Dissertations / Theses on the topic 'Batata-doce - doenças e pragas'

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2018.
Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-07-09T17:27:04Z No. of bitstreams: 1 2018_CarolinedoAmaralSouza.pdf: 3676984 bytes, checksum: 2912b0f3aa5334b6570ce0ce5dee4d36 (MD5)
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No Brasil, o cultivo da batata-doce [Ipomoea batatas L. (Lam.)], abrange todas as regiões geográficas, sendo os maiores Estados produtores o Rio Grande do Sul, São Paulo, Sergipe, Minas Gerais e Santa Catarina. Diversas características da batata-doce, tais como: rusticidade, facilidade cultivo, baixo custo de produção e seu o papel como fonte de energia e nutrientes tornam esta espécie de elevada importância, sobretudo para a população de baixa renda. A batata-doce pode ser afetada por espécies dos quatro principais grupos de patógenos, sendo que os vírus merecem destaque devido ao número de espécies, os danos causados e a propagação vegetativa desta planta. A detecção de vírus em batata-doce tem sido realizada, tradicionalmente, por meio das técnicas de Polymerase Chain Reaction (PCR), Reverse Transcription PCR (RT-PCR) e Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA). Contudo, uma nova abordagem de detecção viral vem sendo empregada batata-doce desde 2009. Trata-se da metagenômica: uma abordagem baseada na investigação das moléculas de ácidos nucléicos de uma mistura de populações microbianas, extraídas diretamente de amostras ambientais e sequenciadas por Next Generation Sequencing (NGS). Uma vez que se tenha conhecimento das espécies virais que infectam a cultura é possível a aplicação de medidas adequadas de controle,incluindo programas de limpeza clonal (para regeneração de plantas livres de vírus). Com isso, visto a importância dos problemas fitossanitários causados por espécies virais na cultura batatadoce, os objetivos deste trabalho foram: (a) selecionar variedades de batata-doce ricas em betacaroteno, (b) identificar os vírus presentes em batata-doce, procedentes de cinco regiões do Brasil e (c) produzir material livre de vírus por meio de cultivo de meristemas. Para realização deste trabalho um total de 100 cultivares/clones da batata-doce foi obtido de Regiões Produtoras de Pernambuco (RPP), Rio Grande do Norte e Paraíba, além de acessos mantidos no Banco Ativo de Germoplasma da Universidade Federal Rural de Pernambuco – UFRPE (BAGUFRPE), do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA) e do BAG da Fazenda Água Limpa da Universidade de Brasília (FAL/UnB). Cem amostras de batata-doce foram enxertadas em plantas de Ipomoea setosa. Após 60 dias, realizou-se um enriquecimento de partículas virais dos 100 cultivares/clones de plantas de batata-doce, potencialmente transmitidos para I. setosa via enxertia. O mesmo procedimento foi realizado, diretamente, a partir das folhas de batatadoce, com o objetivo de comparar as espécies virais presentes nas diferentes plantas. Para tal estudo, quatro bibliotecas foram geradas sendo RNA e DNA de batata-doce e RNA e DNA de I. setosa. Um sequenciamento por NGS (em pool) foi conduzido, sendo possível detectar sequências de nove espécies virais que infectando a batata-doce: Sweet potato chlorotic stunt virus – SPCSV RNA1 e 2, Sweet potato feathery mottle virus – SPFMV, Sweet potato virus C – SPVC, Sweet potato virus G – SPVG e Sweet potato C-6 virus – SPC6V, Sweet potato leaf curl virus – SPLCV, Sweet potato mosaic virus – SPMV, Sweet potato golden vein associated virus – SPGVaV e Sweet potato symptomless virus 1 – SPSMV-1, sendo que este último ainda não havia sido detectado no Brasil. Os 100 cultivares/clones foram cultivados em campo com o objetivo de identificar usando High Performance Liquid Chromatography (HPLC), genótipos de batata-doce ricos em beta-caroteno. Quatro cultivares (‘Amélia’, ‘Beauregard’, ‘CR06’ e ‘Pérola’) apresentaram teores de beta-caroteno elevados. Estas plantas foram regeneradas por cultivo de meristemas e indexadas quanto à presença das espécies virais acima citadas, sendo possível regenerar pelo menos uma planta da cultivar ‘Amélia’ livre de vírus. Estes materiais serão usados futuramente em ensaios visando complementar os postulados de Koch para SPSMV-1.
In Brazil, the sweet potato [Ipomoea batatas L. (. Lam)] crop covers all geographic regions of the country. The States of Rio Grande do Sul, São Paulo, Sergipe, Minas Gerais, and Santa Catarina are the largest producers. Sweet potato is a very important crop due to several positive features such as rusticity, low production cost (due to low demand for agricultural inputs) as well functioning as source of food energy and nutrient supply especially for the low-income populations. Sweet potatoes can be affected by many pathogens, in special viruses. In fact, a high number of viral species have been reported infecting this crop. The problems associated with virus infection are intensified in sweet potato due to its vegetative propagation system. The virus detection in sweet potato has been carried out by Polymerase Chain Reaction (PCR), Reverse Transcription PCR (RT-PCR), and Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA). However, metagenomic, a new viral detection methodology has been also used for virus detection in sweet potatoes since 2009. This approach is based upon investigating the nucleic acid molecules from a mixture of microbial populations extracted directly from environmental samples and sequenced by Next Generation Sequencing (NGS). The knowledge about the viral species infecting sweet-potato in Brazil may allow the adoption of the appropriate control measures, including, the establishment of clonal cleaning programs via regeneration of plants free of viruses. In this context, the objectives of the present work are: (a) to select varieties of sweet potato rich in beta-carotene; (b) to assess the virus diversity in sweet potatoes in samples from five production regions of Brazil, and (c) to produce virus-free materials via meristem culture. For this work a total of 100 sweet potato accessions were obtained from Producing Regions of Pernambuco (RPP), Rio Grande do Norte, and Paraiba. In addition, a subset of clones from the germplasm bank of the Rural Federal University of Pernambuco – UFRPE, the Agronomic Institute of Pernambuco and from germplasm bank of the “Fazenda Água Limpa” of the University of Brasilia were also employed in the present work. One hundred sweet-potato samples were grafted on Ipomoea setosa. After 60 days, a viral particles enrichment strategy was performed via grafting of all clones onto I. setosa. A virus enrichment procedure was also performed directly from the sweet-potato leaves in order to compare the viral species that could be found in the different plant species. For this study, four RNA and DNA libraries of sweetpotato and I. setosa were produced. Nine viral species were detected infecting the sweet-potato samples: Sweet potato chlorotic stunt virus – SPCSV RNA1 and 2, Sweet potato feathery mottle virus – SPFMV, Sweet potato virus C - SPVC, Sweet potato virus G-SPVG and Sweet potato C-6 virus – SPC6V, Sweet potato leaf curl virus - SPLCV, Sweet potato mosaic virus – SPMV, Sweet potato golden vein virus – SPGVaV, and Sweet potato symptomless virus 1 – SPSMV1. This last virus species was detected in Brazil for the first time. A total of 100 sweet-potato accessions were grown under field conditions in order to identify (using High Performance Liquid Chromatography – HPLC) a subset of accessions with higher levels of beta-carotene. Three acessions with higher levels of beta-carotene (‘Amélia’, ‘Beauregard’, ‘CR06’, and ‘Pérola’) were regenerated via meristem culture and indexed for the presence of all nine virus species detected in previous assays. A single plant of cultivar ‘Amelia’ was identified as being free of all major viruses. These materials will be used in the future for fulfilling Koch´s postulates for SPSMV-1.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2015.
Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-02-24T13:54:14Z No. of bitstreams: 1 2015_DaianedaSilvaNóbrega.pdf: 1994119 bytes, checksum: c2f1b410ea9a58fec1ce3457fa92bedc (MD5)
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A utilização de germoplasma de batata-doce resistente tem permitindo aos programas de melhoramento genético obter novas variedades mais produtivas e resistentes a doenças e pragas, constituindo-se numa importante alternativa de controle. Este trabalho teve como objetivo avaliar o desempenho agronômico de genótipos de batata-doce em campo e casa de vegetação. O trabalho consistiu na avaliação de dois ensaios, sendo o primeiro quanto ao desempenho agronômico e o segundo quanto à resistência da batata-doce aos nematoides das galhas Meloidogyne incognita e Meloidogyne paranaensis. Os genótipos avaliados em ambos os ensaios foram oriundos do Banco de Germoplasma da Embrapa Hortaliças (CNPH). O primeiro ensaio foi conduzido na Fazenda Água Limpa da Universidade de Brasília (UnB) e o segundo ensaio na Estação Experimental de Biologia da UnB. O primeiro ensaio foi instalado utilizando-se o delineamento experimental de blocos casualizados com 10 tratamentos, 4 repetições e 10 plantas de batata-doce/parcela. Foram avaliados 10 genótipos: Princesa (CNPH 3), Brazlândia Rosada (CNPH 9), Santa Sofia (CNPH 17), CNPH 29, Georgia Inproved (CNPH 31), Balão (CNPH 46), CNPH 53, Batata Africana 1 (CNPH 61), Batata Correntina n° 24 (CNPH 66) e CNPH 71. As características avaliadas foram: número de furos; incidência de danos; grau de resistência; formato e comprimento de raiz; espessura e cor da casca; cor da polpa; produtividade total e comercial; percentual de sólidos solúveis totais (SST); acidez total titulável (ATT); ratio (relação SST/ATT); umidade e rendimento de amido. O genótipo CNPH 53 apresentou a maior produtividade total estimada com 26,78 t/ha e o genótipo Brazlândia Rosada se destacou para a produtividade comercial estimada demonstrando 13,75 t/ha. O genótipo CNPH 71 obteve o melhor desempenho com o menor número de furos (9,09) e incidência de danos (2,44), tendo grau de resistência moderadamente suscetível. Também os genótipos Georgia Improved, Balão, CNPH 53, Batata Africana 1 e Batata Correntina nº 24 se classificaram como moderadamente suscetíveis. O genótipo CNPH 29 (158,89 mm) apresentou melhor resultado para o comprimento das raízes. Os genótipos Brazlândia Rosada e Batata africana 1 demonstraram a maior espessura da casca com 0,11 cm. Os genótipos Georgia Improved (1,87) e Santa Sofia (1,92) demonstraram os melhores formatos. Dos dez genótipos estudados apenas o CNPH 71 possui cor da casca creme escuro e somente o CNPH 53 possui casca roxa, quanto ao restante 30 % possui cor da casca creme e 50 % cor da casca rosado. Em relação à cor da polpa, 80% apresentaram a polpa creme e 20% creme escuro. O genótipo CNPH 53 (12,25) demonstrou o melhor resultado para o teor de SST. Com relação à acidez foram superiores: Santa Sofia (2,37%), CNPH 29 (2,53 %), CNPH 53 (2,76 %) e CNPH 71 (3,10). A razão ratio desse estudo demonstrou os melhores resultados para os tratamentos CNPH 53 (4,42), Santa Sofia (4,25), CNPH 29 (4,24) e CNPH 71 (4,17), sendo os genótipos mais precoces dentre os estudados. Apenas os genótipos Princesa (70,18) e CNPH 29 (70,91) obtiveram teor de umidade próximo de 70 %. Os genótipos CNPH 53 (11,98 %), Princesa (11,38 %), CNPH 29 (10,39 %) e Georgia Improved (9,78 %) se destacaram como os mais promissores obtendo os maiores teores de amido. A produtividade comercial estimada, umidade e amido demonstraram valores de herdabilidade acima de 90% e valores superiores a 1 para a razão CVg/CVe, com indicação de pequeno efeito ambiental e seleção efetiva para estas características, mesmo utilizando métodos simples de melhoramento genético. No segundo ensaio foi utilizado delineamento experimental de blocos casualizados em arranjo simples, com 10 tratamentos, 3 repetições, 5 plantas de batata-doce/parcela para a espécie Meloidogyne incognita e 3 plantas de batata-doce/parcela para a espécie Meloidogyne paranaensis. Foram avaliados 10 genótipos: Princesa (CNPH 3), Roxinha (CNPH 5), Brazlândia Rosada (CNPH 9), Georgia Improved (CNPH 31), Balão (CNPH 46), CNPH 53, Batata Africana 1 (CNPH 61), Batata Correntina n° 24 (CNPH 66), CNPH 80, Palmeira (CNPH 1796). As características analisadas foram: peso da massa fresca da parte aérea, peso da massa seca da parte aérea, peso da massa fresca das raízes, número de ovos por parcela, número de ovos por planta, número de ovos por grama de raiz, número de massas de ovos, fator de reprodução e grau de resistência. No ensaio com Meloidogyne incognita o genótipo CNPH 53 foi o mais promissor em relação à massa fresca da parte aérea (14,33 g), o genótipo Georgia Improved se destacou para a massa seca da parte aérea (4,33 g) e o genótipo Brazlândia Rosada para a massa fresca de raiz (12,64 g). Todos os genótipos estudados apresentaram-se resistentes com base na análise do fator de reprodução, porém em relação ao número de massas de ovos esses mesmos genótipos se mostraram todos suscetíveis. No ensaio com Meloidogyne paranaensis o genótipo CNPH 53 se mostrou mais vigoroso tanto com relação à massa fresca da parte aérea (26,39 g), quanto para a massa seca da parte aérea (5,83 g), enquanto que os genótipos Brazlândia Rosada (16,11 g) e Batata Correntina nº 24 (15,00 g) se destacaram para a massa fresca de raiz. O genótipo CNPH 80 apresentou resistência com base no número de massas de ovos, sendo os demais genótipos suscetíveis. Os genótipos CNPH 80, Georgia Improved, Balão, Princesa e CNPH 53 demonstraram-se resistentes segundo o fator de reprodução, enquanto os demais genótipos foram suscetíveis. O genótipo CNPH 80 foi o único que demonstrou resistência ao M. paranaensis tanto em relação ao fator de resistência, quanto ao número de massas de ovos. ______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT
