Academic literature on the topic 'Bovins – Fécondité'

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Journal articles on the topic "Bovins – Fécondité"

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Chabi Toko, Roukayath, Anselme Adégbidi, and Philippe Lebailly. "Démographie et performances zootechniques des élevages bovins traditionnels au Nord Bénin." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 69, no. 1 (July 4, 2016): 33. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.31169.

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Abstract:
L’étude a été menée auprès de 150 éleveurs peuls dans les départements du Borgou et de l’Alibori au Bénin. Elle a eu pour objectif de déterminer les paramètres zootechniques des élevages traditionnels de bovins. L’enquête a permis de recueillir les informations sur les caractéristiques des troupeaux bovins. Les résultats ont montré une forte proportion de femelles (76 %), une taille moyenne des troupeaux (66 animaux) et la prévalence de la race Borgou (86 %). Les troupeaux ont par ailleurs présenté de faibles performances d’élevage, caractérisées par un taux important de mortalité des veaux (10 %), et de faibles paramètres de reproduction, avec des taux de mise bas et de fécondité de 64 %. Au cours d’une année, 0,57 veau est en moyenne sevré par sa mère. Les faibles performances des élevages bovins dans les pays côtiers comme le Bénin concordent avec celles des régions pastorales qui sont complémentaires en termes d’approvisionnement des marchés ouest africains en viande.
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DE FONTAUBERT, Y. "La maitrise des cycles sexuels chez les bovins. Le point en 1988." INRAE Productions Animales 1, no. 3 (July 11, 1988): 179–85. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1988.1.3.4450.

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Abstract:
L’importance économique de la maîtrise de la fécondité chez les bovins n’est plus à démontrer. Elle peut être envisagée par l’utilisation des techniques modernes de reproduction. A condition de bien connaître au préalable le niveau d’activité ovarienne des femelles à traiter, un traitement progestagène complété éventuellement par un apport de prostaglandine et/ou de PMSG permet d’obtenir, sans détection préalable des chaleurs et avec une seule insémination systématique, un taux de fertilité égal sinon supérieur à celui obtenu sur les femelles non soumises à ces traitements (50 à 60 % en fonction du type d’animal, de la race et des facteurs de l’environnement). La variabilité des résultats obtenus après les études entreprises dans le but de simplifier les traitements ne permet pas, pour l’instant, de s’orienter dans ce sens. Par contre, la répétition de ces traitements sur un même troupeau n’est pas incompatible avec l’obtention d’un bon niveau génétique et un bilan technico-économique positif. Ainsi donc aujourd’hui, il est possible de programmer la reproduction en supprimant les contraintes de la détection de l’œstrus sans affecter la fertilité du troupeau.
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De FONTAUBERT, Y., J. COCHAUD, and M. TERQUI. "Synchronisation des chaleurs chez la vache laitière : bilan de l’utilisation du Syncro-Mate B pendant cinq années successives." INRAE Productions Animales 2, no. 5 (December 10, 1989): 317–23. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1989.2.5.4425.

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Abstract:
Une technique de maîtrise de la reproduction chez les bovins, le Syncro-Mate B, a été testée sur un troupeau d’une centaine de vaches laitières durant cinq années afin d’en étudier les effets sur la reproduction et sur la production laitière. La conduite de ce troupeau est caractérisée par l’existence d’une seule période imposée de mise en reproduction du 15 décembre au 1er mars et par l’obligation de réformer systématiquement toutes les femelles non gravides en fin de campagne. La fertilité obtenue après la première insémination systématique dépasse 50 % et en fin de campagne, le pourcentage de femelles non gravides ne dépasse pas 14 %. Grâce à une prolificité de 113 %, la fécondité atteint 96 %. Quatre-vingt quinze pour cent (95 %) des vêlages ont lieu sur une période de trois mois permettant ainsi de produire des veaux et du lait à une époque où les prix sont élevés. En comparaison avec d’autres troupeaux laitiers ayant une production comparable (plus de 6 000 kg de lait par vache) il est montré que l’utilisation des techniques modernes de reproduction est compatible avec une amélioration de la production laitière évaluée à 100 kg de lait par vache et par an. Pour un coût faible par animal, le Syncro-Mate B représente un outil permettant de mieux planifier le travail de l’éleveur et la production.
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Youssao, A. K. I., A. Ahissou, and Z. Toure. "Introduction de la race bovine N'Dama à la Ferme Elevage de l'Okpara au Bénin. Quelques performances zootechniques." Animal Genetic Resources Information 27 (April 2000): 17–25. http://dx.doi.org/10.1017/s1014233900001255.

