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Dissertations / Theses on the topic 'Bactéries – Fluorescence'
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Agban, Amégninou. "Synthèse de substrats chromogéniques et fluorogéniques pour l'identification des bactéries." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1989. http://www.theses.fr/1989GRE19003.
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Morán, Cruz Gabriela. "Luminescent surfaces to fight or detect bacteria." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS214/document.
Full textAbstract:
Le 20ème siècle a vu le recul des maladies infectieuses grâce aux antibiotiques. Cependant leur importante utilisation a rendu certaines bactéries, comme Staphylococcus aureus ou Pseudomonas aeruginosa (multi)résistantes. Un des moyens de lutte est de réduire la consommation d’antibiotiques ou de cibler ceux qui seront actif sur une souche identifiée. Nous souhaitons développer des surfaces et des dispositifs sensibles pour la détection précoce, rapide de bactéries pathogènes dans des fluides. Cela permettra de limiter la contamination et donc l’usage de médicaments. Ce projet regroupe 3 partenaires qui travaillent en synergie en mettant à profit leur expertise en physico-chimie, chimie de synthèse et microbiologie. Des nano-objets fluorescents, biocompatibles, et sensibles à la croissance bactérienne seront immobilisés sur des surfaces de verre. Ils seront rendus sélectifs de bactéries pathogènes par des traitements post-synthétiques. Il s’agit in fine de mettre au point un dispositif de détection miniaturisé et de tester la résistance aux antibiotiques des pathogènes détectésInfectious diseases have recessed during the 20th century thanks to antibiotics. However, some bacterial strains like Staphylococcus aureus or Pseudomonas aeruginosa have become (multi)resistant to antibiotic treatments because of overuse. One way to combat this is to reduce consumption of drugs or to better target those that will eliminate a given strain. We wish to develop sensitive surfaces and devices for the early and rapid detection of pathogenic bacteria in fluids. They will help limit contaminations and the use of drugs. The project gathers 3 partners working in synergy because they combine expertise in physical-chemistry, synthetic chemistry and microbiology. Fluorescent nanoobjects that are biocompatible and sensitive to bacterial growth will be immobilized on glass surfaces. They will be selective for pathogenic bacteria by post-synthetic modifications. The final goal is to build miniaturized sensitive devices that can detect pathogens and further test their resistance to antibiotics
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Foriel, Julien. "Application du rayonnement synchrotron à l'étude des microfossiles et de l'environnement archéen." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077073.
Full text
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Filion, Geneviève. "Détection rapide de spores de Bacillus par hybridation in situ en fluorescence." Master's thesis, Université Laval, 2008. http://hdl.handle.net/20.500.11794/20077.
Full textAbstract:
Introduction : L'hybridation in situ en fluorescence (FISH) est souvent utilisée pour l'étude des populations microbiennes hétérogènes. Toutefois, cette méthode n'est pas adaptée pour détecter des bactéries sous forme de spores, vue leur grande résistance aux traitements de perméabilisation conventionnels. Cependant, les bactéries formant des spores ont un rôle écologique, économique et médical important. Le but de cette étude est de développer des protocoles de perméabilisation rapides afin de détecter des spores de Bacillus par FISH. Méthodes : Un protocole pour les spores de B. megaterium a été adapté et optimisé pour les modèles choisis (B. cereus, B. atrophaeus et B. megaterium). Des sondes universelles et spécifiques ont été utilisées lors de l'hybridation. L'effet du traitement de perméabilisation a été évalué à Laide de la microscopie électronique à transmission et à balayage. Par la suite, les protocoles ont été adaptés pour permettre l'entrée de grosses molécules (comme la streptavidine) afin de permettre l'utilisation de méthode d'amplification de signal. Résultats : Avec les protocoles développés, les spores de Bacillus ont été détectées avec des sondes par FISH. La microscopie électronique à balayage a permis d'observer les différences de surface entre les spores traitées et non traitées. Des spores de Bacillus ont été détectées avec les protocoles adaptés pour la streptavidine. Conclusion : Des protocoles efficaces ont été développés pour détecter rapidement des spores de Bacillus par FISH. En utilisant cette technique, il est possible de détecter des spores de Bacillus en moins d'une heure.
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Houle, Olivier. "BIOAEROSOL MONITORING USING FLUORESCENCE-INDUCING LIDAR: The Effect of the Age of Bacteria on their Fluorescing Properties." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27560/27560.pdf.
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Kamecki-Duriez, Luce. "Développement d'un nouveau test de détection par fluorimétrie des bactéries sulfato-réductrices du genre Desulfovibrio : évaluation en laboratoire des moyens de lutte chimique contre l'activité de ces bactéries en biocorrosion." Compiègne, 1989. http://www.theses.fr/1989COMPD184.
Full textAbstract:
La corrosion des métaux est un important problème économique pour l'industrie pétrolière et peut engendrer de nombreux dommages dans les lignes d'injection, les installations de traitement et de stockage. Par leur activité hydrogénase (dépolarisation cathodique) et sulfite-réductase (production de sulfures), les bactéries sulfato-réductrices (B. S. R. ) interviennent dans les mécanismes de biocorrosion anaérobie des métaux. Une nouvelle méthode de détection de ces bactéries est proposée, elle est spécifique, directe, rapide et sensible. La technique développée à pour principe le dosage d'une enzyme spécifique des B. S. R. Du genre Desulfovibrio (80%), genre représentatif de la famille bactérienne. La désulfoviridine est détectée, en milieu alcalin, par l'émission de fluorescence de son groupement prosthétique. Une relation est obtenue entre l'intensité de fluorescence à 610 nm pour une excitation à 384 nm et la concentration en enzyme. Appliquée à cinq cultures d'espèces différentes de Desulfovibrio, la fluorimétrie a un seuil de détection de 5. 10 3 à 10 4 B. S. R. /ml, sans interférence majeure avec d'autres composés d'origine biologique. En quelques minutes, 10 4 B. S. R. /ml sont détectées dans des eaux de production pétrolière. Après une détection rapide, les B. S. R. Doivent être éliminées. Cinq biocides ont été évalués sur des cultures de Desulfovibrio, l'emploi du glutaraldéhyde à 250 ppm, associé à un dispersant semble le meilleur traitement aux proliférations de B. S. R.
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Prudent, Elsa. "Applications de l'hybridation in situ en fluorescence et stratégies moléculaires pour le diagnostic des infections bactériennes." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0253/document.
Full textAbstract:
Une partie de ce travail de thèse a consisté à appliquer les méthodes de FISH pour l’étude de trois bactéries pathogènes intracellulaires. La viabilité de Bartonella henselae a été évaluée à partir de ganglions de patients atteints de la maladie des griffes du chat (CSD). Le faible taux d’ARN détecté par biologie moléculaire, la stérilité des cultures, l'absence de détection par analyses histologiques et FISH confirment que B. henselae n'est pas ou rarement viable dans les ganglions de patients atteints de CSD. Tropheryma whipplei, l’agent de la maladie de Whipple, a été identifié et localisé par FISH, dans les macrophages d’un ganglion et d’une biopsie pulmonaire, confirmant le diagnostic infectieux. Deux méthodes de FISH ont été testées pour détecter Coxiella burnetii dans des cas d’endocardites et d’infections vasculaires en utilisant des sondes oligonucléotidiques et des sondes PNA. Les résultats ont confirmé une meilleure efficacité des sondes PNA et démontré que les techniques de FISH sont plus sensibles que l’immunohistochimie pour le diagnostic des endocardites et des infections vasculaires à C. burnetii. Nous avons également évalué les stratégies moléculaires mises en place pour le diagnostic syndromique. Bien que la PCR conventionnelle à large spectre permette l'identification de micro-organismes fastidieux et anaérobies, la PCR spécifique en temps réel révèle une supériorité significative dans le diagnostic syndromique. En conclusion, ce travail a permis de démontrer l’efficacité et l’applicabilité de la FISH pour la détection bactérienne. Cette méthode peut être utilisée comme un outil complémentaire afin d'améliorer le diagnostic de microbiologie cliniqueWe applied FISH methods to the study of three intracellular pathogenic bacteria. The viability of Bartonella henselae was evaluated in a large series of lymph nodes from patients with cat scratch disease (CSD). The results obtained, associated with sterile cultures and negative histological analyzes and FISH, as well as the low level of RNA detected by molecular biology, provide evidence that B. henselae are not or are rarely viable in the lymph nodes of patients with CSD. Tropheryma whipplei has been identified by FISH in macrophages from one lymph node and for the first time in a pulmonary biopsy, confirming the diagnosis of infection. Two methods of FISH have been tested to detect Coxiella burnetii in cases of endocarditis and vascular infections using oligonucleotide and PNA probes. The results attested to the greater efficiency of PNA probes, and demonstrated that FISH were applicable for the diagnosis of C. burnetii endocarditis. We also evaluated the molecular strategies used for syndrome-driven diagnosis of infectious diseases. Although conventional broad-spectrum PCR allows for the identification of fastidious and anaerobic microorganisms, real-time specific PCR reveals a significant superiority in syndrome-driven diagnosis. The addition of specific PCRs in real time PCR would improve our molecular strategies, for example, in the case of the detection of Staphylococcus aureus for the diagnosis of lymphadenopathy. In conclusion, this work demonstrates the effectiveness and applicability of FISH for the identification of intracellular bacteria. This method can be used as an important complementary tool to the improvement of clinical microbiological diagnosis
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Tian, Yayang. "Elaboration of New Layer by Layer (LbL) Fluorescent thin films and their functionalization for the sensitive detection of bacteria." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLN029/document.
Full textAbstract:
Les antibiotiques ont été utilisés pour le traitement des infections bactériennes depuis plus de 70 ans, sauvant des millions de vies. Cependant, leur mauvaise et sur-utilisation ont conduit à l’émergence de la résistance bactérienne. Outre le développement de nouvelles familles d'antibiotiques, la détection rapide et sensible de bactéries est très importante pour le diagnostic médical. Les polymères fluorescents représentent un grand potentiel, car ils sont faciles à fonctionnaliser, synthétiser et greffer. Les films sont plus pratiques, faciles à manipuler et peuvent être réutilisés, ce qui n'est pas le cas des méthodes de détection en solution. L’objectif de ce travail est de développer un film de polymère nanostructuré fluorescent et sensible sur des surfaces de verre pour la détection bactérienne. Sur la base de la méthode de polymérisation radicalaire par transfert de chaîne réversible par addition-fragmentation (RAFT), trois types de polyélectrolytes fluorescents à base de BODIPY (FPC) ont été synthétisés : des chaînes relativement courtes à caractère polyélectrolyte faible (SW FPC), des chaînes courtes à caractère polyélectrolyte fort (SS FPC) et enfin des chaînes longues à caractère polyélectrolyte faible (FPC LW). Les films FPC LbL ont été élaborés sur des lames en verre par interaction électrostatique. Les propriétés photophysiques et de surface des FPC LbL ont été contrôlées en ajustant les conditions de dépôt. Les films FPC LbL à base de BODIPY ont été utilisés comme dispositif de première génération pour la détection de E. coli. Dans l'étape suivante, la sensibilité des films a été augmentée en utilisant le principe de fluorescence exaltée par plasmon (Metal Enhanced Fluorescence MEF). Un film LbL -MEF a été préparé et testé pour la détection de bactéries. Des nanoparticules d'or sphériques (Au NPs) ont été synthétisées et recouvertes de poly(chlorhydrate d'allylamine) (PAH). Le FPC LW a été sélectionné comme couche fluorescente. Différents films contenant des Au NPs et LW FPC- ont été fabriqués. La distance entre les NPs Au et LW FPC- a été ajustée par l'ajout de deux polymères de charge opposée (PC + et PC-). Les deux surfaces de AuNP / 4 couches PC / LWFPC- et Au NPs / 8 couches PC / LWFPC- ont montré que E. coli peut être ciblée par LW FPC-.La sélectivité des films LbL a été ajoutée en introduisant un anticorps comme site de reconnaissance spécifique. Le polyanion et le polycation avec le groupe fonctionnel 4-dibenzocyclooctynol (DIBO) ont été assemblés sur des lames de verre activées. L'anticorps anti-E. coli a ensuite été introduit sur la surface en une seule étape via la réaction de cycloaddition azide-alcyne (SPAAC). Le nombre d'E. coli capturées dépend de la concentration d’anticorps sur la surface. La surface a montré une sélectivité significative pour E. coli, comparée à B. subtilis.La croissance bactérienne peut être détectée sur un film mince LbL en introduisant un fluorophore sensible au pH (fluorescéine). En effet, la croissance des bactéries est souvent associée à une diminution du pH du milieu due à une libération de métabolites acides. Nous avons préparé avec succès différents types de films LbL sensibles au pH. Dans un premier temps, la synthèse de différents polyanions fonctionnalisés (chaîne courte et longue de DIBO-PC et polymère fluorescent rouge) a été achevée. Ensuite, trois types de surfaces sensibles au pH contenant de la fluorescéine (DIBO-SWPC- / fluorescéine, DIBO-LW PC- / fluorescéine et ratiométrique RFPC- / fluorescéine) ont été préparés sur la base d'assemblage LbL et de chimie click. Enfin, trois surfaces sensibles au pH ont été étudiées pour la détection de la croissance des bactéries. Toutes les surfaces étaient biocompatibles, le nombre de E. coli augmentait même après plusieurs heures d'incubation sur chaque surface. La détection par le changement de fluorescence est en cours de développementAntibiotics have been used for the treatment of bacterial infections for over 70 years, saving millions of lives. The current antibiotic resistance crisis has been attributed to the overuse and misuse of these medications. Therefore, the prevention of infection transmission by the rapid and sensitive detection of antibiotic resistant strains is needed in managing this crisis. Fluorescent polymers show great potential for bacteria detection, because they are easy to functionalize, reproduce and graft. Compared with the methods used for bacterial detection in liquid, bacterial detection on a film surface is more convenient, easier to handle and is applied in devices that can be easily reused. The goal of my PhD work is to develop fluorescent and sensitive nanostructured polymer films on surfaces for bacterial detection. Three types of BODIPY-based fluorescent polyelectrolytes (FPC) with different features were synthetized based on reversible addition-fragmentation transfer (RAFT) polymerization: relatively Short chains and Weak polyelectrolytes (SW FPC), Short chains and Strong polyelectrolytes (SS FPCs) and Long chains and Weak polyelectrolytes (LW FPCs). FPC LbL films were fabricated on activated glass slides by means of electrostatic attraction. The photophysical and surface properties of FPC LbL fims were easily controlled by adjusting the deposition conditions.The following step aimed at increasing the films’ sensitivity by using the metal-enhanced fluorescence (MEF) principle. A MEF based LbL film was prepared and tested for bacteria detection. Spherical gold nanoparticles (Au NPs) were synthesized and coated with poly(allylamine hydrochloride) (PAH). The LW FPC- was selected as the fluorescent layer. Different films containing Au NPs and LW FPC- were fabricated and the distance between the Au NPs and LW FPC- was adjusted by changing the numbers of layers with two oppositely charged polymers (PC+ and PC-). Both Au NPs/4 layers PCs/LWFPC- and Au NPs/8 layers PCs/LWFPC- surfaces indicated that E. coli can be detected by LW FPC-.The selectivity of LbL films was added by introducing an antibody on the surface of the film to provide specific recognition of a chosen bacterial strain. This LbL surface achieved a rapid, effective and specific detection of E. coli bacteria. The polyanion and polycation with a 4-dibenzocyclooctynol (DIBO) functional group were assembled on the activated glass slides and an anti-E. coli antibody containing an azide group was efficiently introduced on the surface in a single step based on the azide-alkyne cycloadditions (SPAAC) reaction. The number of E. coli captured on the surface was shown to be dependent on the amount of antibody on the surface. The anti-E. coli antibody surface showed significant selectivity for E. coli, compared with B. subtilis. An alternative approach is to detect bacterial growth on thin LbL film by introducing pH sensitive fluorophore (fluorescein). The growth of bacteria is often associated with a decrease in pH of the growth medium due to a release of acidic metabolites. Different types of pH sensitive LbL film were prepared and tested for the detection of bacterial growth. Firstly, the synthesis of different functionalized polyanions (short and long chain of DIBO-PC- and red fluorescent polymer) was carried out. Three types of pH sensitive surfaces containing fluorescein (DIBO-SWPC-/fluorescein, DIBO-LW PC-/fluorescein and ratiometric RFPC-/fluorescein surfaces) were prepared based on the combination of LbL assembly and copper-free click chemistry. Finally, three pH sensitive surfaces were studied for bacteria growth detection. All the surfaces were shown to be biocompatible, the number of E. coli increased after several hours of incubation on each surface, as detected by brightfield microscopy imaging. The application for the fluorophore-dependent detection of bacterial growth remains to be developed
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Morisset, Dany. "Etude des relations structure / fonction d'une bactériocine anti-listeria, la mésentéricine Y105." Phd thesis, Université de Poitiers, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00558243.
Full textAbstract:
La mésentéricine Y105 est une bactériocine de sous-classe IIa produite par Leuconostoc mesenteroides Y105. Pour comprendre le mécanisme de l'activité anti-Listeria de ce peptide et plus généralement des bactériocines de classe IIa, l'étude des relations existant entre la structure et la fonction de ce peptide a été envisagée. Dans ce but, une collection de mésentéricines Y105 modifiées au niveau d'un résidu a été produite. Afin d'obtenir ces dérivés de bactériocine, une méthode de mutagenèse aléatoire par PCR a été mise en place pour générer des séquences d'ADN, codant la bactériocine mature, modifiées sur un seul codon. Dans un deuxième temps, une méthode de production hétérologue de ces peptides mutés a été développée en utilisant d'une part un vecteur portant les gènes de structure des bactériocines, et d'autre part, un vecteur permettant l'expression de l'immunité et du transport de ces peptides. Un outil de production universelle de peptide a été élaboré. L'étude de l'impact des mutations sur l'activité antagoniste, la structure secondaire (analysée par dichroïsme circulaire en présence de trifluoroéthanol ou de micelles de lysophosphatidylcholine), la structure tridimensionnelle (prédite) et l'interaction de la mésentéricine Y105 avec des environnements mimant les membranes cibles (méthode d'extinction de la fluorescence intrinsèque du tryptophane) a été réalisée. Enfin, une analyse par résonance magnétique nucléaire (RMN) a été effectuée sur la bactériocine sauvage pour déterminer sa structure tridimensionnelle. De l'ensemble de ces données, un modèle d'action est proposé pour la mésentéricine Y105, ce modèle peut être étendu aux bactériocines de structure proche.
