Academic literature on the topic 'Biotecnologia microbiana'

Orientadora : Profa. Dra. Adriane B. P. Medeiros<br>Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Tecnologia, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia. Defesa: Curitiba,14/11/2014<br>Bibliografia: fls. 102-105<br>Resumo: Este trabalho teve como objetivo a determinação das melhores condições para o desenvolvimento de um processo viável de produção biotecnológica de vanilina a partir de fermentação por microrganismos. Foram testados protocolos para estabelecimento do cultivo de tecidos e células de Vanilla planifolia a serem utilizadas nos cocultivos com as cepas bacterianas. Um dos protocolos testados para o cultivo de tecidos foi apropriado para a germinação das plantas e estabelecimento da cultura vegetal, porém para o estabelecimento da cultura de células ainda não foi possível ajustar um protocolo viável. Para análise da tolerância das bactérias aos compostos, as cepas foram cultivadas em meio contendo diferentes concentrações dos mesmos e a biomassa foi determinada por densidade óptica. Para os estudos da produção de vanilina foi feito um DCCR e as amostras dos experimentos foram analisadas em HPLC e utilizadas para o desenvolvimento de um método colorimétrico para detecção de vanilina. Com relação à tolerância dos compostos testados Amycolatopsis orientalis foi capaz de crescer em concentrações de 1,0 a 5,0 g/L de isoeugenol e não foi capaz de crescer no meio com vanilina a 5,0 g/L. Bacillus subtilis MLPB cresceu apenas na presença de isoeugenol a 2,0 e 5,0 g/L e vanilina 0,5 g/L. Três cepas isoladas, M1, M2 e M3, cresceram com isoeugenol e apresentaram crescimento para a vanilina inclusive na concentração de 5 g/L e para o ácido ferúlico e eugenol. Considerando a capacidade de produção de vanilina para A. orientalis e B. subtilis a taxa de inóculo não foi um fator significativo na determinação das variáveis testadas e o melhor tempo para a adição dos precursores foi estabelecido em 12 horas após o inicio da fermentação. Amycolatopsis orientalis apresentou a melhor produção média utilizando eugenol como precursor com acumulo de 46,02 mg/L de vanilina em meio contendo 0,3 g/l de precursor adicionado após 36 horas do início do cultivo, 7% de inóculo e 15 g/L de glicose, inclusive com melhor taxa de bioconversão 15,34%. Bacillus subtilis MLPB utilizando o isoeugenol como precursor a 10 g/L alcançou uma produção média de 214,56 mg/L ± 6,84 de vanilina com uma taxa de bioconversão de 2,22 %. As cepas M1, M2 e M3 foram capazes de bioconverter todos os precursores estudados neste trabalho, porém os melhores valores foram para o isoeugenol nos três casos. O máximo de produção de vanilina foi de 125,66 mg/L para a cepa M1 e taxa de bioconversão de 1,22 %; 372,90 mg/L e bioconversão de 3,61 % para M2 e 262,61 mg/L e bioconversão de 2,57 % para M3. Os resultados obtidos nas fermentações feitas com 1 a 10 g/L de isoeugenol com a cepa M2 mostraram maior produção (596,88 mg/L) de vanilina com a maior concentração do precursor (10 g/L), melhor eficiência molar foi obtida com a concentração de 1g/L de isoeugenol (15,69%) e a melhor viabilidade econômica foi verificada com a utilização de 5,5 g/L de isoeugenol, a qual apresentou saldo líquido de R$ 0,66 por litro de fermentado.<br>Abstract: This study aimed to identify the best conditions for the development of a viable process of biotechnological production of vanillin from fermentation by microorganisms. Protocols were tested for tissue culture is established and Vanilla planifolia cells to be used in cocultures with bacterial strains. One of the protocols tested for tissue culture was suitable for plant emergence and establishment of plant culture, but to the cell culture establishment has not yet been possible to set a viable protocol. For analysis of bacterial tolerance to the compounds of the strains were cultured in medium containing different concentrations of the same and the biomass was determined by optical density. For the production of vanillin was made a CCRD studies and experiments samples were analyzed on HPLC and used for the development of a colorimetric detection method for vanillin. With regard to tolerance of Amycolatopsis orientalis compounds tested was able to grow at concentrations of 1.0 to 5.0 g / L of isoeugenol and was not able to grow in medium with vanillin 5.0 g / L. Bacillus subtilis MLPB grew only in the presence of isoeugenol and 5.0 to 2.0 g / l vanillin and 0.5 g / L. Three strains, M1, M2 and M3, grew up with isoeugenol and grew to vanillin including the concentration of 5 g / L and ferulic acid and eugenol. Whereas vanillin production capacity for A. orientalis and B. subtilis inoculum rate was not a significant factor in determining the variables tested and the best time for addition of the precursors was set at 12 hours after initiation of fermentation. Amycolatopsis orientalis had the best average production using eugenol as a precursor with accumulation of 46.02 mg / L vanillin in medium containing 0.3 g / l precursor added after 36 hours of initial plating 7% inoculum and 15 g / L glucose, including better bioconversion 15.34%. using Bacillus subtilis MLPB as a precursor isoeugenol to 10 g / L reached an average production of 214.56 mg / L ± 6.84 with a bioconversion of vanillin 2.22%. The strains M1, M2 and M3 were able to bioconvert all precursors studied in this work, but the best values were isoeugenol for the three cases. The maximum vanillin production was 125.66 mg / L to M1 and bioconversion strain of 1.22%; 372.90 mg / L and 3.61% for bioconversion M2 and 262.61 mg / L and 2.57% for bioconversion M3. The results of the fermentations carried out with 1 to 10 g / L M2 with isoeugenol strain showed higher production (596.88 mg / L) of vanillin with the highest concentration of the precursor (10 g / L) molar better efficiency was obtained with the concentration of 1 g / L of isoeugenol (15.69%) and higher profitability was verified with the use of 5.5 g / L of isoeugenol, which had a net balance of R $ 0.66 per liter of fermented.

