Dissertations / Theses on the topic 'Biodiversité forestière – Conservation'

Le taupin violacé - Limoniscus violaceus (Müller, 1821) - est une espèce de coléoptère vivant dans le terreau des cavités d'arbres. Menacé d'extinction en Europe, il est inscrit en Annexe II de la directive " Habitats " dont l'objectif est d'assurer la préservation des habitats et des espèces d'intérêt communautaire au sein du réseau Natura 2000. Les gestionnaires d'espaces naturels où il est présent doivent assurer l'état de conservation de ses populations. Cependant, les difficultés de détection de l'espèce ont limité le développement des connaissances sur sa biologie et son écologie essentielles à la mise en place d'une stratégie de conservation. Cette lacune a motivé la réalisation de ce travail de thèse. Il commence par la compilation des données relatives à sa répartition: 184 localités à travers 17 pays. Plusieurs discordances avec les données énoncées par le réseau Natura 2000 sont mises en évidence. Une méthode de suivi de l'espèce par piégeage à émergence est développée et testée dans 5 sites Natura 2000 français. Les résultats obtenus associés à la description des cavités d'arbres et de leur environnement permettent l'identification d'un modèle prédictif des cavités habitées par Limoniscus violaceus dépendant de deux facteurs simples d'utilisation : l'état d'avancement de la cavité et la circonférence de l'arbre à 30 cm du sol. L'étude de leur valeur seuil et de leurs intervalles de confiance conduit à l'élaboration d'une règle de décision pour l'évaluation des habitats favorables à l'espèce. Parallèlement, l'analyse de la composition des assemblages d'espèces échantillonées se base sur la détermination de 231 coléoptères saproxyliques. La préservation des cavités favorables pour Limoniscus violaceus apparait bénéfique pour la majorité d'entre eux, justifiant le potentiel d'espèce parapluie qui lui est attribué. Dans une perspective de prospection, une liste d'espèces indicatrices est identifiée. Elle permet de prioriser les sites au sein desquels une stratégie de suivi des cavités basses favorables pour la biodiversité et pour Limoniscus violaceus doit être envisagée. L'étude du comportement de dispersion à partir des résultats d'échantillonnage par émergence associé aux connaissances bibliographiques suggère une taille des populations locales d'environ 10 adultes dont 3 dispersent par cavité chaque année. Un regard sur la sex-ratio apporte des éléments complémentaires de réflexion sur le fonctionnement des populations. Enfin, un cas concret de stratégie de conservation pour l'espèce en forêt de Grésigne est présenté. Afin d'assurer le recrutement d'arbres à cavité pour pérenniser les populations de Limoniscus violaceus, des recommandations de gestion fondées sur l'aménagement forestier en cours et l'étude des origines des cavités sont émises.

Cette étude a évalué l’effet de scénarios d’aménagement de l’habitat du caribou forestier (Rangifer tarandus) sur la diversité aviaire. Un indice d’occupation de 29 espèces d’oiseaux a été développé à partir d’observations de terrain, puis comparé entre sept paysages simulant différentes répartitions des coupes forestières et deux cycles de rotation de coupe. Alors que la répartition des coupes influençait peu les assemblages d’oiseaux, la diversité aviaire était maintenue davantage après une rotation de 100 ans qu’une de 60 ans. Les assemblages d’espèces attendus après ces deux cycles étaient différents de ceux d’un paysage sans coupe, indiquant qu’un temps de révolution plus court que le cycle de perturbations naturelles affecterait la diversité aviaire. Notre méthodologie permet donc d’évaluer l’impact de stratégies d’aménagement sur la biodiversité avant leur mise en œuvre. Nous avons ainsi pu démontrer que l’aménagement de l’habitat du caribou actuellement préconisé ne suffirait pas à conserver les oiseaux boréaux.
This study assessed the effect of habitat management for the recovery of boreal caribou (Rangifer tarandus) on the diversity of boreal birds. An index of occupancy was estimated for 29 bird species from surveyed data, and then compared among seven simulated landscapes contrasting in cut-block distribution and harvest rotation. Whereas cut-block distribution had little effect on bird assemblages, bird diversity was better maintained under a 100-year harvest rotation than a 60-year rotation. Bird assemblages for both harvest rotations differed significantly from assemblages expected in an uncut landscape, implying that rotations shorter than natural disturbance cycles could affect regional biodiversity. Our method thus allows the assessment of the long-term impact of various management strategies on biodiversity prior their implementation. On this basis, we showed that the current habitat management guidelines for boreal caribou recovery would not be sufficient to conserve bird diversity in the boreal forest.

Le déclin de la biodiversité lié à l'augmentation des pressions sur les ressources naturelles, fait l'objet d'un large consensus. Cette situation souligne un besoin urgent de développer des outils de diagnostic et de suivi de l'état de la biodiversité qui soient spatialisés, rapides à mettre en œuvre, peu coûteux et qui permettent de réaliser des expertises à l'échelle des territoires. Une des hypothèses centrales en écologie est qu'il existe des relations positives entre l'hétérogénéité spatiale mesurée dans la mosaïque paysagère et la richesse en espèces qui peut y cohabiter à différentes échelles. Dans ce travail, nous nous appuyons sur cette hypothèse pour développer un Indice de Biodiversité Spécifique Potentielle afin de réaliser un diagnostic de l'état de la biodiversité dans la mosaïque paysagère intra-forestière à différentes échelles, en prenant l'exemple du massif du Vercors. Cet indice s'appuie sur des indicateurs et des critères capables de refléter le niveau de biodiversité potentiellement présente dans une zone géographique donnée, et permet d'approfondir les connaissances sur les relations entre la structure des peuplements, les caractéristiques de la mosaïque forestière et la richesse ou la répartition géographique des espèces. Les étapes clés de la méthodologie et de son évaluation sont valorisées sous forme d'articles. La représentation spatiale de la biodiversité potentielle à différentes échelles permet d'envisager de nombreuses applications dans les domaines de la conservation et de la gestion forestière multifonctionnelle.

