusqu’à présent aucun des travaux effectués n’a permis de restreindre de manière convaincante la spécificité relâchée d’une AspRS, indiquant que des éléments autres que la boucle L1 sont impliqués dans la spécificité stricte ou relâchée des AspRS. Dans une deuxième partie, nous avons étudié un paralogue du domaine catalytique de l’aspartyl-ARNt synthétase, présent chez certaines archaea et qui exerce une activité asparagine synthétase de conversion de l’acide aspartique en asparagine. Nous avons établi la structure tridimensionnelle de cette enzyme, à l’état libre et sous forme complexée à ses substrats. La structure 3D de l’asparagine synthétase archaea (AS-AR) présente une forte homologie structurale avec la structure de l’asparagine synthétase eubactérienne (AsnA) mais aussi avec le site catalytique des AspRS. Les résidus impliqués dans la fixation de l’Asp et l’Asn dans l’AS-AR sont identiques à ceux de l’AsnA eubactérienne. Les divergences observées pour les résidus impliqués dans la fixation de l’Asp dans les AspRS peuvent expliquer la différence d’orientation du substrat dans les sites catalytiques des AspRS et des asparagine synthétases. Cette étude structurale couplée à une étude phylogénétique permet de retracer le schéma évolutif des AspRS ancestrales; celles-ci ont non seulement évolué les AspRS et les asparaginyl-ARNt synthétases modernes des trois phylum mais aussi les asparagines synthétases A eubactériennes et archaea. La troisième partie de notre travail porte sur l’étude d’un homologue du site catalytique de la glutamyl-ARNt synthétase présent dans de nombreuses protéobacteries a révélé une fonction jusqu’alors ignorée, l’hypermodification de l’anticodon d’un ARNt. Cette enzyme, renommée Glu-Q-RS, hypermodifie l’anticodon sur la base queuosine en position 34 de l’ARNtAsp. La comparaison de la structure 3D de la Glu-Q-RS avec celle de la glutamyl-ARNt synthétase souligne la grande similarité entre les deux structures mais ne permet pas de comprendre les bases structurales à l’origine de cette différence de fonction. Ce travail de thèse ainsi que d’autres travaux publiés récemment révèlent que la plupart des procaryotes ne possèdent pas un jeu strict de 20 aaRS. L’étude des duplications de gènes d’aaRS ou de modules d’aaRS à l’état libre permet de mettre en évidence des nouvelles fonctions associées aux systèmes d’aminoacylation. Ces travaux dévoilent que de nombreux procaryotes ont exploité les structures modulaires d’aaRS, des protéines ancestrales, afin de créer des enzymes à spécificité plus large ou pour faire apparaître de nouvelles fonctions.

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Olieric, Natacha. "Etude structurale de la Leucyl-ARNt synthétase d'Aquifex aeolicus." Strasbourg 1, 2005. http://www.theses.fr/2005STR13220.

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Gowher, Ali. "Characterization of protein factors targeting RNA into human mitochondria." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01071841.

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Abstract:

The import of yeast tRNALys (tRK1) into human mitochondria in the presence of cytosolic extract suggests that human cell possesses machinery for tRK1 import. Here, we show that precursor of mitochondrial lysyl-tRNA synthetase (preKARS2) interact with tRK1 and its derivatives containing tRK1 import determinants, and facilitates their import into isolated mitochondria and in vivo, when preKARS2 was overexpressed or downregulated. tRK1 import efficiency increased upon addition of glycolytic enzyme enolase, previously found as an actor of RNA import in yeast. We found that tRK1 and its derivatives translocate into mitochondrial matrix in polynucleotide phosphorylase (PNPase) dependent manner. Furthermore, a point mutation preventing trimerization of PNPase affect import of 5S rRNA and MRP RNA into mitochondria and subsequently mitochondrial translation. Overexpression of the wild-type PNPase induced an increase of 5S rRNA import into mitochondria and rescued translation.

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Appel, O. E. (Oona-Emilia). "Opiskelijan istuva arki." Bachelor's thesis, University of Oulu, 2017. http://urn.fi/URN:NBN:fi:oulu-201705181925.

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Abstract:

Tutkielmani yhtenä tavoitteena oli selvittää, mitä haittoja runsaalla istumisella on terveydelle. Lisäksi tarkastelin, miten korkeakouluopiskelijan istumisen määrää ja yhtäjaksoisiin istumisjaksoihin voidaan vaikuttaa oppilaitoksissa opiskelupäivän aikana. Ihmisten fyysinen aktiivisuus on vähentynyt ja runsas istuminen lisääntynyt. Vähäisen liikkumisen ja runsaan istumisen on todettu olevan yhteydessä terveysriskeihin, kuten 2- tyypin diabetekseen, metaboliseen syndroomaan, syöpään, liikalihavuuteen, sydän- ja verisuonisairauksiin ja ennenaikaiseen kuolemaan. Tutkimustuloksien mukaan yksittäisillä liikuntasuorituksilla ja säännöllisellä liikunnalla on merkitystä terveydelle. Kehoa aktivoidakseen riittää yksinkertainen kehon aktivointi, kuten seisominen, joka kuluttaa jopa 50 prosenttia enemmän energiaa kuin istuminen. Aktiivisella elämäntavalla ja pienillä muutoksilla voidaan rakentaa terveempää arkea. Tutkimusten mukaan opiskelijoilla kertyy istumista koulussa, töissä, siirtymisissä ja vapaa-ajalla. Päivittäisen istumisen keskiarvo liikkui noin 9–10 tunnin välillä. Nuoresta iästä huolimatta korkeakouluopiskelijat voidaan katsoa kuuluvan erityiseen riskiryhmään istumisen osalta. Tutkimusnäytön mukaan istumisen aiheuttamilta haitoilta ei voida täysin suojautua liikuntaharrastuksella, vaan istumista tulisi tauottaa. Istumisen vähentämiseen on laadittu suositukset Sosiaali- ja terveysministeriön puolesta. Lisäksi fyysisen aktiivisuuden lisäämiseksi ja tiedon jakamiseksi on kehitelty erilaisia hankkeita ja kampanjoita. Yksilölliseen päätöksentekoon istumisen vähentämisestä vaikuttaa se, minkä merkityksen ihminen sille antaa. Rutiineja voi olla hankala muuttaa, sillä olemme suurimmaksi osaksi mukautuneet sosiaaliseen ja fyysiseen ympäristöömme.