Orientadores: Telma Teixeira Franco, Saartje Hermalsteens<br>Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica<br>Made available in DSpace on 2018-08-14T02:25:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LopezGarzon_CamiloSixto.pdf: 3882684 bytes, checksum: 507e1d93e97fc4494726832b744c6cf8 (MD5) Previous issue date: 2009<br>Resumo: Neste trabalho foram desenvolvidos estudos visando o estabelecimento de um processo de produção de lipídeos microbianos a partir de fontes renováveis, particularmente xilose, carboidrato derivado do processo de hidrólise de bagaço de cana-de-açucar e que em breve deverá estar disponível para fermentação. Inicialmente foi verificada a influência da fonte de nitrogênio e a relação inicial carbono-nitrogênio sobre o processo de acúmulo delipídeos utilizando duas linhagens características. A utilização de sulfato de amônio juntocom extrato de levedura em uma relação C/N de 50 g/g foi adequada para o processo de produção de lipídeos. A seguir, 25 leveduras oleaginosas foram testadas quanto a sua capacidade de assimilação de xilose e produção de lipídeos. A produtividade de produção de lipídeos e elevado rendimento energético da levedura Lipomyces starkeyi DSM 70296 permitiram sua escolha para as etapas posteriores. Estudos de inibição por substrato foram desenvolvidos e diferentes modelos matemáticos foram ajustados aos dados experimentais. O modelo de Mulchandani representou adequadamente a cinética de inibição. Um modelo do cultivo em batelada simples foi desenvolvido baseado nos dados cinéticos obtidos, o qual foi validado para cultivo com limitação de nitrogênio em biorreator de dois litros. A análise de composição dos lipídeos obtidos mostrou semelhança à de fontes vegetais. Finalmente, dois modos de operação em batelada alimentada foram testados, o modo de alimentação simples aumentou significativamente a produtividade do processo quando comparado ao processo em batelada simples convencional. A alimentação usando pH-amônio/auxostat seguida de alimentação de carbono dobrou a concentração celular final obtida nos modos anteriores, mantendo níveis de acúmulo aceitáveis. Assim, um processo de produção de lipídeos a partir de pentoses foi viabilizado, adicionalmente o lipídeo produzido atende as especificações necessárias do valor cetano para a produção de biodiesel.<br>Abstract: Studies attempting the establishment of a microbial lipid production process from renewable resources, mainly xylose, were developed. This pentose, obtained from sugar cane bagasse hydrolysis, is expected to be available in large quantities and is going to be used as a substrate in fermentation processes in the near future. Initially, the effects of nitrogen source and initial carbon to nitrogen ratio over the lipid accumulation process were tested using two typical oleaginous strains. The joint use of ammonium sulphate plus yeast extract at an initial C/N ratio of 50 g/g were determined as adequate conditions for induction of lipid production with these yeasts. Subsequently in this work, 25 oleaginous yeasts were tested in order to evaluate the ability to consume xylose and lipid production. As a result of this stage, Lipomyces starkeyi DSM 70296 was selected regarding its highest productivity and energetic yield over all the set of yeasts evaluated. Thus, this strain was used in the development of the later studies. Substrate inhibition studies were developed and several mathematical models were adjusted to the experimental data. The Mulchandani model fitted well the substrate inhibition kinetics. Based on the kinetics obtained in shake flask fermentation, a batch model that represents the behavior of the principal variables in the time was developed. The model proposed was validated successfully using a set of data from two liters bioreactor cultivation. The composition of the obtained lipids was very similar of those from vegetal sources. Finally, two fed-batch operation modes were tested intending to get higher lipid productivities. In this direction, simple carbon fed-batch operation showed better productivities than those obtained from simple batch. Nitrogen fed using the pHamonium/auxostat mode followed by carbon fed duplicated the final cellular concentration obtained in the other modes tested, maintaining an adequate lipid content. Therefore, a process for lipid production was developed, additionally; the lipids obtained attend the cetane value specifications required for biodiesel production.<br>Universidade Estadual de Campi<br>Desenvolvimento de Processos Químicos<br>Mestre em Engenharia Química

