Dissertations / Theses: 'Biologie des populations – Variabilité'

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Mavarez, Castillo Jesús. "Phylogéographie et biologie des populations de Biomphalaria Glabrata." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20027.

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Leturque, Henri. "Evolution du sexe ratio et de la dispersion en populations structurées." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20177.

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Maurice, Tiphaine. "Variabilité génétique et biologie de l'espèce Arnica montana dans un contexte de fragmentation des populations et de réchauffement climatique." Thesis, Metz, 2011. http://www.theses.fr/2011METZ043S.

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Abstract:

Le réchauffement climatique et la fragmentation des habitats sont les deux principales menaces pour les espèces rares et menacées telle qu’Arnica montana dont nous avons comparé les populations fragmentées de colline (500 m) de la région Ardennes-Eifel avec les populations montagnardes des Vosges (1200 m) où l’espèce est encore commune. Les communautés végétales des sites collinéens (Violion caninae) étaient différentes de celles des montagnes (Nardion strictae). Cependant, A. montana évolue dans la même niche aux deux altitudes. On a observé une modification de la reproduction d’A. montana d’un type sexué dans les collines vers un type clonal en altitude. Une étude des variations génétiques moléculaires (AFLP) a montré que ces populations avaient conservé une diversité génétique relativement grande. Nous avons établi qu’il y avait des différenciations génétiques entre les altitudes, avec une isolation par distance plus forte pour les populations fragmentées de colline, alors que les populations montagnardes constituent une métapopulation. Lors d’une expérience en jardins contrôlés à 200 et 1200 m d’altitude, il a été démontré qu’A. montana possédait une grande plasticité phénotypique et une variabilité génétique considérable qui pourraient s’avérer cruciales pour A. montana face aux changements climatiques. Une transplantation réciproque entre des populations de colline et de montagne a montré un fort effet site. La compétition pour la lumière et l’herbivorie pourraient être les causes principales de la sélection. La grande plasticité de l’espèce a montré que les plantules sont capables de survivre à une augmentation de températures annuelles d’au moins 2°C
Global warming and habitat fragmentation are two major threats to rare and endangered species as Arnica montana which we compared the fragmented colline populations (500 m) of the Ardennes-Eifel region with the montane populations of the Vosges crest (1200 m) where the species is still common. We recorded the vegetation and population structure of A. montana in the colline sites (Violion caninae) and the mountains sites (Nardion strictae). However, A. montana had the same niche at the two altitudes. The study of population structure revealed a shift from sexual to clonal reproduction with increasing altitude. A study of molecular genetic variation (AFLP) indicated that populations of A. montana have preserved a relatively high amount of genetic diversity. Populations were genetically differentiated between altitudes, with a stronger isolation by distance for the fragmented colline populations, while the montane populations may be considered as a meta-population. In a common garden experiment involving gardens at two altitudes (200 m and 1200 m), we showed that A. montana had a high phenotypic plasticity and a considerable genetic variability, which could be crucial for A. montana populations to respond to predicted climate changes. A reciprocal transplant experiment between colline and montane populations showed a strong effect of the transplantation sites. Competition for light and herbivory of seedlings may be the main causes of selection. The high plasticity of A. montana might permit the seedlings to survive an increase of at least 2°C in annual temperature

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Vitalis, Renaud. "Génétique des populations subdivisées : théorie et applications." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2001. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00535513.

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Abstract:

Cette thèse a pour objet l'étude théorique de la distribution de la variation génétique dans les populations subdivisées. L'exemple de l'étude d'une fougère aquatique rare Marsilea strigosa Willd. (Marsileaceae, Pteridophyta) illustre l'importance des notions identité génétique et de taille efficace pour comprendre quelles sont les forces évolutives qui façonnent la variation génétique observée. Plus particulièrement, je me suis intéressé, au travers de modèles théoriques, à l'effet de la structure spatiale ou temporelle des populations sur la distribution de la variation génétique. A partir de ces modèles, trois méthodes d'analyse de la variation génétique dans les populations naturelles ont été développées. La première permet d'estimer la taille efficace, une quantité qui mesure l'intensité de la dérive génétique. La seconde méthode concerne l'estimation des taux de dispersion spécifiques aux individus de sexes différents. Enfin, une méthode de détection de marqueurs moléculaires potentiellement soumis à l'action de la sélection a été développée.

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Le, Corre Nicolas. "Variabilité de la connectivité et du recrutement au sein d'une métapopulation marine." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/29881/29881.pdf.

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Abstract:

La connectivité des populations marines est un élément majeur de la démographie des métapopulations, car elle constitue le lien entre les sous-populations. Chez les invertébrés marins ayant un cycle vital bentho-pélagique, la connectivité se produit au cours de la dissémination larvaire, laquelle est principalement dirigée par les courants marins. L’objectif principal de cette étude est de mettre en évidence la variabilité de la connectivité dans les métapopulations marines, et particulièrement pour les populations de Mytilus spp. dans l’estuaire maritime du Saint-Laurent. L’objectif secondaire consiste à analyser les variations spatiotemporelles de la colonisation et du recrutement dans ce système, car ils représentent des processus essentiels de la connectivité. (1) Les différentes méthodes pour mesurer la connectivité et sa variabilité sont exposées, ainsi que leur applicabilité dans différents systèmes. Après avoir décrit les principaux facteurs influençant la connectivité, les éléments moteurs d’une telle variabilité et leurs implications pour les métapopulations marines et la gestion de la biodiversité sont discutés. (2) Par ailleurs, des études sur le terrain ont été effectuées et ont révélé une variabilité saisonnière et interannuelle de la colonisation de Mytilus spp. dans l’écosystème boréal du Saint-Laurent. Ces observations ont montré que la colonisation, faisant suite à la phase initiale de dissémination larvaire (c.-à-d. large échelle spatiale), se déroule sur une ou deux courtes périodes (de 1 à 2 semaines) au cours de la saison de reproduction. De plus, une phase de colonisation secondaire effectuée par des stades post-métamorphiques (juvéniles) a été démontrée tout au long de la saison de reproduction. Cette phase constitue une part importante de l’ensemble de la colonisation observée, particulièrement dans les semaines suivant les évènements de recrutement primaire larvaire et les périodes de tempête. (3) Finalement, une méthode géostatistique, basée sur la relation entre la biomasse d’adultes et le recrutement dans les différentes sous-populations, a permis de mettre en évidence un couplage démographique homogène à une distance de 12-24 km au cours des cinq années d’études, dans la direction du courant dominant. Dans l’ensemble, cette étude confirme de manière empirique l’importance des fluctuations de la biomasse d’adultes, de la colonisation et du recrutement pour déterminer la variabilité de la connectivité des métapopulations marines et supporte ainsi les études théoriques considérant ces fluctuations.
Connectivity of marine populations represents a key element of metapopulation demography, as it links local populations. For marine invertebrates with a bentho-pelagic life cycle, connectivity occurs during the dispersive larval stage, which is primarily driven by marine currents. The main objective of this study was to show the variability of connectivity within marine metapopulations, especially for Mytilus spp. populations in the St. Lawrence maritime estuary. The secondary objective was to further analyse the spatiotemporal variations of settlement and recruitment in this system, since these processes are essential for connectivity. (1) Different methods to assess the variability of connectivity are described, as well as their applicability to different systems. Following a description of the main factors influencing connectivity, the drivers of variability and their implications for marine metapopulations and biodiversity management are discussed. (2) In addition, field studies were conducted and revealed seasonal and inter-annual variability of Mytilus spp. settlement in the boreal St. Lawrence marine ecosystem. These observations showed that settlement, following the initial larval dispersal phase (i.e. large spatial scale), occurred during one or two short periods of time (1 to 2 weeks) during the reproductive season. Moreover, there was also evidence for a secondary post-metamorphic settlement phase (juneniles) that extended over the entire reproductive season and represented a major part of the total settlement, particularly during weeks following primary larval settlement events and storms. (3) Finally, a geostatistic method, based on the relationship between adult biomass and recruitment in different local populations, identified homogeneous demographic coupling at scales from 12-24 km over a five year study, in the direction of the main current. Overall, this study empirically confirms the importance of variations in adult biomass, settlement, and recruitment in determining the variability of connectivity in marine metapopulations and supports theoretical studies considering such fluctuations.

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Lanaud, Claire. "Nouvelles données sur la biologie du cacaoyer (Theobroma cacao L. ) : diversité des populations, système d'incompatibilité, haploides spontanés : leurs conséquences pour l'amélioration génétique de cette espèce." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112294.

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Abstract:

Plusieurs aspects de la biologie du cacaoyer impliqués dans son amélioration ont été abordés dans cette étude. Les techniques d'électrophorèse enzymatique ont été développées pour acquérir de nouveaux marqueurs génétiques, et ont permis d'identifier 9 loci polymorphes représentant 31 allèles possibles. Les études de diversité, faites sur différentes populations de cacaoyers sauvages et cultivés de provenances variées, ont montré la variabilité importante rencontrée dans l'espèce, et notamment parmi celles originaires de Haute Amazonie, ainsi que l'originalité d'autres populations. Des premières observations ont pu être faites sur la fixation possible, et plus ou moins complète de certains allèles dans de vraies populations sauvages observées en Guyane et au Venezuela. L'étude du fonctionnement du système d’incompatibilité, de type garréto-sporophytique, met en évidence la nature quantitative de la réaction d'incompatibilité: les interactions, créées par un mélange de pollen compatible et incompatible, en traînent une levée partielle de la réaction d’incompatibilité. Leur intensité dépend à la fois de la nature génétique et des proportions d'allopollen compatible et d'autopollen incompatible apportés en mélange sur les fleurs. En champs semenciers biclonaux où de telles pollinisations mixtes sont fréquentes, nous avons pu observer à l'aide des marqueurs enzymatiques, des taux souvent élevés de fèves, issues de l'autofécondation des géniteurs habituellement auto incompatibles lorsqu'ils ne sont pollinisés, de façon contrôlée, qu’avec leur propre pollen. L'étude des haploïdes spontanés de cacaoyer montre que leur origine est en partie liée à un phénomène de semigamie. A l’état haploïde doublé, des effets défavorables, dus probablement à leur état homozygote, peuvent se manifester sur tous les caractères, mais ne semblent pas être transmis aux descendants. Les haploïdes doublés issus d'un même génotype hétérozygote sont très variables et permettent la sélection de géniteurs plus performants que le parent d'origine; cependant, leur utilisation dans les pr0granmes d’amélioration se heurte encore à l'absence d'une méthode d'obtention d'haploïdes plus efficace. Ces résultats apportent des informations à la fois pour l'orientation des schémas de sélection et la diffusion du matériel végétal sélectionné; ils mettent l'accent sur la faible part de diversité génétique exploitée jusqu'à présent, et sur l'originalité du système d’incompatibilité chez le cacaoyer; ils montrent la nécessité d'un contrôle rigoureux des phénomènes d'incompatibilité dans les conditions naturelles de champs semencier, si l'on veut valoriser au maximum les sélections faites. Enfin, ils permettent une meilleure connaissance de la structure des populations et des conséquences que cela implique pour la gestion des ressources génétiques de cette espèce
Some aspects of the biology of cocoa tree were studied for their breeding implications. Isozymes electrophoresis was developed to obtain new genetic markers. 9 polymorphic loci and 31 alleles were identified. Studies on the diversity between wild and cultivated populations from various origins revealed large species variability, particularly among Upper Amazon populations. A study on the mechanisms of incompatibility showed different levels of expression when a mixture of incompatible and compatible pollen was used, a partial inhibition of incompatibility, due to their interactions, was observed. The degree of inhibition depended both on the genetic constitution and on the relative proportions of compatible and incompatible pollen mixed on the flowers. In hybrid seeds gardens, where mixed pollinations were frequent, the use of isozymes demonstrated a high level of self-fertilized seeds in progenitors usually incompatible when only pollinated with their own pollen. The origin of spontaneous haploids depended partially on semigamy. Probably due to hamozygosity, depressive effects appeared in many characteristics for doubled haploids, but this was not transmitted in progeny. Different doubled haploid were obtained from a heterozygous genotype thus allowing the opportunity to choose better progenitors than the parent. Meanwhile the use of haploids in a breeding program was limited by a lack of efficiency to obtain them. Results obtained gave information to design new breeding schemes and to assure the multiplication of selected seeds. They emphasize the small part of the genetic diversity of cocoa tree used hitherto. Because of the originality of incompatibility system and in order to valorize cocoa breeding a rigorous control in biclonal seeds gardens must be applied. A better knowledge of population genetics was obtained and consequences for genetic resources management for this species were discussed

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Boixel, Anne-Lise. "Environmental heterogeneity, a driver of adaptation to temperature in foliar plant pathogen populations?" Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASA010.