The utilization of germplasm resistant of sweet potato has allowing breeding programs to obtain new varieties more productive and resistant to pests and diseases, constituting an important control alternative. This study aimed to evaluate the agronomic performance of sweet potato genotypes in field and greenhouse. The work involves the assessment of two trials, the first on the agronomic performance and the second as the sweet potato resistance to root-knot nematodes Meloidogyne incognita and Meloidogyne paranaensis. The genotypes evaluated in both experiments were derived from the Germplasm Bank of Embrapa Vegetables (CNPH). The first experiment was conducted at Fazenda Água Limpa the University of Brasilia (UnB) and the second experiment at the Experimental Station of Biology of the UnB. The first experiment was conducted using the randomized complete block design with 10 treatments, 4 replicates and 10 plants of sweet potato/share. Were evaluated 10 genotypes: Princesa (CNPH 3), Brazlândia Rosada (CNPH 9), Santa Sofia (CNPH 17), CNPH 29, Georgia Improved (CNPH 31), Balão (CNPH 46), CNPH 53, Batata Africana 1 (CNPH 61), Batata Correntina n° 24 (CNPH 66) and CNPH 71. The characteristics evaluated were: number of holes; incidence of damage; grade resistance; shape and length root; thickness and color of the shell; pulp color; total and commercial productivity; percentage of total soluble solids (SST/°brix); titratable acidity (ATT); ratio (TSS/ATT); moisture and starch income. The genotype CNPH 53 had the highest estimated total productivity with 26,78 t/ha and the genotype Brazlândia Rosada stood out to commercial productivity estimated obtaining 13,75 t/ha. The CNPH 71 performed best response in general with smallest number of holes (9,09) and incidence of damage (2,44), and had degree of resistance moderately susceptible. Also genotype Georgia Improved, Balão, CNPH 53, Batata Africana 1 and Batata Correntina nº 24 were classified as moderately susceptible. The CNPH 29 (158,89 mm) showed better results for the length of the roots. The genotypes Brazlândia Rosada and Batata Africana 1 obtained the bigger thickness of the shell with 0,11 cm. The genotype Georgia Improved (1,87) and Santa Sofia (1,92) showed the best formats. Of the ten genotypes studied only the CNPH 71 had shell color dark cream and only CNPH 53 had purple shell, for the rest 30 % had cream color shell and 50 % color pink shell. Regarding the color of the pulp, 80 % presents the cream pulp and 20 % dark cream. The genotype CNPH 53 (12,25) showed the best result for the brix content. Regarding the acidity the results were higher: Santa Sofia (2,37 %), CNPH 29 (2,53 %), CNPH 53 (2,76 %) and CNPH 71 (3,10). The ratio reason of this study showed the best results for the treatment CNPH 53 (4,42), Santa Sofia (4,25), CNPH 29 (4,24) and CNPH 71 (4,17), and the earliest genotypes from studied. Just Princesa (70,18) and CNPH 29 (70,91) presents moisture content close to 70 %. The genotypes CNPH 53 (11,98 %), Princesa (11,38 %), CNPH 29 (10,39 %) and Georgia Improved (9,78 %) stood out as the most promising obtaining the highest percentages starch. Commercial productivity estimated, moisture and starch obtained heritability values above 90 % and values greater than 1 for the reason CVg/CVe, with indication of low environmental effect and effective selection for these characteristics, even using simple breeding methods. In the second experiment we used a randomized block in simple arrangement, with 10 treatments, 3 repetitions, 5 plants of sweet potato per plot to Meloidogyne incognita and 3 plants of sweet potato per plot for Meloidogyne paranaensis. We evaluated 10 genotypes: Princesa (CNPH 3), Roxinha (CNPH 5), Brazlândia Rosada (CNPH 9), Georgia Improved (CNPH 31), Balão (CNPH 46), CNPH 53, Batata Africana 1 (CNPH 61), Batata Correntina n° 24 (CNPH 66), CNPH 80 and Palmeira (CNPH 1796). The analyzed characteristics were: weight of shoot fresh mass, weight of shoot dry mass, weight of root fresh mass, number of eggs per share, number of eggs per plant, eggs per gram of root, number of egg masses, reproduction factor and degree of resistance. In the experiment with M. incognita the genotype CNPH 53 was the most promising for weight of shoot fresh mass (14,33 g), the genotype Georgia Improved stood out to the weight of shoot dry mass (4,33 g) and the genotype Brazlândia Rosada had the best performance for weight of root fresh mass (12,64 g). All genotypes studied showed resistant based on the analysis of the reprodution factor, but in relation to the number of egg masses these same genotypes showed susceptible. In the experiment with Meloidogyne paranaensis the genotype CNPH 53 showed the strongest both in relation to weight of shoot fresh mass (26,39 g), as for weight of shoot dry mass (5,83 g), while the genotypes Brazlândia Rosada (16,11 g) and Batata Correntina nº 24 (15,00 g) stood out to weight of fresh root mass. The genotype CNPH 80 showed resistant with respect to the mass number of eggs, and all other susceptible. The genotypes CNPH 80, Georgia Improved, Balão, Princesa and CNPH 53 were resistant looking to reproduction factor, while the remainder were susceptible. The genotype CNPH 80 was the only one that demonstrated resistance to M. paranaensis both on the reproduction factor, as the number of egg masses.

Orientador: Rumy Goto
Coorientador: Roberto Lyra Villas Bôas
Coorientador: Silvia Renata Siciliano Wilcken
Banca: Giuseppina Pace Pereira Lima
Banca: Adalton Mazetti Fernandes
Banca: Sonia Maria Nalesso Marangoni Montes
Banca: Regina Marta Evangelista
Resumo: Foram avaliados oito clones de batata-doce quanto à resistência aos nematoides formadores de galhas, produtividade e características físicas e físicoquímicas. O primeiro experimento foi realizado em casa de vegetação com delineamento experimental de blocos casualizados em fatorial 9 x 2, com oito clones (BRS Amélia, Beauregard, CNPH 1298, CNPH 1358 e CNPH 1365 de polpas alaranjadas; Canadense, Uruguaiana e CNPH 1195de polpas brancas), uma testemunha (tomate 'Rutgers') e duas épocas de plantio (verão e inverno) para três populações de nematoides de galhas: Meloidogyne enterolobii, Meloidogyne incognita e Meloidogyne javanica. Foram avaliados o fator de reprodução (FR) e a reação dos acessos (RA). O segundo experimento foi conduzido em campo com delineamento experimental de blocos ao acaso em fatorial 8 x 2, com oito clones e duas estações (primavera e verão). Foram avaliados: produtividade total (t ha-1), produtividade comercial (t ha-1), refugo (t ha-1), comprimento (cm), diâmetro (cm), massa (g), cor da película e cor da polpa. Para as avaliações químicas e bioquímicas foram utilizadas as amostras de batata-doce apenas do cultivo do verão, onde foram avaliados: pH, AT (%), SS (°Brix), ratio, açúcar total (%), açúcar redutor (%), sacarose (%), amido (%), matéria graxa (%), proteína total (%), fibra (%), umidade (%), cinzas (%), antioxidante total (%), compostos fenólicos (mg de ácido gálico.100g-1), antocianinas (mg.100g-1), carotenoides totais (mg.100g-1) e betacaroteno (mg.100g-1). No primeiro experimento, os clones CNPH 1298, CNPH 1358 e CNPH 1365 de cor de polpa alaranjada e os clones CNPH 1195, Canadense e Uruguaiana de cor de polpa branca foram resistentes a M. enterolobii e a M. incognita nas duas estações. O clone BRS Amélia foi resistente somente a M. enterolobii, e de forma semelhante, o clone Beaureg... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Eight sweet potato clones were evaluated regarding the resistance to root-knot nematodes, productivity and physical and physicochemical characteristics. The first experiment was made in greenhouse with experimental design of randomized blocks in 9 x 2 factorial, with eight clones (orange-fleshed BRS Amélia, Beauregard, CNPH 1298, CNPH 1358 and CNPH 1365; white-fleshed Canadense, Uruguaiana and CNPH 1195, one control ('Rutgers' tomato) and two growing seasons (summer and winter) for three root-knot nematode populations: Meloidogyne enterolobii, Meloidogyne incognita and Meloidogyne javanica. The reproduction factor (FR) and the accessions reaction (RA) were evaluated. The second experiment was carried out in field with experimental design of randomized blocks in8 x 2 factorial, with eight clones and two seasons (spring and summer). Total yield(t ha-1), commercial yield (t ha-1), noncommercial yield (t ha-1), length(cm), diameter (cm), mass (g), pH, TA(%), SS (°Brix), ratio, total sugar (%), reducing sugar (%), saccharose (%), starch (%), lipids (%), total protein (%), fiber (%), moisture (%), ash (%), total antioxidant (%), phenolic compounds (mg of gallic acid.100g-1), anthocyanins (mg.100g-1), skin color, flesh color, total carotenoids (mg.100g-1) and betacarotene (mg.100g-1). In the first experiment, the orange fleshed clones CNPH 1298, CNPH 1358 and CNPH 1365 and the white-fleshed clones CNPH 1195, Canadense and Uruguaiana were resistant to M. enterolobii and M. incognita in both seasons. The clone BRS Amélia was only resistant to M. enterolobii and, in a similar way, the clone Beauregard was only resistant to M. incognita in both seasons. Concerning the M. javanica, onlythe orange-fleshed clones (BRS Amélia, Beauregard, CNPH 1195, CNPH 1298, CNPH 1358 and CNPH 1365) showed resistance. In the second experiment on the yield characteristics... (Complete abstract click electronic access below)
Doutor

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-04T13:58:14Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 801640 bytes, checksum: 06d1e3e006466e6af38af20c850be037 (MD5)
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
Práticas culturais inadequadas e materiais genéticos suscetíveis a pragas e doenças são causas da baixa produtividade de Ipomoea batatas (L.) Lam. (Convolvulaceae). Tetranychus ludeni Zacher (Acari: Tetranychidae), espécie polífaga, foi observado causando danos nessa hortaliça. A identificação e o desenvolvimento de resistência em plantas hospedeiras é uma prática sustentável para o manejo integrado de pragas (MIP). O objetivo foi identificar genótipos de I. batatas, do banco de germoplasma da Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri (UFVJM), resistentes a Tetranychus ludeni Zacher (Acari: Tetranychidae) e identificar caracteres morfológicos envolvidos na resistência dos genótipos de I. batatas. O setor de Olericultura da UFVJM possui um banco de germoplasma com 54 genótipos de batata-doce em vasos em casa de vegetação. Três folhas infestadas, de cada genótipo, foram coletadas para análise da infestação por este ácaro. Caracteres morfológicos que podem estar envolvidos no processo de resistência a T. ludeni como, o número de tricomas foliares, quantidade de cera epicuticular nas folhas, área foliar e espessura da cutícula e da parede celular da epiderme, foram analisados nos cinco genótipos de batata-doce mais suscetíveis (BD 29, BD 08, BD 57, BD 17 e Espanhola) e nos cinco menos suscetíveis à esse ácaro (BD 03, BD 31 TO, Brazlândia Branca, Marmel e BD 33). Os genótipos de I. batatas, apresentaram diferentes graus de resistência a T. ludeni formando três grupos: altamente, medianamente e pouco suscetíveis à esse ácaro. O genótipo BD 29, de I. batatas, foi altamente suscetível, os BD 08, BD 57, BD 17 e Espanhola medianamente e os demais pouco suscetíveis a T. ludeni. Os genótipos, exceto o BD 29, apresentaram folhas glabras. A quantidade de cera extraída foi menor nos mais suscetíveis a T. ludeni. A área foliar dos genótipos BD 29 e BD 17 foram maiores. A resistência ou suscetibilidade a T. ludeni não apresentou correlação com a espessura da cutícula e da parede celular dos genótipos de batata-doce. Folhas glabras com menor área foliar e maior quantidade de cera epicuticular por folha aumentam a resistência dessa planta a T. ludeni.
Inadequate cultural practices and genetic materials susceptible to pests and diseases are causes of low productivity of Ipomoea batatas (L.) Lam. (Convolvulaceae). Tetranychus ludeni Zacher (Acari: Tetranychidae), polyphagous species, was observed causing damage to this vegetable. The identification and development of resistance in host plants is a sustainable practice for integrated pest management (IPM). The objective was to identify genotypes I. batatas, the germplasm bank of the Federal University of the Jequitinhonha and Mucuri (UFVJM), resistant to Tetranychus ludeni Zacher (Acari: Tetranychidae) and identify morphological characters involved in the genotypes resistance of in the I. batatas. The Vegetable Crops sector of UFVJM has a germplasm bank with 54 sweet potato genotypes in pots in the greenhouse. Three infested leaves of each genotype were collected for analysis of infestation by this mite. Morphological characters that may be involved in the process of resistance to T. ludeni as the number of leaf trichomes, amount of epicuticular wax on the leaves, leaf area and thickness of the cuticle and cell wall epidermis, were analyzed in five genotypes of potato sweet more susceptible (BD 29, BD 08, BD 57, BD 17 and Espanhola) and five less susceptible to this mite (BD 03, BD 31 TO, Brazlândia Branca, Marmel and BD 33). The genotypes of I. batatas, showed different degrees of resistance to T. ludeni forming three groups: highly, averagely and little susceptible to this mite. The BD genotype 29, of I. batatas was highly susceptible, the BD 08, BD 57, BD 17 and Espanhola moderately and the others little susceptible to T. ludeni. The genotypes except the BD 29, showed leafs glabrous. The amount of extracted wax was lower in genotypes more susceptible to T. ludeni. The leaf area of the BD 29 and BD 17 genotypes were higher. The resistance or susceptibility to T. ludeni not submitted correlated with the thickness of the cuticle and cell wall of sweet potato genotypes. Glabrous leaves with smaller leaf area and greater amount of epicuticular wax per leaf increase resistance of this plant to T. ludeni.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2005.