Orientador: Ranulfo Monte Alegre<br>Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos<br>Made available in DSpace on 2018-07-20T12:00:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bittar_MariaAssima_M.pdf: 2629105 bytes, checksum: 1241efa399ee2645ddb9efa0313bfb4d (MD5) Previous issue date: 1995<br>Resumo: Saccharomyces lipolytica CCT 0913 foi utilizada em meio de cultura contendo emulsão de óleo solúvel de corte usada como única fonte de carbono, para produção de proteína microbiana (SCP) e redução de Demanda Química de Oxigênio. Foram utilizados dois meios de cultura, um deles contendo (NH4)2SO4 cuja concentração variou de 2,5 a 15 g/l e o outro NH4Cl, cuja concentração variou de 0,1 a 1,5 g/l. No meio contendo (NH4)2SO4 verificou-se a influência do pH inicial (5,0, 5,5 e 6,5) no crescimento celular em erlenmeyers. O melhor resultado, 1,12 g/l de massa celular seca com 31,92% de proteína foi obtido com 15 g/l de (NH4)2SO4, pH 5,5 e 5% de emulsão de óleo solúvel de corte. No meio contendo NH4Cl, as fermentações foram conduzidas em erlenmeyers e fermentadores de 1 e 6 litros. Em fermentador de 6 litros, a porcentagem de emulsão de óleo solúvel de corte variou de 5 a 40% (v/v) no meio de cultura. Com 20% de emulsão de óleo solúvel de corte e 1,0 g/l de NH4Cl foi possível produzir 3,19 g/l de massa celular seca e reduzir a DQO do meio de cultura de 6188 para 4596 mg/l.<br>Abstract: A medium containing used cutting oil emulsion as carbon source was used by Saccharomyces lipolytica CCT 0913 for microbial protein production (SCP) and Chemical Oxygen Demand (COD) removal. It was utilized two culture medium, one of them containing (NH4)2SO4 its concentration was studied in the range of 2.5 to 15 g/1. In the other, containing NH4Cl, concentration was changed in the range of 0.1 to 1.5 g/1. In the medium containing (NH4)2SO4 it was verified the initial pH influence (5.0, 5.5 e 6.5) in cellular growth in erlenmeyers flasks. The best result (1.12 g/1 of cellular dried mass with 31.92% of protein) was obtained with 15 g/1 of (NH4)2SO4, initial pH 5.5 and 5% of cutting oil emulsion. With medium containing NH4Cl the fermentations were carried out in erlenmeyers and fermentors of 1 and 6 liters. In the 6 liter fermentor the percentage of cutting oil emulsion was changed in the range of 5 to 40% (v/v) in the culture medium. With 20% of cutting oil emulsion and 1.0 g/1 of NH4Cl it was possible to produce 3.19 g/1 of cellular dried mass and to reduce the medium COD from 6188 to 4596 mg/1.<br>Mestrado<br>Mestre em Engenharia de Alimentos

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-23Bitstream added on 2014-06-13T19:43:48Z : No. of bitstreams: 1 cardoso_crp_dr_arafcf.pdf: 7653632 bytes, checksum: 9661b8f40f394a9e28c5c8784c39c064 (MD5)<br>Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)<br>Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)<br>PROPG<br>O presente trabalho teve como objetivo estudar quatro espécies relacionadas no Projeto BIOTAFAPESP, as quais têm se destacado quanto às atividades farmacológicas: Byrsonima fagifolia Niedenzu, Byrsonima crassa Niedenzu, Indigofera truxillensis Kunth e Indigofera suffruticosa Miller. Foram realizados ensaios de mutação gênica reversa utilizando-se as linhagens TA98, TA100, TA97a e TA102 de Salmonella typhimurium, com ausência e presença do sistema metabólico de ativação. Foram avaliados extratos, frações e algumas substâncias isoladas, a saber: a) B. crassa: amentoflavona, substância isolada do extrato metanólico; b) B. fagifolia: extrato metanólico e clorofórmico, frações acetato e aquosa, ácido gálico, galato de metila, ácido quínico e o ácido 3,4- digaloilquínico; c) I. truxillensis e I.suffruticosa: extrato metanólico e clorofórmico, frações de alcalóides, flavonóides e de glicerolipídeos, além das substâncias índigo, indirubina e o kaempferol- 3,7-diraminosídeo. Foi também avaliada a isatina, molécula precursora dos alcalóides índigo e indirubina. As atividades anti-bacteriana, anti-Leishmania, citotóxica e fitoestrogênica foram avaliadas para substâncias isoladas. Os ensaios de atividade fitoestrogênica foram realizados através do método de e-screen, utilizando-se células tumorais MCF7. Os ensaios de atividade citotóxica (células MCF-7) foram realizados pela técnica de sulforadamina-B. Os ensaios anti- Leishmania (L. amazonensis) também foram relizados com as técnicas de MTT (sal de tetrazólio) e contagem manual em câmara de Neubauer. A atividade anti-bacteriana foi avaliada através das técnicas de difusão em agar e microdiluição, com as bactérias Staphylococcus aureus ATTC 25923 e Escherichia coli ATCC 25922. Estudos anteriores evidenciaram o potencial...<br>The present work aimed to investigate four related species in the project BIOTA-FAPESP which are notable for their pharmacological activities: Byrsonima fagifolia Niedenzu Byrsonima crassa Niedenzu, Indigofera truxillensis Kunth and Indigofera Indigofera suffruticosa Miller. Tests of reverse gene mutation were performed using TA98, TA100, TA97 and TA102 strains of S. typhimurium in the absence and presence of metabolic activation system. Extracts, fractions and some isolated compounds were evaluated: a) B. fagifolia: methanolic and chloroformic extracts, acetate and aqueous fractions, gallic acid, methyl gallate, quinic acid and 3,4-digaloilquinico derivative. b) I. truxilensis and I.suffruticosa: chloroformic and methanolic extracts, fractions of alkaloids, flavonoids and glicerolipides, and also the indigo, indirubin and kaempferol-3,7-diraminosídeo substances. The isatin, precursor molecule of alkaloids indigo and indirubin was also evaluated. The antimicrobial, antiparasitic, cytotoxic and phytoestrogenic activities were evaluated for natural isolated substances. The phytoestrogenic activity assays were performed using the e-screen method, using MCF7 tumor cells. Trials of cytotoxic activity (MCF-7 cells) were done using sulforadamina-B. The anti-Leishmania tests (L. amazonensis) were also performed with some alkaloids and flavonoids, using MTT techniques (tetrazolium salt) and manual counting in a Neubauer chamber. Antimicrobial activity was evaluated using disc diffusion techniques and microdilution with S. aureus ATTC 25923 and E. coli ATCC 25922 bacterias. The mutagenic activity assays showed positive results only for the methanol extract of I. truxilensis (strain TA98) and for the alkaloids indirubin and indigo isolated from this specie and I. suffruticosa, in addition to isatin. This precursor is also noted... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Eliana Aparecida Varanda<br>Banca: Denise Crispim Tavares<br>Banca: Miriam Sannomiya<br>Banca: Lourdes Campaner dos Santos<br>Banca: Taís Maria Baub<br>Resumo: O presente trabalho teve como objetivo estudar quatro espécies relacionadas no Projeto BIOTAFAPESP, as quais têm se destacado quanto às atividades farmacológicas: Byrsonima fagifolia Niedenzu, Byrsonima crassa Niedenzu, Indigofera truxillensis Kunth e Indigofera suffruticosa Miller. Foram realizados ensaios de mutação gênica reversa utilizando-se as linhagens TA98, TA100, TA97a e TA102 de Salmonella typhimurium, com ausência e presença do sistema metabólico de ativação. Foram avaliados extratos, frações e algumas substâncias isoladas, a saber: a) B. crassa: amentoflavona, substância isolada do extrato metanólico; b) B. fagifolia: extrato metanólico e clorofórmico, frações acetato e aquosa, ácido gálico, galato de metila, ácido quínico e o ácido 3,4- digaloilquínico; c) I. truxillensis e I.suffruticosa: extrato metanólico e clorofórmico, frações de alcalóides, flavonóides e de glicerolipídeos, além das substâncias índigo, indirubina e o kaempferol- 3,7-diraminosídeo. Foi também avaliada a isatina, molécula precursora dos alcalóides índigo e indirubina. As atividades anti-bacteriana, anti-Leishmania, citotóxica e fitoestrogênica foram avaliadas para substâncias isoladas. Os ensaios de atividade fitoestrogênica foram realizados através do método de e-screen, utilizando-se células tumorais MCF7. Os ensaios de atividade citotóxica (células MCF-7) foram realizados pela técnica de sulforadamina-B. Os ensaios anti- Leishmania (L. amazonensis) também foram relizados com as técnicas de MTT (sal de tetrazólio) e contagem manual em câmara de Neubauer. A atividade anti-bacteriana foi avaliada através das técnicas de difusão em agar e microdiluição, com as bactérias Staphylococcus aureus ATTC 25923 e Escherichia coli ATCC 25922. Estudos anteriores evidenciaram o potencial... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)<br>Abstract: The present work aimed to investigate four related species in the project BIOTA-FAPESP which are notable for their pharmacological activities: Byrsonima fagifolia Niedenzu Byrsonima crassa Niedenzu, Indigofera truxillensis Kunth and Indigofera Indigofera suffruticosa Miller. Tests of reverse gene mutation were performed using TA98, TA100, TA97 and TA102 strains of S. typhimurium in the absence and presence of metabolic activation system. Extracts, fractions and some isolated compounds were evaluated: a) B. fagifolia: methanolic and chloroformic extracts, acetate and aqueous fractions, gallic acid, methyl gallate, quinic acid and 3,4-digaloilquinico derivative. b) I. truxilensis and I.suffruticosa: chloroformic and methanolic extracts, fractions of alkaloids, flavonoids and glicerolipides, and also the indigo, indirubin and kaempferol-3,7-diraminosídeo substances. The isatin, precursor molecule of alkaloids indigo and indirubin was also evaluated. The antimicrobial, antiparasitic, cytotoxic and phytoestrogenic activities were evaluated for natural isolated substances. The phytoestrogenic activity assays were performed using the e-screen method, using MCF7 tumor cells. Trials of cytotoxic activity (MCF-7 cells) were done using sulforadamina-B. The anti-Leishmania tests (L. amazonensis) were also performed with some alkaloids and flavonoids, using MTT techniques (tetrazolium salt) and manual counting in a Neubauer chamber. Antimicrobial activity was evaluated using disc diffusion techniques and microdilution with S. aureus ATTC 25923 and E. coli ATCC 25922 bacterias. The mutagenic activity assays showed positive results only for the methanol extract of I. truxilensis (strain TA98) and for the alkaloids indirubin and indigo isolated from this specie and I. suffruticosa, in addition to isatin. This precursor is also noted... (Complete abstract click electronic access below)<br>Doutor

