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Dissertations / Theses on the topic 'Cacaoyer Cacaoyer Plantes Cacao Cacao'
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Efombagn, Mousseni Ives Bruno. "Diversité génétique et sélection du cacaoyer (Theobroma cacao L. ) au Cameroun : approches participative, phénotypique et moléculaire." Rennes, Agrocampus, 2008. http://www.theses.fr/2008NSARA057.
Full textAbstract:
La diversité génétique du cacaoyer (Theobroma cacao L. ) existant dans les plantations paysannes et dans les banques de gènes au Cameroun, a été étudiée à l’aide de 12 marqueurs microsatellites et par des évaluations phénotypiques de caractères d’intérêt agronomique. Les connaissances des producteurs sur le matériel végétal collectées dans le cadre d’un programme de sélection participative, ont été comparées avec les données moléculaires phénotypiques. La caractérisation moléculaire de ce matériel montre que les accessions des producteurs et des banques de gènes sont génétiquement proches. Les accessions des banques de gènes appartiennent à trois grands groupes génétiques de l’espèce, à savoir les Forastero haut-amazoniens (HA), les Forastero bas-amazoniens (BA) et les Trinitario (Tr). Six groupes de référence (Amelonado, criollo, Nana, Iquitos Mixed Calabacillo, Parinari et Scavina) supposés être à l’origine des cacaoyers cultivés au Cameroun, expliqueraient la quasi-totalité de la diversité génétique des accessions des poducteurs. Les gènes du groupe Amelonado étaient les plus représentés dans le matériel des producteurs. Très peu d’allèles spécifiques aux Scavina et Criollo ont été détectés dans ce matériel. La forte diversité moléculaire et phénotypique et la présence d’allèles uniques parmi les accessions des producteurs montrent l’existence d’un potentiel de sélection dans ce matériel. Ce potentiel a été mis en évidence par l’identificatin de plusieurs génotypes résistants à la pourriture des fruits, contrainte majeure de la cacaoculture au Cameroun. L’évaluation de la résistance à cette maladie suggère également que les connaissances des producteurs sur le niveau de résistance au champ de leurs cacaoyers, peuvent être exploitées efficacement dans la sélection participative<br>Génétic diversity of cacao (Theobroma cacao L. ) accessions in farmers’ field and genebanks in Cameroon was studied with 12 microsatellite markers and several phenotypic traits of agronomic interest. Knowledge of farmers on their planting material was collected within the framework of a participatory selection programme, and subsequently compared with molecular and phenotypic data. The molecular assessment of the arm accessions are closely related. GA beong to three main genetic groups of the cacao species : Upper Amazon Forastero (UA), Lower Amazon Forastero (LA) and Trinitario (Tr). The genetic diversity among FA could be largely explained by the contribution of six reference genomes (Amelonado, Criollo, Iquitos Mixed Calabacillo, Nanay, Parinari and Scavina) supposed to be at the origin of cultivated cacao populations in Cameroon. The genes from the Amelonado group predominated in the FA whereas those from Scavina and Criollo were less represented. The large molecular and phenotypic diversity and the presence of private alleles among FA show the potential for selection of this material. This potential was further demonstrated by the identification of several resistant genotypes among FA tested for resistance to Phytophtora pod rot (Ppr), the major cacao production constraint in the country. The results from Ppr evaluations suggest also that farmers’ knowledge on the field resistance of individual cacao trees might be exploited efficiently in the participatory breeding programme
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Falque, Matthieu. "Fécondation et développement des fruits et des graines chez le cacaoyer (Theobroma Cacao L. ). Influence de l'irradiation du pollen et de l'intensité de la pollinisation." Toulouse, INPT, 1994. http://www.theses.fr/1994INPT020A.
Full textAbstract:
Cette etude porte sur l'influence de la qualite et de la quantite du pollen, sur la fecondation et le developpement des fruits et des graines chez le cacaoyer (theobroma cacao l. ). Les experiences utilisent du pollen irradie aux rayons gamma, des melanges de pollen normal et irradie, ou de faibles quantites de pollen normal. Le pollen irradie jusqu'a 2000 gy germe in situ jusqu'aux ovules, mais in vitro, sa germination est inhibee par l'irradiation a forte dose (dl50 d'environ 1500 gy). Le pollen irradie a 1000 gy est souvent capable d'accomplir normalement la caryogamie, mais les gametes males restent parfois accoles aux noyaux du sac embryonnaire sans fusionner. Dans tous les cas, les ovules degenerent dans les 10 jours qui suivent. Les memes phenomenes sont observes avec de l'autopollen incompatible non irradie. La deuxieme mitose pollinique observee in vitro et la tenue des fruits sont fortement inhibees par l'irradiation du pollen (dl50 d'environ 70 gy). Le developpement des embryons issus de pollen irradie entre 50 et 90 gy est altere, mais l'albumen se developpe normalement. Les plantules issues de ces graines sont hybrides, et la frequence des mutants morphologiques y est 20 fois plus importante que chez les temoins. Des pollinisations avec differents melanges de pollen normal et irradie, montrent une competition entre les deux pollens pour l'occupation des ovules. Apres pollinisation avec un melange de pollen irradie a 1000 gy et de pollen normal, six plantules haploides ont ete obtenues, mais leur origine est probablement spontanee. Des melanges d'autopollen incompatible et de pollen compatible irradie a 100 gy ont permis de lever l'auto-incompatibilite. Une technique de comptage des grains de pollen sur les styles sectionnes 24 heures apres pollinisation a ete mise au point pour etudier l'influence de l'intensite de pollinisation sur la tenue et le remplissage des fruits. Dans les deux cas, une forte relation a ete mise en evidence et modelisee. L'importance de la pollinisation dans l'elaboration du rendement du cacaoyer est discutee
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CLAEYS, CROUZILLAT FLORENCE. "Contribution à la transformation génétique du cacaoyer Theobroma cacao L." Rennes 1, 1999. http://www.theses.fr/1999REN10127.
Full textAbstract:
Theobroma cacao l. Est une espece ligneuse tres sensible aux contraintes phytosanitaires. La transformation genetique du cacaoyer permettrait de lui conferer rapidement des nouveaux caracteres, par exemple, de resistance a des pathogenes ou de qualite. Des essais de transformation genetique par agrobacterium tumefaciens ont ete tentes sur des embryons somatiques blesses et des cals embryogenes. Le protocole de transformation a ete etudie par etapes successives en se basant sur l'expression transitoire du gene uida puis, en associant les conditions les plus efficaces pour chacune des etapes prealablement etudiees. Un protocole de transformation genetique a pu etre ainsi propose et un pourcentage eleve d'embryons exprimant le gene uida de facon transitoire a ete observe. Une methode de decontamination originale a ete mise au point en associant l'immersion temporaire dans des unites de filtration sartorius a l'utilisation d'antibiotiques. Un agent selectif a egalement ete recherche afin de selectionner les eventuelles cellules transgeniques. Le protocole, ainsi defini n'a pas abouti a la regeneration de tissus transformes de facon stable. Par contre, l'association originale d'un protocole de cryocotraitement et de transformation genetique a permis l'obtention de cals resistants a la kanamycine et exprimants le gene uida de facon stable. La regeneration de ces cals est en cours d'etude.
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Aguilar, Vega Maria Elena. "Le microbouturage du cacaoyer (Theobroma cacao L. ) : identification et étude de quelques facteurs limitants de la réactivité des explants." Toulouse, INPT, 1996. http://www.theses.fr/1996INPT003A.
Full textAbstract:
Une faible reactivite des bourgeons d'explants nodaux de cacaoyer est observee dans les conditions preconisees par les auteurs: blocage du developpement des bourgeons et heterogeneite de reponse morphogenetique. Une demarche a ete mise en place pour definir les facteurs responsables du manque de reactivite. Les infections par champignons et par bacteries, phenomenes lies aux fluctuations climatiques, constituent un facteur limitant pour l'etablissement de cultures primaires saines. Une precocite dans les reponses morphogenetiques et une augmentation des capacites morphogenetiques sont observees dans les cas suivants: 1 des explants preleves sur des pieds meres en phase dormante par rapport aux explants preleves sur des pieds-meres en croissance active, 2 des bourgeons preleves en differente position sur le rameau: les bourgeons les plus eloignes de l'apex etant les plus reactifs, 3 des bourgeons issus de nuds cotyledonaires compares aux bourgeons d'explants classiques plus ages (2 ans). Le microgreffage des bourgeons classiques sur des porte-greffe juveniles a permis une meilleure reponse morphogenetique du bourgeon, lie a une amelioration de l'alimentation du bourgeon greffe et des caracteristiques de juvenilite du porte-greffe. Des donnes histologiques ont permis de caracteriser les differents stades morphogenetiques des explants en culture primaire et de conforter les resultats concernant l'etat hydrique des explants. L'etude des caracteristiques hydriques des explants au cours de la culture montre un gradient de potentiel hydrique et osmotique entre le milieu et la base de l'explant favorable a l'entree d'eau. Un ajustement osmotique par entree d'eau dans l'explant s'effectue des la premiere heure de culture. Celui-ci est plus important chez les explants cotyledonaires que chez les explants classiques. La desinfection des explants classiques entraine une deshydratation et une plasmolyse des tissus. En consequence, des degats induits sur la membrane cellulaire, peuvent etre responsables de la mauvaise reponse des explants classiques. L'etude de l'absorption des explants par l'utilisation de la technique d'autoradiographie et le marquage des explants (#3#2p), devrait etre poursuivi si l'on veut aller plus loin dans la quantification des capacites d'absorption des explants de cacaoyer par ces techniques. Les premiers resultats concernant l'enracinement montrent que les pousses primaires issues des explants classiques s'enracinent in vitro. Ils ont permis le sevrage et la reprise de croissance des microboutures ex vitro
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Sossou-Dangou, Justine. "Etude des modifications biochimiques de l'albumen des graines de cacaoyer (Theobroma cacao L. ) au cours de leur développement. Application à l'amélioration de l'embryogénèse somatique." Montpellier 2, 2000. http://www.theses.fr/2000MON20040.