Submitted by samara castro (sammy_roberta7@hotmail.com) on 2010-10-02T00:00:26Z No. of bitstreams: 1 2005-Artur Ferreira Lima neto.pdf: 1183027 bytes, checksum: 8ea325891bb555a3107e53a78c98e986 (MD5)
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Cultivares e clones de batata (Solanum tuberosum L.) foram avaliados de 2002 a 2004 na Embrapa Hortaliças, Brasília-DF, para resistência à murcha bacteriana em campo naturalmente infestado com a raça 1, biovar 1 de Ralstonia solanacearum. Os testes de avaliação foram conduzidos com as cultivares atualmente mais plantadas no Brasil e com conjuntos de clones relatados como resistentes no Brasil e em outras partes do mundo. Em todos os experimentos, a doença foi avaliada pela incidência de plantas murchas em intervalos que permitiram a construção de curvas de progresso da doença para cada genótipo. A partir dessas, foram calculadas as áreas abaixo das curvas de progresso da doença (AACPD), valores usados para a realização das análises estatísticas por meio do programa SAS, que permitiram a comparação da resistência dos genótipos. Os genótipos mais resistentes nos ensaios foram os clones ‘MB 03’ e ‘MB 9846-01’, selecionados na Embrapa Hortaliças, e ‘Cruza 148’, padrão internacional de resistência originário do México. Nesses clones a incidência da doença ficou abaixo de 10%, 100 dias após o plantio. Dentre as cultivares, destacou-se ‘Achat’, com cerca de 30% de plantas murchas, valor significativamente superior ao dos clones acima mencionados, porém inferior ao das cultivares Monalisa, Atlantic, Bintje e Ágata, amplamente cultivadas no Brasil, e que apresentaram acima de 80% das plantas murchas. Observou-se que menores valores de AACPD correspondiam a um atraso no início do aparecimento dos sintomas da doença. Somente os clones ‘MB 03’ e ‘Cruza 148’ e a cultivar Achat apresentaram produção satisfatória devido à alta infestação do solo com o patógeno. Em outro experimento, 28 genótipos tidos como resistentes à murcha bacteriana e mantidos na Lista de Patógenos Testados (Pathogen Tested List) do Centro Internacional de la Papa (CIP), foram introduzidos in vitro, multiplicados em vasos em casa de vegetação e então avaliados em campo infestado com a biovar 1 de R. solanacearum. Os genótipos ‘Mabondo’ e ‘BW 8’ se destacaram nas condições avaliadas e poderão, juntamente com os clones MB-03, Cruza 148 e MB 9846-01, ser incluídos em programas de melhoramento com a finalidade de transferir genes de resistência para cultivares de batata. Os clones MB 03, 384515-1, MB 9721-01 e Cruza 148, anteriormente selecionados como resistentes na Embrapa Hortaliças, foram cruzados com as cultivares Monalisa, Baraka e Asterix para gerar genótipos que combinassem resistência e boas características agronômicas. Dos 200 clones selecionados para tipo de tubérculos em campo comercial em Cristalina - GO, somente dois apresentaram bom desempenho quando cultivados em campo infestado na Embrapa Hortaliças, indicando que essa metodologia não é adequada para seleção de genótipos resistentes. Este resultado levou à recomendação da seleção para resistência como fase anterior à seleção para tipo de tubérculo de modo que não se eliminem genótipos com níveis satisfatórios de resistência. Adicionalmente foi avaliada a resistência à murcha bacteriana em 128 acessos da coleção mundial de Solanum chacoense, procedentes do Inter-Regional Potato Introduction, Sturgeon Bay, Madison, EUA. De 1.792 clones avaliados, seis foram selecionados como apresentando resistência à biovar 1 de R. solanacearum. Posteriormente, esses clones foram testados para outros isolados das biovares 1 e 2, procedentes de diferentes regiões do Brasil. Reação diferencial entre isolados e clones foram verificadas, mostrando que a resistência em S. chacoense é específica para diferentes estirpes do patógeno. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT
Selected potato (Solanum tuberosum L.) clones and cultivars were screened from 2002 to 2004 in Brasilia, DF, for resistance to bacterial wilt in a field naturally infested with race 1, biovar 1 or Ralstonia solanacearum. The objective of the experiment was to screen the most important cultivars grown in Brazil in comparison with clones previously selected as resistant at Embrapa Vegetables Experiment Station or elsewhere. In the field experiments, disease incidence was assessed in intervals which allowed the construction of disease progress curves for each genopype. The genotypes were statistically compared using the means of the values of the areas under the disease progress curves (AUDPC) calculated using a SAS program. The most resistant genotypes were clones MB-03 and MB 9846-01, previously selected at Embrapa Vegetables, and Clone 148, an international resistant reference from Mexico. All of them showed less than 10% wilt incidence 100 days after planting. Confirming previous results, ‘Achat’ was the most resistant cultivar, with 30% of disease incidence, a value statistically higher than those of the resistant clones. However, bacterial wilt incidence of ‘Achat’ at the end of the plant cycle was significantly lower than those of cultivars Monalisa, Atlantic, Bintje and Agata, with values always above 80%. It was observed that genotypes with lower values of the AUDPC presented symptoms later in the season as compared to susceptible genotypes. Because inoculum density was high in the experimental condition, yields were obtained only for ‘Achat’ and for the resistant clones. In another experiment, 28 genotypes indicated as resistant to bacterial wilt in CIP’s Pathogen Tested List were introduced as in vitro plantlets, multiplied in pots in a screenhouse and then evaluated for resistance upon planting in the same naturally infested field in Brasilia (race 1, biovar 1). Bacterial wilt incidence varied substantially among the genotypes, confirming the idea that screening for bacterial wilt resistance should be done locally. In this trial, only ‘Mabondo’ and ‘BW 8’ were comparable in terms of resistance to the clones selected at Embrapa Vegetables and can be also considered as important sources of resistance in breeding programs. In another experiment, clones MB 03, 384515-1, MB 9721- 01 and Cruza 148, previously selected as resistant at Embrapa Vegetables, were crossed with cultivars Monalisa, Baraka and Asterix in order to combine resistance with acceptable tuber characteristics. From 200 clones selected for tuber characteristics in a disease-free commercial field at Cristalina, GO, only two survived when planted in the infested field in Brasilia. This result indicated that screening to bacterial wilt should be done previously to for commercial characteristics in order to prevent loss of highly resistant clones that do not have good tuber appearance. Additionally, 128 accessions of the world collection of Solanum chacoense, originated from the the Inter-Regional Potato Introduction, Sturgeon Bay, Madison, WI, USA, were evaluated for bacterial wilt resistance (race 1, biovar 1) under screenhouse at Embrapa Vegetables. From 1,792 clones screened, only six were selected. These were later challenged with isolates of biovars 1 and 2 from distinct regions of Brazil. An interaction between isolates and clones indicated that resistance in S. chacoense is specific to different strains of R. solanacearum.

Resumo: Com o objetivo de se estudar o efeito do virus do enrolamento da folha da batata (PLRV) sobre a producao de plantas de batata (Solanum tuberosum L. var. Bintje) em diferentes niveis de adubacao potassica, instalou-se um experimento em casa de vegetacao, em um solo Cambissolo A proeminente. Utilizou-se como tratamentos: 05 doses de K2O (0, 75, 150, 300 e 600 Kg/ha) em duas series de investigacao (plantas com virus e sem virus). Foram determinados a producao de materia seca da parte aerea e de tuberculos, concentracao dos macroelementos na parte aerea e nos tuberculos, producao de amido e producao de tuberculos. 0 delineamento utilizado foi o de blocos ao acaso, com os tratamentos analisados segundo esquema fatorial. 0s resultados obtidos permitiram concluir que: as plantas infectadas pelo virus apresentaram producao de materia seca da parte aerea significativamente maior que as plantas sadias e producao de materia seca de tuberculos, producao de amido e producao de tuberculos menores que as plantas sadias, nao sendo essas producoes alteradas significativamente pelo fornecimento de K2O, tanto para planta sadia como para infectada. Ocorreu reducao nos teores de N, P e K e aumento no teor de Mg no tecido foliar das plantas infectadas, ocorrendo tambem reducao nos teores de P e Mg nos tuberculos destas mesmas plantas. 0 teor de K no tecido foliar foi aumentado, enquanto o teor de Ca e Mg neste tecido foram diminuidos com o fornecimento de K2O ao solo. 0s teores de K e Mg nos tuberculos foram aumentados como este fornecimento. As plantas sadias e infectadas apresentaram comportamento diferenciado com relacao ao teor de Mg foliar frente os niveis de K2O fornecidos, onde as plantas infectadas apresentaram uma queda mais acentuada no teor de Mg foliar com o fornecimento inicial de K2O ao solo, que as plantas sadias. Os teores dos diferentes elementos analisados, tanto em plantas sadias como infectadas, poderiam ser considerados como nao estando no limite da toxicidade ou deficiencia.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2008.
Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2009-09-17T19:50:29Z No. of bitstreams: 1 2008_PatriciaPereiraSilva.pdf: 2214500 bytes, checksum: c57f837d9a164c820bf25114f49e7812 (MD5)
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A batata (Solanum tuberosum) é um dos alimentos mais consumidos no mundo, depois do arroz, trigo e milho. Sua produção pode ser afetada por fatores bióticos e abióticos, sendo que, em relação aos patógenos, os vírus se encontram entre os mais importantes causando rápida degenerescência dos tubérculos, após multiplicação em campo. O vírus Potato Vírus Y ( PVY) espécie-tipo do gênero Potyvirus tem sido o principal vírus da cultura nos últimos anos. O complexo PVY é formado por várias estirpes que atacam a batateira como: PVYO ( grupo comum), PVYN ( grupo necrótico) e PVYC , sendo essa última ainda não encontrado na Brasil. Ainda existe o sub-grupo necrótico, PVYN:O que causa necrose de nervura em fumo e pode ou não causar necrose em tubérculos de batata. Outro membro do subgrupo necrótico é o PVYNTN, que induz além de mosaico nas folhas, sintomas de anéis em tubérculos. Atualmente, o PVYNTN é o principal vírus ocorrendo em batateira no Brasil e em várias partes do mundo. No Brasil já foram relatados isolados apresentando características bio-sorologicas diferentes, porém, não há dados na literatura sobre suas características moleculares. Devido a esse desconhecimento da diversidade do complexo do PVY no Brasil, neste trabalho foram realizados estudos comparativos, biológicos e moleculares, entre duas estirpes classificadas como PVYN e PVYO e dois isolados do subgrupo necrótico PVYNTN. Esses isolados foram coletados em diferentes regiões produtoras do país sendo designados ITA (Itapetininga-SP), VGS (Vargem Grande do Sul-MG) OBR (região Centro-Oeste) e NBR (região Centro-Oeste). O primeiro passo realizado foi à purificação biológica dos isolados através de diluições seriadas do inóculo, sendo posteriormente, conduzido um estudo de avaliação dos sintomas em oito variedades de batata. Todos os isolados causaram sintomas de mosaico e deformação foliar nas plantas variando em sua intensidade. Em geral, o PVYO (isolado OBR) induziu necrose de nervuras e mosaico, o PVYN (NBR) encurtamento do pecíolo e leve deformação foliar e os isolados de PVYNTN (ITA e VGS) mosaico, deformação foliar e sintomas de anéis nos tubérculos. O isolado VGS, PVYNTN, induziu também sintomas de intensa deformação foliar (topo-crespo ou bouquet) nas variedades Canoinhas, Monalisa e Mondial. Já no estudo molecular foi realizado o sequenciamento de vários genes e regiões não-codantes dos isolados, sendo que o sequenciamento completo dos quatros isolados encontra-se em fase de conclusão. Os resultados das comparações de identidades de nucleotídeos das regiões genômicas seqüenciadas e dos grupamentos obtidos a partir das árvores filogenéticas produzidas, permitem concluir até o momento, que os isolados brasileiros apresentam relacionamento filogenético com isolados americanos e com isolados europeus. O compartilhamento de seqüências desses dois grupos geograficamente distintos pode estar relacionado à importação histórica de batata semente pelo Brasil de países dos dois continentes. Ficou evidente que os isolados do subgrupo PVYNTN possuem seu genoma constituído por uma mistura de segmentos genômicos com traços de PVYN e PVYO. Também foi observado que as regiões do genoma que formam a 5’UTR, 6K1, 6K2, CP e 3’ UTR parece não estarem correlacionadas com a expressão de sintomas. Por outro lado, as regiões VPg, NIa e NIb, podem ser responsáveis pela indução de sintomas de necrose em tubérculos de batata com maior frequência nos isolados PVYNTN, quando comparados com isolados do subgrupo PVYN:O . No entanto, a variabilidade encontrada indica a região P1 com maior potencial para ser empregada no estudo de expressão de sintomas. Porém, somente com a conclusão do sequenciamento completo do genoma dos isolados brasileiros, possibilitando a localização de eventos de seleção e possível recombinação nas proteínas virais e regiões reguladoras permitirá obtermos conclusões sobre a evolução do complexo PVY no país. Essas comparações poderão contribuir para e elucidação das diferenças entre isolados brasileiros e aqueles provenientes de outros países e para o entendimento dos fatores que levam o PVY a produzir variantes. O conhecimento da diversidade de isolados do complexo PVY no Brasil, sem dúvida contribuirá para o estudo epidemiológico dessa virose, assim como, para o estabelecimento de métodos de manejo das infecções virais por estirpes de PVY em condições de campo. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT
Potato (Solanum tuberosum) is one of the most consumed foods in the world, next to rice, wheat and maize. The production can be affected by biotic and abiotic factors. Viruses are one of most important pathogens because it can cause rapid degeneration of the tubers, after multiplication in the field. PVY has been the main virus species causing severe losses in potatoes in the last six years. The PVY strains infecting potato are: PVYO (ordinary group), PVYN(necrotic group) and PVYC, this last strain has not yet been found in Brazil. There is the sub-group necrotic, PVYN, which causes necrosis when inoculated in tobacco plants and may or may not cause necrosis in potato tubers. The other member of the subgroup is the necrotic PVYNTN, which induces mosaic on the leaves and necrotic ringspot in potato tubers. In Brazil PVYNTN was isolated presenting different biological and serological features, but no molecular characteristics has been published. Because of this lack study in the PVY complex in Brazil, this work carried out comparative studies, of molecular and biological characteristics, between two strains, a PVYN and a PVYO (denoted OBR - Center-West region) e NBR (denoted OBR also from Center-West region of Brazil) two isolates of the subgroup PVYNTN. Denoted ITA (Itapetininga-SP), VGS (Vargem Grande do Sul- MG). For the biological studies an assessment of symptoms in eight varieties of potatoes was made. All isolates caused symptoms of mosaic and leaf deformation on plants varying in its intensity. In general, the PVYO induced veinal necrosis and mosaic, the PVYN shortening of the leaf petiole and mild deformation and PVYNTN caused mosaic, leaf deformation and necrotic rings in the tubers. The VGS isolate PVYNTN, also induced symptoms of intense leaf deformation (bouquet) in the potato varieties Canoinhas, Monalisa and Mondial. In the molecular study the sequencing of several protein isolates was performed and the complete sequencing of four isolated is being completed. Based on the results obtained we can conclude so far, that the Brazilians isolates shared phylogenetic relationships with Americans and Europeans isolates, probably as a consequence of seed potato imports from these countries that allowed virus introduction in Brazilian potatoes fields. The genome of the isolates belonging to the subgroup of PVYNTN consists of a mixture of segments present in PVYN and PVYO genomes. We also observed that the protein regions 5'UTR, 6K1, 6K2, VPg, NIa, NIb, CP AND 3 'UTR are not correlated with the expression of symptoms, and that regions VPg, NIa and NIb, may be responsible for induction of symptoms of necrosis in potato tubers, more frequently in the isolate PVYNTN when compared with isolate from the subgroup PVYN. The region P1 seems to be a putative candidate to study the expression of symptoms. More will be needed to complete the sequencing of the genome of the PVY strains to determine the selection pressure for protein mutation and virus recombination and thereby determine their roles and understand their biological role in the field. The elucidation of biological and molecular characteristics of PVY variants can provide better strategies and establish methods of management of viral infection under field conditions.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-14T12:52:08Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 268871 bytes, checksum: beaffd937f002b4fb7644cfe54033395 (MD5)
Made available in DSpace on 2016-06-14T12:52:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 268871 bytes, checksum: beaffd937f002b4fb7644cfe54033395 (MD5) Previous issue date: 2003-03-10
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Dentre as aplicações de computadores, em Fitopatologia, destacam-se os Sistemas Especialistas (SE), com ênfase na diagnose de doenças de várias culturas. Na cultura da batata, ocorrem vários problemas fitossanitários, principalmente doenças, que, não raro, são de difícil diagnose. Há deficiência de ferramentas informatizadas para a diagnose destes problemas. Assim, desenvolveu-se um SE para diagnose de doenças da batateira, que objetiva dar suporte a técnicos da extensão, na tomada de decisão, e auxiliar a docentes, como ferramenta educativa. Dividiu-se o desenvolvimento do SE em cinco fases independentes: i) seleção do problema; ii) aquisição do conhecimento; iii)organização do conhecimento e desenvolvimento do protótipo; iv) desenvolvimento do SE completo; e v) avaliação. O SE, denominado Sistema Especialista para Diagnose de Doenças da Batateira (SEDDB), contém 60 perguntas, 104 regras, 150 fotografias, glossário com 45 termos, e auxilia no diagnóstico de 33 doenças. Na construção do protótipo do SE, consultaram-se seis especialistas em doenças da batateira e utilizou-se o shell Expert Sinta, para verificação da lógica interna, e o software Delphi ® (versão 6.0), para o desenvolvimento da interface. Na fase de validação, participaram 54 estudantes, entre pós-graduandos em Fitopatologia e agronomandos. Os pós-graduandos tiveram índice de acerto médio na diagnose de 57,02% e de 73,00%, sem e com a utilização do SEDDB, respectivamente. Com o uso do SEDDB, os agronomandos obtiveram acerto médio de 69,14%, superior àquele obtido pelos pós-graduandos, sem a utilizarem o SE, na diagnose do mesmo grupo de doenças.