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Gaval, Gilberte. "Influence des carences en oxygène sur la prolifération des bactéries filamenteuses en boues activées." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA112269.
Full textAbstract:
Le foisonnement filamenteux affecte 25% des stations françaises à boues activées. Il se traduit par un développement massif de bactéries filamenteuses et peut avoir des conséquences néfastes sur les milieux récepteurs. Dans une première partie, l'influence des carences en oxygène sur la prolifération des bactéries filamenteuses a été étudiée sur pilotes. Une seule période de carence en oxygène n'induit que des développements faibles des filaments S. Natans, Thiothrix sp, type 021N, H. Hydrossis et N. Limicola-like. La combinaison des carences en oxygène avec des facteurs comme les à-coups de charge ou les carences en azote aboutit dans certains cas aux foisonnements des filaments S. Natans,H. Hydrossis ou N. Limicola-like. L'accumulation des périodes de stress semble être déterminante dans l'apparition d'un foisonnement. En effet, l'application répétée de stress identiques induit au cours du temps une amplification de la réponse des bactéries filamenteuses. Cette dernière est fonction de l'intensité, de la fréquence et du nombre de stress appliqués. .Twenty five percent of french suffer from activated sludge bulking. It induces an excessive growth of filamentous bacteria and can cause severe damages to the environment. In a first part, the influence of oxygen deficiencies on filamentous bacteria proliferation has been studied in wastewater treatment pilots plants. A sole period of oxygen deficiency only induces weak growth of filaments such as S. Natans, Thiothrix sp, Eikelboom type 021N or N. Limicola-like microorganisms. Accumulate stress periods seems to have a great impact on the filamentous bacteria proliferation. Repetition of identical stresses causes an amplification of filamentous bacteria response. The latter depends on stresses intensity, stresses application frequency and stresses number. Accumulate oxygen deficiencies led to the bulking of S. Natans and important developments of Thiothrix sp and Eikelboom type 021N. The second part deals with morphological transition of the bacterium Sphaerotilus. .
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Deprez, Jean. "Étude, dans l'échelle de temps subnanoseconde, de la migration et de la capture de l'excitation dans la membrane photosynthétique." Paris 11, 1986. http://www.theses.fr/1986PA112077.
Full textAbstract:
Les phénomènes primaires régissant, à température ambiante, la migration de l'excitation dans les antennes des membranes photosynthétiques et les séparations de charges résultant de sa capture par les centres réactionnels ont été étudiés au moyen de deux approches expérimentales complémentaires, originales dans l’échelle de temps subnanoseconde, basées sur l'excitation de cellules photosynthétiques intactes par des impulsions laser de durée picoseconde. Les mesures du rendement de fluorescence des antennes, par une technique de double impulsion, rendent compte des processus d'annihilations de l'excitation durant sa migration et des phénomènes d’induction liés à l'état d'oxydoréduction des centres réactionnels. Les mesures électriques du potentiel transmembranaire (photovoltage), par une technique de gradient d'excitation, révèlent les cinétiques des séparations de charges primaires dans les centres réactionnels et sont affectées par la cinétique de migration de l'excitation dans les antennes. Ces deux approches ont été appliquées à l'étude de chloroplastes d'épinards. Les cinétiques de séparation de charges primaires des photosystèmes 1 et 11 ont été évaluées et un modèle décrivant les processus de migration, d’annihilation et de capture de l'excitation dans le photosystème II est proposé. La cinétique de migration de l'excitation dans l'antenne des bactéries pourpres Rps. Viridis et Rps. Sphaeroides et la cinétique de réduction de l'accepteur primaire quinonique des centres réactionnels ont été déduites de mesures de photovoltage sur des cellules photosynthétiques intactesThe kinetics of migration of the excitation in the antenna of photosynthetic membranes and the primary charge separations following its trapping by the reaction centers have been studied at room temperature in the subnanosecond range using two experimental techniques. Fluorescence yield measurements utilizing picosecond laser pulse pairs have been used to probe the exciton annihilation processes in the antenna and the induction phenomena connected with the changes in the redox state of the reaction centers. The primary charge separations in the reaction centers were monitored by the transmembrane potential (photovoltage) measured with a technique associating the light gradient effect and a 30 ps time resolution. Estimations of the kinetics of the primary charges separations in photosystems I and II of intact chloroplasts are given and a working model, deduced from the fluorescence and photovoltage measurements, is proposed concerning the migration, annihilation and trapping processes in photosystem II. The kinetics of the excitation migration in the antenna of whole cells of Rps. Viridis and Rps. Sphaeroides and the kinetics of the primary charge stabilization step on the first quinone acceptor were determined from photovoltages measurements
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Kusamawati, Asmarani. "Rôle de l'annexine 1 et du cytosquelette dans la phagocytose : mécanisme général et phagocytose de la bactérie pathogène "Brucella"." Montpellier 2, 2000. http://www.theses.fr/2000MON20167.
Full textAbstract:
La phagocytose constitue la premiere ligne de defense contre l'agression exterieure. Brucella est une bacterie pathogene a developpement intracellulaire facultatif, capable de survivre et de se multiplier dans les phagocytes professionnels et non-professionnels. Peu d'etudes ont ete realisees pour identifier les evenements precoces suite au contact bacterien avec les cellules-hotes, en particulier les macrophages. Nous avons utilise la lignee j774a. 1 et les monocytes humains differencies pour les etudes de phagocytose de brucella suis. Les cellules j774a. 1 conviennent parfaitement pour la phagocytose de brucella opsonisee et donc pour des etudes des evenements tardifs. Les monocytes peuvent etre utilises pour identifier les evenements precoces suite au contact bacterien. Le contact des bacteries non-opsonisees induit le recrutement local tres rapide et de facon transitoire des filaments d'actine ainsi que des structures associees a l'annexine i, une proteine supposee jouer un role dans la fusion membranaire. Malgre l'absence de repliements membranaires dont le role est probablement de faciliter la capture non-specifique, une fois adherees sur la membrane des macrophages ou capturees par celle-ci, les bacteries sont immediatement internalisees. Le mecanisme d'action de l'annexine i a ete analyse par mutagenese dirigee, afin d'etablir le role du domaine n-terminal et de la phosphorylation au cours de la phagocytose de billes de latex. Les differentes formes de cette proteine ont ete fusionnees a la gfp a son extremite n- ou c-terminale afin d'identifier les cellules transfectees. Cette fusion n'a aucune interference sur les proprietes considerees. Il s'est etabli que les deletions du domaine n-terminal n'ont aucun effet sur la colocalisation avec les phagosomes. Par contre, la mutation de ser-27 qui mimique la forme phosphorylee de serine, abolit cette propriete. La phosphorylation pourrait etre exploitee par brucella pour dissocier l'annexine i des phagosomes, evitant ainsi leur maturation vers les phago-lysosomes.
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Alberge, Francois-Baptiste. "La localisation dynamique d'un complexe respiratoire module la respiration bactérienne." Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM4031.
Full textAbstract:
En fournissant l’énergie nécessaire au métabolisme, la phosphorylation oxydative (OXPHOS) est un processus essentiel pour la plupart des organismes vivants. Pour faire face à diverses conditions métaboliques, l’efficacité des chaines respiratoires de la membrane composant l’OXPHOS doit être optimisée. Il est donc important de déterminer les mécanismes qui permettent de réguler l’efficacité de l’OXPHOS en fonction des besoins métaboliques.La question posée est la suivante : existe-t-il une organisation particulière des acteurs de l’OXPHOS dans la membrane des procaryotes qui puisse réguler l’activité de l’OXPHOS ?J’ai étudié l’organisation spatio-temporelle d‘un complexe respiratoire majeur de l’anaérobiose, la nitrate réductase NarGHI chez E. coli. Après avoir créé les outils pour la visualisation de ce complexe dans la cellule, j’ai montré l’existence d’une microcompartimentation de NarGHI aux pôles de la cellule lors d’une respiration en anaérobiose par microscopie optique à fluorescence. Dans un deuxième temps, j’ai montré le caractère dynamique de cette localisation en fonction des conditions métaboliques. L’anaérobiose et la présence d’un ∆pH suffisant sont des éléments requis pour permettre ce niveau d’organisation. Enfin, j’ai démontré que la microcompartimentation de NarGHI aux pôles des cellules augmente le flux d’électrons et l’efficacité des chaines respiratoires associées à la respiration du nitrate.L’ensemble des travaux réalisés au cours de ma thèse permet une meilleure compréhension du processus de l’OXPHOS chez les procaryotes et donne une nouvelle vision des moyens employés pour optimiser l’OXPHOS en fonction des différentes conditions métaboliquesBy providing the energy for the cellular metabolism, oxidative phosphorylation (OXPHOS) is an essential process for most living organisms. In order to thrive, the efficiency of membrane respiratory chains which constitute the OXPHOS must be optimized. Thus it is important to address mechanisms by which the efficiency of the OXPHOS is regulated in response to varying metabolic needs.The question addressed during this PhD is the following: does it exist a specific organization of the OXPHOS components in prokaryotic membranes and does it contribute to the regulation of the OXPHOS process?I have investigated the spatio-temporal organization of a respiratory complex, the nitrate reductase NarGHI of the E. coli bacterium. After creating the tools needed to visualize submicrometrically this complex in the unique cell, I have shown the existence of a polar microcompartimentation during anaerobic respiration using fluorescence microscopy. I have demonstrated the dynamic subcellular organization of NarGHI in response to metabolic conditions. Anaerobiosis and a sufficient ∆pH are cues required to promote such cellular organization. Finally, I have demonstrated that polar microcompartimentation of the complex increases the electron flux and the efficiency of the associated respiratory chains.Overall, these results provide a novel view on OXPHOS in bacterial cells by demonstrating that spatio-temporal organization of a respiratory complex tunes the overall efficiency of the process in response to environmental cues
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Déry, Bernard. "Analyses spectroscopiques d'aérosols fluorescents à l'aide d'une chambre compacte." Doctoral thesis, Université Laval, 2011. http://hdl.handle.net/20.500.11794/23101.
Full textAbstract:
Une chambre d'aérosols a été conçue afin d'étudier l'émission de fluorescence de divers aérosols biologiques. La chambre d'aérosols constitue une enceinte fermée à l'intérieur de laquelle les paramètres environnementaux peuvent être entièrement contrôlés. La conception de l'enceinte est basée sur l'équation lidar générale solutionnée pour des cibles fluorescentes, ainsi que sur une illumination à courte portée avec un alignement biaxial. Une estimation du seuil de détection a été obtenue en utilisant des mesures prises avec le système lidar SINBAHD de RDDC comme point de comparaison. Le niveau de bruit dans l'enceinte, l'étanchéité, la capacité du système à produire des aérosols de manière contrôlée ont été caractérisés. Le système a ensuite été calibré afin de pouvoir comparer les résultats obtenus avec tout autre système lidar. Une cible de fluorescence de référence a été utilisée pour évaluer la réponse spectrale du système et obtenir sa fonction de transfert. Le même procédé a été réalisé avec le système SINBAHD pour valider la qualité de la calibration. Cette calibration rend les signatures spectrales obtenues indépendante de l'instrument utilisé, et permet de calculer les sections efficaces d'émission de fluorescence des aérosols étudiés. Les sections efficaces de six pollens ont été mesurées. Diverses souches de bactéries Bacillus atrophaeus, Bacillus cereus, Escherichia coli ainsi que du champignon Pénicillium chrysogenum ont été étudiées en fonction de leur stade de croissance, du mode deactivation et de l'environnement. Les résultats démontrent que diverses souches d'une même bactérie, et à plus forte raison diverses espèces, présentent des sections efficaces de fluorescence distinctes. La température de l'environnement n'influence pas les signatures. L'humidité ne joue pas un rôle constant. L'utilisation de l'amplitude et de la forme spectrale des signatures de fluorescence sont toutes deux nécessaires pour différencier les aérosols entre eux.
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Rodarie, David. "Biodégradation oxydative des polychlorobiphényles (PCB) par les bactéries : caractérisation de la biphényle dioxygénase de Pseudomonas sp. B4 et conception d'un biocapteur à PCB." Grenoble 1, 1999. http://www.theses.fr/1999GRE10208.
Full textAbstract:
La biphenyle dioxygenase (bdo) catalyse la dihydroxylation du biphenyle et des polychlorobiphenyles (pcb) chez la bacterie pseudomonas sp. B4, pour former un cis-dihydrodiol. C'est une enzyme a trois composantes : une dioxygenase (isp), une ferredoxine (fer) et une reductase (red). Le locus bpha codant la bdo b4 a ete clone, sequence et surexprime chez e. Coli. Les composantes isp, fer et red ont ete isolees, et caracterisees au niveau biochimique et spectroscopique. Isp et fer possedent chacune un centre 2fe-2s de type rieske. Nous avons isole la composante red de comamonas testosteroni b-356, plus facile a obtenir que celle de b4, l'avons combinee aux composantes isp et fer de b4 afin de reconstituer un complexe catalytique actif in vitro. La cinetique d'oxydation du nadh par le complexe bdo a ete determinee in vitro par spectroscopie de fluorescence, l'oxydation concomitante du biphenyle et des pcb ayant ete suivie par chromatographies hplc et cpg/sm. Une bonne correlation a ete observee entre l'oxydation du nadh, la degradation du biphenyle ou du 4,4-chlorobiphenyle et l'apparition du dihydrodiol. Dans le cas des composes doublement substitues en ortho, qui ne sont pas oxydes par l'enzyme, on observe une oxydation du nadh non couplee a celle du substrat aromatique. La region situee en amont du locus bpha a ete clonee, sequencee et fusionnee au gene rapporteur gfp (green fluorescent protein) dans le but d'elaborer un biocapteur bacterien a pcb. Cette region possede 2 cadres de lecture de fonction inconnue (orf), dont l'un est homologue a un orf present dans l'operon de deux souches de pseudomonas degradant le naphtalene. Introduites chez la souche b4, les constructions n'ont induit aucun signal de fluorescence significatif en presence de biphenyle. Cependant, la souche b4 peut etre utilisee directement pour detecter le biphenyle dans une gamme de 10 a 100 ppm, par mesure de la fluorescence endogene de la bacterie.
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Godain, Alexiane. "Étude de l'activité électrocatalytique des biofilms microbiens en fonction des forces d'adhésion pour l'optimisation des performances des biopiles microbiennes." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1064/document.
Full textAbstract:
Les piles à combustible microbiennes, en tant que biotechnologie potentiellement durable, peuvent assurer la conversion directe de la matière organique en électricité en utilisant des biofilms bactériens comme biocatalyseurs. Dans un context politique où les législations françaises et européennes favorisent et imposent la revalorisation des déchets organiques provenant des industries ou des collectivités territoriales, les biopiles microbiennes semblent un moyen peu couteux et prometteur pour répondre à ce besoin. Cette thèse a pour objectif d'améliorer les connaissances sur la formation des biofilms électroactifs à la surface de l'anode, et de comprendre les mécanismes impliqués dans la compétition entre les bactéries électroactives et les autres communautés bactériennes dans le but d'améliorer la sélection des bactéries électroactives dans le biofilm anodique. Une attention particulière sera portée sur les forces de cisaillement comme un outil de control de la formation des biofilms anodiques. Ces recherches ont pour but à long terme d'améliorer la production d’électricité produite par les biopiles microbiennes, et plus particulièrement d’améliorer les performances du compartiment anodique, en vue d’appliquer cette technologie dans les stations d’épurations pour la réduction du coût énergétique du traitement des eaux usées. A travers cette thèse, différents points sur la dynamique des communautés bactériennes lors de la formation du biofilm ont été mis en évidence. La formation du biofilm est divisée en deux étapes. Dans un premier temps, les bactéries électroactives (EAB) non spécifiques se développent dans toutes les biopiles, produisant ou non de l'électricité et dans le milieu liquide comme sur l’anode. Les EAB spécifiques deviennent ensuite plus compétitives et prédominantes mais seulement dans les biopiles produisant de l'électricité et seulement dans le biofilm anodique. Cette deuxième étape correspond à une augmentation exponentielle de la production d'électricité. A partir de ces résultats, nous émettons l'hypothèse qu'une inhibition de la première étape devrait diminuer la compétition entre les EAB non spécifiques et spécifiques au cours de la colonisation anodique, et favoriser la croissance des EAB spécifiques dans le biofilm. Nous proposons d'utiliser la contrainte de cisaillement pour sélectionner les EAB spécifiques pendant l'étape d'adhésion en détachant les EAB non spécifiques. Dans un premier temps, pour cette étude, des biopiles avec une configuration de chambre à écoulement de cisaillement ont été conçues, construites et mises en place. Les résultats démontrent que sous une contrainte de cisaillement élevée, l'abondance des EAB spécifiques telle que Geobacter était très élevée, jusqu'à 30,14% en opposition à une contrainte de cisaillement faible où l'abondance relative était inférieure à 1%. En outre, la contrainte de cisaillement diminue le pourcentage de couverture de la surface anodique, ce qui montre que la sélection des EAB spécifiques se produit en détachant d'autres bactéries. Ainsi, la contrainte de cisaillement pourrait être utilisée pour sélectionner les EAB spécifiques durant les premières étapes d’adhésion. Enfin, l'effet de la contrainte de cisaillement sur la sélection microbienne au cours de la croissance du biofilm a été étudié. Ces résultats confirment les conclusions précédentes: les EAB spécifiques sont sélectionnées lorsque les contraintes de cisaillement sont plus élevées. Ce travail démontre le rôle majeur des contraintes de cisaillement dans la formation du biofilm L'utilisation de contraintes de cisaillement pourrait être un moyen de contrôler la sélection des EAB et la quantité de matières mortes dans les biofilms anodiques. C’est un facteur qui devrait être pris en compte dans l’architecture et la mise en place des réacteursMicrobial fuel cells (MFCs), as a potentially sustainable biotechnology, can directly convert organic matter into electricity by using bacterial biofilms as biocatalysts. In a political context where European legislation favors and imposes the revalorization of organic waste from industries, MFC seems an inexpensive and promising technology to meet this need. The aim of this thesis is to improve knowledge of the formation of electroactive biofilms on the anodic surface, and to understand the mechanisms involved in the competition between electroactive bacteria (EAB) and other bacteria. Special attention will be paid to shear force as a tool to control the formation of anodic biofilms. First, bacterial successions have been studied under stationary conditions and in standard laboratory configurations. The results show that the formation of the biofilm is divided in two stages. At first, non-specific EAB grow in all MFCs, producing or not electricity. Then, specific EAB become predominant only in MFCs producing electricity and is associated to an exponential increase of electricity. From these results, we hypothesize that inhibition of the first step should decrease the competition between nonspecific and specific EAB. We propose to use the shear stress to select specific EAB during the adhesion. First, MFCs with a shear stress flow chamber configuration were designed, constructed and set up. The results show that the proportion of specific EAB such as Geobacter was higher, up to 30.14% as opposed to a lower shear stress (less than 1%). Then, the effect of shear stress on microbial selection during biofilm growth was studied. These results confirm the previous conclusions: specific EAB are selected when shear stress is higher. This work demonstrates the major role of shear stress in biofilm formation and could be a way to control the selection of EAB. This factor should be taken into account in the architecture and implementation of the reactors
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Bastien, Alexandre. "Mesures de tensions membranaires chez E.coli Sondes potentiométriques, canaux ioniques et techniques d'électrophysiologie." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27409/27409.pdf.