Full textAbstract:
Le cacaoyer (theobroma cacao l. ) est une plante perenne dont les programmes de selection sont tres longs. L'embryogenese somatique a partir des tissus sporophytiques represente une voie interessante par laquelle on peut esperer multiplier rapidement des clones elites. Le milieu de culture est un facteur determinant pour la reussite de l'embryogenese somatique. Ce travail a ete entrepris dans le but d'ameliorer les milieux de culture pour la regeneration d'embryons somatiques, prenant comme modele de reference la graine de cacaoyer, une graine exalbuminee. L'etude histocytologique de l'ontogenese des embryons et l'analyse de l'albumen de quelques stades de developpement de la graine ont fait l'objet de la premiere partie de ce travail. Quatre stades ont ete observes : i (embryon globulaire), i-ii (embryon cordiforme), ii (embryon cotyledonaire) et iii (embryon cotyledonaire en croissance). Il a ete observe que l'albumen cellulaire qui entoure l'embryon commence a degenerer au stade i-ii, au debut de la mise en place de la symetrie bilaterale chez l'embryon. Les resultats obtenus a partir des analyses montrent que l'albumen de cacaoyer est similaire aux autres albumens par sa richesse en acides amines, acide malique, phosphates, sulfates, aia, ipa, zeatine, et zeatine-riboside. Il presente cependant deux particularites, a savoir la preponderance des sucres reducteurs glucose et fructose qui representent 90% des sucres solubles, l'absence d'acides amines soufres la cysteine et la methionine. Deux phases ont ete distinguees. La phase 1 ou la symetrie bilaterale de l'embryon n'est pas encore en place (stade i et i-ii). Pendant cette phase, les sucres solubles, ammonium, phosphates, aia, ipa et zeatine-riboside sont a leur taux le plus eleve, alors que ceux des acides amines, du potassium et du magnesium sont faibles. A la seconde phase, la symetrie bilaterale est mis en place, et l'embryon est en croissance. Les taux de sucres solubles, d'ammonium, de phosphates, d'aia, d'ipa, de zeatine-riboside diminuent, et ceux du potassium, magnesium, des acides amines augmente. Ces derniers taux ont ete appliques a la croissance des embryons. D les resultats de l'analyse de l'albumen ont servi de base pour la formulation de nouveaux milieux de culture. Ceux-ci sont proposes en modifiant un seul element dans les milieux temoins. De tous ces milieux seuls ceux contenant la zeatine ou l'aia ont ete efficaces. La zeatine a ameliore de facon significative le taux d'embryogenese somatique des staminodes de deux clones etudies, et celui des cotyledons d'un clone. L'aia a augmente significativement le taux d'embryogenese somatique des cotyledons d'un clone.
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CHATELET, PHILIPPE. "Contribution a l'etude de l'embryogenese somatique chez le cacaoyer (theobroma cacao l. )." Paris 11, 1991. http://www.theses.fr/1991PA112131.
Full textAbstract:
Les travaux rapportes ont ete effectues selon une approche tres generale de l'embryogenese somatique chez le cacaoyer; ils ont porte a la fois sur l'etude de l'embryogenese directe (sans phase de callogenese) a partir d'embryons zygotiques ainsi que sur les conditions d'obtention de l'embryogenese indirecte a partir de tissus permettant le clonage d'individus adultes. Plusieurs facteurs, dont les regulateurs de croissance, susceptibles d'influer sur le taux de reaction embryogene d'embryons zygotiques, ont ete etudies; le role inhibiteur de la kinetine (en combinaison avec l'ana) sur le taux d'embryogenese a notamment ete mis en evidence. L'embryogenese adventive d'embryons somatiques a pu etre maintenue pendant deux ans; l'histologie a permis de preciser que ce bourgeonnement se produit a partir de la zone du suspenseur ainsi qu'a partir du protoderme. La callogenese a ete induite a partir d'hypocotyles, de petioles et de feuilles provenant de semis steriles, a partir de feuilles de plantes cultivees en serre, et d'explants composes du nucelle et du tegument interne de tres jeunes graines. Des nodules epidermises ou meristematiques ont ete obtenus de facon reproductible a partir d'explants foliaires cultives sur un milieu de murashige et skoog (ms) modifie contenant 0,43 m de 2. 4. D et 4,4 m de bap. Le developpement de ces nodules n'a pu etre obtenu. Des cellules embryogenes et des proembryons ont egalement ete observes dans des nucelles et des teguments internes cultives sur un milieu de ms modifie contenant 4,5 m de 2. 4. D et 0,44 m de bap. L'etude histologique a permis de preciser la chronologie de l'apparition de ces structures embryogenes et d'observer leur differenciation precoce ainsi que l'accumulation de polyphenols oxydes. Le developpement de ces structures embryogenes ne s'est pas poursuivi
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Clément, Didier. "Cartographie de qtl controlant des caracteres d'interet chez le cacaoyer (theobroma cacao l. )." Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon, 2001. http://www.theses.fr/2001INAP0021.
Full textAbstract:
Cette etude concerne l'identification de qtl pour des caracteres d'interet agronomique dans deux fonds genetiques, trinitario et forastero, tres utilises en amelioration genetique du cacaoyer (theobroma cacao). Trois descendances, deux trinitario et un forastero haut-amazonien heterozygotes croises avec un meme forastero bas-amazonien homozygote, ont ete analysees. Les observations phenotypiques, realisees a abengourou en cote d'ivoire, concernent le rendement sur neuf annees de recoltes, la vigueur des arbres, des caracteristiques des feves et des fruits, le nombre d'ovules par ovaire ainsi que la resistance a la pourriture brune des cabosses (phytophthora palmivora) et aux mirides. Plusieurs qtl ont ete identifies pour tous les caracteres, sauf pour la sensibilite aux mirides. Les qtl de rendement expliquaient individuellement entre 8 et 19% de la variation phenotypique et certains d'entre eux ont ete stables sur plusieurs annees de recolte. Cependant, ils etaient differents entre les deux fonds genetique etudies. Pour les autres caracteres, certaines colocalisations de qtl ont ete trouvees entre les trois geniteurs. Un qtl pour le poids moyen du fruit expliquait 44% de la variation phenotypique, correspondant a un gene majeur. L'origine des alleles favorables (criollo ou forastero) impliques dans les qtl chez les deux parents trinitario a pu etre identifiee. L'ensemble des resultats nous permet de proposer l'utilisation de marqueurs moleculaires dans des schemas d'amelioration du cacaoyer.
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Ametowoglo, Klusse. "Les filières du cacao : des planteurs africains aux consommateurs européens." Bordeaux 3, 1996. http://www.theses.fr/1996BOR30024.
Full textAbstract:
Produit agricole des pays tropicaux du sud sous-developpes, le cacao est essentiellement transforme puis consomme dans les pays du nord developpes. Pour assurer la circulation internationale du cacao marchand, des filieres se sont constituees. De petites organisations peu ou pas du tout structurees (entreprises familiales, comptoirs d'achat) qu'elles etaient a l'origine (periode coloniale), ces filieres se sont bien developpees petit a petit pour devenir de nos jours de grosses societes financieres solides qui controlent le marche international du cacao brut et de ses derives (chocolat, beurre, poudre. . . ). En pays producteurs, ce sont les intermediaires agrees et commercants libanais qui controlent les filieres nationales d'achat aux producteurs. Les societes de commercialisation - societes d'etat - assurent quant a elles l'exportation du cacao. Au niveau international les societes de negoce (veritables intermediaires assurant la fluidite du commerce de cacao) fournissent en temps utiles aux industries leurs approvisionnements necessaires. Les problemes de qualite des feves exportees, de la surproduction, et du prix paye sont les principaux aspects de la crise du cacao<br>Farm product growing in the south tropical under-developed countries, cocoa is essentially transformed and consumed in the north developed countries. To secure the international circulation of cocoa beans, several channels have been constituted. Originally small organisations (family business, trading posts) little structurated in the colonial period, these channels have been gradually developed and are nowadays very important financial societies which control the international market of cocoa beans and its derivatives. In the producing countries, agreed intermediary agents and libanan business men control the national buying channels beside the planters; national commercialisation offices as cocoa boards assure the cocoa exportation. On the international level big trading companies (wich really insure the fluidity of cocoa trade) provide the industries with cocoa. The problems of quality concerning the cocoa beans exported, worldwide overproduction and low prices are the principal aspects of the cocoa crisis
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Soupi, Nkeutcha Marietta Solange. "Implication des arabinogalactanes protéines dans le développement des embryons chez Theobroma cacao L." Limoges, 2013. https://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/faf4039e-ff63-48ee-87e0-8bc90908d5bd/blobholder:0/2013LIMO4007.pdf.