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Abstract:
RésuméLes performances zootechniques de la race N'Dama ont été déterminées de 1994 à 1997 à partir du noyau reconstitué en 1993 dans le cadre de l'amélioration génétique des races locales à la Ferme Elevage de l'Okpara au Bénin. Les poids moyens à la naissance, à 6, 12 et 24 mois sont respectivement 17.4, 55.6, 95.9 et 158 kg. La vitesse de croissance de la naissance à 12 mois est de 215 g/j. Excepté le poids à la naissance, le poids et les mensurations corporelles sont largement en dessous de ceux obtenus chez la race dans son berceau. L'intervalle de vêlage a été de 413±54 jours, l'âge moyen au premier vêlage a été situé à 48 mois ± 33 jours, et le taux moyen de fécondité à 84.3%. Les naissances s'observent d'octobre à janvier avec une mortalité variant selon les années de 0 à 8.1% chez les jeunes. Aucun cas de mortalité n'a été enregistré chez les adultes. En somme, il est remarqué que l'expression phénotypique des caractères de productions de la N'Dama est limitée dans le ranch de l'Okpara.
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Dissertations / Theses on the topic "Bovins – Fécondité"

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Barreteau, Sophie. "Développement d'une nouvelle gonadotropine pour le contrôle de la fertilité chez les porcins, ovins et bovins." Tours, 2004. http://www.theses.fr/2004TOUR4059.

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Abstract:
La PMSG est la principale gonadrotropine utilisée pour induire et synchroniser l'ovulation et pour moduler le taux d'ovulation chez les animaux de ferme. Bien que très efficace, la PMSG a deux limites. C'est une hormone extraite du sang de jument (questions d'ordre sanitaire ou éthique). De plus, dans certaines expèces, des anticorps peuvent être produits après des injections répétées. Aussi Intervet envisage son remplacement par un composé similaire en terme de double activité FSH/LH et de demi-vie, composé produit par recombinaison génétique. Récemment, une chaine simple triple domaine FSHβ-CTP-CGβ-α, nommée Trimère BBA, a été produite dans des cellules CHO. Dans le cadre de cette thèse, le potentiel de cette molécule pour couvrir les indications d'usage de la PMSG a été évalué in vitro et in vivo chez trois espèces d'intérêt zootechnique. Les études in vitro démontrent par la stimulation des marqueuers d'activité FSH (oestradiol) et d'activité LH (androsténedione et progestérone) que le trimère BBA possède une double activité FSH et LH in vivo, chez la cochette, le trimère BBA (30 IJg) possède une activité FSH et LH qui produit une stimulation ovarienne analogue à celles obtenues avec PG 600®. Chez les brebis en anoestrus, une dose de 30IJg de trimère BBA induit l'ovulation de manière similaire à 600UI de PMSG. Une superovulation est également induite chez la génisse par un traitement utilisant 125ug de Trimère BBA aec une stimulation ovarienne analogue à celle observée avec 2500 UI de PMSG. Le trimère BBA permet d'obtenir un nombre d'embryons de bonne qualité similaire à celui obtenu avec PMSG. De plus, la demi-vie du Trimère BBA est d'environ 3 jours chez les porcs et de 5 jours chez les bovins. Cette nouvelle gonadrotropine recombinante présente donc des caractéristiques qui pourraient lui permettre de remplacer la PMSG
PMSG is one of the main gonadotropins used to induce ans synchronise ovulation and to increase ovulation rate in farm animals. While very efficient, PMSG suffers two limitations. It's a hormone extracted from horse blood (ethical or sanitary questions). Moreover, in some species (goats), antibodies may be produced following repeated injections. Intervet is attemptiing to develop an alternative recombinant gonadotropin which would still display a dual FSH/LH activity and a long half-life. Recently, a triple domain single chain FSHß-CTP-CGß-α (called BBA Trimer) has been produced in CHO cells. The aim of this thesis is to assess the biological activity (in vitro and in vivo) of this molecule and characterize its half-life in farm animals. In vitro studies using stimulation of oestradiol production (FSH marker) and of androstenedione and progesterone production (LH markers) demonstrated the dual FSH/LH activities of the BBA Trimer. In vivo, in the gilt, the BBA Trimer (30ug) induced follicular growth resulting in similar inreases in ovarian and uterine weights PG600® respectively. In anoestrus ewes, 30 ug BBA Trimer induced ovulation as did 600 ui PMSG. 3) superovulation was successively induced in heifers treated with 125 ug BBA Trimer. Number of growing follicles and ambryos collected were similar to those obtained with 2500 ui PMSG. Moreover, half-life of the BBA Trimer was approximately 3 and 5 days in swine and cattle respectively. Owing to its good in vivo bioactivity and acceptable half-life, this new recombinant gonadotropin is a good candidate to replace PMSG
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Ben, Jemaa Slim. "Cartographie fine de QTL ed fertilité femelle chez les bovins laitiers français." Paris, AgroParisTech, 2009. http://pastel.paristech.org/5162/01/these_BEN_JEMAA_slim.pdf.

