Academic literature on the topic 'Caprinés – Variabilité'

Dans l’espèce caprine, il existe au locus αs1-caséine, un polymorphisme complexe alliant variabilité quantitative et qualitative. Les caractéristiques physico-chimiques des laits caprins et leurs aptitudes technologiques sont gouvernées par ce polymorphisme. Ses fondements moléculaires ont été exploités pour mettre en place un protocole de génotypage des animaux. Si ce caractère est, d’ores et déjà, pris en compte dans les schémas de sélection caprine, ces travaux multidisciplinaires ont ouvert de nombreuses voies de recherche. En effet, outre le modèle de co-évolution d’un marqueur microsatellite et d’un gène à effet majeur, le gène αs1-cas fournit un modèle pertinent d’étude des mécanismes d’épissage et leur implication dans la diversité structurale inter-spécifique. De plus, le polymorphisme génétique de la caséine αs1 constitue un moyen d’investigation incomparable pour étudier la structure micellaire dans le lait ainsi qu’un moyen de décrypter son édification au cours du transport intracellulaire des caséines qui est particulièrement perturbé chez les individus porteurs d’allèles défectifs au locus αs1-Cas. Le polymorphisme αs1-Cas caprin n’a donc pas encore dévoilé tous ses effets.

Un dossier d’INRA Productions Animales consacré à l’élevage caprin en 2012 peut surprendre. Représentant moins de 1% du produit brut de l’Agriculture Française, cet élevage largement ancré dans son environnement socioculturel local et dans la tradition de terroirs variés, évoque encore, mais de moins en moins, des images du passé comme celle de la «vache du pauvre» ou de la grandmère gardant trois chèvres au bord du chemin. Cet élevage s’est en effet marginalisé au XIXème siècle et dans la première moitié du XXème siècle dans les pays qui s’industrialisaient, notamment en Europe où l’effectif caprin ne représente plus actuellement que 2% du total mondial. De nombreux arguments ont milité pour éditer ce dossier, d’abord la rapide transformation de l’élevage caprin à la fin du XXème siècle et plus encore dans ces premières années du XXIème siècle, ensuite des travaux originaux conduits récemment sur l’espèce caprine, qui sont venus combler le retard important que cette espèce avait accumulé en matière de recherches agronomiques et vétérinaires. A l’échelle mondiale, l’élevage caprin est celui dont les effectifs ont le plus augmenté au cours de ces vingt dernières années (FAOSTAT 2010) : 4ème troupeau mondial avec plus de 900 millions de têtes (470 millions en 1975) derrière les bovins, les ovins et les porcins ; d’après les prévisions, il deviendrait le 3ème autour de 2015. Nombreuses sont les explications à cette situation un peu paradoxale, mais deux sont souvent avancées par les experts. Cette progression actuelle des effectifs caprins s’observe presque exclusivement dans les pays en développement et dans certains pays émergents. Elle serait surtout due aux difficultés que rencontre le maintien de l’élevage des autres espèces domestiques dans ces zones, dans certains cas du fait de l’appauvrissement des éleveurs et des acteurs des filières animales. Cette progression tient aussi au fait que le marché des caprins a une réalité essentiellement locale et que, dans ces conditions, il n’est pas exposé aux crises internationales que le marché des produits des autres espèces a pu subir au cours des quarante dernières années. En Europe, les effectifs caprins sont restés assez stables : 12,5 M de têtes au total, 1,3 M en France dont 1,1 M de femelles laitières âgées de plus d’un an. La France possède le troisième troupeau (10% des effectifs européens), assez loin derrière la Grèce (37%) et l’Espagne (22%). Il convient de noter la progression importante des effectifs caprins en Roumaine et aux Pays-Bas au cours de la dernière décennie. L’élevage caprin européen, et particulièrement l’élevage français, s’est fortement spécialisé en production laitière puisque 75 à 93% environ du produit brut des ateliers caprins en France provient du lait. En effet, la marge brute que dégage la production de chevreaux de boucherie est réduite en raison des coûts des aliments d’allaitement et des aléas liés à la mortalité périnatale. Des avancées dans les techniques d’élevage, notamment dans les domaines de l’alimentation et de la génétique, ont permis des améliorations assez rapides des performances des femelles laitières. La production laitière moyenne des 240 000 chèvres inscrites au contrôle laitier en 2010 était de 842 kg de lait sur une durée moyenne de lactation de 274 jours avec un taux protéique de 32,3 g/kg de lait et un taux butyreux de 37,0 g/kg de lait. Le plus intéressant à noter, c’est qu’en dix ans la production laitière annuelle au contrôle laitier a progressé de 90 kg, le taux protéique de 1,6 g/kg et le taux butyreux de 2,5 g/kg (Institut de l’Elevage 2012). La France est le premier producteur européen de lait de chèvre avec 30% du lait produit. Plus de 80% de ce lait est transformé en fromages. Même si la consommation présente quelques signes d’essoufflement actuellement, l’augmentation de la production de lait de chèvre depuis plus de trente ans et en conséquence celle des fromages a en général été bien absorbée par la demande, en progression malgré quelques périodes tendues. Ce résultat est dû notamment à de nouveaux produits de qualités rhéologique et organoleptique bien adaptées pour conquérir de nouveaux marchés, à l’utilisation de technologies avancées en matière fromagère et à la bonne image de ce fromage (produit festif et de qualité) auprès des consommateurs. Le secteur caprin en France a suivi l’évolution générale des productions animales : mécanisation du