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Charton, Romain. "Étude du comportement de la chromatine, de la régulation de la transcription et réparation des gènes de l’ARNr avant la réplication de l’ADN et assemblage de la réparation par excision de nucléotides chez Saccharomyces cerevisiae." Thèse, Université de Sherbrooke, 2016. http://hdl.handle.net/11143/9527.

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Abstract:

Résumé : Le nucléole est considéré comme étant une « usine » à produire des ribosomes. Cette production est la fonction la plus énergivore de la cellule. Elle met en jeu les trois ARN polymérases et représente 80% de l’activité de transcription au sein d’une cellule. Les trois quarts de cette activité de transcription correspondent à la synthèse des ARNr par l’ARN polymérase I (ARNPI). Ainsi mieux comprendre les mécanismes cellulaires se déroulant à l’intérieur de ce compartiment permettra le développement de nouveaux traitements contre le cancer. La synthèse d’ARNr par l’ARNPI est régulée à trois niveaux : l’initiation de la transcription, l’élongation et le nombre de gènes de l’ARNr en transcription. La plupart des travaux qui se sont intéressés à ces niveaux de régulation ont été réalisés avec des cellules en phase exponentielle de croissance. Au cours de mes travaux, je me suis attardé sur la régulation de la transcription par l’ARNPI au cours de la phase G1 du cycle cellulaire et au début de la phase S. Ainsi mes résultats ont montré que si la chromatine des gènes de l’ARNr est essentiellement dépourvue de nucléosomes, la régulation de l’ARNPI diffère dans des cellules en G1 et au début de la phase S. J’ai pu de ce fait observer qu’en G1, la transcription de l’ARNPI se concentre sur un nombre réduit de gènes en transcription. Dans des cellules arrêtées au début de la phase S avec de l’hydroxyurée, la transcription de l’ARNPI est perturbée par un défaut de maturation de l’ARNR. Fort de ces résultats sur la nature des gènes ribosomaux en phase G1, je me suis attardé à la réparation de ces gènes lors de cette phase. Alors que dans des cellules en phase exponentielle de croissance irradiées avec des UVC, la chromatine des gènes de l’ARNr se ferme ; je n’ai pas observé la formation de nucléosomes suite à l’irradiation de cellules synchronisée en G1. Mes résultats montrent également que la réparation est plus efficace. Parallèlement, j’ai exploré l’assemblage du complexe de réparation par excision de nucléotides. Toutefois, les résultats obtenus sont peu concluants.
Abstract : The nucleolus is thought to be a “factory” involve in the production of ribosomes. This production is the most energetically consuming process in the cell. The three RNA polymerases are involved and this represents 80% of the total transcription activity of the cell. Three quarters of this transcriptional activity correspond to the synthesis of rRNA by the RNA polymerase I (RNAPI). So a better understanding of the cellular mechanisms taking place in this compartment may help for the development of new drugs against cancer. The synthesis of rRNA by RNAPI is regulated at three levels: initiation of transcription, elongation and the number of rRNA genes in transcription. Most of the works that characterized those levels of regulation were done in exponentially growing cells. During my work, I studied the regulation of RNAPI during the G1 phase of the cell cycle and during the early S phase. So my results have shown that if the chromatin of the rRNA genes mostly depleted of nucleosomes, the regulation of the RNAPI differs in cells in G1 and early S phase. I could observe that in G1, RNAPI transcription concentrates on a reduced number of transcribed rRNA genes. In cells arrested in early S phase with hydroxyurea, RNAPI transcription is disrupted by a defect in rRNA processing. With this results on the nature of the ribosomal genes in G1, I started the analysis of the DNA repair of those genes during this phase of the cell cycle. In UVC irradiated exponentially growing cells, the rRNA genes are closing. But in cells synchronized in G1, I could not observe the deposition of nucleosomes after UVC irradiation. Moreover, my results show an increase repair of the locus. In parallel, I have explored the assembly of the complex of nucleotide excision repair. However, the results were not conclusive.

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Cristofari, Gaël. "Mécanismes moléculaires de la rétrotransposition des éléments Ty de Saccharomyces cerevisiae." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2002. http://www.theses.fr/2002ENSL0230.