Full text
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Awwad, Monzer. "Synthèse de nouveaux outils moléculaires pour l’imagerie in vivo d’oligo- et polysaccharides à la surface cellulaire." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA112174/document.
Full textAbstract:
La première partie de ce travail est réalisé dans le but de préparer des produits pouvant jouer un rôle très important de l’imagerie cellulaire des lipopolysaccharides sur la surface des cellules bactériennes, tout en utilisant des méthodes fiables telle que la ‘’chimie click’’. Dans un premier temps, nous avons synthétisé une première génération d’outils fluorescents à base de rhodamine B et fluorescéine modifiée par une fonction oxyde de nitrile. Dans un deuxième temps nous avons cherché les meilleures conditions d’applications de la chimie click 3+2 sans cuivre, entre la fonction oxyde de nitrile et le motif saccharidique complémentaire portant une fonction vinylique. Finalement, nous avons appliquée, avec succès, la méthode click avec cuivre sur plusieurs types de bactéries portant sur leur membrane cellulaire des lipopolysaccharides ayant un motif ‘’Kdo’’ fonctionnalisé par un groupement azoture déjà synthétiser au sein de notre équipe, et une sonde fluorescente porteuse d’une fonction alcyne. Une nouvelle génération d’outils de marquage saccharidique est en cours de finalisation dans le but d’optimiser les conditions finales, tel que le dérivé de ‘’Kdo’’ fonctionnalisé cette fois-ci par des dérivées cycliques, bicycliques et aromatiques porteurs d’une fonction alcyne ou alcène, pour réaliser les derniers essais de marquage in vitro. Le stress oxydant est lié au vieillissement des cellules et à de nombreuses maladies: cardiovasculaire, cancer, diabète, Alzheimer… Il est dû à un déséquilibre entre le système oxydant / antioxydant au niveau des cellules, et se caractérise par la présence principalement de substance radicalaires réactives oxygénées. Dans le but d'identifier le taux de substances réactives oxygénées dans les cellules, le travail dans la deuxième partie de la thèse reposait sur la synthèse multi étape d'une molécule fluorescente dérivée de la coumarine. Le composé ciblé est le peroxyde d'oxygène, connu sous le nom d'eau oxygénée. Possédant un ester vinyl-boronique, notre molécule sera oxydée et réarrangée en aldéhyde conduisant à la condensation intramoléculaire avec le groupement aminé adjacent pour former un cycle indolique, libérant ainsi de la fluorescence. La recherche des conditions optimales de la dernière étape de la voie synthétique sont toujours en cours d’optimisation. Dans le futur, on cherchera les conditions optimales de la dernière étape de la synthèse de la sonde spécifique au peroxyde d’oxygène. Cette molécule est d'une importance remarquable comme sonde du stress oxydant. En réussissant cette étape, on pourra avoir en main une bibliothèque de ‘’KDO’’ fonctionnalisé afin d’avoir des résultats satisfaisants in vivoThe first part of this work is done in order to prepare products that play a very important role in cellular imaging lipopolisaccharides on the surface of bacterial cells, while using reliable methods such as '' click chemistry ''. Initially, we synthesized the first generation of tools based fluorescent rhodamine B and fluorescein -modified nitrile oxide function. In a second step we sought the best possible applications of click chemistry 3+2 copper free, between the nitrile oxide function and the additional saccharide unit with a vinyl function. Finally, we applied successfully, the click method with copper on several types of bacteria on their cell membrane lipopolysaccharides having a pattern Kdo functionalized azide group already synthesized within our team, and a probe carrying a fluorescent alkyne. A new generation of tools saccharide marking is being finalized in order to optimize the final terms, such as derivative functionalized Kdo this time by cyclic, bicyclic and aromatic derivatives holders of an alkene or alkyne function to perform final testing of in vitro labeling. Oxidative stress is linked to cell aging and many diseases: cardiovascular disease, cancer, diabetes, Alzheimer's ... It is due to an imbalance between oxidant system/antioxidant in cells, and is characterized mainly by the presence of radical substance reactive oxygen. In order to identify the rate of reactive oxygen substances in cells, work in the second part of the thesis based on multi- step synthesis of a fluorescent molecule derived from coumarin. The target compound is oxygen peroxide, known as the name of hydrogen peroxide. Having a vinyl boronic ester, this molecule will be oxidized and rearranged aldehyde leading to intramolecular condensation with the adjacent amino group to form an indolique ring , thereby releasing fluorescence. The search for optimal conditions for the last step of the synthetic pathway is still being optimized. In the future, the optimal conditions for the last step of the synthesis of specific probe oxygen peroxide are sought. This molecule is remarkable importance as a probe of oxidative stress. By passing this step, we will have on hand a library of KDO functionalized to have satisfactory results in vivo
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Bruyat, Pierrick. "Synthèse de molécules peptidomimétiques pour inhiber la formation de biofilms bactériens." Thesis, Normandie, 2018. http://www.theses.fr/2018NORMR136.
Full textAbstract:
La plupart des bactéries vivent en communautés organisées, appelées biofilms, augmentant leur résistance aux traitements antibiotiques. Ainsi, la formation de biofilms sur les organes et matériels médicaux est considérée comme la cause de la majorité des infections bactériennes. Il est alors important de trouver des traitements pour empêcher ou perturber la formation de ces biofilms. Il a été proposé que les porines de P. Stuartii, Omp-Pst1 et Omp-Pst2, peuvent s’auto-assembler via un steric-zipper, étape responsable du développement initial du biofilm. Ainsi, notre objectif est de synthétiser des inhibiteurs d’interactions entre porines pour limiter ce contact intercellulaire. Nous avons développé des molécules peptidomimétiques basées sur la séquence LGNYR, active dans les deux porines. Pour cela, des réactions de chimie click sur phase solide ont été mises en oeuvre afin de synthétiser des analogues de cette séquence, comme la CuAAC pour introduire un motif triazole, dans une position variable au sein du peptide. Nous avons ainsi développé une méthode rapide et efficace afin de réaliser cette réaction par l’utilisation d’un catalyseur cuivre(I)-N-hétérocyclique carbène stable à l’air. Similairement, de nouvelles conditions ont aussi été mises au point en phase solide afin d’obtenir régiosélectivement des peptides comportant un motif isoxazole 3,4- ou 3,5-disubstitué, par la réaction entre un alcyne et un oxyde de nitrile. Ces cycloadditions 1,3-dipolaires nous ont ainsi permis d’obtenir une première librairie de peptidotriazoles et de peptidoisoxazoles. Il sera enfin possible d’étudier les biofilms grâce à la synthèse de sondes fluorescentes basées sur les inhibiteurs montrant de fortes affinités avec la cible, couplées à un fluorophore dérivé de coumarineIn the environment, most of bacteria live as organized communities, known as biofilms, enhancing their resistance to antibiotic treatments. Thus the formation of biofilms on organ and indwelling medical devices is considered to cause the majority of bacterial infections in the human body. Thus, to enhance antibiotics efficacy, there is a high need to find treatments to prevent or disrupt biofilm formation. It has been proposed that P. stuartii porins, Omp-Pst1 and Omp-Pst2, can self-associate through a steric zipper, being responsible for the initial development of biofilms. Thus, our objective is to synthesize porin’s self-matching interactions (PSMI) inhibitors to counterfeit this intercellular contact. We developed peptidomimetic molecules based on the LGNYR sequence, that have shown to be active in both porins. Then we used click chemistry to synthesize on solid phase analogues of this sequence, as the solid phase Cu(I)-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC) to introduce a triazole moiety into the peptide chain at different positions. We thus developed a fast and efficient method to perform this reaction using a stable copper(I)-N-heterocyclic carbene catalyst. Similarly, new conditions were developed on solid phase to synthesize regioselectively peptides containing a 3,4- or 3,5-disubstituted isoxazole moiety, through the reaction between an alkyne and a nitrile oxide. These 1,3-dipolar cycloadditions allowed us to developed a first library of peptidotriazoles and peptidoisoxazoles. We also obtained fluorescent probes based on the inhibitors showing higher affinity for the target as tools to study biofilm formation
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Carrada, Camila Faria. "Bactérias periodontopatogênicas detectadas, identificadas e quantificadas na saliva de crianças e adolescentes com síndrome de Down." Universidade Federal de Juiz de Fora, 2015. https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/103.
Full textAbstract:
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2015-12-04T17:56:43Z
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É de fundamental importância investigar a colonização de periodontopatógenos e seu papel na etiologia da doença periodontal de crianças e adolescentes com síndrome de Down, os quais apresentam alta prevalência da doença. O objetivo deste estudo foi avaliar qualitativa e quantitativamente a presença na saliva de bactérias periodontopatogênicas em crianças e adolescentes com e sem síndrome de Down. Este estudo transversal incluiu uma amostra de trinta crianças e adolescentes com síndrome de Down (grupo SD), com idade entre 3-12 anos, e trinta controles sem a síndrome (grupo ND), com idades entre 4-12 anos. Exame clínico foi realizado para determinar o índice de sangramento à sondagem e o índice de placa em dentes índice. Amostras de saliva não estimuladas foram coletadas de todos os participantes. A técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH) identificou a presença e as densidades de oito bactérias periodontopatogênicas na saliva. O teste qui-quadrado foi utilizado para analisar as variáveis categóricas e o teste U de Mann-Whitney foi utilizado para as variáveis numéricas. Adotou-se um nível de significância de 5%. Os registros clínicos mostraram frequência mais alta de crianças e adolescentes com sangramento à sondagem no grupo SD (P = 0,037); nenhuma diferença foi encontrada em relação ao índice de placa entre os grupos (P = 0,516). Crianças e adolescentes com síndrome de Down apresentaram densidades maiores de Campylobacter rectus (P = 0,013), Porphyromonas gingivalis (P = 0,025), Treponema denticola (P = 0,026), Fusobacterium nucleatum (P = 0,013), Prevotella intermedia (P = 0,001) e Prevotella nigrescens (P = 0,008). Nenhuma diferença significativa foi encontrada nas densidades de Aggregatibacter actinomycetemcomitans (P = 0,057) e Tanerella forsythia (P = 0,584). No grupo SD, as densidades das bactérias do complexo laranja foram significativamente maiores nas faixas etárias de 3 a 7 anos para F. nucleatum, P. intermedia e P. nigrescens, e de 8 a 12 anos para C. rectus. Os resultados confirmam que crianças e adolescentes com síndrome de Down apresentam maior suscetibilidade à doença periodontal e maior prevalência e densidade de patógenos periodontais importantes para o estabelecimento e agravamento da doença periodontal.
It is of particular importance to investigate the colonization of periodontal pathogens and their role in the etiology of periodontal disease in children and adolescents with Down syndrome, who have a high prevalence of periodontal disease. The aim of this study was to assess qualitative and quantitatively the presence of periodontopathogenic bacteria in saliva in a group of Down and non-Down syndrome children and adolescents. This cross-sectional study included a sample of 30 Down syndrome children and adolescents (group DS), aged 3-12 years, and 30 non-Down syndrome children and adolescents (group ND) aged 4-12 years. Dental examinations were performed to determine the bleeding on probing index and plaque index in index teeth. Unstimulated whole saliva samples were collected from all participants. The fluorescence in situ hybridization (FISH) technique identified the presence and density of eight periodontopathogenic bacteria in saliva. The chisquare test was used to analyze the categorical variables and the Mann-Whitney U test was used for the continuous variables. The significance level was set at 5%. Clinical records showed a higher frequency of children and adolescents with bleeding on probing in DS group (P = 0.037); no significant difference was found in relation to plaque index between the groups (P = 0.516). Down syndrome children showed higher salivary density of Campylobacter rectus (P = 0.013), Porphyromonas gingivalis (P = 0.025), Treponema denticola (P = 0.026), Fusobacterium nucleatum (P = 0.013), Prevotella intermedia (P = 0.001) and Prevotella nigrescens (P = 0.008). No significant difference was found in salivary density of Aggregatibacter actinomycetemcomitans (P = 0.057) and Tanerella forsythia (P = 0.584). In DS group, the densities of bacteria of orange complex were higher in the age groups 3-7 years for F. nucleatum, P. intermedia and P. nigrescens, as well as in age groups 8-12 years for C. rectus. The results confirm that Down syndrome children and adolescents have an increased susceptibility to periodontal disease and higher prevalence and density of important periodontal pathogens for the onset and worsening of the periodontal disease.
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Phe, Meng-Huot. "Marquage par fluorochromes de bactéries ayant subi un stress oxydant : pour une nouvelle méthode de contrôle rapide de la désinfection des eaux." Nancy 1, 2006. http://www.theses.fr/2006NAN12506.
Full textAbstract:
Le contrôle de la qualité microbiologique de l'eau potable repose sur le dénombrement de bactéries coliformes et de bactéries hétérotrophes aérobies et anaérobies, faisant intervenir des méthodes traditionnelles de culture sur milieux nutritifs gélosés. Seule une petite fraction (environ 1%) de ces bactéries est cultivable du fait de conditions de culture inappropriées (température, pH, disponibilité en eau et nutriments) à la croissance de populations bactériennes diversifiées. Ceci conduit à une sous-estimation du nombre réel de bactéries viables. Ces méthodes de mesures par culture sont donc loin d'être satisfaisantes pour la numération des micro-organismes subissant un stress oxydant (lors de la désinfection des eaux par exemple). En outre, elles ont le désavantage de nécessiter des temps d'incubation longs de 24h à 15 jours. Au contraire, l'utilisation de techniques de comptage par microscopie combinées avec un marquage par des fluorochromes permet une énumération rapide des bactéries. Cependant, elles n'autorisent qu'un dénombrement total des cellules bactériennes (i. E. Sans distinguo entre cellules vivantes et mortes). Une étude pionnière dans les années 90 montrait chez des bactéries exposées au chlore (HC1O), une perte de fluorescence du DAPI (fluorochrome marqueur d’acides nucléiques), suggérant ainsi une possibilité de repérer des bactéries blessées par les oxydants. Nous avons prolongé ces observations initiales en travaillant avec d'autres fluorochromes marqueurs d'acides nucléiques (SYBR-II, TOTO-1, PI) combinés à l'utilisation de la cytométrie en flux (plus quantitative et indépendante de l'observateur comparativement à la technique de microscopie en épifluorescence). Nous avons ainsi confirmé que l'oxydant chlore (HC1O/CIO-) altère la perméabilité membranaire des cellules bactériennes mais provoque aussi, comme l'ozone, des dommages des polymères intracellulaires (ADN et ARN). Des essais in vitro sur des solutions d'acides nucléiques montrent que la perte de fluorescence est concentration dépendante, suggérant plusieurs mécanismes d'altération de l'ARN ou de l'ADN par le chlore. Les trois fluorochromes testés sont sensibles à ces altérations, ce qui indirectement nous a amené à mettre en cause l'utilisation de PI traditionnellement employé comme marqueur de perméabilité membranaire. Par contre, les modifications chimiques causées par d'autres désinfectants (dioxyde de chlore, C1O2 ou monochloramine, NH2C1) ne changent pas l'efficacité du marquage des acides nucléiques par les fluorochromes. A l'aide d’une bactérie génétiquement modifiée, présentant une fusion des gènes umuC et umuD avec le gène lacZ, nous avons pu observer que l'expression du système SOS de réparation de l'ADN était compromise pour des concentrations de chlore proches de celles conduisant à une perte de cultivabilité des bactéries. Cette observation permet alors de définir une concentration de chlore efficace (conduisant à une vrai désinfection) pour laquelle les dommages causés à l'ADN sont non réparables (lésions irréversibles). En travaillant avec des eaux prélevées sur usine de potabilisation, nous avons pu observer la présence quasi-systématique de deux populations dites LNA (low nucleic acid content- ayant un faible contenu en acides nucléiques) et HNA (high nucleic acid content- ayant un fort contenu en acides nucléiques) et surtout montrer la grande sensibilité de cette dernière à l’action du chlore. Les résultats obtenus au cours de cette étude montrent que la perte du signal de fluorescence de fluorochromes marquant des bactéries chlorées ou ozonées peut servir de méthode de contrôle rapide (moins d'une heure) de désinfection de l'eau en usine de traitement d'eau potable.
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Taunous, Isolina Dipp. "Efeitos de isolados de bactérias fluorescentes em cultivares de arroz irrigado." reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRGS, 1993. http://hdl.handle.net/10183/119374.