travail, simplification des techniques pour réduire le coût de production et pour améliorer l’efficacité du travail, augmentation rapide de la taille des unités de production. Plus de 35% de chèvres laitières appartiennent à des unités de plus de 350 têtes et la production est de plus en plus concentrée dans une région, le Poitou-Charentes, qui produit plus de 50% du lait de chèvre en France et en transforme encore plus. Bref, cette évolution et ces résultats, malgré un contexte qui tend à devenir de moins en moins favorable, s’expliquent par de multiples raisons, entre autres, la mise en place d’une filière bien organisée, des éleveurs motivés et le plus souvent passionnés par leur métier et une coopération étroite et efficace entre la recherche et le développement tant au niveau national que régional. Cette coopération exemplaire a débuté dès les années 1955-1965 avec des pionniers comme G. Ricordeau, à qui l’on doit la mise en évidence du gène sans corne expliquant le taux élevé d’infertilité en caprins, facteur qui a longtemps freiné le développement caprin (Ricordeau 2008) et J.-M. Corteel, qui a beaucoup travaillé sur la mise au point des techniques d’insémination artificielle (Leboeuf 2013). Ils ont su gagner la confiance des éleveurs, même parfois de petites unités. Ce lien s’est poursuivi et développé ensuite grâce à la création de la section caprine de l’Institut technique ovin et caprin (ITOVIC), mais aussi par des relations directes et personnelles entre chercheurs et responsables du développement ou par des réunions informelles autour de certains problèmes que rencontraient les éleveurs.Cette coopération a très bien résisté dans les années 1980, d’une part, aux nouvelles demandes des éleveurs qui donnaient la priorité aux questions socio-économiques suite à la première crise du prix du lait de chèvre en 1981 et, d’autre part, aux évolutions de la politique de l’INRA, qui face aux nouveaux enjeux scientifiques et technologiques, a été conduit à considérer comme moins prioritaire certaines recherches appliquées intéressant le développement. Ainsi, malgré l’évolution des problématiques scientifiques et des relations entre le monde de la recherche et du développement, mais aussi face au développement rapide de la recherche caprine dans les pays émergents, la recherche caprine en France est toujours très active. Un sondage bibliométrique montre que le nombre de publications avec «dairy goat» en mot-clé, de 250 à 300 par an dans les années 1980-1990, s’est accru nettement au début des années 2000 pour se situer actuellement vers les 700 publications par an. Au cours des dix dernières années, les pays qui ont le plus contribué à ces publications ont été la France, donc l’INRA, suivie par les USA, l’Italie et l’Espagne, eux-mêmes suivis par le Brésil, le Mexique et la Turquie. Ce dossier de la revue INRA Productions Animales a donc pour objectif d’illustrer le dynamisme des recherches menées en France sur les caprins, s’il était encore nécessaire de le faire. Le choix des six thèmes de recherche retenus pour constituer ce numéro n’a pas été aisé en raison du nombre de thèmes possibles. L’ambition de ce dossier n’étant pas d’être exhaustif, la rédaction de la revue et son comité se sont mis d’accord pour ne pas retenir de sujets dans les domaines où les publications ont déjà été nombreuses. C’est le cas, par exemple, de la traite des chèvres laitières (Le Du 1989, Marnet et al 2001), du polymorphisme de la caséine alpha chez les caprins (Grosclaude et al 1994, Manfredi et al 1995) ou encore de la reproduction caprine. INRA Production Animales a en effet déjà publié des articles exhaustifs sur la neuro-endocrinologie de la reproduction chez le caprin (Chemineau et Delgadillo 1994), sur le comportement sexuel de cette espèce (Fabre-Nys 2000), sur la production et la conservation de semence de bouc (Leboeuf et al 2003) et récemment sur la maîtrise de la reproduction de l’espèce caprine (Leboeuf et al 2008). Il a été proposé de sélectionner des thèmes novateurs ou riches en résultats récents, qui intéressent le développement de l’élevage caprin en France, mais aussi de portée internationale. Dans ces conditions, il a d’abord été retenu trois thèmes représentant des dimensions basiques de l’élevage : génétique, pathologie, alimentation avec des articles faisant le point sur les dernières avancées dans chaque secteur, et trois autres thèmes originaux et porteurs d’avenir, le pâturage des chèvres laitières hautes productrices, les apports de la modélisation pour comprendre le fonctionnement du troupeau de chèvres laitières et les techniques rationnelles d’élevage caprin en milieu tropical. Le premier article de Manfredi et Ådnøy (2012) sur la génétique des caprins laitiers, est un travail franco-norvégien illustrant la collaboration continue sur ce thème entre les deux pays depuis près de 50 ans. Il fait le point sur les études de génétique polygénique relatives à la production et à la composition du lait. Il traite de l’approche moléculaire qui démarre en caprins et surtout répond à la question d’actualité sur ce que nous pouvons attendre dans les années futures de la sélection génomique en caprins. Le deuxième article de Hoste et al (2012) sur la pathologie caprine, a réuni des spécialistes de l’INRA, des écoles vétérinaires, de l’Anses et de l’Institut de l’Elevage. Il fait le point sur les recherches en cours et leurs applications concernant diverses pathologies infectieuses d’actualité dans le secteur caprin. Ainsi il passe en revue les principales pathologies provoquées par les prions et les virus, par les agents bactériens et la question des parasites gastro-intestinaux. L’article évoque aussi le projet de