Cette recherche part du constat d'un dysfonctionnement de l'aide au développement et à la conservation. Depuis les années 1980 et malgré la succession des stratégies de l'aide, les résultats restent souvent insatisfaisants, médiocres, voire contraires aux effets recherchés. Pour comprendre ce phénomène, nous partons d'un territoire forestier, Amindrabe, situé au Centre-Est de Madagascar. En nous focalisant sur ce territoire, ses habitants et les programmes d'aide qui le ciblent, nous prenons progressivement conscience des logiques sous-jacentes à ce système global du développement : qu'est-ce qui s'y passe concrètement ? Comment est-ce organisé ? Pourquoi ces dynamiques se poursuivent-elles malgré des effets décevants ? La singularité de notre proposition est de nous détacher de la littérature surplombante pour partir du perçu et du vécu des habitants et des porteurs des programmes. Cette analyse empirique et qualitative amène à poser un regard critique sur les croyances fondatrices des stratégies de l'aide. Nous mettons en lumière une organisation hiérarchisée et compartimentée en différentes sphères déconnectées entre elles et déconnectées de la réalité locale. Les croyances, illusions et intérêts de chacun participent à renforcer l'incompréhension entre sphères et à détourner les actions des objectifs initiaux, par un processus qui se répète. En décortiquant un système d'acteur particulier, ses mondes et ses dynamiques du local au global, nous invitons le lecteur à un plongeon au-delà de ces incompréhensions
This research is based on the observation of a dysfunction in aid for development and conservation. Since the 1980s and despite the succession of aid strategies, the results are often unsatisfactory, mediocre or even contrary to the desired effects. To understand this phenomenon, we begin in a forest territory, Amindrabe, located in the Central-East of Madagascar. By focusing on this territory, its inhabitants and the aid programs that target it, we gradually become aware of the underlying logic of this global development system: what is actually happening there? How is it organized? Why do these dynamics go on despite disappointing effects? The singularity of our proposal is to detach ourselves from the overhanging literature to start with the perceived experiences of the inhabitants and the bearers of the programs. This empirical and qualitative analysis leads us to take a critical look at the founding beliefs of aid strategies. We highlight a hierarchical and compartmentalized organization in different spheres: disconnected from each other and disconnected from the local reality. The beliefs, illusions and interests of each actor contribute to reinforce the incomprehension between spheres and to divert the actions from the initial objectives by a process that repeats itself. By anatomizing a particular actor system, its worlds and its dynamics from local to global, we invite the reader to a dive beyond these incomprehensions

Nous avons comparé trois scénarios sylvicoles pratiqués il y a 20 ans dans la sapinière à bouleau blanc, après une coupe de récupération de peuplements sévèrement endommagés par la tordeuse des bourgeons de l’épinette. Le dispositif se situait dans la réserve faunique des Laurentides et dans le Parc national de la Jacques-Cartier. Un total de 3124 coléoptères a été capturé à l’aide de pièges à impact, dont 168 espèces saproxyliques (dépendant du bois mort ou moribond) et 98 non-saproxyliques. Malgré des volumes de bois mort au sol relativement importants (46m³/ha) dans les peuplements aménagés, les assemblages de coléoptères saproxyliques différaient entre les sites récupérés et non récupérés, même si l’abondance et la richesse spécifique étaient semblables. Des différences peu importantes ont été observées entre les trois scénarios sylvicoles. Vingt ans plus tard, la coupe de récupération apparaît toujours comme l’élément perturbateur ayant entrainé les plus grands changements dans le biotope.
We compared three silvicultural scenarios implemented 20 years ago after salvage logging of severely damaged balsam fir/white birch stands by the spruce budworm. The study area was located in the réserve faunique des Laurentides and Parc national de La Jacques-Cartier. Overall, 3124 beetles were captured with impact traps, 168 species being saproxylic (dependent of dead wood or moribund trees) and 98 non-saproxylic. Despite the relatively high amounts of down dead wood (46m³/ha) found in managed stands, saproxylic beetle assemblages differed among salvaged and non salvaged stands, even if beetle abundance and richness were similar. Slight differences were observed between the three silvicultural scenarios but 20 years later, salvage logging still appears as the disturbance element that brought the most important changes into the biotope.

Pentadesma butyracea Sabine est l’une des quatre espèces du genre Pentadesma endémique de l’Afrique. Elle est distribuée de la Sierra Léone au Gabon dans deux grands types d’habitats :les forêts denses humides discontinues du domaine guinéo-congolais (Haute- et Basse-Guinée) et le domaine soudanien du couloir sec du Dahomey (assimilé à une barrière à l’échange de gènes et d’espèces entre les deux blocs guinéo-congolais). Dans ce dernier, l’espèce se retrouve dans des galeries forestières et occupe une place capitale dans le développement socio-économique des communautés locales en raison des multiples biens et services que procurent ses produits (alimentation, médecine et pharmacopée traditionnelle, etc.). Cependant, des pressions d’origines multiples, telles que le ramassage des graines pour fabriquer du beurre, la fragmentation de l’habitat et sa destruction en faveur du maraîchage, les pratiques culturales inadaptées, les incendies, font peser de lourdes menaces sur l’espèce.

Le but de ce travail est d’acquérir les connaissances requises pour la conservation et la gestion durable des ressources génétiques de l’espèce. Trois objectifs ont été définis :(i) étudier la phylogéographie de l’espèce, (ii) étudier sa variabilité morphologique et génétique au Bénin et (iii) caractériser sa biologie de reproduction. En amont de ces travaux, nous avons développé onze marqueurs microsatellites nucléaires chez P. butyracea (chapitre 2). Ils ont été utilisés pour l’étude de la phylogéographie et la diversité génétique de P. butyracea (chapitres 3 et 5), ainsi que pour étudier la dépression de consanguinité et les paramètres de son système de reproduction (chapitre 7).

La caractérisation de la répartition spatiale des lignées génétiques de régions intergéniques de l’ADN chloroplastique et de l’ADN ribosomal (ITS) a détecté deux lignées génétiques allopatriques entre le Haut et le Bas-Guinéen, indiquant une forte différenciation génétique et un signal phylogéographique. L’analyse des microsatellites détecte trois pools géniques correspondant aux trois régions étudiées (Haute Guinée, Dahomey Gap et Basse Guinée). La diversité génétique est faible dans le Dahomey Gap, modérée dans le Haut-Guinéen et élevée dans le Bas-Guinéen. Ces résultats indiquent une séparation très ancienne des populations d’Afrique centrale et d’Afrique de l’ouest, alors que celles du Dahomey Gap pourraient résulter des forêts denses humides de l’Afrique de l’ouest lors de la période Holocène humide africaine. Dans ce couloir sec, les populations ont subi une forte dérive génétique, potentiellement due à des évènements de fondation. Au Bénin, deux groupes éco-morphologiques ont été détectés suivant un gradient nord-sud, contrastant avec deux pools géniques présentant une distribution est-ouest.