Full textAbstract:
Com o objetivo de verificar a ocorrência de bactérias fitopatogênicas em plantas de arroz, bactérias fluorescentes (Bf1, Bf2, Bf3) foram isoladas de sementes em meio B de King semi-seletivo. Os isolados que induziram reação de hipersensibilidade em fume foram inoculados em arroz. Nas folhas e colmos de arroz, os isolados induziram lesões necróticas, de coloraçao cinza, alongadas, com bordas de cor castanha-escura. O efeito destes isolados bacterianos em plantas de sete cultivares de arroz foi testado através da inoculação de colmos e folhas, 21 dias apos a emergência, em casa-de-vegetação. Independente da cultivar ou do ponto da inoculação, todos os isolados induziram a formação de lesões. Baseado no comprimento de lesão e percentagem de plantas com sintomas, o isolado Bf1 foi considerado o mais virulento. Não houve diferença nas reações entre as cultivares. A campo, oito cultivares de arroz foram semeadas em outubro e dezembro de 1992. A inoculação do colma com suspensão bacteriana (isolado Bf1) aumentou espiguetas estéreis e manchas nas glumas, reduziu poder germinativo, peso de mil sementes e numero de grãos inteiros. Plantas das cultivares BR-IRGA 414 e El Paso 144 apresentaram maior grau de manchamento das glumas do que as plantas das cultivares El Paso 48 e Bluebelle, quando colhidas das parcelas semeadas em outubro.In order to verify the occurrence of phytopathogenic bacteria in rice plants, fluorescent bacteria (Bf1, Bf2, Bf3) were isolated from seeds in semiselective King'B medium. Isolates that induced tobacco hypersensitivity reaction were inoculated in rice. In rice leaves and stems, the isolates caused elongated gray blotches and necrosis lesions sourrounded by an brownish-black border. The effect of this bacterial isolates in plants of seven rice cultivars was tested through the stems and leaves inoculation, 21 days after the emergence, in greenhouse. Regardless of cultivar or inoculation site, all isolates induced lesions formation. Based on lesion lenght and percentage of plants with symptoms, the isolate Bfl was considered the most virulent. No differences of reaction were found among cultivars. In the field, eight rice cuI ti vars were sowed in October and December, 1992. Stem inoculation with bacterial suspension (isolate Bf1) increased sterile spike lets and blotch on the glumes, decreased seed viability, lOOO-seed weight and number of whole grains. Plants of the cultivars BR-IRGA 414 and El Paso 144 showed higher blotching grade of glumes than plants of the cultivars El Paso 48 and Bluebelle, when harvested from plots sowed in October.
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Cayron, Julien. "Caractérisation de la réponse cellulaire associée à différents stress chez la bactérie Escherichia coli." Thesis, Lyon, 2019. https://n2t.net/ark:/47881/m6qv3kv7.
Full textAbstract:
La prolifération bactérienne requiert la coordination entre les grands processus du cycle cellulaire qui sont la réplication et la ségrégation de l’ADN, l’élongation et la division cellulaire. Durant leur vie, les bactéries sont exposées à différents stress endogènes ou exogènes (antibiotiques, pH, manque de nutriments…) qui peuvent perturber le cycle cellulaire. Ces conditions défavorables activent alors une réponse cellulaire qui vise à améliorer la survie aux stress. Chez E. coli, la formation de cassures sur le chromosome induit la réponse SOS qui inhibe la division des cellules. Dans ce contexte, la bactérie continue à s’allonger ce qui aboutit à la formation d’une cellule filamenteuse. La filamentation a longtemps été considérée comme un symptôme de mort cellulaire, mais des études récentes suggèrent qu’il s’agirait plutôt d’un changement de morphologie transitoire qui améliorerait la survie en conditions défavorables. L’objectif principal de cette thèse est de caractériser le processus de filamentation et surtout le redémarrage de la division du filament, permettant un retour à une croissance normale de la bactérie. J’ai pour cela mis en place une approche combinant la microscopie en cellules vivantes en chambre microfluidique, la cytométrie en flux, la microbiologie traditionnelle et la génétique bactérienne. L’association de ces techniques constitue une approche globale permettant de caractériser l’effet d’un stress sur la viabilité, la morphologie et le contenu en ADN des bactéries, et ce de la cellule unique à l’échelle de la population. Cette approche a permis de décrire comment les cellules filamenteuses se divisent rapidement en cellules viables et de comprendre comment cet état de différenciation cellulaire transitoire et réversible constitue une stratégie efficace de survie aux stress. Par ailleurs, l’expertise développée au cours de ces travaux m’a permis d’être impliqué dans l ‘étude du transfert de gène de résistance à la tétracycline par conjugaison bactérienne. Ces mêmes expertisent ont aussi permis la caractérisation de l’effet de biocides induisant la réponse aux stress de l’enveloppe et la visualisation de l’effet de la production chez E. coli de deux toxines prédites pour être impliquées dans un système d’inhibition de croissance contact-dépendant chez A. baumanniiBacterial growth requires coordination between the main cell cycle processes that are DNA replication and segregation, elongation and cell division. During their life, bacteria are exposed to different endogenous or exogenous stresses (antibiotics, pH, nutrients starvation…) that can disturb the bacteria cell cycle. Those hostile life conditions trigger a cellular response aiming at improving survival in stress conditions. In E. coli, DNA breaks induce the SOS response that inhibits cell division while the bacteria continue to elongate, resulting in the formation of a filamentous cell. Filamentation has long been considered as a symptom of cell death, however recent studies suggest that this phenotype could instead be a transient morphology change improving the survival in hostile environments. The main objective of this thesis is to characterize the filamentation process, especially the restart of the filament division allowing to resume normal bacterial growth. To do so, I developped an approach combining live-cell microscopy in microfluidic chamber, flow cytometry, traditional microbiology technics and bacterial genetics. Association of those techniques constitutes a global approach allowing characterization of the stress effect on bacterial viability, morphology and DNA content, from the single cell to the population level. This experimental framework allowed to describe how filamentous cells quickly divide into viable cells, thus understanding how this transient and reversible cellular differentiation state constitute an efficient stress-survival strategy. Furthermore, the expertise I developed during this ph.D. project allowed me to be involved into the study of drug-resistance acquisition by gene transfer through bacterial DNA conjugation. Besides, I contributed to the characterization of the effects of biocides inducing envelop stress response and to the characterize the impact on E. coli of the production of Acinetobacter baumannii toxins predicted to be involved in contact-dependant growth inhibition
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Pinto, Uelinton Manoel. "Quorum sensing em bactérias psicrotróficas proteolíticas isoladas de leite." Universidade Federal de Viçosa, 2005. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/10707.
Full textAbstract:
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-19T12:02:55Z
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Por meio de um mecanismo denominado quorum sensing, diversas bactérias podem comunicar-se umas com as outras e coordenar a expressão gênica de acordo com a densidade populacional de forma semelhante aos organismos multicelulares. Este trabalho teve como objetivo investigar a produção de moléculas sinalizadoras de quorum, conhecidas como homoserinas lactonas aciladas (AHLs), por bactérias psicrotróficas proteolíticas isoladas de leite cru refrigerado. Verificou-se também se a atividade proteolítica de Pseudomonas fluorescens 07A é dependente da densidade populacional. Foram avaliados 53 isolados psicrotróficos proteolíticos e sete estirpes ATCC quanto à produção de AHL em meio sólido utilizando as bactérias Agrobacterium tumefaciens A136, Chromobacterium violaceum CV026 e Escherichia coli pSB403 como sistemas monitores ou sensores da presença de AHL. A produção de moléculas sinalizadoras foi freqüente entre os isolados psicrotróficos proteolíticos, constatando-se que, aproximadamente, 89 % das estirpes avaliadas foram produtoras de AHL. A extração de moléculas autoindutoras foi realizada em dois isolados, Serratia liquefaciens 016 e P. fluorescens 07A e, a presença de AHL nos extratos foi confirmada pelas estirpes monitoras C. violaceum CV026 e A. tumefaciens KYC55, respectivamente. A produção de AHL pelo isolado P. fluorescens 07A foi determinada em meio de cultivo à base de triptona suplementado com 0,25 % de cálcio (TYEP + CaCl 2 0,25 %) e em meio de constituição mínima (MMS), utilizando a estirpe monitora A. tumefaciens KYC55. Em meio TYEP + CaCl 2 0,25 % a produção de AHL(s) alcançou o máximo ao final da fase logarítmica, quando a população de P. fluorescens 07A foi da ordem de 10 9 UFC mL -1 . Esta mesma população resultou em uma concentração de AHL(s) cerca de três vezes menor no MMS. Os resultados indicaram que a produção de AHL pode estar sob controle de autoindução. O crescimento e a atividade proteolítica do isolado 07A foram avaliados em seis meios de cultivo. Não foi observada diferença no crescimento do isolado nos diferentes meios, exceto no MMS, onde a estirpe cresceu de forma mais lenta. Entretanto, a produção de proteases foi maior em meio TYEP + CaCl 2 0,25 % e em leite desnatado reconstituído (LDR 12 %). A detecção da atividade proteolítica só foi possível quando a cultura atingiu concentração populacional elevada em todos os meios avaliados, excetuando-se no meio MMS, quando a atividade proteolítica foi detectada em uma densidade populacional 10 vezes menor. Nos meios a base de triptona o pH aumentou para valores próximos a 8,5. Meios contendo íons Ca +2 apresentaram grande fluorescência ao final do período de incubação, indicando maior produção do sideróforo pioverdina. A adição de duas AHLs sintéticas não afetou o crescimento e a atividade proteolítica da estirpe P. fluorescens 07A em meio TYEP + CaCl 2 0,25 %. Quando comparada ao controle, a atividade proteolítica específica de P. fluorescens 07A não foi afetada significativamente, ao nível de 5% de probabilidade, pela suplementação do meio TYEP + CaCl 2 0,25 % com extrato de AHL obtido da própria estirpe. O quorum sensing pode não estar regulando a atividade proteolítica em P. fluorescens 07A.
In a process called quorum sensing, a range of bacterial cells communicate and coordinate the expression of multiple phenotypes according to cell density. This work aimed to evaluate the production of signaling molecules known as N-acyl homoserine lactone (AHL) by psychrotrophic proteolytic bacteria isolated from raw milk as well as to verify if the proteolytic activity of Pseudomonas fluorescens 07A is under the control of quorum sensing. Fifty three psychrotrophic isolates and seven ATCC cultures were screened for the production of AHL in agar systems using the monitor strains Agrobacterium tumefaciens A136, Chromobacterium violaceum CV026 and Escherichia coli pSB403. It was verified that almost 89 % of the psychrotrophic isolates tested elicited a positive response in at least one of the monitor strains of AHL. Signaling molecules were extracted from Serratia liquefaciens 016 and P. fluorescens 07A and the presence of AHL was detected with the monitor strains C. violaceum CV026 and A. tumefaciens KYC55, respectively. The production of AHL by the strain 07A was evaluated in a complex medium (TYEP + CaCl 2 0,25 %) and a defined medium (MMS). A. tumefaciens KYC55 was used to quantify AHL in this assay. In TYEP + CaCl 2 0,25 % the AHL concentration reached a maximum value at the end of xvthe stationary phase, when the population of P. fluorescens 07A was 10 9 CFU mL -1 . When MMS medium was used, a similar cell population was achieved, but the AHL concentration was three fold lower. The results indicated that AHL production by P. fluorescens 07A could be regulated by autoinduction. The growth and proteolytic activity of the P. fluorescens 07A were monitored in six different media. It was not observed difference in the specific growth rate of the strain in the media tested, except in MMS, where it grew slower. On the other hand, the protease activity was higher in the complex medium (TYEP + CaCl 2 0,25 %) and reconstituted skimmed milk (LDR 12 %). Proteolytic activity was only detected when the culture reached high population densities (10 8 UFC mL -1 ) in all media evaluated. In MMS, proteolytic activity was detected at lower population densities (10 7 UFC ml -1 ). An increase in pH values was observed during cultivation in media containing tryptone. The emission of fluorescence was intensified in media containing calcium. The addition of two synthetic AHLs did not affect the growth rates and the proteolytic activity of the strain 07A in TYEP + CaCl 2 0,25 %. Furthermore, the addition of AHL extracted from the culture did not increase the specific proteolytic activity in TYEP + CaCl 2 0,25 %. These results indicate that quorum sensing may not have a direct role in the regulation of protease production in P. fluorescens 07A.
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Almeida, Bianca Caetano de. "Diversidade de bactérias em amostras de água do mar no canal de São Sebastião." Universidade de São Paulo, 2009. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-09022010-122205/.
Full textAbstract:
A diversidade bacteriana pode ser estudada, combinando técnicas convencionais e técnicas que empreguem tecnologias modernas para sua melhor compreensão. O objetivo do trabalho foi analisar a diversidade de bactérias cultiváveis e não cultiváveis em amostras de água do mar coletadas no Canal de São Sebastião no período de agosto/2005 a março/2007. As bactérias marinhas foram quantificadas em Agar marinho e identificadas por seqüenciamento do gene 16S rDNA. A concentração dos grupos a-, b-, g- e s-proteobacteria foi verificada através da técnica de FISH. A comunidade total foi analisada através da construção de três bibliotecas mensais (novembro/2006, fevereiro/2006, fevereiro/2007). O seqüenciamento identificou 87% das bactérias marinhas como Vibrio sp. A técnica de FISH detectou maior concentração de b-proteobacteria (10,2%), em relação ao número de células totais (DAPI) que variou de 7,0x106 a 2,3x107 céls/mL. As bibliotecas de clones foram compostas pelos filos Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Verrucomicrobia e Chloroflexi.Microbial diversity can be studied by a combination of techniques of both conventional and modern approaches for better understanding. The aim of this study was analyze marine bacteria culturable and nonculturable diversity from seawater samples collected at São Sebastião Channel during August 2005 to March 2007. Marine bacteria were quantified using Marine Agar and identified by 16S rRNA sequencing. Concentration of a-, b-, g- e s-proteobacteria group was verified through three clones library monthly (November 2006, February 2006, February 2007). The sequencing identified 87% of marine bacteria such as Vibrio sp. The FISH technique to detect higher concentration of b-proteobacteria (10.2%), compared to number total cells (DAPI) which range from 7.0 x 106 to 2.3 x 107 cells/mL. Clones library were composed of the phylum Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Verrucomicrobia e Chloroflexi.
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Guillou, Catherine. "Mise en évidence d'une température critique chez la bactérie psychrotrophe Pseudomonas fluorescens." Compiègne, 1994. http://www.theses.fr/1994COMPD762.
Full textAbstract:
Pseudomonas fluorescens MFO est une souche psychrotrophe isolée du lait cru, qui produit des enzymes exocellulaires (protéase et lipase). Une famille d'enzymes comprenant la protéase et la lipase, mais aussi trois phosphatases endocellulaires, a été caractérisée par une température optimale de production commune (17°C), inferieure à la température optimale de croissance (30°C). Une étude en chémostat des effets respectifs de la température et du taux de croissance nous a permis de montrer que la production de ces enzymes est effectivement régulée par la température. Cependant le mécanisme de régulation de la production des enzymes exocellulaires apparait beaucoup plus complexe que celui des phosphatases cellulaires acides constitutives. Il met en jeu une induction et une répression exercée soit par le substrat énergétique (répression catabolique), soit par le taux (ou la phase) de croissance. C'est à ce dernier niveau qu'intervient la régulation par la température : l'effet de la répression n'est complètement levé à faible taux de croissance qu'a la température intermédiaire de 17°C. D'un point de vue plus général, les effets de la température et du taux de croissance sur la composition macromoléculaire (protéines, ARN) et la taille cellulaire de P. Fluorescens MFO ont été analysés en cultures discontinues et continues, et comparés à ceux observés chez les bactéries mésophiles et psychrophiles. Il apparait que le comportement de P. Fluorescens MFO vis à vis de la température diffère fondamentalement de celui de bactéries mésophiles et psychrophiles. Il est caractérisé par l'existence d'une zone de température critique intermédiaire (17°C-20°C), qui marque la limite entre deux domaines thermiques (domaine inférieur froid et domaine supérieur chaud) différant dans leurs implications cinétiques et physiologiques. Ainsi le comportement de cette souche psychrotrophe apparait comme intermédiaire entre celui de bactéries mésophiles et de bactéries psychrophiles.
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Bergeau, Dorian. "Contribution à l'études des systèmes de sécrétion chez la bactérie Pseudomonas fluorescens." Rouen, 2015. http://www.theses.fr/2015ROUES026.
Full textAbstract:
Les systèmes de sécrétion de type III (SST3) sont utilisés par certaines bactéries pathogènes, afin d’injecter des effecteurs au travers des membranes cellulaires eucaryotes, entraînant la colonisation de l’hôte et la paralysie de ses défenses. Récemment, des gènes SST3 ont été détectés chez Pseudomonas fluorescens, une rhizobactérie saprophyte retrouvée inopinément en milieu clinique. La diversité, la phylogénie et la virulence associée aux gènes SST3 ont été étudiés chez des P. Fluorescens issus de milieux hospitaliers ou de plantes. Un 1er groupe réunit les isolats d’infections sanguines, proches des espèces P. Putida et P. Mosselii. Ces bactéries portent des gènes SST3 de la famille Ysc présentant 99% d’homologie à ceux du pathogène opportuniste, P. Aeruginosa. Un 2d groupe intègre les autres isolats hospitaliers (expectoration, abcès) aux côtés des souches environnementales. Ces bactéries sont psychrotrophes et présentent une diversité phylogénétique plus vaste. Les membres sont porteurs de gènes SST3 appartenant à la famille Hrp1, trouvés chez le phytopathogène P. Syringae. Une étude des composants externes de P. Fluorescens modèles issus de ces travaux a été réalisée par microscopie électronique en transmission. Elle révèle les 1ères images d’un SST3 chez P. Fluorescens. Il s’agit d’un pilus Hrp1 d’environ 1,5 μm de long, dont la production est induite par des sucres végétaux et fongiques. Ces SST3 seraient impliqués dans l’induction des systèmes de défense des plantes. Notre étude révèle aussi la présence de faisceaux dendritiques imposants et de vésicules, possiblement impliqués dans l’adhésion, la nutrition et/ou la communication des colonies microbiennesType III secretion systems (T3SS) are used by some pathogenic bacteria to inject effectors through the eukaryotic cell membranes. These structures allow the colonization of the host cell and the paralysis of its defenses. Recently, T3SS genes were detected in Pseudomonas fluorescens saprophytic rhizobacterium surprisingly found in clinical environment. The T3SS genes diversity, phylogeny and virulence were investigated in P. Fluorescens found in hospital or plant environments. A cluster integrates isolates of blood infections, close to P. Putida and P. Mosselii species. These bacteria harbor T3SS genes belonging to Ysc family and share 99% of homology with T3SS of the opportunistic pathogen P. Aeruginosa. The second cluster includes other hospital isolates (respiratory tract or abscess) close to environmental P. Fluorescens. These bacteria are psychrotrophs and have a broader phylogenetic diversity. Their T3SS genes belong to the Hrp1 family, usually found in the plant pathogen P. Syringae. A study of external components of some P. Fluorescens models was performed by transmission electron microscopy. It reveals the first images of a P. Fluorescens T3SS. This T3SS is a Hrp1 pilus of around 1. 5 μm long whose production is induced by plant and fungal sugars. It could be involved in the induction of plant defense systems. Our study also reveals the presence of dendritic fibril bundles and vesicles, possibly involved in adhesion, nutrition and /or communication at the scale of the microbial colony
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Delorme, Sandrine. "Caractères bactériens associés à la compétitivité des Pseudomonas spp. Fluorescents dans la rhizosphère." Dijon, 2001. http://www.theses.fr/2001DIJOS020.