Submitted by Maria Beatriz Vieira (mbeatriz.vieira@gmail.com) on 2017-10-18T12:09:03Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertacao_frederico_schmitt_kremer.pdf: 1606431 bytes, checksum: 192db9fb559b24dfd0b3038659fdd5b7 (MD5)<br>Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-10-23T11:10:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 dissertacao_frederico_schmitt_kremer.pdf: 1606431 bytes, checksum: 192db9fb559b24dfd0b3038659fdd5b7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)<br>Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-10-23T11:11:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 dissertacao_frederico_schmitt_kremer.pdf: 1606431 bytes, checksum: 192db9fb559b24dfd0b3038659fdd5b7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5)<br>Made available in DSpace on 2017-10-23T11:11:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 dissertacao_frederico_schmitt_kremer.pdf: 1606431 bytes, checksum: 192db9fb559b24dfd0b3038659fdd5b7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-02-17<br>Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq<br>O advento do sequenciamento de DNA de nova geração (NGS) reduziu significativamente o custo dos projetos de sequenciamento de genomas. Quanto mais fácil é de obter novos dados genômicos, mais acuradas deve ser a etapa de anotação, de forma a se reduzir a perda de informações relevantes e efetuar o acúmulo de erros que possam afetar a acurácia das análises posteriores. No caso dos genomas bacterianos, um grande número de programas para anotação já foi desenvolvido, entretanto, muitos destes softwares não incorporaram etapas para otimizar os seus resultados, como filtragem de proteínas falso-positivas/spurious e a anotação mais completa de RNA não-codificantes. O presente trabalho descreve o desenvolvimento do Genix, uma nova pipeline automatizada que combina a funcionalidade de diferentes softwares, incluindo Prodigal, tRNAscan-SE, RNAmmer, Aragorn, INFERNAL, NCBI-BLAST+, CD-HIT, Rfam e Uniprot, com a intenção de aumentar a afetividade dos resultados de anotação. Para avaliar a acurácia da presente ferramenta, foram usados como modelo de estudo os genomas de referência de Escherichia coli K-12, Leptospira interrogans cepa Fiocruz L1-130, Listeria monocytogenese EGD-e e Mycobacterium tuberculosis H37Rv. Os resultados obtidos pelo Genix foram comparados às anotações originais e as obtidas pelas ferramentas de anotação RAST e BASys, considerando genes novos, faltantes e exclusivos, informações de anotação funcional e predições de ORFs spurious. De forma a se quantificar o grau de acurácia, uma nova métrica, denominada discrepância de anotação foi também proposta. Na análise comparativa o Genix apresentou para todos os genomas o menor valor de discrepância, variando entre 0,96 e 5,71%, sendo o maior valor observado no genoma de L. interrogans, para o qual RAST e BASys apresentaram valores superiores a 14,0%. Além disso, foram identificadas proteínas spurious nas anotações geradas pelos demais programas, e, em menor número, nas anotações de referência, indicando que a utilização do Antifam permite um melhor controle do número de genes falso positivos. A partir dos testes realizados, foi possível demonstrar que o Genix é capaz de gerar anotação com boa acurácia (baixo discrepância), menor perda de genes relevantes (funcionais) e menor número de genes falso positivos.<br>The advent of next-generation sequencing (NGS) significantly reduced the cost of genome sequencing projects. The easier it is to generate genomic data, the more accurate the annotation steps must to be to avoid both the loss of information and the accumulation of erroneous features that may affect the accuracy of further analysis. In the case of bacteria genomes, a range of web annotation software has been developed; however, many applications have not incorporated the steps required to improve the output (eg: false-positive/spurious ORF filtering and a more complete non-coding RNA annotation). The present work describes the implementation of Genix, a new bacteria genome annotation pipeline that combines the functionality of the programs Prodigal, tRNAscan-SE, RNAmmer, Aragorn, INFERNAL, NCBI-BLAST+, CD-HIT, Rfam and UniProt, with the intention of increasing the effectiveness of the annotation results. To evaluate the accuracy of Genix, we used as models of study the reference genomes of Escherichia coli K-12, Leptospira interrogans strain Fiocruz L1-130, Listeria monocytogenes EGD-e and Mycobacterium tuberculosis H37Rv. the results obtained by Genix were compared to the original annotation and to those from the annotation pipelines RAST and BASys considering new, missing and exclusive genes, functional annotation information and the prediction of spurious ORFs. To quantify the annotation accuracy, a new metric, called “annotation discrepancy” was developed. In a comparative analysis, Genix showed the smallest discrepancy for the four genomes, ranging for 0.96 to 5.71%, the highest discrepancy was bserved in the L. interrogans genome, for which RAST and BASys resulted in discrepancies greater than 14.0%. Additionally, several spurious proteins were identified in the annotations generated by RAST and BASys, and, in smaller number, in the reference annotations, indicating that the use of the Antifam database allows a better control of the number of false-positive genes. Based on the evaluations, it was possible to show that Genix is able to generate annotations with good accuracy (low discrepancy), low omission of relevant (functional) genes and a small number of false-positive genes.