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Abstract:
L’objectif de la thèse est la cartographie fine de QTL de fertilité femelle (FF) chez les races bovines Françaises : la Prim’Holstein (PH), la Normande (NO) et la Montbéliarde (MO). La première étape du projet consiste en une primo-localisation, sur un dispositif de 78 familles, de QTL de FF dans 12 régions génomiques. Six QTL de FF ont été détectés chez la PH et deux chez la NO. La deuxième étape consiste en une cartographie des QTL détectés sur les chromosomes BTA01, BTA02, BTA03 et BTA21 sur un échantillon de 41 familles des trois races. La localisation de ces QTL a été confirmée et précisée pour les QTL détectés sur les chromosomes BTA01 et BTA03. Le QTL sur le chromosome BTA03 a été finement cartographié en utilisant 437 SNP ce qui a permis de réduire son intervalle de localisation à quelques centimorgans et de sélectionner six gènes candidats. Les régions flanquant les exons de ces six gènes ont été séquencées sur quatre pools d’ADN d’individus de phénotypes extrêmes afin de trouver des polymorphismes intéressants dans les régions séquencées qui pourront ensuite être validés sur l’ensemble du dispositif. La mise à disposition récente d’une puce de 54000 SNP situés dans tout le génome bovin a changé la stratégie de cartographie de QTL de FF. Des gènes pouvant influencer la FF ont été sélectionnés et suggérés comme étant des gènes candidats positionnels et fonctionnels responsables de la dégradation de la FF chez les bovins laitiers.
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Fortier, Marlène. "La cytométrie en flux comme outil pour caractériser et évaluer le potentiel de fertilité des spermatozoïdes bovins." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27032/27032.pdf.

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Santiquet, Nicolas. "Les cellules de la moelle osseuse à la rescousse de l'ovaire : implication des cellules de la moelle osseuse dans le renouvellement post-natal d'ovocytes chez le mammifère adulte." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26611/26611.pdf.

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Peris, Soliman. "Semen cryopreservation facilitates sperm DNA damage : relationship between sperm DNA stability and fertility in vivo." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25242/25242.pdf.

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Girard, Annie. "Amélioration de la fertilité post-partum des vaches laitières." Master's thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25948.

