Academic literature on the topic 'Bacilos gram-negativos'

OBJETIVO: determinar a correlação da coloração de Gram com o resultado final das culturas de LBA em pacientes cirúrgicos sob ventilação mecânica com PAV clínica. MÉTODOS: Estudo retrospectivo de 252 amostras de lavado broncoalveolar em pacientes com clínica de pneumonia associada à ventilação mecânica com trauma ou cuidados de pós-operatório. As amostras de coloração de Gram foram classificadas como cocos Gram-positivos e bacilos Gram-negativos, todos os outros resultados foram excluídos. Culturas de lavado broncoalveolar foram comparadas aos resultados da coloração de Gram. RESULTADOS: A correlação entre a coloração de Gram e a cultura do lavado broncoalveolar apresentou índice kappa de 0,27. A sensibilidade da coloração de Gram foi 53,9% e a especificidade de 80,6%. Considerando a identificação de cocos Gram-positivos comparada com os outros resultados (negativos e bacilos Gram-negativos), o valor preditivo negativo foi 94,8%. Na avaliação de bacilos Gram-negativos comparada com os outros resultados (negativos e cocos Gram-positivos), a sensibilidade foi 27,1% e a especificidade foi 95,4%. CONCLUSÃO: O valor preditivo negativo para cocos Gram-positivos parece ser aceitável, mas a sensibilidade da coloração de Gram na etiologia de pneumonia associada à ventilação mecânica não permite prever qual é o micro-organismo antes da cultura.

<p>Las bacterias son los contaminantes más frecuentes de los lentes de contacto. Objetivo: identificar el tipo de depósitos microbiológicos en lentes de contacto blando (LCB) usados. Materiales y Métodos: 100 lentes de contacto blandos de usuarios o de prueba de las ópticas, recolectándose 25 lentes para cada grupo de la FDA (Grupo1, 2, 3 y 4, según el contenido de agua e ionicidad del polímero). Los lentes se almacenaron por 20 días en sus estuches individuales hasta su estudio. A cada lente, se le realizó observación directa en lámpara de hendidura para clasificar depósitos visibles según criterio de RUDKO, examen directo con azul de lactofenol y cultivos microbiológicos. Resultados: según los grupos de la FDA, la contaminación microbiana en el grupo 1 fue del 80% (20/25) por bacterias y el 8% (2/25) por hongos. En el grupo 2, el 88% (22/25) presentó bacterias, el 4% (1/25) hongos. En el grupo 3, el 72% (18/25) presentó bacterias, el 20% (5/25) hongos. En el grupo 4, el 80% (20/25) presentó bacterias, el 12% (3/25) hongos. La presencia de hongos siempre fue concomitante con la de bacterias. Según los criterios de Rudko, se obtuvo que, de la categoría I, el 43,2% (17/37) tenía contaminación microbiológica por bacterias y/u hongos. El 100% de los lentes de categoría II (56/56) y categoría IV (7/7) estaban contaminados. El tipo de bacterias más frecuentemente identificadas en los cultivos, fueron bacilos y cocobacilos Gram negativos. Conclusiones: los bacilos Gram negativos fueron los microorganismos que más se encontraron en los lentes de contacto blando usados después de 20 días de almacenamiento.</p>

Introducción. La periodontitis es una enfermedad infecciosa que afecta los tejidos de soporte del diente y se asocia con diferentes enfermedades sistémicas, incluida la enfermedad cardiovascular. Los estudios microbiológicos permiten detectar microorganismos a partir de muestras subgingivales y cardiovasculares.Objetivo. Describir la microbiota periodontal cultivable y la presencia de microorganismos en válvulas cardiacas de pacientes sometidos a cirugía de reemplazo valvular en una clínica de Cali.Materiales y métodos. Se analizaron 30 muestras subgingivales y de tejidos valvulares mediante cultivo en medio bifásico, agar de sangre con suplemento y agar tripticasa de soya con antibiótico. Las muestras de las válvulas se analizaron mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional.Resultados. Los patógenos periodontales aislados de bolsas periodontales fueron Fusobacterium (50 %), Prevotella intermedia/nigrescens (40 %), Campilobacter rectus (40 %), Eikenella corrodens (36,7 %), bacilos entéricos Gram negativos (36,7 %), Porphyromonas gingivalis (33,3 %) y Eubacterium (33,3 %). Los agentes patógenos aislados de la válvula aórtica fueron Propionibacterium acnes (12 %), bacilos entéricos Gram negativos (8 %), Bacteroides merdae (4 %) y Clostridium bifermentans (4 %), y de la válvula mitral, P. acnes y Clostridium beijerinckii. La PCR convencional no arrojó resultados positivos para agentes patógenos orales y solo se detectó ADN bacteriano en dos muestras.Conclusiones. La microbiota periodontal de pacientes sometidos a cirugía de reemplazo valvular estaba conformada por especies Gram negativas que han sido relacionadas con infecciones en tejidos extraorales; sin embargo, no se encontraron agentes patógenos periodontales en los tejidos de las válvulas. Aunque hubo muestras de estos tejidos y subgingivales, positivas para bacilos entéricos Gram negativos, no es posible asegurar que tuvieran el mismo origen filogenético.