la mise en place d’un observatoire des maladies caprines en France. Il se termine par une réflexion intéressante soulignant la proximité des agents pathogènes en ovins et caprins et les différences dans les processus morbides chez ces deux espèces. Il en conclut que des études originales sur caprins sont tout à fait fondamentales pour appréhender certains mécanismes pathogéniques. L’article suivant de Sauvant et al (2012) se propose d’actualiser les recommandations alimentaires des caprins publiées en 2007, pour répondre à une demande du développement. Les avancées dans ce domaine proviennent notamment d’une approche modélisée de la connaissance des nombreuxfacteurs de variation du poids vif, de la production laitière et de la composition de lait. Les lois de réponse plus précises aux apports d’aliments concentrés, les nouvelles lois de réponse concernant la sécrétion des acides gras du lait ainsi que les excrétions d’azote et de méthane, ainsi que les valeurs repères applicables sur le terrain concernant le comportement alimentaire, l’acidose et les besoins en eau sont les principales nouveautés. L’alimentation représente, rappelons-le, 70% en moyenne du prix de revient du litre de lait de chèvre. Parmi les trois articles plus spécifiques sur des sujets originaux, figure l’article de Lefrileux et al (2012) sur l’aptitude des chèvres hautes productrices de lait à valoriser les prairies temporaires au pâturage. Il répond à des demandes variées, notamment la demande sociétale pour une conduite d’élevage plus écologique. Or, peu d’information existe sur ce sujet, d’une part, en raison de la diminution de ce mode d’alimentation à cause des problèmes parasitaires rencontrés et, d’autre part, car la chèvre a la réputation d’être une mauvaise utilisatrice du pâturage et d’avoir un comportement très affirmé pour sélectionner son ingéré. Les auteurs montrent qu’il est possible d’obtenir des performances laitières de 1000 – 1100 kg de lait par an et par chèvre avec des régimes alimentaires où plus de 50% des besoins énergétiques sont couverts par le pâturage. L’étude du fonctionnement du troupeau caprin est un sujet qui a déjà été développé à l’INRA (Santucci et al 1994) mais, au cours de ces dernières années, elle a fait l’objet d’avancées importantes grâce à l’utilisation de la modélisation. L’article de Puillet et al (2012) présente un simulateur de fonctionnement du troupeau caprin laitier permettant de tenir compte de la variabilité individuelle des carrières animales et d’étudier comment les conduites de l’alimentation et de la reproduction mises en œuvre par l’éleveur, modulent les performances du troupeau. De tels outils sont appelés à l’avenir à avoir diverses applications au niveau du terrain pour les agents de développement, par exemple pour quantifier le risque biologique associé à certaines conduites d’élevage. Le Centre INRA des Antilles-Guyane travaille depuis plus de 50 ans sur l’amélioration des systèmes de production caprine en milieu tropical (Alexandre et al 1997). Alexandre et al (2012) présentent dans le dernier article de ce numéro une synthèse sur la situation de l’élevage caprin en zone tropicale. Rappelons que 95% des caprins vivent en milieu tropical. A travers leur grande expérience du sujet, ces auteurs proposent des voies d’amélioration très prometteuses grâce à l’apport d’intrants bien réfléchi techniquement et économiquement, à l’utilisation de l’effet mâle en reproduction et à une complémentation à base d’aliments non conventionnels. Les six articles de ce numéro ne doivent pas occulter les autres recherches sur les caprins effectuées par l’INRA ou d’autres organismes. Comme il n’est pas possible d’être exhaustif, citons simplement quelques exemples qui peuvent intéresser le développement : la maîtrise de la reproduction femelle sans utilisation d’hormones pour répondre aux cahiers des charges de certains produits caprins labellisés (Brice et al 2002) ; la monotraite, technique qui a priori séduit les éleveurs en permettant une réduction de charge de travail (Komara et Marnet 2009) ; les risques d’acidose en liaison avec le comportement alimentaire des chèvres laitières, trouble métabolique encore fréquent avec certainstypes de régimes et dont les conséquences économiques peuvent être importantes (Desnoyers et al 2009) ; l’évaluation des systèmes de production caprine (Bossis et al 2008, Toussaint et al 2009) sans oublier les travaux de technologie laitière réalisées par l’ITPLC sur le fromage de chèvre (Raynal-Ljutovac et al 2007a). Il faut noter aussi le début d’études sur le bien-être des caprins (Servière et Morand-Fehr 2012) et le besoin de travaux sur les lactations longues (14 - 20 mois),technique qui séduit de plus en plus d’éleveurs. Nous devons aussi signaler deux documents importants, l’un sur la qualité du lait de petits ruminants (Haenlein et al 2007) et l’autre sur la production et la qualité de la viande caprine (Mahgoub et al 2011) dans lesquels les travaux de recherches français sur l’influence des systèmes d’alimentation sur la qualité du lait de chèvre (Morand-Fehr et al 2007), sur la stabilité à la chaleur de ce lait (Raynal-Ljutovac et al 2007b) et sur la composition lipidique du chevreau (Morand-Fehr et al 2011) sont présentés. Il nous reste à souhaiter que la lecture de ce numéro apporte une somme d’informations originales à tous les lecteurs cherchant à prendre connaissance des dernières avancées de la recherche caprine et que la recherche caprine se maintienne et se développe à l’avenir en France pour répondre aux demandes de la filière, mais aussi en milieu tropical où les caprins jouent un rôle socio-économique essentiel pour certaines populations rurales.