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Les rétrotransposons Ty de levure sont des éléments génétiques mobiles proches des rétrovirus. Comme eux, la réverse transcription de leur ARN génomique monocaténaire conduit à un ADN bicaténaire, qui est alors intégré dans le génome de l'hôte. Ce processus qui requiert deux sauts de brin successifs a lieu dans une ribonucléoparticule intracellulaire et est initié par un ARNt spécifique. Par ce mécanisme, les rétrotransposons ont envahi tous les génomes eucaryotes. Ils participent à la plasticité des génomes qui les abritent par mutagenèse insertionnelle et recombinaison, mais également par la reverse transcription d'ARNs cellulaires, qui conduit à la formation de pseudogènes ou à la perte des introns. Ainsi, la compréhension des mécanismes controlant la spécificité de la réverse transcription est un problème majeur. Pour la première fois, une réverse transcriptase (Ty3 RT) non-rétrovirale a pu être purifiée et caractérisée. Celle-ci présente une très grande spécificité d'initiation, propriété qui pourrait avoir évolué pour limiter la réverse transcription d'ARNs cellulaires. Pour Tyl, comme pour Ty3, il est apparu que des protéines chaperonnes d'ARN participent également à la spécificité de l'initiation de la réverse transcription. Ces protéines assistent le repliement des ARNs dans leur conformation biologiquement active, en conditions physiologiques. Dans le contexte de la réplication des rétrotransposons, elles guident l'hybridation de l'amorce ARNt à 1'ARN génomique. Parallèlement, elles inhibent la synthèse d'ADNc aberrants. En utilisant des protéines et des ARNs recombinants, la synthèse de l'ADNc(-) des Tys a pu être reconstituée in vitro. En combinant ce nouveau système expérimental, à des études génétique dans la levure, nous avons pu mettre en évidence la circularisation de l'ARN Tyl qui constitue un nouveau mécanisme de contrôle de la réverse transcription. Celui-ci pourrait limiter la réverse transcription d'ARNs Tyl défectifs.

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Balg, Christian. "Synthèse d'inhibiteurs des aminoacyl-ARNt synthétases et des aminoacyl-ARNt amidotransférases." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28241/28241.pdf.

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Pham, Van Hau. "Novel inhibitors of the tRNA-dependent amidotransferase of "Helicobacter pylori" : Peptides generated by phage display and dipeptide-like compounds." Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27079.

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Abstract:

Cette thèse présente la découverte de nouveaux inhibiteurs de l’amidotranférase ARNt-dépendante (AdT), et résume les connaissances récentes sur la biosynthèse du Gln-ARNtGln et de l’Asn-ARNtAsn par la voie indirecte chez la bactérie Helicobacter pylori. Dans le cytoplasme des eucaryotes, vingt acides aminés sont liés à leur ARNt correspondant par vingt aminoacyl-ARNt synthétases (aaRSs). Ces enzymes sont très spécifiques, et leur fonction est importante pour le décodage correct du code génétique. Cependant, la plupart des bactéries, dont H. pylori, sont dépourvues d’asparaginyl-ARNt synthétase et/ou de glutaminyl-ARNt synthétase. Pour former le Gln-ARNtGln, H. pylori utilise une GluRS noncanonique nommée GluRS2 qui glutamyle spécifiquement l’ARNtGln ; ensuite, une AdT trimérique, la GatCAB corrige le Glu-ARNtGln mésapparié en le transamidant pour former le Gln-ARNtGln, qui lira correctement les codons glutamine pendant la biosynthèse des protéines sur les ribosomes. La formation de l’Asn-ARNtAsn est similaire à celle du Gln-ARNtGln, et utilise la même GatCAB et une AspRS non-discriminatrice. Depuis des années 2000, la GatCAB est considérée comme une cible prometteuse pour le développement de nouveaux antibiotiques, puisqu’elle est absente du cytoplasme de l’être humain, et qu’elle est encodée dans le génome de plusieurs bactéries pathogènes. Dans le chapitre 3, nous présentons la découverte par la technique du « phage display » de peptides cycliques riches en tryptophane et en proline, et qui inhibent l’activité de la GatCAB de H. pylori. Les peptides P10 (CMPVWKPDC) et P9 (CSAHNWPNC) inhibent cette enzyme de façon compétitive par rapport au substrat Glu-ARNtGln. Leur constante d’inhibition (Ki) est 126 μM pour P10, et 392 μM pour P9. Des modèles moléculaires ont montré qu’ils lient le site actif de la réaction de transmidation catalysée par la GatCAB, grâce à la formation d’une interaction π-π entre le résidu Trp de ces peptides et le résidu Tyr81 de la sous-unité GatB, comme fait le A76 3’-terminal de l’ARNt. Dans une autre étude concernant des petits composés contenant un groupe sulfone, et qui mimiquent l’intermédiaire de la réaction de transamidation, nous avons identifié des composés qui inhibent la GatCAB de H. pylori de façon compétitive par rapport au substrat Glu-ARNtGln. Cinq fois plus petits que les peptides cycliques mentionnés plus haut, ces composés inhibent l’activité de la GatCAB avec des Ki de 139 μM pour le composé 7, et de 214 μM pour le composé 4. Ces inhibiteurs de GatCAB pourraient être utiles pour des études mécanistiques, et pourraient être des molécules de base pour le développement de nouvelles classes d’antibiotiques contre des infections causées par H. pylori.
This thesis describes the discovery of inhibitors of a tRNA-dependent amidotransferase (AdT) and summarizes the present state of our knowledge about the two-step biosynthesis of Gln-tRNAGln and Asn-tRNAAsn in Helicobacter pylori. In eukaryotic cytoplasm, twenty amino acids (aa) are generally attached to their cognate tRNAs by twenty corresponding aminoacyl-tRNA synthetases (aaRSs). These enzymes have a high specificity, and their function is important to the proper decoding of mRNA. However, in a number of bacteria including H. pylori, GlnRS and/or AsnRS are absent. To synthesize Gln-tRNAGln, H. pylori first uses a noncanonical GluRS2 which is specific for tRNAGln to form Glu-tRNAGln; then the trimeric AdT (GatCAB) transforms Glu-tRNAGln into Gln-tRNAGln which is proper for protein biosynthesis. In a similar manner, the biosynthesis of Asn-tRNAAsn also takes place in H. pylori by using the same GatCAB and a canonical nondiscriminating AspRS. The widespread use of these indirect pathways among prominent human pathogens, and their absence in the mammalian cytoplasm, identify AdT as a promising target for the development of new and highly specific antimicrobial agents. By using phage display, we discovered several cyclic peptides rich in tryptophan and proline that inhibit H. pylori GatCAB. Peptides P10 (CMPVWKPDC) and P9 (CSAHNWPNC) are competitive inhibitors of GatCAB with respect to its substrate Glu-tRNAGln. The inhibition constants (Ki) of P10 and P9 are 126 and 392 μM, respectively. Their docking models revealed that they bind to the transamidation active site of GatB via π-π stacking interactions with Tyr81, as does the 3’-terminal A76 of tRNA. We also discovered two small dipeptide-like sulfone-containing inhibitors of H. pylori GatCAB by mimicking the intermediate of its transamidation reaction. Although they are much smaller than the cyclic peptides mentioned above, they are competitive inhibitors of GatCAB with respect to GlutRNAGln, with Ki values of 139 μM for compound 7 and 214 μM for compound 4. These inhibitors could be useful not only to study the reaction mechanisms of GatCAB, but also could be lead compounds for the development of a new class of antibiotics to treat infections caused by H. pylori.