P. butyracea est une espèce auto-compatible majoritairement allogame. La corrélation de paternité est plus élevée aux niveaux intra-fruit vs. inter-fruits, et au sein d’une population de petite taille vs. de grande taille. Les principaux pollinisateurs au Bénin sont deux oiseaux (Cyanomitra verticalis, Cinnyris coccinigastrus) et trois abeilles (Apis mellifera, Meliponula togoensis, Hypotrigona sp.). La productivité totale en fruits augmente en fonction de l’âge de l’arbre et varie en fonction de l’année, atteignant un pic pour les arbres ayant un diamètre de 60-80 cm. Les graines sont récalcitrantes et ont une teneur en eau de 42.5 ± 2.9 %.

L’analyse des paramètres de reproduction et de diversité génétique, associés aux facteurs écogéographiques, nous a permis de proposer un échantillon de neuf populations représentatives de la diversité à l’échelle du Bénin, dans la perspective d’une conservation in situ. Le succès de celle-ci dépendra des efforts conjugués des communautés locales, de la recherche forestière et de la définition d’un cadre législatif par le politique pour la protection des habitats. La conservation ex situ est envisagée sous forme d’un verger rassemblant diverses origines, présentant l’intérêt supplémentaire de permettre d’étudier les contributions de la diversité génétique et de la plasticité phénotypique à la variation phénotypique. / Pentadesma butyracea Sabine is one of the four species of the endemic genus Pentadesma in Africa. The species is distributed from Sierra Leone to Gabon in two major types of habitats: the discontinuous and dense Guineo-Congolian rainforests (Upper and Lower Guinea) and the Sudanian domain of the dry corridor of Dahomey (considered as a barrier to the exchange of genes and species between Upper and Lower Guinea). In the latter, the species is found in gallery forests and plays a vital role in the socio-economic livelihood of local communities due to the various resources and services that provide its products (food, medicine and traditional, etc.). However, pressure from many sources including the collection of seeds to make butter, habitat fragmentation and its destruction for market gardening, inadequate agricultural practices, fires, are serious threats to the species.

The aim of this work was to acquire appropriate knowledge for the conservation and sustainable management of genetic resources of the species. Three objectives were defined (i) study the phylogeography of the species; (ii) evaluate its morphological and genetic variability in Benin; and (iii) characterize its reproductive biology. In a preliminary work, eleven nuclear microsatellite markers of P. butyracea were developed (Chapter 2). They were used for the study of phylogeography and genetic diversity of P. butyracea (chapters 3 and 5), and to study the inbreeding depression and parameters of its breeding system (Chapter 7).

The characterization of the genetic lineages and their spatial distribution using intergenic regions from chloroplast DNA and ribosomal DNA (ITS) region detected two allopatric genetic lineages between Upper and Lower Guinea, indicating a high genetic differentiation and a phylogeographic signal. Microsatellite markers allowed us to detect three genepools matching with the three studied regions (Upper Guinea, Dahomey-Gap and Lower Guinea). Genetic diversity was low in the Dahomey Gap, moderate in Upper Guinea and high in Lower Guinea. These results indicate an ancient separation of populations from Central and West Africa, while those from Dahomey Gap could originate West African rainforests (Upper Guinea) during the African humid Holocene period. In this dry corridor, populations experienced high genetic drift, possibly due to founding events. In Benin, two eco-morphological groups were detected following a north-south gradient, contrasting with two gene pools presenting an east-west distribution.

Pentadesma butyracea is a self-compatible, mainly allogamous species. The correlation of paternity was higher within-fruit vs. among-fruits, and in population of small size vs. large size. The main pollinators in Benin are two birds (Cyanomitra verticalis, Cinnyris coccinigastrus) and three bees (Apis mellifera, Meliponula togoensis, Hypotrigona sp.). Total productivity in fruit increases with tree age and varies yearly, reaching a peak for trees of 60-80 cm of diameter class. Seeds are recalcitrant (i.e. they cannot be conserved at low temperature), having a water content of 42.5 ± 2.9% at maturity.

The analysis of reproduction and genetics parameters, associated with eco-geographic factors, enabled us to select nine populations representative of the diversity in Benin, from the perspective of in situ conservation. The success of the latter will depend on combined efforts of local communities, forest research and an adequate legislative framework for the protection of habitats. Ex situ conservation is envisaged as an orchard assembling various origins, and would have the additional advantage of allowing to study the contribution of genetic diversity and phenotypic plasticity to phenotypic variation.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

Contexte: La fragmentation des habitats induisant une diminution de leur surface, de leur connectivité et une augmentation de la zone de contact avec d’autres milieux constitue l’une des menaces majeures pour le maintien de la biodiversité. Les effets de la fragmentation ne doivent pas être confondus avec les perturbations transitoires liées à un morcellement de l’habitat par une déforestation récente. Les îlots forestiers du Chaco humide, situés sur des monticules légèrement surélevés par rapport à la savane environnante qui est régulièrement inondée et brûlée, constituent un système naturellement fragmenté propice à l’étude des effets de la fragmentation sensu stricto. Dans ces forêts subtropicales sèches, comme dans la plupart des écosystèmes terrestres, les fourmis constituent l’un des organismes les plus abondants.

Objectif: Le but principal de la thèse a été de déterminer, à trois échelles spatiales, les facteurs influençant la structure des assemblages de fourmis terricoles :(1) à l’échelle du microhabitat constitué par la litière de feuilles et la couverture végétale dominée par des broméliacées terrestres ;(2) à l’échelle du fragment forestier dont la surface, la forme et l’isolement est variable ;(3) à l’échelle du paysage, constitué de forêt et de savane, soumis à des feux périodiques, et au niveau duquel nous nous sommes intéressés aux effets de bord se produisant à l’interface entre les deux milieux.