Introdução: Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS) são problemas importantes dentro de uma Unidade de Terapia Intensiva Neonatal (UTIN), onde tanto fatores ambientais quanto intrínsecos do Recém-Nascido (RN) contribuem para a incidência das infecções. IRAS provocadas por bacilos Gram negativos apresentam relevância clínica devido à maior gravidade dos casos e à maior resistência destes patógenos aos antimicrobianos. Objetivo: Objetivou-se verificar a incidência de IRAS por bacilos Gram negativos multirresistentes, descrever os microrganismos identificados nas culturas laboratoriais e avaliar o perfil de resistência aos antimicrobianos. Metodologia: Foi realizado um estudo retrospectivo, do tipo caso-controle a partir da coleta de dados dos prontuários de 804 RN que estiveram internados na UTIN de um hospital terciário entre janeiro de 2010 e dezembro de 2012. Resultados: Os principais fatores de risco para IRAS: peso de nascimento entre 750g e 1500g e maior que 2500g, idade gestacional entre 26 e 30 semanas, tempo de internação maior que 8 dias, uso de cateter venoso central, uso de ventilação mecânica e nutrição parenteral. A IRAS mais frequente foi a Infecção da Corrente Sanguínea com Confirmação Laboratorial, e dentre os bacilos Gram negativos, a Klebsiella pneumoniae foi a mais frequente. Conclusão: O estudo atendeu aos objetivos propostos e mostrou a importância das ações de vigilância, prevenção e controle das IRAS nas unidades neonatais, reduzindo a ocorrência de agravos à saúde do RN de alto risco, contribuindo para a diminuição dos índices de morbi-mortalidade e promovendo a melhoria da qualidade da assistência no período neonatal.

A etiologia das meningites purulentas foi analisada em 109 recém-nascidos admitidos em unidade de cuidados intensivos neonatais durante período de dez anos. Bactérias foram recuperadas do LCR de 57 (52,2%) recém-nascidos. Verificou-se predomínio dos bacilos Gram-negativos isolados em 38 (34,9%); cocos Gram-positivos foram isolados em somente 12 (11,0%). Os microorganismos tidos como de contaminação hospitalar - Klebsiella sp, Salmonella sp, Enterobacter sp, Pseudomonas sp, Flavobacterium meningosepticum e Ser-ratia marcescens responderam pela etiologia presumível em 38 (49,3%) dentre 77 pacientes com culturas positivas; foram isolados de 22 (7,0%) recém-nascidos com procedência hospitalar imediata e somente em 12 (34,3%) daqueles vindos diretamente do domicílio (X2 = 4,08; p<0,05). A letalidade foi significantemente maior nos pacientes com cultura de LCR positiva (47,45%), quando comparada àquela (18,4%) dos pacientes com cultura de LCR negativa (c²=5,01: p<0,05). A análise da casuística permite concluir pelo predomínio dos bacilos Gram-negativos, muitos deles de origem hospitalar. Recomenda-se a melhoria das condições de atendimento nos berçários e controle mais eficiente das infecções hospitalares.

Nas últimas décadas, a incidência de infecções hospitalares causadas por bactérias Gramnegativas multidrogarresistentes (MDR) vem crescendo de maneira vertiginosa em todo o mundo, de modo que a Organização Mundial de Saúde (OMS) recentemente reconheceu essas infecções como uma preocupação mundial devido ao seu impacto negativo sobre as taxas de mortalidade intra-hospitalar e dos custos da assistência à saúde, afetando tanto os países desenvolvidos quanto os em desenvolvimento. Atualmente considera-se que a higienização das mãos, o uso racional de antimicrobianos e o isolamento de contato são as principais medidas disponíveis para contenção desse avanço. Porém, elas são apenas parcialmente efetivas e de implementação trabalhosa e onerosa. Assim, considera-se necessário o desenvolvimento de formas mais simples e eficientes paralidar com esse problema. No presente estudo, nos propusemos a avaliar o impacto da administração de um produto simbiótico a pacientes colonizados e/ou infectados por bactérias Gram-negativas MDR sobre as taxas de descolonização desses patógenos no trato digestivo. Trata-se de um ensaio clínico randomizado, duplamente cego, controlado com placebo, envolvendo 101 pacientes hospitalizados com colonização prévia por bactérias Gram-negativas MDR, demonstrada por meio de cultura seletiva de swab retal, cuja intervenção consistiu na administração oral ou enteral diária de 1010 unidades de Lactobacillus bulgaricus e 1010 unidades de Lactobacillus rhamnosus associados a fruto-oligossacarídeos durante (FOS) 7 dias. O desfecho primário do estudo foi a descolonização completa do trato digestivo posterior à intervenção, que, na análise do tipo \"intenção de tratar modificada\" foi de 16,7% (8/48) no grupo experimental e 20,7% (11/53) no grupo controle (p=0,600). Na análise \"per protocol\", a descolonização completa do trato observada foi de 18,9% (7/37) no grupo experimental e 23,3% (7/30) no grupo controle (p=0,659). Em uma análise multivariada por meio de modelo de regressão logística o uso do simbiótico não influenciou significativamente o risco de descolonização completa do trato digestivo (OR= 0,80, IC 95%= 0,28-2,27, p= 0,678). A ocorrência de eventos adversos de natureza leve a moderada foi semelhante entre os grupos: 7,55% no grupo que utilizou placebo e 6,25% no grupo sob intervenção (p= 1,000). Nenhum evento adverso grave potencialmente relacionado às medicações de estudo foi observado. Nas condições estudadas, os dados obtidos pelo estudo nos levam à conclusão de que o simbiótico estudado demonstrou-se inefetivo na descolonização do trato digestivo de pacientes previamente colonizados por bactérias Gram-negativas MDR.
In recent decades the incidence of multidrug resistant (MDR) Gram-negative nosocomial infections has been dramatically raising in the whole world. The World Health Organization (WHO) recently recognized nosocomial infections due to MDR pathogens as a global concern due to its negative impact on patients, health-care workers and health-care institutions, affecting developed countries as well as developing ones. They negatively impact in-hospital mortality and health-care related costs. Hand hygiene promotion, antibiotic stewardship and contact precautions are the main available measures to control such MDR Gram-negative organisms in hospitals. However, they are only partially effective as well as difficult to be implemented and expensive. Therefore, simpler and more effective actions are thought to be helpful and urgent. In the present study, we analyzed the impact of the administration of a symbiotic product on patients harboring Gram-negative multidrug-resistant bacteria upon the subsequent rates of decolonization of these pathogens from the gastro-intestinal tract.This is a double-blinded and placebo controlled randomized clinical trial evaluating the oral/enteral daily administration of 1010 units of Lactobacillus bulgaricusplus 1010 units of Lactobacillus rhamnosus associated with fructo-oligosacharide (FOS), or placebo, for 7 days, to 101 patients previously colonized by MDR Gram-negative bacteria, identified through selective culture of rectal swab. The primary study outcome was the rate of complete decolonization of the MDR microorganism from the gastro-intestinal tract following the intervention. In the \"modified intention to treat\" analysis, decolonization rates observed were 16.7% (8/48) in the experimental group and 20.7% (11/53) in the placebo group (p=0,600). In the \"per protocol\" analysis, decolonization rates were 18.9% (7/37) in the experimental group and 23.3% (7/30) in the placebo group (p=0,659). In a logistic regression model, symbiotic use did not produce any impact on the chance of decolonization (OR=0.80, CI95%=0.28-2.27, p=0.678). Mild to moderate adverse events occured similarly in both the placebo (7.55%) and the experimental group (6.25%), (p=1,000). No severe adverse event potentially related to the medications was detected during the study period. In the present study conditions, the results obtained lead to the conclusion that the studied symbiotic proved to be ineffective to decolonize patients harboring multidrug resistant Gram-negative bacilli.