Full textAbstract:
Trois génotypes de cacaoyer, choisis en fonction de leur degré d’embryogénie ont été utilisés pour rechercher l’implication des arabinogalactanes protéines (AGPs) au cours de l’embryogenèse de Theobroma cacao L. . Les critères morphologiques histologiques et biochimiques ont permis de caractériser les stades de développement permettant une analyse comparative de l’embryogenèse somatique et l’embryogenèse zygotique. Les protéines glycosylées présentaient une expression différentielle en fonction des stades de développement et des génotypes. Les AGPs ont été mis en évidence pour la première fois chez le cacaoyer à l’aide du β-D-glucosyl Yariv et des anticorps spécifiques anti AGPs sans que l'on ne puisse observer aucune différence au regard des stades de développement ou du génotype. Les AGPs des embryons de cacayer, isolées à l’aide du β-D-glucosyl Yariv ont été purifiées suivant leur polarité et leur masse moléculaire. Elles sont en majorité très glycosylées et présentent une composition en monosaccharides similaire dans les embryons somatiques et zygotiques, mais qui diffère de celle du milieu de culture. La séparation par le CES calibrée par les protéines a permis de définir les masses moléculaires apparentes. Trois fractions ont été détectées, de 7 kDa à 180 kDa ; 180 à 670 kDa et supérieure à 670 kDa. L’association de la détection UV à 215 nm et la fluorescence des protéines à 221/350 nm : Ex/Em permet de détecter facilement l’hétérogénéité des fractions des AGPs et de suivre l’évolution des AGPs au cours du développement des embryons. La fraction éluée entre 9 et 11 ml a été identifiée comme celle qui serait la plus impliquée dans l’embryogenèse chez le cacaoyer<br>Three genotypes of Theobroma cacao L. , selected according to their degree of embryogenesis were used to investigate the involvement of arabinogalactan proteins (AGPs) during embryogenesis. Morphological, histological and biochemical criteria were used to identify developmental stages for a comparative analysis of somatic and zygotic embryogenesis. Glycosylated proteins showed differential expression according to developmental stages and genotype. The AGPs were highlight for the first time in cocoa with the β-D-glucosyl Yariv reagent and specific antibodies against AGPs without developmental stages or genotype effect. The AGPs isolated from cocoa embryos using β-D-glucosyl Yariv reagent, were purified according to their polarity and molecular weight. They are mostly glycosylated. The monosaccharide composition is different in somatic and zygotic embryos from the culture medium. Separation by SEC after proteins calibration of the column allowed us to define the apparent molecular weight of cocoa AGPs. Three fractions were detected, from 7 kDa to 180 kDa; 180-670 kDa and greater than 670 kDa. The combination of UV detection at 215 nm and proteins fluorescence at Ex/Em: 221/350 nm can detect the diversity of AGPs and has been used to monitor AGPs during embryos development. The fraction eluted between 9 and 11 ml has been identified as being heavily involved in the embryogenesis of cocoa tree
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Angue, Abane Monique. "Biodynamique des humus et cycles biogéochimiques des éléments dans des sites forestiers et des sites cultivés en cacaoyers du centre-sud Cameroun (réfion d'Akongo)." Nancy 1, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN10246.
Full textAbstract:
On se propose d'étudier l'influence de la roche-mère sur l'orientation de la biodynamique des horizons organo-minéraux superficiels et sur le bilan biogéochimique des éléments minéraux, ainsi que les modifications apportées par la culture du cacaoyer dans la biodynamique des humus forestiers. On effectue des observations morphologiques, micromorphologiques et ultrastructruales de l'organisation des horizons A#1 et A#1#1 et des différentes activités biologiques intervenant dans la transformation des litières et dans la structuration de l'horizon. Les méthodes d'étude des matières organiques sont le fractionnement physique et chimique, la détermination de la CEC et la minéralisation du carbone. On propose un modèle de fonctionnement des 2 écosystèmes forêt et cacaoyère
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HAGEN, LYNDA. "Analyse du genome du cacao swollen shoot virus et mise au point d'une methode d'infection du cacaoyer." Paris 6, 1994. http://www.theses.fr/1994PA066590.
Full textAbstract:
Le virus du gonflement des tiges du cacaoyer (cssv) appartient au groupe des badnavirus. Une copie complete du genome a ete clonee et sequencee. L'adn excise est infectieux lorsqu'il est inocule par bombardement a des feves de theobroma cacao. Les plantes infectees developpent les symptomes typiques de la maladie. La descendance virale est detectee par elisa et hybridation moleculaire. Les particules ont de tailles variables. La diversite des symptomes de swollen shoot, et l'heterogeneite de taille des particules, resultent donc de l'infection par une population et non d'infections mixtes. La sequence des deux brins d'adn a ete deduite de celles de 75 sous-clones chevauchants. D'une taille de 7 161 bp, le genome comporte une region intergenique et 5 cadres de lecture (orfs) potentiels localises sur le brin (+). L'orf1 (17kda) et l'orf2 (14kda) codent pour des proteines de fonction inconnue. Le grand orf3 (211kda) code pour une polyproteine se divisant en 3 regions. La region 1 code pour une proteine de mouvement, la region 2 code pour la proteine capside. La region 3 presente les sequences consensus de proteinase aspartique, reverse transcriptase (rt), rnase h (rnh). Les derniers orfs (13kda et 14kda) chevauchent l'orf3 et ne sont presents que chez le cssv. Des etudes de phyllogenie moleculaire montrent que le cssv, le commelina yellow mottle virus et le sugarcane bacilliform virus forment un groupe distinct du rice tungro bacilliform virus. L'arn transcrit de taille superieure a celle du genome, predit par le modele de replication, est present dans les plantes infectees. Le site de polyadenylation correspond a un residu adenine localise 17 a 18 nt en aval d'une sequence aataaa de la region intergenique. 3 repetitions du motif agagtttgta situes en amont, correspondraient a des elements regulant la polyadenylation. Les travaux pour la determination de l'extremite 5' sont presentes
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Argout, Xavier. "Le génome du cacaoyer : du décodage de sa séquence jusqu'à l'étude des gènes impliqués dans des caractères agronomiques d'intérêt." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2017. http://www.theses.fr/2017NSAM0006/document.
Full textAbstract:
Depuis plusieurs années, les programmes de recherche chez le cacaoyer ont mis l'accent sur l'étude des bases génétiques des caractères agronomiques d'intérêt, notamment concernant la résistance aux maladies et la qualité des fèves de cacao, qui représentent deux attributs importants pour la cacaoculture et la production de chocolat. Ce travail présente, par l'exploration du transcriptome et du génome du cacaoyer, la constitution de ressources moléculaires et l'analyse des voies de biosynthèse impliquées dans plusieurs de ces caractères agronomiques d'intérêt. L'étude du transcriptome a permis l'identification de plusieurs dizaines de milliers de gènes exprimés dans divers organes et pour différentes conditions environnementales et ont fourni de nombreux marqueurs moléculaires qui ont été utilisés pour réaliser des cartes génétiques haute densité. Les informations apportées par ce travail ont permis d’engager le séquençage du génome de la variété Criollo du cacaoyer. Son analyse et son annotation ont apporté un ensemble d'informations biologiques cruciales, depuis le catalogue des gènes et éléments mobiles jusqu'aux aspects évolutifs qui a révélé une structure du génome peu remanié par rapport à l'ancêtre commun aux dicotylédones. Par la suite, les travaux que nous avons menés pour améliorer la séquence complète ont conduit à une réduction considérable de la fragmentation chromosomique observée dans la première version. Par ailleurs 97% de la séquence assemblée et 99% des gènes sont désormais ancrés sur les chromosomes du cacaoyer. Pour commencer à exploiter cette nouvelle séquence du génome, nous avons conduit une étude QTL à partir d'une descendance entre Trinitario implantée en Guyane, permettant de localiser les régions génomiques impliquées dans la variation de la couleur des fèves de cacao. En s'appuyant sur la version améliorée du génome du Criollo, nous avons identifié deux gènes potentiellement impliqués dans la voie de biosynthèse des anthocyanines et flavonoïdes dans la principale région génomique concernée. Un des deux gènes, situé proche du marqueur situé au pic du QTL et codant pour une chalcone synthase, semble être un gène candidat prometteur. L'étude comparative de sa structure dans le génome du Criollo (à fève blanche) et du génome de l'Amelonado (à fève violette) a mis en évidence des différences structurales pouvant être à l'origine d'une modification fonctionnelle. L'ensemble des résultats présentés dans ce travail de thèse apporte une connaissance et des outils variés qui peuvent être exploités par de multiples approches intégrées pour étudier la génétique du cacaoyer<br>For several years, cocoa research programs have focused on studying the genetic basis of agronomic traits of interest, especially for disease resistance and quality of cocoa beans, two important attributes for cocoa farmers and chocolate production. This work presents, by exploring the transcriptome and cocoa genome, the constitution of molecular resources and the analysis of biosynthesis pathways involved in several of these agronomical traits. The transcriptome study allowed the identification of several tens of thousands of genes expressed in various organs and for different environmental conditions and provided numerous molecular markers, used to produce high-density genetic maps. The information provided by this work led to the genome sequencing of a cocoa Criollo variety. Its analysis and annotation have provided a set of crucial biological information, from the catalog of genes and transposable elements to evolutionary aspects, which revealed a close evolutionary relationship to the eudicot putative ancestor, showing a limited number of recombination between ancestral chromosomes. Subsequently, the work we carried out to improve the complete sequence led to a considerable reduction of the chromosomal fragmentation observed in the first version. In addition, 97% of the assembled sequence and 99% of the genes are now anchored on the cocoa chromosomes. To exploit this new sequence of the genome, we conducted a QTL study from a progeny between Trinitario clones established in French Guiana, allowing to identify genomic regions involved in color trait variation observed in cocoa beans. Based on the improved version of the Criollo genome, we identified two genes potentially involved in the biosynthesis pathway of anthocyanins and flavonoids in the main genomic region concerned. One of the two genes is located nearby the QTL peak and encoding a chalcone synthase, appears to be a promising candidate gene. The comparative study of its structure in the Criollo genome (white bean) and in the Amelonado genome (purple bean) revealed several variations that could be responsible for functional modifications. The results presented in this thesis provide a variety of knowledge and tools useful to conduct multiple integrated approaches to studying cocoa tree genetics
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Pugh, Moreno Tatiana. "Etude des déséquilibres de liaison dans une collection de cacaoyers (Theobroma cacao L. ) appartenant au groupe criollo/trinitario et application au marquage génétique des caractères d'intérête." Montpellier, ENSA, 2005. http://www.theses.fr/2005ENSA0005.
