Academic literature on the topic 'Cambodge – épidémiologie'

La dengue, maladie transmise par des moustiques, est causée par l'un des 4 sérotypes du virus de la dengue (DENV). Le Cambodge est un pays d'hyperendémicité de la dengue où les 4 sérotypes en co-circulent. Le programme national de lutte contre la dengue a été établi en 2000 et a fourni des données nécessaires dans la compréhension du profil épidémiologique et de l'évolution du DENV. La dynamique d'évolution virale est caractérisée par des événements de disparition et d'émergence de lignées au sein de chaque sérotype en fonction du temps. La dengue se présente sous différentes formes cliniques allant d'une forme asymptomatique aux formes sévères accompagnée d'un syndrome de choc (DSS) et le diagnostic différentiel est souvent compliqué. Dans des contextes cliniques différents et avec des profils biologiques variables, nous avons évalué un test de diagnostic précoce de détection de l'antigène NS1 de la dengue. De plus, nous avons identifié de nombreux profils d'expression biologique spécifiques aux cas de DSS qui pourraient être utilisés comme d'éventuelles cibles pour le développement de nouveaux traitements ou comme des marqueurs de pronostic
Dengue infection, caused by one of the four serotypes of dengue virus (DENV), is a major cause of morbidity and mortality in the world with an estimated 50-100 million cases annually. In Cambodia, dengue is hyperendemic and all four serotypes are circulating. The active hospital-based surveillance has been established in 2000 and provided important insights in the understanding of the epidemiological profile and of the DENV evolution. The dynamic of evolution of DENV is characterized by complex patterns of lineage turnovers within each serotype, with lineages increasing and decreasing in frequency through time. Dengue manifests in various clinical forms - from asymptomatic to severe form with shock syndrome - and is sometimes difficult to differentiate from other febrile diseases. We have evaluated the performance of a recent diagnostic tool (NS1 antigen detection) - developed to identify dengue at a very early stage on the infection - depending on various clinical and biological patterns. Additionally, genome-wide expression analysis has characterized a large amount of gene signatures specific to dengue shock syndrome which could be used as prognostic markers as well as potential targets for drug design

Le virus H5N1 a été introduit pour la 1ere fois au Cambodge en décembre 2003. L'étude des infections humaines a montré que le virus H5N1 est responsable d'infections systémiques, qu'il peut être retrouvé à l’état infectieux dans le sang et au niveau du rectum. Il n'y a pas de mutation adaptative tissulaire sur la séquence de la HA. De rares mutations associées à une plus grande virulence ont été mises en évidence. Les virus H5N1 isolés au Cambodge ont une meilleure sensibilité aux inhibiteurs de la neuraminidase que des virus asiatiques plus anciens et comparable aux virus H1N1 sensibles circulant actuellement dans la région mais ils sont totalement résistants aux inhibiteurs de la pompe à protons en raison d'une double mutation sur la protéine M2. Nous avons développé une technique à haut débit de séroneutralisation utilisant des pseudoparticules H5 et mis en évidence la présence de cas humains asymptomatiques avec une prévalence entre 0 et 2 % dans les villages où des foyers de grippe aviaires ont été diagnostiqués. La baignade dans les mares à canards est un important facteur de risque d’infection. Nous avons identifié du virus non infectieux dans des mares et dans le sol des fermes en de multiples sites. Les analyses phylogénétiques montrent que le virus H5N1 a été introduit au Cambodge depuis le Vietnam lors de plusieurs vagues successives jusqu'à devenir endémique en 2006 dans la région du sud de la péninsule indochinoise. Le virus à évolué progressivement au fil des années ce qui s'est accompagné d'une dérive antigénique significative. Les échanges commerciaux de volailles ont joué un rôle majeur dans l'introduction et la circulation du virus
H5N1 virus was firstly discovered in Cambodia in December 2003. A study of human infections shows that the virus is responsible for systemic infections and can be recovered in blood and rectum. There are no tissue adaptation mutations on HA protein. Only few mutations associated with higher virulence or human adaptation were found. Cambodian strains are more sensitive to neuraminidase-inhibitors than H5N1 viruses that were circulating previously in Asia but are resistant to ion channel inhibitors in relation with a double mutation on M2 protein. We developed a high-throughput serological test using H5 pseudotyped lentiviral particles and we discovered that 0 to 2% of the villagers (living in places were avian flu outbreaks occurred) have been asymptomatically infected. Bathing and swimming in ponds was associated with a higher risk of being contaminated, We identified H5N1 RNA in ponds and soil in farm settings. Phylogenetic analyses suggest that H5N1 was introduced in Cambodia from Vietnam during several waves and became endemic since 2006 in the South Indochina peninsula. H5N1 virus evolved with the time and a significant antigenic drift was observed. Commercial poultry exchanges play a major role in virus introduction and circulation