Introdução: As polimixinas são consideradas as opções terapêuticas de resgate para o tratamento das infecções de corrente sanguínea (ICS) por bacilos Gram-negativos (BGN) com resistência aos carbapenens (CR) e a combinação com outro antimicrobiano tem sido utilizada apesar da falta de evidência clínica para esta prática. Objetivo: Avaliar o uso de polimixina B intravenosa em monoterapia e em combinação com outro antimicrobiano para ICS por BGN CR. Pacientes e Métodos: Foi um estudo de coorte retrospectivo em um hospital terciário, incluindo 99 pacientes. A comparação dos tipos terapias foi através do propensity score. Resultados: A mortalidade global em 30 dias foi de 43,4%: 40,7% (24 de 59) e 47,5% (19 de 40), p=0,51, em pacientes que receberam combinação e monoterapia, respectivamente. A sepse grave/choque séptico no dia da ICS, alta pontuação do escore de bacteremia de Pitt e a presença de neoplasia como doença de base foram, independentemente, associados a maior mortalidade em 30 dias no modelo de regressão de Cox. A terapia combinada não foi significativamente associada a este resultado (hazard ratio, 0,70; intervalo de confiança de 95%, 0,36-1,36); p=0,29). Apesar de não ser significativa, houve uma tendência a um efeito benéfico da associação em pacientes com ICS por BGN CR da família Enterobacteriaceae. Não houve diferença no desenvolvimento de insuficiência renal aguda em pacientes que receberam terapia de combinação comparado com os que receberam monoterapia. Conclusão: Não houve diferença na mortalidade em 30 dias em pacientes com ICS por BGN CR tratados com polimixina B em combinação com outro antimicrobiano ou em monoterapia. A prática rotineira de combinar um segundo antibiótico em esquemas baseados em polimixinas, especialmente, se a bactéria apresenta resistência in vitro ao carbapenem, ainda necessita estudos clínicos adicionais.
Background: Polymyxins are usually the last resort therapy for carbapenem-resistant Gram-negative bacteria (CR GNB) bloodstream infections (BSIs), combination with another antimicrobial has been used despite the lack of clinical evidence supporting such practice. Objetive: We aimed to assess the use of intravenous polymyxin B in combination with another antimicrobial in comparison with polymyxin B as a single drug for CR GNB BSIs, adjusting for a propensity score for indication of combination therapy. Patient and methods: We compared combination versus monotherapy with polymyxin B for CR GNB BSIs, adjusting for a propensity score for indication of combination therapy. It was a retrospective cohort study at a tertiary-hospital including 99 patients. Results: The overall 30-day mortality was 43.4%: 40.7% (24 of 59) and 47.5% (19 of 40), P=0.51, in patients receiving combination and monotherapy, respectively. Severe sepsis/ septic shock at BSI onset higher Pitt bacteremia score and neoplasia were independently associated with higher 30-day mortality in a Cox-regression model. Combination therapy was not significantly associated with this outcome (Hazard Ratio, 0.70; 95% confidence interval, 0.36-1.36); P=0.29). Although not significant, there was a tendency to a beneficial effect of combination in patients with Enterobacteriaceae CR GNB BSIs. There was no difference in development of AKI in patients receiving combination therapy compared to those receiving monotherapy. Conclusions: There was no difference in 30-day mortality in patients with CR GNB BSIs treated with polymyxin B in combination with another antimicrobial compared with polymyxin B alone. The routine practice of combining a second antibiotic in polymyxins-based regimes, especially if the bacteria present in vitro resistance to the agent, still lacks support from clinical studies.