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Abstract:

Les facteurs environnementaux, au premier rang desquels la température, ont un impact sur la biologie des micro-organismes foliaires. Ils peuvent aussi modifier significativement leurs dynamiques populationnelles, voire leurs trajectoires évolutives. Classiquement, les modèles épidémiologiques, utilisés pour mieux gérer les maladies des plantes, intègrent l’influence des conditions météorologiques. Ils s’intéressent surtout à des réponses et des effets moyennés, ne tenant compte ni des variations des réponses individuelles, ni de l’hétérogénéité des changements environnementaux aux échelles réellement perçues par les agents pathogènes. Ces deux niveaux de simplification sont acceptables lorsque les états individuels et les variables continues qui leur sont associées, peu diversifiés, sont représentatifs de ceux de l'ensemble de la population. Il en va différemment lorsque les populations présentent des niveaux substantiels de variation individuelle susceptibles d’influencer leur capacité à s’adapter à leur environnement, et, par voie de conséquence, la dynamique des épidémies sous un climat fluctuant ou changeant. Pour mettre en évidence les conséquences de ces hypothèses réductrices, j’ai étudié comment la variation individuelle et l'hétérogénéité environnementale affectent simultanément la fitness, la composition phénotypique et la résilience des populations d'un agent pathogène foliaire (Zymoseptoria tritici) dans des couverts de blé. Trois étapes clés ont structuré l’exploration de ce cas d’étude. Tout d’abord, un protocole in vitro de phénotypage haut débit a été spécifiquement développé, validé et utilisé pour caractériser la diversité des réponses à la température de populations de Z. tritici échantillonnées à des échelles climatiques contrastées (variation spatiale et saisonnière) ainsi que leurs patrons d’adaptation. Les variations environnementales spatio-temporelles rencontrées dans les couverts de blé, considérées comme exerçant des pressions sélectives différentielles sur ces sensibilités thermiques individuelles, ont ensuite été examinées. Enfin, la façon dont la sélection de « thermotypes » (groupes fonctionnels rassemblant des individus présentant une même sensibilité thermique) détermine la dynamique adaptative des populations en réponse à l'hétérogénéité environnementale a été étudiée. Pour cela, des approches expérimentales (in vitro, in planta et in natura) et de modélisation (in silico) ont été couplées. Elles ont notamment porté sur plusieurs générations de populations placées dans des environnements sélectifs de plus en plus complexes. Ces travaux ont montré que le fait de négliger l'amplitude réelle de la variation phénotypique inter-individuelle d'une population microbienne et l'hétérogénéité des pressions de sélection, s’exerçant des échelles phyllo- à mésoclimatiques, conduit à sous-estimer la résilience de cette population, et donc son potentiel adaptatif. Les résultats de cette thèse, à l’interface entre épidémiologie, micrométéorologie et écologie, améliorent notre compréhension d’une part, de l'importance de la variation individuelle dans la dynamique adaptative des populations et, d’autre part, de la manière dont l'hétérogénéité environnementale permet de maintenir des populations globalement très diverses. Elle permet finalement d’expliquer l’existence de patrons d’adaptation, à la fois à des échelles locales et à des échelles très larges, par des dynamiques adaptatives «à deux vitesses»
Environmental drivers, most notably temperature, affect the biology of phyllosphere microorganisms but also induce changes in their population dynamics, even in their evolutionary trajectories. The impact of climate on foliar plant disease epidemics is usually considered in forecasting models to inform management strategies. Such models focus on averages of environmental drivers but disregard both individual variation within populations and the scale and extent of biologically relevant environmental changes. These simplifications are glossing over substantial levels of individual variation that may have important consequences on the capacity of a population to adapt to environmental changes, and thus on the dynamics of epidemics in a fluctuating or changing climate. To examine the range of validity and consequences of these simplifying assumptions, I investigated how individual variation and environmental heterogeneity jointly affect fitness, phenotypic composition and resilience of populations of a foliar pathogen (Zymoseptoria tritici) inhabiting wheat canopies. Three complementary ways of exploration were adopted in this case study. First, an in vitro high-throughput phenotyping framework was developed, validated, and used to characterise the diversity in patterns of thermal responses existing across Z. tritici populations that were sampled over contrasted scales (spatial and seasonal variation of temperature). Second, the spatio-temporal thermal variations encountered in a wheat canopy, considered as a habitat exerting fluctuating selective pressures on these differential thermal sensitivities of individuals, were investigated in depth. Third, the way selection of “thermotypes” (functional groups of individuals displaying a similar thermal sensitivity) occurs and drives dynamics of Z. tritici populations was examined. To this end, both empirical (in vitro, in planta and in natura) and theoretical (in silico) competition experiments were conducted under increasingly complex selective environments. This research work demonstrates that glossing over the natural extent of individual phenotypic diversity in a phyllosphere microbial population and over the heterogeneity of selective pressures – from phyllo- to mesoclimate – leads to underestimate the resilience of this population, and thus its adaptive potential to environmental variations. In doing so, the results of this thesis, at the interface between epidemiology, micrometeorology, and ecology, improve our understanding of how important is individual variation to population dynamics and how environmental heterogeneity allows to maintain population diversity. Finally, this thesis provides insight into how large-scale patterns and local population processes are interlinked and display a “two-tier” adaptive dynamics

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Ndiwa, Titus Chemandwa. "Contribution à la connaissance des populations du tilapia du Nil (Oreochromis niloticus) vivant dans des conditions extrêmes de température et d’alcalinité." Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20114/document.

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Abstract:

Les ressources génétiques naturelles du Tilapia du Nil (Oreochromis niloticus) se trouvent en Afrique. Ces ressources sont menacées en raison de modifications des habitats naturels des poissons et des introductions incontrôlées d'espèces ou de souches exotiques. Les populations de tilapia du Nil qui vivent dans des habitats extrêmes sont emblématiques de cette situation. Elles représentent des ressources génétiques originales et potentiellement utiles pour l'aquaculture. Cependant, les populations sont menacées soit par des modifications fortes de l'environnement soit par l'introduction d'espèces exotiques dans leur habitat. La caractérisation de ces populations constitue la première étape de leur protection et par conséquent leur utilisation en aquaculture. Dans notre étude, nous nous sommes concentré sur deux populations différentes de tilapia du Nil. L'une d'entre elles vit dans le lac alcalin ‘Crocodile Lake' (10 590 S / cm, pH 10) qui est un lac de cratère situé dans Central Island, au milieu du lac Turkana. La deuxième population (ou groupe de population) vit dans les sources chaudes (Hot Springs) du marais de loboi (Loboi Swamp) près du lac Bogoria au Kenya. Ces poissons vivent dans une eau caractérisée par des températures élevées, autour de 36 ° c. Toutes les populations ci-dessus (Crocodile Lake et Loboi swamp Hot Springs) ont connu ou connaissent un certain nombre de pressions sélectives de la part de leurs environnements difficiles. Pour le lac Crocodile, les poissons ont certainement dû trouver un moyen d'excréter leurs déchets azotés car à pH 10, l'excrétion n'est pas possible par simple diffusion. Pour les populations de sources chaudes, la plupart des individus devraient être des mâles car les hautes températures sont connues pour induire une masculinisation chez O. niloticus. Cette population doit avoir accumulé des mutations nécessaires pour lui permettre de surmonter les effets masculinisants des températures élevées.Pour étudier ces populations, nous avons utilisé la morphométrie géométrique et des marqueurs génétiques (microsatellites et 16 ADNmt) et nous les avons comparés à d'autres populations proches de la région. En outre, trois gènes liés au sexe (Cyp19a, Wt1b, AMH) ont été analysés en utilisant des marqueurs SNP dans trois populations de tilapia du Nil habitant les sources chaudes du marais de Loboi, et nous les avons comparés à ceux que l'on observe chez huit autres populations de l'Afrique de l'Est, la région soudano-sahélienne et éthiopiennes . Des différences morphologiques significatives ont été observées entre toutes les populations étudiées, y compris entre les trois populations voisines du marais Loboi, et entre les deux populations génétiquement liées du Crocodile Lake et du lac Turkana. Nous concluons de cette analyse que les différences morphologiques observées peuvent avoir comme origine pour une part des différences génétiques et pour une autre part des facteurs environnementaux. De même, toutes les populations étudiées sont génétiquement différenciées, et nous avons montré que les populations du marais Loboi et celle du lac Baringo ont été introgresséess par des gèes de O. leucostictus. Les analyses des gènes liés au sexe ont révélé que le gène AMH est un gène candidat pour la détermination du sexe chez le tilapia du Nil, avec 12 SNPs montrant de fortes associations avec le sexe phénotypique des individus. Néanmoins, il n'existe pas de modèle général de la détermination du sexe, il semble plutôt que les mécanismes de détermination du sexe sont différents suivant les populations de cette espèce et qu'il n'existe pas de mécanisme unique pour l'espèce entière
Nile tilapia (Oreochromis niloticus) natural genetic resources are found in Africa. These resources are threatened due to modifications of the natural habitats of fishes and uncontrolled introductions of alien species or strains. Nile tilapia populations living in extreme habitats are emblematic of this situation. They represent original and potentially useful genetic resources for Aquaculture. However, the populations are threatened either by strong modifications or introduction of alien species in their habitats. Characterizing these populations constitutes the very first step of their protection and consequently their utilization in aquaculture. In our study we concentrated on two different populations of Nile Tilapia. One living in the alkaline Crocodile Lake (10,590 µS/cm, 10 pH) which is a Crater Lake located in the central Island of Lake Turkana. The second group of population inhabit the hot springs of Loboi Swamp near Lake Bogoria in Kenya. These fish are living in water characterized by high temperatures, around 36°c. All above populations (Crocodile Lake and Loboi Swamp Hot springs) may have experienced some selective pressures to cope with their challenging environments. For Crocodile Lake, fish may have found a way to excrete their nitrogenous wastes because at pH 10, excretion is not possible by simple diffusion. For the hot spring populations, most individuals should have been males as high temperature is known to induce masculinization in O. niloticus. This population may have accumulated adequate mutations to enable them overcome masculinizing effects of high water temperature. To study these populations we used geometric morphometrics and genetic markers (16 microsatellites and mtDNA) and compared them with other related populations from the region. In addition, three sex-linked genes (Cyp19a, Wt1b, amh) were analysed using SNP markers in three populations of Nile tilapia inhabiting hot springs of Loboi Swamp, and compared them to eight other populations from East Africa, Sudano-Sahelian and Ethiopian regions. Significant morphological differences were observed in all populations studied, including three closely related populations of Loboi Swamp, and two genetically related populations from Lake Turkana basin. Both genetic differences and environmental factors were responsible for the observed morphological differences. Similarly, all studied populations were genetically differentiated, and we demonstrated that populations from Loboi Swamp and Lake Baringo have been introgressed by O. leucostictus genes. Analyses of the sex-linked clustered revealed that amh gene is a candidate gene for sex determination in Nile tilapia, with 12 SNPs showing strong associations to phenotypic sex. Nevertheless there is no general pattern of sex determination, rather it seems that sex determination mechanisms are different with respect to populations, but is not characteristic or unique for the entire species

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Guyader, Sébastien. "Evaluation du potentiel de variabilité du potato leafroll virus (Luteoviridae, poleovirus) et identification de quelques facteurs de sélection." Rennes 1, 2003. http://www.theses.fr/2003REN10049.

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Abstract:

La diversité génétique du Potato leafroll virus (PLRV), un des virus des plus dommageables sur pomme de terre à l'échelle mondiale, a été étudiée par l'analyse de nouvelles séquences complètes et d'une région variable du génome du virus. Les résultats confirment que le PLRV est peu diversifié et génétiquement stable dans l'espace et dans le temps, même si des événements majeurs (délétion, recombinaison et accroissement de zone codante) ont ponctué l'histoire évolutive du virus. Des passages en série réalisés par vecteurs ou par multiplication végétative sur plantes entières et sur cals ont identifié la transmission comme pression de sélection et comme facteur pouvant favoriser la dérive génétique et la fixation de mutations délétères, et montré que le PLRV peut varier davantage en cas de changement d'environnement. Le PLRV semble donc optimisé dans un milieu stable et homogène, mais il pourrait exprimer son potentiel évolutif lorsque les pressions de sélection changent.

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Grenier, Stéphane. "Impact de la plasticité phénotypique et de la sélection sur l'évolution morphologique et génétique des populations : le cas d'une graminée pérenne, Lolium perenne L., sous défoliation." Poitiers, 2011. http://nuxeo.edel.univ-poitiers.fr/nuxeo/site/esupversions/fbc024c5-266b-444a-a7db-4f8a52f1c36c.

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Abstract:

L'adaptation des populations aux pressions environnementales peut se traduire par des changements morphologiques qui peuvent résulter de deux mécanismes non exclusifs, la sélection génétique et la plasticité phénotypique. L'objectif de cette thèse était d'identifier les mécanismes impliqués dans l'adaptation d'une population de ray-grass anglais soumis à la défoliation et de mettre en évidence l'effet de ces mécanismes sur l'évolution morphologique et génétique de cette population au cours d'une génération. Nous avons étudié, sous deux rythmes de défoliation, une population, de 240 génotypes, issue d’un croisement entre un individu de variété gazon et un individu de variété fourrage. Nous avons pu mettre en évidence le rôle majeur de la plasticité phénotypique dans l'évolution de la morphologie. Cette plasticité a entraîné une homogénéisation morphologique de la population, limitant ainsi l'expression de la variabilité génotypique et maintenant une certaine diversité génétique cryptique. Mais cette plasticité de caractères morphologiques était variable entre individus et relativement dépendante des valeurs initiales de ces caractères. Nous avons pu mettre en évidence une base génétique de ces caractères et de leur plasticité. Nous avons détecté des signatures génomiques de la sélection sur ces régions QTL, l'action de la sélection était visible et variable sur la diversité moléculaire, mais son intensité ne semblait pas assez forte pour être visible morphologiquement d'une génération à l'autre. La plasticité phénotypique des caractères étudiés ne paraissait pas impacter la valeur sélective des individus et en ce sens, peut interagir avec le processus de sélection. Les résultats de cette thèse permettent d'entrevoir des perspectives en termes d'amélioration génétique du ray-grass anglais pour les prairies exploitées sous différents modes de défoliation
Population adaptation to environmental pressures can result in morphological changes. These changes may result from two non-exclusive mechanisms, genetic selection and phenotypic plasticity. The objective of this thesis was to identify the mechanisms involved in the adaptation of a perennial ryegrass population under defoliation and to highlight the effect of these mechanisms on the morphological and genetic evolution of this population over one generation. In order to answer these questions, we studied, under two defoliation frequencies, a population consisting of 240 genotypes, derived from a cross between an individual of a turf variety and an individual of a forage variety. We demonstrated the major role of phenotypic plasticity in the morphologic evolution of the population under defoliation during one generation. This plasticity homogenised the population morphology, thus limiting the expression of the genetic variability and maintaining a cryptic genetic diversity. But this phenotypic plasticity was variable depending on the genotype and was also dependent on the initial value of the trait. We showed a genetic basis of the traits and their plasticity. Genomic selection was detected on these QTL, which led to visible and variable effects on the genetic diversity. Nevertheless, the effect of selection seemed not enough strong to be seen at the morphological level from one generation to the other. Phenotypic plasticity of traits seemed to have no effect on the fitness of individuals, which resulted to a low interaction with selection. The results of this thesis are discussed in terms of plant breeding for perennial ryegrass varieties soon in grasslands exploited under different defoliation regimes

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Restoux, Gwendal. "Variabilité spatio-temporelle de la reproduction chez une espèce pérenne monoïque : le cas du sapin pectiné, Abies alba Miller, en limite sud de son aire de répartition." Aix-Marseille 3, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX30053.