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Torres, Larios Alfredo. "Structural studies on threonyl and glycyl tRNA synthetases." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2002. http://www.theses.fr/2002STR13072.

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Abstract:

L'analyse des différent états complexés de la ThrRS montre que la fixation de l'acide aminé déclenche un mouvement coordonné de la chaîne principale correspondant à 50 acides aminés. La fixation de l'ATP implique un mouvement important de la chaîne principale de l'autre côté du site catalytique et la rupture d'un pont salin. La boucle du motif 2, essentielle pour la première étape de la réaction, est également concernée. La fixation de l'ARNt requiert l'adaptation des régions déjà impliquées dans la fixation des petits substrats ainsi que d'une boucle qui vient stabiliser la conformation du complexe actif. La structure de la région N-terminale de la ThrRS de E. Coli a permis de localiser le site de fixation de la sérine dans le site de correction des erreurs d'aminoacylation de l'ARNt spécifique de la thréonine par la sérine, mais son orientation exacte reste ambigüe, ce qui suggère le faible affinité du site. Dans la structure cristalline à 2. 8 ? de résolution de la ThrRS de S. Aureus, ce domaine contiendrait un ion métal. La ThrRS de E. Coli réprime sa propre traduction en se fixant à un opérateur situé en amont du codon d'initiation. La structure du complexe entre le cœur catalytique de la ThrRS et le domaine essentiel de l'opérateur montre que le mode de reconnaissance de la boucle de l'anticodon de l'ARNt a été utilisé par le mRNA pour initier la fixation par l'enzyme. La position finale de l'opérateur repose sur un motif caractéristique du RNA, qui s'est adapté à la surface de l'enzyme pour générer un mécanisme de contrôle basé sur l'empêchement par gêne stérique de la fixation du ribosome. La structure de la sous-unité a de la GlyRS (tétramérique) d'E. Coli montre que cette protéine consiste en une partie importante du cœur catalytique d'une aminoacyl-ARNt synthétase de classe II. Les motifs 1 et 2, qui n'étaient pas mis en évidence par l'alignement de séquences, y sont clairement présents. La structure se distingue de celle des autres enzymes de classe II par la présence de trois hélices situées au-dessus du feuillet ß antiparallèle canonique. La structure quaternaire de cette enzyme serait a2ß2, à la différence du cas (aß)2 représenté par la phénylalanyl-ARNt synthétase
The analysis of different complexed states on the system of ThrRS shows that the binding of the amino acid promotes a movement in the Ca position of 50 amino acids in one side of the catalytic domain. The binding of ATP triggers a movement in the Ca position of a salt bridge-locked region that is part of the core b-sheet cradling the small substrates. Two other small regions that surround the catalytic site move due to the small substrate binding in a cooperative way. The tRNA interacts with all four of these loops and several residues initially bound to threonine or ATP switch to a position in which they can contact the tRNA. The crystal structures of S. Aureus ThrRS and of the N-terminal region of E. Coli ThrRS show the presence of one metal ion and of a putative serine in the editing site, respectively. The role of the metal ion and the exact orientation of the amino acid could not be determined unambiguously, suggesting the low affinity of the sites. E. Coli ThrRS represses its own translation by binding to an operator located upstream of the initiation codon. The crystal structure of the complex between the core of ThrRS and the essential domain of the operator shows that the recognition mode of the tRNA anticodon loop has been utilized by the mRNA to initiate the binding. The final position of the operator, upon which the control mechanism is based, relies on a characteristic RNA motif adapted to the enzyme surface. The crystal structure of the a-subunit of E. Coli GlyRS shows that this protein forms most of the canonic catalytic core of the class II tRNA synthetases. This subunit shows unambiguously the presence of motif 1 and 2, difficult to infer at the sequence level. The structure differs from the core of other class II aaRS by the presence of three helices covering 80 residues of the C-terminal region and situated on top of the antiparallel b strand. The quaternary structure of this enzyme would be a2b2, in contrast with the (ab)2 case presented in PheRS