Full textAbstract:
La structure du génome des variétés de Criollo modernes et Trinitario de cacaoyer résulte d'une domestication récente datant de 250 ans et qui a mis en jeu un nombre réduit d'ancêtres parentaux : Criollo ancien et Forastero bas amazoniens. Une collection de 247 accessions de Criollo modernes et Trinitario conservées au CATIE (Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza, Costa Rica) a été étudiée. La base génétique très étroite de ce groupe génétique et le petit nombre de générations de recombinaisons qui se sont produites depuis les premières hybridations entre ancêtres parentaux en font un bon modèle pour des études d'associations. Afin de disposer d'un outil d'analyse performant pour ces études d'association, une carte génétique saturée en marqueurs SSR (single sequence repeat) a été produite. Cette carte contient 465 marqueurs (268 SSR, 176 RFLP, 5 isoenzymes et 16 Rgenes). Sa longueur est de 783 cM, avec une distance moyenne entre marqueurs de 1,7 cM et une distance moyenne entre marqueurs SSR de 3 cM. La diversité génétique des 247 accessions de Criollo modernes /Trinitario a été évaluée à l'aide de 34 SSR répartis sur tout le génome du cacaoyer. Une moyenne de 5,2 allèles par locus a été observée. Deux allèles, toujours plus fréquents que les autres, correspondent à ceux des principaux ancêtres fondateurs: Criollo ancien et Forastero bas-amazoniens. Un sous ensemble de 37 accessions représentant 99,5% de la variabilité allèlique totale de cette collection de Criollo/Trinitario a été identifiée. Une caractérisation morphologique de 150 de ces accessions a été faite il y a 25 ans par Engels et al. (1981), et ces données sont accessibles par la base de données ICGD (International Cocoa Germplasm Database). Ces 150 accessions ont été utilisées pour nos études de déséquilibre de liaison. Un premier lot de 24 SSR a servi à vérifier l'absence de structure de cette collection ainsi que le déséquilibre de liaison (DL) global qui est apparu faible. Puis 110 SSR, pour lesquels des allèles spécifiques des Criollo ont été identifiés, ont été utilisés pour évaluer l'étendue du DL. Celui est variable mais s'étendre jusqu'à 30 cM. Des associations entre caractères de fruit, de fève et de fleur ont été identifiées sur 13 régions chromosomiques. Parmi elles 8 correspondent à des régions où des QTL portant sur les mêmes caractères ont déjà été identifiés par des approches classiques. Ces résultats nous démontrent l'intérêt et la faisabilité de ces études d'association pour identifier les bases génétiques des caractères d'intérêt chez le cacaoyer et représentent une valorisation supplémentaire des données de caractérisation de collection qui existent.
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Ortiz, Garcia Carlos Fredy. "Etude de la diversité génétique de populations de Phytophthora pathogènes du cacaoyer (Theobroma cacao L) et du cocotier (Cocos nucifera L)." Toulouse 3, 1996. http://www.theses.fr/1996TOU30046.
Full text
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Diomande, Gbe Gondo Didier. "Contribution des méthodes spectroscopiques et isotopiques à la caractérisation géographique et phénotypique du cacao." Nantes, 2014. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=fd4e7f5d-6094-444e-b12a-043f6c632eb5.
Full textAbstract:
Le cacaoyer (Theobroma cacao L. ) est une plante de la famille des Sterculiacées. Le fruit, appelé cabosse contient des fèves utilisées dans la fabrication du chocolat. Le commerce des produits alimentaires frauduleux pousse les consommateurs de plus en plus soupçonneux de la qualité sanitaire, mais aussi des origines et de la production (bio, OGM…). Face à ce problème la nouvelle règlementation européenne 178/2002, effective au 1 janvier 2005, impose l’exigence de traçabilité pour l’aliment. Cette thèse se situe dans ce contexte. L’analyse de la teneur multi-isotopique (15N, 13C) par spectrométrie de masse isotopique (SMRI) de 61 échantillons de cacao issus de 22 pays, dont 37 échantillons de la Côte d’Ivoire a été faite. Le traitement statistique des résultats a permis de montrer que les paramètres isotopiques δ15N et δ13C de la fève cacao, et celles des différentes matrices de la fève, sont à l’origine de la discrimination observée au sein des échantillons de cacao issus des continents, de trois villes de la Côte d’Ivoire ainsi que des variétés Forastero et Trinitario. La fermentation du cacao est le processus qui influence le plus la qualité de la fève. L’étude de l’effet de la fermentation par l’analyse de la composition isotopique δ15N et δ13C a mis en évidence soit un enrichissement ou un appauvrissement de la fève et ces différentes parties excepté la théobromine qui ne subit pas de fractionnement isotopique. De ce fait, la molécule de théobromine a été utilisée en RMN quantitative isotopique du carbone-13 comme molécule sonde pour la caractérisation géographique du cacao. Un développement méthodologique a été réalisé pour permettre la mesure intramoléculaire du 13C de la théobromine, par sa transformation en caféine de précision adéquate. De nouveaux paramètres ont été obtenus qui ont permis de confirmer la distinction de l’origine géographique du cacao, mais aussi des produits contenants de la caféine (thé et café). De manière exploratoire, l’analyse de la teneur isotopique (18O) de la théobromine a également été réalisée par SMRI dans le même objectif. Enfin, le beurre de cacao qui est l’une des matrices importantes de la fève a également été analysé dans le cadre de la méthodologie « métabolomique » par RMN 13C, en ciblant plus particulièrement le glycérol<br>The cocoa tree (Theobroma cacao L. ) is a plant of the family Sterculiaceae. The fruit, called the pod, contains beans that are used in the manufacture of chocolate. Fraudulent production practices are making consumers increasingly suspicious both of the sanitary quality of foodstuffs and of the origin of production (organic, GM, etc. ). Faced with this problem, the new European legal ruling 178/2002, effective since 1 January 2005, imposes traceability for foodstuffs. This thesis is positioned within this context. The analysis of the multi-isotope content (15N, 13C) of 61 samples of cocoa obtained from 22 countries, of which 37 samples are from the Ivory Coast, has been carried out. By statistical analysis of the data, it is shown that the isotopic parameters δ15N and δ13C for the whole cocoa beans, and those from different parts of the bean, are responsible for the discrimination found between samples from different continents, from three villages in the Ivory Coast, and between the varieties Forastero and Trinitario. Fermentation of cocoa is the process that most influences the quality of the beans. A study of the influence of fermentation on the isotopic composition in δ15N and δ13C showed either enrichment or impoverishment for the bean and for different parts of the bean, with the exception of theobromine, for which no isotopic fractionation was found. As a result, theobromine was used in isotopic quantitative 13C NMR as molecular probe for the characterization of the geographical origin of cocoa. A methodology has been developed which allows the measurement of the intramolecular 13C distribution in theobromine with sufficient accuracy, subsequent to its transformation into caffeine. New parameters were obtained which not only allowed confirmation of the distinct geographical origins of different cocoa samples, but also to differentiate cocoa from products containing caffeine (tea and coffee). An exploratory study was also carried out measuring the 18O content of theobromine by irm-MS, with the same objective in mind. Finally, cocoa butter, which is one of the most important matrices in the beans, was analyzed by 13C NMR in the framework of the methodology “metabolomics”, notably targeting the glycerol
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Mfegue, Crescence Virginie. "Origine et mécanismes de dispersion des populations de Phytophthora megakarya, pathogène du cacaoyer au Cameroun." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2012. http://www.theses.fr/2012NSAM0015/document.