Nas últimas décadas, a incidência de infecções hospitalares causadas por bactérias Gram-negativas multirresistentes vem crescendo de maneira vertiginosa em todo o mundo, de modo que a Organização Mundial de Saúde (OMS) recentemente reconheceu essas infecções como uma preocupação mundial devido ao seu impacto negativo sobre as taxas de mortalidade intra-hospitalar e dos custos da assistência à saúde, afetando tanto os países desenvolvidos quanto os em desenvolvimento. Atualmente considera-se que o uso racional de antimicrobianos, a higienização das mãos e o isolamento de contato são as principais medidas disponíveis para contenção desse avanço. Porém, elas são apenas parcialmente efetivas e de implementação trabalhosa e onerosa. Assim, considera-se necessário o desenvolvimento de formas mais simples e eficientes para lidar com esse problema. No presente estudo, nos propusemos a avaliar o impacto da administração de um produto simbiótico a pacientes colonizados e/ou infectados por bactérias Gram-negativas multirresistentes sobre a incidência subsequente de infecções hospitalares relacionadas ao trato respiratório e urinário. Trata-se de um ensaio clínico randomizado, duplamente cego, controlado com placebo, cuja intervenção consistiu na administração oral ou enteral diária de 1010 unidades de Lactobacillus bulgaricus e 1010 unidades de Lactobacillus rhamnosus associados a fruto-oligosacarídeos durante 7 dias, a pacientes internados em um hospital terciário, com colonização prévia por bactérias Gram-negativas multirresistentes, demonstrada por meio de cultura seletiva de swab retal. O desfecho primário do estudo foi a incidência de infecção hospitalar posterior à intervenção, que, na análise do tipo intenção de tratar foi 18/48 (37,50%) no grupo experimental e 12/53 (22,64%) no grupo controle (odds ratio ajustado=1,95, IC95%=0,69-5,50, p=0,21). Os desfechos secundários principais, também de acordo com a análise intenção de tratar, foram: o tempo de internação hospitalar; sendo a mediana de 17 dias no grupo controle e 31 dias no grupo experimental (p= 0,07), taxas de óbito; com valores de 3,77% no grupo placebo e 8,33% no grupo simbiótico (odds ratio ajustado = 1,34, IC95%= 0,454,00, p= 0,61) e ocorrência de eventos adversos; 7,55% no grupo que utilizou placebo e 6,25% no grupo sob intervenção (p= 1,00). Os dados obtidos pelo estudo nos levam à conclusão de que o simbiótico estudado demonstrou-se inefetivo na prevenção de infecções hospitalares do trato respiratório e urinário em pacientes colonizados e/ou infectados por bactérias Gram-negativas multirresistentes.
In recent decades the incidence of multidrug resistant Gram-negative nosocomial infections has been dramatically raising in the whole world. The World Health Organization (WHO) recently recognized nosocomial infections as a global concern due to its negative impact on patients, health care workers and health care institutions, affecting developed countries as well as developing ones. They negatively impact in-hospital mortality and healthcare related costs. Antibiotic stewardship, hand hygiene promotion and contact precautions are the main available measures to control such multidrug resistant Gram-negative organisms in hospitals. However, they are only partially effective as well as difficult to be implemented and expensive. Therefore, simpler and more effective actions are thought to be helpful and urgent. In the main study, we propose to analyze the impact of the administration of a symbiotic product on patients colonized and/or infected by Gram-negative multidrug resistant bacteria upon the subsequent incidence of respiratory and urinary tract nosocomial infections. A randomized, double- blinded, placebo controlled, clinical trial was proposed in order to provide oral or enteral daily administration of 1010 units of Lactobacillus bulgaricus and 1010 units of L. rhamnosus associated with fructo-oligosacharide (FOS) during 7 days, to previously colonized patients with multi-resistant Gram-negative bacteria, identified through selective culture of rectal swab, hospitalized in a tertiary-care hospital. The primary outcome was the incidence of nosocomial infections after the intervention, which in the intention to treat analysis was 18/48 (37,50%) in the experimental group versus 12/53 (22,64%) in the control group (adjusted odds ratio= 1,95, IC95%= 0,69-5,50, p=0,21). Secondary outcomes, according to intention to treat analysis, were hospital length of stay: median of 17 days in the control group and 31 days in the symbiotic group (p= 0,07), mortality rates: 3,77% in the placebo group versus 8,33% in the experimental group (adjusted odds ratio = 1,34, IC95%= 0,45 4,00, p= 0,61) and adverse effects: 7,55% in the control group and 6,25% in the intervention group (p= 1,00). The results of this study leads to the conclusion that the studied symbiotic proved to be ineffective to prevent nosocomial respiratory and urinary tract infections in patients colonized and/or infected by Gram-negative multi-resistant bacteria.