Il est essentiel de bien connaître l’épidémiologie du paludisme pour conduire une lutte efficace. Au Cambodge, la connaissance de la maladie repose sur un dépistage passif des cas. Le diagnostic clinique ou par microscopie ne permet pas de connaître l'incidence précise des infections. Mon travail a consisté à mieux décrire le paludisme au Cambodge et à mettre au point des stratégies adaptées. Une large enquête transversale a mis en évidence une grande hétérogénéité géographique des prévalences et une sous-estimation de la situation dans les zones reculées. Le risque d'infection est augmenté chez les hommes adultes, ainsi que dans les villages isolés, proches de la forêt. Une étude du portage parasitaire dans le Nord-Est du pays a montré que le diagnostic moléculaire détecte plus d'infections gué la microscopie, révélant un réservoir de transmission jusqu'alors ignoré. Prés d'un tiers de la population porte des infections mixtes, entre autre avec P. Malarias et P. Ovale. L'outil moléculaire a aussi montré que des infections cryptigues à P. Vivax sont fréquemment à l'origine de rechutes dans le contexte d'essais clinigues avec les ACT destinés à traiter P. Falciparum. Deux approches innovantes, le Dot-blot et la puce à ADN, son proposées pour augmenter le débit du diagnostic moléculaire pour des études épidémiologigues. Enfin, une étude du locus ARNr 18S chez les quatre espèces infectant l'homme a révélé un polymorphisme important, surtout chez P. Ovale, avec de nombreuses mutations pouvant interférer avec des méthodes de diagnostic moléculaire. Les informations apportées permettront de mieux adapter les actions de lutte à la situation réelle rencontrée sur le terrain
A precise knowledge of the malaria epidemiology essential for designing efficient control measures. In Cambodia, the current malaria data are mainly provided by a passive case detection system. The diagnosis by clinical examination or by microscopy does not precisely determine the malaria incidence. The goal of this work was to better describe the malaria situation in Cambodia and to set up adapted screening and diagnosis strategies. The results of a large cross-sectional survey revealed geographically heterogeneous prevalences and an underestimation of the malaria situation in remote areas. The infection risk was highest in adult male and in remote forest-fringe villages. A study of the parasite carriage in North-East Cambodia showed that molecular diagnosis detects more infections than microscopy, pointing to a previously unknown transmission reservoir. About one third of the population carries mixed infections, partly including P. Malariae and P. Ovale. The molecular approach also revealed that cryptic P. Vivax infections frequently lead to recrudescences or relapses in the context of clinical trials of ACT used for treating P. Falciparum. Two innovative diagnosis approaches in a Dot-blot and a microarray format are proposed for increasing the screening throughput for epidemiological studies. Finally, a study of the molecular diagnosis marker 18S rRNA in the four species infecting man revealed an important polymorphism. Especially in P. Ovale, with numerous mutations possibly interfering with molecular diagnosis methods. The informations provided by this work are useful for adapting current control measures to the actual malaria situation prevailing in the field

L’encéphalite Japonaise (EJ) est une maladie zoonotique virale et c’est la principale cause d'encéphalite humaine en Asie et le Pacifique. Elle est due à un Flavivirus, transmis de l’animal à l'Homme par des moustiques, elle peut se transmettre entre porcs par contact direct. Malgré une baisse significative des cas d’EJ dans de nombreux pays suite à la mise en place de programmes de vaccination, l’EJ continue à sévir d’une manière importante en Asie. Notre objectif dans cette thèse est de (i) construire un modèle mathématique de la dynamique de transmission du virus de l’EJ (VEJ), (ii) paramétrer ce modèle pour déterminer l’importance de la transmission directe entre porcs en milieu naturel (iii) et déterminer des stratégies de contrôle. Nous avons développé un modèle de propagation du VEJ. Ensuite, nous avons adapté ce modèle pour avoir deux modèles intégrant la transmission vectorielle seulement ou une combinaison de la transmission vectorielle et directe. Nos résultats montrent que la transmission directe entre porcs pourrait contribuer à la dynamique de transmission du VEJ dans le contexte Cambodgien, toutefois elle ne pourrait pas permettre toute seule une épidémie. Enfin, nous