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Abstract:
Ce mémoire s’intéresse au développement folliculaire chez la vache laitière et à l’effet du déficit énergétique sur le fonctionnement de cette structure ovarienne pendant la période post-partum. L’analyse des gènes exprimés dans les cellules folliculaires a permis l’identification de voies de signalisations et de molécules qui sont au cœur des changements observés dans le follicule. La première partie de ce projet porte sur la caractérisation des différents stades de croissance du follicule dominant chez le bovin. La seconde partie porte sur l’effet de l’ampleur du déficit énergétique sur le follicule à 60 jours post-partum, lors de la période critique du pic de lactation. Les résultats de ce projet sont d’un grand intérêt pour la recherche fondamentale sur la reproduction autant que pour la gestion pratique de la fertilité bovine, puisqu’ils éclaircissent certains aspects de la folliculogénèse et proposent des outils intéressants pour améliorer la fertilité de la vache laitière.
This master’s thesis focused on the follicular development in dairy cows and the effects of post-partum negative energy balance on the follicle. Analysis of genes’ transcription in follicular granulosa cells allowed the identification of several molecular pathways and upstream regulators having a great impact on follicular functions. The first part of this project aimed to characterise the different growth stages of dominant follicles in cattle (growth, plateau and atresia). The second part of this project evaluated the impact of the severity of negative energy balance on follicular functions at 60 days post-partum, during the lactation peak. The results provided are of great interest to fundamental reproduction science as well as to practical management of dairy cattle fertility. They shed light on several unknown aspects of folliculogenesis and offer interesting tools to improve post-partum fertility in dairy cattle.
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Plante-Dubé, Marguerite, and Marguerite Plante-Dubé. "Impact d'un supplément alimentaire d'acide palmitoléique sur le profil en acides gras des classes lipidiques du liquide folliculaire chez la vache en début de lactation." Master's thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/37597.