Full textAbstract:
Au champ, le manque d'efficacité de la protection biologique reposant sur l'introduction de souches de Pseudomonas spp. Fluorescent a été associé au mauvais maintien dans la rhizosphère des microorganismes inoculés. Il est donc nécessaire de mieux connaître les caractères microbiens impliqués dans la compétence rhizosphérique de ces bactéries. L'objectif de notre thèse était donc d'identifier les caractères communs aux populations de Pseudomonas spp. Fluorescents compétitives dans la rhizosphère. La stratégie suivie a consisté à mettre en relation la diversité taxonomique et métabolique d'une collection de Pseudomonas spp. Fluorescents avec leur niveau de compétitivité dans la rhizosphère. L'identification taxonomique polyphasique des souches nous a conduits à décrire une nouvelle espèce (P. Lini sp. Nov). La caractérisation métabolique a porté sur leur métabolisme carboné et énergétique (utilisation de différents composés organiques comme donneurs d'électrons, et de fer et d'oxydes d'azote comme accepteurs d'électrons). Certains aspects du métabolisme secondaire ont également été pris en compte (synthèse d'antibiotiques phénazines et de NAHLs impliquées dans le phénomène de " quorum sensing "). Enfin, le taux de survie des souches a été comparé dans la rhizosphère de tomate cultivée en sol naturel. La mise en relation de l'ensemble des caractères étudiés à l'aide de méthodes statistiques adaptées (ACM) a permis de montrer que la bonne compétitivité des souches dans la rhizosphère est principalement associée au système d'acquisition du fer (sidérotype), à l'aptitude à réaliser toutes les étapes de la dénitrification et à l'aptitude à synthétiser des NAHLs. Par contre, il n'a pas été possible d'établir de relation entre la compétitivité rhizosphérique et un profil trophique particulier même si les populations présentant un bon taux de survie dans la rhizosphère sont toutes capables d'utiliser le tréhalose.
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Bastien, Claudia. "Détection de bactéries à Gram-négatif dans la rhizosphère, à l'aide d'un marqueur fluorescent (GFP)." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2000. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape2/PQDD_0017/MQ53920.pdf.
Full text
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Ferreira, Anderson. "Interação entre bactérias endofíticas e do rizoplano com Eucalyptus." Universidade de São Paulo, 2008. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-02092008-161001/.
Full textAbstract:
Os microrganismos endofíticos são aqueles, cultiváveis ou não, que habitam o interior da planta hospedeira sem causar danos aparentes ou estruturas externas visíveis. Essa interação microrganismos-planta é intrínseca a determinadas espécies de plantas e/ou bactérias. Nas últimas décadas os estudos de microrganismos endofíticos têm sido realizados em diversas plantas hospedeiras, sendo esses estudos direcionados principalmente para a diversidade e características benéficas induzidas, inclusive o controle biológico de doenças. A doença causada pelo fungo Ceratocystis fimbriata é considerada emergente no setor florestal. O Brasil está entre os maiores produtores mundiais de eucalipto e a expansão do setor juntamente com o cultivo clonal tem acarretado o aumento da incidência de patógenos. O surgimento de novas doenças exige estudos relacionados tanto a interação do agente patogênico com hospedeiro quanto de todos os componentes do patossistema. Neste contexto, os microrganismos endofíticos têm sido descritos como potenciais controladores biológicos de doenças. Dessa forma, o presente trabalho teve por objetivos avaliar a interação de C. fimbriata com a comunidade bacteriana associada à Eucalyptus sp. Adicionalmente, foi estudada a possível transferência desses endófitos via sementes e o padrão de colonização de Pantoea agglomerans em plântulas. Foi observado que plantas não infestadas por C. fimbriata apresentaram maior densidade bacteriana no rizoplano (20,66 x 104 UFC.cm2 -1 de raiz), enquanto que para a comunidade endofítica, a maior densidade foi observada em plantas infectadas pelo fungo (25,13 x 104 UFC.g-1 de raiz). As análises por ARDRA possibilitaram a obtenção de 8 e 13 ribotipos nas comunidades endofítica de raiz e do rizoplano, respectivamente. Os ribotipos mais freqüentes foram identificados como Bacillus cereus. As análises de diversidade por meio de DGGE das comunidades do rizoplano e endofítica de raiz mostraram que a infestação pelo fungo interfere na colonização de Eucalyptus. Foi observado também que bactérias endofíticas estão presentes no interior de sementes de Eucalyptus spp. em uma densidade de 0,33 a 1,83 X 102 UFC.g-1, para as espécies E. camandulensis e E. urophylla, respectivamente. A densidade bacteriana endofítica de plântulas obtidas de sementes desinfectadas superficialmente variaram entre 0,27 X 102 a 0,87 X 102 UFC.g-1, para E. citriodora e o híbrido E. robusta x E. grandis, respectivamente. Em algumas espécies de Eucalyptus não foram isoladas bactérias endofíticas das sementes e plântulas. Os resultados mostraram que algumas espécies de bactérias endofíticas podem ser transmitidas verticalmente por sementes. P. agglomerans inoculada nas sementes foi capaz de colonizar as plântulas após a germinação da semente, indicando que esta pode ser uma das formas utilizadas pelos microrganismos para colonizar e se estabelecer na planta hospedeira. Assim, os resultados obtidos neste trabalho mostram ainda que possa existir interação entre a presença de C. fimbriata e a comunidade bacteriana endofítica e do rizoplano de Eucalyptus. Foi possível observar também que estas bactérias endofíticas que são transmitidas por meio de sementes, permitindo que plântulas previamente inoculadas com bactérias benéficas possam ser produzidas antes de serem levadas a campo.The endophytic microorganisms are those, cultivated or not, that inhabit the interior of the plant host without causing apparent damages or visible external structures. This interaction microorganisms-plant is specific to certain species of plants and/or bacteria. In the last few years studies of endophytic microorganisms have been carried out in several plant hosts, being these studies focused mainly to diversity and biotechnological potential, such as biological control of disease. The disease caused by the phytopathogenic fungi Ceratocystis fimbriata is considered emerging by the reforestation companies. Brazil is one of the largest world eucalyptus producers and the increasing of the eucalyptus production associated to clonal reproduction has allowed the increase in pathogen incidence. Studies that evaluate the interaction between pathogens and the microbial community associated to the host plant may allow understanding how disease symptoms come up. Endophytic microorganisms have been described as potential biological control of diseases and therefore, the aims of the present work were to i) study the interaction between C. fimbriata and the bacterial community associated to the Eucalyptus sp.; ii) evaluate the bacterial dissemination by seeds; iii) evaluate the colonization profile of Pantoea agglomerans in seedlings after seed inoculation. It was observed that the highest bacterial density on the rhizoplane (20.66 x 104 CFU.cm2 -1 of root) was observed in C. fimbriata uninfectedplants, while for endophytic community the highest density was observed in C. fimbriata infected plants (25.13 x 104 CFU.g-1 of root). The ARDRA analyses showed that the bacterial community of eucalyptus is composed by 8 and 13 ribotypes on rhizoplane and inside the roots (endophytic), respectively. The most frequent ribotypes were identified as Bacillus cereus. The DGGE analyses of diversity of endophytic and rhizoplane community showed that fungi infection shift the colonization of Eucalyptus associated bacteria. The bacterial community inside Eucalyptus spp. seeds ranged from 0.33 to 1.83 X 102 CFU.g-1, for E. camandulensis and E. urophylla, respectively. After seed germination the endophytic bacterial density in seedlings ranged from 0,27 X 102 to 0,87 X 102 CFU.g-1, for E. citriodora and the hybrid E. robusta x E. grandis, respectively. Although, endophytic bacteria have been isolated from seeds, for some plant species, bacteria were not isolated from seedlings. Also, some bacteria may be vertically transmitted from seed to seedlings, but some is specific for seeds. Seed inoculation of P. agglomerans resulted in seedlings colonized by these bacteria, suggesting that these bacteria could be seed transmitted. The results obtained in the present study show that the fungi C. fimbriata inside the Eucalyptus host can shift the endophytic and rhizoplane bacterial diversity. Also, these endophytic bacteria could be transmitted vertically by seeds, allowing that seeds previously inoculated with beneficial bacteria may result in protected plants before planting in the field.
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Okuda, Maho. "Mécanisme d’action d’une classe d’antibiotiques depuis leur entrée jusqu’à leur cible chez la bactérie : visualisation en temps réel." Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA112239/document.
Full textAbstract:
Des techniques variées de visualisation de molécules d’intérêt sur cellules vivantes ou fixées ont permis de suivre leur synthèse, localisation, dégradation et autres activités. Dans cette étude, nous avons développé deux outils de fluorescence pour étudier la synthèse des protéines sur bactéries vivantes. Le premier décrit l’utilisation du système Spinach pour l’imagerie du ribosome. Cette approche diffère des méthodes conventionnelles qui utilisent des protéines fluorescentes puisque l’ARN ribosomal 16S contient un aptamère qui rend fluorescent un composé fluorogène. Une étude comparative de la performance de différents aptamères Spinach a été réalisée. Un deuxième outil se focalise sur l’accumulation d’un antibiotique de la famille des aminoglycosides (ligand du ribosome) conjugué à un fluorophore. Ce nouveau conjugué, qui a conservé son activité bactéricide permet pour la première fois de visualiser l’accumulation de l’antibiotique sur bactérie vivante. Cela permet une analyse au niveau de la cellule unique d’une population bactérienne exposée à l’antibiotique. Nous avons également obtenu des données sur la localisation de l’antibiotique une fois qu’il a pénétré dans la bactérie à une résolution inégalée par microscopie super-résolutive. Nous espérons que ces deux méthodes vont maintenant permettre une meilleure compréhension de la synthèse des protéines et fournir une vue nouvelle de la pénétration des antibiotiques dans les bactéries pour y produire leur action bactéricideVarious visualizing techniques have previously enabled monitoring the fate of molecules of interest: their expression, localization, degradation and other activities in live or fixed cells. In this study, we have developed two fluorescent tools to study protein synthesis in live bacterial cell. The first one describes the application of Spinach system to ribosomes imaging. This is different from conventional methods (that use fluorescent proteins) in that 16S rRNA contains an inserted RNA aptamer that elicits fluorescence of a fluorogenic compound. A comparative study of the performance of different Spinach aptamers was performed here. A second system focuses on the uptake of a fluorescently labeled ligand of the ribosome, an antibiotic of the class of aminoglycosides. This novel conjugate, which kept its bactericidal activity allows for the first time imaging of aminoglycoside uptake on live bacteria. This opened the door to a single cell analysis of bacterial cell populations. We also obtained data about the localization of the antibiotic once inside the bacteria to an unprecedented resolution using super resolution microscopy. We hope that both of these methods will contribute to a better understanding of protein synthesis as well as provide a novel view on the way antibiotics penetrate into cells and perform their bactericidal action
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Picot, Laurent. "Etude in vitro de la cytotoxicité de Pseudomonas fluorescens sur les neurones et les cellules gliales." Rouen, 2003. http://www.theses.fr/2003ROUES018.
Full textAbstract:
Cette étude démontre que Pseudomonas fluorescens MF37 et Pseudomonas aeruginosa PAO1 cultivées à leur température optimale de croissance adhèrent de façon spécifique à la membrane cytoplasmique des neurones, des paraneurones médullosurrénaliens et des cellules gliales de rat. Cette adhérence s'accompagne de modifications morphologiques et biochimiques caractéristiques d'une apoptose dans 10% de la population neuronale et de l'induction concomitante d'une apoptose et d'une nécrose des cellules gliales. Le traitement de neurones corticaux par le LPS purifié de ces espèces induit une condensation du contenu cytoplasmique mais pas d'agrégation du contenu nucléaire, suggérant que les modifications nucléaires observées en présence de la bactérie impliquent d'autres facteurs de virulence que le LPS, et que le LPS présente essentiellement une activité nécrotique sur ce type cellulaire. Au niveau des cellules gliales, le LPS provoque des modifications morphologiques et biochimiques caractéristiques de la désorganisation du cytosquelette cellulaire et de l'induction d'une apoptose et d'une nécrose. Ce travail montre également que la température de croissance de P. Fluorescens MF37 influence son indice et son phénotype d'adhérence aux cellules gliales, ainsi que sa cytotoxicitéThis study demonstrates that Pseudomonas fluorescens MF37 and Pseudomonas aeruginosa PAO1 specifically adhere onto the cytoplasmic membrane of rat neurons, adrenal paraneurons, and cerebral cortical glial cells when bacteria are grown at their optimal growth temperature. Adherence evoked morphological and biochemical changes consistent with the apoptosis of 10% of neurons and the co-induction of glial cells apoptosis and necrosis. The treatment of cortical neurons with LPS purified from these species induced a cytoplasmic content condensation but no nuclear agregation, suggesting that nuclear changes observed in presence of the living bacteria implicated other virulence factors than the LPS, and that LPS activity was essentially necrotic in this cell type. In glial cells, LPS evoked morphological and biochemical changes consistent with the disorganization of the cytoskeleton and the induction of apoptosis and necrosis. This work also demonstrated that P. Fluorescens MF37 growth temperature influences its adherence index, adherence phenotype and cytotoxicity in glial cells
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Lemos, Samira Salomão. "Identificação e quantificação de bactérias em dentes decíduos com necrose pulpar por meio da técnica da Hibridização in Situ Fluorescente (FISH)." Universidade Federal de Juiz de Fora, 2014. https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/1352.
Full textAbstract:
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-05-02T15:12:15Z
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samirasalomaolemos.pdf: 1943593 bytes, checksum: 1564e6f7ffba63a822e146b8ccdafa02 (MD5)Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-06-03T12:59:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 samirasalomaolemos.pdf: 1943593 bytes, checksum: 1564e6f7ffba63a822e146b8ccdafa02 (MD5)
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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Diferentes métodos de identificação têm mostrado que a comunidade microbiana em infecções endodônticas apresenta uma grande diversidade. No entanto, o conhecimento dos perfis microbianos de infecções endodônticas em dentes decíduos ainda é limitado. Portanto, este estudo teve como objetivos avaliar qualitativa e quantitativamente a presença de micro-organismos orais em amostras de canais radiculares dentes decíduos com necrose pulpar, e verificar a correlação entre eles e sua associação com sinais e sintomas clínicos e radiográficos. Um total de 31 crianças, de quatro a dez anos (idade média = 6,29 ± 1,27 anos), foi incluído neste estudo. A presença de 12 patógenos selecionados (Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Enterococcus faecalis, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Streptococcus, Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Tannerella forsythia e Treponema denticola) em 31 canais radiculares de 31 dentes com necrose pulpar foi avaliada por meio da técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH), que identificou e quantificou os micro-organismos. Medidas descritivas foram usadas para descrever os dados relativos à densidade (cél/mL X 108) obtida para cada micro-organismo testado. O teste de correlação de Pearson avaliou a correlação entre os micro-organismos identificados e o teste t de Student verificou a associação entre os sinais e sintomas clínicos e radiográficos e os micro-organismos detectados. Adotou-se um nível de significância de 5% (p < 0,05). Todos os patógenos testados foram identificados em todas as amostras. O somatório das densidades médias totais de todas as espécies bacterianas testadas e do gênero Streptococcus representou 80,57% da comunidade microbiana total. Os resultados do teste t de Student demonstraram que houve uma diferença significante (p = 0,02) entre no número médio das densidades observadas na espécie T. denticola no grupo com presença de dor e o grupo com ausência de dor. Também foram observadas diferenças significantes no número médio das densidades da espécie P. nigrescens e presença de edema e P. nigrescens e ausência de edema; assim como para o gênero Streptococcus e presença de edema e Streptococcus e ausência de edema (p = 0,04; p = 0,04, respectivamente). A técnica de FISH confirmou a característica polimicrobiana da infecção endodôntica em dentes decíduos com a presença de bactérias anaeróbicas obrigatórias e anaeróbicas facultativas e do gênero estreptococos.
Different microbial identification methods have shown that the microbial community in endodontic infections presents a great diversity. However, the knowledge of the microbial profiles of endodontic infections in primary teeth is still limited. Therefore, the aim of this study was to evaluate, qualitative and quantitatively, the presence of oral microorganisms in samples from root canals primary teeth, to assess the correlations among them, and to determine their association with clinical and radiographic signs and symptoms. A total of 31 children, 4 to 10 years old (mean age = 6.29 ± 1.27 years old), was involved in this study. The presence of 12 selected pathogens (Actinobacillus actinomycetemcomitans, Campylobacter rectus, Enterococcus faecalis, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Streptococcus, Streptococcus mutans, Streptococcus sobrinus, Tannerella forsythia, and Treponema denticola) in 31 infected root canals from 31 primary teeth with pulp necrosis was studied by using the fluorescent in situ hybridization (FISH) technique which identified and quantified the microorganisms. Descriptive measures were used to present the data related to the density (cel/mL X 108) for each microorganism tested. The Pearson correlation test assessed the correlation among the microorganisms identified and the Student t test assessed the association between the clinical and radiographic signs and symptoms and the pathogens detected. The significance level was set at 5% (p < 0.05). All the tested pathogens were detected in all samples. The total sum of the mean densities of all the bacteria species and Streptococcus genus represented 80.57% of the entire microbial community. The results of Student's t test showed that there was a significant difference (p = 0.02) between the average number of densities observed in the species T. denticola in the group with pain and the group with no pain. Significant differences were also observed in the average number densities of the species P. nigrescens and presence of edema and P. nigrescens and no edema; and for Streptococcus and genus Streptococcus and edema and no edema (p = 0.04, p = 0.04, respectively). The FISH technique confirmed the polymicrobial characteristic of the endodontic infection in primary teeth with the presence of obligate and facultative anaerobic bacteria and of Streptococcus genus.
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Scalioni, Flávia Almeida Ribeiro. "Experiência de cárie dentária e bactérias cariogênicas detectadas e quantificadas pelo método da hibridização in situ fluorescente na saliva de crianças com síndrome de Down." Universidade Federal de Juiz de Fora, 2013. https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/1042.