avons considéré la lutte anti-vectorielle, la vaccination des truies et la gestion d’élevages en bandes pour déterminer des stratégies de contrôle pour éradiquer le VEJ au sein des troupeaux de porcs, baisser les avortements des truies, évaluer les risques pour les humains vivant à proximité des fermes et des abattoirs ainsi que le coût-efficacité de la vaccination. Nos résultats confirment que la lutte anti-vectorielle est le meilleur moyen pour contrôler le VEJ. La vaccination des truies gestantes fait diminuer les avortements comme attendu. Paradoxalement, si le contrôle vectoriel est moyen l’efficacité de la vaccination pourrait être compromise. La gestion d’élevages en bandes a un faible impact sur l'incidence et les avortements, par conséquent sur le contrôle de l’EJ. Combiner la vaccination des truies et la lutte anti-vectorielle pourrait être une alternative et/ou une mesure supplémentaire à la vaccination humaine pour réduire à la fois l'incidence de l'EJ chez l'Homme et l'impact économique de l'infection du au VEJ dans les élevages des porcs
Japanese encephalitis (JE) is a viral zoonotic disease and it is the leading cause of human encephalitis in Asia and the Pacific. Japanese encephalitis virus (JEV) is a Flavivirus of the family of Flaviviridae transmitted from animals to human by mosquitoes, direct transmission between pigs can occur via direct contact. Despite a significant decline in JE cases in many countries as a result of vaccination programs, JE continues to have a significant impact in Asia. Our objective in this thesis is to (i) built a mathematical model of the transmission dynamics of JEV, (ii) parameterize this model to determine the importance of direct transmission between pigs under field conditions (iii) and determine control strategies. We developed a propagation model of JEV. Next, we adapted this model to have two models incorporating vector-borne transmission alone or a combination of vector-borne and direct transmission. Our findings suggest that direct transmission between pigs does contribute to transmission dynamics of JEV in Cambodia; although, alone direct transmission cannot sustain an outbreak. Finally, we considered vector control, sow vaccination, and herd management to determine control strategies to eradicate JEV in pig herds, reduce sow abortions, assess the risk for human beings living in the vicinity of pig herds and near pig slaughterhouse, and the cost-effectiveness of vaccination. Our results confirm that vector control is the best way to control JEV. Vaccination of pregnant sows reduces abortions as expected. Paradoxically, if the vector control is medium the effectiveness of the vaccination could be compromised. Herd management has a low impact on incidence and abortions, therefore on JE control. Combining sow vaccination and vector control could be an alternative and/or an additional measure to human vaccination to reduce both JE incidence in humans and the economic impact of JE infection on pig breeding

Les combinaisons thérapeutiques à base d'artémisinine (CTA) sont depuis vingt ans les médicaments de référence pour le traitement du paludisme causé par Plasmodium falciparum. Les CTA se composent de deux molécules antipaludiques : un dérivé d'artémisinine à action rapide et brève, et une molécule partenaire à action plus lente mais prolongée. Leur mise en place globale a contribué à la diminution drastique de la mortalité liée au paludisme. La mondialisation des CTA a permis à de nombreux pays endémiques de tendre vers l'élimination du paludisme.L'accomplissement de cet objectif se heurte cependant à l'émergence de résistances à l'artémisinine et aux composés partenaires. Cette problématique est particulièrement présente au Cambodge, et s'étend maintenant à une grande partie de l'Asie du Sud-Est. La perte de l'efficacité des CTA en Afrique aurait de lourdes conséquences en termes de santé publique, c'est pourquoi des stratégies de surveillance des résistances doivent être mises en place pour pallier à ce risque. De précédentes études ont permis de mettre en place de nouveaux tests phénotypiques participant à la découverte de marqueurs moléculaires de résistance aujourd'hui utilisés pour la surveillance de l'efficacité des traitements. La première partie de ce travail a visé à mieux définir, en utilisant ces outils, l'épidémiologie de la résistance de Plasmodium falciparum aux CTA en Asie et en Afrique. Nos recherches se sont concentrées sur deux pays stratégiques : le Cambodge, pays à faible transmission mais qui est l'épicentre de l'émergence des résistances aux composés antipaludiques, et le Cameroun, pays à forte transmission d'Afrique centrale, dont la résistance aux CTA n'a pas encore été rapportée. Dans une deuxième partie, de nouvelles options thérapeutiques ont été testées cliniquement et/ou in vitro sur des parasites multi-résistants isolés au Cambodge. Enfin, une troisième partie a étudié les mécanismes de résistance