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Abstract:
La fertilité de la vache laitière haute-productrice semble altérée par les teneurs élevées en acides gras (AG) libres du liquide folliculaire observées en début de lactation. Toutefois, les effets diffèreraient selon le type d’AG du microenvironnement de l’ovocyte. La présence d’AG monoinsaturés est associée à des ovocytes ayant un potentiel de développement embryonnaire amélioré. Cette étude visait à évaluer le transfert et l’incorporation des AG alimentaires dans les classes lipidiques du plasma et du liquide folliculaire et son impact sur la fertilité de la vache laitière. Vingt vaches Holstein ont été attribuées aléatoirement à un supplément lipidique alimentaire enrichi soit en acide palmitique (Palmit 80; 82 % 16:0; PA) ou en acide palmitoléique (huile d’argousier; 27 % 16:1 cis-9 et 28 % 16:0; POA). L’administration des traitements (200 g/jour) s’est échelonnée de 20 jours avant à 67 jours après le vêlage. Les performances ont été enregistrées et des échantillons de lait recueillis aux jours 8 à 10 ± 3, 35 à 37 ± 2 et 63 à 65 ± 2 post partum. Aux jours 46 et 67 ± 2 d post partum, les complexes ovocyte-cumulus, les cellules de la granulosa, le liquide folliculaire et des échantillons sanguins ont été prélevés. En comparaison avec PA, POA a augmenté les teneurs en 16:1 cis-9 dans les lipides estérifiés du plasma, dans la matière grasse laitière, et dans les AG libres et les esters de cholestérol du liquide folliculaire. L’expression du gène récepteur à l’insuline tendait à diminuer dans les cellules de la granulosa du groupe POA. Le supplément POA a réduit la folliculogenèse, sans toutefois influencer la compétence au développement des ovocytes. Il est possible de moduler le profil en AG du liquide folliculaire via des stratégies nutritionnelles et de potentiellement influencer le métabolisme des cellules de la granulosa et la folliculogenèse.
La fertilité de la vache laitière haute-productrice semble altérée par les teneurs élevées en acides gras (AG) libres du liquide folliculaire observées en début de lactation. Toutefois, les effets diffèreraient selon le type d’AG du microenvironnement de l’ovocyte. La présence d’AG monoinsaturés est associée à des ovocytes ayant un potentiel de développement embryonnaire amélioré. Cette étude visait à évaluer le transfert et l’incorporation des AG alimentaires dans les classes lipidiques du plasma et du liquide folliculaire et son impact sur la fertilité de la vache laitière. Vingt vaches Holstein ont été attribuées aléatoirement à un supplément lipidique alimentaire enrichi soit en acide palmitique (Palmit 80; 82 % 16:0; PA) ou en acide palmitoléique (huile d’argousier; 27 % 16:1 cis-9 et 28 % 16:0; POA). L’administration des traitements (200 g/jour) s’est échelonnée de 20 jours avant à 67 jours après le vêlage. Les performances ont été enregistrées et des échantillons de lait recueillis aux jours 8 à 10 ± 3, 35 à 37 ± 2 et 63 à 65 ± 2 post partum. Aux jours 46 et 67 ± 2 d post partum, les complexes ovocyte-cumulus, les cellules de la granulosa, le liquide folliculaire et des échantillons sanguins ont été prélevés. En comparaison avec PA, POA a augmenté les teneurs en 16:1 cis-9 dans les lipides estérifiés du plasma, dans la matière grasse laitière, et dans les AG libres et les esters de cholestérol du liquide folliculaire. L’expression du gène récepteur à l’insuline tendait à diminuer dans les cellules de la granulosa du groupe POA. Le supplément POA a réduit la folliculogenèse, sans toutefois influencer la compétence au développement des ovocytes. Il est possible de moduler le profil en AG du liquide folliculaire via des stratégies nutritionnelles et de potentiellement influencer le métabolisme des cellules de la granulosa et la folliculogenèse.
In high-yielding dairy cows, fertility is impaired by the increase of non-esterified fatty acid concentrations in follicular fluid during early lactation, but the effects may depend on fatty acid (FA) composition. The objective of this study was to evaluate the potential of dietary supplements enriched in specific FA to influence the FA composition of follicular fluid, and consequently fertility of early-lactation dairy cows. Twenty Holstein multiparous cows in late gestation were randomly assigned to 200 g/d of FA supplements enriched in i) palmitic acid (PA; control treatment; Palmit 80; Natu’oil Services Inc.; 82% 16:0) in the rumen or ii) palmitoleic acid (POA; Sea buckthorn oil; New Directions Aromatics Inc.; 27% cis-9 16:1, 28% 16:0, and 22% cis-9 18:1) in the abomasum. The treatment period ranged from 20 ± 5 d precalving to 67± 2 d postcalving. Performance was recorded, and milk samples collected from days 8 to 10 ± 3 (mean  SD), 35 to 37 ± 2, and 63 to 65 ± 2 postcalving. On days 46 and 67± 2 d postcalving, cumulus-oocyte complexes, granulosa cells and follicular fluid were recovered, and blood was collected. Treatment did not affect milk yield or milk fat. Compared with PA, POA increased cis-9 16:1 concentration in milk fat, in plasma esterified lipid classes, and in follicular fluid non-esterified fatty acids and cholesterol esters. Abundances of mRNA for stearoyl-CoA desaturase and perilipin 2 in granulosa cells were not different between treatments. Moreover, POA treatment tended to decrease the expression of gene encoding for insulin receptor. Treatment did not affect oocyte quality and developmental capacity, or embryo lipid metabolism, but POA altered folliculogenesis. These results suggest that dietary lipid supplements enriched in specific FA may modulate FA profile of the oocyte microenvironment, energy granulosa cell metabolism and folliculogenesis in early lactation cows.
In high-yielding dairy cows, fertility is impaired by the increase of non-esterified fatty acid concentrations in follicular fluid during early lactation, but the effects may depend on fatty acid (FA) composition. The objective of this study was to evaluate the potential of dietary supplements enriched in specific FA to influence the FA composition of follicular fluid, and consequently fertility of early-lactation dairy cows. Twenty Holstein multiparous cows in late gestation were randomly assigned to 200 g/d of FA supplements enriched in i) palmitic acid (PA; control treatment; Palmit 80; Natu’oil Services Inc.; 82% 16:0) in the rumen or ii) palmitoleic acid (POA; Sea buckthorn oil; New Directions Aromatics Inc.; 27% cis-9 16:1, 28% 16:0, and 22% cis-9 18:1) in the abomasum. The treatment period ranged from 20 ± 5 d precalving to 67± 2 d postcalving. Performance was recorded, and milk samples collected from days 8 to 10 ± 3 (mean  SD), 35 to 37 ± 2, and 63 to 65 ± 2 postcalving. On days 46 and 67± 2 d postcalving, cumulus-oocyte complexes, granulosa cells and follicular fluid were recovered, and blood was collected. Treatment did not affect milk yield or milk fat. Compared with PA, POA increased cis-9 16:1 concentration in milk fat, in plasma esterified lipid classes, and in follicular fluid non-esterified fatty acids and cholesterol esters. Abundances of mRNA for stearoyl-CoA desaturase and perilipin 2 in granulosa cells were not different between treatments. Moreover, POA treatment tended to decrease the expression of gene encoding for insulin receptor. Treatment did not affect oocyte quality and developmental capacity, or embryo lipid metabolism, but POA altered folliculogenesis. These results suggest that dietary lipid supplements enriched in specific FA may modulate FA profile of the oocyte microenvironment, energy granulosa cell metabolism and folliculogenesis in early lactation cows.
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Uddin, Md Mesbah. "Identification of causal factors for recessive lethals in dairy cattle with special focus on large chromosomal deletions." Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2019. http://www.theses.fr/2019IAVF0018/document.