Expert Systems (ES) are being used in plant pathology, mostly to diagnosis various crop diseases. Potato plants are subjected to several important helth problems, especially diseases that quite frequently are difficult to diagnose. There is few computer tools specially designed to diagnosis potato diseases. Therefore an ES was development to diagnosis potato diseases, aiming to help extension agents, as a decision tool, and plant pathology lecturers, as an educational tool. The development of the ES, planned to help diagnosing of 33 diseases, was divided into five independent phases: i) problem selection; ii) acquisition of the knowledge; iii) organization of the knowledge and prototype development; iv) ES development; and v) ES evaluation. The ES, called Expert System to Diagnosis Potato Plant Diseases (SEDDB), includes 60 queries, 104 rules, 150 photographs, and a glossary with 45 terms. Throughout SEDDB construction, six specialists in potatoes diseases were consulted. The ES internal logic verification was through the shell Expert Sinta and the interface development was using the software Delphi ® (version 6.0). A total of 54 MS students in Plant Pathology and Agronomy undergraduate students participated in the ES validation. The graduate student’s accuracy in diagnosing diseases was 57,02% and 73,00%, with and without using SEDDB, respectively. To diagnose the same group of diseases, the undergraduate student’s accuracy using SEDDB was 69,14%, which was higher than graduate student’s accuracy without using the ES.
Dissertação antiga

Weed competition occurs during potato planting and development, demanding for the application of specific herbicides, especially pre-emergent ones. There are few herbicides registered for this crop and the cultivars present different selectivity levels to them. Thus, the study of selectivity and weed management are fundamental for obtaining high yields. This study evaluated the selectivity and weed control with the use of pre-emergent herbicides on potatoes. Two experiments were done in Perdizes-MG, using the cultivar Innovator. The first one was installed on August 2014 to evaluate pre-emergent herbicide selectivity to potatoes. Treatments consisted of a control, a hoed control, metribuzin (240 g ha-1), metribuzin (480 g ha-1), linuron (450 g ha-1), linuron (990 g ha-1), diclosulan (25.2 g ha-1), imazetapir (700 g ha-1), prometrine (1000 g ha-1), clomazone (360 g ha-1), clomazone + carfentrazone (300 + 7.5 g ha-1), clomazone + carfentrazone (600 + 15 g ha-1) and sulfentrazone (125 g ha-1). The second experiment was installed on March 2015 using pre-emergent herbicides to evaluate the control of weeds. Treatments consisted of a control, a hoed control, clomazone (360 g ha-1), metribuzin (480 g ha-1), linuron (990 g ha-1), clomazone + metribuzin (360 + 480 g ha-1), and clomazone + linuron (360 + 990 g ha-1). Both experiments were done as randomized blocks with four replications. Plant vegetative development, phytotoxicity and weed control were evaluated 10 and 30 days after shoot emergence (DAE), while total soluble solids, yield and classification were evaluated after harvest. Averages were compared by the Tukey test at 5% significance. The herbicides evaluated for selectivity, in the first trial, did not affect plant development. The herbicides metribuzin, diclosulan and imazetapir presented high phytotoxicity, lowe soluble solids contents and lower yield, and were considered as less selective. In contrast, the herbicides linuron and clomazone were not phytotoxic, did not affect soluble solids contents and did not cause crop yield reduction, and were considered more selective to this potato cultivar. The herbicides evaluated for weed control, in the second experiment, alone or in association, provided 100% control for the species Eleusine indica and Digitaria horizontalis. The best control of Commelina benghalensis, was obtained with clomazone alone or in association with metribuzin or linuron. Plots treated with clomazone presented phytotoxicity at 10 DAE; however, plants recovered from it at the 30 DAE evaluation. . The greatest yields were observed in treatments with clomazone and metribuzin applied by themselves. However, metribuzin reduced total solids contents, which affects potato industrial yield. Therefore, for this potato cultivar, the herbicides conserved more selective were clomazone and linuron, applied alone or in association.
Durante a implantação e o desenvolvimento da cultura da batata ocorre competição por plantas infestantes, exigindo aplicações de herbicidas específicos, principalmente pré-emergentes. Existem poucos herbicidas registrados para esta cultura e as cultivares apresentam diferentes níveis de seletividade a esses herbicidas. Por tanto, o estudo da seletividade e o manejo das plantas infestantes são fundamentais para obtenção de elevadas produtividades. O objetivo deste trabalho foi avaliar a seletividade e o controle de plantas infestantes com a utilização de herbicidas pré-emergentes na cultura da batata. Para isto, foram instalados dois experimentos em Perdizes-MG utilizando a cultivar Innovator. O primeiro foi instalado em agosto de 2014 com o objetivo de avaliar a seletividade dos herbicidas pré-emergentes na cultura da batata. Os tratamentos consistiram em testemunha, testemunha capinada, metribuzin (240 g ha-1), metribuzin (480 g ha-1), linuron (450 g ha-1), linuron (990 g ha-1), diclosulan (25,2 g ha-1), imazetapir (700 g ha-1), prometrina (1000 g ha-1), clomazone (360 g ha-1), clomazone + carfentrazone (300 + 7,5 g ha-1), clomazone + carfentrazone (600 + 15 g ha-1) e sulfentrazone (125 g ha-1). O segundo experimento foi instalado em março de 2015 utilizando os herbicidas pré-emergentes com objetivo de avaliar o controle de plantas infestantes. Os tratamentos consistiram em testemunha, testemunha capinada, clomazone (360 g ha-1), metribuzin (480 g ha-1), linuron (990 g ha-1), clomazone + metribuzin (360 + 480 g ha-1), clomazone + linuron (360 + 990 g ha-1). Os dois experimentos foram realizados em delineamento de blocos casualizados com quatro repetições. Foram realizadas avaliações de desenvolvimento vegetativo, fitotoxicidade e controle de plantas infestantes aos 10 e 30 dias após emergência das hastes (DAE), teor de sólidos solúveis, produtividade e classificação após a colheita. As médias foram comparadas pelo teste de Tukey a 5% de significância. Com relação à seletividade avaliada no primeiro ensaio, os herbicidas não afetaram desenvolvimento das plantas. Os herbicidas metribuzin, diclosulan e imazetapir apresentaram elevada fitotoxicidade, menor teor de sólidos solúveis e menor produtividade, sendo assim considerados menos seletivos. Ao passo que linuron e clomazone, não proporcionaram fitotoxicidade, não afetaram o teor de sólidos solúveis e não proporcionaram redução de produtividade, sendo dessa forma considerados mais seletivos para esta cultivar. Já no segundo ensaio, no qual objetivou-se avaliar o manejo de plantas infestantes, os herbicidas tanto isolados como em associação apresentaram controle de 100% para as espécies Eleusine indica e Digitaria horizontalis. Para o controle de Commelina benghalensis, clomazone isolado ou em associação com metribuzin ou linuron proporcionaram melhor controle. Parcelas tratadas com clomazone apresentaram sintomas de fitotoxicidade aos 10 DAE, porém as plantas se recuperaram aos 30 DAE. Os maiores níveis de produtividade foram observados nos tratamentos com clomazone e metribuzin aplicados isolados. No entanto, metribuzin reduziu o teor de sólidos solúveis, o que afeta o rendimeno industrial. Dessa forma, para esta cultivar os herbicidas considerados mais seletivos foram clomazone e linuron, aplicados isolados ou em associação.
Mestre em Agronomia

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2016.
Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-23T16:54:31Z No. of bitstreams: 1 2016_HeyderMonteiroLopes.pdf: 1181581 bytes, checksum: da37e0d21fa18c04d00cdd6313474a03 (MD5)
Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-06-25T20:42:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_HeyderMonteiroLopes.pdf: 1181581 bytes, checksum: da37e0d21fa18c04d00cdd6313474a03 (MD5)
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O milho é hospedeiro de um grande número de artrópodes-praga, a exemplo da lagarta-do-cartucho do milho e das lagartas das espigas. No caso do milho doce, alternativas para manejo desses grupos de pragas não estão disponíveis ou são escassas. Em relação às lagartas das espigas, a entrada recente da espécie Helicoverpa armigera no Brasil adicionou ainda mais complexidade ao manejo desse grupo de pragas. Desta forma, este trabalho avaliou a influência da aplicação de fosfito de potássio, em plantas de milho doce, bem como a influência da aplicação tópica sobre a lagarta-do-cartucho do milho, e determinou a diversidade genética de populações de Helicoverpa spp. de origens distintas. Ensaios foram realizados com a utilização de soluções a base de fosfito de potássio 00-40-20, nas concentrações de 2, 4 e 6 L por hectare, além da testemunha (água). Plantas da variedade Doce Cristal foram infestadas com lagartas neonatas sendo avaliado, em ensaios distintos, a sobrevivência de lagartas de Spodoptera frugiperda pela aplicação tópica, seu desenvolvimento (comprimento corporal, largura da cápsula cefálica e peso corporal), número e peso das pupas obtidas, viabilidade da fase larval e pupal, razão e proporção sexual e os teores foliares de macro e micro nutrientes acumulados pelas plantas. No caso dos estudos de divergência genética, 12 populações de lagartas de H. armigera e Helicoverpa zea provenientes das regiões Centro-Oeste, Sul e Sudeste do Brasil tiveram seus DNAs extraídos seguida da busca por diferenças genéticas entre as populações utilizando-se uma coleção de 100 pares de oligonucleotídeos iniciadores decâmeros (primers) de sequência arbitrária do RAPD-PCR. A pulverização de fosfito de potássio alterou a razão sexual de S. frugiperda com menor produção de machos, sendo esse efeito mais marcante nas doses de 2 e 6 L por hectare. A aplicação tópica de doses crescentes de fosfito de potássio aumentou a mortalidade de lagartas de segundo instar de S. frugiperda. O uso de fosfito de potássio alterou os teores foliares de fósforo, enxofre, cálcio e boro. Os resultados das análises de agrupamento utilizadas foram concordantes em formar três grupos populacionais de Helicoverpa spp.: um grupo contendo seis populações de H. zea e uma de H. armigera, outro formado por duas populações de H. armigera e um terceiro composto por duas populações de H. armigera e uma de H. zea. Foi observado baixa diversidade genética entre as populações de H. zea, sendo oposto ao que foi verificado entre as populações de H. armigera. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT
Corn is infested by a great number of arthropod-pests, including the fall armyworm and the corn earworms. Concerning sweet corn, many existing alternatives to manage these pests in common corn are still not available. Also, in face of the recent detection of H. armigera in Brazil, managing this group of pests became even harder. Hence, the objective of this study was to evaluate the influence of the application of potassium phosphite on sweet corn plants, as well as the influence of topical application over fall armyworm, and to assess the genetic diversity of Helicoverpa spp. populations collected in different regions. Bioassays were run with solutions of potassium phosphite 00-40-20, at the following concentrations: 0, 2, 4 and 6 L/ha. Sweet corn variety Doce Cristal was infested with caterpillars reared on artificial diet being evaluated, in different bioassays, the larval survival of Spodoptera frugiperda after the topical application, the development (width of head capsule, body size and weight), number and weight of the pupae obtained, larval and pupal viability, sexual ratio and the quantification of the foliar macro and micronutrients content in sweet corn plants. In the case of genetic divergence, twelve populations of H. armigera and Helicoverpa zea from Central part, South and Southeast of Brazil had their DNA extracted followed by the search of genetic differences among them by using a collection of 100 pairs of primers of RAPD-PCR. The pulverization of potassium phosphite changed the sexual ration of S. frugiperda resulting in less males, being this effect more remarkable on the treatments of 2 and 6 L per hectare. The topical application of increasing doses of potassium phosphite enhanced the mortality of second instar caterpillars of S. frugiperda. The use of potassium phosphite changed the foliar content of phosphorus, sulfur , calcium and boron. The results from all employed cluster analysis were similar, providing three major groups of Helicoverpa spp.: the first composed by six populations of H.zea and one of H. armigera; the second formed by two populations of H. armigera and the third with two H. armigera and one H zea populations. It was detected low genetic diversity among H. zea populations, the opposite being noticed among H. armigera populations.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Agronomia, 2017.
Texto parcialmente liberado pelo autor. Conteúdo restrito: Capítulos 5-Resultados; 6-Discussão e 7-Conclusões.
Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-07-25T14:06:48Z No. of bitstreams: 1 2017_MarcosViniciusZanon_PARCIAL.pdf: 666251 bytes, checksum: 2a167c1a3f48d2f44d9110f1756afc4f (MD5)
Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-11T21:18:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_MarcosViniciusZanon_PARCIAL.pdf: 666251 bytes, checksum: 2a167c1a3f48d2f44d9110f1756afc4f (MD5)
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As lagartas-da-espiga (Helicoverpa spp. e Spodoptera frugiperda Lepidoptera: Noctuidae) e a mosca-da-espiga (Euxesta spp. Diptera: Ulidiidae) são consideradas pragas-chave do milho doce, já que depreciam diretamente a qualidade do produto final. O controle de ambas é dificultado devido à alta polifagia e ao fato de que somente os adultos são expostos ao controle químico. Nesse contexto, é fundamental a exploração de outras formas de controle, tal como a resistência de plantas. O objetivo desse trabalho foi avaliar a resistência de híbridos de milho doce ao ataque de mosca-da-espiga e das lagartas-da-espiga, em duas condições de manejo de plantas daninhas. Os tratamentos foram arranjados em esquema fatorial de cinco híbridos (GSS 41243, GSS 3969, GSS 41499, GSS 42072 e Tropical Plus) x duas condições de manejo de plantas daninhas (sem e com a competição), sendo dispostos no delineamento em blocos ao acaso, com quatro repetições. Os insetos-praga foram monitorados durante o ciclo da cultura através da amostragem de 10 plantas por parcela, além da utilização de armadilha amarela adesiva para captura dos adultos de Euxesta spp e avaliação das espigas em relação ao ataque dessas pragas. As plantas daninhas presentes nas parcelas infestadas foram avaliadas em duas ocasiões em cada safra (2015 e 2016) em duas áreas de 0,7 metro quadrado localizadas nas entrelinhas da parcela, verificando a diversidade e densidade das espécies incidentes. Por ocasião do espigamento, foram colhidas cinco espigas em três diferentes fases em cada uma das safras avaliando a abundância dos insetos encontrados (fases imaturas), porcentagem de grãos perdidos em decorrência do ataque e características morfológicas das espigas (comprimento, diâmetro, peso com e sem palha e número de palhas). Os híbridos de milho doce apresentaram diferenças quanto à resistência aos insetos-praga estudados, sendo os mais resistentes GSS 3969 e GSS 41499 e o menos resistente o GSS 41243. Em relação às plantas daninhas, as parcelas onde estas estavam presentes foram basicamente dominadas por gramíneas em ambas as safras e sua presença reduziu o ataque das pragas da espiga e potencializou o ataque de S. frugiperda no início do ciclo de desenvolvimento do milho doce, quando o inseto causa desfolha às plantas. Existe associação entre o ataque das lagartas-da-espiga e de Euxesta spp. Existem causas morfológicas intrínsecas aos híbridos que explicam a diferença na suscetibilidade ou resistência dos genótipos.
The corn ear borers (Helicoverpa spp. and Spodoptera frugiperda Lepidoptera: Noctuidae) and the cornsilk fly (Euxesta spp. Diptera: Ulidiidae) are considered key pests of sweet corn because they can directly reduce final quality of the commercialized product. Effective control is hard to achieve due to their highly polyphagous feeding habit and restricted exposition, with only adults being truly exposed to chemical control. Hence, it is necessary to search for and explore alternative ways of control, including plant resistance. The goal of this study was to evaluate the resistance of sweet corn hybrids to the attack of cornsilk fly and corn ear borers in two conditions of weed management. Treatments were schemed as a factorial design of five hybrids (GSS 41243, GSS 3969, GSS 41499, GSS 42072 and Tropical Plus) x two management weed conditions (with and without competition) and arranged in randomized blocks with four replications. Insect-pests were monitored during crop development by sampling the shoot of 10 plants per plot, entrapping adults of Euxesta spp. in yellow sticky panels and evaluating the damage of both groups of pests in the ears. Weeds that occurred in infested plots were sampled in two different occasions in each season (2015 and 2016) by counting the density and the diversity of species found in two areas of 0.7 square meters placed between the plots’ rows. After silking stage, sampling of the pests were performed in five ears and in three different occasions within each season by evaluating the abundance of insects found (immature stages), percentage of damaged grains and morphological characteristics of the ears (length, diameter and weight with and without husks and number of husks). The sweet corn hybrids presented differences related to resistance to the insect-pests studied: GSS 3969 and 41499 were the most resistant hybrids while GSS 41243 was the less resistant. Concerning weed infestation, infested plots were basically dominated by grasses in both seasons and their presence reduced the attack of ear feeders in spite of increasing S. frugiperda’s attack at the beginning of sweet corn development, when the species feed on the leaves. There is an association between the attack of corn ear borers and cornsilk fly. There are some morphological traits intrinsic to the hybrids that account for the differences or susceptibility of the studied genotypes.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-03T16:25:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 264169 bytes, checksum: 7e0b0fa3ed22dc10518d5006802eb10c (MD5)
Made available in DSpace on 2017-05-03T16:25:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 264169 bytes, checksum: 7e0b0fa3ed22dc10518d5006802eb10c (MD5) Previous issue date: 2005-03-29
A requeima, causada por Phytophthora infestans, é uma doença destrutiva da batateira e do tomateiro. Há poucas informações quanto a potenciais fontes de inóculo primário do patógeno no Brasil. Os objetivos deste trabalho foram: determinar o tempo de sobrevivência do patógeno em hastes, folíolos e frutos de tomateiro em solo; verificar a especificidade de P. infestans por meio de teste centrífugo-filogenético com a inclusão de espécies nativas do Brasil e estudar a dinâmica temporal do inóculo de P. infestans no ar. Avaliou-se a sobrevivência em restos culturais de tomateiro, tanto em casa de vegetação como no campo. A sobrevivência do patógeno em restos culturais foi inferior a 100 e 35 dias em casa de vegetação e no campo, respectivamente. Em casa de vegetação, a quantidade de estruturas do patógeno visualizadas em microscópio estereoscópico foi maior em tratamentos mantidos em solo seco, que aqueles mantidos em solo úmido. Dois isolados de P. infestans, da linhagem clonal US-1, obtidos de tomateiro, e dois de BR-1, obtidos de batateira, foram inoculados em plantas de 43 espécies. Além das plantas de batata e tomate, apenas plantas de Petunia hybrida e Nicotiana benthamiana foram suscetíveis ao patógeno. A ocorrência de esporângios de P. infestans foi monitorada em condições de campo com armadilhas Rotorod, Burkard e plantas de tomate e batata. Esporângios foram observados ao longo de todo o ano de 2004 e início de 2005. A captura de esporângios de P. infestans realizada pela Burkard foi maior no período das 6:00 às 18:00 h. Conclui-se que o inóculo advindo do ar é mais importante para o início de epidemias de requeima, que aquele em restos de cultura.
Tomato and potato late blight, caused by Phytophthora infestans, is one of the most important diseases of these crops in Brazil. Despite its importance, little is known about inoculum dynamics in tropical/subtropical areas, particularly in Brazil. The objectives of this study were: to determine survival period of P. infestans on stems, leaflets, and tomato fruits buried or not in soil; to assess the specificity of P. infestans to different hosts, mainly towards solanaceous species commonly found in Brazil and to study aerial inoculum (sporangia) temporal dynamics. Survival of P. infestans associated with tomato plant parts under greenhouse and field conditions was less than 100 and 35 days, respectively. Under greenhouse, pathogen structures were more promptly identified on crop debris kept on dry than on wet soil conditions. Isolates of two clonal lineages of P. infestans, US-1 and BR-1, isolated from tomato or potato, respectively, were inoculated on 43 plant species. Only two species, Petunia hybrida and Nicotiana benthamiana, were susceptible to P. infestans. Sporangia were monitored by Rotorod and Burkard spore traps and also by tomato and potato trap plants. Sporangia were captured in most weeks throughout 2004 and in the first two weeks of 2005. Most airborne inoculum captured with the Burkard trap was between 6:00 and 18:00 h. Airborne inoculum is abundant and is more important to late blight outbreaks than inoculum produced in crop debris.
Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-08Bitstream added on 2014-06-13T20:03:24Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_cm_dr_botib.pdf: 1799503 bytes, checksum: 1adc30b7fcbc5dada5bc01910ac1171b (MD5)
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
A citricultura brasileira responde por 85% das exportações de suco concentrado do mundo, mesmo enfrentando graves problemas de ordem fitossanitária. Dentre as doenças que mais afetam sua produtividade encontra-se a clorose variegada do citros (CVC), causada pela Xylella fastidiosa. Cultivares dentro das espécies de Citrus apresentam respostas diferentes em relação à susceptibilidade à CVC. Enquanto cultivares de laranja doce (Citrus sinensis L. Osb) são bastante suscetíveis, as tangerinas (Citrus reticulata Blanco) por sua vez são consideradas tolerantes. Resultados prévios do nosso grupo sugerem que a resistência deve estar efetivamente envolvida com a ativação de vias de sinalização, não sendo somente consequência de menor bloqueio dos vasos do xilema. Portanto, a hipótese desse trabalho é que a resistência da tangerina Poncan e a suscetibilidade de laranja doce à CVC pode ser comparada através da avaliação da expressão diferencial de genes durante o processo de infecção. Desse modo, o objetivo do trabalho foi avaliar a expressão de genes dessas duas espécies submetidas à infecção pela bactéria. Para tanto plantas de laranja Pera e tangerina Poncan foram desafiadas com X. fastidiosa e as coletas das folhas infectadas e seus respectivos controles feitas em diferentes tempos (1, 7, 14 e 21 dias). Esse material foi utilizado para extração de DNA total que foi usado na confirmação, por RT-qPCR, da presença da bactéria. Após essa verificação, o RNA foi extraído em pools para a construção das bibliotecas subtrativas supressivas (SSHs). Foram feitas seis bibliotecas, porém, não foram obtidas sequencias de qualidade. Em função do baixo rendimento das SSHs, optou-se por proceder as análises com RNA-seq utilizando tecidos xilemáticos de tangerina Poncan, com um dia após...
The Brazilian citrus industry accounts for 85% of exports of concentrated juice in the world despite facing serious plant health problems. Among the main diseases that affect its productivity is the citrus variegated chlorosis (CVC), caused by Xylella fastidiosa. Citrus species present different responses in relation to susceptibility to CVC. While sweet orange (Citrus sinensis L. Osb) is very susceptible, mandarin (Citrus reticulata Blanco) is considered tolerant. Previous results from our group suggest that this tolerance observed in mandarin effectively involves activation of signaling pathways and is not only consequence of limited blockage of the xylem vessels. Therefore, the hypothesis of this study is that the tolerance of Ponkan mandarin and susceptibility of sweet orange to CVC can be compared evaluating the differential expression of genes during the infection process, being that the objective of this study. For that, Ponkan mandarin and sweet orange plants were challenged with X. fastidiosa. Infected/non-infected leaves were collected at different times (1, 7, 14, and 21 days). This material was used for extraction of total DNA, which was used for confirming the presence of bacteria by RT-qPCR. After this verification, the RNA was extracted in pools for the construction of suppressive subtractive libraries (SSHs). Six libraries were prepared, but good quality sequences were not obtained. Due to the low efficiency of SSHs, it was decided to proceed with RNA-seq analysis using xylem tissues of mandarin Ponkan, one day after infection with X. fastidiosa. In this analysis it was obtained 35,344,265 transcripts for the non-infected library and 37,326,339 for the infected one. These transcripts were mapped in the whole reference genome of Citrus clementine by using TopHat software. The contigs generated... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Marcos Antonio Machado
Coorientador: Alessandra Alves de Souza
Banca: Celso Benedetti
Banca: Anete Pereira de Souza
Banca: Ivan de Godoy Maia
Banca: Henrique Ferreira
Resumo: A citricultura brasileira responde por 85% das exportações de suco concentrado do mundo, mesmo enfrentando graves problemas de ordem fitossanitária. Dentre as doenças que mais afetam sua produtividade encontra-se a clorose variegada do citros (CVC), causada pela Xylella fastidiosa. Cultivares dentro das espécies de Citrus apresentam respostas diferentes em relação à susceptibilidade à CVC. Enquanto cultivares de laranja doce (Citrus sinensis L. Osb) são bastante suscetíveis, as tangerinas (Citrus reticulata Blanco) por sua vez são consideradas tolerantes. Resultados prévios do nosso grupo sugerem que a resistência deve estar efetivamente envolvida com a ativação de vias de sinalização, não sendo somente consequência de menor bloqueio dos vasos do xilema. Portanto, a hipótese desse trabalho é que a resistência da tangerina Poncan e a suscetibilidade de laranja doce à CVC pode ser comparada através da avaliação da expressão diferencial de genes durante o processo de infecção. Desse modo, o objetivo do trabalho foi avaliar a expressão de genes dessas duas espécies submetidas à infecção pela bactéria. Para tanto plantas de laranja Pera e tangerina Poncan foram desafiadas com X. fastidiosa e as coletas das folhas infectadas e seus respectivos controles feitas em diferentes tempos (1, 7, 14 e 21 dias). Esse material foi utilizado para extração de DNA total que foi usado na confirmação, por RT-qPCR, da presença da bactéria. Após essa verificação, o RNA foi extraído em pools para a construção das bibliotecas subtrativas supressivas (SSHs). Foram feitas seis bibliotecas, porém, não foram obtidas sequencias de qualidade. Em função do baixo rendimento das SSHs, optou-se por proceder as análises com RNA-seq utilizando tecidos xilemáticos de tangerina Poncan, com um dia após... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: The Brazilian citrus industry accounts for 85% of exports of concentrated juice in the world despite facing serious plant health problems. Among the main diseases that affect its productivity is the citrus variegated chlorosis (CVC), caused by Xylella fastidiosa. Citrus species present different responses in relation to susceptibility to CVC. While sweet orange (Citrus sinensis L. Osb) is very susceptible, mandarin (Citrus reticulata Blanco) is considered tolerant. Previous results from our group suggest that this tolerance observed in mandarin effectively involves activation of signaling pathways and is not only consequence of limited blockage of the xylem vessels. Therefore, the hypothesis of this study is that the tolerance of Ponkan mandarin and susceptibility of sweet orange to CVC can be compared evaluating the differential expression of genes during the infection process, being that the objective of this study. For that, Ponkan mandarin and sweet orange plants were challenged with X. fastidiosa. Infected/non-infected leaves were collected at different times (1, 7, 14, and 21 days). This material was used for extraction of total DNA, which was used for confirming the presence of bacteria by RT-qPCR. After this verification, the RNA was extracted in pools for the construction of suppressive subtractive libraries (SSHs). Six libraries were prepared, but good quality sequences were not obtained. Due to the low efficiency of SSHs, it was decided to proceed with RNA-seq analysis using xylem tissues of mandarin Ponkan, one day after infection with X. fastidiosa. In this analysis it was obtained 35,344,265 transcripts for the non-infected library and 37,326,339 for the infected one. These transcripts were mapped in the whole reference genome of Citrus clementine by using TopHat software. The contigs generated... (Complete abstract click electronic access below)
Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-21Bitstream added on 2014-06-13T19:54:09Z : No. of bitstreams: 1 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf: 134881 bytes, checksum: 84233badecc0339e52b7d72626d23d35 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:24:40Z: cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:27:38Z : No. of bitstreams: 2 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf.txt: 18476 bytes, checksum: 1405a9b6f7a8979c25704a340a376633 (MD5) 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:33:15Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:43:29Z : No. of bitstreams: 2 cofre_tcg_me_arafcf_parcial.pdf.txt: 18476 bytes, checksum: 1405a9b6f7a8979c25704a340a376633 (MD5) 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:48:55Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:49:47Z : No. of bitstreams: 1 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-27T11:47:09Z: 000722118.pdf,Bitstream added on 2014-10-27T11:48:04Z : No. of bitstreams: 1 000722118.pdf: 1821985 bytes, checksum: 5390d9268bd2f6af7699b7a2497c2f5c (MD5)
Dentre as diversas doenças que ocorrem na citricultura, o cancro cítrico é uma das principais, considerada economicamente importante e com impactos diretos e indiretos no setor citrícola mundial. O agente causal do cancro cítrico é a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual afeta uma ampla gama de espécies e variedades de citros. A variedade de laranja doce Valência (Citrus sinensis) é considerada moderadamente suscetível ao cancro cítrico e a Rutaceae Kumquat (Fortunella spp.), por outro lado, é considerada altamente resistente. Objetivando gerar informações acerca dos mecanismos moleculares que resultam em diferenças quanto à suscetibilidade de plantas a patógenos, no presente estudo fez-se uso de uma nova plataforma de sequenciamento de transcriptoma (RNA-seq) para análise da expressão gênica de Valência e Kumquat após infecção por Xac nos tempos de 24, 48 e 72 horas. Foram identificados 2.953 e 4.111 transcritos induzidos em Valência e Kumquat, respectivamente. Dos transcritos reprimidos Kumquat apresentou 11.041 e Valência 1.930. Na comparação da expressão gênica temporal, Kumquat apresentou muitos transcritos induzidos em comum em todos os tempos de infecção, alguns deles relacionados à percepção de sinais (receptores do tipo quinase) e também envolvidos na defesa de plantas [(como proteínas relacionadas à patogênese (PRs)]. Foram identificados exclusivamente em Kumquat transcritos que codificam para a proteína germin, possivelmente envolvida na resposta de defesa à Xac. Nas comparações entre espécies, em Kumquat observou-se alta expressão de proteínas relacionadas à síntese de metabólitos secundários, como alcaloides e monoterpenos. Em Valência, nos tempos iniciais de 24 e 48 horas após a inoculação de Xac, observou-se alta expressão de cisteína proteinases, as quais comumente...