Full textAbstract:
L'introduction d'espèces exotiques dans un nouvel environnement constitue l'une des principales causes d'émergence d'agents pathogènes des plantes, à l'origine d'invasions biologiques. C'est le cas de la pourriture brune des cabosses causée par Phytophthora megakarya, à la suite de l'introduction du cacaoyer en Afrique. Cet agent pathogène est endémique à l'Afrique et l'hypothèse la plus probable est celle d'un saut d'hôte à partir d'une plante native africaine. Dans le but de réaliser une étude populationnelle et d'identifier son centre d'origine, nous avons mis au point 12 marqueurs microsatellites. Un total de 727 souches anciennes et récentes, provenant de toute la zone de production cacaoyère en Afrique (Cameroun, Gabon, Sao-Tomé, Nigeria, Togo, Ghana et Côte d'Ivoire) a été analysé. Un mode de reproduction de type clonal a été mis en évidence dans l'ensemble des zones étudiées. Des méthodes de structuration et d'assignation ont permis d'identifier 5 groupes génétiques : 3 groupes Afrique Centrale (AC1, AC2 et AC3), un groupe Afrique de l'Ouest (AO) et un groupe hybride (MC) au Cameroun. Les 5 groupes étaient représentés au Cameroun, suggérant une origine camerounaise de P. megakarya. Au Cameroun, 3 zones géographiques ont montré une forte diversité génétique, mais la zone Ouest qui abrite les zones refuge à Sterculiacées et où ont été implantées les premières cacaoyères serait la zone d'origine et de diversification potentielle de P. megakarya. Le deuxième chapitre de la thèse a porté sur la dynamique spatio-temporelle de P. megakarya en champ, afin d'apporter des informations biologiques complémentaires sur la survie et la dispersion de l'agent pathogène. Une étude épidémiologique a ainsi été menée pendant 2 années consécutives dans 2 zones agroécologiques contrastées au Cameroun (savane et forêt). Les résultats ont montré une diminution significative de l'incidence de la pourriture brune entre les 2 années, en relation certainement avec une variable climatique. Une surdispersion de l'incidence de la maladie a été détectée à la fin de chaque campagne dans les 2 zones, mais l'analyse des semivariogrammes tout au long des 2 campagnes de production a mis en évidence une dépendance spatiale des arbres infectés dans la seule zone forestière. Des foyers d'infection ont été mis en évidence à travers l'analyse de cartes de distribution de la maladie au cours des 2 années successives (GéoStat-R). Nous avons par ailleurs étudié la variabilité génétique entre les souches du sol et celles isolées sur cabosses. Une plus grande diversité génétique a été trouvée dans le sol par rapport aux cabosses infectées, confirmant ainsi que le sol est bien la source d'inoculum primaire de P. megakarya. Mots-clés : Pourriture brune des cabosses, Phytophthora megakarya, émergence, centre d'origine, marqueurs microsatellites, méthodes d'assignation, reproduction clonale, dynamique spatio-temporelle, foyers d'infection<br>The introduction of exotic species in a new environment is at the origin of most of the biological invasions. Black pod disease of cacao is an emerging disease caused by Phytophthora megakarya, since the introduction of the cacao in Africa. P. megakarya is endemic in Africa and had most likely emerged on cacao following a host jump from an African native plant. In order to achieve a population study and to identify the center of origin of this pathogen, we selected 12 novel microsatellite markers. A total of 727 strains from all the cacao production zones in Africa (Cameroon, Gabon, Sao-Tomé, Nigeria, Togo, Ghana and Ivory Coast) were analyzed. A clonal mode of reproduction was detected. Structuring and assignment analysis allowed us to identify 5 genetic groups: 3 groups in Central Africa (AC1, AC2 and AC3), one group western Africa (AO) and a hybrid group (MC) in Cameroon. The 5 groups were represented in Cameroon, suggesting a Cameroonian origin of P. megakarya. Three zones in Cameroon showed a strong genetic diversity, but the West would be the potential zone of origin and diversification of P. megakarya. The second chapter of the thesis concerned the spatiotemporal dynamics of P. megakarya in the field, in order to bring additional biological information on the survival and the dispersal of the pathogen. We conducted an epidemiological survey during 2 consecutive years in 2 agroécological zones in Cameroon (savanna and forest). The results showed a significant decrease of the incidence of the desease between 2 years, in relation certainly with a climatic variable. A overdispersion of the incidence of the disease was detected at the end of each campaign in the 2 zones, but the analysis of semivariogrammes throughout 2 production campaigns enlighted a spatial dependence of infected trees in the forest zone only. Infection hot spots were detected through the analysis of disease maps (GéoStat-R). The genetic variability of soil and infected pods isolates was assessed. A higher genetic diversity was found in the soil, suggesting that soil is the primary inoculums sources of P. megakarya. Key-words : Black pod disease, Phytophthora megakarya, emerging disease, center of origin, microsatellite markers, assignation analysis, clonal reproduction, spatiotemporal dynamics, infection hot spots
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Bock, Digne Marie-S. "Architecture et société : un mode de lecture de la formation et de l'intégration de l'espace cacaoyer équatorien (1890-1920)." Toulouse 2, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU20027.
Full textAbstract:
A partir de l'analyse de la mise en valeur homogene et rapide de l'espace regional cotier equatorien a la fin du xixe siecle et au debut du xxe, basee sur l'interaction de l'architcture, de l'espace et de la societe, il a ete possible d'etablir un "modele" applicable non seulement au cas equatorien mais aussi a d'autres regions latino-americaines, aux antilles et aussi aux pays de l'ocean indien durant une epoque donnee (etude synchronique), soumises a des conditions politiques et sociales identiques et developpant des systemes d'exploitation de cultures agro-exportatrices differents sur le plan social (haciendas salariales et plantations esclavagistes). Ce modele semble egalement pouvoir, dans certains cas, s'appliquer sur des periodes historiques plus longues (etude diachronique) comportant des ruptures politiques, economiques, sociales et eventuellement architecturales qui viennent briser le systeme d'exploitation (passage d'un systeme esclavagiste a un systeme salarial). Toutefois des travaux de recherche sur un champ geographique plus vaste permettraient d'infirmer ou de confirmer la validite de ce modele, de l'ameliorer et de le modifier.
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FLAMENT, MARIE-HENRIETTE. "Cartographie genetique de facteurs impliques dans la resistance du cacaoyer (theobroma cacao l. ) a phytophthora megakarya et a phytophthora palmivora." Montpellier, ENSA, 1998. http://www.theses.fr/1998ENSA0030.
Full textAbstract:
Phytophthora palmivora et p. Megakarya sont deux especes de champignon responsables de la pourriture brune des fruits du cacaoyer pouvant occasionner respectivement jusqu'a 30 et 50% de pertes. P. Palmivora est une espece plus repandue que p. Megakarya. Jusqu'a present, aucun cacaoyer totalement resistant a ces phytophthorae n'a ete identifie. Les seules resistances connues sont des resistances partielles. Afin de connaitre le determinisme genetique de resistance, quatre descendances au cameroun ont ete etudiees en condition naturelle d'infection au champ et en condition artificielle d'infection sur feuille et sur fruit par p. Megakarya. Une descendance en cote d'ivoire a ete evaluee pour la resistance a p. Palmivora avec les memes caracteres de resistance. Les cartes genetiques de ces descendances ont ete realisees a l'aide de marqueurs moleculaires : rflp, ssr et aflp. Cinq qtls de resistance a p. Megakarya et cinq autres qtls de resistance a p. Palmivora ont ete detectes pour l'ensemble des caracteres mesures par les trois methodes d'evaluation de la resistance. Des genes differents semblent impliques dans les differents caracteres mesures par chacune des methodes d'evaluation de la resistance, suggerant l'implication de divers mecanismes de resistance et confirmant l'absence de correlation observee entre ces methodes. Ces methodes apparaissent sensibles aux conditions environnementales. L'amelioration des mesures de la resistance est discutee ainsi que l'interpretation des qtls detectes. Une region genomique sur le chromosome 9 cumule des qtls de resistance communs aux deux especes fongiques pour un meme caractere de resistance et pourrait etre particulierement interessante pour la selection assistee par marqueurs.
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Lanaud, Claire. "Nouvelles données sur la biologie du cacaoyer (Theobroma cacao L. ) : diversité des populations, système d'incompatibilité, haploides spontanés : leurs conséquences pour l'amélioration génétique de cette espèce." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112294.