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Abstract:
L'objectif général de cette thèse est d'identifier les variants causaux ou, à défaut, un ensemble de marqueurs prédictifs - qui présentent un déséquilibre de liaison élevé avec les variants causaux - pour la fertilité des vaches laitières. Nous avons abordé cet objectif général dans cinq articles: (i) décrit une approche systématique de cartographie des variants létaux récessifs chez les bovins Normands français basée sur la recherche de déficit en haplotypes homozygotes (HHD). Cette étude montre l’influence de la taille de l’échantillon, de la qualité des génotypes, de la qualité du phasage des génotypes en haplotypes et de l’imputation, de l’âge de l’haplotype et enfin, de la définition des seuils de signification prenant en compte les tests multiples, sur la découverte et la reproductibilité des résultats de HHD. Elle illustre également l’importance de la cartographie fine avec les données de généalogie et de séquence de génome entier (WGS), l’annotation intégrative (entre espèces) pour hiérarchiser les mutations candidates et, enfin, le génotypage à grande échelle de la mutation candidate, pour valider ou invalider les mutations initiales. (ii) décrit une cartographie à haute résolution de grandes délétions chromosomiques de séquences du génome dans une population de 175 animaux appartenant à trois races laitières nordiques. Cette étude utilise trois approches différentes pour valider les résultats de la cartographie. Le chapitre décrit les propriétés génétiques des populations et l’importance fonctionnelle des délétions identifiées. (iii) traite de trois questions liées à l’imputation de variants structuraux, ici de délétions chromosomiques importantes: la disponibilité des génotypes de délétion, la taille du panel de référence d'haplotypes et, enfin, l’imputation elle-même. Pour aborder les deux premières questions, cette étude décrit une approche basée sur un modèle de mélange gaussien dans laquelle les données de profondeur de lecture provenant de fichiers au format VCF (variant call format) sont utilisées pour génotyper un locus de délétion connu, en l’absence d’information sur la séquence brute. Enfin, il présente un pipeline pour l'imputation conjointe de variants WGS et de grandes délétions chromosomiques. (iv) décrit des études d'association pangénomiques de la fertilité femelle dans trois races de bovins laitiers nordiques à l'aide de variants WGS imputés et de grandes délétions chromosomiques. Cette étude concerne huit caractères de fertilité et utilise des analyses d'association mono-marqueur, conditionnelles et conjointes. Cette étude montre qu’une surestimation, ou « inflation », des statistiques de test peut être observée même après correction pour la stratification de la population à l'aide de composantes principales génomiques et pour les structures familiales à l'aide de matrices de relations génomiques. Ce biais était connu pour les caractères très polygéniques. Enfin, cette étude présente plusieurs locus de traits quantitatifs (QTL) nouveaux et confirme plusieurs autres déjà connus. Elle souligne également l’importance d’inclure les grandes délétions (imputées) pour la cartographie par association des caractères de fertilité. (v) décrit la prédiction des valeurs génomiques de fertilité (ou indice de fertilité) à l'aide de génotypes à puces SNP, de QTL sélectionnés et de délétions chromosomiques importantes. En utilisant la méthode de meilleure prédiction linéaire sans biais génomique (GBLUP) avec une ou plusieurs matrices de relations génomiques dérivées d'un ensemble de marqueurs sélectionnés, cette étude rapporte une précision de prédiction améliorée. Cette étude met également en évidence l’influence de la sélection des marqueurs les plus prédictifs, en particulier pour une race ayant une population d’apprentissage réduite, sur la précision des prédictions génomiques. Enfin, les résultats démontrent que les grandes délétions ont en général un pouvoir prédictif élevé
The overall aim of this PhD thesis is to identify causal variants for recessive lethal mutations and select a set of predictive markers that are in high linkage-disequilibrium with the causal variants for female fertility in dairy cattle. We addressed this broad aim under five articles: (i) describes a systematic approach of mapping recessive lethals in French Normande cattle using homozygous haplotype deficiency (HHD). This study shows the influence of sample size, quality of genotypes, quality of (genotype) phasing and imputation, age of haplotype (of interest), and last but not the least, multiple testing corrections, on discovery and replicability of HHD results. It also illustrates the importance of fine-mapping with pedigree and whole-genome sequence (WGS) data, (cross-species) integrative annotation to prioritize candidate mutation, and finally, large-scale genotyping of the candidate mutation, to validate or invalidate initial results. (ii) describes a high-resolution population-scale mapping of large chromosomal deletions from whole-genome sequences of 175 animals from three Nordic dairy breeds. This study employs three different approaches to validate identified deletions. Next, it describes population genetic properties and functional importance of these deletions. (iii) deals with three main issues related to imputation of structural variants, in this case, large chromosomal deletions, e.g. availability of deletion genotypes, size of haplotype reference panel, and finally, imputation itself. To address the first two issues, this study describes a Gaussian mixture model-based approach where read-depth data from the variant call format (VCF) file is used to genotype a known deletion locus, without the need for raw sequence (BAM) file. Finally, it presents a pipeline for joint imputation of WGS variants along with large chromosomal deletions. (iv) describes genome-wide association studies for female fertility in three Nordic dairy cattle breeds using imputed WGS variants including large chromosomal deletions. This study is based on the analyses of eight fertility related traits using single-marker association, conditional and joint analyses. This study illustrates that inflation in association test-statistics could be seen even after correcting for population stratification using (genomic) principal components, and relatedness among the samples using genomic relationship matrices; however, this was known for traits with strong polygenic effects, among other factors. Finally, mapping of several new quantitative trait loci (QTL), along with the previously known ones, are reported in this study. This study also highlights the importance of including (imputed) large deletions for association mapping of fertility traits. (v) describes prediction of genomic breeding values for fertility using SNP array-chip genotypes, selected QTL and large chromosomal deletion. Using genomic best linear unbiased prediction (GBLUP) method with one or several genomic-relationship matrices derived from a set of selected markers, this study reports higher prediction accuracy compared with previous report. This study also highlights the influence of selecting markers with best predictability, especially for a breed with small training population, in accuracy of genomic prediction. The results demonstrate that large deletions in general have a high predictive performance
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Amirat, Lamia. "Intérêt des lipoprotéines à faible densité (LDL) du jaune d'oeuf de poule dans la cryoconservation de la semence bovine : validation d'un nouveau dilueur et approche du mécanisme d'action." Rennes 1, 2004. http://www.theses.fr/2004REN10004.