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Cette thèse s'intéresse aux variations spatio-temporelles de la reproduction du sapin pectine (Abies alba), en limite sud de son aire de répartition dans les populations du mont Ventoux et de la montagne de Lure. En général, les populations marginales présentent des densités faibles et variables. Pour nos populations de sapins, nous avons montré que les densités faibles entraînent une augmentation des taux d'autofécondation par loi d'action de masse, à l'échelle de la population mais également individuelle. Les populations moins denses présentent également une réduction du taux de germination par expression de la dépression de consanguinité, mais qui est compensée par une meilleure survie des semis pouvant provenir d'une purge plus efficace du fardeau génétique. Cependant, la diminution de la densité entraîne dans nos populations une baisse de la production efficace de graines par augmentation du taux de graines vides, probablement à cause d'une dispersion du pollen limitée. En effet, nos analyses génétiques conduisent à une distance de dispersion moyenne estimée de 20 à 50m. Cette faible dispersion induit également une forte variabilité individuelle du régime de reproduction liée aux variations locales de densité et de productions individuelles de pollen. Finalement, nous avons trouvé des variations inter-annuelles importantes de la structure génétique spatiale du nuage de pollen avec une différenciation entre arbres-mères de 8% et une différenciation entre années au sein des mères de 13%. Les années avec les plus fortes productions de pollen étaient également celles avec la plus faible diversité génétique globale. Cette étude confirme donc la nécessité de considérer de multiples années quand on s'intéresse à la reproduction d'une espèce pérenne comme le sapin, à la fois pour des études théoriques et pour des questions centrées sur la gestion de la diversité
This study focuses on the spatio-temporal varibility of reproduction in silver fir (Abies alba), in its French rear edge populations in the Mont Ventoux and Lure mountain. Usually, marginal populations contrast from core populations with lower and more variable densities. In our populations of firs, we found that lower densitiy leads to higher selfing rates through a mass-action law at both population and individual levels. As a consequence, germinative abilities were lower for seeds from lower density populations, mainly because of inbreeeding depression. But this was balanced by a higher survival rates at the seedling stage. A more efficient genetic purge could explain this. However, in our populations, a lower density also induced a lower effective seed production, through an increased rate of empty seeds. This can result from pollen limi tation. Indeed, genetic analyses revealed a rather high spatial genetic structure of pollen pool, indicating a limited dispersal with a mean dispersal distance between 20 and 50m. This limited dispersal also induced a high inter-individual variability of the mating system mainly due to variations of local density and individual pollen production. Finally, we found strong inter-annual variations of the pollen pools : giving an inter-mothers differentiation of 8%, we obtained an inter-annual differenciation of 13% within mothers. The year with the higher pollen productions also presented the lower overall genetic diversity. Thus this study confirms the necessity to consider multiple years in studies on the reproduction of a perennial tree such as fir, either for theoretical concerns of for practical questions focused on the management of genetic diversity

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Boissinot, Stéphane. "Phylogénie d'allèles et flux géniques dans les populations naturelles : variabilité de l'ADN mitochondrial et du chromosome Y chez la souris domestique." Montpellier 2, 1994. http://www.theses.fr/1994MON20199.

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Abstract:

La repartition de la variabilite de l'ADN mitochondrial et du chromosome y ont ete examinees a une echelle continentale montrant une incompatibilite de repartition de ces deux marqueurs expliquee par une influence de la selection sur le chromosome Y. Nous avons egalement analyse ces deux marqueurs a une echelle populationnelle montrant ainsi une absence de flux genique par les males entre des races chromosomiques. Parallelement l'evolution de la famille multigenique zfy a ete etudiee dans le genre mus

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Gonzalo-Turpin, Héloïse. "Produire des connaissances pertinentes pour l'action en sciences de la conservation : cas de la gestion de la diversité génétique intraspécifique en restauration écologique." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2008. http://oatao.univ-toulouse.fr/7805/1/gonzalo_turpin.pdf.

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Abstract:

Les sciences de la conservation ont pour objet l'évaluation des dégradations causées à la biodiversité et la conception de solutions pour la conserver et la restaurer. Si ces sciences sont historiquement ancrées dans des disciplines biologiques, elles s'en différencient car elles sont explicitement destinées à l'action. Cela suppose la conception de projets en collaboration avec des acteurs de terrain et l'adoption d'une certaine interdisciplinarité. Très peu d'auteurs relatent ce que ces deux perspectives impliquent concrètement concernant les projets de gestion de la biodiversité et la recherche en sciences de la conservation. L'enjeu principal de cette thèse était de mettre concrètement en œuvre ces perspectives afin de produire des connaissances plus pertinentes pour l'action dans un projet relatif à la gestion de la biodiversité, et ce faisant, de donner à voir le cheminement que cela suppose pour un biologiste pratiquant les sciences de la conservation. Ce travail de thèse est ancré dans le projet Ecovars (2005-2007). Ce projet était porté par le Conservatoire Botanique Pyrénéen en partenariat avec l'Institut National de la Recherche Agronomique et le Service d'Utilité Inter-chambres d'Agriculture des Pyrénées. L'objectif finalisé de la thèse était d'établir un outil (des zones de transfert de graines) permettant de gérer sur le massif pyrénéen la diversité génétique intraspécifique de la flore locale. Cette gestion devait intégrer les points de vue des acteurs utilisant les espaces à restaurer. Ce travail s'appuie sur l'étude conjointe des diversités génétiques neutre et adaptative d'une graminée alpine sauvage (Festuca eskia) destinée à la restauration des pelouses alpines, de son patron d'infection par un endophyte (Epichloë festucae) et des points de vue d'acteurs concernés par des opérations de restauration. L'étude conjointe de la diversité génétique neutre et de l'endophytisme met en évidence que F. eskia est divisée en deux entités génétiques distinctes (Est versus Ouest). L'étude de la diversité génétique adaptative montre que F. eskia présente une différenciation génétique adaptative le long des gradients altitudinaux, malgré des flux de gènes important entre altitudes. Cette étude montre aussi que le potentiel adaptatif de F. eskia n'est pas faible et ne diminue pas avec l'altitude contrairement aux hypothèses classiques sur les plantes alpines. La complexité des patrons génétiques mis en évidence amène à reconsidérer la pertinence d'établir des zones de transfert de graines. Au-delà, l'analyse des points de vue d'acteurs conduit à abandonner l'idée d'un mode de gestion uniforme de la diversité génétique et plus généralement conduit à proposer l'intégration de la restauration à une gestion globale des territoires. Par ailleurs, l'analyse de cette expérience au sein d'Ecovars montre la nécessité de repenser le partenariat dans les projets de conservation et de restauration afin de produire des connaissances pertinentes pour l'action. A l'issue de ce travail, mon cheminement m'amène à proposer de raisonner les opérations de restauration comme des constructions collectives et locales. Ce cheminement effectué au cours de ma thèse, depuis une approche basée sur des référentiels disciplinaires (dans mon cas la biologie évolutive et l'écologie) jusqu'à une approche plus holiste et plus relativiste des sciences de la conservation est à mon sens ce qui permettrait aux biologistes de faire des sciences de la conservation de vraies sciences pour l'action.

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Bertin, Angéline. "Variabilité morphologique et sélection naturelle chez Asellus aquaticus (Crustacea, Isopoda)." Dijon, 2002. http://www.theses.fr/2002DIJOS043.

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Abstract:

La compétition intense entre les mâles pour l'accès au partenaire sexuel est supposée favoriser le développement de traits qui améliorent la capacité compétitive des mâles. Un avantage reproducteur des mâles de grande taille a été reporté chez Asellus aquaticus. Cet avantage peut résulter de la sélection sexuelle directe d'un caractère corrélé à la taille du corps. Nous avons alors étudié comment la morphologie des mâles influence leur succès reproducteur. A l'aide de méthodes de morphométrie géométrique, nous avons mis en évidence d'autres cibles potentielles de la sélection sexuelle. Nous avons également évalué l'influence relative de la taille du corps et de la taille des antennes sur le succès reproducteur des mâles. Nos résultats confirment que la sélection sexuelle de la taille des antennes est en partie responsable de l'avantage reproducteur des mâles de grande taille. Toutefois, les régimes de sélection sexuelle varient entre populations. Des résultats expérimentaux complémentaires indiquent que la densité des populations, en régulant la fréquence des interactions mâles-mâles et mâles-femelles, expliquent une part des variations observées sur le terrain
Competition between males for reproduction is supposed to favour the development of traits that improve the competitive ability of males. Indeed, a reproductive advantage of large body size in males has been reported in Asellus aquaticus. Such an advantage of large size can also be the consequence of sexual selection acting directly on a character closely correlated to body size. Therefore, we studied how morphology influences male reproductive success. Using geometric morphometric methods, we have evidenced other possible targets of sexual selection. We have also assessed the relative influence of body size and antennae size on the reproductive success of males. Our results confirm that sexual selection on antennae size is partly responsible for the observed large-male advantage in mating. However, selection regimes vary between populations. Additional results from laboratory experiments indicate that population density, though regulating the frequency of both male-male and male-female interactions, can explain the variations observed in the field

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Martin, Hélène. "Processus de spéciation et impact des systèmes de reproduction dans le genre Silene : spéciation rapide chez l’espèce gynodioïque Silene nutans et labilité des chromosomes sexuels dans la section Otites." Thesis, Lille 1, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL10191/document.

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Abstract:

Le processus de spéciation reflète l’origine et la mise en place de barrières à la reproduction. Cela revient donc à répondre aux questions suivantes: comment les barrières à la reproduction se mettent en place, est-ce qu’elles permettent le maintien de l’intégrité génétique des populations et quelle est l’architecture génétique de l’isolement reproducteur (IR)? L’objectif de ma thèse est d’apporter des premières réponses à ces questions dans le genre Silene tout en prenant en compte l’impact potentiel des systèmes de reproduction sur le processus de spéciation. Une première partie de ma thèse se concentre sur l’espèce gynodioïque S. nutans chez qui j’ai identifié deux lignées génétiques qui se sont différenciées en allopatrie, lors des glaciations. Actuellement, en contact secondaire, leur IR est quasi-complet. Toutefois, l’hétérogénéité de la sélection le long du génome ayant façonné le patron de différenciation génétique empêche l’étude de l’architecture génétique de l’IR par un scan génomique. Dans une seconde partie, je me suis intéressée à l’effet de la dioécie sur la divergence des populations et les capacités d’adaptation des espèces. La découverte de différents systèmes de détermination du sexe entre deux espèces proches permet de proposer une architecture génétique de l’IR associée à la labilité des chromosomes sexuels. Mes travaux de thèse apportent des premières pistes pour mieux comprendre comment l’IR peut se mettre en place entre deux taxons. La prise en compte du système de reproduction des organismes et les conflits génétiques qui y sont associés (chromosomes sexuels, conflit nucléo-cytoplasmique) peuvent s’avérer importants dans l’étude de la spéciation
Speciation reflects the origins and further development of reproductive barriers. The study of speciation thus requires answering three main questions: which processes lead to reproductive barriers; how effective these barriers are to maintain the genetic integrity of populations; and what are their genetic basis. The goal of my thesis is to attempt to answer these questions in the context of the Silene genus, and to evaluate the potential impact of breeding systems in the speciation process. In the first part, I focused on S. nutans, a gynodioecious species which exhibits two genetic lineages that differentiate in allopatry. Nowadays in secondary contact, the reproductive isolation between these lineages is almost complete. The heterogeneity of selection along the genome has shaped the heterogeneity of genetic differentiation. Therefore, I was not able to propose candidate regions of the genetic basis of the reproductive barriers. In a second part, I focused on the impact of dioecy on population divergence and species adaptation. The discovery of distinct sex determination in close species allowed me to propose to associate the genetic basis of the reproductive isolation to sex chromosome lability. My work furthers the understanding how reproductive barriers developed between two taxas and shows that taking into account the breeding system of taxa and associate genetic conflicts (sex chromosome, cyto-nuclear conflicts) can be important in the study of speciation

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Meyer, Claire-Lise. "Évolution des populations métallicoles d’Arabidopsis halleri (Brassicaceae) : étude sur les traits et sur le génome en populations naturelles." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10056/document.