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Jebbawi, Fadi. "Etude des lymphocytes T régulateurs naturels CD8+CD25+: signature micro-ARN et effets des micro-ARNs sur l'expression de FOXP3, CTLA-4 et GARP." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2014. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209338.

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Abstract:

Mon travail de thèse a consisté à caractériser une sous-population de lymphocytes T régulateurs naturels de phénotype CD8+CD25+.

Nous avons purifié les CD8+CD25+ nTregs et vérifié par cytométrie de flux leur expression en FOXP3 et CTLA-4. Puis nous avons pu montrer que ces cellules possèdent des propriétés suppressives dans un test d’inhibition de la prolifération de lymphocytes T activés allogéniquement. Les lymphocytes CD8+CD25+ nTregs expriment les gènes FOXP3, CTLA-4, GARP et CCL-4 et les cytokines IL-10 et TGF-β. Par contre, les gènes CD28, ICOS, FOXO1 et Helios sont sous-exprimés dans les nTregs CD8+CD25+ par rapport aux lymphocytes T CD8+CD25-.

Nous avons établi une signature micro-ARN qui comprend 10 micro-ARNs différentiellement exprimés :7 micro-ARNs sous-exprimés "miR-9, -24, -31, -155, -210, -335 et -449 " et 3 micro-ARNs surexprimés " miR-214, -205 et -509". De plus, nous avons pu explorer la relevance biologique de cette signature micro-ARN en montrant dans un premier temps que les miRs "-31, -24, -210, -335" ciblent spécifiquement la région 3'UTR de FOXP3, de même les miR-9 et miR-155 ciblent la région 3'UTR de CTLA-4, et les miR-24, et -335 ciblent la région 3'UTR de GARP. Ceci a été fait par des expériences de co-transfections suivies d'une mesure de l'activité rapportrice luciférase. De plus, nous avons pu démontrer par des expériences de transduction lentivirale ex vivo, de cellules T primaires, que des micro-ARNs de la signature régulent l’expression de FOXP3, CTLA-4 et GARP dans les Tregs naturels CD8+CD25+ humains.

Cette étude montre l'importance des micro-ARNs dans la régulation post-transcriptionnelle des gènes impliqués dans la fonction régulatrice des lymphocytes T régulateurs.

Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Đura, Paunić. "Algebarske n-arne strukture." Phd thesis, Univerzitet u Novom Sadu, Prirodno-matematički fakultet u Novom Sadu, 1987. https://www.cris.uns.ac.rs/record.jsf?recordId=73329&source=NDLTD&language=en.

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Everts, Arne [Verfasser]. "Plebiszitäre Unterschriftenaktionen. / Arne Everts." Berlin : Duncker & Humblot, 2011. http://d-nb.info/1238343619/34.

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Meier, Arne [Verfasser]. "Parametrised enumeration / Arne Meier." Hannover : Gottfried Wilhelm Leibniz Universität Hannover, 2020. http://d-nb.info/1206685859/34.

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Royo, Hélène. "Étude par imagerie cellulaire d'une nouvelle famille d'ARNs non-codants dont les gènes sont soumis à l'empreinte génomique parentale." Toulouse 3, 2007. http://thesesups.ups-tlse.fr/1805/.

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Abstract:

Les loci Dlk1-Gtl2 et Snurf-Snrpn soumis à l'empreinte génomique parentale sont caractérisés par des unités de transcription complexes qui génèrent des ARNs noncodants mal caractérisés. Afin de mieux comprendre le devenir intracellulaire de ces ARNs, des hybridations in situ en fluorescence ont été réalisées sur le long gène noncodant Bsr au locus Dlk1-Gtl2 de rat. Dans des fibroblastes et des neurones embryonnaires, les transcrits Bsr épissés ne sont détectés que dans le noyau. Ils s'accumulent sous forme de " track " au site de transcription et forment de nombreux foci nucléoplasmiques stables qui ne colocalisent avec aucun compartiment nucléaire connu. Un profil similaire est trouvé pour des transcrits épissés non-codants du locus Snurf-Snrpn. Sous l'effet de drogues, des ARNs Bsr sont détectés dans le cytoplasme associés aux granules de stress. Les transcrits épissés des domaines Dlk1-Gtl2 et Snurf-Snrpn pourraient représenter une nouvelle famille d'ARNs retenus dans le noyau
The Dlk1-Gtl2 and Snurf-Snrpn imprinted loci arbor complex transcription units and generate non-coding RNAs that are badly characterized. In order to gain insight into the intracellular fate of these non-coding RNAs, we have carried out fluorescence in situ hybridizations on the long, non-coding Bsr gene at the rat Dlk1-Gtl2 domain. In embryonic fibroblasts and neurons, spliced Bsr RNAs are only detected in the nucleus. They accumulate as a track at the transcription site and form numerous discrete, stable, nucleoplasmic dots that do not colocalise with any known sub-nuclear compartment. A similar accumulation profile is found for spliced non-coding RNAs at the Snurf-Snrpn locus. Under certain drug treatments, spliced Bsr transcripts are detected in the cytoplasm associated with stress granules. Spliced RNAs at the Dlk1-Gtl2 and Snurf- Snrpn domains could represent a novel family of nuclear-retained RNAs