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Abstract:
De nombreuses demandes ont été formulées afin de remplacer le jaune d’œuf de poule dans les dilueurs de la semence bovine par ses lipoprotéines de faible densité (LDL), qui s'avèrent être responsables de l'effet cryoprotecteur. Ces LDL peuvent être extraites de façon industrielle (brevet n : 0100292). Un dilueur à 8% de LDL, donne après congélation-décongélation, deux fois plus de spermatozoi͏̈des mobiles qu’un dilueur témoin contenant 20% de jaune d'œuf (61% contre 30% respectivement). Ce résultat est modulé en présence de 10 mM de glutamine (65%). In vitro, le taux de segmentation des embryons est plus élevé pour les ovocytes fécondés avec les spermatozoi͏̈des congelés-décongelés dans le dilueur LDL en comparaison avec le dilueur jaune d'œuf (63% contre 55%). La fertilité est donc maintenue puisque des blastocystes sont obtenus après 8 jours de culture in vitro (22% avec les LDL et 24% avec le jaune d'œuf). De plus, les LDL offrent (avant, pendant et après congélationdécongélation) une meilleure protection des membranes plasmiques et des acrosomes des spermatozoi͏̈des que le jaune d'œuf. Du point de vue biochimique des échanges d'acide gras entre les phospholipides membranaires et ceux des LDL (acide oléique, acide docosahexaenoique) ont été mis en évidence. Ce procédé industriel d'extraction des LDL réduit voire élimine les éventuelles contaminations bactériennes (salmonelles, staphylocoques) initiales du jaune d'œuf. Ainsi, le nouveau dilueur LDL, offre de meilleurs résultats que le dilueur jaune d'œuf, c'est un milieu défini et sans risques sanitaires.
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Coyral-Castel, Stéphanie. "Etude de la fertilité et du métabolisme des vaches laitières sélectionnées pour l'haplotype "fertil+" ou "fertil-" à un QTL de fertilité situé sur le chromosome 3." Thesis, Tours, 2012. http://www.theses.fr/2012TOUR4016.