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Abstract:

Les milieux métallifères d’origine anthropique sont des habitats particulièrement stressants pour les êtres vivants du fait des fortes concentrations en métaux lourds et des changements environnementaux profonds qui y sont présents. Certaines espèces, dites métallophytes, sont capables de se développer dans ces milieux extrêmes. Parmi ces espèces, les pseudométallophytes (qui peuvent se développer à la fois dans des sites pollués et dans des sites non pollués) constitue des modèles particulièrement intéressants pour étudier l’adaptation locale et l’influence des différences forces évolutives dans la différentiation phénotypique entre populations. Arabidopsis halleri est une espèce pseudométallophyte modèle pour l’étude de la tolérance et de l’hyperaccumulation des métaux du fait de sa proximité avec l’espèce prééminente A. thaliana. Des études préalables sur la tolérance et l’hyperaccumulation du zinc chez cette espèce ont suggéré une possible évolution des populations métallicoles sous l’effet des fortes concentrations en métaux. Notre objectif a donc été de mieux comprendre les mécanismes évolutifs prenant place dans ces populations. Pour cela nous avons proposé d’utiliser la génomique des populations ainsi que l’expérimentation en milieu contrôlé et ce à une échelle locale. Nous avons tout d’abord cherché des traces de sélection dans le génome de cette espèce par une approche de criblage génomique sur 820 marqueurs AFLP. Nous avons pu identifier des locus potentiellement sous sélection dans les populations métallicoles qui constituent de bons candidats pour l’adaptation aux sites métallifères. De manière intéressante, certains candidats sont spécifiques à des populations ce qui suggère une évolution convergente ou des pressions de sélection différentes entre les sites. Une partie de ces candidats a été cartographiée chez A. thaliana dans le but de définir des gènes candidats. Nous avons dans un deuxième temps cherché à comprendre l’influence des différentes forces évolutives dans la distribution de la tolérance au zinc chez A. halleri. La tolérance au zinc de populations a été caractérisée par des mesures morphologiques et physiologiques et l’influence de la sélection par une approche Qst/Fst. Nos résultats suggèrent que, pour les populations échantillonnées, la tolérance au zinc augmente dans les populations métallicoles sous l’effet de la sélection. Cette sélection s’exerçant potentiellement sur la variabilité présente dans les populations non métallicoles ancestrales. Enfin, la dernière partie de cette étude s’intéresse à l’association entre les génotypes et les phénotypes de la tolérance au zinc
Due to the high concentration of heavy metals and the important environmental modifications, ecological conditions of metalliferous sites are very stressing for most organisms. A few plant species, coined “metallophyte”, have acquired the capacity to grow on heavy metal contaminated soils. Among this group, the pseudometallophyte species (able to grow on contaminated as well as on non contaminated soils) constitute highly relevant models to study local adaptation and relative influence of evolutionary forces in shaping phenotypic differentiation among populations The pseudometallophyte plant Arabidopsis halleri is a model species for tolerance and hyperaccumulation of heavy metal because it is a close relative of the pre-eminent species A. thaliana. Previous studies on heavy metal tolerance and hyperaccumulation of A. halleri suggested evolution of metallicolous populations in response to high level of metal exposure. In order to investigate the evolutionary processes in neighboring metallicolous and non-metallicous A. halleri populations, we adopted population genomics and phenotyping approaches. First we explored the A. halleri genome to detect signatures of directional selection. We performed a genome-wide scan analysis using 820 AFLP markers. We identified some loci potentially under selection in metallicolous populations that constitute high-quality candidates for general adaptation to metalliferous sites. Interestingly, some candidates were population specifics, suggesting the possibility of convergent evolution or existence of different selection pressure in the different sites. Some of these candidates were mapped on A. thaliana genome to identify candidate genes. Our second objective was to evaluate the contribution of selection versus other forces in shaping distribution of zinc tolerance in A. halleri. We measured morphological and physiological traits to estimate zinc tolerance and role of selection was inferred using Qst/Fst approach. Our results suggest that, in the sampled populations, zinc tolerance has been increased in metallicolous populations through selection on standing variation within local non-metallicolous ancestral populations. The last part of this study focuses on looking for a link between genotype and phenotype of zinc tolerance

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Nabholz, Benoît. "Dynamique évolutive de l'ADN mitochondrial des oiseaux et des mammifères : Mutation, Sélection et Taille des populations." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20115.

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Abstract:

L'origine et l'évolution du génome mitochondrial sont fascinantes par de nombreux aspects. Aujourd'hui, ce génome représente moins de 1% de l'ensemble de l'ADN de la majorité des animaux mais il héberge quelques uns des gènes les plus essentiels aux fonctions métaboliques. L'hypermutabilité mitochondriale est, chez les animaux, l'une de ses caractéristiques les plus singulières. L'étude du déterminisme du taux de mutation mitochondrial est le premier objectif de cette thèse. Par une approche phylogénétique précise, nous avons obtenu le taux de mutation de plus d'un millier d'esp`eces d'oiseaux et de mammifères. Nous avons révélé une gamme de variation très importante entre espèces, cette variation allant jusqu'à couvrir deux ordres de grandeur chez les mammifères. Grâce à une étude intra-classe et par la comparaison entre les oiseaux et les mammifères, nous avons montré que cette variation pouvait ˆetre en lien avec la longévité des organismes à travers une sélection pour une réduction du taux de mutation mitochondrial chez les espèces longévives. La deuxième partie de cette thèse concerne l'action de la sélection naturelle et de la dérive génétique sur l'évolution de l'ADN mitochondrial (ADNmt). Prenant comme point de départ les récentes preuves de sélection positive dans l'évolution de l'ADNmt (notamment chez les invertébrés), nous détectons, a contrario, essentiellement les traces de la sélection purificatrice chez les oiseaux et les mammifères. De manière plus surprenante, nous avons montré que la taille des populations n'est apparemment pas liée au niveau de polymorphisme mitochondrial des espèces, mais influencé, en revanche, l'efficacité de la sélection, mesurée au travers de la quantité de mutations faiblement délétères qui se fixent au cours de la divergence. Nous proposons qu'une forte stochasticité temporelle de la taille des populations pourrait expliquer ce résultat. L'ensemble de ces résultats participent à la compréhension de l'évolution d'un génome singulier, et a également des implications sur les utilisateurs, particulièrement nombreux, de l'ADN mitochondrial en temps que marqueur moléculaire
The origin and evolution of mitochondrial genome is fascinating. Currently, it makes up less than 1% of the whole organism genome, but contains some of the most important genes. A particularly intriguing feature of the animal mitochondrial genome is its hypermutability. The first goal of this work is to progress in our understanding of the determinism of mitochondrial DNA (mtDNA) substitution rate variations by distinguishing between two classical hypotheses of evolutionary biology –the generation time hypothesis and the metabolic rate hypothesis– and an other hypothesis that comes from biomedecine, namely the longevity hypothesis. Using a phylogenetic approach, we obtained lineage-specific mitochondrial mutation rates across more than one thousand bird and mammalian species. This analysis reveals an unexpectedly high level of mitochondrial mutation rate variation between lineages. The bird/mammal comparison and a within-class analysis suggest that this variation could be linked to species longevity through a (direct or indirect) selective pressure reducing the mitochondrial mutation rate in long-lived species. In the second part of this work, we address the impact of natural selection and genetic drift on mtDNA. Recent evidence of positive selection acting on mtDNA (mostly in invertebrates) was used as a starting point. We showed that, contrary to invertebrates species, bird and mammal mtDNA evolution is mainly under purifying selection. Surprisingly, even in the absence of positive selection, population size variations have no effect on mtDNA genetic diversity, but influence the rate of non-synonymous substitutions. This result could be explained by strong stochasticity of population sizes. All these results contribute to increase our understanding of an unusually evolving genome, and also have implications for the numerous users of mtDNA as a tool to reconstruct population and species history

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Henri-Dubernet, Ségolène. "Etude par électrophorèse en gradient de température de la biodiversité et des dynamiques des populations lactobacilles au cours de la transformation du lait cru en "Camembert de Normandie"." Caen, 2004. http://www.theses.fr/2004CAEN2034.

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Abstract:

En fromagerie, les lactobacilles sont incorporés en tant que ferments et/ou constituent une microflore indigène (NSLAB) contribuant à la flaveur. Le Camembert AOC n'est généralement pas ensemencé en lactobacilles. Le but de cette étude est d'évaluer la biodiversité des populations lactobacilles et leur évolution au cours de la transformation du Camembert AOC par électrophorèse en gradient de température (TGGE). En premier lieu, l'adaptation de la TGGE au suivi des populations lactobacilles du lait au Camembert a permis : (i)d'obtenir une amorce LbLMA1-rev, spécifique du genre Lactobacillus, (ii)de valider deux protocoles d'extraction d'ADN microbien total et (iii)de mettre en place deux référentiels d'espèces. La diversité et la dynamique des populations lactobacilles au cours de la transformation fromagère du Camembert AOC dans trois ateliers et à deux saisons distinctes ont été étudiées par approche culture-indépendante et approche culture-dépendante. Cette approche polyphasique a permis d'identifier 14 espèces de lactobacilles au cours de l'affinage du Camembert, avec Lactobacillus paracasei comme espèce majoritaire. De plus, une diversité intra-espèce importante et variable en fonction de la fabrication et de la fromagerie a été mise en évidence. Cette étude a montré une image complexe de la diversité et la dynamique au niveau souche et espèce spécifique de chaque fromage. Enfin, la comparaison entre la diversité des populations lactobacilles appréciée par approche culture-indépendante et les informations recueillies après obtention d'isolats a conduit en l'obtention d'informations différentes et complémentaires et à la perception des limites inhérentes à chaque approche.

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Škrabar, Neva [Verfasser]. "Phenotypic variability and genetic architecture of limbs in populations and strains of the house mouse (Mus musculus) / Neva Škrabar." Kiel : Universitätsbibliothek Kiel, 2018. http://d-nb.info/1167771001/34.

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Tacuatiá, Luana Olinda. "Les aspects de la variabilité génétique et cytogénétique, et de la biologie reproductive chez Sisyrinchium micranthum Cav. (Iridaceae) dans le sud du Brésil." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00922984.

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Abstract:

Sisyrinchium micranthum Cav. is an herbaceous plant, one of the rare species of the genus which is described as annual. In Brazil, its distribution occurs throughout the states of Rio Grande do Sul (RS), Santa Catarina (SC), Paraná (PR), São Paulo (SP), and Rio de Janeiro (RJ). The species has a wide morphological variability reported in several studies, and different combinations of morphological features can be observed in the wild. Based on these combinations that characterize various plant profiles, three morphological types have been described as CI, CII and CIII. Sisyrinchium micranthum has three ploidy levels described in the literature whose basic number is x = 8, 2n = 2x = 16, 2n = 4x = 32, and 2n = 6x = 48. To contribute to the knowledge on the taxonomy, reproduction and evolution of the species, this study investigated genetic and cytogenetic characteristics of S. micranthum, as well as aspects of reproductive biology. To study the population genetic structure of S. micranthum in southern Brazil, firstly, nine microsatellite markers were isolated using an enriched genomic library, and characterized in a diploid population. Later, from the analysis of genetic variability with seven markers for 583 plants of 14 sampled sites in the states of RS, SC and PR, populations with individuals of different ploidy levels were observed. An autopolyploid origin was presumed for these polyploids. The gene and allelic diversities were rather similar for most of the accessions. The inbreeding coefficient over all loci showed that S. micranthum exhibited an average excess of heterozygotes (negative inbreeding coefficient value), but the FIS values of individual populations ranged from -0.273 to 0.454. The heterozygote excess could be expected since autopolyploids present polysomic inheritance, which contributes substantially for a high heterozygosity. In addition, the populations were highly structured. The results from the cytogenetic analyses, demonstrated that the variability of S. micranthum is also present in terms of genome organization. Regarding S. micranthum and related species S. laxum Otto ex Sims and S. rosulatum E.P. Bicknell, it was verified that the 18S-26S rDNA varies in number of loci, with a notable reduction of the same in polyploids in relation to diploids, while 5S locus showed a proportional increase in the number of signals as increased ploidy level. The data on genome size (Cx) for the three species studied showed a genome downsizing from diploids to polyploids, and also a small inter and intraspecific variation with respect to the C-value. In terms of reproductive biology, selfing and outcrossing were recorded for the species. Furthermore, crossing between different morphological categories of S. micranthum are compatible as resulted in the formation of fruits. Likewise, the data suggest that S. micranthum and S. laxum do not present complete reproductive isolation. The genetic variability of S. micranthum demonstrated in this study in terms of genetic divergence between populations and variation in rDNA loci number possibly reflect the complex relationship between polyploidy and reproductive aspects of the species.

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Solano, Philippe. "Implications épidémiologiques de la variabilité génétique des populations de glossines. Cas de "Glossina palpalis" en Afrique de l'ouest." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20169.

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Paparazzo, Francesco [Verfasser], and Wolfgang [Akademischer Betreuer] Stephan. "Beauveria bassiana infection in Drosophila melanogaster : survival, transcriptional response and variability among populations and host conditions / Francesco Paparazzo. Betreuer: Wolfgang Stephan." München : Universitätsbibliothek der Ludwig-Maximilians-Universität, 2013. http://d-nb.info/1051777003/34.

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Mille, Tiphaine. "Sources de variation intra-populationnelle de la morphologie des otolithes : asymétrie directionnelle et régime alimentaire." Thesis, Lille 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL10200/document.