Full textAbstract:
Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-03-29T13:42:08Z
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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Crianças com síndrome de Down (SD) apresentam uma baixa prevalência de cárie dentária. Embora os Streptococcus mutans e Streptococcus sobrinus estejam associados com a cárie dentária em humanos, o seu papel na etiologia da doença em crianças com SD ainda não está completamente esclarecido. Desta forma, este estudo transversal teve como objetivo avaliar a experiência de cárie dentária e a contagem de S. mutans, S. sobrinus e estreptococos presentes na saliva de crianças com SD (grupo SD) em comparação com crianças não sindrômicas (grupo ND). A amostra incluiu trinta crianças com SD (com idade entre três e 12 anos) e trinta crianças (com idade entre quatro e 12 anos) sem a síndrome, pareadas por idade e sexo. O exame da condição dentária foi realizado para determinar o número de dentes decíduos cariados, com extração indicada e obturados (índice ceo-d) e o número de dentes permanentes cariados, perdidos e obturados (índice CPO-D), de acordo com os critérios de diagnóstico de cárie dentária da OMS. Amostras de saliva total não estimulada foram coletadas de todas as crianças. A técnica da hibridização in situ fluorescente (FISH) identificou a presença e o número de bactérias cariogênicas na saliva. O teste qui-quadrado foi usado para a análise das variáveis categóricas e o teste t de Student foi usado para a análise das variáveis contínuas. Adotou-se o nível de significância de 5% (p < 0,05). As crianças do grupo SD apresentaram significativamente uma experiência de cárie dentária mais baixa (p < 0,001) e mais baixa contagem de S. mutans na saliva (p < 0,001), em comparação com as crianças do grupo ND. Não se observou nenhuma diferença estatisticamente significativa na contagem de S. sobrinus e estreptococos presentes na saliva entre os dois grupos (p = 0,09 e p = 0,21, respectivamente). As contagens de S. mutans e S. sobrinus presentes na saliva, determinadas pela técnica de FISH, não se associaram a mais baixa experiência de cárie dentária observada entre as crianças com síndrome de Down.
Down syndrome (DS) children are known to present a low dental caries prevalence. Although Streptococcus mutans and Streptococcus sobrinus are associated with dental caries in humans, their role in the etiology of dental caries in DS children is not entirely clear. Therefore this cross-sectional study aimed to assess the dental caries experience as well as the salivary counts of S. mutans, S. sobrinus and streptococci in DS children (group SD) in comparison with non-Down syndrome children (group ND). The sample included 30 DS children (aged 3-12 years) and 30 age and sex-matched ND children (aged 4-12 years). Dental examinations were performed to determine the numbers of decayed, missing and filled teeth in primary (dmf-t index) and permanent (DMF-T index) dentition according to the WHO dental caries diagnostic criteria. Unstimulated whole saliva samples were collected from all children. The fluorescence in situ hybridization (FISH) technique identified the presence and numbers of the cariogenic bacteria in saliva. The chi-square test was used to analyze the categorical variables and the Student’s t-test was used for the continuous variables. The significance level was set at 5% (p < 0.05). Children of DS group showed significantly lower dental caries experience (p < 0.001) and salivary counts of S. mutans (p < 0.001) compared to children of ND group. No significant difference was found in the salivary counts of S. sobrinus and streptococci between the two groups (p = 0.09 and p = 0.21, respectively). The salivary counts of S. mutans and S. sobrinus determined by the FISH technique were not associated with the lower caries experience observed in Down syndrome children.
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AMIET, CHARPENTIER CAROLINE. "Microencapsulation de bacteries du groupe pseudomonas fluorescens-putida en vue de la bacterisation directe de semences." Angers, 1996. http://www.theses.fr/1996ANGE0510.
Full text
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Regeard, Christophe. "Etude de gènes régulés par la température de croissance chez la bactérie psychrotolérante P. Fluorescens." Rouen, 1999. http://www.theses.fr/1999ROUES061.
Full textAbstract:
Chaque organisme, chaque cellule, est caractérisé par la gamme de température dans laquelle il peut vivre. Pour la bactérie P. Fluorescens MF0, cette gamme de température est large (0 a 32°C), raison pour laquelle elle appartient au groupe des bactéries psychrotolérantes. Plusieurs enzymes exocellulaires sont produites chez cette souche de façon maximale à une température de croissance intermédiaire plus basse (17°C) que sa température optimale de croissance (28°C). Cette température intermédiaire coïncide avec la température critique des P. Fluorescens qui délimite deux domaines de comportements physiologiques différents de cette bactérie. Dans ce travail, nous avons choisi d'étudier l'effet de la température de croissance sur l'expression de gènes de P. Fluorescens, afin de mieux commencer à comprendre les mécanismes physiologiques ou moléculaires qui interviennent dans la thermo-adaptation de cette bactérie. Pour cela, nous avons d'abord élaboré une stratégie génétique basée sur l'utilisation et le transfert de mini-transposons de fusion. Grâce au transposon mini-Tn5luxAB, nous avons déterminé la proportion et la distribution des gènes thermorégulés au niveau transcriptionnel chez cette bactérie psychrotolérante. Par ailleurs, une approche moléculaire, nous a permis de caractériser deux fusions (provoquées par le mini-Tn5lacZ1) thermorégulées. L'une est exprimée de façon maximale à 17°C et se situe à l'intérieur de l'opéron mre, impliqué, notamment, dans la régulation de la division cellulaire. L'autre est exprimée de façon maximale à basse température et se situe à l'intérieur du gène xsF, homologue du gène xseA d'E. Coli. Chez E. Coli la protéine XseA est l'une des deux sous-unités de l'exonucléase VII. Chez P. Fluorescens la protéine XsF joue un rôle régulateur positif partiel de l'expression de l'opéron mre, mais aussi de plusieurs autres gènes différents en ce qui concerne leur thermorégulation. La compréhension de la thermorégulation de cette bactérie nécessitera donc des études approfondies sur l'effet de la température sur l'expression des gènes.
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Brulé, Chantal. "Etude des interactions entre une bactérie auxiliaire de la mycorhization et un champignon ectomycorhizien." Nancy 1, 2001. http://www.theses.fr/2001NAN10179.
Full textAbstract:
La bactérie auxiliaire de la mycorhization Pseudomonas fluorescens BBc6R8 stimule la formation des mycorhizes entre le Douglas (Pseudotsuga menziesii) et le champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor souche S238N. Notre travail a consisté à étudier les interactions bactérie-champignon. Ces interactions semblent précoces, lors de l'inoculation. La bactérie stimule la croissance et/ou la survie du champignon dans le sol lorsque celui-ci est en conditions défavorables. Par ailleurs, elle modifie l'architecture des hyphes du champignon in vitro. En retour, le champignon améliore la croissance et/ou la survie de la bactérie, dans le sol. La bactérie présente en particulier un tactisme positif envers le tréhalose, composé accumulé dans les hyphes de L. Bicolor S238N et également métabolisé par la bactérie. A long terme, la bactérie ne semble pas se localiser préférentiellement à proximité du champignon dans le solThe mycorrhiza helper bacterium Pseudomonas fluorescens BBc6R8 promotes mycorrhizal establishment between Douglas fir (Pseudotsuga menziesii) and the ectomycorrhizal fungus L. Bicolor strain S238N. Our work was focused on the bacterium-fungus interactions. The bacterium-fungus interactions seems to be early, at the inoculation time. The bacterium promotes fungal vigour and/or growth in the soil when the fungus is under non-favourable conditions of growth. Besides, it changes the hyphae architecture in in vitro conditions. In return, the fungus improves the survival and/or growth of the bacterium in the soil. The bacterium shows chemotaxis towards trehalose, a compound accumulated in the L. Bicolor S238N hyphae, which is also metabolized by the bacterium. The bacterium do not seem to be localised in the vicinity of the fungus in the soil at later time
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Heo, Minyoung. "Dynamique fonctionnelle du moteur flagellaire bactérien entraîné par des stators marqués par des protéines fluorescentes et par des stators étrangers modifiés par évolution." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT080/document.
Full textAbstract:
Le moteur flagellaire bactérien (BFM) est un complexe moléculaire qui permet aux bactéries de nager dans un milieu liquide. La rotation du moteur est générée à l’interface entre deux éléments clés: les protéines formant le stator (MotA and MoB) et l’anneau C “switching complex” à la base du rotor. Les stators sont des modules du moteur structurellement et fonctionnellement différentiables du reste du moteur, et leurs association et dissociation dynamique autour du rotor contrôle la génération du couple. Quand une protéine fluorescente (PF) est fusionnée à MotB, le moteur est en état de marche mais une réduction générale de la mobilité de la cellule a été observée. La raison précise d’une telle réduction de mobilité n’a pas été étudiée.Le but de cette étude est de comprendre comment la fusion PF de la protéine du stator modifie la génération du couple et le sens de rotation du moteur. C’est particulièrement important car le tag FP se trouve à l’interface entre le stator et le rotor, là où le couple et le changement du sens de rotation sont produits. Trois différentes PFs (eGFP, YPet, Dendra2) ont été fusionnées à la protéine MotB. Malgré la haute similarité de leurs structures, notre analyse a montré que les trois stators fusionnés génèrent des couples différents. Les stators marqués avec YPet produisent un couple moyen similaire au WT (stators sans tag PF), alors que les stators marqués avec eGFP et Dendra2 produisent respectivement 70% et 40% du couple moyen du WT. De plus, les moteurs utilisant les stators fusionnés ont montré des capacités de changement de sens de rotation réduites. Lors d’un changement de sens de rotation, la valeur absolue de la vitesse des moteurs WT ne change pas. Cette “symétrie” de vitesse lors du changement n’apparaît pas avec les moteurs à stators fusionnés et le changement peut être accompagné d’une importante diminution (~30%) de la vitesse absolue.En observant par microcopie TIRF avec détection de molécules uniques, des stators marqués dans un moteur en état de marche, les signaux de fluorescence sont détectés à la membrane comme prévu pour ces protéines, montrant une population de stators diffusant dans celle-ci. Les clusters fluorescents étaient visibles au centre des cellules en rotation, attachés au couvre-glace par une seule flagelle, confirmant que le tag de fluorescence peut être visualisé dans des moteurs en état de marche. Dans un second projet développé dans le laboratoire Bertus Beaumont à TU Delft, en prenant le BFM en tant que système modèle d’évolution expérimentale, sa modularité et son « évolubilité » ont été explorés pour apprendre les détails au niveau moléculaire de l’évolution de ce type de machine. Les stators de E.coli ont été échangés par un set de 21 stators étrangers homologues. L’expérience a révélé que les protéines du stator peuvent être échangées entre espèces de bactéries distantes et certains stators non compatibles peuvent être modifiés positivement par un procédé d’évolution pour devenir fonctionnels. Au cours de cette évolution, les bactéries ont accumulé des mutations avantageuses dans leurs gènes MotA et MotB étrangers, tout particulièrement dans leur domaine fonctionnel. Des mutations identiques dans des stators différents ont été observées, indiquant que l’évolution peut se reproduire. L’analyse fonctionnelle au niveau d’un seul moteur a révélé que ces mutations avantageuses amélioraient la génération du couple et/ou la capacité du moteur à changer de sens. Les investigations détaillées du génotype et du phénotype du BFM modifié par évolution apportés par cette étude, pourraient donner une idée sur la façon dont des machines moléculaires comme le BFM ont évolué, et les effets fonctionnels des mutations bénéfiques qui facilitent l'intégration fonctionnelleThe bacterial flagellar motor (BFM) is the macromolecular complex which allows bacteria to swim in liquid media. Located at the base of the flagellum, anchored in the cell membrane, this remarkably small (~45nm) yet powerful rotary motor rotates each flagellum of the cell switching between counterclockwise (CCW) and clockwise (CW) direction. The motor rotation is generated at the interface between the two key components of the motor: the stator protein complexes (each composed of 4 MotA and 2 MotB proteins) and the C- ring protein complex at the base of the rotor. The stator complexes are structurally and functionally discernible modules of the motor, and their dynamical association and dissociation around the rotor controls the generation of torque.The first project of this study aims to investigate how the FP tag on the stator protein modifies the torque generation and switching of the motor. This is particularly important because the fluorescent protein tag lies at the interface between stator and rotor, where torque and switching are produced. Three different FPs (eGFP, YPet, Dendra2) were fused to MotB. Interestingly, despite the high similarity of their structures, our analysis revealed that the three fusion stators generate different torque. Furthermore, in the presence of fusion stators, the motor showed significantly impaired switching abilities. When switching direction of the rotation, the absolute value of the speed of WT motors does not change, whereas this symmetry of speed upon switching is not observed in the fusion stator motors, and switching can be accompanied with a significant (~30%) decrease in absolute speed. Both the impaired torque generation and the switching ability were improved by introducing a rigid linker between the stator and the FP tag. Taken together, this study provides a further insight into the dynamics of the stator and rotor interaction at its interface.When the cells carrying the fluorescently labeled stators were observed in a custom made TIRF-fluorescence microscope with single molecule capability, the fluorescence signals were detected as concentrated clusters in the membrane as expected for these membrane proteins around the motors, together with a population of stators diffusing in the membrane. Fluorescent clusters were visible at the center of rotating cells tethered to the glass slide by a single flagellum, confirming that the fluorescent tags can be visualized in functioning motors.In a second project developed in Bertus Beaumont lab at TU Delft, taking BFM as an experimental evolutionary model system, its modularity and evolvability have been explored to learn the molecular details of the evolution of molecular machines. The stators of E.coli have been exchanged by a set of 21 homologue foreign stators. The experiments revealed that the stator proteins can be exchanged between distant bacteria species, and some of the non-compatible stators can be positively modified by evolution to become functional. Those evolved strains accumulated beneficial mutations in their foreign motA and motB genes, especially on their functional domains. Identical mutations in different stators were common, indicating that evolution is repeatable. The functional investigation at the single motor level revealed that those beneficial mutations improved the torque generation and/or the switching ability of the motor. The detailed genotype and phenotype investigations of the evolutionary modified BFM may bring an insight into how molecular machines such as BFM have evolved as well as the functional effects of the beneficial mutations that facilitate functional integration
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Aldeek, Fadi. "Synthèse et fonctionnalisation de nanocristaux fluorescents (Quantum Dots) pour l'imagerie et la caractérisation des propriétés hydrophobes/hydrophiles de biofilms bactériens." Thesis, Nancy 1, 2010. http://www.theses.fr/2010NAN10078/document.
Full textAbstract:
Les biofilms sont des communautés de microorganismes emprisonnés dans une matrice de polymères organiques extracellulaires (EPS) permettant de stabiliser ces édifices tridimensionnels. La cohésion des EPS polyanioniques dans un environnement hydraté est assurée par des microdomaines hydrophobes. La localisation de ces sites hydrophobes est très importante pour comprendre la variabilité ainsi que la réactivité des EPS. Notre travail vise la synthèse de nouvelles sondes fluorescentes hydrophiles ou amphiphiles capables de marquer les EPS. Dans ce but, nous avons synthétisé une série de nanocristaux fluorescents à coeur CdSe, appelés Quantum Dots (QDs), modifiés à leur périphérie par des ligands hydrophiles (acide 3-mercaptopropionic) ou amphiphiles (acide dihydrolipoique couplé à des acides aminés hydrophobes tels que la Leucine ou la Phénylalanine). Par microscopie confocale de fluorescence et spectroscopie de corrélation de fluorescence (FCS), nous avons montré que les QDs fonctionnalisés s'associaient fortement aux EPS des biofilms de la bactérie S. oneidensis. La distribution de ces nanoparticules dans les EPS est dépendante de la structure du ligand et de sa densité à la périphérie des QDs. Une dispersion homogène des QDs hydrophiles dans l'ensemble du biofilm et une clusterisation des QDs amphiphiles dans des microdomaines hydrophobes ont notamment été observés. Les nouvelles sondes fluorescentes développées dans ce travail permettront de suivre le développement ainsi que la réorganisation de matrices biologiques complexes telles que les biofilmsMicroorganisms predominantly live in communities, such as biofilms, in which extracellular polymeric substances (EPS) form the matrix and stabilize the three-dimensional structure. Hydrophobic microdomains allow the cohesiveness of these hydrophilic, polyanionic systems. The localization of these hydrophobic sites is very important to understand the variability and the reactivity of the EPS. The objective of our work was to engineer new fluorescent probes with amphiphilic or hydrophilic properties able to label the EPS. For that purpose, we have synthesized a series of fluorescent CdSe-core nanocrystals, also called Quantum Dots (QDs), modified at their periphery with hydrophilic (3-mercaptopropionic acid) or amphiphilic ligands (dihydrolipoic acid coupled to hydrophobic aminoacids like Leucine or Phenylalanine). Using confocal fluorescence microscopy and fluorescence correlation spectroscopy (FCS), we demonstrated that the functionalized QDs strongly associated with the EPS of S. oneidensis biofilms and allow imaging of these microbial communities. The location of these probes within the EPS was dependent on the surface ligand structure and on its density at the periphery of QDs. A homogeneous dispersion of hydrophilic QDs in the whole biofilm was observed, while amphiphilic QDs clusterized in the small hydrophobic domains. These new fluorescent probes will be of great use to understand the development and the reorganization of complex biological matrix like biofilms
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Kober, Márcia de Vargas. "Diversidade genética de isolados de Salmonella Enteritidis avaliada por FAFLP (Análise de fragmentos polimórficos amplificados e fluorescentes) e MLST (Tipificação por sequenciamento de múltiplos loci)." Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, 2009. http://hdl.handle.net/10923/1340.
Full textAbstract:
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Previous issue date: 2009Salmonella Enteritidis is a common foodborne pathogen that causes gastroenteritis and systemic infections in humans. The characterization of this bacterium is essential for epidemiological studies. In this context, two molecular methods, MLST and FAFLP, were tested for characterization of 32 S. Enteritidis isolates obtained from South of Brazil, as well as five isolates obtained from other geographical areas. Four isolates of different serovars of Salmonella (S. Panama, S. Senftenberg, S. Typhimurium and Salmonella [4,5:-:1,2]) were included as outgroup. These two techniques were already used to analyze different Salmonella serovars, but this study is the first to use them to discriminate the same S. Enteritidis isolates. The MLST scheme was performed with two housekeeping genes (hemD and mdh) combined with two virulence genes (ssaQ and slyA) to improve the discriminatory power of method. Both methods presented high discriminatory indexes calculated by Simpson’s index of diversity, 0. 99 and 0. 88 for FAFLP and MLST, respectively. These methods were efficient to differentiate isolates of distinct Salmonella serovars, but did not distinguish isolates probable epidemiologically non-related, and also did not group isolates of same phage type. These results suggested that these two techniques can be used as a tool for the epidemiological molecular characterization of S. Enteritidis isolates.