à l'artémisinine additionnels aux polymorphismes du gène Kelch13, en associant culture in vitro à long terme et séquençage ARN de cellules individuelles. L'ensemble des travaux présentés s'inscrit dans une stratégie de surveillance de la résistance aux antipaludiques au Cambodge et au Cameroun. Les études épidémiologiques des résistances décrites dans cette thèse permettront de mieux adapter les traitements antipaludiques pour limiter la sélection de parasites résistants dans ces deux pays. De nouvelles données concernant les mécanismes cellulaires impliqués dans la résistance à l'artémisinine ont aussi été apportées. Parmi les nouvelles options thérapeutiques testées, certaines étaient efficaces sur les parasites multi-résistants, et pourraient remplacer les traitements de première ligne actuels en cas d'augmentation du nombre d'échecs thérapeutiques au Cambodge
Artemisinin-based Combination Therapies (ACT) are the standard treatments for uncomplicated Plasmodium falciparum malaria. ACTs are composed of two antimalarial molecules: a fast-acting artemisinin derivative, and a long-acting partner drug. The global use of this efficient formulation has enable to reduce malaria-related mortality by sixty percent over the last 20 years. After ACT introduction, many endemic countries moved into the elimination phase of the disease. However, parasite eradication is still being undermined by the emergence of parasite resistance to artemisinin and partner drugs. Plasmodium falciparum resistance issue is particularly present is Cambodia. The global spread of resistance to ACT would be a public health disaster. Therefore, new resistance control strategies have to be set up. Those strategies include: i) a performant diagnosis of resistance ii) the epidemiologic study of resistance iii) a better understanding of cellular mechanisms involved in resistance and finally iv) new therapeutic options discovery. Previous studies have designed new phenotypic assays to detect resistance, which helped to discover molecular markers that are now used for global drug resistance surveillance. The first part of this work aimed, using those tools, to better define the epidemiology of ACT resistance in Asia and Africa focusing on two strategic countries: Cambodia, a low-transmission country, which is the epicentre of drug resistance emergence, and Cameroon, a high-transmission country where resistance to ACT has not yet been reported. The second part focused on testing of new antimalarial compounds, clinically and/or in vitro, on multi-resistant parasites collected in Cambodia. Finally, the last part explored the mechanism of artemisinin resistance using long term in vitro culture and Single Cell RNA sequencing. The presented work is part of the global strategy for reduction of malaria prevalence. Through a better understanding of the epidemiology of resistant P. falciparum in Cambodia and Cameroon, this work helped to survey and adapt current treatments to avoid selection and spread of drug-resistant parasites. Moreover, new interesting data on artemisinin resistance mechanism were also generated. Among the new antimalarial compounds tested, some were efficient and could be considered as new therapeutic options to replace the current first-line treatment in Cambodia in case of increasing treatment failures

La dengue est une préoccupation mondiale majeure en santé publique, touchant principalement les jeunes enfants en Asie du sud est. Les vaccins contre la dengue sont actuellement en développement. Des études coût-efficacité seront nécessaires en cas d'introduction d'un nouveau vaccin. Pour cela, il est indispensable d’obtenir des informations sur le coût économique lié à la dengue (qui sont relativement rares) et des données précises sur l'incidence de la maladie, ceci afin de fournir des estimations solides quant à l'importance de la dengue dans les régions endémiques.Ce travail de thèse propose une approche méthodologique par laquelle le Ministère de la Santé devrait envisager lors de l'évaluation de la pertinence et de la faisabilité de l'adoption d’un vaccin contre la dengue par les programmes de nationaux de vaccination, particulièrement dans les pays en voie de développement ; le Cambodge par exemple. Nous avons mis en place des études prospectives d'incidence de la dengue sur plusieurs années, réalisées dans la population générale, incluant un large éventail de groupes d'âge. Les résultats de ces études ont été comparés avec les données de surveillance nationale réunis dans la même région en calculant des facteurs de multiplication afin d’estimer la sous-déclaration. D'autres études de coûts de la maladie ont été menées pour estimer le poids financier la dengue sur plusieurs années et d'identifier les groupes vulnérables. Cette approche a également permis de mieux comprendre l'épidémiologie de la dengue dans le pays, dont certaines caractéristiques sont nécessaires pour évaluer la faisabilité de l'introduction d’un nouveau vaccin contre la dengue. Les résultats rapportés dans cette thèse vont permettre (1) d’initier à partir des données cambodgiennes des simulations de coût-efficacité à partir des caractéristiques attendues du vaccin et (2) de développer un modèle dynamique afin de permettre aux autorités nationales d'analyser les études de coût-efficacité en tenant compte des spécificités immunologiques et épidémiologiques des pays concernés. Si un vaccin efficace et fiable est disponible à un prix abordable, son adoption par le programme national de vaccination serait probablement rentable pour le Cambodge mais répondrait surtout à un problème d'inéquité sociale