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Spiller, Rita [Verfasser], Arnd [Akademischer Betreuer] Krüger, Arne [Akademischer Betreuer] Göring, and Ilona [Akademischer Betreuer] Ostner. "Motivation von Seniorinnen und Senioren zur sportlichen Betätigung: Eine empirische Untersuchung mittels qualitativer Interviews in und um Göttingen. / Rita Spiller. Gutachter: Arne Göring ; Ilona Ostner. Betreuer: Arnd Krüger." Göttingen : Niedersächsische Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen, 2015. http://d-nb.info/1074285883/34.

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Spiller, Rita Verfasser], Arnd [Akademischer Betreuer] Krüger, Arne [Akademischer Betreuer] [Göring, and Ilona [Akademischer Betreuer] Ostner. "Motivation von Seniorinnen und Senioren zur sportlichen Betätigung: Eine empirische Untersuchung mittels qualitativer Interviews in und um Göttingen. / Rita Spiller. Gutachter: Arne Göring ; Ilona Ostner. Betreuer: Arnd Krüger." Göttingen : Niedersächsische Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen, 2015. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:gbv:7-11858/00-1735-0000-0022-605C-8-7.

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Jonker, Anneliene. "Synthetic Lethality and Metabolism in Ewing Sarcoma : Knowledge Through Silence." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA11T039/document.

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Abstract:

Le sarcome de Ewing est la seconde tumeur pédiatrique de l’os la plus fréquente. Elle est caractérisée par une translocation chromosomique résultant à la fusion de EWSR1 avec un membre de la famille ETS. Chez 85% des patients, cette fusion conduit à l’expression de la protéine chimérique EWS-FLI1 qui est l’oncogène majeur de ce sarcome. Ce dernier agit principalement par son action transcriptionelle sur des cibles qui lui sont propres. Au niveau thérapeutique, le sarcome d’Ewing est traité par chimiothérapie, chirurgie locale et par radiothérapie. La survie à long terme des patients est de l’ordre de 70%, mais beaucoup plus basse pour les patients métastatiques et quasi nulle lors d’une récidive. Parmi maintes caractéristiques, certains cancers présentent une dérégulation énergétique. L’influence d’EWS-FLI1 sur cet aspect n’a fait l’objet d’aucune étude dans le contexte du sarcome d’Ewing. Nous avons donc étudié par profilage métabolomique des cellules de sarcome d’Ewing en présence ou en absence d’EWS-FLI1. En comparant ces deux conditions, des modulations du profil énergétique relatif au cycle de Krebs, des précurseurs de le glycosylation ainsi que des métabolites de la voie de la méthionine et du tryptophane ont été observés. En parallèle, grâce à un crible de banque de shRNAs réalisé dans des conditions expérimentales similaires à l’étude métabolomique (lignée d’Ewing avec ou sans EWS-FLI1), nous avons pu identifier des gènes présentant des caractéristiques « synthétique létales », c'est-à-dire tuant uniquement les cellules du sarcome d’Ewing en présence de son oncogène
Ewing sarcoma, the second most commonly occurring pediatric bone tumor, is most often characterized by a chromosomal translocation between EWSR1 and FLI1. The gene fusion EWS-FLI1 accounts for 85% of all Ewing sarcoma and is considered the major oncogene and master regulator of Ewing sarcoma. EWS-FLI1 is a transcriptional modulator of targets, both directly and indirectly. Ewing sarcoma is aggressively treated with chemotherapy, localized surgery and radiation and has an overall survival of about 70%, however, survival for metastasis or relapsed cases remains low. One of the cancer hallmarks, metabolic deregulation, is most likely partly dependent on EWS-FLI1 in Ewing sarcoma cells. In order to get a better understanding of Ewing sarcoma biology and oncogenesis, it might be of high interest to investigate the influence of EWS-FLI1 in Ewing sarcoma cells. We therefore performed a global metabolic profiling of Ewing sarcoma cells with or without inhibition of EWS-FLI1. Several changes in the energy metabolism were observed throughout this study; the observed changes were consistent with an energy profile that moved from a cancer cell energy metabolism towards the energy metabolism of a more normal cell upon EWS-FLI1 inhibition, primarily based on the TCA cycle. Levels of TCA intermediates, glycosylation precursors, methionine pathway metabolites and amino acids, especially changes in the tryptophan metabolic pathway, were altered upon EWS-FLI1 inhibition. Parallel to this study, we performed a high-throughput synthetic lethality screen, in order to not only identify essential genes for cell survival and proliferation, but also to identify new synthetic lethal targets that could specifically target Ewing sarcoma cells carrying the EWS-FLI1 fusion gene

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Bey, Gilbert. "Etude structurale de deux aminoacyl-ARNt synthétases de classe 1 : L'arginyl-ANRt synthétase d'escherichia coli et la leucyl-ARNt synthétase d'aquifex aeolicus." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13207.