Méthode: Le site d’étude est la forêt naturellement fragmentée du Parc national Rio Pilcomayo localisé dans le Chaco humide argentin. Onze fragments forestiers de taille (± 2.5ha, 25ha et 250ha), de forme et de degré d’isolation divers ont été échantillonnés ainsi que la savane environnante, récemment brûlée ou non. La diversité et la densité des fourmis a été quantifiée au moyen d’un protocole standardisé

(« protocole A.L.L. ») qui a été préalablement calibré pour en définir la représentativité. Ce protocole consiste en un transect de 200m le long duquel sont placés, à intervalles de 10m, des pièges à fosse et des quadrats délimitant 1m² de litière de feuilles. La faune vivant dans la litière est ensuite extraite au moyen d’un dispositif appelé Winkler. Le calibrage du protocole a été réalisé en suréchantillonnant 8

fois le transect (160 points d’échantillonnage au lieu de 20). Cet échantillonnage quasi exhaustif de 200m² a permis de comparer l’estimation du nombre d’espèces obtenue par le transect standardisé ALL avec sa valeur réelle et d’étudier la distribution des espèces à l’échelle du mètre. Les facteurs du microhabitat les plus susceptibles d’influencer la distribution des fourmis (quantité de litière et densité de broméliacées) ont été mesurés systématiquement le long des transects. Pour l’étude de la distribution des fourmis depuis le coeur d’un grand fragment jusque dans la savane, des transects de 500m ont été utilisés et ont permis de mesurer des effets de bords éventuels. Un total de 800 Winkler et 560 pièges à fosses ont été analysés lors de cette étude.

Résultats: Un transect standardisé A.L.L. permet d’obtenir, à partir de 20 échantillons et de méthodes analytiques adéquate, une estimation fiable de la richesse locale au sein de 200m² mais n’est pas toujours représentatif de la fréquence relative des espèces. Au total, 150 espèces de fourmis ont été récoltées dont 130 en forêt et 79 en savane (dont 59 espèces communes aux deux milieux). Au niveau du micro-habitat, on observe pour certaines espèces des pics périodiques d’abondance (maximum tous les 10m) correspondant vraisemblablement à l’emplacement des colonies qui s’espacent pour diminuer la compétition intraspécifique. Associé aux micrconvexités topographiques l’on observe également des pics de densité de broméliacées et de quantité de litière qui favorisent une grande densité d’espèces différentes de fourmis. À l’échelle de l’habitat, les îlots forestiers petits et isolés sont les moins riches, principalement en espèces typiquement forestières. Dans les larges fragments, les espèces typiquement forestières se distribuent indépendamment de la distance les séparant du bord. Quelques espèces typiques de savane pénètrent en bordure de forêt et provoquent une plus grande variabilité de la faune récoltée au sein des quadrats de litière situés à cet endroit. Cependant, aucun pic de diversité

correspondant à une zone de superposition d’espèces de bord et de centre n’a été observé au sein des fragments forestiers. Les feux de savane modifient la fréquence relative des espèces les plus communes mais n’affectent pas la richesse globale du milieu et ne pénètrent pas dans la forêt.

Conclusions: Le protocole standardisé ALL, utilisé couramment par de nombreuses équipes de

chercheurs à travers le monde, mais qui n’avait encore jamais été réellement calibré avant notre étude, apparaît comme une méthode minimale mais suffisante pour déterminer la richesse locale en fourmis d’une forêt du Chaco humide. Ce calibrage a permis, en outre, de mettre en évidence un taux important de renouvellement des espèces à l’échelle du mètre carré. Nos résultats soutiennent l’idée que la disponibilité en ressources favorables, plus que la compétition interspécifique, est un mécanisme majeur

structurant les assemblages de fourmis des litières. À l’échelle du micro-habitat, un grand nombre d’espèces de fourmis forestières coexistent dans les zones riches en matière organique associée à la présence de broméliacées qui apparaissent comme un facteur structurant majeur de la distribution des fourmis. Au niveau de la litière, les colonies de différentes espèces ont des aires de fourragement qui se

superposent tandis que les colonies de même espèce ont tendance à s’espacer limitant la compétition pour les mêmes ressources. Un effet de bord, lié à des modifications locales des conditions climatiques et de la structure de la végétation, ne se marque pas au niveau de la myrmécofaune dans ce type de milieu, ce qui explique que l’on n’observe pas le traditionnel pic de diversité au niveau de la zone de transition entre deux milieux. Du point de vue de la conservation des espèces, des fragments forestiers de 15ha, bien connectés, apparaissent comme des conditions minimum pour conserver l’ensemble des espèces de fourmis de l’assemblage.
Doctorat en Sciences
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Cette etude sur les mosaiques forestieres au sud du togo est une contribution a une meilleure connaissance de la flore, estimee a environ 4000. Six cent quarante neuf especes ont ete recensees dans les ilots forestiers dont 53 (8,2%) nouvelles pour la flore. Onze groupements vegetaux ont ete decrits sur la base des compositions floristiques, des structures verticales et des conditions d'installation. Neuf autres groupements ont ete definis dans les savanes et les vegetations anthropophiles environnant ces ilots. Ces groupements vegetaux font partie de deux types principaux de foret : - la foret littorale qui se developpe sur sables et alluvions cotiers. Elle est pauvre floristiquement et se maintient sous de faibles precipitations (800 mm/an), grace au degre hygrometrique eleve (90%) et a une nappe phreatique a faible profondeur ; - la foret semi-caducifoliee qui occupe le socle, la terre de barre et certaines vallees. Elle se developpe sous une pluviometrie de 1000 a 1200 mm/an. Elle est au contact des savanes guineennes qui brulent chaque annee. Les mosaiques forestieres sont situees dans le couloir du dahomey qui est une interruption de la foret tropicale ouest africaine. L'etude des groupements vegetaux revele l'existence d'un gradient floristique qui traverse ce couloir. Plus l'ilot est proche des blocs forestiers de l'ouest ou de l'est, plus sa flore est enrichie en elements humides. Les indices de diversite de shannon et de simpson sont forts pour les ilots > 50 ha. Entre 10 et 50 ha, les indices sont plus faibles que ceux des ilots de superficie <10 ha. C'est l'effet de lisiere qui accroit la diversite floristique de ces derniers. Mais quand la superficie est importante (>50 ha), la richesse en microhabitats est plus grande et permet une augmentation de la diversite floristique. Les indices de shannon et de simpson indiquent aussi que la distance entre ilots n'influence pas la richesse floristique. Un ilot au voisinage d'autres n'est pas floristiquement plus riche qu'un ilot eloigne des autres. La variable spatiale la plus determinante sur la flore des ilots est la distance aux habitations. Les ilots proches des maisons sont proteges contre les feux de brousse mais sont soumis a une exploitation intense (prelevements de bois, de plantes medicinales, le passage des animaux, etc. ). Une consequence de cette proximite des habitations est la dissemination d'especes exotiques qui concurrencent activement la flore autochtone. Au sud du togo, il n'y a pas de progression de la foret. Ce qui est different des observations faites ailleurs sur les franges du climat guineen. La tendance est a la regression ou le maintien d'une couverture en mosaique. La faible pluviosite (800 a 1200 mm/an) et la forte densite de la population (200 a 300 habitants/km#2) en sont les principales causes. Cependant, trois atouts essentiels existent pour une conservation du couvert forestier et de la biodiversite au sud du togo : - la plupart des groupements vegetaux environnant les ilots forestiers s'inscrivent dans une dynamique forestiere ; - les croyances populaires favorisent certaines especes vegetales. La protection de celles-ci et de leur environnement immediat permet la creation de petites forets sacrees ; - les populations manifestent une volonte de preserver leur environnement a travers les mises en defens, les mesures de protection et d'interdiction (sites sacres, lieux de culte, de sepulture, de pelerinage ou de collecte de plantes medicinales), permettant la conservation de certaines forets existantes.