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Abstract:

Les otolithes sont des pièces calcifiées de l’oreille interne des Ostéichtyens impliquées dans les fonctions d’audition et d’équilibration. Leur morphologie est utilisée comme indicateur de divers processus ou propriétés écologiques. Cette application nécessite d’identifier les facteurs endogènes et exogènes agissant simultanément comme sources de variation. Cette thèse porte sur la détection et la quantification des contributions relatives de l’asymétrie directionnelle et du régime alimentaire à la variation morphologique des otolithes à l’échelle intra-populationnelle. Une asymétrie directionnelle entre les otolithes droit et gauche est montrée chez les poissons plats, l’otolithe le plus long et large étant toujours du côté aveugle, contrairement aux espèces de poissons ronds pour lesquels l’asymétrie est moindre. Cependant, l’asymétrie n’excède pas 18% d’amplitude suggérant une canalisation de la symétrie de forme d’origine évolutive. Une corrélation entre le régime alimentaire et la forme des otolithes est détectée chez 4 espèces de poissons in situ. La composition du régime contribue plus fortement à la variabilité morphologique que la quantité ingérée et impacte la forme des otolithes à la fois globalement et localement. Une étude expérimentale sur le bar commun (Dicentrarchus labrax) montre que la composition du régime alimentaire en acides gras essentiels au stade larvaire affecte la morphogenèse des otolithes pendant le stade juvénile sans affecter la croissance somatique des individus. Ceci suggère un effet direct et non indirect via la croissance somatique. Cet effet disparait aux stades ultérieurs ce qui évoque une canalisation de la morphologie des otolithes
Otoliths are calcified structures located in Osteichthyes’ inner ear that are involved in audition and balance. Their morphology is used as an indicator of various ecological processes or properties. This application requires identifying the endogenous and exogenous factors that act simultaneously as sources of shape variation. This thesis aims at detecting and quantifying the relative contributions of directional asymmetry and diet to otolith shape variation at the intra-population level. Directional asymmetry between left and right otoliths was found in flat-fishes, the blind-side otolith being always longer and larger, whereas it was negligible in round-fishes. However, asymmetry amplitude never exceeded 18%, which suggests evolutionary canalization of otolith shape symmetry. A correlation between global diet and otolith was detected in 4 species studied in situ. Diet composition contributed more than food amount to morphological variation and affected otolith shape both globally and locally. An experimental study on sea bass (Dicentrarchus larbrax) showed that diet composition in terms of essential polyunsaturated fatty acids at larval stage affects otolith morphogenesis during juvenile stage without impacting on individuals’ somatic growth. This result suggests a direct effect of diet on otolith shape and not an indirect one through the somatic-otolith growth relationship. This effect disappeared at later stages, morphogenetic trajectories converging back to a similar shape, which suggests ontogenetic canalization of otolith shape

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Gonzalo-Turpin, Héloïse Hazard Laurent Couix Nathalie. "Produire des connaissances pertinentes pour l'action en sciences de la conservation cas de la gestion de la diversité génétique intraspécifique en restauration écologique /." Toulouse : INP Toulouse, 2009. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000815.

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Nibouche, Samuel. "Cycle evolutif de helicoverpa armigera (hubner, 1808) (lepidoptera, noctuidae) dans l'ouest du burkina faso : biologie, ecologie et variabilite geographique des populations." Montpellier, ENSA, 1994. http://www.theses.fr/1994ENSA0025.

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Abstract:

Dans l'ouest du burkina faso, helicoverpa armigera (hubner) est actif en zone de cultures pluviales durant la saison des pluies, entre juin et novembre. Les premieres populations apparaissent sur l'adventice cleome viscosa, puis les attaques se produisent sur les cultures (principalement mais et coton). La vegetation spontanee n'heberge pas le ravageur durant la saison seche, aucune population n'est observee entre decembre et mai. Les attaques sur les cultures maraicheres (essentiellement la tomate) se produisent entre octobre et fevrier-mars. En avril et mai, le ravageur n'est pas actif. En saison des pluies, la tomate est attaquee en juin et juillet, tandis qu'en aout et septembre, les attaques sont faibles a nulles. Le nombre annuel de generations est de trois a quatre en zone de cultures pluviales et de six a neuf en culture maraichere. Sur les perimetres ou l'arret du maraichage intervient en janvier-fevrier, une diapause photoperiodique est induite par action combinee des jours courts (moins de 11h30) et des temperatures nocturnes basses. Les fortes temperatures du sol different la reprise de developpement d'une partie des nymphes diapausantes jusqu'a la reprise des pluies en juin. Lorsque la disparition des cultures-hotes maraicheres intervient en mars-avril, un second mecanisme de diapause, induit par l'action des fortes temperatures (superieures a 34c), permet la survie des nymphes durant les mois d'avril-mai. La dynamique des captures d'adultes suggere l'existence de migrations de direction generale sud vers nord entre mars et juillet, et en sens inverse en octobre et novembre. Ces migrations permettraient la colonisation alternative des cultures pluviales et des cultures maraicheres au burkina faso et se produiraient egalement a l'echelle de l'afrique de l'ouest entre le burkina faso et le centre de la cote d'ivoire. La faible differenciation genetique des populations de h. Armigera en afrique de l'ouest conforte l'hypothese de l'existence de ces forts flux migratoires

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Ravelomanantsoa, Santatra Herilalaina. "Biologie des populations du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum appliquée à l'épidémiologie de la bactériose vasculaire de la pomme de terre à Madagascar." Thesis, La Réunion, 2016. http://www.theses.fr/2016LARE0017/document.

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Abstract:

Nous avons exploré la diversité génétique du complexe d'espèces Ralstonia solanacearum (ceRs) pour caractériser et comprendre les graves épidémies de flétrissement bactérien qui sévissent à Madagascar. Une large collection de souches (n=1224; 75 sites) est constituée. Les souches sont assignées aux phylotypes I, III, et la grande majorité associée à l'épidémie appartiennent au groupe IIB-1 (‘Brown rot’ des anglo-saxons) signalé pour la première fois à Madagascar. L'approche MLVA (RS2-MLVA9) a révélé leur apparenté aux souches IIB-1 distribuées mondialement, suggérant ainsi une introduction malheureuse à Madagascar. Trois populations clonales se propagent par des tubercules infectées. Le génotypage des souches du phylotype III, avec le schéma hautement résolutif RS3-MLVA16 que nous avons développé, a révélé une forte diversité génétique structurée géographiquement en onze populations clonales bien différenciées. Cette structure reflète un caractère endémique des populations suggérant l'absence de transmission par tubercules. Les souches malgaches sont différentes de celles d'Afrique continentale. Les souches IIB-1 et III présentent deux modèles épidémiologiques différents. Les variétés de pomme de terre cultivées à Madagascar n'ont montré aucune résistance génétique vis-à-vis du panel de souches malgaches. Cependant, dans nos conditions expérimentales les accessions 720118 et 800934 sont résistantes aux souches I-31 non détectées pour l'instant à Madagascar, mais prévalentes dans l'océan Indien. Nous disposons ainsi d'un outil robuste pouvant être appliqué à l'étude du phylotype III, d'une vue globale de la structure des populations et d'épidémiologie du ceRs
This thesis is exploring genetic diversity, population structure and molecular epidemiology of the Ralstonia solanacearum species complex (Rssc) causing potato bacterial wilt outbreaks in Madagascar. We characterized a large collection of strains (n=1224; 75 sites) collected from potato production areas. Surprisingly, the large outbreaks were associated with IIB-1 strains (Brown rot) while a few were associated with phylotypes I and III. This is the first report of phylotype IIB-1 in Madagascar. The IIB-1 strains were genotyped based on MLVA (RS2-MLVA9). And Malagasy phylotype IIB-1 clustered with worldwide distributed strains. Fine scale genetic investigation suggested three clonal populations that were introduced and spread through latently infected tuber-seeds. Phylotype III strains were genotyped with the highly discriminatory RS3-MLVA16 scheme we developed. Genetic population analyses revealed a high genetic diversity within phylotype III strains that geographically structured into 11 clonal populations. This support the endemic character of the phylotype III population in Madagascar and suggests no transmission with potato tubers. Malagasy strains were distinct from continental African strains. A clear-cut epidemiological profile is shown between IIB-1 and III strains. Genetically, no bacterial wilt resistance properties were shown for the most popular Malagasy potato cultivars, except two cultivars: 720118 and 800934 that showed strong resistance to phylotype I-31 strain that are predominantly distributed in the Indian Ocean. This study offered tool to genotype phylotype III strains and gives an insights into population structure and epidemiology of the Rssc

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Guinand, Bruno. "Rôles d'éléments de statistique multivariée dans la mise en évidence de la différenciation populationnelle : exemples et potentialités." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO10172.

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Abstract:

La differenciation d'entites biologiques ou de populations chez les organismes aquatiques, ainsi que la mise en evidence de leur fonctionnement ou de leur evolution au sein d'un ou entre differents hydrosystemes est une idee forte de l'ecologie aquatique dont la resolution ne peut passer que par l'utilisation de concepts d'autres disciplines (genetique des populations, biologie evolutive). Nous essayons de rendre compte de ces problematiques sur des modeles biologiques divers, dans des situations ecologiques constrastees et a differentes echelles d'espace. Le point central liant ces disciplines se situe dans le domaine de la statistique multivariee. La premiere partie propose et illustre sur quatre modeles biologiques le role d'un modele multivariee baptise dans le champ de la genetique des populations constant row total-multiple correspondence analysis permettant l'estimation multivariee de f#s#t, quantite exprimant la differenciation genetique. L'utilisation de ce modele evite un certain nombre de desagrements de certaines methodes classiques. La seconde partie entreprend a l'aide de procedures d'analyse d'images, d'approximations splines et d'analyse en composantes principales sur des fonctions, d'exprimer la differenciation inter- et intra-populationnelle sur des patrons de coloration d'une larve d'insecte aquatique (hydropsyche contubernalis, trichoptere). Cette etude porte sur le patron de coloration general de la capsule cephalique de l'animal, puis sur un patron de coloration (a)symetrique. Coloration et asymetrie sont deux sujets essentiels de la biologie evolutive et de la genetique des populations. Nous montrons qu'il est possible d'etablir des differenciations significatives entre stations et de rendre compte de structures populationnelles variees. Dans la conclusion, nous etendons le debat pour qu'un lien plus important s'etablisse entre les disciplines que sont l'ecologie aquatique et la biologie evolutive d'une part, entre la biologie evolutive et la statistique multivariee d'autre part

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Ledoux, Jean-Baptiste. "Biologie de la conservation du corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758) : impact du changement global sur l'évolution des populations infralittorales en Méditerranée Nord-Occidentale." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX22096/document.

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Abstract:

Les pressions anthropiques agissent en synergie du gène à l’écosystème, des régions polaires aux régions tropicales et induisent une érosion biologique telle, qu'elle est qualifiée de sixième extinction de masse.Ce constat pose la question de l’évolution de la biodiversité face aux changements environnementaux en cours. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse focalisé sur les populations de surface (5 -60 m) de corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758), en Méditerranée Nord-Occidentale.Le corail rouge (Octocorallia, Coralliidae) est une espèce sessile à phase larvaire caractérisée par sa longévité importante, sa dynamique de population lente et son rôle structurant au sein des communautés de substrats durs de Méditerranée. Soumis à une importante pression de récolte, Corallium rubruma récemment subi deux évènements de mortalité massive concordant avec des anomalies thermiques positives, potentiellement liées au réchauffement climatique. La combinaison de ces deux pressions environnementales est donc susceptible d’affecter fortement l’évolution des populations de surface de cette espèce. Basé sur une approche intégrant génétique des populations et écologie de terrain, ce travail a pour objectif principal d’étudier les processus microévolutifs en jeu chez le corail rouge, de l’inter- à l’intra- populationel, afin de contribuer à l'amélioration de nos connaissances sur la biologie de cette espèce dans le contexte environnemental actuel.Ce travail de thèse élargit le champ de connaissances relatif à l’écologie de Corallium rubrum et fournit un ensemble d’outils et de données pour sa conservation face aux perturbations environnementales en cours.Il contribue, par la même occasion, à une avancée significative dans la compréhension de la biologie des organismes marins sessiles à phase larvaire.Il illustre notamment la pertinence d'approches mises place à des échelles spatiales réduites, pour répondre à des questions fondamentales sur l’évolution de ces organismes, souvent clés au sein de communautés sous pression
Anthropic pressures act synergistically from gene to ecosystems and from polar to tropical regions, inducing a strong biological loss, which is considered by many as the sixth mass extinction. The evolution of biodiversity facing the ongoing global change is thus an open question.The present study is focused on the shallow populations (5 - 60 m) of Corallium rubrum (Octocorallia,Coralliidae) in the North Western Mediterranean Sea. The red coral is a sessile and long-lived species with a larval phase, a slow population dynamics and an important structuring role in the Mediterranean hard substrates communities. This species faces a strong harvesting pressure, and recently underwent two massmortality events linked to positive thermal anomalies putatively due to ongoing climate change. These two pressures may have deep implications on the evolution of the shallow populations of this species. Using population genetics and field ecology, the main objective of this study was to define microevolutionary processes acting between and within red coral populations, to enhance our knowledge on the biology of this species facing the environmental changes. This work extends our knowledge concerning the ecology of Corallium rubrum, and provides new toolsand data for its conservation in the context of the ongoing global change. Moreover, this work improves our understanding in the biology of sessile marine organisms with a larval phase, illustrating for example the relevance of approaches conducted at fine geographical scales to address questions regarding the evolution of these organisms

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Guilloux, Thomas. "Etude de la variabilité biologique, biochimique et génétique de populations d'origines géographiques différentes de Cotesia plutellae (Kurdjumov) (hymenoptera : braconidae), parasitoi͏̈de de la teigne des Brassicacees Plutella Xylostella (L. )(lepidoptera : Yponomeutidae)." Montpellier 3, 2000. http://www.theses.fr/2000MON30066.

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Lupoli, Roland. "Recherches sur la caractérisation intraspécifique moléculaire et biologique des pucerons en vue de son application à l'épidémiologie des virus de type non persistant." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20101.