Submitted by Kelson Anthony de Menezes (kelson@ucb.br) on 2016-11-23T11:53:28Z No. of bitstreams: 1 OhanaYonaradeAssisCostaDissertacaoparcial2015.pdf: 2702312 bytes, checksum: 31ec065175a2d2c39c8a0c2121900693 (MD5)<br>Made available in DSpace on 2016-11-23T11:53:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OhanaYonaradeAssisCostaDissertacaoparcial2015.pdf: 2702312 bytes, checksum: 31ec065175a2d2c39c8a0c2121900693 (MD5) Previous issue date: 2014-03-31<br>The interest in biofuels started in the 2000s, due to a greater concern with the production of cleaner and renewable energy sources needed to decrease global dependency on fossil fuels. Brazil is the largest producer of sugar cane and the second largest producer of ethanol. Although the process is already well established, microbial contamination can be an obstacle, resulting in decreased productivity. The aim of this work was to study the microbial diversity of contaminants in six stages of ethanol production process using classical microbiology techniques and cultureindependent techniques. Triplicate samples from different stages of ethanol production were collected: sugarcane juice, mixed juice, clarified juice, evaporated juice, must and wine. Each sample was diluted and plated on four culture media: PCA, MRS and YPD CZAPEK. The colonies were counted, isolated and stored in glycerol at -80?? C. DNA extraction of samples was done, and the DNA of each one of the replicates of each sample was used for pyrosequencing of Bacteria and Archaea 16S rRNA genes, and Fungi ITS gene. The sequences generated were subjected to bioinformatics analysis using a specific database to the genes. It were isolated and stored in 64 bacteria, 30 yeasts, 20 filamentous fungi, which were identified by Sanger sequencing. The pyrosequecing showed 322 genera for the domain Bacteria, 21 genera for the domain Archaea and 184 genera for the domain Fungi. Among the predominant genera of bacteria in samples of sugarcane juice, mixed juice, clarified juice, evaporated juice and must are Leuconostoc, unclassified Enterobacteriales and unclassified Actinomycetales, while in the wine sample, the predominant genus was Lactobacillus, one of the major contaminants of ethanol production. For the domain Fungi, only sequenced in the sugarcane juice and mixed juice, the predominant groups were Lachancea, unclassified Hypocreales and unclassified Sordariomycetes. For the domain Archaea, also sequenced only in the sugarcane juice and mixed juice, the predominant group was unclassified Soil Crenarchaeotic group. Rarefaction curves showed that the samples of sugarcane juice, mixed juice and clarified juice did not have diversity at the genus level covered, and for sugarcane juice and mixed juice samples, the diversity was not covered in any of the domains, showing that further studies involving the diversity of these samples are needed.<br>O interesse na produ????o de biocombust??veis se iniciou na d??cada de 2000, devido a uma maior preocupa????o com a produ????o de fontes de energia mais limpas e renov??veis, necess??rias para diminui????o da presente depend??ncia mundial dos combust??veis f??sseis. O Brasil ?? o maior produtor mundial de cana-de-a????car e o segundo produtor mundial de etanol. Embora o processo de produ????o do etanol esteja bem estabelecido, a contamina????o microbiana pode ser um obst??culo, gerando diminui????o da produtividade. O objetivo desse trabalho foi estudar a diversidade microbiana de contaminantes em seis etapas do processo de produ????o de etanol utilizando t??cnicas de dependentes e independentes de cultivo. Amostras triplicadas de diferentes est??gios da produ????o de etanol foram coletadas: caldo da cana crua, caldo misto, caldo clarificado, caldo evaporado, mosto e vinho. Cada amostra foi dilu??da e semeada em quatro meios de cultura: PCA, MRS, CZAPEK e YPD. As col??nias foram contadas, isoladas e armazenadas em glicerol a -80??C. Foi feita a extra????o de DNA das amostras, e o DNA das replicatas de cada amostra foi utilizado para o pirosequenciamento dos genes do RNAr 16S dos dom??nios Bacteria e Archaea e da regi??o ITS do reino Fungi. As sequ??ncias geradas foram submetidas a an??lise bioinform??tica utilizando-se banco de dados espec??ficos para os genes em quest??o. Foram isolados, armazenados e identificados por sequenciamento de Sanger 64 bact??rias, 30 leveduras e 18 fungos filamentosos. O pirosequenciamento demonstrou a presen??a de 322 g??neros/grupos n??o classificados para o dom??nio Bacteria, 21 g??neros/grupos n??o classificados para o dom??nio Archaea e 184 para o reino Fungi, no total. Entre os g??neros de bact??rias predominantes nas amostras de caldo da cana crua, caldo misto, caldo clarificado, caldo evaporado e mosto est??o Leuconostoc, Enterobacteriales n??o classificados e Actinomycetales n??o classificados, enquanto que na amostra de vinho, o g??nero predominante ?? Lactobacillus, um dos maiores contaminantes da produ????o de etanol. Para o reino Fungi, sequenciado apenas no caldo da cana crua e no caldo misto, foram predominantes os grupos Lachancea, Hypocreales n??o classificados e Sordariomycetes n??o classificados. Para o dom??nio Archaea, tamb??m sequenciado apenas no caldo da cana crua e no caldo misto, predominaram sequ??ncias n??o classificadas do Soil Crenarchaeotic Group. As curvas de rarefa????o mostraram que as amostras de caldo da cana crua, caldo misto, caldo clarificado n??o tiveram sua diversidade coberta em n??vel de g??nero, sendo que para as amostras de caldo da cana crua e caldo misto a diversidade n??o foi coberta em nenhum dos dom??nios, de modo que s??o necess??rios mais estudos envolvendo a diversidade dessas amostras.