Full textAbstract:
Plusieurs aspects de la biologie du cacaoyer impliqués dans son amélioration ont été abordés dans cette étude. Les techniques d'électrophorèse enzymatique ont été développées pour acquérir de nouveaux marqueurs génétiques, et ont permis d'identifier 9 loci polymorphes représentant 31 allèles possibles. Les études de diversité, faites sur différentes populations de cacaoyers sauvages et cultivés de provenances variées, ont montré la variabilité importante rencontrée dans l'espèce, et notamment parmi celles originaires de Haute Amazonie, ainsi que l'originalité d'autres populations. Des premières observations ont pu être faites sur la fixation possible, et plus ou moins complète de certains allèles dans de vraies populations sauvages observées en Guyane et au Venezuela. L'étude du fonctionnement du système d’incompatibilité, de type garréto-sporophytique, met en évidence la nature quantitative de la réaction d'incompatibilité: les interactions, créées par un mélange de pollen compatible et incompatible, en traînent une levée partielle de la réaction d’incompatibilité. Leur intensité dépend à la fois de la nature génétique et des proportions d'allopollen compatible et d'autopollen incompatible apportés en mélange sur les fleurs. En champs semenciers biclonaux où de telles pollinisations mixtes sont fréquentes, nous avons pu observer à l'aide des marqueurs enzymatiques, des taux souvent élevés de fèves, issues de l'autofécondation des géniteurs habituellement auto incompatibles lorsqu'ils ne sont pollinisés, de façon contrôlée, qu’avec leur propre pollen. L'étude des haploïdes spontanés de cacaoyer montre que leur origine est en partie liée à un phénomène de semigamie. A l’état haploïde doublé, des effets défavorables, dus probablement à leur état homozygote, peuvent se manifester sur tous les caractères, mais ne semblent pas être transmis aux descendants. Les haploïdes doublés issus d'un même génotype hétérozygote sont très variables et permettent la sélection de géniteurs plus performants que le parent d'origine; cependant, leur utilisation dans les pr0granmes d’amélioration se heurte encore à l'absence d'une méthode d'obtention d'haploïdes plus efficace. Ces résultats apportent des informations à la fois pour l'orientation des schémas de sélection et la diffusion du matériel végétal sélectionné; ils mettent l'accent sur la faible part de diversité génétique exploitée jusqu'à présent, et sur l'originalité du système d’incompatibilité chez le cacaoyer; ils montrent la nécessité d'un contrôle rigoureux des phénomènes d'incompatibilité dans les conditions naturelles de champs semencier, si l'on veut valoriser au maximum les sélections faites. Enfin, ils permettent une meilleure connaissance de la structure des populations et des conséquences que cela implique pour la gestion des ressources génétiques de cette espèce<br>Some aspects of the biology of cocoa tree were studied for their breeding implications. Isozymes electrophoresis was developed to obtain new genetic markers. 9 polymorphic loci and 31 alleles were identified. Studies on the diversity between wild and cultivated populations from various origins revealed large species variability, particularly among Upper Amazon populations. A study on the mechanisms of incompatibility showed different levels of expression when a mixture of incompatible and compatible pollen was used, a partial inhibition of incompatibility, due to their interactions, was observed. The degree of inhibition depended both on the genetic constitution and on the relative proportions of compatible and incompatible pollen mixed on the flowers. In hybrid seeds gardens, where mixed pollinations were frequent, the use of isozymes demonstrated a high level of self-fertilized seeds in progenitors usually incompatible when only pollinated with their own pollen. The origin of spontaneous haploids depended partially on semigamy. Probably due to hamozygosity, depressive effects appeared in many characteristics for doubled haploids, but this was not transmitted in progeny. Different doubled haploid were obtained from a heterozygous genotype thus allowing the opportunity to choose better progenitors than the parent. Meanwhile the use of haploids in a breeding program was limited by a lack of efficiency to obtain them. Results obtained gave information to design new breeding schemes and to assure the multiplication of selected seeds. They emphasize the small part of the genetic diversity of cocoa tree used hitherto. Because of the originality of incompatibility system and in order to valorize cocoa breeding a rigorous control in biclonal seeds gardens must be applied. A better knowledge of population genetics was obtained and consequences for genetic resources management for this species were discussed
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Nyassé, Salomon. "Etude de la diversité de Phytophthora megakarya et caractérisation de la résistance du cacaoyer (Theobroma cacao L. ) à cet agent pathogène." Toulouse, INPT, 1997. http://www.theses.fr/1997INPT012A.
Full textAbstract:
La diversite genetique des isolats de phytophthora megakarya provenant de quelques pays d'afrique centrale (cameroun, gabon et sao tome) et d'afrique de l'ouest (nigeria, togo et ghana) a ete etudiee par des marqueurs biochimiques (isozymes) et moleculaires (rapd). La separation de cette espece en deux grands groupes correspond bien a la separation biogeographique observee chez d'autres plantes et organismes en afrique, ce qui amene a supposer l'existence de deux sous-especes de p. Megakarya. La reproduction sexuee existerait chez cette espece, et la localite de ibule au nigeria semble etre le centre de diversite pour la sous-espece afrique de l'ouest. Un test d'inoculation artificielle de feuilles de cacaoyer a ete developpe et utilise pour caracteriser les relations hote-parasite. De tres faibles effets d'interactions entre souches et clones ont ete deceles. Cependant, ils ne modifient pas significativement les classements de clones, confirmant l'absence de pathotypes chez p. Megakarya avec l'echantillon etudie. Differents niveaux d'agressivite ont ete observes entre les souches, mais ne semblent pas lies a leur origine geographique. Le test feuille a ete mis en oeuvre sur le terrain, en comparaison avec le test d'inoculation artificielle sur fruits et le taux de pourriture observe au champ, sur des clones et sur des descendances provenant d'un essai diallele. Les resultats du test d'inoculation sur feuille s'averent plus stables que ceux du test sur fruit. Les correlations genetiques entre le test feuille et le test fruit sont positives, tandis que les correlations environnementales sont negatives. La resistance evaluee par le test feuille est fortement correlee aux taux de pourriture lorsqu'on etudie les effets moyens d'un clone ou d'une descendance ; par contre le niveau de cette correlation diminue quand on etudie les effets d'arbres individuels a l'interieur d'un clone ou d'une descendance. Le test sur feuille semble donc adapte a la caracterisation en pepiniere de clones ou de familles hybrides par leur sensibilite moyenne.
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Blaha, Georges. "Données sur la diversité physiologique des populations de Phytophthora megakarya et de P. Palmivora responsables de la pourriture brune des cabosses du cacaoyer (Theobroma cacao L. )." Toulouse, INPT, 1995. http://www.theses.fr/1995INPT008A.
Full textAbstract:
La diagnose de phytophthora megakarya et de p. Palmivora agents de la pourriture brune des cabosses du cacaoyer (theobroma cacao l. ) a d'abord ete verifiee a l'aide des electrophoretypes enzymatiques notamment avec les phosphogluco-isomerases (pgi) et les malate-deshydrogenases (mdh). Les travaux qui ont suivi ont eu alors pour objectifs l'utilisation de facteurs pouvant influencer l'expression specifique ou non specifique des caracteres observables, mycologiques et pathogeniques: croissances et caracteres morphoculturaux sur milieu de culture semi-naturel a des ph et sous des eclairements differents, developpements sur milieu synthetique en presence de differents additifs (oligoelements, beta-sitosterol), glucides ou polysaccharides, composes phenoliques. Quelques activites enzymatiques et le comportement infectieux sur epicotyles de semenceaux de cacaoyer ont ete egalement etudies alors que les donnees quantitatives ont ete exploitees par les methodes statistiques inferentielles et que les classements statistiques ont ete obtenus par differents tests (de duncan, de newman et keuls), les donnees qualitatives ont ete analysees, seules ou conjointement avec les donnees quantitatives, par des methodes descriptives comme l'analyse factorielle par composantes principales (acp) et les analyses factorielles des correspondances (afc) ou discriminantes (afd). Les typologies obtenues ont permis d'identifier des axes possibles de differenciations ou de strategies adaptatives de la pathogenie
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Jagoret, Patrick. "Analyse et évaluation de systèmes agroforestiers complexes sur le long terme : application aux systèmes de culture à base de cacaoyer au Centre Cameroun." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2011. http://www.theses.fr/2011NSAM0012.