Among the various diseases that occur in Citrus spp., citrus canker is a serious disease, considered economically important with direct impact on the citrus sector. The causal agent of citrus canker is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), and it affects a wide range of Citrus spp.. Sweet orange Valencia Citrus sinensis is considered moderately susceptible to Citrus canker and the Rutaceae Kumquat Fortunella spp. is considered highly resistant. To understand the molecular mechanisms that distinguish plant resistance in plant pathogen interaction, the present study used a new transcriptome sequencing platform (RNA-seq) to analyze gene expression of Valencia and Kumquat after infection by Xac post 24, 48 and 72 hours. We identified 2,953 and 4,111 transcripts induced in Valencia and Kumquat, respectively. Among repressed transcripts Kumquat showed 11,041 and Valencia 1,930. In the comparison of temporal expression between the evaluated times, Kumquat presented many transcripts induced in common at all times of infection that are related to signal perception, as receptors kinase and plant defense proteins as pathogenesis related proteins (PRs). Were found exclusively in Kumquat transcripts that encode for protein Germin possibly involved in defense response to Xac. In the analysis between species, for Kumquat were found a high expression of proteins related to the synthesis of secondary metabolites, such as alkaloids and monoterpenes. These products may be mediated by biotic factors such as pathogen attack, so the high expression of genes related to metabolic production of these can be related to plant defense. Valencia presented at 24 and 48 hours high expression of cysteine proteinases. These are involved in reconstruction and degradation of proteins in response to different stimuli and also... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Henrique Ferreira
Coorientador: José Belasque Junior
Banca: Jesus Aparecido Ferro
Banca: Nelson Arno Wulff
Resumo: Dentre as diversas doenças que ocorrem na citricultura, o cancro cítrico é uma das principais, considerada economicamente importante e com impactos diretos e indiretos no setor citrícola mundial. O agente causal do cancro cítrico é a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), a qual afeta uma ampla gama de espécies e variedades de citros. A variedade de laranja doce Valência (Citrus sinensis) é considerada moderadamente suscetível ao cancro cítrico e a Rutaceae Kumquat (Fortunella spp.), por outro lado, é considerada altamente resistente. Objetivando gerar informações acerca dos mecanismos moleculares que resultam em diferenças quanto à suscetibilidade de plantas a patógenos, no presente estudo fez-se uso de uma nova plataforma de sequenciamento de transcriptoma (RNA-seq) para análise da expressão gênica de Valência e Kumquat após infecção por Xac nos tempos de 24, 48 e 72 horas. Foram identificados 2.953 e 4.111 transcritos induzidos em Valência e Kumquat, respectivamente. Dos transcritos reprimidos Kumquat apresentou 11.041 e Valência 1.930. Na comparação da expressão gênica temporal, Kumquat apresentou muitos transcritos induzidos em comum em todos os tempos de infecção, alguns deles relacionados à percepção de sinais (receptores do tipo quinase) e também envolvidos na defesa de plantas [(como proteínas relacionadas à patogênese (PRs)]. Foram identificados exclusivamente em Kumquat transcritos que codificam para a proteína germin, possivelmente envolvida na resposta de defesa à Xac. Nas comparações entre espécies, em Kumquat observou-se alta expressão de proteínas relacionadas à síntese de metabólitos secundários, como alcaloides e monoterpenos. Em Valência, nos tempos iniciais de 24 e 48 horas após a inoculação de Xac, observou-se alta expressão de cisteína proteinases, as quais comumente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)
Abstract: Among the various diseases that occur in Citrus spp., citrus canker is a serious disease, considered economically important with direct impact on the citrus sector. The causal agent of citrus canker is the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), and it affects a wide range of Citrus spp.. Sweet orange Valencia Citrus sinensis is considered moderately susceptible to Citrus canker and the Rutaceae Kumquat Fortunella spp. is considered highly resistant. To understand the molecular mechanisms that distinguish plant resistance in plant pathogen interaction, the present study used a new transcriptome sequencing platform (RNA-seq) to analyze gene expression of Valencia and Kumquat after infection by Xac post 24, 48 and 72 hours. We identified 2,953 and 4,111 transcripts induced in Valencia and Kumquat, respectively. Among repressed transcripts Kumquat showed 11,041 and Valencia 1,930. In the comparison of temporal expression between the evaluated times, Kumquat presented many transcripts induced in common at all times of infection that are related to signal perception, as receptors kinase and plant defense proteins as pathogenesis related proteins (PRs). Were found exclusively in Kumquat transcripts that encode for protein Germin possibly involved in defense response to Xac. In the analysis between species, for Kumquat were found a high expression of proteins related to the synthesis of secondary metabolites, such as alkaloids and monoterpenes. These products may be mediated by biotic factors such as pathogen attack, so the high expression of genes related to metabolic production of these can be related to plant defense. Valencia presented at 24 and 48 hours high expression of cysteine proteinases. These are involved in reconstruction and degradation of proteins in response to different stimuli and also... (Complete abstract click electronic access below)
Mestre

Submitted by JEANE DAYSE VELOSO DOS SANTOS (dayse_1990@hotmail.com) on 2018-06-06T00:38:43Z No. of bitstreams: 1 Tese.corrigidacx.pdf: 3031465 bytes, checksum: b0bb106972f6c8b900e9b70153d5c2dc (MD5)
Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-06-07T18:37:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pulici_jdvs_dr_jabo.pdf: 3031465 bytes, checksum: b0bb106972f6c8b900e9b70153d5c2dc (MD5)
Made available in DSpace on 2018-06-07T18:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pulici_jdvs_dr_jabo.pdf: 3031465 bytes, checksum: b0bb106972f6c8b900e9b70153d5c2dc (MD5) Previous issue date: 2018-05-18
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Huanglongbing (HLB) é considerada a mais importante doença da citricultura mundial. No Brasil, está associada principalmente a bactéria Candidatus Liberibacter asiaticus (Las), transmitida pelo inseto Diaphorina citri. Apesar da grande importância comercial, poucas são as informações sobre vários aspectos desta doença limeiras ácidas, inclusive o potencial que esta representa como fonte de inóculo para as laranjeiras. O objetivo do presente trabalho foi (i) avaliar a favorabilidade da limeira ácida ‘Tahiti’ à reprodução de D. citri e multiplicação de Las, (ii) caracterizar sintomas foliares e danos em raízes de plantas afetadas e (iii) avaliar, por meio de inoculações cruzadas, seu potencial como fonte de inóculo para a laranjeira ‘Valência’ e vice-versa. Ambos os hospedeiros estavam enxertados em limoeiro ‘Cravo’, com 2 anos de idade. O capítulo I contém revisão de literatura, o II estudo comparativo de plantas das duas hospedeiras como criadouro de D. citri e o III caracterização de sintomas foliares, danos em raízes e resultados das inoculações cruzadas, usando como inóculo borbulhas doentes e insetos infectivos. A ‘Tahiti’ foi menos favorável que a ‘Valência’ ao desenvolvimento do inseto. Nela as taxas de oviposição e sobrevivência de ninfas foram menores, ou seja, 59,7 e 48,5%, respectivamente, em relação à ‘Valência’ no primeiro experimento, e de 75,4 e 33,4% no segundo experimento. Em ‘Tahiti’ as manchas amarelas foliares foram mais intensas, porém os danos nas raízes similares aos observados em ‘Valência’. Uma escala fotográfica foi desenvolvida e mostrou-se útil na avaliação dos experimentos. Inesperadamente, diversas plantas experimentais estavam infectadas com Phytophthora spp., o que nos permitiu, embora em caráter preliminar, também avaliar possível influência deste patógeno na interação Las-citros. Na parte aérea, Phytophthora promoveu maiores títulos nas plantas inoculadas por enxertia, assim como estimulou a planta a exibir sintomas foliares mais cedo. No sistema radicular, este patógeno não favoreceu a colonização por Las, com exceção de ‘Tahiti’ inoculada com inóculo oriundo de ‘Tahiti’, independente do método de inoculação. Phytophthora não contribuiu para aumento dos danos em plantas com Las. De forma geral, plantas de ‘Valência’ foram colonizadas por Las, independente da fonte de inóculo e método de inoculação. A ‘Tahiti’, por sua vez, foi colonizada por Las oriunda de ambos os hospedeiros, porém somente quando inoculada por enxertia. A ‘Tahiti’ pode atuar como fonte de inóculo para si mesma e para laranjeiras.
Huanglongbing (HLB) is considered the most important disease of citrus worldwide. In Brazil, the bacterium most commonly associated with the disease is Candidatus Liberibacter asiaticus (Las) transmitted by the insect Diaphorina citri. Despite the great commercial importance, little is known about the disease on acid limes. The objectives of this study were (i) to evaluate the favorability of the ‘Tahiti’ acid lime for the reproduction of D. citri and multiplication of Las, (ii) characterize foliar symptoms and root damage on infected plants and (iii) to evaluate, through cross inoculations, the potential that diseased ‘Tahiti’ represents as source of inoculum to sweet orange ‘Valencia’ and vice versa. Both hosts were two-year-old and growing on ‘Cravo’ Rangpur lime rootstock. Chapter I contains literature review, II a comparative study of the favorability of the two hosts for D. citri reproduction, and III a characterization of foliar symptoms, root damage and the results of cross inoculation experiments, using as inoculum diseased budsticks and infective insects. ‘Tahiti’ was less favorable than ‘Valencia’ to insect development. On these plants oviposition rates and nymph survival were, respectively, 59.7 and 48.5% of those on ‘Valencia’ in the first experiment, and 75.4 e 33.4 % in the second experiment. On ‘Tahiti’ the yellow leaf spots were more intense, but root damage like those on 'Valencia’. Unexpectedly, several experimental plants were infected with Phytophthora spp., which allowed us to assess the influence of this pathogen on Las-citrus interaction. On Phytophthora-infected plants inoculated by grafting, higher bacterium titers were detected on leaves, and the symptoms expressed earlier. This pathogen did not favor root colonization by Las, excepting ‘Tahiti’ that received inoculum of Las from ‘Tahiti', nor contributed to increase root damage. Overall, ‘Valencia’ was infected by Las, independently of the citrus variety source inoculum and method of inoculation. ‘Tahiti’, in turn, was infected by Las originated from both hosts, but only when inoculated by grafting. When exposed to infective insects, ‘Tahiti' became infected only when the source of inoculum was another ‘Tahiti’. Removal of diseased trees of ‘Tahiti’ (as of any other citrus) from commercial or noncommercial areas should be reinforced as crucial to the success of HLB control.

Orientador: Jesus Aparecido Ferro
Coorientador: Rui Pereira Leite Júnior
Banca: Alessandro de Mello Varani
Banca: José Belasque Júnior
Resumo: O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial e ataca uma ampla gama de espécies comerciais de citros, causando perdas significativas nos países produtores. A espécie de laranja doce Hamlin (Citrus sinensis) é suscetível ao cancro cítrico, enquanto a espécie de tangerina Satsuma (Citrus unshiu) é resistente. Para compreender os mecanismos moleculares relacionados aos sistemas de defesa ativados pela planta é importante identificar as alterações transcricionais de cada espécie vegetal sob estresse fitopatogênico, a fim de desvendar os elementos moleculares que são específicos de cada espécie. O objetivo do presente trabalho foi realizar uma análise comparativa temporal do transcriptoma de duas espécies cítricas contrastantes em resposta à Xac, pela técnica do RNA-Seq (Illumina). Um total de 5.673 e 6.231 transcritos diferencialmente expressos foi induzido nos tempos 24, 48 e 72 horas após a inoculação de Xac em Satsuma e Hamlin, respectivamente, enquanto 3.982 e 7.944 transcritos foram reprimidos. Deste total, 52 transcritos foram induzidos em comum, nas duas espécies, em todos os tempos de inoculação. Estes genes estão relacionados com a defesa basal da planta contra o ataque de Xac, pois apresentam genes que participam na percepção e reconhecimento do patógeno, genes que codificam fatores de transcrição e genes que participam na defesa da planta, como glucanases e proteinases. Entre os genes induzidos exclusivamente na espécie resistente Satsuma destacou-se uma proteinase aspártica. Esta proteína apresentou a maior expressão gênica no tempo 24 horas e pode estar envolvida na resistência desta espécie, visto que na espécie suscetível Hamlin, a expressão desta proteína foi menos expressiva e tardia, no tempo 48 horas. Outra resposta oposta entre as espécie foi na expressão de genes relacionados à ...