Dans le bassin du Congo, la forêt n'est plus uniquement aujourd'hui le territoire des populations forestières ancestrales. Ceux-ci partagent l'espace forestier avec une multitude d'autres acteurs : exploitants forestiers, sociétés de safari, ONG de conservation de la biodiversité ou de défense des populations autochtones... Si les regards et les représentations sur la forêt sont différents, parfois antagonistes, tous ces acteurs sont amenés à gérer ensemble les ressources et les territoires d'une forêt devenue plurielle sous l'injonction des instances internationales et des nouvelles préoccupations mondiales. Ce travail brosse le portrait d'une zone forestière dans la complexité de ses composantes et de ses changements dynamiques. Il met en évidence comment les nouvelles modalités de gouvernance imposée, en dépit de leur normativité, s'hybrident avec les formes locales de gouvernance et produisent des effets inattendus.

Au Québec, les chemins forestiers causent de nombreuses répercussions environnementales en modifiant les caractéristiques de l’écosystème. L’augmentation de la densité du réseau routier a manifestement des effets négatifs sur la biodiversité. Le droit applicable au territoire forestier québécois prend-il en compte de manière appropriée ces effets sur la biodiversité? Afin de répondre à cette question, le droit applicable aux chemins forestiers est abordé sous deux angles d’analyse : l’approche de droit classique puis l’approche innovatrice. Selon l’angle d’approche, chaque source du droit est décrite, puis, analysée en se basant sur les trois stratégies suivantes : (1) Réduction significative de la construction des routes, (2) Limitation d’accès, fermeture et reboisement des routes, (3) Mesures d’atténuation des impacts liés aux routes. Au final, on constate que le droit applicable aux chemins forestiers du Québec prend en compte indirectement, mais de diverses manières, les effets potentiellement nuisibles à la biodiversité.

La disparition et la fragmentation d’habitat sont considérées comme des causes majeures de l’érosion de la biodiversité.Les forêts sont parmi les plus riches écosystèmes terrestres de la planète. La simplification structurelle et la disparition d’éléments d’habitats clés qui résultent de leur exploitation mettent en péril la biodiversité qu’elles abritent.Grâce à l’analyse de différents jeux de données mutualisés entre plusieurs laboratoires et de deux jeux de donnéesoriginaux générés par mes travaux, l’objectif de cette thèse est d’évaluer le rôle joué par plusieurs éléments de la Trame de Très Vieux Bois pour la diversité des coléoptères saproxyliques aux échelles locale et paysagère. L’effet des caractéristiques du milieu et la biodiversité associée aux ilots de vieillissement, réserves forestières et arbres isolés extra-forestiers ont été évalués.En parallèle, nous avons conduit des explorations méthodologiques concernant la principale technique d’échantillonnagede notre modèle biologique. Nous avons mis en évidence les effets (i) forts de la réplication spatiale ou temporelle des dispositifs d’échantillonnage sur les données obtenues, mais (ii) négligeables de l’exclusion d’une famille couteuse en temps d’identification sur les résultats.Nos résultats écologiques indiquent l’effet de l’arrêt d’exploitation sur la reconstitution des compartiments bois mort etdendromicrohabitats et des assemblages de coléoptères saproxyliques associés, au contraire de l’extension de rotationreprésentée par les ilots de vieillissement. D’importantes densités de réserves forestières dans le paysage (plus de 20%) semblent nécessaires pour une conservation efficace de la faune saproxylique. De plus, nous avons mis en évidence qu’une part importante des espèces saproxyliques est préférentiellement retrouvée sur des arbres solitaires, non-forestiers. La totalité de la faune saproxylique n’est donc pas abritée par la forêt. Ces structures non forestières représentent des éléments primordiaux à prendre en compte pour la sauvegarde de la biodiversité saproxylique
Habitat loss and fragmentation are considered as major threats to biodiversity in forests, one of the species-richest terrestrial ecosystems worldwide. The structural simplification and the loss of key habitat elements resulting from forest harvesting threaten forest biodiversity. Through the analysis of datasets shared between laboratories and two original datasets created during this thesis, I intended to evaluate the role for associated beetle diversity of several components of the saproxylic habitat network at local and landscape scales. The effect of local environmental variables has been evaluated and the biodiversity associated with ageing stands, forest reserves and isolated non-forest trees were explored. In parallel, we have analyzed the main technique used to sample our study group. We highlighted (i) strong effects of spatial or temporal replication of sampling on data, but (ii) negligible effects of data simplification by excluding a time-expensive family on results. We demonstrated significant effects of forest setting aside on the restoration, mainly of dead wood and tree microhabitats, but also on associated saproxylic beetle assemblages. Extended rotations in ageing stands did not provide such positive effects. Besides, we evidenced that a high density of forest reserves in the landscape (over 20%) seems necessary to efficiently favor the saproxylic fauna. In addition, we observed that a significant proportion of saproxylic species prefer non-forest solitary tree habitats. The whole saproxylic fauna is therefore not hosted by forests. These non-forest saproxylic structures have to be included in conservation strategies dedicated saproxylic biodiversity