Cette revue bibliographique couvre deux aspects de la génétique des caprins laitiers : la variabilité génétique des caractères et l’améliorationgénétique. La majorité des connaissances sur le déterminisme génétique des caractères chez les caprins est issue de l’approche«polygénique» car les outils génériques de la génétique moléculaire sont encore limités dans cette espèce. Toutefois, nous discutonsici surtout les résultats sur quelques gènes bien étudiés en caprins, comme ceux des caséines, de la protéine prion et du cornage.Pour l’amélioration génétique, nous rappelons des principes généraux des méthodes de sélection avec ou sans données moléculaires,avant de discuter les programmes de sélection caprine actuels et leurs perspectives.

La mise en oeuvre d’un programme de sélection chez les ruminants allaitants nécessite un modèle de contrôle de performances pour l’enregistrement des poids et la mesure de la croissance. Un tel schéma a été mis au point en France chez les ovins ; en revanche, il n’existe pas de système pour les caprins allaitants. Cette étude examine les possibilités d’application de la méthodologie standard mise au point chez les ovins à viande, dans le cadre de la population rustique de caprins Créoles élevés aux Antilles françaises. Elle s’est appuyée sur la base de données individuelles de croissances accumulées au Domaine expérimental de Gardel en Guadeloupe depuis près de 20 ans, sur un total de 6 211 chevreaux jusqu’au sevrage. Différentes méthodes d’estimation des poids à âges types (10, 30 et 70 jours) ont été testées, en comparaison avec la méthode standard développée pour les ovins allaitants en France. Enfin, la variabilité des performances de croissance obtenues a été précisée afin d’établir les premières références d’un contrôle de croissance appliqué aux caprins Créoles. Les conditions d’application et les limites du schéma sont discutées dans le cadre de la population caprine Créole.

Certaines races locales de ruminants présentent des aptitudes génétiques particulières à résister et/ou à tolérer les parasites internes. Cet article passe en revue les données encore éparses existant sur les variabilité intra et inter-races de la résistance aux helminthes des bovins, ovins et caprins, et décrit plus précisément les projets de recherches de l’International Livestock Research Institute (ILRI) en matière de résistance génétique aux nématodes gastro-intestinaux des petits ruminants au Kenya, en Ethiopie, au Sénégal . Les agneaux Red Maasai sont plus résistants aux parasites internes que les agneaux Dorper dans la région côtière sub-humide du Kenya. En outre, des variations génétiques intra-race ont été mises en évidence. Les résultats montrent clairement l’intérêt économique de l’élevage de races ovines plus résistantes aux parasites internes dans cette partie du Kenya. Il semble aussi que les caprins Small East African soient plus résistants aux parasites internes que les caprins Galla. En Éthiopie (Debre berhan, 1780 m d’altitude), il n’a pas été mis en évidence de nette différence entre les ovins Menz (race indigène de la région) et les ovins Horro (race introduite des basses régions montagneuses). Cependant, la variabilité intra-race est prometteuse en termes de sélection ultérieure. Au Sénégal, en collaboration avec le CIRAD-EMVT et l’ISRA, des études en ferme ont débuté en 1992 sur différents sites dans la zone nord, aride (Louga, ovins Fulani et chèvres sahéliennes) et la zone humide du sud (Kolda, ovins Djallonké et caprins West African Dwarf). Dans une station expérimentale de Kolda, des accouplements raisonnés à partir de reproducteurs identifiés en ferme, permettront de déterminer des paramètres génétiques de la résistance aux strongles digestifs chez les ovins Djallonké.

RESUMELes ressources génétiques caprines (Capra hircus L.) d'Algérie n'ont pas fait l'objet d'une attention particulière comparativement au reste des populations de l'espèce du Bassin méditerranéen. En témoigne la méconnaissance de leur degré d'appartenance à l'une des trois catégories de la classification évolutive des animaux de ferme qui comprend espèce sauvage, population primaire - initialement population traditionnelle - et race standardisée. Des données relatives à la variabilité génétique de douze loci à effets visibles sont considérées pour caractériser les populations caprines des Monts Dahra et Aurès. Ces travaux se basent sur l'emploi de deux indices récemment introduits: l'indice de primarité loci en ségrégation (IPs) et l'indice de primarité allèles au locus Agouti (IPa). Les résultats obtenus plaident en faveur de l'appartenance de ces populations à la catégorie de population primaire.