Abstract: Citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a one of the most important disease affecting citrus production worldwide and attacks a wide range of commercial species of citrus trees, causing significant losses in producing countries. Hamlin sweet orange (Citrus sinensis) is canker-sensitive, while Satsuma mandarin (Citrus unshiu) is canker-resistant. To understand the molecular mechanisms underlying the differences in responses to Xac, transcriptional profiles of these two genotypes following Xac attack were compared by RNA-Seq (Illumina). The purpose of this study was to examine simultaneous changes in gene expression profile during the early stages (24, 48 and 72 hpi) of citrus canker infection in Satsuma and Hamlin. A total of 5673 and 6231 up-regulated transcripts were identified at 24, 48 and 72 hpi in Satsuma and Hamlin, respectively, while 3982 and 7944 were down-regulated. Of these, 52 transcripts were up-regulated in common between both genotypes. These genes in common are related to basic defense against Xac, because there are genes involved in patogen perception and recognition, transcription factors and genes related to plant defense, such as glucanases and proteinases. Among up-regulated genes expressed only in Satsuma, aspartic proteinase was highlighted. This protein presented the highest gene expression 24 hpi and it can be involved in Satsuma resistance, since the expression of this protein was less pronounced and delayed in Hamlin. Another opposite response between these two genotypes was the expression of genes related to cell wall. Such genes were pectato lyase, extensin, cellulose sinthase, and xiloglucano endotransglycosilase. The genes were up-regulated in Satsuma, while in Hamlin, they were down-regulated. For genes related to plant defense, both genotypes up- regulated pathogenesis-related proteins, especially 72 hpi. However, the expression of these genes did not prevent the symptoms in ...
Mestre

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-19Bitstream added on 2015-04-09T12:48:25Z : No. of bitstreams: 1 000819205.pdf: 7820938 bytes, checksum: b4045f963c89f07ea3405904f9001074 (MD5)
O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial e ataca uma ampla gama de espécies comerciais de citros, causando perdas significativas nos países produtores. A espécie de laranja doce Hamlin (Citrus sinensis) é suscetível ao cancro cítrico, enquanto a espécie de tangerina Satsuma (Citrus unshiu) é resistente. Para compreender os mecanismos moleculares relacionados aos sistemas de defesa ativados pela planta é importante identificar as alterações transcricionais de cada espécie vegetal sob estresse fitopatogênico, a fim de desvendar os elementos moleculares que são específicos de cada espécie. O objetivo do presente trabalho foi realizar uma análise comparativa temporal do transcriptoma de duas espécies cítricas contrastantes em resposta à Xac, pela técnica do RNA-Seq (Illumina). Um total de 5.673 e 6.231 transcritos diferencialmente expressos foi induzido nos tempos 24, 48 e 72 horas após a inoculação de Xac em Satsuma e Hamlin, respectivamente, enquanto 3.982 e 7.944 transcritos foram reprimidos. Deste total, 52 transcritos foram induzidos em comum, nas duas espécies, em todos os tempos de inoculação. Estes genes estão relacionados com a defesa basal da planta contra o ataque de Xac, pois apresentam genes que participam na percepção e reconhecimento do patógeno, genes que codificam fatores de transcrição e genes que participam na defesa da planta, como glucanases e proteinases. Entre os genes induzidos exclusivamente na espécie resistente Satsuma destacou-se uma proteinase aspártica. Esta proteína apresentou a maior expressão gênica no tempo 24 horas e pode estar envolvida na resistência desta espécie, visto que na espécie suscetível Hamlin, a expressão desta proteína foi menos expressiva e tardia, no tempo 48 horas. Outra resposta oposta entre as espécie foi na expressão de genes relacionados à ...
Citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a one of the most important disease affecting citrus production worldwide and attacks a wide range of commercial species of citrus trees, causing significant losses in producing countries. Hamlin sweet orange (Citrus sinensis) is canker-sensitive, while Satsuma mandarin (Citrus unshiu) is canker-resistant. To understand the molecular mechanisms underlying the differences in responses to Xac, transcriptional profiles of these two genotypes following Xac attack were compared by RNA-Seq (Illumina). The purpose of this study was to examine simultaneous changes in gene expression profile during the early stages (24, 48 and 72 hpi) of citrus canker infection in Satsuma and Hamlin. A total of 5673 and 6231 up-regulated transcripts were identified at 24, 48 and 72 hpi in Satsuma and Hamlin, respectively, while 3982 and 7944 were down-regulated. Of these, 52 transcripts were up-regulated in common between both genotypes. These genes in common are related to basic defense against Xac, because there are genes involved in patogen perception and recognition, transcription factors and genes related to plant defense, such as glucanases and proteinases. Among up-regulated genes expressed only in Satsuma, aspartic proteinase was highlighted. This protein presented the highest gene expression 24 hpi and it can be involved in Satsuma resistance, since the expression of this protein was less pronounced and delayed in Hamlin. Another opposite response between these two genotypes was the expression of genes related to cell wall. Such genes were pectato lyase, extensin, cellulose sinthase, and xiloglucano endotransglycosilase. The genes were up-regulated in Satsuma, while in Hamlin, they were down-regulated. For genes related to plant defense, both genotypes up- regulated pathogenesis-related proteins, especially 72 hpi. However, the expression of these genes did not prevent the symptoms in ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-07Bitstream added on 2014-06-13T20:18:28Z : No. of bitstreams: 1 000754808.pdf: 1123345 bytes, checksum: 945c6c9f352406de0091406c4f189c94 (MD5)
A mandioquinha-salsa (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) é uma hortaliça originária da região andina, Venezuela, Colômbia, Equador, Peru e Bolívia. A família das apiáceas compreende também outras hortaliças importantes, como cenoura, salsa, coentro, aipo, dentre outras. A mandioquinha-salsa é propagada de forma vegetativa através dos propágulos, e isso pode favorecer a ocorrência de um número considerável de patógenos que causam degenerescência, principalmente os vírus. Está comprovado que alguns vírus são fator limitante em culturas de propagação vegetativa. Portanto, o presente trabalho teve como objetivos avaliar por meio de métodos sorológico e molecular 241 amostras oriundas de diferentes localidades, a fim de fazer um estudo de ocorrência e predominância das espécies virais e verificar a variabilidade biológica dos isolados encontrados por meio de transmissão por extratos vegetais. A detecção foi realizada através de Enzyme linked immunossorbent assay (ELISA) utilizando antissoro comercial anti-poty para o gênero Potyvirus. Para a análise da variabilidade, foram desenhados 2 oligonucleotídeos para amplificar a região codificadora da proteína capsidial para o gênero Cheravirus, e para a detecção de potyvirus e nepovirus, oligonucleotídeos foram obtidos da literatura. No estudo foi possível detectar a espécie Arracacha motlle virus do gênero Potyvirus, coletadas nos estados de Goiás, Minas Gerais, Brasília e Paraná. Os demais vírus testados não foram identificados em nenhuma das amostras analisadas. Além desses testes de identificação, ainda foi realizada microscopia eletrônica de transmissão em seis amostras, das quais duas foi possível a identificação de potyvirus. O teste de gama de hospedeiras foi realizado e mostrou que o AMoV tem gama de hospedeiras bastante restrita, sendo possível infectar somente três de nove espécies testadas...
Arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) is a vegetable crop of the Andean region, formed by Venezuela, Colombia, Ecuador, Peru and Bolivia. The Apiacea family also have other important vegetable crops such as carrots, parsley, cilantro, celery, among others. Arracacha is propagated vegetatively and this can favor the occurrence of a considerable number of pathogens that cause degeneration, especially viruses. Some viruses are a limiting factor in vegetatively propagated crops. Therefore, the present study aimed to evaluate by serological and molecular methods 241 samples from different localities in order to verify the occurrence and predominance of the viruses species and verify the biological variability by sap inoculation. The detection was performed using enzyme-linked immunossorbent assay (ELISA) technique, using commercial antiserum against-potyvirus. For variability analysis, primers were designed to amplify the coding region of the coat protein for the 4 genus Cheravirus, and oligonucleotides were obtained from literature for the detection of the genus potyvirus and nepovirus, . It was possible to detect Arracacha mottle virus, from genus Potyvirus, in the states of Goiás, Minas Gerais, Brasilia and Paraná. The others viruses tested were not identified in the collected samples. Six samples were analysed by electron microscopy, and the potyvirus were identified only in two samples. The host range was restricted, infecting only three species of nine tested. The nucleotide identity ranged from 96% to 99%, between collected samples and sequence from GenBank (acess DQ925486), showing low genetic variability among them

Orientador: Marcelo Agenor Pavan
Coorientador: Renate Krause Sakate
Banca: Julio Massaharu Marubayashi
Banca: Rumy Goto
Resumo: A mandioquinha-salsa (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) é uma hortaliça originária da região andina, Venezuela, Colômbia, Equador, Peru e Bolívia. A família das apiáceas compreende também outras hortaliças importantes, como cenoura, salsa, coentro, aipo, dentre outras. A mandioquinha-salsa é propagada de forma vegetativa através dos propágulos, e isso pode favorecer a ocorrência de um número considerável de patógenos que causam degenerescência, principalmente os vírus. Está comprovado que alguns vírus são fator limitante em culturas de propagação vegetativa. Portanto, o presente trabalho teve como objetivos avaliar por meio de métodos sorológico e molecular 241 amostras oriundas de diferentes localidades, a fim de fazer um estudo de ocorrência e predominância das espécies virais e verificar a variabilidade biológica dos isolados encontrados por meio de transmissão por extratos vegetais. A detecção foi realizada através de Enzyme linked immunossorbent assay (ELISA) utilizando antissoro comercial anti-poty para o gênero Potyvirus. Para a análise da variabilidade, foram desenhados 2 oligonucleotídeos para amplificar a região codificadora da proteína capsidial para o gênero Cheravirus, e para a detecção de potyvirus e nepovirus, oligonucleotídeos foram obtidos da literatura. No estudo foi possível detectar a espécie Arracacha motlle virus do gênero Potyvirus, coletadas nos estados de Goiás, Minas Gerais, Brasília e Paraná. Os demais vírus testados não foram identificados em nenhuma das amostras analisadas. Além desses testes de identificação, ainda foi realizada microscopia eletrônica de transmissão em seis amostras, das quais duas foi possível a identificação de potyvirus. O teste de gama de hospedeiras foi realizado e mostrou que o AMoV tem gama de hospedeiras bastante restrita, sendo possível infectar somente três de nove espécies testadas ...
Abstract: Arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) is a vegetable crop of the Andean region, formed by Venezuela, Colombia, Ecuador, Peru and Bolivia. The Apiacea family also have other important vegetable crops such as carrots, parsley, cilantro, celery, among others. Arracacha is propagated vegetatively and this can favor the occurrence of a considerable number of pathogens that cause degeneration, especially viruses. Some viruses are a limiting factor in vegetatively propagated crops. Therefore, the present study aimed to evaluate by serological and molecular methods 241 samples from different localities in order to verify the occurrence and predominance of the viruses species and verify the biological variability by sap inoculation. The detection was performed using enzyme-linked immunossorbent assay (ELISA) technique, using commercial antiserum against-potyvirus. For variability analysis, primers were designed to amplify the coding region of the coat protein for the 4 genus Cheravirus, and oligonucleotides were obtained from literature for the detection of the genus potyvirus and nepovirus, . It was possible to detect Arracacha mottle virus, from genus Potyvirus, in the states of Goiás, Minas Gerais, Brasilia and Paraná. The others viruses tested were not identified in the collected samples. Six samples were analysed by electron microscopy, and the potyvirus were identified only in two samples. The host range was restricted, infecting only three species of nine tested. The nucleotide identity ranged from 96% to 99%, between collected samples and sequence from GenBank (acess DQ925486), showing low genetic variability among them
Mestre

Orientador: Suzete Aparecida Lanza Destéfano
Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-17T18:58:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Correa_DanieleBussioliAlves_M.pdf: 2704976 bytes, checksum: 40df9160618a30b2959f8df5ff93e585 (MD5) Previous issue date: 2011
Resumo: A batata ocupa o quarto lugar em volume de produção mundial de alimentos após o arroz, trigo e milho. O Brasil é o maior produtor dentre os países da América Latina, porém ainda apresenta baixa produtividade devida às doenças que afetam a cultura. Dentre as doenças bacterianas, a sarna da batata é uma das mais importantes economicamente e sua ocorrência é generalizada no mundo. Diferentes espécies do gênero Streptomyces estão associadas à essa doença e os principais sintomas se caracterizam por lesões irregulares que podem tomar toda a superfície do tubérculo, acarretando diminuição do seu valor comercial ou, até mesmo, impedindo a sua comercialização. Atualmente, a incidência da sarna está aumentando consideravelmente, tornando-se um fator limitante do cultivo de batata no Brasil. O presente trabalho teve por objetivo a identificação de linhagens de Streptomyces sp. associadas à sarna da batata, provenientes de diferentes regiões produtoras do Brasil, por meio de taxonomia polifásica. Cento e noventa linhagens de Streptomyces foram analisadas, sendo 165 nacionais obtidas dos estados da Bahia, Goiás, Minas Gerais, Paraná, São Paulo, Rio Grande do Sul e Santa Catarina; 13 de material vegetal importado do Chile, França e Holanda; e 12 linhagens Tipo de Streptomyces representantes de espécies associadas à sarna. Na caracterização morfológica as linhagens apresentaram heterogeneidade com relação à micromorfologia de hifas e coloração dos esporos. A patogenicidade das linhagens foi avaliada pela presença dos genes nec1, tomA (tomatinase) e txtAB (taxtomina A) e os resultados indicaram que 94 linhagens (52,8%) apresentaram amplificação dos três genes de patogenicidade avaliados, 14 (7,9%) não apresentaram nenhum dos genes e 70 (39,3%) mostraram sinal positivo de amplificação para um ou mais genes. Para algumas linhagens a confirmação da patogenicidade foi efetuada por meio de testes em minitubérculos de batata. Nos testes moleculares, incluindo amplificação com primers específicos para S. scabiei e S. turgidiscabies, PCR-RFLP do gene atpD e análises das seqüências dos genes atpD, gyrB, recA, rpoB e trpB, foi possível a separação das linhagens analisadas em diferentes perfis genéticos. As análises das características morfológicas, patogênicas e moleculares permitiram a identificação de 57 linhagens pertencentes à S. scabiei, 28 à espécie S. ipomoeae, 13 à S. caviscabies/S. setonii, 12 à S. europaeiscabiei e duas à S. sampsonii. As 66 linhagens restantes apresentaram características distintas das espécies Tipo testadas, podendo representar possíveis novas espécies de Streptomyces associadas à sarna no Brasil
Abstract: Potato is the world's fourth most important food crop after rice, wheat and maize. Brazil is the biggest producer among the countries of Latin America, but it still has low productivity due to diseases that affect the crop. Among the bacterial diseases, the potato scab is one of the most economically important, and its occurrence is widespread in the world. Different species of the genus Streptomyces are associated with this disease and the main symptoms are characterized by irregular lesions that can affect all the tuber surface causing decrease of its commercial value or preventing its commercialization. Currently, the incidence of potato scab is increasing considerably, becoming a limiting factor in potato production in Brazil. This study aimed to identify Streptomyces strains associated with potato scab, from different potato growing areas in Brazil, through polyphasic taxonomy. One hundred and ninety strains of Streptomyces were analyzed, including 165 Brazilian strains obtained from potatoes coming from the states of Bahia, Goias, Minas Gerais, Parana, Sao Paulo, Rio Grande do Sul and Santa Catarina; 13 of plant material from Chile, France and Netherlands; and 12 type strains of Streptomyces species associated with potato scab. In the morphological characterization, the strains showed heterogeneity in the hyphal micromorphology and color of spores. The pathogenicity of strains was investigated by presence of the nec1 and tomA genes, and txtAB operon (thaxtomin A). The results indicated that 94 strains (52.8%) showed amplification of the three pathogenicity genes, 14 (7.9%) showed no amplification of the genes and 70 (39.3%) showed positive signal for only one or more genes. The pathogenicity of some strains was confirmed with artificial inoculation onto potato minitubers. In the molecular tests, including PCR amplification with specific primers for S.scabiei and S. turgidiscabies, analysis of PCR-RFLP of atpD gene and sequences analysis of the atpD, gyrB, recA, rpoB and trpB genes, the strains could be separated into different genetic profiles. The morphological, pathogenic and molecular data allowed identifying of 57 strains belonging to S. scabiei, 28 to S. ipomoeae, 13 to S. caviscabies/S. setonii, 12 to S. europaeiscabiei and two to S. sampsonii. The 66 remaining strains showed different genetic profiles in comparison with the type strains of Streptomyces, and may represent new species of Streptomyces associated with potato scab in Brazil
Mestrado
Genetica de Microorganismos
Mestre em Genética e Biologia Molecular

LIMA, G. P. G. Purificação, caracterização bioquímica e atividade biológica in vitro contra insetos praga de um novo inibidor de tripsina isolado de sementes de Sapindus saponaria L. (Sapindaceae). 2012. 122 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2012.
Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2015-03-12T15:00:00Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_gpglima.pdf: 2370771 bytes, checksum: 509ae0531057d53f967b325467f88d5c (MD5)
Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2016-03-29T17:18:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_gpglima.pdf: 2370771 bytes, checksum: 509ae0531057d53f967b325467f88d5c (MD5)
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Environmental toxicity, low biodegradability and increased resistance in agricultural pest insects and in insect vectors of diseases to insecticides traditionally used for their control have encouraged the development of chemical alternatives with greater specificity and biodegradability especially from plants. In this way, the present study aimed the purification, characterization and evaluation of activity towards pest insect digestive enzymes of a new trypsin inhibitor obtained from Sapindus saponaria seeds. This new trypsin inhibitor obtained from S. saponaria seeds (SSTI2) belongs to Potato I inhibitor family and was purified by protein precipitation with trichloroacetic acid, affinity chromatography and reverse phase chromatography using UFLC system. The native inhibitor and its fragments generated by enzymatic treatment with trypsin and pepsin were analyzed and sequenced by MALDI-TOF and ESI-TOF mass spectrometry, determining its accurate molecular mass (MM = 7571, 976 Da) and primary structure (64 of 69 amino acids). The SSTI2 showed an IC50 of 8.3 x 10-2 μmol.L-1 against bovine trypsin, and a much lower inhibitory activity on the enzymes chymotrypsin (13.24 ± 0.28%) and papain (5.28 ± 0 , 42%), but was unable to inhibit proteolysis promoted by bromelain. In spite to show moderate inhibition of total digestive enzymes (4.74 ± 0.45% to 56.06 ± 1.41%), the inhibitor was very effective upon trypsin-like enzymes present in Aedes aegypti (92.44 ± 0.99%), Anthonomus grandis (77.93 ± 0.12%), Anticarsia gemmatalis ( 32.21 ± 0.57%) and Spodoptera frugiperda (71.44 ± 1.23%) guts. This strong inhibitory effect of SSTI2 on the catalytic activity of trypsin-like peptidases of insect’s midguts suggests a possible suppressive effect on development and survival of insects fed with diets containing the inhibitor. Thus, future in vivo assays and evaluation of other biochemical properties will be important to establish the potential biotechnological application of SSTI2, especially for the combat of Ae. aegypti, A. grandis and An. gemmatalis. Furthermore, the sequence of SSTI2 elucidated in this study allows the chemical synthesis, cloning of coding gene sequence and heterologous expression of this potential new biotechnological tool.
A toxicidade ao meio ambiente, a baixa biodegrabilidade e a crescente resistência de insetos praga da agricultura e de insetos vetores de doenças aos inseticidas tradicionalmente utilizados tem estimulado o desenvolvimento de alternativas com maior biodegradabilidade e especificidade, especialmente de origem vegetal. Nesse sentido, o presente estudo consistiu na purificação, caracterização e avaliação do efeito biológico in vitro de um novo inibidor de tripsina obtido das sementes de Sapindus saponaria sobre as enzimas digestivas de insetos. Através de precipitação com ácido tricloroacético (TCA), cromatografia de afinidade à tripsina e cromatografia de fase reversa em sistema UFLC, foi purificado um novo inibidor de tripsina (SSTI2) pertencente ao grupo de inibidores do tipo Batata I, uma categoria de inibidores de peptidases serínicas com reconhecido efeito tóxico sobre insetos. O inibidor nativo e fragmentos desse gerados por tratamento enzimático com tripsina e pepsina foram analisados e sequenciados por espectrometria de massa do tipo MALDI-TOF e ESI-TOF, determinando assim a sua massa molecular acurada (MM = 7571, 976 Da) e elucidando a sua estrutura primária (64/69 aminoácidos). O inibidor apresentou uma IC50 de 8,3 x 10-2 μmol.L-1 contra a tripsina bovina, mas apresentou baixa atividade inibitória sobre as enzimas quimotripsina (13,24 ± 0,28%) e papaína (5,28 ± 0,42%), e não foi capaz de inibir a proteólise promovida pela bromelaína. O SSTI2 inibiu moderadamente a atividade catalítica das enzimas digestivas totais dos insetos, com percentual de inibição variando entre 4,74 ± 0,45% a 56,06 ± 1,41%. No entanto, o inibidor foi eficaz em atuar sobre as enzimas digestivas do tipo tripsina presentes nos intestinos dos insetos Aedes aegypti (92,44 ± 0,99%), Anthonomus grandis (77,93 ± 0,12%), Anticarsia gemmatalis (32,21 ± 0,57%) e Spodoptera frugiperda (71,44 ± 1,23%). Esse expressivo efeito inibitório do SSTI2 sobre a atividade catalítica das peptidases do tipo tripsina provenientes do intestino médio dos insetos sugere um possível efeito supressor no desenvolvimento e sobrevivência de insetos alimentados com dietas contendo o inibidor. Assim, futuros estudos in vivo e avaliações de outras propriedades bioquímicas do inibidor serão importantes para determinar a potencial aplicação biotecnológica do SSTI2, especialmente para o combate de A. aegypti, A. grandis e A. gemmatalis. Além disso, a sequência do SSTI2 elucidada nesse estudo possibilita a síntese, clonagem do gene codificante e expressão heteróloga dessa potencial ferramenta biotecnológica.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2012.
Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2013-04-04T16:13:01Z No. of bitstreams: 1 2012_LeonardoCunhadeAlbuquerque.PDF: 3251557 bytes, checksum: 30b5d66dd563e940f160263b12ed9580 (MD5)
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Os begomovírus (família Geminiviridae, gênero Begomovirus) possuem genoma constituído por DNA circular de fita simples, apresentam um (monopartido) ou dois (bipartido, DNA-A e DNA-B) componentes genômicos e são transmitidos naturalmente a diversas espécies de dicotiledôneas por moscas-brancas (Bemisia tabaci). Este grupo de vírus é conhecido pelos danos que causa em diversas plantas de importância econômica, incluindo duas das principais culturas do Brasil, o tomateiro (Solanum lycopersicum) e a batateira-doce (Ipomoea batatas). O objetivo deste trabalho foi realizar um estudo de diversidade genética de begomovírus que infectam o tomateiro e a batateira-doce. Neste estudo, o DNA viral de diversas amostras de tomateiro coletadas em 2003/04 foi analisado com o objetivo de caracterizar e estudar a diversidade genética desses begomovírus em três regiões do Brasil (Sudeste, Centro-Oeste e Nordeste). Como resultado, foram descritas as sequências completas de três begomovírus: uma nova espécie, Tomato interveinal chlorosis virus (ToICV), e duas espécies anteriormente descritas, porém apenas com sequências parciais do DNA-A disponíveis, Tomato mottle leaf curl virus (TMoLCV) e Tomato golden vein virus (TGVV). As sequências completas do DNA-B de TMoLCV e TGVV e do DNA-A de variantes de Tomato severe rugose virus (ToSRV) também são descritas. Como segunda parte do trabalho, em batateira-doce, o estudo foi realizado a partir de amostras coletadas do banco de germoplasma da Embrapa Hortaliças e do campo de produção de quatro estados do Brasil (Rio Grande do Sul, São Paulo, Pernambuco e Paraíba). Um total de 36 sequências completas foram determinadas e comparadas com outras sequências obtidas de bancos de dados públicos (GenBank) afim de fornecer uma visão geral da diversidade genética de sweepovírus (nome proposto para os begomovírus que infectam plantas do gênero Ipomoea) do Brasil. Também foi proposta uma revisão na classificação e nomenclatura desses vírus de acordo com os critérios taxonômicos atuais para a família Geminiviridae adotados pelo Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV). Do total de 36 sequências determinadas aqui, uma nova espécie foi identificada e nomeada Sweet potato leaf curl Sao Paulo virus (SPLCSPV) e os demais isolados foram classificados como novas estirpes ou variantes de Sweet potato leaf curl virus (SPLCV), Sweet potato golden vein-associated virus (SPGVaV) e Sweet potato leaf curl Spain virus (SPLCESV). Além dos estudos de caracterização molecular e diversidade genética, as sequências dos isolados de tomateiro e batateira-doce foram analisadas para detectar possíveis eventos de recombinação e os resultados demonstraram que uma série de eventos de recombinação inter e intra-espécies ocorreu na região intergênica (RI) e na metade da ORF C1 (open reading frame C1). Estes resultados demonstram que algumas espécies de begomovírus que infectam tomateiro são predominantes em regiões específicas do país e que estes vírus estão evoluindo continuamente por meio de mecanismos de variabilidade genética, entre eles a recombinação, como mostrado neste estudo. Em batateira-doce, os resultados apresentados indicam que a diversidade genética de begomovírus é maior que a anteriormente descrita e que o acúmulo viral, favorecido pela propagação vegetativa da cultura, resulta em eventos de recombinação levando ao surgimento de novas espécies e estirpes. _______________________________________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT
Begomovirus) have a circular, single strand DNA with one (monopartite) or two (bipartite, DNA-A and DNA-B) genomic components and are naturally transmitted by whiteflies (Bemisia tabaci) to several dicotyledonous species. This group of viruses is known to cause damage in several economically important crops, including two of the main crops in Brazil, tomato (Solanum lycopersicum) and sweet potato (Ipomoea batatas) plants. The aim of this work was to study genetic diversity of begomovirus infecting tomato and sweet potato plants. In this study, viral DNA of various tomato samples collected in 2003/04 was analyzed in order to characterize and study the genetic diversity of begomoviruses in three regions of Brazil (southeast, central- west and northeast). As a result, the full DNA-A sequences of three begomoviruses were described for the first time: a new tomato-infecting begomovirus, Tomato interveinal chlorosis virus (ToICV), and two previously described begomoviruses for which only partial DNA-A sequences were available, Tomato mottle leaf curl virus (TMoLCV) and Tomato golden vein virus (TGVV). The complete sequences of the DNA-B components of TMoLCV e TGVV and the DNA-A components of a number of Tomato severe rugose virus variants are also presented. As the second part of the work, in sweet potato plants, the study was conducted from samples collected in the sweet potato germplasm bank of Embrapa Vegetables and in commercial fields across four Brazilian states (Rio Grande do Sul, São Paulo, Pernambuco and Paraíba). A total of 36 complete genome sequences was determined and compared with others from public nucleotide sequence databases (GenBank) to provide an overview of the sweepovírus (proposed name to the begomoviruses that infect plants of Ipomoea genus) genetic diversity in Brazil. Adittionally, it is proposed a review in the classification and nomenclature of these viruses in accordance with the study group on the taxonomy of geminiviruses of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). From the 36 complete genome sequences determined in this work, a novel species was identified and named Sweet potato leaf curl Sao Paulo virus (SPLCSPV) and the other isolates were classified as new strains or variants of Sweet potato leaf curl virus (SPLCV), Sweet potato golden vein-associated virus (SPGVaV) and Sweet potato leaf curl Spain virus (SPLCESV). In addition to studies of molecular characterization and genetic diversity, the tomato and sweet potato-infecting sweepovirus sequences were analyzed to detect possible recombination events and it was demonstrated that most of the inter and intra-species recombination events occurred in the intergenic region (IR) and in the middle of C1 open reading frame (ORF). These results demonstrated that some tomato-infecting begomovíruses are prevalent in specific regions of Brazil and that these viruses are continually evolving though mechanism of genetic variability, including recombination, as showed in this study. In sweet potato, the results showed here indicate that the genetic diversity of begomoviruses is considerably greater than previously reported and that the accumulation of viruses, favored by vegetative propagation of culture, result in recombination events leading to the emergence of new species and strans.