La destruction des habitats est considérée comme la première cause d’extinction d’espèces. Cependant, il est maintenant envisagé que la transformation des habitats en elle-même soit moins importante que la manière dont l’habitat transformé est utilisé. La conservation porte donc un intérêt croissant sur les milieux exploités, et les biologistes de la conservation recherchent activement des moyens de concilier production et maintien de la biodiversité. La plupart des efforts de recherche destinés à définir les pratiques d’exploitation optimales pour la conservation, consistent à comparer des modalités d’exploitation. Adopter une modalité d’exploitation implique en fait plusieurs décisions pour le gestionnaire. Dans ce contexte, j’ai cherché à décomposer les effets de ces décisions et particulièrement distinguer les décisions de gestion liées à l’intensité de production en elle-même, de celles liées à l’homogénéisation des paysages induite par l’intensification de la production. Dans cette optique, ce travail de thèse a consisté à analyser les variations spatiales des communautés d’oiseaux et de chauve-souris, dans les milieux agricoles et forestiers français. L’approche adoptée était à la fois (i) de mesurer l’abondance de chaque espèce pour identifier un éventuel appauvrissement de la communauté, et (ii) de comparer les réponses aux facteurs anthropiques des espèces spécialistes et généralistes, pour révéler une éventuelle homogénéisation biotique. Les résultats ont avant tout montré une prévalence des effets de l’intensité de production sur les effets de l’hétérogénéité des paysages. Ce travail de thèse s’est poursuivi par la recherche de stratégies possibles pour concilier production et conservation. Dans ce but, j’ai comparé la performance de scénarios dans lesquels l’intensité de production est soit répartie de manière homogène (« wildlife-friendly exploitation ») soit intensifiée sur une partie pour préserver la partie restante (« land sparing »). Les résultats ont alors plaidé en faveur de stratégies différentes pour les deux systèmes : une intensité de production modérée sur l’ensemble des forêts, et la mise en réserve des milieux agricoles extensifs.

Alors que la superficie des forêts de plantation continue d'augmenter dans le monde, leurcontribution à la conservation de la biodiversité reste controversée. L’objectif de cette thèse estd'identifier les facteurs clés, à la fois au niveau de l'habitat local et à celui du paysage, qui influent surla diversité des papillons de jour dans les paysages en mosaïque dominés par des plantations de pins.Les communautés de papillons ont été échantillonnées en lisière et à l’intérieur de plantations de pinmaritime, pare-feux, ripisylves et fragments de forêts de feuillus variant par la taille et le degréd’isolement spatial. Les traits biologiques et écologiques des papillons ont été liés auxcaractéristiques de l’habitat et aux variables paysagères.Les éléments les plus importants pour la conservation des papillons dans les paysages dominés parles plantations de pins sont les habitats semi-naturels: forêts de feuillus, pare-feux et lisières. Lesripisylves se révèlent être les plus riches en papillons forestiers, abritant des espèces spécialisées. Lespare-feux hébergent deux fois plus d'espèces que les autres types d'habitats et sont importants pourla conservation de plusieurs espèces menacées. Toutefois les plantations de pin ne sont pas vide depapillons. La qualité de l'habitat, notamment la présence de plantes hôtes, est le facteur le plusdéterminant de la composition des communautés de rhopalocères. La composition et laconfiguration du paysage ont également une influence importante sur la diversité des papillons. Denombreuses espèces de papillons ont été observées dans plusieurs types d'habitat suggérant que lacomplémentation et supplémentation des ressources soient des processus clés pour maintenir ladiversité des papillons dans les paysages forestiers hétérogènes
While the area of plantation forests continues to increase worldwide, their contribution to theconservation of biodiversity is still controversial. The aim of this thesis is to identify key habitat andlandscape factors that drive butterfly diversity in mosaic landscapes dominated by pine plantations.Butterfly communities were sampled at edges and interiors of five successional stages of pine stands,in firebreaks, riparian forests and in deciduous woodlands varying in fragment size and isolation.Biological and ecological traits of butterflies were related to habitat patch attributes and tolandscape composition and configuration.The results highlighted the critical importance of semi-natural habitats for butterfly conservation inpine plantation mosaics, i.e. deciduous woodlands, firebreaks and edges. Riparian forests wereespecially rich in forest butterfly species, harboring specialized species with both narrow habitat andthermal ranges. Firebreaks had twice as many species as other habitat types and were ofconservation value for several threatened butterfly species. Our results also showed that pine standswere not ‘free of butterflies'. Habitat quality, particularly the presence of host plants, was the mostimportant driver of butterfly community composition. Landscape composition and configuration alsoinfluenced butterfly diversity. Many species used more than one distinct habitat type, suggestingthat resource complementation and supplementation are important mechanisms of butterflydiversity persistence in pine plantation mosaics