Introdução. Quinolonas são antimicrobianos sintéticos que inibem as enzimas DNA-girase e topoisomerase IV resultando na morte bacteriana. São altamente eficazes no tratamento de infecções bacterianas, especialmente causadas por bactérias Gram negativas, e portanto amplamente utilizados na medicina humana e veterinária, na qual também são empregados como profiláticos. Porém, o uso indiscriminado e inadequado levou ao aumento de bactérias resistentes a estes compostos. Esta resistência pode ocorrer devido a mutações nas enzimas DNA-girase e topoisomerase IV, e também por genes contidos em plasmídeos. Estes últimos são os principais responsáveis pela disseminação e circulação da resistência entre o meio ambiente e o ambiente hospitalar. Objetivos. Pesquisar genes de resistência a antimicrobianos do grupo das quinolonas em bactérias Gram negativas de origem clínica e ambiental que apresentam resistência fenotípica a este grupo. Material e Métodos. 73 cepas de Enterobacteriaceae e Aeromonas sp. de origem clínica e ambiental foram selecionadas para o estudo, e avaliadas quanto à sensibilidade aos antimicrobianos do grupo das quinolonas e à pesquisa de genes de resistência a este mesmo grupo e mutações no gene que codifica a enzima DNA-girase por meio de PCR e sequenciamento. Resultados. Das 73 cepas previamente selecionadas para compor o estudo, 65 foram utilizadas, devido à exclusão de perfis clonais similares. Nestas, foram observados os genes, qnrS1 (1,5 por cento ), qnrS2 (26,2 por cento ), qnrB1 (3,1 por cento ), qnrB19 (12,3 por cento ), qnrD1 (1,5 por cento ), aac(6)-Ib-cr (10,8 por cento ), oqxA (43,1 por cento ) e oqxB (41,5 por cento ), e duas variantes determinadas qnrB-like (3,1 por cento ) e qnrB69-like (1,5 por cento ). Os genes qnrA, qnrC e qepA não foram identificados. Mutações na enzima DNA-girase foram observadas em 97,9 por cento das cepas positivas para algum dos genes pesquisados. Em 4 cepas foi possível estabelecer a associação do gene aac(6)-Ib-cr com integron de classe 1. Foi realizado sequenciamento e caracterização do plasmídeo completo onde estava inserido o gene qnrD1. Conclusões. Este estudo relata pela primeira vez no Brasil a ocorrência dos genes qnrS2, oqxA e oqxB, a associação entre o elemento genético integron de classe 1 e o gene aac(6)-Ib-cr, e o gene qnrD1 e a caracterização do plasmídeo completo onde este estava inserido. Os genes qnrB1, qnrB19, e aac(6)-Ib-cr, anteriormente apenas relatados em cepas clínicas, foram observados em cepas ambientais. Os resultados deste estudo mostram alta frequência de genes de resistência a quinolonas tanto em isolados clínicos quanto em isolados ambientais, alertando quanto à disseminação da resistência entre fontes diferentes, e possível manutenção destes genes por cepas ambientais.
Introduction. Quinolones are synthetic antimicrobial agents that inhibit DNA gyrase and topoisomerase IV enzymes resulting in bacterial death. They are highly effective in the treatment of bacterial infections, especially the ones caused by Gram negative bacteria, as well as for prophylaxy. Therefore they are widely used in human and veterinary medicine. However, indiscriminate and improper use led to an increase of bacteria resistance to these compounds. This resistance can be due to mutations in DNA gyrase and topoisomerase IV enzymes and also by genes contained in plasmids, which are mainly responsible for the spread and transmission of resistance between the environment and the hospital set. Objectives. To search for genes of resistance to quinolone antimicrobial agents in Gram-negative bacteria from clinical and environmental strains that present phenotypic resistance to this group. Material and Methods. 73 strains of Enterobacteriaceae and Aeromonas spp., from clinical and environmental origin, were selected for this study, and evaluated for antimicrobial susceptibility of quinolone and search of resistance genes in this same group and also for mutations in the gene encoding the enzyme DNA gyrase by PCR and sequencing. Results. Of the 73 strains previously selected to compose this study, 65 were used, due to the exclusion of similar clonal profiles. In these, genes qnrS1 (1.5 per cent ), qnrS2 (26.2 per cent ) qnrB1 (3.1 per cent ), qnrB19 (12.3 per cent ) qnrD1 (1.5 per cent ) aac(6\')-Ib-cr (10.8 per cent ) oqxA (43.1 per cent ) and oqxB (41.5 per cent ) were observed, and two variants were named as qnrB-like (3.1 per cent ) and qnrB69-like (1.5 per cent ). The qnrA, qnrC and qepA genes were not identified. Mutations in DNA gyrase enzyme were observed in 97.9 per cent of the positive strains for at least one of the genes studied. It was possible to establish the association of aac(6\')-Ib-cr with class 1 integron gene in four strains. Complete sequencing and characterization of plasmid qnrD1, where the gene was inserted, was performed. Conclusions. This study reports, for the first time in Brazil, the occurrence of qnrS2, oqxA and oqxB genes, the association between genetic element integron class 1 gene and the aac (6 \')-Ib-cr, and qnrD1 gene and the characterization of the complete plasmid where this was inserted. qnrB1, qnrB19, and aac(6\')-Ib-cr genes, previously only reported in clinical strains, were observed in environmental strains. The results of this study show a high frequency of quinolone-resistance genes for both clinical and environmental isolates, warning about the spread of resistance through different sources, and the possible maintenance of these genes by environmental strains.

Evalúa el desempeño de cinco métodos fenotípicos para la detección de metalobetalactamasas (MBL) en bacilos gram negativos. Es un estudio observacional, descriptivo y de corte transversal. Utiliza 100 aislamientos de bacilos gram negativos tipificados genotípicamente en estudios preliminares. Los métodos que se evalúan son: Prueba de discos combinados con inhibidor (EDTA), Prueba de sinergia de doble disco, Test de Hodge Modificado (cepa E. coli ATCC 25922), Test de Hodge Modificado (cepa K. pneumoniae ATCC 700603) y Blue Carba Test. De los 32 aislamientos productores de MBL, 27 son del tipo IMP, 3 del tipo VIM y 2 del tipo NDM. De los 68 aislamientos no productores de MBL, 66 son aislamientos no poseedores de MBL, 1 del tipo CTX + impermeabilidad y 1 aislamiento del tipo. El método de discos combinados con inhibidor y el método de sinergia de doble disco son los más específicos (100%) y el Blue Carba Test el más sensible (100%). Respecto a los discos de EDTA se encuentra un índice Kappa de 1.0 entre los discos comerciales y los discos in-house, es decir una concordancia perfecta. En conclusión, los cinco métodos presentaron un buen desempeño para la detección de MBL. Se recomienda la implementación de un método fenotípico para la detección de MBL en los laboratorios clínicos de rutina. El método debe ser elegido según costo-beneficio de acuerdo a las características de la cepa MBL prevalente.
Tesis

Orientador: Paola Castro Moraes
Resumo: As infecções causadas por organismos resistentes a múltiplos fármacos (multi-drug resistance – MDR) estão associadas à maior morbidade, mortalidade e aumento significativos nos custos com cuidados da saúde. Cocos Gram-positivos e bastonetes Gram-negativos são os grupos de bactérias mais frequentemente relacionadas a infecção do sítio cirúrgico em cães. Dentro do contexto de saúde única, é imperativo o aprimoramento contínuo de métodos de avaliação de contaminação e infecção bacteriana no ambiente hospitalar veterinário. O presente estudo objetivou avaliar o perfil de resistência de cocos Gram-positivos e bastonetes Gram-negativos isolados nas mãos do cirurgião, antes e após a desinquinação, no ambiente e sítio cirúrgico, durante o transoperatório de cirurgias limpas/limpas-contaminadas (G1;n=20) e cirurgias contaminadas (G2;n=10). Das 150 amostras coletadas, as do ambiente (n=30) foram obtidas pela exposição de placa com ágar Brain Heart Infusion na sala cirúrgica durante o procedimento, enquanto as do sítio cirúrgico (n=60) e as das mãos do cirurgião (n=60) foram coletadas por cotonete estéril e semeadas em ágar sangue e MacConkey. Todas as placas foram incubadas a 37ºC por 24h em estufa bacteriológica sob condições anaeróbias. Colônias sugestivas de cocos Grampositivos e bastonetes Gram-negativos foram submetidas a testes bioquímicos para identificação dos gêneros. Por fim, foi realizado o teste de susceptibilidade aos antimicrobianos por disco difusão em ágar Müller-Hinton... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Infections caused by multidrug-resistant (MDR) organisms are associated with increased morbidity, mortality and health care spending. Gram-positive cocci and Gram-negative bacilli are bacterial species frenquently related with surgical site infections in dogs. In the context of one health, become necessary the continuous improvement of evaluation methods of bacterial infection and contamination in the veterinary hospital environment. The present project aims to evaluate the antimicrobial profile of Gram-positive cocci and Gram-negative bacilli isolated of the surgical site and room during the intraoperative period and of the surgeon’s hands, before and after antisepsis. All samples were obtained during intraoperative of clean/cleancontaminated (G1) and contaminated surgery (G2). A total of 153 samples were collected, of which the environmental samples were obtained by exposure of Brain Heart Infusion agar plate in the surgical room during the procedure and samples from the surgical site and surgeon’s hands were collected by swabs and seeded on blood and Macconkey agar. The plates were incubated at 37ºC for 24h. Suggestive bacterial colonies for Gram-positive cocci and Gram-negative bacilli were submitted to biochemical test for genus differentiation. Finally, antimicrobial susceptibility testing was performed by disk diffusion method. Forty-three isolates with morphological and biochemical characteristics of Staphylococcus spp. and 13 of Gram-negative bacilli were obtained. W... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre

DE LA TESIS:

Desde la aparición de las quinolonas, las resistencias bacterianas a las mismas han evolucionado de forma paralela. Conforme han ido apareciendo nuevas moléculas con mayor capacidad bactericida y mejores parámetros farmacodinámicos y farmacocinéticos, también se han ido identificando nuevos y más sofisticados mecanismos de resistencia, que se han ido adaptando a las necesidades de cada momento. Es por ello que se hace necesaria una nueva metodología para el diseño y la síntesis de nuevos agentes antibacterianos con el objetivo de aumentar su potencia antibacteriana y, al mismo tiempo, disminuir la probabilidad de generar a corto plazo nuevos mecanismos de resistencia. Con este fin, es fundamental conocer todos los mecanismos de resistencia y cuál es, en detalle, su mecanismo de acción, para poder diseñar nuevas moléculas capaces de, manteniendo su capacidad bactericida, eludir dichos mecanismos.

En esta tesis nos propusimos como objetivos fundamentales, en primer lugar, investigar las bases moleculares de los mecanismos de resistencia a quinolonas en bacterias Gram-negativas. En concreto, en Escherichia coli, Yersinia enterocolitica y Citrobacter freundii. Por otro lado, se llevaron a cabo cálculos de acoplamiento o "docking" mediante la utilización de programas informáticos con el fin de incrementar nuestros conocimientos respecto al modelo de interacción entra ADN-ADN girasa-quinolona, para de esta manera mejorar nuestra comprensión de los mecanismos de resistencia a fluoroquinolonas asociados a las mutaciones más comúnmente encontradas en el gen gyrA. Finalmente, el último de los objetivos que nos propusimos fue el de diseñar, sintetizar y evaluar diferentes derivados de ciprofloxacino y norfloxacino con el fin de encontrar entre ellos alguno que tuviera la capacidad de interaccionar con la enzima ADN girasa, poseyendo ésta uno o dos cambios aminoacídicos en su subunidad A.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004Bitstream added on 2014-06-13T19:01:37Z : No. of bitstreams: 1 nogueira_mf_dr_botfmvz.pdf: 3832737 bytes, checksum: d7fb9761e67373f1ac33a3563a947c18 (MD5)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
Serpentes Crotalus durissus terrificus foram avaliadas em três ocasiões: assim que retiradas da natureza e entregues ao Centro de Estudos de Venenos e Animais Peçonhentos (CEVAP) da UNESP, Campus de Botucatu, após um período de quarentena e depois da permanência por aproximadamente 90 dias em uma baia externa. Foram colhidas amostras de sangue para realização de hemograma e sorologia para Paramyxovirus Ofídico (OPMV), swab de glote e lavado traqueopulmonar, para avaliação citológica e pesquisa de OPMV, Mycoplasma e bacilos Gram-negativos. Nos animais que foram a óbito realizaram-se necropsias e pesquisas dos microrganismos citados em traquéia e pulmão. Cepas de Salmonella, Pseudomonas e Aeromonas isoladas foram submetidas a testes de susceptibilidade a drogas. Na primeira colheita (n = 51), os títulos ao teste de inibição da hemaglutinação foram considerados inespecíficos e duas serpentes foram positivas para o OPMV, ao nested PCR. Na quarentena, nove exemplares vieram a óbito, duas das quais mostraram-se positivas para o OPMV. Na segunda colheita (n = 42), os títulos mantiveram-se, porém nove serpentes foram positivas para o OPMV, duas das quais ao teste de hemaglutinação da cultura de células VERO, tornando-se este o primeiro relato do isolamento do OPMV a partir de um animal vivo. Na baia externa, 24 animais foram a óbito, dos quais 23 foram positivos para o OPMV. Na terceira colheita (n = 18), os títulos variaram de 160 a 5.120, e amostras de todas as serpentes foram positivas para o OPMV. Na avaliação citológica, estes lavados apresentaram elevada celularidade com características de processo inflamatório de misto a macrofágico. Salmonella e Pseudomonas foram isoladas a partir de todas as colheitas, porém Aeromonas apenas de amostras de órgãos. Dentre as drogas testadas, os três gêneros de interesse... .
Crotalus durissus terrificus snakes were evaluated in three occasions: as soon as they were captured from nature and delivered at the Centro de Estudos de Venenos e Animais Peçonhentos (CEVAP) - UNESP, Botucatu, SP, Brazil; after quarantine; and after spent nearly 90 days in an outside enclosure. Blood samples were collected for hematology and Ophidian Paramyxovirus (OPMV) serology, and glottis swabs and tracheal washings for cytological evaluation, OPMV, Mycoplasma and Gramnegative bacilli search. Dead animals were necropsied and the abovementioned microorganisms investigated in trachea and lung. Salmonella, Pseudomonas and Aeromonas isolated strains were submitted to antimicrobial susceptibility tests. In the first sampling (n = 51), the titles to the hemagglutination inhibition test were considered negative and two snakes were nested PCR positives to OPMV. During quarantine, nine specimens died, and two of them were positives to OPMV. In the second sampling (n = 42), titles had no change, but nine snakes turned positive to OPMV, two of them in the hemagglutination test of the VERO cells culture, what is the first report of the OPMV isolation from a live animal. In the external enclosure, 24 animals died, with 23 revealing to be OPMV positive. In the third sampling (n = 18), serological titles ranged from 160 to 5,120, and samples from all snakes were OPMV positives. In the cytological evaluation, these washings showed to be highly cellular with features of mixed cell to macrophagic inflammation. Salmonella and Pseudomonas strains were isolated in all three samplings, but Aeromonas only from trachea and lung samples. Among all the tested drugs, the three bacterial genera were susceptible to amikacin, gentamicin and enrofloxacin. The isolation of Mycoplasma was not obtained. Nematodes of the genus Rhabdias were observed in the tracheal washings. OPMV was the microorganism isolated in... (Complete abstract, click electronic address below).