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Abstract:

Un critere de differenciation des populations de pucerons reposant sur les techniques d'hybridation a l'aide d'une sonde d'adn ribosomal a ete obtenu. La variabilite observee est liee aux regions non transcrites de l'adn ribosomal. Elle n'est pas la meme chez toutes les especes de pucerons: on l'observe a l'echelle d'un meme champ avec rhopalosiphum maidis, et a l'echelle de plusieurs centraines de kilometres chez aphis gossypii. L'efficacite de transmission d'un virus de type non persistant est un caractere stable au cours du temps chez un meme clone de puceron en conditions controlees. A l'echelle regionale, l'amplitude de ce caractere est faible chez aphis gossypii. Les utilisations de ces methodologies pour suivre les deplacements des pucerons ou evaluer les risques d'introduction de populations virales sont discutees

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Coulaud, Romain. "Modélisation et changements d'échelles pour l'évaluation écotoxicologique : application à deux macroinvertébrés aquatiques, Gammarus fossarum (crustacé amphipode) et potamopyrgus antipodarum (mollusque gastéropode)." Thesis, Lyon 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LYO10018/document.

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Abstract:

Les réglementations conduisent à multiplier les évaluations du risque écologique lié au rejet des substances chimiques dans les milieux aquatiques avec pour objectif de protéger les populations naturelles. Cependant, ce niveau de protection visé ne peut être utilisé facilement pour établir un lien direct entre une contamination et ses effets. Pour palier cette difficulté, les approches multi-échelles basées sur l'étude des effets des contaminations sur des marqueurs individuels puis sur l'extrapolation de ces effets au niveau des poipulations à partir de modèles de dynamique de population représentent des démarches prometteuses et commencent à être bien acceptées dans les démarches prédictives.Cependant, leur utilisation pour le diagnostic de la qualité des milieux aquatiques reste pour le moment très rare, d'une part en raison de la forte variabilité des réponses des marqueurs individuels in situ liée à l'influence de divers facteurs environnementaux confondants pour l'évaluation de la toxicité, et d'autre part à cause du manque de pertinence environnementale des modèles actuellement proposés. Centré sur l'utilisation de deux espèces couramment observées dans les cours d'eau européens et présentant des caractéristiques écologiques et phylogéniques contrastées : le crustacé Gammarus fossarum et le mollusque Potamopyrgus antipodarum, ce travail doctoral a permis : 1- de proposer une méthodologie pour prendre en compte l'influence des facteurs de confusion dans le but d'améliorer la lecture des bioessais in situ basés sur la mesure des marqueurs individuels sur des organismes encagés et 2- de développer des modèles de dynamique de population écologiquemnt pertinents
The regulatory framework lead to increase the assessments of the ecological risk linked to the dischaarge of chemical substances in aquatic environment with the aim to protect natural populations. However, this target level of protection cannot be used so easily to etablish a direcet link between a contamination and its effects. In order to overcome this difficulty, the multi-scale approaches based on the study of the effects of the contaminations on individual markers and then on the extrapolation of these effects at the population level with population dynamic models reprensent promising tools and start to bewell accepted in predictive processes. Yet, their use for the diagnosis of water quality remainsrare for the moment, on the one hand, because of the important varaibility of answers of individual makers in situ linked to the influence of diverse confounding environmental factors for the assessments of toxicity and, on the other hand, because pf the lack of environmental relevance of models currently proposed. Focused on the use of 2 species widely observed in European rivers and presenting contrastingecological and phylogenetic characteristics : the Grammar fossarum crutacean and the Potamopyrgus antipodarum mollusc, this doctoral degree first propose a methodology to consider the influenceof confounding factors in order to improve the reading of biological in situ tests based on the measurment of individual markers on caged organisms and second, to develop ecologically relevant population models. Thus, this work allowed to underline the importance of the consideration of confounding factors (i.e. temperature), in different in situ tests based on the measurment of individul markers on caged organisms. Moreover, population models for both species have been defined in order to test the influence of life histories and seasonal variations on demographic sensitivity of populations

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Faucher, Leslie. "Histoire évolutive de deux espèces d’amphibiens pionnières, le Pélodyte ponctué et le Crapaud calamite, en milieu fortement anthropisé." Thesis, Lille 1, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL10159/document.

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Abstract:

La perte et la fragmentation des habitats générées par les activités humaines érodent la diversité génétique intra-spécifique, entrainant l’extinction de populations chez de nombreuses espèces. Paradoxalement, des habitats artificiels comme les terrils du nord de la France favorisent l’installation de populations sauvages. Néanmoins leur localisation au sein d’un paysage très anthropisé interroge sur la pérennité des populations qu’ils hébergent. Cette étude visait à étudier la diversité génétique neutre des populations de Bufo calamita et Pelodytes punctatus, deux espèces d’amphibiens établies dans le bassin houiller et dans des habitats littoraux plus sauvages. Des approches de génétique des populations ont permis de décrire les effets de différents processus micro-évolutifs sur les niveaux de diversité génétique, depuis le processus biogéographique de colonisation des terrils jusqu’au régime d’appariement dans une population, en passant par une analyse multi-espèces de la connectivité paysagère. Les populations de B. calamita du bassin houiller présentent de forts niveaux de diversité génétique pouvant résulter d’introductions d’individus de diverses localités. Toutefois, dans le bassin houiller, une forte différenciation génétique s’observe chez les deux espèces. Cela s’explique au moins en partie par la présence de barrières aux flux de gènes entre populations qui, à long terme, pourrait compromettre le maintien des populations. Enfin, le succès reproducteur inégal des mâles de B. calamita, qui pourrait induire des baisses de niveau diversité génétique intra-population, semble associé à une compétition entre mâles et implique plusieurs stratégies d’appariements
Human activities induce habitat loss and fragmentation that have an erosive effect on the level of intraspecific genetic diversity, decreasing the individual fitness and jeopardizing populations’ adaptive capability. Conversely, new human-made areas, such as spoil heaps of northern France, can provide suitable habitats for pioneering species. Spoil heaps being part of a highly human-fragmented landscape, the likelihood of population persistence is questioned given the scarcity of suitable habitats and the occurrence of potential barriers to dispersal. We studied the intraspecific genetic diversity of two anurans, Pelodytes punctatus and Bufo calamita, located in coalfield areas and semi-natural coastal habitats. We focused on the effects of micro-evolutionary processes of genetic drift and gene flow in shaping genetic structure. We studied (i) the biogeographical history of colonization of coalfield areas in B. calamita, (ii) the landscape connectivity using a multispecies approach, and (iii) the evolutionary determinants of variance in breeding success in B. calamita. In coalfield areas, B. calamita populations showed high levels of genetic diversity suggesting several independent colonization events. Nonetheless, marked local genetic discontinuities were observed within coalfield areas for both species, suggesting occurrence of environmental barriers impeding gene flow that may compromise population viability. Within a B. calamita population, we observed a polygynous mating system involving a possible decrease in genetic diversity. Our results suggested that variance in male mating success was linked to male-male competition and may imply distinct mating strategies

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Trémouillaux-Guiller, Jocelyne. "Etude comparative des phénotypes ultrastructuraux et métaboliques d'une population de souches fixées de Choisya Ternata (rutacée) et les lignées clonales en dérivant." Tours, 1986. http://www.theses.fr/1986TOUR3801.

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Siah, Ali. "Distribution et polymorphisme des "mating types", variabilité du pouvoir pathogène et résistance aux strobilurines au sein d'une population française de Mycosphaerella Graminicola, agent de la septoriose du blé." Littoral, 2009. http://www.theses.fr/2009DUNK0240.

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Abstract:

Mycosphaerella graminicola (anamorphe: Septoria tritici) constitue aujourd’hui l’agent pathogène le plus fréquent et le plus dévastateur sur les cultures de blé. Cinq cent dix souches de ce parasite ont été isolées à partir de 16 localités géographiques réparties sur les plus grandes régions productrices de blé en France. Le mating-type de chaque souche a été déterminé par "PCR multiplex". La distribution équilibrée des deux matingtypes suggère une fréquence élevée de la reproduction sexuée au sein de la population française du pathogène. Une analyse du polymorphisme moléculaire par PCR-RFLP-SSCP et séquençage a révélé une grande conservation des idiomorphes des mating-types chez M. Graminicola ainsi qu'un niveau de polymorphisme plus important pour l’idiomorphe mat1-2 comparativement à l’idiomorphe mat 1-1. Un criblage conduit pour 42 souches a mis en évidence une variabilité importante du pouvoir pathogène. Une étude cytologique et enzymatique menée in planta a démontré que le pouvoir pathogène chez M. Graminicola n’est expliqué ni par le taux de germination des spores, ni par la croissance sur la surface foliaire et ni par la fréquence des pénétrations directes ou stomatiques de l’hôte, mais par sa capacité à coloniser le mésophylle et à produire l’enzyme de dégradation des parois cellulaires l’endo-1,4-ß-xylanase durant la phase nécrotrophe. Une caractérisation complémentaire réalisée pour 82 souches a confirmé l’implantation de la résistance aux strobilurines au sein de la population française du champignon et a montré la présence d’un gradient nord-sud pour la distribution de la résistance. Cette dernière étude a permis la validation de quatre méthodes d’évaluation de la résistance de M. Graminicola aux strobilurines
Mycosphaerella graminicola (anamorph : Septoria tritici) is today the most frequently occuring and the most economically damaging pathogen on wheat crops. Five hundred and ten strains of this fungus were isolated from 16 geographical locations covering most of the wheat producing areas in France. The mating type of each strain was determined by multiplex PCR. The equal distribution of the two mating types suggests regular cycles of sexual recombination within French population of the pathogen. A sequence polymorphism analysis using both PCR-RFLP-SSCP and sequencing revealed high conservation of the two mating type idiomorphs in M. Graminicola, with a more important level of polymorphism in the mat1-2 idiomorph compared to the mat 1-1 idiomorh. A sreening of 42 strains by disease level assessment showed a great variability in pathogenicity among strains. Cytological and enzymatic assays conducted in planta highlighted that M. Graminicola pathogenicity is not correlated to either rate of spore germination, mycelial growth on leaf surface or frequency of host leaf penetration, but linked to its ability to colonize the mesophyll and to produce the cell wall degrading enzyme endo-1,4-ß-xylanase during necrotrophic phase. Further investigations performed with 82 strains confirmed the widespread occurence of resistance to strobilurin fungicides within this French population of M. Graminicola and showed the presence of north-south gradient of the resistance distribution. This later study allowed the validation of four in vitro methods assessing M. Graminicola resistance to strobilurins

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Baron, Étienne. "Génomique écologique de la réponse à la compétition chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10206/document.

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Abstract:

La compétition est considérée comme un facteur majeur responsable de la structure, de la diversité et de la dynamique des communautés végétales. Cependant, la génétique sous-jacente à cette dynamique éco-évolutive est encore peu connue. Notamment, à l’échelle d’une population, la variation génétique naturelle de la réponse à différentes conditions de compétition, l’identité des traits phénotypiques sous sélection génotypique et des bases génétiques impliquées dans la réponse à la compétition sont mal compris. Par une approche de génomique écologique ciblant l’espèce modèle Arabidopsis thaliana, l’objectif principal de cette thèse est de caractériser la génétique associée à la capacité compétitrice à une échelle locale selon une complexité d’interactions avec des espèces compétitrices progressive. En me focalisant d’abord sur la compétition monospécifique, j’ai montré que l’identité du compétiteur et le décalage de sa germination permettaient un maintien de diversité génétique et fonctionnelle au sein de la population-cible. Par une approche de Genome Wide Association (GWA) mapping, j’ai identifié différents QTLs de réponse à la compétition selon les conditions de compétition monospécifique. Puis, j’ai démontré que le contexte d’interactions plurispécifiques modifiait la réponse à la compétition d’une population locale. De plus, j’ai montré que la réponse à la compétition d’une population locale pouvait évoluer en huit générations, en lien avec des changements de composition spécifique au sein de la communauté. Enfin, j’ai démontré que la dynamique adaptative d’A. thaliana pouvait être fortement influencée par l’intensité de la compétition en conditions naturelles
Competition is considered as a major factor responsible for plant communities structure, diversity and dynamics. However, the genetics underlying this local eco-evolutionary dynamics remains poorly understood. Notably, at the population scale, the natural genetic variation of response to different competition conditions, the identity of phenotypic traits under genotypic selection and of genetic basis implied in the response to competition still need to be addressed. By an ecological genomics approach using the model species Arabidopsis thaliana, the main goal of this thesis is to characterize the genetics related to the competitive ability at a local scale, according to an increasing complexity of interactions between the competitor species. First, by focusing on monospecific competition, I showed that both the competitor identity and the lag of competitor germination time promote the maintenance of the genetic and functional diversities within the target population. Based on an approach of Genome Wide Association (GWA) mapping, I detected QTLs of response to competition that were strongly dependent on the conditions of monospecific competition. Second, in the context of multispecific interactions, I demonstrated that the response of a local population to competition was highly specific to the surrounding communities considered. In addition, based on a resurrection approach, I showed that the response of a local population to competition could evolve in less than eight generations, likely in relationship to community shifts. Third, I demonstrated that the adaptive dynamic of A. thaliana was highly influenced by the competition intensity in natural conditions

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Ben, Abderrazak Souha. "Variabilité génétique des populations de "Plasmodium falciparum"." Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20013.