Les îlots boisés, bois de petite taille (< 50 ha) isolés au milieu d'une matrice agricole, constituent un maillage de bois entre les grands massifs forestiers environnants. Les connaissances scientifiques sur le fonctionnement de ces objets forestiers mal définis, demandent à être développées tant du point de vue de leurs caractéristiques écologiques que de leur appropriation et utilisations par les populations locales. L'objectif de ce travail est d'une part de recenser le nombre d'espèces végétales d'un échantillon représentatif de bois et, d'autre part, d'identifier les facteurs impliqués dans le contrôle des processus d'évolution de la diversité des plantes à l'échelle de chaque îlot. Les hypothèses de départ s'appuient sur des résultats et réflexions de plusieurs champs disciplinaires : la biogéographie insulaire, l'analyse ethnoécologique des paysages et la géographie. La méthode élaborée prend en compte trois ensembles de données : écologique, sociale et spatiale, pour déterminer la trajectoire de la diversité végétale. Les processus qui l'animent peuvent être d'origines et de natures différentes : naturels ou anthropiques. Ils sont décrits par des facteurs, dont l'influence est évaluée pour chacun d'eux, puis globalement. Les résultats des analyses statistiques (AFC et CAH) et descriptives montrent que les deux groupes sont, en fait, étroitement lies et qu'il est plus juste de parler de facteurs ethnoécologiques. La part de l'anthropique apparaît très importante dans la définition de la diversité végétale. Les facteurs les plus influents, la surface de l'îlot et son hétérogénéité structurale, sont directement dépendants des pratiques des hommes et des sociétés locales. La dernière partie de ce travail construit, à l'aide des résultats des analyses ethnoécologiques, une typologie des facteurs et des processus impliqués dans la détermination de la diversité végétale. Ensuite, une réflexion sur les statuts des espèces et sur le patrimoine boisé en terre de grande culture amène à proposer les bases de quelques protocoles possibles pour la conservation des espèces végétales en terre de grande culture.

La modification des attributs forestiers et des composantes structurales tel les débris ligneux grossiers lors des activités de récolte forestière peut entraîner la disparition des espèces qui leur sont associées. En effet, une part importante de la biodiversité des écosystèmes boréaux est associée aux débris ligneux grossiers (arthropodes, champignons, bactéries, micro-mammifères et végétaux). De par leur grande sensibilité aux modifications environnementales (ensoleillement, température de l'air, nombre de débris ligneux grossiers), les bryophytes sont de bons indicateurs de ces changements. On désigne épixylique une bryophyte dont le substrat de prédilection est le bois en décomposition. Celles-ci peuvent donc être utilisées pour évaluer la disponibilité et la qualité des débris ligneux grossiers. Trois niveaux de perturbation (reflétant un gradient d'impact des activités forestières) sont utilisés pour observer la réponse des épixyliques : un témoin non perturbé, une coupe adaptée avec maintien du couvert (CAMC) et une coupe totale. L'objectif de cette étude est de voir si la coupe avec maintien du couvert pourrait maintenir une riche communauté d'épixyliques. Cette technique de récolte pourrait atténuer les changements environnementaux, notamment la destruction des débris ligneux grossiers. Les hypothèses sont : 1) les caractéristiques des débris ligneux grossiers sont corrélées avec le gradient de sévérité des traitements; 2) l'ouverture de la canopée et la température ambiante au niveau du débris ligneux grossiers sont plus élevées après la récolte et corrélées avec le gradient; 3) ces changements entrainent des différences dans la communauté des bryophytes le long du gradient. Au total, 225 débris ligneux grossiers distribués dans 45 parcelles permanentes (appartenant au dispositif du RECPA) ont été sondés pour évaluer leurs caractéristiques ainsi que pour procéder à l'inventaire des bryophytes. Les résultats de la sélection de modèles montrent que le traitement n'affecte pas directement la richesse des épixyliques, mais plutôt agit sur trois facteurs qui en retour affectent la richesse des épixyliques : l'ouverture de la canopée, le diamètre moyen et la classe de décomposition. Les habitats peu ouverts présentant de gros débris ligneux grossiers bien décomposés ont ainsi montré une richesse spécifique supérieure. Le fait que la majorité des épixyliques furent retrouvées plus communément au sol que sur les débris ligneux grossiers était inattendu. Les conclusions de cette étude démontrent que la coupe adaptée avec maintien du couvert offre le microclimat et une disponibilité de débris ligneux grossiers de qualité plus propice à la colonisation par les épixyliques. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Bryophytes épixyliques, débris ligneux grossiers, épinette noire, paludification, aménagement écosystémique