A Salmonella Enteritidis é uma das principais bactérias causadoras de gastrenterite, também podendo ser responsável por doenças sistêmicas. A adequada caracterização deste microrganismo é essencial nos estudos epidemiológicos. Neste contexto, este estudo avaliou a utilização de dois métodos moleculares, Tipificação por Sequenciamento de Múltiplos loci (MLST) e Análise de Fragmentos Polimórficos Amplificados e Fluorescentes (FAFLP), para a diferenciação de 32 isolados de S. Enteritidis oriundos de diferentes fontes do sul do Brasil, bem como de cinco isolados de S. Enteritidis provenientes de outras áreas geográficas. Também foram incluídos neste estudo quatro isolados pertencentes a outros sorovares (S. Panama, S. Senftenberg, S. Typhimurium e Salmonella [4,5:-:1,2]. As duas técnicas escolhidas para este trabalho já foram empregadas concomitantemente para analisar diferentes sorotipos de Salmonella, mas este estudo é o primeiro a utilizá-las para a diferenciação de um mesmo grupo de isolados de S. Enteritidis. O esquema desenvolvido para o MLST incluiu a amplificação de fragmentos de dois genes constitutivos (hemD e mdh) combinado com dois genes de virulência (ssaQ e slyA), aumentando, assim, a capacidade discriminatória do método. Ambas as técnicas apresentaram altos índices de poder discriminatório, calculados pelo índice de diversidade de Simpson, 0,99 e 0,88 para FAFLP e MLST, respectivamente. Além disso, os métodos avaliados também mostraram-se eficientes na discriminação de isolados de diferentes sorovares de Salmonella. Entretanto, a FAFLP e a MLST não foram capazes de diferenciar isolados provavelmente não relacionados epidemiologicamente, bem como não agruparam isolados pertencentes a um mesmo fagotipo. Desta forma, os resultados obtidos sugerem que ambas as técnicas podem ser ferramentas úteis para a análise epidemiológica molecular de isolados de Salmonella, inclusive para um sorovar com grande homogeneidade genética como a S. Enteritidis.
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David, Ariane. "Chorégraphie de ségrégation des deux chromosomes de Vibrio cholerae." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00921394.
Full textAbstract:
L'objectif de cette thèse est de définir la chorégraphie de ségrégation des deux chromosomes circulaires de Vibrio cholerae, c'est à dire le positionnement de l'information génétique au cours de la croissance de la cellule, ainsi que les mécanismes dirigeant ces ségrégations. Il a longtemps été supposé que les bactéries étaient trop petites pour avoir une organisation intra-cellulaire, et le manque de techniques appropriées ne permettait pas d'infirmer cette hypothèse. Or la taille des chromosomes comparée à celle de la bactérie impose une compaction et aujourd'hui, de nouvelles techniques de microscopie et d'analyse génétique permettent d'affirmer que les chromosomes bactériens étudiés jusqu'à maintenant ont tous une organisation et une chorégraphie de ségrégation précises et différentes selon les espèces. Toutes les espèces étudiées à ce jour ont un chromosome circulaire unique : la réplication du chromosome commence à une origine unique bidirectionnelle, les deux fourches de réplication se déplacent le long des deux bras de réplication (ou réplichores) et finissent la réplication au terminus, diamétralement à l'opposée de l'origine de réplication sur la carte du chromosome. Peu d'espèces ont été étudiées, et Vibrio cholerae émerge progressivement comme un nouveau modèle : son génome est réparti sur deux chromosomes, et la chorégraphie de plusieurs chromosomes dans une cellule n'a jamais été décrite. De plus, cette espèce semble être au croisement évolutif entre Caulobacter crescentus et Escherichia coli : Vibrio cholerae a d'une part une morphologie en croissant, des systèmes de partition aux origines et un positionnement de l'origine du chromosome I, semblables à C. crescentus, et d'autre part un système de compaction du terminus et un set de gènes impliqués dans la maintenance du chromosome ayant co-évolué, qu'on ne retrouve que dans peu d'espèces proches d'E. coli. Une autre caractéristique intéressante de V. cholerae est que le chromosome II semble avoir été acquis récemment et n'est donc peut être pas gouverné par les mêmes mécanismes que le chromosome I, comme en témoignent le positionnement de son origine et son terminus, inédits pour des chromosomes bactériens. Parmi les Vibrios (environ 60 espèces principalement retrouvées dans les environnements aquatiques), certaines espèces sont des pathogènes dévastateurs pour les poissons, le corail, les crustacés ou les fruits de mer. Mais la plus documentée est Vibrio cholerae, car elle provoque chez l'Humain une maladie provoquée par l'ingestion d'eau contaminée qui peut être mortelle si le patient n'est pas réhydraté à temps. Bien que facilement traitable, le choléra fait encore de nombreuses victimes dans les pays en développement où les structures de santé et les règles d'hygiène font parfois défaut. Ainsi l'étude de Vibrio cholerae présente un intérêt médical, mais également par extension aux autres Vibrios, un intérêt environnemental non négligeable.
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Viollet, Amandine. "Influence du système de sécrétion de type III bactérien dans les interactions plante-Pseudomonas spp. fluorescents non pathogènes." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00596562.
Full textAbstract:
L'objectif de cette thèse est de contribuer à faire progresser les connaissances sur les interactions bénéfiques entre les plantes et les microorganismes en évaluant la contribution des systèmes de sécrétion de type III (SST3). Une synthèse des connaissances disponibles relatives aux SST3 chez les Pseudomonas non pathogènes, saprotrophes ou mutualistes, présentée chapitre I, montre que les SST3 ne sont pas cantonnés aux interactions parasites ou pathogènes avec les plantes. Dans l'étude expérimentale présentée chapitre II, nous avons utilisé différents génotypes de Medicago truncatula Gaertn. cv. Jemalong capables (Myc+) ou non (Myc-) d'établir une symbiose mycorhizienne. Ce travail nous a permis de montrer que les Pseudomonas spp. fluorescents possédant un SST3 (SST3+) sont préférentiellement associés aux racines mycorhizées des génotypes Myc+ de M. truncatula (J5 et TRV48) plutôt qu'aux racines du mutant Myc- (TRV25) et au sol nu. Ainsi, la plante seule n'est pas à l'origine de la présence accrue des Pseudomonas SST3+. La colonisation de la racine par les champignons mycorhizogènes à arbuscules (CMA), le développement du mycélium intraradiculaire et/ou la formation associée d'arbuscules, sont également déterminants. Dans l'étude présentée chapitre III, nous avons comparé les effets de la souche modèle promotrice de mycorhization (MHB) P. fluorescens C7R12 (SST3+) et de son mutant C7SM7 (SST3-), sur la mycorhization et la croissance de M. truncatula dans un sol non stérile. Ce travail a permis de montrer que le SST3 de C7R12 contribue à l'effet MHB de la bactérie. La promotion de la colonisation de la racine de M. truncatula par les CMA indigènes induite par le SST3 de C7R12 s'est traduite par une amélioration de la croissance de la plante. En revanche, l'inactivation du SST3 chez C7SM7 a eu un impact délétère sur la colonisation de la racine de M. truncatula par les CMA du sol étudié et sur la croissance de la plante. L'observation d'effets quantitatifs opposés entre C7R12 et C7SM7, nous a conduits à nous interroger sur l'existence d'un effet différentiel de l'inoculation de ces bactéries sur la structure et la diversité des communautés des microorganismes associés. Dans une étude présentée chapitre IV, le suivi dynamique en parallèle de la structure des communautés totales bactériennes (B-RISA) et fongiques (F-RISA) et de la colonisation de la racine par les CMA a été réalisée. Aucun effet de l'inoculation n'a été observé sur la structure des communautés fongiques de la rhizosphère ou des racines. En revanche, la structure des communautés bactériennes a varié selon que les plantes aient été inoculées ou non et selon la souche inoculée. Néanmoins, ces différences ont été observées plusieurs semaines après les effets de l'inoculation de C7R12 ou de C7SM7 sur la colonisation de la racine par les CMA. Ce décalage dans le temps, suggère que les différences observées dans la structure des communautés bactériennes pourraient être une conséquence plutôt qu'une cause des variations observées sur la mycorhization de M. truncatula. Nos résultats n'ont pas permis de mettre en évidence d'effets de l'inoculation sur la diversité des populations des bactéries fixatrices d'azote présentes dans les nodosités de M. truncatula. L'analyse des séquences de la grande sous-unité de l'ADN ribosomique (LSU rDNA) amplifiées à partir d'ADN extrait des racines, a montré pour les plantes inoculées et non inoculées, que les populations de CMA étaient majoritairement apparentées à Glomus intraradices. Un groupe d'isolats spécifiquement associé aux racines inoculées avec C7R12 et apparenté à G. claroideum a été décrit. Le groupe spécifique pourrait être associé à l'amélioration de la mycorhization observée dans les racines inoculées avec C7R12. Néanmoins, compte tenu de sa faible représentation numérique (8%), il semble probable que l'inoculation de C7R12 ait aussi un effet quantitatif sur la colonisation de la racine de M. truncatula par les CMA. etc
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Deveau, Aurélie. "Déterminisme moléculaire des interactions entre le champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor S238N et des bactéries du sol." Thesis, Nancy 1, 2007. http://www.theses.fr/2007NAN10134/document.
Full textAbstract:
La symbiose ectomycorhizienne a un effet bénéfique sur la nutrition et le développement des arbres. Dans les sols, les champignons ectomycorhiziens interagissent continuellement avec des communautés bactériennes qui peuvent avoir une action bénéfique, neutre ou antagoniste vis-à-vis du champignon. Parmi ces bactéries, une attention particulière a été portée au cours de ces dernières années sur les bactéries auxiliaires de la mycorhization qui favorisent la symbiose ectomycorhizienne. La souche auxiliaire Pseudomonas fluorescens BBc6R8 améliore la survie pré-symbiotique et la croissance du champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor S238N, et favorise son établissement en symbiose avec le Douglas. Mais les mécanismes moléculaires sous-jacents sont inconnus. A l’aide d’un dispositif de confrontation bactérie-champignon in vitro et d’outils transcriptomiques, nous avons analysé les réseaux de gènes fongiques impliqués dans l’interaction entre P. fluorescens BBc6R8 et L. bicolor S238N ainsi que le degré de spécificité de la réponse du champignon. De plus, nous avons examiné le rôle joué par certains métabolites fongiques et bactériens dans l’interaction : thiamine, tréhalose, système de sécrétion de type III. Nos résultats suggèrent que l’effet auxiliaire de la souche BBc6R8 soit dû à une combinaison de mécanismes : d’une part une amélioration du statut nutritionnel du mycélium, d’autre part une préparation des racines et des hyphes à l’infection mycorhienneEctomycorrhizal fungi have a beneficial impact on tree nutrition and growth by forming symbiotic associations with roots. In their natural environment, they interact physically and metabolically with soil bacterial communities that are beneficial, neutral or antagonistic to the fungus. Since the 80ies, a specific interest has been given to bacterial strains that improve the formation of ectomycorrhizal symbiosis, so-called mycorrhiza helper bacteria. The strain Pseudomonas fluorescens BBc6R8 is particularly efficient to enhance the establishment of Douglas fir - Laccaria bicolor S238N mycorrhizal symbiosis, by improving the survival and the growth of the pre-symbiotic mycelium in soil. We have used both a global and a targeted approach to investigate the molecular mechanisms of this helper effect. In a first step, we have analysed, using an in vitro assay, the morphological and the transcriptomic responses of the ectomycorrhizal fungus to the presence of the helper bacteria at different time of the interaction. Then we have assessed the question of the specificity of the fungal response by studying the effect of non-helper bacterial strains on the fungal behaviour. Finally, we have focused on the role played by several key molecules in the interaction: thiamine, trehalose and the type III secretion system. We suggest that the bacterial strain would exert its helper effect through a combination of mechanisms: an improvement of the nutritional status of the fungus and a preparation of both the plant and the ectomycorrhizal fungus to the root infection
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Parrello, Damien. "Conception de biosenseurs fluorescents multicolores pour l'identification in vivo des interactions bio-physicochimiques dans les systèmes minéral-bactérie." Thesis, Université de Lorraine, 2014. http://www.theses.fr/2014LORR0362/document.
Full textAbstract:
Le monitoring des écosystèmes terrestres nécessite une connaissance approfondie des interactions entre microorganismes, minéraux et métaux dans les sols. Afin d'évaluer in vivo la disponibilité de métaux tel que le fer dans des systèmes bactéries-minéraux, une approche basée sur l’utilisation de biosenseurs bactériens fluorescents et d’une analyse spectroscopique non-invasive a été explorée. Ce travail a notamment conduit à la construction chez Pseudomonas aeruginosa de fusions génétiques couplant des promoteurs régulés par le fer à des rapporteurs fluorescents multicolores. Les souches obtenues ont été utilisées comme senseur de la disponibilité du fer constitutif de différents minéraux (Nontronites). La réponse de ces biosenseurs bactériens a été étudiée en couplant la spectroscopie de fluorescence à balayage synchrone (SFS) à la décomposition canonique polyadique Candecomp / Parafac (CP). Avec des plans d’expérience privilégiant la diversité des réponses, le couplage SFS-CP garantit une estimation conjointe et rapide de l’expression de plusieurs promoteurs d’intérêts, y compris dans des milieux auto-fluorescents. Cette méthode originale permet, entre autres, de s’affranchir des problèmes liés aux recouvrements spectraux des protéines fluorescentes et fournit une estimation robuste et précise de la réponse des biosenseurs. Appliquée à d’autres plans d’expériences, elle démontre également que la bio-dissolution des nontronites par P. aeruginosa est assurée par la production de sidérophores et contrôlée par la cristallochimie des feuillets des smectites, notamment par la distribution des atomes de fer(III) entre les tétraèdres et les octaèdresMonitoring terrestrial ecosystems requires a better understanding of the interactions between microorganisms, minerals and metals in the environment. To assess in vivo availability of metals such as iron in bacteria-mineral system, an approach based on whole-cell fluorescent biosensors and non-invasive spectroscopy was explored. This work led to the construction in Pseudomonas aeruginosa of a set of gene fusions coupling iron-regulated promoters to multicolour fluorescent reporters. The recombinant strains were used as sensors of structural iron availability in nontronites NAu-1 and NAu-2. The response of these biosensors was studied by coupling synchronous fluorescence spectroscopy (SFS) with canonical polyadic Candecomp/Parafac (CP) decomposition. On the basis of experimental designs favouring response diversity, the coupled SFS-CP method guarantees a joint estimate of gene expression from multiple promoters, even in highly fluorescent media. This novel method can solve the issue of spectral bleed-through of fluorescent proteins and provides a means to integrate multiple signals from combinations of whole-cell fluorescent bioreporters. In addition, we could show using SFS-CP that P. aeruginosa indirectly mobilize Fe(III) from nontronites primarily through the production of pyoverdine siderophore. The structural Fe(III) present on the edges of NAu-2 rather than NAu-1 particles appears to be more bioaccessible, suggesting that the distribution of Fe, in the tetrahedron and/or in the octahedron sites, governs the solubilization process
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Batista, Josefa Neiane Goulart. "Pseudomonas fluorescentes provenientes da rizosfera de solanáceas no controle de Ralstonia solanacearum em tomateiro." reponame:Repositório Institucional da UnB, 2015. http://dx.doi.org/10.26512/2015.12.D.20586.
Full textAbstract:
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015.Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2016-05-16T16:34:25Z No. of bitstreams: 1 2015_JosefaNeianeGoulartBatista.pdf: 1197579 bytes, checksum: 35d111a817d27403622bf10c4e105c6d (MD5)
Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-05-27T14:29:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_JosefaNeianeGoulartBatista.pdf: 1197579 bytes, checksum: 35d111a817d27403622bf10c4e105c6d (MD5)
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A Murcha Bacteriana (Ralstonia solanacearum) é uma das mais importantes doenças do tomateiro em regiões tropicais. Seu controle é difícil, a principal medida é evitar a entrada da bactéria no local de plantio, principalmente em cultivo protegido. O objetivo deste trabalho foi encontrar isolados de Pseudomonas fluorescentes provenientes da rizosfera de solanáceas do cerrado, para uso no controle biológico de R. solanacearum. Foram realizadas coletas de solo da rizosfera de diversas plantas da família Solanaceae, de onde foram obtidos 40 isolados de Pseudomonas spp. Esses isolados foram submetidos a teste in vitro pela metodologia de prospecção de antibiose pelo teste de dupla camada, onde verificou se que 33 isolados conseguiram inibir o crescimento de R. solanacearum. Os isolados que induziram os maiores diâmetros do halo de inibição, 12 (F 1.5, PEDRA, F 1.2, F 4.1, JOMG 1.1, JBR, T3, RJ 1.1, JOBA, PSD 9, JAL, JCP 8.1) e foram selecionados para os ensaios em casa de vegetação. Os ensaios em casa de vegetação foram divididos em dois, um com uma estirpe de R. solanacearum (UnB 1173), outro com a mistura de três estirpes do patógeno ( UnB, 1033, 1103 e 1173). Cinco isolados (RJ 1.1, F 4.1, JCP 1.1, PEDRA e JOBA) controlaram a doença no ensaio com uma estirpe do patógeno. Oito isolados (RJ 1.1, F 1.2, F 1.5, F 4.1, JCP 8.1, PSD 9, JOBA e JAL) controlaram a doença com a mistura de três estirpes do patógeno. Os isolados RJ 1.1, F 4.1, JAL, JOBA conseguiram controlar a doença nos dois ensaios, demonstrando assim potencial para uso no controle biológico da murcha bacteriana.
The bacterial wilt (Ralstonia solanacearum) is one of the most important tomato diseases in tropical regions. His control is difficult, the key measure is to prevent bacteria from entering the local planting, especially in protected cultivation. The objective of this study was to find fluorescent Pseudomonas isolated from the rhizosphere of the cerrado nightshade, for use in the biological control of R. solanacearum. Soil samples were collected from the rhizosphere of various plants of the Solanaceae family, from which they were obtained 40 isolates of Pseudomonas spp. These isolates were subjected to in vitro test methodology for prospecting antibiosis the double layer pattern, which found that 33 isolates were able to inhibit the growth of R. solanacearum. Isolates that induced the larger diameters of inhibition zone, 12 (F 1.5, STONE, F 1.2, F 4.1, JOMG 1.1, JBR, T3, RJ 1.1 JOBA, PSD 9, JAL, JCP 8.1) and were selected for the trials in the greenhouse. The tests in the greenhouse were divided into two, one with a strain of R. solanacearum (UNB 1173), another with a mixture of three strains of the pathogen (UNB, 1033, 1103 and 1173). Five isolates (RJ 1.1, F 4.1, JCP 1.1, PEDRA and JOBA) controlled the disease in the test with a strain of the pathogen. Eight isolates (RJ 1.1, F 1.2, F 1.5, F 4.1, JCP 8.1, PSD 9, JOBA and JAL) controlled the disease with the mixture of three strains of the pathogen. Isolated RJ 1.1, F 4.1, JAL, JOBA managed to control the disease in two trials, demonstrating potential for use in biological control of bacterial wilt.