Dengue is a major public health concern worldwide, particularly in young children in Southeast Asia. Dengue vaccines are currently in development and policymakers need appropriate economic studies to determine their potential financial and public health impact. Alongside economic assessment, accurate disease incidence data are required to provide robust estimates of disease burden across the regions where dengue is endemic. This thesis proposes a methodological approach by which the Ministry of Health should consider when assessing feasibility of adoption dengue vaccines, with specific reference to developing country settings, e.g. Cambodia. We implemented prospective dengue incidence studies over several years, performed in a general population and include a wide range of ages. The results of these studies were compared with national surveillance data gathered in the same region by calculating multiplication factors to estimate underreporting on several years. Additional prospective cost of illness study was conducted to generate accurate economic burden of disease estimates over several years and identify vulnerable groups. This strategy also allowed better understanding of the epidemiology of dengue in Cambodia, of which some characteristics are needed to evaluate the feasibility of introducing dengue vaccine. Designing cost-effectiveness studies before a vaccine has been fully evaluated requires assumptions about variables such as efficacy and effectiveness, dosage and costs. Our next step will be to determine the threshold price – sensitivity analyses - for a vaccine to be cost-effective rather than assigning a specific cost, because it is difficult to predict cost for a vaccine that has not been marketed. Should this vaccine be safe and affordable enough, the adoption of the new vaccine into a National Immunization Programme would probably be cost-effective but, above all, a matter of social equity

Le paludisme, maladie parasitaire et vectorielle, sévissant principalement dans les zones intertropicales où vit près de 40% de la population mondiale, reste un problème majeur en santé publique. Les cinq espèces de Plasmodium connues infectées le paludisme chez l'homme sont présentes au Cambodge, qui est reconnu comme l'épicentre de l'émergence de souches de P. falciparum multi-résistantes (chloroquine, sulfadoxine- pyriméthamine, méfloquine, artémisinine), pouvant entraver les progrès accomplis depuis plus d'une décennie. Le travail de thèse intitulé « Approche génomique et bio-informatique de l'émergence et de la diffusion des résistances chez Plasmodium au Cambodge » avait pour objectif de développer de nouveaux outils moléculaires et biologiques pour 1) une meilleure compréhension de l'impact des stratégies mises en place pour lutter contre le paludisme à P. falciparum sur les autres espèces de Plasmodium, 2) la mise en place d'outils biologique et moléculaire, permettant de mieux définir l'épidémiologie des parasites résistants, en particulier la résistance à la quinine et aux dérivés de l'artémisinine, 3) l'étude et la définition des sous-populations parasitaires circulant au Cambodge afin d'estimer les risques associés à la diffusion de la résistance à l'artémisinine. Cette thèse a été réalisée dans l'Unité d'Epidémiologie Moléculaire du Paludisme à l'Institut Pasteur du Cambodge (IPC) sous la codirection du Dr. Didier Ménard (Chef de laboratoire à l'IP) et du Pr. Emmanuel Cornillot (Professeur à l'Université Montpellier I). Le premier objectif visait à étudier l'impact de la pression médicamenteuse sur la dynamique d'évolution des populations parasitaires. Nous avons d'abord évalué le polymorphisme des gènes associés à la résistance à la pyriméthamine (gène dhfr, dihydrofolate reductase) chez Plasmodium malariae et Plasmodium ovale (article 1 et manuscrit en préparation1), et le polymorphisme du gène mdr-1 (multidrug resistance 1) associé à la résistance à la mefloquine chez P. vivax (article 2). De plus, en collaboration avec l'Institut Pasteur de Madagascar, nous avons étudié le lien pouvant exister entre le polymorphisme du gène candidat Plasmodium falciparum Na+/H+ exchanger (Pfnhe-1) et la résistance (clinique et in vitro) de P. falciparum à la quinine (articles 3 et 4).Le deuxième objectif s'est interessé au développement