RésuméCette étude a été menée dans les élevages périurbains et au niveau des marchés à bétail de Ouagadougou avec pour objectif de caractériser sur le plan phénotypique les petits ruminants de race locale “Mossi”. 314 animaux (202 ovins et 112 caprins) repartis chez 25 producteurs ont été concernés. Les mesures corporelles suivantes ont été effectuées: le poids vif (PV), le périmètre thoracique (PT), la hauteur au garrot (HG), la hauteur à la croupe (HC) et la longueur de la diagonale du corps (LDC). Ont été également enregistrées la présence ou non de cornes, de barbiche, la couleur de la robe (blanc, noir, noir et blanc, brun, blanc-brun) et la structure du poil (ras et dur, ras et lisse, long et dur, long et lisse).Les résultats ont mis en évidence entre les variables corporelles mesurées, des différences liées au sexe en fonction de l’âge. Les ovins locaux de type “Mossi” sont eumétriques avec un PV moyen à l’âge adulte de 23,3±5,0 kg et une HG de 59,3±5,5 cm. Chez les caprins, le PV moyen est de 20,2plusmn;4,5 kg et la HG est de 48,4±4,1 cm.Ce sont des types génétiques à robes multicolores avec cependant une prédominance de la couleur “noir et blanc” chez les ovins, “blanc-brun” chez les caprins. Le poil est généralement “ras et dur” chez les ovins et “ras et lisse” chez les caprins. Le port des oreilles est “dressé et court” chez les caprins et “tombant et court” chez les ovins.La grande variabilité notée pour la couleur de la robe et le PV chez les individus de ces races indique de grandes possibilités d'amélioration génétique par sélection.

Abstract. Caprines belong to the most endangered group of mammals and artiodactyls suffering from many negative human impacts. Fortunately, many of them are protected and managed by national and international legislation and in situ and ex situ conservation actions. Although many microsatellite markers have been developed for wild and domestic caprines, they remain uninvestigated in respect of their utility for some taxa. We examined the utility of the International Society for Animal Genetics microsatellite set for genetic characterisations of three wild and one domestic Capra species from captive or semi-captive ex situ populations in Europe. Our data suggest the utility of this microsatellite set for detecting shared and species-specific alleles, characterising the genetic variability, and determining phylogenetic relationships and intraspecific structures in investigated taxa. We detected a depleted genetic variability in Capra falconeri and Capra cylindricornis in European ex situ populations; unrelated individuals are therefore needed for improving genetic variability parameters, as they are for the extralimital population of Capra aegagrus in the Vřísek game reserve (Czech Republic), for which we identified no genetic introgression from the domestic goat and great dissimilarity with some analysed individuals from European zoos. Current results here indicate some difficulties with the historical evidence, for example with respect to the origin and purity of particular individuals under breeding programmes.

Dans un proche avenir, il sera nécessaire de disposer d’animaux résistants pour maîtriser les strongyloses gastro-intestinales des petits ruminants, du fait de l’incidence de cette pathologie, quelle que soit la zone d’élevage. Or, bien que l’élevage caprin soit une production importante, notamment en zone tropicale, et très sensible à cette pathologie, la résistance génétique est peu étudiée dans cette espèce. L’objectif du protocole conduit à l’INRA-Antilles-Guyane est de déterminer, après vérification de son existence chez les caprins Créoles, si le même caractère de résistance génétique s’exprime dans des environnements contrastés du point de vue du risque parasitaire et de l’apport fourrager. La résistance de 13 boucs Créoles a été estimée dans 2 systèmes de pâturage, par la moyenne des performances de leurs descendants, aux âges de 6 et 10 mois.Haemonchus contortus et "Trichostrongylus colubriformis" ont été les espèces parasites dominantes. Le déterminisme génétique de la résistance est mis en évidence chez les chevreaux de 6 mois par une tendance à un effet père significatif dans tous les environnements. Le classement relatif des 13 boucs est corrélé dans les 2 milieux nutritionnels favorables : + 0,83 (P<0,001). En revanche, la corrélation n’est pas significative entre les milieux nutritionnels favorables et le milieu nutritionnel défavorable. Ce résultat semble indiquer que des mécanismes biologiques gouvernés par des gènes de résistance différents s’expriment dans un milieu nutritionnel favorable et dans un milieu nutritionnel défavorable. Aucune variabilité génétique n’est mise en évidence sur les mesures à 10 mois du fait d’un niveau d’infestation insuffisant des chevreaux.

ABSTRACTThe genotypic characterization ofCoxiella burnetiiprovides useful information about the strains circulating at the farm, region, or country level and may be used to identify the source of infection for animals and humans. The aim of the present study was to investigate the strains ofC. burnetiicirculating in caprine and bovine Belgian farms using a single nucleotide polymorphism (SNP) technique. Direct genotyping was applied to different samples (bulk tank milk, individual milk, vaginal swab, fetal product, and air sample). Besides the well-known SNP genotypes, unreported ones were found in bovine and caprine samples, increasing the variability of the strains found in the two species in Belgium. Moreover, multiple genotypes were detected contemporarily in caprine farms at different years of sampling and by using different samples. Interestingly, certain SNP genotypes were detected in both bovine and caprine samples, raising the question of interspecies transmission of the pathogen.