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Abstract:

Les aminoacyl-ARNt synthétases sont des enzymes importantes de la traduction. Elles catalysent la fixation d'un acide aminé sur l'extrémité 2' ou 3'OH de leurs ARNts respectifs selon leur classe. La réaction d'aminoacylation se déroule en général en deux étapes et nécessite un acide aminé, l'ARNt et de l'ATP comme source d'énergie. De plus, ces enzymes sont présentes dans tous les organismes car elles sont indispensables dans le règne du vivant. Leur profil d'évolution souvent complexe, est donc un marqueur de l'évolution des organismes. Dans ce travail, nous présentons deux études structurales de deux AARSs de classe I : l'ArgRS de E. Coli et la LeuRS d'A. Aeolicus. L'ArgRS est une protéine monomérique qui est capable de reconnaître et d'aminoacyler 4 isoaccepteurs de l'arginine. A la différence de l'enzyme de levure, cette enzyme nécessite de reconnaître l'adénosine en position 20 de l'ARNt. Après une vue globale sur l'évolution particulière des ArgRSs dans 140 organismes, nous présentons les premiers cristaux d'enzyme libre et complexée à l'ARNt isoaccepteur majeur de l'arginine dans E. Coli. La LeuRS d'A. Aeolicus est une LeuRS originale. Dans tous les organismes, cette AARS est monomérique. Dans cette bactérie thermophile, la LeuRS est scindée en deux sous-unités a et ß, rendant l'hétérodimère équivalent à un monomère classique de cette enzyme. De plus, nous avons pu montré que cette LeuRS présente un comportement en solution particulier. En effet, cette enzyme existe en solution sous deux formes oligomériques actives, aß et a2ß2. Nous avons aussi pu obtenir des cristaux diffractant à haute résolution pour la forme libre. Le travail se poursuit au niveau de la résolution du problème des phases
Aminoacyl-tRNA synthetases are a family of enzymes essential for translation. AARSs catalyse the attachment of aminoacids to their cognate tRNAs. For the aminoacylation reaction, they use aminoacids, tRNA and ATP. Furthermore, AARSs are ubiquitous in all kingdoms and are a good witness of the complexity of evolution. In this work, we report two structural studies of two class I AARSs: ArgRS from E. Coli and LeuRS from A. Aeolicus. ArgRS is an AARS which can discriminate 4 cognate isoacceptor tRNAs in E. Coli. Unless ArgRS form yeast, this enzyme need to bind properly the strong identity element A20 of tRNA. After a global view of evolution of ArgRSs in 140 organisms, we present here first crystals for free form and enzyme bound to the major tRNA of E. Coli. LeuRS from A. Aeolicus is a particular LeuRS. In all others organism, this enzyme is a monomer. In this thermopile bacteria, LeuRS is split in two parts, a and ß, and the heterodimer aß is functionally similar to a canonical monomer. Also, we have shown two oligomeric active forms for this enzyme aß et (aß)2. Now, we have obtain well diffracting crystals of the free form and we hope to get phases in a soon future

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Ryckelynck, Michaël. "Aspects fonctionnels et structuraux de la régulation de l'expression d'une aminoacyl-ARNt synthétase eucaryote : l'aspartyl-ARNt synthétase de Saccharomyces cerevisiae." Strasbourg 1, 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/RYCKELYNCK_Michael_2005.pdf.

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Abstract:

L'aminoacylation spécifique des ARN de transfert (ARNt) par l'acide aminé homologue est catalysée par les aminoacyl-ARNt synthétases (aaRS). L'aspartyl-ARNt synthétase (AspRS) de Saccharomyces cerevisiae reconnaît spécifiquement, non seulement l'ARNtAsp, mais également son propre ARN messager (ARNmAspRS). Le complexe formé entre l'AspRS et son ARNmAspRS est l'étape initiale du mécanisme de rétro-régulation de l'expression de l'AspRS. Celle-ci est caractérisée par trois originalités, (i) L'AspRS est présente dans le noyau, (ii) c'est une régulation transcriptionnelle médiée par l'interaction de l'AspRS avec son propre ARNm et (iii) elle implique une coordination de l'expression de l'AspRS avec la concentration cellulaire en ARNt. L'interaction AspRS/ARNmAspRS a été caractérisée au niveau structural par cartographie en solution. Les régions d'ARNm reconnues par l'AspRS ont été identifiées au moyen d'expériences d'empreinte et de mutagenèse dirigée. La structure secondaire est originale à plusieurs égards : (i) elle s'organise en deux domaines indépendants ; (ii) chacun est reconnu par un monomère de l'enzyme ; (iii) un des domaines mime la branche anticodon de l'ARNtAsp avec un triplet anticodon GUC. Les conséquences physiologiques induites par une augmentation de la concentration en AspRS ont été également abordées. In vitro, l'aspartylation de l'ensemble des ARNt de levure en présence de concentrations croissantes en enzyme a montré que l'AspRS aspartyle de façon incorrecte l'ARNtGlu et l'ARNtAsn. In vivo, la construction d'un gène rapporteur conférant à la levure une résistance à la généticine n'a pas permis de détecter cette aspartylation incorrecte, en revanche, le suivi du protéome de la levure lorsque l'AspRS est surexprimée a établi les conditions d'accumulation de l'AspRS dans la cellule suggérant l'existence d'un verrou supplémentaire pour contenir l'aspartylation et assurer la survie de la cellule
Accurate translation of genetic information necessitates the tuned expression of a large group of genes. Amongst them, controlled expression of the enzymes catalyzing the aminoacylation of tRNAs, the aminoacyl-tRNA synthetases (aaRS), is essential to insure translational fidelity. Here, it is shown that expression of AspRS is regulated in Saccharomyces cerevisiae by a feedback mechanism, that necessitates the binding of AspRS to its messenger RNA. The correlation between AspRS expression and mRNAAspRS and tRNAAsp concentrations, as well as the presence of AspRS in the nucleus, suggest an original regulation mechanism. It is proposed that the surplus of AspRS, not sequestered by tRNAAsp, is imported in the nucleus where it binds to mRNAAspRS and thus inhibits its accumulation. We have established the folding of the 300-nucleotides long 5' end of mRNAApRS and identified the structural signals involved in the regulation process. We propose that the mRNAAspRS fragment folds in two independent and symmetrically structured domains spaced by two single-stranded connectors. Domain I displays a tRNAAsp anticodon-like stem-loop structure that is restricted in domain II to a short double-stranded helix. The overall mRNA structure, based on enzymatic and chemical probing, support a model where each monomer of yeast AspRS binds one individual domain and recognizes the mRNA structure like it recognizes its cognate tRNAAsp. Finally, the consequences of an increased concentration of AspRS in the cell have been tested. In vitro, high AspRS concentrations lead to mis-aspartylation of tRNAAsn and tRNAGlu. In vivo, the design of a reporter gene conferring an antibiotic resistance, dependent on mischarged tRNAs, did not allow to detect any cross aminoacylation. However, the proteomic analysis of yeasts overexpressing AspRS pointed out the conditions of AspRS accumulation in the cell by detecting the presence of an additional control mechanism at the post-translational level

