Academic literature on the topic 'Banque de peptides'

La présentation sur ribosome (en anglais, ribosome display) est une méthode d’évolution moléculaire et de sélection de banques peptidiques et protéiques. Le ribosome display est réalisé in vitro dans un milieu acellulaire et repose sur la formation d’un complexe ternaire ribonucléoprotéique entre l’ARN, le ribosome et la protéine. Le ribosome display est devenu de nos jours l’une des méthodes de présentation les plus utilisées. Elle a notamment permis le criblage et la sélection de peptides, de protéines, d’échafaudages moléculaires afin d’améliorer leur affinité, leur spécificité, leur activité catalytique ou même leur stabilité. Cette revue présente la mise en œuvre du ribosome display et les applications qui découlent de l’utilisation de cette technologie.

Une banque de peptides cycliques de sept acides aminés exprimés en surface de bactériophages a été utilisée pour la sélection d'inhibiteurs d'un anticorps anti-idiotypique (9G4H9) présentant une activité de type fJ-Iactamase. Cet anticorps catalytique a été produit précédemment au laboratoire via le réseau idiotypique, présentant l'image interne de l'enzyme bactérienne fJ-Iactamase dans son site actif. Les travaux présentés se basent sur la mise en œuvre d'une procédure de sélection originale en deux étapes dans le but de caractériser des clones spécifiques du site actif de l'anticorps 9G4H9. Plusieurs familles de séquences ont été caractérisées, présentant des caractéristiques biochimiques communes. Sept peptides cycliques ont été synthétisés sous forme soluble et testés pour leur capacité d'inhibition indépendamment de l'environnement protéique du support phagique. Finalement, un peptide (Pep 90) présente une forte affinité pour l'anticorps, avec un Kd = 7,4 10-8 M. Des tests d'inhibition directe ont permis d'évaluer une valeur d'inhibition: IC50 = 90~M. Cette étude confirme que la sélection de banques exprimées en surface de phage est une méthode efficace pour déterminer des informations topologiques.

Pour nous permettre de realiser une etude systematique des proprietes organoleptiques et biologiques des peptides (en majorite des decapeptides), nous avons construit une banque de souches transformees de saccharomyces cerevisiae. Chaque clone de cette banque possede un vecteur qui code pour un peptide unique de sequence inconnue et qui permet son excretion dans le milieu de culture. La secretion est obtenue en fusionnant le gene codant pour le peptide avec celui codant pour le pre-pro du facteur. La premiere partie de ce memoire decrit les differentes etapes de la construction du vecteur d'expression-secretion et de la souche de levure receptrice. Nous decrivons en particulier le principe original du procede de synthese des genes par amplification enzymatique et montrons comment la synthese chimique d'oligonucleotides a ete orientee de facon a obtenir une majorite de decapeptides et pour que tous les acides amines soient representes de facon equitable dans les peptides. La transformation de la levure avec une population de plasmides codant chacun pour un peptide unique nous permet d'obtenir une banque d'environ 4000 clones. La deuxieme partie de ce memoire presente l'analyse de la banque. Les dosages effectues sur un peptide facilement identifiable dans le milieu permettent de montrer que le systeme d'excretion est fonctionnel. Par contre, les dosages hplc revelent que la quantite de peptides produits est faible car inferieure a 10 m. Ce resultat nous a amene a developper plusieurs strategies pour tenter d'augmenter la secretion. Nous avons tout d'abord construit un plasmide se maintenant en un plus grande nombre de copies dans la cellule et aussi realise des cultures a haute densite cellulaire. On arrive ainsi a augmenter la production de peptides qui est d'environ 10##7 m. La faible production de ces transformants serait due a une degradation par la souche receptrice. On pense que cette degradation n'est pas due a une protease extracellulaire

Mon travail de thèse a porté sur le ciblage de la vascularisation tumorale : des molécules ciblant l'endothélium tumoral ont été recherchées dans le but d'amener des molécules thérapeutiques spécifiquement vers l'endothélium tumoral afin de le détruire et d'atteindre la tumeur qui en dépendait. D'après les données de la littérature, deux cibles ont été choisies pour notre étude : la sélectine E et l'endogline. La sélectine E est une glycoprotéine surexprimée à la surface de l'endothélium activé des zones inflammatoires et tumorales. Classiquement, des antagonistes de son ligand naturel, le SleX, sont recherchés. En nous appuyant sur les groupements clés de l'interaction entre la sélectine E et le SleX, plusieurs familles de mimes du SleX ont été élaborées. La capacité de ces mimes à déplacer l'interaction du SleX exprimé à la surface des cellules HL-60 avec la sélectine E a été évaluée dans un test d'adhésion. Cependant, aucun des mimes testés n'a présenté une affinité suffisante pour envisager son utilisation comme tête de ciblage. Une deuxième stratégie a consisté à rechercher des ligands peptidiques de la sélectine E en criblant des HUVECs activées avec une banque de peptides sur phages. Plusieurs phages-peptides testés en ELISA ont montré une meilleure affinité pour la sélectine E et / ou avec la sélectine P par rapport au phage sans insert. Des tests de compétition avec des peptides synthétiques correspondants permettront d'évaluer leur spécificité pour la cible. En ce qui concerne l'endogline, des ligands peptidiques ont été recherchés avec une banque de peptides sur phages. Dans un premier temps, le gène codant l'endogline humaine a été cloné dans un vecteur d'expression eucaryote afin de réaliser la sélection sur la protéine cellulaire. Une sélection sur la protéine recombinante a été réalisée par la suite pour diminuer le bruit de fond lié aux cellules. Parmi les peptides obtenus, certains ont montré des homologies de séquence avec des ligands de l'endogline et le test de ces phages-peptides en ELISA sur la protéine recombinante a donné un fort signal par rapport au phage sans insert. Ces peptides seront caractérisés prochainement. En conclusion, des ligands peptidiques des sélectines E et P et de l'endogline ont peut-être été identifiés. Ce travail a par ailleurs permis de mettre en place les outils nécessaires à l'utilisation de la technologie de sélection avec des banques de peptides sur phages dans les meilleures conditions possibles.