La variabilité des réponses individuelles est un processus central dans le fonctionnement du troupeau. L'objectif de cette thèse est d'étudier comment la variabilité se construit à partir des interactions entre réponses biologiques et pratiques de conduite et comment les performances du troupeau se construisent à partir de cette variabilité. Ainsi, un modèle individu-centré de fonctionnement du troupeau caprin laitier a été développé. Le modèle comprend un système décisionnel, qui représente les opérations techniques d'alimentation, de reproduction et de renouvellement et un système biotechnique, qui repose sur la démultiplication d'un modèle de chèvre simulant le poids vif et la production laitière en réponse aux pratiques d'alimentation et de reproduction. Trois plans d'expériences ont testé les effets du niveau des apports alimentaires, de la segmentation du plan d'alimentation et du niveau du potentiel de production du troupeau. La variabilité intra-conduite est caractérisée par des variables de durée et de productivité de la carrière. La variabilité inter-conduites est caractérisée par les variables liées à l'efficacité alimentaire. Des efficacités similaires peuvent être obtenues avec différentes combinaisons d'options de conduite. Celles ci ne sollicitent cependant pas les mêmes bases biologiques et génèrent des proportions contrastées d'individus à l'équilibre par rapport à leur potentiel de production. Ces différences dans l'élaboration des performances pourraient conduire à des capacités d'adaptation du troupeau variables dans un environnement fluctuant. Le simulateur permettrait alors d'explorer le rôle de la variabilité dans la résilience du troupeau.

Ce travail a pour objectif de trouver des mesures pertinentes pour caracteriser l'aptitude a la traite mecanique des chevres et d'etudier leur variabilite et leur determinisme genetique. Nous avons utilise deux types de donnees : les cinetiques d'emission du lait des chevres controlees durant 1996, 1997 et 1998 a la station experimentale de l'inra de bourges et les mesures du debit premiere minute de traite (deb1) ainsi que les variables laitieres classiques des chevres controlees de 1985 a 1997 a la station de moissac (france). L'analyse simultanee des variables de traite et des scores cellulaires montre que ces variables sont caracterisees par une forte repetabilite. La correlation phenotypique entre la quantite de lait et le deb1 est faible (0,23). En revanche, elle est forte entre la quantite de lait et le debit maximal (0,51). L'heritabilite et la repetabilite du deb1 sont tres elevees (respectivement 0,65 et 0,82). Il n'y a pas d'antagonisme genetique entre le deb1 et les caracteres laitiers. L'analyse de segregation des donnees de moissac confirme l'existence d'un gene majeur avec deux alleles en segregation, influant sur le determinisme genetique du deb1, un allele + normal et partiellement dominant, et un allele hd recessif, responsable d'un haut debit de traite. Ainsi, le deb1 est un caractere a heredite mixte, conditionne a la fois par un gene majeur et par des polygenes, avec une difference de 2,3 ecarts-types phenotypiques entre les deux homozygotes, et une l'heritabilite residuelle de 0,35.

Les études épidémiologiques sont nombreuses sur ce parasite. Les travaux relatifs à l'écologie sont assez rares, ceux concernant la morphométrie ou la génétique, très rares. Des études antérieures ont montré l'isolement des fermes caprines en ce qui concerne les infestations par les helminthes. Les méthodes d'élevage sont très différentes selon les fermes, et les populations parasitaires pourraient être diversifiées. L'objet du présent travail est d'estimer la variabilité morphologique, écologique et génétique du nématode teladorsagia circumcincta. Quatorze populations de t. Circumcincta provenant de chèvres issues de fermes caprines situées dans le centre-ouest de la France ont été étudiées. Les informations concernant l'historique des fermes (ancienneté de l'élevage, origine et nombre de chèvres achetées pour constituer le troupeau lors de la création de la ferme, etc) et le mode d'élevage (taille du troupeau, utilisation des surfaces de paturages, traitements anthelminthiques, etc) ont été recueillies. La morphologie des ufs et des larves infestantes ainsi que l'écologie des stades libres ont été étudiées dans un sous-echantillon de huit populations. La variabilité génétique a été appréciée au moyen d'isoenzymes (malate déshydrogénase -mdh, lactate déshydrogénase -ldh, phosphoglucomutase -pgm, mannose-phosphate isomérase -mpi et glucose-phosphate isomérase -gpi), pour les 14 populations naturelles et pour trois générations d'un sous-échantillon de cinq isolats maintenus dans des conditions de laboratoire. Les populations naturelles de t. Circumcincta se différencient selon la présence d'un électromorphe supplémentaire, à migration très rapide au locus mdh-1 qui a été mis en évidence dans plusieurs fermes caprines. Nous distinguons une souche vraisemblablement caprine (avec une fréquence élevée de cet allèle) et une souche ovicaprine (avec une fréquence très faible ou l'absence de cet allèle). Nous supposons que celles-ci sont reliées à l'historique des chèvres introduites dans chacune des fermes et dépendant de l'utilisation de paturages contaminés par des chèvres ou des moutons. Un déficit en hétérozygotes a été observé pour toutes les fermes et pour tous les systèmes enzymatiques. Des variations très faibles des moyennes (valeurs absolues) ont été observées pour la morphologie des stades libres, ufs et larves infestantes. Les distributions de quelques caractères morphologiques des larves, bien que plus informatives, restent insuffisantes pour caractériser les populations. Les différences entre fermes restent modestes et la variabilité morphologique dépend plus des conditions environnementales que de l'origine des isolats. La méthode que nous avons établie pour étudier la variabilité écologique du développement des ufs en larves infestantes semble valide. Certaines populations sont adaptées à la sécheresse. D'autres se developpent mieux dans des conditions caracterisées par une humidité élevée associée à une température froide (4c) et d'autres encore par une humidité élevée combinée à une température chaude (supérieure a 23c). Deux stratégies indépendantes apparaissent parmi les populations étudiées. La première correspond à un succès élevé de l'infestation par la première génération de larves reliée à une faible survie des larves produites dans les générations suivantes. La seconde stratégie se caractérise par une fertilité élevée des femelles avec une aptitude médiocre des ufs produits à évoluer en larves. Les trois estimations de la variabilité ne convergent pas complètement. Cela tient sans doute au fait que pour chaque estimation de variabilité, seules quelques mesures sont réalisées. Il semble qu'une convergence apparaisse pour les isolats maintenus depuis quelques générations dans les conditions de laboratoire : les isolats se ressemblent plus entre eux qu'avec leurs populations d'origine. De ces résultats, nous pouvons présumer que les données obtenues à partir de populations de nématodes maintenues en conditions expérimentales peuvent se montrer trompeuses et devraient être validées dans les conditions naturelles