d'outils biologiques et moléculaires permettant d'évaluer la résistance des souches de P. falciparum aux dérivés de l'artémisinine. Les 3 articles présentés (articles 5, 6 et 7) decrivent la méthodologie d'approche originale utilisée associant la génomique, la biologie, la clinique et l'épidémiologie, qui a permis d'aboutir à la découverte d'un marqueur moléculaire (mutations au sein du gène Kelch 13) fiable pour identifier les souches résistantes aux dérivés de l'artémisinine.Le dernier objectif était consacré au développement de la technique PCR-LDR-FMA appliqué à la détection d'un panel de 24 SNPs permettant de caractériser par un « barcode » chaque isolat de P. falciparum. Cette technique couplée avec une analyse bio-informatique et statistique des données nous a permis d'étudier et de définir la structuration des populations parasitaires circulant au Cambodge afin d'estimer les zones à risque de diffusion de la résistance à l'artémisinine (manuscrit en préparation 2).A travers ce travail de thèse, nous nous sommes efforcés de montrer la puissance des techniques de biologie moléculaire disponibles couplées avec des approches génomique et bio-informatique pour améliorer notre compréhension de la dynamique d'évolution des populations parasitaires. Ce travail s'est essentiellement concentré sur les phénomènes liés à l'émergence et de la diffusion des parasites résistants aux antipaludiques, le but final de ce travail étant d'améliorer les stratégies de lutte mises en place pour atteindre l'ambitieux objectif d'élimination du paludisme
Malaria, a protozoan vector-borne disease, is mainly prevalent in tropical areas, where nearly 40% of the world population is residing and remains one of the most concerns for public health worldwide. In Cambodia, the five Plasmodium species known to cause malaria in humans are present. The main feature of this country is that it is recognized as the epicenter of the emergence of multi-resistant P. falciparum parasites (to chloroquine, sulfadoxine-pyrimethamine, mefloquine, and artemisinin), a very significant menace to public health in the Mekong region that could impact the worldwide strategy to fight malaria. The thesis presented here, entitled “Genomics and Bioinformatics in the emergence and spread of resistant Plasmodium in Cambodia” aimed to develop new molecular and biological tools for:1) improving our understanding of the collateral impact of the strategies implemented to fight against falciparum malaria on the other Plasmodium species; 2) defining the molecular epidemiology of antimalarial resistant parasites, especially resistance to quinine and artemisinin derivatives;3) studying and defining the structure of P. falciparum parasite populations circulating in Cambodia to estimate areas at risk of spread of artemisinin resistance, using genomic approaches and bioinformatics. This thesis was carried out in the Malaria Molecular Epidemiology Unit at Pasteur Institute in Cambodia (IPC) under the co-direction of Dr. Didier Ménard (Head of the Unit, IP) and Pr. Emmanuel Cornillot (Professor, University of Montpellier I). The first objective of this work was to study the impact of drug used to treat falciparum malaria on the dynamics of other Plasmodium species. In a first step, we evaluated the polymorphism in gene associated to pyrimethamine resistance (dhfr gene, dihydrofolate reductase) in Plasmodium malariae and in Plasmodium ovale (article 1 and manuscript in preparation 1) and the polymorphism in mdr-1 gene (multidrug resistance 1 gene) associated to mefloquine resistance in P. vivax (article 2). Secondly, in collaboration with Pasteur Institute in Madagascar, we investigated the association between the polymorphism in Plasmodium falciparum Na + / H + exchanger gene (Pfnhe-1) and quinine resistance defined either by clinical or in vitro phenotypes (articles 3 and 4). The second objective was focused on the development of novel biological and molecular tools to assess the resistance of P. falciparum to artemisinin derivatives. The three papers presented (articles 5, 6 and 7) describe an original approach combining genomics, biological, clinical and epidemiological studies, which lead to the discovery of a molecular marker (mutations Kelch 13 gene) associated to artemisinin resistance.The third and final objective was devoted to the development of the PCR-LDR-FMA technology applied to the detection of a panel of 24 SNPs to characterize a "barcode" of P. falciparum isolates. This technic coupled with bioinformatics and statistical analysis allowed us to study and define the structure of the parasite populations circulating in Cambodia for estimating areas at risk of spread of artemisinin resistance (manuscript in preparation 2). Through this work, we have tried to show the usefulness of available molecular biology methods coupled with genomic and bioinformatics approaches to improve our understanding of the dynamics of the malaria parasite populations. This work has been mainly focused on the emergence and spread of antimalarial resistant parasites, keeping in mind that the ultimate goal of this work was to improve strategies implemented to achieve the ambitious goal of malaria elimination