Orientador: Denise Bevilaqua<br>Banca: Ana Teresa Lombardi<br>Banca: Paulo Teixeira Lacava<br>Resumo: A demanda crescente de metais como ferro, cobre, entre outros ocasionou o esgotamento progressivo dos depósitos minerais ; de tal modo que as companhias minera doras desenvolver am tecnologias alternativas aos métodos convencionalmente aplicados para a recuperação e extração de metais valiosos partir de minerais de baixo teor e outras fontes de metais polimetálicos como minerais de ferro que contem metais de base associados . Uma dessa s alternati vas é a biomineração que utiliza principalmente microrganismos procariontes e eucariontes para acelerar a dissolução oxidativa de minerais sulfetados presentes em minér i os de baixo teor produzindo a solubilização de metais associados; esta biotecnologia é atualmente usada apenas para processar minérios reduzidos e rejeitos minerais uma vez que a maioria destes minerais são sulfetados. No entanto, muitos metais de valor econ ômico também são encontrados em minerais que são parcial ou totalmente oxidados como as lat eritas de cobre ou níquel, minerais que não são susceptíveis à dissolução oxidativa; portanto, os minerais de ferro férrico contidos nes ses minérios não podem ser pr ocessados oxidativamente, pois estes compostos são susceptíveis de serem reduzidos por processos biológicos, derivando na solubilização de metais associados . Microrganismos acidófilos tais como Acidithiobacillus ferrooxidans podem catalisar a redução dissimilatória de íons férrico s na ausência de oxigênio para acelerar a solubilização destes metais. Estud os recentes têm mostrado que ess a nova abordagem pode ser utilizada para extrair metais tais como níquel e cobre a partir d e minérios oxidados a uma velocidade mais elevada do que pode ser conseguido por processos oxidativos. Neste trabalho, foram realizados ensaios de redução biológica de íons férrico s acoplado a oxidação anaeróbia de enxofre elementar em um biorreator...<br>Abstract: The growing demand for metals such as iron, copper, and others has caused the gradual exhaustion of mineral deposits; such a way that the mining companies have developed technologies alternative to the methods conventionally applied for the recovery and e xtraction of valuable metals from low grade minerals and other sources of polymetallic metals such as iron minerals which contains base metals associated . One such alternative is the biomining which uses mainly microorganisms prokaryotes and eukaryotes to accelerate the oxidative dissolution of sulphide minerals present in low grade ores producing solubilization of associated metals; This biotechnology is currently used only to process reduced ores and minerals tailings since most of these minerals are sulp hides. However, many metals of economic value are also found in minerals that are partially or fully oxidized like copper or nickel laterites, minerals that are not susceptible to oxidative dissolution; therefore, the mineral ferric iron contained in these ores can not be oxidatively processed, since these compounds are capable of being reduced by biological processes, deriving the associated solubilizing metals. Acidophilic microorganisms such as Acidithiobacillus ferrooxidans can catalyze the dissimilator y reduction of ferric iron in the absence of oxygen to accelerate the solubilization of these metals. Recent studies have shown that this new approach can be used to extract metals such as copper and nickel from oxide ores at a higher speed than can be ach ieved by oxidative processes. In this work were carried out biological reduction tests of ferric iron coupled anaerobic oxidation of elemental sulfur in an automated bioreactor 2 L with temperature, agitation and pH constant in anaerobic conditions using a n iron ore and a pure culture of facul tative anaerobic bacterium At. ferrooxidans. The sample was provided by the Vale Technology...<br>Mestre

Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-04-04T13:16:42Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - LUISA CARVALHO ANDRADE.pdf: 1905703 bytes, checksum: d26c7953ce5663f0aca0a866c5701328 (MD5)<br>Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-07-06T12:52:48Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - LUISA CARVALHO ANDRADE.pdf: 1905703 bytes, checksum: d26c7953ce5663f0aca0a866c5701328 (MD5)<br>Made available in DSpace on 2017-07-06T12:52:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - LUISA CARVALHO ANDRADE.pdf: 1905703 bytes, checksum: d26c7953ce5663f0aca0a866c5701328 (MD5)<br>FAPESB<br>A Baía de Todos os Santos (BTS), segunda maior baía do Brasil, abriga grande diversidade de ambiente, flora e fauna, porém pouco se sabe sobre sua diversidade microbiológica e seu potencial de bioprospecção. Este trabalho teve por objetivo