Resumo: Serpentes Crotalus durissus terrificus foram avaliadas em três ocasiões: assim que retiradas da natureza e entregues ao Centro de Estudos de Venenos e Animais Peçonhentos (CEVAP) da UNESP, Campus de Botucatu, após um período de quarentena e depois da permanência por aproximadamente 90 dias em uma baia externa. Foram colhidas amostras de sangue para realização de hemograma e sorologia para Paramyxovirus Ofídico (OPMV), swab de glote e lavado traqueopulmonar, para avaliação citológica e pesquisa de OPMV, Mycoplasma e bacilos Gram-negativos. Nos animais que foram a óbito realizaram-se necropsias e pesquisas dos microrganismos citados em traquéia e pulmão. Cepas de Salmonella, Pseudomonas e Aeromonas isoladas foram submetidas a testes de susceptibilidade a drogas. Na primeira colheita (n = 51), os títulos ao teste de inibição da hemaglutinação foram considerados inespecíficos e duas serpentes foram positivas para o OPMV, ao nested PCR. Na quarentena, nove exemplares vieram a óbito, duas das quais mostraram-se positivas para o OPMV. Na segunda colheita (n = 42), os títulos mantiveram-se, porém nove serpentes foram positivas para o OPMV, duas das quais ao teste de hemaglutinação da cultura de células VERO, tornando-se este o primeiro relato do isolamento do OPMV a partir de um animal vivo. Na baia externa, 24 animais foram a óbito, dos quais 23 foram positivos para o OPMV. Na terceira colheita (n = 18), os títulos variaram de 160 a 5.120, e amostras de todas as serpentes foram positivas para o OPMV. Na avaliação citológica, estes lavados apresentaram elevada celularidade com características de processo inflamatório de misto a macrofágico. Salmonella e Pseudomonas foram isoladas a partir de todas as colheitas, porém Aeromonas apenas de amostras de órgãos. Dentre as drogas testadas, os três gêneros de interesse... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo).
Abstract: Crotalus durissus terrificus snakes were evaluated in three occasions: as soon as they were captured from nature and delivered at the Centro de Estudos de Venenos e Animais Peçonhentos (CEVAP) - UNESP, Botucatu, SP, Brazil; after quarantine; and after spent nearly 90 days in an outside enclosure. Blood samples were collected for hematology and Ophidian Paramyxovirus (OPMV) serology, and glottis swabs and tracheal washings for cytological evaluation, OPMV, Mycoplasma and Gramnegative bacilli search. Dead animals were necropsied and the abovementioned microorganisms investigated in trachea and lung. Salmonella, Pseudomonas and Aeromonas isolated strains were submitted to antimicrobial susceptibility tests. In the first sampling (n = 51), the titles to the hemagglutination inhibition test were considered negative and two snakes were nested PCR positives to OPMV. During quarantine, nine specimens died, and two of them were positives to OPMV. In the second sampling (n = 42), titles had no change, but nine snakes turned positive to OPMV, two of them in the hemagglutination test of the VERO cells culture, what is the first report of the OPMV isolation from a live animal. In the external enclosure, 24 animals died, with 23 revealing to be OPMV positive. In the third sampling (n = 18), serological titles ranged from 160 to 5,120, and samples from all snakes were OPMV positives. In the cytological evaluation, these washings showed to be highly cellular with features of mixed cell to macrophagic inflammation. Salmonella and Pseudomonas strains were isolated in all three samplings, but Aeromonas only from trachea and lung samples. Among all the tested drugs, the three bacterial genera were susceptible to amikacin, gentamicin and enrofloxacin. The isolation of Mycoplasma was not obtained. Nematodes of the genus Rhabdias were observed in the tracheal washings. OPMV was the microorganism isolated in... (Complete abstract, click electronic address below).
Orientador: Carlos Alberto de Magalhães Lopes
Coorientador: João Pessoa Araújo Junior
Doutor