Les systèmes agricoles évoluent rapidement et sont soumis à des pressions sociétales et économiques croissantes. Un élément clé de leur adaptation consiste à trouver une combinaison optimale entre les capacités des animaux à s’adapter à des environnements changeants, le maintien des performances de production et un pilotage par l’éleveur qui valoriserait au mieux la variabilité individuelle. Le développement de l'élevage de précision, avec la capacité croissante d’enregistrement automatique des paramètres de comportement et de production, permet d'obtenir des informations précises sur le terrain en temps réel. Il est donc impératif que la pertinence biologique des variables mesurées soit connue. Dans ce contexte, le comportement alimentaire, qui constitue une part importante de la description de tout animal de production, est une variable d’intérêt.Cependant, en raison du manque d’études sur ce sujet, nous en savons peu sur le comportement alimentaire d’un individu et en particulier d’un ruminant, et sur ses facteurs de variation.Ce travail de thèse, réalisé chez la chèvre a montré que 1) les chèvres présentent des préférences en termes de position d’alimentation et de types d’aliments offerts, 2) une variabilité inter-individuelle importante du comportement alimentaire existe chez des chèvres hébergées en groupes, tandis que le profil de comportement alimentaire individuel est relativement stable entre les stades physiologiques, 3) lorsque les chèvres sont soumises à challenge alimentaire tel qu’une modification de la fréquence de distribution de la ration, elles adaptent leur comportement alimentaire à ces modifications, mais conservent un profil alimentaire stable
Agricultural systems are changing rapidly and are subject to increasing societal and economic pressures. A key element in their adaptation is to find an optimal combination between the ability of animals to adapt to changing environments, the maintenance of production performance and husbandry methods that would best support individual variability. The development of precision livestock farming, with the increasing ability to automatically record behavioural and production parameters, makes it possible to obtain accurate information on-farm in real time. It is therefore crucial that the biological relevance of the variables measured be known.However, due to the lack of studies on this subject, we know little about feeding behaviour of individual ruminants, and in particular goats, and what factors contribute to the individual variation.Using goats, work presented in thesis showed that 1) goats have preferences in terms of feeding posture and types of feed offered, 2) important inter-individual variability of feeding behaviour exists among goats housed in groups, while the individual feeding behaviour pattern is relatively stable over time, 3) when goats are subjected to feeding challenges such as changes in the frequency of feed delivery, they adapt their feeding behaviour to these changes, but keep a stable pattern of feeding behaviour