a busca de novas substâncias antimicrobianas, capazes de inibir o crescimento de bactérias patogênicashumanas e de animais marinhos, isolados do solo de cinco praias da BTS. No total foram isoladas 107 bactérias das quais dez apresentaram produção de substâncias antimicrobianas. Após o sequenciamento verificou-se que dos dez isolados, somente oito foram de fato identificadas molecularmente, sendo sete destes membros da família Bacillaceae, grupo ao qual pertencem diversas produtoras de substâncias antimicrobianas. Entre os isolado que apresentaram produção de substâncias inibidoras do crescimento constatou-se que os isolados 21, 50 e 54 tinham maior poder de inibição. O extrato destes três isolados foi confeccionado através da acidificação do sobrenadante livre de células, isolado após o período de incubação. Os extratos do isolado 21 e do isolado 50 foram capazes de inibir a bactéria Klebsiella rizophyla, e o extrato 21 conseguiu ainda inibir a Vibrio vulnificus. Após verificação molecular através de primers específicos de sete substâncias antimicrobianas produzidas por Bacillus, constatou-se que os isolados 21 e 50 são produtores da substância ericina.<br>The All Saints´s Bay (BTS), the second largest bay in Brazil, where can be founded great diversity of flora and fauna including diversity of landscapes, but unknown about their microbial diversity and potential to bioprospecting. This study aimed to search for new antimicrobial substances that can be able to inhibit the growth of human pathogenic bacterias and marine animals, isolated from sediment from five BTS beaches. Was isolated a total of 107 bacterias where 10 showed antimicrobial substances production. After 16S sequencing, was found that from the ten isolates, only eight were identified by amplification PCR and seuqencing, seven members of the Bacillaceae family, where antimicrobial substances belonging this group are known. It was found that the isolates numbers 21, 50 and 54 had a greater power of inhibition. The extract of these three strains was made by acidification of the cell-free supernatant, isolated after the incubation period. The extracts of the isolate 21 and 50 were able to inhibit the bacteria Kocuria rhizophyla , and the same extract could also inhibit Vibrio vulnificus. In advance, was realized a molecular bioprospecting using specific molecular primers from conserved regions belongs to seven antimicrobial substances produced by Bacillus. It was found that the isolates 21 and 50 are Erycina producing.

Submitted by Programa de Pós-graduação em Biotecnologia (mebiotec.ufba@gmail.com) on 2017-04-04T12:27:38Z No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - Luiz Lázaro.pdf: 1338858 bytes, checksum: 269d38d39fa68af0cd603b45d636eb6a (MD5)<br>Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-06-29T14:32:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - Luiz Lázaro.pdf: 1338858 bytes, checksum: 269d38d39fa68af0cd603b45d636eb6a (MD5)<br>Made available in DSpace on 2017-06-29T14:32:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTAÇÃO Final - Luiz Lázaro.pdf: 1338858 bytes, checksum: 269d38d39fa68af0cd603b45d636eb6a (MD5)<br>As Bactérias redutoras de sulfato (BRS) são responsáveis pela corrosão de tubos de metal e estruturas de transporte de óleo em estações de petróleo (corrosão induzida por micro-organismos – CIM). Além da corrosão, a produção de sulfeto de hidrogênio por estas bactérias produz um fenômeno denominado de acidificação do óleo (souring). Para inibir a ação das BRS, o glutaraldeído tem sido utilizado em poços de petróleo como biocida, mas seu uso apresenta determinados inconvenientes, tais como contaminação das águas subterrâneas, bem como os efeitos adversos da exposição ocupacional. Como uma alternativa para a utilização de biocidas, a utilização de micro-organismos e/ou os seus bioprodutos para tentar inibir a ação das BRS mostrou-se como uma alternativa ambientalmente mais segura em vários processos industriais, por exemplo, na indústria do petróleo, na qual os micro-organismos e seus bioprodutos (biossurfactantes) podem ser usados na recuperação melhorada de petróleo e como agentes de inibição microbiana. A detecção e quantificação de bactérias redutoras de sulfato (BRS), em poços de petróleo, utilizando-se hibridação fluorescente in situ (FISH) e DAPI (4,6-dicloroamino fenol indol) são ferramentas muito úteis para o controle destas comunidades ao longo de um período de tempo, a fim de avaliar a sua distribuição temporal e espacial. O presente trabalho teve como finalidades: a detecção e quantificação de BRS em amostras de água produzida de petróleo, de modo a avaliar a influência de micro-organismos que produzem biossurfactantes na inibição do crescimento de BRS e, assim, inibir a produção de sulfeto de hidrogênio.