Full textAbstract:
La cacaoculture est aujourd'hui considérée comme un des principaux facteurs de déforestation en milieu tropical. Dans de nombreux pays, elle repose en effet sur un modèle technique peu durable de monoculture intensive impliquant le déplacement des zones de production. Souvent délaissés par la recherche en raison de leurs faibles rendements en cacao marchand, les systèmes agroforestiers à base de cacaoyer apparaissent aujourd'hui comme une alternative crédible pour faire face aux nouveaux enjeux de la cacaoculture mondiale. Au Centre-Sud du Cameroun, la cacaoculture repose en grande partie sur des cacaoyères agroforestières anciennes, ce qui pose l'hypothèse qu'un modèle de cacaoculture durable basé sur des systèmes de culture agroforestiers est possible. Notre objectif est de mieux comprendre le fonctionnement de ces systèmes agroforestiers à base de cacaoyer, à travers leurs caractéristiques, leurs évolutions et leurs déterminants, ainsi que les conditions de leur production en cacao marchand sur le long terme. Notre démarche articule à la fois une évaluation des systèmes agroforestiers complexes à l'échelle de la parcelle et une analyse compréhensive des pratiques techniques sur le temps long. La thèse repose sur un dispositif de recherche mis en place dans la région du Centre, dans trois zones de culture différenciables par leurs conditions pédo-climatiques (Bokito, Zima et Ngomedzap). Une enquête d'agriculteurs a été réalisée à grande échelle (1 171 exploitations regroupant 1 638 cacaoyères), complétée par des observations spécifiques réalisées dans un réseau de 61 cacaoyères exploitées par 40 agriculteurs. Résultats. (1) Nos résultats d'enquête, complétés par des observations spécifiques, ont confirmé la durabilité des systèmes agroforestiers à base de cacaoyer aux plans agro-écologique et socio-économique. (2) Dans la zone de transition forêt-savane, considérée comme sub-optimale pour la cacaoculture, nous avons montré que le modèle technique adopté par les agriculteurs leur permet d'installer sur savane des cacaoyères viables sur le long terme. (3) Une méthode participative de quantification de la valeur d'usage des espèces par les agriculteurs, appliquée sur le réseau d'observation, a confirmé la multifonctionnalité des systèmes agroforestiers et mesuré la place qu'y occupe la composante cacaoyère. (4) L'évaluation des peuplements cacaoyers, réalisée en adaptant la méthode de diagnostic agronomique régional aux systèmes complexes, a permis d'identifier les facteurs limitant le rendement en cacao marchand. Celui-ci s'avère étroitement lié à la structure des peuplements cacaoyers et à celle des peuplements associés. (5) Enfin, l'analyse compréhensive des pratiques des agriculteurs sur le long terme, en lien avec l'évolution technique des peuplements cacaoyers a confirmé la flexibilité des systèmes agroforestiers à base de cacaoyer. Cette flexibilité peut être traduite par des trajectoires d'évolution des pratiques et des trajectoires de structures spécifiques. Ce travail fournit une nouvelle base méthodologique pour l'analyse et l'évaluation des systèmes agroforestiers complexes. L'ensemble des résultats et des connaissances produites dans ce travail permet de formuler des propositions pour la mise au point d'un nouveau modèle technique en cacaoculture<br>Cocoa cultivation is generally considered as one of the main deforestation factors in the Tropics. Indeed, in many countries it is based on a low-sustainability technical model of intensive monocrops with shifting production zones. Cocoa agroforests, which are often neglected by research due to their low fermented dried cocoa yields, now appear to be a credible alternative for taking up the new challenges facing world cocoa production. In Centre-South Cameroon, cocoa cultivation is largely based on old cocoa agroforests, which suggests that a sustainable cocoa growing model based on agroforestry systems is possible. Our aim was to more effectively understand how these cocoa agroforests function, through their characteristics, their evolution and their determinants, along with the conditions for their long-term fermented dried cocoa production. Our approach consisted of an evaluation of cocoa agroforests on a plot scale and a comprehensive analysis of technical practices over the long term. The thesis is based on an experimental design set up in the Centre region, in three growing zones that could be differentiated through their pedo climatic conditions (Bokito, Zima and Ngomedzap). A large-scale survey was undertaken (1,171 farms grouping 1,638 cocoa plantations) completed by specific observations collected in a network of 61 cocoa agroforests managed by 40 farmers. Results. (1) Our survey results, completed by specific observations, confirmed the sustainability of the cocoa agroforestry systems from an agro ecological and socio-economic viewpoint. (2) In the forest-savannah transition zone, which is considered sub-optimum for cocoa cultivation, we confirmed that the technical model adopted by the farmers enabled them to set up cocoa agroforests on savannah that were viable over the long term. (3) In the network, a participatory method applied to quantify the use value given to the species by the farmers confirmed the multi-functionality of cocoa agroforests and measured the place occupied in it by cocoa. (4) The evaluation of the cocoa tree stands, achieved by adapting the regional agronomic diagnosis method to complex systems, revealed the factors limiting cocoa yield. It was proved that cocoa yield is closely linked to the structure of the cocoa tree stand and that of the intercropped stands. (5) Lastly, a comprehensive analysis of farmer practices over the long term, in association with the evolution of the technical management of the cocoa tree stands, confirmed the flexibility of cocoa agroforestry systems. This flexibility was reflected in the evolution pathways for specific practices and structures. This work provides a new methodological basis to assess the performance of complex agroforestry systems. All the results and knowledge produced by this work make it possible to draw up proposals for developing a new technical model for cocoa growing
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Andrieu, Aurélie. "Explorer les voies de l’ARN interférence par initiation in planta pour dévoiler la fonction des gènes chez le riz (Oryza sativa L. ) et le cacaoyer (Theobroma cacao L. )." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20174.
Full textAbstract:
Découvrir la fonction de l'ensemble des gènes végétaux est devenue une priorité depuis l'avènement des méthodes récentes de séquençage. Outre le nombre sans cesse croissant de génomes entièrement séquencés, à l'image de celui du riz, le nombre de séquences exprimées disponibles, ADNc et EST, est lui aussi en augmentation constante. C'est notamment le cas pour le cacaoyer (Theobroma cacao L. ) à travers un projet de séquençage d'EST réalisé au CIRAD Montpellier (Argout et al. , 2008), qui a permis de générer 149 650 ESTs. L'analyse bioinformatique de ces séquences a permis de repérer plusieurs gènes candidats potentiellement impliqués dans la résistance aux pathogènes, ou encore dans la qualité de la fève. La masse de données issue de ces programmes de séquençage nécessite maintenant de pouvoir disposer de méthodes efficaces à haut débit pour l'analyse fonctionnelle des gènes identifiés. Plusieurs techniques sont actuellement utilisées avec succès pour déterminer la fonction des gènes chez les plantes, mais la plupart d'entres elles impliquent l'utilisation de la transformation génétique stable, à l'image de la technologie d'inactivation de l'expression des gènes basée sur l'ARN interférence. Cette technique est couramment utilisée en génomique fonctionnelle car elle permet d'analyser avec efficacité et de manière ciblée la fonction des gènes. Ces travaux de thèse avaient pour objectif de développer un nouvel outil de génomique fonctionnelle permettant d'étudier la fonction des gènes avec efficacité et rapidité, sans avoir recours à la transformation génétique stable, en adaptant la technique d'agroinfection in planta pour initier et propager le mécanisme de l'ARNi dans la plante. La première étape de ces recherches a consisté à mettre au point une méthode d'expression transitoire de gènes dans les feuilles de riz et de cacaoyer par agro-infection. Si l'agro-infection in planta de cellules de feuilles de cacaoyer a été relativement aisée à obtenir en adaptant à cet arbre la méthode d'agro-infiltration de N. Benthamiana, aucune technique équivalente n'existait pour les céréales. L'agro-infection in planta du riz a donc nécessité de développer un protocole original, efficace et reproductible. Une fois la technique d'expression transitoire de gène validée pour ces deux espèces, des expériences d'extinction de gènes ciblées par ARNi ont été effectuées pour trois gènes endogènes pin1, chs et slr1, ainsi qu'un transgène gus pour le riz, et pour trois endogènes pin1, chs et pds pour le cacaoyer. Pour tous les gènes ciblés, il a été possible d'induire l'ARNi dans les cellules végétales. Après son initiation in planta, l'ARN interférence se maintient dans les tissus agro-infectés, ce qui conduit à une diffusion passive des siRNA dans les tissus situés autour de la zone agro-infectée, sans pour autant conduire à la mise en place d'un signal systémique permettant au mécanisme d'extinction de se propager dans l'organisme. Sur la base de ces résultats, une série d'expériences a été initié dans le tabac pour identifier les conditions nécessaires à la mise en place d'un tel signal systémique, et développer un nouveau protocole d'agro-infection des plantes d'intérêt
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Lanaud, Claire. "Nouvelles données sur la biologie du cacaoyer, Theobroma cacao L. diversité des populations, système d'incompatibilité, haploïdes spontanés, leurs conséquences pour l'amélioration génétique de cette espèce /." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376070362.
Full text
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Acebo, Guerrero Yanelis. "Selection of fluorescent pseudomonas strains with antagonistic activity against phytophthora palmivora (Butl.) in theobroma cacao L." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2015. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209034.