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Veron, Wilfried. "Etude de l'influence des peptides natriurétiques sur la physiologie de bactéries du genre Pseudomonas : implication dans la virulence." Rouen, 2009. http://www.theses.fr/2009ROUES054.
Full textAbstract:
Le concept d’endocrinologie microbienne met en évidence que les bactéries peuvent être sensibles à de nombreuses molécules-signal eucaryotes. Nous avons donc évalué l’impact du BNP (Brain Natriuretic Peptide) et du CNP (C-type Natriuretic Peptide), sur la physiologie bactérienne dans un contexte de relation hôte/pathogène. Le modèle bactérien retenu est Pseudomonas, une espèce bactérienne présentant de nombreux mécanismes d’adaptation. L’objectif de cette thèse a été d’évaluer l’impact des peptides natriurétiques sur la physiologie de Pseudomonas aeruginosa PAO1 et Pseudomonas fluorescens MF37. Nous avons observé que le traitement de PAO1 et MF37 par le BNP et le CNP augmente le pouvoir pro-virulent des bactéries vis-à-vis des cellules gliales en culture. De plus, les analogues stables de l’AMPc et du GMPc sont capables de reproduire les effets pro-cytotoxiques des peptides natriurétiques et augmentent le pouvoir cytotoxique porté par le LPS. Le CNP augmente significativement le taux d’AMPc intra-bactérien chez PAO1 et de GMPc chez MF37. Les peptides natriurétiques augmentent la production des acyl-HSL, et inhibent celle de la PQS et de la pyocyanine, suggérant que les acyl-HSL sont impliquées dans les effets pro-virulents de ces peptides par l’intermédiaire du régulateur transcriptionnel Vfr. Cette étude met en évidence l’existence d’un senseur bactérien couplé à une cyclase membranaire, sensible aux peptides natriurétiques et capable de moduler la virulence de la bactérie, notamment par l’intermédiaire du Quorum Sensing. L’ensemble de ces travaux nous a permis de proposer un modèle de mécanisme d’action des peptides natriurétiques sur la physiologie des PseudomonasThe concept of Microbial endocrinology, which arose in the early 90’s, brings to light the capacity of bacteria to be sensitive to eukaryotic signaling molecules. We investigated the impact of two natriuretic peptides, BNP (Brain Natriuretic Peptide) and CNP (C-type Natriuretic Peptide), on bacterial physiology in a host/pathogen relationship context. The bacterial model retained is Pseudomonas, a bacterial genus displaying several adaptation mechanisms relayed by a lot of membrane sensor. The aim of this study is to assess the impact of natriuretic peptides on Pseudomonas aeruginosa PAO1 and Pseudomonas fluorescens MF37 physiology. We found that the treatment of P. Aeruginosa PAO1 and P. Fluorescens MF37 by BNP or CNP increased the pro-cytotoxic potential of bacteria against glial cells culture. Given that cAMP and cGMP stable analogues are able to mimic the pro-cytotoxic effects of natriuretic peptides and that CNP significantly increase the intra-bacterial concentration of cAMP in PAO1 and cGMP in MF37, we suggest that natriuretic peptides effects on bacteria occurs a membrane cyclase. CAMP and cGMP increase the cytotoxic activity carried by LPS. Natriuretic peptides increase the production of acyl-HSL and inhibit those of PQS and pyocyanin suggesting that acyl-HSL are involved in pro-virulent effects of these peptides through the Vfr transcriptional regulator. This study provides the existence of a bacterial sensor, coupled to a membrane cyclase, sensitive to natriuretic peptides and able to modulate bacterial virulence through Quorum Sensing. All of these works allow us to propose a model of natriuretic peptides action mechanism on Pseudomonas physiology
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Boudjemaa, Rym. "Vers une meilleure compréhension de la tolérance aux antibiotiques de biofilms bactériens cliniques." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS241/document.
Full textAbstract:
Les bactéries sont des microorganismes capables de se développer et de proliférer indépendamment les uns des autres en milieu liquide. Mais dès qu’une surface se présente, biotique ou abiotique, les bactéries privilégient un « mode de vie en communauté » pour se protéger des agressions externes et survivre aux environnements hostiles. Ces biostructures, appelées biofilms, sont présentes dans tous les environnements naturels, y compris chez l’Homme où elles peuvent être à l’origine d’infections chroniques lorsqu’elles hébergent des germes pathogènes. Il est aujourd’hui admis que de tels édifices biologiques perdurent sous l’action des antibiotiques. Outre le très médiatique phénomène de résistance qui trouve son origine dans des mutations génétiques bactériennes, la tolérance, quant à elle, provient des spécificités de la structure et de la physiologie des bactéries organisées en biofilms. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse qui vise à mieux comprendre les mécanismes sous-jacents au manque d’efficacité d’antibiotiques (vancomycine,daptomycine, rifampicine) vis-à-vis des biofilms de S. aureus, en s’appuyant notamment sur des techniques innovantes d’imagerie à résolution micro-nanométrique. Nous avons mis au point un modèle d’infections sur prothèse vasculaire implantable chez la souris qui a permis une toute première visualisation par imagerie de fluorescence de biofilms formés in vivo et soumis à l’action des antibiotiques mais aussi de montrer leur activité limitée. Nous nous sommes ensuite attachés à une meilleure compréhension de la tolérance aux antibiotiques de biofilms bactériens de S. aureus. Pour ce faire, nos études ont porté, d’une part, sur le rôle de la matrice extracellulaire et, d’autre part, sur le rôle de la physiologie des bactéries incluses en biofilm. Il a ainsi été mis en évidence le rôle crucial de la fluidité membranaire. Ces travaux nous ont alors permis de dégager des pistes pour améliorer l’antibiothérapie disponible mais aussi développer des alternatives à ce type de traitementBacteria are microorganisms capable of growing independently in liquid media. However, as soon as they encounter a surface, either biotic or abiotic, bacteria favour a "community living" to protect themselves from external aggressions and survive in hostile environments. These bacterial communities, named biofilms, are present in all natural environments, including humans where they can cause severe infections when hosting pathogenic germs. It is now accepted that such biological edifices persist under antibiotics action. In addition to antibiotic 'resistance', which is associated with genetic mutations of bacteria, 'tolerance' is related with the specific structure and physiology of bacteria organized in biofilms. In this context, we took benefit from innovative high-resolution imaging techniques to better understand the mechanisms underlying antibiotics (vancomycin, daptomycin, rifampicin) (in)efficacy within S. aureus biofilms. In addition, we developed a model for prosthetic vascular graft infections in mice that allowed the visualization by fluorescence imaging of biofilms formed in vivo and subjected to the action of antibiotics. Considering the very limited antibiotics efficacy observed, we then focused on a better understanding of S. aureus bacterial biofilms tolerance towards antibiotics. To this purpose, our work was focused on the role of both the extracellular matrix and the physiology of bacteria included in biofilms. The crucial role of membrane fluidity was then demonstrated. This work allowed us to identify paths for the improvement of antibiotic therapy and to develop alternatives to this type of treatment
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Vicentini, Samara Nunes Campos. "Bioprospecção e filogenia de bactérias fluorescentes do gênero Pseudomonas como potenciais agentes de biocontrole da queima-das-folhas em braquiária /." Ilha Solteira, 2018. http://hdl.handle.net/11449/179122.
Full textAbstract:
Orientador: Paulo Cezar CeresiniResumo: O controle biológico é um dos métodos do manejo integrado de doenças de plantas, sendo uma das únicas alternativas viáveis para minimizar o impacto da queima-das-folhas e morte súbita das pastagens do gênero Urochloa (anteriormente Brachiaria). A queima-das-folhas e morte de pastagens é causada pelo fungo basidiomiceto Rhizoctonia solani grupo de anastomose AG-1 IA. Em nosso estudo determinamos se isolados de espécies de Pseudomonas fluorescentes obtidos de solos supressivos do bioma Amazônico possuem potencial como agentes de biocontrole de R. solani AG-1 IA. Especificamente objetivamos: i. Efetuar o screening de isolados de Pseudomonas quanto ao potencial de biocontrole in vitro; ii. Realizar a identificação molecular dos isolados de Pseudomonas fluorescentes selecionados como potenciais agentes de biocontrole e iii. Determinar se as bactérias selecionadas in vitro mantém, in vivo, o potencial de biocontrole da queima-das-folhas e morte da braquiária. Três isolados foram selecionados como potenciais agentes biocontroladores nos testes de antagonismo in vitro (Amana, Poti e Yara), pois diminuíram significativamente tanto o crescimento micelial quanto a germinação de escleródios do patógeno. Com base em análises filogenéticas, os isolados Amana e Yara foram agrupados ao clado de Pseudomonas putida enquanto o isolado Poti foi agrupado em clado distinto de todos os demais, e possivelmente se constitui numa nova espécie. Nos testes in vivo, a inoculação via sementes não resultou... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Biological control is one of the methods of the integrated management of plant diseases, which is one of the only viable alternative to minimizes foliar blight impact and sudden death of pastures from genus Urochloa (previously known as Brachiaria). Foliar blight and death of pastures are caused by the fungus Rhizoctonia solani AG-1 IA. In our study, it was determined whether isolates from florescent Pseudomonas obtained from suppressive soils on the Amazon biome had potential as biocontrol agents of Rhizoctonia solani AG-1 IA. Specifically, we aim to: i. Carry out a screening of isolates from Pseudomonas to evaluate their potential as in vitro biocontroler; ii. Perform molecular identification of selected fluorescent Pseudomonas isolates as potential biocontrol agents; and iii. Determine whether in vitro selected bacterial strains maintain the biocontrol ability in vivo of foliar blight and sudden death of braquiária. Three isolates were selected as potential biocontoller agents in vitro antagonism tests (Amana, Poti e Yara), which reduced significantly mycelial growth and sclerotia germination of pathogen. Based on phylogenetic analyzes, Amana and Yara isolates were grouped to the clade belonging to Pseudomonas putida and Poti isolated was grouped in a distinct clade, and should to constitute a new species. For in vivo tests, seed inoculation did not resulted in R. solani AG-1 IA control. On the other hand, in foliar application of biocontrol agent, Amana isolated was the m... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre
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Ornstein, Roxanne. "Développement de sondes fluorogéniques pour le suivi du métabolisme et de la croissance de bactéries en gouttes." Thesis, Sorbonne université, 2019. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=http://theses-intra.upmc.fr/modules/resources/download/theses/2019SORUS288.pdf.
Full textAbstract:
Le but de ce projet est de proposer des outils pour identifier la diversité fonctionnelle des bactéries provenant d’un même patient. Les bactéries sécrètent de nombreuses enzymes afin de digérer leur environnement, et ces activités enzymatiques extracellulaires sont des marqueurs des espèces de bactéries et donnent des informations sur leur phénotype, leur viabilité et leur état de développement. La fluorescence est une méthode de choix pour suivre cette activité enzymatique du fait de sa grande sensibilité. Le premier objectif de ce projet est de synthétiser des sondes fluorogéniques dont la fluorescence sera contrôlée par la déprotonnation d’une fonction phénol. Pour suivre les bactéries de manière continue et sans induire de toxicité, un polymère hydrophile sera greffé sur la sonde, ce qui permettra d’augmenter sa solubilité dans le milieu et de la rendre non perméable. L’exemple de l’enzyme β-galactosidase, un marqueur connu des bactéries Escherichia coli sera présentéThe aim of this project is to identify functional diversity within bacteria from the same patient. Bacteria secrete a lot of enzymes to digest their environment and these extracellular enzymatic activities are the markers of bacterial species, their phenotype, viability and state of development. Fluorescence is a powerful and sensitive method to track enzyme activity. Our first goal is to synthesize enzymatic fluorogenic probes whose fluorescence is controlled by the deprotonation of a phenol function. For continuous follow up of bacteria, one major concern is the potential toxicity of probe. To address this problem probes are linked to a hydrophilic polymer in order to increase their solubility and reduce toxicity for bacteria, as they are cell impermeant. Example of the β-galactosidase enzyme, a well-established marker of Escherichia coli, will be presented
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Careli, Roberta Torres. "Adesão de Pseudomonas fluorescens em superfícies utilizadas no processamento de alimentos." Universidade Federal de Viçosa, 2005. http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/9091.
Full textAbstract:
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-11-08T17:50:12Z
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
A adesão de Pseudomonas fluorescens ATCC 13525 foi avaliada pela microscopia de epifluorescência (EPF) e contagem padrão em placas (CPP) em superfícies usadas no processamento de alimentos nos tempos de contato 0, 2, 4, 6, 8 e 10 h. O aumento da adesão entre as superfícies, em razão do tempo, não foi acompanhado de forma similar pelas técnicas avaliadas. Por exemplo, no tempo quatro horas, as superfícies que apresentaram maiores logaritmos de UFC.cm-2 e que não apresentaram diferença significativa na adesão pelo teste de Scott-Knott (P > 0,05) foram poliuretano rugoso dupla face, silicone revestido com tecido, poli (cloreto de vinila) revestimento grosso com tecido, granito e mármore pela técnica EPF. Já pela técnica CPP, no mesmo tempo de contato, os maiores logaritmos de UFC.cm-2 foram para superfícies de silicone revestido com tecido, poliuretano rugoso dupla face, granito e poliuretano revestido com tecido. As superfícies de mármore, granito, poli (cloreto de vinila) revestimento grosso com tecido, poliuretano rugoso dupla face e silicone revestido com tecido diferiram das demais no grau de adesão, expresso em UFC.cm-2 (P < 0,05) nos tempos 4, 6, 8 e 10 horas, quando avaliadas pela técnica da epifluorescência, e de 2 e 10 horas, quando avaliadas pela contagem padrão em placas. Numa outra forma de avaliação, constatou-se também a diferença entre as 12 técnicas com relação ao agrupamento das superfícies de acordo com a similaridade de adesão. Assim, as superfícies que apresentaram maior percentagem de similaridade e maior média geral com relação à adesão pela técnica EPF foram mármore, granito e poliuretano rugoso dupla face. No caso da CPP, este mesmo fato foi constatado com as superfícies de poliuretano rugoso dupla face, silicone revestido com tecido e granito. As superfícies apresentaram características de microtopografias muito diferentes quando observadas por microscopia eletrônica de varredura, o que pode justificar as diferenças entre os graus de adesão observados. As técnicas possuem comportamentos diferentes para cada tempo de contato. Constatou-se que a CPP, além de fornecer resultados menores do que a EPF, também permite a detecção de valores de adesão mais baixos, sendo considerada uma técnica mais sensível. Porém, a CPP fornece resultados mais demorados do que a EPF. Para que haja detecção pela EPF, a quantidade de células aderidas aos cupons deve estar com contagens médias de uma célula por campo, no mínimo. A EPF permite verificar a morfologia das células, bem como, a distribuição destas bactérias aderidas às diferentes superfícies avaliadas. É recomendável utilizar a EPF para a quantificação de bactérias sésseis, principalmente quando as contagens sejam menores ou iguais a 4,1 x 105 UFC.cm-2. Este experimento mostrou que Pseudomonas fluorescens ATCC 13525 aderiu nas superfícies avaliadas. Entretanto, não há como sugerir a superfície mais recomendada para a utilização em processamento de alimentos devido a suas aplicações específicas. Os resultados mostram a importância de práticas higiênicas corretas na indústria de alimentos.
The adhesion of Pseudomonas fluorescens ATCC 13525 was evaluated by the epifluorescence microscopy (EPF) and the plate count method (CPP) to surfaces used in food processing at 0, 2, 4, 6, 8 and 10 h contact times. The adhesion increase among the surfaces, in relation to time, was not followed in a similar way by the evaluated techniques. For example, in four hours, the surfaces which showed greater CFU.cm-2 logarithms and that did not show a significant difference in the adhesion by the Scott- Knott test (P > 0.05) were the double-faced rugous polyurethane, silicon coated with cloth, PVC thick coated with cloth, granite and marble by the EPF technique. Whereas by the CPP technique, in the same contact time, the greater CFU.cm-2 logarithms were for the silicone coated with cloth, double-faced rugous polyurethane, granite and polyurethane coated with cloth surfaces. The marble, granite, PVC thick coated with cloth, double faced rugous polyurethane and silicone coated with cloth surfaces differed form the others in the adhesion degree expressed in CFU.cm-2 (P > 0.05) in the 4, 6, 8 and 10 h times, when evaluated by the epifluorescence technique and, at 2 and 10 h, when evaluated by the plate count method. In another kind of evaluation, the differences between the techniques concerning the surfaces cluster according to the adhesion similarity were also observed. Thus, the surfaces, which showed a greater similarity percentage and a greater general average concerning the adhesion by the 14 EPF technique, were marble, granite and double-faced rugous polyurethane. In the CPP, this same fact was observed with the double-faced rugous polyurethane, silicone coated with cloth and granite surfaces. The surfaces showed very different microtopography characteristics when observed by the scanning electron microscopy, which can justify the differences between the observed adhesion degrees. The techniques have different behaviors for each contact time. It was observed that CPP, besides providing results lower than the EPF, also allowed the detection of lower adhesion values, being considered a more sensitive technique. However, the CPP provides longer results than the EPF. So that there is a detection by EPF, the quantity of adhered cells to the coupons must be with, at least, an average count of one cell per field. The EPF allows the cell morphology assay as well as the distribution of these bacteria adhered to the different evaluated surfaces. It is recommendable to use the EPF technique for the sessile bacteria quantifying, especially when the count is lower or equal to 4,1 x 105 CFU.cm-2. This study showed that the Pseudomonas fluorescens ATCC 13525 adhered to the evaluated surfaces. However, there is no way to suggest the most recommendable surface for the use in the food processing due to their specific application. The results show the importance of the correct hygienic practices in the food industry.