La peste des petits ruminants (PPR) et la Pleuropneumonie Contagieuse Caprine (PPCC) causées respectivement par un Morbillivirus (Virus de la Peste des Petits Ruminants) et un mycoplasme (Mycoplasma capricolum subsp. Capripneumoniae) sont deux maladies respiratoires très contagieuses des petits ruminants. La PPR est présente en Afrique, en Asie, au Moyen Orient, et depuis peu en Europe. Sur le continent africain, notamment en Afrique de l’Ouest, elle est en expansion et représente un facteur majeur d’insécurité alimentaire pour la population agricole. La PPCC identifiée au Niger en 1995 n’est que suspectée au Mali sur la base de résultats sérologiques.La PPR est un modèle pour l’étude des maladies transfrontalières car sa diffusion est très étroitement liée aux mouvements régionaux d’animaux vivants. La compréhension de cette diffusion est une condition essentielle à la mise en place de mesures de contrôle efficaces (vaccination, contrôle aux frontières etc.).La thèse a pour ambition de clarifier la situation épidémiologique de la PPR et de la PPCC au Mali, notamment pour savoir si ces deux maladies coexistent, afin d’en évaluer le risque pour les filières de production de caprins et de proposer des stratégies de contrôle adaptées. Nous n’avons pas réussi à mettre en évidence la présence de la PPCC au Mali. Pour la PPR, l’objectif de la thèse est de caractériser la diversité génétique de souches collectées en Afrique de l’Ouest et plus particulièrement au Mali en utilisant en première instance le gène partiel de la nucléoprotéine du virus. Nous avons ensuite estimé la diversité et le taux d’évolution du PPRV dans la région à partir de séquences génomiques complètes. Notre étude a montré qu’au Mali ainsi que dans les autres pays de l’Afrique de l’Ouest, trois lignées génétiques du PPRV circulent dont l’une d’elles, la lignée II est dominante dans la région et est caractérisée par une grande diversité génétique transfrontalière. Cette étude démontre également une progression de la lignée IV dans l’Afrique de l’Ouest et la persistance au Mali et au Niger de la lignée I (au moins jusqu’en 2001). Ces résultats reflètent par rapport aux données précédentes connues de la répartition des lignées de PPRV, une intensification des mouvements du bétail dus à l’échange et au commerce de ces animaux, flux qui n’est pas contrôlé entre tous les pays de l’ouest africain. Au Mali, il n’existe aucun moyen de contrôle, de traçabilité et d’identification animale. L’utilisation de la diversité génétique comme marqueur épidémiologique serait un moyen d’améliorer notre connaissance de la diffusion de la PPR et de là son contrôle, plus particulièrement dans les pays d’Afrique de l’Ouest
Peste des petits ruminants (PPR) and Contagious caprine pleuropneumonia (CCPP) caused respectively by a Morbillivirus and a mycoplasma (Mycoplasma capricolum subsp. Capripneumoniae) are two highly contagious respiratory diseases of small ruminants. PPR is present in Africa, Asia, Middle East, and has just entered Europe. On the African continent, particularly in West Africa, it is emerging and is a major factor of food insecurity for low-income farmers. CCPP, identified in Niger in 1995, is only suspected in Mali on the basis of serological results.PPR is a model for the study of transboundary diseases because its diffusion is closely linked to regional movements of livestock. Understanding this diffusion is an essential condition for the implementation of effective control measures (vaccination, border control, etc.).The aims of our study is to clarify the epidemiological situation of PPR and the CCPP in Mali, including whether these two diseases coexist in order to assess the risk for goat production chains and propose appropriate control strategies.We did not succeed in confirming the presence of the CCPP in Mali. PPR has already been identified in Mali. The aim of our study for PPR is to characterize the genetic diversity and therefore the different lineages that circulate in Mali and, more generally, in the West African sub region by using at first the partial gene of Nucleoprotein of PPRV. We then estimated more accurately the diversity and rate of evolution of the virus in the region from PPRV genomic sequences. Our studies showed that three lineages of PPRV are circulating in Mali and West Africa. The lineage II is dominating and is characterized with a wide genetic diversity and extensive transboundary circulation. We also demonstrate the progression of lineage IV in West Africa and the persistence of lineage I in Mali and Niger (at least until 2001). These results reflect the large flow of uncontrolled livestock trade between all West African countries. In Mali, there is no means of control, traceability and animal identification. The use of genetic diversity as an epidemiological marker is an effective means of controlling the spread of PPR in these West African countries

Ovins et caprins connaissent au cours de l’année des périodes de fertilité et d’infertilité pesant fortement sur les élevages, avec des conséquences sur l’organisation du travail et la disponibilité des productions. Des recherches visant à contrôler et maîtriser la reproduction des petits ruminants sont développées afin de s’affranchir de ces contraintes saisonnières. Elles portent actuellement sur l’utilisation des signaux socio-sexuels, comme une alternative aux traitements lumineux et hormonaux largement utilisés par les agriculteurs pour induire et synchroniser l’ovulation des femelles, mais présentant des problèmes sanitaires, environnementaux et sociétaux. « L’effet mâle », qui consiste en la réactivation de l’ovulation suite à l’introduction d’un mâle parmi des femelles en repos sexuel, est incontestablement une solution d’avenir intéressante pour la transformation des élevages actuels vers l’utilisation de techniques moins coûteuses, sans incidence sur l’environnement et favorisant le bien-être animal. En poursuivant l’objectif d’extraire l’éleveur de cette contrainte saisonnière, la recherche agronomique révolutionne un schéma millénaire. Plus de 10 500 ans nous séparent des premiers moutons domestiques. Le caractère saisonnier des naissances a pu peser fortement sur les élevages préhistoriques. Précisément, qu’en était-il ? L’archéozoologie est en mesure d’écrire cette histoire : elle utilise la biogéochimie isotopique pour lire dans les dents des animaux une information relative à leur saison de naissance. L’état des connaissances sur les moutons européens du VIe au IIIe millénaire avant notre ère confirme des naissances saisonnées, survenant sur 3 à 4 mois, plus tardivement aux latitudes élevées (59°N) qu’aux latitudes moyennes (43 à 48°N). La poursuite de cette recherche devrait permettre de renforcer ces schémas globaux contraints par l’environnement, et de préciser une variabilité imputable à des choix techniques. En décrivant cette trajectoire depuis les premiers temps de la domestication, l’archéozoologie replace la recherche agronomique dans une perspective de très longue durée. En outre, elle aidera peut-être à comprendre pourquoi la domestication a atténué mais n’a pas réussi à faire disparaître le saisonnement physiologique de la reproduction chez les ovins domestiques.