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Abstract:

Nous avons analyse par electrophorese d'isoenzymes (7 a 12 loci) le polymorphisme genetique de 5 populations (113 stocks) du plasmodium falciparum, l'agent de la forme la plus severe de paludisme. Les resultats ont ete interpretes en termes de genetique des populations, dans le but d'analyser la structure des populations naturelles de ce parasite. Un fort desequilibre de liaison apparait dans trois des populations etudiees, ainsi que dans l'echantillon global. Une quatrieme population montre egalement des indices de desequilibre, quoique dans une moindre mesure. Une seule serie n'a montre aucune deviation par rapport aux predictions de la panmixie. Ces resultats ne sont explicables, ni par la structuration geographique des populations, ni par la selection naturelle. L'hypothese la plus parcimonieuse pour rendre compte de nos donnees est l'existence d'une propagation uniparentale chez p. Falciparum dans certaines circonstances. De forts indices d'autofecondation peuvent expliquer ce resultat. La structure des populations naturelles de plasmodium falciparum et le mode de reproduction du parasite ont des consequences importantes sur l'epidemiologie de la maladie. Le modele subclonal ou partiellement clonal que nous proposons ici est radicalement different, quant a ses implications taxonomiques et epidemiologiques, du modele potentiellement panmictique qui avait ete propose pour p. Falciparum. En effet, si des lignees parasitaires subissent une propagation uniparentale, elles se comportent comme des clones, et gardent intactes leurs caracteristiques genetiques d'une generation a l'autre, tandis que le patrimoine genetique de chaque genotype fait l'objet d'un brassage energique a chaque generation dans le cas du modele potentiellement panmictique. Les problemes poses sont: (a) la nature du processus de reproduction uniparentale; (b) l'importance respective des cycles sexues et asexues; (c) la stabilite dans l'espace et dans le temps des lignees uniparentales

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Pugliese, Rosa Angela. "Mesophotic red coral population: genetic variability and connectivity." Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2012. http://amslaurea.unibo.it/4587/.

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Ramakrishnan, Lakshmikantan. "Environmental variability and ecological dynamics in spatially structured populations /." Full text (PDF) from UMI/Dissertation Abstracts International, 2000. http://wwwlib.umi.com/cr/utexas/fullcit?p3004361.

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Dutilleul, Morgan. "Réponses microévolutives et coûts adaptatifs de populations de Caenorhabditis elegans exposées à des stress environnementaux." Thèse, Montpellier 1, 2013. http://www.archipel.uqam.ca/5860/1/D2565.pdf.

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Abstract:

Dans l'environnement, l'évolution contemporaine des organismes vivants est de plus en plus dépendante des perturbations d'origine anthropique. En particulier, la pollution amplifie l'intensité ou la quantité des pressions de sélection auxquelles sont soumises les populations. Or ces changements peuvent avoir des effets négatifs sur la vie, la reproduction et la croissance des individus. La démographie des populations peut aussi être affectée, tout comme au cours des générations, les caractéristiques phénotypiques et génétiques de ces populations. Ainsi en réponse aux pressions de sélection, des changements microévolutifs sont susceptibles de se manifester. Mais ces phénomènes entraînent en parallèle la mise en place de coûts adaptatifs. Par exemple, une réduction de la diversité génétique d'une population induit une diminution du potentiel adaptatif face à d'autres contraintes. Ceci peut fragiliser le maintien de populations vivant dans des environnements toujours plus changeants, notamment avec l'accroissement des activités humaines. Dans une démarche d'évaluation des risques écologiques, il ne suffit donc plus d'étudier les mécanismes d'action et les effets néfastes immédiats des polluants sur les organismes vivants. Il est également nécessaire de développer nos connaissances sur l'évolution des populations en milieu pollué, et plus globalement en milieu stressant. Dans ce contexte, cette étude vise à déterminer les réponses microévolutives de populations d'un organisme modèle, Caenorhabditis elegans, exposées à des stress environnementaux et à mesurer les coûts adaptatifs de ces microévolutions. Ces populations ont été exposées expérimentalement, durant 22 générations, à une forte concentration en uranium, en chlorure de sodium ou à une alternance de ces deux polluants. L'analyse des modifications phénotypiques et génétiques observées, au travers des mesures de traits d'histoire de vie, a été accomplie grâce à plusieurs techniques de génétique quantitative. Nous avons notamment mis en évidence une différentiation génétique des populations exposées, associée à augmentation de la résistance, au cours du temps. La vitesse des réponses évolutives était dépendante des conditions d'exposition et de leurs effets sur l'expression de la structure génétique des traits (matrice G). Ces phénomènes microévolutifs ont pu être reliés à des coûts adaptatifs, tels qu'une réduction de la fertilité, dans de nouveaux environnements stressants (ex : augmentation de la température) ou en l'absence de stress. Ainsi, même après plusieurs générations sans la présence de polluant, les populations adaptées voient leur fragilité augmenter par rapport à des populations non adaptées. Toutefois, nous n'avons pas identifié de coûts supplémentaires pour les populations adaptées à l'environnement d'alternance par rapport à celles adaptées à une pollution constante. Ce projet nous a permis de mieux identifier comment une exposition à un ou deux polluants peut affecter la réponse évolutive de populations de C. elegans et d'évaluer les conséquences sur leur sensibilité aux conditions environnementales. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : évolution expérimentale, génétique quantitative, coûts adaptatifs, stress environnementaux, traits d'histoire de vie, structure génétique, adaptation locale, évolution du généralisme, Caenorhabditis elegans, pollution, uranium

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Galataud, Julien. "Trajectoires évolutives des populations insulaires d’Apis mellifera dans le sud-ouest de l’océan Indien : congruence des approches morphométriques et génétiques." Thesis, La Réunion, 2019. http://www.theses.fr/2019LARE0042.

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Abstract:

La sous-espèce d’abeille domestique présente dans les îles du Sud-ouest de l’océan Indien (SOOI) est Apis mellifera unicolor. Les populations insulaires du SOOI sont génétiquement structurées, avec des hybridations observées avec des lignées Européennes en proportions variables selon les îles. Afin de mieux comprendre les processus micro-évolutifs mis en œuvre entre les divergences de 10 populations insulaires du SOOI, nous avons étudié la variabilité et la distribution d’un trait en regard de la diversité génétique des individus. Ainsi, le patron de nervation alaire a été caractérisé en utilisant la morphométrie géométrique (méthode Procrustes) sur plus de 1400 ouvrières. Des approches multivariées ont permis de relier les données morphologiques (taille et conformation des ailes) aux données génétiques (14 marqueurs microsatellites). Premièrement, nous avons étudié un processus d’hybridation en cours à l’île Maurice et mis en évidence la concordance entre les variations morphogénétiques et génétiques, puis montré que le processus d’hybridation a contribué à accroître la variabilité phénotypique de la population. Les introductions humaines et l’apiculture ont donc fortement influencé la trajectoire évolutive de cette population. Dans un second temps nous avons élargi notre étude à la caractérisation des abeilles de toute la zone SOOI. Les résultats montrent non seulement que ces populations sont autant structurées morphologiquement que génétiquement, mais aussi que la variabilité de la conformation des ailes reflète l’histoire évolutive de ces populations, en soulignant l’influence de la dérive, des effets fondateurs et de l’hybridation sur ces populations. La forte congruence observée entre la variabilité génétique neutre et morphométrique n’exclue pas d’autres mécanismes, tels que la sélection naturelle et/ou la plasticité phénotypique, qui auraient pu influer sur la trajectoire évolutive de l’abeille du SOOI
The honeybee subspecies found in the islands of the southwest Indian Ocean (SOOI) is Apis mellifera unicolor. The SOOI island populations are genetically structured, with hybridization patterns observed with European lines in varying proportions depending on the islands. In order to better understand the microevolutionary processes implemented between the divergences of the 10 SOOI island populations, we studied the variability and distribution of a trait with respect to the individual genetic diversity. Thus, the wing venation pattern was characterized by using geometric morphometry (Procrustes method) on more than 1400 female workers. Multivariate approaches used, allowed us to link morphological data (wing size and conformation) to genetic data (14 microsatellite markers).First, we studied an ongoing hybridization process in Mauritius and highlighted the concordance between morphogenetic and genetic variations, and then showed that the hybridization process contributed to increasing the phenotypic variability of the population. Human introductions and beekeeping have therefore strongly influenced the evolutionary trajectory of this population.In a second step, we extended our study to the characterization of honeybees throughout the SOOI zone. The results showed, not only, that these populations were morphologically and genetically structured, but also that the variability in wing conformation reflected the evolutionary history of these populations, highlighting the influence of drift, founding effects and hybridization processes on these populations. The strong congruence observed between neutral and morphometric genetic variability does not exclude other mechanisms, such as natural selection and/or phenotypic plasticity that could have influenced the evolutionary trajectory of the SOOI honeybees

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Carlesi, Lorenzo. "Genetic variability and structuring of deep Corallium rubrum (Linnaeus, 1758) populations." Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2011. http://amslaurea.unibo.it/2613/.

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ABSTRACT Given the decline of shallow-water red coral populations resulting from over-exploitation and mass mortality events, deeper populations below 50 metres depth (mesophotic populations) are currently the most harvested; unfortunately, very little is known about their biology and ecology. The persistence of these populations is tightly linked to their adult density, reproductive success, larval dispersal and recruitment. Moreover, for their conservation, it is paramount understand processes such as connectivity within and among populations. Here, for the first time, genetic variability and structuring of Corallium rubrum populations collected in the Tyrrhenian Sea ranging from 58 to 118 metres were analyzed using ten microsatellite loci and two mitochondrial markers (mtMSH and MtC). The aims of the work were 1) to examine patterns of genetic diversity within each geographic area (Elba, Ischia and Praiano) and 2) to define population structuring at different spatial scales (from tens of metres to hundreds of kilometres). Based on microsatellite data set, significant deviations from Hardy-Weinberg equilibrium due to elevated heterozygote deficiencies were detected in all samples, probably related to the presence of null alleles and/or inbreeding, as was previously observed in shallow-water populations. Moreover, significant levels of genetic differentiation were observed at all spatial scale, suggesting a recent isolation of populations. Biological factors which act at small spatial scale and/or abiotic factors at larger scale (e.g. summer gyres or absence of suitable substrata for settlement) could determine this genetic isolation. Using mitochondrial markers, significant differences were found only at wider scale (between Tuscany and Campania regions). These results could be related to the different mutation rate of the molecular makers or to the occurrence of some historical links within regions. A significant isolation by distance pattern was then observed using both data sets, confirming the restricted larval dispersal capability of the species. Therefore, the hypothesis that deeper populations may act as a source of larvae helping recovery of threatened shallow-water populations is not proved. Conservation strategies have to take into account these results, and management plans of deep and currently harvested populations have to be defined at a regional or sub regional level, similarly to shallow-water populations. Nevertheless, further investigations should be needed to understand better the genetic structuring of this species in the mesophotic zone, e.g. extending studies to other Mediterranean deep-water populations.

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Pacoureau, Nathan. "Influence de la variabilité climatique, de l’abondance de proies, de la densité-dépendance et de l'hétérogénéité individuelle chez des prédateurs supérieurs longévifs : de l’individu à la population." Thesis, La Rochelle, 2018. http://www.theses.fr/2018LAROS026/document.

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Abstract:

Une question fondamentale en écologie des populations est l’identification des facteurs influençant la dynamique d’une population. L’objectif principal de cette thèse est de déterminer quelles sont les réponses démographiques et populationnelles de prédateurs marins supérieurs face aux fluctuations d’abondance de leurs proies, aux variations climatiques, à la densité-dépendance tout en tenant compte de l’hétérogénéité inter et intra-individuelle (âge, expérience, sexe, qualité ou stratégie). Pour ce faire, nous nous baserons sur l’analyse de suivis à long-terme individuels et populationnels d’oiseaux marins longévifs et prédateurs apicaux phylogénétiquement très proches dans deux biomes contrastés : le labbe de McCormick Catharacta maccormicki sur l’archipel de Pointe Géologie en Antarctique et le labbe subantarctique Catharacta lonnbergi sur l’archipel des Kerguelen en milieu subantarctique. Nous tirerons parti d’estimations d’abondances de leurs proies respectives : le manchot Adélie Pygoscelis adeliae et le manchot empereur Aptenodytes forsteri en Antarctique, et le pétrel bleu Halobaena caerulea et le prion de Belcher Pachyptila belcheri à Kerguelen. Ces jeux de données offrent une opportunité unique de pouvoir déterminer et quantifier simultanément les différentes sources de variabilité dans les changements de taille de populations naturelles occupant l’un des niveaux trophiques les plus élevés des réseaux alimentaires antarctiques et subantarctiques. Nous avons mis en évidence de la variation dans plusieurs traits vitaux des deux populations influencées par les performances des individus et de l’hétérogénéité individuelle latente. Nous discutons des mécanismes par lesquels la variabilité climatique, l’abondance de proie et la densité de population peuvent affecter différentiellement les différentes classes d’âges de chaque trait vital, et les conséquences potentielles de futurs changements environnementaux
A fundamental endeavor in population ecology is to identify the drivers of population dynamics. The main objective of this thesis is to determine what are the demographic and population responses of superior marine predators to the fluctuations of their prey abundance, to climatic variations, to density-dependence while taking into account inter and intra individual heterogeneity (age, experience, sex, quality or strategy). To do this, we analysed long-term individual and population-based monitoring of long-lived seabirds and phylogenetically close apical predators in two contrasting biomes: the south polar skua Catharacta maccormicki at Pointe Géologie archipelago, Antarctica, and the brown skua Catharacta lonnbergi on the sub-Antarctic Kerguelen Archipelago. We will use direct abundance of their respective prey: Adélie penguin Pygoscelis adeliae and emperor penguin Aptenodytes forsteri in Antarctica, and the blue petrel Halobaena caerulea and the thin-billed prion Pachyptila belcheri prion in Kerguelen islands. These datasets provide a unique opportunity to simultaneously disentangle and quantify the different sources of variability driving variation in natural populations occupying one of the highest trophic levels of the Antarctic and sub-Antarctic food webs. We found variation in several vital traits of both populations influenced by individual performance and latent individual heterogeneity. We discuss the mechanisms by which climatic variability, prey abundance, and population density can differentially affect the different age classes of each age class, and the potential consequences of future environmental changes

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Bertrand, Bénédicte. "Analyse de la diversité moléculaire de populations d'abeilles de la lignée ouest-méditerranéenne (Apis mellifera mellifera) dans le but de la conservation." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00951288.