La rage entraîne plus de 60,000 décès par an dans le Monde, dont 800 au Cambodge, pays fortement endémique pour la rage canine.La mort survient dans près de 100% des cas de rage, maladie évitable dans presque 100% des cas par l’accès à une prophylaxie post-exposition (PPE) antirabique adéquate et en temps utile. L’amélioration de l’accès à une PPE dans les zones rurales des pays endémiques permettra d’épargner des vies humaines à court terme. Cette thèse en épidémiologie a tiré parti des données collectées auprès des patients consultant au centre antirabique et les chiens testés à l’Institut Pasteur du Cambodge (IPC), Phnom Penh. Suite à un bilan épidémiologique de la situation et des obstacles auxquels sont confrontés les patients cherchant à accéder à la PPE adéquate et en temps utile, elle vise à contribuer à améliorer 1/ l’accès géographique et 2/ l’accès financier à une PPE pour les populations rurales du Cambodge. Nous avons développé une stratégie originale d’identification des poches de populations à haut risque d’incomplétude vaccinale après une exposition potentielle à la rage. Ceci devrait permettre d’améliorer l’accès géographique à la PPE et se concrétiser par l’ouverture en Juillet 2018 d’un centre périphérique de prévention de la rage dans l’Ouest du Cambodge. Cette stratégie d’identification de difficultés d’accès aux soins est applicable à d’autres thématiques de santé, sous certaines conditions. Notre rappel des patients et l’analyse des décès par rage parmi les patients n’ayant pas complété de leur propre chef le protocole PPE de 4 sessions intradermales sur 1 mois ne permettent pas de mettre en évidence une différence de mortalité par rage parmi les patients n’ayant reçu que 3 sessions sur 1 semaine, par rapport à au moins 4 sessions/1mois. Le raccourcissement du protocole à 1 semaine permet de réduire les coûts directs et indirects et l’absence de revenus pendant la durée du traitement en capitale. La mise en place de ce protocole doit s’accompagner d’un suivi d’au moins 6 mois des patients après leur prise en charge initiale. L’ensemble de ces travaux a des implications qui dépassent le cadre du Cambodge: Dans ses recommandations d’Avril 2018, l’OMS recommande désormais ce nouveau protocole IPC– le premier protocole PPE antirabique abrégé à 1 semaine
Rabies causes more than 60,000 deaths worldwide each year, including 800 in Cambodia, where canine-mediated rabies virus circulates. Death occurs in nearly 100% of rabies cases, a disease which is nearly 100% avoidable by timely and adequate rabies post-exposure prophylaxis (PEP). Improving access to PEP in rural areas of endemic countries will spare human lives in the short term. This epidemiology PhD used the data collected in patients referred to the rabies prevention clinic and tested dogs at Institut Pasteur du Cambodge (IPC), Phnom Penh. After a baseline assessment of access to and obstacles to access timely and adequate PEP in Cambodia, this PhD aims to contribute to improving: 1/ geographical access and 2/ financial access to PEP for rural populations in Cambodia. We developed an original strategy to identify populations with a high risk of PEP noncompletion after a bite by a potentially rabid dog. This should help improve geographical access to PEP following the implementation in July 2018 of a peripheral rabies prevention center in Western Cambodia. This strategy can be applied to identify difficulties in accessing health services relevant to other health issues, under certain conditions. After patient callback and analysis of rabies deaths among those who did and did not complete the 4-sessions/1-month intradermal PEP regimen of their own accord, we were unable to demonstrate a difference in rabies mortality among patients who only received 3 vaccine sessions over the first week compared to those receiving at least 4 sessions/one month. Abridging the protocol to one week would reduce direct and indirect costs and the loss of income during PEP in the Capital. The adoption of this abridged regimen must be associated with a strengthened clinical monitoring system for at least 6 months following patients’ initial PEP.The work presented in this PhD has implications which reach beyond Cambodia: WHO recommends this new IPC regimen – the first approved one-week, abridged rabies PEP regimen – in its April 2018 guidelines