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Abstract:
Au cours des dernières décennies, une dégradation de la fertilité des vaches laitières, parallèlement à une augmentation de la production laitière a été observée. Des régions du génome, les QTL, affectent la fertilité femelle. Le but de ce travail de thèse est d’étudier la fertilité et certains paramètres zootechniques chez des vaches Prim'Hosltein en première lactation choisies pour leur haplotype favorable "fertil+" ou défavorable "fertil-" pour un QTL de fertilité situé sur le chromosome 3. Ce phénotypage a montré une meilleure fertilité et un meilleur bilan énergétique dans la première semaine de lactation pour les vaches "fertil+" par rapport aux vaches "fertil-". De plus, les vaches "fertil-" ont un flux d’ingestion plus rapide. Au pic de mobilisation, certains gènes du QTL étaient différentiellement exprimés dans le tissu adipeux des deux haplotypes. Dans les cellules de la granulosa, un de ces gènes, nommé Kirrel, est plus exprimé chez les vaches "fertil+" et sa protéine recombinante inhibe la sécrétion de progestérone in vitro. Notre travail a permis d'affiner les interactions génotype-phénotype liées à un QTL de fertilité et de mettre en avant un des possibles rôles d'un gène de ce QTL dans la fonction de reproduction chez la vache laitière
In recent decades, the dairy cow fertility has declined, in parallel with an increase in milk production. Some regions of the genome, named QTL, affect female fertility. The purpose of this thesis is to study fertility and some zootechnical parameters in Prim'Hosltein cows in first lactation chosen for their favorable haplotype "fertil+" or unfavorable haplotype "fertil-" for one fertility QTL on chromosome 3. This phenotyping showed better fertility and energy balance in the first week of lactation for "fertil+" than for "fertil-" cows. In addition, "fertil-" cows had a higher eating rate. At the peak of mobilization, the QTL genes are differentially expressed in adipose tissue of "fertil+" and "fertil-" cows. In granulosa cells, one of these genes, named Kirrel, is higher expressed in "fertil+" cows and its recombinant protein inhibits the secretion of progesterone in vitro. Our work has contributed to refine interactions genotype-phenotype linked to one fertility QTL and highlighted one of the possible roles of a gene which belongs to this QTL in the reproductive function in dairy cows
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