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Ott, Alban. "Approches bioinformatiques pour identifier et caractériser les ARN régulateurs chez les procaryotes." Thesis, Paris 11, 2014. http://www.theses.fr/2014PA112029.

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Abstract:

L’objectif de cette thèse était de progresser dans la compréhension de la régulation génique ARN‑dépendante chez les procaryotes. Le développement de nouvelles approches bioinformatiques a permis de découvrir de nouveaux ARN régulateurs non-codant (ARNrnc), de les caractériser notamment évolutivement et d’identifier leurs cibles putatives. Les ARNrnc ont en commun de pouvoir modifier l’abondance de certaines protéines en interagissant avec l’ARN messager (ARNm) qui les code. Cet effet peut être obtenu selon divers modes d’action qui mènent à la distinction de trois classes d’ARNrnc, les petits ARN régulateurs (pARN), les ARN cis-régulateurs (ARNcis) et les ARN antisens (ARNa). Avec la généralisation des approches d‘identification expérimentale des ARN (transcriptomique), il devient plus facile d’obtenir la liste des pARN que d'identifier les ARNm qu’ils ciblent. Dans le cas des ARNcis, c’est l’inverse, les méthodes expérimentales ne permettent pas de les identifier, mais une fois connus leurs cibles sont évidentes.Pour répondre à ces problématiques, nous avons principalement développé deux nouvelles méthodes : la première permet de prédire des couples pARN/ARNm en se basant leurs profils d’expressions, les résultats nous ont permis de proposer un réseau de régulation pour lequel les pARN auraient un rôle central dans la sporulation bactérienne. La seconde permet d’identifier de nouveaux ARNcis dans les génomes sur la base d’un profilage phylogénétique. Nos résultats nous conduisent à penser que le nombre de pARN et d’ARNcis dans les génomes est actuellement sous estimé. Nous proposons aussi la présence de plusieurs ARNcis chez une Archée, dont un candidat capable de détecter des variations de températures.Les avancées réalisées lors de cette thèse ont permis de mieux appréhender l’importance des ARNrnc dans la régulation génique. Les ARNrnc sont présents dans plus d’organismes et en plus grand nombre que ce que nous le pensions jusqu’à présent. Ces résultats constituent des éléments supplémentaires en faveur d’un rôle plus central des pARN que ce qui était admis jusqu’alors
The aim of this thesis was to improve our understanding of the RNA-dependent gene regulation in prokaryotes. Newly developed bioinformatics approaches revealed new non-coding regulatory RNAs and allowed us to identify putative targets.Regulatory RNAs can change the abundance of certain proteins by interacting with cognate messenger RNAs (mRNA). This effect is achieved through various modes of action that lead to the distinction of three RNA classes: small RNA (sRNA), cis-regulatory RNA (cisRNA) and antisense RNA (asRNA). With the generalization of experimental RNA identification (transcriptomics), it becomes easier to obtain the list of expressed RNA but most of their target mRNA remain unknown. Conversely, cisRNA cannot be easily identified through experimental procedures but their targets are obvious.To address these issues, we developed two new methods: the first predicts pairs of sRNA and mRNA targets based on the analysis of expression profiles and led us to propose a new regulatory network with sRNAs playing a central role in bacterial sporulation. The second identifies new RNAs in genomes based on the analysis of phylogenetic profiles. Our results suggest that the abundance of sRNAs and cisRNA were previously underestimated. We also suggest the presence of several cisRNAs in an Archaea, including a strong candidate of thermosensitive regulator.Progress made in this thesis contributed to a better understanding of RNA importance in bacterial cell regulation. Regulatory RNAs are abundant and present in more organisms than expected previously. These results are new evidences that the physiological roles of sRNAs are more central than was previously thought

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Dissertations / Theses on the topic 'ARNi'

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