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L'abeille mellifère (Apis mellifera, L.) est divisée en quatre lignées évolutives (M : Ouest-Méditerranéenne, A : Africaine, C : Nord-Méditerranéenne et O : Orientale), elles-mêmes divisées en au moins 26 sous-espèces. Ces lignées et sous-espèces Sont caractérisées par une très forte structuration géographique. Cette structure est le fruit de milliers d'années d'évolution (depuis les dernières glaciations jusqu'à nos jours).Parmi les différentes sous-espèces, on distingue notamment Apis mellifera mellifera (A. m. mellifera), également connue sous le nom de " Abeille noire ". Cette sous-espèce est naturellement présente en France et en Europe du Nord.Pour diverses raisons, des sous-espèces non locales, appartenant en particulier à la lignée C sont importées depuis les années 60 en France.Ces importations, souvent massives, ont tendance à déstructurer la répartition géographique de l'espèce et pourraient mener à une perte de la sous-espèce locale et de ses caractéristiques spécifiques.Des conservatoires d'A. m. mellifera, gérés par des associations d'apiculteurs, ont progressivement vu le jour en Europe, pour limiter les effets des importations. Toutefois, aucun " cahier des charges ", couplant l'aspect scientifique de la conservation avec l'apiculture, n'a encore été émis.La présente thèse a donc permis, par l'étude de congrégation de mâles d'abeilles, de caractériser et valider des conservatoires Européens.Un protocole, quant à la mise en place et au suivi scientifique ainsi qu'apicole de ces conservatoires a été proposé.Enfin, une étude préliminaire du fonctionnement reproducteur d'une population d'abeilles a été menée en Ile-de-France. Cette étude a été entreprise dans le but d'apporter de nouvelles informations pour les programmes de conservation de l'espèce et de l'Abeille noire.Il ressort de cette thèse que la majorité des conservatoires étudiés présentent un niveau d'introgression (par la lignée Nord-Méditerranéenne) suffisamment faible et une diversité génétique suffisante pour être acceptés comme conservatoires. Il faut cependant maintenir le faible niveau d'introgression, d'une part, et, d'autre part, la diversité génétique suffisante, ces critères étant indispensable pour tout conservatoire d'A. m. mellifera.Il apparait également que l'isolement géographique n'est pas obligatoire, voire même non recommandé, pour l'établissement d'un conservatoire. Mais, il est important de caractériser l'ensemble des populations situées autour des zones conservatoires. Cette caractérisation a, en effet, pour but d'estimer et de limiter les risques d'introgression par des colonies non locales.Plusieurs hypothèses émises au cours de cette analyse réfuteraient les conclusions proposées dans des études précédemment réalisées sur l'espèce A. mellifera.En effet, il semblerait que les " faux bourdons " ne se rendent pas à la congrégation de mâles la plus proche. Toutefois, une étude plus approfondie du comportement reproducteur doit être réalisée afin de valider ou d'infirmer cette hypothèse.Enfin, des essaims naturels pourraient être présents dans la région Ile-de-France. Ces essaims étaient considérer comme complètement disparus, à cause de l'invasion du parasite Varroa destructor en Europe. Cette nouvelle hypothèse doit cependant être confirmée par d'autres analyses plus approfondie. La présence de ces essaims naturels serait très encourageante pour la conservation d'A. m. mellifera, mais également de l'espèce en générale.

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Manry, Jérémy. "De la génétique des populations à l'immunologie : les interférons chez l'homme." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066158.

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Les interférons (IFNs) sont des cytokines ayant un rôle clé dans les réponses immunitaires innée et adaptative. J’ai séquencé ici les 27 gènes codant les IFNs et leurs récepteurs dans un panel multiethnique. Nos résultats montrent que certains gènes comme IFNA6, IFNA8 et IFNG remplissent des fonctions essentielles dans la défense de l’hôte. Au contraire, le fait que d’autres gènes tels que IFNA10 et IFNE1 accumulent des mutations faux-sens et non-sens à de fortes fréquences dans la population, suggère une plus grande redondance. Enfin, les IFNs de type-III apparaissent comme étant les cibles de la sélection positive, spécifiquement dans les populations non-africaines, en raison d’une résistance plus accrue aux pressions virales. Pour conclure, notre approche de génétique évolutive révèle que les différents IFNs chez l’homme n’ont pas la même importance biologique, suggérant que certains représentent de meilleures cibles que d’autres pour être utilisés dans des études cliniques

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Ait, Lhaj Loutfi Ahmed. "Variabilité du régime de la reproduction au sein des populations d'Arrhenatherum elatius de milieux contrastés." Lille 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LIL10097.

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Delefosse, Laurence. "Étude de la compétition chez la luzerne : comparaison de la structure génotypique de deux populations." Paris 11, 1986. http://www.theses.fr/1986PA112303.

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Le but de cette étude est de mieux comprendre la relation entre rendement en pépinière (plantes isolées) et rendement en champ pour la luzerne, et donc l'importance de la compétition. Deux populations sont comparées, l'une a un rendement moyen en pépinière mais très bon en champ, l'autre a un rendement meilleur en pépinière mais moins bon en champ. Des données isozymiques obtenues par électrophorèse nous permettent de suivre la structure génotypiques des deux populations dans différentes conditions de culture avec ou sans compétition: plantes isolées élevées en serre (germination), pépinière au champ, et trois années en parcelles denses. La comparaison des structures génotypiques, des fréquences alléliques et de divers paramètres qui en dépendent permet de distinguer les deux variétés et les cinq conditions de culture entre elles

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Chaïb, Anissa. "Variabilité des populations naturelles de Lathyrus sylvestris L : approche morphologique, cytogénétique et génétique." Pau, 1990. http://www.theses.fr/1990PAUU3009.

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Comme le souligne Mayr (1974) la compréhension de l'histoire évolutive d'une espèce passe par la connaissance de la structure des populations; ainsi que des modalités spatiales et temporelles des échanges génétiques qui s'y opèrent. Notre travail s'insère dans ce contexte, l'objectif poursuivi étant l'analyse des variations intra et inter-groupes du Lathyrus sylvestris. Cette étude a été réalisée dans le sud-ouest de la France, dans deux sites différents, l'un en montagne (Miguelou) et l'autre en plaine (Coarraze). La variabilité a été appréciée sur un ensemble de paramètres, tant morphologiques que biochimiques, chromosomiques et même reproductifs. Cette approche de la biologie des populations s'organise selon quatre axes: 1) le premier est relatif à la morphologie foliaire et à l'architecture des ramifications aériennes; 2) le second est consacré à la variabilité des gaméophytes; 3) le troisième se rapporte à la détermination du système de la reproduction par des analyses allo-enzymatiques et des pollinisations controlées; 5) la quatrième concerne la morphologie des chromosomes et la présence de fragilités chromosomiques. Les résultats de cette étude montrent que les Lathyrus sylvestris dans ces deux stations s'organisent en population. La variabilité entre ces deux populations est importante pour tous les paramètres étudiés. Cependant cette variabilité ne masque pas celle intra-population qui est dans la majorité des cas hautement significative. Cette variabilité est organisée de façon différente pour les deux populations, ceci étant particulièrement marqué pour le régime de la reproduction. A Coarraze, l'autofécondation et les croisements par voisinage semblent dominants alors qu'à Miguelou il semblerait que les croisements soient aléatoires entre les plantes. Tout se passe comme si nous étions en présence d'un système parmictique.

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Pilorge, Thierry. "Dynamique comparée de populations de lézards vivipares : régulation et variabilité intra- et interpopulationnelle." Paris 6, 1988. http://www.theses.fr/1988PA066481.

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L'objectif de ce travail est de mettre en évidence les mécanismes régulateurs de populations de lézards vivipares du mont Lozère. Il met l'accent sur la grande variabilité démographique entre populations et entre années et sur le rôle prépondérant joue par la taille corporelle dans cette variabilité. Il souligne, en outre, l'importance primordiale de la densité dans la régulation de ces populations et met en évidence les relations de compétition asymétrique entre les différentes catégories démographiques considérées (males et femelles adultes, subadultes). Enfin, il propose les moyens a mettre en œuvre pour élucider les points restant obscurs

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Demanche, Christine. "Variabilité génétique et circulation des Pneumocystis dans les populations de primates non humains." Paris 12, 2003. https://athena.u-pec.fr/primo-explore/search?query=any,exact,990002110980204611&vid=upec.

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Les micro-organismes du genre Pneumocystis sont des champignons opportunistes responsables de graves pneumonies chez les mammifères, en particulier chez les primates. Au cours du travail de thèse, nous avons caractérisé la variabilité génétique des Pneumocystis. La comparaison de la phylogénie des Pneumocystis avec celle des primates fournit un excellent modèle de cospéciation. La proximité phylogénétique entre les Pneumocystis de singes et le Pneumocystis de l’homme révèle l’intérêt du modèle simien pour l’étude de l’épidémiologie de la pneumocystose humaine. Durant 2 ans, le suivi mensuel d’un groupe social de macaques (Macaca fascicularis) a permis de mettre en évidence une circulation intense des Pneumocystis. La transmission des champignons s’effectuerait plutôt de manière horizontale entre les jeunes macaques et semble être favorisée par les contacts entre les singes. Le taux de portage étant significativement corrélé à la pluviométrie, l’hypothèse d’une source environnementale de microorganismes infectieux ne peut être exclue
Pneumocystis pneumonia continues to be an important opportunistic infection in immunocompromised patients. However, tremedous gaps still exist in our knowledge. In the present study, we characterized the genetic variability of Pneumocystis organisms from non human primates. We showed that the genetic divergence in primate-derived Pneumocystis organisms varied in terms of the phylogenetic divergence existing among the corresponding host species, indicating cospeciation. As monkeys-derived and human-derived Pneumocystis are closely related, simian populations should be considered as valuable models for understanding of the epidemiology of human pneumocystosis. A socially organized group of crab-eating macaques (Macaca fascicularis) was monthly examined for 2 years. We documented the constant circulation of Pneumocystis within the colony. Person-to-person transmission probably occurred but the correlation between mean precipitation rates and Pneumocystis DNA carnage supported the hypothesis of an environmental source of Pneumocystis organisms

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Cury, Claire. "Analyse statistique de la variabilité anatomique de l'hippocampe à partir de grandes populations." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066021/document.

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L’analyse statistique de la forme de structures anatomiques est un enjeu essentiel pour de nombreuses applications: modélisation de la variabilité normale et pathologique, prédiction de paramètres cliniques et biologiques à partir de données anatomiques… Ces dernières années ont vu l’émergence de grandes bases de données en neuroimagerie, offrant une puissance statistique considérablement accrue. Cette thèse a pour thème l’étude statistique de la variabilité anatomique de l’hippocampe sur de grandes populations. Après un état de l’art, la première partie de la thèse porte sur l’étude d’une variante anatomique appelée inversion incomplète de l’hippocampe (IHI). Pour ce faire, nous avons mis au point une échelle de cotation de ces IHI. Elle a été ensuite appliquée à 2000 sujets sains et jeunes de la base de données IMAGEN. Les résultats ont permis de montrer que les IHI sont fréquentes chez les sujets sains, avec une prédominance à gauche. C’est la première fois que les IHI sont étudiés sur une telle population. La seconde partie de la thèse porte sur la mise au point d’une méthode d’analyse statistique de formes utilisant les grandes déformations difféomorphiques et les courants mathématiques, utilisable pour l’analyse de grandes populations. Nous avons en particulier introduit une nouvelle approche rapide pour construire des prototypes anatomiques. Cette approche a été validée sur 1000 sujets sains jeunes de la base de données IMAGEN et 294 sujets (sujets sains âgés et patients atteints de maladie d’Alzheimer) de la base ADNI. Les résultats montrent que la méthode permet de représenter la variabilité anatomique de l’hippocampe avec un nombre raisonnable de dimensions
Statistical shape analysis of anatomical structures is a key challenge for many applications: modeling of the normal and pathological variability, prediction of clinical or biological parameters from anatomical data... Recent years have seen the emergence of large databases in neuro-imaging, potentially increasing the statistical power of new studies. This thesis is about the statistical analysis of the anatomical variability of hippocampi in large populations. After a state of the art, the first part of the thesis focuses on the study of an anatomical variant named Incomplete Hippocampal Inversion (IHI). We developed a new robust scale for IHI assessments. We then applied the evaluation to 2000 young healthy subjects from the European database IMAGEN. Results show that IHI are frequent on healthy population, with a left side predominance. This is the first time that IHI are studied on a large database composed of healthy subjects. The second part of this thesis develops a method for the statistical analysis of shapes based on Large Diffeomorphic Deformations Metric Mapping and mathematical currents, applicable for the analysis of large datasets. In particular we have introduced a new fast approach for the estimation of anatomical templates. This approach has been validated on 1000 young healthy subjects of the IMAGEN database and on 294 subjects from the ADNI database (healthy aging subjects and patients with Alzheimer disease). Results show that the method allows the modeling of the anatomical variability of hippocampi with a reasonable number of dimensions

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Dissertations / Theses on the topic 'Biologie des populations – Variabilité'

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