Afin de démontrer l’utilité du diagnostic précoce de la cryptococcose, des diagnostics de l’infection par le cytomégalovirus (CMV), et de l’infection par le virus de l’hépatite B (VHB) au cours de l’infection par le VIH au Cambodge, une cohorte de 441 patients cambodgiens infectés par le VIH a été mise en place en 2004 et suivie jusqu’en 2007 à Phnom Penh, au sein des programmes d’accès aux antirétroviraux de Médecins Sans Frontières et de Médecins Du Monde. Les prévalences, morbidité et mortalité ont été estimées. Nous avons retrouvé une prévalence élevée (59/327 ; 18,0% ; IC95%=13,9%-22,2%) de la cryptococcose chez les patients avec moins de 200 lymphocytes T CD4+/mm3, et démontré l’intérêt clinique de la détection systématique de l’antigénémie cryptococcique permettant un traitement précoce de l’infection (28,8% des cas de cryptococcose ayant été diagnostiqués grâce à la détection systématique de l’antigénémie cryptococcique). Une étude coût efficacité (coûts en 2009)comparant deux stratégies interventionnelles de prévention de la cryptococcose chez les patients avec moins de 100 CD4+/mm3 a montré que la détection de l’antigénémie cryptococcique avec traitement des cas positifs présentait un meilleur ratio coût efficacité (180 Dollar par année de vie gagnée) que la prophylaxie primaire par le fluconazole (comparée à l’absence d’intervention). De plus la prophylaxie présentait un ratio coût efficacité raisonnable (511 Dollar par année de vie gagnée) comparée à la détection de l’antigénémie. Les proportions de patients vivants à un an étaient de 71,9% et 70,0% respectivement comparées à 60,7% en l’absence d’intervention. L’infection par le CMV (infection opportuniste négligée dans les pays pauvres du fait de la quasi absence de diagnostic et de traitement) a été très fréquemment retrouvée (par PCR temps réel) chez les patients avec moins de 50 lymphocytes T CD4+/mm3 (133/224 ; 59,4% ; IC95%=52,9%-65,8%) et indépendamment associée à une augmentation de la mortalité (risque de décès le plus élevé pour une PCR CMV ≥4,2 log10 copies/ml=3,6 ; IC95%=2,0-6,8). Pour rechercher une base physiopathologique à ces résultats, nous avons étudié la réplication du HHV-6 par PCR quantitative et la détection de la protéine cmvIL-10 par un ELISA quantitatif pour les infections à C. Neoformans (absence d’association entre réplication à HHV-6 et infection cryptococcique) et à CMV (corrélation négative entre la quantité de cmvIL-10 et le nombre de CD4+/mm3) respectivement. Enfin nous avons estimé la proportion de patients présentant une hépatite chronique active B (45/319 ; 14,1% ; IC95%=10,3%-17,9%) puis modélisé l’émergence de souches résistantes à la lamivudine dans la population infectée par le VIH (7,8% chez les adultes co-infectés) et en population générale
In order to demonstrate the practical value of early diagnosis of cryptococcosis, cytomegalovirus (CMV) infection, and hepatitis B virus (HBV) infection during HIV infection in Cambodia, a cohort of 441 Cambodian HIV-infected patients was recruited in 2004 and followed until 2007 in Phnom Penh, in the context of Médecins Sans Frontières and Médecins du Monde antiretroviral drug access programmes. Prevalences, morbidity and mortality were estimated. A high prevalence (59/327; 18. 0%; 95%CI = 13. 9%-22. 2%) of cryptococcosis was observed in patients with a CD4+ T lymphocyte count less than 200/mm3, and the clinical value of systematic screening for cryptococcal antigenemia was demonstrated, as it allows early treatment of infection (28. 8% of cases of cryptococcosis were diagnosed as a result of systematic screening for cryptococcal antigenemia). A cost-effectiveness study (costs in 2009) comparing two cryptococcosis intervention strategies in patients with CD4+ count < 100/mm3 showed that screening for cryptococcal antigenemia and treatment of positive patients presented a better cost-effectiveness ratio (Dollar 180/life year gained) than primary prophylaxis with fluconazole (compared to the absence of intervention). Furthermore, primary prophylaxis presented a reasonable cost effectiveness ratio (Dollar 511/life year gained) compared to the screening. The proportion of patients alive at one year was 71. 9% and 70. 0%, respectively, compared to 60. 7% in the absence of intervention. CMV infection (an opportunistic infection often neglected in poor countries due to the almost complete absence of diagnosis and treatment) was very frequently detected (by real-time PCR) in patients with CD4+ count < 50/mm3 (133/224; 59. 4%; 95%CI = 52. 9%-65. 8%) and was independently associated with excess mortality (highest risk of death for CMV PCR ≥ 4. 2 log10 copies/ml = 3. 6; 95%CI = 2. 0-6. 8). To investigate a pathophysiological basis for these results, HHV-6 replication was studied by quantitative PCR and protein cmvIL-10 screening was performed by quantitative ELISA for C. Neoformans (no association between HHV-6 and cryptococcal infections) and CMV infections (negative correlation between cmvIL-10 level and CD4+ count), respectively. Finally, the proportion of patients presenting active chronic hepatitis B was estimated (45/319; 14. 1%; 95%CI = 10. 3%-17. 9%) and the emergence of lamivudineresistant strains was modelled in the HIV-infected population (7. 8% in co-infected patients) and in the general population