Full textAbstract:
Resumé<p>La pourriture brune de la cabosse de Theobroma cacao L. induite par Phytophthora palmivora est un maladie qui à l’échelle mondiale, cause de sérieuses pertes dans les plantations de cacao. L'utilisation de fongicides est coûteuse et est nuisible pour l'environnement. L'utilisation de micro-organismes est une alternative écologique<p>attractive pour les producteurs. L’objectif de ce travail est d’isoler et de caractériser des rhizobactéries de T. cacao avec une activité antagoniste contre Phytophthora palmivora, l'agent causal de la pourriture des cabosses. Parmi les 127 rhizobactéries isolés, trois isolats CP07, CP24 et CP30, identifiées comme Pseudomonas chlororaphis, ont montré une activité<p>antagoniste in vitro et in vivo contre P. palmivora. <p>La production d'enzymes lytiques, de sidérophores, de biosurfactants et d’HCN, ainsi que la détection de gènes codant pour des antibiotiques, la formation de biofilm et la mobilité des bactéries ont également été évalués pour les trois souches de rhizobactérie.<p>Le séquençage du génome de CP07 a confirmé la présence de gènes codant pour trois types de sidérophores, d’HCN, de phénazines et de biosurfactants de la famille de la viscosine, notamment. Un mutant de CP07 déficient dans la production viscosine a été généré et les études effectuées sur ce mutant indiquent que ce bio-tensioactif particulier est essentiel à la fois pour la mobilité bactérienne et pour la formation de biofilm, mais pas pour l'antagonisme in vitro contre Phytophthora, bien qu'il puisse contribuer à la bioprotection de T. cacao.<p>Cette étude fournit une base théorique pour l'utilisation potentielle de P. chlororaphis<p>CP07 comme un agent de lutte biologique pour la protection des plantes de cacao contre l'infection par P. palmivora.<p><p><p>Abstract<p>The black pod rot in Theobroma cacao L. is a major problem worldwide and in Cuba, is<p>one of the most important diseases. The use of chemical fungicides is expensive and<p>harmful to the environment. The use of microorganisms is an environmentally<p>attractive alternative for producers. In this work, fluorescent Pseudomonas strains were<p>isolated from cocoa rhizosphère. The in vitro antagonistic activity and bioprotection<p>against Phytophthora palmivora (Butler) was evaluated. Three strains with in vitro<p>antagonistic activity and bioprotection, CP07, CP24 and CP30, belonging to the species Pseudomonas chlororaphis, were obtained. P. chlororaphis CP07 was highlighted for the best behavior in vitro and in vivo. P. chlororaphis CP07 produces siderophores, HCN,<p>biosurfactants, exoproteases, lipases and motility (swarming and twitching). Genome<p>sequencing confirmed the presence of genes encoding three types of siderophores, HCN, phenazines, the biosurfactant viscosin, and exoproteases, among others. A mutant impaired in biosurfactant production was constructed. When the mutant was characterized, it was evident that the biosurfactant was not involved in the antagonistic effect in vitro against P. palmivora Mab1, although it is crucial to the motility and the ability to form biofilms. P. chlororaphis CP07 was selected as a potential biological control agent against Phytophthora.<br>Doctorat en Sciences<br>info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Faÿ, Elisabeth de. "La rythmicité de croissance cambiale et ses rapports avec la rythmicité de croissance apicale chez trois espèces d'arbres tropicaux, Hevea brasiliensis, Theobroma cacao et Terminalia superba, cultivées en conditions naturelles. Du cambium à l'arbre entier et de la cytologie à la morphogénèse : description des rythmes et approche du déterminisme et des mécanismes." Nancy 1, 1999. http://www.theses.fr/1999NAN10084.
Full textAbstract:
La périodicité des activités principales aériennes, notamment de la croissance en épaisseur du tronc, a été étudiée chez trois espèces d'arbres tropicaux utiles poussant en conditions naturelles : Hevea brasiliensis (l'arbre à caoutchouc), Theobroma cacao (le cacaoyer) et Terminalia superba (une essence forestière importante d'Afrique de l'Ouest) ; les phénomènes ont été analysés du point de vue morphologique, cinétique, anatomique et expérimental (effeuillage, marquage du cambium). [. . . ]
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Babin, Régis. "Contribution à l'amélioration de la lutte contre le miride du cacaoyer Sahlbergella singularis Hagl. (Hemiptera : Miridae). Influence des facteurs agro-écologiques sur la dynamique des populations du ravageur." Phd thesis, Université Paul Valéry - Montpellier III, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00871800.
Full textAbstract:
L'objectif de ce travail est d'améliorer notre compréhension des mécanismes et d'évaluer les facteurs agro-écologiques impliqués dans la dynamique spatio-temporelle des populations naturelles de Sahlbergella singularis. Le calcul des tables de vie sur une population d'élevage a révélé que S. singularis est une espèce à croissance lente. Ceci expliquerait le fait que le ravageur est généralement présent à de faibles densités dans les plantations. L'étude des paramètres démographiques de la population d'élevage a montré que la fécondité est un paramètre-clé des fluctuations saisonnières des populations naturelles. Leur croissance serait liée à la présence de jeunes cabosses sur les cacaoyers fournissant aux femelles une ressource alimentaire favorable à la reproduction. L'étude de l'influence des facteurs agro-écologiques sur les densités de populations de S. singularis en plantation a révélé que les densités dépendent des conditions parcellaires de culture du cacaoyer. Parmi les pratiques culturales, les traitements insecticides, l'ombrage et le recours aux variétés hybrides sont des facteurs déterminants. En outre, les populations du ravageur sont fortement agrégées dans les zones des plantations bénéficiant d'un ensoleillement maximal. Enfin, l'ombrage fourni par les arbres forestiers s'est avéré plus homogène que l'ombrage d'arbres fruitiers et par conséquent moins propice au développement des poches à mirides. Les recommandations de lutte préconisées par la recherche agronomique sont rarement appliquées par les planteurs. Aussi, nos résultats ont-ils été discutés dans l'optique d'adapter ces recommandations au contexte de culture du cacaoyer qui prévaut actuellement au Cameroun
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Gidoin, Cynthia. "Relations entre structure du peuplement végétal et bioagresseurs dans les agroforêts à cacaoyers. Application à trois bioagresseurs du cacaoyer : la moniliose au Costa Rica, la pourriture brune et les mirides au Cameroun." Phd thesis, Ecole nationale superieure agronomique de montpellier - AGRO M, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01015863.
Full textAbstract:
Une voie agroécologique pour améliorer la fourniture des services écosystémiques dans les agroécosystèmes est d'associer plusieurs espèces végétales au sein d'une même parcelle. Dans ce contexte, les agroforêts tropicales, caractérisées par une forte diversité végétale, sont un modèle d'étude d'intérêt croissant. Dans ce travail qui porte sur le service de régulation des bioagresseurs, notre hypothèse est que la structure des agroforêts influence la régulation naturelle des bioagresseurs de la culture principale. La composition en plante hôte de l'agroforêt est susceptible d'influencer les bioagresseurs via les variations de la ressource. La structure spatiale de la végétation est susceptible d'influencer les bioagresseurs via les variations des conditions microclimatiques. Enfin, les variations de la ressource et du microclimat ne sont pas des mécanismes indépendants puisqu'un microclimat favorable à la croissance de la plante hôte du bioagresseur peut augmenter la quantité des tissus sensibles et donc la ressource pour ce bioagresseur. Pourtant, l'importance relative de l'effet de la composition et de la structure spatiale de la végétation des agroforêts sur l'intensité l'attaque des bioagresseurs a rarement été étudiée. Les objectifs de ce travail de thèse sont (1) de caractériser la composition et la structure spatiale des peuplements végétaux d'agroforêts à cacaoyers et (2) de quantifier leurs interactions avec l'intensité d'attaque de biogresseurs du cacaoyer. Ce travail est appliqué à trois bioagresseurs du cacaoyer : au Costa Rica, la moniliose sur un réseau de parcelles installé dans la région de Talamanca ; au Cameroun, la pourriture brune des cabosses et les mirides sur un réseau de parcelles installé dans la région Centre. Premièrement, nous avons caractérisé la composition et la structure spatiale de la végétation des agroforêts à cacaoyers du Costa Rica et du Cameroun. Au Costa Rica, nous avons identifié une diversité de structure spatiale des arbres forestiers entre parcelles, allant de l'agrégation à la régularité ce qui semble indiquer un gradient croissant de gestion entre ces parcelles. Au Cameroun, nous avons également observé une diversité de structure spatiale entre peuplement d'une même parcelle. En effet, les arbres forestiers sont aléatoirement distribués ou agrégés alors que les arbres fruitiers sont aléatoirement ou régulièrement distribués à l'échelle de la parcelle ce qui semble indiquer une différence d'intensité de gestion entre ces deux peuplements. Deuxièmement, nous avons hiérarchisé les caractéristiques de composition en hôte, de quantité de tissus sensibles et de structure spatiale de la végétation des agroforêts qui influencent l'intensité (i) de la moniliose (ii) de la pourriture brune et (iii) des mirides. L'intensité de la moniliose et la densité en mirides diminuent lorsque les quantités de tis- sus sensibles diminuent et lorsque les arbres forestiers sont aléatoirement ou régulièrement distribués plutôt qu'agrégés ou en faible densité à l'échelle de la parcelle. D'autre part, l'intensité de la moniliose diminue lorsque la densité en cacaoyers augmente et l'intensité de la pourriture brune diminue lorsque l'abondance en cacaoyers augmente, ces résultats étant contraires aux hypothèses de diminution et de dilution de la ressource. Globalement, nos résultats indiquent donc que les variations de la ressource liées aux variations de la composition en hôte ne sont pas le principal effet qui explique la présence des bioagresseurs dans les agroforêts complexes. La structure spatiale des arbres d'ombrage, encore jamais décrite à notre niveau de précision, joue un rôle déterminant et son optimisation pourrait être un moyen de lutte agroécologique contre la moniliose et les mirides du cacaoyer. Dans le cadre de l'agroécologie, ce travail nous a permis d'améliorer notre compréhension des mécanismes écologiques impliqués dans la régulation des bioagresseurs du cacaoyer à l'échelle de la parcelle et ouvre des perspectives pour leur gestion agroécologique.