Les interactions specifiques entre recepteurs et ligands ou anticorps et antigene ont ete etudiees a l'aide de peptides issus du criblage de banques de peptides. La premiere partie de ce travail concerne la mise au point d'un test diagnostique de l'infection des chats par le virus de l'immunodeficience feline (vif). Ce test est fonde sur la reconnaissance specifique par les anticorps des chats infectes d'un peptide synthetique derive de l'enveloppe transmembranaire du virus. Notre test s'avere le plus performant selon les criteres de sensibilite, specificite et rapidite de detection. Une deuxieme partie est consacree a l'etude de la reconnaissance de peptides par des anticorps monoclonaux ou des recepteurs. Deux recepteurs membranaires, le cd40 exprime sous forme soluble et le recepteur beta-3-adrenergique exprime a la surface de cellules, ont servi a cribler des banques de peptides aleatoires exprimes en fusion sur des proteines de bacteriophage m13. Les resultats obtenus suggerent que les systemes de criblage employes etaient inoperants pour la selection de peptides specifiques de l'un ou l'autre recepteur. Nous avons pu determiner les residus critiques responsables des principaux contacts avec un anticorps monoclonal anti-peptide de l'enveloppe du vif. L'etude de 3 auto anticorps anti-adn nous a permis d'isoler des sequences peptidiques reconnues par certains de ces anticorps. Ces sequences, qui definissent un motif consensus sont specifiques d'un seul anticorps. L'injection de certains de ces peptides presentes a la surface de bacteriophages induit chez la souris une reponse anti-adn, suggerant que ces peptides sont capables de mimer l'adn du point de vue antigenique

Le but de ce travail est la selection d'anticorps catalytiques capables de catalyser une liaison peptidique. La reaction choisie est le couplage entre la glycine et la leucine. En respectant les hypotheses enoncees par pauling en 1946, et par jencks en 1969 nous avons synthetise un analogue stable de l'etat de transition de la reaction etudiee. L'analogue couple a une proteine porteuse est utilise pour l'immunisation de souris et pour la selection d'anticorps specifiques. Cette selection a ete realisee a partir de trois banques, une banque combinatoire de fragments scfv de souris, une banque combinatoire naive de fab humains et une banque naive de fragments de vh humain chamelises. Bien que plusieurs clones exprimant des fragments d'anticorps specifiques de l'haptene aient ete isoles aucun fragment d'anticorps specifique de l'analogue de l'etat de transition ne possede l'activite catalytique attendue. Nous avons suggere que les methodes classiques de detection disponibles ne permettent pas de deceler l'activite catalytique recherchee. Tout d'abord, la sensibilite de detection est insuffisante et le turnover des reactions catalysee par les abzymes est encore relativement modeste. De plus, les methodes de detection d'activite sont souvent indirectes en etant basees sur l'affinite de l'anticorps pour l'analogue de l'etat de transition et non pas sur la catalyse. Pour pallier a ces limites, nous avons mis au point de nouveaux tests de detection directe de l'activite catalytique applicable a de nombreuses reactions bi-moleculaire

Les peptides constituent une famille de biomolécules dont l'utilisation dans différents domaines thérapeutiques (cancer, diabète, sida) s'est fortement développée ces dernières années. Le défi pour les chimistes consiste à y accéder grâce à de nouvelles méthodes fiables et efficaces. La première partie de notre travail a d'abord été orientée vers le développement deux méthodes de ligations non natives efficaces et complémentaires de celles existant. La première méthode, appelée ligation thiocarbamate, permet d'obtenir des peptides alkylthiocarbamate avec de très bons rendements, alors que la seconde, appelée ligation azaGly, aboutit à la formation d'un azaGlypeptide. La seconde partie de cette thèse traite de la conception et synthèse de nouveaux peptides susceptibles d'inhiber la signalisation HGF/SF-MET. Le récepteur à activité tyrosine kinase MET et son ligand, l'HGF/SF (Hepatocyte Growth Factor/Scattor Factor), sont des cibles de choix pour une thérapie anti-cancéreuse. La ligation thiocarbamate, précédemment décrite, et la ligation thioéther plus classique ont été utilisées pour préparer une chimiothèque de peptides sulfonatés d'inhiber cette signalisation de façon extracellulaire. La capacité de liaison des composés de la chimiothèque avec le domaine extracellulaire de MET a été évaluée grâce à la technologie biopuces. L'activité biologique (tests MTT, d'activité kinase) des meilleurs produits a été ensuite évaluée.