Os carbapenêmicos são os antimicrobianos mais amplamente utilizados no tratamento empírico de infecções graves por bacilos Gram-negativos. A pressão seletiva gerada pelo uso desses antimicrobianos ao longo das últimas três décadas contribuiu para a disseminação de enterobactérias e Gram-negativos não fermentadores produtores de carbapenemases, particularmente as do tipo KPC e NDM. Os genes que codificam essas enzimas usualmente estão localizados em plasmídeos e/ou transpósons. A hipótese atualmente mais aceita é que o gene blaNDM-1 seja uma quimera criada em Acinetobacter baumannii. A NDM-1 foi descrita em paciente proveniente da Índia e subsequentemente evidenciou-se sua ampla disseminação nesse país. A epidemiologia que tem sido observada nos casos detectados na Europa e Estados Unidos tem sido viagem à Índia, ou seja, sem casos autóctones. No Brasil, os primeiros casos foram identificados no Rio Grande do Sul, e a seguir no Rio de Janeiro e em São Paulo. Diferentemente dos casos da Europa e América do Norte, os casos do Brasil não tem relação epidemiológica com a Índia. O sequenciamento integral dos plasmídeos e cromossomos albergando o gene blaNDM permitirá entender como ocorre a disseminação desse mecanismo de resistência no Brasil. Para isso, foi avaliado o perfil de susceptibilidade dos isolados, bem como a capacidade conjugativa e clonalidade. Das vinte e oito amostras utilizadas neste trabalho, treze delas pertencem à espécie Enterobacter hormaechei, uma à espécie Citrobacter freundii, sete à espécie Escherichia coli, quatro à Klebsiella pneumoniae e três ao gênero Acinetobacter spp. Os primeiros isolados incluídos neste estudo (Escherichia coli e Enterobacter hormaechei produzindo NDM-1) foram isolados em agosto de 2013, de uma mesma amostra de swab retal de um paciente do Rio de Janeiro que nunca viajou para o exterior. O sequenciamento completo do DNA plasmidial utilizando a plataforma Illumina e a anotação de ambos os plasmídeos albergando o gene blaNDM-1 revelou que estes pertencem a grupos de incompatibilidade diferentes, IncFIIK (E. hormaechei) e IncX3 (E. coli), e abrigam um novo transpóson composto designado Tn3000. A comparação da sequência nucleotídica do Tn3000 com aquelas disponíveis no GenBank evidencia que a mesma estrutura está presente em plasmídeos de isolados da cidade de Porto Alegre e também em diferentes continentes. As espécies de Acinetobacter (A. radioresistens, A. ursingii e A. guillouiae) isoladas em São Paulo e Porto Alegre, possuem o gene blaNDM-1 albergados em um mesmo plasmídeo não tipável de 41.087 pb. A avaliação da clonalidade dos isolados de Enterobacter hormaechei \"subsp. oharae\" mostrou dois perfis diferentes através da técnica de PFGE, sendo que todos os microrganismos foram isolados de um surto no mesmo hospital no Rio de Janeiro. Isolados de Klebsiella pneumoniae de uma mesma paciente internada em hospital em Salvador, de sítios distintos - swab retal, hemocultura e urina, em ordem cronológica - obtiveram o mesmo perfil clonal pela técnica de PFGE. O mesmo ocorreu com três isolados de Escherichia coli, de um mesmo paciente do Rio de Janeiro, em amostras de swab retal. Os achados deste estudo evidenciam que no Brasil, Nepal, Marrocos e Índia há uma disseminação do gene blaNDM-1 mediada por um novo elemento móvel designado Tn3000 em enterobactérias. A detecção de um mesmo plasmídeo em diferentes espécies de Acinetobacter evidencia que neste gênero bacteriano, no Brasil, a disseminação do gene blaNDM-1 ocorre por conjugação.
Carbapenems are the antimicrobials most widely used in the empirical treatment of severe infections caused by Gram-negative bacilli. The selective pressure generated by the use of these antibiotics over the last three decades has contributed to the spread of enterobacteria and Gram-negative non-fermenting producing carbapenemases, mainly KPC and NDM. Genes encoding these enzymes are usually located in plasmids and/or transposons. Currently the most accepted hypothesis is that the blaNDM-1 gene is a chimera created in Acinetobacter baumannii. The NDM-1 was described in a patient from India and subsequently was reported to be broadly disseminate in this country. The epidemiology that has been observed in cases detected in Europe and United States is traveling to India, but no autochthonous cases. In Brazil, the first cases were identified in Rio Grande do Sul, and then in Rio de Janeiro and São Paulo. Differently from the cases described in Europe and North America, the cases from Brazil have no epidemiological link with India. The complete sequencing of plasmids and chromosomes harboring blaNDM gene will understanding how the dissemination of this resistance mechanism in Brazil occurs. In this work we will be evaluate the susceptibility profile of the isolates, and their conjugal capacity and clonality. Of the twenty-eight samples used in this study, thirteen of them belong to the species Enterobacter hormaechei, one to Citrobacter freundii, seven to Escherichia coli, four to Klebsiella pneumoniae and three to the genus Acinetobacter sp. The first two isolates included in this study (Escherichia coli and Enterobacter hormaechei) were isolated in August 2013, from the same rectal swab sample from a patient from Rio de Janeiro that never traveled abroad. Complete sequencing of plasmid DNA using Illumina platform and annotation of both plasmids harboring the blaNDM-1 gene revealed that they belong to different incompatibility groups, IncFIIK (E. hormaechei) and IncX3 (E. coli), and are harbor to a new transposon designated Tn3000. The comparison of the Tn3000 nucleotide sequence with those available at GenBank shows that the same structure is present in plasmids from other Porto Alegre and also in different continents. The Acinetobacter species (A. radioresistens, A. ursingii and A. guillouiae) isolated in São Paulo and Porto Alegre, have the blaNDM-1 gene harbored in a single non-typing plasmid of 41,087 bp. The evaluation of clonal relationship of Enterobacter hormaechei \"subsp. oharae\" showed two different profiles by PFGE technique; of note all microorganisms were isolated from an outbreak in the same hospital in Rio de Janeiro. Isolates of Klebsiella pneumoniae from a single patient hospitalized in Salvador, from different anatomical sites - rectal swab, blood culture and urine, in chronological order - obtained the same clonal profile by the PFGE technique. The same occurred with three Escherichia coli isolates, from the same patient from Rio de Janeiro, in swab rectal strains. Our findings suggest that in Brazil, Nepal, Morocco and India there is a spread of blaNDM-1 gene mediated by Tn3000 in enterobacteria. The detection of a same plasmid in different species of Acinetobacter shows that in this bacterial genus, in Brazil, the dissemination of the blaNDM-1 gene occurs by conjugation.