La structure des communautés de lichens épiphytes de la forêt boréale demeure peu décrite, particulièrement dans les forêts d'épinette noire de l'est de l'Amérique du Nord. Il est important de mieux décrire ces communautés et de mieux comprendre les facteurs qui déterminent l'abondance des différentes espèces ou groupes d'espèces de lichens épiphytes. Ces connaissances seront utiles pour formuler des recommandations d'aménagement, dans l'optique où il est de plus en plus reconnu que les pratiques d'aménagement forestier ne doivent pas mettre en péril le maintien de la biodiversité et des processus écosystémiques. Le premier chapitre contient une évaluation de l'influence du temps depuis le dernier feu, de la structure du peuplement, de la taille et de l'âge des arbres ainsi que la hauteur des branches sur la biomasse de lichens épiphytes dans la forêt boréale de l'Ouest du Québec. Nous avons échantillonné 12 sites appartenant à quatre stades de développement (de 50 à >200 ans). Nous avons estimé la biomasse de trois groupes de lichens épiphytes (Bryoria, Evernia et Usnea) sur 12 arbres dans chaque site. Nos résultats ont montré que la biomasse de Bryoria et d'Usnea était plus élevée dans les stades intermédiaires de développement (entre 101 et 200 ans) comparativement aux plus jeunes (50-100 ans) et plus vieux stades (>200 ans). La biomasse des trois groupes était supérieure sur les arbres de plus gros diamètres (>16 cm) comparativement aux plus petits arbres (<16 cm). Ces résultats indiquent que la protection des peuplements après feu âgés de 101 à 200 ans devrait être priorisée afin de maintenir le rôle fonctionnel des lichens épiphytes dans les paysages aménagés. Le second chapitre vise à comparer les communautés de lichens épiphytes dans différents types de forêts résiduelles laissées après coupe et de comparer les effets de lisière entre des forêts résiduelles linéaires étroites et de plus grandes forêts. Nous avons comparé la biomasse totale de différents groupes de lichens épiphytes (Bryoria spp., Usnea spp., and Evernia mesomorpha) dans quatre différents types de forêts : séparateurs de coupe linéaires, bandes riveraines, grands blocs de forêts résiduelles et forêts d'intérieur. Nous avons aussi examiné si les effets de lisières sur la biomasse lichénique étaient présents dans deux types de forêts résiduelles parmi les quatre, soit les séparateurs linéaires et les grands blocs de forêts résiduelles. Les résultats indiquent que la biomasse de Bryoria était plus élevée dans les grands blocs résiduels et dans les forêts d'intérieur par rapport aux bandes riveraines et aux séparateurs de coupe, et que la biomasse d'Evernia était plus élevée dans les bandes riveraines que dans les autres types de forêts. La biomasse d'Usnea ne variait pas selon les types de forêts. Le long des transects localisés perpendiculairement à la lisière dans les deux types de forêts résiduelles linéaires, la biomasse de Bryoria à 0 et 15 m à l'intérieur de la lisière était significativement plus basse qu'à 30 m. La biomasse d'Evernia et d'Usnea était significativement plus basse à la lisière de la coupe totale (0 rn) comparativement aux parcelles localisées à l'intérieur (30 rn). Nos résultats suggèrent que dans un paysage où seuls des séparateurs de coupe et des bandes riveraines seraient laissés en guise de forêts résiduelles, les communautés de lichens épiphytes typiques des forêts d'intérieur pourraient ne pas se maintenir, particulièrement les biomasses élevées de Bryoria observées dans les forêts d'intérieur. Le troisième chapitre porte sur la colonisation des jeunes peuplements par les lichens épiphytes, un phénomène important pour le maintien de populations viables dans les paysages forestiers affectés périodiquement par les perturbations sévères. Nous avons examiné la colonisation de différentes espèces relativement communes de lichens foliacés et fruticuleux épiphytes dans des peuplements d'épinette noire en régénération dans la forêt boréale de l'ouest du Québec. Le nombre de thalles ainsi que l'abondance des espèces ont été mesurés sur des branches prélevées sur des jeunes arbres localisés dans des coupes totales, à différentes distances de forêts matures adjacentes (de 5 m à 100 m). Nous avons échantillonné des peuplements régénérés de deux façons, soit des peuplements issus d'une régénération naturelle qui s'est établie en sous-étage avant la coupe totale, et des peuplements régénérés par plantation suite à la coupe. Les lichens ont aussi été inventoriés dans deux classes d'âge de coupes, soit des coupes âgées de 12 à 18 ans et des coupes âgées de 6 à 12 ans. Les résultats indiquent que pour les jeunes coupes, le nombre de thalles et l'abondance par branche étaient supérieurs dans les peuplements issus de régénération naturelle pour la plupart des espèces de lichens épiphytes, alors que cette différence entre les deux types de régénération s'estompait dans les peuplements plus âgés. La distance par rapport au peuplement adjacent exerçait peu d'influence sur l'abondance des thalles pour la plupart des espèces, sauf pour celles qui se dispersent principalement par fragments de thalles, et particulièrement Bryoria spp., pour lesquelles le nombre de thalles était significativement plus élevé à 5 m qu'à 100 m. Ces résultats suggèrent donc que la plupart des espèces de lichens parviennent à coloniser les microsites présents dans les peuplements en régénération, peu importe l'origine de cette régénération. Dans le quatrième chapitre, nous examinons les taux de croissance de deux espèces de lichens épiphytes, Bryoria nadvornikiana et Evernia mesomorpha, en fonction de différents gradients d'ouverture du couvert. Les taux de croissance ont été évalués à partir de transplants installés dans deux types de peuplements, soit de vieux peuplements vierges et des vieux peuplements récemment traités par coupe partielle. Les accroissements ont été mesurés sur une période de deux ans, et plusieurs variables environnementales ont été mesurées directement sur les sites pour faciliter l'interprétation des résultats. Les résultats indiquent que malgré une variation importante dans les taux de croissance chez les deux espèces de lichens dans les différents types de peuplements, la création d'ouvertures dans le couvert dominant suite à des coupes partielles a un effet significatif et affecte négativement la croissance des deux espèces. La réponse négative est proportionnelle au degré d'ouverture dans le couvert dominant et B. nadvornikiana, une espèce généralement davantage associée aux couverts forestiers fermés, est significativement plus affectée qu'E. mesomorpha, une espèce plutôt associée aux couverts forestiers plus ouverts. Dans la discussion, nous soulignons que cette réponse négative contraste avec ce qui est généralement rapporté dans la littérature en ce qui concerne l'effet de la création d'ouvertures sur la croissance des lichens épiphytes. En fonction de l'analyse des différents paramètres environnementaux mesurés, nous suggérons que la réduction de la durée d'hydratation dans les coupes partielles, le risque accru de la fragmentation des thalles dans les coupes partielles, le climat relativement sec qui prévaut dans cette région, ainsi qu'une année particulièrement sèche lors de la deuxième année de l'étude peuvent expliquer ces résultats. Les résultats ne remettent pas en cause le fait que les coupes partielles peuvent contribuer au maintien des populations de lichens épiphytes au niveau du paysage, surtout lorsque l'on compare cette pratique aux coupes totales qui prévalent généralement dans cette région. Ils suggèrent néanmoins que, dans notre région, les peuplements récemment traités par coupe partielle offrent des conditions de croissance inférieures à celles que l'on retrouve dans les peuplements non coupés. Dans l'ensemble, cette thèse a permis de faire avancer significativement les connaissances sur les mécanismes déterminant la structure et la composition des communautés de lichens épiphytes en forêt boréale, en particulier en ce qui concerne la dispersion et la croissance de différentes espèces en fonction de différentes variables environnementales. Nous avons montré que la biomasse en lichens varie en fonction de la qualité et de la quantité de substrats disponibles pour la colonisation, tant à l'échelle de la branche, de l'arbre, du peuplement et du paysage. La qualité et la quantité de substrats pour les lichens sont intimement liées au temps écoulé depuis la dernière perturbation. La structure du couvert forestier influence fortement les conditions environnementales prévalant dans les forêts et ces conditions amont une influence importante sur les populations de lichens épiphytes. Les forêts d'intérieur semblent les plus propices au maintien de populations qui pourront servir de foyers pour la recolonisation des superficies perturbées récemment. Le maintien d'une proportion significative de parcelles de forêts matures (100 à 200 ans) présentant des conditions de forêt d'intérieur apparaît donc comme une mesure de précaution intéressante à adopter dans un contexte d'aménagement forestier. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : lichens alectorioides, effets de lisière, coupes partielles, croissance, dispersion, colonisation.